Αφηρημένο

Ένα μυθιστόρημα chemocentric προσέγγιση για τον εντοπισμό του καρκίνου-σχετικούς στόχους εισάγεται. Ξεκινώντας με μια μεγάλη χημική συλλογή, η στρατηγική χρησιμοποιεί η λίστα των μικρού μορίου χτυπά που προκύπτουν από την προβολή απόκλιση κυτταροτοξικότητα σε HCT116 όγκου και φυσιολογικών κυτταρικών σειρών MRC-5 για την ταυτοποίηση πρωτεϊνών που σχετίζονται με τον καρκίνο βγαίνει από μια profiling απόκλιση εικονικό στόχο των πιο επιλεκτικές ενώσεις ανιχνεύεται στις δύο κυτταρικές σειρές. Έχει αποδειχθεί ότι αυτό το έξυπνο συνδυασμό των διαφορικών

in vitro

και

in silico

προβολές (DIVISS) είναι ικανή να ανιχνεύσει μια λίστα των πρωτεϊνών που έχουν ήδη αποδεχθεί τους στόχους φάρμακο για τον καρκίνο, ενώ συμπληρώνει με επιπλέον πρωτεΐνες που, στοχευμένη επιλεκτικά ή σε συνδυασμό με άλλους, μπορεί να οδηγήσει σε συνεργιστική οφέλη για θεραπευτικά του καρκίνου. Η πλήρης λίστα των 115 πρωτεΐνες αναγνωρίζονται ως να χτυπηθεί με μοναδικό τρόπο από ενώσεις που εμφανίζουν εκλεκτική αντιπολλαπλασιαστική αποτελέσματα για κυτταρικές σειρές όγκων παρέχεται

Παράθεση:. Flachner Β, Lorincz Ζ, Carotti Α, Nicolotti O, Kuchipudi P, Remez Ν, et al. (2012) Μια Chemocentric προσέγγιση για τον προσδιορισμό της Πολεμά τον Καρκίνο. PLoS ONE 7 (4): e35582. doi: 10.1371 /journal.pone.0035582

Συντάκτης: Steve Horvath, του Πανεπιστημίου της Καλιφόρνια στο Λος Άντζελες, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 15 του Ιουλίου του 2011? Αποδεκτές: 19 Μαρτίου του 2012? Δημοσιεύθηκε: 25 Απριλίου 2012 |

Copyright: © 2012 Flachner et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση από την Κομισιόν (CancerGrid, FP-6 LCHC-CT-2006 – 037559), https://ec.europa.eu/research/fp6/index_en.cfm. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν διαβάσει την πολιτική του περιοδικού και έχουν τα ακόλουθα συγκρούσεις: Beáta Flachner, Zsolt Lorincz, Sándor Τσε και György Dorman είναι πλήρους απασχόλησης πληρώνονται οι εργαζόμενοι της TargetEx, Dunakeszi, Ουγγαρία, και Miklós J. Szabó και Béla Bertók είναι πλήρους απασχόλησης εργαζόμενοι της Amri Ουγγαρία Zrt., Βουδαπέστη, Ουγγαρία. Jordi Mestres είναι Πρόεδρος της Chemotargets SL. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Ο καρκίνος είναι μια ασθένεια του κυττάρου [1]. Αυτή η μάλλον απλή δήλωση συνεπάγεται τεράστια πολυπλοκότητα κατά την προσπάθεια για τον εντοπισμό αποτελεσματικών αντικαρκινικών παραγόντων. Ένα από τα σημαντικότερα ζητήματα που σχετίζονται με αντικαρκινική έρευνα είναι ότι οι παραδοσιακές στρατηγικές στόχο-κατευθυνόμενη αντιμέτωποι με την ουσιαστικότητα της λειτουργία του στόχου σε υγιή κύτταρα. Αναπόφευκτα, που στοχεύουν πρωτεΐνες που έχουν βασικές λειτουργίες είναι πιθανό να οδηγήσει σε χημικές οντότητες με στενό θεραπευτικό παράθυρα και σημαντικές τοξικές [2] αποτελέσματα. Μια επιπλέον πρόκληση είναι η ασταθής επιγενετική και η γενετική κατάσταση των καρκινικών κυττάρων, που υποβάλλονται σε πολλαπλές μεταλλάξεις, γονιδιακή αντίγραφο αλλαγές και χρωμοσωμικές ανωμαλίες που έχουν άμεσο αντίκτυπο στην αποτελεσματικότητα των αντικαρκινικών παραγόντων σε διαφορετικά στάδια της [3] της νόσου. Όλες αυτές οι πτυχές κάνουν τον καρκίνο ανακάλυψη φαρμάκων εξαιρετικά δύσκολη και έχουν οδηγήσει σε χαμηλά ποσοστά επιτυχίας κλινική έγκριση σε σύγκριση με άλλες θεραπευτικές περιοχές [2].

Η έλευση των δοκιμασιών κυτταροτοξικότητας υψηλής απόδοσης που βασίζεται σε κύτταρα ανοίγει νέες προοπτικές για την αντικαρκινική ανακάλυψη [4]. Η εφαρμογή των διαφορικών οθόνες κυτταροτοξικότητα σηματοδότησε την αποχώρηση από μικρές οθόνες μόριο σε προκαταλήψεις οι ατομικοί στόχοι των πρωτεϊνών και επέτρεψε την ταυτοποίηση των μικρών μορίων δυνητικά ενεργώντας μέσω πλούτο των μηχανισμών δράσης [5], ενώ δείχνει ταυτόχρονα επιλεκτική αντι-πολλαπλασιαστική δράση σε καρκινικά κύτταρα σε σύγκριση με τα υγιή κύτταρα [6]. Ωστόσο, όπως επισημάνθηκε πρόσφατα [1], για τα εν λόγω στρατηγικές με βάση κύτταρα να έχουν μια πραγματική επίδραση στον καρκίνο ανακάλυψη φαρμάκων, σημαίνει να αποκαλύψει το προφίλ στόχο βιοδραστικών μορίων σε μικρά αντιπολλαπλασιαστική ή τοξικότητα δοκιμασίες είναι απολύτως απαραίτητο. Από την άποψη αυτή, η εκτεταμένη πρωτεομική προφίλ εφαρμόζεται συχνά στη συνέχεια να προσδιορίσει διαφορικά εκφρασμένων πρωτεϊνών σε καρκινικές κυτταρικές γραμμές που μπορεί να εξηγήσει την βιολογική επίδραση των μικρών χτυπημάτων μορίου [7], [8]. Ωστόσο, το προφίλ των κυτταρικών δραστηριοτήτων των μοριακών βιβλιοθηκών είναι τεχνικά και εφοδιαστικά μια επίπονη εργασία [9] και, κατά συνέπεια, εναλλακτικές προσεγγίσεις για τη γρήγορη και αποτελεσματική προφίλ εκατοντάδων ενώσεων σε χιλιάδες πρωτεΐνες που απαιτούνται.

Τα τελευταία χρόνια , η διαθεσιμότητα ενός αυξανόμενου ποσότητα των δεδομένων αλληλεπίδρασης πρωτεΐνης-συνδέτη στο δημόσιο τομέα έχει προωθήσει την ανάπτυξη των υπολογιστικών μεθόδων συνδέτη που βασίζονται αποσκοπούν στην πρόβλεψη του προφίλ συγγένεια μικρών μορίων σε πολλαπλές στόχων [10]. Μια πρώιμη εφαρμογή αυτών των πρωτοβουλιών ήταν η πρόβλεψη της βιολογικής φάσμα δραστηριοτήτων όλων των μικρών μορίων που περιέχονται στη βάση δεδομένων του Εθνικού Ινστιτούτου Καρκίνου [11]. Τον τελευταίο καιρό, η εικονική προφίλ στόχος χρησιμοποιήθηκε με επιτυχία για τον εντοπισμό νέων στόχων για γνωστά φάρμακα [12], για την πρόβλεψη του μηχανισμού δράσης των ανθελονοσιακών ανακαλύφθηκε σε μια οθόνη που βασίζεται σε κύτταρα υψηλής απόδοσης [13], και να προτείνει τις στόχους βάσει των οποίων επιλεγμένες ενώσεις από μία χημική βιβλιοθήκη θα πρέπει να ελέγχεται, οδηγώντας στην ταυτοποίηση νέων ανταγωνιστών για όλα τα τέσσερα μέλη της οικογένειας υποδοχέων αδενοσίνης [14]. Λαμβάνοντας υπόψη τα τρέχοντα επίπεδα επιδόσεις που επιτεύχθηκαν, όσον αφορά την ευαισθησία και την ειδικότητα, κατά πειραματικά καθορίζεται πλήρη πίνακες αλληλεπίδρασης συνδέτη-πρωτεΐνη [15], οι μέθοδοι αυτές αναδύεται ως μια πραγματική γρήγορη και αποτελεσματική εναλλακτική λύση για την πιο επίπονη πρωτεομική προφίλ.

Η ενσωμάτωση των διαφορικών ελέγχου κυτταροτοξικότητα και εικονικά προφίλ στόχος για τον εντοπισμό του καρκίνου-σχετικών στόχων τέθηκε σε εφαρμογή στο πλαίσιο της CancerGrid, ένα έργο της Ευρωπαϊκής Επιτροπής στο πλαίσιο του προγράμματος πλαισίου 6 [16]. Λεπτομέρειες σχετικά με την προσέγγιση που ακολουθήθηκε και τα αποτελέσματα που επιτεύχθηκαν συζητήθηκαν στις ακόλουθες ενότητες.

Αποτελέσματα

Για λόγους σαφήνειας, περίληψη σύστημα της συνολικής διαφοράς

in vitro

και

in silico

διαλογή (DIVISS) διαδικασία που ακολουθείται σε αυτό το έργο απεικονίζεται στο Σχήμα 1. Ξεκινώντας με μια χημική συλλογή 30.000 ενώσεων, διαλογή απόκλιση κυτταροτοξικότητα είχε ως αποτέλεσμα την ταυτοποίηση δύο σειρές μικρού μορίου επισκέψεις δείχνουν επιλεκτική αντι-πολλαπλασιαστική εφέ για καρκινικά και υγιή κύτταρα, αντίστοιχα, οι οποίες με εικονικό προφίλ στόχος οδήγησε τελικά στην ταυτοποίηση ενός καταλόγου 115 πρωτεϊνών δυνητική σημασία σε καρκίνο. Οι λεπτομέρειες των αποτελεσμάτων που προέκυψαν σε κάθε στάδιο αυτής της νέας chemocentric προσέγγιση για την ταυτοποίηση στόχο τον καρκίνο του παρέχεται το επόμενο.

Η

υψηλής απόδοσης διαλογή κυτταροτοξικότητα

Μια εκστρατεία ελέγχου κυτταροτοξικότητα κυττάρων-based διεξήχθη σε μια χημική συλλογή αποτελείται από 30.000 διαφορετικές μόρια που επιλέγονται κυρίως από ολόκληρο κατάλογο Amri [17]. Ενιαίο έλεγχο σημείο αυτών των ενώσεων σε 50 μΜ συγκέντρωση ολοκληρώθηκε σε δύο αντίτυπα σε HCT116 κυτταρική σειρά καρκίνου του παχέος εντέρου. Η συσχέτιση των δύο ανεξάρτητων τιμές βιωσιμότητας προσδιορίζεται για κάθε ένωση απεικονίζεται στο σχήμα 2α. παράγοντας ένας μέσος όρος Ζ ‘0,58 προήλθε από την ανάλυση αυτών των δεδομένων εις διπλούν, το οποίο είναι ενδεικτικό της ποιότητας της ανάλυσης και τα δεδομένα που λαμβάνονται. Η κατανομή του αριθμού των ενώσεων που προκύπτουν σε διαφορετικά μέσα ποσοστά της βιωσιμότητας των κυττάρων παρέχεται στο Σχήμα 2β. Όπως μπορεί να παρατηρηθεί, σχεδόν το 50% των ενώσεων είχε ουσιαστικά καμία επίδραση στην βιωσιμότητα των κυττάρων HCT116. Αλλά το πιο ενδιαφέρον, άνω του 13% από τις ενώσεις έδειξαν αξιοσημείωτη τοξικές επιδράσεις στα κύτταρα HCT116, με τιμές βιωσιμότητας του 20% ή χαμηλότερα. Αυτή η κυτταροτοξική σύνολο 4.158 ενώσεων επιλέχθηκε για την προβολή της δόσης-απόκρισης της παρακολούθησης.

α) Συσχέτιση των δύο ανεξάρτητων τιμές βιωσιμότητας προσδιορίζεται για την ίδια ένωση και β) τη διανομή τιμές βιωσιμότητας για τη χημική βιβλιοθήκη 30.000 ενώσεις.

Η

Διαφορικές κυτταροτοξικότητα δόσης-απόκρισης ελέγχου

Για να βελτιστοποιήσετε την ικανότητά μας του προσυμπτωματικού ελέγχου δόσης-απόκρισης, ένα διαφορετικό σύνολο των 2.000 μορίων για πρώτη φορά επιλέγεται από τις 4.158 κυτταροτοξικές ενώσεις που προσδιορίζονται στο προηγούμενο υψηλό -throughput διαλογή εκστρατεία [18]. Οι καμπύλες δόσης-απόκρισης και στις δύο HCT116 όγκων και φυσιολογικών κυττάρων MRC-5 προσδιορίστηκαν εις διπλούν για αυτές τις 2000 ενώσεις. Για τον εντοπισμό αυτών των μικρών μορίων που έχουν επίπεδα τοξικότητας στα κύτταρα του όγκου σημαντικά υψηλότερα από αυτά που παρατηρήθηκαν σε υγιή κύτταρα, η αναλογία μεταξύ των IC

50 τιμές που λαμβάνονται σε κύτταρα MRC-5, IC

50 (MRC-5), και εκείνα που λαμβάνονται σε κύτταρα HCT116, IC

50 (HCT116), προήλθε για κάθε ένωση. Ένα σύνολο από 230 ενώσεις εντοπίστηκαν να είναι 5 φορές ή και περισσότερο κυτταροτοξική σε καρκινικά κύτταρα παρά στα υγιή κύτταρα (IC

50 MRC-5 /IC

50 HCT116≥5). Μια ανάλυση χημειότυπος ομαδοποίηση [19] στη συνέχεια διεξήχθη σε αυτό το πρώτο σύνολο 2.000 ενώσεων για τις οποίες παρήχθη δεδομένα δόσης-απόκρισης. Μια βαθμολογία εμπλουτισμός κυτταροτοξικότητα ακολούθως εκχωρηθεί σε κάθε συστάδα χημειότυπος με βάση την σχετική παρουσία της στο σύνολο των 230 ενώσεων που δείχνουν πιο εκλεκτική αντιπολλαπλασιαστικά αποτελέσματα επί κυττάρων όγκου. επιλέχθηκαν και χρησιμοποιήθηκαν για την ανάκτηση των ενώσεων από το υπόλοιπο 2158 για τις οποίες μόνο οι μετρήσεις ενός σημείου ήταν διαθέσιμα Αυτές χημειοτύπων έχοντας ποσοστό επιτυχίας μεγαλύτερο του 20%. Αυτή η προκατάληψη προς εκλεκτική κυτταροτοξική όγκου χημειοτύπων οδήγησε στην ταυτοποίηση 150 ενώσεις οι οποίες συμπληρώθηκαν με ένα πρόσθετο σύνολο 330 ενώσεις προστίθενται στη βάση κριτήρια ποικιλομορφίας [18]. Οι καμπύλες δόσης-απόκρισης και στις δύο κυτταρικές σειρές ελήφθησαν εις διπλούν για αυτές τις 480 ενώσεις, από την οποία ένα πρόσθετο σύνολο 35 ενώσεων προσδιορίστηκε ως έχοντας κυτταροτοξική επιλεκτικότητα για κύτταρα όγκου σε σχέση με τα υγιή κύτταρα. Συνολικά, 2480 ενώσεις πέρασε απόκλιση κυτταροτοξικότητα δόσης-απόκρισης

in vitro

διαλογής, που οδηγεί στον προσδιορισμό των 265 ενώσεων με εκλεκτική κυτταροτοξικότητα για τα κύτταρα όγκου (Σχήμα 1). Συνολικά, 119.520 σημεία δεδομένων κυτταροτοξικότητας παρήχθησαν, 60.000 από τους πρωτογενείς προβολές κυτταροτοξικότητα σε κύτταρα HCT116 (30.000 ενώσεις εις διπλούν) και 59.520 από τις προβολές δόσης-απόκρισης (2480 ενώσεις σε 6 συγκεντρώσεις εις διπλούν για δύο κυτταρικές γραμμές), η οποία αντιπροσωπεύει μια σημαντική διαλογή προσπάθεια.

Οι κατανομές του προκύπτοντος μέσου όρου IC

50 τιμές για όλες τις 2480 ενώσεων επί HCT116 καρκινικών και φυσιολογικών κυττάρων MRC-5 που απεικονίζεται στο Σχήμα 3α. Το γεγονός ότι οι περισσότεροι προβληθεί ενώσεις έχουν προσδιοριστεί IC

50 τιμές κάτω από 25 μΜ είναι μια καλή ένδειξη της ισχύος της πρώτης διαλογής. Από την άποψη αυτή, μόλις πάνω από το 12% των ενώσεων για τα κύτταρα όγκου, σε σύγκριση με το% σχεδόν 26 για τα φυσιολογικά κύτταρα, έδωσε ένα IC

50 τιμή πάνω από 25 μΜ, ενώ το 25% και το 22% των ενώσεων ελέγχονται όγκου και φυσιολογικά κύτταρα, αντίστοιχα, επέστρεψε ένα IC

50 τιμή κάτω από 5 μΜ. Η τελική κατανομή των αναλογιών κυτταροτοξικότητα ανά ένωση παρέχεται στην Εικόνα 3b, όπου μεγάλες αξίες που συνδέονται σε πολλά υποσχόμενο ενώσεις που έχουν κάποιο βαθμό εκλεκτική κυτταροτοξικότητα για τα καρκινικά κύτταρα σε σχέση με τα υγιή κύτταρα. Όπως μπορεί να παρατηρηθεί, η συντριπτική πλειονότητα των ενώσεων (πάνω από 60%) δεν επέστρεψε αναλογίες κυτταροτοξικότητα μεταξύ 0,5 και 2 που σημαίνει ότι ήσαν βασικά unselective μεταξύ όγκου και υγιή κύτταρα. Αλλά το πιο ενδιαφέρον, 711 ενώσεις (29%) βρέθηκαν να είναι 2 φορές ή περισσότερο κυτταροτοξική σε καρκινικά κύτταρα σε σύγκριση με τα υγιή κύτταρα, με 265 από αυτά που δείχνει αναλογίες κυτταροτοξικότητα πάνω από 5. Σε αντίθεση, 277 ενώσεις (11%) βρέθηκαν να είναι 2 φορές ή περισσότερο κυτταροτοξική σε υγιή κύτταρα από ό, τι σε κύτταρα όγκου, με 251 από αυτά έχουν αναλογίες κυτταροτοξικότητα κάτω από 0,2. Αυτά τα δύο σύνολα των 265 και 251 ενώσεις (σχήματα S1 και S2) δείχνουν επιλεκτική αντι-πολλαπλασιαστική αποτελέσματα για καρκινικά και φυσιολογικά κύτταρα, αντίστοιχα, θα μεταφερθεί στην επόμενη φάση των εικονικών προφίλ στόχου (Σχήμα 1). Μια ανάλυση ομοιότητα (Εικόνα S3) τόνισε την ποικιλομορφία των χημικών δομών σε κάθε σειρά, αλλά και μεταξύ των δύο συνόλων, ένα σημείο που αξίζει τονίζοντας την υποστήριξη της φαινοτυπική διαλογή προσεγγίσεις πάνω στρατηγικών στόχων που κατευθύνονται για πολύπλοκες ασθένειες.

α) κατανομή της κυτταροτοξικότητας (τιμές IC50) των επιλεγμένων ενώσεων σε HCT116 και MRC5 κυττάρων και b) κατανομή του εκλεκτικού κυτταροτοξικότητα εναντίον HCT116. NT σημαίνει «μη τοξικό».

Η

Virtual προφίλ στόχο

Κάθε μία από τις δύο κυτταρική γραμμή επιλεκτική ένωση συνόλων υποβλήθηκε σε επεξεργασία

in silico

έναντι των 4.643 μοντέλα πρωτεΐνη σύνδεσης-βάση που προέρχεται από δημόσια διαθέσιμων πόρων [20] – [28] με χρήση επικυρωμένης προσέγγιση ομοιότητα που βασίζεται περιγράφηκε προηγουμένως [14], [15]. Όσον αφορά τις 265 εκλεκτική κυτταροτοξική όγκου ενώσεων, τουλάχιστον ένα αλληλεπίδρασης στόχου είχε προβλεφθεί για 173 από αυτά (65%), αντανακλώντας ότι η χημική χώρο που ορίζεται από το σύνολο των εκλεκτικών ενώσεων του όγκου καλύφθηκε αξιοπρεπώς από μικρά μόρια που υπάρχουν σε δημόσιες βάσεις δεδομένων chemogenomic . Για τις ενώσεις αυτές, ένα σύνολο 2356 αλληλεπιδράσεων μορίου πρωτεΐνης είχαν προβλεφθεί. Από αυτούς, 818 αλληλεπιδράσεις μεταξύ 139 και 229 μορίων πρωτεϊνών προβλέπεται να έχει δραστηριότητες 1 μΜ ή καλύτερα (pAct≥6), που σημαίνει ότι κατά μέσο όρο κάθε όγκου επιλεκτική ένωση αναμένεται να να αλληλεπιδράσουν με 6 στόχους. Σε σύγκριση, τουλάχιστον ένα αλληλεπίδρασης στόχου είχε προβλεφθεί για 117 από τα 251 εκλεκτική κυτταροτοξική ενώσεων σε φυσιολογικά κύτταρα (47%), που σημαίνει ότι το 53% αυτών των ενώσεων βρέθηκε να είναι έξω από το πεδίο εφαρμογής που ορίζεται από μικρά μόρια σε δημόσιες βάσεις δεδομένων chemogenomic [ ,,,0],15]. Για τις ενώσεις αυτές, ένα σύνολο 1023 αλληλεπιδράσεων μορίου πρωτεΐνης είχαν προβλεφθεί. Από αυτούς, 463 αλληλεπιδράσεις μεταξύ των 84 μορίων και 160 πρωτεΐνες αναμένεται να έχουν οι δραστηριότητες του 1 μΜ ή καλύτερα (pAct≥6), με αποτέλεσμα ο μέσος αριθμός των 5 πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν ανά ένωση.

Μια συγκριτική ανάλυση των προβλεπόμενες αλληλεπιδράσεις από τους δύο κυτταρική γραμμή επιλεκτικής ένωσης σετ επιτρέπει την καλύτερη κατανόηση εικόνα σχετικά με τις πρωτεΐνες που ενδέχεται να είναι διαφορικά σημασία για καρκινικές κυτταρικές σειρές. Τα αποτελέσματα απεικονίζονται στο διάγραμμα Venn που απεικονίζεται στο σχήμα 4α, το οποίο δείχνει σχηματικά το βαθμό επικάλυψης και μοναδικότητα μεταξύ των δύο καταλόγων στόχο. Από την άποψη αυτή, διαπιστώθηκε ότι έως και 114 πρωτεΐνες είχαν προβλεφθεί να χτυπήσει τουλάχιστον μια φορά από κάποια ένωσης είτε σε σετ, με τη λίστα των πρωτεϊνών που αποτελούνται κυρίως από πρωτεΐνη G υποδοχέων συζευγμένων με (45%) και ένζυμα (37% ). Αντιθέτως, μόνο 46 πρωτεΐνες βρέθηκαν να χτυπήσει αποκλειστικά από ενώσεις με εκλεκτική κυτταροτοξικότητα για τα υγιή κύτταρα, με μία κατανομή μεταξύ των οικογενειών πρωτεϊνών πολύ παρόμοιο με εκείνο που ελήφθη προηγουμένως για τον κατάλογο των κοινών πρωτεϊνών (41% του G υποδοχέων συζευγμένων με πρωτεΐνη και 37% των ενζύμων). Αλλά το πιο ενδιαφέρον, ο κατάλογος των 115 πρωτεΐνες που επλήγησαν μοναδικά από ενώσεις με εκλεκτική κυτταροτοξικότητα για τα καρκινικά κύτταρα ταυτοποιήθηκε (Πίνακας S1). Ανάλυση της σύνθεσης του μεταξύ των κύριων πρωτεϊνών οικογένειες των θεραπευτικών ενδιαφέρον αποκαλύπτει μια σαφώς διαφοροποιημένα υπογραφή από τις άλλες δύο λίστες των πρωτεϊνών. Όπως φαίνεται στην Εικόνα 4b, ο κατάλογος αποτελείται κυρίως από ένζυμα (58%) και η παρουσία του G υποδοχέων συζευγμένων με πρωτεΐνη έχει μειωθεί σημαντικά (16%). Για να συμπληρώσει αυτή την εικόνα, σχήμα 4c παρέχει την κατανομή τάξης των 67 ένζυμα που βρίσκονται σε αυτή τη λίστα. Μια σαφής τάση προς τρανσφεράσες (43%) παρατηρείται, σε μεγάλο βαθμό σε συμφωνία με τη σημασία που ανατίθενται στην κινάσες ως θεραπευτικοί στόχοι για τον καρκίνο [29], [30].

α) διάγραμμα Venn των πρωτεϊνικών στόχων προέβλεψε για την επιλεκτική κυτταροτοξικές ενώσεις για HCT116 και κυτταρικές γραμμές MRC-5? β) τη διανομή σε όλη πρωτεΐνη οικογένειες των στόχων 115 προβλέπεται να αλληλεπιδράσουν με μοναδικό τρόπο με επιλεκτικές κυτταροτοξικές ενώσεις σε κύτταρα όγκου? και γ) διανομή μεταξύ των κατηγοριών ένζυμο των 67 ενζύμων που υπάρχουν στον κατάλογο των 115 υποθετικών στόχων του καρκίνου.

Η

Η απόδειξη της έννοιας

Δεν μπορεί να ξεφύγει από την scrutinous μάτι του ερευνητή του καρκίνου ότι μέσα στη λίστα των 115 επιλεκτική πρωτεϊνών δυναμικό του όγκου (Πίνακας S1) υπάρχουν δύο ευρέως αναγνωρισμένη αντικαρκινική στόχους , δηλαδή, αποακετυλάσες ιστόνης (HDACs) και θέρμανση πρωτεΐνη σοκ 90-άλφα (HSP90), αμφότερα τα οποία είναι γνωστό ότι εκφράζεται σε καρκίνο του παχέος εντέρου HCT116 κυτταρικές γραμμές [7], [8] και να προσδώσει εκλεκτικότητα όγκου σε μικρές αναστολή μόριο [31 ], [32]. Κατά συνέπεια, σε μια προσπάθεια να κλείσει ο κύκλος της προσέγγισης DIVISS που παρουσιάζονται ανωτέρω, οι αναστολείς αυτών των δύο στόχων χρησιμοποιήθηκαν ως παραδείγματα σε αυτό το στάδιο που πράγματι επιλεκτική αντιπολλαπλασιαστικά αποτελέσματα μπορούν να επιτευχθούν για την HCT116 όγκου και φυσιολογικών κυτταρικών σειρών MRC-5 που χρησιμοποιείται σε αυτό εργασία.

Για το σκοπό αυτό, επελέγησαν σουβεροϋλανιλιδο υδροξαμικό οξύ (SAHA), και 17- (αλλυλαμινο) -17-δεμεθοξυγελδαναμυκίνη (17AAG) ως αντιπρόσωπος αναστολείς παν-HDAC και HSP90, αντίστοιχα. Οι καμπύλες δόσης-απόκρισης και στις δύο HCT116 και κυτταρικές γραμμές MRC-5 προσδιορίστηκαν για τις δύο αναστολείς (Σχήμα S4). Τα αποτελέσματα επιβεβαίωσαν ότι αμφότερες οι ενώσεις ανέστειλαν τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων HCT116 σε ένα δοσοεξαρτώμενο τρόπο, ενώ έχει μικρή ή καθόλου επίδραση επί MRC-5 κυττάρων. Ειδικότερα, το IC

50 τιμές του SAHA και 17AAG σε κύτταρα HCT116 ήταν 0,64 μΜ και 0,2 μΜ, αντίστοιχα, που είχε ως αποτέλεσμα 781 και 93 φορές μεγαλύτερη εκλεκτικότητα, αντίστοιχα, σε σχέση με την αντι-πολλαπλασιαστική επίδραση επί MRC-5 κυττάρων. Οι παρατηρήσεις αυτές παρέχουν επιβεβαίωση της ικανότητας της προσέγγισης για την αναγνώριση DIVISS καρκίνο σχετικούς στόχους.

Ελέγξαμε επίσης εάν εντός του συνόλου των 265 ενώσεων που δείχνουν εκλεκτική αντιπολλαπλασιαστικά αποτελέσματα για κυτταρικές γραμμές όγκου υπήρξε οποιαδήποτε ένωση η οποία θα μπορούσε να ήταν δοκιμαστεί σε μια σειρά από κυτταρικές σειρές καρκίνου του παχέος εντέρου και για τις οποίες τα δεδομένα διαλογής ήταν επίσης διαθέσιμα στο δημόσιο τομέα. Προς μεγάλη μας έκπληξη, βρήκαμε πειραματικά δεδομένα σε PubChem [23] για οκτώ ενώσεις που ήταν επίσης παρούσα σε όγκο μας επιλεκτική σετ (Πίνακας S2). Μεταξύ αυτών, οι πέντε ενώσεις φέρεται να έχει συγγένεια για την οξειδάση αμίνη φλαβίνη που περιέχουν το ένζυμο Β (ΜΑΟ-Β), έναν στόχο που υπάρχει στο κατάλογο μας 115 υποθετικών καρκίνο relavant πρωτεΐνες (Πίνακας S1). Αλλά, το πιο ενδιαφέρον, ένα από αυτά, NSC680350 (CID 387030), αναφέρθηκε ότι έχει ένα IC

50 80 ηΜ για ΜΑΟ-Β, σε καλή συμφωνία με τις προβλέψεις μας. Επιπλέον, ελέγχθηκε επίσης σε πολλαπλές κυτταρικές γραμμές όγκου του ανθρώπου, συμπεριλαμβανομένων των κυτταρικών σειρών καρκίνου του κόλου έξι. Μεταξύ αυτών, η αξία pGI50 αναφερθεί σε PubChem για κυτταρικές σειρές HCT116 του κόλου (4,64) είναι, εντός των ορίων διακύμανσης αυτού του τύπου των πειραμάτων, σε καλή συμφωνία με την τιμή pGI50 που λαμβάνεται σε αυτό το έργο για τον ίδιο τύπο κυτταρικών γραμμών (5,19) . Η καμπύλη δόσης-απόκρισης της κυτταροτοξικότητας των NSC680350 για HCT116 κυτταρικές σειρές σε αυτό το έργο και μια σύνοψη όλων των δεδομένων καρκίνου του παχέος εντέρου βρέθηκε σε PubChem για την ένωση αυτή παρέχεται στο Σχήμα S5.

Συζήτηση

τεκμηρίωση της δυνητική σημασία σε καρκίνο του καταλόγου των 115 πρωτεΐνες ταυτοποιήθηκε ως στόχαστρο αποκλειστικά από επιλεκτικές ενώσεις του όγκου διεξήχθη από δύο ανεξάρτητους προοπτικές. Από τη μία πλευρά, όλα τα 115 πρωτεΐνες βαθμολογήθηκαν με βάση πρόσφατα προέρχεται ογκογονιδίου πιθανοτήτων (OncoScores) και ελέγχονται για σήμερα διαθέσιμα πειραματικά δεδομένα σχετικά με το επάνω και κάτω ρύθμιση σε δείγματα καρκίνου του παχέος εντέρου [33], [34]. Από την άλλη πλευρά, χρησιμοποιήσαμε όλα τα δεδομένα αλληλεπίδρασης φαρμάκου-στόχου που διατίθενται από δημόσιους πόρους [20] – [28] για να ταξινομήσει ώστε όλα τα φάρμακα με βάση τον αριθμό των γνωστών στόχων μέσα στη λίστα των 115 πρωτεϊνών και ελέγξτε αν ο καρκίνος ήταν η κύρια ένδειξη μεταξύ των κορυφαίων κατάταξης. Τα αποτελέσματα παρέχουν άφθονη υποστήριξη για τη χρήση της προσέγγισης DIVISS στον εντοπισμό του καρκίνου-σχετικούς στόχους.

Οι OncoScores για όλες τις 115 πρωτεΐνες που στοχεύονται από επιλεκτικές ενώσεις όγκου λήφθηκαν από την ιστοσελίδα του CGPrio [34]. Για να εκτιμηθεί εάν αυτή η λίστα των πρωτεϊνών είναι εμπλουτισμένη με πιθανή ογκογονίδια σε σχέση με άλλες λίστες των πρωτεϊνών, OncoScores υπολογίστηκαν επίσης για όλες τις 46 πρωτεΐνες στοχεύονται από την κανονική επιλεκτικές ενώσεις και τις 114 πρωτεΐνες που μοιράζονται οι δύο ομάδες κυτταρικής γραμμής επιλεκτικές ενώσεις. Οι τάσεις της αθροιστικό ποσοστό των πρωτεϊνών με OncoScores πάνω από μια ορισμένη τιμή πιθανότητας βρίσκονται μέσα σε κάθε λίστα που εμφανίζεται στο Σχήμα 5. Όπως μπορεί να παρατηρηθεί, διαπιστώνεται ότι το 36,5% των 115 πρωτεΐνες που στοχεύονται με επιλεκτική ενώσεις του όγκου έχουν μια πιθανότητα ογκογονίδιο παραπάνω 0,7 και ότι, σύμφωνα με την ίδια OncoScore αποκοπής, το ποσοστό αυτό είναι σημαντικά υψηλότερο από το 8,7% και το 19,3% των 46 πρωτεΐνες στοχεύονται από την κανονική επιλεκτικές ενώσεις και τις 114 πρωτεΐνες μοιράζονται από τις δύο σειρές των ενώσεων, αντίστοιχα. Έχοντας στοιχεία που αποδεικνύουν ότι αυτή η επιλογή της επιλεκτικής πρωτεϊνών 115 όγκων είναι εμπλουτισμένο με υποθετικό ογκογονίδια, η πλατφόρμα IntOGen [33] στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκε για να επιθεωρήσει αν οποιαδήποτε πρωτεΐνη από τη λίστα ήταν επιπλέον γνωστό ότι μεταβάλλεται σημαντικά (διορθωμένη τιμή-ρ & lt? 0,05 ) από την άποψη της άνω ή προς τα κάτω ρύθμιση σε καρκίνο του παχέος εντέρου. Ένα σύνολο 29 από αυτές τις πρωτεΐνες (25%) θα μπορούσαν πράγματι να επιβεβαιωθεί για να μεταβληθεί σημαντικά σε καρκίνο του παχέος εντέρου, 10 από τα οποία έχει ένα OncoScore πάνω από 0,7. Οι OncoScores και τα σήματα ρύθμισης για το σύνολο του καταλόγου των εκλεκτικών πρωτεϊνών 115 όγκου παρέχεται Πίνακα S1.

NA συλλέγει όλες τις πρωτεΐνες για τις οποίες ογκογονίδιο πιθανότητες δεν ήταν διαθέσιμα από CGPrio [34].

Η

Το υποσύνολο των εκλεκτικών πρωτεϊνών 42 όγκου με OncoScore υψηλότερη από 0.7 παρέχεται στον πίνακα 1. δεν αποτελεί έκπληξη, η σύνθεσή του είναι ιδιαίτερα ωθείται από πρωτεϊνικές κινάσες (52%), αν και υπάρχει επίσης ένα σημαντικό αναπαράσταση (21%) των παραγόντων μεταγραφής. Να αναφερθεί, ωστόσο, το γεγονός ότι ένα ζευγάρι του G πρωτεΐνη υποδοχείς (GPCRs) βρίσκονται σε αυτή την εξαιρετικά πιθανή ογκογονιδίου υποσύνολο, ήτοι, το D (1Α) υποδοχέων ντοπαμίνης (DRD1) και το 1-φωσφορικής σφιγγοσίνης υποδοχέα 1 (S1PR1) . GPCRs έχουν παραδοσιακά θεωρούνται ως οι βασικοί στόχοι για τις ασθένειες του κεντρικού νευρικού συστήματος. Αλλά το πιο ενδιαφέρον, η σημασία των GPCRs στην ανακάλυψη φαρμάκων για τον καρκίνο επανεξετάστηκε πρόσφατα και ο πιθανός ρόλος της S1PR1 συγκεκριμένα υπογράμμισε [35].

Η

Μια προσεκτική ματιά στα κορυφαία 20 κατετάγη πρωτεΐνες που υπάρχουν στον πίνακα 1 αποκαλύπτει ότι η λίστα περιέχει πρωτεΐνες που μπορεί να είναι κάπως απροσδόκητο από την άποψη της σχέσης του με καρκίνο του παχέος εντέρου. Για παράδειγμα, το ανδρογόνο (AR) και οιστρογόνων (τόσο ESR1 και eSR2) πυρηνικών υποδοχέων ορμόνης είναι γνωστό ότι είναι συναφείς σε προστάτη και του μαστού, και οι από αιμοπετάλια (PDGFRA) και επιδερμικά (EGFR) υποδοχείς αυξητικού παράγοντα άλφα-τύπου είναι αναγνωρισμένους παράγοντες αγγειογένεσης. Ωστόσο, πρόσφατες μελέτες προτείνουν ένα ρόλο στην εντερική καρκινογένεση για πυρηνικούς υποδοχείς γενικά υποδοχείς [36] και του αυξητικού παράγοντα [37], συμπεριλαμβανομένων ακριβώς AR [38], ESR1 [39], eSR2 [40], PDGFRA [41] και EGFR [ ,,,0],42]. PDGFRA, ειδικότερα, είναι επίσης γνωστό ότι είναι σημαντικά κάτω-ρυθμίζονται σε καρκίνο του παχέος εντέρου [33]. Επιπλέον, υπάρχουν περαιτέρω ενδείξεις στη βιβλιογραφία των φαρμάκων που στοχεύουν πρωτίστως μερικοί των στόχων αυτών και που έχουν επίδραση στον πολλαπλασιασμό των ανθρώπινων ορθοκολικών κυτταρικών γραμμών όγκου, συμπεριλαμβανομένων HCT116 [40], [43]. Μεταξύ αυτών, η ραλοξιφαίνη είναι ένα συνδετικό υψηλής συγγένειας και των δύο ESR1 και eSR2 και έχει αναφερθεί ότι αναστέλλει την κυτταρική ανάπτυξη HCT116 με δοσο-εξαρτώμενο τρόπο [40] και afatinib είναι ένας ισχυρός αναστολέας του EGFR που δείχθηκε πρόσφατα ότι αναστέλλει την ανάπτυξη του κυττάρου HCT116 γραμμές με IC

50 αξίας 1,62 μΜ [43]. Τα παραδείγματα αυτά παρέχουν άφθονη βιβλιογραφική υποστήριξη για την καταλληλότητα του καρκίνου του παχέος εντέρου για ορισμένες από αυτές τις πρωτεΐνες που θα είχε διαφορετικά εντελώς αγνοηθεί.

Μπορεί επίσης έκπληξη το γεγονός ότι αναγνωρίζεται σήμερα οι στόχοι του καρκίνου, όπως η HSP90, δεν υπάρχουν στον πίνακα 1. στη συγκεκριμένη περίπτωση, ο στόχος είναι πράγματι περιέχεται στην πλήρη κατάλογο των 115 πρωτεΐνες που παρέχονται στον πίνακα S1, αλλά με χαμηλό OncoScore = 0.023. Είναι συνεπώς αξίζει να τονιστεί εδώ ότι CGPrio [34] είναι μια μέθοδος μηχανικής μάθησης με βάση τις διαφορικές ιδιότητες των γνωστών γονιδίων του καρκίνου και στην υπόθεση ότι τα γονίδια με παρόμοιες ιδιότητες (συμπεριλαμβανομένης της διατήρησης αλληλουχίας, τομείς πρωτεΐνης και αλληλεπιδράσεων, και ρυθμιστικά στοιχεία) σε γνωστούς γονίδια του καρκίνου είναι πιο πιθανό να εμπλέκονται στον καρκίνο. Χρησιμοποιείται ως μέθοδος ιεράρχηση, όπως έχει δείξει ότι ένα μεγάλο ποσοστό των νέων γονιδίων του καρκίνου έχουν υψηλές πιθανότητες CGPrio [33], [34], αλλά αυτό δεν σημαίνει ότι απολύτως όλα τα γονίδια του καρκίνου του μοιραστώ αυτές τις ιδιότητες, και έτσι μπορεί να υπάρξει κάποια

καλόπιστους

στόχους του καρκίνου, όπως η HSP90, με μια μικρή πιθανότητα CGPrio. Από την άποψη αυτή, το χαμηλό OncoScore που λαμβάνονται για την HSP90 σημαίνει μόνο ότι, με βάση τις σημερινές γνώσεις για τα γονίδια του καρκίνου, HSP90 δεν μοιράζεται ιδιότητες με το υπόλοιπο των γονιδίων του καρκίνου για τις οποίες υπάρχουν διαθέσιμα στοιχεία. Λαμβανόμενα μαζί, αυτά τα αποτελέσματα υπογραμμίζουν την δυνατότητα εφαρμογής της προσέγγισης DIVISS ως συμπληρωματική στρατηγική για τον εντοπισμό του καρκίνου-σχετικών στόχων.

Ο πόρος BioCarta [44] στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκε για να εκτελέσει μια ανάλυση των κύριων οδών σε οποίες εμπλέκονται αυτά τα 42 εξαιρετικά πιθανή ογκογονίδια. Ένα σύνολο 131 οδών ανακτήθηκαν, με 68 από αυτά (52%) που έχει δύο ή περισσότερες πρωτεΐνες και μόνο 9 (7%) που περιέχει πέντε ή περισσότερες πρωτεΐνες. Η τελευταία ομάδα αποτελείται κυρίως από μονοπάτια σηματοδότησης. Μεταξύ αυτών, η οδός σηματοδότησης MAPKinase περιέχει επτά από αυτά τα πιθανά ογκογονίδια, δηλαδή, BRAF, MAP2K1, MAP3K8, MAPK10, RAF1, STAT1 και TGFBR1, και ο /Erk2 ΜΑΡΚ μονοπατιού σηματοδότησης Erk1 περιλαμβάνει έξι από αυτούς, δηλαδή, EGFR, MAP2K1, PDGFRA, RAF1, SRC, και STAT3 (βλέπε πίνακα 1). Τα υπόλοιπα 7 μονοπάτια είναι βιοδραστικού πεπτιδίου που προκαλείται, EGF, και PDGF μονοπάτια, τη σηματοδότηση του υποδοχέα αυξητικού παράγοντα ηπατοκυττάρων, και αυτά τον καθορισμό του ρόλου του ErbB2 στην μεταγωγή σήματος και την ογκολογία, την CARM1 και ρύθμιση του υποδοχέα οιστρογόνων, και η σηματοδότηση τροποποίησή της με SUMO με RANBP2 ρυθμίζει μεταγραφική καταστολή, όλα περιλαμβάνουν 5 των εν λόγω πιθανών ογκογονιδίων (Πίνακας 1). Η σχέση μεταξύ ορισμένων από αυτά τα μονοπάτια και ο καρκίνος έχει ήδη αναγνωριστεί σε προηγούμενες μελέτες [45], [46].

Τα τελευταία χρόνια, η ποσότητα των διαθέσιμων στο κοινό

in vitro

στοιχεία σχετικά με το αλληλεπίδραση των φαρμάκων με πολλαπλές πρωτεΐνες έχει αυξηθεί δραματικά [20] – [28]. Η ανάλυση αυτών των δεδομένων αποκάλυψε ότι τα περισσότερα φάρμακα κατά του καρκίνου είναι multitarget παράγοντες και όχι επιλεκτική μόρια [47]. Ως εκ τούτου, πήραμε τη λίστα των 115 στόχων που έχουν πληγεί από την επιλεκτική ενώσεων σε HCT116 και εκτελείται μια αναζήτηση για αυτά τα φάρμακα που, με βάση τα δεδομένα για τη συγγένεια που διατίθενται σήμερα προσδιοριστεί πειραματικά [20] – [28], θα δείξει τουλάχιστον micromolar συγγένεια για τον μεγαλύτερο αριθμό αυτών των στόχων. Το σχήμα 6 συγκεντρώνει τα αποτελέσματα που ελήφθησαν για τα 20 φάρμακα που έχουν τουλάχιστον μικρομοριακή συνάφεια για επιλεκτική πρωτεΐνες περισσότερο από 5 όγκων. Αξίζει να σημειωθεί ότι, 18 από αυτά τα φάρμακα έχουν καρκίνο ως πρωταρχική ένδειξη τους, 4 εκ των οποίων στοχεύουν κυρίως HDACs, ενώ το άλλο 14 έχουν διαφορετικά προφίλ συγγένεια σε ένα ευρύ φάσμα των κινασών. Η παρουσία της χλωροπρομαζίνης και αμιτριπτυλίνη σε αυτόν τον κατάλογο, ενδείκνυται για την ψύχωση και την κατάθλιψη, αντίστοιχα, και στοχεύουν κυρίως GPCRs αντί των HDAC ή κινασών, μπορεί να έρθει ως έκπληξη σε αυτό το στάδιο. Ωστόσο, στη γραμμή των όσων αναφέρθηκαν προηγουμένως σχετικά με τη νέα αντίληψη των GPCRs στον καρκίνο [35], πρόσφατες εκθέσεις δείχνουν ότι η χλωροπρομαζίνη, ενδεχομένως μέσω της δράσης της σε πολλαπλά επιλεκτική GPCRs όγκου, μπορεί να αλλάξει τις ιδιότητες εισροή των μεμβρανών και ότι αυτή η ιδιότητα καθιστά μια πολλά υποσχόμενη χημειοευαισθητοποιητικός ένωση για την ενίσχυση την κυτταροτοξική δράση του tamoxifen, έναν ανταγωνιστή του υποδοχέα οιστρογόνου, που υπάρχει επίσης στον κατάλογο των 115 επιλεκτικής πρωτεΐνες όγκου [48]. Από τη σκοπιά των ναρκωτικών, τα αποτελέσματα αυτά παρέχουν περαιτέρω υποστήριξη στο ενδιαφέρον για τον καρκίνο των 115 πρωτεΐνες που εντοπίστηκαν.

θεωρούνται μόνο συγγένειες πάνω από 1 μΜ. χρωματική κωδικοποίηση αντανακλά pAffinity κυμαίνεται: λευκό 6-7? ανοιχτό γκρι 7-8? σκούρο γκρι 8-9? μαύρο & gt? 9. χρωματικοί κώδικες για τους στόχους ανατρέξτε στην HDACs (κίτρινο), κινάσες (πορτοκαλί), και άλλα (πράσινο).

Η

Υπάρχουν δύο αναγνωρίσιμες επεκτάσεις με την έκδοση της προσέγγισης DIVISS που παρουσιάζονται εδώ. Η πρώτη προφανής επέκταση είναι στη χρήση άλλων κυτταρικών σειρών. Στη συγκεκριμένη μελέτη, HCT116 και κυτταρικές γραμμές MRC-5 ελήφθησαν ως μοντέλα όγκου και υγιείς κυτταρικές γραμμές, αντίστοιχα. Ωστόσο, υπάρχουν πολυάριθμες εναλλακτικές ανθρώπινων κυτταρικών γραμμών όγκου που μπορεί να χρησιμοποιηθεί αντ ‘αυτού και εκείνων που μπορούν με τη σειρά τους να συγκριθούν διαφορικά σε αρκετές υγιείς κυτταρικές σειρές, καθώς και [49]. Κατά συνέπεια, η διαφορική αντικαρκινικά οθόνες σε κάθε συγκεκριμένο συνδυασμό όγκου και υγιείς κυτταρικές σειρές κατ ‘αρχήν να οδηγήσει σε διαφορετικές, αλλά συμπληρωματικές, καταλόγους καρκίνο σχετικούς στόχους. Η δεύτερη πιθανή επέκταση είναι στην κάλυψη των μεγαλύτερων χημικών χώρους, μια πτυχή που είναι εγγενής σε κάθε εκστρατεία ελέγχου. Η παρούσα μελέτη επικεντρώθηκε σε μια ποικιλία από 30.000 μόρια από τον κατάλογο Amri, σήμερα περιέχει πάνω από 240.000 ενώσεις. Το μέγεθος και η φύση της χημικής βιβλιοθήκης που χρησιμοποιείται στις οθόνες διαφορική κυτταροτοξικότητα ουσιαστικά καθορίζει τον αριθμό και την ποικιλία των μικρού μορίου χτυπήματα εντοπίστηκαν και τελικά καθορίζουν το είδος των στόχων που, μέσω της

in silico

στοχεύουν προφίλ, θα να συνδέεται επιλεκτικά σε κάθε κυτταρική σειρά.

Συμπεράσματα

τα συστήματα κυττάρων είναι σιωπηρά ισχυρή και επιλεκτικά ενεργούν σε ένα συγκεκριμένο στόχο μπορεί να μην είναι ο πιο αποτελεσματικός τρόπος διαμόρφωσης ή παρεμβαίνει μαζί τους, όπως το σύστημα μπορεί να πάντοτε να βρουν τρόπους για να αντισταθμίσει την επιλεκτική διατάραξη ενσωματώνονται. Αντ ‘αυτού, η στόχευση πολλαπλών απαραίτητη στόχους στα καρκινικά κύτταρα μπορεί να είναι μια πιο αποτελεσματική στρατηγική για να κάνουν πιο δύσκολο για το σύστημα κυψελών για να αντισταθμίσει όλες τις διαταραχές εισαχθεί. Πράγματι, πρόσφατες αποδείξεις δείχνουν ότι τα περισσότερα φάρμακα κατά του καρκίνου επιτύχουν τους

in vivo

αποτελεσματικότητα μέσω της διαφοροποίησης των πολλαπλών στόχων και όχι επιλεκτική αλληλεπίδραση σε ένα μόνο στόχο. Το μεγάλο ερώτημα είναι τότε που καθορίζουν το ουσιαστικό πρωτεΐνη υπογραφή του κάθε τύπου καρκίνου, έτσι ώστε να μπορεί να αντιμετωπιστεί διεξοδικά από τα νέα θεραπευτικά μέσα του καρκίνου [50]. Η στρατηγική DIVISS παρουσιάζονται εδώ αντιπροσωπεύει μια νέα chemocentric προσέγγιση για τον εντοπισμό του καρκίνου-σχετικών στόχων φάρμακο που συμπληρώνει αποτελεσματικά τις άλλες καθιερωμένες βιοπληροφορική και λειτουργικές προσεγγίσεις [51], [52] και, επομένως, μπορεί να συμβάλει στην αύξηση της εμπιστοσύνης μας για πιθανούς στόχους των ναρκωτικών [53] .

Υλικά και Μέθοδοι

Screening Βιβλιοθήκη

Η κοινοπραξία CancerGrid είχε προνομιακή πρόσβαση σε ολόκληρο το χημικό προϊόν στο Amri [17], τη στιγμή που περιείχε 241.000 ενώσεις και βρήκε ιδιαίτερη σημασία για σκοπούς ανακάλυψη φαρμάκων σε μια συγκριτική ανάλυση των 23 βάσεων δεδομένων προμηθευτή [54].