Αφηρημένο

Ιστορικό

μεθυλίωσης του DNA του προαγωγού CpG νησίδων συνδέεται με την καταστολή του γονιδίου, και έχουν μοναδικά προφίλ του γονιδιώματος σε επίπεδο της έχουν συνδεθεί με την εξέλιξη του όγκου. Σε συνδυασμό με τις τεχνολογίες αλληλουχίας υψηλής απόδοσης, θα μπορούν πλέον να καθορίσει αποτελεσματικά γονιδίωμα-ευρεία προφίλ μεθυλίωσης σε καρκινικά κύτταρα. Επίσης, πειραματικές και υπολογιστικές τεχνολογίες επιτρέπουν να βρείτε τη λειτουργική σχέση μεταξύ καρκίνου συγκεκριμένα μοτίβα μεθυλίωσης και κλινικοπαθολογικών τις παραμέτρους τους.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

σύστημα Καρκίνος methylome (CMS) είναι μια web με έδρα εφαρμογή της βάσης δεδομένων έχει σχεδιαστεί για την οπτικοποίηση, σύγκριση και στατιστική ανάλυση των ανθρώπινων καρκινικών ειδικών μεθυλίωσης DNA. εντάσεις μεθυλίωση ελήφθησαν από MBDCap-αλληλούχιση, προ-επεξεργασία και αποθηκεύονται στη βάση δεδομένων. Τα 191 δείγματα ασθενών (169 όγκων και 22 δείγμα φυσιολογικού) και κυτταρικές σειρές καρκίνου του μαστού 41 κατατεθεί στην βάση δεδομένων, η οποία περιλαμβάνει περίπου 6,6 δισεκατομμύρια μοναδικά χαρτογραφηθεί ακολουθία διαβάζει. Αυτό παρέχει ολοκληρωμένη και γονιδιώματος σε επίπεδο επιγενετικής πορτρέτα του ανθρώπινου καρκίνου του μαστού και καρκίνου του ενδομητρίου μέχρι σήμερα. Δύο απόψεις που προτείνονται για τους χρήστες να κατανοήσουν καλύτερα τη δομή μεθυλίωση στο επίπεδο του γονιδιώματος ή συστηματική μεταβολή μεθυλίωση στο επίπεδο γονιδίου. Επιπλέον, μια ποικιλία από κομμάτια σχολιασμού παρέχονται για την κάλυψη γονιδιωματικές πληροφορίες. CMS περιλαμβάνει σημαντικές λειτουργίες αναλυτικά για την ερμηνεία των δεδομένων μεθυλίωσης, όπως είναι η ανίχνευση των διαφορικά μεθυλιωμένο περιοχές, στατιστικό υπολογισμό των παγκόσμιων εντάσεων μεθυλίωσης, πολλαπλά σετ γονιδίων βιολογικά σημαντικές κατηγορίες, διαδραστικότητα με UCSC μέσω των δεδομένων custom-track. Είμαστε επίσης παρόντες παραδείγματα των ανακαλύψεων που χρησιμοποιούν το πλαίσιο.

Συμπεράσματα /Σημασία

CMS παρέχει οπτικοποίηση και αναλυτική λειτουργίες για σύνολα δεδομένων καρκίνο methylome. Μια ολοκληρωμένη συλλογή των συνόλων δεδομένων, μια ποικιλία των ενσωματωμένων λειτουργιών αναλυτική και εκτεταμένες εφαρμογές με βιολογικά και μεταφραστική σημασία κάνουν αυτό το σύστημα ισχυρό και μοναδικό στην έρευνα για τον καρκίνο μεθυλίωση. CMS είναι ελεύθερα προσβάσιμο στο: https://cbbiweb.uthscsa.edu/KMethylomes/

Παράθεση:. Gu F, Doderer MS, Huang Υ-W, Roa JC, Goodfellow PJ, Kizer EL, et al. (2013) CMS: μια web-based σύστημα για την οπτικοποίηση και την ανάλυση του γονιδιώματος-Wide μεθυλίωση Δεδομένων των ανθρώπινων καρκίνων. PLoS ONE 8 (4): e60980. doi: 10.1371 /journal.pone.0060980

Συντάκτης: Eric Γ Chuang, Εθνικό Πανεπιστήμιο της Ταϊβάν, Ταϊβάν

Ελήφθη: 31 Ιουλίου 2012? Αποδεκτές: 5 Μαρ 2013? Δημοσιεύθηκε: 22 Απρ 2013

Copyright: © 2013 Gu et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από R01 CA069065, U54 CA113001 (Cancer Integrative Προγράμματος Βιολογίας), Ρ30 CA054174 (Cancer Center Support Grant), NCATS 8UL1TR000149 (CTSA) των ΗΠΑ Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας, Τέξας CPRIT RP101195-C04, και με πλούσια δώρα από τον καρκίνο θεραπείας και Ίδρυμα Ερευνών Κέντρο. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

μεθυλίωσης του DNA του προαγωγού CpG νησίδων σχετίζεται με καταστολή γονιδίου σε δείγματα όγκων συγκριτικά με την κανονική ομόλογό, και έχουν μοναδικά προφίλ γονιδιώματος σε επίπεδο του έχουν συνδεθεί με την εξέλιξη του όγκου και μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να προβλέψει την επιβίωση του ασθενούς [1]. Παγκόσμια υπομεθυλίωση ανιχνεύθηκε σε όγκους του μαστού και του παχέος εντέρου σε σύγκριση με αντίστοιχες φυσιολογικούς ιστούς [2], [3]. Πιο συγκεκριμένα, στον καρκίνο του μαστού, έχει αποδειχθεί ότι το σώμα γονίδιο υπομεθυλίωση σχετίζεται με γονιδιακή σίγηση, ενώ υπερμεθυλίωση περιοχών κοντά σε μια θέση έναρξης μεταγραφής (TSS) τείνει να προκαλέσει ένα παρόμοιο αποτέλεσμα [4]. Επιπλέον, αλληλεπίδραση μεταξύ μεθυλίωσης του DNA και παραγόντων μεταγραφής (ΤΡ) είναι σημαντικές για τη ρύθμιση φαινοτύπων ανθρώπινο κύτταρο. Με την πρόοδο της τεχνολογίας προσδιορισμού της αλληλουχίας, μεγάλης κλίμακας ανάλυση του γονιδιώματος σε επίπεδο μεθυλίωσης γίνεται εφικτή. Αρκετές πειραματικές μέθοδοι έχουν αναπτυχθεί για να συλλάβει μεθυλιωμένο DNA, συμπεριλαμβανομένων MeDIP [5], MBD [6], μεθυλοΟ [7], και RRBS [8]. Σε συνδυασμό με τις τεχνολογίες προσδιορισμού αλληλουχίας υψηλής απόδοσης, αυτές οι μέθοδοι μπορούν τώρα καθορίσει αποτελεσματικά γονιδιώματος σε επίπεδο προφίλ μεθυλίωση στα κύτταρα. Επιπλέον, διάφορες υπολογιστικές και στατιστικές μέθοδοι έχουν προταθεί για την ανάλυση των διαφορικά μεθυλιωμένου περιοχών (DMR). Αυτές οι πειραματικές και υπολογιστικές τεχνολογίες επιτρέπουν να βρείτε τη λειτουργική σχέση μεταξύ καρκίνου συγκεκριμένα μοτίβα μεθυλίωσης και την καταστολή του γονιδίου, και την ένωσή τους με κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους, με στόχο τον εντοπισμό των υποψήφιων βιοδεικτών για τη διάγνωση και την πρόγνωση [9].

Εδώ περιγράφουμε ένα νέο σύστημα καρκίνο methylome που συλλέγει συστηματικά, οργανώνει, απεικονίζει και αναλύει ένα μεγάλο σύνολο δεδομένων μεθυλίωσης του DNA με προσδιορισμό της αλληλουχίας από ανθρώπινους καρκίνους ενδομητρίου και του μαστού. Τα σύνολα δεδομένων που λαμβάνονται με τη χρήση MBDCap-seq πρωτόκολλο, μια τεχνική που χρησιμοποιείται για να συλλάβει μεθυλιωμένο ϋΝΑ χρησιμοποιώντας ένα πεδίο σύνδεσης μεθυλο-CpG στήλης (MBD) πρωτεΐνη που ακολουθείται από αλληλούχηση επόμενης γενιάς [10]. Το χαμηλό κόστος και αμερόληπτη απεικόνιση του προφίλ μεθυλίωσης των δύο CpG και νησιωτικές περιοχές μη-CpG καθιστούν κατάλληλο για την ανάλυση του προφίλ μεθυλίωσης του γονιδιώματος-ευρεία. 191 δείγματα ασθενών (169 όγκων και 21 δείγμα φυσιολογικού) και 41 κυτταρικές σειρές καρκίνου του μαστού υποβλήθηκαν σε επεξεργασία με τον MBDCap-seq πρωτόκολλο, δημιουργώντας ένα σύνολο περίπου 6,6 δισεκατομμύρια μοναδικά χαρτογραφηθεί ακολουθία διαβάζει. Σύνολα δεδομένων προ-επεξεργασία και αποθηκεύονται σε μια βάση δεδομένων MySQL. CMS προσφέρει φιλικά προς τον χρήστη εργαλεία για την ταχεία ταυτοποίηση διαφορικά μετουσιωμένο περιοχές (αιτήσεις συντήρησης δεδομένων) μεταξύ των διαφόρων ομάδων των δειγμάτων (π.χ. κανονική έναντι του όγκου), ανεξάρτητα από το γονίδιο εγγύτητάς τους. εντάσεις μεθυλίωση παρήχθησαν και για τις δύο γονιδιώματος-ευρεία (ψήφισμα 100 bp) και το γονίδιο (για κάθε σχολιασμένη γονίδιο REFSEQ) επίπεδα. Επιπλέον, η γονιδιακή οντολογία, βιολογικά μονοπάτια, και άλλες σετ βάσεων δεδομένων γονιδιακής μοριακής υπογραφής έχουν ενσωματωθεί στο CMS, επιτρέπει τη σύγκριση (μέσω μεθυλίωσης) των λειτουργικών και βιολογικών συσχετιζόμενων γονιδίων σε διάφορα είδη καρκίνου, και την εξέταση των συστημικών μεταβολή στο βιολογικό μονοπάτι, τη λειτουργία και το δίκτυο αλληλεπίδρασης επίπεδα. Οι χρήστες μπορούν να φορτώσουν τα προφίλ μεθυλίωσης τους (που παράγεται από τεχνολογίες αλληλουχίας επόμενης γενιάς στο ψήφισμα 100 bp) ή ένα σύνολο γονιδίων να παρατηρήσει διαφορική μεθυλίωση με τη σύγκριση με τη μοναδική συλλογή μας των όγκων. Επίσης, οι χρήστες μπορούν να κατεβάσετε εντάσεις μεθυλίωση από μια περιοχή ενδιαφέροντος ή ολόκληρου του γονιδιώματος για περαιτέρω ανάλυση (με κλικ στο σύνδεσμο στο σελίδα «Πόροι» της ιστοσελίδας). Με CMS, βιολόγοι μπορούν να έχουν πρόσβαση σε οποιοδήποτε γονίδιο που μας ενδιαφέρει, να εξετάσει και να ανακαλύψετε επιγενετικώς σημαντικό φαινόμενο, όπως (αλλά όχι μόνο) διαφορά μεθυλίωσης μεταξύ των διαφόρων τύπων όγκων, γονίδια με συσχετισμένες προφίλ μεθυλίωσης και ο συσχετισμός, διαφορικά μεθυλιωμένα γονίδια μέσα σε ένα μονοπάτι, η σύγκριση του DNA μεθυλίωση και τροποποίηση των ιστονών σήματα.

Αποτελέσματα

CMS ενσωματώνει βάση δεδομένων (από τα δεδομένα του γονιδιώματος σε επίπεδο αλληλουχίας μεθυλίωση των καρκίνων του ανθρώπου), η τεχνολογία διεπαφής ιστού, και ισχυρή στατιστική και αναλυτική λειτουργίες μαζί, επιτρέποντας γονιδίωμα ευρύ προφίλ μεθυλίωσης οπτικοποίηση και ουσιαστική βιολογικό φαινόμενο ανακάλυψη των ανθρώπινων καρκίνων (Σχήμα S1 στο αρχείο S1).

Γονιδίωμα-ευρύ MBDCap-αλληλουχίας του ενδομητρίου και του μαστού

Ένα σύνολο 232 κλινικών δειγμάτων και κυτταρικές σειρές που προέρχονται από ανθρώπινο μητρικό και του ενδομητρίου ομάδες καρκίνο υποβλήθηκαν σε επεξεργασία και κατατεθεί στη βάση δεδομένων. Μεταξύ αυτών, 77 είναι όγκοι του μαστού, 10 δείγματα φυσιολογικού μαστού, κυτταρικές σειρές καρκίνου του μαστού 41 (ICBP [11]), 92 ενδομητρίου όγκους (71 μη επαναλαμβανόμενα δείγματα και 21 επαναλαμβανόμενες δείγματα) και 12 κανονικούς ενδομητρίου δείγματα. τεχνολογία MBDCap-αλληλούχιση χρησιμοποιήθηκε για την ανίχνευση του μεθυλιωμένου περιοχές. Μεθυλιωμένος θραύσματα, δεσμευμένο σε μία δεσμευτική πρωτεΐνη τομέα μεθυλο-CpG, εκλούστηκαν για αλληλούχιση με την Illumina /Solexa Genome Analyzer II. Περίπου 12,7 δισ ακολουθία διαβάζει δημιουργήθηκαν και 52% διαβάζει χαρτογραφήθηκαν σε μοναδικές τοποθεσίες γονιδιώματος. Γονιδίωμα-ευρύ αλληλουχίας της μεθυλίωσης του DNA αυτού του μεγάλου συνόλου κλινικών δειγμάτων και κυτταρικών σειρών κάνει αυτό μια μοναδική μελέτη του προφίλ methylome όγκου (Σχήμα S1 στο αρχείο S1). Τα δεδομένα από περισσότερους από 1000 κλινικά δείγματα, συμπεριλαμβανομένων των ωοθηκών, του στόματος, του παχέος εντέρου, ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα, του πνεύμονα, και καρκίνους του προστάτη, τελικά θα κατατεθεί σε αυτή τη βάση δεδομένων.

Σχεδιασμός του web interface και της βάσης δεδομένων

η διεπαφή web αναπτύχθηκε σε Java χρησιμοποιώντας τη SideCache [12] πλαίσιο, υποστηρίζεται από μια δημοσίως διαθέσιμη βιβλιοθήκη JavaScript γραφικών (https://www.walterzorn.de/) για γραφικά και απόδοση εικόνας. ιστοσελίδα CMB έχει αναπτυχθεί σε έναν web server Apache Tomcat (https://tomcat.apache.org/), και υποστηρίζεται από μια βάση δεδομένων MySQL δεδομένων μεθυλίωσης (Σχήμα S1 στο αρχείο S1). Οι μέθοδοι λειτουργίας και αναλυτική ενταγμένες στο πλαίσιο γράφτηκαν στην Ε σενάριο. Επιπλέον, ένα API web υπηρεσία τέθηκε σε εφαρμογή και να επιτρέπουν την ενσωμάτωση με άλλες ιστοσελίδες γονιδιώματος. Αυτή η διεπαφή web ελέγχθηκε πλήρως στο Firefox, και είναι επίσης συμβατό με το Safari και Chrome. Είναι επίσης συμβατό με IE με έναν με ειδικές ανάγκες λειτουργίας (βλέπε απεικόνιση του τμήματος σύνολα δεδομένων μεθυλίωσης)

Απεικόνιση των συνόλων δεδομένων μεθυλίωσης

CMS μπορεί να απεικονιστεί με δύο διαφορετικούς τρόπους:. Γονιδιωματικής θέα και το γονίδιο κεντρική άποψη .

Genomic View.

Η γονιδιωματική θέα είναι για την απεικόνιση του γονιδιώματος σε επίπεδο και την ανάλυση της έντασης μεθυλίωσης (Σχήμα 1).

Αυτή η ιστοσελίδα έχει σχεδιαστεί για το γονιδίωμα ευρύ οπτικοποίηση και ανάλυση της έντασης μεθυλίωσης (Α, Β, C). Ένταση μεθυλίωση προ-υπολογιστεί για 100 bp μέγεθος κάδου και αποδεικνύεται χρησιμοποιώντας μια κόκκινη Heatmap κλίση. Μια ποικιλία από γονιδιωματικής σχολιασμούς και λειτουργικές γραμμές εργαλείων δίνει στους χρήστες περισσότερες επιλογές στην περιήγηση της ιστοσελίδας. Στατιστικές μέθοδοι ενσωματωμένη, συμπεριλαμβανομένης της ανάλυσης DMR (Α) και στατιστικού υπολογισμού (C). Σύνδεσμοι σε UCSC πρόγραμμα περιήγησης γονιδιώματος (D) και την άποψη του γονιδίου (Ε) είναι διαθέσιμα για περαιτέρω ανάλυση

Η

Διαφορετικοί τύποι των κομματιών δεδομένων εφαρμόστηκαν για τις γονιδιωματική λειτουργίες απεικόνισης (Εικόνα 1Α, Β):. Γονιδιωματική συντονίζει κομμάτι (την γονιδιωματική θέση της οπτικοποιούνται περιοχής, συμπεριλαμβανομένων των χρωμοσωμάτων, έναρξη περιοχής και τέλος θέσεις)? κομμάτι του περιεχομένου GC (το ποσοστό GC στη γονιδιωματική θέση, υπολογίζεται ψήφισμα 100 bp)? h3k4me1 τροποποίηση των ιστονών κομμάτι της GM12878 κυτταρικής σειράς (που λαμβάνεται από UCSC γονιδίωμα κατασκευής hg19, τραπέζι wgEncodeBroadHistoneGm12878H3k4me1StdSig.bigWig, liftover να hg18)? κομμάτια διατήρηση αλληλουχίας από UCSC (που λαμβάνεται από UCSC γονιδίωμα build hg18)? CpG νησί κομμάτι (που λαμβάνεται από UCSC γονιδίωμα κατασκευής hg18, https://genome.ucsc.edu)? track γονίδιο σχολιασμού (συμπεριλαμβανομένης της έναρξης του γονιδίου και ακραίες θέσεις, το σύμβολο του γονιδίου και ο αριθμός)? και διαδρομή (s) Ένταση μεθυλίωση (η ένταση μεθυλίωση αντιπροσωπεύεται από το βάθος χρώματος, σκούρο κόκκινο αντιστοιχεί σε υψηλή τιμή μεθυλίωση, λευκό μέσα χαμηλή ή μηδενική αξία μεθυλίωση, στο ψήφισμα 100 bp). Λεπτομερής σχολιασμός εμφανίζεται στην προβολή κινητής άκρη όταν ο χρήστης μετακινεί το ποντίκι πάνω από το περιεχόμενο GC, το νησί CpG και κομμάτια γονιδίου σχολιασμό. Ένα μόνο κλικ στο κομμάτι (α) προφίλ μεθυλίωση μπορεί να δημιουργήσει ένα παράθυρο διαλόγου αναδυόμενο παράθυρο με ένταση μεθυλίωση (διαβάζει τον αριθμό για τη συγκεκριμένη θέση, αυτή η λειτουργία είναι απενεργοποιημένη στον IE). Η πίστα ένταση μεθυλίωση είναι ευέλικτη με πολλές επιλογές (που επιλέγονται από το κουμπί «Ίχνη» drop-down στη γραμμή εργαλείων). Γενικά, υπάρχουν δύο είδη ένταση μεθυλίωσης κομμάτια που οι χρήστες μπορούν να επιλέξουν να οθόνη –

επιμέρους

ή

Σύνοψη

κομμάτια. Ένα άτομο κομμάτι δείχνει το γονιδίωμα-ευρεία ένταση μεθυλίωσης σε 100 μέγεθος bp κάδο του κάθε όγκου /φυσιολογικό δείγμα που επιλέχθηκε. Οι χρήστες μπορούν να επιλέξουν να εμφανίσει ένα όγκου μόνο (π.χ., του μαστού ή του ενδομητρίου), ή όλων των όγκων μαζί. Περίληψη κομμάτι (Σχήμα 1C, ανατρέξτε στην ενότητα Ενσωματωμένος ενότητα στατιστικών μεθόδων παρακάτω) περιέχει παγκόσμια στατιστικά στοιχεία της μέσης, τη συχνότητα και τη διαφορά από όλους τους όγκους.

Μια συλλογή από καλά σχεδιασμένες λειτουργικό εργαλείο-μπαρ περιλαμβάνονται σε αυτή την ιστοσελίδα. Οι χρήστες μπορούν να περιηγηθείτε γύρω από το γονιδίωμα του ζουμ μέσα και έξω, κινείται αριστερά ή προς τα δεξιά κατά μήκος της γονιδιωματικής κατεύθυνση, ή να μετακινηθούν σε γειτονικές γονίδια. Οι χρήστες μπορούν να αναζητήσουν το γονίδιο /περιοχή ενδιαφέροντος με απευθείας πληκτρολόγηση χαρακτήρων γονίδιο ή τις συντεταγμένες της περιοχής.

ανάλυση DMR (δείτε Ενσωματωμένος ενότητα στατιστικών μεθόδων παρακάτω) εφαρμόστηκε στη γονιδιωματική θεατή. Σε λειτουργία DMR, οι χρήστες μπορεί να επιλέξει υποψήφιο δείγματα από τη σήμανση τα πλαίσια επιλογής στην πίστα (ες) Ένταση μεθυλίωση, και στη συνέχεια συμπληρώστε τις απαραίτητες παραμέτρους (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Οι προεπιλεγμένες τιμές προεπιλεγμένα. Το DMR θα εξόδου ένα αρχείο σε μορφή κειμένου οριοθετημένο με στηλοθέτες (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Όλα τα αρχεία εξόδου θα δημιουργηθεί on-demand και αποτελεσματικά, αλλά μπορεί να περιορίζεται από την ταχύτητα λήψης του δικτύου του χρήστη.

Σύνδεσμοι σε UCSC πρόγραμμα περιήγησης γονιδιώματος παρήχθησαν (Σχήμα 1D, δείτε Οπτικοποίηση της μεθυλίωσης του DNA και των ιστονών ενότητα δεδομένων τροποποίηση για παράδειγμα της χρήσης). Μια λίστα των γονιδίων που περιλαμβάνονται στην τρέχουσα γενωμική περιοχή εμφανίζεται στο κάτω-αριστερά της ιστοσελίδας γονιδιωματικής άποψη, και οι συνδέσεις που δημιουργήθηκαν για να αποκτήσετε πρόσβαση στο γονίδιο κεντρική άποψη για τα συγκεκριμένα γονίδια (Σχήμα 1 Ε).

Gene Centric Προβολή.

Ένας εναλλακτικός τρόπος για να απεικονίσει τα δεδομένα μεθυλίωση είναι το γονίδιο-κεντρική άποψη που δείχνει τη μεθυλίωση heatmap επιλεγμένων συνόλων γονιδίων (Σχήμα 2).

Αυτή η ιστοσελίδα είναι σχεδιασμένη για την οπτικοποίηση και την ανάλυση των ένταση μεθυλίωση στο επίπεδο γονιδίου. Στη γραμμή εργαλείων, τέσσερα στρώματα του επιλογές είναι διαθέσιμες για να επιτρέψουν συγκεκριμένα σύνολα γονιδίων επιλογές. εντάσεις μεθυλίωση για περιοχές προαγωγού των γονιδίων (+/- 2 kb γύρω περιοχή TSS) προ-υπολογίζονται και δείχθηκε χρησιμοποιώντας μια κόκκινη Heatmap κλίση. Ένα λευκό /πράσινο κουτί στην πλευρά του συμβόλου γονιδίου δείχνει τις περιοχές υποκινητή της παρούσας συγκεκριμένου γονιδίου με ή χωρίς νησιού (ες) CpG. Κάνοντας κλικ στο σύμβολο του γονιδίου στην αριστερή πλευρά του πίνακα heatmap θα φέρει το χρήστη πίσω στην γονιδιωματική θεατή με επίκεντρο το επιλεγμένο γονίδιο, που επιτρέπει την οπτικοποίηση των προτύπων μεθυλίωσης λεπτομέρεια.

Η

Στην ιστοσελίδα αυτή, οι χρήστες μπορούν να πληκτρολογήστε ένα σύμβολο γονίδιο και να απεικονίσει την κατάσταση μεθυλίωσης του δεδομένου γονιδίου σε όλες δείγματα όγκων, μαζί με τα κορυφαία 40 πιο συσχετίζεται γονίδια με παρόμοια πρότυπα μεθυλίωσης υπολογίζονται Pearson συσχέτιση (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Εναλλακτικά, τέσσερα στρώματα επιλογές είναι διαθέσιμες για να επιτρέψουν τις επιλογές συγκεκριμένων βιολογικής λειτουργίας, το δίκτυο αλληλεπίδραση, και συσχετίστηκε σύνολα γονιδίου (Σχήμα 2). Υπάρχουν οκτώ τάξεις του δημοτικού των γονιδίων σετ (μερικά από αυτά μπορεί να περιλαμβάνουν υποσύνολα). Αυτά είναι προκαθορισμένα στο πρώτο στρώμα, συμπεριλαμβανομένων Συσχετίζεται γονίδια (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι), Χρωμοσωμικές, Gene Ontology, Διαταραχής σύνολα, βιολογικές οδούς, microRNAs, μεταγραφή παράγοντες, και τη γειτονιά γονίδιο του καρκίνου. Τα πρωτογενή ονόματα σετ γονιδίων και των πηγών τους παρατίθενται στον Πίνακα 1 [13] – [19]. κατάσταση μεθυλίωσης ενός επιλεγμένου συνόλου γονίδιο μπορεί να απεικονιστεί για όλους τους όγκους εντός CMS, ή οποιωνδήποτε τύπων όγκου επιλογής του χρήστη. Μεγάλα σύνολα γονιδίου μπορεί να επιβραδύνει το χρόνο απόδοση μεθυλίωση heatmap, έτσι είναι προτιμότερο να επιλέξετε μικρότερα σύνολα γονιδίων να ξεκινήσει η διαδικασία. Η επιλογή «Φίλτρο αναζήτησης» επιτρέπει στο χρήστη να βρείτε όλα τα σύνολα γονιδίων (εκτός από εκείνα που μεταξύ των «Συσχετισμένη Γονίδια»), τα οποία περιέχουν τις λέξεις στο πεδίο αναζήτησης.

Η

Στον πίνακα heatmap, τη μεθυλίωση εντάσεις προ-υπολογιστεί από το μέσο όρο η κανονικοποιημένη (γραμμική κανονικοποίηση, βλέπε Υλικά και Μέθοδοι) διαβάζει τον αριθμό εντός +/- 2-kb από μία θέση έναρξης της μεταγραφής (TSS) και αποθηκεύτηκαν στη βάση δεδομένων MySQL. Διαφορετικό από το γονιδιωματικό άποψη, το γονίδιο επίκεντρο θεατής έχει οργανωθεί ως εξής: Τα όγκου ή κανονικών δειγμάτων τοποθετούνται σε στήλες, και τα γονίδια είναι σειρές, παρόμοια με κοινή μορφή μικροσυστοιχίας. Η χρωματική κλίμακα heatmap του γονιδίου κεντρική άποψη είναι η ίδια με εκείνη των γονιδιωματικών άποψη. Οι περιοχές υποκινητή με ή χωρίς νησιού (ες) CpG σημειώνονται με ένα λευκό /πράσινο κουτί στο πλάι του συμβόλου του γονιδίου. Ο πίνακας θερμικός χάρτης δίνει τη δυνατότητα να απεικονίσει διαφορετικά /παρόμοια /ειδικά προφίλ μεθυλίωσης (Βλέπε ανακάλυψη με τη χρήση του τμήματος CMS) μεταξύ διαφορετικών τύπων όγκου, ή μεταξύ των γονιδίων μέσα σε παρόμοια βιολογικά σημαντικές κατηγορίες.

Κάνοντας κλικ στο σύμβολο του γονιδίου στην αριστερή πλευρά του πίνακα heatmap θα φέρει το χρήστη πίσω στο γονιδιακό θεατής επικεντρώνεται στο επιλεγμένο γονίδιο, επιτρέποντας την οπτικοποίηση των προτύπων μεθυλίωσης λεπτομέρεια στον προαγωγό, εξόνιο, ιντρόνιο και των γειτονικών περιοχών.

εισόδου και εξόδου

γονιδιωματικής άποψη, οι χρήστες που επιθυμούν να απεικονίσει και να αναλύσουν τα δικά τους δεδομένα μπορεί να επιτρέψει μια προσαρμοσμένη κομμάτι. Τα στοιχεία που υποβλήθηκαν από τους χρήστες είναι ιδιωτικές, συνεδρία-based (δεν αποθηκεύεται, μετά τη λήξη της συνεδρίασης), και όχι να προβληθούν από άλλους. Μία η άλλη πλευρά, για μια περιοχή ενδιαφέροντος (λιγότερο από 1 Mbp, εμφανίζεται στο κάτω δεξιά της ιστοσελίδας της γονιδιωματικής άποψη), οι χρήστες μπορούν να κατεβάσετε το διαβάζει τις πληροφορίες (σε μορφή ΚΡΕΒΑΤΙ) για περαιτέρω ανάλυση.

Κατά την άποψη του γονιδίου centric, θα παρέχεται επίσης μια επιλογή upload αρχείου για να επιτρέψει στους χρήστες να ανεβάζουν προσαρμοσμένες σειρές γονιδίων τους (μόνο επίσημα σύμβολα γονίδιο). Το σύνολο έθιμο γονίδιο θα εμφανίζονται ως «Εισαγωγή χρήστη» στο drop-down κουμπί του στρώματος Gene Set. Οι χρήστες μπορούν επίσης να κατεβάσετε την ένταση μεθυλίωση του τρέχοντος πίνακα heatmap κάνοντας κλικ στο κουμπί στην κάτω δεξιά γωνία της ιστοσελίδας.

Ενσωματωμένα στατιστικών μεθόδων

Η υπερμεθυλίωση των CpG νησίδες του υποκινητή του γονιδίου είναι μία από τις πιο συχνές μεταβολές που οδηγούν σε καρκίνο, και ένα σημαντικό επιγενετική μηχανισμό για γονιδιακή σίγηση. Για να καταστεί δυνατή η ανίχνευση των περιοχών διαφορική μεθυλίωση μεταξύ δύο ομάδων του δείγματος, η λειτουργία αναγνώρισης DMR ήταν ενσωματωμένη στο πλαίσιο. Στο CMS, μεμονωμένα κομμάτια methylome (συμπεριλαμβανομένων των χρηστών που αποστέλλονται custom-track) ή περιληπτική κομμάτια μπορεί να εκχωρηθεί σε μία από τις δύο ομάδες, που ορίζεται ως «θεραπεία» και «ελέγχου» (βλέπε απεικόνιση του τμήματος σύνολα δεδομένων μεθυλίωση). Ένας αλγόριθμος ανίχνευσης DMR, με βάση την

t-test

, δοκιμή Wilcoxon ή Pearson συσχέτιση μπορεί να επιλεγεί για να εκτιμηθεί η σημασία της διαφορικής μεθυλίωσης έως 1 μέγα ζεύγη βάσεων. Η περιγραφή του αλγορίθμου DMR παρέχεται στα Υλικά και Μέθοδοι.

Εκτός από τη λειτουργία DMR, μπορούμε επίσης να σχεδιαστεί περίληψη κομμάτια για να απεικονίσει τις κατά μέσο όρο εντάσεων μεθυλίωσης και να αποκαλύψει εγγενών χαρακτηριστικών της κάθε ομάδας όγκου. Τρεις τύποι περίληψη κομμάτια εμφανίζονται μαζί όπως φαίνεται στο Σχήμα 1 C, αυτά είναι: (α) Μέση κομμάτι, το οποίο παρέχει την κατάσταση μεθυλίωσης μέσος επί μιας συγκεκριμένης ομάδας δειγμάτων. Επί του παρόντος, οι συνοπτικές στατιστικές αξιολογούνται επί i) όλα τα δείγματα, ii) φυσιολογικά, όγκους και κυτταρικές γραμμές του μαστού, και iii) ενδομητρίου μη επαναλαμβανόμενες όγκους, επαναλαμβανόμενες όγκους, και η κανονική του ενδομητρίου? (Β) κομμάτι συχνότητα μεθυλίωσης (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Η μέση και τα κομμάτια συχνότητα παρέχουν τη διορατικότητα για το κατά πόσον η αλλαγή μεθυλίωση είναι από τα δείγματα πλειοψηφία ή μειοψηφία δείγματα με μεγάλη ένταση μεθυλίωση? (Γ) κομμάτι διαφορά, η οποία απεικονίζει διαφορική μεθυλίωση με μέση διαφορά /συχνότητας μεταξύ των ομάδων των δειγμάτων σε κάθε μέγεθος κάδο, όπως όγκου vs φυσιολογικό μέσο για καρκίνο του μαστού, και μη-επαναλαμβανόμενα /επαναλαμβανόμενες vs κανονική-συχνοτήτων για ενδομητρίου.

προφίλ

όγκου συγκεκριμένων μεθυλίωση

Οι μηχανισμοί ογκογένεσης είναι διαφορετικά μεταξύ τους καρκίνους, ως εκ τούτου, είναι σημαντικό να βρούμε τη γενετική /επιγενετικές διαφορές για περαιτέρω ανάλυση. Εδώ χρησιμοποιήσαμε το (ανθρώπινο ομοιοακολουθίας Β2) γονίδιο HOXB2, ένα μέλος της οικογένειας Antphomeobox που κωδικοποιεί μια πυρηνική πρωτεΐνη με ομοιοακολουθίας δέσμευσης DNA τομέα, και ένα γνωστό γονίδιο που σχετίζεται με την ανάπτυξη του όγκου και διεισδυτικότητα [20], [21] ως ένα παράδειγμα για το πώς CMS είναι σε θέση να προσδιορίσει όγκου συγκεκριμένα προφίλ μεθυλίωσης για καρκίνο του μαστού και του ενδομητρίου.

γονιδιωματικής άποψη, οι χρήστες μπορούν να πληκτρολογήσετε HOXB2 στο πλαίσιο πλοήγησης και επιλέξτε «Όλες οι όγκοι» στα ίχνη drop-down κουτί, στη συνέχεια, κάντε κλικ στο κουμπί «Ανανέωση Προβολή». Για μια καλύτερη εικόνα των προφίλ μεθυλίωσης, οι χρήστες μπορούν να κάντε κλικ στο «zoom in» κουμπί τέσσερις φορές. Σαφώς υπερμεθυλίωση βρέθηκε μεταξύ όγκων του μαστού και της κανονικής (Σχήμα 3Α), συμπεριλαμβανομένων τεσσάρων περιοχών (

ρ-τιμή

» Συνεχίζοντας με την προηγούμενη διαδικασία στο επίπεδο του γονιδιώματος άποψη, οι χρήστες μπορούν να κάνουν κλικ στο σύνδεσμο γονιδίου στο αριστερό κάτω μέρος για να πάρει την άποψη γονίδιο centric. Οι top 40 συσχετίζονται γονίδια HOXB2 φαίνεται στο Σχήμα 4. Οι περισσότεροι από αυτούς έχουν ένα παρόμοιο προφίλ μεθυλίωσης όπως HOXB2, η οποία υπερμεθυλίωση σε όγκους του μαστού (Σχήμα 4, μπλε κουτί παύλα), και είναι είτε μεθυλιωμένος ή εμφανίζει καμία διαφορά στην ενδομητρίου όγκων σε σύγκριση με φυσιολογικούς ιστούς (Σχήμα 4, πράσινο κουτί παύλα).

γονίδιο που με παρόμοιο προφίλ μεθυλίωσης HOXB2 βρέθηκαν από την επιλογή των «Συσχετισμένη γονίδιο» γονίδιο σύνολα στο γονίδιο κεντρική άποψη. Τα περισσότερα από τα γονίδια υπερμεθυλίωση σε όγκους του μαστού (μπλε κουτί παύλα), και χωρίς σημαντική διαφορά στην ενδομητρίου δείγματα (πράσινο κουτί παύλα).

Η

Στις 40 συσχετίζονται γονίδια, τρία από αυτά ανήκουν σε HOXB οικογένεια γονιδίων (HOXB2, HOXB4 και HOXB7), τρία γονίδια περιέχουν ομοπεδίου (DLX1, LHX4, και VAX2) και δύο από αυτούς ανήκουν στην οικογένεια γονιδίων HIST (HIST1H3I και HIST1H4L). Ένα παρόμοιο προφίλ μεθυλίωσης των γονιδίων εντός της ίδιας οικογένειας γονιδίων ορίζει τη συμφωνία μεθυλίωση, η οποία μπορεί να οδηγήσει σε συγχρονισμένη γονιδιακή σίγηση. Επιπλέον, οι χρήστες μπορούν επίσης να βρουν τα γονιδιωματικής γείτονες της HOXB2 επιλέγοντας σύνολο γονιδίων «Χρωμοσωμικές» σε ένα στρώμα, «chr17» στο στρώμα δύο, «q» χέρι στο στρώμα τρεις και «chr17q21» στο στρώμα τέσσερις. Αυτό cytoband καλύπτει 287 γονίδια, και φιλοξενεί το σύμπλεγμα γονιδίων HOXB συμπεριλαμβανομένων των τριών γονιδίων (HOXB2, HOXB4 και HOXB7) επικαλύπτονται με τις συσχετίζονται γονίδια 40 HOXB2. Παρατηρήστε ότι οι τρεις γονίδια είναι τόσο στο ίδιο γονίδιο οικογένεια και την ίδια γονιδιωματική θέση, που μπορεί να δείχνουν σημαντική βιολογική συμφωνία για αυτά τα γονίδια. Οι χρήστες μπορούν να βρουν τις τιμές που λείπουν για πολλά γονίδια σε σύνολα γονιδίων «Χρωμοσωμικές», λόγω της έλλειψης της μεταγραφής σχολιασμό στο NCBI ακολουθία αναφοράς απελευθέρωση (REFSEQ) που περιέχονται στο UCSC πρόγραμμα περιήγησης γονιδίωμα ή παρωχημένα σύμβολα γονιδίου. Το φαινόμενο αυτό συμβαίνει επίσης και για τις άλλες 7 κατηγορίες κατηγορίες.

διαφορικά μετουσιωμένο σύνολα γονιδίων μέσα σε ένα μονοπάτι

Για να εξεταστεί η συστημική αλλαγή της βιολογικής δραστηριότητας οδού ή λειτουργίες που σχετίζονται με HOXB2 ή άλλες οικογενειακές HOX γονίδια, εξετάσαμε τα εξής γονίδιο ρυθμίζει για να απεικονίσουν την λειτουργική ανακάλυψη χρησιμοποιώντας εργαλεία CMS. HOXB13, ένα μέλος της οικογένειας HOX κατοικεί στο σύμπλεγμα των HOXB2 και δείχνει ένα παρόμοιο μοτίβο μεθυλίωσης όπως HOXB2. HOXB13, είναι επίσης ένα μέλος της «ανδρογόνων διαμεσολαβείται οδού», όπως φαίνεται στο Σχήμα 5. Δείχνει ένα σαφές σχέδιο υπερμεθυλίωση ανάμεσα σε όγκους του μαστού, αλλά όχι τον καρκίνο του μαστού κυτταρικές σειρές και του ενδομητρίου. Συγκεκριμένα, το διακριτό πρότυπο υπερμεθυλίωση του BRCA1, SNURF, GMTM2, NROB1, CDK11B, LATS2, HRAS, MAPK3, RPS6KA3 και EGR1 οριοθετούν την κατάσταση μεθυλίωσης του συμπλέγματος των όγκων του μαστού (δεν κυτταρικές γραμμές), μαζί με HOXB13.

επελέγησαν Το σετ γονίδιο «ανδρογόνων διαμεσολαβείται Σηματοδοσίας» το οποίο περιέχει γονίδια σύμπλεγμα ΗΟΧ ως παράδειγμα. Πολλά γονίδια μέσα στο μπλε πλαίσιο παύλα υπερμεθυλίωση σε όγκους του μαστού σε σύγκριση με τους φυσιολογικούς ιστούς, ενώ άλλοι δεν δείχνουν σημαντική διαφορά. Για ενδομητρίου δείγματα, καμία σημαντική διαφορά βρίσκεται για οποιαδήποτε από το γονίδιο μεταξύ όγκων και φυσιολογικά.

Η

Επίσης, σε σύγκριση με τα προφίλ μεθυλίωσης για ανθεκτικά Tamoxifen γονίδια [22], και προσδιόρισε αρκετά γονίδια υπερμεθυλίωση σε όγκους του μαστού, όπως ACTA1, ISG15, PTK6 και SEPHS2 (Σχήμα 1Ε). Οι περισσότεροι από αυτούς δεν έδειξε σημαντική διαφορά στην ενδομητρίου δείγματα.

Οπτικοποίηση της μεθυλίωσης του DNA, μαζί με την τροποποίηση των ιστονών

δεδομένων

Μια βολική σύνδεση URL για να UCSC ανοίγει την τρέχουσα γενωμική περιοχή στο πρόγραμμα περιήγησης γονιδίωμα UCSC για τους χρήστες που επιθυμούν να δείτε άλλα γονιδιακά δεδομένα (κάτω δεξιά της γονιδιωματικής άποψη, σχήμα 1Δ). Εναλλακτικά, οι χρήστες μπορούν να επιλέξετε έως τέσσερα κομμάτια ένταση και να δείτε αυτά τα κομμάτια μαζί με άλλες προεπιλεγμένες διαδρομές στο πρόγραμμα περιήγησης UCSC γονιδίωμα.

Για παράδειγμα, το γονίδιο DLC1 αναφέρθηκε ότι έχουν αυξημένη μεθυλίωση του DNA στο χώρο της έναρξης της μεταγραφής (TSS ) την περιοχή, ενώ μειώθηκε η τροποποίηση των ιστονών στην H3K4me1, H3K4me3 και H3K27ac στην περιοχή TSS [4]. Οι χρήστες μπορούν να πληκτρολογήσετε DLC1 στη γονιδιωματική ιστοσελίδα προβολή και οπτικοποιούνται την περιοχή TSS (CHR8: 13,033,864-13,035,942) κάνοντας κλικ στο «zoom in» κουμπιά και «κίνηση». Μπορούμε να πάρουμε τη συνολική εντύπωση ότι οι όγκοι του μαστού υπερμεθυλίωση σε σχέση με φυσιολογικούς του μαστού, ενώ ενδομητρίου όγκων παρουσιάζουν καμία διαφορά σε σχέση με ενδομητρίου φυσιολογικά. Οι χρήστες μπορεί να πάρει 4 δείγματα τυχαία από τη σήμανση το πλαίσιο ελέγχου στη δεξιά πλευρά της ιστοσελίδας για τα δείγματα του μαστού (π.χ., brn80, brt22, brt69 και brt37), και στη συνέχεια κάντε κλικ στο «Κοίτα επιλεγμένες σειρές στο κουμπί περιήγησης UCSC γονιδίωμα» σε το κάτω δεξιά της ιστοσελίδας, για να ανοίξετε μια ιστοσελίδα UCSC. Για να συγκρίνετε με τα κομμάτια τροποποιήσεις των ιστονών, οι χρήστες πρέπει να επιλέξετε «πλήρη» για κάθε προσαρμοσμένη κομμάτι και τα κομμάτια Ευρεία ιστόνης. Τα κομμάτια τροποποίηση των ιστονών (Σχήμα 6) είναι σύμφωνα με προηγούμενη έκθεση [4] παρόλο που τα στοιχεία αυτά δεν μπορούν να προέρχονται από τον καρκίνο του μαστού. Προσαρμοσμένη κομμάτια (μεθυλίωση του DNA) των καρκίνων του μαστού έχουν αυξημένη μεθυλίωση (παρόμοιο με το προηγούμενο εύρημα) με εξαίρεση (το κομμάτι 3 rd, brt22), το οποίο δείχνει τον ασθενή συγκεκριμένα μοτίβα (Σχήμα 6Α). Δεν αποτελεί έκπληξη, δεν υπήρχε αυξημένη μεθυλίωση αποτελέσματα για ενδομητρίου δείγματα (Σχήμα 6Β).

Η περιοχή TSS του DLC1 χρησιμοποιείται ως παράδειγμα. 4 δείγματα επιλέχθηκαν τυχαία από τη σήμανση το πλαίσιο ελέγχου στη δεξιά πλευρά της ιστοσελίδας για τα δείγματα του μαστού (π.χ., brn80, brt22, brt69 και brt37). Η «πλήρης» επιλογή για κάθε έθιμο κομμάτι και τα κομμάτια Ευρεία ιστόνης επιλέχθηκε για τη σύγκριση της μεθυλίωσης του DNA και την τροποποίηση των ιστονών σήματα. Παρόμοια αποτελέσματα ελήφθησαν ως προηγούμενη έκθεση [4]. Μια εξαίρεση (το 3

κομμάτι rd, brt22) βρέθηκε οποία δείχνει ασθενή συγκεκριμένα μοτίβα (Α)? και δεν υπήρχε αυξημένη μεθυλίωση βρέθηκαν για ενδομητρίου δείγματα (Β).

Η

Συζήτηση

Στις μελέτες μας, HOXB2 χρησιμοποιήθηκε ως παράδειγμα για να μάθετε βιολογικά σημαντικών πληροφοριών με τη χρήση των CMS . Αυτό συμβαίνει επειδή HOXB2 βρέθηκε ως ρυθμιστής της ανάπτυξης του όγκου στον καρκίνο του μαστού [23]. Είναι ενδιαφέρον, βρήκαμε HOXB2 ήταν υπερμεθυλίωση σε ενδομητρίου κανονικούς ιστούς σε σύγκριση με ενδομητρίου όγκους (Σχήμα 3Β). Σε προηγούμενη μελέτη, HOXB2 αναφέρθηκε ότι είναι σημαντικό στην ενδομητρίου κανονικά κύτταρα [24]. Επιπλέον, HOXB2, HOXB4 και HOXB7 μαζί έδειξε το πλήκτρο λειτουργίας σε καρκίνους του πνεύμονα [25]. Στη μελέτη μας, εντοπίσαμε επίσης ότι αυτές οι 3 γονίδια που συσχετίζονται με τα προφίλ μεθυλίωσης τους. Αυτό θα μπορούσε να υποδηλώνει ότι αυτά τα τρία γονίδια λειτουργούν μαζί στο στήθος και ενδομητριακών καρκίνων. Επιπλέον, HOXB13 και BRCA1 είναι όλα από το «ανδρογόνων διαμεσολαβείται οδού» (Σχήμα 5), και όλα βρέθηκαν να υπερμεθυλίωση σε όγκους του μαστού από φυσιολογικούς ιστούς στη μελέτη μας. Αυτό είναι επίσης σύμφωνο με προηγούμενη έκθεση ότι HOXB13 δρα ως καταστολέας των ανδρογόνων σηματοδότησης των υποδοχέων στον καρκίνο του προστάτη, η οποία μπορεί να επηρεάσει BRCA1 (συμπαράγοντας που συνδέεται με AR) [26].

Υπήρξαν αρκετές επιγενετική ιστοσελίδες διαθέσιμες σε προηγούμενα δημοσιευθεί εκθέσεις. Ένα από τα πιο διάσημα είναι Οδικό Χάρτη Epigenomics Έργου (REP) (https://www.roadmapepigenomics.org/). Το έργο αυτό αποτελείται από μια ομάδα διάφορες βάσεις δεδομένων, τα εργαλεία του προγράμματος περιήγησης /οπτικοποίηση και εργαλείων βιοπληροφορικής. Οι χρήστες μπορούν είτε να δείτε πολλά είδη επιγενετικών σημάτων στον browser τους (π.χ. UCSC REP, https://www.epigenomebrowser.org/), ή να κατεβάσετε τα δεδομένα από ένα από τα αποθετήρια δεδομένων (http: //www.ncbi.nlm. nih.gov/epigenomics). Σε σύγκριση με το CMS, REP είναι πιο ολοκληρωμένη, τόσο ποικιλία των δεδομένων και των παράγωγων εργαλείων. Ωστόσο, CMS έχει σχεδιαστεί για να παρέχει κλινικά δείγματα όγκων, και έχουμε επιπλέον στατιστικές μεθόδους ειδικά για την ανάλυση του γονιδιώματος-ευρεία και τη σύγκριση αυτών των δειγμάτων (όπως η ανίχνευση DMR και συσχετίζονται γονίδια λειτουργία).

Συμπέρασμα

Σε αυτή τη μελέτη, προτείναμε CMS για την οπτικοποίηση και την ανάλυση των συνόλων δεδομένων μεθυλίωσης για τους καρκίνους. Ένας μεγάλος αριθμός των συνόλων δεδομένων συλλέχθηκαν και επεξεργασία στη βάση δεδομένων μας. Αρκετά στατιστικά εργαλεία ενταγμένες για την ανάλυση δεδομένων. Οπτικοποίηση αναπτύχθηκε μέσω ενός Java web-based interface. Χρήσιμα ανακαλύψεις έγιναν από την εκτεταμένη εφαρμογή αυτού του πλαισίου. Ένα μεγάλο σύνολο δεδομένων, μια ποικιλία εργαλείων και εκτεταμένη εφαρμογή με βιολογικά και μεταφραστική σημασία που κάνει αυτό το πλαίσιο ισχυρό και μοναδικό στην έρευνα για τον καρκίνο μεθυλίωση.

Υλικά και Μέθοδοι

ιστών δείγματα, κυτταρική γραμμή και MBDCap- επόμενα

δείγματα ιστού ελήφθησαν στο πλαίσιο των συνεχιζόμενων εργασιών μας την χαρακτηρίζουν μοριακές αλλαγές στην ενδομητρίου και του μαστού καρκίνωμα.

Οι κυτταρικές σειρές καρκίνου του μαστού ICBP γονιδιακό DNA απομονώθηκε από το QIAamp DNA Mini Kit ( Qiagen) ακολουθώντας το πρωτόκολλο του κατασκευαστή.