Σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου πιστεύεται ότι οφείλεται στην μη φυσιολογική λειτουργία (δυσλειτουργία) των μυών των οργάνων της γαστρεντερικής οδού ή τα νεύρα που ελέγχουν τα όργανα. Το νευρικό έλεγχο του γαστρεντερικού σωλήνα, ωστόσο, είναι περίπλοκη. Ένα σύστημα νεύρων διατρέχει όλο το μήκος της γαστρεντερικής οδού από τον οισοφάγο προς τον πρωκτό στα μυϊκά τοιχώματα των οργάνων. Αυτά τα νεύρα επικοινωνούν με άλλα νεύρα που ταξιδεύουν προς και από το νωτιαίο μυελό. Νεύρα εντός του νωτιαίου μυελού, με τη σειρά, τα ταξίδια από και προς τον εγκέφαλο. (Το γαστρεντερικό σωλήνα υπέρβαση του αριθμού των νεύρων που περιέχει μόνο από το νωτιαίο μυελό και τον εγκέφαλο.) Έτσι, η μη φυσιολογική λειτουργία του νευρικού συστήματος σε IBS μπορεί να συμβεί σε μια γαστρεντερική μυϊκό όργανο, του νωτιαίου μυελού, ή τον εγκέφαλο. Το νευρικό σύστημα που ελέγχει τις γαστρεντερικά όργανα, όπως με τα περισσότερα άλλα όργανα, περιέχει τόσο αισθητικά και κινητικά νεύρα. Τα αισθητήρια νεύρα αισθάνονται συνεχώς το τι συμβαίνει μέσα στο όργανο και αναμεταδίδουν τις πληροφορίες αυτές στα νεύρα στο τοίχωμα του οργάνου 抯. Από εκεί, οι πληροφορίες μπορούν να μεταδίδονται στο νωτιαίο μυελό και τον εγκέφαλο. Οι πληροφορίες που λαμβάνει και επεξεργάζεται σε τοίχο του οργάνου, το νωτιαίο μυελό, ή τον εγκέφαλο. Στη συνέχεια, βάσει αυτής της αισθητηριακών πληροφοριών και τον τρόπο που η είσοδος σε επεξεργασία, εντολές (απαντήσεις) αποστέλλονται στο όργανο κατά τη διάρκεια των κινητικών νεύρων. Δύο από τις πιο κοινές κινητικές απαντήσεις στο έντερο είναι σύσπαση ή χαλάρωση του μυός του οργάνου και την έκκριση του υγρού ή /και βλέννα μέσα στο όργανο. Όπως ήδη αναφέρθηκε, ανώμαλη λειτουργία των νεύρων των γαστρεντερικών οργάνων, τουλάχιστον θεωρητικά, θα μπορούσε να συμβεί στο όργανο, το νωτιαίο μυελό, ή ο εγκέφαλος. Επιπλέον, οι ανωμαλίες μπορεί να συμβούν στα αισθητήρια νεύρα, τα νεύρα κινητήρα, ή σε κέντρα επεξεργασίας στο έντερο, το νωτιαίο μυελό, ή ο εγκέφαλος. Μερικοί ερευνητές υποστηρίζουν ότι η αιτία της λειτουργικής νόσων είναι ανωμαλίες στη λειτουργία των αισθητήριων νεύρων. Για παράδειγμα, συνήθεις δραστηριότητες, όπως το τέντωμα του λεπτού εντέρου από την τροφή, μπορεί να οδηγήσει σε ανώμαλη αισθητήρια σήματα που στέλνονται στον νωτιαίο μυελό και τον εγκέφαλο, όπου γίνονται αντιληπτά ως πόνος. Άλλοι ερευνητές υποστηρίζουν ότι η αιτία της λειτουργικής νόσων είναι ανωμαλίες στη λειτουργία των κινητικών νεύρων. Για παράδειγμα, ανώμαλη εντολές μέσω των νεύρων με κινητήρα μπορεί να παράγει ένα οδυνηρό σπασμό (σύσπαση) των μυών. Ακόμα άλλοι υποστηρίζουν ότι ασυνήθιστα λειτουργούν κέντρα επεξεργασίας είναι υπεύθυνη για τη λειτουργική ασθένειες, διότι αλλοιώνουν κανονική αισθήσεις ή να στείλετε ανώμαλη εντολές στο όργανο. Στην πραγματικότητα, ορισμένες λειτουργικές ασθένειες μπορεί να οφείλεται σε αισθητηριακή δυσλειτουργία, κινητική δυσλειτουργία, ή και τα δύο αισθητηριακές και κινητικές δυσλειτουργίες. Ακόμα άλλοι μπορεί να οφείλεται σε ανωμαλίες στο εσωτερικό της κέντρα επεξεργασίας ένας τομέας που λαμβάνει μεγάλη επιστημονική προσοχή είναι ο πιθανός ρόλος του αερίου που παράγεται από εντερικά βακτήρια σε ασθενείς με IBS. Μελέτες έχουν δείξει ότι οι ασθενείς με σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου παράγουν πολύ μεγαλύτερες ποσότητες αερίου από άτομα χωρίς IBS, και το αέριο μπορεί να διατηρηθεί πλέον στο λεπτό έντερο. Μεταξύ των ασθενών με σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου, κοιλιακό μέγεθος αυξάνει κατά τη διάρκεια της ημέρας, φθάνοντας στο μέγιστο το βράδυ και επιστρέφουν στην βασική γραμμή με το επόμενο πρωί. Σε άτομα χωρίς IBS, δεν υπάρχει αύξηση στο κοιλιακό μέγεθος κατά τη διάρκεια της ημέρας. Υπήρξε μια μεγάλη διαμάχη σχετικά με τον ρόλο ότι η κακή πέψη ή /και την απορρόφηση των διατροφικών σάκχαρα μπορούν να παίξουν στην επιδείνωση των συμπτωμάτων του IBS. Κακή πέψη της λακτόζης, η ζάχαρη στο γάλα, είναι πολύ κοινό, όπως είναι η κακή απορρόφηση φρουκτόζης, μια γλυκαντική ουσία που βρίσκεται σε πολλά επεξεργασμένα τρόφιμα. Κακή πέψη ή απορρόφηση αυτών των σακχάρων μπορεί να επιδεινώσει τα συμπτώματα της IBS αφού δεν έχει απορροφηθεί σάκχαρα συχνά προκαλεί αυξημένο σχηματισμό του φυσικού αερίου. Αν και αυτές οι ανωμαλίες στην παραγωγή και τη μεταφορά του φυσικού αερίου θα μπορούσε να οδηγήσει σε μερικά από τα συμπτώματα του IBS, πολύ περισσότερο έργο θα πρέπει να γίνει πριν από τον ρόλο των εντερικών αερίων σε IBS είναι clear.Dietary λίπος σε υγιή άτομα προκαλεί τροφίμων καθώς και αέριο να κινούνται πιο αργά από το στομάχι και το λεπτό έντερο. Μερικοί ασθενείς με σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου μπορεί ακόμη και να ανταποκριθεί στις διαιτητικού λίπους σε μια υπερβολική μόδα με μεγαλύτερη επιβράδυνση. Έτσι, διαιτητικού λίπους θα μπορούσε – και ίσως δεν – να επιδεινώσει τα συμπτώματα της IBS

.