Αφηρημένο

Εισαγωγή

Φυλλικό οξύ και το μεταβολισμό ενός άνθρακα συνδέονται με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου μέσω αναπόσπαστο ρόλο τους στη σύνθεση του DNA και μεθυλίωση. Διακύμανση σε γονίδια του μεταβολισμού ενός άνθρακα, ιδιαίτερα

MTHFR

, έχει συσχετιστεί με τον κίνδυνο ενός αριθμού καρκίνων σε επιδημιολογικές μελέτες, αλλά λίγα είναι γνωστά σχετικά με καρκίνο του νεφρού.

Μέθοδοι

Tag πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) που έχουν επιλεγεί για την παραγωγή υψηλής γονιδιωματική κάλυψη του 13 γονιδίου περιοχές του μεταβολισμού ενός άνθρακα (

ALDH1L1

,

BHMT

,

CBS

,

FOLR1

,

MTHFR

,

MTR

,

MTRR

,

SHMT1

,

SLC19A1

,

Tyms

) και η οποία έχει στενό δεσμό οδό σύνθεσης της γλουταθειόνης (

CTH

,

GGH

,

GSS

) ήταν ο γονότυπος για 777 νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (RCC) περιπτώσεις και 1.035 ελέγχους στην Κεντρική και τη μελέτη των νεφρών Καρκίνος-μαρτύρων της Ανατολικής Ευρώπης. Ενώσεις των επιμέρους SNPs (n = 163) με κίνδυνο RCC υπολογίστηκαν με τη χρήση άνευ όρων λογιστικής παλινδρόμησης με προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο και το κέντρο μελέτης. Ελάχιστη μετάθεση p-value δοκιμές (Min-P) χρησιμοποιήθηκαν για τον εντοπισμό του γονιδίου περιοχές που συνδέονται με τον κίνδυνο, και απλοτύπων αξιολογήθηκαν στο πλαίσιο αυτών των γονιδίων.

παρατηρήθηκαν

Αποτελέσματα

Οι ισχυρότερες ενώσεις με κίνδυνο RCC για

SLC19A1

(P

min-P = 0,03) και

MTHFR

(P

min-P = 0,13). Ένας απλότυπος που αποτελείται από τέσσερα SNPs στο

SLC19A1

(rs12483553, rs2838950, rs2838951, και rs17004785) συσχετίστηκε με 37% αυξημένο κίνδυνο (p = 0,02), και διερευνητικές στρωματοποιημένη ανάλυση πρότεινε η συσχέτιση ήταν σημαντική μόνο μεταξύ εκείνων στο χαμηλότερο τριτημόριο των λαχανικών.

Συμπεράσματα

για τις γνώσεις μας, αυτή είναι η πρώτη μελέτη που εξετάζει διεξοδικά διακύμανση των γονιδίων του μεταβολισμού ενός άνθρακα σε σχέση με RCC κίνδυνο. Εντοπίσαμε μια νέα συνεργασία με την

SLC19A1

, η οποία είναι σημαντική για τη μεταφορά του φυλλικού οξέος στα κύτταρα. Αντιγραφής σε άλλους πληθυσμούς απαιτείται να επιβεβαιώσουν αυτά τα ευρήματα

Παράθεση:. Gibson TM, Brennan P, Han S, Καράμι S, D Zaridze, Janout V, et al. (2011) συνολική αξιολόγηση της One-Carbon Μεταβολισμός Pathway Gene Παραλλαγές και των νεφρών κινδύνου Cancer Cell. PLoS ONE 6 (10): e26165. doi: 10.1371 /journal.pone.0026165

Επιμέλεια: Daniel Monleon, Instituto de Investigación Sanitaria INCLIVA, Ισπανία

Ελήφθη: 12 Ιουλίου του 2011? Αποδεκτές: 21 Σεπτεμβρίου, 2011? Δημοσιεύθηκε: 19 Οκτ του 2011

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 αφοσίωση δημόσιο τομέα

Χρηματοδότηση:. Η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα των ΗΠΑ Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Division of Cancer Epidemiology και γενετικής, και με την επιχορήγηση TU2-CA-105666. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ένα-άνθρακα μεταβολισμό αναφέρεται σε ένα σύστημα αλληλεξαρτώμενων μεταβολικές οδούς που διευκολύνουν τη μεταφορά των μονάδων ενός άνθρακα και, τελικά, να παρέχουν τις πρόδρομες ουσίες που απαιτούνται για τη σύνθεση του DNA και επισκευής, καθώς και μεθυλίωση του DNA. Αλληλομετατροπή των διαφόρων μορφών φολικού οξέος είναι το θεμέλιο του μεταβολισμού ενός άνθρακα, και η ανεπάρκεια φυλλικού οξέος έχει αποδειχθεί ότι προκαλούν ρήξεις κλώνου DNA, μειωμένη ικανότητα επιδιόρθωσης του DNA, και παρεκκλίνοντα πρότυπα μεθυλίωσης [1]. Πρόσληψη φυλλικού οξέος έχει συσχετιστεί με τον κίνδυνο ενός αριθμού καρκίνων, συμπεριλαμβανομένων αυτών του παχέος εντέρου, του οισοφάγου, του στομάχου, του παγκρέατος και [2] – [4]. Λίγα είναι γνωστά για τις συσχετίσεις μεταξύ του μεταβολισμού ενός άνθρακα και νεφρικό καρκίνο, αν και μια μελέτη πρότεινε φυλλικού οξέος συνδέεται με αυξημένο κίνδυνο [5].

Μια ανάλυση υποψήφιο γονίδιο από Moore et al. σε ένα μεγάλο νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (RCC) μελέτη ασθενών-μαρτύρων που πραγματοποιούνται στην Κεντρική και Ανατολική Ευρώπη εξετάστηκαν 10 SNPs σε 5 γονίδια του μεταβολισμού ενός άνθρακα και βρήκε μια συσχέτιση μεταξύ του

MTHFR

677C & gt? T πολυμορφισμό και RCC κινδύνου [ ,,,0],6]. Αυτός ο πολυμορφισμός, που έχει σαν αποτέλεσμα μειωμένη δραστικότητα του ενζύμου, έχει προηγουμένως συνδεθεί με διάφορους καρκίνους, με το πιο συνεπή απόδειξη δείχνουν προς μειωμένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου [7] – [10]. Άλλα γονίδια που εμπλέκονται στις αντιδράσεις του μεταβολισμού ενός άνθρακα περιλαμβάνουν

Tyms

,

MTR

,

MTRR

,

BHMT

,

SHMT

, και

ALDH1L1

(Πίνακας 1, Σχήμα S1). Η

FOLR1

,

SLC19A1

και

GGH

γονίδια μπορεί επίσης να είναι σημαντική, δεδομένου ότι εμπλέκονται σε φυλλικό οξύ των μεταφορών και της διαθεσιμότητας.

CBS

,

CTH

και

GSS

αποτελούν μέρος του συνδεδεμένου οδού στην οποία ομοκυστεΐνης μετατρέπεται σε γλουταθειόνη, η οποία έχει αποδειχθεί να τροποποιήσει τον κίνδυνο καρκίνου λόγω του ρόλου της στην αντιοξειδωτικές αντιδράσεις και ξενοβιοτικών μεταβολισμό Φάση II [11]. Η σύνδεση αυτών των γονιδίων με τον κίνδυνο καρκίνου του νεφρού είναι άγνωστη.

Η

Έχουμε επεκτείνει στις προηγούμενες διαπιστώσεις της Moore et al. να πληρέστερα διερευνήσει γενετικές διαφορές μεταξύ των

MTHFR

και 12 επιπλέον υποψήφια γονίδια που εμπλέκονται σε φυλλικό οξύ των μεταφορών, του μεταβολισμού ενός άνθρακα και γλουταθειόνης σύνθεση. Έχουμε εξετάσει τη σχέση μεταξύ RCC κινδύνου και 163 SNPs ετικέτα που παρέχεται υψηλό γονιδιωματική κάλυψη των περιοχών του γονιδίου 13-στόχων μεταξύ περιπτώσεις RCC και ελέγχων από την Κεντρική Ευρώπη, μια περιοχή με μερικά από τα υψηλότερα ποσοστά της RCC επίπτωσης και θνησιμότητας σε όλο τον κόσμο [12].

Υλικά και Μέθοδοι

Πληθυσμός μελέτης

Η Κεντρική και η ευρωπαϊκή Καρκίνου Ανατολής νεφρών (CEERCC) Μελέτη, λεπτομέρειες της οποίας έχουν περιγραφεί στο παρελθόν [13], είναι μια πολυκεντρική , μελέτη ασθενών-μαρτύρων νοσοκομείο με βάση διεξήχθη από τον Αύγουστο του 1999 έως τον Ιανουάριο του 2003. Περιπτώσεις αποτελούνταν από 1.097 ασθενείς που διαγνώστηκαν πρόσφατα με ιστολογικά επιβεβαιωμένη RCC, ηλικίας 20-79, που προσλαμβάνονται από τα κέντρα στη Ρωσία (Μόσχα), στη Ρουμανία (Βουκουρέστι), Πολωνία ( Lodz) και Τσεχία (Πράγα, Olomouc, Τσέσκε Μπουντεγιόβιτσε, Brno). Διαγνωστικές πληροφορίες που προέρχονται από το νοσοκομείο εγγραφές από εκπαιδευμένο ιατρικό προσωπικό. Επιλέξιμες ελέγχους περιλαμβάνονται 1.497 ασθενείς που εισήχθησαν στο ίδιο νοσοκομείο και περιπτώσεις, αλλά και για τις συνθήκες που δεν σχετίζονται με το κάπνισμα ή ουροποιογεννητικού διαταραχές. Έλεγχοι συχνότητα ταιριάζει με τις περιπτώσεις με βάση την ηλικία (± 3 έτη), απαιτήθηκαν σεξ και κέντρο μελέτης (συμπεριλαμβανομένων των νοσοκομειακών πρόσληψης), και στις δύο περιπτώσεις και οι έλεγχοι να έχουν οι κάτοικοι της περιοχής κέντρου μελέτης για ένα τουλάχιστον έτος κατά το χρόνο των προσλήψεων. Τα ποσοστά ανταπόκρισης κυμάνθηκε 90,0 έως 98,6% για τις περιπτώσεις και 90,3 έως 96,1% για τους ελέγχους, και όλοι οι συμμετέχοντες στη μελέτη ήταν Καυκάσιοι. Συλλέχθηκαν δείγματα αίματος και γονιδιώματος DNA, που εξάγεται από ολικό αίμα φλεγμονώδους πλακούντα χρησιμοποιώντας μια πρότυπη μέθοδο εκχύλισης φαινόλης-χλωροφορμίου, ελήφθη για 987 περιπτώσεις (90%) και 1.298 ελέγχους (88%). Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους ασθενείς και τους γιατρούς τους, καθώς και η μελέτη εγκρίθηκε από τα θεσμικά συμβούλια αναθεώρηση του Εθνικού Ινστιτούτου Καρκίνου (NCI), του Διεθνούς Οργανισμού Ερευνών για τον Καρκίνο (IARC), και κάθε κέντρο μελέτης.

Συλλογή δεδομένων

Εκπαιδευμένο προσωπικό συνεντεύξεις πρόσωπο με πρόσωπο και να χρησιμοποιηθούν τυποποιημένα ερωτηματολόγια για τη συλλογή πληροφοριών σχετικά με τη δημογραφία, την εκπαίδευση, το κάπνισμα, η διατροφή, οι ανθρωπομετρικές μετρήσεις, και την ιατρική, την οικογένεια και το επάγγελμα ιστορίες. Όλες οι περιπτώσεις ερωτήθηκαν εντός τριών μηνών από RCC διάγνωση. Αξιολόγηση της διατροφικής πρόσληψης έχει περιγραφεί προηγουμένως [14]. Εν συντομία, το ερωτηματολόγιο συχνότητας κατανάλωσης τροφίμων (FFQ) αποτελείται από αντικείμενα 23 τρόφιμα /κατηγορίες, επιλεγμένα με τους τοπικούς ερευνητές για να συλλάβει τα πρότυπα κατανάλωσης σε αυτές τις συγκεκριμένες περιοχές. Συχνότητα κατανάλωσης του κάθε στοιχείου των τροφίμων εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας έξι κατηγορίες, που κυμαίνονται από ποτέ στην καθημερινή. Κατηγορίες ομάδα τροφίμων σχηματίστηκαν βάσει της πρόσληψης παρόμοια τρόφιμα (π.χ. σταυρανθή λαχανικά περιλαμβάνονται τα λαχανάκια Βρυξελλών, το μπρόκολο και το λάχανο). Η αξιολόγηση των λαχανικών, με σκοπό να καλύψει πλήρως την πρόσληψη σε αυτή την περιοχή μέχρι το 1999 [14], βασίστηκε στις οκτώ ειδικές λαχανικά συνήθως καταναλώνεται στην περιοχή (καρότα, το λάχανο, το σπανάκι, το μπρόκολο, τα λαχανάκια Βρυξελλών, το κρεμμύδι, κολοκύθι, ντομάτα) συν μια πρόσθετη κατηγορία για «άλλα νωπά και διατηρημένα λαχανικά». Τεταρτημόρια λαχανικών υπολογίστηκαν με βάση τις συχνότητες κατανάλωσης αναφερθεί μεταξύ ελέγχους.

Γονοτυπικές

Γονοτυπικές πραγματοποιήθηκε στο Μηχανισμό πυρήνα Γονοτυπικές του ΝΚΜ (CGF) χρησιμοποιώντας ένα Illumina GoldenGate® Ολίγο πισίνα All (OPA ) δοκιμασία. προσωπικό CGF τυφλώθηκε στην κατάσταση ασθενών-μαρτύρων και δείγματα τύφλωσε και τυχαιοποιήθηκαν σε πλάκες PCR. Διπλασιασμός γονοτυπική διεξήχθη για ένα τυχαία επιλεγμένο 5% των δειγμάτων για τον έλεγχο της ποιότητας. Η γονοτύπηση εκτελέστηκε σε ένα υποσύνολο 777 περιπτώσεις (70,8%) και 1.035 ελέγχους (70,1%) που παρείχε επαρκή ποιότητα και ποσότητα του DNA που απαιτείται για τη χρήση της δοκιμασίας Illumina® OPA. Το ποσοστό ολοκλήρωσης του γονότυπου ήταν μεγαλύτερη από 98% για όλους τους SNPs εκτός rs6519519 (97%). Ο ρυθμός συμφωνία ποιοτικού ελέγχου ήταν 98% ή μεγαλύτερη για όλα τα SNPs εκτός rs1476413 (94%), rs11121832 (96%), rs234712 (95%), rs4646768 (97%), και rs13069815 (96%). Εννέα υποψήφιες SNPs (Πίνακας S1) ο γονότυπος προηγουμένως σε CGF χρησιμοποιώντας μια επικυρωμένη δοκιμασία TaqMan, λεπτομέρειες των οποίων μπορούν να βρεθούν στο https://snp500cancer.nci.nih.gov/home.cfm. Μέθοδοι και αποτελέσματα για αυτές τις εννέα SNPs, έχουν αναφερθεί στο παρελθόν από τους Moore et al. [5], συμπεριλήφθηκαν στις αναλύσεις μας για το γονίδιο που βασίζονται σε δοκιμές, καθώς και τον εντοπισμό και τον έλεγχο των απλοτύπων σε πολυμεταβλητών και στρωματοποιημένη αναλύσεις.

επιλέχθηκαν Γονίδια

a priori

βάσει του ρόλου τους στο μεταβολισμό ενός άνθρακα ή συνδέονται στενά σύνθεση γλουταθειόνης οδό (

CBS

,

CTH

και

GSS

). Γονότυποι ελήφθησαν για 167 SNPs ετικέτα επιλέγεται για να παρέχει υψηλής γονιδιωματική κάλυψη (80-90%) για 13 υποψήφια γονίδια που εμπλέκονται στο μεταβολισμό ενός άνθρακα και τη σύνθεση γλουταθειόνης (βλέπε Πίνακα 1, Σχήμα S1). SNPs ετικέτα επιλέχθηκαν ανάμεσα από κοινές παραλλαγές (δευτερεύουσες συχνότητες αλληλόμορφο ≥5%) που βρέθηκαν σε Καυκάσιους χρησιμοποιώντας μια μέθοδο SNP tag [15] με r

2 & gt? 0,80. Οι περιοχές 20 kb ανοδικά της θέσης έναρξης μεταγραφής και 10 kb κατάντη του τελευταίου εξονίου χρησιμοποιώντας δεδομένα HapMap CEU (https://www.hapmap.org) συμπεριλήφθηκαν για επιλογή SNP ετικέτα ώστε να εξασφαλισθεί πλήρης κάλυψη του κάθε γονιδίου στόχου. Nonsynonymous SNPs και εκείνων με υποθετικές λειτουργική σημασία συμπεριλήφθηκαν επίσης στην ανάλυση μας. Όλα τα SNPs που περιλαμβάνονται στην παρούσα μελέτη ανέφερε στη βάση SNP500Cancer του Εθνικού Ινστιτούτου Καρκίνου (https://snp500cancer.nci.nih.gov) [16]. Δεν αποκλίσεις από τις αναμενόμενες αναλογίες Hardy-Weinberg (τεστ chi-square, σ & lt? 0,05 για απόκλιση) παρατηρήθηκαν για συχνότητες γονοτύπου μεταξύ των ελέγχων

Στατιστικές Αναλύσεις

Μια σειρά από αναλύσεις χρησιμοποιήθηκε για να. διεξοδικά εξετάσει τις ενώσεις του ενιαίου SNPs, τα γονίδια, περιοχές γονιδίων, και απλοτύπων με RCC κίνδυνο, ενώ αντιπροσωπεύουν πολλαπλές δοκιμές. αναλογίες πιθανοτήτων (OR) και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (ΚΠ) για τη σύνδεση του κάθε SNP με τον κίνδυνο RCC προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας άνευ όρων λογιστικής παλινδρόμησης υποθέτοντας συνεπικρατούν μοντέλο κληρονομικότητας για SNP γονότυπους. Για δοκιμές γραμμική τάση τα ομόζυγα κοινά, ετερόζυγο και τα ομόζυγα σπάνιες ομάδες κωδικοποιήθηκαν ως 0, 1 ή 2, αντίστοιχα, που αντιστοιχούν στον αριθμό των σπάνιων αλληλομόρφων. Μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης προσαρμόστηκαν για την ηλικία (συνεχής), φύλο και χώρα. Περαιτέρω προσαρμογή για το κάπνισμα, αυτο-αναφερόμενη υπέρταση ή το δείκτη μάζας σώματος δεν άλλαξε αισθητά τις εκτιμήσεις κινδύνου (& lt? 5%). Πολλαπλασιαστική αλληλεπιδράσεις μεταξύ SNPs και αυτούς τους παράγοντες κινδύνου RCC εκτιμήθηκαν με δοκιμές λόγο πιθανότητας συγκρίνοντας τα μοντέλα με και χωρίς όρους αλληλεπίδρασης, αλλά βρήκαμε κανένα στοιχείο της τροποποίησης αποτέλεσμα.

εκτιμήθηκε παγκόσμια σημασία της συσχετίσεις μεταξύ μεμονωμένων γονιδίων και του κινδύνου RCC χρησιμοποιώντας την ελάχιστη μετάθεση p-value (min-P) δοκιμασία [17], [18], το οποίο συνδυάζει πληροφορίες σχετικά με το σύνολο των ενώσεων SNP-RCC μέσα σε ένα γονίδιο και ευθύνεται για τη συσχέτιση μεταξύ των SNPs. Τα Συμπεράσματα με βάση την κατανομή μετάθεση του p-value ελάχιστο μεταξύ του συνόλου των SNPs σε ένα γονίδιο. δοκιμές min-Ρ προσαρμόστηκαν για πολλαπλές συγκρίσεις μεταξύ των γονιδίων χρησιμοποιώντας False Discovery Rate (FDR) διαδικασία Hochberg του [19], [20] Benjamini και. Για τα γονίδια που προσδιορίζονται από τις δοκιμές μόνο SNP ή min-P, μια προσέγγιση haplowalk συρόμενο παράθυρο εργαζόταν στο οποίο διαδοχικές 3 SNP παράθυρα εξετάστηκαν για τον εντοπισμό περιοχών των χρωμοσωμάτων που παρουσιάζουν ενδιαφέρον για την περαιτέρω ανάλυση των απλοτύπων. Για κάθε 3 παράθυρο SNP, το πακέτο Haplostats (έκδοση 1.3.1) σε R (έκδοση 2.4.1) χρησιμοποιήθηκε για την ανακατασκευή συχνότητες απλότυπου σε περιπτώσεις και τους ελέγχους χρησιμοποιώντας ένα μεγιστοποίηση προσδοκία αλγόριθμο (ΕΜ) και για τη δοκιμή σύνδεσης με την υπόθεση ελέγχου κατάστασης χρησιμοποιώντας γενικευμένα γραμμικά μοντέλα (haplo.glm) και μια δοκιμή Wald. SNP παράθυρα με FDR προσαρμοσμένο p-τιμή κάτω από 0,1 θεωρήθηκαν για να υποδηλώσει μια περιοχή ενδιαφέροντος.

Η ανισορροπία σύνδεσης (LD) μεταξύ των SNPs μεταξύ των ατόμων της ομάδας ελέγχου προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα Haploview [21] για τον υπολογισμό r

2 τιμές. Με βάση τα αποτελέσματα της διαδικασίας haplowalk και την παρατηρούμενη δομή LD, επιλέχθηκαν απλότυπο-μπλοκ για περαιτέρω ανάλυση. Για αυτά τα τμήματα, απλοτύπων ανακατασκευάστηκαν και οι ενώσεις με την κατάσταση ασθενών-μαρτύρων (ΕΑΠ και 95% ΚΠ) αξιολογήθηκαν σε Haplostats στο R, με προσαρμογή για την ηλικία (& lt? 50, 50- & lt? 60, 60- & lt? 70 και 70 + ετών), το φύλο και το κέντρο μελέτης. Η πιο κοινή απλότυπος χρησίμευσε ως αναφορά, και απλότυπους με εκτιμώμενο συχνότητα μικρότερη από 5% συνδυάστηκαν σε μία ξεχωριστή «σπάνια» ομάδα απλότυπο. Περαιτέρω αναλύσεις εξέτασε τις ενώσεις απλότυπος μέσα σε στρώματα φυτικής ή την κατανάλωση αλκοόλ (με βάση τα τριτημόρια κατανάλωσης μεταξύ των ελέγχων). Μια δοκιμή αναλογία πιθανότητας συγκρίνοντας την εφαρμογή των μοντέλων με και χωρίς όρους αλληλεπίδραση χρησιμοποιήθηκε για να αξιολογηθεί η ετερογένεια των συχνοτήτων γονοτύπου μεταξύ των χωρών, αλλά εμείς δεν παρατηρούμε καμία ένδειξη της ετερογένειας. Οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση SAS έκδοση 9.1 (SAS Institute, Cary, NC), εκτός αν αναφέρεται διαφορετικά.

Αποτελέσματα

Δημογραφικά και τον τρόπο ζωής χαρακτηριστικά όλων των συμμετεχόντων και ο γονότυπος των συμμετεχόντων στη μελέτη CEERCC είναι φαίνονται στον πίνακα 2. Η κατανομή των παραγόντων κινδύνου RCC σε γονότυπος επιτυχώς συμμετέχοντες ήταν παρόμοια με εκείνη όλων των συμμετεχόντων. Η πλειοψηφία των συμμετεχόντων ήταν από την Τσεχική Δημοκρατία, και περιπτώσεις ήταν πιο πιθανό να είναι από τη χώρα αυτή από τους ελέγχους. Περιπτώσεις είχαν περισσότερες πιθανότητες να είναι παχύσαρκοι (ΔΜΣ & gt? 30 kg /m

2). Και λιγότερο πιθανό να είναι ενεργοί καπνιστές, αν και η συσχέτιση με το κάπνισμα δεν ήταν πλέον παρούσα και μετά την προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο και το κέντρο μελέτης

τα αποτελέσματα από το άτομο SNP και του γονιδίου που βασίζεται σε τιμή p ελάχιστο μετάθεση (min-Ρ) δοκιμών φαίνονται στον πίνακα 1. οι ισχυρότερες ενώσεις με κίνδυνο RCC παρατηρήθηκαν για

SLC19A1

(Ρ

min-P = 0,03) και

MTHFR

(P

min-P = 0,13). Δύο μεμονωμένες SNPs tagging το

SLC19A1

περιοχή, rs12483553 και rs17004785, συσχετίστηκαν σε σημαντικό βαθμό με RCC μετά την προσαρμογή για πολλαπλές δοκιμές (FDR προσαρμοσμένο P

τάση = 0,03 για το καθένα). Η ένωση για κάθε SNP ήταν ελαφρώς εξασθενημένος, όταν και οι δύο είχαν συμπεριληφθεί μαζί στο μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης. Η ανάλυση haplowalk εντοπίστηκαν επίσης

SLC19A1

ως περιοχή ενδιαφέροντος, με FDR προσαρμοσμένη τιμή p 0,02 για το πιο σημαντικό παράθυρο 3-SNP. Με βάση την ανάλυση haplowalk και τη δομή LD μεταξύ των ατόμων της ομάδας ελέγχου, εντοπίσαμε ένα μπλοκ των τεσσάρων SNPs ετικέτα, για να εξετάσει σε ανάλυση χρωμοσωμάτων (rs12483553, rs2838950, rs2838951, και rs17004785). Η απλότυπος Α-C-C-C συσχετίστηκε με μία σημαντική 37% αύξηση RCC κινδύνου σε σύγκριση με την πιο συχνή απλότυπο, G-C-G-G (Πίνακας 3). Οι δύο SNPs που εντοπίζονται στην ενιαία SNP ανάλυση φαίνεται να οδηγεί το αποτέλεσμα απλότυπος, και άλλα απλοτύπων που δεν περιλαμβάνει το έλασσον αλληλόμορφο για rs12483553 ή rs17004785 δεν έχουν διαφορετικά RCC κινδύνους σε σχέση με το απλότυπος αναφοράς. Μετά τη στρωματοποίηση, παρατηρήσαμε ότι τόσο τα επιμέρους SNPs και ο απλότυπος Α-C-C-C συσχετίστηκε σημαντικά με τον κίνδυνο RCC μόνο μεταξύ εκείνων στο χαμηλότερο τριτημόριο του λαχανικών (Πίνακας 4). Η συνολική κατανομή των

SLC19A1

απλοτύπων διέφερε σημαντικά (P

παγκόσμιο = 0,05) μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων, κατά την χαμηλότερη τριτημόριο των λαχανικών, αλλά όχι μέσα στη μέση ή υψηλότερο τριτημόριο. Ισχύς ήταν περιορισμένη, και οι δοκιμές για την αλληλεπίδραση μεταξύ των επιμέρους απλοτύπων και λαχανικών δεν απέδωσε καμία σημαντική αλληλεπιδράσεις (Πίνακας 4). Δεν παρατηρήθηκαν διαφορές στις κατανομές απλότυπος ή ατομική SNP επιδράσεις παρατηρήθηκαν σε αναλύσεις με στρωματοποίηση από την κατανάλωση αλκοόλ για οποιοδήποτε από τα γονίδια που εξετάστηκαν.

Η

χρησιμοποιηθούν δεδομένα από μια πρόσφατη μελέτη σύνδεσης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) του καρκίνου του νεφρού [22] με πάνω από 3700 Καυκάσου περιπτώσεις και 8400 ελέγχους για να εξετάσει ειδικά τη σύνδεση μεταξύ των δύο σημαντικών

SLC19A1

SNPs που προσδιορίζονται στη μελέτη μας και τον κίνδυνο RCC στον πληθυσμό GWAS. Και οι δύο SNPs συσχετίστηκαν με τον κίνδυνο RCC (p = 0,01 για rs12483553? P = 0,04 για rs17004785), αν και όχι σε επίπεδο επαρκές για την γονιδίωμα-ευρεία σημασία σε μια αγνωστικιστής εξέταση GWAS

Μια προηγούμενη ανάλυση από Moore et. al. στον πληθυσμό της μελέτης CEERCC βρήκε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ του γνωστού λειτουργικού SNP στο

MTHFR

(rs1801133, 677C & gt? Τ) και τον κίνδυνο RCC [5]. Επεκτείναμε στο προηγούμενο αποτέλεσμα με συνολικά την εξέταση της περιοχής του γονιδίου για να αξιολογηθεί κατά πόσο πρόσθετες παραλλαγές του γονιδίου που σχετίζεται με τον κίνδυνο RCC, αλλά καμία δεν ήταν σημαντική στο πλαίσιο της ενιαίας SNP ανάλυση. Εντοπίσαμε μια περιοχή ενδιαφέροντος βασίζεται στην ανάλυση haplowalk και δοκιμάζονται απλοτύπων να εξετάσει κατά πόσον παρέχονται πρόσθετες πληροφορίες πέρα ​​από το 677C & gt? T SNP (Πίνακας 3). Δύο απλοτύπων βρέθηκαν να σχετίζονται σημαντικά με RCC κίνδυνο, αλλά τα αποτελέσματα είναι συνεπή με διακύμανση σε 677C & gt? T οδήγηση του συλλόγου. Διαστρωμάτωση από λαχανικών έδειξε ότι δύο

MTHFR

απλοτύπων συσχετίστηκαν με τον κίνδυνο RCC στα χαμηλά ή μεσαία τριτημόρια (Πίνακας 4), ενώ δεν απλότυπους ήταν σημαντική μεταξύ αυτών με την υψηλότερη τριτημόριο. Ωστόσο, η επίδραση της πρόσληψης φυτικών γονοτύπου ήταν σχετικά αδύναμη, καθώς οι παγκόσμιες p-τιμές για τις απλοτύπων δεν ήταν σημαντικές σε οποιοδήποτε λαχανικό τριτημόριο και οι δοκιμές των αλληλεπιδράσεων είχαν χαμηλή δύναμη, αλλά δεν ήταν σημαντικές (Πίνακας 4).

Δεν σημαντικές συσχετίσεις παρατηρήθηκαν για μεμονωμένες SNPs ή τη δοκιμή γονίδιο που βασίζεται min-Ρ για τα άλλα γονίδια ενός άνθρακα γονότυπος σε αυτή τη μελέτη (Πίνακας 1). Ως εκ τούτου, δεν είχαμε την εξέταση συγκεκριμένων απλοτύπων για αυτά τα γονίδια. Τα αποτελέσματα για τις επιμέρους αναλύσεις όλων των SNPs μπορούν να βρεθούν στον Πίνακα S1.

Συζήτηση

Πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση των 163 SNPs tag σε 13 γονίδια που σχετίζονται με τον μεταβολισμό ενός άνθρακα, το φυλλικό οξύ των μεταφορών, και σύνθεση γλουταθειόνης σε σχέση με τον κίνδυνο νεφροκυτταρικό καρκίνωμα. Εντοπίσαμε ένα μυθιστόρημα περιοχή του γονιδίου που σχετίζεται σημαντικά με τον κίνδυνο RCC. Συγκεκριμένα, μια περιοχή πλησίον της περιοχής κωδικοποίησης του

SLC19A1

βρέθηκε να περιέχει δύο SNPs που σχετίζονται με τον κίνδυνο της RCC, και ένας απλότυπος περιέχει το ελάχιστο αλληλόμορφο και για τις δύο αυτές SNPs συσχετίστηκε με μία σημαντική 39% αύξηση της κίνδυνος. Η συσχέτιση ήταν ιδιαίτερα εμφανής μεταξύ των συμμετεχόντων που ανέφεραν χαμηλή πρόσληψη λαχανικών, η οποία μπορεί να είναι ένα πληρεξούσιο για την πρόσληψη φυλλικού οξέος /κατάστασης. Υποστηρίζοντας τα ευρήματά μας, οι δύο σημαντικές

SLC19A1

SNPs στη μελέτη μας ήταν, επίσης, συνδέεται με RCC σε μια πρόσφατη μελέτη GWAS του καρκίνου του νεφρού [22], αν και όχι σε επίπεδο γονιδιώματος-ευρεία σημασία. Τα αποτελέσματά μας είναι νέα και απαιτούν αναπαραγωγή σε άλλες μελέτες που μπορεί να εξετάσει φυτικά ή πρόσληψη φυλλικού οξέος.

Υπάρχει ένα βιολογικό σκεπτικό για την εμπλοκή του

SLC19A1

γονιδίου σε κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου.

SLC19A1

κωδικούς για το μεταφορέα ανηγμένου φολικού (RFC), το οποίο μεταφέρει μειωμένη φολικά και αντιφολικών φαρμάκων σε κύτταρα θηλαστικών [23]. Οι άνθρωποι είναι σε θέση να συνθέσουν φολικά, τα οποία βρίσκονται στο θεμέλιο των αντιδράσεων του μεταβολισμού ενός άνθρακα, έτσι επαρκής φυλλικού οξέος πρέπει να καταναλωθεί, απορροφώνται αποτελεσματικά και μεταφέρονται σε κύτταρα και ιστούς. RFC εκφράζεται παντού, ακόμη και σε υψηλά επίπεδα στο νεφρό, και είναι η κύρια σύστημα μεταφοράς για φολικά στους περισσότερους ιστούς [23]. Εκτός από την πρόσληψη φυλλικού οξέος από το αίμα, RFC εμπλέκεται επίσης στην απορρόφηση του φυλλικού οξέος στο έντερο καθώς και οι μεταφορές σε όλη την βασεοπλευρική μεμβράνη των νεφρικών σωληναρίων [23]. Γενετικές παραλλαγές στο

SLC19A1

θα μπορούσε να οδηγήσει σε διαφορετικές δραστηριότητες RFC και, ως εκ τούτου διαφορετικές διαθεσιμότητα φυλλικό οξύ. ανεπάρκεια φυλλικού οξέος έχει συνδεθεί με έναν αριθμό καρκίνων, συμπεριλαμβανομένων RCC, μέσω μηχανισμών, πιστεύεται ότι περιλαμβάνουν ρόλου της στην παροχή υποστρώματα για τη σύνθεση του DNA και μεθυλίωση [2] – [5].

Τα υπάρχοντα στοιχεία για μια συσχέτιση μεταξύ

SLC19A1

και τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου είναι αραιή. μοντέλα ποντικιών δείχνουν ότι τα επίπεδα του RFC μπορεί να επηρεάσει δραματικά τις νεοπλασματικές διεργασίες που οδηγούν σε καρκίνο του παχέος εντέρου [23]. Διακύμανση

SLC19A1

δεν έχει μελετηθεί σε σχέση με καρκίνο του νεφρού, αλλά επιδημιολογικές μελέτες έχουν εξετάσει τη σύνδεση αυτού του γονιδίου με άλλες μορφές καρκίνου. Οι περισσότερες μελέτες εξέτασαν μία συγκεκριμένη nonsynonymous SNP (rs1051266, 80G & gt? Α), η οποία έχει συσχετισθεί με αλλαγές στις συγκεντρώσεις στο αίμα του φυλλικού οξέος σε μερικές μελέτες [24], [25], αλλά όχι άλλοι [26], [27]. Εμείς δεν έχουμε πληροφορίες γονότυπο για αυτό το SNP, αν και ήταν μέτρια συσχέτιση με ένα από τα SNPs ετικέτα μας (rs2838951? R

2 = 0,59). Άλλες μελέτες έχουν βρει πιθανές συσχετίσεις για rs1051266 με κίνδυνο της ουροδόχου κύστης, του οισοφάγου, και καρκίνων του πνεύμονα [28] – [30], αλλά όχι με παχέος εντέρου, του προστάτη και καρκίνου του μαστού [31] – [34]. Μια πρόσφατη μελέτη εξέτασε SNPs ετικέτα των γονιδίων ενός άνθρακα και βρήκε πέντε SNPs στο

SLC19A1

που συσχετίστηκε σημαντικά με τον κίνδυνο ορθοκολικού αδενώματος, συμπεριλαμβανομένων rs1051266 [35]. Ένας από τους ειδικούς

SLC19A1

ετικέτα SNPs βρέθηκε να σχετίζεται με RCC κινδύνου στη μελέτη μας, rs17004785, δεν σχετίστηκε με τον κίνδυνο στις μελέτες του καρκίνου του παχέος εντέρου και του παχέος αδενώματα [31], [35].

οι απλότυποι τόσο

SLC19A1

και

MTHFR

βρέθηκαν να σχετίζονται σημαντικά με τον κίνδυνο RCC μεταξύ των συμμετεχόντων στο χαμηλότερο τριτημόριο της συχνότητας λαχανικών, αλλά καμία επίδραση του γονότυπου παρατηρήθηκε μεταξύ των στο υψηλότερο τριτημόριο. Τα λαχανικά είναι καλές πηγές φυλλικού οξέος, ιδιαίτερα σε πληθυσμούς όπως η Ανατολική και Κεντρική Ευρώπη, όπου τα προϊόντα σιτηρών που δεν είναι εμπλουτισμένα με φυλλικό οξύ. Έτσι λαχανικών μπορεί να είναι μια πρόχειρη μεσολάβησης για πρόσληψη φυλλικού οξέος, στην οποία περίπτωση τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η επίδραση του γονότυπου για αυτά τα γονίδια που σχετίζονται με το φυλλικό οξύ μπορεί να είναι σημαντικό μόνο όταν πρόσληψη φυλλικού οξέος είναι χαμηλή. Ένας αριθμός μελετών

MTHFR

και τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου έχουν δείξει αυξημένο ρόλο της γενετικής ποικιλομορφίας υπό συνθήκες χαμηλού φυλλικό οξύ [10], [36], καθώς και πολυάριθμα παραδείγματα υποστηρίζουν τη θεωρία ότι η διατροφή μπορεί να τροποποιήσει την επίδραση των γενετικών διαφοροποίηση [37].

για τις γνώσεις μας, αυτή είναι η πρώτη μελέτη που εξετάζει διεξοδικά μεταβολή στο μεταβολισμό και τη μεταφορά του φολικού οξέος γονίδια ενός άνθρακα σε σχέση με νεφρική τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου, συμπεριλαμβανομένης της εξέτασης των διαφορετικών διαιτητική πρόσληψη φυλλικού οξέος πηγές. Χρησιμοποιήσαμε δεδομένα HapMap με μια προσέγγιση SNP ετικέτα για να επιτευχθεί υψηλή (80-90%) γονιδιωματική κάλυψη των γονιδίων που ενδιαφέρουν, και εξετάστηκαν οι περιοχές ανοδικά και καθοδικά των κωδικευουσών περιοχών. Επιπλέον, η μελέτη διεξήχθη σε έναν πληθυσμό χωρίς υποχρεωτικό εμπλουτισμό των δημητριακών με το φολικό οξύ? παρόμοιες μελέτες σε οχυρωμένη πληθυσμούς με ομοιόμορφα υψηλή πρόσληψη φυλλικού οξέος μπορεί να μην είναι σε θέση να εξετάσει πλήρως την αλληλεπίδραση μεταξύ της πρόσληψης φυλλικού οξέος και γενετικές επιδράσεις που σχετίζονται με το φυλλικό οξύ των μεταφορών και του μεταβολισμού. Άλλα πλεονεκτήματα της μελέτης μας ήταν συμπερίληψη μόνο διαγνωστεί πρόσφατα και ιστολογικά επιβεβαιωμένη νεφρική καρκίνους, ένα υψηλό ποσοστό συμμετοχής, καθώς και τη συλλογή βιολογικών δειγμάτων από ένα υψηλό ποσοστό των συμμετεχόντων. Η ανάλυση πολλαπλών σταδίων και της διόρθωσης για πολλαπλές δοκιμές μείωσε την πιθανότητα λάθους Τύπου Ι. διαστρωμάτωση του πληθυσμού είναι μια πιθανή ανησυχία, αλλά βρήκαμε κανένα στοιχείο της ετερογένειας ανά χώρα, και η μεροληψία από την διαστρωμάτωση του πληθυσμού είναι απίθανο να είναι σημαντικές σε μελέτες καρκίνου σε μη-ισπανόφωνοι ευρωπαϊκούς πληθυσμούς [38]. Ένας περιορισμός της μελέτης μας είναι ότι η διαιτητική εργαλείο αξιολόγησης στη μελέτη CEERC σχεδιάστηκε ειδικά για την αξιολόγηση της πρόσληψης από τα τρόφιμα που καταναλώνονται συχνότερα στην περιοχή μελέτης, αλλά δεν συλλάβει την ποσότητα των τροφίμων που καταναλώνονται. Διατροφή αξιολογήθηκε μετά την περίπτωση η διάγνωση, τόσο θυμηθούμε προκατάληψη είναι δυνατή εάν η κατάσταση υπόθεση επηρέασε το πώς οι συμμετέχοντες υπενθύμισε τις διατροφικές τους συνήθειες. Λαμβάνοντας υπόψη τους περιορισμούς στην αξιολόγηση της διατροφής και την ανάγκη για την αντιγραφή, αναλύσεις μας θα πρέπει να θεωρείται διερευνητική.

Εν κατακλείδι, εξετάσαμε διεξοδικά γενετική παραλλαγή σε 13 γονίδια που σχετίζονται με τον μεταβολισμό ενός άνθρακα χρησιμοποιώντας μια προσέγγιση SNP ετικέτα και εντόπισε μια νέα σχέση μεταξύ

SLC19A1

και τον καρκίνο των νεφρικών κυττάρων. Πρόσθετες μελέτες για να αναπαράγουν αυτά τα ευρήματα και την καλύτερη κατανόηση των επιπτώσεων των πρόσληψη φυλλικού οξέος.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

αντιδράσεις του μεταβολισμού ενός άνθρακα. Ένα διάγραμμα που δείχνει τις αντιδράσεις του μεταβολισμού ενός άνθρακα (απλοποιημένα), συμπεριλαμβανομένου του ρόλου των γονιδιακών προϊόντων από τους 12 υποψήφια γονίδια για την ανάλυση (

GGH

δεν φαίνεται) και συνδέεται βιταμίνη συμπαράγοντες. Οι αριθμοί σε αγκύλες [#] αντιστοιχούν σε γονίδια που παρατίθενται στον Πίνακα 1.

doi: 10.1371 /journal.pone.0026165.s001

(DOC)

Πίνακα S1.

Κύρια αποτελέσματα SNP με βάση αναλύσεις για τα γονίδια στο μονοπάτι του μεταβολισμού ενός άνθρακα και τον κίνδυνο RCC.

doi: 10.1371 /journal.pone.0026165.s002

(XLS)