Αφηρημένο

Ιστορικό

Ανοσοποιητικό φοροδιαφυγής είναι μία από τις αναγνωρισμένες χαρακτηριστικά του καρκίνου. Φλεγμονώδεις αποκρίσεις σε καρκίνο μπορεί επίσης να συμβάλει άμεσα στην ογκογένεση. Δεδομένου ότι το ανοσοποιητικό σύστημα είναι hardwired για την προστασία του ξενιστή, υπάρχει μια πιθανότητα ότι οι καρκίνοι, ανεξάρτητα από την ιστολογική προέλευση τους, οι οποίοι προσδίδουν με ένα κοινό και την κοινή φλεγμονώδη καρκίνο που σχετίζεται μοριακό πρότυπο (IcAMP) για την προώθηση της oncoinflammation. Ωστόσο, ο ορισμός της Ιοαμρ δεν έχει εννοιολογικά και πειραματικά

Μέθοδοι και Ευρήματα

Γονιδιώματος δεδομένων σε επίπεδο έκφρασης cDNA αναλύθηκε για 221 κανονικό και 324 του καρκίνου δείγματα από τους τύπους 7 καρκίνο:. Μαστού , του προστάτη, του πνεύμονα, του παχέος εντέρου, του στομάχου, του στόματος και του παγκρέατος. Συνολικά 96 φλεγμονωδών γονιδίων με συνεπή απορρύθμιση εντοπίστηκαν, μεταξύ των οποίων 44 έως ρυθμιζόμενα και 52 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια. Η έκφραση της πρωτεΐνης επιβεβαιώθηκε με ανοσοϊστοχημεία για ορισμένα από αυτά τα γονίδια. Η Ιοαμρ περιέχει πρωτεΐνες των οποίων οι ρόλοι στον καρκίνο έχουν ενοχοποιηθεί και άλλοι που δεν έχουν ακόμη εκτιμηθεί. Η κλινική σημασία πολλών γονιδίων IcAMP επιβεβαιώθηκε σε πολλαπλές ανεξάρτητες ομάδες του παχέος εντέρου και ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών. Και στις δύο περιπτώσεις, καλύτερη πρόγνωση συσχετίζεται έντονα με υψηλή

CXCL13

και το χαμηλό επίπεδο των

GREM1, LOX, TNFAIP6, CD36

, και

EDNRA

. Ένα «Φλεγμονώδης γονίδιο ολοκληρωμένο Score» αναπτύχθηκε περαιτέρω από τον συνδυασμό των 18 γονιδίων IcAMP στον καρκίνο των ωοθηκών, το οποίο προβλέπεται η συνολική επιβίωση. Αισθητά, ως επιλεκτική πρωτεΐνη πυρηνικής εισαγωγής του οποίου ανοσο-ρυθμιστική λειτουργία μόλις αρχίζει να αναδύεται, karyopherin άλφα 2 (KPNA2) είναι ομοιόμορφα επάνω-ρυθμίζονται σε όλους τους τύπους καρκίνου. Για πρώτη φορά, ο καρκίνος ειδικά up-ρύθμιση του KPNA2 και η κλινική σημασία του επαληθεύτηκαν με ανάλυση μικροσυστοιχιών ιστού στο παχύ έντερο και το κεφάλι-τραχήλου.

Συμπέρασμα

Το έργο καθορίζει μια φλεγμονώδης υπογραφή μοιράζονται επτά τύπους καρκίνου των επιθηλιακών και KPNA2 ως σταθερά επάνω ρυθμισμένη πρωτεΐνη στον καρκίνο. Προσδιορισμός των Ιοαμρ μπορεί όχι μόνο να χρησιμεύσει ως νέο βιοδείκτη για την πρόγνωση και την εξατομικευμένη θεραπεία του καρκίνου, αλλά και έχουν σημαντικές βιολογικές επιπτώσεις

Παράθεση:. Ραχίδι SM, Τσιν Τ, η Sun S, Zheng WJ, Li Ζ (2013 ) Μοριακή προφίλ των πολλαπλών ανθρώπινων καρκίνων Καθορίζει μια φλεγμονώδης σχετίζονται με τον καρκίνο Μοριακής Pattern και αποκαλύπτει KPNA2 ως Uniform κακής πρόγνωσης του καρκίνου Marker. PLoS ONE 8 (3): e57911. doi: 10.1371 /journal.pone.0057911

Συντάκτης: Matthew L. Anderson, Baylor College of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 22 Οκτ 2012? Αποδεκτές: 29 Ιαν 2013? Δημοσιεύθηκε: 25 Μαρ 2013

Copyright: © 2013 Ραχίδι et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η έρευνα εν μέρει υποστηρίζεται από πιλοτικά έργα από το Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας /Εθνικό Κέντρο Έρευνας Πόρων (ΝΙΗ /NCRR) χορηγεί P20 RR017696-05 και P20 RR017677? Εθνικό Ινστιτούτο Γενικών Ιατρικών Επιστημών (ΝΙΗ /NIGMS) R01GM063265-09S1? PhRMA Ίδρυμα Ερευνών Starter Grant (για W.J.Z)? T.q. υποστηρίχθηκε από PhRMA Ίδρυμα Ερευνών Starter Grant, ΝΙΗ /NCRR 5P20RR017677-10, ΝΙΗ /NIGMS R01GM063265-09S1 και T32GM074934 07. Z.L. υποστηρίζεται από επιχορηγήσεις NIH. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Η σχέση μεταξύ καρκίνου και φλεγμονής παρατηρήθηκε ήδη από τον 19

ου αιώνα, όταν ο Ronald Virchow περιγράφεται λευκοκύτταρα που διηθούν όγκο. Ωστόσο, δεν ήταν μέχρι τις τελευταίες δύο δεκαετίες που η φλεγμονώδης μικροπεριβάλλον έχει αναγνωριστεί ως ένα βασικό συστατικό στην καρκινογένεση, που εμπλέκονται στην έναρξη του καρκίνου, την προώθηση και τη μετάσταση [1]. Οι χρόνιες λοιμώξεις εγκατεστημένοι αιτιολογικούς παράγοντες για πολλούς καρκίνους του ανθρώπου [2]. Ομοίως, η χρόνια φλεγμονή όπως η φλεγμονώδης νόσος του εντέρου και της χρόνιας ηπατίτιδας αυξάνει τον κίνδυνο για τον ορθοκολικό και ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα, αντίστοιχα. Στις περισσότερες περιπτώσεις, το ανοσοποιητικό επιτήρησης πιστεύεται να εξαλειφθούν ογκογόνων εστιών [3]. Ωστόσο, ο καρκίνος-κύτταρα έναρξης επαναπρογραμματίσει κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος να δημιουργήσει έναν όγκο φιλικό προς το μικροπεριβάλλον, αποφεύγοντας έτσι την αντικαρκινική ανοσία. Επιπλέον, ο καρκίνος μπορεί να εκπαιδεύσει τόσο τις έμφυτες και προσαρμοστικές βραχίονες του ανοσοποιητικού συστήματος μέσω μυελοειδούς προερχόμενα κατασταλτικών κυττάρων [4], ρυθμιστικά Τ κύτταρα [5] και άλλων μεσολαβητών για την προώθηση της ανάπτυξης και της εισβολής.

Ο ρόλος της φλεγμονής στην καρκινογένεση αρχίζει με την έναρξη του όγκου, μέσω πολλαπλών μηχανισμών όπως γενοτοξικό στρες μέσω αντιδραστικά είδη οξυγόνου, επαγωγή που προκαλείται από ενεργοποίηση απαμινάσης κυτιδίνης (AID) [6], TNF-α επαγόμενης εισόδου β-κατενίνης στον πυρήνα [7 ] και άλλοι. Πέρα από την έναρξη, κυτοκίνες ενεργοποιούν pro-ογκογόνο παράγοντες μεταγραφής, όπως STAT3 και NF-κΒ σε υπάρχοντα καρκινικά κύτταρα [8]. Φλεγμονώδη κύτταρα αμβλύνουν επίσης αντικαρκινική ανοσία μέσω μορίων όπως ινδολοαμίνης-2,3-διοξυγενάσης και αργινάση 1, οι οποίες εμποδίζουν την λειτουργία των Τ-λεμφοκυττάρων [4]. Επιθηλιακά-μεσεγχυματικά μετάβαση ευνοείται επίσης από κυτοκίνες όπως ΤΟΡ-β, η προώθηση της άπω μετάσταση [9].

«Ογκο-φλεγμονή» επομένως συμβάλλει στις διαφορετικές σφραγίδες καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του πολλαπλασιασμού των κυττάρων, αγγειογένεση και να ξεφύγουν από την απόπτωση . Ωστόσο, παρά την περίτεχνη cross-talk μεταξύ καρκινικών κυττάρων και της φλεγμονώδους μικροπεριβάλλον, η προσέγγιση να αποκαλύψει κρίσιμες παίκτες σε αυτή την αλληλεπίδραση ήταν μέχρι τώρα σποραδική και μη ολοκληρωμένη. Σε αυτή τη μελέτη, υποθέτουμε ότι υπάρχει μια κοινή φλεγμονώδης πρότυπο ανάμεσα σε διαφορετικούς τύπους καρκίνου, αποτελώντας ένα προφίλ υπογραφής ονομαστεί ως IcAMP. Πραγματοποιήσαμε μια ολοκληρωμένη ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης σε 7 κοινά επιθηλιακών τύπων καρκίνου. Μια ισχυρή oncoinflammatory προφίλ εντοπίστηκε, αποδεικνύοντας ανεξάρτητη και ισχυρή προγνωστική αξία σε κλινικές εκβάσεις των πολλαπλών μορφών καρκίνου. Αυτή η προσέγγιση έχει επίσης οδηγήσει στην ανακάλυψη και την επικύρωση της KPNA2 ως το μοναδικό πιο σταθερά επάνω ρυθμισμένη πρωτεΐνη στον καρκίνο.

Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

Η πρόσβαση σε δείγματα ασθενών και ανώνυμα ανάλυση των δεδομένων που εγκρίθηκε από το Διοικητικό συμβούλιο κριτική Θεσμική για τα Ανθρώπινα Έρευνας στο Ιατρικό Πανεπιστήμιο της Νότιας Καρολίνας.

Σύνολα

Αυτή η ανάλυση συμπεριέλαβε προφίλ γονιδιακής έκφρασης από 7 τύπους καρκίνου. Ένα σύνολο δεδομένων συμπεριλήφθηκε για κάθε τύπο καρκίνου, καταλήγοντας σε ένα σύνολο 7 συνόλων δεδομένων. Οι καρκίνοι που περιλαμβάνονται σε αυτή τη μελέτη είναι: μαστού, του παχέος εντέρου, του πνεύμονα, του στόματος, του προστάτη, του παγκρέατος και γαστρικών καρκίνων [10], [11], [12], [13], [14], [15], [16]. Σύνολα δεδομένων ελήφθησαν από γονιδιακής έκφρασης Omnibus (GEO) σύνολα δεδομένων, μια δημόσια βάση δεδομένων NCBI. Κάθε ένα από τα σύνολα δεδομένων που περιλαμβάνονται στοιχεία έκφρασης mRNA μικροσυστοιχιών από καρκίνο και φυσιολογικό ιστό (Πίνακας S1). Όλα τα σύνολα δεδομένων που χρησιμοποιούνται [HG-U133_Plus_2] Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 πλατφόρμα Array για την ποσοτικοποίηση των επιπέδων έκφρασης των γονιδίων.

ανάλυση CDEP σε επτά σύνολα δεδομένων GEO

Οι επτά επιθηλιακά τύπους καρκίνου διερευνήθηκαν για τον εντοπισμό των γονιδίων που δείχνει συνεπής διαφορική έκφραση χρησιμοποιώντας τη μέθοδο που αναπτύχθηκε πρόσφατα συνεπής διαφορική έκφραση Pattern (CDEP) [17]. Τα στοιχεία των πρώτων μικροσυστοιχιών τη σύγκριση της γονιδιακής έκφρασης μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών κυττάρων έγινε λήψη από τη βάση δεδομένων GEO NCBI του (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/) (Πίνακας S1). Μετά την αφαίρεση των 10 δειγμάτων αδένωμα στο σύνολο δεδομένων του παχέος εντέρου, 545 δείγματα μελετήθηκαν, εκ των οποίων 324 ήταν από καρκινικό ιστό και 221 ήταν φυσιολογικά. Οι τιμές έκφραση των επαναληπτικών δειγμάτων στο σύνολο δεδομένων παγκρεατικό καρκίνο τέθηκαν στον μέσο όρο. Οι πρώτες σύνολα δεδομένων προ-επεξεργασία χωριστά. Για κάθε σύνολο δεδομένων, τιμές γονιδιακής έκφρασης προσαρμόστηκαν και ομαλοποιήθηκε από την προσέγγιση GCRMA υλοποιηθεί στην Ε [18]. Το ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) του κάθε γονιδίου σε κάθε κανονικοποιημένο σύνολο δεδομένων υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας τη μέθοδο μετάθεσης υλοποιείται από το πακέτο «RankProd» στην Ε [19]. Κάθε γονίδιο σε κάθε σύνολο δεδομένων στη συνέχεια συνδέεται με μια πρώτη FDR, για να είναι πάνω /κάτω-ρυθμίζονται [17]. Για τα γονίδια που δεν υπάρχουν στην πλατφόρμα ενός συνόλου δεδομένων, η μέση τιμή του FDR του εν λόγω συνόλου δεδομένων ανατέθηκε [17].

CDEP μετα-ανάλυση εφαρμόστηκε στη συνέχεια στις πρώτες FDRs των επτά σύνολα δεδομένων. Για κάθε σύνολο δεδομένων, το ποσοστό ψευδώς θετικών ορίζεται ως η πιθανότητα ενός γονιδίου μη-up-ρύθμιση που ψευδώς καλείται ως υπερ-εκφράζεται (ή μη-κάτω-ρυθμίζονται γονίδιο που ψευδώς καλείται ως καταπιεσμένη). Ο αριθμός των γονιδίων που είναι ρυθμισμένα προς τα πάνω, προς τα κάτω ρυθμισμένα, και μη διαφορικά εκφραζόμενα για κάθε σύνολο δεδομένων εκτιμήθηκε από ένα μοντέλο μίγμα Beta εφαρμοστεί το πρόγραμμα WinBUGS [20]. Με βάση αυτό το ποσοστό και τη χρήση ανεξάρτητων Bernoulli διανομές, θα υπολογίζεται η πιθανότητα ενός γονιδίου να αναγνωριστούν λανθασμένα ως over /under-εκφράζεται μεταξύ των επτά σύνολα δεδομένων για το όριο κάθε FDR

l.

Η διαδικασία αξιολογήθηκε με την εκτίμηση της ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR

ζ) παρατηρώντας το παραπάνω αναμενόμενη πιθανότητα καταγραφής, δηλαδή το ποσοστό των ψευδώς θετικών ανάμεσα στα γονίδια που εντοπίστηκαν να είναι σταθερά διαφορικά εκφρασμένων. Η «μηδενική πιθανότητα καταγραφής» υπολογίστηκε με μετάθεση των τιμών σε σχέση με τα γονίδια μέσα σε κάθε σύνολο δεδομένων, και στη συνέχεια εκτελεί τις ίδιες παραπάνω διαδικασίες για να υπολογίσει την αναμενόμενη τιμή του «null καταγραφής πιθανότητα» σε κάθε μετάθεση

β

για κάθε γονίδιο, χρησιμοποιώντας ως αποκοπής.

Βάση δεδομένων για το σχολιασμό, την απεικόνιση και την Ολοκληρωμένη Discovery (David)

Μετά την ταυτοποίηση των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων σε όλες τις 7 τύπους καρκίνου, το σύνολο των up-ρυθμίζονται και ρυθμισμένα προς τα κάτω γονιδίων τέθηκε σε βάση δεδομένων DAVID (https://david.abcc.ncifcrf.gov/), και εκείνοι με επισημειώσεις γονίδιο που σχετίζονται με φλεγμονή ή /και ανοσοαπόκριση επιλέχθηκαν για περαιτέρω ανάλυση.

Ανθρώπινο πρωτεΐνη Atlas (HPAT)

Έξι από τους επτά τύπους καρκίνου και αντίστοιχο φυσιολογικό ιστό τους ερευνήθηκαν για το επίπεδο έκφρασης πρωτεΐνης από όλα τα συνδέονται με το ανοσοποιητικό γονιδίων με HPAT (www.proteinatlas.org).

Oncomine Cancer βάση δεδομένων

Oncomine βάση δεδομένων (www.oncomine.org) χρησιμοποιήθηκε για να προσδιορίσει την κλινική σημασία του ανοσοποιητικού που σχετίζονται με τα γονίδια και την ικανότητά τους να προβλέψουν την επιβίωση των ασθενών και την υποτροπή της νόσου. λογισμικό X-πλακιδίων [21] χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό των βέλτιστων σημεία αποκοπής για το διαχωρισμό χαμηλού κινδύνου από τους ασθενείς υψηλού κινδύνου.

Φλεγμονώδεις Gene Ολοκληρωμένη Score (IGIS)

IGIS για κάθε καρκίνο των ωοθηκών ασθενής είναι το άθροισμα της αξίας κινδύνου 18 γονίδια Ιοαμρ με ανεξάρτητη προγνωστική σημασία αποδεικνύεται από το σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης [22]. Αυτά τα γονίδια είναι

CCL28, CXL12, EDNRRB, GFRA1, GREM1, IL8, JAM2, LOX, MAL, MIF, MPZL2, PIGR, PTGER4, RSAD2, SERPINA5, TFF3, TNFAIP6 και TNFSF4

. Η προγνωστική αξία της IGIS δοκιμάστηκε χρησιμοποιώντας ένα ανεξάρτητο σύνολο δεδομένων TCGA καρκίνο των ωοθηκών, με βάση τις τιμές αποκοπής προ-καθορίζεται από το σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης [22]. Για ένα δεδομένο ασθενή, η αξία ενός γονιδίου που προσδίδει κακή πρόγνωση είναι σχετικός κίνδυνος του (RR), ενώ η τιμή ενός γονιδίου του οποίου η έκφραση σε αυτόν τον ασθενή προβλέπει καλύτερη πρόγνωση ορίστηκε ως μηδέν. Ως παράδειγμα, εάν ένας ασθενής Α εμπίπτει στην ομάδα υψηλού κινδύνου για τα γονίδια 1 και 2, αλλά στην ομάδα χαμηλού κινδύνου για γονιδιακή 3, IGIS αυτού του ασθενούς θα είναι το άθροισμα των σχετικός κίνδυνος για το γονίδιο 1 και σχετικός κίνδυνος για το γονίδιο 2, αφού η αξία του γονιδίου 3 είναι μηδέν.

Ingenuity Διαδρομή Ανάλυση (IPA)

Χρησιμοποιώντας το εργαλείο Ingenuity Pathway Ανάλυση (www.ingenuity.com), φλεγμονώδη γονίδια χαρτογραφήθηκαν σε πολλαπλά δίκτυα, κάθε παρουσίαση υπερεκφράζεται και υπο-εκφράζονται αυτά.

ιστικές μικροσυστοιχίες

μικροσυστοιχίες ιστών (TMAs) για τον καρκίνο του παχέος εντέρου και δείγματα καρκίνου κεφαλής-τραχήλου που περιέχονται φορμόλη σταθερό, παραφίνη παραφίνη ιστούς. καρκίνο του παχέος εντέρου TMAs αναπτύχθηκαν από δείγματα ασθενών που λαμβάνονται στο Ιατρικό Πανεπιστήμιο της Νότιας Καρολίνας (MUSC), Τσάρλεστον, SC, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής. Η μελέτη μας είχε εγκριθεί από το Διοικητικό κριτική Θεσμική. Η ομάδα καρκίνου του παχέως εντέρου αποτελούνταν όγκων από 55 ασθενείς και παρακείμενο φυσιολογικό ιστό από 50 από αυτούς, μαζί με 15 λεμφαδένα μεταστατικής δείγματα. Κάθε ένα από τα φυσιολογικά και καρκινικά δείγματα ήταν τουλάχιστον εις διπλούν. Κλινικά και δημογραφικά στοιχεία όπως η ηλικία, το φύλο, ιστολογικός τύπος, βαθμός, όγκου (Τ) και λεμφαδένων (Ν) στάδια, συνολικά και επιβίωσης χωρίς υποτροπή ελήφθησαν από το Μητρώο Καρκίνου του Κέντρου Καρκίνου Hollings στο Ιατρικό Πανεπιστήμιο της Νότιας Καρολίνας . Ο καρκίνος κεφαλής-τραχήλου ΤΜΑ αποκτήθηκε από τις ΗΠΑ Biomax, το οποίο περιείχε 60 κεφαλής-τραχήλου καρκινώματα πλακωδών κυττάρων και τη φυσιολογική δείγματα από 9 ανεξάρτητες ασθενείς.

Η ανοσοϊστοχημεία (IHC)

5 μm τομές κομμένα από τα μπλοκ TMA. χρώση KPNA2 πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας ένα πολυκλωνικό αντίσωμα κουνελιού ειδικό για την ανθρώπινη KPNA2 (Abcam, Cat # 84440) σε αραίωση 1:500. Τα πλακίδια ψήθηκαν επί 1 ώρα στους 60 ° C και-παραφινοποιήθηκαν. Μετά ανάκτηση αντιγόνου με τη χρήση κιτρικού ρυθμιστικού διαλύματος (ρΗ = 6,0), ενδογενούς υπεροξειδάσης αποσβέστηκε με χρήση 3% Η

2O

2 σε dH

2O για 5 λεπτά και μη ειδική δέσμευση παρεμποδίστηκε με 2% κανονικό ορό κατσίκας για 3 ώρες σε θερμοκρασία δωματίου. Τα δείγματα επωάστηκαν με αντι-KPNA2 αντίσωμα σε 4 ° C για 16 ώρες, ακολουθούμενη από δευτερεύον αντίσωμα (Vectastain ABC Kit, ΡΚ-4001) και ανάπτυξη με τη χρησιμοποίηση του υποστρώματος DAB (Vector Labs SK-4100). Χρώση έδειξε απόλυτη εξειδίκευση στον πυρήνα χωρίς διακριτό σήμα εκτός στόχου. KPNA2 ποσοτικοποίηση εκτελέστηκε με ένα χειρουργικό παθολόγο (S.S.), ο οποίος δεν γνώριζε τις κλινικές παραμέτρους του ασθενούς. Ποσοτικοποίηση περιλαμβάνονται ένταση πυρηνική χρώση (1: ελαφρά? 2: μέτρια? 3: ισχυρή, αλλά λιγότερο έντονη από ό, τι 4? Και 4: έντονη). Και το ποσοστό των θετικών πυρήνων επί όλων των κυττάρων του όγκου σε ένα πυρήνα TMA

Αποτελέσματα

εξόρυξης δεδομένων ροής εργασίας και την ταυτοποίηση των σταθερά διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων σε επτά ανθρώπινων τύπων καρκίνου

πρώτες δεδομένα από 7 σύνολα δεδομένων (Πίνακας S1) για πρώτη φορά λαμβάνεται από γονιδιακής έκφρασης Omnibus (GEO). Κάθε σύνολο δεδομένων αντιστοιχεί σε ένα τύπο καρκίνου: του μαστού, του παχέος εντέρου, του πνεύμονα, του στόματος, του παγκρέατος, του προστάτη και γαστρικούς καρκίνους. Αυτά τα σύνολα δεδομένων περιλαμβάνουν προφίλ μικροσυστοιχιών έκφραση από καρκινικούς ιστούς και τους αντίστοιχους φυσιολογικούς ιστούς. Μετά τον καθορισμό απορυθμισμένη γονίδια σε κάθε τύπο του καρκίνου, το Συνεπής διαφορική έκφραση Pattern (CDEP) μεθοδολογία εφαρμόστηκε για τον προσδιορισμό διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων κατά μήκος των επτά σύνολα δεδομένων. 911 γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω και 618 γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω. Χρησιμοποιώντας DAVID, αυτά τα γονίδια στην συνέχεια λειτουργικώς ταξινομούνται και οι ανοσο-συναφή γονίδια ταυτοποιήθηκαν (Σχήμα S2, Πίνακας S2). Για την περαιτέρω βελτίωση του λόγου σήματος προς θόρυβο, γονίδια τα οποία έδειξαν μια αλλαγή φορές (FC) & lt? 2 σε πέντε ή περισσότερους τύπους καρκίνου αποκλείστηκαν. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα μια ισχυρή φλεγμονώδη προφίλ, που ονομάζονται IcAMP, 44 επάνω ρυθμισμένη και 52 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια στο επίπεδο του mRNA (Σχήμα 1). Η έκφραση της πρωτεΐνης του IcAMP επαληθεύτηκε με IHC σε 6 τύπους καρκίνου: του μαστού, του παχέος εντέρου, του πνεύμονα, του παγκρέατος, του προστάτη και γαστρικό με εξόρυξη της ανθρώπινης πρωτεΐνης Atlas (Πίνακας S3, Εικόνα S5). Η κλινική σημασία της Ιοαμρ προσδιορίστηκε με τη χρήση της βάσης δεδομένων Oncomine. Τέλος, το εργαλείο Ingenuity Pathway Analysis χρησιμοποιήθηκε για να εντοπίσει την λειτουργία του IcAMP στον καρκίνο που σχετίζεται με φλεγμονή.

χάρτη θερμότητας που δείχνει το 44 επάνω ρυθμισμένη και 52 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια στις επτά τύπους καρκίνου, εκτός από την η κατεύθυνση της απορρύθμισης σε καρκίνο των ωοθηκών. ↑, επάνω ρυθμισμένη. ↓, ρυθμισμένα προς τα κάτω. ↔, αμετάβλητη.

Η

Αναγνώριση του ανοσοποιητικού που σχετίζονται με γονίδια

Μεταξύ των up-ρυθμιζόμενων γονιδίων σε Ιοαμρ, όσοι εμπλέκονται στη θετική ρύθμιση των λεμφοκυττάρων απόπτωση ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη από 11,2 πτυχώσεις. Μικρές χημειοκινών της οικογένειας CXC, όπως

CXCL9

,

CXCL10

και

CXCL11

εμπλουτίστηκαν κατά 9,5 πτυχώσεις (Σχήμα S2A). Επιπλέον, οι όγκοι επίσης εμπλουτισμένο με γονίδια σε άλλες ανοσολογικές κατηγορίες, όπως αλληλεπίδραση ξενιστή-virus και απάντηση σε τραυματισμό (Σχήμα S2A). Down-ρυθμιζόμενα γονίδια είχαν πολύ εμπλουτισμένο για τα συστατικά συμπληρώματος στην εναλλακτική οδό (9,9 φορές), Τ-κυττάρων που σχετίζονται με γονίδια όπως CD8α, γράνζυμο Α και mal, πρωτεΐνες Τ κυτταρική διαφοροποίηση (7,3 φορές) και τα γονίδια που εμπλέκονται στη ρύθμιση της λειτουργίας των κυττάρων ΝΚ όπως λεκτίνη-όπως υποοικογένεια υποδοχέα Κ, μέλος 1 (

KLRK1

) (Σχήμα S2B).

Οι λειτουργίες πολλών γονιδίων Ιοαμρ έχουν ακόμη να γίνει κατανοητό. Για παράδειγμα, KPNA2 δείχθηκε ότι ρυθμίζεται προς τα πάνω σε ένα ευρύ φάσμα τύπων καρκίνου (Σχήμα 1) [23], [24], [25], [26], [27]. Δεν είναι σαφές, ωστόσο, εάν η πιθανή δραστικότητα προαγωγής του καρκίνου της KPNA2 οφείλεται στη λειτουργία του ως ένα πυρηνικό μεταφορέα για την επιλεκτική ανοσορυθμιστικών πρωτεϊνών όπως STAT1 [28] και της ιντερφερόνης-γ που προκαλείται από παράγοντα μεταγραφής IRF-1 [29].

η έκφραση της Ιοαμρ στο επίπεδο της πρωτεΐνης

Για να εξεταστεί το πρότυπο έκφρασης της πρωτεΐνης των γονιδίων Ιοαμρ, επωφεληθήκαμε από την δημόσια διαθέσιμη βάση δεδομένων έκφραση της πρωτεΐνης, HPAT. Γονίδια τα οποία δεν παρουσιάζουν διαφορική έκφραση με IHC δεν αποκλείστηκαν λόγω της περιορισμένης ευαισθησίας της μεθόδου αυτής. Χρησιμοποιώντας IHC ως ένα βήμα φιλτραρίσματος θα επεκτείνει τα ψευδώς αρνητικά παρατηρήσεις, περιορίζοντας τη δύναμη αυτής της μελέτης. Ωστόσο, ήταν κατατοπιστική για να προσδιοριστεί ποια γονίδια έδειξαν πρωτεΐνη αλλαγές σε τύπους ποιο καρκίνο καθώς αυτό έχει άμεσες επιπτώσεις για την επιλογή των γονιδίων για περαιτέρω λειτουργικές αναλύσεις. Για παράδειγμα, KPNA2 βρέθηκε να είναι αυξημένη σε όλους τους τύπους καρκίνου του εκτός του καρκίνου του παγκρέατος (Σχήμα 2). Από την άλλη πλευρά, πολυμερικό υποδοχέα ανοσοσφαιρίνης (PIGR), μια πρωτεΐνη που εμπλέκεται στην trans-επιθηλιακή μεταφορά των ανοσοσφαιρινών, είναι σταθερά κάτω-ρυθμίζονται σε καρκινικά κύτταρα (Σχήμα 2). Συνολικά, τα δεδομένα έκφρασης πρωτεΐνης είναι διαθέσιμη για 34 επάνω ρυθμισμένη και 38 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια (σύνολο = 72) από τα 96 γονίδια (Πίνακας S3, Εικόνα S5). Από τους 34 up-ρυθμιζόμενα γονίδια στο επίπεδο mRNA, 13 ήταν επίσης πάνω ρυθμισμένα με IHC σε τουλάχιστον 3 από 6 τύπων καρκίνου που μελετήθηκαν. Όσο για το μεταγραφικά κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια (38 εξετάστηκαν για έκφραση πρωτεΐνης), 20 έδειξε ρύθμιση προς τα κάτω από την IHC σε ≥3 των ίδιων 6 τύπους καρκίνου.

Ένα παράδειγμα ενός up-ρυθμιζόμενο γονίδιο (KPNA2 ) (α) και ένα γονίδιο ρυθμισμένα προς τα κάτω (PIGR) (Β) σε 5 τύπους καρκίνου στο επίπεδο πρωτεΐνης. Οι αριθμοί αντιστοιχούν στις μέσες μεταβολές φορές από τα επίπεδα του mRNA σε όλους τους 7 τύπους καρκίνου στην παρούσα μελέτη.

Η

Κλινική σημασία των γονιδίων Ιοαμρ

Είμαστε δίπλα επέλεξε να χρησιμοποιήσει τον καρκίνο των ωοθηκών για να μελετήσει το σημασία των γονιδίων IcAMP βασίζεται σε δύο εκτιμήσεις. Πρώτον, τα περισσότερα από κακοήθειες των ωοθηκών είναι επιθηλιακής προέλευσης το οποίο είναι ιστολογικά παρόμοια με τα επτά τύπους καρκίνου από τον οποίο προσδιορίστηκε το προφίλ γονίδιο. Δεύτερον, ο καρκίνος των ωοθηκών δεν χρησιμοποιήθηκε για να παραχθούν τα γονίδια IcAMP. Η προγνωστική αξία αυτών των γονιδίων στον καρκίνο των ωοθηκών θα επικυρώνει την χρησιμότητα της προσέγγισης γονιδίου ανακάλυψή μας. Ως έλεγχος, τα κλινικά προγνωστικές αξίες αυτών των γονιδίων εξετάστηκαν επίσης σε καρκίνο του παχέος εντέρου. Να καθορίσουν την κατεύθυνση της απορρύθμισης του κάθε γονιδίου στον καρκίνο των ωοθηκών, που εξορύσσεται 5 δημοσιευθεί σύνολα δεδομένων [30], [31], [32], [33], [34] και ένα πρόσθετο σύνολο δεδομένων από τον καρκίνο Genome Atlas (TCGA) ( Πίνακας S4), οι οποίες περιέχουν συλλογικά 35 κανονική και 878 δείγματα καρκίνου. Με βάση τον αριθμό των συνόλων δεδομένων που δείχνει απορρύθμισης σε κάθε κατεύθυνση, κάθε γονίδιο σημάνθηκε ως αυξημένα, αμετάβλητο ή καταστέλλεται σε καρκίνο των ωοθηκών (Εικόνα 1). Ένα γονίδιο είναι αποφασισμένη να είναι αυξημένα, αν 1) τουλάχιστον 1 σετ δεδομένων εμφανίζεται ρύθμιση (p & lt? 0,05) και κανένα από τα άλλα σύνολα δεδομένων δείχνει προς τα κάτω ρύθμιση, ή 2) τουλάχιστον 3 σύνολα δεδομένων εμφανίζονται ρύθμιση και όχι περισσότερα από ένα σύνολο δεδομένων δείχνει προς τα κάτω ρύθμιση (p & lt? 0,05). Το αντίστροφο ισχύει για καταπιεσμένη γονίδια. Με βάση αυτό, 33 από τις 44 έως ρυθμιζόμενα γονίδια ήταν επίσης αυξημένα σε καρκίνο των ωοθηκών, 3 είχαν κατασταλεί και 8 δεν θα μπορούσε να προσδιοριστεί. Μεταξύ των 52 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια, 28 είχαν επίσης κατασταλεί στον καρκίνο των ωοθηκών, 7 ήταν αμετάβλητες, 10 ανυψώθηκαν και 7 απροσδιόριστη (Εικόνα 1). Έτσι, τουλάχιστον 61 από 96 γονίδια Ιοαμρ ήταν να συμπίπτει με απορυθμίζεται στον καρκίνο των ωοθηκών.

παχέος εντέρου [35], [36], [37] και των ωοθηκών σύνολα δεδομένων του καρκίνου [22], [30], [38] , [39], [40] από Oncomine, καθώς και TCGA σύνολο δεδομένων καρκίνος του παχέος εντέρου, στη συνέχεια αναλύθηκαν για κλινική σημασία των επιπέδων έκφρασης των μεμονωμένων γονιδίων IcAMP. Ένας αριθμός γονιδίων όπως

CCL20

,

CD36

και

IL18RAP

έδειξαν μεμονωμένα σημαντικές συσχετίσεις με τις κλινικές μεταβλητές σε καρκίνο του παχέος εντέρου, όπως το στάδιο του όγκου (Τ1 έως Τ4), λέμφο κατάσταση του κόμβου (N0 σε Ν2), μετάσταση (M0 ή M1), παθολογική βαθμός (G1 έως G4) και το στάδιο Δούκα (Α έως Δ) (Σχήματα 3Α και 3Β). Στον καρκίνο των ωοθηκών, το σύνολο των up-ρυθμιζόμενων γονιδίων αυξήθηκαν με πιο προχωρημένο στάδιο (

CXCL10

,

RIPK2

και

SPP1

) ή υψηλότερη παθολογική βαθμό (

CXCL11

,

KPNA2

,

RSAD2

,

THOC4

και

TNC

) (Εικόνα 4Α). Όσο για τα κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια Ιοαμρ, πιο προχωρημένα στάδια ανατίθενται υψηλότερη έκφραση ορισμένων γονιδίων (

CCL28

και

CFD

) και χαμηλότερη έκφραση των άλλων (

CLU

,

LEAP2

,

PIGR

και

TFF3

) (Εικόνα 4Β).

Τέσσερις ανεξάρτητες μελέτες αναλύθηκαν για την έκφραση των γονιδίων έδειξε και η κλινική σημασία τους. Ο κάθετος άξονας αναπαριστά το κανονικοποιημένο ένταση έκφραση του κάθε γονιδίου σε σχέση με την διάμεση ένταση του συνόλου ιχνηλατών γονιδίων. Οι ράβδοι σφάλματος αντιπροσωπεύουν την τυπική απόκλιση. Τα γονίδια που παρατίθενται σε αλφαβητική σειρά.

Η

Ίδιο όπως στο Σχήμα 3 εκτός του ότι πέντε ανεξάρτητες μελέτες του καρκίνου των ωοθηκών αναλύθηκαν για την έκφραση των γονιδίων έδειξε και την κλινική αξία τους.

Η

Είμαστε δίπλα προσδιοριστεί εάν το επίπεδο έκφρασης του γονιδίου Ιοαμρ προβλέπει την επιβίωση, με βάση την πρωτογενή δεδομένα μικροσυστοιχιών για τον καρκίνο του παχέος εντέρου [37] και τον καρκίνο των ωοθηκών [22]. Γονίδια τα οποία έδειξαν διαφορετικά επίπεδα έκφρασης μεταξύ επιζώντες και μη-επιζώντων σε ένα, τρία ή /και πέντε ετών ελέγχθηκαν με ανάλυση Kaplan-Meier (Σχήματα 5 και 6). Στον καρκίνο του παχέος εντέρου, την καλύτερη συνολική επιβίωση είχε προβλεφθεί με υψηλότερα επίπεδα GFRA1 και THOC4, και τα χαμηλότερα επίπεδα των C7, GREM1, ISG15, LIFR, LOX, MMRN1, SCN4B, SPP1, TNC, TNFAIP6 και ZC3H8 (Σχήμα 5Α). Η απορυθμισμένη έκφραση πολλών γονιδίων IcAMP έχει επίσης σημαντικές προγνωστική αξία για υποτροπή του καρκίνου (Σχήμα 5Β).

Δύο σύνολα δεδομένων από Smith

et al.

[37] εξετάστηκαν για τις υποδεικνυόμενες γονίδια. Υψηλή, οι ασθενείς με υψηλή έκφραση του γονιδίου. Χαμηλή, οι ασθενείς με χαμηλή έκφραση του γονιδίου. RR, σχετικός κίνδυνος. Τα γονίδια που παρατίθενται σε αλφαβητική σειρά. Κόκκινο: Αυξημένα Ιοαμρ γονίδιο, Μπλε:.. Απωθημένα Ιοαμρ γονίδιο

Η

δεδομένα έκφρασης γονιδίων Πρώτες λήφθηκε από Tothill

et al

[22] για το (Α) και (Β), και από TCGA για (C). Κόκκινο: Αυξημένα στον καρκίνο των ωοθηκών, Μπλε: καταστέλλεται καρκίνο των ωοθηκών, Μαύρο: Αμετάβλητο ή άγνωστα. βαθμολογία IGIS υπολογίστηκε με βάση το σύνολο των 18 γονιδίων που αναφέρονται στο (Α).

Η

Στο στάδιο IIIC καρκίνου των ωοθηκών, η βελτίωση της συνολικής επιβίωσης συσχετίστηκε με υψηλότερα επίπεδα mRNA της IL-8, ΜΙΡ, MPZL2, PIGR, RSAD2 , SERPINA5 και TFF3, αλλά χαμηλότερα επίπεδα CCL28, CXCL12, EDNRB, GFRA1, GREM1, JAM2, LOX, MAL, PTGER4, TNFAIP6 και TNFSF4 (Σχήμα 6Α). Η dysegulation πολλών από αυτά τα γονίδια επίσης προβλέπει επιβίωση χωρίς υποτροπή (Σχήμα 6Β).

Είναι ενδιαφέρον, κατώτερο έκφραση ενός αριθμού γονιδίων (GREM1, LOX, TNFAIP6, CD36, και EDNRA) προβλεπόμενη καλύτερη πρόγνωση σε τόσο ωοθηκών και του παχέος εντέρου. Από την άλλη πλευρά, CXCL13 ανύψωση προβλέψει καλύτερη πρόγνωση και στις δύο ασθένειες (σχήματα 5 και 6).

Για να προσδιοριστεί η προγνωστική αξία των γονιδίων Ιοαμρ ως ομάδα, μία φλεγμονώδης γονίδιο ολοκληρωμένο βαθμολογίας (IGIS) επινοήθηκε για ωοθηκών καρκίνο (Σχήματα 6C). IGIS περιλαμβάνει 18 γονίδια, τα οποία έδειξαν ανεξάρτητα σημαντική προβλεψιμότητα (p & lt? 0,05) με ανάλυση Kaplan-Meier. Η βαθμολογία αυτή λαμβάνει υπόψη τον αριθμό των γονιδίων εντός της οποίας ο ασθενής πέφτει σε ομάδα υψηλού κινδύνου, καθώς και τον κίνδυνο κάθε ένα από αυτά τα γονίδια απονέμει. Η ευρωστία της IGIS επικυρώθηκε χρησιμοποιώντας την ανεξάρτητη καρκίνου των ωοθηκών TCGA σύνολο δεδομένων. Με βάση τις τιμές αποκοπής προ-καθορίζεται από την αρχική σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης παραπάνω [22], οι ασθενείς σταδίου IIIC από το σύνολο δεδομένων TCGA κατηγοριοποιήθηκαν είτε ως υψηλού ή χαμηλού κινδύνου για κάθε γονίδιο. Στη συνέχεια, για κάθε γονίδιο όπου ένας ασθενής TCGA δείχνει κακή πρόγνωση, σχετικός κίνδυνος (RR προκαθορίζεται από το σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης) αυτού του γονιδίου προστέθηκε στο σκορ ασθενείς IGIS. Οι ασθενείς TCGA τελικά διανεμήθηκαν με διαφορετικά αποτελέσματα IGIS με βάση τα επίπεδα έκφρασης όλων των 18 γονιδίων IGIS. Βρήκαμε ότι IGIS προβλέψει πράγματι η συνολική επιβίωση (RR = 1,21, p = 0,02) (Σχήματα 6C).

Κλινική σημασία των KPNA2 στο αδενοκαρκίνωμα του παχέος εντέρου και το κεφάλι-λαιμό ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα

επόμενο επικεντρώθηκε στην KPNA2 σε αδενοκαρκίνωμα του παχέος εντέρου και της κεφαλής /λαιμού καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων, αφού KPNA2 υπερέκφραση δεν έχει αναφερθεί σε αυτούς τους δύο τύπους καρκίνου. KPNA2 είναι μια πυρηνική /κυτταροπλασματική πρωτεΐνη που εμπλέκεται στην εισαγωγή επιλέξτε κυτταροπλασματικών πρωτεϊνών στον πυρήνα. Ενώνεται με την αλληλουχία πυρηνικού εντοπισμού (NLS) της πρωτεΐνης φορτίο του και να karyopherin β1, και το όλο σύμπλεγμα πρωτεΐνη μετατοπίζεται κατά μήκος του πυρηνικού φακέλου, μέσω του συμπλέγματος πυρηνικού πόρου (NPC) [41]. Μεταξύ των πελατών KPNA2 είναι η ιντερφερόνη-γ που προκαλείται από παράγοντα μεταγραφής IRF-1 [29] και STAT1 [28], και τα δύο εκ των οποίων εμπλέκονται στην ανοσοαπόκριση ξενιστή.

Εξετάσαμε την έκφραση KPNA2 με immunohistrochemistry χρησιμοποιώντας σε μας -House microarray όγκου τα οποία περιέχει 55 πρωτογενείς κόλου δειγμάτων καρκίνου, των μεταστάσεων κόμβος 15 λέμφου και 50 αντίστοιχα γειτονικά φυσιολογικούς ιστούς από ασθενείς από τα διάφορα στάδια της νόσου. Βρήκαμε μια δραστική αύξηση στην έκφραση KPNA2 σε πρωτογενείς και λεμφαδένα μεταστατικών όγκων του παχέος εντέρου σε σύγκριση με παρακείμενες φυσιολογικούς ιστούς (Σχήματα 7Α, 7Β και 7C). KPNA2 έκφραση συσχετίζεται επίσης με το στάδιο του όγκου (Τ), όπου το ποσοστό των θετικών κυττάρων αυξήθηκε από Τ1 έως Τ4 (Τ1: 6,4%, Τ2: 10%, Τ3: 20,6% και Τ4: 25,4%) (Σχήμα 7D). Δεδομένου ότι οι περισσότεροι από τους ασθενείς ήταν στην Τ2 (n = 11) και Τ3 (n = 31) κατηγορίες, βρήκαμε σημαντική διαφορά στην έκφραση KPNA2 μεταξύ Τ2 και Τ3 (p = 0.017). Η διαφορά ήταν επίσης σημαντικά ανάμεσα σε συνδυασμό Τ1-Τ2 και Τ3 στάδια-Τ4 (p = 0,003) (Εικόνα 7D). Το πιο σημαντικό, οι ασθενείς με βαθμολογία ένταση KPNA2 ≥3 εμφανίζεται χειρότερη συνολική επιβίωση από αυτούς με ένταση KPNA2 ≤2 (σχετικός κίνδυνος = 1,9, p = 0,048) (Σχήμα 7Ε).

Α. Αντιπροσωπευτικές εικόνες ανοσοϊστοχημική χρώση KPNA2 από φυσιολογικούς και κακοήθεις ιστούς του παχέως εντέρου. B. Η ποσοτικοποίηση της KPNA2 ένταση χρώσης σε φυσιολογικούς ιστούς (Ν, n = 50), πρωτογενούς όγκου (Τ, n = 55) και λεμφαδένα μετάσταση (LN Ca, n = 15). * P & lt? 0,0001. Γ Συχνότητα KPNA2 θετικά κύτταρα. * P & lt? 0,0001. D. Το ποσοστό των KPNA2-θετικών κυττάρων συσχετίζεται με το στάδιο Τ. * P & lt? 0,05. καμπύλη Ε Kaplan-Meier που δείχνουν τη συνολική επιβίωση των ασθενών με καρκίνο του παχέος εντέρου με διαφορετική έκφραση KPNA2.

Η

Παρόμοια με τον καρκίνο του παχέος εντέρου, του στόματος και του λάρυγγα ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα εμφανίζεται αυξημένα επίπεδα KPNA2 σε σύγκριση με ανεξάρτητη στόματος και του λάρυγγα φυσιολογικούς ιστούς (Εικόνα 8Α, 8Β και 8C). Αν και KPNA2 δεν έδειξε συσχέτιση με το στάδιο της νόσου, ήταν υψηλότερη σε καθένα από καρκινώματα βαθμού 2 (39.2% θετικά κύτταρα) και βαθμού 3 (49% θετικά κύτταρα) σε σύγκριση με βαθμού 1 (26,3%). (P (G1 εναντίον G2) = 0,03 και p (G1 εναντίον G3) = 0,002) (Εικόνα 8D).

Α. Αντιπροσωπευτικές εικόνες ανοσοϊστοχημική χρώση KPNA2 από φυσιολογικούς και κακοήθεις ιστούς γλώσσα. Β KPNA2 ένταση χρώσης σε πρωτοπαθή όγκο και παρακείμενο φυσιολογικό ιστό * p & lt? 0,0001. Γ Συχνότητα KPNA2 θετικών κυττάρων σε πρωτογενή όγκο και παρακείμενο φυσιολογικό ιστό (2%). * P & lt? 0,0001. Δ Συσχέτιση της έκφρασης KPNA2 και του βαθμού του όγκου. * P & lt?. 0.05

Η

TNFAIP6 υπερεκφράζεται στο αδενοκαρκίνωμα του παχέος εντέρου

α πρωτεΐνης που προκαλείται από τον παράγοντα νέκρωσης όγκων 6 (TNFAIP6) είναι μία εκκρινόμενη γλυκοπρωτεΐνη που εκφράζεται από επιθηλιακά κύτταρα και λευκοκύτταρα υπό κανονικές και φλεγμονώδεις καταστάσεις. αντιφλεγμονώδη λειτουργία του είναι καθιερωμένη σε διαφορετικές φλεγμονώδεις καταστάσεις όπως οστεοαρθρίτιδα, και είναι ανιχνεύσιμος σε δείγματα ορού από ασθενείς με αυτοάνοσες διαταραχές [42]. Πρόσφατα, μεταγραφικού προφίλ του αίματος από ορθοκολικό ασθενών και υγιών μαρτύρων με qRT-PCR προσδιορίζονται TNFAIP6 ως βιοδείκτη για τον ορθοκολικό καρκίνο [43]. Αυτή η μελέτη δείχνει ότι TNFAIP6 mRNA είναι αυξημένο σε κυττάρων περιφερικού αίματος ασθενών με καρκίνο του παχέος. Εδώ, ερευνήσαμε τα επίπεδα πρωτεΐνης του TNFAIP6 στο παχύ έντερο καρκινικά κύτταρα και παρακείμενο φυσιολογικό επιθήλιο. Ανοσοϊστοχημική χρώση των 55 δειγμάτων καρκίνου του παχέος εντέρου και 50 παρακείμενων φυσιολογικών ιστών απεκάλυψε αυξημένη έκφραση σε καρκινικά σε ανά κύτταρο βάση, καθώς και την αύξηση της συχνότητας των TNFAIP6 εκφράζουν κύτταρα (Σχήματα 9Α, Β και C). τα επίπεδα πρωτεΐνης TNFAIP6 δεν προέβλεψαν τη συνολική επιβίωση των ασθενών (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Όσο για υποτροπή της νόσου, βρήκαμε μια τάση προς χειρότερη επιβίωση χωρίς υποτροπή σε ασθενείς με μεγάλη έκφραση (Σχήμα 9D), χωρίς να φθάσει στατιστική σημασία (RR = 2,44, p = 0,09).

Α. Αντιπροσωπευτικές εικόνες ανοσοϊστοχημική χρώση TNFAIP6 από φυσιολογικούς και κακοήθεις ιστούς του παχέως εντέρου. B. TNFAIP6 ένταση χρώσης σε πρωτογενή όγκο κόλου (n = 55) και παρακείμενο φυσιολογικό ιστό (n = 50). * P & lt? 0.001. Γ Συχνότητα TNFAIP6 θετικών κυττάρων σε πρωτογενή όγκο (n = 55) και παρακείμενο φυσιολογικό ιστό (n = 50). * P & lt? 0,0001. καμπύλη D. Kaplan-Meier δείχνει χωρίς υποτροπή επιβίωσης ασθενών με καρκίνο του παχέος εντέρου με διαφορετική έκφραση TNFAIP6, με βάση το ποσοστό των θετικών κυττάρων.

Η

Συζήτηση

Αυτή η μελέτη σχεδιάστηκε για να εννοιολογικά και πειραματικά αντιμετωπίσει μια νέα υπόθεση που καρκίνους, ανεξαρτήτως της αιτιολογίας τους, λιμάνι κοινόχρηστο iCAMPs να αποφύγει το ανοσοποιητικό επιτήρησης και να highjack ανοσίας του ξενιστή για την προώθηση ογκο-φλεγμονώδη ανάπτυξη και μετάσταση. Μια αμερόληπτη και περιεκτική στρατηγική για την εξόρυξη δεδομένων έγινε για να αντιμετωπίσει αυτή την υπόθεση και να εξορύξουν κοινά πρότυπα μοριακής έκφρασης σε ένα μεγάλο αριθμό ασθενών από πολλές ανεξάρτητες μελέτες για την εξασφάλιση της συνοχής των ευρημάτων μας. Η έκφραση των εκλεκτικών γονιδίων επιβεβαιώθηκε με μικροσυστοιχίες ιστό. Αν και η βιολογική σημασία της διαπίστωσης μας περιμένει περαιτέρω μελέτες, είναι σαφές ότι η Ιοαμρ όχι μόνο υπάρχει, αλλά δείχνει επίσης σημαντική κλινική σημασία. Το σετ πυρήνας γονίδιο IcAMP αναπαράγει πολλές καθιερωμένες γονίδια που εκφράζονται ανώμαλα σε ιστό καρκίνου, όπως VCAN και KPNA2. (https://bioinfo.vanderbilt.edu/webgestalt/).

doi:10.1371/journal.pone.0057911.s003

(PDF)

Figure