Αφηρημένο

DOC-2 /DAB2 διαδραστικό πρωτεΐνη (DAB2IP) είναι ένα μυθιστόρημα που προσδιορίζονται ογκοκατασταλτικό γονίδιο που αναστέλλει την ανάπτυξη των κυττάρων και διευκολύνει την κυτταρική απόπτωση. Μία γενετική παραλλαγή στο

DAB2IP

γονίδιο είχε αναφερθεί να σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο επιθετικού καρκίνου του προστάτη πρόσφατα. Από DAB2IP περιλαμβάνει στην ανάπτυξη του καρκίνου του πνεύμονα και χαμηλή έκφραση του DAB2IP παρατηρούνται στον καρκίνο του πνεύμονα, υποθέσαμε ότι οι διακυμάνσεις των

DAB2IP

γονίδιο μπορεί να αυξήσει την γενετική ευπάθεια στην καρκίνο του πνεύμονα. Σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων του 1056 περιπτώσεων καρκίνου του πνεύμονα και 1056 το φύλο και την ηλικία συχνότητα ταιριαστό καρκίνο χωρίς ελέγχους, διερευνήσαμε τη συσχέτιση μεταξύ των δύο κοινών πολυμορφισμών στο

γονίδιο DAB2IP

(-1420T ΈΝΑ). Γενετική ανισορροπία σύνδεσης μεταξύ της -1420T & gt? G τόπο και 97906C & gt? Μια θέση δεν συμβεί ως την ανάλυση LD σε ελέγχους εμφανίζονται (D ‘= 0,015 και r

2 = 0.001), γεγονός που υποδηλώνει το καθένα μπορεί να έχει μια ανεξάρτητη επίδραση στον κίνδυνο της . καρκίνο του πνεύμονα

Η

Όπως φαίνεται στον πίνακα 2, αλληλόμορφο συχνότητα των 97906C & gt? Ένα SNP έχει δείξει σημαντικές διαφορές μεταξύ των υποθέσεων και των ελέγχων (

P

= 0,0381). Πολυπαραγοντική ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης έδειξε ότι μετά την προσαρμογή για συγχυτικούς παράγοντες, σε σύγκριση με γονότυπους CC, CA είχαν σημαντικά αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα (αναλογίες προσαρμοσμένο πιθανοτήτων [OR] = 1,31? 95% CI = 1,01 – 1,68?

P

= 0,0436), η ομοζυγώτες ΑΑ είχαν μια μη-σημαντικά αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα (προσαρμογή OR = 1,90? 95% CI = 0,80 – 4,53?

P

= 0,1438) λόγω της σπάνιας συχνότητα, αλλά υπάρχουν ήταν μια σημαντική τάση για ένα φαινόμενο δόσης αλληλόμορφο για τον κίνδυνο καρκίνου των πνευμόνων (

P

τάση = 0,0158). Σύμφωνα με το συν-κυρίαρχο μοντέλο της κληρονομίας, οι φορείς της Α αλληλόμορφο (δηλαδή, CA γονότυπους /ΑΑ) είχαν 0,33 φορές αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα (95% CI = 1,04 – 1,70?

P

= 0.023 ). Ωστόσο, για την -1420T & gt? G SNP, ο γονότυπος και αλληλόμορφο συχνότητες δεν διαφέρουν σημαντικά μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων (

P

= 0,5263 και 0,4549, αντίστοιχα). Συνέπεια, δεν υπήρχε σημαντική συσχέτιση μεταξύ αυτού του SNP και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα

ανάλυση διαστρωμάτωση του

DAB2IP

97906C & gt? Α. Γονότυπους και τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα

Εμείς αξιολογούνται περαιτέρω οι ενώσεις των 97906CA /παραλλαγή ΑΑ γονότυπους με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα στρωματοποιημένη από επιλεγμένες μεταβλητές. Όπως φαίνεται στον Πίνακα 3, σε σύγκριση με την κοινή άγριου τύπου ομόζυγο γονότυπο, η επιζήμια γονότυπους 97906CA /ΑΑ ήταν πιο έντονη στους άνδρες (προσαρμοστεί OR = 1.42, 95% CI = 1,06 – 1,89), σε νεότερα άτομα (προσαρμόσει OR = 1,51 , 95% CI = 01.06 έως 02.14), σε μη-καπνιστές (ρυθμίστε OR = 1,43, 95% CI = 1.00-2.10), σε nondrinkers (προσαρμοστεί OR = 1.45, 95% CI = 1,10 – 1,92), σε υπέρβαρα ομάδες ( ρυθμίστε ή = 2,33, 95% CI = 1.30 έως 4.16) και σε άτομα με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου σε συγγενείς πρώτου ή δεύτερου βαθμού (ρυθμίστε OR = 2,55, 95% CI = 01.04 έως 06.25). Ότι, καμία σημαντική συσχέτιση μεταξύ της -1420T & gt? G πολυμορφισμό και ο κίνδυνος καρκίνου του πνεύμονα βρέθηκε σε οποιαδήποτε από τις υποομάδες (τα δεδομένα δεν φαίνονται)

Η

Επιπλέον, αξιολογήσαμε τις πιθανές αλληλεπιδράσεις (ή τροποποιήσεις αποτέλεσμα. ) μεταξύ του πολυμορφισμού και την ηλικία, το φύλο, το κάπνισμα, το ποτό, το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου, και των ομάδων ΔΜΣ για τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Ενώ τοποθέτηση πολλαπλασιαστική μοντέλα, βρήκαμε μόνο ότι οι παραλλαγή γονότυπους 97906A αλληλεπιδράσει με ΔΜΣ σχετικά με την αύξηση του κινδύνου καρκίνου (δοκιμή αλληλεπίδρασης

P

= 0.0348). Αναλύσαμε περαιτέρω τις πιθανές αλληλεπιδράσεις με το λογισμικό Πολλαπλά μείωσης της διάστασης (MDR), και διαπίστωσε ότι υπήρχαν αλληλεπιδράσεις των παραλλαγή γονότυπους 97906A, ΔΜΣ και το κάπνισμα στην αύξηση του κινδύνου καρκίνου (δοκιμή αλληλεπίδρασης

P

= 0,0003). Αυτά τα αποτελέσματα υποδεικνύουν τη δυνατότητα αλληλεπίδρασης μεταξύ 97906A γονότυπων παραλλαγή και το υπερβολικό βάρος για τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα.

Ηλικία κατά την έναρξη του καρκίνου του πνεύμονα και των παραλλαγών του

DAB2IP

Η

Επειδή από μικρή ηλικία κατά την έναρξη του καρκίνου είναι ένα χαρακτηριστικό της γενετικής προδιάθεσης στην ασθένεια, αναλύσαμε την σχέση μεταξύ της ηλικίας κατά την έναρξη των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα και τους γονότυπους του

DAB2IP

, ανάλυση συσχέτισης Pearson α έδειξε ότι η ηλικία κατά την έναρξη μειώθηκε σημαντικά ως ο αριθμός των αλληλομόρφων κινδύνου αυξήθηκε στα αρσενικά (r = -0.11,

P

= 0,0026), αλλά όχι στις γυναίκες (r = -0.06,

P

= 0,2923). Εμείς εκχωρηθεί περαιτέρω αυτές τις 746 άρρενες ασθενείς για μία από τις τρεις ομάδες με βάση τον αριθμό των αλληλίων κινδύνου, και διαπίστωσε ότι η ηλικία έναρξης (μέση τιμή ± SD) ήταν 61,1 ± 11,7 έτη 610 ασθενείς με αλληλόμορφο μηδενικό κίνδυνο (δηλαδή, CC γονότυπους), ήταν σημαντικά χαμηλότερη σε 124 ασθενείς με αλληλόμορφο ενός κινδύνου (CA γονότυπους) (58,8 ± 11,2)? και μειώθηκε περαιτέρω σε 12 ασθενείς με δύο αλληλόμορφα κινδύνου (γονότυποι ΑΑ) (55.4 ± 9.5). Οι φορείς της 97906CA ή ΑΑ γονότυπους ήταν 2,3 χρόνια 5,7 χρόνια νεότερος από ό, τι εκείνη των γονότυπων CC. (Τεστ ANOVA

P

= 0.0386) (Εικ. 1). Πραγματοποιήσαμε περαιτέρω ανάλυση παλινδρόμησης Cox με και χωρίς προσαρμογές για το φύλο, την ηλικία, την κατάσταση του καπνού, κατάσταση ποτό και BMI, και διαπίστωσε ότι η γενετική παραλλαγή 97906A (97906CA και ΑΑ) της

DAB2IP

ήταν ένας ανεξάρτητος παράγοντας για την έγκαιρη έναρξη των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα (

P

= 0.033,

P

ad = 0,031)

η

σύνδεσης μεταξύ της 97906C & gt?. Α γονότυπος και

DAB2IP

επίπεδα mRNA

Όπως φαίνεται στο Σχήμα 2Α, τα επίπεδα mRNA του

DAB2IP

σε 32 ιστούς καρκίνου του πνεύμονα ήταν σημαντικά χαμηλότερες από παρακείμενο φυσιολογικό ιστούς τους (

P

& lt? 0.001). Ωστόσο, οι διαφορές της έκφρασης DAB2IP mRNA μεταξύ 97906C & gt? Ένα γονότυπους δεν ήταν σημαντικές σε κανένα ιστούς όγκων (

P =

0.188), ούτε φυσιολογικούς ιστούς (

P =

0.165), όπως φαίνεται στο Σχήμα 2Β και 2C. Πρότεινε ότι το SNP 97906C & gt?. Α μπορεί να έχει σημαντικές επιπτώσεις στην έκφραση αυτού του γονιδίου

Ένα, σχετικά επίπεδα mRNA του

DAB2IP

εκφράσεις σε ιστούς του καρκίνου του πνεύμονα σε σύγκριση με το παρακείμενο φυσιολογικούς ιστούς των πνευμόνων τους ? Β, Σχετικό επίπεδο mRNA του

DAB2IP

έκφραση από την 97906C & gt? A γονότυπο σε ιστούς του καρκίνου του πνεύμονα. C, Σχετική επίπεδο mRNA του

DAB2IP

έκφραση από τον 97906C & gt? A γονότυπο σε φυσιολογικούς ιστούς. Καμία σημαντική συσχέτιση παρατηρήθηκε μεταξύ της 97906C & gt? Ένα γονότυπο και

DAB2IP

επίπεδα mRNA ούτε σε καρκινικούς ιστούς, ούτε σε φυσιολογικούς ιστούς Στήλες, σημαίνει από τρία ανεξάρτητα πειράματα? μπαρ, SD? και t-test του Student χρησιμοποιήθηκε για τη δοκιμή των διαφορών στα επίπεδα έκφρασης των διαφορετικών κατασκευασμάτων

Η

Ανίχνευση DAB2IP /MLL γονίδιο σύντηξης

Κατά την ανάλυση του γονότυπου των 97906C & gt? α. γονότυπους σε εκείνους 82 με καρκίνο του πνεύμονα ιστών και των παρακείμενων φυσιολογικών ιστών τους, διαπιστώσαμε ότι από καρκινικούς ιστούς 19 περιπτώσεις ήταν φορείς της CA, 2 περιπτώσεις ήταν ΑΑ, των παρακείμενων φυσιολογικών ιστών 17 περιπτώσεις ήταν φορείς του CA και μία περίπτωση ήταν ΑΑ. Εμείς ενισχυμένο το θραύσμα του γονιδίου σύντηξης DAB2IP /MLL με τη μέθοδο PCR ως von Bergh AR περιγράφεται για όλα αυτά τα 82 τους ιστούς του καρκίνου του πνεύμονα και των παρακείμενων φυσιολογικών ιστών τους. Ωστόσο, απέτυχε να ανιχνεύσει

AB2IP /MLL

γονιδίου σύντηξης.

Συζήτηση

Σε αυτή τη μελέτη περίπτωση-ελέγχου του καρκίνου του πνεύμονα σε μια νότια κινεζικού πληθυσμού, ερευνήσαμε συσχέτιση μεταξύ δύο κοινές παραλλαγές του

DAB2IP

και ο κίνδυνος καρκίνου του πνεύμονα με σχετικά μεγάλο μέγεθος δείγματος 1.056 ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα και 1.056 χωρίς καρκίνο ελέγχους. Σημαντική συσχέτιση παρατηρήθηκε μεταξύ της 97906C & gt? Κίνδυνος καρκίνου του πολυμορφισμού και των πνευμόνων. Η παραλλαγή γενότυποι 97906A βρέθηκαν να σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο, ειδικά στις υποομάδες των ατόμων ηλικίας κάτω των 60 χρόνων, άνδρες, μη καπνιστές, ποτέ πότες, overweighter ή obesities, και εκείνοι με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου. Επιπλέον, ο αυξημένος αριθμός των αλληλομόρφων κινδύνου που σχετίζονται με πιο πρώιμη ηλικία έναρξης του καρκίνου του πνεύμονα. Ωστόσο, για τον πολυμορφισμό -1420T & gt? G, δεν βρέθηκαν αποδεικτικά στοιχεία για οποιαδήποτε συσχέτιση μεταξύ αυτού του SNP και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα. Για το καλύτερο της γνώσης μας, αυτή είναι η πρώτη μελέτη συσχέτιση γονότυπου

DAB2IP

SNPs και τον καρκίνο του πνεύμονα κίνδυνο.

Μια μελέτη διαπίστωσε την Εσώνιο 1 γενετική παραλλαγή 97906A στο

DAB2IP

συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο επιθετικού καρκίνου του προστάτη [19]. Λόγω της κρίσιμο ρόλο της DAB2IP στην αιτιολογία του καρκίνου του πνεύμονα, εδώ βρήκαμε ότι η 97906C & gt? A SNP συσχετίστηκε επίσης με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε άνδρες? αυτό υποδεικνύει ότι οι παραλλαγές 97906A μπορεί να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στην αιτιολογικός του καρκίνου του πνεύμονα. Είχαμε πραγματοποιηθεί ανάλυση βιοπληροφορικής »με τα εργαλεία VISTA (https://genome.lbl.gov/vista/index.shtml) συγκρίνοντας τις γονιδιωματικές δομές του

DAB2IP

γονιδίων μεταξύ ανθρώπου (GeneID: 153090) και το ποντίκι ( GeneID: 69601), αρουραίος (GeneID: 192126), ο σκύλος (GeneID: 491356), αγελάδα (GeneID: 541268), βρήκαμε ότι η 97906C & gt? Μια θέση τοποθετεί σε εξελικτικά συντηρημένες περιοχές (ΕΚΑ), το οποίο δεν άλλαξε με την εξέλιξη και υπηρέτησε ως λειτουργικά στοιχεία cis-δράσης [21]. Αναλύσαμε περαιτέρω τα πιθανά γενετικά στατιστικά παρόμοια SNPs σε 97906C & gt? Α σε 5 Mb περιοχή στο χρωμόσωμα 9 μέσω της βάσης δεδομένων HapMap SNP (απελευθέρωση # 36, https://www.hapmap.org/, 9 Νοεμβρίου, 2009) γονότυπου στο CHB τρίο με το web interface ssSNPer (https://gump.qimr.edu.au/general/daleN/ssSNPer/). περιοχή Ina από 123228424 bp ανοδικά σε 123728423 bp καθοδικά του 97906C & gt? Α, βρήκαμε επίσης ένα ιντρόνιο 1 πολυμορφισμούς rs1984038, που ήταν 3184 bp ανοδικά του 97906C & gt? Α ήταν εντελώς LD (D ‘= 1,00, r

2 = 1,00) με 97906C & gt? A [22], και επίσης ανήκουν στους ECRs. Ωστόσο, ούτε βρέθηκαν οποιαδήποτε σημαντική επίδραση του 97906C & gt? A SNP για τις εκφράσεις του mRNA του γονιδίου DAB2IP σε ιστούς καρκίνου του πνεύμονα και των παρακείμενων φυσιολογικών ιστών τους? και απέτυχε να ανιχνεύσει τις πιθανές επιπτώσεις του SNP στο γονίδιο σύντηξης DAB2IP /MLL σε καρκινικούς ιστούς. Λαμβάνοντας αυτά τα αποδεικτικά στοιχεία μαζί, αποδεικνύεται ότι 97906C & gt? Α είναι μια συντηρημένη γενετικός δείκτης

Κατά την ανάλυση στρωματοποίησης, βρήκαμε ότι τα παραλλαγή γονότυπους (97906CA + 97906AA) ήταν πιο έντονη σε άνδρες, τους νεότερους, ποτέ καπνιστές,. nondrinkers, το υπερβολικό βάρος ομάδες και τα άτομα με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου. Αυστηρές περιβαλλοντικούς παράγοντες όπως το κάπνισμα είναι ο κίνδυνος του καρκίνου του πνεύμονα και την αλληλεπίδραση γονιδίου-περιβάλλοντος είναι πολύ γνωστή εμπλέκονται στην αιτιολογία του καρκίνου του πνεύμονα [23], αλλά εδώ βρήκαμε ότι η παραλλαγή 97906A μπορεί να επηρεάσει την ανάπτυξη του καρκίνου του πνεύμονα, κυρίως λόγω αυτόχθων κληρονόμησε αποτέλεσμα. Όπως φαίνεται, 97906C & gt? Α είναι πιο σημαντική σε νεαρά άτομα, σε μη καπνιστές και nondrinkers. Συνεχώς εκείνοι με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου σε οποιοδήποτε πρώτης ή δεύτερης – βαθμού συγγενείς είχαν περισσότερο την τάση να αναπτύξουν καρκίνο του πνεύμονα, λόγω της γενετικό υπόβαθρο υψηλή συχνότητα 97906A. Επιπλέον, παρατηρήσαμε συγκλίνουσες ενδείξεις για μία στατιστικά σημαντική αλληλεπίδραση μεταξύ του 97906A και το υπερβολικό βάρος. Εμείς υποτίθεται ανδρογόνα μπορεί να ενεργεί ως ενδιάμεσος για τη στενή συσχέτιση μεταξύ ανδρογόνων και την παχυσαρκία [24] και ανδρογόνα, η λειτουργία στην έκφραση των DAB2IP καταστέλλοντας την έκφραση ΕΖΗ2 [25]. Περαιτέρω μελέτες απαιτούνται για να αποκαλύψει τον μηχανισμό ως συσσωρευμένη μελέτες έχουν διαπιστώσει ότι το υπερβολικό βάρος αυξάνει τον κίνδυνο καρκίνου στον άνθρωπο, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του πνεύμονα [26].

Είναι ενδιαφέρον, βρήκαμε επίσης ότι οι παραλλαγή γονότυπους 97906A σχετίστηκαν με πρώιμη ηλικία έναρξης του καρκίνου του πνεύμονα σε άνδρες ασθενείς σε ένα τρόπο αλληλόμορφο δόσης-αποτελέσματος. DAB2IP μπορεί να σχετίζονται με την παθογένεση του καρκίνου του πνεύμονα, όπως μελέτης έδειξαν ότι σε καρκίνο προστάτη DAB2IP επηρέασαν την αποτελεσματικότητα επιδιόρθωση του DNA δίκλωνα σπασίματα που επάγονται από την ιατρική έκθεση σε ιονίζουσα ακτινοβολία η οποία είναι ένας παράγοντας κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα [27]. Έτσι, τα ευρήματά μας έδειξαν την 97906C & gt?. Ένας πολυμορφισμός μπορεί να είναι ένα διατηρημένο γενετικό δείκτη για να προβλέψει τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα και η περαιτέρω πρώιμη έναρξη του καρκίνου του πνεύμονα στους άνδρες

Δεδομένου ότι η παρούσα μελέτη ήταν ένα νοσοκομείο που βασίζεται σε νομολογία μελέτης ελέγχου, περιορίζεται σε πληθυσμό Κινέζοι Χαν, μπορεί να έχει κάποιους περιορισμούς. Ωστόσο, οι κατανομές συχνοτήτων γονοτύπου (δηλαδή, -1420G, 97906A αλληλόμορφα ήταν 0,103, 0,072, αντίστοιχα) στα θέματα ελέγχου της μελέτης μας ήταν παρόμοια με εκείνα που αναφέρθηκαν για το κινεζικό πληθυσμό συμπεριλαμβανομένων HapMap βάση δεδομένων (δηλαδή, -1420G, 97906A αλληλόμορφα ήταν 0.114 , 0.067, αντίστοιχα). Επιπλέον, οι συχνότητες γονοτύπου μεταξύ των ελέγχων θα μπορούσε να ταιριάζει με το νόμο Hardy-Weinberg πρότεινε επίσης την τυχαιότητα της επιλογής θέματος. Von Bergh AR et al. ανέφεραν ότι η εξώνιο 2 του

DAB2IP

γονίδιο συντήχθηκε με το

MLL

γονίδιο σε έναν ασθενή οξεία μυελοειδή λευχαιμία. Ωστόσο, δεν καταφέραμε να παρατηρήσουμε το

DAB2IP /MLL

γονιδίου σύντηξης σε 82 περιπτώσεις των ιστών καρκίνου του πνεύμονα και των παρακείμενων φυσιολογικών ιστών τους, πόσο μάλλον η πιθανή επίδραση των 97906C & gt? Ένα πολυμορφισμός στο

DAB2IP /MLL

σύντηξη γονιδίων. Λόγω των τεχνολογικών περιορισμών, δεν είχαμε ακόμη εκτελέσει οποιαδήποτε άλλη λειτουργική δοκιμασία για να διαπιστωθεί κατά πόσον 97906C & gt? Μια θέση είναι σε μια ιντρονική ενισχυτή ή μια περιοχή ματίσματος που σχετίζονται με. Σε αυτή τη μελέτη σύνδεσης, πετύχαμε μια δύναμη μελέτη 80,2% για την ανίχνευση ακατέργαστη ή 1,35 για τους γονότυπους 97906CA + AA (που συνέβησαν σε συχνότητα 13,6% στην ομάδα ελέγχου) σε σύγκριση με το γονότυπο 97906CC. Ως εκ τούτου, φαίνεται να είναι ότι οι 97906CA + ΑΑ γονότυπους που σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα είναι απίθανο να έχουν ληφθεί από την τύχη.

Εν κατακλείδι, σε αυτή τη μελέτη ασθενών-μαρτύρων νοσοκομείο με βάση του καρκίνου του πνεύμονα , βρήκαμε ότι οι γενετικές παραλλαγές 97906A του

DAB2IP

γονίδιο που σχετίζεται με την πρώιμη ηλικία έναρξης και αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα στους άνδρες, ειδικά στις υποομάδες των ατόμων ηλικίας κάτω των 60 χρόνων, αρσενικό, ποτέ πότες, obesities , και εκείνοι με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου. Για το καλύτερο της γνώσης μας, αυτή είναι η πρώτη μελέτη της 97906A γενετικές παραλλαγές στο

DAB2IP

ευαισθησία των γονιδίων και του καρκίνου του πνεύμονα. Μεγαλύτερο, κατά προτίμηση οι μελέτες ασθενών-μαρτύρων με βάση τον πληθυσμό, καθώς και καλά σχεδιασμένες μηχανιστικών μελετών, δικαιολογείται να επικυρώσει τα ευρήματά μας.

Υλικά και Μέθοδοι

Τα άτομα της μελέτης και τη συλλογή δειγμάτων

τα άτομα της μελέτης του 1056 ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα και καρκίνο του 1056 χωρίς μάρτυρες προσλήφθηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [20]. Εν συντομία, όλα τα ιστοπαθολογικά επιβεβαίωσε ασθενείς με πρωτοπαθή καρκίνο του πνεύμονα είχαν διαδοχικά προσλαμβάνονται στα αστικά νοσοκομεία και στο προάστιο της πόλης Guangzhou από τον Μάρτιο του 2007 έως το Μάρτιο του 2009. Εκείνοι με τη δεύτερη όγκους του πνεύμονα, ή πρωτογενείς όγκους αποκλείστηκαν άνω διχασμό της τραχείας. 1056 χωρίς καρκίνο έλεγχοι που ήταν επιλέχθηκαν τυχαία συχνότητα ταιριάζει με τις υποθέσεις σχετικά με την ηλικία (± 1 έτη) και το φύλο από περίπου 10.000 άτομα που συμμετείχαν στα υγιή προγράμματα τσεκάπ στους σταθμούς υγείας της κοινότητας διεξαχθεί στην πόλη Guangzhou. Όλα τα υποκείμενα ήταν γενετικά άσχετη εθνοτικών Κινέζων Χαν και ήταν από Guangzhou City και τις γύρω περιοχές στη νότια Κίνα. Καμία είχε μεταγγίσεις αίματος σε 6 τελευταίους μήνες. Ένα απλό ερωτηματολόγιο που χρησιμοποιήθηκε για τη συλλογή στοιχείων για τα δημογραφικά χαρακτηριστικά, μεταξύ των οποίων το κάπνισμα, η χρήση αλκοόλ και άλλων παραγόντων συμπεριλαμβανομένου του φύλου, της ηλικίας, ΔΜΣ με το υπογεγραμμένο έντυπο συγκατάθεσης τόσο σε περιπτώσεις και τους ελέγχους. Οι πληροφορίες του υπο-εθνική (δηλαδή, από την Καντώνα, Teochewese, Χάκκας, και Han εθνική από άλλες επαρχίες έξω από Guangdong) επίσης συλλέχθηκαν κατά τη διάρκεια συνεντεύξεων. Όλοι οι συμμετέχοντες που προσλαμβάνονται στη μελέτη μας είχε υπογράψει ένα έντυπο συγκατάθεσης πριν από τη συνέντευξη ερωτηματολόγιο και η μελέτη μας εγκρίθηκε από την Institutional Review Boards του Guangzhou Ιατρικό Πανεπιστήμιο.

επιλογή SNP

Χρησιμοποιήσαμε το πρόγραμμα TSSW ( https://www.softberry.ru/berry.phtml) για την πρόβλεψη περιοχή προαγωγού και διαπίστωσε ότι η 4000 bp 5′-ανοδική περιοχή του

DAB2IP

γονίδιο είναι πιθανοί περιοχή προαγωγού. Βασισμένο στη βάση δεδομένων HapMap (HapMap Δεδομένων Σχετ 27 PhaseII + ΙΙΙ, 9η Φεβρουαρίου, για τη συναρμολόγηση NCBI B36, dbSNP B126), βρήκαμε ότι υπήρχαν εννέα κοινά SNPs (δηλαδή, με μικρές συχνότητα αλληλόμορφο ≥5%) εντός της περιοχής του υποκινητή του

DAB2IP

γονιδίου στον πληθυσμό Κινέζοι Χαν Πεκίνο. Επιλέξαμε περαιτέρω τις tagSNPs βασίζεται στην ανάλυση LD ζεύγη (r

2 όριο = 0.8) με Haploview 4.2 λογισμικό, και διαπίστωσε ότι οι rs7042542 πολυμορφισμός (-1420T & gt? G) ήταν ένας tagSNP που αντιπροσωπεύει την γενετική πληροφορία των άλλων SNPs (Σχήμα S1). Επιπλέον, η προσθήκη του rs1571801 (97906C & gt? Α) SNP εντός του ιντρονίου 1 του

DAB2IP

γονίδιο που είχε αναφερθεί ότι σχετίζονται σημαντικά με αυξημένο κίνδυνο επιθετικού καρκίνου του προστάτη ως δύο μελέτες GWAS δείξει [19], μπορούμε γονότυπος αυτό δύο SNPs (-1420T & gt? G, και 97906C & gt? Α) στη μελέτη μας (Εικόνα S2)

Γονοτυπικές αναλύσεις

το γονιδιακό DNA εξήχθη από 1 ml λευκοκυττάρων σφαιρίδιο κυττάρων που. ελήφθη από το φλεγμονώδη πλακούντα με φυγοκέντρηση 5 mL περιφερικού αίματος, χρησιμοποιώντας το DNA του αίματος Mini Kit (Qiagen, Valencia, Α), σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. καθαρότητα και συγκεντρώσεις DNA καθορίστηκαν με μέτρηση της απορρόφησης στα φασματοφωτομετρικής 260 nm και 280 nm.

Οι δύο SNPs γονότυπος χρησιμοποιώντας την αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης-πολυμορφισμό μήκους θραύσματος περιορισμού (PCR-RFLP). Για -1420T & gt? G, ένα προϊόν PCR 132 bp ενισχύθηκε από γονιδιωματικό DNA χρησιμοποιώντας ειδικούς εκκινητές: 5′-CTCCTGACCT CAGGTGATC C-3 ‘(προς τα εμπρός), 5′-TGGTGGGGAGGACAAAGATGCATCTGA-3′ (αντίστροφο). PCR διεξήχθη σε 25 υΐ συστήματα αντίδρασης. Μετά την αρχική μετουσίωση στους 94 ° C για 5 λεπτά, υπήρχαν 35 κύκλοι στους 94 ° C για 30 s, 61 ° C για 30 s, και 72 ° C για 60 s, και στη συνέχεια, ένα τελικό στάδιο επέκτασης των 72 ° C για 7 min. Τα ενισχυμένα θραύσματα υποβλήθηκαν σε πέψη με MlyI (New England BioLabs) για όλη τη νύχτα στους 37 ° C και τα προϊόντα διαχωρίστηκαν σε πηκτή αγαρόζης 3,5%. Ο γονότυπος -1420GG παράγεται 2 μπάντες (112 και 20 bp), ενώ ο γονότυπος -1420TT παρήγαγε μια ενιαία ζώνη (132 bp), και οι ετεροζυγώτες εμφανίζονται και οι 3 ζώνες (132, 112 και 20 bp) (Σχήμα S1). Για 97906C & gt? Α, ένα PCR προϊόν 98 bp ενισχύθηκε από γονιδιωματικό DNA χρησιμοποιώντας ειδικούς εκκινητές: 5’-AAACAGGCATAAGG TTTTAAGT-3 ‘(προς τα εμπρός), 5′-AATTTGACTTCCAAGTTGTC-3’ (αντίστροφο). Πέψη με Tsp5091 (New England BioLabs) για όλη τη νύχτα στους 65 ° C, ο γονότυπος 97906AA παράγεται 2 λωρίδες (52 και 46 bp), 97906CC γονότυπος παρήγαγε μία μονή ζώνη (98 bp), και οι ετεροζυγώτες εμφανίζονται και οι 3 ζώνες (98, 52 και 46 bp) (Σχήμα S2).

Τα αποτελέσματα αξιολογήθηκαν από δύο πειραματιστές ανεξάρτητα που δεν γνώριζαν την κατάσταση του ασθενούς ή τον έλεγχο των υποκειμένων. Επιλέξαμε τυχαία% δειγμάτων 10 για κάθε ένα από τα 2 SNPs να εκτελέσει τις επαναληπτικές αναλύσεις, και τα αποτελέσματα ήταν 100% συγκλίνουσες. Για κάθε γονότυπο στόχο των προϊόντων PCR καθαρίστηκαν και επιβεβαιώθηκε με άμεση αλληλούχιση (Σχήμα S3).

DAB2IP

ανάλυση έκφρασης mRNA

Πραγματοποιήσαμε qRT-PCR για να προσδιοριστεί εάν η 97906C & gt? Α είχε μια επίδραση στο

DAB2IP

γονιδιακής έκφρασης

in vivo

. 32 καρκινικούς ιστούς και των παρακείμενων φυσιολογικών ιστών τους συλλέχθηκαν από τους ασθενείς που δεν έλαβαν χημειοθεραπεία και /ή ακτινοθεραπεία πριν υποβλήθηκαν σε πλήρη χειρουργική εκτομή του πρωτογενούς καρκίνου του πνεύμονα. Όλα τα δείγματα όγκου ιστολογικά επιβεβαιωμένο και γονοτύπων από αυτά τα δείγματα ήταν όλα αλληλούχιση επιβεβαίωσε. Ολικό RNA εκχυλίστηκαν χρησιμοποιώντας το αντιδραστήριο ΤπζοΙ (Invitrogen, Inc.). Ένα κλάσμα του συνολικού RNA (1 ug) στη συνέχεια σε αντίστροφη μεταγραφή σε συμπληρωματικό DNA χρησιμοποιώντας εκκινητή ολιγο και SuperscriptII (Invitrogen). τα επίπεδα έκφρασης του mRNA του Σχετική

DAB2IP

και ένα εσωτερικό γονίδιο αναφοράς

β-ακτίνη

ανιχνεύθηκαν στο σύστημα ανίχνευσης αλληλουχίας ΑΒΙ Prism 7500 (Applied Biosystems) με βάση την SYBR-Πράσινο μέθοδο. Οι εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν για

DAB2IP

ήταν 5′-CTG AGC GGG ΑΤΑ AGT GGA ΤΟΟ-3 ‘(προς τα εμπρός) και 5′-ΑΑΑ CAT TGT CCG TCT TGA GCT Τ -3’ (reverse) και για

β-ακτίνης

ήταν 5′-GGC GGC ACC ACC ATG TAC ΚΔ-3 ‘και 5′-ΑΟΟ GGC CGG ACT CGT CAT ACT-3’. Μέθοδος 2

Δt χρησιμοποιήθηκε για να αποδείξει το επίπεδο των

έκφραση DAB2IP

γονιδίου (Σχήμα 2). Όλες οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τυφλό τρόπο με τα εργαστηριακά πρόσωπα αγνοούν τα δεδομένα προσδιορισμού του γονότυπου. Κάθε δοκιμασία έγινε εις τριπλούν.

Ανίχνευση

DAB2IP /MLL

γονίδιο σύντηξης

Επειδή von Bergh AR et al. ανέφεραν ότι η εξώνιο 2 του

DAB2IP

γονίδιο συντήχθηκε με το ιντρόνιο 9 από το

MLL

γονίδιο σε έναν ασθενή οξεία μυελογενή λευχαιμία και έτσι χάσει τη λειτουργία του, εκτελέσαμε PCR για να ανιχνευθεί η πιθανή επίδραση της 97906C & gt? ένας πολυμορφισμός στη λήψη

DAB2IP /MLL

γονίδιο σύντηξης. Γενωμικό DNA εκχυλίστηκε από 82 ιστούς καρκίνου του πνεύμονα και των παρακείμενων φυσιολογικών ιστών τους συλλέχθηκαν κατά τη διάρκεια της χειρουργικής εκτομής στην πρώτη, δεύτερη και όγκου νοσοκομεία της Guangzhou Medical College (Guangzhou, Κίνα) και αποθηκεύονται σε ψυγείο στους -80 ° C. Εμείς ενισχύεται το τμήμα του γονιδίου σύντηξης DAB2IP /MLL με μεθόδους PCR όπως von Bergh AR περιγράφεται [28]. Ο πρόσθιος εκκινητής ήταν κοντά στο εξόνιο 2 του

DAB2IP

γονιδίου (5′-CATCTGATGCCGAGGCTGAA-3 ‘), και ο αντίστροφος εκκινητής ήταν στο εξόνιο 10 του

MLL

γονιδίου (5′-GTCCACTCTG ATCCTGTGGACT -3 ‘). Τα προϊόντα PCR θα είναι 700-900 μήκος bp. Τα ενισχυμένα θραύσματα κλωνοποιήθηκαν με το κιτ κλωνοποίησης ΤΟΡΟ ΤΑ (Invitrogen, Carlsbad, CA) για τον καθαρισμό και αυξάνει το ποσό, και περαιτέρω η αλληλουχία από την εμπορική εταιρεία Invitrogen με Applied Biosystems ΑΒΙ 3730 αναλυτή DNA.

Στατιστική ανάλυση

Οι δοκιμές chi-square χρησιμοποιήθηκαν για να αξιολογηθούν οι διαφορές στην κατανομή των υπο-έθνους μεταξύ περιπτώσεων και ελέγχων, καθώς και του αλληλόμορφου και γονότυπους. Η ισορροπία Hardy-Weinberg (HWE) ελέγχθηκε με δοκιμή χ-τετράγωνο καλοσύνη-of-fit να συγκρίνουν τις αναμενόμενες συχνότητες γονοτύπου με παρατηρούμενες συχνότητες γονότυπο στον καρκίνο χωρίς ελέγχους. Η συσχέτιση μεταξύ της κατάστασης ασθενών-μαρτύρων και κάθε SNP, μετριέται με την αναλογία πιθανοτήτων (OR) και το αντίστοιχο 95% διάστημα εμπιστοσύνης της [29], εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας μια άνευ όρων μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης, με και χωρίς προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο, το κάπνισμα , χρήση αλκοόλ, ΔΜΣ. Logistic μοντέλο παλινδρόμησης χρησιμοποιήθηκε επίσης για τη δοκιμή τάση. Στην ανάλυση στρωματοποίησης, εκτιμήσαμε την κύρια δράση του

DAB2IP

σε κάθε υποομάδα και την αλληλεπίδραση μεταξύ του

DAB2IP

πολυμορφισμών και επιλεγμένων μεταβλητών για τον κίνδυνο του καρκίνου με την τοποθέτηση ενός πολλαπλασιαστική αλληλεπίδραση με την άνευ όρων μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης ? το λογισμικό Πολλαπλά μείωσης της διάστασης (MDR) χρησιμοποιήθηκε για να επικυρώσετε την πιθανή αλληλεπίδραση [30]. Το πρόγραμμα 2LD και η στατιστική διαδικασία PROC αλληλόμορφο στο SAS /Γενετική (SAS Institute Inc., Cary, NC), το λογισμικό χρησιμοποιήθηκαν για την ανίχνευση της LD των δύο SNPs. αναλύσεις συσχέτισης Pearson, ANOVA ελέγχει και τα μοντέλα παλινδρόμησης κατά Cox χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση της ηλικίας έναρξης της νόσου σε ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα από το

DAB2IP

γονότυπους. Όλες οι στατιστικές δοκιμασίες ήταν 2 όψεων και η P & lt? 0,05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική

Υποστήριξη Πληροφορίες

Σχήμα S1..