Αφηρημένο

PBOV1

είναι ένα γνωστό ανθρώπινο γονίδιο που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη με ένα μη χαρακτηρισμένο λειτουργία. Έχουμε βρει προηγουμένως ότι

PBOV1

στερείται ορθόλογα σε μη πρωτεύον γονιδιώματα και εκφράζεται σε ένα ευρύ φάσμα τύπων όγκου. Εδώ αναφέρουμε ότι

PBOV1

αλληλουχία που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη είναι ανθρώπινη-συγκεκριμένες και προήλθε

de novo

στο πρωτεύον εξέλιξη μέσα από μια σειρά μετατόπισης πλαισίου και να σταματήσει κωδικόνιο μεταλλάξεις. Εμείς προφίλ

PBOV1

έκφραση σε πολλαπλά δείγματα καρκίνου και τον κανονικό ιστό και διαπίστωσε ότι εκφράστηκε σε 19 από 34 όγκους διαφόρων προελεύσεων αλλά έλειπε εντελώς έκφραση σε κανένα από τα φυσιολογικό ενήλικα ή εμβρυϊκού ανθρώπινους ιστούς. Βρήκαμε ότι, σε αντίθεση με τα αντιγόνα του καρκίνου /όρχεων που συνήθως ελέγχονται από CpG προαγωγούς νησί που περιέχουν

PBOV1

εκφράστηκε από ένα ΤΑΤΑ που περιέχει προαγωγό GC-φτωχών που δεν επηρεάστηκε από CpG απομεθυλίωση και ήταν ανενεργό σε όρχις. Η ανάλυσή μας των δεδομένων του δημόσιου μικροσυστοιχιών υποδηλώνει ότι

PBOV1

ενεργοποίηση των όγκων θα μπορούσε να εξαρτάται από την οδό σηματοδότησης Hedgehog. Παρά την πρόσφατη

de novo

προέλευση και την έλλειψη των αναγνωρίσιμων λειτουργικών υπογραφές, ένα SNP εσφαλμένου νοήματος στο

PBOV1

κωδικοποιητική αλληλουχία έχει προηγουμένως συσχετιστεί με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του μαστού. Χρησιμοποιώντας διαθέσιμες στο κοινό σύνολα δεδομένων μικροσυστοιχιών, βρήκαμε ότι τα υψηλά επίπεδα του

PBOV1

έκφραση στον καρκίνο του μαστού και δείγματα γλοιώματος σχετίζονταν σημαντικά με μια θετική έκβαση της νόσου του καρκίνου. Βρήκαμε επίσης ότι

PBOV1

ήταν εντόνως εκφρασμένο σε πρωτογενείς αλλά όχι σε επαναλαμβανόμενες γλοιώματα υψηλής ποιότητας, γεγονός που υποδηλώνει την παρουσία ενός αρνητικής επιλογής έναντι

PBOV1

εκφράζοντα καρκινικά κύτταρα. Τα ευρήματά μας θα μπορούσε να συμβάλει στην κατανόηση των μηχανισμών πίσω από

de novo

γονίδιο προέλευσης και τον πιθανό ρόλο των όγκων σε αυτή τη διαδικασία

Παράθεση:. Samusik Ν, Krukovskaya L, Meln Ι, Shilov Ε , Kozlov AP (2013) PBOV1 είναι μια ανθρώπινη

De Novo

Gene με όγκο-ειδική έκφραση που σχετίζεται με μια θετική κλινική έκβαση της Καρκίνου. PLoS ONE 8 (2): e56162. doi: 10.1371 /journal.pone.0056162

Επιμέλεια: Ludmila Prokunina-Olsson, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: May 23, 2012? Αποδεκτές: 10 του Γενάρη του 2013? Δημοσιεύθηκε: 13 Φεβρουαρίου 2013

Copyright: © 2013 Samusik et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο χρηματοδοτήθηκε από το Βιοϊατρικής Κέντρο και από τη ρωσική-Λευκορωσίας πρόγραμμα # K-32-NIR /111-3. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου, εκτός από καθηγητής Αντρέι Π Kozlov ο οποίος, όντας από το κεφάλι της Βιοϊατρικής Κέντρο, ταυτόχρονα επέτρεψε τη χρηματοδότηση και την επίβλεψη αυτό το έργο .

Αντικρουόμενα συμφέροντα: Οι συγγραφείς δηλώνουν ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Η προέλευση των νέων γονιδίων στην εξέλιξη των πολυκύτταρων οργανισμών έχει από καιρό προταθεί για να παίξει. θεμελιώδη ρόλο στην ανάπτυξη νέων λειτουργιών [1]. Υπάρχουν πολλά καλά εδραιωμένη μηχανισμούς νέου γονιδίου προέλευσης. Για παράδειγμα, η επικάλυψη και η απόκλιση, retroposition, το γονίδιο σύντηξης, εξόνιο ανακάτεμα και οριζόντια μεταφορά γονιδίων όλα βασίζονται στην επαναχρησιμοποίηση του προϋπάρχοντος γενετικού υλικού (βλέπε [2] για ανασκόπηση). Έχει επίσης προταθεί ότι ορισμένα γονίδια που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη θα μπορούσαν να προέρχονται

de novo

από μη κωδικεύουσες περιοχές του γονιδιώματος μέσω μιας σειράς μεταλλάξεων τελικά οδηγεί στην εμφάνιση μιας νέας μεταγραφής που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη. Οι προκύπτουσες πρωτεΐνες μπορεί να καθοριστεί στην εξέλιξη είτε ως αποτέλεσμα της γενετικής παρέκκλισης ή λόγω τυχαίας θετική συμβολή στην καλή φυσική κατάσταση του οργανισμού. Η θετική επιλογή μετά την καθήλωση μπορεί να ενισχύσει περαιτέρω τη λειτουργικότητα αυτών των πρωτεϊνών.

Παρά το

de novo

μηχανισμό της γονιδιακής προέλευσης για μεγάλο χρονικό διάστημα να θεωρείται μη ρεαλιστική, υπάρχει ένας αυξανόμενος αριθμός των αναφορών από διάφορα είδη που δείχνουν ότι

de novo

γονίδιο προέλευσης είναι μια ευρέως διαδεδομένη διαδικασία που λαμβάνει χώρα σε όλους τους κλάδους του δέντρου της ζωής [3] – [9]. Ωστόσο, η λεπτομερής κατανόηση του

de novo

γονίδιο προέλευσης εξακολουθεί να λείπει, συμπεριλαμβανομένων ποιες είναι οι δυνάμεις που οδηγούν την αρχική περίοδο καθορισμού ενός πρόσφατα προήλθε γονίδιο και πώς η λειτουργία της να διαμορφώνεται και να ενσωματωθεί στο πλαίσιο του οργανισμού. Έχουμε νωρίτερα Υποθέσαμε ότι ογκογένεση μπορεί να παίζει ένα σημαντικό ρόλο στην νέα γονίδιο προέλευση και καθήλωσης (που αναλύεται στο [10] και [11]). Εν συντομία, ένα σημαντικό χαρακτηριστικό των διαφόρων τύπων όγκου είναι η άφθονη προς τα πάνω ρύθμιση των διαφόρων προϊόντων μετεγγραφής, πολλά από τα οποία έχουν ένα μη χαρακτηρισμένο λειτουργία [12], [13]. Ένα παράδειγμα είναι η μεγάλη κατηγορία των λεγόμενων καρκίνος /όρχεων αντιγόνα. Αυτά τα γονίδια που ελέγχονται από προαγωγούς που βασίζεται CpG-νησί και ενεργοποιούνται κατά προτίμηση σε σπερματοκύτταρα και σε διάφορους τύπους καρκίνου, οπότε η ενεργοποίηση και στις δύο περιπτώσεις συνδέεται με εκτεταμένη απώλεια της CpG μεθυλίωσης [14], [15]. Οι περισσότερες αυτών των μεταγραφημάτων στερούνται ένα καθιερωμένο λειτουργία και είναι σιωπηλοί στα περισσότερα από τα φυσιολογικούς ιστούς. Ωστόσο, ορισμένοι μπορεί να συμβεί να έχουμε ένα που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη δυναμικό και έτσι μπορεί ενδεχομένως να χαρακτηριστεί ως

de novo

γονίδια.

Δεύτερον, Fisher και συνεργάτες [16] έδειξαν ότι ορισμένα από οι πρωτεΐνες από μια βιβλιοθήκη που δημιουργείται τυχαία ακολουθίες κωδικοποίησης πρωτεΐνης ήταν σε θέση να διασώσουν αυξοτροφικών μεταλλακτών του

E. coli

. Αν και αυτή η απόδειξη της αρχής παράδειγμα δείχνει ότι ένας προηγουμένως μη κωδικοποιητική και μη βελτιστοποιημένη αλληλουχία μπορεί εύκολα να οδηγήσει σε μια ελάχιστα λειτουργική πρωτεΐνη, πιστεύουμε ότι στις περισσότερες περιπτώσεις ένα πρόσφατα αναδύθηκε de novo γονίδιο θα στερούνταν αρχικά λειτουργικά χαρακτηριστικά τέτοια ώστε θα ήταν επαρκής για να διευκολυνθεί η εξελικτική στερέωση του. Δεδομένης της συνεχιζόμενης μεταλλακτική διαδικασία και την έλλειψη επιλεκτικής πιέσεως ο χρόνος ημιζωής ενός τέτοιου γονιδίου θα μπορούσε να είναι σχετικά σύντομη. Υποθέσαμε ότι η έκφραση των αναδυόμενων

de novo

γονιδίων σε όγκους ίσως με κάποιο τρόπο βοηθούν να δημιουργήσετε μια φαινοτυπική βρόχος ανάδρασης που θα διευκολύνουν την εξελικτική στερέωση αυτών των γονιδίων και την περαιτέρω λειτουργική ένταξή τους στο πλαίσιο του οργανισμού. Με στόχο να βρείτε συγκεκριμένα παραδείγματα για να υποστηρίξουν αυτή την υπόθεση, επικεντρωθήκαμε στην αναζήτηση για τον άνθρωπο εξελικτικά νέων γονιδίων με προνομιακό έκφραση σε όγκους. Αναφέραμε προηγουμένως αρκετές τέτοιες μεταγραφές, αλλά τα περισσότερα από αυτά δεν είχαν το δυναμικό που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη [17], [18]. Κατά τη διάρκεια της αναζήτησής μας, συναντήσαμε μια μελέτη του σφιγκτήρα και τους συναδέλφους που αποσκοπούν στη διήθηση του που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη Κατάλογος ανθρώπινο γονίδιο αφαιρώντας misannotated μη κωδικοποίησης γονιδίων που βασίζεται σε ένα συνδυασμό κριτηρίων, όπως η παρουσία ορθόλογα στο ποντίκι και γονιδιωμάτων σκύλος, τα σήματα τομέα PFAM, αναλογία Κα /Ks κλπ [19]. Πέρα από την υποβολή εκθέσεων που περίπου το 20% των ανθρώπινων γονιδίων misannotated ως πρωτεΐνη-κωδικοποίησης, οι συγγραφείς παρέχονται επίσης έναν κατάλογο των 10 γονιδίων που είχαν ταξινομηθεί ως ψευδή, αλλά κωδικοποιημένες για πειραματικά επικυρωμένη πρωτεΐνες. Έχουμε προηγουμένως αναλύσει τα προφίλ έκφρασης εξελικτική ιστορία και EST που προέρχονται από τα γονίδια σε αυτή τη λίστα και, περιέργως, διαπιστώσαμε ότι ένα γονίδιο σε αυτή τη λίστα,

PBOV1

, έλειπε ορθόλογα σε μη πρωτευόντων γονιδιώματα και του mRNA του /EST αλληλουχίες είχε προέρχεται αποκλειστικά από πηγές του όγκου [20].

PBOV1

(

UROC28, UC28

) είναι ένα ανθρώπινο γονίδιο που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη με ένα 2501 bp μονής εξόνιο mRNA και ένα 135-αΑ ανοικτό πλαίσιο ανάγνωσης. Το γονίδιο έχει πρώτα χαρακτηρίζεται από μια και τους συνεργάτες [21] ως υπερεκφράζεται στον προστάτη, του μαστού και του καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Οι συγγραφείς εξέφρασαν την πρωτεΐνη

in vitro

, παρήγαγαν αντισώματα και έδειξαν ότι η πρωτεΐνη PBOV1 ήταν παρούσα στο αίμα των ασθενών με καρκίνο του προστάτη αλλά όχι σε υγιείς μάρτυρες. Έδειξαν επίσης ότι

PBOV1

έκφρασης σε κύτταρα καρκίνου του προστάτη ρυθμίζεται αυξητικά από ανδρογόνων θεραπεία [21]. Μια άλλη ομάδα ανέφερε ότι

PBOV1

μεταγραφή σε κύτταρα καρκίνου του μαστού ήταν θετικά ρυθμίζονται από την οιστραδιόλη [22].

Έχουμε αναφερθεί στο παρελθόν ότι

PBOV1

γονίδιο εκφράζεται σε πολλούς τύπους ανθρώπινων όγκους, αλλά όχι σε φυσιολογικά δείγματα ιστού [20]. Ωστόσο, οι μελέτες έκφρασης σε προηγούμενη εργασία μας δεν ήταν απόλυτα πειστικά, διότι τα πειράματα RT-PCR δεν περιλαμβάνουν επαρκείς ελέγχους DNA μόλυνση.

Εδώ θα εκτελέσει μια εστιασμένη ανάλυση των

PBOV1

εξελικτική ιστορία, ρύθμιση της έκφρασης και του συνεταιρίζεσθαι νόσο. Χρησιμοποιώντας συγκριτική ανάλυση γονιδιωματική δείχνουμε ότι η

PBOV1

αλληλουχία που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη είναι κατά 80% μοναδική στην ανθρώπινη και προήλθε

de novo

κατά τη διάρκεια της εξέλιξης των πρωτευόντων μέσω μιας σειράς μετατόπισης πλαισίου και stop-κωδικόνιο μεταλλάξεις.

Έχουμε ελέγξει πρώιμη έκθεση μας

PBOV1

έκφραση ογκο-ειδικών [20] με μια νέα σειρά έκφρασης προφίλ πειράματα που χρησιμοποιούν μια διαφορετική παρτίδα δειγμάτων cDNA και περιλαμβάνουν ολοκληρωμένη έλεγχοι για την ποιότητα του cDNA και γονιδιωματικών DNA μόλυνση. Επιπλέον, αναλύουμε διαθέσιμες στο κοινό γονιδιωματική, μικροσυστοιχιών και το chip-επόμενα δεδομένα για να ρίξει φως σχετικά με τους πιθανούς μηχανισμούς πίσω από

PBOV1

μεταγραφική ενεργοποίηση και να αποκαλύψει οποιεσδήποτε συνδέσεις μεταξύ

PBOV1

έκφρασης και του καρκίνου κλινική έκβαση. Τέλος, αναφέρουμε ότι τα επίπεδα έκφρασης του

PBOV1

στον καρκίνο του μαστού και του γλοιώματος κλινικά δείγματα θετικά συσχετίζονται με ασθενή ελεύθερη υποτροπής επιβίωση. Με βάση τα ευρήματά μας εικάζουν ότι

PBOV1

γονίδιο θα μπορούσε να λειτουργήσει ως ένα αντιγόνο όγκου και έναν καταστολέα ορισμένων τύπων καρκίνου. Υποθέτουμε ότι ο καθορισμός αυτού του γονιδίου στο ανθρώπινο εξελικτική καταγωγή θα μπορούσε να προωθηθεί από έναν όγκο ανοσολογική ανάδρασης.

Αποτελέσματα

PBOV1

αλληλουχία που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη προέρχεται

de novo

στην ανθρώπινη εξέλιξη και φαίνεται να εξελίσσεται ουδέτερο

Σύμφωνα με hg19 έκδοση του ανθρώπινου Γονιδιώματος UCSC Browser [https://genome.ucscs.edu],

PBOV1

γονίδιο αντιστοιχίζεται σε CHR6: 138’537’127-138’539’627, στο τέταρτο εσώνιο του

Big3

(

KIAA1244

) γονίδιο, περίπου 56 kbp κατάντη της θέσης έναρξης της μεταγραφής Big3 .

PBOV1

μεταγράφεται από τον κλώνο που είναι αντίθετη με

Big3

. Η μεταγραφή αποτελείται από ένα μόνο εξόνιο 2501 nt μακρύ και περιέχει ένα ORF που εκτείνεται από 96 να 503 nt κωδικοποίησης για 135 αμινοξέα.

Πραγματοποιήσαμε μια λεπτομερή συγκριτική γενωμική μελέτη των πρωτεϊνών-κωδικοποιητική αλληλουχία (CDS) του

PBOV1

. Εξάγαμε την πολλαπλή στοίχιση των 34 γονιδιωμάτων του πλακούντα θηλαστικών (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι για τον κατάλογο των ειδών) από τη βάση δεδομένων της MULTIZ πολλαπλών γονιδιώματος μεταξύ των ειδών ευθυγραμμίσεις [23], που είναι διαθέσιμη από UCSC γονιδίωμα Browser. Για κάθε γονιδιώματος, υπολογίσαμε το κλάσμα του ανθρώπινου CDS που μπορεί να ευθυγραμμιστεί με αυτό. Με βάση την παρουσία μεταλλάξεων μετατόπισης πλαισίου και stop-κωδικόνια, έχουμε συναχθεί το κλάσμα αλληλουχίας ανθρώπινης πρωτεΐνης η οποία ήταν homological στην υποθετική πρωτεΐνη που θα μπορούσε να προκύψει από μετάφραση της αλληλουχίας-στόχου στα άλλα είδη. Εμείς χαρτογραφηθεί τα αποτελέσματα στην εξελικτικό δέντρο των θηλαστικών και υποδεικνύονται τα βασικά εξελικτικά στάδια που οδήγησαν στην εμφάνιση του ανθρώπινου

PBOV1

(Σχήμα 1Α). Η κωδικοποιητική αλληλουχία του

PBOV1

φαίνεται να διατηρείται ελάχιστα στην εξέλιξη των θηλαστικών. Είναι σχεδόν απούσα από γονιδιώματα του

Atlantogenata

, εκτός από το γονιδίωμα βράχος hyrax στην οποία 71% της αλληλουχίας της ανθρώπινης μπορούν να ευθυγραμμιστούν. Την ίδια στιγμή, η αλληλουχία ομόλογη προς

PBOV1

CDS είναι παρούσα σε όλη την

Boreoeutheria

. Μπορούμε να συμπεράνουμε ότι το τελευταίο κοινό πρόγονο αυτού clade πιθανότατα είχαν τουλάχιστον το 97% των σύγχρονων ανθρώπινων CDS (ως το μέγιστο του 97% των ανθρώπινων αλληλουχία μπορεί να ευθυγραμμιστούν με τα γονιδιώματα του αλόγου και megabat), καθώς και το εναρκτήριο ATG κωδικονίου. Ωστόσο, η ορθόλογα loci σε

Laurasiatherae

ή

Glires

δεν μπορεί να κωδικοποιεί για μια πρωτεΐνη με σημαντική ομοιότητα με την ανθρώπινη PBOV1: σε

Glires

το εναρκτήριο κωδικόνιο ATG είναι μεταλλαγμένο, έτσι εξαλείφοντας την ανοικτό πλαίσιο ανάγνωσης, και

Laurasiatherae

μια διαγραφή καρέ-μετατόπιση στους 12 bp περιορίζει την ομοιότητα της πρωτεΐνης από το Ν-τερματικό 3% της ανθρώπινης αλληλουχίας

Α:. εξελικτικό δέντρο 34 θηλαστικά με τις διαθέσιμες αλληλουχίες γονιδιώματος. Οι τιμές δίπλα στα ονόματα είδη δείχνουν κλάσματα CDS της ανθρώπινης

PBOV1

που θα μπορούσε να ευθυγραμμιστεί με το αντίστοιχο γονιδίωμα και κλάσματα πρωτεϊνών που κωδικοποιούνται (υποθέτοντας ότι υπάρχουν) που θα μπορούσε να ευθυγραμμιστεί με την ανθρώπινη πρωτεΐνη PBOV1. Για επιλεγμένα ταξινομικές βαθμίδες, οι πιο πιθανές τιμές αυτών των κλασμάτων στην τελευταία κοινό πρόγονο (LCA) που δίνεται. Το γονιδίωμα της ΑΚΖ του

Boreoeutheria

πιθανότατα περιείχαν το κωδικόνιο έναρξης του

PBOV1

, το 97% των αντίστοιχων γονιδιωματικής αλληλουχίας (όπως το μέγιστο 97% της ανθρώπινης αλληλουχίας θα μπορούσε να ευθυγραμμιστούν με τα γονιδιώματα άλογο και megabat) και 7% της υποθετικής αλληλουχίας πρωτεΐνης. Ωστόσο, σε τρωκτικά και

Lagomorpha

το πλαίσιο χάθηκε λόγω μιας μετάλλαξης στο κωδικόνιο ATG.

Laurasiatheria

να παρακρατούν έως και 97% της γονιδιωματικής αλληλουχίας ομόλογη προς

PBOV1

CDS, αλλά η ομολογία πρωτεΐνη είναι κάτω από το 3% οφείλεται σε synapomorphic διαγραφή μετατόπιση πλαισίου. Όλα τα ανώτερα πρωτεύοντα περιέχουν τουλάχιστον 99% του ανθρώπινου γενωμικού αλληλουχίας, αλλά η ομολογία πρωτεΐνη είναι μόνο 20%. Ένα σημαντικό γεγονός εξελικτική κατά μήκος του ανθρώπινου γράμμωσης ήταν η υποκατάσταση Α → Τ στη θέση 90 στο τελευταίο κοινό πρόγονο του

Hominidae

οποία αφαιρείται το κωδικόνιο τερματισμού. Ωστόσο, όλα τα

Hominidae

γονιδιώματα στερούνται ένα κωδικόνιο τερματισμού εντός πλαισίου πέρα ​​από την έκταση του ανθρώπινου μεταγραφή, η οποία θα μπορούσε να κάνει τη μεταγραφή σε αυτό το είδος του στόχου της αποσύνθεσης non-stop [24]. Τέλος, ένα μόνο νουκλεοτίδιο διαγραφή που συνέβησαν μετά την απόκλιση από χιμπατζή οδήγησε σε μια μετατόπιση πλαισίου που διαμόρφωσαν τελικά το σύγχρονο ακολουθία ανθρώπινη πρωτεΐνη PBOV1. Β: Πολλαπλές ευθυγραμμίσεις των ανθρώπινων

PBOV1

CDS με ορθόλογες τόπους από επιλεγμένα είδη θηλαστικών. Τα τμήματα των γονιδιωμάτων που συμβάλλουν στην υποθετική πρωτεΐνη ομολογία με την ανθρώπινη PBOV1 επισημαίνονται με κίτρινο χρώμα, που ακολουθείται από τα χαρακτηριστικά που διαταράσσουν πρωτεΐνη ομολογία (μετατοπίσεις πλαισίου και κωδικόνια τερματισμού). Για χάρη της παράστασης, οι ακριβείς ακολουθίες των ειδών ειδικές προσθήκες παραλείπονται από την ευθυγράμμιση.

Η

Περισσότερο από το 99% του ανθρώπινου

PBOV1

CDS μπορούν να ευθυγραμμιστούν με κάθε πρωτευόντων γονιδιώματος που μελετήσαμε. Ωστόσο, η παρουσία ενός κωδικονίου στοπ νωρίς σε πρωτεύοντα μη-ανθρωποειδές περιορίζει την ομοιότητα με την ανθρώπινη πρωτεΐνη με το Ν-τερματικό 20%. Αυτό το κωδικόνιο λήξης είναι μεταλλαγμένο στο κοινό πρόγονο του

Hominidae

, ανοίγοντας το πλαίσιο ανάγνωσης. Ωστόσο, αυτό το πλαίσιο εκτείνεται πέρα ​​από τα σήματα πολυαδενυλίωσης ανθρώπινης ταυτόσημες, η οποία μπορεί να σηματοδοτήσει τα άκρα των υποθετικών μεταγραφές στα γονιδιώματα του γορίλα, ουρακοτάγκος και χιμπατζή. Αυτό θα σήμαινε ότι οι PBOV1-όπως μεταγραφές σε αυτά τα είδη μπορούν να αποτελέσουν αντικείμενο τη διάσπαση non-stop [24] και ως εκ τούτου δεν μπορεί να κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη, εκτός αν οι μεταγραφές σε αυτά τα είδη καταλήγουν σε διαφορετικό σήμα πολυαδενυλίωσης περαιτέρω προς τα κάτω. Αλλά ακόμη και σε αυτή την περίπτωση, η προκύπτουσα πρωτεΐνη ήταν περισσότερο από 660 αμινοξέα μακρύ και ως εκ τούτου θα έχει λιγότερο από το 20% των ακολουθίας κοινά με PBOV1 πρωτεΐνη. Τέλος, ένα 1-bp διαγραφή που έχει συμβεί στον πρόγονο του σύγχρονου ανθρώπου μετά τη διάσπαση με χιμπατζή οδήγησε σε μια μετατόπιση πλαισίου που έχει διαμορφώσει τελικά την ανθρώπινη

PBOV1

πρωτεΐνης-αλληλουχία που κωδικοποιεί βάζοντας ένα κωδικόνιο λήξης στο πλαισίου και για τον καθορισμό του μήκους του σε 135 κωδικόνια

Τα CDS της

PBOV1

γονίδιο δεν παρουσιάζουν σημαντική βάση-σοφός διατήρηση σε όλη θηλαστικά:. PhyloP [25] σημαίνει ζεύγη διατήρηση -log-ρ- τιμή ήταν 0,07 +/- 0,82. Ένας άλλος κοινός δείκτης ενός επιλεκτικού πίεση σε μια αλληλουχία που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη είναι ο λόγος της μη-συνώνυμη με συνώνυμες υποκαταστάσεις (Ka /Ks), η οποία έχει μία μέση τιμή 0,21 για ένα τυπικό ζεύγος ανθρώπινο γονίδιο ανθρώπου-χιμπατζή [26]. Εμείς υπολογίζεται αναλογία Κα /Ks χρησιμοποιώντας τη μέθοδο της Comeron [27] σε πολλαπλή ευθυγράμμιση των ανθρώπινων CDS με ρέζους, γορίλλας, ουρακοτάγκος και χιμπατζή αλληλουχίες γονιδιώματος και δεν βρίσκουν για να είναι σημαντικά διαφορετική από 1.0 (Ka /Ks 0.958, 95% CI 0,598 έως 1,876), υποδεικνύοντας ότι η αλληλουχία αμινοξέων σε αυτούς τους οργανισμούς εξελίσσεται ουδέτερα.

Εξελικτική χαρακτηριστικά, όπως η χαμηλή συντήρηση αλληλουχίας, η έλλειψη Ka /Ks προκατάληψη και πολλαπλές μετατοπίσεις πλαισίου θα μπορούσε να δείξει μια πλαστή ανοικτό πλαίσιο ανάγνωσης σε ένα μη-κωδικοποίησης μετεγγραφής που έχει misannotated ως ένα γονίδιο που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη. Ωστόσο, η ύπαρξη του PBOV1 πρωτεΐνη έχει προηγουμένως δειχθεί πειραματικά σε [21]. Για την υποστήριξη επιπλέον την ύπαρξη της πρωτεΐνης, ψάξαμε τη βάση δεδομένων EBI PRIDE των ταυτοποιήσεων MS /MS και βρέθηκαν δύο διακριτά πεπτίδια που ταιριάζει μοναδικά με πρωτεϊνική ακολουθία PBOV1 και μαζί καλύπτεται το 32% της πρωτεΐνης.

Έχουμε εκτιμάται η σκορ χρήσης κωδικονίων για

PBOV1

περιοχής κωδικοποίησης χρησιμοποιώντας τη μέθοδο του Guigó [28] (βλέπε μεθόδους για λεπτομέρειες). Η βαθμολογία ποσοτικοποιεί την προτιμησιακή χρήση συνώνυμα κωδικόνια, και υψηλότερες τιμές δείχνουν ότι η ακολουθία χρησιμοποιεί κωδικόνια με άφθονο αντίστοιχα tRNAs. Υψηλή κωδικονίου δείκτες χρήση δείχνουν την υψηλή αποτελεσματικότητα της μετάφρασης του mRNA και συνήθως παρατηρούνται σε γονίδια που επιλέγονται για υψηλά επίπεδα έκφρασης. Για

PBOV1

, λάβαμε ένα σκορ χρήσης κωδικονίου του 0,21 το οποίο είναι απροσδόκητα υψηλή για ένα ORF που έχει πρόσφατα προήλθε από ένα μη-κωδικοποιητική αλληλουχία και είναι σημαντικά υψηλότερο από το αναμενόμενο σε μία τυχαία αλληλουχία του ίδιου μήκους και της βάσης σύνθεση (p = 0,004, βάσει bootstrapping από ανασχηματισμό ακολουθία). Για σύγκριση, η μέση βαθμολογία χρήση κωδικονίου για ένα ανθρώπινο γονίδιο είναι 0.15 [4]. Ενώ μπορούμε μόνο να συμπεράνουμε ότι η εν λόγω όρος υψηλή χρήση κωδικονίου είναι αποτέλεσμα μιας καθαρή σύμπτωση, θα μπορούσε να είναι ένας από τους παράγοντες που συνέβαλαν θετικά στην πραγματική ικανότητα κωδικοποίησης πρωτεΐνης του εμφανίστηκε πρόσφατα ORF, καθώς είναι γνωστό ότι η χρήση κωδικονίου έχει σημαντική επίδραση στην έκφραση ανθρώπινου γονιδίου [29].

Τα ευρήματα αυτά δείχνουν εντελώς έντονα ότι η ανθρώπινη PBOV1 είναι μια πρωτεΐνη από ένα πολύ πρόσφατο

de novo

εξελικτική προέλευση, με το 80% της ακολουθίας είναι συγκεκριμένες τουλάχιστον

Hominidae

. Χιμπατζή, γορίλα και ουρακοτάγκος είτε έλλειψη ομόλογων πρωτεϊνών οφείλεται σε μια υποβάθμιση non-stop ή κωδικοποιούν για ομόλογα ένα πολύ μεγαλύτερο μήκος, το οποίο πρακτικά σημαίνει ότι PBOV1 πρωτεΐνη μπορεί να θεωρηθεί ένα ανθρώπινο ειδικό. Παρά την πρόσφατη προέλευση από μη-κωδικοποιητική αλληλουχία,

PBOV1

CDS έχει ένα ασυνήθιστα υψηλό δείκτη προτίμηση χρήση κωδικονίου και την ύπαρξη η αντίστοιχη πρωτεΐνη έχει αποδειχθεί πειραματικά.

Βιοπληροφορική ανάλυση πρωτεϊνών δείχνει PBOV1 η έλλειψη λειτουργικών χαρακτηριστικών

μια αναζήτηση PSI-BLAST της αλληλουχίας της πρωτεΐνης PBOV1 με τη βάση δεδομένων UniProt NRDB90 δεν οδήγησε σε χτυπήματα με ένα E-τιμή κάτω από 10, γεγονός που υποδηλώνει έλλειψη πρωτεϊνών με σημαντική ομολογία και επιβεβαιώνει το συμπέρασμά μας για το η πρόσφατη

de novo

προέλευσης των PBOV1 πρωτεΐνης. Ψάξαμε περαιτέρω για την υποτιθέμενη φορές και τον τομέα των κατασκευών PBOV1 πρωτεΐνης χρησιμοποιώντας ελεύθερα διαθέσιμα online εργαλεία. Επειδή η πρωτεΐνη δεν εξελικτικά συντηρημένη, χρησιμοποιήσαμε IPSSP [30] λογισμικό για πρόβλεψη δευτερογενούς δομής, η οποία, σε γνώση μας, είναι η πιο ακριβής εργαλείο πρόβλεψης δευτεροταγούς δομής που δεν βασίζεται σε εξελικτική πληροφορίες. Σύμφωνα με την πρόβλεψη IPSSP, PBOV1 πρωτεΐνη περιέχει 4 σύντομο α-έλικες που καλύπτουν το 35% της αλληλουχίας με το υπόλοιπο να είναι διαταραγμένη. Μια αναζήτηση για μοτίβα διαρθρωτικές τομέα στο PBOV1 χρησιμοποιώντας Ι-Tasser threading του server [31] παράγονται σημαντικές επιτυχίες, όπως όλες οι προβλέψεις σκόραρε κάτω από -3,5. PBOV1 πρωτεΐνη περιέχει 4 κυστεΐνες και τις προβλέψεις που έγιναν από Dianna [32] web server έδειξε ότι δύο από αυτούς (POS. 49-122) μπορεί να σχηματίζουν ένα δισουλφιδικό δεσμό. Επιπλέον, μια έρευνα για μετα-μεταφραστική τροποποίηση προβλέψεις διεξήχθη χρησιμοποιώντας εργαλεία διακομιστή πρόβλεψης CBS [https://www.cbs.dtu.dk/services] και σημαντικές βαθμολογίες για φωσφορυλίωση ελήφθησαν σε σερίνες 62, 94, 101 και 82 και τυροσίνες 89.

PBOV1

έχει μια ευρεία και άκρως όγκο συγκεκριμένο προφίλ έκφρασης

Μελετήσαμε την έκφραση του

PBOV1

γονιδίου σε ένα ευρύ φάσμα των καρκίνων και των φυσιολογικών ιστών χρησιμοποιώντας PCR σε πάνελ cDNA από διάφορους φυσιολογικούς ιστούς και δείγματα όγκων. Πρώτον, έχουμε δοκιμαστεί η έκφραση σε Clontech MTC Ι, ΙΙ και MTC πάνελ cDNA ανοσοποιητικό σύστημα. Δεν παρατηρούμε κανένα σήμα έκφρασης σε οποιοδήποτε από τα 37 ενήλικα και του εμβρύου ιστούς που ελέγχθηκαν (Σχήμα 2). Το αποτέλεσμα αυτό ήταν ταυτόσημη με εκείνη που έχουν αναφερθεί στο παρελθόν με ένα ανεξάρτητο παρτίδα πάνελ cDNA που ελήφθη από διαφορετικούς δότες [20].

A. Ανθρώπινα MTC Panel Ι (1-8), Human MTC Panel II (9-16): 1 – εγκέφαλος, 2 – καρδιά, 3 – νεφρό, 4 – συκώτι, 5 – πνεύμονα, 6 – πάγκρεας, 7 – πλακούντα, 8 – σκελετικών μυών, 9 – κόλον, 10 – ωοθήκη, 11 – λευκοκυττάρων περιφερικού αίματος, 12 – προστάτη, 13 – λεπτό έντερο, 14 – σπλήνα, 15 – όρχεις, 16 – θύμος? Οι εικόνες πλήρους μεγέθους του τζελ φαίνεται στο Σχήμα S1 και S2 Εικόνα στο S1 αρχείου. Β ανθρώπινο πεπτικό σύστημα MTC Panel: 1 – τυφλό έντερο, 2 – παχέος εντέρου, ανεβαίνοντας 3 – άνω και κάτω τελεία, φθίνουσα 4 – άνω και κάτω τελεία, εγκάρσια 5 – δωδεκαδάκτυλο, 6 – οισοφάγου, 7 – ileocecum, 8 – ειλεό, 9 – νήστιδα, 10 – συκώτι 11 – ορθού, 12 – στομάχι. Οι πλήρους μεγέθους εικόνες του τζελ που παρουσιάζονται στο Σχήμα S5 και S6 Εικόνα στο S1 αρχείου. Γ ανθρώπινο ανοσοποιητικό σύστημα MTC Panel (1-7), Human Fetal MTC Panel (8-15): 1 – μυελού των οστών, 2 – εμβρυϊκό ήπαρ, 3 – λεμφαδένας, 4 – λευκοκυττάρων περιφερικού αίματος, 5 – σπλήνα, 6 – θύμο, 7 – αμυγδαλές, 8 – εμβρυϊκό εγκέφαλο, 9 – καρδιά εμβρύου, 10 – εμβρυϊκό νεφρό, 11 – εμβρυϊκό ήπαρ, 12 – εμβρυϊκό πνεύμονα, 13 – εμβρυϊκό σκελετικό μυ, 14 – εμβρυϊκό σπλήνα, 15 – εμβρυϊκού θύμου? Α-Ο: NC – PCR χωρίς πρότυπο, PC – PCR με ανθρώπινο DNA. Οι εικόνες πλήρους μεγέθους του τζελ φαίνεται στο Σχήμα S3 και S4 Εικόνα στο S1 αρχείου.

Η

Στη συνέχεια, μελετήσαμε την έκφραση του

PBOV1

στα πάνελ cDNA των δειγμάτων όγκου. Ο πίνακας BioChain cDNA αποτελείτο από 32 δείγματα από όγκους διαφόρων ιστολογικών τύπων που προέρχονται από 28 διαφορετικές όργανα και ιστούς. Παρατηρήσαμε ένα συγκεκριμένο σήμα σε όγκους των 16 διαφορετικών ιστών και οργάνων: εγκέφαλος, πνεύμονες, ήπαρ, χοληδόχο κύστη, στομάχι, λεπτό έντερο, κόλον, ωοθήκη, σάλπιγγα, της μήτρας, του ουρητήρα, του προστάτη, των επινεφριδίων, παρωτίδα, το πάγκρεας, το θύμο , όρχεις και σπλήνα (Σχήμα 3Α). Αυτό το αποτέλεσμα ήταν ιδιαίτερα συνεπής με εκείνη που έχουν αναφερθεί στο παρελθόν, χρησιμοποιώντας πάνελ cDNA που ελήφθη από μια διαφορετική παρτίδα δειγμάτων όγκου [20].

A. Tumor cDNA Panel (BioChain Institute, USA): 1 – Brain μυελοβλάστωμα, με γλοίωμα, 2 – καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων του πνεύμονα, 3 – καρκίνωμα κοκκώδη κύτταρο νεφρού, 4 – καρκίνωμα σαφής κύτταρο νεφρού, 5 – Liver χολαγγειοκυτταρικοί καρκίνωμα, 6 – ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα, 7 – αδενοκαρκινώματος της χοληδόχου κύστης, 8 – καρκίνωμα οισοφάγου από πλακώδες επιθήλιο, 9 – στομάχι καρκίνωμα σφραγιστικό δαχτυλίδι, 10 – αδενοκαρκινώματος του λεπτού εντέρου, 11 – Colon θηλώδες αδενοκαρκίνωμα, 12 – αδενοκαρκίνωμα του ορθού, 13 – μαστού ιναδένωμα, 14 – Ωοθηκών ορώδες cystoadenocarcinoma, 15 – fallopian καρκίνωμα σωλήνα μυελοειδές, 16 – αδενοκαρκίνωμα Μήτρα, 17 – Ουρητήρα θηλώδες καρκίνωμα από μεταβατικό επιθήλιο, 18 – μεταβατικό καρκίνωμα ουροδόχου κύστης, 19 – Όρχεις σεμίνωμα, 20 – προστάτη αδενοκαρκινώματος, 21 – Το κακόηθες μελάνωμα, 22 – σκελετικών Μυϊκή κακοήθεια ινώδη ιστοκυττόματος, 23 – επινεφριδίων φαιοχρωμοκύττωμα, 24 – μη-Hodgkin λέμφωμα, 25 – Θυρεοειδής θηλώδες αδενοκαρκίνωμα, 26 – Parotid μικτών όγκων, 27 – παγκρέατος αδενοκαρκίνωμα, 28 – Θύμος σεμίνωμα, 29 – σπλήνα ορώδες αδενοκαρκίνωμα, 30 – λέμφωμα Hodgkin, 31 – λέμφωμα Τ-κυττάρων του Hodgkin, 32 – κακοήθες λέμφωμα. NC – PCR χωρίς πρότυπο, PC – PCR με ανθρώπινο DNA. μόλυνση DNA ελέγχθηκε χρησιμοποιώντας gDNA-CTR εκκινητές. Οι πλήρους μεγέθους εικόνες του τζελ που παρουσιάζονται στο Σχήμα S7 και S8 Εικόνα στο S1 αρχείου. έκφραση Β PBOV1 σε κλινικά δείγματα όγκου (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι για την πλήρη περιγραφή των δειγμάτων). PBOV1 εκφράζεται σε καρκίνο του μαστού (9-250), ο καρκίνος των ωοθηκών (1, 6), τον καρκίνο του τραχήλου (2, 13), ο καρκίνος του ενδομητρίου (156, 270), ο καρκίνος του πνεύμονα (12, 14, 17), σεμίνωμα (7) , μηνιγγίωμα (63), μη-Hodgkin λεμφώματα (67, 82, 92, 102, 113) πλήρους μεγέθους εικόνες γελών παρουσιάζονται στο Σχήμα S9 και S10 Εικόνα στο S1 αρχείου.

Η

Εμείς περαιτέρω μελέτησαν την έκφραση του

PBOV1

σε ένα πάνελ cDNA από κλινικά δείγματα όγκων που είχαν απομονωθεί στο εργαστήριο μας (βλέπε Μέθοδοι). Ο πίνακας περιείχε δείγματα από διάφορους τύπους καρκίνου: του μαστού (6 δείγματα), γυναικείου αναπαραγωγικού συστήματος (10 δείγματα), του πνεύμονα (3 δείγματα), όρχεις (1 δείγμα) και τα λεμφώματα των διαφόρων γένεσις (8 δείγματα). Τα αποτελέσματα της PCR σε αυτό το πάνελ παρουσιάζονται στο Σχήμα 3Β. Παρατηρήσαμε ένα συγκεκριμένο σήμα σε 22 από τα 31 δείγματα cDNA όγκων, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του μαστού, του τραχήλου της μήτρας, των ωοθηκών και καρκίνο του ενδομητρίου, τον καρκίνο του πνεύμονα, μη-Hodgkin λεμφώματα, μηνιγγίωμα και σεμίνωμα.

PBOV1

έκφραση στον καρκίνο του μαστού και του γλοιώματος θετικώς συσχετίζεται με ελεύθερη υποτροπής επιβίωση

Ανθρώπινο

PBOV1

γονίδιο κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη των πρόσφατων

de novo

προέλευσης το οποίο στερείται εξελικτική διατήρηση και αναγνωρίσιμο πρωτεϊνικές περιοχές . Αυτό, σε συνδυασμό με την έλλειψη έκφρασης σε φυσιολογικούς ιστούς, καθιστά ένα ερώτημα αν η κωδικοποιημένη πρωτεΐνη έχει οποιαδήποτε φυσιολογική λειτουργία στον ανθρώπινο οργανισμό. Παρ ‘όλα αυτά, ένα SNP παρερμηνεύσιμη στο

PBOV1

γονίδιο που οδηγεί σε

I73T

υποκατάστασης προηγουμένως βρέθηκε να σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του μαστού στο κυπριακό πληθυσμό [33].

αποφασίσαμε να ερευνήσει αν η έκφραση

PBOV1

στον καρκίνο του μαστού και άλλων τύπων καρκίνου σχετίζεται με την εξέλιξη της νόσου και την έκβαση. Για το σκοπό αυτό, ψάξαμε για διαθέσιμες στο κοινό σύνολα δεδομένων από μελέτες που συσχετίζονται προφίλ έκφρασης δείγμα όγκου με την εξέλιξη της νόσου και την κλινική έκβαση.

Πρώτον, χρησιμοποιήσαμε το online εργαλείο gobo να εκτελέσει μια ανάλυση επιβίωσης Kaplan-Meier σε σχέση με το

PBOV1

επίπεδα έκφρασης σε ένα αθροιστικό σύνολο δεδομένων από 6 ανεξάρτητες μελέτες στις οποίες μετρήθηκε προφίλ γονιδιακής έκφρασης στα κλινικά δείγματα των καρκίνων του μαστού [34]. Εκεί βρήκαμε ότι τα υψηλότερα επίπεδα του

PBOV1

συσχετίζεται σημαντικά με ελεύθερη υποτροπής επιβίωση (ρ = 0,013), όπως φαίνεται στο Σχήμα 4Α. Από τις διάφορες κλινικές υποομάδες, βρήκαμε ότι η σημαντική συσχέτιση θα μπορούσε να παρατηρηθεί μόνο σε ασθενείς με μεταστάσεις στους λεμφαδένες, αλλά όχι για τους ασθενείς χωρίς μετάσταση λεμφαδένα. Ομοίως, η συνεργασία με την ελεύθερη υποτροπής επιβίωση ήταν σημαντική στην ομάδα των ασθενών με βαθμού 2 όγκους, αλλά όχι για τους ασθενείς με βαθμούς όγκου 1 και 3.

Α. Kaplan-Meier ανάλυση του ομαδοποιημένου συνόλου δεδομένων προφίλ έκφρασης του καρκίνου του μαστού από έξι ανεξάρτητες κλινικές μελέτες [34] προκύπτει ότι τα υψηλότερα επίπεδα του

PBOV1

έκφραση συσχετίζεται θετικά με ελεύθερη υποτροπής επιβίωση στον καρκίνο του μαστού. Μεταξύ κλινικές υποομάδες η επίδραση ήταν ως επί το πλείστον έντονη σε περιπτώσεις λεμφαδένα θετικών καρκίνων και στις περιπτώσεις της κατηγορίας 2 όγκων (στοιχεία που προκύπτουν από gobo online εργαλείο [34]). Β

PBOV1

επίπεδα έκφρασης σε κλινικά δείγματα του υποδοχέα θετικού καρκίνου του μαστού οιστρογόνου συσχετίζονται θετικά με την ελεύθερη υποτροπής επιβίωση του ασθενούς πάνω από 5 έτη μετά από θεραπεία με ταμοξιφαίνη (δεδομένα που λαμβάνονται από το σύνολο δεδομένων GEO GDS806 [35]). Οι μπάρες σφάλματος αντιπροσωπεύουν το τυπικό σφάλμα της μέσης τιμής. επίπεδα έκφρασης Γ PBOV1 σε κλινικά δείγματα όγκων από ασθενείς προνευρικών γλοίωμα θετικά συσχετίζονται με την επιβίωση πάνω από 209 εβδομάδες (δεδομένα που λαμβάνονται από GEO σύνολο δεδομένων GDS1816 [36]). Οι μπάρες σφάλματος αντιπροσωπεύουν το τυπικό σφάλμα της μέσης τιμής. Δ Δημοτικού προνευρικών γλοιώματα έχουν σημαντικά υψηλότερα επίπεδα έκφρασης του

PBOV1

έκφραση από επαναλαμβανόμενες αυτά (τα δεδομένα που λαμβάνονται από GEO σύνολο δεδομένων GDS1816 [36]). Οι μπάρες σφάλματος αντιπροσωπεύουν το τυπικό σφάλμα της μέσης τιμής.

Η

Στη συνέχεια, ανέλυσε το σύνολο δεδομένων από μια ανεξάρτητη μελέτη που συσχετίζονται προφίλ γονιδιακής έκφρασης του υποδοχέα-θετικό καρκίνο του μαστού οιστρογόνου με ελεύθερη υποτροπής επιβίωση των ασθενών πάνω από 5 έτη μετά θεραπεία με ταμοξιφαίνη (έκφραση γονιδίων Omnibus (GEO) προσχώρηση GDS806 [35]). Σε αυτό το σύνολο δεδομένων, βρήκαμε ότι τα υψηλότερα επίπεδα του

PBOV1

έκφραση συσχετίζεται θετικά με την επιβίωση χωρίς εξέλιξη (Σχήμα 4Β, μονόπλευρο T-test p = 0.02).

Έχουμε λάβει μια παρόμοια προκύπτουν από την ανάλυση ενός συνόλου δεδομένων γονιδιακής έκφρασης του κλινικά δείγματα γλοιώματος (GEO ένταξη GDS1816 [36]). Εδώ βρήκαμε ότι τα δείγματα όγκων από ασθενείς με γλοίωμα προνευρικών που επέζησαν για περισσότερο από 209 εβδομάδες παρουσίασαν σημαντικά υψηλότερη

PBOV1

επίπεδα έκφρασης σε σύγκριση με τους ασθενείς που επιβίωσαν 52-209 εβδομάδες (Σχήμα 4C, μονόπλευρο T-test p = 0.04). Επιπλέον, τα δείγματα της πρωτογενούς προνευρικών όγκων γλοιώματος παρουσίασαν υψηλότερο

PBOV1

έκφραση από τα δείγματα των επαναλαμβανόμενων προνευρικών γλοιώματα (Σχήμα 4D, one-tailed t-test p = 0.001), γεγονός που υποδηλώνει ότι μπορεί να υπάρχει μια αρνητική επιλογή κατά του καρκίνου κύτταρα που εκφράζουν

PBOV1

κατά τη διάρκεια του καρκίνου σωματικών εξέλιξης.

Τέλος, αναλύσαμε ένα σύνολο δεδομένων μικροσυστοιχιών που προφίλ δείγματα των καρκίνων του προστάτη και 22 δείγματα μη-καρκινικές προστάτη από διαφορετικούς ασθενείς (ένταξη GEO GDS1746 [ ,,,0],37]). Εδώ βρήκαμε ότι

PBOV1

έκφραση ήταν σημαντικά υψηλότερη στα δείγματα από το στάδιο του καρκίνου III από ό, τι από το στάδιο ΙΙ (p = 0,0012). Ωστόσο, αφού ληφθούν υπόψη οι διαφορές έκφρασης στάδιο-ειδικό, δεν μπορέσαμε να βρούμε κάποια σημαντική συσχέτιση του

PBOV1

έκφρασης με την ελεύθερη υποτροπής επιβίωση σε αυτό το σύνολο δεδομένων. Αυτό το αποτέλεσμα υποδηλώνει ότι είτε

PBOV1

έκφραση που δεν συνδέονται με το αποτέλεσμα του καρκίνου του προστάτη, ή θα μπορούσε επίσης να οφείλεται σε ένα μικρό μέγεθος του συνόλου δεδομένων (22 δείγματα), το οποίο περιορίζει την ισχύ ανίχνευσης.

κανονισμός του

PBOV1

γονιδιακής έκφρασης

PBOV1

δείχνει ένα ισχυρό πρότυπο ογκο-ειδική έκφραση με μια ορισμένη συγγένεια προς τα εν λόγω ορμόνη-εξαρτώμενων καρκίνων, όπως καρκίνων του μαστού και του προστάτη .

υποκινητές γονιδίων

σπονδυλωτών μπορούν να χωριστούν σε δύο μεγάλες κατηγορίες με διαφορετικούς μηχανισμούς ρύθμισης της έναρξης της μεταγραφής (βλέπε [38] για μια συνολική αναθεώρηση). Εν συντομία, μια μειοψηφία προαγωγοί περιέχουν ένα τυπικό σύνολο των σημάτων, όπως η TATA-box και Ιδρυτή που τοποθετούν με ακρίβεια την θέση έναρξης της μεταγραφής (TSS). Η δραστηριότητα τέτοιων προαγωγών εξαρτάται έντονα από παράγοντες μεταγραφής και τα σύμπλοκα αναδιαμόρφωσης χρωματίνης που περιέχουν ακετυλτρανσφεράσες ιστόνης. Το υπόλοιπο των υποκινητών είναι πλούσια σε GC και τυπικά δεν περιέχουν ΤΑΤΑ-box. Αυτοί οι υποκινητές που χαρακτηρίζεται από χαλαρά τοποθετημένα TSS και δραστηριότητα τους εξαρτάται κυρίως από CpG μεθυλίωση και, σε μικρότερο βαθμό, από παράγοντες μεταγραφής.

Βρήκαμε ότι η περιεκτικότητα σε GC σε +/- 100 bp περιοχή γύρω TSS ήταν 35 %, το οποίο έδειξε μία GC-φτωχή ΤΑΤΑ-εξαρτώμενη υποκινητή [39]. websites.

Clontech:

[https://www.clontech.com/US/Products/cDNA_Synthesis_and_Library_Construction/cDNA_and_Genomic_DNA/Multiple_Tissue_cDNA_Panels#]

BioChain:

[https://www.biochain.com/biochain/Technical%20Resources/Reference.htm]

cDNA [https://www.clontech.com/US/Products/cDNA_Synthesis_and_Library_Construction/cDNA_and_Genomic_DNA/Multiple_Tissue_cDNA_Panels#]

Tumor