Αφηρημένο

Επιγενετική πιστεύεται ότι παίζουν σημαντικό ρόλο στην καρκινογένεση πολλαπλών σποραδικών καρκίνων του παχέος εντέρου (CRC). Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει συγκλίνουσες υπερμεθυλίωση του DNA μεταξύ των ζευγών των όγκων. Ωστόσο, μόνο λίγα δείκτες μεθυλίωση έχουν αναλυθεί. Η μελέτη αυτή είχε ως στόχο να περιγράφουν την επιγενετική υπογραφή της πολλαπλής CRC χρησιμοποιώντας ένα γονιδίωμα κλίμακας μεθυλίωσης του DNA προφίλ. Αναλύσαμε 12 ασθενείς με σύγχρονη CRC και 29 ηλικία, sex-, και του όγκου των ασθενών τοποθεσία σε συνδυασμό με μοναχικά όγκους από την ομάδα EPICOLON II. μεθυλίωσης DNA profiling πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία μεθυλίωσης Illumina Infinium HM27 DNA. Τα πιο σημαντικά αποτελέσματα επικυρώθηκαν από MethyLight. δείγματα όγκοι αναλύθηκαν επίσης για τη CpG νησιού Methylator φαινότυπο (CIMP)?

KRAS

και

BRAF

μεταλλάξεις και η κατάσταση ανεπάρκειας επισκευή ασυμφωνία. Λειτουργική σχολιασμό ομαδοποίηση έγινε. Εντοπίσαμε 102 CpG θέσεις που παρουσίασαν σημαντική υπερμεθυλίωση του DNA σε πολλαπλούς όγκους σε σχέση με τα μοναχικά τους ομολόγους (διαφορά στο β αξία ≥0.1). MethyLight δοκιμασίες επικύρωσε τα αποτελέσματα για 4 επιλεγμένα γονίδια (p = 0,0002). Οκτώ από τους 12 (66,6%), πολλαπλούς όγκους ταξινομήθηκαν ως CIMP-υψηλή, σε σύγκριση με 5 από τα 29 (17,2%) μοναχικό όγκους (p = 0,004). Είναι ενδιαφέρον, 76 από το 102 (74.5%) υπερμεθυλιωμένο CpG τοποθεσίες βρέθηκαν σε πολλαπλούς όγκους παρατηρήθηκαν επίσης σε CIMP-υψηλής όγκους. Λειτουργική ανάλυση του υπερμεθυλιωμένο γονίδια που βρέθηκαν σε πολλαπλούς όγκους παρουσίασαν εμπλουτισμό των γονιδίων που εμπλέκονται σε διαφορετικές ογκογόνο λειτουργίες. Συμπερασματικά, πολλαπλές CRC συνδέονται με μια ξεχωριστή φαινότυπο μεθυλίωση, με μια στενή σύνδεση μεταξύ της έκτασης του όγκου και CIMP-υψηλής. Τα αποτελέσματά μας μπορεί να είναι σημαντική για να διαλευκάνουν το υποκείμενο μηχανισμό της πολλαπλότητας των όγκων

Παράθεση:. Gonzalo V, Lozano JJ, Alonso-Espinaco V, Moreira L, Muñoz J, Pellisé Μ, et al. (2014) Πολλαπλές Σποραδικές παχέος εντέρου Εμφανίζει μια μοναδική μεθυλίωσης φαινότυπο. PLoS ONE 9 (3): e91033. doi: 10.1371 /journal.pone.0091033

Επιμέλεια: Hiromu Suzuki, Σαπόρο Ιατρικό Πανεπιστήμιο, την Ιαπωνία

Ελήφθη: 11η Δεκεμβρίου, 2013? Αποδεκτές: 6 Φλεβάρη 2014? Δημοσιεύθηκε: 18 Μαρτίου, 2014

Copyright: © 2014 Gonzalo et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από το Νοσοκομείο Κλινική της Βαρκελώνης (Josep επιχορήγηση Font), Ministerio de Economía y Competitividad (SAF 2007 – 64873 και SAF2010-19273), Fundación Científica de la Asociación Española contra el τον καρκίνο, και Instituto de Salud Carlos III (PI10 /00384). «Cofinanciado por el Fondo Europeo de Desarrollo Περιφερειακή (ΕΤΠΑ). Unión Europea. Una manera de Hacer Europa «. CIBEREHD χρηματοδοτείται από το Instituto de Salud Carlos III. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

μέχρι 10% του συνόλου των ορθοκολικού καρκίνου (CRC) ασθενείς αναπτύσσουν περισσότερες από μία όγκου στην παχέος εντέρου, είτε συγχρονισμένα (διαγνωσθεί ταυτόχρονα) ή metachronously (διαγνωσθεί τη διάρκεια της παρακολούθησης) [1], [ ,,,0],2], [3]. Όγκων πολλαπλότητα πιστεύεται ότι συμβαίνει λόγω μιας κοινής αιτιολογικός παράγοντας (γενετική ή περιβαλλοντική) και παρέχουν ένα καλό μοντέλο για να εξετάσει κοινές μοριακές αλλαγές και, πιο συγκεκριμένα, μια πιθανή επίδραση πεδίου [4], [5], [6], [7 ]. Γενετική εξηγήσουν μόνο ένα μέρος του φάσματος των πολλαπλών CRCs, ειδικά αυτές που παρουσιάζονται στο πλαίσιο του συνδρόμου Lynch (που προκαλείται από μεταλλάξεις στα γονίδια επιδιόρθωσης αταίριαστων βάσεων) [8], [9], [10], οικογενή σχετίζεται πολυποδίαση (FAP) [ ,,,0],11],

MUTYH

συνδέονται πολυποδίαση (MAP) [11] και άλλες μορφές του παχέος πολυποδίαση [12]. Από την άλλη πλευρά, η έννοια της πεδίο ελάττωμα έχει προταθεί για να εξηγήσει τον πολλαπλασιασμό των όγκων μέσω μιας γενικευμένης κυτταρικό ή μοριακό διαταραχής σε ολόκληρο το ορθοκολικό βλεννογόνο, προκαλώντας ένα υποθετικό επίδρασης πεδίου (το λεγόμενο «πεδίο σχηματισμός καρκίνου») [6], [7] , όπως στο σύνδρομο οδοντωτά πολυποδίαση [13], [14], [15]. Ωστόσο, η οριστική υποκείμενο παθογόνος μηχανισμός της πολλαπλότητας των όγκων παραμένει άπιαστο.

Στη μη κληρονομική σενάριο, προηγούμενες μελέτες έχουν βρει κοινά πρότυπα μοριακή μεταβολή μεταξύ των ζευγών CRC και στην κανονική βλεννογόνο του κόλου ασθενών με όγκους πολλαπλάσια του παχέος εντέρου, υποστηρίζει ένα υποθετικό πεδίο ελάττωμα [4], [10], [14], [16]. Σε αντίθεση με γενετικές αλλοιώσεις, οι οποίες δεν βρίσκονται συνήθως σε φυσιολογικό βλεννογόνο από ασθενείς με καρκίνο, οι επιγενετική πιστεύεται ότι παίζουν σημαντικό ρόλο στην καρκινογένεση αυτών των ατόμων που αναπτύσσουν πολλαπλούς όγκους [4], [5], [14], [17 ], [18], [19], [20], [21]. Υπό την έννοια αυτή, έχει προταθεί ότι σύγχρονη CRCs είναι πιο συχνά συνδέεται με τον φαινότυπο νησί methylator CpG (CIMP) [4],

BRAF

μετάλλαξη και αστάθεια μικροδορυφόρου [10]. Πράγματι, η ομάδα μας έναντι ενός συνόλου 41 ζεύγη πολλαπλές και μοναχικό CRCs και προσδιόρισε υπερμεθυλίωση του

MGMT2

τόπου και

RASSF1A

γονίδιο ως μεταβλητές ανεξάρτητα σχετίζονται με τον αριθμό των όγκων. Επιπλέον, αρκετές μελέτες έχουν βρει συγκλίνουσες προτύπων μεθυλίωσης σε ζεύγη όγκου [4], [14], [17], [18]. Από την άλλη πλευρά, η παγκόσμια υπομεθυλίωση DNA έχει συνδεθεί με γενωμική αστάθεια και την καρκινογένεση [22], [23] και, πρόσφατα, υψηλότερες υπομεθυλίωση του LINE-1 (υποκατάστατος δείκτης της παγκόσμιας μεθυλίωσης DNA) σε φυσιολογικό βλεννογόνο του κόλου έχει βρεθεί να είναι ένα ιδιαίτερο χαρακτηριστικό των ασθενών με σύγχρονη CRCs [14]. Όλα αυτά τα αποτελέσματα υποδεικνύουν ότι κοινά περιβαλλοντικά και /ή γενετικό υπόβαθρο μπορεί να προκαλέσει σύμφωνη μοτίβα μεθυλίωσης του DNA σε ασθενείς με πολλαπλούς όγκους. Ωστόσο, έχουν μόνο λίγα δείκτες μεθυλίωση αναλύθηκαν και οι τεχνικές υψηλής απόδοσης με δυνατότητα ευρείας γονιδιώματος απαιτείται για να βρείτε και να κατανοήσουν καλύτερα την υποκείμενη επιγενετική υπογραφή των πολλαπλών σποραδικές CRCs.

Στη μελέτη αυτή αποσκοπεί στην περιγραφή της υποκείμενης επιγενετικές υπογραφή που διαφοροποιεί πολλαπλά από την μοναχική όγκους CRC χρησιμοποιώντας μια προσέγγιση γονιδίωμα-ευρεία. Για το σκοπό αυτό, αναλύσαμε 12 σύγχρονη και 29 ελέγχου μοναχικό CRCs που προέρχεται από τον πληθυσμό που βασίζεται EPICOLON-ΙΙ ομάδα, και αξιολογήθηκαν το προφίλ μεθυλίωση γονιδιώματος κλίμακας χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία μεθυλίωσης Illumina Infinium HM27 DNA, μια προσέγγιση που δεν έχει προηγουμένως επιχειρηθεί.

Υλικά και Μέθοδοι

ασθενείς και δείγματα

Δώδεκα ασθενείς με σύγχρονη CRC και 29 ηλικία, sex-, και του όγκου των ασθενών τοποθεσία σε συνδυασμό με μονήρεις όγκοι είχαν προσληφθεί από την ομάδα EPICOLON II, μια πολυκεντρική μελέτη βασισμένη στον πληθυσμό που εκτελούνται στην Ισπανία μεταξύ 2006 και 2007 [24]. Σύγχρονοι όγκοι διαχωρίζεται σαφώς από την κανονική βλεννογόνο του παχέος εντέρου και οι δύο ήταν επεμβατική (τουλάχιστον ρΤ1). Οι ασθενείς παρακολουθήθηκαν μέχρι το θάνατο ή τον Μάρτιο του 2012, ανάλογα με το ποιο ήρθε πρώτο. Τα δημογραφικά, κλινικά και όγκων που σχετίζονται με τα χαρακτηριστικά των ασθενών που συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη συνοψίζονται στον Πίνακα 1. Τα κριτήρια αποκλεισμού για την παρούσα μελέτη ήταν του παχέος σύνδρομα πολυποδίαση, σύνδρομο Lynch, και η προσωπική ιστορία της φλεγμονώδους νόσου του εντέρου. Η Επιτροπή Θεσμικών Δεοντολογίας της κάθε συμμετέχουσας στο νοσοκομείο (βλέπε Ευχαριστίες) ενέκρινε τη μελέτη, και γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους ασθενείς.

Η

Κατεψυγμένα όγκου του παχέος ιστούς ελήφθησαν σε χειρουργική επέμβαση από όλους τους ασθενείς, και αμέσως αποθηκεύονται στους -80 ° C μέχρι τη χρήση. Σε ασθενείς με πολλαπλές βλάβες, δείγμα ιστού λήφθηκε από έναν από τους όγκους (πλέον προχωρημένο ή μεγαλύτερης απο όταν πολλαπλούς όγκους είχαν το ίδιο στάδιο όγκου).

εξαγωγή DNA και διθειώδες

μετατροπή

τα κατεψυγμένα δείγματα αποψύχθηκαν και γενωμικό DNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Όξινου θειώδους επεξεργασία πραγματοποιήθηκε σε γονιδιακό DNA χρησιμοποιώντας το EZ μεθυλίωσης του DNA-Gold Kit (Zymo Έρευνας, Orange, CA) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή.

array Infinium

Πραγματοποιήσαμε μεθυλίωσης του DNA προφίλ από 12 σύγχρονη και 29 μοναχική CRCs χρησιμοποιώντας δοκιμασία μεθυλίωσης Infinium με HumanMethylation27 BeadChip (Illumina, San Diego, CA), το οποίο είναι ικανό ταυτόχρονα να αναλύσει την κατάσταση μεθυλίωσης του 27.578 μεμονωμένες θέσεις CpG που καλύπτει 14.495 γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες και 110 miRNAs [25], [ ,,,0],26], [27]. Ολόκληρο ενίσχυση γονιδιώματος, την επισήμανση, υβριδισμού και σάρωσης διεξήχθησαν σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή σε έναν πυρήνα εγκατάσταση (Centre de Regulació Genòmica, Βαρκελώνη, Καταλονία, Ισπανία). κατάσταση μεθυλίωσης μετρήθηκε ως ο λόγος του σήματος από ένα μεθυλιωμένο καθετήρα σε σχέση με τα δύο μεθυλιωμένων και μη-μεθυλιωμένων σήματα ανιχνευτή. αναλογίες μεθυλίωση εξήχθησαν χρησιμοποιώντας την Ενότητα μεθυλίωσης στο Illumina Στεφάνη Studio ακόλουθο μέσο κανονικοποίησης. Ποσοτική β-τιμή κυμαίνεται από 0 (0% μεθυλίωσης) έως 1 (100% μεθυλίωσης). Η τιμή p αποκοπεί για ανιχνεύονται ανιχνευτές (διαφορετικές από τις μετρήσεις φόντο) ορίστηκε στο 0,05. Αποκλείσαμε ανιχνευτές που είχαν δημοσιευθεί προηγουμένως να είναι αναξιόπιστες (εκείνα που περιέχουν πολυμορφισμούς μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) και εκείνες τις επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες που κάλυψε την στοχευμένη δινουκλεοτίδιο CpG) και εκείνων που είχαν σχεδιαστεί για ακολουθίες είτε το Χ ή το Υ χρωμόσωμα. Μαζί, καλυμμένη σημεία δεδομένων για 7.549 ανιχνευτές [27]. Πλήρης σύνολο δεδομένων μικροσυστοιχιών είναι διαθέσιμο σε GEO. (Έκφραση γονιδίων Omnibus? Αριθμός ένταξης GSE52573)

Ορισμός CIMP υψηλών όγκων με βάση την ανάλυση Infinium

Εμείς κατατάσσονται όγκους ως CIMP-υψηλή (CIMP- H), CIMP-χαμηλή (CIMP-L) και CIMP-0 βασίζονται σε ένα 2-βήμα πάνελ των δεικτών που περιγράφονται πρόσφατα από Hinoue

et al

με βάση την ανάλυση μεθυλίωσης Illumina Infinium HM27 DNA [27]. Το πρώτο πάνελ (

B3GAT2

,

FOXL2

,

KCNK13

,

RAB31

, και

SLIT1

) χαρακτηρίζει ένα δείγμα ως CIMP (υψηλής και χαμηλής) έναντι CIMP-0 αν β-τιμή είναι ≥0.1 σε τρεις ή περισσότερους δείκτες. Το δεύτερο πάνελ δείκτη (

FAM78A

,

FSTL1

,

KCNC1

,

MYODCD

και

SLC6A4

) διακρίνει CIMP-Η έναντι CIMP-L όγκους εάν β-τιμή είναι ≥0.1 σε τρεις ή περισσότερους δείκτες (Πίνακας 2). Αυτοί οι δείκτες έχουν δείξει για να εμφανιστεί 100% ευαισθησία και 100% ειδικότητα για τον εντοπισμό CIMP-Η όγκους [27].

Η

Τεχνική επικύρωση της δοκιμασίας Infinium χρησιμοποιώντας την τεχνική MethyLight

MethyLight για ποσοτική ανάλυση της μεθυλίωσης χρησιμοποιήθηκε για την τεχνική επικύρωση των αποτελεσμάτων που παρατηρήθηκαν στην δοκιμασία Illumina Infinium [28]. Τα ακόλουθα αυστηρά κριτήρια χρησιμοποιήθηκαν για να επιλεγεί υποψήφια γονίδια για την επικύρωση: 1) μοναχική όγκου είχε τιμή β & lt? 0.2? και 2) πολλαπλούς όγκους είχαν είτε μια τιμή β & gt? 0.3 και μια διαφορά στην τιμή β ≥0.2? και 3) προσαρμόζεται τιμή p & lt? 0,05? και 4) προηγούμενες ενδείξεις χαρακτηριστικά καταστολής όγκων με βάση τη δημοσιευμένη βιβλιογραφία. Μετά από αυτά τα κριτήρια, έχουμε επιλέξει 4 γονίδια για την τεχνική επικύρωση (

ΜΑΡ1Β, HTRA1, ALOX15, Timp3

). Τα Locus ειδικούς εκκινητές PCR και ανιχνευτές που παρατίθενται στον Πίνακα S1 και έχουν σχεδιαστεί ειδικά για bisulfited μετατρέπονται ακολουθίες DNA και βρίσκεται σε κάθε περιοχή του γονιδίου υποκινητή. MethyLight διεξήχθη όπως περιγράφηκε προηγουμένως, χρησιμοποιώντας ALUC4 ως εσωτερικός έλεγχος [17], [28].

Αξιολόγηση του όγκου επιδιόρθωσης αταίριαστων βάσεων ανεπάρκεια

ανεπάρκεια επιδιόρθωσης αταίριαστων βάσεων του όγκου αξιολογήθηκε τόσο από αστάθεια μικροδορυφόρου ( MSI) δοκιμή και ανοσοχρώση συμπεριλαμβανομένης της αξιολόγησης των MSH2, MLH1, MSH6 και PMS2 όπως περιγράφηκε προηγουμένως [29]. κατάσταση MSI εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας BAT26 και NR24 quasimonomorphic σημειωτές όπως περιγράφηκε προηγουμένως [30]. Όγκοι ταξινομούνται ως MSI όταν μία από τις δύο δεικτών ήταν ασταθής.

Αξιολόγηση

BRAF

και

KRAS

κατάσταση μετάλλαξης

BRAF

μεταλλάξεις στο κωδικόνιο 600 στο εξώνιο 15, και

KRAS

μεταλλάξεις στα κωδικόνια 12 και 13 στο εξόνιο 2 αναλύθηκαν με MethyLight και άμεση αλληλούχιση, αντίστοιχα, όπως και προηγουμένως δημοσιευθεί [31].

λειτουργική σχολιασμό ομαδοποίηση των διαφορικά μεθυλιωμένων γονιδίων μεταξύ πολλών και μοναχική του παχέος εντέρου

χρησιμοποιείται η βάση δεδομένων για το σχολιασμό, την απεικόνιση και την Ολοκληρωμένη Discovery (David) [32] για τον προσδιορισμό μονοπατιών που σχετίζονται με την καρκινογένεση με βάση τα γονίδια που έδειξαν σημαντικά διαφορική μεθυλίωσης μεταξύ πολλών και μοναχικό πολλαπλούς όγκους (διαφορά στο β αξία ≥0.1 και p & lt? 0,05). (DAVID: https://david.abcc.ncifcrf.gov)

Η στατιστική ανάλυση

Logistic παλινδρόμησης προσαρμόστηκε για την ηλικία, το φύλο και όγκου τοποθεσία χρησιμοποιήθηκε για να αξιολογηθεί η διαφορά στις τιμές β-μεθυλίωσης DNA για κάθε ανιχνευτή μεταξύ δύο ανεξάρτητες ομάδες. Οι β-τιμές μεθυλίωσης του DNA Illumina Infinium εκπροσωπήθηκαν γραφικά χρησιμοποιώντας ένα heatmap, που παράγεται από τα πακέτα R /Bioconductor. Κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά συγκρίθηκαν χρησιμοποιώντας Chi-square (ποιοτικές μεταβλητές) και t-τεστ (ποσοτικές μεταβλητές). MethyLight ποσοτικά δεδομένα (αναλογία ποσοστό μεθυλίωσης, PMR) αναλύθηκε χρησιμοποιώντας το Mann-Whitney U. Η τιμή p & lt? 0,05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική. Στατιστική ανάλυση και οπτικοποίηση δεδομένων πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του /πακέτο R Bioconductor λογισμικού και λογισμικού SSPS (V.15).

Αποτελέσματα

Διαφορικές μεθυλίωσης μεταξύ πολλών και μοναχική όγκων

δώδεκα ασθενείς με πολλαπλούν CRC και 29 ηλικία, sex-, και του όγκου των ασθενών τοποθεσία σε συνδυασμό με μοναχικά όγκους αποτέλεσε τη βάση αυτής της μελέτης. Οι δημογραφικές και όγκου χαρακτηριστικά από ασθενείς που συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη αυτή παρατίθενται στον Πίνακα 1. Χρησιμοποιήσαμε ανάλυση μεθυλίωσης Illumina Infinium HM27 DNA, η οποία αξιολογεί την κατάσταση μεθυλίωσης του DNA των 27.578 CpG τοποθεσίες που βρίσκονται στις περιοχές υποκινητή πάνω από 14.000 γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες. Ταυτοποιήσαμε 102 CpG θέσεις που έδειξε σημαντική υπερμεθυλίωση του DNA σε πολλαπλούς όγκους σε σχέση με το μοναχικό όνες (διαφορά στην τιμή β ≥0.1 και ρ & lt? 0,05). Χρησιμοποιώντας αυστηρότερα κριτήρια (διαφορά στο β τιμής ≥0,2? P & lt? 0.05), εντοπίσαμε 36 CpG τοποθεσίες σημαντικά υπερμεθυλίωση (βλέπε αναλυτικό κατάλογο των γονιδίων στον Πίνακα S2). Ένας θερμικός χάρτης που δείχνει τα πιο σημαντικά υπερμεθυλιωμένο CpG θέσεις που διαφοροποιούν πολλαπλές και μοναχικό όγκων παρουσιάζεται στο Σχήμα 1. Συνολικά, αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι οι πολλαπλούς όγκους που συνδέονται με μια ξεχωριστή φαινότυπο μεθυλίωση, ανεξάρτητα από την ηλικία, το φύλο και την τοποθεσία του όγκου.

Η μεθυλίωση του DNA β-αξίες αντιπροσωπεύονται χρησιμοποιώντας ένα χρώμα κλίμακα από το κόκκινο (μεθυλίωση υψηλή DNA) σε πράσινο (χαμηλή μεθυλίωσης του DNA). Σειρές αντιπροσωπεύουν ανιχνευτές και οι στήλες αντιπροσωπεύουν δείγματα όγκων. Κλινικών και μοριακών χαρακτηριστικών (ομάδα, το φύλο, τη θέση του όγκου, CIMP-Η και

KRAS

κατάστασης μεταλλάξεων) εκπροσωπούνται πάνω από το heatmap με οριζόντιες μπάρες.

Η

Τεχνική επικύρωση των αποτελεσμάτων των μικροσυστοιχιών

για την επικύρωση τεχνικά τα αποτελέσματα της Infinium ανάλυσης που χρησιμοποιούνται αυστηρά κριτήρια για την επιλογή ανιχνευτές που ήταν σημαντικά υπερμεθυλίωση σε πολλαπλούς όγκους σε σύγκριση με το μοναχικό βλαβών (τιμή β στο μοναχικό όγκους & lt? 0.2? αξίας & gt β? 0.3 σε πολλαπλές όγκων? διαφορά στο β αξία μεταξύ πολλών και μοναχική όγκων ≥0.2? και μια προσαρμοσμένη τιμή p & lt? 0,05). Για να επιλέξετε βιολογικά σχετικές ιστοσελίδες CpG, έχουμε προτεραιότητα γονίδια με τις προηγούμενες ενδείξεις χαρακτηριστικά ογκοκατασταλτικών. Μετά από αυτά τα κριτήρια, επιλέξαμε

ΜΑΡ1Β

,

HTRA1

,

ALOX15

, και

Timp3

για την επικύρωση σε πέντε ζεύγη πολλαπλές και μοναχική όγκων. Τα αποτελέσματα παρουσιάζονται στο Σχήμα 2. Συνολικά, βρήκαμε μια σημαντικά υψηλότερα επίπεδα μεθυλίωσης σε πολλαπλούς όγκους σε σύγκριση με το μοναχικό όνες (συνολική PMR, 14% έναντι 2,7%, αντίστοιχα? p = 0,0002). Όπως φαίνεται στο Σχήμα 2, οι τέσσερις δείκτες έδειξαν υψηλότερα επίπεδα μεθυλίωσης σε πολλαπλούς όγκους σε σχέση με τα μοναχικά αυτά, ενισχύοντας έτσι τη συνοχή των αποτελεσμάτων μας.

Τέσσερα γονίδια (

ΜΑΡ1Β, HTRA1, ALOX15, Timp3

) επιλέχθηκαν με αυστηρά κριτήρια (τιμή β στο μοναχικό όγκους & lt? 0.2? αξίας & gt β? 0,3 σε πολλαπλούς όγκους? διαφορά στην τιμή β μεταξύ πολλαπλών έναντι μοναχικό ≥0.2? και μια προσαρμοσμένη τιμή p & lt? 0,05). Box-οικόπεδα εμφανιστεί το Λόγος Ποσοστό μεθυλίωση (PMR) καθορίζεται από MethyLight. Οι γραμμές στο εσωτερικό κουτιά δηλώνουν μέση, και κουτιά σηματοδοτήσει το διάστημα μεταξύ 25 και 75ο εκατοστημόριο. Μαύρες γραμμές δηλώνουν την υψηλότερη και την χαμηλότερη τιμή PMR. Οι τιμές P για τη σύγκριση μεταξύ πολλαπλών (κόκκινο) και μοναχικά (μπλε) όγκους (Mann-Whitney test) που φαίνεται.

Η

CIMP-υψηλής συνδέεται με τον αριθμό των όγκων

επόμενο ανέλυσε την κατάσταση CIMP των πολλαπλών και μοναχικό όγκων με βάση τα πρόσφατα αναπτύχθηκε πάνελ δείκτη γονίδιο που ορίζεται από Hinoue

et al

[27]. Αυτή η ομάδα έχει δείξει πρόσφατα να ξεπεράσει τον πίνακα πέντε-δείκτη MethyLight που βασίζεται περιγράφεται από Weisenberger [33]. Δέκα από τα 12 (83%) πολλαπλούς όγκους και 25 από τις 29 (86,2%) μοναχικό CRC έδειξε υπερμεθυλίωση των τριών ή περισσοτέρων δεικτών από το πρώτο φύλλο (δηλαδή

B3GAT2

,

FOXL2

,

KCNK13

,

RAB31

, και

SLIT1

), οπότε είχαν ταξινομηθεί ως όγκοι CIMP. Με βάση το δεύτερο πάνελ (δηλαδή

FAM78A

,

FSTL1

,

KCNC1

,

MYOCD

, και

SLC6A4

), 8 από τα 12 (66,6%) πολλαπλούς όγκους τελικά ταξινομηθεί ως CIMP-η, σε σύγκριση με 5 από τα μοναχικά όγκων 29 (17,2%) (ρ = 0.004) (Πίνακας 2). CIMP-Η όγκους που εμφανίζονται σημαντικές υπερμεθυλίωση (διαφορά στην τιμή β ≥0.1? Ρ τιμή & lt? 0,05) σε 301 περιοχές CpG (109 με μια διαφορά στην τιμή β ≥0.2? Ρ τιμή & lt? 0,05). Ένας θερμικός χάρτης που δείχνει τις πιο σημαντικές θέσεις CpG που διαφοροποιούν CIMP-Η και CIMP-L /0 όγκων φαίνεται στο Σχήμα 3. Μια λεπτομερής λίστα με CIMP-Η υπερμεθυλίωση θέσεις CpG παρουσιάζεται στον Πίνακα S3. Είναι ενδιαφέρον, 76 από τις 102 θέσεις υπερμεθυλιωμένων CpG σε πολλαπλούς όγκους παρατηρήθηκαν επίσης να υπερμεθυλίωση σε CIMP-Η όγκους (Σχήμα 4). Δεν υπήρχαν

BRAF

μεταλλάξεις σε κάθε όγκου. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν μια στενή σύνδεση μεταξύ της πολλαπλότητας των όγκων και CIMP, ανεξάρτητα από την ηλικία, το φύλο και τη θέση του όγκου. Η παρατήρηση αυτή είναι σε συμφωνία με τον προηγούμενο μεγαλύτερη μελέτη στην οποία οι όγκοι ταξινομούνται χρησιμοποιώντας δείκτες MethyLight με βάση [4], ενισχύοντας έτσι το πεδίο-ελάττωμα θεωρία.

Η μεθυλίωση του DNA β-αξίες αντιπροσωπεύονται χρησιμοποιώντας ένα χρώμα κλίμακα από το κόκκινο (μεθυλίωση υψηλή DNA) σε πράσινο (χαμηλή μεθυλίωσης του DNA). Σειρές αντιπροσωπεύουν ανιχνευτές και οι στήλες αντιπροσωπεύουν δείγματα όγκων. Κλινικών και μοριακών χαρακτηριστικών (ομάδα, το φύλο, τη θέση του όγκου, CIMP-Η και

KRAS

κατάστασης μεταλλάξεων) εκπροσωπούνται πάνω από το heatmap με οριζόντιες μπάρες.

Η

Μπλε κύκλος δείχνει 102 υπερμεθυλιωμένων CpG δικτυακούς τόπους που βρέθηκαν σε πολλαπλές έναντι μοναχική όγκους και κίτρινο κύκλο δείχνει τα 301 υπερμεθυλιωμένων CpG θέσεις σε CIMP-Η έναντι CIMP-L /0 όγκους. Αξίζει να σημειωθεί ότι, 76 από τις 102 υπερμεθυλίωση γονίδια σε πολλαπλούς όγκους παρατηρήθηκαν επίσης να υπερμεθυλίωση στο CIMP-Η όγκους, και εκπροσωπούνται ως διασταύρωση.

Η

Σύνδεσης μεταξύ

KRAS μεταλλάξεις

και υπερμεθυλίωση

KRAS

μεταλλάξεις έχουν συσχετιστεί με φαινότυπο μεθυλίωσης που ονομάζεται CIMP-χαμηλό, στο οποίο συμβαίνουν υπερμεθυλίωση του μειωμένου αριθμού των CIMP που ορίζουν τόπους [27]. Επιδιώξαμε να διερευνήσει το προφίλ μεθυλίωσης συνδέονται με

KRAS

όγκους μεταλλαγμένου και η σύνδεσή της με την πολλαπλότητα των όγκων. Βρήκαμε ότι

KRAS

όγκους μεταλλαγμένου εκπροσωπήθηκαν στις δύο πολλαπλά και μοναχικό όγκους (33,3% έναντι 43,4%, αντίστοιχα? P = 0.7) (Εικόνα 1). Είναι ενδιαφέρον, βρήκαμε ότι

KRAS

όγκους μεταλλαγμένου έδειξε ένα διακριτό προφίλ μεθυλίωσης σε σύγκριση με το

KRAS

όγκους άγριου τύπου. Εντοπίσαμε 189 CpG περιοχές που παρουσίασαν σημαντική υπερμεθυλίωση του DNA σε

KRAS

μεταλλαγμένο CRCs σε σχέση με το

KRAS

όγκους άγριου τύπου (διαφορά στο β αξία ≥0.1 και p & lt? 0,05). Χρησιμοποιώντας αυστηρότερα κριτήρια (διαφορά στο β τιμής ≥0,2? P & lt? 0.05), εντοπίσαμε 92 CpG τοποθεσίες σημαντικά υπερμεθυλίωση. Μια αναλυτική λίστα με

KRAS

-associated υπερμεθυλιωμένων περιοχές CpG παρουσιάζεται στον Πίνακα S4 και το σχήμα S1. Το ποσοστό των CIMP-H δεν διέφεραν μεταξύ των

KRAS

όγκους μεταλλαγμένων και άγριου τύπου (23% έναντι 35%, αντίστοιχα? P = 0.7). Ομοίως, το ποσοστό των CIMP χαμηλής δεν διέφεραν μεταξύ των

KRAS

όγκους μεταλλαγμένων και άγριου τύπου (69,2% έναντι 55%, αντίστοιχα? P = 0.485). Σε γενικές γραμμές, αν και βρήκαμε ότι

KRAS

μεταλλαγμένα όγκοι εμφανίζουν ένα διακριτό προφίλ μεθυλίωσης, υπήρχε συσχέτιση ούτε με τον αριθμό των όγκων, ούτε το καθεστώς CIMP.

Λειτουργική ανάλυση της διαφορικής μεθυλίωσης παρατηρείται σε πολλαπλές καρκίνο του παχέος εντέρου

Πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση εμπλουτισμού για τα 102 υπερμεθυλιωμένων ανιχνευτές που παρατηρείται σε πολλούς όγκους (τιμή β & gt? 0,1? p & lt? 0,05) με τη χρήση της βάσης δεδομένων για το σχολιασμό, την απεικόνιση και εργαλείο για την Ολοκληρωμένη Discovery προκειμένου να βρεθεί μια λειτουργική συσχέτιση με οποιαδήποτε καρκινογόνο μονοπάτι που εμπλέκονται στην καρκινογένεση. Αυτή η λειτουργική ανάλυση έδειξε την παρουσία και τον εμπλουτισμό των γονιδίων που εμπλέκονται σε διαφορετικές ογκογόνο λειτουργίες: κίνηση των κυττάρων (12 γονίδια), μετανάστευση κυττάρων (7 γονίδια), μονοπάτια στον καρκίνο (8 γονίδια), κυτταρική κινητικότητα (7 γονίδια), ρύθμιση του κυτταρικού πολλαπλασιασμού ( 11 γονίδια), η δραστηριότητα της μεταγραφής του παράγοντα (14 γονίδια), και ρύθμιση της μεταγραφής (17 γονίδια) (Πίνακας 3). Πλήρης κατάλογος των λειτουργικών σχολιασμό ομαδοποίηση των διαφορικά μεθυλιωμένων γονιδίων φαίνεται στον Πίνακα S5.

Η

Συζήτηση

Στην παρούσα μελέτη εξετάσαμε για πρώτη φορά το γονιδίωμα κλίμακας προφίλ μεθυλίωσης του DNA των καρκινικών ιστών από ασθενείς με πολλαπλές και μοναχικό CRC προσληφθεί από μια ομάδα πληθυσμού που βασίζεται. Βρήκαμε ότι πολλαπλότητα του όγκου συνδέεται με ένα ξεχωριστό προφίλ μεθυλίωσης, ανεξάρτητα από την ηλικία, το φύλο ή την τοποθεσία του όγκου. Σε σύγκριση με μοναχικά όγκους, πολλαπλά CRCs έδειξε σημαντική υπερμεθυλίωση σε ειδικές θέσεις CpG και, κατά τρόπο ενδιαφέροντα, υπήρχε μια ισχυρή συσχέτιση με τον CIMP-Η περιγράφεται για CRC. Λειτουργική ανάλυση του διαφορικά μεθυλιωμένων CpG θέσεων σε πολλαπλούς όγκους παρουσίασαν εμπλουτισμό των γονιδίων που εμπλέκονται σε διαφορετικές ογκογόνο λειτουργίες. Τα αποτελέσματα από το προφίλ μεθυλίωση επικυρώθηκαν με επιτυχία από ποσοτικές αναλύσεις PCR. Συνολικά, τα στοιχεία μας παρέχουν νέες γνώσεις σχετικά με την επίδραση πεδίου σχηματισμός καρκίνου του παχέος εντέρου και καρκινογένεση σε μη κληρονομικών υποθέσεων. Αυτή η μελέτη αποκαλύπτει ότι τα σωματικά υπερμεθυλίωση παίζει σημαντικό ρόλο στην πολλαπλότητα των όγκων και μπορεί να αποτελέσει μια ενδιαφέρουσα βιοδεικτών για την αξιολόγηση του κινδύνου CRC.

Πρόσφατες μελέτες έχουν αναφέρει μια στενή συσχέτιση μεταξύ της ανώμαλης μεθυλίωσης του DNA και τον πολλαπλασιασμό των όγκων [4], [14 ], [16], [17], [18]. Nosho και οι συνεργάτες του [4] ανέλυσε 47 ασθενείς με σύγχρονη CRC και το 2021 μοναχική όγκους για αρκετούς δείκτες της μεθυλίωσης, συμπεριλαμβανομένων 8 CIMP ειδικά νησί CpG (δηλαδή

CACNA1G

,

CDKN2A

,

CRABP1

,

IGF2

,

MLH1

,

NEUROG1

,

RUNX3

, και

SOCS1

) και διαπίστωσε σημαντική συσχέτιση μεταξύ πολλαπλότητα των όγκων και την παρουσία CIMP-υψηλή (35% σε συγχρονισμένη όγκους έναντι 8% το μοναχικό όγκους? p = 0.036). Το πιο σημαντικό, οι συγγραφείς βρήκαν σύμφωνη μεθυλίωση εντός ζεύγη όγκου. Ομοίως, Konishi και οι συνεργάτες του [18] ανέλυσε την κατάσταση μεθυλίωσης του περιορισμένου αριθμού των φορέων χάραξης σε 57 πολλαπλούς όγκους και 69 μοναχική CRCs, και διαπίστωσε ότι η κατάσταση μεθυλίωσης του

p14

και

MGMT

ήταν σημαντικά υψηλότερη σε πολλαπλούς όγκους, δείχνοντας σύμφωνη μεθυλίωση για ορισμένους δείκτες εντός όγκων ζεύγη του ίδιου του παχέως θέση. Σύμφωνα με αυτές τις παρατηρήσεις, εμείς στο παρελθόν έδειξαν ότι υπερμεθυλίωση

MGMT

και

RASSF1A

ανεξάρτητα σχετίζεται με τον αριθμό των όγκων [17]. Σε μια άλλη μελέτη, Kamiyama και συνεργάτες [14] ανέλυσε την κατάσταση μεθυλίωσης της μακράς διεσπαρμένη νουκλεοτιδίου στοιχείο-1 (LINE-1) σε συμφωνημένα καρκινικό ιστό και μη-καρκινικές βλεννογόνο του κόλου από ασθενείς με απλές και πολλαπλές δεξιάς CRCs. Οι συγγραφείς διαπίστωσαν υψηλότερα υπομεθυλίωση του LINE-1 σε τόσο όγκο και φυσιολογικό βλεννογόνο από ασθενείς με πολλαπλούς όγκους σε σύγκριση με ασθενείς με μονήρεις όγκους, και το πιο σημαντικό, LINE-1 υπομεθυλίωση ήταν ανεξάρτητος προγνωστικός για metachronous όγκους (ρ = 0.003). Οι συγγραφείς πρότειναν ότι LINE-1 υπομεθυλίωση σε κανονικό βλεννογόνο θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως ένα επιγενετική προγνωστική βιοδείκτη για πολλαπλές κινδύνου CRC. Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι η γραμμή-1 υπομεθυλίωση έχει προηγουμένως βρεθεί να συσχετίζεται αντιστρόφως ανάλογα με το φαινότυπο CIMP, η οποία μπορεί να είναι σε αντίφαση με προηγούμενες μελέτες μας και. Ωστόσο, ο συσχετισμός μεταξύ LINE-1 υπομεθυλίωσης και CIMP σε πολλαπλούς όγκους δεν έχει διερευνηθεί σε βάθος, και οι διαφορές στην επιλογή και τη μεθοδολογία των ασθενών θα μπορούσε να εξηγήσει αυτά τα απροσδόκητα αποτελέσματα. Τέλος, άλλες μελέτες έχουν υποθέσει ότι η γενετική και επιγενετική τοπίο ενός δεδομένου όγκου καθορίζεται από τη θέση του παχέος εντέρου, και ότι παρόμοια μοριακά προφίλ για σύγχρονη όγκων επηρεάζεται από την εγγύτητα [34], [35]. Δυστυχώς, δεν μπορέσαμε να subanalyze αυτό το θέμα, λόγω της μη διαθεσιμότητας του δεύτερου νεοπλάσματος. Όλα αυτά τα αποτελέσματα υποδηλώνουν ότι η συσσώρευση ανώμαλων μεθυλίωσης του DNA συμβαίνει κυρίως σε άτομα με προδιάθεση να αναπτύξουν πολλαπλούς όγκους. Τα αποτελέσματα της παρούσας μελέτης υποστηρίζουν όχι μόνο υπέρ αυτής της υπόθεσης, αλλά και να παρέχει νέα στοιχεία για την επιγενετική τοπίο των ασθενών με πολλαπλούς όγκους. Ο υποκείμενος μηχανισμός της συσχέτισης μεταξύ παρεκκλίνουσα μεθυλίωση και η πολλαπλότητα είναι ακόμα άγνωστη. Μερικοί συγγραφείς έχουν προτείνει μια κληρονομική προδιάθεση σε ορισμένες περιπτώσεις [14], με τη συσσώρευση των λαθών μεθυλίωσης κατά τη γήρανση σε μία γενετική προδιάθεση υποομάδα των ατόμων. Ωστόσο, η υπόθεση αυτή παραμένει είναι αναπόδεικτες και μελλοντικές μελέτες που απαιτούνται.

Στη μελέτη αυτή επικυρωθεί με επιτυχία από MethyLight η κατάσταση μεθυλίωσης του 4 διαφορικά μεθυλιωμένων CpG θέσεις που παρατηρείται στη φάση ανακάλυψη της μελέτης. Συγκεκριμένα, παρατηρήσαμε ότι

MAPB1B

,

HTRA1

,

ALOX15

, και

Timp3

ήταν σημαντικά υπερμεθυλίωση σε πολλαπλούς όγκους.

ΜΑΡ1Β

(συνδεδεμένη με μικροσωληνίσκους πρωτεΐνη 1Β) έχει προηγουμένως αποδειχθεί ότι υπερμεθυλίωση σε CIMP-υψηλής όγκους χωρίς MSI, που αντιστοιχούν κυρίως στην ομάδα των όγκων αναλύθηκαν στη μελέτη μας [36].

HTRA1

είναι μέλος του htrA (Απαίτηση Υψηλής Θερμοκρασίας Παράγοντας Α) της οικογένειας των πρωτεασών σερίνης και παίζει προστατευτικό ρόλο σε διάφορες κακοήθειες λόγω των ιδιοτήτων καταστολής των όγκων του [37], [38], [39] .

HTRA1

έχει δείξει να σιωπήσουν μέσω υπερμεθυλίωση προαγωγού [38], και πρότεινε ως πιθανή νέο βιοδείκτη για τη διάγνωση και την πρόβλεψη σε διάφορες μορφές καρκίνου.

ALOX15

(15-λιποξυγενάση ή 15-LOX) είναι ένας επαγώγιμος και άκρως οργανωμένη ενζύμου σε φυσιολογικά ανθρώπινα κύτταρα που παίζει καθοριστικό ρόλο στην παραγωγή λιπιδίων σηματοδότησης μεσολαβητών.

ALOX15

έχει δείξει πρόσφατα ότι είναι ρυθμίζεται προς τα κάτω σε CRC και να λειτουργήσει ως καταστολέας όγκου μέσω της προώθησης διαφόρων αντι-ογκογόνο γεγονότων, όπως η διαφοροποίηση των κυττάρων και την απόπτωση, και αναστέλλει χρόνια φλεγμονή, αγγειογένεση και μετάσταση [40]. Τέλος, παρεμποδιστή ιστού των μεταλλοπρωτεϊνασών-3 (

ΤΙΜΡ-3

), έχει βρεθεί να σιγήσει σε διάφορους τύπους καρκίνου με γονιδιακή υποκινητή υπερμεθυλίωση, συμπεριλαμβανομένων CRC [41], [42]. Συνολικά, τα αποτελέσματα μας δείχνουν ότι οι πολλαπλούς όγκους που συνδέονται με την υπερμεθυλίωση καθιερωμένη ογκοκατασταλτικά γονίδια.

Ανεξάρτητα από το υποκείμενο μηχανισμό πίσω από την ισχυρή συσχέτιση μεταξύ της ανώμαλης μεθυλίωσης και την πολλαπλότητα των όγκων, τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η κατάσταση μεθυλίωσης του ειδικοί δείκτες θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για τη διαστρωμάτωση του κινδύνου της πολλαπλότητας όγκου. Kamiyama και οι συνεργάτες του έδειξαν πρόσφατα ότι LINE-1 κατάσταση μεθυλίωσης σε κανονικό βλεννογόνο του κόλου θα μπορούσε να προβλέψει την εξέλιξη των metachronous CRC με υψηλή ευαισθησία [14], αντιπροσωπεύοντας έτσι μια κλινικά σημαντικό προγνωστικό βιοδείκτη για την αναγνώριση των ασθενών «υψηλού κινδύνου». Παρομοίως, η ανάλυση της κατάστασης μεθυλίωσης ειδικοί δείκτες που προσδιορίζονται στη μελέτη μας θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί σε ένα κλινικό σενάριο για τον εντοπισμό ασθενών υψηλού κινδύνου και προσαρμόζουν τη στρατηγική επιτήρησης. Προοπτικές μελέτες ειδικά για την ανάλυση αυτής της υπόθεσης, όμως, είναι δικαιολογημένη.

Το κύριο πλεονέκτημα αυτής της μελέτης είναι ότι χρησιμοποιήσαμε έναν πληθυσμό που βασίζεται ομάδα από καλά περιγραφεί περιπτώσεις CRC, ελαχιστοποιώντας έτσι την μεροληψία της επιλογής. Επιπλέον, χρησιμοποιείται για πρώτη φορά γονιδιώματος σε επίπεδο μεθυλίωσης προφίλ με Illumina Infinium δοκιμασία σε αυτή τη ρύθμιση. Ωστόσο, γνωρίζουμε κάποιους περιορισμούς. Πρώτον, δεν αναλύσουμε DNA συσχέτιση μεθυλίωση σε ζεύγη όγκου λόγω του σχεδιασμού του έργου EPICOLON II, στον οποίο συλλέχθηκε μόνο μία όγκου. Δεύτερον, ο ορισμός CIMP δεν βασίστηκε σε περιγράφηκε προηγουμένως δείκτες της μεθυλίωσης [33]. Ωστόσο, σήμερα δεν υπάρχει ορισμός συναίνεσης των όγκων CIMP, και Hinoue και οι συνεργάτες του [27] πρόσφατα έδειξε ότι ένας νέος πίνακας βασίζεται στην πλατφόρμα μεθυλίωση Illumina Infinium DNA ξεπέρασε τον πίνακα πέντε-δείκτη MethyLight-based (δηλαδή

CACNA1G

,

IGF2

,

NEUROG1

,

RUNX3

και

SOCS1

). Η συχνότητα των CIMP-υψηλής συχνότητας σε μοναχικά CRCs που παρατηρήθηκε στη μελέτη μας (17%) είναι σύμφωνο με τα προηγούμενα στοιχεία, το οποίο ενισχύει την ακρίβεια του νέου πίνακα προτείνει Hinoue

et al.

Τρίτον, στη μελέτη μας , δεν υπήρχαν

BRAF

όγκους μεταλλαγμένου, και κατά συνέπεια, η ένωση της πολλαπλότητας των όγκων, με διακριτή φαινότυπο μεθυλίωσης αναφέρεται μόνο στην CIMP-υψηλής /

BRAF

όγκους άγριου τύπου, το οποίο μπορεί να αντιπροσωπεύει μέχρι έως 40% των CIMP-υψηλής όγκους. Τέλος, τα αποτελέσματα μας θα πρέπει να θεωρούνται επισήμως μη στατιστικά σημαντική όταν εφαρμόζετε πολλές διορθώσεις δοκιμές, οι πρόσθετες μελέτες και σε άλλες ομάδες προκειμένου να επιβεβαιωθούν τα αποτελέσματα. Ωστόσο, δεν ήμασταν σε θέση να επιβεβαιώσει μερικές από τις πιο σημαντικές υπερμεθυλιωμένων CpG θέσεις με MethyLight, ενισχύοντας έτσι την εγκυρότητα των αποτελεσμάτων μας.

Συνοπτικά, τα αποτελέσματά μας είναι συνεπή με την υπόθεση ότι πολλαπλότητα του όγκου συνδέεται με ένα διακριτό μοτίβο της ανώμαλης μεθυλίωσης. Σε σύγκριση με το μοναχικό όγκους, πολλαπλά CRCs εμφανιστεί πιο συχνά CIMP-Η και υπερμεθυλίωση σε άλλες ειδικές τόπο. Τα αποτελέσματά μας μπορεί να είναι σημαντική για να διαλευκάνουν το υποκείμενο μηχανισμό της έκτασης του όγκου του μη κληρονομικές σενάριο, και η παροχή νέων πιθανών βιοδεικτών για τον εντοπισμό ασθενών υψηλού κινδύνου και την προσαρμογή των στρατηγικών επιτήρησης.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Heatmap δείχνει τα 172 πιο σημαντικά υπερμεθυλίωση CpG θέσεις που διαφοροποιούν μεταλλαγμένο KRAS (n = 13) σε σχέση με όγκους φυσιολογικού KRAS (n = 28) με βάση τα στοιχεία της μεθυλίωσης του DNA Infinium.