Αφηρημένο

Προηγουμένως, μια προσέγγιση σύνδεσης υποψήφιο γονίδιο για ζευγάρια αδελφό που πάσχουν από καρκίνο του προστάτη εντόπισε μια θέση ευαισθησίας του καρκίνου του προστάτη σε D3S1234 μέσα στην τριάδα γονίδιο εύθραυστη ιστιδίνη (

FHIT

), ένα ογκοκατασταλτικό που επάγει απόπτωση. Μεταγενέστερες δοκιμές σύνδεσης στις 16 SNPs που εκτείνονται σε περίπου 381 kb γύρω D3S1234 σε Αμερικανούς ευρωπαϊκής καταγωγής αποκάλυψε σημαντικά στοιχεία του συνεταιρίζεσθαι για ένα SNP στο ιντρόνιο 5

FHIT

. Στην παρούσα μελέτη, εκ νέου προσδιορισμό της αλληλουχίας και του γονότυπου σε μια περιοχή 28.5 kb γύρω από αυτό το SNP οριοθετείται περαιτέρω τη συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη σε μια περιοχή 15 kb. Πολλαπλές SNPs σε αλληλουχίες κάτω από εξελικτική πίεση στο ιντρόνιο 5

FHIT

ορίζεται αρκετές σχετικές απλοτύπων με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του προστάτη σε ευρωπαϊκό-Αμερικανούς. Ισχυρές ενώσεις ανιχνεύθηκαν για απλότυπο κινδύνου που ορίζεται από SNPs 138543, 142413, 152494 και σε όλες τις περιπτώσεις (χ Pearson ‘s

2 = 12,34, df 1,

P

= 0,00045) και για την ομόζυγη απλότυπος κινδύνου που ορίζονται από SNPs 144716, 142413, 148444 και στις περιπτώσεις που μοιράζονται 2 αλληλόμορφα ταυτόσημη με την κάθοδο με τις επηρεαζόμενες τους αδελφούς τους (χ Pearson ‘s

2 = 11.50, df 1,

P

= 0,00070). Εκτός από την εξαιρετικά συντηρημένες αλληλουχίες που περιλαμβάνουν SNPs 148444 και 152413, πληθυσμιακές μελέτες αποκάλυψαν ισχυρή υπογραφών φυσικής επιλογής για ένα παράθυρο 1 kb που καλύπτει το SNP 144.716 σε δύο ανθρώπινους πληθυσμούς, η Ευρωπαϊκή Αμερικής (π = 0,0072, D Tajima του = 3.31, 14 SNPs) και οι Ιάπωνες (π = 0,0049, Fay & amp? H Γου = 8.05, 14 SNPs), καθώς και σε χιμπατζήδες (Fay & amp? H Γου = 8,62, 12 SNPs). Αυτά τα αποτελέσματα υποστηρίζουν σθεναρά την συμμετοχή του

FHIT

ιντρονική περιοχή σε αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του προστάτη

Παράθεση:. Ding Υ, Larson G, Rivas G, Lundberg C, Geller L, Ouyang C , et al. (2008) Ισχυρή Υπογραφή Φυσικής Επιλογής μέσα σε ένα

FHIT

Intron Εμπλεκόμενος στην Καρκίνος του προστάτη του κινδύνου. PLoS ONE 3 (10): e3533. doi: 10.1371 /journal.pone.0003533

Συντάκτης: Matthew W. Hahn, Πανεπιστήμιο της Ιντιάνα, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 11, Σεπτέμβρη του 2008? Αποδεκτές: 2 Οκτώβρη του 2008? Δημοσιεύθηκε: 27 Οκτώβρη του 2008

Copyright: © 2008 Ding et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. YD, GL, GR, CL, CO, TGK υποστηρίχθηκαν από ΝΙΗ AG15720, DOE PC020680, και την Beckman Ερευνητικό Ινστιτούτο του City of Hope. LG, JW, JA, JS, MBD, ABB, JMK, PJO, RS, JAS, DJ υποστηρίχθηκαν από ΝΙΗ AG15720. MN υποστηρίχθηκε από ΝΙΗ HG-002790

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στην ανάλυση των δεδομένων, γράφοντας, ή αποφάσεις δημοσίευση

Εισαγωγή

Η γενετική πολυπλοκότητα της. καρκίνο του προστάτη έχει καλά αποδεικνύεται από ανεξάρτητες, μεγάλης κλίμακας, γονιδιώματος σε επίπεδο μελετών συσχέτισης που εντοπίστηκαν πολλαπλές θέσεις κινδύνου σε όλο το ανθρώπινο γονιδίωμα [1], [2], [3], [4], [5], [6 ]. Αυτοί οι τόποι αυξάνεται κάθε μόνο μετρίως κίνδυνο ενός ατόμου της νόσου έως και κατά 60% και μπορεί να αντιπροσωπεύουν συλλογικά πάνω από το 50% του γενετικού κινδύνου καρκίνου του προστάτη που παρατηρείται στον ανθρώπινο πληθυσμό. Πρόσθετες θέσεις κινδύνου παραμένουν να ανακαλυφθούν μέσω μετα-ανάλυση των υφιστάμενων στοιχείων και περαιτέρω μελέτη.

Εμείς που χρησιμοποιήθηκαν πρόσφατα ανάλυση σύνδεσης των υποψήφιων γονιδίων και την επακόλουθη δοκιμές σύνδεσης για να εμπλέξει μια περιοχή 30 kb στο ιντρόνιο 5

FHIT

του κινδύνου καρκίνου του προστάτη [7]. Η

FHIT

γονίδιο, το οποίο κωδικοποιεί ένα τριφωσφατάσης 16,8 kD, περιλαμβάνει 10 σύντομες εξώνια εκτείνεται περίπου 1,5 Mb. Εδρεύει στο πιο συχνά παρατηρούμενες εύθραυστη θέση στο ανθρώπινο γονιδίωμα,

FRA3B

(3p14.2)? και είναι μία από τις πρώτες και πιο συχνά διαγραμμένες περιοχές σε πολλαπλούς τύπους καρκίνου [8], [9]. Αν και διαγραφή του

FHIT

γονιδίου σε ιστό καρκίνου του προστάτη δεν έχει αναφερθεί ευρέως, η απώλεια της ετεροζυγωτίας (ΑΕ) έχει αναφερθεί σε 2 από 15 όγκων μέσω της χρήσης δεικτών μικροδορυφόρων που βρίσκονται σε εσώνια του

FHIT

[10]. Απώλεια

FHIT

ανιχνεύθηκε επίσης σε

in vitro

μοντέλο μιας κυτταρικής σειράς όγκου του καρκίνου του προστάτη που καθορίστηκε με τη χρησιμοποίηση HPV-18 για να απαθανατίσει ένα ανθρώπινο προστάτη επιθήλιο κυτταρική γραμμή φυσιολογικό ενήλικα, ακολουθούμενη από κακοήθη μεταμόρφωση μέσω της έκθεσης σε ένα χημικό καρκινογόνο [11], [12]. Ανοσοϊστοχημική ανάλυση των πρωτογενών καρκινικό ιστό επιβεβαίωσε την απουσία ή μειωθεί σημαντικά έκφραση των επιπέδων της πρωτεΐνης FHIT σε κύτταρα όγκου, σε αντίθεση με υψηλά επίπεδα έκφρασης στο παρακείμενο φυσιολογικό επιθήλιο προστάτη [12], [13].

Αν και FHIT έκφραση πρωτεΐνης χάνεται ή μειώνεται σε πολλούς τύπους ανθρώπινων καρκίνων [9], η μηχανιστική βάση για τη συμμετοχή του ιντρονίου 5 σε γενετικό κίνδυνο του καρκίνου του προστάτη δεν είναι εμφανής. Μια αλλοίωση βλαστικής σειράς στο

FHIT

ότι σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου δεν έχει αναφερθεί, πιθανόν λόγω των περιορισμών των προηγούμενων μελετών που επικεντρώνονται μόνο σε εξώνια, αμετάφραστες περιοχές του mRNA, και υποστηρικτές. Χαρακτηριστικό ορόσημα μιας εύθραυστης περιοχής, όπως aphidicolin που προκαλείται από υβριδικό διαλείμματα, θέσεις ενσωμάτωσης HPV16, θέσεις ενσωμάτωσης pSV2neo, και τέλος διαγραφή σημεία σε καρκινικές κυτταρικές σειρές, έχουν εντοπιστεί μέσα σε εσώνια του

FHIT

[14]? Ωστόσο, αυτές οι ορόσημα δεν συμπίπτουν με την περιοχή εντός ιντρονίου 5 που εμπλέκεται σε κίνδυνο καρκίνου του προστάτη. FHIT παίζει σημαντικό ρόλο στην επαγωγή της απόπτωσης των κυττάρων που ανταποκρίνονται σε ζημιές DNA που προκαλείται από την έκθεση σε μια ποικιλία περιβαλλοντικών παραγόντων, όπως ακτινοβολία, ιούς, και τοξικές χημικές ουσίες που υπάρχουν στον καπνό του τσιγάρου και τα ορυχεία κασσίτερου [15] [16], [17, ]? Ωστόσο, οι γενετικά στοιχεία που ελέγχουν τέτοιες διαδικασίες δεν έχουν ταυτοποιηθεί.

Οι εξελικτικές δυνάμεις της μετάλλαξης, φυσικής επιλογής, γενετική παρέκκλιση, και ανασυνδυασμού έχουν διαμορφώσει το σχέδιο της παραλλαγής στο ανθρώπινο γονιδίωμα. Η φυσική επιλογή, η οποία ενεργεί σε λειτουργικά σημαντικές γενετικές παραλλαγές που οδηγούν σε μεταβολή της φυσικής κατάστασης, όπως η προσαρμογή στο τοπικό περιβάλλον και την ευαισθησία της νόσου, μπορεί να αφήσει συγκεκριμένες υπογραφές στις πληγείσες τόπους [18], και την ανάλυση της γενετικής ποικιλότητας των πληθυσμών γίνεται όλο και κεντρικής σημασίας για την κατανόηση η λειτουργία των γονιδίων [19], [20]. Έλεγχος για υπογραφές φυσικής επιλογής μπορεί να βοηθήσει στην αποκάλυψη νέων λειτουργικών στοιχείων. Ως εκ τούτου, έχουμε χρησιμοποιήσει αυτή την προσέγγιση για να καθορίσει εάν θα μπορούσαν να ανιχνευθούν στοιχεία επιλογής εντός των 30 kb

FHIT

ιντρονική περιοχή. Πραγματοποιήσαμε μια έρευνα εκ νέου προσδιορισμό της αλληλουχίας και αναλύθηκαν ανισορροπία σύνδεσης (LD) και τη δομή απλότυπος σε αλληλουχίες από ιντρόνιο 5

FHIT

στην Ευρωπαϊκή Αμερικής, Yoruban, και ιαπωνικά πληθυσμών, και πολλά πρωτεύοντα πλην του ανθρώπου. Με βάση αυτά τα δεδομένα, έχουμε εξευγενισμένα την περιοχή που σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη σε Kb μπλοκ LD 15 και αποκάλυψε ισχυρή υπογραφές της επιλογής σε πολλαπλά ανθρώπινους πληθυσμούς και, ενδεχομένως, άλλα πρωτεύοντα είδη.

Αποτελέσματα

Re-αλληλουχίας

Larson et al. [7] δοκιμάζονται 16 SNPs που εκτείνονται σε μια περιοχή 381 kb εντός ιντρονίου 5

FHIT

για συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη και ανιχνεύεται μια σημαντική συσχέτιση με ένα από τα SNPs, rs760317. Μια λιγότερο σημαντική συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη βρέθηκε σε μια στενά συνδεδεμένη SNP, rs722070, που βρίσκεται 13 kb από rs760317 στην κεντρομερική πλευρά? Καμία σχέση δεν ανιχνεύθηκε με SNPs στο πλάι τελομερικού. Για να χαρτογραφήσει την συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη σε υψηλή ανάλυση και να αναζητήσουν ενδείξεις επιλογής, πραγματοποιήσαμε μια έρευνα εκ νέου προσδιορισμό της αλληλουχίας χρησιμοποιώντας 13 τυχαία επιλεγμένα περιπτώσεις και τους ελέγχους του Ευρωπαϊκού-Αμερικανικού κατάβαση. Το συνολικό μήκος που ρωτήθηκαν ακολουθία ήταν 28,5 kb, με εξαίρεση δύο un-ενισχυόμενο κενά ακολουθία των 487 bp και 263 bp. Ένα από τα κενά που περιείχε μια επανάληψη ΑΤ και μια μακρά πολυ Α οδό, και το άλλο περιείχε AT και AG επαναλαμβάνεται. Δύο θραύσματα αυτής της περιοχής με μήκη 19 kb (από 134 kb έως 153 kb? GeneBank Accession # AF152364) και 7 kb (από 142 kb έως 149 kb εσωτερικά του 19 kb? GeneBank Accession # AF152364) επίσης αλληλουχήθηκαν σε 16 Yoruban και 16 ιαπωνικές άτομα, αντίστοιχα.

σε ολόκληρη την περιοχή, εντοπίσαμε 216 SNPs και 9 indels, που κυμαίνονται από 1 έως 24 bp, στις 13 ευρωπαϊκές-αμερικανική άτομα (Πίνακας S1). Εντός της περιοχής 19 kb, η αλληλουχία στα δύο ευρωπαϊκό Αμερικανούς και Yorubans, βρήκαμε 146 SNPs και 7 indels κοινές σε δύο πληθυσμούς, 99 SNPs και 1 Indel μοναδική για Yorubans, και 19 SNPs και 1 Indel μοναδική στην ευρωπαϊκή Αμερικανούς. Εντός της περιοχής 7 kb αλληλουχία και στις τρεις πληθυσμούς, εντοπίσαμε 64 SNPs και 4 indels κοινή για τους τρεις πληθυσμούς? 28 SNPs και 1 Indel μοναδική για Yorubans? 2 SNPs μοναδική στην ευρωπαϊκή-Αμερικανούς? 1 SNP μοναδική στα ιαπωνικά? και 9 SNPs και 1 Indel κοινά σε δύο πληθυσμούς. Indels και SNPs στο μακρύ κομμάτια των απλών επαναλήψεων δεν περιλαμβάνονται σε αυτά τα στατιστικά στοιχεία και τις επόμενες αναλύσεις λόγω της χαμηλής ακρίβειας της αλληλουχίας σε αυτές τις περιοχές.

ανισορροπία σύνδεσης (LD)

Εμείς υπολογίζεται pair- σοφό r

2 με βάση SNPs με έναν ελάσσονα συχνότητα αλληλίου μεγαλύτερη από 0,05 (196 SNPs για τα δείγματα 13 ευρωπαϊκές-Αμερικανοί και 178 SNPs για τα 16 δείγματα Yorubans) χρησιμοποιώντας Haploview (Εικ. 1Α και C) και τα ποσοστά ανασυνδυασμό με hotspots χρησιμοποιώντας rhomap (Εικ. 1Β). Σε συμφωνία με προηγούμενες αναφορές [21], [22], παρατηρήσαμε πολύ λιγότερο LD της Αφρικής δείγμα, αν και το μοτίβο της LD ήταν κατά τα άλλα παρόμοια μεταξύ των πληθυσμών. Η πιο αξιοσημείωτη διαφορά μεταξύ των δύο πληθυσμών ήταν ένα τετράγωνο LD 15 kb στην Ευρωπαϊκή αμερικανικού πληθυσμού η οποία διαταράσσεται από πολύ υψηλότερο ποσοστό φόντο ανασυνδυασμού και τουλάχιστον ένα ενεργό σημείο ανασυνδυασμού στο Yoruban πληθυσμό (Εικ. 1Β). Έχουμε επιλέξει 48 SNPs από την έρευνα εκ νέου προσδιορισμό της αλληλουχίας και τρεις SNPs που δημοσιεύθηκε στην Larson et al. [7] που αντιπροσώπευε τη βασική δομή LD και ο γονότυπος αυτών των SNPs σε όλα τα δείγματα υπόθεση και ελέγχου για την αξιολόγηση ένωσή τους με τον καρκίνο του προστάτη.

Α. Γραφική αναπαράσταση ζεύγη r

2 (0-1 αντιπροσωπεύονται με γκρίζα κλίμακα από το λευκό μέχρι το μαύρο) υπολογίζεται και απεικονίζεται χρησιμοποιώντας Haploview για 13 ευρωπαϊκές Αμερικανούς. ποσοστά Β ανασυνδυασμός (Rho) υπολογίζεται χρησιμοποιώντας rhomap για Yorubans (κόκκινη γραμμή, με τις θέσεις SNP εκπροσωπείται από ανοιχτοί κύκλοι) και της Ευρωπαϊκής Αμερικανοί (μαύρη γραμμή, με τις θέσεις SNP συμβολίζεται με στερεά διαμάντια) με βάση τα δεδομένα αλληλουχίας. Η γκρι γραμμή με στερεά τρίγωνα βασίστηκε σε δεδομένα του γονότυπου στις 51 SNPs από 25 περιπτώσεις και 25 ελέγχους (Ευρωπαϊκή Αμερικανοί). Γ Γραφική αναπαράσταση r

2 χρησιμοποιώντας για 16 Yorubans. Ένα στερεό μαύρη γραμμή αντιπροσώπευε ένα μπλοκ LD 15 kb στην Ευρωπαϊκή Αμερικής.

Η

Σύλλογος Δοκιμές

Πραγματοποιήσαμε δοκιμές σύνδεσης για μεμονωμένους SNPs και απλοτύπων των συνδυασμών SNP. Από τα αρχικά δεδομένα σύνδεσης προβλέψει ένα υπολειπόμενο μοντέλο [7], υποθέσαμε ότι η υποομάδα των περιπτώσεων που μοιράζονται 2 αλληλόμορφα όμοια με κάθοδο (IBD) σε αυτό τον τόπο με τα αδέλφια τους (2 περιπτώσεις IBD) θα είναι οι κύριοι συντελεστές για την παρατηρούμενη γενετική σήμα. Ως εκ τούτου, σε σύγκριση με τις συχνότητες SNP σε ελέγχους ενάντια σε όλες τις περιπτώσεις και 2 περιπτώσεις IBD (Πίνακας S2). Σημαντική συσχέτιση (αποκοπής

P

= 0.05, δεν διορθώνονται για πολλαπλές δοκιμές) παρατηρήθηκε για αρκετές SNPs και μεγιστοποιείται σε 137.302 (rs9814915, χ Pearson ‘s

2 = 5.16, βαθμούς ελευθερίας (df) 1,

P

= 0,0231) για όλες τις περιπτώσεις (μόνο ανοικτό κύκλους στο Σχ. 2Α) και 138.543 (rs760317, χ Pearson ‘s

2 = 7.42, df 1,

P

= 0.0064) για το 2 IBD υποομάδα (μόνο μαύρους κύκλους στο Σχ. 2Α).

Α. δοκιμές Σύλλογος ενιαίου SNPs και απλοτύπων. Ατομική SNPs ήταν αγκυροβολημένο σε ένα χάρτη UCSC γονιδίωμα με Multiz ευθυγράμμιση και διατήρηση των σπονδυλωτών (v166? https://genome.ucsc.edu) για την περιοχή 30 kb. Η περιοχή εκπροσωπήθηκε με ανοιχτό μπαρ στο ένθετο στην άνω αριστερή γωνία απεικονίζει μόνο SNP δοκιμές γύρω από μια ευρύτερη περιοχή 381 kb. Ένα βέλος επεσήμανε την μικροδορυφόρου δείκτη, D3S1234, που εμφανίζουν το ισχυρότερο σήμα σύνδεσης στην αρχική μελέτη. Ένα στερεό μαύρη γραμμή αντιστοιχεί στο μπλοκ LD 15 kb στην Ευρωπαϊκή Αμερικής. Οι δοκιμές σε συχνότητα αλληλόμορφο για μεμονωμένες SNPs συμβολίζεται με κύκλους (ανοιχτό για όλες τις περιπτώσεις και μαύρο για 2 περιπτώσεις IBD). Οι δοκιμές για haplotyes κίνδυνο αντιπροσωπεύεται από κύκλους που συνδέονται με τις γραμμές. SNPs επισημαίνονται με κόκκινο χρώμα είναι ισχυρή LD (r

2 & gt? 0,9) με το άλλο. ποικιλομορφία (π) Β νουκλεοτιδικές υπολογίζεται για Yorubans (κόκκινη γραμμή), της Ευρωπαϊκής Αμερικανοί (μαύρη γραμμή) και Ιαπωνικά (μπλε γραμμή). Δ Γ Tajima που υπολογίζονται για Yorubans (κόκκινη γραμμή), της Ευρωπαϊκής Αμερικανοί (μαύρη γραμμή) και Ιαπωνικά (μπλε) χρησιμοποιώντας ρυθμιστικό. Δ Η διαφορετικότητα μεταξύ των αλληλουχιών του ανθρώπου και του χιμπατζή (σκούρα πράσινη γραμμή συμπεριλαμβανομένων των SNPs σε ανθρώπους και ελαφριά πράσινη γραμμή εξαιρουμένων των SNPs σε ανθρώπους).

Η

Έλεγχος για σύνδεση απλότυπος και για τις τρεις-SNP συνδυασμούς αποκάλυψε ότι η ισχυρότερη συσχέτιση του καρκίνου του προστάτη κίνδυνος ήταν με απλότυπος που ορίζεται από SNPs 135181, 142413, 152494 και σε 2 περιπτώσεις IBD (απλότυπος GGT εμπλουτίστηκε σε 2 περιπτώσεις IBD, χ

2 = 9.73, df 1,

P

= 0,0018, Πίνακας S3) και SNPs 138543, 142413, 152494 και σε όλες τις περιπτώσεις (απλότυπος AGT εμπλουτίστηκε σε όλες τις περιπτώσεις, χ

2 = 13,72, df 1,

P

= 0,00021, πίνακας S3). Προσθέτοντας οποιαδήποτε άλλη μεμονωμένη SNP στο συνδυασμό δεν αύξησε τη συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη, ενώ παραλείπει οποιαδήποτε SNP στους συνδυασμούς μείωσε σημαντικά το σήμα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Συνεπής με ένα υπολειπόμενο μοντέλο, τα δείγματα τα οποία ήταν ομόζυγα για τον απλότυπο κινδύνου ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη σε περιπτώσεις σε σύγκριση με τους ελέγχους.

Είναι ενδιαφέρον ότι, και τα δύο SNP συνδυασμούς εντοπίζονται σε όλες τις περιπτώσεις και 2 περιπτώσεις IBD περιλαμβάνονται SNPs 142413 και 152494, η οποία μεμονωμένα εμφάνισε πολύ περιορισμένη συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη. SNP 152494 βρισκόταν μέσα σε μια εξαιρετικά διατηρημένη αλληλουχία μη-κωδικοποίησης, και SNP 142413 βρισκόταν σε απόσταση 100 bp από μια άλλη εντόνως διατηρημένη μη-κωδικοποιητική αλληλουχία (Εικ. 2Α). Ούτε SNP ήταν σε ισχυρή LD με οποιοδήποτε άλλο SNP γονότυπος στις περιπτώσεις και τους ελέγχους. Ωστόσο, SNP 135.181 ήταν σε ισχυρή LD με SNP 138543 (r

2 = 0,86) και διάφορα άλλα γονότυπος SNPs, 135240, 137261, 139813, 144716, 147904 (r

2 κυμαίνεται 0,87 – 0,97, υπογράμμισε SNPs σε Σχ. 2Α). Ως εκ τούτου, αυτές οι άλλες SNPs παρουσίασε επίσης μια συναρπαστική συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη σε συνδυασμό με SNPs 142413 και 152494 (SNP συνδυασμούς αντιπροσωπεύεται από ανοικτούς κύκλους που συνδέονται με μια γραμμή στο Σχ. 2Α και στον Πίνακα S3). Ένα επιπλέον 21 SNPs ήταν γνωστό ότι συνδέεται ισχυρά με 135.181 με βάση τα δεδομένα αλληλούχισης. Μεταξύ όλων των SNPs που συνδέεται με 135.181, 147.907 μόνο βρισκόταν μέσα σε μια εξαιρετικά διατηρημένη αλληλουχία (Εικ. 2Α). Ως εκ τούτου, SNP 147.907 μπορεί να είναι ένας πιθανός υποψήφιος για την αιτιότητα.

Ένα SNP, 148.444, το οποίο βρίσκεται μέσα σε ένα εξαιρετικά συντηρημένη αλληλουχία, έδειξε την υψηλότερη LD (r

2 = 0,37) με SNP 152.494 μεταξύ όλων γονότυπου SNPs . Αντικατάσταση SNP 152.494 με 148.444 στις τρεις-SNP συνδυασμούς ορίζεται επίσης απλότυπος για το οποίο ομοζυγώτες ήταν ιδιαίτερα εμπλουτισμένο σε περιπτώσεις (Πίνακας S3). Συνεπής με υπολειπόμενο μοντέλο, βρήκαμε την ισχυρότερη συσχέτιση με ομοζυγώτες της απλότυπος κινδύνου σε 2 περιπτώσεις IBD (SNP συνδυασμούς που αντιπροσωπεύεται από τους μαύρους κύκλους που συνδέονται με μια γραμμή στο Σχ. 2Α) -ακόμα και ισχυρότερη από ό, τι οι περισσότεροι συνδυασμοί με SNP 152494.

SNPs Υπογραμμίζοντας την υπογραφή της Φυσικής επιλογής σε ανθρώπους σχετίζονται με τον καρκίνο του προστάτη κίνδυνος

Για να διακρίνουν SNPs που θα μπορούσαν να συμβάλουν λειτουργικότητα μεταξύ των SNPs που δείχνουν ισχυρή συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη, χρησιμοποιήσαμε τα δεδομένα εκ νέου προσδιορισμό της αλληλουχίας από το Ευρωπαϊκό -American, Yoruban, και ιαπωνικά πληθυσμούς για να αναζητήσετε τις υπογραφές της φυσικής επιλογής, εκτός από την διατήρηση, εντός της περιοχής 28.5 kb. Αρκετά βασικά στατιστικά στοιχεία υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας ρυθμιστικό. Συγκρίναμε τις παραμέτρους αυτές πληθυσμού στο

FHIT

διάστημα με εκείνα που λαμβάνονται στο ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ Sequencing Έργου HapMap, στην οποία 10 περιφέρειες 500 kb από διάφορα χρωμοσώματα σε τέσσερις ανθρώπινους πληθυσμούς η αλληλουχία στο σύνολό τους. Αυτά τα στοιχεία ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ παρέχεται μια λογική ελέγχου για το γονιδίωμα-ευρεία κατανομή του πληθυσμού ειδικά στατιστικά στοιχεία. Για να επιβεβαιώσετε τα στατιστικά στοιχεία που παρατηρήθηκαν σε 13 τυχαία επιλεγμένες περιπτώσεις και τους ελέγχους, έχουμε αλληλουχία επίσης μια περιοχή 2 kb που περιέχει τιμή D της μέγιστης Tajima στις 14 CEPH άτομα. Επειδή τα στοιχεία ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ δεν παρέχουν γονότυπους για indels, θα εξαιρούνται επίσης indels από μας

FHIT

περιοχή του πληθυσμού αναλύσεις και συγκρίσεις.

Παρατηρήσαμε μια εντυπωσιακή αύξηση της διαφορετικότητας νουκλεοτιδίων που διήρκεσε πολλούς μπλοκ Ν.Δ. για τις τρεις ανθρώπινους πληθυσμούς (Σχ. 2Β). Η μέγιστη π ήταν 0,0072 (0,0065 για τις 14 CEPH άτομα), 0,0077 και 0,0049 για την ευρωπαϊκή-αμερικανική, Yoruban, και ιαπωνικά πληθυσμούς, αντίστοιχα, σε σύγκριση με το μέσο όρο των 0,00071 (0,000071 έως 0,0055), 0,00074 (0,00013 έως 0,0046), και 0,00076 (0,00013 έως 0,0050) εντός των περιφερειών ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ 5 Mb. Ως εκ τούτου, η μέγιστη π παρατηρήθηκαν εντός της περιοχής 28.5 kb στο ιντρόνιο 5

FHIT

υπερβεί το μέγιστο π παρατηρήθηκαν από τα 10 περιοχές κωδικοποιούν τις δύο ευρωπαϊκή-Αμερικανών και Yorubans (ρ & lt? 0,0060 και για τις δύο πληθυσμοί).

Διαπιστώσαμε επίσης σημαντική αύξηση του Δ Tajima στην Ευρωπαϊκή-αμερικανικό πληθυσμό (Σχ. 2C). Το παράθυρο 1 kb του Δ μέγιστη Tajima του (3.31,

P

= 0.003 υποθέτοντας πρότυπο ουδέτερη μοντέλο μου?

P

= 0,006 υποθέτοντας ουδέτερη μοντέλο ΙΙ?

P

= 0,021 υποθέτοντας ουδέτερη μοντέλο ΙΙΙ) αντιστοιχούσε στο παράθυρο της μέγιστης π. Στις 14 CEPH άτομα, το ίδιο παράθυρο εκτίθενται D ενός Tajima του 3.11. Μόνο μία μικρή περιοχή ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ, λιγότερο από το 0,6% του συνόλου των περιφερειών ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ, εμφανίζεται μια υψηλότερη μέγιστη Tajima του D. Ένα σημαντικό Fay & amp? Η αξία Γου (8,05 για 14 SNPs,

P

= 0,0067, υποθέτοντας ένα τυποποιημένο ουδέτερο μοντέλο Ι) ανιχνεύθηκε για το ίδιο παράθυρο στο ιαπωνικό πληθυσμό. Μια 14-SNP συρόμενο ανάλυση παράθυρο για όλες τις περιφέρειες ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ στο ιαπωνικό πληθυσμό βρέθηκαν 237 του 6265 παράθυρα με Fay & amp? Η αξία Wu είναι μεγαλύτερη από 8,05 (

P

= 0,038).

Για να προσδιορίσετε αν η μεγαλύτερη ποικιλομορφία νουκλεοτιδίων οφειλόταν στην αύξηση της τοπικής ρυθμό μετάλλαξης, αξιολογήσαμε τις διαφορές νουκλεοτιδίων στο 28,5 kb αλληλουχία περιοχής συγκρίνοντας μία ανθρώπινη αλληλουχία με μία αλληλουχία χιμπατζή που ανακτώνται από το πρόγραμμα περιήγησης στο γονιδίωμα UCSC. Για κάθε παράθυρο 1 kb σε όλη την περιοχή 28.5 kb, η απόκλιση μεταξύ του ανθρώπου και των ακολουθιών χιμπατζή κυμαίνονταν 0,004 έως 0,026 και κατά μέσο όρο 0,0145 (Σχ. 2D). Για την περιοχή 1 kb με τη μέγιστη π στην Ευρωπαϊκή-αμερικανικό πληθυσμό, παρατηρήσαμε μια απόκλιση από 0,0150. τιμές απόκλιση για τις παρακείμενες 5 και 10 kb ήταν 0,0137 και 0,0149, αντίστοιχα. Αυτά τα στατιστικά στοιχεία ήταν ελαφρώς υψηλότερο από το μέσο όρο του γονιδιώματος του χιμπατζή (0,0123 [23]). Όταν αποκλείστηκαν SNPs που παρατηρούνται σε ανθρώπινους πληθυσμούς, η απόκλιση ήταν σημαντικά μειωμένη (που κυμαίνονται από 0,002 να 0,022 και κατά μέσο όρο 0,0112), ιδιαίτερα εντός της περιοχής που έδειξαν μεγάλη ποικιλομορφία νουκλεοτιδίων σε ανθρώπους (Εικ. 2D). Οι παρατηρήσεις αυτές εξαιρούνται υψηλότερο τοπικό ποσοστό μετάλλαξης ως σημαντική αιτία της μεγαλύτερης ποικιλίας στους ανθρώπινους πληθυσμούς.

Δύο SNPs, 144716 και 144552, στο πλαίσιο του παραθύρου 1 kb που έδειξε το μέγιστο σήμα της φυσικής επιλογής, ήταν σε ισχυρή Ν.Δ. με 135,181 και έδειξε ένα συγκρίσιμο επίπεδο της σύνδεσης με τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη σε συνδυασμό με SNPs 142.413 και είτε 152.494 ή 148.444 (Πίνακας S3). Η περιοχή από 142 kb έως 149 kb εμφανίζεται σημαντικά υψηλότερη ποικιλομορφία νουκλεοτιδίων μεταξύ των ευρωπαϊκών-Αμερικανών από Yorubans, σε αντίθεση με τις γύρω περιοχές και η συντριπτική πλειοψηφία του ανθρώπινου γονιδιώματος, στο οποίο Yoruban διαφορετικότητα είναι γενικά παρόμοιο με ή υψηλότερη από ό, τι Ευρωπαϊκού-Αμερικανικού ποικιλομορφία ( Σχ. 2Β). Αυτή η περιοχή περιλαμβάνεται επίσης τρεις SNP συνδυασμούς: 142.413, 144.716 ή 147.904 και 148.444, το καθένα που κατοικούν εντός μιας αλληλουχίας κάτω από τη φυσική επιλογή και από κοινού οριοθετούν την υποτιθέμενη απλότυπος κίνδυνο. Αυτή η επικάλυψη της επιλογής και σημαντικών σημάτων ένωση εμπλέκεται συν-εξέλιξης και διαδραστικές λειτουργίες μεταξύ των ενοτήτων σειρά με τη συμμετοχή τους σε κίνδυνο για καρκίνο του προστάτη.

Υπογραφές επιλογής σε πρωτεύοντα πλην του ανθρώπου

δεδομένα αλληλουχίας σε το ίδιο παράθυρο 1 kb σε κοινή δυτική χιμπατζήδες και μπονόμπο αποκάλυψαν επίσης το δυναμικό της φυσικής επιλογής. Αν και η αλληλουχία χιμπατζής κατείχε μια εντελώς διαφορετική συλλογή SNPs σε σύγκριση με την ανθρώπινη αλληλουχία, οι κατανομές απλότυπος παρουσίασαν ένα μοτίβο παρόμοιο με εκείνο του ιαπωνικού πληθυσμού: κατά κύριο λόγο ένας απλότυπος με εξαιρετικά υψηλές συχνότητες της παράγωγης αλληλόμορφου για πολλαπλές SNPs (Tajima του D = – 1.81, Fu και D Λι = -3,02, π = 0,0015). Ένα πολύ υψηλό Fay & amp? H Γου (8,62 για 12 SNPs,

P

= 0,0001 αν υποτεθεί ότι η τυπική ουδέτερη μοντέλο) πρότεινε μια ωτοστόπ αποτέλεσμα σύμφωνα με μια πρόσφατη θετική επιλογή. Για την αλληλουχία μπονόμπο, δύο σπάνια SNPs, κάθε παρατηρήθηκε μόνο μια φορά στους 6 άτομα, και δεν καθορίζεται αλλαγή νουκλεοτιδίου ήταν παρόντες στο παράθυρο 1 kb (D Tajima του = -1,45, Fuli D = -1,72, π = 0,00034) σε σύγκριση με χιμπαντζή ακολουθία

τα τρία υποείδη αναγνωρίζονται μεταξύ των κοινών χιμπατζήδων με βάση τη γεωγραφική κατανομή τους:.

Pan troglodytes Verus (PTV)

στη δυτική Αφρική,

Pan troglodytes troglodytes (PTT)

σε κεντρική Αφρική, και

Pan troglodytes schweinfurthii (Βαθμοί)

στην ανατολική Αφρική. Προηγούμενες μελέτες πρότειναν ξεχωριστή δημογραφική ιστορία για τα τρία υποείδη, με αποτέλεσμα μια ελαφρά θετική μέση τιμή της D Tajima για τη δυτική χιμπατζήδες (

PTV

) και μια σημαντικά αρνητική μέση τιμή της D Tajima για κεντρικό χιμπατζήδες (

Ptt

). Για να δημιουργήσετε μια γονιδιώματος-ευρεία διανομή των στατιστικών στοιχείων του πληθυσμού για τους κοινούς χιμπατζήδες, που ανακτώνται και να αναλύονται τα δεδομένα ακολουθία από δύο προηγούμενες μελέτες: 50 διαγονιδιακές περιοχές (Genebank ACC # AY276396 να AY277244.) Αλληλουχία σε 17 κοινούς χιμπατζήδες (6

PTV

, 5

Ptt

, 2

Pts

, και 4 άγνωστη) [24] και 10 μη-κωδικοποιητικές περιοχές αλληλουχία σε 14 κεντρικές χιμπατζήδες [25] από τη βάση δεδομένων NCBI (Πίνακας 1) . Τα στατιστικά στοιχεία που παρατηρούνται στην περιοχή του στόχου 1 kb (D Tajima του = -1,81, Fu & amp? Λι D = -3,02) που τοποθετείται μεταξύ των χαμηλότερων των διανομών γονιδιώματος-ευρεία. Δεδομένα αλληλουχίας για ένα μεγαλύτερο αριθμό πρωτευόντων άτομα που αναλύεται ξεχωριστά για κάθε υποείδος θα πρέπει να αξιολογηθεί η επίδραση της φυσικής επιλογής με μεγαλύτερη εμπιστοσύνη. Παρ ‘όλα αυτά, αυτά τα προκαταρκτικά στοιχεία είναι συνεπή με τις υπογραφές της επιλογής σε ένα είδος πρωτευόντων πλην του ανθρώπου.

Η

Συζήτηση

Προηγούμενες μελέτες σύνδεσης και σύνδεσης προσδιορίζει μια περιοχή περίπου 30 kb σχετίζεται με τον καρκίνο του προστάτη κίνδυνος. Στην έκθεση αυτή, λεπτομερή ανάλυση της τοπικής δομής LD και πρόσθετες δοκιμές σύνδεσης εξευγενισμένα το μέγιστο σήμα σε σε μια περιοχή 15 kb, ενδεχομένως συνεπάγονται απλότυπος που ορίζεται από τρία ή περισσότερα SNPs εντός των αλληλουχιών υπό ισχυρή εξελικτική πίεση.

Απόδειξη τόσο του συνεταιρίζεσθαι και την επιλογή υποστηρίζεται σημαντικά και διαδραστικές λειτουργίες για αλληλουχίες εντός των 15 kb ιντρονική περιοχή του

FHIT

. Οι απλότυποι κινδύνου που ορίζονται από μεγάλες αλληλόμορφα αρκετών SNPs σε συνδυασμούς δεν ήταν σε πλήρη LD με οποιοδήποτε ενιαίο SNP που ανακαλύφθηκε στην περιοχή 28.5 kb και παρουσίασαν πολύ ισχυρότερη ενώσεις με καρκίνο του προστάτη από οποιοδήποτε ενιαίο SNP που εξετάστηκαν. Μεταξύ των 9 SNPs που οριοθετείται απλότυπους κινδύνου, τέσσερις (142.413, 147.904, 148.444, και 152.494) βρίσκονταν εντός ή κοντά ακολουθίες που είναι εξαιρετικά διατηρημένες μεταξύ των θηλαστικών? και ένα (144.716) βρισκόταν μέσα σε μια αλληλουχία που παρουσίασαν σημαντική και διακριτή σήματα της φυσικής επιλογής στο πλαίσιο διαφορετικών ανθρώπων και των πρωτευόντων πληθυσμούς. Τα αλληλόμορφα 5 SNPs (142413, 135181, 137261, 138543 και 144716) σε απλότυπους κινδύνου ήταν προγονική. Τα αλληλόμορφα των δύο SNPs 148.444 και 152.494 σε απλοτύπους κινδύνου προήλθαν και έφτασε πολύ υψηλής συχνότητας (& gt? 0,8) σε όλους τους τρεις ανθρώπινους πληθυσμούς δοκιμαστεί? Ως εκ τούτου, αυτοί φάνηκε να είναι κάτω από θετική επιλογή, ειδικά στον πληθυσμό Yoruban. Για παράδειγμα, SNP 148.444 επικαλύπτονται με 1-kb παράθυρα των ελάχιστων Tajima του D (-1,804 για 10 SNPs) και αυξημένα Fay και Γου H (9,31 για 17 SNPs) στον πληθυσμό Yoruban.

Levin et al. [26] ανέφεραν πρόσφατα μια αντίστροφη συσχέτιση του κινδύνου καρκίνου του προστάτη στην SNP, rs760317 (138,543), που περιγράφεται στην αρχική μας μελέτη [7]. Οι συγγραφείς απέδωσαν την ένωση του «γυρίσει» αλληλόμορφο (G αντί Α) έως (i) υψηλό ελάσσονα συχνότητα αλληλίου του rs760317, (ii) ένας άγνωστος επιπλέον συνάφεια SNP της σχετικά χαμηλής ανισορροπία σύνδεσης με rs760317, και (iii) δεν εξέταση της αλληλεπίδρασης μεταξύ των δύο στο μοντέλο ανάλυσης τους. Στην παρούσα μελέτη, αναγνωρίσαμε δύο επιπλέον SNPs, 142413 και 152494 ή 148444, που αλληλεπιδρούν είτε με SNP 138543 ή SNP σε πολύ υψηλές LD με 138.543, όπως 144716, που καθόρισαν τον κίνδυνο καρκίνου του προστάτη. Ζεύγη μετρήσεων LD μεταξύ των τριών αλληλεπιδρούν SNPs ήταν πράγματι πολύ χαμηλή (r

2 & lt? 0.3 για όλα τα πιθανά ζεύγη), σύμφωνα με την υπόθεση που είχε αρχικά προτείνει Lin et al. [27] για να εξηγήσει μια γυρίσει ένωση.

Ανίχνευση των υπογραφών φυσικής επιλογής έχει προταθεί για τη χαρτογράφηση γονιδίων και ρυθμιστικά στοιχεία που εμπλέκονται σε ανθρώπινες ασθένειες [18], [28]. Σε αυτή την εργασία, χρησιμοποιήσαμε απόδειξη της φυσικής επιλογής να συναχθεί λειτουργικότητα ενός εσωνίου περιοχής εμπλέκονται στον καρκίνο του προστάτη [7]. Από τη στιγμή που εντοπίστηκε ισχυρά σήματα τόσο θετική και την εξισορρόπηση επιλογής εντός της ίδιας περιοχής για διαφορετικούς ανθρώπινους και μη ανθρώπινων πρωτευόντων πληθυσμούς, την ευκαιρία και δημογραφική ιστορία από μόνη της δεν μπορεί να εξηγήσει πλήρως τις παρατηρήσεις μας. Για τον έλεγχο για την επίδραση της δημογραφικής ιστορίας, επιβεβαιώσαμε Δ και π υψηλής Tajima κατά τα ίδια άτομα τα οποία έχουν αλληλουχία στο πρόγραμμα ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ αλληλουχίας και παρέχεται ένα υπόβαθρο γονιδίωμα-ευρεία. Ως εκ τούτου, η φυσική επιλογή παρουσιάζει μια εύλογη εξήγηση για τη μη-τυχαία κατανομή των SNP γονοτύπων που υπάρχουν στα δεδομένα.

Γενετική Πληθυσμού στην περιοχή αυτή πρότεινε ότι διαφορετικές επιλεκτικές δυνάμεις μπορούν να έχουν ενεργούν για διαφορετικούς πληθυσμούς των ανθρώπων και των πρωτευόντων. Είναι, ως εκ τούτου, ότι η ενδιαφέρουσα

FHIT

γονίδιο είναι γνωστό για την ανταπόκριση του σε περιβαλλοντικούς παράγοντες, όπως το κάπνισμα [15] και την έκθεση σε ακτινοβολία [17], και μεσολαβεί κυτταρική επιβίωση ή απόπτωση [9]. Συγκρίναμε συνώνυμες και nonsynonymous αλλαγές στο

FHIT

κωδική περιοχή μεταξύ του ανθρώπου και του χιμπατζή και βρήκε 4 συνώνυμα και 2 nonsynonymous αλλαγές μέσα κωδική περιοχή 441 bp του. Και οι δύο nonsynonymous αλλαγές αλλάξει τις χημικές ιδιότητες των αμινοξέων που συμμετέχουν, πράγμα που σημαίνει ότι

FHIT

θα μπορούσε να είναι μία από τις ταχέως εξελισσόμενες γονιδίων υποβάλλονται σε θετική επιλογή.

Οι συμβατικές μελέτες συσχέτισης έχουν επικεντρωθεί σε μεγάλο βαθμό από τις γνωστές κωδικοποίησης αλληλουχίες, οι οποίες αντιπροσωπεύουν μόνο περίπου το 1,5% του ανθρώπινου γονιδιώματος. Ωστόσο, πρόσφατες μελέτες έχουν αποκαλύψει μεγάλους πληθυσμούς προηγουμένως άγνωστων μεταγραφημάτων RNA, τα περισσότερα των οποίων είναι μη-κωδικοποίησης, μέσα ιντρόνια και διαγονιδιακές περιοχές [29], [30]. Πολλές από αυτές τις μεταγραφές εμπλέκονται στην ογκογένεση [31] όπως η διαφοροποίηση του όγκου του προστάτη [32]. Πολλαπλές ανεξάρτητες μελέτες έχουν επιβεβαιώσει επίσης το ρόλο των μη κωδικές περιοχές στο 8q24 στην ευαισθησία στον καρκίνο του προστάτη [2], [33]. Εντός της περιοχής που implcated του κινδύνου καρκίνου του προστάτη, ένα γονιδίωμα-ευρεία προσπάθεια να προβλέψει τη διατήρηση της δευτεροταγούς δομής του RNA με τη χρήση του προγράμματος υπολογιστή, EvoFold [34], ανιχνεύεται ένα 61-bp διατηρημένη δομή που περιβάλλει το SNP 148444. Είτε τέτοια στοιχεία μέσα ιντρονίου 5 θέση να μεταφέρει τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του προστάτη μέσω τροποποίησης του

FHIT

έκφραση /λειτουργία ή μέσω μη συνδεδεμένων εσονικές λειτουργικά στοιχεία μένει να διερευνηθεί.

Υλικά και Μέθοδοι

Μελέτη Θέματα

Τα δείγματα υπόθεση και ελέγχου έχουν περιγραφεί προηγουμένως [7]. Η μελέτη και η χρήση των ιστών έχουν εγκριθεί από επιτροπή δεοντολογίας σε κάθε συμμετέχουσα περιοχή. Ενημέρωσε γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους συμμετέχοντες. Εν συντομία, DNA από 200 άσχετα ασθενείς ευρωπαϊκής καταγωγής επηρεάζονται με τον καρκίνο του προστάτη και 143 μάρτυρες από συμφωνημένα εθνικότητα χρησιμοποιήθηκαν στην παρούσα μελέτη. Ενημερωμένη συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους συμμετέχοντες. Επιπλέον, το DNA από 14 CEPH (European American), 16 Yoruban (Αφρικής), και 16 Ιαπωνικά άτομα ελήφθη από τα Αποθέματα Κυττάρων Coriell. Δείγματα από τις 14 CEPH άτομα, 8 από τα Yorubans, και 8 από τους Ιάπωνες είχαν εκ νέου αλληλουχία στην επανεύρεση της αλληλουχίας του έργου HapMap ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ.

Έχουμε λάβει το πρωτεύον πίνακα DNA (PRP00003) από τα Αποθέματα Κυττάρων Coriell. Το δείγμα περιλάμβανε ένα άτομο από κάθε ένα από τα ακόλουθα είδη: κοινή χιμπατζή, Bonobo, γορίλλας, Σουμάτρας Ουρακοτάγκος, pigtailed μακάκος, πίθηκο rhesus, μαύρο-παρέδωσε πίθηκος αράχνη, κοινή μαϊμού μαλλιαρό, κόκκινο-chested μουστάκι Tamarin, και ring-ουρά κερκοπίθηκος. Έχουμε λάβει επίσης DNA από άλλα 12 άσχετα κοινή δυτική χιμπατζήδες (NS03622, NS03623, NS03639, NS03641, NS03650M NS03656, NS03660, NA03450, NG06939, NS03489, NS03610 και NS03659? Προσωπική επικοινωνία, W. Winckler, το Ινστιτούτο Broad, Cambridge, MA ) από την Cell Repository Coriell, καθώς και DNA από πέντε επιπλέον άσχετα άτομα μπονόμπο (αναγνωριστικά διαθέσιμο κατόπιν αιτήματος).

SNP γονοτυπική

το γονιδιακό DNA εκχυλίζεται όπως περιγράφηκε προηγουμένως [7]. Ελήφθησαν SNP γονοτύπων και των κρίσιμων SNPs επιβεβαιώθηκαν χρησιμοποιώντας ένα συνδυασμό της ΑΒΙ Snapshot ™ του γονότυπου σε ένα sequencer ΑΒΙ377 DNA, Sequenom iPlex SNP πληκτρολόγηση σε ένα σύστημα MassARRAY, και αλληλουχίας για ABI3130xl και ΑΒΙ 3730 πλατφόρμες.

Re-αλληλουχίας

Γονιδιωματικό DNA ενισχύθηκε χρησιμοποιώντας PCR εναρκτήρες επικαλυπτόμενες και επανα-αλληλουχήθηκαν χρησιμοποιώντας PCR και εσωτερικούς εκκινητές. SNPs ανιχνεύθηκαν χρησιμοποιώντας PolyPhred 4.0 [35] και Consed [36]. Για να ελαχιστοποιηθεί η ψευδώς αρνητικό ποσοστό, χρησιμοποιήσαμε ένα χαμηλό -score ρύθμιση των 50 για να επισημάνετε όλες τις πιθανές SNPs και επιθεωρούνται κάθε SNP με το χέρι για να ελέγξει την ακρίβεια των αναθέσεων ακολουθίας. Indels καταγράφηκαν μέσα από το εγχειρίδιο ελέγχου.

Στατιστικές Αναλύσεις

Χρησιμοποιήσαμε Haploview [37] για την εκτέλεση χ

2 δοκιμές των Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) για κάθε δείκτη γονότυπος στις περιπτώσεις και ελέγχους και δεν βρήκε κανένα ακραία απόκλιση. Χρησιμοποιήσαμε επίσης Haploview να υπολογίσει και να απεικονίσει r

2 μεταξύ κάθε ζεύγους των δεικτών (συχνότητα έλασσον αλληλόμορφο, MAF, ≥5%), και να συγκρίνουν αλληλόμορφο συχνότητες των περιπτώσεων και ελέγχων. ποσοστά ανασυνδυασμού υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας rhomap [38] με 10000000 τρεξίματα και 1000000 έγκαυμα-ins. Διαλογή για μεμονωμένες απλότυπος συνδέσμου 3 SNP συνδυασμών επιτεύχθηκε χρησιμοποιώντας unphased [39].