Αφηρημένο

Ο καρκίνος των ωοθηκών είναι μια ασθένεια που χαρακτηρίζεται από περίπλοκες γονιδιωματικής ανακατατάξεις, αλλά η πλειοψηφία των γονιδίων που είναι ο στόχος της αυτές οι αλλαγές παραμένουν άγνωστοι. Βιβλιογραφικό αυτά τα γονίδια-στόχους θα προσφέρει χρήσιμες γνώσεις σχετικά με την αιτιολογία της νόσου και μπορεί να παρέχει μια ευκαιρία για την ανάπτυξη νέων διαγνωστικών και θεραπευτικών παρεμβάσεων. γονιδιώματος υψηλής ανάλυσης αριθμού μεγάλη αντίγραφο και ταιριάζουν έκφραση δεδομένα από 68 πρωτογενή επιθηλιακά καρκινώματα των ωοθηκών διαφόρων histotypes εντάχθηκε για τον εντοπισμό γονιδίων στις περιοχές από τις πιο συχνές ενίσχυσης με την ισχυρότερη συσχέτιση με την έκφραση και τον αριθμό αντιτύπου. Περιοχές στα χρωμοσώματα 3, 7, 8, και 20 συχνότερα αυξήθηκαν σε αριθμό αντιγράφων (& gt? Το 40% των δειγμάτων). Εντός αυτών των περιοχών, 703/1370 (51%) probesets έκφραση μοναδικό γονίδιο διαφορικά εκφραζόμενο όταν τα δείγματα με κέρδος συγκρίθηκαν με δείγματα χωρίς κέρδος. 30% αυτών των διαφορικά εκφρασμένων probesets έδειξε επίσης μια ισχυρή θετική συσχέτιση (r≥0.6) μεταξύ της έκφρασης και του αριθμού αντιγράφων. Ταυτοποιήσαμε επίσης 21 περιοχές υψηλού πλάτους απολαβής αριθμό αντιγράφων, στο οποίο 32 γνωστά γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνη έδειξε μία ισχυρή θετική συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης και αντιγραφής αριθμό. Συνολικά, τα δεδομένα μας επικυρώνει ήδη γνωστά γονίδια του καρκίνου των ωοθηκών, όπως

ΕΚΒΒ2

, και επίσης εντόπισε νέο δυναμικό τους οδηγούς, όπως

MYNN

,

PUF60

και

TPX2

Παράθεση:. Ραμακρίσνα Μ, Williams LH, Boyle SE, Bearfoot JL, Sridhar Α, ταχύτητα TP, et al. (2010) Στοιχεία της Ανάπτυξης υποψήφιες Προώθηση Γονίδια στον καρκίνο των ωοθηκών μέσω ολοκληρωμένων Αριθμός Αντιγραφή και ανάλυση της έκφρασης. PLoS ONE 5 (4): e9983. doi: 10.1371 /journal.pone.0009983

Επιμέλεια: Patrick Tan, Δούκας-NUS Πτυχιούχος Ιατρικής Σχολής, Σιγκαπούρη

Ελήφθη: 20, Ιανουαρίου, 2010? Δεκτές: 7 Μαρτίου 2010? Δημοσιεύθηκε: 8 Απριλίου του 2010

Copyright: © 2010 Ραμακρίσνα et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση: Ο Κ. Είναι υποστηρίζεται από την Υποτροφία Αντικαρκινικό Συμβούλιο Βικτώριας Μεταπτυχιακών Σπουδών. Το έργο αυτό χρηματοδοτείται με επιχορήγηση από το Εθνικό Συμβούλιο Υγείας και Ιατρικής Έρευνας (NHMRC) της Αυστραλίας (ID: 566603). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Αν και έχει σημειωθεί πρόοδος στην αποσαφήνιση των μοριακών γεγονότων που αποτελούν τη βάση της ανάπτυξης του καρκίνου των ωοθηκών, η ταυτότητα της πλειοψηφίας των γονιδίων που οδηγούν την ανάπτυξη αυτής της νόσου παραμένουν ασαφείς. Πολυάριθμες μελέτες γονιδιακής έκφρασης έχουν εντοπίσει τους καταλόγους των γονιδίων με σημαντικά αλλοιωμένη έκφραση, αλλά απογοητευτικά υπάρχει μικρή συναίνεση μεταξύ των μελετών [1]. Ενώ οι μελέτες γονιδιακής έκφρασης είναι χρήσιμα στον εντοπισμό ευρείες κατηγορίες των οδών μεταβληθεί σε καρκίνο και κλινικά σημαντική υποτύπων [2], με δική τους μπορεί να μην είναι σε θέση να διακρίνει τα γενετικά τροποποιημένα γονίδια-κλειδιά οδηγού. Μια εναλλακτική στρατηγική που χρησιμοποιείται για τον εντοπισμό των γονιδίων του οδηγού υπήρξε σχολιασμός των επαναλαμβανόμενων χρωμοσωμικών ανωμαλιών. Πρόωρη μελέτες παρεμποδίζεται επειδή οι τεχνολογίες γονιδιώματος-ευρεία γονιδιωματική ανάλυση έλειπε το ψήφισμα για να βελτιώσετε επαρκώς από καρκίνο που σχετίζεται τόπους [3]. Το πρόβλημα του ψηφίσματος έχει ξεπεραστεί με την ανάπτυξη της aCGH και SNP συστοιχίες υπερ-υψηλή ανάλυση. Πρόσφατα, η ομάδα μας έχει χρησιμοποιήσει αυτές τις συστοιχίες SNP τελευταίας γενιάς για να σχολιάσετε ακόμη και σε μικρές περιοχές (τόσο μικρό όσο 25 kb) του γονιδιωματική μεταβολή [4]. Αυτά τα δεδομένα έδειξαν επίσης ότι τα γενετικά γεγονότα που συμβαίνουν σε καρκίνους των ωοθηκών είναι πιο πολυάριθμα και πολύπλοκα από ό, τι προηγουμένως ύποπτα. Ενώ ορισμένα πιθανά γονίδια του οδηγού θα μπορούσε να εντοπιστεί γρήγορα από αυτά τα δεδομένα λόγω της θέσης τους σε εστιακό αλλαγές, η πλειοψηφία των επαναλαμβανόμενων μετατροπές είναι μεγάλα και περιλαμβάνουν πολλά γονίδια.

Για να επισπεύσετε την αναγνώριση των γονιδίων ανάπτυξης καρκίνου των ωοθηκών προώθηση έχουμε ολοκληρωμένη ταιριάζουν αριθμό αντιγράφων του DNA και των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης από μία ομάδα από 68 πρωτοβάθμια επιθηλιακών καρκίνων των ωοθηκών. Έχουμε ιδιαίτερα επικεντρώθηκε στην γονίδια σε περιοχές του κέρδους αριθμού αντιγράφων, με την προσδοκία ότι η έκφραση ενός γονιδίου οδηγού μέσα σε ένα αμπλικόνιο θα είναι πιο σφιχτά συσχετίζονται με τον αριθμό αντιγράφων του γονιδίου από συν-ενισχυμένα γονίδια των οποίων η έκφραση είναι αγνωστικιστής να ογκογένεση. Ένταξη των αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης έχει παράσχει έναν κατάλογο των υποψηφίων δεσπόζει δρουν τα γονίδια του οδηγού, το οποίο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να στηρίξει λειτουργική ανάλυση που θα είναι απαραίτητες για την επικύρωση της συμβολής τους στην ωοθηκική καρκινογένεση. Επιπλέον, το ενισχυμένο και πάνω εκφρασμένα γονίδια έχουν τη δυνατότητα να χρησιμεύσουν ως χρήσιμες θεραπευτικές ή διαγνωστικές δείκτες για τον καρκίνο των ωοθηκών.

Αποτελέσματα

Συχνότητα αριθμού αντιγράφων αλλοιώσεις (CNA) στον καρκίνο των ωοθηκών

Η αξιολόγηση της CNA σε 72 επιθηλιακών όγκων των ωοθηκών (Πίνακας 1, Πίνακας S1) έδωσε συνολικά 36.534 τμημάτων περιλαμβάνει 20.570 κέρδη ΣΟ και 15.964 απώλειες ΣΟ. Ο διάμεσος αριθμός των περιφερειών με κέρδος CN ανά όγκος ήταν 208, αντιπροσωπεύοντας το μέσο όρο 13,6% του γονιδιώματος ανά δείγμα (Πίνακας S2). Ο διάμεσος αριθμός των περιφερειών με την απώλεια ΣΟ ήταν 194 που αντιπροσωπεύουν το 12,2% του γονιδιώματος. Αυτές οι προσαρμογείς CNA συνέβησαν σε ολόκληρη την γονιδιώματος, αλλά υπήρχαν κάποια πολύ συχνές επαναλαμβανόμενες περιοχές του ΚΥΠΕ μεταξύ των 72 όγκους (Σχήμα 1) συμπεριλαμβανομένων των κερδών που βρίσκεται στο 1ο τρίμηνο, 3q, 6, 7q, 8q, 19, και 20 και οι ζημίες στα χρωμοσώματα 4, 6, 8, 13, 16, 17, 18, 22q και Χ Εντός επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών histotypes παρατηρήσαμε ότι βλεννώδες και σε μικρότερο βαθμό σαφείς περιπτώσεις κυττάρων φάνηκε να έχουν λιγότερες CNA και ένα μικρότερο ποσοστό του γονιδιώματος ενεπλάκη σε σύγκριση με άλλους υπότυπους (Σχήμα S1). Ωστόσο, οι αριθμοί των δειγμάτων στα μικρά υποτύπους ήταν μικρή, γεγονός που καθιστά δύσκολο να εξαχθούν στατιστικώς έγκυρα συμπεράσματα σχετικά με τον υπότυπο συγκεκριμένες αλλαγές. Τα περισσότερα από τα δείγματα ήταν το ορώδες ή που σχετίζονται με υψηλής ποιότητας ενδομητριοειδές υποτύπου και πολλές από τις περιοχές του κέρδους και της απώλειας οδηγούνται κυρίως από αυτούς τους υποτύπους.

Η συχνότητα εμφάνισης της γονιδιωματικής κέρδη (κίτρινο) και ζημίες (μπλε) σε όλη την γονιδίωμα, που απεικονίζεται με σκοπό χρωμόσωμα από 1p να Xq.

η

Ενσωμάτωση της έκφρασης mRNA σε περιοχές των συχνών αντίγραφο κέρδους αριθμό

Ένας κοινός μηχανισμός ενεργοποίησης της λειτουργίας των γονιδίων στην ανάπτυξη του καρκίνου είναι μέσω πάνω έκφραση, ως συνέπεια της γονιδιακής ενίσχυσης. Ενώ πολλά γονίδια μπορούν να βρίσκονται μέσα σε ένα συγκεκριμένο προϊόν ενίσχυσης, το στοχευόμενο γονίδιο (-α) θα αναμενόταν να παρουσιάζουν σταθερά αυξημένη έκφραση σε σύγκριση με γειτονικών γονιδίων παρευρισκομένων [5]. Έχουμε διεξάγει προηγουμένως μια ολοκληρωμένη ανάλυση της έκφρασης των γονιδίων καταστολής υποψηφίου όγκου εντός των περιφερειών της απώλειας της ετεροζυγωτίας σε μια επικαλυπτόμενη ομάδα όγκου [6], έτσι για αυτή τη μελέτη επιλέξαμε να επικεντρωθεί στην ταυτοποίηση των υποψήφιων γονιδίων που βρίσκονται εντός αμπλικόνια. Ένα αυθαίρετο όριο συχνότητας τουλάχιστον 40% επιλέχθηκε ως φίλτρο για την επιλογή των βασικών περιοχών, με αποτέλεσμα την οριοθέτηση των πολλαπλών χρωμοσωματικών περιοχών για 3q, 7q, 8q και 20q (Σχήμα 2). Κάθε τμήμα των συχνών κέρδος ΣΟ είχε επισημανθεί από την cytoband ανήκε? μετά την οποία οι περιοχές με την ίδια ετικέτα cytoband είχαν καταρρεύσει σε μια μεγαλύτερη περιοχή (σχήμα S2-Α). Αυτές οι περιοχές επικαλυπτόμενες με αριθμό βλαστικής γραμμής αντίγραφο πολυμορφισμό (CNPs, Πίνακας S3) αποκλείστηκαν όπως περιγράφεται στην Εικόνα S2-Β. Οι τελικές 106 αμπλικόνια κυμαίνονταν σε μέγεθος από 11 kb έως 7 Mb (Πίνακας S4) και 90 αυτών των περιοχών στο σύνολο περιείχε 1370 probesets γονιδιακής έκφρασης στη συστοιχία Affymetrix Gene 1.0ST που αντιστοιχούν σε γονίδια που κωδικοποιούν 938 γνωστές πρωτεΐνες. Τα άλλα 16 αμπλικόνια δεν εκπροσωπήθηκαν από probesets στις συστοιχίες γονιδίων 1.0ST.

Συχνές κέρδη συμβαίνουν στα χρωμοσώματα 3, 7, 8 και 20, με κάθε σημείο που δείχνει τη συχνότητα του κέρδους ενός τμήματος της ΣΟ. Η κόκκινη γραμμή σε όλα τα πάνελ δείχνει το όριο συχνότητας 40%.

Η

Η έκφραση αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν για probesets σε κάθε μία από τις 90 περιφέρειες (Πίνακες 2, 3, 4, Πίνακας S5). Για κάθε ομάδες περιοχή των δειγμάτων που έδειξαν αύξηση αριθμού αντιγράφων (3 ή περισσότερα αντίγραφα) ελέγχθηκαν για διαφορική έκφραση κατά ομάδες των δειγμάτων που έδειξαν κανονικό αριθμό αντιγράφων (~ 2 αντίγραφα). Σε όλες τις περιφέρειες, υπήρχαν 703 (51%) που εκφράζονται διαφορικά probesets που αντιστοιχεί σε 629 γονίδια με μοναδικά αναγνωριστικά όπως ένα σύμβολο γονίδιο HGNC ή Ensembl ID (Πίνακας S5). Μόνο ένα γονίδιο,

hCG_16001

, παρουσίασαν αρνητική μεταβολή log φορές (-0,34, Εικόνα S3). Κατά μέσο όρο (σε περιοχές με τουλάχιστον 5 probesets), το 50% των probesets βρέθηκαν να είναι διαφορικά εκφραζόμενο υποδηλώνοντας μια γενικευμένη αύξηση στην έκφραση των γονιδίων εντός κέρδη CN. Είναι ενδιαφέρον, παρατηρήσαμε ότι

MYC

, ένα ογκογονίδιο που χαρακτηρίζεται από αύξηση του αριθμού αντιγράφων σε μια ευρεία ποικιλία τύπων όγκου, δεν ήταν σημαντικά διαφορικά εκφραζόμενο μεταξύ ενισχυμένων και μη ενισχυμένο ομάδες δειγμάτων. Μια πιθανότητα είναι ότι

MYC

εκφράζεται σε υψηλό επίπεδο σε όλους τους όγκους ανεξάρτητα από το καθεστώς του αριθμού αντιγράφων και ως εκ τούτου δεν είναι διαφορετική μεταξύ των ομάδων των όγκων που δείχνουν ένα κέρδος και εκείνων που δεν το κάνουν. Για να ελεγχθεί αυτή η πιθανότητα συγκρίναμε την έκφραση του

MYC

σε ενισχυμένα δείγματα καρκίνου των ωοθηκών σε έκφραση σε κανονικό σάλπιγγα επιθήλιο του σωλήνα. Δεν βρήκαμε καμία αύξηση στο

MYC

έκφραση κατά τη σύγκριση των όγκων σε αυτά τα δείγματα (p = 0,41, Welch διορθωθεί αταίριαστα t-test, το σχήμα S4).

Απλή αναζήτηση

Για να περιορίσετε περαιτέρω αυτή τη λίστα των 703 τον αριθμό αντιγράφων οδηγείται, διαφορικά εκφρασμένων probesets, εμείς αιτιολογημένη ότι τα γονίδια που δείχνουν την ισχυρότερη συσχέτιση του αριθμού αντιγράφων και η έκφραση μπορεί να είναι το πιο πιθανό γονίδια στόχο το κέρδος ΣΟ. Έτσι, υπολογίζεται η συσχέτιση συντελεστή για όλα τα διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων με αριθμό αντιγράφων κάλυψη probeset στις υποψήφιες αναδιπλασιασμού (Πίνακας S5). Από τους 692 probesets δοκιμάστηκαν (11 δεν περιείχε αριθμό αντιγράφων ανιχνευτές), 219 (που αντιστοιχούν σε 206 γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες) έδειξε μία ισχυρή θετική συσχέτιση (r≥0.6) ανάμεσα στην έκφραση και τον αριθμό αντιτύπου.

Genes στοχεύονται από υψηλή

ενίσχυση ΣΟ

κύρια προσέγγισή μας για τον εντοπισμό γονιδίων που σχετίζονται με τον καρκίνο ήταν να φιλτράρετε για τις πιο συχνές ανωμαλίες αλλά σημείωσε ότι καλά χαρακτηρισμένα γονίδια του οδηγού του καρκίνου, όπως

CCNE1

και

ΕΚΒΒ2

[7], δεν ταυτοποιήθηκαν δεδομένου ότι ενισχύθηκαν σε λιγότερο από το 40% των όγκων. Αντί να χρησιμοποιούν ένα χαμηλότερο cut-off που θα ενείχε τον κίνδυνο συμπεριλαμβανομένων πολλών περιοχών αλλοιωθεί οφείλονται σε γενικευμένη αστάθεια του γονιδιώματος (π.χ. -67% του γονιδιώματος θα μπορούσε να θεωρηθεί ως υποψήφιος περιοχές αν ένα cut-off της & gt? 10% χρησιμοποιήθηκε), έχουμε αντί να φιλτράρεται για τα γονίδια που παρουσιάζουν υψηλό εύρος κέρδος ΣΟ. Εδώ, εξετάσαμε όλα τα τμήματα που είχαν αριθμός αντιγράφων μεγαλύτερο από ή ίσο με 5 και ήταν παρούσα σε τουλάχιστον 5 δείγματα, τα οποία προσδιορίζονται 21 περιφέρειες επί 27,2 Mb (Πίνακας 5). Οι περιοχές αυτές αντιστοιχούσαν σε 181 probesets γονιδιακής έκφρασης σε συστοιχίες Affymetrix Gene 1.0ST μας, εκ των οποίων 39 (22%) είχε μια ισχυρή θετική συσχέτιση μεταξύ της ΣΟ και της έκφρασης του γονιδίου (r & gt? 0,6). Αυτά probesets αντιστοιχούσαν σε 32 γνωστές πρωτεΐνες που κωδικοποιούν γονίδια, συμπεριλαμβανομένων και γνωστών γονιδίων του οδηγού του καρκίνου, όπως

ΕΚΒΒ2

(Πίνακας S6).

Η

Προτεραιότητα γονίδια του οδηγού υποψηφίου

Για να δοθεί προτεραιότητα τα πιο ελπιδοφόρα υποψήφιοι από τις προηγούμενες αναλύσεις, φτιάξαμε μια λίστα γονιδίων με τα ακόλουθα κριτήρια. Πρώτον, επιλέγονται εκείνα τα γνωστά γονίδια με υψηλή συχνότητα κέρδους (& gt? 40%), τα οποία εκφράζονται διαφορικά (n = 629). Από τον κατάλογο αυτό επιλέξαμε τα γονίδια πιο έντονα πάνω εκφράζεται από το επίπεδο της αλλαγής του ημερολογίου φορές (& gt? 0,7) μεταξύ των δειγμάτων με την αύξηση της ΣΟ και τα δείγματα που ήταν ουδέτερη στον τόπο (n = 59). Ως ένα διαφορετικό μέτρο του πόσο γονιδιακή έκφραση επηρεάστηκε από τον αριθμό αντιγράφων, επιλέξαμε επίσης γονίδια που έδειξαν ισχυρή συσχέτιση (& gt? 0.7) του αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης (n = 58). Η ένωση αυτών των κριτηρίων που παράγεται μια λίστα των 110 γονιδίων. Από τον κατάλογο αυτό, εντοπίσαμε γονιδίων σε κάθε χρωμόσωμα που ήταν η πλήττονται πιο συχνά από την αλλαγή του αριθμού αντιγράφων? για CHR8, αυτό περιλαμβάνεται γονίδια με συχνότητα ≥60%, για CHR3, ≥50% και για chr20 ≥42%. Αυτός ο κατάλογος περιελάμβανε 37 γονίδια (Πίνακας 6).

Η

Δεύτερον, πρέπει επίσης να θέλησε να περιλαμβάνουν γονίδια τα οποία ήταν ιδιαίτερα ενισχυμένο. Από τη λίστα με τα εξαιρετικά ενισχυμένα γονίδια σε τουλάχιστον 5 δείγματα επιλέξαμε εκείνους που είχαν μια ισχυρή θετική συσχέτιση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης (r & gt? 0.6, n = 32). Μερικά από τα γονίδια που είχαν υψηλά ενισχύθηκαν επίσης εκφράζονται διαφορικά με βάση την ανάλυση της έκφρασης του συχνά έχει αποκτηθεί περιοχών, έτσι ώστε να περιλαμβάνονται επίσης γονίδια με μια αλλαγή log φορές μεγαλύτερη από 0,6 (n = 17). Λαμβάνοντας γονίδια που ικανοποιεί το ένα ή το άλλο από αυτά τα κριτήρια, προσθέσαμε 41 γονίδια σε υψηλά λίστα προτεραιοτήτων μας (Πίνακας 6).

Όταν συνδυάζονται αυτά τα δύο λίστες γονίδιο, το πρώτο με βάση την «υψηλή συχνότητα» και το δεύτερο σε «υψηλής έντασης», αλλά και με αυξημένη έκφραση, ο τελικός αριθμός των μοναδικών γονιδίων ήταν 70 (Πίνακας 6).

Συζήτηση

ανάλυση της έκφρασης γονιδίων έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως για τον εντοπισμό βασικών οδών και κλινικά σημαντικό υποομάδες στον καρκίνο των ωοθηκών, αλλά ταυτοποίηση συγκεκριμένων γονιδίων οδηγού με τη χρήση αυτής της μεθοδολογίας και μόνο έχει παρεμποδιστεί από το γεγονός ότι η έκφραση είναι μάλλον πλαστικό και έχει υπάρξει μικρή συναίνεση στα γονίδια που εντοπίζονται μεταξύ τέτοιων μελετών [1], [8]. Ένας λόγος για αυτή την έλλειψη συνέπειας είναι ότι οι περισσότερες μελέτες έχουν αναλύσει RNA από δείγματα ολικού όγκου χωρίς έλεγχο του επιθηλίου ποσοστό καρκίνου και /ή έχουν χρησιμοποιήσει διάφορους ιστούς ελέγχου, όπως ολόκληρο ωοθήκη έδαφος [9]. Σε αντίθεση με την έκφραση του γονιδίου, γονιδιωματική αλλαγές μπορεί να είναι μια πιο σταθερή και αξιόπιστη πρόβλεψη της θέσης των γονιδίων του οδηγού. Ο καρκίνος των ωοθηκών έχει από καιρό υπάρχουν υπόνοιες ότι είναι κυτταρογενετικά συγκρότημα [10] και τις πρόσφατες εξελίξεις στην τεχνολογία γονιδιωματικής επιβεβαίωσε τις βαθιές γονιδιωματικής εκτροπές που χαρακτηρίζουν τους καρκίνους των ωοθηκών οι περισσότεροι [4], [11], [12], [13]. Παρά αυτή την πολυπλοκότητα, που δημοσιεύθηκε προφίλ αριθμό αντιγράφων των καρκίνων των ωοθηκών είναι εξαιρετικά συγκρίσιμες σε παγκόσμιο επίπεδο [3] και πολλές μελέτες έχουν εντοπίσει πολύ παρόμοιες περιοχές του αριθμού συχνές αντίγραφο αλλοίωση. Ωστόσο, η πρόοδος στον εντοπισμό βασικά γονίδια του οδηγού υπήρξε αργή, με διαφορετικές μελέτες συχνά τον προσδιορισμό των διαφόρων υποψηφίων στην ίδια γενετική περιοχή. Για παράδειγμα, ο οδηγός αμπλικόνιο χρωμοσώματος 20 έχει ποικιλοτρόπως προταθεί να είναι

ADRM1

[14],

EYA2

[15],

AURKA

και

ZNF217

[16], μεταξύ πολλών άλλων. Πρώιμες μελέτες ενσωμάτωση δεδομένα έκφρασης και τον αριθμό αντιγράφων έχουν είτε μεταχειρισμένα καρκινικές κυτταρικές γραμμές για την αναγνώριση επί εκφρασμένων γονιδίων [17], [18] και /ή τις πλατφόρμες μικροσυστοιχιών με περιορισμένη ανάλυση και γονιδιώματος κάλυψη [19], [20]. Μέχρι σήμερα λίγες μελέτες έχουν αξιοποιηθεί μια πραγματικά γονιδιώματος σε επίπεδο ολοκληρωμένου αριθμού αντιγράφων και ανάλυση της έκφρασης σε αντίστοιχα δείγματα για την αμερόληπτη ταυτοποίηση των υποψήφιων γονιδίων [21], [22], [23] και υπάρχει μόνο μία προηγούμενη μελέτη από μια μικρότερη ομάδα των όγκων των ωοθηκών [12]. Σε αυτή τη μελέτη έχουμε ως εκ τούτου, προσπάθησαν να παρακάμψουν ορισμένα από τα θέματα της εξέτασης έκφρασης ή να αντιγράψετε τον αριθμό σε απομόνωση, με την ενσωμάτωση δύο σύνολα δεδομένων που λαμβάνονται από μικροτομή επιθηλιακά κύτταρα του όγκου.

Ως πρώτο πέρασμα των δεδομένων που επικεντρώθηκε στα κέρδη που συμβαίνουν σε ένα πολύ υψηλό ποσοστό των περιπτώσεων που περιλάμβανε τις περιοχές των χρωμοσωμάτων 3, 7, 8 και 20. Αναγνώριση των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων μειωμένη λίστα των γονιδίων υποψήφιος καρκίνου σε αυτές τις περιοχές κατά περίπου το ήμισυ (εύρος 6-89% για τις περιοχές με τουλάχιστον 5 probesets). Έχουμε επικυρωθεί αρκετές των γονιδίων που ταυτοποιούνται σε Haverty

κ.ά.

., Για παράδειγμα, σε 3q26.2 επιβεβαιώσαμε αυξημένη έκφραση σε 7/8 των γονιδίων τους. Ωστόσο, έχουμε επίσης εντόπισε ορισμένα επιπλέον ενισχύεται και υπερεκφράζεται γονίδια (Πίνακες 2, 3, 4), πιθανότατα λόγω διαφορών στην μέθοδο μας και μεγαλύτερο μέγεθος δείγματος. Η αναλογία των διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων στη μελέτη μας είναι συνεπής με προηγούμενες μελέτες από άλλους τύπους καρκίνου του [24] υποστηρίζοντας την ιδέα ότι ο αριθμός αντιτύπων μπορεί να έχει μια ισχυρή επιρροή στην έκφραση του γονιδίου. Κατά συνέπεια, για πολλές περιοχές δεν ήμασταν σε θέση να προσδιορίσει ένα συγκεκριμένο γονίδιο του οδηγού. Είναι πιθανό ότι μπορεί πραγματικά να υπάρχουν πολλά γονίδια οδηγού μέσα σε κάθε αμπλικόνιο και παρόλο που το καθένα μπορεί να συμβάλλει μεμονωμένα λίγο έως την εξέλιξη του καρκίνου, να συντονίζει πάνω έκφραση αυτών των γονιδίων σε ενισχυμένες περιοχές μπορεί να έχουν προσθετική ή συνεργική δράση ογκογόνο. Εναλλακτικά, πολλά από τα διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων μπορεί να είναι οι επιβάτες των οποίων η υπερέκφραση προσδίδει κανένα επιλεκτικό πλεονέκτημα ή μειονέκτημα στον όγκο. Διάκριση μεταξύ επιβατών και οδηγών μέσα σε μια γονιδιακή περιοχή μπορεί συνεπώς να επιτευχθεί μόνο μέσω λειτουργικών αναλύσεων και συνδυαστικές προσεγγίσεις εξέταση πολλών γονιδίων σε συνεννόηση μεγάλης κλίμακας.

Παρά το σχετικά μεγάλο αριθμό ενισχύεται και διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων που εντοπίζονται στην παρούσα μελέτη , εξακολουθούμε να υποθέτουν ότι αυτά τα γονίδια που δείχνει την ισχυρότερη πάνω έκφρασης, καθώς επίσης και τα γονίδια αυτά με το μεγαλύτερο αριθμό κέρδη αντίγραφο πλάτους, μπορεί να είναι πιο πιθανό να είναι οι οδηγοί της ογκογένεσης από ασθενώς πάνω εκφρασμένων γονιδίων. Ως εκ τούτου, έχουμε ως προτεραιότητα λίστα γονιδίων μας χρησιμοποιώντας αυστηρά κριτήρια έκφρασης. Για παράδειγμα, ένα από τα γονίδια στοχεύουν συχνότερα από τον αριθμό αντιγράφων που είναι έντονα πάνω εκφράζεται είναι

PUF60

(

πολυ-U δεσμευτικό παράγοντα ματίσματος 60 kDa

). Αυτό το γονίδιο κωδικοποιεί για ένα παράγοντα μάτισμα προ-mRNA πιστεύεται ότι εμπλέκονται στην αναγνώριση των 3 τόπων ‘ματίσματος [25]. Μπορεί επίσης να αναστείλει την μεταγραφή από την αλληλεπίδραση με την ελικάση TFIIH, το βασικό παράγοντα μεταλλαγμένο στον καρκίνο επιρρεπείς σύνδρομο Pigmentosum ξηροδερμίας, και αυτή η αλληλεπίδραση εμπλέκεται στη σωστή ρύθμιση του

MYC

μεταγραφής [26], [27] .

Myoneurin ή

MYNN

είναι ένα γονίδιο που βρίσκεται σε μια περιοχή της συχνής (60%) αντίγραφο κέρδος αριθμό στο 3q26.2. Είναι εκφράζονται διαφορικά (προσαρμοσμένη p = 1.51E-05) μεταξύ ενισχυμένων και μη ενισχυμένο ομάδες, και δείχνει την ισχυρότερη συσχέτιση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης (r = 0.74, Εικόνα 3) μεταξύ όλων των γονιδίων σε αυτή την περιοχή. Αυτό το γονίδιο αναγνωρίστηκε ως μέλος των Γενικών συγκρότημα, Tramtrack, Bric ένα «κατάστημα ειδών (ΤΔΕ) ή ιός της ευλογιάς και το δάχτυλο του ψευδαργύρου (POZ) -ZF δηλαδή ΤΔΕ /POZ-ZF οικογένεια των μεταγραφικών παραγόντων [28]. Ανακαλύφθηκε για πρώτη φορά σε

Drosophila

, αυτή η οικογένεια αποτελείται από περίπου 60 ανθρώπινες πρωτεΐνες συμπεριλαμβανομένων αρκετών σχετίζονται με τον καρκίνο πρωτεΐνες όπως ο παράγοντας που σχετίζονται λευχαιμία (LRF /ZBTB7) και Β-κυττάρου λέμφωμα 6 (BCL6). Ενώ ο ρόλος του MYNN στον καρκίνο δεν έχει ακόμη χαρακτηριστεί, άλλα μέλη της οικογένειας αυτής είναι παρομοίως υπερεκφράζονται σε όγκους [29].

A. Συχνότητα κέρδος αριθμού αντιγράφων του χρωμοσώματος 3 από ρ-ter στα αριστερά προς Q-ter στη δεξιά όπως υποδεικνύεται από το ιδεόγραμμα. Β Γονίδια για CHR3: 169,209 – 172,478 Mbp, μια περιοχή που αποκτήθηκε κατά 60% (41/68) όλων των δειγμάτων, συμπεριλαμβανομένων των γονιδίων που προηγουμένως σχετίζονται με τον καρκίνο των ωοθηκών (

PRKCI, MECOM

ή

MDS1 /EVI1

) και ενδεχομένως νέα ογκογονίδια (

MYNN

). Γ Ένα οικόπεδο ηφαίστειο παρουσιάζει τα αποτελέσματα της έκφρασης αναλύσεων μεταξύ ενισχύονται και μη ενισχυμένη δείγματα σε αυτή την περιοχή. Τα γονίδια στην επάνω δεξιά γωνία υπερεκφράζεται σημαντικά στα δείγματα με την αύξηση του αριθμού αντιγράφων (p & lt? 0,05? πάνω από την κόκκινη γραμμή στο -logP 4.32) σε σύγκριση με δείγματα χωρίς αλλαγή του αριθμού αντιγράφων (επιλέγονται γονίδια επισημαίνονται). Για τον πλήρη κατάλογο των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων βλέπε Πίνακα S5. Δ Plot συγκρίνοντας τον αριθμό αντιγράφων και την έκφραση σε όλα τα δείγματα για το γονίδιο

MYNN

που έδειξαν την υψηλότερη συσχέτιση (r = 0.74, δοκιμή κατά Pearson) μεταξύ του αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης για την περιοχή αυτή επί 3q26.2.

Εκτός από τον εντοπισμό υψηλών συχνοτήτων, διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια, συμπεριλαμβανομένων των γνωστών γονιδίων του καρκίνου, όπως

PIK3CA

και

AURKA

, χρησιμοποιήσαμε επίσης περιοχές υψηλής έντασης για να εντοπίσετε επιπλέον γνωστά ( π.χ.

ΕΚΒΒ2

και

CCNE1

) και το δυναμικό ογκογονίδια. Για παράδειγμα, στο χρωμόσωμα 20, το υψηλής έντασης προσέγγιση εντοπιστεί μια μικρή ελάχιστη περιοχή που δεν ήταν προφανής από το χαμηλής έντασης ανάλυση. Αυτό το διάστημα 421 kb σε 20q11.21 περιλαμβάνει 10 γονίδια, τα οποία

TPX2

έδειξε την ισχυρότερη συσχέτιση με τον αριθμό αντιγράφων (r = 0,53). Το γονίδιο αυτό εκφράζονται διαφορικά μεταξύ των δειγμάτων με οποιαδήποτε

TPX2

κέρδος και εκείνων με φυσιολογική

TPX2

αριθμού αντιγράφων, και είχε την ισχυρότερη αλλαγή φορές κάθε γονιδίου στο χρωμόσωμα αλλαγή 20 (log2 φορές 1,03 ). Η πρωτεΐνη που κωδικοποιείται από αυτό το γονίδιο λειτουργεί ως ενεργοποιητής του Aurora-Α με ένα ρόλο στην άτρακτο συναρμολόγησης [30]. Είναι ενδιαφέρον για τον καρκίνο των ωοθηκών, έχει δειχθεί ότι αλληλεπιδρά με το σύμπλοκο BRCA1 /BARD1 (15). Πρόσφατα, έχει αναγνωριστεί ως πιθανός ογκογονίδιο στον καρκίνο του παγκρέατος [31].

Εν κατακλείδι, η μελέτη μας δείχνει ότι ο συνδυασμός της υψηλής συχνότητας και αναλύσεις υψηλής έντασης και με στόχο την πιο έντονα πάνω εκφραζόμενα γονίδια μείωσε τον κατάλογο υποψήφιων ουσιών σε μόλις 70 γονίδια από τις πολλές χιλιάδες στόχαστρο αντίγραφο αλλαγή αριθμού μόνη της. Έχουμε εντοπίσει πολλά υποσχόμενη υποψήφια γονίδια που δεν έχουν προηγουμένως αναφερθεί στον καρκίνο των ωοθηκών, ιδιαίτερα γονίδια όπως

MYNN

,

TPX2

και

PUF60

. Θα πρέπει να σημειωθεί, ωστόσο, ότι η μέθοδος μας της ανάλυσης είναι ένα από τα πολλά που μπορούν να χρησιμοποιηθούν στην ταυτοποίηση νέων γονιδίων του καρκίνου, και είναι απίθανο να έχουν προσδιορίσει όλες τις πιθανές υποψήφιες. Το παράδειγμα του

MYC

, δεν εκφράζεται ισχυρά στα δεδομένα μας, αλλά προηγουμένως δειχθεί ότι έχει ένα λειτουργικό αποτέλεσμα σε κυτταρικές γραμμές καρκίνου ωοθηκών [32], δείχνει σαφώς ότι η προσέγγισή μας θα πρέπει να θεωρείται συμπληρωματική προς τους άλλους, όπως οι λειτουργικές οθόνες και βαθιά αλληλουχίας των πρωτογενών δειγμάτων καρκίνου. Παρ ‘όλα αυτά τα δεδομένα μας παρέχει μια σημαντική πλατφόρμα από την οποία να ακολουθήσει ορθολογικά την επικύρωση αυτών των δυνητικών κυρίαρχη οδηγοί των ωοθηκών καρκινογένεση. Επιπλέον, ο κατάλογος αυτός μπορεί να περιλαμβάνει γονίδια που ισχύουν υποψήφιοι για διαγνωστικούς ή θεραπευτικούς σκοπούς.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Όλα τα δείγματα συλλέχθηκαν με τη γραπτή ενημέρωσε το δότη συγκατάθεση. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από την Cancer Centre Επιτροπή Peter MacCallum Ανθρωπίνων Έρευνας Ηθικής (αριθμός πρωτοκόλλου 01/38).

Η συλλογή των δειγμάτων

όγκου βιοψίες ελήφθησαν από 72 ασθενείς οι οποίοι υποβάλλονται σε χειρουργική επέμβαση για την πρωτογενή ωοθηκική καρκίνους (α) σε νοσοκομεία της Wessex περιοχή της Νοτιοανατολικής Αγγλίας, το Ηνωμένο Βασίλειο και (β) σε νοσοκομεία της Βικτώρια, Αυστραλία (πρόσβαση μέσω του ιστού Peter MacCallum Κέντρο Καρκίνου Bank). Το αίμα συλλέχθηκε από τους ίδιους ασθενείς για το ταίριασμα λεμφοκύτταρα. Fallopian δείγματα σωλήνα συλλέχθηκαν μέσω της τράπεζας ιστών από το

BRCA1

ή

BRCA2

φορείς μετάλλαξης που υποβάλλονται σε προφυλακτική αμφοτερόπλευρη σαλπιγγοωοθηκεκτομή σε νοσοκομεία γύρω από τη Μελβούρνη. Η αυτοτέλειας και η χρήση των δειγμάτων των ασθενών που σχετίζονται με αυτό το έργο εγκρίθηκαν από τις αρμόδιες επιτροπές των θεσμικών δεοντολογίας. Κλινικά και ιστοπαθολογικά πληροφορίες για τα δείγματα παρέχονται στον Πίνακα 1 και τον Πίνακα S1.

DNA και RNA εκχύλιση

Καταψυγμένα ιστός εμπεδώθηκε σε Βέλτιστη Ενωση θερμοκρασία κοπής (OCT, Sakura Finetek, Torrance , CA) και κόβεται σε 10 μm τομές. Του όγκου του DNA και του όγκου και σάλπιγγα RNA εξήχθησαν από ταυτόσημες περιοχές μετά βελόνα μικρο-ανατομή & gt? Επιθηλιακά κύτταρα του 80% του όγκου. Τμήματα για RNA σημάνθηκαν σύμφωνα με ιώδες κρεσυλίου και το RNA εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας Ambion mirVana πρωτόκολλο εκχύλισης ολικού RNA (Applied Biosystems /Ambion, Austin, ΤΧ). Τομές ιστού που χρησιμοποιείται για την εκχύλιση του DNA χρωματίστηκαν με αιματοξυλίνη και ηωσίνη και DNA εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας το Qiagen Blood Kit και ιστών (Qiagen, Valencia, CA, USA). DNA από ταιριάζουν φυσιολογικά λεμφοκύτταρα για τα δείγματα από την Peter MacCallum Cancer Centre Tissue Bank εκχυλίστηκαν χρησιμοποιώντας το ίδιο κιτ. DNA από ταιριάζουν φυσιολογικά λεμφοκύτταρα για τα δείγματα από Southampton εκχυλίστηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [33].

παραγωγή δεδομένων Microarray και ελέγχου της ποιότητας

500 ng DNA από κάθε δείγμα όγκου αναλύθηκε χρησιμοποιώντας το Affymetrix Genome ανώτερου ανοικτού Array Ανθρώπινα SNP 6.0 (SNP6.0) ακολουθώντας τις οδηγίες του κατασκευαστή (Affymetrix, Santa Clara, CA). Όπου αυτά είναι διαθέσιμα (57 περιπτώσεις) DNA από ταιριάζουν λεμφοκύτταρα περιφερικού αίματος αναλύθηκε στην ίδια πλατφόρμα και στην ίδια παρτίδα. Για την έκφραση mRNA, 300 ng του συνολικού RNA από τα ίδια δείγματα όγκου αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το Array Affymetrix Human Gene1.0 ST. Ανάλυση της απόδοσης συστοιχίας για συστοιχίες SNP6.0 έγινε χρησιμοποιώντας τιμές κλήσεων του γονότυπου (& gt? Απαιτείται το 90% ποσοστό κλήσεων) και οπτική επιθεώρηση του αριθμού αντιγράφων ίχνη για να αφαιρέσετε θορυβώδη δείγματα. 72 δείγματα πέρασαν μέτρα ελέγχου της ποιότητας και χρησιμοποιήθηκαν στην ανάλυση αριθμού αντιγράφων. Για συστοιχίες έκφραση, τα προφίλ των ελέγχων υβριδισμού, ακίδα-σε ελέγχους και θετικό έναντι αρνητικού περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) εκτιμήθηκαν χρησιμοποιώντας Affymetrix Έκφραση Console. Επιπλέον, η ποιότητα των συστοιχιών αξιολογήθηκε με βάση σχετική Log-Πιθανότητα (RLE) και ομαλοποιημένη Χωρίς κλιμάκωση Τυπικά Σφάλματα (nΧρησιμοποιήστε το) κριτήρια που παράγεται με τη χρήση του πακέτου «affyPLM» στο λογισμικό ανοιχτού κώδικα R. συστοιχίες έκφρασης που είχαν επισημανθεί ως αμφίβολη από 2 από τα 3 μέτρα (AUC, RLE, nΧρησιμοποιήστε το) αποκλείστηκαν από τις αναλύσεις έκφρασης. 68 δείγματα όγκων (57 με φυσιολογική DNA) πέρασε τόσο για την έκφραση και την αντιγραφή αριθμό και διατηρήθηκαν σε αναλύσεις η ολοκληρωμένη έκφραση. Το τελικό δείγμα που στην ολοκληρωμένη ανάλυση περιλάμβανε τις τέσσερις πιο συνηθισμένα ιστολογική υποτύπους του καρκίνου των ωοθηκών – ορώδης (n = 37), ενδομητριοειδές (n = 14), βλεννώδες (n = 7) και σαφή κυττάρου (n = 9). Ένα δείγμα της μελέτης ήταν άγνωστης histotype (Πίνακας 1). Και τα δύο δεδομένα γονιδιακής έκφρασης και του αριθμού αντιγράφων είναι MIAME συμβατό και έχουν υποβληθεί στο Εθνικό Κέντρο (NCBI) Gene Expression Πληροφορίες Βιοτεχνολογίας του Omnibus (GEO) ιστοσελίδα, αριθμός σειράς GSE19539.

Αντιγραφή αριθμού ανάλυση

Αντιγραφή γενιά και αναλύσεις αριθμό πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση Partek

® Γονιδιωματική Suite ™ έκδοση 6.03 (Partek Inc., St. Louis, Missouri) και Bioconductor πακέτα στο πλαίσιο κώδικα λογισμικό R-ανοικτές [34], [35]. SNP αρχεία 6.0 CEL εισήχθησαν Partek χρησιμοποιώντας τις προεπιλεγμένες ρυθμίσεις για τη διόρθωση υποβάθρου και υποβολή περίληψης. Ανθρώπινου Γονιδιώματος Build 36.1 (hg18, Μάρτιος 2006) χρησιμοποιήθηκε για τις θέσεις των ζευγών βάσεων. αναλογίες αριθμό Probeset αντίγραφο υπολογίστηκαν με τη σύγκριση κάθε όγκου που ταιριάζουν με την κανονική του όταν θα είναι διαθέσιμα (n = 57). Για δείγματα που δεν έχουν χρησιμοποιήθηκε ταιριάζουν κανονικά δεδομένα (n = 15), ένα συγκεντρωμένο φυσιολογικό γραμμής βάσης από όλα τα άλλα κανονικά δείγματα. Εγκύκλιος δυαδικό τμηματοποίησης [36] πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το πακέτο R-based «DNAcopy» για το τμήμα των δεδομένων σε διακριτές περιοχές της αλλαγής χρησιμοποιώντας τις προεπιλεγμένες ρυθμίσεις πακέτο. Η ανάλυση αυτή παρήγαγε έναν κατάλογο των περιφερειών ανά δείγμα που στη συνέχεια διηθείται για τις περιφέρειες εκείνες που παρουσίασαν αύξηση (αντίγραφο αναλογία αριθμού & gt? 2,5) ή απώλειας (αντίγραφο αναλογία αριθμό & lt? 1.5) σε όλη ≥40% (n≥29) όλων των δειγμάτων. Οι περιοχές αυτές κατέρρευσε σε cytobands για ευκολότερο χειρισμό των δεδομένων (Σχήμα S2 για περισσότερες λεπτομέρειες). Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι, δεδομένου ότι οι περιοχές αυτές έχουν υποστεί φιλτράρισμα βήματα που ορίζονται παραπάνω, δεν περιλαμβάνουν το σύνολο cytoband με την οποία εκπροσωπούνται και ως εκ τούτου η υψηλή ανάλυση των δεδομένων δεν είναι σε κίνδυνο.

Για τον εντοπισμό πιθανών βλαστική πολυμορφισμοί αριθμού αντιγράφων (CNP), που θα μπορούσαν να επηρεάσουν την ακριβή ταυτοποίηση των σωματικών αλλαγών, την αντιγραφή δεδομένων αριθμό για 57 φυσιολογικά δείγματα δημιουργήθηκε σε σχέση με μια συγκεντρωτική γραμμή βάσης όλων των κανονικών δειγμάτων. Περιοχές που δείχνουν κέρδος ή ζημία σε & gt? 5% του συνόλου των δειγμάτων, όπως ονομάζεται CNPs (Πίνακας S3). Περιοχές ενδιαφέροντος από τα δεδομένα του όγκου σαρώθηκαν για αυτές τις CNPs και αγώνες είχαν αφαιρεθεί από μεταγενέστερους αναλύσεις (Εικόνα S2-Β). CNP-αφαιρεθεί, cytoband-κατέρρευσε περιφέρειες ερωτηθούν κατά ολόκληρου του αριθμού αντιγράφων του συνόλου δεδομένων για να δημιουργήσει ακριβή, περιοχή-σοφός τιμές του αριθμού αντιγράφων.

Αντιγραφή αριθμού εκχυλίζεται με βάση το γονίδιο-προς-γονίδιο για την εκτέλεση Pearson ανάλυση συσχέτισης με την έκφραση. Δεδομένου ότι ορισμένα γονίδια ήταν τόσο μικρό που δεν υπήρχε αριθμός αντιγράφων probesets χαρτογράφηση σε αυτούς, ένα επιπλέον 10 kb προστέθηκε σε όλα τα έναρξη γονίδιο και να σταματήσει τις θέσεις πριν από την εξαγωγή αριθμού αντιγράφων τους.

Έκφραση μικροσυστοιχιών ανάλυση

για κάθε υποψήφια περιοχή, τα δείγματα χωρίστηκαν σε δύο ομάδες, Ζ – που αποτελείται από όλα τα δείγματα που έδειξαν κέρδος (& gt? 3 αντίγραφα) στην πλατφόρμα SNP6.0? και Ν – που αποτελείται από όλα τα δείγματα που έδειξε φυσιολογικό αριθμό αντιγράφων (1,5-2,5 αντίγραφα). Μια δοκιμή για διαφορική έκφραση διεξήχθη μεταξύ αυτών των δύο ομάδων με τη χρήση του πακέτου «limma» διαθέσιμα στην πλατφόρμα λογισμικού πηγής R-ανοικτές [34]. Η ιστολογική υποτύπου συμπεριλήφθηκε ως παράγοντας στην ανάλυση. Γονίδια θεωρήθηκαν ότι είναι σημαντικά διαφορικά εκφραζόμενο με μια τιμή ρ & lt? 0,05 μετά από πολλαπλές διόρθωση δοκιμής [37]. ανάλυση συσχέτισης ενός Pearson μεταξύ αριθμό αντιγράφων και η έκφραση πραγματοποιήθηκε επίσης. Ξεχωριστές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν σε μια βάση γονίδιο-προς-γονίδιο για όλα τα γονίδια εντός (α) πιο συχνά ενισχυμένες περιοχές (CN≥3? Freq≥40%) και (β) πιο ιδιαίτερα ενισχυμένες περιοχές (CN≥5? Freq≥7% ).

Υποστήριξη Πληροφορίες

πίνακα S1.

Δείγμα λεπτομέρειες. Κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά και πληροφορίες προσδιορισμού για κάθε δείγμα. 57 από 72 όγκους είχαν ταιριάζουν λεμφοκυτταρική DNA διαθέσιμη για ανάλυση μικροσυστοιχιών αριθμό αντιγράφων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0009983.s001

(0.06 MB PDF)

Πίνακας S2.

Ποσοστό γονιδιώματος-ευρεία κέρδος και την απώλεια από το δείγμα. Σε όλα αυτά τα δείγματα, η παρεκκλίνουσα γονιδίωμα ανέρχεται σε 95,4% κατά μέσο όρο. Η λείπουν 4,6% μπορεί να αποδοθεί σε περιοχές στο χρωμόσωμα Υ, μιτοχονδριακού DNA και επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες γύρω κεντρομερική περιοχές που είτε αφαιρούνται από την ανάλυση κατάτμησης ή που δεν καλύπτονται από τη διάταξη Affymetrix SNP6.0

doi:. 10.1371 /journal.pone .0009983.s002

(0.06 MB PDF)

πίνακα S3.

βλαστικής σειράς αριθμού αντιγράφων πολυμορφισμοί στις Χρ 3, 7, 8, 20. Το περιοχές /τμήματα του κέρδους αριθμού αντιγραφής που περιείχαν ένα ή περισσότερα από αυτά τα CNPs είχαν αφαιρεθεί ή αλλοιωθεί όπως εμφανίζεται στο Σχήμα S1-Β. Ο τύπος της CNP εμφανίζεται επίσης στη δεξιά στήλη

doi:. 10.1371 /journal.pone.0009983.s003

(0,05 MB PDF)

Πίνακας S4.

Περιφέρειες του κέρδους που υπάρχουν στο & gt? 40% των δειγμάτων. Αυτός ο πίνακας περιέχει γενετικές πληροφορίες για τις 90 περιοχές που περιλαμβάνονται στην έκφραση αναλύσεις, δηλαδή, όλες οι περιφέρειες που αντιστοιχίζονται με 1 ή περισσότερα probesets για τα Ανθρώπινα μικροσυστοιχίες GeneST1.0. Σε αυτή την πλατφόρμα μικροσυστοιχιών, οι περισσότεροι probesets χάρτη μοναδικά με ένα γονίδιο που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη. Τα αναγνωριστικά περιοχή αντιστοιχούν στους πίνακες 2, 3, 4 και S5

doi:. 10.1371 /journal.pone.0009983.s004

(0,13 MB PDF)

Πίνακας S5.

Όλα τα διαφορικά εκφρασμένων probesets σε συχνές περιοχές του κέρδους.