Abstract

Ο

EphB2

γονίδιο έχει ενοχοποιηθεί ως ογκοκατασταλτικό γονίδιο σωματικώς μεταβάλλεται τόσο καρκίνου του προστάτη (PC) και του παχέος εντέρου. Έχουμε δείξει στο παρελθόν σύνδεσης μεταξύ ενός

EphB2

παραλλαγή βλαστική ανοησία και τον κίνδυνο της οικογενούς καρκίνου του προστάτη μεταξύ των αφροαμερικάνων Ανδρών (AAM). Εδώ παραθέτουμε για να ελεγχθεί η υπόθεση ότι η κοινή παραλλαγή μέσα στο

EphB2

τόπος συνδέεται με αυξημένο κίνδυνο σποραδικές PC σε AAM. Εμείς γονότυπος ένα σύνολο 341 πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) που περιλαμβάνει το

EphB2

τόπου, συμπεριλαμβανομένων των γνωστών και νέες παραλλαγές κωδικοποίησης και μη κωδικεύουσας, το 490 AA σποραδικές περιπτώσεις PC και 567 μάρτυρες. Ενιαία δείκτης που βασίζεται λογιστική παλινδρόμηση αναλύσεις αποκάλυψαν επτά

EphB2

SNPs που δείχνουν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη σε πληθυσμό μας. Η πιο σημαντική συσχέτιση επιτεύχθηκε για ένα νέο συνώνυμο κωδικοποίησης SNP, ΓΤΕ-624, (Λόγος Αποδόσεις (OR) = 0,22? 95% Διάστημα Εμπιστοσύνης (CI) 0,08 – 0,66, p = 1 × 10

-5). Δύο άλλες SNPs επίσης δείχνουν σημαντικές συσχετίσεις προς μια προστατευτική επίδραση rs10465543 και rs12090415 (p = 1 × 10

-4), OR = 0,49 και 0,7, αντίστοιχα. Δύο επιπλέον SNPs αποκάλυψε τάσεις προς μια αύξηση του κινδύνου καρκίνου του προστάτη, rs4612601 και rs4263970 (p = 0,001), OR = 1,35 και 1,31, αντίστοιχα. Επιπλέον, η ανάλυση απλότυπος αποκάλυψε χαμηλά επίπεδα της ανισορροπίας σύνδεσης εντός της περιοχής, με δύο τετράγωνα που σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη μεταξύ του πληθυσμού μας. Αυτά τα δεδομένα υποδεικνύουν ότι η γενετική παραλλαγή σε το

EphB2

τόπος μπορεί να αυξήσει τον κίνδυνο σποραδικής PC μεταξύ AAM

Παράθεση:. Robbins CM, Hooker S, Kittles RA, Carpten JD (2011)

EphB2

SNPs και σποραδικές Καρκίνος του προστάτη του κινδύνου σε αφροαμερικάνων άνδρες. PLoS ONE 6 (5): e19494. doi: 10.1371 /journal.pone.0019494

Επιμέλεια: Jen-Τσαν Ashley Chi, το Πανεπιστήμιο Duke, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 2 Νοέμβρη του 2010? Αποδεκτές: 8 του Απρίλη 2011? Δημοσιεύθηκε: May 16, 2011

Copyright: © 2011 Robbins, et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Κέντρο για τη Μείωση του καρκίνου ανισότητες Υγείας Grant (R01CA122009) και το Υπουργείο άμυνας (DAMD W81XWH-07-1-0203). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του προστάτη (PC) παραμένει η πιο συνηθισμένη ανδρική συγκεκριμένη κακοήθεια διαγιγνώσκονται στις ΗΠΑ Μόνο το 2010 περίπου 217.730 νέες περιπτώσεις καρκίνου του προστάτη αντιπροσώπευαν το 28% των διαγνώσεων για τις δέκα κορυφαίες μορφές καρκίνου. Επιπλέον, εκτιμάται ότι περίπου 32.050 θάνατοι που αποδίδονται σε αυτή την ασθένεια κάθε χρόνο [1]. Πολλοί παράγοντες κινδύνου όπως η διατροφή, ο τρόπος ζωής, οι ορμόνες, η ηλικία, και τη φυλή ενοχοποιηθεί ότι συμβάλλουν στον κίνδυνο του καρκίνου του προστάτη? Ωστόσο, το οικογενειακό ιστορικό είναι το πιο σημαντικό και επαναλήψιμη παράγοντας κινδύνου είναι γνωστά, όπου οι άνδρες με δύο ή τρεις συγγενείς πρώτου βαθμού με καρκίνο του προστάτη είχαν πέντε και 11 φορές αυξημένο κίνδυνο ανάπτυξης καρκίνου του προστάτη, αντίστοιχα [2], [3].

είναι ευρέως γνωστό ότι η συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του προστάτη ποικίλλει ευρέως από τους προγόνους με African American Ανδρών (AAM) που έχει από τα υψηλότερα ποσοστά καρκίνου του προστάτη στον κόσμο. Ο ρυθμός 2002-2006 συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του προστάτη στις ΗΠΑ ανά 100.000 άνδρες ήταν 231,9 σε AAM έναντι 146,3 στο European American Ανδρών (ΕΑΜ) [1]. Αυτή η διαφορά φαίνεται ακόμη πιο δραστικά όταν κοιτάζοντας τα ποσοστά θανάτου μεταξύ αυτών των δύο ομάδων με AAM έχει μια μεγαλύτερη από δύο φορές υψηλότερη (56,3 ανά 100.000) προστάτη ποσοστό θανάτου από καρκίνο σε σύγκριση με το ΕΑΜ (23,6 ανά 100.000) κατά τη διάρκεια αυτής ίδιο χρονικό πλαίσιο [1]. Αν και είναι γενικά αποδεκτό ότι οι κοινωνικο-οικονομικοί παράγοντες είναι σημαντικοί οδηγοί της ανισότητας στον προστάτη συχνότητα εμφάνισης καρκίνου και τη θνησιμότητα, βιολογικοί παράγοντες μπορούν επίσης να διαδραματίσουν κάποιο ρόλο. Πρόσφατη απόδειξη υποστηρίζει ένα γενετικό συστατικό που συμβάλλει τουλάχιστον εν μέρει σε αυτήν την φυλετική διαφορά και επηρεάζουν την εξέλιξη της νόσου [4]. Αδιάσειστα στοιχεία δείχνουν ισχυρή γενετική συσχέτιση μεταξύ του κινδύνου καρκίνου του προστάτη και γενετικούς δείκτες στο 8q24, όπου πολλά από τα αλληλόμορφα κινδύνου έχει μικρή συχνότητες αλληλόμορφο που είναι υψηλότερα στους πληθυσμούς των πρόσφατων Δυτικής Αφρικής αξιοπρεπή, γεγονός που υποδηλώνει ένα ρόλο στην αυξημένη συχνότητα του καρκίνου του προστάτη σε AAM [ ,,,0],5], [6], [7], [8], [9], [10].

Επιπλέον, αρκετά γονίδια που εμπλέκονται ως γονίδια καταστολής του καρκίνου του προστάτη κληρονομική όγκου όπως

HPC /ELAC2 και RNASEL

έχουν συνδεθεί με αυξημένο κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του προστάτη στους αφροαμερικάνους [11], [12], [13], [14]. Για το σκοπό αυτό, η ομάδα μας εξέτασε τη σχέση μεταξύ σωματικώς τροποποιημένα γονίδια καταστολέα όγκου στον καρκίνο του προστάτη και του κινδύνου καρκίνου του προστάτη οικογενούς ανάμεσα στους Αφροαμερικανούς άνδρες. Η κινάση της τυροσίνης ΕΡΗΒ2 αναφέρθηκε για πρώτη φορά ως ο καρκίνος του προστάτη ογκοκατασταλτικό γονίδιο, που φέρουν σωματικές μεταλλάξεις σε όγκους του προστάτη [15]. Επιπλέον, σωματικές αλλαγές κατά τη

EphB2

locus έχουν αναφερθεί σε καρκίνο του παχέος εντέρου, καθώς και [16], [17], περαιτέρω υποστηρίζοντας ένα ρόλο για

EphB2

ως ένα σημαντικό γονίδιο καρκίνου. Επιπλέον, η βλαστική

EphB2

παραλλαγή ανοησίες (3055A & gt? Τ? K1019X). Συσχετιζόταν θετικά με τον κίνδυνο της οικογενούς καρκίνου του προστάτη σε αφροαμερικάνων άνδρες από οικογένειες υψηλού κινδύνου [18]

Παρά το γεγονός ότι ένα προηγούμενη μελέτη σύνδεσης του

EphB2

γονίδιο έχει επικεντρωθεί στην κωδικοποίηση παραλλαγών περιοχής σε οικογενείς περιπτώσεις καρκίνου του προστάτη, έχουμε θέσει για να καθοριστεί αν η γενετική παραλλαγή στο

EphB2

τόπος συνδέεται με κίνδυνο σποραδικές καρκίνου του προστάτη σε Αφροαμερικανούς. Εδώ αναφέρουμε τον προσδιορισμό του γονότυπου των 341 πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) που περιλαμβάνει το σύνολο του

EphB2

τόπο σε έναν πληθυσμό AAM συμπεριλαμβανομένων 490 σποραδικές περιπτώσεις και 567 μάρτυρες για να ψάξετε συσχέτιση μεταξύ της

EphB2

γονότυπους ή απλοτύπων και του κινδύνου καρκίνου του προστάτη σε πληθυσμό της μελέτης μας.

Αποτελέσματα

για να ελεγχθεί η συσχέτιση μεταξύ γενετική παραλλαγή στο

EphB2

τόπο και τον κίνδυνο του καρκίνου του προστάτη σποραδικές μεταξύ AAM , πραγματοποιήσαμε μια λεπτομερή υπόθεση /έλεγχος μελέτη υποψήφιο γονίδιο ένωση. Για να είναι ολοκληρωμένη, και όχι χρησιμοποιώντας μια ετικέτα SNP πλησίασε επιλέξαμε να γονότυπο όλα τα γνωστά SNPs που περιλαμβάνει το

EphB2

γονιδίων εντός του πληθυσμού μας. Εμείς επιλέξαμε 355 SNPs που είχε επιλεγεί για προσδιορισμό του γονότυπου από το Διεθνές HapMap Έργου, προκειμένου να αναπτύξουν τις δικές μας απλότυπος χάρτη του

EphB2

γονιδίου σε συγκεκριμένο πληθυσμό μας. Αυτοί οι SNPs συμπληρώθηκαν από ένα σύνολο 14

EphB2

κωδικοποίησης SNPs που ανακαλύφθηκε στο παρελθόν και αναφέρθηκε από την ομάδα μας [18]. Μετά την ανάπτυξη δοκιμασία καταλήξαμε με συνολικά 341 SNPs για ανάλυση, οι οποίοι γονότυπου στο δείγμα μας των 1.057 AAM συμπεριλαμβανομένων 490 σποραδικές περιπτώσεις και 567 μάρτυρες. Λεπτομέρειες του πληθυσμού του δείγματος μπορεί να βρεθεί στον Πίνακα 1. Για να ελαχιστοποιηθούν τα λάθη ενδεχομένως προκαλείται από επιμέρους κατασκευών πληθυσμού, έχουν όλα τα άτομα στο δείγμα μας έχουν γονότυπου με ένα ανεξάρτητο σύνολο 100 πρόσμιξη ενημερωτικό δείκτες (AIMS). Μια αρχική ανάλυση πραγματοποιήθηκε για τον εντοπισμό SNPs που ήταν έξω από Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE). Συνολικά 26 SNPs αναχώρησε από HWE (Πίνακας S1). Από τις υπόλοιπες 315 SNPs, 19 από αυτούς ήταν μονο-αλληλομόρφων στον πληθυσμό μας.

Η

Τα αναλυτικά αποτελέσματα της ανάλυσης σύνδεσης για όλες τις ενημερωτικές SNPs που παρουσιάζονται στον Πίνακα S2. Αυτά τα αποτελέσματα απεικονίζονται περαιτέρω στο Σχήμα 1. Μετά από διορθώσεις για γενετική καταγωγή και πολλαπλές δοκιμές, βρήκαμε στατιστικά σημαντικές συσχετίσεις για επτά SNPs στο πλαίσιο του

EphB2

γονίδιο, το οποίο παρέμεινε σημαντική μετά από πολλές δοκιμές (Πίνακας 2). Η πιο σημαντική συσχέτιση επιτεύχθηκε για ένα νέο συνώνυμο κωδικοποίησης SNP, ΓΤΕ-624, (Λόγος Αποδόσεις (OR) = 0,22? 95% Διάστημα Εμπιστοσύνης (CI) 0,08 – 0,66, p = 1 × 10

-5), η οποία φαίνεται να παρέχει ένα προστατευτικό αποτέλεσμα. Δύο άλλες SNPs δείχνουν σημαντικές συσχετίσεις προς μια προστατευτική επίδραση συμπεριλαμβανομένων rs10465543 και rs12090415 (p = 1 × 10

-4), OR = 0,49 και 0,7, αντίστοιχα. Δύο επιπλέον SNPs έδειξαν τάσεις προς μια αύξηση του κινδύνου καρκίνου του προστάτη, συμπεριλαμβανομένων rs4612601 και rs4263970 (p = 0,001), με OR = 1,35 και 1,31, αντίστοιχα.

Οικόπεδο περιλαμβάνει μια οθόνη της ανισορροπίας σύνδεσης (r

2) με βάση την HapMap Γιορούμπα (yor) τα δεδομένα και τις θέσεις των SNPs κατά μήκος του χρωμοσώματος 1. SNPs εμφανίζονται με γκρι χρώμα δεν ήταν σε HapMap. Τα ποσοστά ανασυνδυασμού απεικονίζεται από την μπλε γραμμή εντός του οικοπέδου. Ανάλυση P-τιμές Σύλλογος προσαρμόστηκαν ως προς την ηλικία και την παγκόσμια δυτικής αφρικανικής καταγωγής και οπτικοποιούνται με LocusZoom (https://csg.sph.umich.edu/locuszoom/).

Η

Επίσης, εξετάστηκαν η δυνατότητα του κατά πόσον αυτά τα επτά SNPs ήταν το καθένα ανεξάρτητους παράγοντες κινδύνου ή εάν οι ενώσεις ήταν εξαρτώνται από κάθε άλλη. Πραγματοποιήσαμε μια σταδιακή παλινδρόμηση χρησιμοποιώντας κάθε SNP ξεχωριστά ως αιτιώδης με ταυτόχρονο έλεγχο για τους άλλους. Κανένα από τα άλλα SNPs συνέβαλε στην ένωση όταν είτε rsTGEN-624 ή rs12090415 θεωρήθηκαν προγνωστικούς παράγοντες κινδύνου.

Πολύ μικρή εκτεταμένη σύνδεση disequlibrium (LD) παρατηρήθηκε σε όλη την

EphB2

γονίδιο (Σχήμα 1). Αντ ‘αυτού παρατηρήσαμε 38 μικρά μπλοκ απλότυπος (μεγαλύτερη εκτείνονται σε περίπου 20 kb). Αυτό είναι σύμφωνο με τα ευρήματα που οι πληθυσμοί των τελευταίων αφρικανικής καταγωγής Δυτικής έχουν λιγότερο LD και μικρότερες δομές μπλοκ (32). αναλύσεις σύνδεσης απλότυπος ήταν σύμφωνες με τις αναλύσεις και μόνο μας SNP. Μόνο τρεις από τους SNPs που εξετάστηκαν ήταν εντός καθορισμένων μπλοκ απλότυπος (rs1318720, rs4612601, και rs10465531). μπλοκ απλότυπος 6, έχει επισημανθεί από rs138720 SNPs και rs4612601, και μπλοκ απλότυπος 18, ετικέτα από SNPs rs12074138 και rs10465531, ήταν σημαντικά σχετίζεται με τον καρκίνο του προστάτη (Πίνακας 3).

Η

Συζήτηση

Η

EphB2

γονίδιο κωδικοποιεί την κινάση της τυροσίνης ΕΡΗΒ2 υποδοχέα και προηγουμένως εντοπιστεί από την ομάδα μας ως ογκοκατασταλτικό γονίδιο στον καρκίνο του προστάτη [15]. Μια ανεξάρτητη μελέτη εξετάζοντας 72 εξεταζομένων από τις αφρικανικές οικογένειες καρκίνο αμερικανική κληρονομική προστάτη εντοπίστηκαν 10 παραλλαγές σειράς στο

EphB2

γονίδιο [18]. Αυτό περιελάμβανε μια κοινή ανοησία μετάλλαξη K1019X που έδειξαν μια σύνδεση με PC σε άνδρες ΑΑ που είχαν οικογενειακό ιστορικό PC, ακόμη και μετά την προσαρμογή για πρόσμιξη. Ωστόσο, η συσχέτιση αυτή δεν παρατηρήθηκε σε ΑΑ σποραδικές περιπτώσεις με τον υπολογιστή [18].

Εδώ, αναλάβαμε μια μελέτη για να καθοριστεί αν η γενετική παραλλαγή στο

EphB2

τόπος συνδέεται με κίνδυνο σποραδικές προστάτη καρκίνο ανάμεσα στους Αφροαμερικανούς άνδρες. Δεν με μόνιμη, ολοκληρωμένη μας ανάλυση του

EphB2

τόπο περαιτέρω υποστηρίζει τη σημασία του

EphB2

γονίδιο ως ένα υποθετικό ογκοκατασταλτικό γονίδιο εμπλέκεται στη νόσο αιτιολογία του καρκίνου του προστάτη και ότι τόσο συχνές και σπάνιες

EphB2

παραλλαγών που ενδέχεται να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στην αύξηση του κινδύνου της νόσου των σποραδικό καρκίνο του προστάτη σε AAM. Το παρελθόν εντοπιστεί νέο συνώνυμο κωδικοποίησης SNP ΓΤΕ-624 δεν έδειξαν καμία συσχέτιση του αυξημένου κινδύνου σε ΑΑ άνδρες με οικογενειακό ιστορικό PC, ωστόσο, εδώ δείχνουμε ότι σε ΑΑ άνδρες με σποραδική νόσο υπάρχει στατιστικά σημαντική συσχέτιση με τον κίνδυνο. Αυτό υποστηρίζει περαιτέρω τη σημασία του

EphB2

γονίδιο δεν είναι μόνο AAM με οικογενή PC αλλά και σε AAM με σποραδικές PC, αν και περαιτέρω επικύρωση σε άλλα σύνολα δεδομένων είναι απαραίτητη για την πλήρη υποστήριξη του συλλόγου μας.

ενώ είμαστε ενθαρρύνεται από τη συνοχή μεταξύ της τρέχουσας και των προηγούμενων αποτελεσμάτων μας, μπορούμε να σημειωθεί ότι η μελέτη μας είναι περιορισμένη. Πρώτον, οι υπολογισμοί ισχύος χρησιμοποιήθηκαν για να ορίσετε το μέγεθος του πληθυσμού της μελέτης μας, και μέτριο μέγεθος του δείγματος μας είναι αρκετή για να ανιχνεύσει μέτριες έως μεγάλες επιδράσεις (Ή & gt? 1.5). Ωστόσο, θα πρέπει να περιορίζεται για την ανίχνευση τόπους με μικρότερες επιπτώσεις (1.2-1.4). Επιπλέον, αν και ο γονότυπος ένα σχετικά πυκνό σύνολο των γνωστών SNPs (~ 1 SNP ανά 700 bp), είναι πιθανό ότι οι πρόσθετες μυθιστόρημα «ιδιωτική» SNPs με σημαντικές επιπτώσεις μπορεί να έχουν χαθεί μέσα στο

EphB2

θέση, υποστηρίζοντας πιθανή μελέτη σύνδεσης σχέδια που βασίζονται σε ολόκληρο το γονιδίωμα ή υποψήφια περιοχή αλληλουχίας για να συλλάβει το πλήρες ποσό της γενετικής ποικιλότητας εντός ενός δεδομένου πληθυσμού της μελέτης.

κατέλαβε μεγάλο μέρος της μεταβολής κατά μήκος του

EphB2

γονιδίων και παρατηρήθηκε πολλά μικρά μπλοκ απλότυπος σε όλη την γονιδίου, γεγονός που υποδηλώνει ότι η ανακάλυψη των γενετικών ενώσεων σε πληθυσμούς των πρόσφατων δυτικής αφρικανικής καταγωγής θα πρέπει να βασίζεται σε χάρτες απλότυπος υψηλή ανάλυση βασίζεται σε αφρικανικούς πληθυσμούς. Ως εκ τούτου, μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία χρήση τεχνολογιών πίνακα που βασίζονται στην Ευρωπαϊκή SNPs απλότυπος-tagging ή ακόμη και εκείνοι με ένα εκατομμύριο ομοιόμορφα κατανεμημένες SNPs (ένα SNP ανά 3 χιλιάδες βάσεις) δεν μπορεί να συλλάβει το ποσό των γενετικών πληροφοριών που απαιτούνται για την ανίχνευση ενώσεων σε γονίδια όπως όπως

EphB2

σε πληθυσμούς των πρόσφατων δυτικής αφρικανικής καταγωγής, όπως η δική μας. Αισθανόμαστε η μελέτη αυτή θέτει τις βάσεις για μια νέα εποχή στις μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία σε πληθυσμούς των πρόσφατων δυτικής αφρικανικής καταγωγής, όπου οι ενώσεις μπορεί να ανιχνευθεί μόνο μέσω γενετικών χαρτών εξαιρετικά υψηλής ανάλυσης.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Όλα τα δείγματα είχαν αρχικά συλλεχθεί για ερευνητικούς σκοπούς στο πλαίσιο Πανεπιστήμιο Χάουαρντ IRB-εγκεκριμένο πρωτόκολλο. Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλα τα υποκείμενα για την παρούσα μελέτη Πανεπιστήμιο Χάουαρντ. Αυτά τα δείγματα στη συνέχεια αναλύθηκαν στο Μεταγραφική Genomics Research Institute κάτω από ένα πρωτόκολλο που εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο κριτική Δυτική Θεσμική (WIRB). Καθώς τα δείγματα έχουν ήδη συλλεχθεί για τη μελέτη του Πανεπιστημίου Χάουαρντ, μια παραίτηση από τη συγκατάθεση χορηγήθηκε από WIRB για τη χρήση των δειγμάτων σε αυτό το πρωτόκολλο, χωρίς πρόσθετη συγκατάθεση από τους συμμετέχοντες της μελέτης.

αφροαμερικάνων σποραδικά κρούσματα καρκίνου του προστάτη και των ελέγχων

μη συνδεδεμένοι άνδρες (Ν = 1.057) αυτο-περιγράφεται ως προσλήφθηκαν αφροαμερικάνων μεταξύ των ετών 2001 και 2005 από το Τμήμα Ουρολογίας στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Χάουαρντ (huh) στην Ουάσιγκτον, DC. περιπτώσεις περιστατικό καρκίνου του προστάτη (Ν = 490) εντοπίστηκαν από ουρολόγους εντός του συντονιστή διαίρεση ή μελέτη και επιβεβαιώθηκε με επανεξέταση των ιατρικών αρχείων. άτομα ελέγχου (Ν = 567) που δεν σχετίζονται με τις υποθέσεις και να συνδυαστούν για την ηλικία (± 5 έτη) και διαπιστώθηκε από τον πληθυσμό έλεγχο του υπολογιστή του Τμήματος Ουρολογίας στο huh. Τα άτομα που είχαν διαγνωστεί ποτέ με καλοήθη υπερπλασία του προστάτη (ΚΥΠ) και /ή είχαν υποβληθεί σε δοκιμασία ειδικό αντιγόνο αυξημένα προστάτη (& gt? 2,5 ng /ml) ή είχαν μια ανώμαλη δακτυλική εξέταση (DRE) δεν συμπεριελήφθησαν ως δείγματα αναφοράς. Το ποσοστό ανταπόκρισης μεταξύ των αφροαμερικάνων περιπτώσεις ήταν 90% και το ποσοστό ανταπόκρισης των αφροαμερικάνων ελέγχου ήταν 85%. Τα δημογραφικά χαρακτηριστικά των συμμετεχόντων στο πρόγραμμα προσυμπτωματικού ελέγχου ήταν παρόμοια με τον πληθυσμό των ασθενών παρατηρήθηκε στο Τμήμα Ουρολογίας κλινικές (Πίνακας 1). Πρόσληψη των περιπτώσεων καρκίνου του προστάτη και των ελέγχων σημειώθηκαν ταυτόχρονα και ήταν μη επιλεγμένους σε σχέση με το οικογενειακό ιστορικό. Όλοι οι συμμετέχοντες ήταν μεταξύ 40 και 85 ετών. Κλινικά χαρακτηριστικά συμπεριλαμβανομένων Gleason βαθμό, PSA, την ηλικία κατά τη διάγνωση και το οικογενειακό ιστορικό λήφθηκαν για όλες τις περιπτώσεις από ιατρικά αρχεία. επιθετικότητα της νόσου ορίστηκε ως «Low» (Gleason ποιότητας & lt? 8). ή «High» (Gleason βαθμού ≥8)

πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου (SNP) του γονότυπου

Στην παρούσα μελέτη επιλέξαμε όλα τα SNPs (n = 355) που περιλαμβάνει το σύνολο του

EphB2

γονιδιακού τόπου μεταξύ της κατασκευής 36, θέσεις hg18 της CHR1: 22904000 – 23119000 που γονότυπου από το Διεθνές HapMap (έκδοση 2) ​​[19]. Ένα επιπλέον 14 SNPs περιελήφθησαν που είχαν αναφερθεί στο παρελθόν από την ομάδα μας [18]. Αυτό το σύνολο των 369 SNPs υποβλήθηκε για Illumina GoldenGate πισίνα δοκιμασία ολιγο (OPA) σχεδιασμό, όπου αφαιρέθηκαν διπλούν SNPs και εκείνων που θα επηρεάσει ενδεχομένως αρνητικά την απόδοση της ανάλυσης. Ένα σύνολο 28 SNPs απέτυχε σχεδιασμό δοκιμασία, αφήνοντας μας με 341 SNPs για προσδιορισμό του γονότυπου στη μελέτη μας (Πίνακας S1). Γονιδιωματικό DNA ελήφθη από απομονωμένα λεμφοκύτταρα χρησιμοποιώντας κυτταρική λύση, πρωτεϊνάση Κ-θεραπεία, καταβύθιση πρωτεΐνης και καταβύθιση του DNA. αποθέματα DNA αραιώθηκαν σε 10 ng /ul και γονοτυπική πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία προσδιορισμού του γονότυπου Illumina GoldenGate σύμφωνα με τις υποδείξεις του κατασκευαστή (Illumina Inc., San Diego, CA). κλήσεις γονότυπο έγιναν με BeadStudio 3 λογισμικό (Illumina Inc., San Diego, CA). SNPs εξαιρέθηκαν από την ανάλυση αν η Βαθμολογία GenTrain ήταν & lt? 0,4 και το ποσοστό κλήσεων ήταν & lt? 0,95. Χρησιμοποιήσαμε ένα Hardy-Weinberg ισορροπία αποκοπής του ρ & lt? 0,0001 λόγω της αυξημένης ανισορροπίας ανάμιξη στον πληθυσμό ΑΑ και να λάβει υπόψη πολλαπλά δοκιμών. Είκοσι έξι (26) SNPs αναχώρησε σημαντικά από HWE στην αφρικανική-αμερικανική δείγματα μας.

Η εκτίμηση γενετική καταγωγή

Τα γονιδιώματα του αναμεμιγμένου πληθυσμών όπως οι Αφροαμερικανοί αποτελείται από διαφορετικές γενετικές τμημάτων που προκύπτουν από διαφορετικά «γονική» πληθυσμούς (π.χ. Δυτική Αφρικανών και Ευρωπαίων). γενετικές μελέτες σύνδεσης σε αναμεμιγμένη πληθυσμοί μπορεί να συγχέεται με πληθυσμό διαστρωμάτωση στο οποίο προκύπτουν λόγω των διαφορών καταγωγής σε περιπτώσεις και τους ελέγχους ψευδώς θετικές συσχετίσεις της νόσου. Με σκοπό τον έλεγχο των εν λόγω σύγχυσης, της Δυτικής Αφρικής καταγωγή εκτιμήθηκε σε περιπτώσεις και τους ελέγχους, χρησιμοποιώντας γενετικές παραλλαγές που ονομάζεται καταγωγή ενημερωτικό δείκτες (AIMS). Στόχοι είναι δείκτες που επιλέγονται με βάση τις διαφορές συχνότητά τους μεταξύ των πληθυσμών από διαφορετικές γεωγραφικές περιοχές. Στην παρούσα μελέτη, «παγκόσμια» ατομική καταγωγή προσδιορίστηκε για κάθε άτομο που χρησιμοποιεί 100 ΣΤΟΧΟΙ επιλέγονται από τις περιοχές σε όλη την ολόκληρο το γονιδίωμα να εκτιμηθεί Ευρώπης και της Δυτικής Αφρικής καταγωγή [20]. Χρησιμοποιώντας αυτούς τους στόχους, η παγκόσμια ατομική καταγωγή (% της Δυτικής Αφρικής και της Ευρωπαϊκής%) υπολογίστηκε από τα δεδομένα γονότυπο χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Monte Carlo Bayesian Markov Chain (MCMC) υλοποιείται στη δομή του προγράμματος 2.1 [21]. ΔΟΜΗ 2.1 εκτελέστηκε σύμφωνα με το μοντέλο πρόσμιξη χρησιμοποιώντας την προηγούμενη ενημέρωση του πληθυσμού και ανεξάρτητες συχνότητες αλληλόμορφο. Το μοντέλο MCMC διεξήχθη χρησιμοποιώντας Κ = 2 πληθυσμούς (58 Ευρωπαίοι και 62 Δυτικής Αφρικής) και ένα έγκαυμα-σε μήκος 30.000 επαναλήψεων ακολουθείται από 70.000 επαναλήψεις. Αυτά καταγωγή εκτιμήσεις χρησιμοποιήθηκαν ως συμπαράγοντες στα μοντέλα παλινδρόμησης.

Δομημένη Αναλύσεις Συλλόγου

Δοκιμάσαμε 315

EphB2

SNPs για σύνδεση με τον υπολογιστή του πληθυσμού μας, των Αφροαμερικανών. Υπολογίσαμε τις πιθανότητες αναλογίες και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης εκτελώντας όρους λογιστικής παλινδρόμησης υποθέτοντας μια αθροιστική επίδραση (σε λογαριθμική κλίμακα) της δόσης αλληλόμορφο. Εμείς ελέγχονται για μεμονωμένες πρόσμιξη με τη συμπερίληψη της Δυτικής Αφρικής εκτιμήσεις καταγωγή ως συμμεταβλητή στο μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης. Επιπλέον, τα γενετικά αποτελέσματα προσαρμόστηκαν ως προς την ηλικία (τη στιγμή της διάγνωσης για υποκείμενα υπόθεση και κατά τη στιγμή της διαπίστωσης για ελέγχους). Ενώσεις με βαθμό (Gleason σκορ ≤7 έναντι ≥8) εξετάστηκαν επίσης από λογιστικής παλινδρόμησης σε περίπτωση μόνο για αναλύσεις.

Εμπειρικές ρ-τιμές, οι οποίες διορθώθηκαν για πολλαπλές δοκιμές που δημιουργούνται από 100.000 μεταθέσεις των τιμών γνώρισμα σε το δείγμα με τη χρήση της διαδικασίας Max (Τ). Όλες οι αναλύσεις έγιναν με τη χρήση των προγραμμάτων SNPGWA Έκδοση 4.0 (https://www.phs.wfubmc.edu/public/bios/gene/downloads.cfm) και plink [22]. ένωση απλότυπου αναλύσεις διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας Haploview [23]. Κλινικά χαρακτηριστικά συγκρίθηκαν μεταξύ περιπτώσεων και ελέγχων από τη φυλή. Δύο όψεων t-tests χρησιμοποιήθηκαν για να συγκριθούν συνεχείς μεταβλητές συμπεριλαμβανομένων εκτιμήσεων ηλικία και καταγωγή. Pearson chi-square τεστ ανεξαρτησίας χρησιμοποιήθηκαν για να συγκρίνουν τις κατηγορικές μεταβλητές.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

Hardy-Weinberg ισορροπία P-τιμές για 341

EphB2

SNPs

doi:. 10.1371 /journal.pone.0019494.s001

(XLS)

Πίνακας S2. Αποτελέσματα αναζήτησης από απλή παραλλαγή του προστάτη Ανάλυση Αντικαρκινικό Σύνδεσμο για 315

EphB2

SNPs

doi:. 10.1371 /journal.pone.0019494.s002

(XLS)

Ευχαριστίες

Οι συγγραφείς θα ήθελαν να ευχαριστήσω τους συμμετέχοντες στη μελέτη για τη συμμετοχή τους σε αυτή την έρευνα.