Αφηρημένο

Η μεθυλίωση του DNA είναι ένα επιγενετικό σήμα που σχετίζονται με τη ρύθμιση της δομής της μεταγραφής και του γονιδιώματος. Οι δείκτες έχουν ερευνηθεί σε μια ποικιλία ρυθμίσεων καρκίνου για τη χρησιμότητά τους στη διαφοροποίηση φυσιολογικό ιστό από τον ιστό του όγκου. Εδώ, θα εξεταστεί η άμεση συσχέτιση μεταξύ της μεθυλίωσης του DNA και την επιβίωση των ασθενών. Θεωρούμε ότι οι αλλαγές στη μεθυλίωση του DNA των βασικών του παγκρέατος αναπτυξιακών γονιδίων συνδέονται στενά με την επιβίωση των ασθενών

Παράθεση:. Thompson MJ, RUBBI L, Dawson DW, Donahue TR, Pellegrini Μ (2015) καρκίνο του παγκρέατος ασθενούς επιβίωσης Correlates με μεθυλίωση του DNA του παγκρέατος Ανάπτυξης γονίδια. PLoS ONE 10 (6): e0128814. doi: 10.1371 /journal.pone.0128814

Ακαδημαϊκό Εκδότης: Max Costa, της Νέας Υόρκης Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου, Ηνωμένες Πολιτείες |

Ελήφθη: 5 Ιανουαρίου 2015? Αποδεκτές: 30 του Απρίλη, 2015? Δημοσιεύθηκε: 3 Ιουνίου 2015

Copyright: © 2015 Thompson et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Τα δεδομένα για Αυτή η μελέτη είναι πλέον διαθέσιμα στο Gene Expression Omnibus (GEO) με κωδικό ένταξης GSE67205. Μπορεί να βρεθεί εδώ: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE67205

Χρηματοδότηση:. Υποστήριξη για τραπεζική παγκρέατος ιστού (DWD) παρασχέθηκε από το Ίδρυμα Hirshberg για παγκρέατος Έρευνας. M.J.T. υποστηρίχθηκε από P01 επιχορήγηση GM099134

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ο καρκίνος του παγκρέατος είναι η τέταρτη κύρια αιτία των θανάτων από καρκίνο σχετίζονται με στις Ηνωμένες Πολιτείες [1]. Το ποσοστό επιβίωσης 5 ετών 6% για τους ασθενείς με παγκρεατικού πόρου αδενοκαρκινώματα (PDAC) είναι το χαμηλότερο για οποιαδήποτε στερεά καρκίνο. Η έγκαιρη ανίχνευση θεωρείται απαραίτητη προκειμένου να βελτιωθεί η επιβίωση των ασθενών, όπως οι περισσότεροι ασθενείς παρουσιάζουν προχωρημένο, μη λειτουργική νόσο [2, 3]. Οι πρόσφατες εξελίξεις στον τομέα των τεχνολογιών για τις μετρήσεις του γονιδιώματος σε επίπεδο εγείρει ελπίδες για τον εντοπισμό αυτών των πρώιμων βιοδεικτών, καθώς και νέων θεραπευτικών στόχων.

Πολλαπλές βαθιά προσπάθειες αλληλουχίας έχουν εντοπίσει μεγάλο αριθμό εξαιρετικά ανομοιογενής μεταλλάξεων (~ 63 κατά μέσο όρο) με τέσσερις μεταλλάξεις που συμβαίνουν σε υψηλή συχνότητα (KRAS, CDKN1A /Ρ16, ΤΡ53 και Smad4) σε PDAC [4, 5] Αυτές οι βασικές μεταλλάξεις έχει δειχθεί ότι οδηγεί μηχανιστικά ογκογένεση σε ζωικά μοντέλα με Smad4 συνδυασμού με κακή πρόγνωση [6]. Ανάλυση έκφρασης γονιδίων των πρωτοπαθών όγκων επέτρεψε την κατασκευή των προφίλ πολλαπλών γονιδίων που μπορεί να προβλέψει μεταστατική νόσο και βραχύτερη επιβίωση του ασθενούς στο πλαίσιο της ανεξάρτητης σύνολα δεδομένων, αλλά αυτά δεν έχουν ακόμη χρησιμοποιηθεί σε λήψη κλινικών αποφάσεων [7, 8]. Με το συνδυασμό πολλαπλά σετ των κλινικών στοιχείων, τρία μοριακά υποτύπους PDAC που προβλέπουν την επιβίωση και την ανταπόκριση στη θεραπεία σε πειραματικά μοντέλα έχουν αναπτυχθεί [9]. Πρόσφατα, 171 γονίδια με πρόβλεψη πιθανών βιοδεικτών εντοπίστηκαν από το συνδυασμό της έκφρασης mRNA, DNA μεταβολή του αριθμού αντιγράφων και των επιπέδων των miRNAs [10].

Ωστόσο, μέχρι σήμερα, λιγότερα είναι γνωστά σχετικά με τις αλλαγές στη μεθυλίωση του DNA σε όλη του παγκρέατος υποτύπων καρκίνου. Μεθυλίωσης του DNA έχει αποκτήσει πολύ πρόσφατο ενδιαφέρον για το ρόλο της στη βιολογία του καρκίνου. Η ανώμαλη μοτίβα μεθυλίωσης του DNA είναι γνωστό ότι σχετίζονται με την καρκινογένεση και να επηρεάσει τη ρύθμιση της σταθερότητας γονιδιώματος και γονιδιακής μεταγραφής [11]. Γονιδίωμα-ευρύ μελέτες των CpG νησίδων έχουν αποκαλύψει χιλιάδες τόπους όπου διαφορική μεθυλίωση μπορεί να διαχωρίσει παγκρεατικού ιστού όγκου από τον φυσιολογικό ιστό [12, 13]. Παρά την πρόοδο αυτή, η χρήση των αλλαγών στο DNA μεθυλίωση για την πρόβλεψη του παγκρέατος επιβίωση των ασθενών παραμένει ανεξερεύνητο.

Εδώ εξετάζουμε την άμεση συσχέτιση μεταξύ PDAC χρόνο ασθενούς επιβίωσης και μεθυλίωσης των επιμέρους χώρων CpG που προέρχονται από μειωμένη εκπροσώπηση όξινο θειώδες αλληλουχίας ( RRBS). Πολυάριθμες στατιστικά σημαντικές αλλαγές στη μεθυλίωση συσχετίζονται απευθείας με την επιβίωση του ασθενούς. Παρατηρήσαμε μια ισχυρή εμπλουτισμό αυτών των χώρων μεταξύ των γονιδίων που εμπλέκονται στον καθορισμό των κυττάρων-μοίρα στο πάγκρεας. Σε αντίθεση με τις προσπάθειες προσδιορισμού αλληλουχίας που εντοπίζονται κυτταρικές οδούς σηματοδότησης, τα αποτελέσματα αυτά υποδεικνύουν ότι η κυτταρική ταυτότητα, όπως υπαγορεύεται από επιγονιδίωμα του όγκου, μπορεί να είναι ένα κρίσιμο συστατικό της κλινικά επιθετικού PDAC. Τέλος, έχουμε επικυρωθεί περαιτέρω την ικανότητα μερικών παράδειγμα sites για να διαχωρίσουν τους ασθενείς με βάση τους χρόνους επιβίωσης, γεγονός που υποδηλώνει την πιθανότητα ανάπτυξης κλινικών βιοδείκτες βασίζονται σε πιο εκτεταμένη ανάλυση μεθυλίωσης.

Αποτελέσματα

κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά των δειγμάτων

Ο Πίνακας 1 παρέχει μια περίληψη των στατιστικών στοιχείων για τους ασθενείς που χρησιμοποιούνται σε αυτό το έργο. Ατομικά στοιχεία του ασθενούς μπορεί να βρεθεί στον Πίνακα S1. Όλοι οι ασθενείς είχαν πρώιμου σταδίου PDAC και έλαβε επικουρική χημειοθεραπεία. Κατά το χρόνο της ανάλυσης, 9 ασθενείς είχαν υποτροπή της νόσου (μέση ελεύθερη νόσου επιβίωση (DFS) 15,0 μήνες), ενώ 9 ασθενείς είχαν πεθάνει από τη νόσο (διάμεση τιμή της συγκεκριμένης νόσου επιβίωση (DSS) 25,0 μήνες). DFS αναφέρεται στη μεσοδιάστημα μεταξύ θεραπεία ή αφαίρεση του όγκου και υποτροπή της νόσου, ενώ DSS αναφέρεται στην διάστημα μεταξύ αρχικής διάγνωσης και τον θάνατο του ασθενούς, όπου αιτία θανάτου ήταν η ασθένεια. Για το έργο αυτό έχουμε χρησιμοποιήσει DSS αποκλειστικά. Κατά το χρόνο της ανάλυσης αυτής 9 ασθενείς ήταν θανόντα και 2 εξακολουθούσαν να ζουν. Αυτά κλινικοπαθολογικοί χαρακτηριστικά και τα αποτελέσματα της επιβίωσης είναι παρόμοια με άλλες δημοσιευμένες ομάδες της PDAC.

Η

μειωμένη εκπροσώπηση θειώδους αλληλουχίας

Η χαρτογράφηση όλων ποιότητας διαβάζει στο ανθρώπινο γονιδίωμα αναφοράς (hg19) έδωσε ~ 5 εκατομμύρια CpG τοποθεσίες όπου μια σίγουρη συχνότητα μεθυλίωση μπορεί να εκτιμηθεί σε τουλάχιστον ένα από τα 16 δείγματα. Εφαρμογή των φίλτρων ποιότητας των δεδομένων που εξηγούνται ανωτέρω μειωθεί αυτό σε ένα τελικό αριθμό των 251.566 περιοχές μεθυλίωσης που χρησιμοποιείται σε όλα τα μετέπειτα ανάλυση.

Ανάλυση σε Κύριες Συνιστώσες Διαχωρίζει όγκου από μη-καρκινικά

ανάλυση κύριων τμημάτων (PCA ) των προφίλ μεθυλίωσης για τα 16 δείγματα εκτελέστηκε. Το σχήμα 1 δείχνει μία προβολή των δειγμάτων επί των δύο πρώτων κύριους άξονες. Κατά μήκος του πρώτου κύριου συστατικού υπάρχει διαχωρισμός των δειγμάτων του όγκου. Κατά μήκος του δεύτερου άξονα αρχή υπάρχει σαφής διαχωρισμός μεταξύ των δειγμάτων όγκου και τα κανονικά και παγκρεατίτιδα δείγματα. Η πρώτη συνιστώσα εξηγεί το 24% της διακύμανσης στα δεδομένα μεθυλίωση, ενώ η δεύτερη συνιστώσα εξηγεί ένα επιπλέον 21%.

Η

Για να αποκτήσουν εικόνα για τη βιολογία στηρίζεται το διαχωρισμό των δειγμάτων κατά μήκος των δύο κύριων συστατικών, επιλέξαμε οι 500 μεγαλύτερες συντελεστές μεγέθους για τόσο θετικές όσο και αρνητικές κατευθύνσεις κατά μήκος κάθε άξονα. Δεδομένου ότι αυτές οι συντελεστές αντιστοιχούν σε CpG θέσεις, τους υποβάλλονται στην Γονιδιωματική Περιφερειών Εμπλουτισμός σχολιασμοί Εργαλείο (ΜΕΓΑΛΗ) server για σχολιασμό [14]. Για την πρώτη αρχή άξονα (βλέπε Πίνακα S2) οι ισχυρότερες αρνητικές συνεισφορές προέρχονται από γονίδια που εμπλέκονται στην ανάπτυξη του παγκρέατος (π.χ. ONECUT1, Pdx1, SOX9, FOXA2, …). Οι ισχυρότερες θετικές συνεισφορές, ωστόσο, δεν προέρχονται από ένα σύνολο γονιδίων με ως συνεκτικό λειτουργικό σχολιασμού όπως τα αρνητικά, εκτός όσον αφορά την εμπορία ινσουλίνη και την έκκριση? BACE2 και PIM-3, η οποία είναι επίσης γνωστή για την προώθηση των ανθρωπίνων ανάπτυξης παγκρεατικού καρκίνου [15].

Για την δεύτερη αρχή άξονα (βλέπε Πίνακα S3) οι ισχυρότερες αρνητικές συνεισφορές προέρχονται από αναπτυξιακών γονιδίων για ένα μεγάλο αριθμό τύπους ιστού και συστήματα οργάνων. Οι ισχυρότερες θετικές συνεισφορές προέρχονται από κινάσες διαμεμβρανική πρωτεΐνη υποδοχέα. Η πιο αξιοσημείωτη συνεισφορά προέρχεται από MST1R που έχει εμπλακεί στην KRAS ογκογονίδιο ενεργοποίηση σε PDAC [16].

Δεδομένου του διαχωρισμού μεταξύ των δειγμάτων του όγκου βασίζονται σε μεθυλίωση των γονιδίων σημαντική για την ανάπτυξη, περάσαμε να εξετάσει κατά πόσον θα μπορούσε να υπάρχει ένας συσχετισμός μεταξύ της μεθυλίωσης των γονιδίων αυτών και την ασθένεια-ειδικές επιβίωση των ασθενών.

Ορισμός της

επιβίωση +

και

Survival-

όροι για τις περιοχές μεθυλίωσης

Παρατηρήσαμε ότι οι περιοχές μεθυλίωσης με θετικά ή αρνητικά αποτελέσματα παλινδρόμησης Cox σχηματίζονται δύο ομάδες με ξεχωριστές ιδιότητες, όπως συζητείται παρακάτω. Για να απλοποιηθεί η σύλληψη και η συσχέτιση αυτών των δύο ομάδων, τους ορίζονται ως «

survival-»

ή «

επιβίωση +

«, τόσο σημαντικά συσχετίζεται με αυξημένη μεθυλίωση. Για

survival-

, αυξημένη μεθυλίωση σχετίστηκε με μικρότερο χρόνο επιβίωσης. Αντίθετα, για

επιβίωση +

αυξημένη μεθυλίωση συσχετίστηκε με μεγαλύτερο χρόνο επιβίωσης. Με βάση τα κριτήρια φιλτραρίσματος και την εφαρμογή ap ≤ όριο 0,05 για σημασίας, λάβαμε ένα σύνολο 17.251

sites επιβίωση +

και 3256

survival-

sites.

Ατομική CpG ιστοσελίδα μεθυλίωσης συσχετίζεται με την επιβίωση των ασθενών

Δοκιμάσαμε εάν άλλες κλινικές μεταβλητές που είναι γνωστό ότι επηρεάζουν το DNA μεθυλίωση μπορεί να ευθύνονται για τις συσχετίσεις που παρατηρούμε. Πραγματοποιήσαμε την ίδια Cox παλινδρόμησης με τη λογοκρισία για μεθυλίωση του κάθε τόπου έναντι τόσο η ηλικία του ασθενούς και το περιεχόμενο του όγκου (κυτταροβρίθεια). Στη συνέχεια πήρε τα αποτελέσματα Cox βασίζεται στην επιβίωση και εκείνων που στηρίζονται σε καθεμία από τις άλλες μεταβλητές και υπολογίζεται η συσχέτιση Pearson των δύο συντελεστών μεταξύ όλων των τόπων σε καθένα από τα

επιβίωση +

και

survival-

sites. Για την ποιότητα του όγκου, η συσχέτιση ήταν 0,06 και για την ηλικία, ήταν 0,08. Χρήση μόνο τις περιοχές που παρουσιάζουν ενδιαφέρον για αυτή τη μελέτη (εκείνα με τιμή-ρ & lt? 0,05 στην επιβίωση και σύγκριση μεθυλίωσης) έδωσε συσχετίσεις από 0,16 για την ηλικία και -0.12 για την ποιότητα του όγκου. Επιπλέον οι αριθμοί των τόπων όπου συσχέτιση ήταν στατιστικά σημαντική τόσο για μεθυλίωση και την ηλικία ή μεθυλίωση και το περιεχόμενο του όγκου ήταν αρκετά μικρό (n ~ 10). Ως εκ τούτου, καταλήγουν στο συμπέρασμα ότι οι συσχετίσεις μεταξύ των επιπέδων μεθυλίωσης και χρόνους επιβίωσης δεν επηρεάζονται σημαντικά από την ηλικία του ασθενούς ή του περιεχομένου του όγκου.

Λειτουργική ανάλυση αποκαλύπτει γονίδια τα κλειδιά στον παγκρεατικό κύτταρο μοίρα

δέσμευση

Χρησιμοποιώντας το

επιβίωση +

και

survival-

περιοχές μεθυλίωσης ξεχωριστά και το σύνολο ~ 250K περιοχές μεθυλίωσης ως φόντο, χρησιμοποιήσαμε το μεγάλο εργαλείο για να αναζητήσετε σημαντικές συσχετίσεις με διάφορες λειτουργικές κατηγορίες και τις οδούς [17]. Ένα υποσύνολο των σημαντικών ενώσεων που βρέθηκαν από αυτά τα ερωτήματα παρατίθενται στον Πίνακα 2 για το

survival-

sites και στον πίνακα 3 για τις

sites επιβίωση +

.

Η

Για το

survival-

σύνολο των χώρων μεθυλίωσης, παρατηρήσαμε μια σειρά από σημαντικές συσχετίσεις με αναπτυξιακές διαδικασίες και τα μονοπάτια ειδικά για το πάγκρεας, συμπεριλαμβανομένων βασικών γονιδίων που εμπλέκονται στη ρύθμιση της μεταγραφής καθορισμό κυτταρική διαφοροποίηση στο πάγκρεας. Σύνδεσμοι επίσης σημειωθεί μεταξύ των γονιδίων και των διαδικασιών των νευρικών διαφοροποίησης των κυττάρων, ένα εύρημα αναφέρθηκε προηγουμένως σε τόσο μια προσπάθεια προσδιορισμού αλληλουχίας exome [5] και μια μελέτη μεθυλίωσης του DNA του PDAC [13].

Το σχήμα 2 είναι μια σχηματική κυτταρικών σειρών στο πάγκρεας προσαρμοστεί από Zaret,

et al

. [18]. Γονίδια επισημαίνονται με κόκκινο χρώμα εμπλουτίστηκαν στο

survival-

σύνολο, συμπεριλαμβανομένης της HHEX, ONECUT1, ISL 1, NKX2-2 και Pax6. HHEX, ένα γονίδιο ομοιοακολουθίας, είναι κρίσιμη για την ανάπτυξη του παγκρέατος και ONECUT1 είναι απαραίτητες για την έγκαιρη έκφραση του Pdx1 και NEUROG3 τόσο ραχιαία και παγκρεατικών ενδοδέρματος [19, 20]. NKX2-2 απαιτείται για την ανάπτυξη παγκρεατικών βήτα κυττάρων [21], ISL 1 απαιτείται για την ανάπτυξη των κυττάρων των νησιδίων [22], και, Pax6 απαιτείται για την διαφοροποίηση των άλφα κυττάρων [22].

γονίδια που είναι καλά -που θεσπίστηκε ως παίζουν βασικό ρόλο στην κυτταρική μοίρα αναφέρονται ονομαστικά. Ονόματα επισημαίνονται με κόκκινο χρώμα τα γονίδια εμπλουτισμένα για

survival-

περιοχές μεθυλίωσης.

Η

Έχει αναφερθεί στο παρελθόν ότι η υπερμεθυλίωση της ISL 1 συσχετίζεται με μειωμένη έκφραση του γονιδίου και επιθετική εξέλιξη του διηθητικού καρκίνου της ουροδόχου κύστης [23]. Η μεθυλίωση του NKX2-2 ταυτοποιήθηκε ως μέρος μιας υπογραφής για το πολύμορφο γλοιοβλάστωμα [24]. Τέλος, η υπερμεθυλίωση Pax6 παρατηρήθηκε ότι συσχετίζεται με κακή κλινική έκβαση σε γαστρικό καρκίνο [25, 26], η ανάπτυξη του μη μικροκυτταρικού καρκίνου του πνεύμονα [27] και μεταγραφική απενεργοποίηση σε διηθητικό καρκίνωμα του πόρου του μαστού [28, 29].

survival-

και

επιβίωση +

έχουν διακριτές θέσεις τάσεις

Σχήμα 3Α δείχνουν τις αναλογίες log-αποδόσεις για

survival-

και em

sites επιβίωση +

σε διάφορες αποστάσεις από τις θέσεις έναρξης μεταγραφής του πλησιέστερου γονιδίων τους. Οι

survival-

sites, τα οποία έχουν τις πιο σαφή αποτελέσματα σχολιασμό, ήταν ουσιαστικά εμπλουτισμένο σε περιοχές υποκινητών των γονιδίων. Σε αντίθεση, η

επιβίωση +

μεθυλίωση sites, τα οποία, ως ομάδα, έχουν λιγότερο συνεκτική σύνδεση με συγκεκριμένη λειτουργική σχολιασμούς διανεμήθηκαν ευρύτερα και άπω στα γονίδια «έναρξης μεταγραφής sites. Ομοίως, οι δύο κατηγορίες των χώρων μεθυλίωσης έχουν ξεχωριστές στατιστικές ιδιότητες. Το σχήμα 3Β είναι ένα ιστόγραμμα μέσες τιμές μεθυλίωσης για θέσεις μεθυλίωσης και των δύο κατηγοριών. Survival- και την επιβίωση + sites φαίνεται να έχουν σχεδόν ξεχωριστές και διακριτές κατανομές των τιμών μεθυλίωσης. Ενώ survival- περιοχές τείνουν να έχουν χαμηλή μεθυλίωση που αυξάνει με κοντή χρόνους επιβίωσης, η επιβίωση + κατηγορία συντριπτική πλειοψηφία αποτελείται από CpG περιοχές που είναι υπερ-μεθυλιωμένα. Σημειώνουμε ότι οι δύο αυτές κατανομές αντανακλούν την κατανομή υπόβαθρο όλων των θέσεων (βλ S1 σχήμα). Η αφθονία της επιβίωσης + sites σε σχέση με survival- περιοχές αντανακλά την μεγαλύτερη διανομή φόντο υπερμεθυλίωση CpGs. Ως υπο-μεθυλιωμένα περιοχές των γονιδιωμάτων τυπικά συνδέονται με μεταγραφικές θέσεις εκκίνησης, είναι πιθανό ότι οι survival- περιοχές είναι πιο άμεσα σχετίζονται με μεταγραφικές αλλαγές από την επιβίωση + sites, τα οποία είναι συχνά σε περιφερική διαγονιδιακές περιοχές, και έχουν λιγότερο σαφή σχέση με μεταγραφικές κανονισμού.

(Α) Εμπλουτισμός (log

-odds αναλογία) του

επιβίωση +

και

survival-

τοποθεσίες σε διαφορετικούς κάδους απόσταση σε σχέση με τις μεταγραφικές θέσεις εκκίνησης ( TSS) του πλησιέστερου γονιδίων τους. (Β) Ιστόγραμμα των μέσες βαθμολογίες μεθυλίωσης για CpG θέσεις κατηγοριοποιούνται ως

survival-

και

επιβίωση +

.

Η

Προς βιοδεικτών Ανάπτυξης

Συγκεκριμένα παραδείγματα της συσχέτισης μεταξύ μεθυλίωσης και την επιβίωση των ασθενών παρουσιάζονται στο Σχήμα 4. το σχήμα 4Α δείχνει τρία γονίδια (FAM150A, ONECUT1, και RASSF10) που τοπικά εμπλουτισμένα για

survival-

sites. Ο πίνακας δείχνει τη χρωμοσωμική τοποθεσία, τη δομή, και μια μεγεθυμένη εικόνα από τα κομμάτια μεθυλίωσης DNA για τις 11 PDAC ασθενείς με το χρόνο επιβίωσής τους σε μήνες που αναφέρονται στο αριστερό μέρος της πίστας, καθώς και κομμάτια για 2 παγκρεατίτιδα και 3 φυσιολογικά δείγματα. Το χαμηλότερο τμήμα του πλαισίου Σχ 4Α απεικονίζει κομμάτια για παράγοντα μεταγραφής περιοχές που λαμβάνονται από το σχέδιο ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ [30] δεσμευτική. Το σχήμα 4Β απεικονίζει καμπύλες Kaplan-Meier για τρεις ειδικές θέσεις-καθεμία που λαμβάνονται από το γονίδιο αμέσως πάνω από αυτό. Μια δωρεάν σύνολο παραδειγμάτων χρησιμοποιώντας το

sites επιβίωση +

παρέχεται στο S2 Εικ.

(Α) Τρία γονίδια όπου η αυξημένη μεθυλίωση στην περιοχή του υποκινητή συσχετίζεται έντονα με μειωμένη επιβίωση του ασθενούς. Επίσης φαίνονται οι τροχιές που αντιστοιχούν σε αποδείξεις δέσμευσης παράγοντα μεταγραφής. καμπύλες (Β) κατά Kaplan-Meier για ένα site από κάθε γονίδιο που συμβαίνουν μέσα σε μια θέση δέσμευσης παράγοντα μεταγραφής.

Η

Σύγκριση με γνωστά PDAC που σχετίζονται με τα γονίδια

Χρησιμοποιώντας ένα γονίδιο-κεντρική προσέγγιση, μετρήσαμε τον αριθμό των σημαντικών τόπων μεθυλίωσης (

επιβίωση +

ή

survival-

) που συμβαίνουν σε ένα δεδομένο γονίδιο συν επέκταση 5 κιλοβάσεων ανάντη της θέσης έναρξης της μεταγραφής. Στη συνέχεια ταξινομούνται αυτές τις δύο λίστες και εξέτασε τις 10 πρώτες συμμετοχές στο καθένα. Οι πλήρεις κατάλογοι των γονιδίων και ο αριθμός των σημαντικών τόπων μεθυλίωσης για κάθε δεδομένο στον Πίνακα S4.

Επίσης, κοιτάξαμε επικάλυψη μεταξύ του γονιδίου σύνολα και σύνολα των γονιδίων μας με μεταλλάξεις που αποκαλύφθηκαν σε δύο εκτεταμένες μελέτες αλληλουχίας του παγκρέατος καρκίνους [4, 5]. Για λίστες γονιδίων μας, πήραμε μόνο εκείνοι που είχαν 10 ή περισσότερες θέσεις σημαντική μεθυλίωσης (για να μειώσει το ποσοστό των λανθασμένων ανακάλυψη οποιουδήποτε ενιαίου χώρου). Αυτό μας έδωσε 32 γονίδια για το

survival-

που και 54 γονίδια για το

επιβίωση +

σύνολο. Μόνο μία (COL5A1) εμφανίστηκε σε τόσο μια λίστα των μεταλλαγμένων γονιδίων [4] και το

επιβίωση +

λίστα, ενώ καμία αλληλεπικάλυψη σημειώθηκε με το

survival-

τεθεί. Αυτή η έλλειψη επικάλυψης μεταξύ των γονιδίων εμπλουτίζεται για survival- και τοποθεσίες και τα γονίδια που σχετίζονται με παγκρεατική μεταλλάξεις καρκίνο επιβίωση + μεθυλίωση εξηγείται από δύο παράγοντες. Το πρώτο είναι ότι εφαρμόζεται αυστηρά κριτήρια για τα γονίδια που πρέπει να εξετάζονται προκειμένου να ελαχιστοποιηθούν οι ψευδείς ανακάλυψη, και ως εκ τούτου δεν έχουμε αναγκαστικά κατέλαβε όλες τις επιγενετικές αλλαγές. Το δεύτερο, και ίσως πιο σημαντική παρατήρηση είναι ότι PDAC που σχετίζονται με τα γονίδια μεταλλαγμένα δεν εμπλουτίζονται για παγκρέατος αναπτυξιακών γονιδίων, αλλά μάλλον για μονοπάτια σηματοδότησης. Έτσι μεταλλάξεις σε αυτά τα μονοπάτια σηματοδότησης πιθανό αποφέρουν οφέλη επιβίωσης για τους όγκους, ενώ οι αναπτυξιακές αλλαγές που αποφέρουν οφέλη επιβίωσης είναι πιο αποτελεσματικά διαμορφωμένο αν επιγενετικές παρά γενετικές αλλαγές.

Συζήτηση

Γονιδιωματική αλλαγές και την έκφραση του γονιδίου οι αλλαγές που σχετίζονται με τον καρκίνο του παγκρέατος έχουν μελετηθεί εντατικά, και μια σειρά από κρίσιμα γονίδια έχουν ταυτοποιηθεί [4, 31, 32]. Ποσοτική ενσωμάτωση πολλαπλών δεδομένων πηγών για γονιδιωματική αλλαγές, γονιδιακή έκφραση, και επιγενετική ρύθμιση με την επιβίωση των ασθενών βοήθησε στο χαρακτηρίζουν τις σχέσεις μεταξύ του PI3K /AKT και μονοπάτια SRC [10] και PDAC εξέλιξη. Σε αντίθεση με προηγούμενες μελέτες, έχουμε υιοθετήσει το

survival-

προσέγγιση με έμφαση στο δυναμικό επιγενετική ρύθμιση μέσω μεθυλίωσης του DNA.

Βρήκαμε ότι η μεθυλίωση των CpG θέσεων σχετίζεται με την επιβίωση των ασθενών στην ~ 20.000 περιπτώσεις από ~ 250.000 μετριέται. Αυτές οι περιοχές έπεσε σε δύο κατηγορίες που ονομάζεται

survival-

και

επιβίωση +

αντιπροσωπεύει τη σχέση της αυξημένης μεθυλίωσης για την επιβίωση. Βρήκαμε επίσης ότι αυτοί οι δύο τύποι των τόπων είχαν διακριτές θέσεις τάσεις σε σχέση με τις μεταγραφικές θέσεις εκκίνησης των γονιδίων. Ενώ η

survival-

sites συγκεντρωμένα κοντά στο TSS-αντιστοιχεί σε υπερμεθυλίωση των περιοχών προαγωγού, οι

sites επιβίωση +

έγιναν ευρύτερα διανέμονται intragenically. Ως αποτέλεσμα αυτής της κατάτμησης, και γενικά πιο πλήρως κατανοητή και χαρακτηρίζεται περιοχές υποκινητή των γονιδίων, η

survival-

sites απέδωσε σαφέστερη ανάκτηση των λειτουργικών σχολιασμού και γονιδίων στο σύνολο.

Ενώ η συντριπτική πλειοψηφία των μελετών μεθυλίωσης του DNA έχουν επικεντρωθεί στην κατάσταση μεθυλίωσης των δικαιούχων και των CpG νησίδων, υπάρχουν αυξανόμενες ενδείξεις ότι ιντρονική μεθυλίωση ή /και μεθυλίωση περιοχές που δεν αποτελούν μέρος των CpG νησίδων παίζουν επίσης ρόλο στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης [33, 34] . Πιστεύεται ότι αυτά μεθυλίωση αυτών των ενδο-γονιδιακός sites επηρεάζει τον ρόλο των ενισχυτών της μεταγραφής [35-37]. Η μελέτη μας προσδίδει αξιοπιστία σε αυτό ως το μεγαλύτερο μέρος των σημαντικών μεταβολών μεθυλίωσης που παρατηρήσαμε ήταν η

επιβίωση +

κατηγορία (όχι κοντά στο TSS).

Το γονίδιο FAM150A είχε το μεγαλύτερο αριθμό των

survival-

sites. Αν και δεν είναι καλά χαρακτηρισμένες στην βιβλιογραφία, σε μια πρόσφατη μελέτη του καρκινώματα νεφρικών κυττάρων, βρέθηκε να υπερμεθυλίωση στο σύμπλεγμα των ασθενών με επιθετικό καρκίνο και κακή επιβίωση [38, 39]. Ο ρόλος των ONECUT1 (HNF6) σε παγκρεατικά ανάπτυξη είναι καλά εδραιωμένη. Ειδικότερα, θεωρείται ότι δρα ως φαινοτυπική αλλαγή στην κυψελοειδή-to-πόρου μεταπλασία που μπορεί να οδηγήσει σε παγκρεατικά ενδοεπιθηλιακή νεοπλασία και επακόλουθη PDAC [40]. Μελέτες σε ποντίκια δείχνουν ONECUT1 έχει ογκοκατασταλτικό δραστηριότητα [41]. Ένα άλλο πολύ γνωστό ογκοκατασταλτικό σε μας λίστα top 10 είναι RASSF10. Πρόσφατες μελέτες έχουν ταυτοποιηθεί ως επιγενετικώς σιγήσει μέσω υπερμεθυλίωση προαγωγού σε έναν αριθμό καρκίνων [42-52]. RNF207 επίσης πρόσφατα αναγνωρίστηκε ως καταστολέας όγκων σε νευροβλαστώματα [53]. PCDH9 συχνά χάνεται στα ηπατοκυτταρικά καρκινώματα, ρύθμιση προς τα κάτω της συνδέεται με τη μετανάστευση των καρκινικών κυττάρων, και PCDH9-αρνητικούς όγκους συσχετίζονται με σημαντικά μικρότερους χρόνους επιβίωσης για τους ασθενείς γλοίωμα [54, 55]. Ομοίως, η απώλεια ενός αλληλόμορφου Brf1 συνδέεται με μια ποικιλία διαφορετικών όγκων [56]. Ως υπομονάδα TFIIB, η απελευθέρωση αυτού του γονιδίου πιθανόν συμβάλλει στην απελευθέρωση του RNA pol III μεταγραφή που παρατηρείται ευρέως στα καρκινικά κύτταρα [57].

Από την κορυφή 10

survival-

γονίδια, μόνο τρία (MAP6, RIN3, και HIST1H2BI) έλειπε σαφής απόδειξη μιας ογκογόνου ή ογκοκατασταλτικό ρόλο στη βιβλιογραφία. RIN3 είναι ένας αρνητικός ρυθμιστής της απόκρισης των μαστοκυττάρων να παράγοντα βλαστοκυττάρων [58], και μπορεί να παίζει ένα ρόλο στην κατασταλτική διεισδυτικότητα όγκου. HIST1H2BI δεν φαίνεται να έχουν ένα γνωστό ρόλο στον καρκίνο εκτός από μια γενική χρωματίνης δομικό ρόλο.

Το υπόλοιπο γονίδιο στο top 10 λίστα μας κωδικοποιεί ένα miRNA (MIR96) είναι γνωστό ότι καταστέλλει KRAS και να λειτουργεί ως καταστολέας των όγκων σε καρκίνο του παγκρέατος [59]. Ως αποτέλεσμα, εξετάσαμε επίσης και άλλα miRNAs που εμφανίζονται στο

survival-

λίστα γονιδίων μας. Αν και δεν είναι στο top 10, βρήκαμε δύο ακόμα γονίδια miRNA με περισσότερα από 5 σημαντικές περιοχές μεθυλίωσης. MIR130B ρυθμίζεται προς τα κάτω σε παγκρεατικά καρκινικούς ιστούς και η έκφραση του είναι ένα χρήσιμο προγνωστικό για τους ασθενείς με καρκίνο του παγκρέατος [60]. MIR196A1 έχει επίσης διαπιστωθεί ότι έχουν ανώμαλη έκφραση που σχετίζονται με μη φυσιολογική απόπτωση, την εισβολή και τον πολλαπλασιασμό των καρκινικών κυττάρων του παγκρέατος [61].

Εξετάζοντας τα 10 γονίδια με τα πιο πολυάριθμα

sites επιβίωση +

έδωσε την ακόλουθη ευρήματα. PTPRN2 είναι ένα πολύ γνωστό μέλος των μεγάλων αυτόματης αντιγόνων σε σακχαρώδη διαβήτη εξαρτώμενο από ινσουλίνη. Έχει επίσης αναγνωριστεί ως υπερμεθυλιωμένων βιοδείκτη σε καρκίνο πλακωδών κυττάρων του πνεύμονα [62]. CDH4 είναι παρεκκλίνοντα μεθυλιωμένη στην περιοχή προαγωγέα του στα γαστρικά και καρκίνο του παχέος εντέρου και μπορεί να δρα ως επιγενετικώς σιγήσει καταστολέα όγκου σε καρκίνωμα του ρινοφάρυγγα [63, 64]. MAD1L1 είναι μια καλά μελετηθεί γονίδιο ελέγχου κύκλου κυττάρου με μεταλλάξεις που εμπλέκονται σε πολλαπλούς τύπους καρκίνου [65]. CBFA2T3 βρίσκεται σε παιδιατρικούς οξεία μυελογενή λευχαιμία και εμπλέκεται σε χρωμοσωμικές μετατοπίσεις και τα προϊόντα πρωτεΐνης σύντηξης (CBFA2T3-GLIS2) [66]. Η ανώμαλη μεθυλίωση του υποκινητή CBFA2T3 έχει βρεθεί σε ιστό καρκίνου του μαστού σε σύγκριση με το κανονικό [67]. CBFA2T3 βρίσκεται επίσης σε IGH χρωμοσωμικές μετατοπίσεις σε παιδιατρικούς λεμφώματος Β-κυττάρου [68]. Το γονίδιο κολλαγόνο αναδιαμόρφωση, COL5A1, χρησιμοποιήθηκε σε μια υπογραφή έκφρασης 10 γονιδίων που σχετίζονται με κακή επιβίωση των ασθενών σε υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνο των ωοθηκών και η έκφρασή της φαίνεται να προωθεί την μετάσταση [69]. CAMTA1 είναι ένα ογκοκατασταλτικό υποψήφιος βρεθεί να αναστέλλουν την ανάπτυξη σε νευροβλαστώματα και φαίνεται να παίζει ένα ρόλο στην ανάπτυξη των βλαστικών κυττάρων γλοιώματος [53, 70-72]. Η H3K9me1 μεθυλοτρανσφεράση PRDM16 βοηθά στην προστασία γονιδιωματικής ακεραιότητας [73]. Οι μετατοπίσεις αυτού του γονιδίου που βρέθηκαν στην οξεία μυελογενή λευχαιμία και μυελοδυσπλαστικό σύνδρομο και συσχετίστηκε με κακή επιβίωση των ασθενών [74]. SHANK2 έχει προταθεί ως νέο ογκογονίδιο ως υπερ-έκφραση του σε οισοφαγικό καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων σχετίζεται με τον κυτταρικό πολλαπλασιασμό και την προστασία έναντι του κυτταρικού θανάτου [75].

Για δύο από τις κορυφαίες 10 γονίδια υπήρχε λίγη βιβλιογραφία σχολιασμού . Υψηλά επίπεδα της πρωτεΐνης RBFOX4 έχουν βρεθεί σε υπερσκηνιδιακές επενδυμωμάτων. [76], ενώ δεν υπάρχει ουσιαστικά καμία σύνδεση στη βιβλιογραφία σε μια ένωση καρκίνου για TRAPPC9.

Όπως βρήκαμε ενδιαφέροντα miRNAs στο σύνολο μας

survival-

γονίδια, ψάξαμε για αυτούς στο

επιβίωση +

σύνολο, καθώς και. Παρά τις μεγαλύτερο αριθμό τόπων

επιβίωση +

σχέση με την περιοχή την επιβίωση, δεν υπήρχαν γονίδια miRNA συνδέονται με περισσότερα από 5 αυτής της κατηγορίας των τόπων.

Ακολουθώντας μία πιο προσεκτική εξέταση των μεμονωμένων γονιδίων που σχετίζονται με πολλαπλές εμφανίσεις του

επιβίωση +

και

survival-

χώρους, βρήκαμε ότι σχεδόν όλοι είχαν εντοπιστεί μέσω άλλες μελέτες με άλλους τύπους δεδομένων, όπως παίζει ένα ρόλο στον καρκίνο, ακόμα και αν δεν έχουν διερευνηθεί ειδικά σε σχέση με PDAC. Τα ευρήματά μας συμφωνούν με προηγούμενες μελέτες αναφέρουν συσχετίσεις μεταξύ υπερμεθυλίωση προαγωγού ή απενεργοποίηση της μεταγραφής, για αρκετές βασικές αναπτυξιακές ρυθμιστικά γονίδια ή γονίδια με την ικανότητα καταστολής όγκων σε άλλες μορφές καρκίνου. Οι οδοί που είναι εμπλουτισμένα για

survival-

σχετίζονται επιγενετικές μεταβολές αντιστοιχούν σε μερικές από τις οδούς προηγουμένως ταυτοποιηθεί με την ευρεία έννοια. Η εμφάνιση των 3 γονιδίων miRNA σε μας

survival-

σύνολο, το σύνολο των οποίων έχουν ταυτοποιηθεί ως κύριοι ρυθμιστές της μεταγραφής στο PDAC, είναι σωματιδιακής σημείωση και μας δίνει μεγαλύτερη εμπιστοσύνη στην προσέγγιση που έχουμε λάβει.

Τέλος, ως προκαταρκτική δοκιμή των δυνατοτήτων πρόβλεψης χρησιμότητα της μεθυλίωσης του DNA για τον καρκίνο του παγκρέατος επιβίωση των ασθενών, δοκιμάσαμε 3

survival-

τοποθεσίες που εμφανίζονται σε 3 γονίδια με πολλαπλά

survival-

sites σε σημεία για τα οποία υπάρχουν αποδείξεις πρωτεΐνη δέσμευσης. Οι τιμές μεθυλίωσης σε κάθε μία από αυτές τις περιοχές θα μπορούσαν να διχοτομήσει τους ασθενείς σε σύντομο επιβίωση και πλέον η επιβίωση με στατιστική σημαντικότητα.

Τα αποτελέσματα αυτής της προσέγγισης δείχνουν σαφώς ότι οι αλλαγές μεθυλίωσης του DNA των βασικών κυττάρων μοίρα τον προσδιορισμό των γονιδίων συνδέεται στενά με PDAC προχώρηση. Η μελέτη αυτή θα πρέπει να παρακινήσει τη συλλογή περισσότερων δεδομένων του δείγματος για να επιβεβαιώσει τα αποτελέσματά μας, καθώς και για την ανάπτυξη βιολογικών δεικτών με βάση τις αλλαγές μεθυλίωσης του DNA που σχετίζονται με αυτά τα βασικά γονίδια.

Μέθοδοι και Υλικά |

Ασθενείς και δείγματα

όλες οι εργασίες διεξήχθη με την έγκριση του Πανεπιστημίου της Καλιφόρνια, Λος Άντζελες (UCLA) Διατροφή κριτική Θεσμική με γραπτή συγκατάθεση από όλους τους ασθενείς. Δείγματα από όγκους PDAC και μη κακοήθεις πάγκρεας καταψύχθηκαν κατά το χρόνο της χειρουργικής επέμβασης. περιεχόμενο όγκου εκτιμήθηκε σε τμήματα αιματοξυλίνη και ηωσίνη από την άσκηση του γαστρεντερικού παθολόγο (DWD). Όλα κλινικοπαθολογικοί και την επιβίωση των πληροφοριών για τους ασθενείς που εξήχθη από μια μελλοντικά διατηρείται UCLA χειρουργική της βάσης δεδομένων του παγκρέατος ασθενών. Η συνολική επιβίωση προσδιορίστηκε με την έρευνα τα διαστήματα Δείκτης θανάτου και επιβίωσης Κοινωνικής Ασφάλισης υπολογίζονται από την ημερομηνία της επέμβασης μέχρι σήμερα επιβεβαίωσε το θάνατο ή την τελευταία επαφή με τον ασθενή.

Για τη μελέτη αυτή, χρησιμοποιήθηκαν συνολικά 16 δείγματα, συμπεριλαμβανομένων 11 PDAC όγκους, 2 φυσιολογικά δείγματα και 3 χρόνια δείγματα παγκρεατίτιδα. Οι κλινικές λεπτομέρειες για αυτά τα δείγματα δίνονται στον Πίνακα S1.

Μειωμένη εκπροσώπηση θειώδους αλληλουχίας

Το γονιδιακό DNA από όλα τα δείγματα εξήχθη για τη δημιουργία βιβλιοθηκών για μειωμένη εκπροσώπηση θειώδους αλληλουχίας (RRBS) ακολουθώντας ένα πρότυπο πρωτόκολλο [ ,,,0],77]. Πέψης διεξήχθησαν με το ένζυμο μεθυλίωση-αναίσθητη περιορισμού MspI, και θραύσματα που κυμαίνονται από επελέγησαν 50 έως 300 βάσεις για τον εμπλουτισμό για CpG πλούσιων περιοχών. Μετά την πέψη, τα δείγματα συνδέθηκαν με Illumina προσαρμογείς, επιλεγμένο μέγεθος, μετουσιώθηκε και υποβλήθηκε σε επεξεργασία με όξινο θειώδες νάτριο για να αποκαλύψει τους κατάσταση μεθυλίωσης. Βιβλιοθήκες αλληλουχία χρησιμοποιώντας Illumina Hiseq 2000 sequencers.

αλληλουχίας διαβάζει χαρτογραφήθηκαν στο ανθρώπινο γονιδίωμα αναφοράς (hg19) χρησιμοποιώντας το σετ BS Seeker2 των υπολογιστικών εργαλείων [78]. Όπως κατεργασία όξινου θειώδους μετατρέπει μη μεθυλιωμένα κυτοσίνες σε θυμίνες, υπολογίσαμε το επίπεδο μεθυλίωσης σε κάθε θέση CpG γονιδιωματική ως το κλάσμα των διαβάζει μοναδικά αντιστοιχιστεί σε αυτή την ιστοσελίδα που περιέχει μια κυτοσίνη.

Φιλτράρισμα δεδομένων

Εμείς φιλτράρεται το οριστεί θέσεων μεθυλίωσης για επακόλουθη ανάλυση με χρήση δύο στατιστικών κριτηρίων που προορίζονται για την επιλογή βιολογικά σχετικές θέσεις και να βελτιώσει την ποιότητα των κατάντη υπολογισμούς. Πρώτον, όπως η κατάσταση μεθυλίωσης σε μια δεδομένη θέση είναι μια εκτίμηση διωνυμική συχνότητα, υπολογίσαμε διαστήματα εμπιστοσύνης με τη μέθοδο της Clopper-Pearson [79]. Συμπεριλάβαμε μόνο θέσεις όπου συχνότητες μεθυλίωσης για καθένα από τα 16 δείγματα είχαν 95% διαστήματα εμπιστοσύνης μικρότερη από 0,25. Δεύτερον, υπολογίζεται η τυπική απόκλιση μεταξύ των 16 δειγμάτων και θανατώθηκαν sites με τυπική απόκλιση & lt? = 0,05 για περαιτέρω ανάλυση.

Στατιστική Ανάλυση

Principal Component Analysis [80] πραγματοποιήθηκε σε φορείς μεθυλίωση που αποτελείται από όλα τα sites που πέρασαν τα φίλτρα που περιγράφονται παραπάνω. Cox παλινδρόμησης [81] με λογοκρισία χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό ενός συντελεστή παλινδρόμησης και συνδέονται ρ-τιμή σε κάθε θέση ξεχωριστά για να προσδιοριστεί το σημείο και τη δύναμη της σχέσης με τα δεδομένα επιβίωσης. Ομοίως, για ορισμένες περιοχές ενδιαφέροντος παρουσιάζονται στον Αποτελέσματα και συζήτηση, θα υπολογίζεται κατά Kaplan-Meier [82] καμπύλες και p-τιμές log-rank με διχοτομηθεί των δειγμάτων με βάση τη μέση τιμή της μεθυλίωσης σε κάθε θέση.

Function και Pathway Ανάλυση

για να διερευνήσουν τις λειτουργικές επιπτώσεις των χώρων μεθυλίωσης με ισχυρή συσχέτιση με την επιβίωση, θα χρησιμοποιηθεί η γενωμική Περιφερειών Εμπλουτισμός σχολιασμοί Εργαλείο (ΜΕΓΑΛΗ) [17]. Αυτό το εργαλείο αδρανών υλικών πολλαπλές βάσεις δεδομένων της βιομοριακής σχολιασμού και υπολογίζει τις στατιστικές συσχετίσεις μεταξύ αυτών σχολιασμούς και ένα δεδομένο σύνολο εισόδου των γονιδιωματικών περιοχών. Για την είσοδο μας, χρησιμοποιήσαμε το υποσύνολο των θέσεων μεθυλίωσης με ρ-τιμές μικρότερες από 0.05. Για το φόντο, χρησιμοποιήσαμε όλες τις τοποθεσίες που πέρασαν τα δύο φίλτρα ποιότητας. Για τη μεγάλη παραμέτρους εισόδου εμείς επιλέξαμε το ενιαίο πλησιέστερο επιλογή γονιδίου και μια μέγιστη επέκταση των 100 χιλιάδων βάσεων από τη θέση έναρξης της μεταγραφής του κάθε γονιδίου.

Λόγω του μεγάλου αριθμού των θέσεων CpG που εξετάζονται στην παρούσα μελέτη, προσπαθήσαμε να εφαρμόσουν πρότυπο πολλαπλών δοκιμή διορθώσεις [83] σε αυτές τις π-αξίες. Ως αποτέλεσμα της υποεκπροσώπηση των χαμηλών p-τιμές στα δεδομένα μας σε σύγκριση με ομοιόμορφη τυχαία προσδοκία, τα ποσοστά ψευδών ανακάλυψη λάβαμε ήταν πιθανό φουσκωμένα. Ωστόσο, όπως φαίνεται στο Αποτελέσματα και συζήτηση, με τη χρήση μη διορθωμένη p-τιμές για την επιλογή των τόπων σε ένα συνολικό τρόπο (ανά γονίδιο ή γονιδιωματική περιοχή) υπό τον όρο να πείσει την ανάκτηση των λειτουργικών σχολιασμού και γονίδια που προηγουμένως επισημανθεί στη βιβλιογραφία, γεγονός που υποδηλώνει την προσέγγισή μας είναι ισχυρή. Τέλος, σε σύγκριση με το σύνολο των γονιδίων πιο έντονα εμπλουτισμένο με σημαντικά αξιοθέατα μεθυλίωσης στους καταλόγους των γονιδίων βρέθηκε να μεταλλαχθεί σημαντικά το εκτεταμένο έργο αλληλουχίας exome [4, 5].

Υποστήριξη Πληροφορίες

S1 Εικ. Ιστορικό Κατανομή ανά τοποθεσία Μέση μεθυλίωση Αξίες

doi:. 10.1371 /journal.pone.0128814.s001

(TIFF)

S2 Εικ. Γονιδίωμα οπτικοποίηση του προγράμματος περιήγησης του Παραδείγματος γονιδίων με Επιβίωση + τοποθεσίες

doi:. 10.1371 /journal.pone.0128814.s002

(TIFF)

S1 πίνακα. Κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά των δειγμάτων ασθενών

Κλινικές μεταβλητές που συλλέγονται για τους ασθενείς αδενοκαρκίνωμα του παγκρέατος σε αυτή τη μελέτη

doi:.. 10.1371 /journal.pone.0128814.s003

(XLSX)

S2 πίνακα. Λειτουργική βάση την αρχή Component 1.

doi: 10.1371 /journal.pone.0128814.s004

(XLSX)

S3 πίνακα.