Αφηρημένο

Ιστορικό

Είναι γνωστό ότι πολλές κακοήθειες, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του παγκρέατος ( PC), έχουν την ικανότητα να αποφύγει το ανοσοποιητικό σύστημα με έμμεσα προς τα κάτω ρύθμιση των μηχανημάτων μονοπυρηνική αναγκαίο να ξεκινήσει μια αποτελεσματική ανοσολογική απόκριση. Αυτή η γνώση, σε συνδυασμό με το γεγονός ότι η trancriptome του περιφερικού αίματος μονοπυρηνικά κύτταρα έχει φανεί ότι μεταβάλλεται στο πλαίσιο των πολλών ασθενειών, συμπεριλαμβανομένων καρκινώματος νεφρικών κυττάρων, μας οδηγούν να μελετήσουμε αν υπάρχει τέτοια μεταβολή στην έκφραση γονιδίου σε PC όπως μπορεί να έχουν διαγνωστική χρησιμότητα.

Μέθοδοι και Ευρήματα

δείγματα

PBMC από 26 ασθενείς με PC και 33 υγιείς μάρτυρες αναλύθηκαν από όλη την μικροσυστοιχιών cDNA γονιδιώματος. Τριακόσια ογδόντα τρία γονίδια βρέθηκαν να είναι σημαντικά διαφορετική μεταξύ του PC και υγιείς μάρτυρες, με 65 που έχει τουλάχιστον ένα 1,5 φορές αλλαγή στην έκφραση. ανάλυση Pathway αποκάλυψε ότι πολλά από αυτά τα γονίδια έπεσε σε οδούς υπεύθυνες για αιμοποιητικών διαφοροποίησης, σηματοδότηση κυτοκίνης, και φυσικά φονικά (ΝΚ) κυττάρων και CD8 + Τ-κυττάρων κυτταροτοξική απόκριση. Χωρίς επίβλεψη ιεραρχική ανάλυση ομαδοποίησης εντοπιστεί ένα σύνολο προγνωστικό οκτώ-γονιδίου, που αποτελείται από

SSBP2, Ube2b-RS1, CA5B, F5, TBC1D8, ANXA3, ARG1,

και

ADAMTS20,

ότι μπορούσε να διακρίνει τους ασθενείς PC από υγιείς μάρτυρες με ακρίβεια 79% με τυφλό υποσύνολο των δειγμάτων από ασθενείς χωρίς προηγούμενη θεραπεία, δίνοντας ευαισθησία 83% και ειδικότητα 75%.

Συμπεράσματα

Εν ολίγοις, έχουμε αναφέρουν την πρώτη σε βάθος σύγκριση των παγκόσμιων προφίλ γονιδιακής έκφρασης των PBMCs μεταξύ ασθενών PC και υγιείς μάρτυρες. Έχουμε επίσης εντοπίσει μια σειρά προγνωστικός γονιδίου που μπορεί δυνητικά να αναπτυχθεί περαιτέρω για χρήση σε διαγνωστικές αλγορίθμους στον υπολογιστή. Μελλοντικές κατευθύνσεις αυτής της έρευνας θα πρέπει να περιλαμβάνει ανάλυση των προφίλ έκφρασης PBMC σε ασθενείς με χρόνια παγκρεατίτιδα, καθώς και την αύξηση του αριθμού των ασθενών σε πρώιμα στάδια για την αξιολόγηση της χρησιμότητας των PBMCs στην πρώιμη διάγνωση του PC

Παράθεση:. Baine MJ, Chakraborty S, Smith LM, Mallya Κ, Sasson AR, Brand RE, et al. (2011) μεταγραφικού προφίλ των μονοπύρηνων κυττάρων περιφερικού αίματος σε καρκίνο του παγκρέατος ασθενείς Προσδιορίζει τα νέα γονίδια με πιθανό διαγνωστικό βοηθητικό πρόγραμμα. PLoS ONE 6 (2): e17014. doi: 10.1371 /journal.pone.0017014

Επιμέλεια: Ludovic Tailleux, Institut Pasteur, Γαλλία

Ελήφθη: 7, Δεκέμβρη του 2010? Αποδεκτές: 19 του Γενάρη του 2011? Δημοσιεύθηκε: 10 Φεβρουαρίου 2011

Copyright: © 2011 Baine et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας (RO1 CA131944, RO1 CA78590, RO1 CA 133774, EDRN UO1 CA 111.294 και SPORE Ρ50 CA127297). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. Η διευκόλυνση UNMC μικροσυστοιχιών Πυρήνας λαμβάνει μερική υποστήριξη από το Πρόγραμμα INBRE του Εθνικού Κέντρου Έρευνας Πόρων, ΝΙΗ αριθμός επιχορήγηση P20 RR016469

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ο καρκίνος του παγκρέατος (PC) παραμένει μια θανατηφόρα κακοήθεια με συνολικό ποσοστό πενταετούς επιβίωσης μόνο περίπου 5% [1]. Μια σημαντική συμβολή στην κακή πρόγνωση των ασθενών PC είναι η αποτυχία να εντοπίσει τον όγκο σε πρώιμο και πιθανώς χειρουργήσιμη στάδιο. Υπολογίζεται ότι μόνο το 8% των περιπτώσεων PC έχουν διαγνωστεί με όγκους που εντοπίζεται στο πάγκρεας, ενώ μόνο το 15-20% θεωρούνται χειρουργήσιμη. Περαιτέρω, από εκείνους τους ασθενείς που είχαν όγκο τους εκτομή, μόνο το 20% ζουν περισσότερο από 5 χρόνια μετά τη διάγνωση [2]. Η πιο κοινή αιτία θανάτου μετά εκτομή είναι απομακρυσμένες μεταστάσεις? τοπική υποτροπή είναι σπάνια. Αν και οι μελέτες δείχνουν παρατεταμένη επιβίωση σε ασθενείς PC είναι σπάνιες, είναι αναμφισβήτητο ότι η έγκαιρη διάγνωση και εκτομή του PC, ειδικά σε μια τοπική κατάσταση, θα ήταν πιθανόν να αποφέρει σημαντική αύξηση στην επιβίωση.

Σχεδιάζοντας ένα διαγνωστικό τεστ νωρίς για PC ωστόσο, παρουσιάζει μια ιδιαίτερη πρόκληση λόγω της σχετικής σπανιότητας της ασθένειας και το γεγονός ότι η νόσος παραμένει συχνά ασυμπτωματική μέχρι προχωρημένο στάδιο. Στην ιδανική περίπτωση, ένα πρώιμο διαγνωστικό τεστ για PC θα είναι ελάχιστα επεμβατική, και σχετικά φθηνό, ενώ είναι αρκετά ευαίσθητα για τον εντοπισμό όλων ή περισσότερες περιπτώσεις του υπολογιστή. Όταν συνδυάζεται με ένα πολύ συγκεκριμένο επιβεβαιωτική δοκιμή, θα μπορούσε δυνητικά να επιτρέψει την έγκαιρη αναγνώριση των ασθενών με χειρουργικά εξαιρέσιμων νόσο.

CA19-9 είναι σήμερα το μόνο δείκτη που εγκρίθηκε από το FDA για χρήση σε PC. Ωστόσο, ενώ CA19-9 είναι χρήσιμη ως δείκτης της επιβάρυνσης λόγω ασθενειών, στερείται τόσο ευαισθησία και ειδικότητα (περίπου 80% και 73% αντίστοιχα) ως διαγνωστικός δείκτης [3] – [8]. Παρ ‘όλα αυτά, παραμένει το χρυσό πρότυπο βάσει του οποίου συγκρίνεται κάθε δυνατότητα βιοδείκτη. Τα τελευταία χρόνια, αρκετές νέες υποσχόμενες βιοδείκτες έχουν αναδειχθεί η οποία μπορεί δυνητικά να ανιχνεύσει πρώιμο στάδιο PC είτε στους ιστούς (MUC4, MUC1, CECAM1) ή στο αίμα (MIC-1, NGAL, τελομεράση και microRNAs) [9]. Ωστόσο, καμία από αυτές τις πιθανές βιοδείκτες είναι απαλλαγμένα από σημαντική ατέλειες, που δείχνει ευαισθησίες ή /και ιδιαιτερότητες που είναι είτε κακή ή ασυνεπή μεταξύ των μελετών. Έτσι, υπάρχει μία κλινική ανάγκη για νέους δείκτες για την έγκαιρη διάγνωση του PC.

περιφερικού αίματος μονοπύρηνα κύτταρα (PBMCs) περιλαμβάνουν τα κυκλοφορούντα μονοπύρηνα κύτταρα, συμπεριλαμβανομένων των μονοκυττάρων, Τ-κύτταρα, Β-κύτταρα, και φυσικά φονικά (ΝΚ), και έχουν προκύψει τα τελευταία χρόνια ως υποκατάστατοι δείκτες αρκετών ασθενειών συμπεριλαμβανομένων των φλεγμονωδών (π.χ. προεκλαμψία, η ρευματοειδής αρθρίτιδα και η χρόνια παγκρεατίτιδα) και κακοήθεις (χρόνια λεμφοκυτταρική λευχαιμία και καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων) νόσων [10] – [14]. Ωστόσο, ο ρόλος τους στην ανίχνευση και την πρόγνωση των συμπαγών όγκων παραμένει περιορισμένη. Στην παρούσα μελέτη, υποθέσαμε ότι η μεταβολή στην παγκόσμια προφίλ γονιδιακής έκφρασης των PBMCs εμφανίζεται σε ασθενείς με PC και ταυτοποίηση των PC-ειδικών υποσύνολα γονιδίων σε PBMCs θα μπορούσαν να είναι δυνητικά χρήσιμοι στην πρώιμη ανίχνευση αυτής της κακοήθειας.

οι πρόσφατες εξελίξεις έχουν επιτρέψει την ανάπτυξη της γονιδιακής τσιπ που περιέχει μια σειρά από συγκεκριμένες ασθένειες γονιδίων είτε για τη διάγνωση ή την πρόβλεψη της πρόγνωσης των διαφόρων κακοηθειών, συμπεριλαμβανομένων του μαστού και του οισοφάγου [15] – [18]. Τα αποτελέσματα της μελέτης μας δείχνουν ότι ένα σύνολο προγνωστικό οκτώ γονίδιο (που επιλέγονται από 383 διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων από τα 39.200 γονίδια) μπορεί να διακρίνει μεταξύ του PC και υγιή άτομα με ευαισθησία και ειδικότητα 83% και 64% αντίστοιχα.

Υλικά και Μέθοδοι

πληθυσμός μελέτη

Η μελέτη των βιολογικών δεικτών με βάση το αίμα στο PC εγκρίθηκε από το Διοικητικό συμβούλιο Institutional Review (IRB) στο Πανεπιστήμιο της Νεμπράσκα Ιατρικό Κέντρο (UNMC) (IRB αριθμός 209-00). Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους ασθενείς και τους ελέγχους πριν από την εγγραφή στη μελέτη. Για τη μελέτη αυτή, 26 ασθενείς PC και 33 ηλικία, τη φυλή και το φύλο υγιείς μάρτυρες είχαν προσληφθεί. Συνολικά 35 δείγματα λήφθηκαν από το PC και 33 από την υγιή ομάδα. Baseline δημογραφικές πληροφορίες και για τις δύο ομάδες λεπτομερώς στον Πίνακα 1.

Η

Η διάγνωση του PC βασίστηκε σε μια θετική βιοψία του παγκρέατος μάζας ή μεταστατική βλάβη. Οι ασθενείς PC είχαν ταξινομηθεί περαιτέρω ως εντοπισμένη (στάδιο 1 και 2α) ή μη εντοπισμένο (στάδιο 2β και υψηλότερα), πριν ή μετά τη χειρουργική επέμβαση, και πριν ή μετά τη χημειοθεραπεία. Ένας ασθενής ταξινομείται ως μετα-χειρουργική επέμβαση, εάν είχαν υποβληθεί σε pancreaticoduodenectomy πριν προήλθε το δείγμα. Όλα τα άλλα δείγματα, συμπεριλαμβανομένων των δειγμάτων από ασθενείς που δεν είχαν ποτέ τη χειρουργική επέμβαση, κατά τη διάρκεια της ασθένειάς τους, ταξινομήθηκαν ως προ-χειρουργική επέμβαση. Κάθε δείγμα που πριν ο ασθενής είχε υποστεί χημειοθεραπεία για PC έχει ταξινομηθεί ως προ-χημειοθεραπείας. Αν ο ασθενής δεν είχε ποτέ χημειοθεραπεία για PC, ανεξάρτητα από το αν ή όχι ο ασθενής υποβαλλόταν σε χημειοθεραπεία κατά τη στιγμή της κλήρωσης του δείγματος, το δείγμα ταξινομείται ως μετα-χημειοθεραπεία. Για τους ασθενείς στους οποίους πολλαπλά δείγματα λήφθηκαν σε διαφορετικές ημερομηνίες, όλα τα δείγματα που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση των δεδομένων, εκτός εάν αναφέρεται ρητά στην ενότητα αποτελέσματα

στάσης PC βασίστηκε σε ένα από τα τέσσερα κριτήρια:. 1) παθολογικά στάσης μετά χειρουργική επέμβαση, 2) στάσης MRI /CT /υπερήχων, 3) ενδοσκοπική στάσης, ή 4) η βιοψία του μεταστατική νόσο.

Απομόνωση ολικού RNA από ΜΚΠΑ

PBMCs απομονώθηκαν από πλήρες αίμα χρησιμοποιώντας το διάλυμα λύσης RBC PharmLyse (BD, San Jose, CA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Ολικό RNA εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας το κιτ απομόνωσης RNA Qiagen RNAeasy (QIAGEN, Valencia, CA, USA) και στη συνέχεια μετατρέπεται σε cDNA χρησιμοποιώντας το Superscript II κιτ σύνθεσης cDNA (Invitrogen, Carlsbad, CA) σύμφωνα με ένα προηγουμένως δημοσιευμένο πρωτόκολλο [19].

ανάλυση cDNA μικροσυστοιχιών της παγκόσμιας προφίλ γονιδιακής έκφρασης των PBMCs

ανάλυση μικροσυστοιχιών εκτελέστηκε από τον πυρήνα των μικροσυστοιχιών εγκατάσταση UNMC χρησιμοποιώντας καθιερωμένο πρωτόκολλο του εργαστηρίου σε μια φάλαγγα ολόκληρη μικροσυστοιχιών cDNA γονιδιώματος που περιέχει 30.275 χαρακτηριστικά σχολαστικά για περίπου 22.000 μοναδικές γονίδια. Μια καθολική ανθρώπινη αναφοράς (Stratagene, Cat: 740000, Cedar Creek, TX) χρησιμοποιήθηκε ως αναφορά κατά την οποία όλα τα δείγματα ομαλοποιήθηκαν

Στατιστική Ανάλυση

Σύνδεση εφαρμόστηκε

2 μετασχηματισμό. σε όλες τις αναλογίες που ακολουθείται από εξομάλυνση με το «κέντρο» κάθε πίνακα χρησιμοποιώντας Lowess ομαλότερη μέσω BRB ArrayTools αναπτύχθηκε από τον Δρ Richard Simon και η Amy Peng [20]. Οποιοδήποτε γονίδιο στο οποίο το ποσοστό των κηλίδων που λείπουν ή φιλτράρονται υπερέβη το 50% είχε αποκλεισθεί. Διπλότυπο σποτ δεν είχαν κατά μέσο όρο, αλλά αντιμετωπίζονται ως ξεχωριστά γονίδια για ανάλυση. Μικτά αποτελέσματα μοντέλα στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκαν για να καθοριστεί ποια γονίδια ήταν σημαντικά διαφορικά εκφραζόμενο μεταξύ του υπολογιστή και των υγιών ομάδες ελέγχου, επιτρέποντας μια ψευδή ρυθμό ανακάλυψη 10%. ομάδα διάγνωση (καρκίνος εναντίον κανονική) συμπεριλήφθηκε στο μοντέλο ως ένα σταθερό αποτέλεσμα και ένα τυχαίο αντικείμενο επίδραση συμπεριλήφθηκε επίσης να λογοδοτήσουν για πολλαπλά δείγματα ανά άτομο.

Ιεραρχική ανάλυση ομαδοποίησης των συστοιχιών με βάση την ομοιότητα της έκφρασης προφίλ διεξήχθη χρησιμοποιώντας την κανονικοποιημένη και log

2-μετασχηματισμένα δεδομένα. Ομαδοποίηση έγινε χρησιμοποιώντας την έκδοση Gene Cluster 3.0, χρησιμοποιώντας το «επίκεντρο» Pearson ομοιότητα συσχέτιση μετρικών και ολοκληρωμένη μέθοδος σύνδεσης ομαδοποίησης, και οπτικοποιούνται με τη Java TreeView.

Εκκαθάριση δεδομένων μικροσυστοιχιών από την Q-RT PCR

Τα αποτελέσματα μικροσυστοιχιών επικυρώθηκαν από ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR (Q-RT PCR). Όλα τα Q-RT PCR αντιδράσεις χρησιμοποιηθεί χημεία SYBR πράσινο βάση. Για την επικύρωση, έξι από τις πιο διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων: 3 up-ρυθμιζόμενη (

ANKRD22, ANXA3, ARG1

) και 3 προς τα κάτω-ρυθμιζόμενη (

FCER1A, GRAMD1C και MS4A1

) με μικροσυστοιχίες ήταν εκλεκτός. Επικύρωση έγινε σε τυχαία επιλεγμένες υποσύνολο των αρχικών δειγμάτων (που υποβλήθηκε για ανάλυση μικροσυστοιχιών) που περιλάμβανε εννέα υγιείς μάρτυρες και δώδεκα ασθενείς PC. Η πολλαπλή μεταβολή στην έκφραση γονιδίου προσδιορίστηκε με την 2

-ΔΔCt μέθοδος χρησιμοποιώντας την ίδια την ανθρώπινη RNA αναφοράς όπως αυτό που χρησιμοποιείται στην μικροσυστοιχία. Για να προσδιοριστεί η συσχέτιση μεταξύ της μικροσυστοιχιών και τα αποτελέσματα Q-RT PCR, υπολογίσαμε τη μέση μεταβολή φορές στην έκφραση (για ένα συγκεκριμένο γονίδιο) για το PC εναντίον υγιείς μάρτυρες, και τον συνέκρινε με την πολλαπλή μεταβολή θεωρείται από μικροσυστοιχιών να προσδιοριστεί αν το γονίδιο ακόμα διαφορικά εκφράζονται στην ίδια κατεύθυνση.

Συσχέτιση της γονιδιακής υπογραφές με κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά στο PC

Για να διαπιστώσετε εάν υπάρχει η διαφορική έκφραση των γονιδίων σε ασθενείς PC συσχετίζεται με τα χαρακτηριστικά των ασθενών, μια μικτή επιδράσεις μοντέλο εφαρμόσθηκε στα δείγματα PC που ομαδοποιούνται σύμφωνα με τα ακόλουθα κριτήρια: χειρουργική κατάσταση (προ- έναντι μετα-χειρουργική), την κατάσταση χημειοθεραπεία (προ- έναντι μετα-χημειοθεραπεία), ιστορικό σακχαρώδους διαβήτη τύπου II πριν από την η διάγνωση του PC (παρόντες εναντίον απούσα), θέση του όγκου (κεφάλι εναντίον του σώματος /ουρά), και το στάδιο των PC (τοπική έναντι μη εντοπισμένο, και μεταστατικό εναντίον μη μεταστατικό). Σημαντικές γονίδια επιλέχθηκαν με βάση την επιτρεπόμενη ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη μικρότερο του 10%. Στάδιο 1α και 2α PC θεωρήθηκαν εντοπισμένη, ενώ τα στάδια 2β, 3, και 4 PCs θεωρήθηκαν μη εντοπισμένο, και το στάδιο 4 όγκοι θεωρήθηκαν μεταστατική. Για δύο ασθενείς που προσλαμβάνονται στη μελέτη, δεν μπορούσαν να ληφθούν πληροφορίες σχετικά με το στάδιο του όγκου, εντόπιση όγκου, και την ιστορία του σακχαρώδη διαβήτη τύπου ΙΙ.

Αναγνώριση ενός συνόλου προγνωστικός γονίδιο που διακρίνει τον υπολογιστή από υγιή άτομα

BRB-ArrayTools Έκδοση 3.8.0 χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση όλων των δυνατών συνδυασμών των 21.671 έγκυρες γονίδια που προσδιορίζονται από μικροσυστοιχιών για να προσδιοριστεί αν μια γενετική υπογραφή θα μπορούσε να πιστοποιηθεί ότι θα διακρίνει τους ασθενείς PC από υγιείς μάρτυρες με τον βέλτιστο συνδυασμό ευαισθησίας και ειδικότητας . Τα δεδομένα μικροσυστοιχιών για 24 τυχαία επιλεγμένα δείγματα PC και 20 υγιείς μάρτυρες που εισάγονται στην ανάλυση. Γονίδια που πρόκειται να επιλεγεί για το σύνολο προγνωστικό έπρεπε να είναι σημαντικά διαφορετική μεταξύ του υπολογιστή και υγιείς ομάδες ελέγχου με επίπεδο σημαντικότητας p≤0.0001 και με μια φορές έκφραση διαφορά μεταξύ των δύο ομάδων ≥1.5. Cross επικύρωση του σετ γονιδίου προγνωστικός επαναλήφθηκε 1 φορές K-φορές (Κ = 10). Το σύνολο του γονιδίου προγνωστικός δείκτης έφτασε στο μέσω αυτών των μεθόδων αναλύθηκε με διάφορες μεθόδους, μεταξύ των οποίων η Ένωση συμμεταβλητή Predictor, Diagonal γραμμική ανάλυση Διαχωριστική, 1-Πλησιέστερα Γείτονας, 3-Πλησιέστερα Γείτονες, Πλησιέστερα Κέντρο βάρους, Support Vector Machines, και Μπεϋζιανή Ένωση συμμεταβλητή Predictor. Από αυτά, η Ένωση συμμεταβλητή Predictor έδωσε τις καλύτερες δυνατότητες πρόβλεψης με τη χρήση του σετ γονιδίων προγνωστικό παράγοντα και κατά συνέπεια χρησιμοποιούνται.

Επικύρωση της προγνωστικό γονιδίου που

Μόλις ιδρύθηκε το σύνολο προγνωστικός δείκτης, που είχε επικυρωθεί το ένα δεύτερο σύνολο τυχαία επιλεγμένων PC και υγιή δείγματα. Ο στατιστικολόγος τυφλώθηκε με την ταυτότητα των δειγμάτων. Εφαρμόζοντας το cut-off που λαμβάνονται με τη μέθοδο της Ενωσης συμμεταβλητή Πρόβλεψη, τα δείγματα ταξινομούνται είτε ως «PC» ή «μη-PC». Ο αναλυτής (Μ.Β.) ήταν τότε τυφλή και η ακρίβεια της πρόβλεψης προσδιορίζεται με σύγκριση με την πραγματική διάγνωση. Εφαρμόσαμε επίσης την ίδια εξίσωση σε ένα υποσύνολο του προ-χημειοθεραπείας ασθενείς προ-χειρουργικών PC για να προσδιοριστεί η ικανότητα του predictor που να κατατάξει σωστά ασθενείς σε PC έναντι μη-PC. Αυτό είναι σημαντικό καθώς η επίδραση της χημειοθεραπείας ή /και χειρουργική επέμβαση για το προφίλ γονιδιακής έκφρασης του PBMCs δεν μπορεί να αποκλειστεί. Περαιτέρω, η τελευταία ομάδα των ασθενών που αντιπροσωπεύει τον ιδανικό πληθυσμό των ασθενών στους οποίους η δοκιμή, εάν επικυρωθεί, θα πρέπει να εφαρμοστεί σε κλινικό περιβάλλον.

Αποτελέσματα

Μετά την εξομάλυνση και το φιλτράρισμα των δεδομένων μικροσυστοιχιών, 21671 γονίδια παρέμειναν για ανάλυση. Από αυτά, 383 γονίδια βρέθηκαν να έχουν σημαντική διαφορική έκφραση μεταξύ των ασθενών PC και των υγιών μαρτύρων (Πίνακας S1). Από αυτούς, 65 γονίδια που παρατηρήθηκαν να έχουν μια διαφορετική έκφραση ≥1.5 φορές μεταξύ των δύο ομάδων (Πίνακες 2-3).

Η

Μια ιεραρχική ομαδοποίηση των δεδομένων μικροσυστοιχιών εντοπίστηκαν δύο συστάδες δείγματα, δείχνεται στο Σχήμα 1 και σε μορφή δενδρόγραμμα στο Σχήμα 2, μία ομάδα Υ και μία υγιή ομάδα ελέγχου. Δύο δείγματα PC όμως συγκεντρωμένα με τους υγιείς μάρτυρες, ενώ ένα υγιή έλεγχο έπεσε στο σύμπλεγμα που περιέχει την πλειοψηφία (32/35) των δειγμάτων PC. Επιπλέον, το προφίλ της γονιδιακής έκφρασης ενός δείγματος PC δεν ομαδοποιούνται ούτε με τις υγιείς μάρτυρες ή τα άλλα δείγματα PC.

Ιεραρχική ανάλυση συστάδων του προφίλ έκφρασης παγκόσμιας γονιδίου από cDNA μικροσυστοιχιών ολόκληρο το γονιδίωμα σύγκριση υγιή ελέγχου και τα δείγματα υπολογιστή χρησιμοποιώντας όλα τα γονίδια βρέθηκαν να είναι στατιστικά εκφράζονται διαφορικά μεταξύ των δύο ομάδων (FDR & lt? 0,10, η = 383 γονίδια). Σε καμία περίπτωση δεν ήταν στα δείγματα που συλλέχθηκαν.

Κόκκινο

δείχνει γονίδια των οποίων η έκφραση είναι αυξημένη σε σχέση με την καθολική ανθρώπινη αναφοράς (που χρησιμοποιείται για την εξομάλυνση όλων των συστοιχίες) και

πράσινο

δείχνει γονίδια των οποίων η έκφραση είναι μειωμένη σε σχέση με την καθολική ανθρώπινη αναφοράς.

Ένα δενδρόγραμμα σχετικότητας δείγματος από την ανάλυση σύμπλεγμα που φαίνεται στο Σχήμα 1 χρησιμοποιώντας τις στατιστικά σημαντικές διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια. Δείγματα συγκεντρωμένοι σε κύριες ομάδες, ευθυγραμμίζοντας καλά με την ταξινόμηση του υπολογιστή ή του HC. Τα δείγματα PC PBMC υποδεικνύεται από

γκρι μπάρες

ενώ τα υγιή δείγματα PBMC συμβολίζεται με

κίτρινο μπαρ

.

Η

Q-RT PCR Επικύρωση

έξι από τις πιο διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων (

ANKRD22, ANXA3, ARG1, FCER1A, GRAMD1C

, και

MS4A1

) επιλέχθηκαν για την επικύρωση από την Q-RT PCR σε ένα τυχαία επιλεγμένο υποσύνολο των 21 PBMC δείγματα (που αποτελείται από 12 δείγματα PC και 9 δείγματα υγιής έλεγχος από το αρχικό 68 που χρησιμοποιείται στην μικροσυστοιχία). Η διάμεση φορές έκφρασης για πέντε από αυτούς ήταν στην ίδια κατεύθυνση με εκείνη στην μικροσυστοιχία, δίνοντας μας ένα ποσοστό επικύρωσης του 83%.

FCER1A

ήταν το μόνο γονίδιο για την οποία δεν λήφθηκε μια θετική συσχέτιση. Τα αποτελέσματα απεικονίζονται στον Πίνακα 4.

Η

Συσχέτιση των PBMC προφίλ έκφρασης με κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά

Για να καθοριστεί εάν υπήρχε συσχετισμός μεταξύ του προφίλ γονιδιακής έκφρασης PBMC σε ασθενείς PC και κλινικά σχετική ασθενή χαρακτηριστικά, έχουμε χωριστεί τα δείγματα υπολογιστή που βασίζεται σε χειρουργική κατάσταση (23 προ-χειρουργική επέμβαση έναντι 12 μετά την επέμβαση), ιστορία της χημειοθεραπείας (15 προ-χημειοθεραπείας έναντι 20 μετά την χημειοθεραπεία), η διάγνωση του σακχαρώδους διαβήτη τύπου ΙΙ πριν από την διάγνωση του PC (14 με θετική έναντι 19 με αρνητικό ιστορικό ιστορίας), τη θέση του πρωτογενούς όγκου (25 έναντι 8 κεφαλή σώμα /ουρά), και το στάδιο της PC κατά τη διάγνωση (6 εντοπισμένη (στάδιο 1 /2A) έναντι 12 μη εντοπισμένο μη μεταστατικό (σταδίου 2Β /3) έναντι 15 μεταστατικό (Στάδιο 4) PC). Ωστόσο, δεν παρατηρήσαμε κάποια σημαντική διαφορά στην έκφραση του γονιδίου ανάμεσα σε οποιαδήποτε από αυτές τις ομάδες ασθενών εφαρμόζοντας το κριτήριο του FDR & lt?. 10%

Gene Predictor Set

επόμενο διερευνηθεί κατά πόσον θα μπορούσαμε να προσδιορίζουν ένα ελάχιστο σύνολο γονιδίων-προγνωστικός παράγοντας που θα διακρίνουν με ακρίβεια περιπτώσεις PC από υγιείς μάρτυρες. Για να το κάνετε αυτό, 44/68 δείγματα που περιλαμβάνουν 24 PC και 20 δείγματα υγιών ελέγχου επιλέχθηκαν τυχαία. Όλα τα 21.671 γονίδια για κάθε ένα από τα δείγματα που εισάγονται στην ανάλυση. Ένα σύνολο προγνωστικός οκτώ γονίδιο λήφθηκε και αποτελείται από

SSBP2, Ube2b-RS1, CA5B, F5, TBC1D8, ANXA3, ARG1

, και

ADAMTS20

. Χρησιμοποιώντας την ένωση συμμεταβλητή μέθοδος πρόβλεψης (CCPM), αυτό το σύνολο προγνωστικό έδωσε μια σωστή ταξινόμηση των PC έναντι μη-PC με ακρίβεια 73%, παρέχοντας μια ευαισθησία 71% και ειδικότητα 75%. Τα βάρη δίνονται σε κάθε γονίδιο χρησιμοποιώντας CCPM ήταν -4.97, -4.83, -4.38, 4.43, 4.44, 4.53, 4.84 και 4.96 αντίστοιχα με μια οριακή τιμή των 38,98 τέτοια ώστε, εάν Σ

i

w

i

x

ήμουν & gt? το κατώφλι για ένα δείγμα που είχε προβλεφθεί ως από έναν ασθενή Υ (όπου

w

i = βάρος του γονιδίου,

x

i = log

2 γονιδιακής έκφρασης ένταση).

Επικύρωση Gene Predictor set

με αυτό το σετ προγνωστικό οκτώ-γονιδίου, η ταξινόμηση ενός δείγματος είτε ως PC ή ένα υγιές έλεγχο επιχειρήθηκε με τυφλό τρόπο χρησιμοποιώντας ένα σύνολο του δείγματος που αποτελείται

μόνο

των δειγμάτων που δεν είχαν χρησιμοποιηθεί για να δημιουργήσει το σύνολο προγνωστικό παράγοντα (δηλαδή 24/68). Σε αυτό το τυφλωμένο επικύρωση, χρησιμοποιώντας την εξίσωση που προέρχεται ανωτέρω, το προγνωστικό γονίδιο που προβλεφθεί με ακρίβεια τη διάγνωση του PC με ακρίβεια 73%, δίνοντας μια ευαισθησία 83% και ειδικότητα 64%.

Σε μια προσπάθεια για την περαιτέρω ελέγξτε το δυναμικό διαγνωστική χρησιμότητα αυτού του συνόλου predictor γονίδιο, ένα νέο υποσύνολο δειγμάτων, που αποτελείται από 12 δείγματα PC που λαμβάνονται από ασθενείς οι οποίοι ήταν και οι δύο προ-χημειοθεραπείας και προ-χειρουργική επέμβαση, μαζί με ένα ίσο αριθμό τυχαία επιλεγμένων υγιών ελέγχων, και πάλι τυφλωθεί και να αναλυθούν για να προβλέψει την ταξινόμησή τους. Αυτή τη φορά η οκτώ γονίδιο προγνωστικό ήταν σε θέση να κατατάξει σωστά αυτά τα δείγματα 79% του χρόνου, δίνοντας μια ευαισθησία 83% και 75% ειδικότητα της διάγνωσης.

Συζήτηση

Τα τελευταία χρόνια έχει επανειλημμένα αποδειχθεί ότι η γενετική έκφραση σε PBMCs μεταβάλλεται στο πλαίσιο της κακοήθειας [13], [14], [21], [22]. Αυτή η παρατήρηση μιας αλλαγμένης προφίλ PBMC γενετική έκφραση σε καρκινοπαθείς αναφέρθηκε για πρώτη φορά το διάχυτο από μεγάλα Β-κύτταρα λέμφωμα και χρόνια λεμφοκυτταρική λευχαιμία και αργότερα επεκτάθηκε πέρα ​​κακοήθειες αιματολογικής μέσα από την ανάλυση της έκφρασης PBMC προφίλ σε ασθενείς με προχωρημένο νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (RCC) [ ,,,0],13] – [14]. Σε αμφότερες τις αιματολογικές κακοήθειες και RCC, αναφέρθηκε ότι η μεταβολή στην έκφραση γονιδίου μεταξύ των ασθενών με νόσο και υγιών μαρτύρων ήταν πολύ μεγαλύτερη από τη διακύμανση μεταξύ των δειγμάτων που παρατηρείται μόνο για τους υγιείς ασθενείς, υποδηλώνοντας ότι PBMCs θα μπορούσαν να είναι χρήσιμα υποκατάστατων δεικτών με δυναμικό διαγνωστικές και προγνωστικές εφαρμογές στον καρκίνο. Περαιτέρω, σε RCC, εδείχθη ότι ένα σετ ταξινομητής 8-γονίδιο που αναπτύχθηκε από τα διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων θα μπορούσε να προβλέψει τη διάγνωση της κακοήθειας με 100% ακρίβεια [14].

Πρόσφατα, Huang et al. έχουν αναφέρει ότι ένα προφίλ διαφορική γονιδιακή έκφραση υπάρχει σε ΜΚΠΑ ασθενών PC [22]. Ενώ η μελέτη αυτή χρησιμοποιούνται επίσης μικροσυστοιχιών και επικύρωση Q-RT PCR για τη δημιουργία διαφορική γενετική έκφραση στο περιφερικό αίμα των ασθενών PC, σκοπός του ήταν να δημιουργήσει δυναμικό βιοδεικτών που θα μπορούσαν να διαφοροποιηθούν διαβητικούς ασθενείς που διαγνώστηκαν πρόσφατα με τον υπολογιστή από διαβητικούς χωρίς PC. Ενώ οι συγγραφείς της μελέτης ανέφεραν ότι 48 γονίδια εκφράζονται διαφορικά μεταξύ των ασθενών PC και υγιείς μάρτυρες με μικροσυστοιχιών, μόνο 8 δείγματα χρησιμοποιήθηκαν σε κάθε μία από τις δύο ομάδες και δεν παρείχαν περαιτέρω πληροφορίες σχετικά με αυτά τα γονίδια. Το μικρότερο μέγεθος του δείγματος και η έλλειψη τύφλωσε επικύρωσης αντίθεση περαιτέρω μελέτη αυτή με την παρούσα έκθεση. Επιπλέον, δεν βρήκαμε κανένα σημαντικά διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων με βάση το ιστορικό του, είτε πριν από τη χειρουργική επέμβαση ή χημειοθεραπεία, την ιστορία του σακχαρώδη διαβήτη τύπου ΙΙ, ή το στάδιο του υπολογιστή στη μελέτη μας. Είναι σημαντικό ότι η μελέτη από Huang et al. χρησιμοποιείται

GAPDH

το γονίδιο καθαριότητας κατά την οποία, ομαλοποιήθηκε η έκφραση κάθε γονιδίου. Στη μελέτη μας, ωστόσο, σημείωσε ότι

GADPH

ήταν ένα από τα πιο σημαντικά υπερεκφράζεται γονίδια σε ΜΚΠΑ ασθενών PC. Προς τα πάνω ρύθμιση

GAPDH

έχει επίσης αναφερθεί σε αρκετές κακοήθειες, συμπεριλαμβανομένων των ωοθηκών, του θυρεοειδούς, ηπατοκυτταρικό και του παγκρέατος [23] – [26]. Η επιλογή του ιδανικού εσωτερικού γονιδίου αναφοράς σε μελέτες για τη διερεύνηση πιθανών κλινικών βιοδείκτες από μικροσυστοιχιών παραμένει ένα σημαντικό ζήτημα που θα πρέπει να αντιμετωπιστούν σε μελλοντικές μελέτες.

Αυτή η παρούσα μελέτη αποτελεί την πρώτη σε βάθος ανάλυση της μεταγραφικό της PBMCs από ασθενείς με PC σε σύγκριση με υγιείς μάρτυρες, και μόνο το τρίτο παράδειγμα τέτοιων χαρακτηριστικών για συμπαγείς όγκους γενικά. Η σύσταση τέτοιων διαφορικής έκφρασης έχει τη δυνατότητα να δώσει μία πλούσια συλλογή πιθανών γονιδίων για περαιτέρω επιδίωξη ως νέα διαγνωστική ή θεραπευτικούς στόχους. Περαιτέρω, τα δίκτυα γονίδιο που ταυτοποιείται στη μελέτη μας προσφέρει νέες γνώσεις για την απορρύθμιση του ανοσοποιητικού συστήματος σε PC (Σχήμα 3). Με το γεγονός ότι μόνο το 15-20% των ασθενών PC διαγιγνώσκονται με χειρουργήσιμο νόσο και με δεδομένη την πεισματική αντίσταση της κακοήθειας σε χημειοθεραπείες και την ακτινοθεραπεία, η έγκαιρη διάγνωση της νόσου αποτελεί τη μεγαλύτερη ελπίδα για άμεσο αντίκτυπο στη βελτίωση της πρόγνωσης των ασθενών.

Όλα τα γονίδια που φαίνεται βρέθηκαν να ρυθμίζεται προς τα κάτω είναι μεγαλύτερη από 1,5 φορές. Το αντίστοιχο ποσό της διαφορικής έκφρασης ανά γονίδιο όπως επίσης και λόγω λειτουργίας μπορεί να βρεθεί στον Πίνακα 3. Η διαφορική έκφραση αυτών των γονιδίων υποδεικνύει ότι υπάρχει μια συνολική μείωση του αριθμού των κυττάρων, την ενεργοποίηση και την αποτελεσματικότητα του ανοσοποιητικού συστήματος προσαρμοστική σε ασθενείς με PDAC που ενδέχεται να έχουν σημαντική επίπτωση τόσο τη νοσηρότητα και τη θνησιμότητα τους. Οι διακεκομμένες γραμμές δείχνουν τη σύνδεση των κυττάρων ενώ συμπαγείς γραμμές υποδεικνύουν την διαφοροποίηση ή τον πολλαπλασιασμό ενός συγκεκριμένου τύπου κυττάρων. Οι αριθμοί αντιπροσωπεύουν μεμονωμένα σημεία της αλληλεπίδρασης μεταξύ των γονιδίων και την ανοσολογική απόκριση και διαφοροποίηση μονοπάτι: 1, Παρουσίαση αντιγόνου σε κύτταρα Th0? 2, η διαφοροποίηση των κυττάρων Th0 κάτω από την οδό Th1 ή Th2? 3, του ανοσοποιητικού κυτταρικό πολλαπλασιασμό? 4, η διέγερση της δραστηριότητας των Τ-κυττάρων από κύτταρα κυτταροτοξική Th1? 5, η διέγερση των χυμική ανοσία από τα κύτταρα Th2? 6, Αναγνώριση και απόκριση σε κύτταρα στόχους από κυτταροτοξικά Τ λεμφοκύτταρα (CTL)? 7, η διαφοροποίηση των αφελή Β-κύτταρα? 8, λύση των κυττάρων στόχων από τα CTL. Letters αντιπροσωπεύουν άτομο κυτταρικών πληθυσμών: A, κυτταροτοξικών λεμφοκυττάρων Τ (CTL)? b, Β-κύτταρα. Μείωση σε γονίδια που συνδέονται με τα σημεία α και β μπορεί να αντιπροσωπεύει μια μείωση του πληθυσμού των αντίστοιχων συνδέονται κυττάρων τους.

Η

Το δυναμικό για διαφορική γονιδιακή έκφραση PBMC προφίλ, ή από ένα προκαθορισμένο σύνολο προγνωστικός γονίδιο ιδρύθηκε από αυτό , για να είναι χρήσιμη για την έγκαιρη διάγνωση του PC είναι θεωρητικά αρκετά υψηλό? ειδικά όταν θεωρείται ότι οι δύο πιο πιθανό μηχανισμοί που διέπουν αυτή τη διαφορική έκφραση είναι η αναγνώριση του ανοσοποιητικού συστήματος του καρκίνου και η φοροδιαφυγή του ανοσοποιητικού συστήματος από τον καρκίνο. Ενώ άλλες βιοδείκτες, όπως CA19-9, απελευθερώνονται από τα καρκινικά κύτταρα και έτσι να αυξηθεί με την αύξηση του φορτίου του όγκου, η διαφορική έκφραση σε PBMCs μπορεί να ξεκινήσει, τουλάχιστον εν μέρει, το συντομότερο ανοσογονικότητα του καρκίνου ή ανοσολογική διαφυγή είναι εγκατεστημένος. Ανοσοποιητικό φοροδιαφυγής σύστημα έχει δειχθεί να ξεκινήσει το συντομότερο προ-κακοήθους νόσου σε PC, υποστηρίζοντας έτσι την παραδοχή ότι η ανάλυση της διαφορικής έκφρασης γονιδίου σε κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος μπορεί να προσφέρει τη δυνατότητα να ανιχνεύει μια νεοπλαστική βλάβη, ακόμη και πριν κερδίζει επεμβατικές δυνατότητες [27] .

Ενώ η ίδια η μελέτη αυτή δεν επιχειρεί να δούμε τα πρώτα διαγνωστικές δυνατότητες της PBMCs, τα αποτελέσματα που προκύπτουν από το έργο είναι ένα απαραίτητο πρώτο βήμα προς την κατεύθυνση μιας πολυπλεξίας δοκιμασία βασίζεται στην τροποποίηση της γονιδιακής έκφρασης στο PC για την ενδεχόμενη εφαρμογή σε ομάδες υψηλού κινδύνου [28]. Το γεγονός ότι μια σειρά προγνωστικό 8-γονιδίου ήταν σε θέση να αποδείξει την ευαισθησία του 83% με ειδικότητα μεταξύ 64 και 75% σε τύφλωσε σύνολο των δειγμάτων είναι ελπιδοφόρα και θα πρέπει να επικυρωθεί σε ένα μεγάλο σύνολο του δείγματος. Ενώ ο αριθμός των δειγμάτων είναι πολύ μικρό για να εκτελέσει οποιαδήποτε περαιτέρω λεπτομερή ανάλυση, το γεγονός ότι η ευαισθησία για το σύνολο γονίδιο predictor δεν μειώθηκε όταν εφαρμόζεται σε ασθενείς PC πριν από τη χημειοθεραπεία ή χειρουργική επέμβαση σημεία προς την πιθανή χρησιμότητα αυτού του συνόλου predictor 8-γονίδιο σε μιά διαγνωστική περιοχή, η κύρια περιοχή στην οποία CA19-9 ελλείπει [4] – [8]. Επιπλέον, η ανάλυση γονιδιακής έκφρασης PBMC δεν είναι περισσότερο επεμβατική μιας δοκιμής από CA19-9, αμφότερα επιδεκτικοί σε ένα απλό φλεβοπαρακέντησης, και η συνολική ανάλυση δεν χρειάζεται να είναι ουσιαστικά πιο ακριβό από τρέχουσες κλινικές μεθόδους για τον έλεγχο CA19-9. Εάν μόνο το σετ ταξινομητής 8-γονιδίου χρησιμοποιείται για την ανάλυση, δοκιμές PBMC θα μπορούσε να επιτευχθεί μέσω της χρήσης του mini-cDNA μικροσυστοιχιών τσιπ ή μέσω multiplex PCR αντιδράσεις, και τα δύο από τα οποία είναι κλινικώς βιώσιμη και θα είναι αρκετά απλό να προσθέσετε στο ρεπερτόριο του δοκιμές παρέχεται από μια τυπική κλινική εργαστήριο.

Πέρα από το διαγνωστικό δυναμικό αυτού του προφίλ διαφορικής έκφρασης PBMC, οι κανονικές λειτουργίες και την κατεύθυνση της διαφορικής έκφρασης του καθενός από τα γονίδια, ειδικά το 65 που ήταν ≥1.5 φορές διαφορικά εκφραζόμενο, συμβουλές σε πιθανούς παθοφυσιολογικούς μηχανισμούς. 18/65 γονίδια έχουν τη δυνατότητα να μειώσουν άμεσα τον πολλαπλασιασμό των Τ-κυττάρων, σηματοδότηση υποδοχέα των Τ-κυττάρων, ή κυτταροτοξικών Τ-λεμφοκυττάρων (CTL) κυτταροτοξικότητα ενώ τέσσερα μπορούν να διαμορφώσουν άμεσα μια μείωση στην Β-κυττάρου ενεργοποίηση /διαφοροποίηση ή σηματοδοτούν μια μείωση στην αριθμός των κυκλοφορούντων Β-κυττάρων. Τρία από τα γονίδια μπορεί να μειώσει άμεσα την κυτταροτοξικότητα των κυττάρων ΝΚ, και δύο μπορούν να μειώσουν απόκριση μακροφάγων. Λαμβανόμενα μαζί, τα αποτελέσματα της μελέτης μας δείχνουν ότι το PC χαρακτηρίζεται από σημαντική μείωση στην ικανότητα του ανοσοποιητικού συστήματος να ανταποκριθεί σε μη-αυτοαντιγόνα, συμπεριλαμβανομένων αντιγόνων που σχετίζεται με όγκο, όπως συνοψίζεται στην Εικόνα 3. Μια μερική υπόδειξη σχετικά με τους μηχανισμούς που διέπουν αυτή η ανοσολογική συμβιβασμός μπορεί να προέλθει από την παρατηρούμενη προς τα πάνω ρύθμιση

ARG1

, παρατηρήθηκε ότι ρυθμίζεται προς τα πάνω περισσότερο από 2 φορές σε ΜΚΠΑ ασθενών PC. Μια έκφραση της ARG1 συνδέεται στενά με την αύξηση της παρουσίας των παραγώγων μυελοειδούς κατασταλτικών κυττάρων (MDSCs) [29]. MDSCs είναι κλασικά γνωστό ότι μειώνουν απόκριση CTL, κυρίως μέσω της αποσταθεροποίησης των υποδοχέων των Τ-κυττάρων και μειωμένη έκφραση ορισμένων υποτύπων CD3, τελικά, οδηγεί σε CTL απόπτωση. Ωστόσο, οι MDSCs γνωστό ότι προκαλούν ειδικά την ρύθμιση προς τα κάτω του CD3Z, η οποία δεν έδειξε να να εκφράζονται διαφορικά σε PBMCs αναλύεται στη μελέτη αυτή [29]. Επιπλέον, οι MDSCs γνωστό ότι προκαλούν μια παροχέτευσης του ανοσοποιητικού συστήματος μακριά από την κυτταρική ανοσία και χυμική ανοσία προς και αλλεργική απόκριση, μια ιδιότητα που δεν αντιπροσωπεύεται σαφώς στα δεδομένα διαφορικής έκφρασης PBMC. Αντιστρόφως, φαίνεται (από την μεταβολή στην έκφραση γονιδίου) ότι ο αριθμός των κυκλοφορούντων Β-κυττάρων μειώνεται ενώ τα δύο

FCER1A

, ένας υποδοχέας κεντρικό αλλεργική απόκριση, και

MS4A1

, η οποία διαδραματίζει ένα ρόλο στην Β-κυττάρων για κυτταρική διαφοροποίηση στο πλάσμα, έχουν απενεργοποιηθεί. Έτσι, ενώ MDSCs μπορεί να παίζει ρόλο στη ρύθμιση της διαφορική έκφραση παρατηρείται σε ΜΚΠΑ ασθενών PC, που κατά πάσα πιθανότητα λειτουργούν σε συνεργασία με άλλους μηχανισμούς για να επηρεάσει μια ρύθμιση προς τα κάτω των μηχανημάτων κυτταρική και χυμική ανοσολογική απόκριση τόσο του σώματος.

Μια σύγκριση του προφίλ γονιδιακής έκφρασης που παρατηρήθηκε στη μελέτη μας με αυτό που αναφέρθηκε σε άλλες ασθένειες αποκάλυψε μικρή ομοιότητα με άλλες καλοήθεις (προ-εκλαμψία, η ρευματοειδής αρθρίτιδα (RA), και χρόνια παγκρεατίτιδα (CP)) και κακοήθεις ασθένειες (RCC). Συνολικά, 6 γονίδια (

CD160, GOLGA8B, RABGAP1L, ΜΜΡ8, CRISP3

, και

ARG1

) που φαίνεται να εκφράζονται διαφορικά σε ΜΚΠΑ ασθενών με προεκλαμψία επίσης εκφράζονται διαφορικά σε ΜΚΠΑ ασθενών PC, με 4 (

CD160, ΜΜΡ8, CRISP3

, και

ARG1

) που εκφράζονται διαφορικά στην ίδια κατεύθυνση (1% κοινά) [10]. Δώδεκα γονίδια (

BTG2, CCND3, CD151, CD7, CLU, CTSB, KLRK1, SPN, GSTO1, PCMT1, PRDX6

, και

PRF1

) που έδειξαν να εκφράζονται διαφορικά σε PBMCs της ασθενείς με ρευματοειδή αρθρίτιδα είχαν εκφράζονται διαφορικά σε ΜΚΠΑ ασθενών PC, 8 εκ των οποίων (

CCND3, CD151, CLU, CTSB, GSTO1, PCMT1, PRDX6

, και

PRF1

) ήταν στο ίδιο κατεύθυνσης (2% κοινά) [11]. Δύο γονίδια (PDE3B και GADD45a) βρέθηκε να εκφράζεται διαφορικά σε ΜΚΠΑ ασθενών CP επίσης εκφράζονται διαφορικά σε ΜΚΠΑ ασθενών PC, κανένα από τα οποία είναι διαφορικά εκφρασμένων στην ίδια κατεύθυνση (0% κοινά) [12]. Ωστόσο, δεν υπήρξε καμία ομοιότητα στον κατάλογο των σημαντικά διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων μεταξύ του PC και του RCC [14].