Αφηρημένο

πολυμορφικές παραλλαγές των γονιδίων επιδιόρθωσης του DNA και την αντιμετώπιση ζημιών παίζουν σημαντικό ρόλο στην καρκινογένεση. Αυτές οι παραλλαγές ύποπτοι ως παράγοντες προδιάθεσης στην προφορική πλακώδες καρκίνωμα (OSCC). Για την ταυτοποίηση των ευπαθών παραλλαγές που επηρεάζουν την ανάπτυξη OSCC στην ινδική πληθυσμού, εφαρμόστηκε η «μέγιστη ενημερωτική» μέθοδος επιλογής SNP από HapMap δεδομένων σε μη-HapMap πληθυσμούς. Τριακόσια είκοσι πέντε SNPs από 11 βασικά γονίδια που εμπλέκονται στην διπλή έλικα επισκευή διάλειμμα, επισκευή ασυμφωνία και μονοπάτια απάντηση βλάβες στο DNA γονότυπος σε ένα σύνολο 373 OSCC, 253 λευκοπλακία και 535 άσχετα άτομα ελέγχου. Τα σημαντικά σχετίζονται SNPs επικυρώθηκαν σε μια πρόσθετη ομάδα των 144 ασθενών OSCC και 160 μάρτυρες. Η rs12515548 του

MSH3

έδειξε σημαντική συσχέτιση με OSCC τόσο στις φάσεις ανακάλυψη και την επικύρωση (P-value ανακάλυψη: 1.43E-05, Ρ-αξία αναπαραγωγής: 4.84E-03). Δύο SNPs (rs12360870 του

MRE11A

, P-value: 2.37E-07 και rs7003908 του

PRKDC

, P-value: 7.99E-05) βρέθηκαν να σχετίζονται σημαντικά μόνο με λευκοπλακία . Διαστρωμάτωση των ασθενών με βάση την ποσότητα της κατανάλωσης καπνού εντοπίστηκαν SNPs που σχετίζονται είτε με υψηλή ή χαμηλή καπνού εκτεθειμένη ομάδα. Η μελέτη αποκαλύπτει μια συνέργεια μεταξύ συνδεδεμένων SNPs και παράγοντες του τρόπου ζωής στην προδιάθεση για OSCC και λευκοπλακία

Παράθεση:. Mondal P, Datta S, Maiti GP, Baral Α, Jha GN, Panda CK, et al. (2013) Περιεκτική SNP σάρωση της επισκευής DNA και Βλάβη DNA Γονίδια Response Αποκαλύπτουν πολλαπλών κινδύνων Ευαισθησία Loci προσδίδει στον καπνό Associated Λευκοπλακία και τον καρκίνο του στόματος. PLoS ONE 8 (2): e56952. doi: 10.1371 /journal.pone.0056952

Συντάκτης: Robert W. Sobol, Πανεπιστήμιο του Pittsburgh, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 13 του Οκτώβρη 2012? Αποδεκτές: 16 του Ιανουαρίου, 2013? Δημοσιεύθηκε: 20 Φεβρουαρίου 2013

Copyright: © 2013 Mondal et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη υποστηρίχθηκε εν μέρει από το τμήμα Βιοτεχνολογίας Επιχορηγήσεις BT /PR /5524 /Med /14/649/2004 και το BT /01 /COE /4.5. Καμία πρόσθετη εξωτερική χρηματοδότηση ελήφθη για τη μελέτη αυτή. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Στοματική ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα (OSCC) είναι το δέκατο πιο κοινή μορφή καρκίνου σε όλο τον κόσμο. Στην Ινδία, OSCC κατέχει την πρώτη θέση μεταξύ των ανδρών και τέταρτη μεταξύ των γυναικών [1], [2]. Οι προφορικές περιοχές κοιλότητα που επηρεάζονται από αυτόν τον καρκίνο είναι γλώσσα, στοματικό βλεννογόνο, τα χείλη και τα ούλα. Γνωστούς παράγοντες κινδύνου για καρκίνο του στόματος είναι το μάσημα του καπνού και το κάπνισμα, η κατανάλωση αλκοόλ, η λοίμωξη από HPV και του φύλου [3]. Η συχνότητα (9,8 στους άνδρες, 5,2 σε γυναίκες ανά 10,0000 άτομα ανά έτος) και το ποσοστό θνησιμότητας (22,1 για τους άνδρες, 9,4 σε γυναίκες ανά 100.000 άτομα ανά έτος) OSCC κλιμακώθηκε στην ινδική πληθυσμών οφείλεται σε αύξηση του ποσοστού (35%) της κατανάλωσης καπνού [4], [5]. Μεταξύ των διαφόρων επαρχιών της Ινδίας, Δυτική Βεγγάλη πληθυσμού έχει υψηλό ποσοστό ηλικία τυποποιηθεί σχετίζονται με το κάπνισμα θνησιμότητα από καρκίνο (33,4) και οι σωρευτικές κίνδυνο 5,0% (99% διάστημα εμπιστοσύνης [CI] 04.01 έως 05.08) [2]. Η πιο κοινή κλινική παρουσιάζονται προκακοήθη βλάβη του στοματικού βλεννογόνου είναι από το στόμα λευκοπλακία με επιπολασμό 0,1-0,5% και το ποσοστό του μετασχηματισμού με τον καρκίνο είναι 1-2% ανά έτος [6]. Η επεξεργασία και η αξιολόγηση του κινδύνου και την εξέλιξη της λευκοπλακία παραμένει ένα πρόβλημα, καθώς επαναλαμβάνεται παρά την απομάκρυνσή του μέσω της χειρουργικής επέμβασης, και η χημειοθεραπεία δεν μειώνεται συχνότητα εμφάνισης καρκίνου [7]. Έτσι, δείκτης εκτίμησης του κινδύνου με βάση τη γενετική είναι απαραίτητη για την έγκαιρη διάγνωση.

Πολυάριθμες μελέτες γενετικής συσχέτισης έχουν εντοπιστεί SNPs σε διάφορα σημαντικά γονίδια, όπως

p53, p73

και

MDM2

ως κίνδυνο παράγοντες που πρέπει να OSCC και λευκοπλακία ανάπτυξη [8] – [10]. Μια Γονιδιώματος Wide Μελέτη Σύνδεσης (GWAS) σε Άνω αεροπεπτικού σωλήνα Καρκίνοι (UADT), που περιλάμβανε τις προφορικές περιοχές κοιλότητα, ευαίσθητων παραλλαγές κυρίως στο σύμπλεγμα γονιδίων

αφυδρογονάση αλδεΰδη

(

ADH

) [11 ]. διεργασιών επιδιόρθωσης DNA Cellular σταθεροποιούν το γονιδίωμα με τη μείωση που προκαλείται από μεταλλάξεις καρκινογόνο [12]. Ωστόσο, μελέτες για γονιδιακές παραλλαγές επισκευή και την ευαισθησία OSCC εστιάζεται κυρίως σε

XRCC

ομάδα γονιδίων και σε μερικά άλλα επιδιόρθωσης του DNA που σχετίζονται γονίδια όπως

ATM

,

NBN

και

MRE11A

σε διαφορετικούς πληθυσμούς σε όλο τον κόσμο [13], [14]. Στην ινδική πληθυσμούς, σύνδεση των πολυμορφισμών στο

ΧΚΧΧ1, XRCC3, NAT2, XPD, ERCC2

και

OGG1

με OSCC έχουν αναφερθεί [15] – [19].

διπλό Διακοπές Strand (DSB), θεωρείται ότι είναι το πιο θανατηφόρο από τα διάφορα είδη των ζημιών [20] και μη ομόλογος End Ενώνουμε επισκευής (NHEJ) είναι η κύρια οδός για τη διαδικασία επιδιόρθωσης DSB [21]. Η άλλη οδό επιδιόρθωσης του DNA που έχει αναφερθεί να τεθούν υπό αμφισβήτηση OSCC είναι η οδός επιδιόρθωσης αταίριαστων βάσεων (MMR). Τα μέλη του MMR παίζουν σημαντικό ρόλο στη μείωση του ποσοστού μετάλλαξης και γενωμική αστάθεια [12].

MLH1

και

MSH2

του MMR αδρανοποιούνται από υποστηρικτής υπερ-μεθυλίωση στο OSCC [22]. Αυτά τα γονίδια επιδιόρθωσης του DNA είναι επίσης σημαντικές στόχοι για πολλές μελέτες αντικαρκινικές ανάπτυξη φαρμάκων [23], [24]. Πολυμορφισμών στα γονίδια αυτά ρυθμίζουν την ατομική ανταπόκριση σε καρκινογόνους παράγοντες [25], καθώς και με τα ναρκωτικά [26], [27].

Πραγματοποιήσαμε μια μελέτη συσχέτιση περίπτωση ελέγχου για τον εντοπισμό SNPs κινδύνου σε σημαντική επισκευή DSB (

RAD50, MRE11A, NBS1, PRKDC, XRCC5, XRCC6

και

LIG4

), MMR (

MSH6

και

MSH3

) και καίρια απάντηση βλάβες του DNA (

ATM

και

ATR

) γονιδίων στον καρκίνο και λευκοπλακία ασθενείς από το στόμα από το κρατίδιο της Δυτικής Βεγγάλης της ανατολικής Ινδίας. Στη φάση της ανακάλυψης μας γονότυπος 321 SNPs σε 626 περιπτώσεις (373 άτομα με OSCC και 253 άτομα με λευκοπλακία) και 535 ίδιας ηλικίας ελέγχους με παρόμοια κάπνισμα ή /και τις συνήθειες μάσημα και καμία προφορική παθήσεις. Στη συνέχεια, θα επικυρωθεί σημαντικά συνδεδεμένων SNPs σε μια ξεχωριστή ομάδα αντιγραφή των 114 ασθενών OSCC και 160 μάρτυρες από τις ίδιες γεωγραφικές τοποθεσίες. Τέλος, πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση πολλαπλών μείωσης της διάστασης (MDR) να τηρούν SNP-SNP και SNP-περιβάλλον αλληλεπίδρασης.

Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

Οι διαδικασίες για τη συλλογή των δειγμάτων αίματος και γραπτές έντυπο συγκατάθεσης εξετάστηκαν και εγκρίθηκαν από την Επιτροπή Δεοντολογίας Θεσμικών, CSIR-Ινδικό Ινστιτούτο χημικής Βιολογίας, Καλκούτα, Ινδία.

γραπτή ενημερωμένη συγκατάθεση λήφθηκε από όλα τα άτομα υπόθεση και ελέγχου μετά εξηγώντας τις διαδικασίες συλλογής και σκοπός της μελέτης σε τοπικές γλώσσες.

Θέματα

στη φάση ανακάλυψης, 373 OSCC και 253 ασθενείς λευκοπλακία προσλήφθηκαν μεταξύ 2006 και 2009 από τον R. Ahemed Dental College και το νοσοκομείο, Καλκούτα της Ινδίας μετά παθολόγος από το νοσοκομείο επιβεβαίωσε αυτούς τους δύο τύπους βλάβης μέσω ιστο-παθολογικές εξετάσεις. Οι ασθενείς αυτοί είναι οι πληθυσμοί κάστα της ομάδας χαμηλού και μεσαίου εισοδήματος (ετήσιο οικογενειακό εισόδημα & lt? $ 100 και & lt? $ 300, αντίστοιχα) από διάφορες περιοχές της πολιτείας της Δυτικής Βεγγάλης στην ανατολική περιοχή της Ινδίας. Εμείς, ως εκ τούτου, προσλήφθηκαν 535 εθνικά συμφωνημένα αλλά άσχετα άτομα ελέγχου είτε από το ίδιο νοσοκομείο που έχουν έρθει στο νοσοκομείο για οδοντικής και στοματικής check up και δεν έχουν το στόμα ασθένειες και επίσης άμεσα από τον πληθυσμό με την επίσκεψη διάφορες περιοχές της πολιτείας της Δυτικής Βεγγάλης . Η πιθανή συνέπεια της χρήσης του νοσοκομείου ελέγχου με βάση είναι προκατειλημμένη δειγματοληψία που έχουμε δοκιμαστεί με ανάλυση κύριων συνιστωσών και προσάρμοσε την προκατάληψη, αν υπάρχουν. άτομα ελέγχου που προσλαμβάνονται από τον πληθυσμό εξετάστηκαν από τους γιατρούς για να διασφαλιστεί ότι τα άτομα χωρίς προφορική παθήσεις είναι εγγεγραμμένοι. Και οι δύο ασθενείς και μάρτυρες ήταν τακτικοί χρήστες του καπνού, είτε με τη μορφή του καπνίσματος ή /και μάσηση, κατά τη στιγμή της συλλογής. Χωρίσαμε τόσο τους ασθενείς όσο και τους ελέγχους με βάση το επίπεδο έκθεσης στον καπνό: (α) υψηλή δόση (HD) και (β) χαμηλή δόση (LD) καπνού εκτεθειμένες ομάδες. Υπολογίσαμε το κάπνισμα και το δείκτη μάσημα, ΡΥ (Pack Έτος) και CY (μάσημα έτος), αντίστοιχα, χρησιμοποιώντας τον ακόλουθο τύπο όπως χρησιμοποιείται σε παλαιότερες μελέτες: (Αρ των τσιγάρων ανά ημέρα /20 × αριθμός ετών) + (Χωρίς . της bidis ανά ημέρα /40 × αριθμός ετών) για ΡΥ και (Αρ φορές την ημέρα × αριθμός ετών) για την Κύπρο [28]. Στη συνέχεια, θα χρησιμοποιηθούν μέσες τιμές των ΡΥ και CY να διαιρέσει τα θέματα σε ομάδες HD και LD. Στη φάση της αντιγραφής, άλλοι 114 ασθενείς OSCC από Chittaranjan Εθνικό Ινστιτούτο Έρευνας για τον Καρκίνο, Καλκούτα, Ινδία και 160 μάρτυρες είχαν προσληφθεί με τα ίδια κριτήρια ένταξης και αποκλεισμού. δείγματα αίματος Φρέσκα 5-10 ml συλλέχθηκαν με ενημερωμένη συγκατάθεση από τους ασθενείς και τους ελέγχους. Πληροφορίες για την ηλικία, το φύλο, στοματική υγιεινή, τις συνήθειες του καπνού και καταναλώσεις αλκοόλ καταγράφηκαν από συνεντεύξεις τόσο τους ασθενείς όσο και τους ελέγχους.

Γονίδια και Επιλογής SNP

Έχουμε επιλέξει επτά βασικά γονίδια για την επιλογή των SNPs από το DSB μονοπάτι επιδιόρθωσης (

LIG4, MRE11A, PRKDC, NBN, RAD50, XRCC5

και

XRCC6

), δύο σημαντικά γονίδια από MMR οδό (

MSH6

και

MSH3

) και δύο γονίδια από μονοπάτι DNA ανταπόκριση βλάβη (

ATM

και

ATR

). Επιλέξαμε όλα τα γονίδια του NHEJ μηχανημάτων πυρήνα επισκευή καθώς είναι η κύρια διαδικασία επισκευής του DSB οδού και επίσης να παραμείνει ενεργή σε όλη του κυτταρικού κύκλου σε σύγκριση με ομόλογο ανασυνδυασμό διαδικασία επιδιόρθωσης [21], [29]. Η βασική συνιστώσα περιλαμβάνει XRCC5 και XRCC6 που σχηματίζουν ένα διμερές και μαζί με PRKDC αναγνωρίζουν τα διπλά σπασίματα σκέλος. Στη συνέχεια, το συγκρότημα MRN αποτελείται από MRE11A, RAD50 και NBN καθαρίσει τα άκρα και τελικά LIG4 σφραγίζει το χάσμα [29]. Σε αναντιστοιχία οδό επισκευής, εστιάσαμε τη μελέτη μας στην διαδικασία αναγνώρισης αναντιστοιχία. Δύο διαφορετικά συγκροτήματα που αποτελούνται από MSH2-MSH3 και MSH2-MSH6 αναγνωρίζει αναντιστοιχίες και εισαγωγή /διαγραφή Loops (IDLS), αντίστοιχα. Αν και πολλές μελέτες γενετικής σύνδεσης έχουν διεξαχθεί στο

MSH2

στην προφορική και καρκίνο του παχέος εντέρου, η γενετική συσχέτιση του

MSH3

και

MSH6

σε διάφορους καρκίνους είναι μόλις τώρα αρχίζουν να γίνει κατανοητό [30] – [34]. Η

ATM

και

ATR

γονίδια που επιλέγονται από την οδό απόκρισης βλάβη του DNA, όπως αυτά τα γονίδια είναι σημαντικά μετατροπείς σήματος που κινεί το DNA σηματοδότησης που σχετίζονται με βλάβες για την επισκευή [35], [36]. Ένα «μέγιστο ενημερωτικό» μέθοδος επιλογής SNP από HapMap δεδομένων σε μη HapMap πληθυσμών εφαρμόζονται για την επιλογή SNPs [37]. Για την εύκολη κατανόηση, έχουμε παράσχει τις λεπτομέρειες και βήμα προς βήμα διαδικασία αυτού του αλγορίθμου επιλογής με την άδεια των συγγραφέων σε απευθείας σύνδεση συμπληρωματικές μέθοδοι (Μέθοδοι S1). Ο κατάλογος των SNPs υποβλήθηκε Illumina να εκτιμηθεί το ποσοστό επιτυχίας δοκιμασία GoldenGate και επιλέχθηκαν τελικά 321 SNPs για την ανάλυση φάση ανακάλυψης. Στη φάση αντιγραφής εμείς γονότυπος μόνο εκείνα τα SNPs που έδειξε σημαντική συσχέτιση με την ανάπτυξη OSCC (Ρ-τιμή & lt? 0,05). Αντιγραφή των SNPs που βρέθηκαν να συνδέονται με την λευκοπλακία δεν θα μπορούσε να γίνει λόγω έλλειψης ενός νέου ομάδα των ασθενών αυτών σε επαρκείς αριθμούς.

Γονοτυπικές, Ποιοτικού Ελέγχου και Στατιστικές Μέθοδοι

Γονιδιωματικό DNA απομονώθηκε από τα λευκοκύτταρα περιφερικού αίματος χρησιμοποιώντας το κιτ απομόνωσης του DNA QIAGEN αίματος σύμφωνα με το πρωτόκολλο κατασκευής. Η συγκέντρωση των δειγμάτων DNA εκτιμήθηκαν με δοκιμασία PicoGreen και αραιώνεται σε συγκέντρωση 50 ng /μL. Η δοκιμασία Illumina GoldenGate (Illumina, San Diego, USA) χρησιμοποιήθηκε για προσδιορισμό του γονότυπου στη φάση ανακάλυψη και στη γονοτυπική φάση αντιγραφής εκτελέστηκε με δοκιμασία TaqMan σε πραγματικό χρόνο PCR μηχανή 7500 Γρήγορη και StepOne Plus (Applied Biosystems, Foster City, USA) . Τόσο το είδος του γονότυπου διεξήχθησαν σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή και να συμπεριλάβαμε 10% δείγματα και αναπαράγουν σε κάθε πλατφόρμα για τη μέτρηση λάθους αντιγραφής του γονότυπου. Για δοκιμασία GoldenGate, θα απορρίπτονται δεδομένα με GenCall βαθμολογία & lt? 0.25 ως τις πιθανές ακραίες τιμές και να ελέγχονται οι έλεγχοι και πίνακες μόλυνσης για κάθε πλάκα. Για TaqMan, χρησιμοποιήσαμε αυτοματοποιημένα συμπλέγματα και να ελέγχεται FAM και εντάσεις βαφής VIC, και το όριο του κύκλου τιμές σε κάθε πιάτο. Το λογισμικό που χρησιμοποιείται για την κλήση γονότυπο ήταν BeadStudio Illumina του (έκδοση 2.3.43), StepOne (έκδοση 2.2) και 7500 SDS (έκδοση 2.0.5).

Για να διασφαλιστεί η υψηλή ποιότητα των δεδομένων, σε τελική ανάλυση σύνδεσης, θα απορρίπτονται δεδομένα σχετικά με (α) SNPs που δεν έχουν έγκυρη γονότυπο καλεί & gt? 90% των ατόμων του δείγματος, και (β) πρόσωπα για τα οποία γονότυπο καλεί & gt? 8% των SNPs έλειπαν. Περαιτέρω, τα στοιχεία για SNPs για τα οποία ο ελάχιστο αλληλόμορφο συχνότητας (MAF) ήταν & lt? 0.05 και είχε μια τιμή Ρ & lt? 0,001 για την αναχώρηση από την ισορροπία Hardy-Weinberg επίσης απορρίφθηκαν. Ο σχεδιασμός της μελέτης παρουσιάζεται στην Εικ. 1. Οι δοκιμές αλληλικές και γονοτυπικές σύνδεσης εκτελέστηκαν σε τέσσερις διαφορετικούς τρόπους: (α) Περίπτωση έναντι ελέγχων (CC), όπου περιλαμβάνονται και τα δύο περίπτωση δειγμάτων OSCC και λευκοπλακία? (Β) Καρκίνος έναντι των μαρτύρων (CAC), όπου μόνο τα δείγματα OSCC θεωρήθηκαν ως περιπτώσεις? (Γ) Λευκοπλακία έναντι ελέγχου (LC) και (δ) Cancer έναντι Λευκοπλακία (CAL), όπου τα δείγματα λευκοπλακία θεωρήθηκαν ως μάρτυρες. Σε κάθε σειρά, P-τιμές, αναλογίες πιθανοτήτων (OR) και 95% CI προσδιορίστηκαν από λογιστικής παλινδρόμησης χρησιμοποιώντας την ηλικία, το φύλο και τις συνήθειες του καπνού ως συμπαράγοντες. Τέλος, όλοι οι μη προσαρμοσμένες τιμές Ρ διορθώθηκαν για πολλαπλές δοκιμές από Benjamini-Hochberg εντείνει Λάθος ελέγχου Discovery Rate (FDR-BH) [38]. Επιπλέον, για να εξαλείψει οποιαδήποτε επίδραση πληθυσμού διαστρωμάτωση στις δοκιμές σύνδεσης, πραγματοποιήσαμε Ταυτότητα-από-κράτος (IBS) ομαδοποίηση των γονότυπου δεδομένων και δημιουργούνται τέσσερις πρώτες κύριες συνιστώσες. Όλες οι τέσσερις συνιστώσες της PCA (Principal Component Analysis) χρησιμοποιήθηκαν στη συνέχεια ως συμπαράγοντες μαζί με άλλους συμπαράγοντες όπως αναφέρθηκε νωρίτερα για αλληλομόρφων και γονοτυπική δοκιμασία σύνδεσης [39].

Η

Όπως συνήθεια καπνού συνδέεται στενά με την ανάπτυξη του καρκίνου , πραγματοποιήσαμε επίσης ανάλυση σύνδεσης χρησιμοποιώντας το κάπνισμα και το μάσημα ως συμπαράγοντες στη λογιστική παλινδρόμηση. Τα υποκείμενα χωρίστηκαν σε υψηλή δόση (HD) και χαμηλή δόση (LD), όπως περιγράφεται παραπάνω. Σύλλογος P-αξία των ομάδων HD και Ν.Δ. επίσης προσαρμοστεί για την ηλικία και το φύλο από λογιστικής παλινδρόμησης και διορθώθηκαν από FDR-BH.

δοκιμές σύνδεσης, λογιστική παλινδρόμηση, πολλαπλές διορθώσεις δοκιμών και PCA διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας plink [40 ]. Τα δεδομένα PCA οπτικοποιήθηκε από το R [41], Mann-Whitney και δοκιμές χ-τετράγωνο στον Πίνακα 1 και Πίνακα 2 διεξήχθησαν σε απευθείας σύνδεση στην https://faculty.vassar.edu/lowry/utest.html και http: //www .graphpad.com /quickcalcs /contingency1.cfm, αντίστοιχα. Η δύναμη της μελέτης υπολογίζεται από https://www.stat.ubc.ca/~rollin/stats/ssize/caco.html.

Η

MDR Ανάλυση SNP-SNP και SNP-περιβάλλον αλληλεπίδρασης

Για να αναλύσουμε πιθανή αλληλεπίδραση μεταξύ της συνδεδεμένης SNPs και όλους τους συμπαράγοντες, χρησιμοποιήσαμε τη μη-παραμετρική προσέγγιση MDR, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [42]. MDR, μια εποικοδομητική διαδικασία επαγωγής [43], ορίζει μια ενιαία μεταβλητή που ενσωματώνει πληροφορίες από πολλαπλά γονότυπους τόπου και άλλες ασθένειες έλεγχο παραγόντων και κατάστημα είτε ως υψηλή ή χαμηλή ομάδα κινδύνου της νόσου. Εμείς περιλαμβάνονται σημαντικές SNPs και όλους τους συμπαράγοντες (ηλικία, φύλο, ΡΥ και CY) να κατασκευάσουν μοντέλα αλληλεπίδρασης ξεχωριστά σε CC, CAC, LC και CAL ομάδες. Η στατιστική σημαντικότητα προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμή μετάθεση σε MDRpt (έκδοση 1.0_beta_2). Χρησιμοποιήσαμε 10 φορές διασταυρωμένης επικύρωσης και 1000 δοκιμές φορές μετάθεση και θεωρούνται τα μοντέλα αλληλεπίδρασης τόσο σημαντικό που έδειξε P-τιμή μικρότερη από 0.05. Μεταξύ των σημαντικών μοντέλων, εντοπίσαμε σημαντικά αυτά που έχουν ένα σταυρό συνοχή επικύρωσης (CVC) ≥9, καθώς τα δεδομένα ήταν σταυρό επικυρωθεί 10 φορές από MDR. Το καλύτερο μοντέλο στη συνέχεια ορίζεται με την μεγαλύτερη ακρίβεια την ισορροπία δοκιμές (TBA) μεταξύ των σημαντικών μοντέλων. Η MDR και MDRpt είναι λογισμικό ανοιχτού κώδικα και διατίθεται δωρεάν από https://www.epistasis.org.

Επίσης, οικοδομήσουμε ιεραρχική αλληλεπίδραση εντροπία γραφήματα για γρήγορη πρόσβαση και να ερμηνεύσει τα μοντέλα MDR με βάση τη θεωρία του κέρδους πληροφορίες όπως περιγράφηκε προηγουμένως [44] χρησιμοποιώντας το πακέτο λογισμικού Πορτοκαλί [45].

Αποτελέσματα

Δείγμα Διαπίστωση

Έχουμε παρουσιάσει κατανομή της ηλικίας, του φύλου, PY και CY όλων των δείγματα που προσλαμβάνονται κατά τη φάση της ανακάλυψης και την αναπαραγωγή σε απευθείας σύνδεση πίνακα 1 και 2, αντίστοιχα. Βρήκαμε ότι μερικές από τις παραμέτρους διέφεραν σημαντικά σε διαφορετικές ομάδες σύγκρισης. Εμείς, ως εκ τούτου, ρυθμίζεται η ηλικία, το φύλο και τη συνήθεια του καπνού σε όλες τις δοκιμές σύνδεσης με λογιστική παλινδρόμηση. Ωστόσο, για να εκτιμήσει τη συμβολή της έκθεσης στον καπνό σε προδιάθεση της νόσου, πραγματοποιήσαμε επίσης δοκιμή ένωση χωρίς προσαρμογή του μετά τη διαίρεση των θεμάτων σε ομάδες υψηλής και χαμηλής δόσης με δείγματα φάση ανακάλυψης.

Επισκευή DNA Γονιδιακή Παραλλαγές Παράλληλη κλήση κινδύνου /Προστασία να OSCC και Λευκοπλακία

Στη φάση ανακάλυψης, ορισμένα από τα δεδομένα του γονότυπου αφαιρέθηκαν λόγω ακόλουθους λόγους: (i) 13 άτομα με & lt? 92% του γονότυπου κλήσεις, (ii) 6 SNPs με & lt? 90% του γονότυπου κλήσεις, (iii) 18 SNPs απομακρυνθεί με βάση δοκιμή Hardy-Weinberg με P-Value & lt? 0.001, και (iv) 108 SNPs αφαιρούνται για MAF & lt? 0.05. Σε τελική ανάλυση ποσοστό του γονότυπου περισσότερο από το 98% παρατηρήθηκε με 195 SNPs σε 336 OSCC, 239 λευκοπλακία και 512 δείγματα ελέγχου. Η γενωμική συντελεστή πληθωρισμού (λ) του συνόλου δεδομένων QC ήταν 1 προς 1.01. Βρήκαμε ότι η ισχύς της μελέτης είναι 81%, το οποίο θεωρείται ως επαρκείς για την ταυτοποίηση των ενώσεων

Ο Πίνακας 3 παρέχει P-τιμές για τις διάφορες δοκιμές σύνδεσης, όπως:. (Α) χωρίς προσαρμογή των συμμεταβλητών [ηλικία, το φύλο και τη συνήθεια του καπνού από λογιστικής παλινδρόμησης] και διορθώσεις για πολλαπλές δοκιμές [Benjamini-Hochberg FDR για πολλαπλές δοκιμές], (β) χωρίς συμμεταβλητή προσαρμογή, αλλά με διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές, (γ) με συμμεταβλητή προσαρμογές αλλά όχι πολλαπλές δοκιμές διόρθωση και (d) με δύο συμμεταβλητή προσαρμογές και πολλαπλές διόρθωση δοκιμών. Βρήκαμε rs12515548 του

MSH3

να σχετίζεται σημαντικά με την ομάδα CC [P-value 7.83E-03, OR: 1,733 (1,333 – 2,254)]. Σημασία αυτής της σύνδεσης αυξάνεται όταν έγινε σύγκριση ξεχωριστά μεταξύ του καρκίνου του στόματος και του ελέγχου (Πίνακας 3). Ένα άλλο SNP rs207943 του

XRCC5

έδειξε επίσης σημαντική συσχέτιση με τον καρκίνο του στόματος. Είναι ενδιαφέρον ότι αυτές οι δύο SNPs βρέθηκαν επίσης να σχετίζονται σημαντικά με OSCC σε σύγκριση με τα δείγματα ελέγχου λευκοπλακία ως (Πίνακας 3). Αυτά τα αποτελέσματα υποδηλώνουν ότι έχουν ισχυρή επίδραση στην προδιάθεση για καρκίνο του στόματος ή όχι παρουσιάζονται ως προκαρκινικές αλλοιώσεις. Δύο άλλοι τόποι (rs7003908 του

PRKDC

και rs12360870 του

MRE11A

) έδειξε αποκλειστική ενώσεις με λευκοπλακία? ένα ον κίνδυνο (rs12360870) και το άλλο προστατευτικό (rs7003908). Η σημαντική αλληλομόρφων ένωση rs12515548, rs207943 και rs12360870 παρέμεινε επίσης σημαντική στο γονοτυπική επίπεδο (Πίνακας S1).

Η

Πραγματοποιήσαμε ανάλυση διαστρωμάτωσης, προκειμένου να επαληθευτεί η σύγχυση επίδραση της εξελικτικής γενετικής ετερογένειας στο πλαίσιο του υπό μελέτη πληθυσμού για την αποτελέσματα ένωση. Παρόμοια ομαδοποίηση παρατηρήθηκε και στις δύο περιπτώσεις και τους ελέγχους (Σχ. S1). Είναι ενδιαφέρον ότι, παρόμοια ομαδοποίηση παρατηρήθηκε επίσης όταν η ανάλυση έγινε με βάση δείγμα τύπου (δηλ OSCC, λευκοπλακία και τους ελέγχους, Εικ. S1) ή γεωγραφικές περιοχές (Εικ. S1). Είμαστε δίπλα πραγματοποιείται δοκιμή σύνδεσης στην ομάδα CC χρησιμοποιώντας τέσσερις πρώτες κύριες συνιστώσες ως συμπαράγοντες. Το SNP rs12515548 του

MSH3

παρέμεινε σημαντική [P-τιμή αλληλομόρφων ένωση: 0.006, OR: 1,1717 (1,318 – 2,236)], όπως παρατηρήθηκε, χωρίς την προσαρμογή διαστρωμάτωσης. Συνεχίσαμε την ανάλυση αυτή σε όλες τις τέσσερις ομάδες (CC, CAC, LC και CAL) και διαπίστωσε ότι δεν συναφείς παραλλαγές αποκλείστηκαν λόγω της παρατηρούμενης ομαδοποίησης (Πίνακας S2).

έκθεσης στον καπνό τροποποιεί την επίδραση της γονιδιακής επισκευής DNA παραλλαγές για τον καρκίνο του στόματος και λευκοπλακία Προδιάθεση

Πραγματοποιήσαμε ανάλυση σύνδεσης χρησιμοποιώντας έκθεσης στον καπνό ως συμμεταβλητή να κατανοήσουν καλύτερα το ρόλο της στον καρκίνο του στόματος και λευκοπλακία στα δείγματα φάση ανακάλυψης. Ο πίνακας 4 δείχνει ότι οι περισσότερες από τις συγκριτικές ομάδες παρουσίασαν συσχέτιση με το επίπεδο έκθεσης του καπνού χαμηλής δόσης (LD). Τα δύο σημαντικά σχετίζονται SNPs με OSCC (rs12515548 και rs207943) έδειξε επίσης στατιστικά σημαντική συσχέτιση με την ομάδα έκθεσης στον καπνό χαμηλής δόσης. Είναι ενδιαφέρον ότι αυτές οι δύο SNPs έδειξε επίσης συσχέτιση με ομάδα καπνού χαμηλή δόση σε σύγκριση μεταξύ του καρκίνου και λευκοπλακία όπου λευκοπλακία θεωρήθηκε ως αναφορά (CAL-LD στον Πίνακα 4). Οι μεταφορείς των δύο SNPs (rs12360870 του

MRE11A

και rs7003908 του

PRKDC

) συνέχισαν να δείχνουν παρόμοια αποτελέσματα (ένα ον κίνδυνο και άλλα προστατευτικά) σχετικά με την ανάπτυξη λευκοπλακία όταν εκτίθεται σε τόσο υψηλή και χαμηλή δόση του καπνού (LC-LD και LC-HD στον πίνακα 4). Τα αποτελέσματα αυτά υποδηλώνουν ισχυρό ρόλο τους στην OSCC προδιάθεση, ανεξάρτητα από το επίπεδο έκθεσης στον καπνό. Πίνακας S3 δείχνει τα αποτελέσματα σύνδεσης στο γονοτυπική επίπεδο. Βρήκαμε όλα τα σημαντικά παραλλαγές από τη σύνδεση αλληλομόρφων παρέμειναν σημαντικές σε γονοτυπική δοκιμές, επίσης, εκτός από rs7003908 του

PRKDC

.

Η

Επικύρωση Επιλεγμένων SNPs σε OSCC ελέγχου Cohort αναπαραγωγής

στη συνέχεια, ο γονότυπος rs12515548 του

MSH3

και rs207943 του

XRCC5

σε μια ξεχωριστή ομάδα των 114 ασθενών OSCC και 160 άτομα ελέγχου για την επικύρωση των αποτελεσμάτων φάση ανακάλυψης. Η μη διαθεσιμότητα ενός ξεχωριστού ομάδα δειγμάτων λευκοπλακία μας εμπόδισε από την επικύρωση της rs12360870 και rs7003908 που βρέθηκαν να σχετίζονται σημαντικά αποκλειστικά με δείγματα λευκοπλακία στη φάση ανακάλυψης. Βρήκαμε μόνο rs12515548 παρέμεινε σημαντικά σχετίζονται με OSCC τόσο αλληλομόρφων και γονοτυπική ανάλυση (P-value αναπαραγωγής: αλληλομόρφων 4.83E-03, γονοτυπική 0.044? Πίνακας 5 και Πίνακας S4). Οι συνδυασμένες P-τιμές για αυτό το SNP της ανακάλυψης και της αντιγραφής φάση για αλληλομόρφων και γονοτυπικές δοκιμασίες είναι 1.21E-06 και 0.009 αντίστοιχα.

Η

SNP-SNP και SNP-περιβάλλον αλληλεπίδρασης Αποκαλύπτει Μέτρια Synergistic Επιδράσεις

Θα πραγματοποιηθεί ανάλυση MDR να αποκαλύψει το SNP-SNP και SNP-περιβάλλον παράγοντες αλληλεπιδράσεις σε αυτή την ομάδα των ατόμων. Βρήκαμε την πιο ισχυρή αλληλεπίδραση σε OSCC σε σύγκριση με τον έλεγχο είναι μεταξύ rs207943, rs12515548, την ηλικία και τον καπνό καπνίσματος με ένα TBA των 0,6011 και CVC 10 (p-value 0,001). Ωστόσο, το πιο σημαντικό μοντέλο για OSCC μορφή ανάπτυξης λευκοπλακία ήταν η αλληλεπίδραση μεταξύ των rs207943, rs12515548, το φύλο και το μάσημα του καπνού (Πίνακας S5). Για την ανάπτυξη λευκοπλακία από τον έλεγχο, το πιο σημαντικό μοντέλο ήταν η αλληλεπίδραση όλων των συμμεταβλητών με rs12360970 ακολουθείται από συμπερίληψη rs7003908 (Πίνακας S5).

Στη συνέχεια, εφαρμόσαμε αλγόριθμους αλληλεπίδραση εντροπία να στηρίξει την ερμηνεία της σχέσης μεταξύ των μεταβλητών . Βρήκαμε το πιο ισχυρό μοντέλο της OSCC (CAC), όπως αποκαλύπτεται από τις δοκιμές μετάθεση (rs207943-rs12515548-Ηλικία-ΡΥ) είναι συνεργιστική στη φύση (Εικ. 2Α). Είναι ενδιαφέρον ότι η ηλικία και το φύλο συμβάλλει σε αυτήν την αλληλεπίδραση κατά ανεξάρτητο τρόπο με απομάκρυνση εντροπίας 1,43% και 0,56%, αντίστοιχα. Η συνεργιστική αλληλεπίδραση παρατηρήθηκε επίσης στο μοντέλο που αποτελείται από rs207943, rs12515548, το φύλο και CY για OSCC ανάπτυξης από λευκοπλακία (CAL), όπου όλοι οι παράγοντες λειτουργούν από κοινού (Εικ. 2Β). Βρήκαμε την ηλικία της CAC σύγκριση και καπνών μασήματος σε σύγκριση CAL είναι οι πιο σημαντικοί συμπαράγοντες με 5% και 7,12% απομάκρυνση εντροπία, αντίστοιχα. Για την ανάπτυξη λευκοπλακία rs12360870 είναι ο ισχυρότερος παράγοντας (εντροπία εξήγησε: 6,35%) και όλες οι σημαντικές αλληλεπιδράσεις είναι συνεργιστική (Σχήμα 2C.). Το μοντέλο για τη σύγκριση CC έμοιαζε τόσο CAC και συγκρίσεις LC (Σχ. 2D).

Τα μοντέλα αυτά περιγράφουν το ποσοστό της εντροπίας εξήγηση από ενιαίο συντελεστή ή αμφίδρομη αλληλεπίδραση. Τα κουτιά περιγράφουν οι SNPs και παράγοντες με το ποσοστό της εντροπίας εξήγησε. Αλληλεπίδραση παρουσιάζεται από τα βέλη και απόλυση από τις γραμμές. μοντέλα αλληλεπίδρασης κατασκευάζονται στο (Α) τον καρκίνο του στόματος έναντι της ομάδας ελέγχου (CAC), (Β) τον καρκίνο του στόματος σε σχέση με λευκοπλακία (CAL), (Γ) λευκοπλακία έναντι της ομάδας ελέγχου (LC) και την περίπτωση (Δ) έναντι της ομάδας ελέγχου (CC).

Συζήτηση

Η περιφερειακή γενετική και τον τρόπο ζωής ετερογένεια μεταξύ των πληθυσμών από διάφορα μέρη της Ινδίας έχουν επισημανθεί από πολλούς ερευνητές [46] – [48]. Αυτό αποτελεί σοβαρό εμπόδιο για τη μελέτη της γενετικής σύνδεσης στην ινδική πληθυσμούς. Εμείς ως εκ τούτου, στοχεύει στην μεσαία και χαμηλά εισοδήματα ομάδα ημι-αστικού πληθυσμού με ένα εύρος ηλικίας 22 έως 80 ετών από το κρατίδιο της Δυτικής Βεγγάλης στην παρούσα μελέτη. Πρέπει επίσης να εξασφαλιστεί παρόμοιες συνήθειες καπνού της υπόθεσης και του ελέγχου των ατόμων που συμμετείχαν στη μελέτη. Η συνεχιζόμενη Million Θάνατος Μελέτη (MDS) στην Ινδία βρίσκει μια αύξηση του κινδύνου καρκίνου ηλικία ειδικά λόγω της συνήθειας του καπνού στον πληθυσμό από τη Δυτική Βεγγάλη [2]. Μια άλλη μελέτη επίσης αναφερθεί συσχέτιση της στοματικής συνήθειας και βλάβες στο DNA με OSCC και λευκοπλακία σε αυτούς τους πληθυσμούς [49].

Η πιο ελπιδοφόρα σχετίζεται SNP από αυτή τη μελέτη είναι rs12515548 του

MSH3

. Αυτό SNP βρέθηκε να σχετίζεται σημαντικά σε τρία από τα τέσσερα σύνολα ανάλυση δοκιμάστηκαν στη φάση ανακάλυψης (case-control, ελέγχου του καρκίνου και του καρκίνου-λευκοπλακία) και επίσης παρέμεινε σημαντική στη φάση αντιγραφής. Δεν βρέθηκε με αυτόν τον SNP στο GWAS της ανώτερης αναπνευστικής οδού καρκίνους και αυτή είναι η πρώτη έκθεση της ένωσης αυτής SNP με OSCC. Ωστόσο, αρκετές μελέτες έδειξαν συσχέτιση των άλλων SNPs σε γονίδια MSH3 και MSH6 σε διαφορετικές μορφές καρκίνου [33], [50], [51]. Πρέπει να σημειωθεί ότι, αν και έχουμε παρατηρήσει σχετικά ισχυρή Ρ-τιμές στις δοκιμές σύνδεσης για τη δεδομένη μέγεθος του δείγματος, η ισχύς της μελέτης είναι 0,81 και δεν υπήρχε διαστρωμάτωση του πληθυσμού. Ωστόσο, απαιτείται περαιτέρω αντιγραφή είναι απαραίτητη ίδιο και άλλους πληθυσμούς. Η rs12515548 είναι μια ιντρονική SNP βρίσκεται κοντά στο 21th εξόνιο του

MSH3

με μια αλλαγή από G σε Α (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?rs = 12515548). Δύο λειτουργικά χαρακτηριστικά μπορεί να σχετίζεται με αυτό το SNP, (α) την πρόβλεψη λειτουργικότητα χρησιμοποιώντας F-SNP [52] αποκάλυψε ότι χάνει την ικανότητα να δεσμεύει GATA οικογένεια παραγόντων μεταγραφής με την αλλαγή από G σε Α (βαθμολογία εμπιστοσύνη των δεσμευτικών πρόβλεψη για διαφορετικές GATA παράγοντες μεταγραφής κυμαίνεται από 88,4 έως 98,4) και (β) την ανάλυση miRBase έδειξαν αυξημένη συγγένεια του HSA-miR-374Α-3ρ με το αλληλόμορφο κινδύνου (Α) της SNP (στείλει 6.9, evalue 1.0 για αλληλόμορφο Α? στείλει 60, evalue 5.6 για το αλληλόμορφο G). Οι άμεσες πειραματικές επικυρώσεις που απαιτούνται για να καταλάβουμε την ακριβή λειτουργικό ρόλο του, αν υπάρχουν. Τα αποτελέσματα από την ινδική Γονιδιώματος Παραλλαγή κοινοπραξία [47] και χαρτογράφηση πρόσμιξη του ινδικού πληθυσμού προσδιόρισε τους πληθυσμούς κάστα της ανατολικής Ινδίας ως ινδοευρωπαϊκή πληθυσμού που δείχνουν συγγένεια με τον πληθυσμό CEU του HapMap [53], [54]. Εμείς ως εκ τούτου, να χτίσουν μια LD χάρτη του

MSH3

χρησιμοποιώντας το τεκμαρτό δεδομένα από τον πληθυσμό HapMap CEU και βρήκε ένα 81 Kb μπλοκ LD με rs12515548 το οποίο περιλαμβάνει το εξόνιο 21 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Θα ήταν ενδιαφέρον να εξεταστεί εάν υπάρχουν ή όχι τέτοια μπλοκ LD σε αυτό το πληθυσμούς και, αν ναι, αν rs12515548 συνδέεται με οποιοδήποτε άλλο λειτουργικό SNP του

MSH3

. Οι ιντρονικές rs207943 SNP του

XRCC5

, η οποία έδειξε επίσης στατιστικά σημαντική συσχέτιση με την ανάπτυξη OSCC, είναι παρούσα μέσα σε μια υποθετική θέση δέσμευσης του μεταγραφικού παράγοντα SKN-1

C. elegans

. Είναι δεσμεύει παρά μόνο με αλληλόμορφο G μη-κινδύνου του SNP (πρόβλεψη F-SNP σκοράρει 0,5, δεσμευτική βαθμολογία 87,1). Το ανθρώπινο ομόλογο του SKN-1, NRF 1/2/3 είναι ένας σημαντικός παράγοντας μεταγραφής που εμπλέκονται στην οξειδωτική αντοχή στο στρες [55]. Τα ποντίκια με έλλειψη Nrf2 έχουν εξασθενημένο εκφράσεις πολλών αποτοξίνωσης και αντιοξειδωτικά ένζυμα και είναι ιδιαίτερα ευαίσθητα στην επαγόμενη από καρκινογόνο τοξικότητα και καρκινογένεση [56]. Έτσι, η ανικανότητα του SKN-1 σύνδεση με το αλληλόμορφο κίνδυνος Γ του παρόντος SNP και την εξέλιξη OSCC πρέπει να διερευνηθεί περαιτέρω.

Η μελέτη διερευνήθηκε επίσης γενετικούς παράγοντες κινδύνου που σχετίζονται με την ανάπτυξη του λευκοπλακία και τη μετατροπή της σε OSCC . Βρήκαμε διαφορετικά SNPs να σχετίζεται αποκλειστικά με την ανάπτυξη του λευκοπλακία από φυσιολογικά άτομα και την εξέλιξη του λευκοπλακία σε καρκίνο. Για παράδειγμα, rs7003908 του

PRKDC

αναφέρθηκε ότι σχετίζεται με προστάτη και καρκίνο της ουροδόχου κύστεως στα βορειο-ινδικό πληθυσμό και γλοιοβλαστώματος σε Ηνωμένες Πολιτείες [57] – [59]. Ταυτοποίηση ενός ειδικού SNP κινδύνου που συνδέεται με τον καρκίνο σύγκριση-λευκοπλακία θα ήταν πολύτιμη ως προγνωστικός βιοδείκτη για την ανίχνευση των περιπτώσεων όπου λευκοπλακία θα έχουν τη δυνατότητα μετατροπής σε καρκίνο του στόματος. Ωστόσο, η αντιγραφή του συνδέσμου σε μια άλλη ομάδα ασθενών λευκοπλακία απαιτείται για την επικύρωση των αποτελεσμάτων αυτών.

Η έκθεση του καπνού είναι ένα γνωστό περιβαλλοντικό παράγοντα που συνδέεται με τον καρκίνο του στόματος και λευκοπλακία. Έτσι, με τη δοκιμή ένωση χωρίς προσαρμογή της και διαστρωμάτωσης των θεμάτων με βάση τα επίπεδα τους έκθεσης στον καπνό. Η παρατήρηση ότι μερικά πολυμορφικές παραλλαγές της επιδιόρθωσης του DNA και γονιδίων απόκριση βλάβη εμφάνισαν σύνδεσης σε διαφορετικές καπνού εκτεθειμένες ομάδες υποδηλώνει ότι σήματα βλάβης του DNA διαφορικά σε επεξεργασία από διαφορετικές πολυμορφικές παραλλαγές των γονιδίων αυτών. Παρόμοια παρατήρηση έχει επίσης γίνει σε προηγούμενες μελέτες με

πολυμορφισμών p53

γονίδιο [28]. Μπορεί να σημειωθεί ότι αυτά τα SNPs μπορεί να είναι χρήσιμη για την ανάπτυξη του καπνού που συνδέεται προγνωστική δείκτης για τον καρκίνο του στόματος και λευκοπλακία. Η ανάλυση MDR αποκάλυψε την ηλικία στην OSCC και μάσημα σε λευκοπλακία είναι οι δύο σημαντικές συμπαράγοντες που αλληλεπιδρά συνεργικά με τις πιο ισχυρές SNPs κίνδυνο των αντίστοιχων ασθενειών (rs12515548 και rs207943 για OSCC και rs12360870 για λευκοπλακία). Η μελέτη αποκάλυψε συνέργεια μεταξύ των SNPs και πλεονασμού μεταξύ παραγόντων του τρόπου ζωής έστω και χωρίς καμία πρόσθετη επίδραση. Το συγκεκριμένο φαινόμενο παρατηρήθηκε επίσης με τα SNPs από γονίδια επιδιόρθωσης του DNA σε άλλους τύπους Caner [60]. Έτσι, μπορεί να υποστηριχθεί ότι η συνολική ικανότητα επιδιόρθωσης εισφέρει διαφορετικά μηχανήματα επισκευής και ανεξάρτητες επιδράσεις των διαφόρων παραγόντων του τρόπου ζωής είναι ο τελικός καθοριστικός παράγοντας για τον καρκίνο του στόματος και λευκοπλακία προδιάθεση σε ένα άτομο.

Η παρούσα μελέτη δείχνει ότι

MSH3, XRCC5, MRE11A

και

PRKDC

να είναι τα τέσσερα πιο σημαντικά γονίδια που θα τροποποιούν τον κίνδυνο προδιάθεση για καρκίνο του στόματος και λευκοπλακία σε αυτές ανατολική ινδική πληθυσμούς. Πολυμορφικές παραλλαγές των γονιδίων αυτών βρέθηκαν να σχετίζονται σημαντικά με καρκίνο του μαστού, του παγκρέατος, του παχέος εντέρου και των ωοθηκών [61] – [64]. Ωστόσο, εξ όσων γνωρίζουμε, καμία από τις παραλλαγές που προσδιορίζονται στην παρούσα μελέτη είχαν προηγουμένως αναφερθεί ότι συνδέεται με οποιοδήποτε άλλο καρκίνο, εκτός rs7003908.