Αφηρημένο

τάσης-διαύλων ασβεστίου (VGCCs) είναι καλά τεκμηριωμένες για να παίξει ρόλο στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, τη μετανάστευση και απόπτωση? Ωστόσο, αν VGCCs ρυθμίζουν την έναρξη και την πρόοδο του καρκίνου είναι ακόμη υπό έρευνα. Η οικογένεια VGCC αποτελείται από πέντε μέλη, τα οποία είναι L-τύπου, τύπου Ν, Τ-τύπου, τύπου R και τύπου P /Q. Μέχρι σήμερα, κανένα ολιστική προσέγγιση έχει χρησιμοποιηθεί για την διαλογή οικογένεια γονιδίων VGCC σε διαφορετικούς τύπους καρκίνου. Αναλύσαμε την έκφραση μεταγραφή VGCCs σε κλινικά δείγματα καρκινικού ιστού από την πρόσβαση ONCOMINE (www.oncomine.org), μια web-based βάση δεδομένων μικροσυστοιχιών, για να εκτελέσει μια συστηματική ανάλυση. Κάθε μέλος των VGCCs εξετάσθηκε σε 21 διαφορετικούς τύπους καρκίνου, συγκρίνοντας την έκφραση mRNA σε καρκίνο με εκείνη στο φυσιολογικό ιστό. Μια προηγούμενη μελέτη έδειξε ότι αλλαγμένη έκφραση mRNA σε καρκινικό ιστό μπορεί να παίζει ένα ρόλο ογκογόνο και την προώθηση της ανάπτυξης του όγκου? Ως εκ τούτου, τα ευρήματα της μελέτης, θα επικεντρωθεί μόνο στην υπερέκφραση της VGCCs σε διάφορους τύπους καρκίνου. Αυτή η ανάλυση αποκάλυψε ότι η βιοπληροφορική είναι διαφορετικοί υπότυποι του VGCCs (CACNA1C, CACNA1D, CACNA1B, CACNA1G, και CACNA1I) εμπλέκονται στην ανάπτυξη και την εξέλιξη των διαφόρων τύπων καρκίνου και δείχνουν δραματική ρύθμιση προς τα πάνω στον καρκίνο του μαστού. CACNA1F έδειξε μόνο υψηλή έκφραση στον καρκίνο των όρχεων, ενώ CACNA1A, CACNA1C, και CACNA1D ήταν ιδιαίτερα εκφράζονται στους περισσότερους τύπους καρκίνου. Η τρέχουσα ανάλυση αποκάλυψε ότι οι ειδικές VGCCs πιθανόν παίζουν βασικούς ρόλους σε συγκεκριμένους τύπους καρκίνου. Συλλογικά, εντοπίσαμε αρκετές στόχους VGCC και να ταξινομηθεί σύμφωνα με διάφορους υποτύπους του καρκίνου για τους υποψήφιους μελέτες σχετικά με τις υποκείμενες καρκινογόνες μηχανισμούς. Τα ευρήματα της μελέτης δείχνουν ότι VGCCs είναι πιθανοί στόχοι για τους υποψήφιους έρευνα στη θεραπεία του καρκίνου

Παράθεση:. Wang CY, Lai MD, Phan ΝΝ, η Sun Ζ, Lin YC (2015) Μετα-ανάλυση των δημόσιων μικροσυστοιχιών Σύνολα Δεδομένων Αποκαλύπτει Τάσης -εισαχθέντα υπογραφές Gene ασβέστιο στην Κλινική ασθενείς με καρκίνο. PLoS ONE 10 (7): e0125766. doi: 10.1371 /journal.pone.0125766

Επιμέλεια: Jörg Δ Hoheisel, Deutsches Krebsforschungszentrum, Γερμανία

Ελήφθη: πρώτης Αύγ 2014? Αποδεκτές: 26 Μαρ 2015? Δημοσιεύθηκε: 6 Ιουλίου, 2015

Copyright: © 2015 Wang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα μπορεί να προσεγγιστεί μέσω της χρήσης των Oncomine Έρευνας Edition (https://www.oncomine.org/resource/login.html). Όλα τα Oncomine τίτλους σύνολο δεδομένων, καθώς και την αρχική αναφορά του άρθρου βρίσκεται στο S2 Πίνακας των πληροφοριών που υποστηρίζουν

Χρηματοδότηση:. Υπολογιστική ανάλυση και την εξόρυξη δεδομένων διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας το σύστημα που προβλέπεται από το Βιοπληροφορικής Πυρήνα του Εθνικού Πανεπιστημίου Cheng Kung, υποστηρίζεται από το Εθνικό Επιστημονικό Συμβούλιο, την Ταϊβάν. Οι συγγραφείς ευχαριστήσω το Εθνικό Επιστημονικό Συμβούλιο (NSC) του εκτελεστικού Yuan, Ταϊβάν [NSC 101 έως 2320-B-034 -001] για τη χορήγηση. Οι συγγραφείς επίσης να ευχαριστήσω το Υπουργείο Επιστήμης και Τεχνολογίας για τις επιχορηγήσεις MOST103-2325-B006-012 και 104 – 2.917-Ι-006-002. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. ONCOMINE είχε συγχωνευθεί με την Thermo Fisher Scientific Inc (Life Technologies). Οι συγγραφείς απλά χρησιμοποιούνται Oncomine Έρευνας Edition για την ανάλυσή τους χωρίς να επωφελούνται από Thermo Fisher Scientific Inc. Oncomine Έρευνας Edition προσφέρει δωρεάν πρόσβαση στις ακαδημαϊκές και μη κερδοσκοπική έρευνα για τον καρκίνο κοινότητες. Σχετικές πληροφορίες μπορείτε να βρείτε στην πρώτη σελίδα της: https://www.oncomine.org/resource/login.html. Thermo Fisher Scientific Inc. δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE κατευθυντήριες γραμμές σχετικά με τα υλικά και την ανταλλαγή δεδομένων.

Εισαγωγή

Τις τελευταίες δεκαετίες, ο καρκίνος έχει γίνει ένα κομβικό αιτία θανάτου παγκοσμίως. Μέχρι πρόσφατα, οι θεραπευτικές μέθοδοι που εφαρμόζονται ως θεραπείες για τον καρκίνο (κυρίως χειρουργική επέμβαση, χημειοθεραπεία, ακτινοθεραπεία) δεν είχε αλλάξει πολύ από 40 χρόνια πριν. Αν και έχουν διαφορετικές ερευνητικές προσεγγίσεις έχουν ληφθεί για την ενίσχυση του ποσοστού επιβίωσης και την ποιότητα ζωής των ασθενών με καρκίνο, πολλή προσπάθεια και πολλές περισσότερες δοκιμές χρειάζονται ακόμη για να επιταχύνουν και να διευκολύνουν τη θεραπεία του καρκίνου.

Οι δίαυλοι ιόντων είναι καλά τεκμηριωμένες ως νέα πιθανή θεραπευτική στόχοι στη θεραπεία του καρκίνου λόγω της ένταξής τους με πολλά χαρακτηριστικά του καρκίνου, όπως τον κυτταρικό πολλαπλασιασμό, την απόπτωση, μεταστατική ικανότητα και τη μετανάστευση [1]. Ασβεστίου (Ca

2+) είναι ο βασικός παράγοντας στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, ενεργοποιώντας ή αναστέλλοντας διάφορα ενδοκυτταρικά ένζυμα σε πολλές διαμερίσματα συμπεριλαμβανομένου του κυτταρόπλασμα, οργανίδια και τον πυρήνα. Ενδοκυττάριο Ca

2+ επίπεδα, μέσω της καλμοδουλίνης, ρυθμίζουν πολλές διαφορετικές κινάσες, φωσφατάσες, κυκλάσες, εστεράσες και τα κανάλια ιόντων. Ένας αριθμός μηχανισμών που περιλαμβάνουν μεμβράνης πλάσματος διαύλους ιόντων και ιοντοανταλλακτών σχετίζεται με το ενδοπλασματικό δίκτυο και αποθηκεύει ασβέστιο πυρηνικού φακέλου τον έλεγχο των επιπέδων του ελεύθερου Ca

2+ στο πρωτόπλασμα [2, 3]. Ο αντίκτυπος των αλλαγών στο Ca

2+ μπορεί να καθοριστεί ειδικά από τη θέση, την έκταση, τη διάρκεια και το χρονοδιάγραμμα των ενδοκυττάριων Ca

2+ ταλαντώσεις. Για παράδειγμα, μικρές παραλλαγές σε Ca

2 + θα μπορούσε να ρυθμίσουν συγκεκριμένες λειτουργίες των κυττάρων, ενώ μια σημαντική μεταβολή του Ca

2 + θα μπορούσε να είναι υπεύθυνη για τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων και την κινητικότητα ή ακόμα και την κυτταρική απόπτωση [4].

Τα κανάλια ασβεστίου μπορούν να ταξινομηθούν σε δύο βασικές κατηγορίες: τασεοελεγχόμενων διαύλων ασβεστίου (VGCCs) και συνδετήρα-διαύλων ασβεστίου. Το τύπου L [5, 6], Ν-Type [7], τύπου Ρ [8-10], τύπου Τ [11-13] και το R-τύπου [14, 15] διαύλους ασβεστίου που συνιστούν την οικογένεια VGCC εμπλέκονται στην ανάπτυξη των διαφόρων τύπων καρκίνου (Πίνακας 1). Επιπλέον, συνδέτη διαύλων ασβεστίου ρυθμίζουν πολλές διαδικασίες που συμβαίνουν κατά την έναρξη του καρκίνου, όπως η ενεργοποίηση του υποδοχέα IP3 [16] και ρυανοδίνης [17].

Η

τεχνολογία μικροσυστοιχιών εισήγαγε μια πειραματική προσέγγιση χωρίς προκατάληψη σε έλεγχο δείγματος και συλλογής δεδομένων, που οδηγεί στη δημιουργία των υποθέσεων [44]. Παρά το γεγονός ότι θα πρέπει να επιβεβαιωθεί με περαιτέρω λεπτομερείς μελέτες τα δεδομένα από τις αναλύσεις αυτές, παρ ‘όλα αυτά βοηθά να προβλέψουμε κατά κάποιο τρόπο την τάση των πληροφοριών. Τα γονίδια συνήθως θεωρείται ότι αντιπροσωπεύει δυνητικό δείκτες καρκίνου όταν παρουσιάζουν απόκλιση υπερέκφραση σε ένα συγκεκριμένο καρκίνο. Η υπάρχουσα βιβλιογραφία περιέχει χιλιάδες μελέτες προφίλ έκφρασης του mRNA των διαφόρων μορφών καρκίνου, καθώς και ένας μεγάλος αριθμός των συνόλων δεδομένων έχουν γίνει διαθέσιμες στο κοινό. Η σωστή και πλήρης αξιοποίηση του τεράστιου αυτού πόρου, ως εκ τούτου, θα επιταχύνει την αναγνώριση των σημαντικών δεικτών καρκίνου, καθώς και να διευκολύνει την ανάπτυξη βελτιωμένων μοριακών υπογραφών. Μια προηγούμενη μελέτη έδειξε ότι αλλοιωμένη γονιδιακή έκφραση σε καρκινικό ιστό μπορεί να παίζει ένα ρόλο ογκογόνο και την προώθηση της ανάπτυξης του όγκου? Ως εκ τούτου, τα ευρήματα της μελέτης, θα επικεντρωθεί μόνο στην υπερέκφραση της VGCCs σε διάφορους τύπους καρκίνου. Υποθέσαμε, με βάση την διαλογή βιοπληροφορική μας, ότι η αύξηση στην έκφραση του mRNA της VGCCs αντανακλά σε κάποιο βαθμό συμμετοχής στην πρόοδο και την ανάπτυξη του καρκίνου. Έχουμε εξερευνήσει το δυναμικό των δεικτών VGCC υπερέκφραση στον καρκίνο χρησιμοποιώντας το web-based βάση δεδομένων ONCOMINE μικροσυστοιχιών [45, 46]. Η τρέχουσα έρευνα επικεντρώθηκε στο νέο κανονισμό των μελών της οικογένειας των διαύλων ασβεστίου σε διαφορετικούς τύπους καρκίνου, με την υπόθεση ότι αυτά τα κλινικά δεδομένα θα παρέχουν σημαντικές συμβουλές που θα επιτρέψουν την περαιτέρω διερεύνηση των ρόλων αυτών των τάσης-διαύλων ασβεστίου στην πρόοδο και την ανάπτυξη του καρκίνου.

Υλικά και Μέθοδοι

Η έκφραση του mRNA VGCC σε κλινικές καρκινικούς ιστούς αναλύθηκε εκτελώντας μια μετα-ανάλυση των δεδομένων του δημόσιου μικροσυστοιχιών σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές PRISMA [47, 48] (S1 τραπέζι και S1 σχήμα). Χρησιμοποιήσαμε το web-based βάση δεδομένων μικροσυστοιχιών ονομάζεται ONCOMINE (www.oncomine.org) για να ληφθεί μια συστηματική ανάλυση όλων των δεδομένων των μικροσυστοιχιών δημόσια καρκίνο. Το έγγραφο ιστοσελίδα «ONCOMINE Πλατφόρμα Επισκόπηση 1ο τρίμηνο του 2014» δείχνει ότι αυτή η βάση δεδομένων περιέχει περισσότερες από 700 ανεξάρτητες ομάδες δεδομένων που αποτελείται από σχεδόν 90.000 πειράματα μικροσυστοιχιών. Οι περισσότεροι έκφρασης μικροσυστοιχιών αναλύσεις ορίζουν το πάνω και κάτω-έκφραση γονιδίων σε σχεδόν κάθε σημαντικού τύπου καρκίνου, καθώς και σε μια σειρά κλινικών και την παθολογία που βασίζονται υποτύπων καρκίνου.

Θέτουμε κριτήρια όριο για τον έλεγχο πιθανών ογκογονίδια με σεβασμό να σύνολα δεδομένων που ρυθμίζουν την έκφραση μεταγραφή VGCC σε καρκινικούς ιστούς [49, 50]. Οι στατιστικές επίπεδα για τα κριτήρια επιλογής που χρησιμοποιούνται σε αυτή τη μελέτη ήταν ως ακολούθως: η αλλαγή αναδίπλωσης πρέπει πάνω από 1,5, το P-τιμή πρέπει να είναι μικρότερη από 0,05, και ο εκατοστημόριο κατάταξη του γονιδίου πρέπει να είναι μικρότερη από 10%. Ρ-τιμές και η στατιστική σημαντικότητα σε διαφορετικούς τύπους καρκίνου για διαφορική έκφραση του VGCCs υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας τις προεπιλεγμένες αλγόριθμους ONCOMINE, η οποία περιελάμβανε δύο ουρών t-test και πολλαπλές διορθώσεις δοκιμή Student. Στην παρούσα έκθεση, η P-τιμή & lt? 0,05 έδειξε μία στατιστικά σημαντική διαφορά μεταξύ των δειγμάτων. Χρησιμοποιήσαμε ένα πολλαπλή μεταβολή με βάση αναφοράς για τον προσδιορισμό γραμμικό μοντέλο συσχέτιση μεταξύ των επιπέδων του mRNA και της έκφρασης του γονιδίου VGCC σε καρκινικούς ιστούς σε σχέση με τα φυσιολογικά επίπεδα έκφρασης στο ίδιο τμήμα του ιστού. Μόνο δείγματα με μια πτυχή της αλλαγής & gt? 1.5 επιλέχθηκαν για να συμπεριληφθούν στη διαδικασία διερεύνησης. Ο βαθμός της έκφρασης προσδιορίζεται από τις εκατοστημόριο γονίδιο κατάταξη, που κατατάσσεται συνήθως τα γονίδια του ενδιαφέροντος, σύμφωνα με p-τιμές. Το top 10% των τροποποιημένα γονίδια VGCC χρησιμοποιήθηκαν στην αναλυτική διαδικασία. Τελικά, διατηρήσαμε 50 μελέτες ενσωμάτωση 8174 δείγματα (S2 πίνακα και S1 σχήμα).

Για να παρουσιάσει τα συλλέγονται σύνολα δεδομένων, τα δείγματα πρέπει να επανεξεταστούν και να ομαδοποιούνται σε λογικά σύνολα του δείγματος. Οι τύποι ανάλυσης ταιριάζουν καρκίνου /φυσιολογικό ιστό και τις πολυάριθμες μοριακές υποτύπους, την κατάσταση των βιοδεικτών, οι απαντήσεις της θεραπείας, καθώς και διάφορες άλλες συγκρίσεις. Μετά την ταξινόμηση των λογικών αναλύσεων, κάθε γονίδιο εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας διαφορετικές στατιστικές αναλύσεις όπως έλεγχος τ και τη συσχέτιση Pearson ανάλογα με τον τρόπο βρέθηκαν πολλές κατηγορίες τακτικός αναλύσεων. Αυτές οι δοκιμές ολοκληρώθηκαν με το πακέτο R στατιστικούς υπολογισμούς (https://www.r-project.org). Οι δοκιμές διεξήχθησαν ως μονόπλευρη ή δύο όψεων με βάση τον τύπο της ανάλυσης έκφρασης. Να εξορθολογιστούν οι πολυάριθμες αξιολογήσεις υπόθεση, υπολογίσαμε τις τιμές Q χρησιμοποιώντας την ακόλουθη εξίσωση: Q = NP /R όπου Ρ είναι η τιμή Ρ, Ν είναι ο αριθμός των γονιδίων που αναλύθηκαν, και R είναι η ταξινομημένη κατάταξη της P-τιμή [45 , 46]. Η έκφραση του γονιδίου CACNA1A σε ωοθήκης [51], του μαστού [52], του πνεύμονα [53] και του γαστρικού καρκίνου αναλύθηκε χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων Kaplan-Meier Plotter (https://kmplot.com/analysis/), το οποίο αποτελείται από ένα πισίνα της γονιδιακής έκφρασης και κλινικών δεδομένων. Μέχρι σήμερα, αυτή η βάση δεδομένων καλύπτει πληροφορίες για 22.277 γονίδια και την επιρροή τους στην επιβίωση 4142, 1648, 765 και 2437 ασθενείς με καρκίνο του μαστού, των ωοθηκών, του στομάχου και του καρκίνου του πνεύμονα, αντίστοιχα. Εμείς επικέντρωσε την ανάλυσή μας στη συνολική επιβίωση πληροφορίες για τον ασθενή. Υπάρχουν δύο ομάδες δειγμάτων ασθενών, τα οποία είναι υψηλότερα και χαμηλότερα επίπεδα έκφρασης. Ένα οικόπεδο επιβίωσης Kaplan-Meier χρησιμοποιήθηκε για να συγκριθεί η έκφραση του CACNA1A σε αυτές τις δύο ομάδες. Η αναλογία κινδύνου με διαστήματα εμπιστοσύνης 95% και log rank

σ αξία

επίσης υπολογίστηκε (S2 και S3 σχήματα).

Αποτελέσματα και Συζήτηση

1. Τάση-gated οικογένεια των διαύλων ασβεστίου προάγει τον καρκίνο ανάπτυξης

Η δυναμική ισορροπία μεταξύ εξωκυτταρικών και ενδοκυτταρικών Ca2 + ρυθμίζει γενικά σήματα ασβεστίου [54]. Αυτή η ταλάντωση διαδραματίζει καίριο ρόλο στην ικανότητα του κυττάρου να αρχίσει εκ νέου τον κύκλο του κυττάρου, για να διεγείρουν τη σύνθεση του DNA κατά τη μετάβαση G1 /S, και να τεθεί σε μίτωση κατά τη διάρκεια της φάσης Μ του [4] του κυτταρικού κύκλου. Το δυναμικό της λεγόμενης υποτύπου T-τύπου διαύλων ασβεστίου για να μετριάσει την ενδοκυτταρική Ca2 + επίπεδο έχει κάνει αυτό το κανάλι το επίκεντρο για τη ρύθμιση σε κακοήθη καρκινικά κύτταρα [4].

Τα κανάλια ασβεστίου αποτελούν βασικούς παράγοντες για τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων διαδικασία. διαύλων ασβεστίου τύπου Τ επέστησαν πρόσφατα την προσοχή ως πιθανοί θεραπευτικοί στόχοι στη θεραπεία του καρκίνου. Ένας αναστολέας των διαύλων ασβεστίου τύπου Τ οδηγεί σε αναστολή της κυτταρικής ανάπτυξης και απόπτωσης σε κύτταρα HCT116 [55]. Είναι επίσης καλά τεκμηριωμένο ότι τύπου Τ επιλεκτικές ιδιότητες έχουν αντι-πολλαπλασιαστικά αποτελέσματα σε κακοήθη κύτταρα όγκου [56]. κανάλια τύπου Τ είναι καλά τεκμηριωμένες ότι εμπλέκονται στην κυτταρική ανάπτυξη και διαφοροποίηση, να είναι υπερ-εκφράζεται σε διάφορα στάδια των όγκων, και να συμμετάσχουν στην ανάπτυξη των κυττάρων του ασβεστίου με μεσολάβηση [55-58]. Επιπλέον, τα κανάλια ασβεστίου τύπου Τ σε γενικές γραμμές εκφράζονται σε διαφορετικούς τύπους καρκίνου και διαδραματίζουν βασικό ρόλο στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων [57, 59]. Αρκετοί αναστολείς διαύλου ασβεστίου, όπως η βεραπαμίλη [60], η νιφεδιπίνη [61], TH-1177 [62], 2-ΑΡΒ [63], και SK & amp? F 96365 [64], έχουν επιβεβαιωθεί ότι αναστέλλουν τον υποδοχέα διαύλων ασβεστίου , αλλά τα συγκεκριμένα υποτύπους διαύλου ασβεστίου δεν έχουν διερευνηθεί. Αντ ‘αυτού, η συμμετοχή των διαύλων ασβεστίου στην ανάπτυξη των κυττάρων έχει επισημανθεί. Υποθέτουμε ότι η επικέντρωση σε συγκεκριμένους υποτύπους των διαύλων ασβεστίου μπορεί να εντοπίσει αυτούς που ελέγχουν τον πολλαπλασιασμό των διαφορετικών τύπων κυττάρων.

τηλέφωνα μετανάστευση διαδραματίζει ζωτικό ρόλο σε διάφορες φυσιολογικές διαδικασίες όπως η νευρική μετανάστευση κορυφής των κυττάρων, την απαλλαγή των λευκοκυττάρων από το αγγείωση, και η μετεγκατάσταση των ινοβλαστών κατά τη διάρκεια της επούλωσης των τραυμάτων. Η κυτταρική μετανάστευση είναι επίσης εξαιρετικά ζωτικής σημασίας στην μεταστατικών ασθενειών και στην ανάπτυξη κακοηθειών. Η θεμελιώδης μηχανισμός που προάγει την κυτταρική μετανάστευση είναι δυσδιάκριτες σε σχέση με διαφορετικούς τύπους κυττάρων. τύποι διαύλων ασβεστίου συσχετίζονται με διάφορους τύπους καρκίνου, π.χ., του μαστού [65], του προστάτη [66] και [67] καρκίνο των ωοθηκών. Ca2 + κανάλι δραστηριότητα ενεργοποιεί επίσης οξειδωτική φωσφορυλίωση, προγραμματισμένο κυτταρικό θάνατο, και μεταβολές στην οδό σηματοδότησης απόπτωσης [68].

Ο /Q τύπου Ρ, Τ-τύπου, Ν-τύπου, τύπου R και L τύπος VGCCs όλα περιέχουν την α1 υπομονάδα υπεύθυνη για τη συγκέντρωση του ασβεστίου-επιλεκτική πόρων [41, 69]. Αυτή η υπομονάδα κωδικοποιείται από διάφορα γονίδια εξαπλώνεται από τον τύπο L (CACNA1S, CACNA1C, CACNA1D και CACNA1F) προς την Τ-τύπου (CACNA1G, CACNA1H και CACNA1I) [70]. Ωστόσο, μέχρι σήμερα, δεν έχει ολιστική προσέγγιση έχει ληφθεί από την προβολή της οικογένειας γονιδίων VGCC σε διαφορετικούς τύπους καρκίνου. Η παρούσα μελέτη χρησιμοποίησε μια ολιστική προσέγγιση για να εξερευνήσετε την έκφραση VGCC σε διαφορετικούς τύπους καρκίνου με τη χρήση του web-based βάση δεδομένων ONCOMINE μικροσυστοιχιών να αναλύσει αλλοιωμένη έκφραση VGCC mRNA σε 21 τύπους καρκίνου. Συγκρίναμε το καρκινικό ιστό σε φυσιολογικούς μάρτυρες ιστό και να ορίσετε κριτήρια για τη διαλογή ενός κατάλληλου συνόλου δεδομένων από τη βάση δεδομένων ONCOMINE. Συμπερίληψη ενός κατάλληλου συνόλου δεδομένων για περαιτέρω ανάλυση απαιτείται ότι οι συγκρίσεις της έκφρασης των γονιδίων μεταξύ του καρκίνου και των φυσιολογικών ιστών υπάκουσε συγκεκριμένα κριτήρια όριο: η πτυχή της αλλαγής πρέπει να είναι πάνω από 1,5, η p-τιμή πρέπει να είναι μικρότερη από 0,05, και το γονίδιο-κατάταξη εκατοστημόριο πρέπει να είναι λιγότερο από 10%. Η πολλαπλή μεταβολή, p-value, και η κορυφή του γονιδίου-κατάταξη εκατοστημόριο παρουσιάζονται στο Σχήμα 1 για διαφορετικά γονίδια VGCC σε διαφορετικούς τύπους ιστών καρκίνο.

Η έκφραση τασεοελεγχόμενων διαύλων ασβεστίου γονίδια

(VGCC) σε 21 τύποι καρκίνων σε σύγκριση με φυσιολογικούς ελέγχους ιστό. Το όνομα γονίδιο του κάθε καναλιού εμφανίζεται. Κάθε γονίδιο βρέθηκε στον ιστό προέλευσής του, και η κλίση χρώματος συσχετίζεται με τη μείωση της γονιδιακής κατάταξη εκατοστημόριο. Το όριο κριτήρια ορίστηκε σε p-value & lt? 0.05 με πολλαπλή μεταβολή & gt? 1.5 και γονιδιακή κατάταξη εκατοστημόριο & lt? 10% για εξέταση σύνολα δεδομένων μικροσυστοιχιών του καρκίνου σε σχέση με τις φυσιολογικές περιπτώσεις

Η

2.. L-οικογενειακού τύπου διαύλων ασβεστίου

Τα γονίδια διαύλων ασβεστίου τύπου L διερευνώνται εδώ περιλαμβάνουν Cav1.1 (CACNA1S), Cav1.2 (CACNA1C), Cav1.3 (CACNA1D), και Cav1.4 (CACNA1F) , συνήθως εντοπίζεται στο λείο μυ, σκελετικό μυ, κοιλιακά μυοκύτταρα, και των οστών (οστεοβλάστες). Προηγούμενες μελέτες σχετικά με το ρόλο του διαύλου ασβεστίου τύπου L είχαν εστιάζεται κυρίως στην φυσιολογικές και φαρμακολογικές πλευρές [71, 72]? Ως εκ τούτου, η λειτουργία του είναι σε μεγάλο βαθμό άγνωστη σε όρους των ασθενειών του καρκίνου. Τα δεδομένα μας αποκάλυψαν ότι CACNA1S υπερεκφράστηκε σε σχέση με δείγματα φυσιολογικού ιστού σε οξεία μυελογενή λευχαιμία (με 2,42 φορές αλλαγή), σε δεσμοπλαστικού μυελοβλάστωμα εγκέφαλο (με 1,89 φορές αλλαγή), και στις πρωτόγονες όγκους νευροεξωδερμικής (με 1,81 φορές αλλαγή ) (Πίνακας 2). CACNA1S κατετάγη επίσης στο top 5% των απορυθμίζεται γονιδίων τόσο λευχαιμία και καρκίνο εγκεφάλου (Σχήμα 1).

Η

Προηγούμενη έρευνα έδειξε ότι CACNA1C θα μπορούσε να προκαλέσει παθοφυσιολογία ψυχιατρική νόσο [100], και CACNA1C έχει υψηλή δραστηριότητα μεταγραφή στο στρώμα του προστάτη [101]. Βρήκαμε υψηλή έκφραση CACNA1C σε καρκίνωμα του προστάτη σε σύγκριση με φυσιολογικό ιστό στο Cancer Research 08.01.2002 [86] βάση δεδομένων (Πίνακας 2). Αυτά τα δεδομένα συμφωνούν με αυτά της προηγούμενης μελέτης [101]. Βρήκαμε επίσης υψηλή έκφραση του CACNA1C στα περισσότερα είδη καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του ορθοκολικού, του στομάχου, του παγκρέατος, του εγκεφάλου, του μαστού, της μήτρας, του δέρματος, και καρκίνων του προστάτη και λευχαιμία (Πίνακας 2). Βρήκαμε επίσης ότι 10 από τους 21 διαφορετικούς ιστούς όγκων έδειξε ανοδική ρύθμιση, με CACNA1C εμφανίζονται στο top 10% των πιο επαυξημένης γονίδια (Σχήμα 1). Για παράδειγμα, ορθοκολικούς καρκίνους όπως αδένωμα του κόλου, αδενοκαρκίνωμα, και του ορθού αδένωμα έδειξαν σημαντική προς τα πάνω ρύθμιση CACNA1C σε σύγκριση με φυσιολογικούς ιστούς ελέγχου, με ρ-τιμές που κυμαίνονται από 2.58E-5 έως 7.33E-14 και CACNA1C κατάταξη από 2% έως 8 %. έκφραση CACNA1C επίσης αυξημένα σε καρκίνωμα του παγκρέατος σε σύγκριση με φυσιολογικό ιστό, με 13.118-πλάσια αύξηση, μια ρ-τιμή 4.07E-4, και γονίδιο κατάταξη κατά 7%.

CACNA1D πιστεύεται ότι ρυθμίζουν κυτταρική πυροδότησης [102] και έχει υψηλή συσχέτιση με τον καρκίνο του προστάτη [17]? Ωστόσο, η έκφραση του σε άλλους τύπους καρκίνου είναι ακόμη σε μεγάλο βαθμό απλός. ανάλυση βιοπληροφορικής μας επαλήθευσε ότι CACNA1D ήταν ιδιαίτερα εκφράζονται στους περισσότερους τύπους καρκίνου, συμπεριλαμβανομένων προστάτη και του καρκίνου του μαστού (Πίνακας 2). Τα δεδομένα αυτά συμφωνούν με τα ευρήματα μιας προηγούμενης μελέτης [17]. Βρήκαμε επίσης ότι 9 από τα τμήματα 21 του ιστού από ασθενείς με καρκίνο έδειξε υπερέκφραση, με CACNA1D κατηγοριοποιούνται στο top 10% των πιο αυξημένα γονίδια (Σχήμα 1). καρκίνους του προστάτη όπως καρκίνωμα του προστάτη, ενδοεπιθηλιακή νεοπλασία, και αδενοκαρκίνωμα όλα έδειξαν δραματική υπερέκφραση CACNA1D σε σχέση με φυσιολογικούς ιστούς. Προς τα πάνω ρύθμιση κυμαίνονταν από 1.747- με 17.129 φορές από την άποψη της έκφρασης μεταγραφής CACNA1D, με p-τιμές που κυμαίνονται από 0.015 έως 3.31E-11 και κατατάξεις γονίδιο που κυμαίνονται από την κορυφή του 1% στην κορυφή 4%. Οι καρκίνοι του μαστού όπως επεμβατική λοβιακό καρκίνωμα του μαστού, πορογενές επεμβατική και λοβιώδες καρκίνωμα, λοβιακό μικτές και καρκίνωμα μαστού πόρου, και διηθητικό καρκίνωμα του μαστού μικτά παρουσίασαν όλα σημαντική υπερέκφραση CACNA1D σχέση με το μάρτυρα δείγματα. Προς τα πάνω ρύθμιση κυμαίνονταν από 2.99 έως 4.84 φορές από την άποψη της έκφρασης μεταγραφής CACNA1D, με p-τιμές που κυμαίνονται από 0.025 έως 2.52E-10 και βαθμολογίες γονίδιο που κυμαίνονται από την κορυφή του 5% στην κορυφή 7%. Ένα ιδιαίτερα νέο εύρημα ήταν ότι CACNA1D ήταν εντόνως εκφρασμένο σε καρκίνο προστάτη, αλλά και στην μαστού, του παχέος εντέρου, της ουροδόχου κύστης, του γαστρικού, του πνεύμονα, του εγκεφάλου, της μήτρας, του οισοφάγου και όγκους. Μας

in silico

ανάλυση δείχνει ότι CACNA1D μπορεί να είναι ένα μυθιστόρημα ογκογονίδιο στην ανάπτυξη καρκίνου, αλλά απαιτούνται περαιτέρω πειράματα απαιτούνται για να διερευνήσουν τις λεπτομέρειες του ρόλου των CACNA1D στην εξέλιξη του καρκίνου.

Ένα μεγαλύτερο ρόλο στην φυσιολογία του ανθρώπου πέρα ​​από τη λειτουργία της στο φωτοϋποδοχείς προτάθηκε για CACNA1F [102]? Ωστόσο, ο ρόλος του CACNA1F στον καρκίνο παραμένει ασαφής. Μόνο μία μελέτη πληρούσε το κριτήριο αναφοράς επιλογή με 1,89 φορές την αλλαγή στην έκφραση CACNA1F στο όρχεων τεράτωμα [103], όπου CACNA1F κατατάσσονται στην κορυφή 6% των όρχεων γονιδιακές αλλαγές τεράτωμα και το p-value ήταν 0,018 (Πίνακας 2).

3. P /Q-οικογενειακού τύπου διαύλων ασβεστίου

Cav2.1 (CACNA1A) είναι το μόνο γονίδιο που ανήκει στην οικογένεια των διαύλων ασβεστίου P /Q-τύπου, και είναι συχνά εντοπίζεται σε κύτταρα Purkinje ή εγκεφαλικά κοκκιοκύτταρα. Αυτό το κανάλι παίζει ρόλους σε νευροδιαβίβαση και δενδριτικά μεταβατικά ασβέστιο [19]. Τύπου Ρ και Q-τύπου ρεύματα είναι διαφορετικά σε τοποθεσία. Ρ-τύπου βρίσκονται στους νευρώνες Purkinje της παρεγκεφαλίδας, ενώ έχουν Q-Type έχουν ταυτοποιηθεί σε εγκεφαλικά κόκκων νευρώνες [104, 105]. Και οι δύο τύποι των ρευμάτων που παράγονται από τα κανάλια ιόντων που κωδικοποιείται από το κανάλι ασβεστίου, εξαρτώμενος από την τάση, τύπου P /Q, υπομονάδα άλφα 1Α (CACNA1A) γονίδιο. Διακρίνονται φαινοτυπικά από μια παραλλαγή ματίσματος RNA [106, 107]. Διαφορετικές μεταλλάξεις στην υπομονάδα άλφα 1Α οδηγήσει σε ορισμένες νευρωνικές ασθένειες υποβάθμισης, όπως η επεισοδιακή αταξία τύπου 2, οικογενειακή ημιπληγική ημικρανία και νωτιαιοπαρεγκεφαλιδική αταξία-6 [108-112]. Στην παρούσα μελέτη, διαπιστώσαμε ότι CACNA1A ήταν ιδιαίτερα εκφράζονται στους περισσότερους καρκίνους, συμπεριλαμβανομένης της λευχαιμίας και του καρκίνου των ωοθηκών (Πίνακας 3). Βρήκαμε επίσης ότι 7 από 21 καρκινικούς ιστούς έδειξε υψηλή έκφραση του CACNA1A, και κατηγοριοποιήθηκε στο top 10% των πιο αυξημένη γονίδια (Σχήμα 1). Λευχαιμίες όπως χρόνια λεμφοκυτταρική λευχαιμία, μονοκλωνική γαμμαπάθεια απροσδιόριστης σημασίας, δέρμα καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων, και περιθωριακή ζώνη Β-κυττάρου λέμφωμα όλα παρουσίασαν σημαντική υπερέκφραση CACNA1A σχέση με το μάρτυρα δείγματα. Η

in silico

ανάλυση έδειξε αυξημένη έκφραση που κυμαίνονται από 1.77- 2.27 έως φορές για CACNA1A με ρ-τιμές που κυμαίνονται από 0.003 έως 3.56E-80 και κατατάξεις γονίδιο που κυμαίνονται από την κορυφή 2% έως 5%. καρκινικών κυττάρων του πνεύμονα έδειξε τις πιο σημαντικές αυξήσεις στην έκφραση σε σχέση με τον έλεγχο των δειγμάτων με 15.568 φορές πάνω ρύθμιση, μια τιμή p 0,001, και ένα γονίδιο κορυφαία κατάταξη στις 4%. Συνολικά, η ανάλυση της βιοπληροφορικής μας έδειξε ότι CACNA1A μπορεί να είναι ένας πιθανός θεραπευτικός στόχος για τη λευχαιμία, του πνεύμονα, των ωοθηκών, του εγκεφάλου, της μήτρας και του τραχήλου της μήτρας.

Η

Κατά την εφαρμογή της ανάλυσης plotter Kaplan-Meier, οι συσχετίσεις μεταξύ της υπερέκφραση του CACNA1A και συνολικά χαμηλότερα ποσοστά επιβίωσης στον καρκίνο του πνεύμονα [53] και τον καρκίνο των ωοθηκών (S2 Εικ) έχουν δείξει, χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων GSE9891 [51, 113]. Αυτό το αποτέλεσμα είναι σύμφωνο με τα δεδομένα μας στον Πίνακα 3. Η υψηλή έκφραση του CACNA1A δείχνει ότι αυτό το γονίδιο είναι πιθανώς εμπλέκεται στην έναρξη και πρόοδο του πνεύμονα και καρκίνου των ωοθηκών (κακή πρόγνωση). Σε αντίθεση, ένας αντίθετη τάση παρατηρήθηκε στην μαστού και σταδίου IV γαστρικού καρκίνου με χαμηλή έκφραση του CACNA1A [52]. Αυτά τα δεδομένα δείχνουν συνοχή με το σχήμα 1. Με άλλα λόγια, CACNA1A ήταν ρυθμισμένα προς τα κάτω σε μαστού και γαστρικού καρκίνου (S3 Εικ). Αυτές οι μελέτες έδειξαν ότι η έκφραση CACNA1 διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη του καρκίνου των ωοθηκών και του πνεύμονα.

4. Ν-τύπου διαύλων ασβεστίου οικογένεια

Η οικογένεια των διαύλων ασβεστίου Ν-τύπου περιέχει μόνο Cav2.2 (CACNA1B), η οποία βρίσκεται σε όλο τον εγκέφαλο και περιφερικό νευρικό σύστημα. Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι CACNA1B είναι σημαντικό για παρατεταμένη νευρωνική πυροδότηση και την απελευθέρωση νευροδιαβιβαστή σε νευροπαθητικό πόνο [25, 29]? Ωστόσο, μέχρι τώρα, CACNA1B δεν έχει εμπλακεί στον καρκίνο. βιοπληροφορική αποτελέσματά μας έδειξαν thatCACNA1B ήταν μεταξύ των πρώτων 9% και πάνω 6% των υπερεκφράζεται γονιδίων στον προστάτη και του καρκίνου του μαστού, αντίστοιχα. Σε αυτούς τους καρκίνους, αυξήσεις στην έκφραση CACNA1B κυμαίνονταν από 1.53- 1.56 έως φορές, με ρ-τιμές από 3.25E-4 για να 6.22E-4 συγκριτικά με έλεγχο δείγματα (Πίνακας 4). Τα στοιχεία μας δείχνουν ότι η CACNA1B έχει υψηλή έκφραση ειδικά σε κλινικές του προστάτη και του καρκίνου του μαστού ιστούς. Ταυτοποίηση της υποκείμενης ρόλο της CACNA1B στην ανάπτυξη καρκίνου μπορεί επίσης να βοηθήσει στην ανακάλυψη νέων θεραπευτικών στόχων για την θεραπεία του προστάτη και του μαστού.

Η

5. T-οικογενειακού τύπου διαύλων ασβεστίου

Cav3.1 (CACNA1G), Cav3.2 (CACNA1H), και Cav3.3 (CACNA1I) όλα κατατάσσονται στην οικογένεια των διαύλων ασβεστίου τύπου Τ, το οποίο εντοπίζεται σε νευρωνικές κύτταρα, κύτταρα βηματοδότη και οστεοκύτταρα (κύτταρα ώριμου οστού). Επιπλέον, μια άλλη μελέτη με τη χρήση ONCOMINE έδειξε ότι η έκφραση των ισομορφών καναλιού τύπου Τ σε μια σειρά των κακοήθων κυττάρων του όγκου ήταν σημαντικά αυξημένα σε σχέση με τον περιβάλλοντα φυσιολογικό ιστό [118]. Το αποτέλεσμα αυτό είναι συνεπές με τα ευρήματα της μελέτης (Πίνακας 5). Αυξημένη έκφραση του CACNA1G ανιχνεύθηκε σε ένα ευρύ φάσμα ασθενειών του καρκίνου, με CACNA1G στην κορυφή του 1% των υπερεκφράζεται γονιδίων σε αρθρικό σάρκωμα και στην κορυφή 2% σε καρκίνωμα του προστάτη. Οι φορές αλλαγές κυμάνθηκαν από 1,737 έως 6,376 και τις τιμές ρ από 8.70E-4 για να 1.71E-7 (Πίνακας 5). Υψηλή έκφραση του CACNA1G παρατηρήθηκε επίσης σε άλλους τύπους όγκων, όπως του παχέος εντέρου, της μήτρας, του προστάτη, και του καρκίνου του μαστού.

Η

CACNA1H έδειξε αλλαγμένη έκφραση σε καρκίνο του νεφρού, σάρκωμα, και στρωματικών όγκων του γαστρεντερικού (Σχήμα 1) . CACNA1H βρισκόταν στην κορυφή του 1% των υπερεκφράζεται γονιδίων σε σαφή σάρκωμα του νεφρού και στην κορυφή 8% των απορυθμίζεται γονιδίων στο αρθρικό σάρκωμα και στρωματικών όγκων του γαστρεντερικού. Σε σύγκριση με φυσιολογικό ιστό, η πτυχή αλλαγή κυμαινόταν από 5,19 έως 9,29 και ρ-τιμές κυμαίνονταν από 1.51E-6 προς 0,005.

CACNA1I έδειξε αλλαγμένη έκφραση σε διηθητικό καρκίνο του μαστού, μυξοειδές /στρογγυλό κύτταρο λιποσάρκωμα, και αδενοκαρκινώματος του οισοφάγου (Εικ. 1). CACNA1I βρέθηκε στην κορυφή 4% έως 7% των απορυθμίζεται γονιδίων σε επεμβατικές στρώμα καρκίνωμα του μαστού και πορογενές καρκίνωμα του μαστού

in situ

επιθήλια, με p-τιμές των 3.04E-16 και 0.002 και διπλώστε τις αλλαγές που κυμαίνονται από 1.586 έως 2,35, αντίστοιχα. Υψηλή έκφραση του CACNA1I βρέθηκε επίσης σε σάρκωμα και καρκίνο του οισοφάγου (Πίνακας 5).

διαύλων ασβεστίου τύπου Τ επέστησαν πρόσφατα την προσοχή των ερευνητών ως πιθανοί θεραπευτικοί στόχοι στη θεραπεία του καρκίνου. κανάλια τύπου Τ είναι καλά τεκμηριωμένες ότι εμπλέκονται στην κυτταρική ανάπτυξη και διαφοροποίηση, να δοθεί εκ νέου εκφράζονται σε διάφορες φάσεις του όγκου, και να συμμετέχουν σε κυτταρικό θάνατο με τη μεσολάβηση του ασβεστίου. διαύλων ασβεστίου τύπου Τ είναι εντόνως εκφρασμένη σε περισσότερους τύπους καρκίνου [121, 122]. Ως εκ τούτου, η ανάπτυξη ενός ειδικού αναστολέα ή ανταγωνιστής φάρμακο μπορεί να χρησιμεύσει ως μια πιθανή προσέγγιση για τη θεραπεία του καρκίνου.

6. R-οικογενειακού τύπου διαύλων ασβεστίου

Η οικογένεια των διαύλων ασβεστίου Ε-τύπου περιέχει μόνο Cav2.3 (CACNA1E), η οποία είναι πιο συχνά βρέθηκαν σε εγκεφαλικά κοκκιοκύτταρα και άλλους νευρώνες. CACNA1E ήταν μεταξύ των κορυφαίων 6% και 10% των γονιδίων υπερεκφράζεται σε οισοφάγου και της μήτρας καρκίνους, αντίστοιχα. Υπ ‘αυτές τις μορφές καρκίνου, αυξάνει την έκφραση CACNA1E κυμαίνονταν από 2.09 έως 9.19-φορές, με ρ-τιμές από 1.91E-4 να 0,001 σε σχέση με τα δείγματα ελέγχου (Πίνακας 6). Ως εκ τούτου, CACNA1E μπορεί επίσης να χρησιμεύσει ως ένα νέο θεραπευτικό στόχο για οισοφάγου και της μήτρας καρκίνων.

Η

7. VGCCs και τη σχέση τους με μεταστατικό καρκίνο του

Τα καρκινικά κύτταρα είναι σε θέση να μεταστάσεις ή εξαπλωθεί σε άλλους ιστούς ή όργανα κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης του όγκου [123]. Καθώς το αρχικό όγκο προχωρά μέσα αγγειογένεση [124], προωθεί δήθεν την κυκλοφορία των καρκινικών κυττάρων στο περιφερικό αίμα σύστημα [125] ή το λεμφικό σύστημα [126] και η μετανάστευση τους σε άλλους ιστούς ή όργανα [127]. Αυτά τα κύτταρα στη συνέχεια να αρχίσει να αυξάνεται στα όργανα υποδοχής. Ωστόσο, αυτές οι αυξήσεις δεν μεταστατικό είναι εύκολο να ανιχνευθούν και συχνά οδηγούν στο θάνατο του ασθενούς. προφίλ γονιδιακής έκφρασης των ανθρώπινων όγκων του μαστού πρωτογενούς μπορεί να προβλέψει τον κίνδυνο μετάστασης, και μεταστατικού καρκίνου, επίσης συχνά συσχετίζεται με κακή πρόγνωση [128]. Ως εκ τούτου, η κατανόηση της σύνδεσης μεταξύ VGCCs και μεταστατικό καρκίνο αντιπροσωπεύει μια σημαντική πτυχή της έρευνας για τον καρκίνο. Ωστόσο, ο συσχετισμός μεταξύ VGCCs και μεταστατικού καρκίνου παραμένει ασαφής. Ως εκ τούτου, η εξερεύνηση των προφίλ γονιδιακής έκφρασης VGCC σε ασθενείς κλινικά καρκίνος μπορεί να είναι χρήσιμος για την πρόβλεψη του κινδύνου μετάστασης.

Διηθητική λοβιακό καρκίνωμα του μαστού έχει συχνά βρεθεί να κάνουν μετάσταση στο γαστρεντερικό σωλήνα, περιτόναιο, οπισθοπεριτόναιου, και γυναικολογικών οργάνων [ ,,,0],129-131]. Η βάση δεδομένων του καρκίνου BMC [83] έδειξε έκφραση CACNA1C σε διηθητικό καρκίνωμα του μαστού λοβιακού /φυσιολογικό ιστό με 1,9 φορές αλλαγή (Πίνακας 2)? Έτσι, εικάζουν ότι οι ασθενείς με διηθητικό λοβιακό καρκίνωμα μαστού με υψηλή έκφραση του CACNA1C σχέση με το φυσιολογικό ιστό ήταν σε κίνδυνο για μετάσταση στο γαστρεντερικό σωλήνα, περιτόναιο, οπισθοπεριτόναιου, και γυναικολογικών οργάνων.

Οι βάσεις δεδομένων TCGA και PNAS [ ,,,0],96] έδειξε ότι CACNA1D σημαντικά υπερεκφράζεται σε σχέση με το φυσιολογικό ιστό σε επεμβατικές λοβιώδες καρκίνωμα του μαστού με επεμβατικές πορογενές και λοβιώδες καρκίνωμα (Πίνακας 2), η οποία και πάλι υπονοεί ότι οι ασθενείς με υψηλή έκφραση του CACNA1D ήταν πιθανό να αναπτύξουν τις ασθένειες αυτές.

Η βάση δεδομένων Cancer BMC [83] έδειξε ότι η έκφραση CACNA1G σε επεμβατικές δείγματα λοβιώδες καρκίνωμα του μαστού υποβλήθηκαν σε 2,0 φορές μεταβολή σε σχέση με κανονικά δείγματα (Πίνακας 5). Αυτό σημαίνει επίσης ότι οι ασθενείς με CACNA1G υπερέκφραση σε σχέση με το φυσιολογικό ιστό ήταν πιθανό να βιώσουν γαστρεντερικού σωλήνα, του περιτοναίου, οπισθοπεριτόναιου, ή τη μεταφορά γυναικολογικών οργάνων. Επιπλέον, άφθονη έκφραση JMJD2C σημειώθηκε στην επεμβατική στρώμα καρκίνωμα του μαστού, η οποία θα οδηγήσει επίσης σε μεταστατική νόσο [132]. Η βάση δεδομένων Nat Med [13] έδειξε 2,3 φορές αλλαγή στην CACNA1I στην επεμβατική στρώμα καρκίνωμα του μαστού, και πάλι υπονοώντας ότι οι ασθενείς με υψηλή έκφραση CACNA1G θα πιθανό να αναπτύξουν καρκίνο.

Οι περισσότεροι τύποι καρκίνου, συμπεριλαμβανομένων των καρκίνων του αίματος και του λεμφικού καρκίνους του συστήματος (δηλαδή, λευχαιμία, πολλαπλό μυέλωμα και λέμφωμα), είναι σε θέση να επιφέρουν μεταστατικών όγκων. Αν και έχουν καρκίνοι σπάνια, το αίμα και του λεμφικού συστήματος έχουν αναφερθεί σε μετάσταση σε άλλα όργανα, όπως οι πνεύμονες, η καρδιά, το κεντρικό νευρικό σύστημα και σε άλλους ιστούς [133-136]. Καρδιακές μεταστάσεις βρέθηκαν σε 53 από 247 νεκροψία ασθενών με λευχαιμία ή λέμφωμα [137]. Η βάση δεδομένων Nat Genet έδειξαν ότι τα κανάλια ασβεστίου Γ-τύπου, όπως CACNA1S, είχαν υπερεκφράζεται σε λευχαιμία /φυσιολογικό ιστό με 2.42 φορές αλλαγή [6] (Πίνακας 2). Η βάση δεδομένων του αίματος έδειξε υψηλή έκφραση του CACNA1C σε λευχαιμία σε σχέση με κανονικά δείγματα [79] (Πίνακας 2). Βρήκαμε επίσης ότι το γονίδιο κανάλι CACNA1A ασβεστίου τύπου Ρ ήταν εντόνως εκφρασμένο σε λευχαιμία σε σύγκριση με φυσιολογικά δείγματα [8, 9, 115, 116] (Πίνακας 3). Έτσι, πιθανολογείται ότι ασθενείς με λευχαιμία με υψηλή έκφραση του CACNA1S, CACNA1C, ή CACNA1A σε σχέση με φυσιολογικά δείγματα είναι πιθανό να παρουσιάσουν μετάσταση των καρκινικών κυττάρων στους πνεύμονες, την καρδιά, το κεντρικό νευρικό σύστημα και σε άλλους ιστούς.

8. Τάσης-διαύλων ασβεστίου σε κλινικές εφαρμογές

Στο silico

ανάλυση βιοπληροφορικής διαδραματίζει σημαντικό ρόλο για τη διασύνδεση της γονιδιακής έκφρασης του καρκίνου του προφίλ με τους πιθανούς δείκτες κλινική του καρκίνου. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου.