Αφηρημένο

Λόγω των χαμηλών ποσοστά συνολικής ανταπόκρισης του 10-47% σε στοχευμένες θεραπευτικές του καρκίνου, υπάρχουν είναι μια αυξανόμενη ανάγκη για έξυπνη βιοδείκτες. Έχουμε ως στόχο να εντοπίσει τα γονίδια πρόβλεψη απάντηση στις πέντε που έχουν ήδη εγκριθεί αναστολείς της τυροσινικής κινάσης. Δοκιμάσαμε 45 καρκινικές κυτταρικές σειρές για την ευαισθησία με το sunitinib, erlotinib, λαπατινίμπη, sorafenib και gefitinib στα κλινικά χορηγούμενες δόσεις. Μια μήτρα αντίσταση προσδιορίστηκε, και συγκρίθηκαν τα προφίλ γονιδιακής έκφρασης των υποσυνόλων των ανθεκτικών έναντι ευαίσθητων κυτταρικών γραμμών. υπογραφές έκφραση εις τριπλούν γονίδιο ελήφθησαν από το έργο caArray. ανάλυση Σημασία των μικροσυστοιχιών και προϊόντων βαθμό εφαρμόστηκαν για την επιλογή χαρακτηριστικό. Ενενήντα πέντε γονίδια μετρήθηκαν επίσης με RT-PCR. Στην περίπτωση των τεσσάρων sunitinib αντίστασης σχετίζεται γονίδια, τα αποτελέσματα επικυρώθηκαν σε κλινικά δείγματα με ανοσοϊστοχημεία. ταυτίστηκε Μια λίστα των 63 top γονιδίων που σχετίζονται με την αντίσταση εναντίον των πέντε αναστολείς της τυροσινικής κινάσης. Ποσοτική ανάλυση RT-PCR επιβεβαίωσε 45 από 63 γονίδια που ταυτοποιήθηκαν με ανάλυση μικροσυστοιχιών. Μόνο δύο γονίδια (

ANXA3

και

RAB25

) σχετίζονταν με ευαισθησία κατά περισσότερο από τρεις αναστολείς. Η ανοσοϊστοχημική ανάλυση του sunitinib έλαβαν μεταστατικό καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων επιβεβαίωσε τη συσχέτιση μεταξύ RAB17, LGALS8 και EpCAM και η συνολική επιβίωση. Εν ολίγοις, προσδιορίσαμε πρόβλεψης βιοδεικτών για πέντε αναστολείς της τυροσινικής κινάσης, και επικυρωμένων βιοδεικτών αντίσταση sunitinib με ανοσοϊστοχημεία σε μια ανεξάρτητη ομάδα ασθενών

Παράθεση:. Pénzváltó Z, Tegze Β, Szász AM, Sztupinszki Ζ, Liko Ι, Szendrői Α, et al. (2013) Προσδιορισμός αντίστασης Μηχανισμοί εναντίον αναστολείς κινάσης τυροσίνης Πέντε Στόχευση την ERBB /RAS Διαδρομή σε 45 γραμμές καρκινικών κυττάρων. PLoS ONE 8 (3): e59503. doi: 10.1371 /journal.pone.0059503

Συντάκτης: Stefan Wölfl, Universität Heidelberg, Γερμανία

Ελήφθη: 21 του Αυγ, 2012? Αποδεκτές: 15 Φλεβάρη 2013? Δημοσιεύθηκε: 29 Μαρτίου του 2013

Copyright: © 2013 Pénzváltó et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Η μελέτη υποστηρίχθηκε από την OTKA PD 83154, από το έργο Προβλέψτε (δεν χορηγούν. 259303 της πρόσκλησης Health.2010.2.4.1.-8), από την TAMOP-4.2.1.B-09/1 /KMR-2010 – 0001 και από τον Alexander von Humboldt Stiftung. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Η υπαγωγή του Δρ István Liko με Ρίχτερ Γεδεών δεν μεταβάλλει την τήρηση των συγγραφέων να όλες οι PLoS One πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

η στοχευμένη θεραπεία στη θεραπεία του καρκίνου αναφέρεται στην εφαρμογή των ειδικών παράγοντες που δρουν σε συγκεκριμένα μοριακά χαρακτηριστικά των οδών μεταγωγής σήματος που εμπλέκονται στην ανάπτυξη της ο καρκινικός φαινότυπος. Erlotinib, το gefitinib, sorafenib, το sunitinib και λαπατινίμπη όλα κλινικά χρησιμοποιούνται αναστολείς της τυροσινικής κινάσης (TKIs) υποδοχείς στόχευση και κατάντη των μελών της οδού ERBB /RAS [1]. Η erlotinib και gefitinib είναι αναστρέψιμα τον υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGFR) αναστολείς κινάσης τυροσίνης που χρησιμοποιούνται στη θεραπεία του μη μικροκυτταρικού καρκίνου του πνεύμονα. Περίπου το 10% των ασθενών ανταποκρίνονται στη θεραπεία της ευρωπαϊκής και της Βόρειας Αμερικής πληθυσμού [2]. Η λαπατινίμπη αναστέλλει την περιοχή κινάσης τυροσίνης του υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGFR) και ανθρώπινου παράγοντα υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού 2 (HER2). Έχει εγκριθεί για τη θεραπεία του καρκίνου του μαστού, όπου το συνολικό ποσοστό ανταπόκρισης σε αυτή τη θεραπεία είναι 24% [3]. Sorafenib αναστέλλει RAF, VEGFR, PDGFR, Flt-3, οι υποδοχείς c-Kit. Το ποσοστό μερικής απόκρισης είναι 10%, όταν χορηγείται σε ασθενείς με προχωρημένο νεφροκυτταρικό-κυττάρων [4]. Το sunitinib είναι ένα μικρό μόριο-κινάση πολλαπλών-στόχων τυροσίνης υποδοχέα (RTK) αναστολέα που εγκρίθηκε από το FDA για τη θεραπεία του νεφροκυτταρικού καρκινώματος (RCC) και ανθεκτικών στο imatinib όγκου στρώματος γαστρεντερικού σωλήνα (GIST). Ποσοστό αντικειμενικής ανταπόκρισης είναι 31% στη θεραπεία πρώτης γραμμής του καρκινώματος των νεφρικών κυττάρων [5]. Λόγω των χαμηλών ποσοστά συνολικής ανταπόκρισης του 10-47% [6] – [10], υπάρχει μια αυξανόμενη ανάγκη για βιοδείκτες πρόβλεψη ανταπόκριση στοχευμένη θεραπεία θεραπεία

Εκτός από τις φαρμακοκινητικές παραμέτρους, ένας όγκος μπορεί να αναπτύξει διαφορετικές μοριακές. μηχανισμοί για την επίτευξη αντίστασης κατά παράγοντες στόχοι θεραπεία: το μόριο στόχος μπορεί να υπόκειται σε τροποποίηση, κατάντη μεταβολές της οδού μπορεί να οδηγήσει σε αντίσταση ενάντια σε ένα παράγοντα στόχευσης ένα ανάντι μόριο, ή άλλων οδών μπορεί να ενεργοποιηθεί η οποία μεσολαβούν εναλλακτικά επιβίωση των καρκινικών κυττάρων και τον πολλαπλασιασμό. Για παράδειγμα, η Τ790Μ μετάλλαξη του

EGFR

γονίδιο διατηρεί την ικανότητα του υποδοχέα να ενεργοποιήσει το κατάντη οδό αλλά ταυτόχρονα μειώνει σύνδεση του gefitinib και erlotinib με τον υποδοχέα και έτσι οδηγεί σε αντοχή φαρμάκου [11].

ΚΟΑ

ενίσχυση προκαλεί αντίσταση κατά της erlotinib και gefitinib μέσω της ενεργοποίησης των εναλλακτικών δρόμων [12]. Ιντερλευκίνη-8 μπορεί να ενεργοποιήσει ένα εναλλακτικό μονοπάτι που οδηγεί στο sunitinib αντίσταση [13]. Μεταλλάξεις των γονιδίων κατάντη μελών του μονοπατιού μπορεί επίσης να συμβάλει στην αντίσταση ενάντια παράγοντες στόχοι της θεραπείας, όπως περιγράφηκε προηγουμένως στην περίπτωση του

KRAS

[14],

ΡΤΕΝ

[15],

BRAF

[16], και

PIK3CA

[17]. Όταν ένας μεταγενέστερος συνιστώσα του συστήματος σηματοδότησης ενεργοποιεί το μονοπάτι, η αναστολή από τον αποκλεισμό του ανάντη μέλος δείχθηκε να είναι αναποτελεσματική. Οι εν λόγω κατάντη αλλαγές μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως αρνητικός προγνωστικοί για παράγοντες που δρουν ανοδικά αυτού του εθισμού στοιχείο του μονοπατιού, όπως περιγράφηκε προηγουμένως για το

KRAS

[18]. Εάν

KRAS

φιλοξενεί μια μετάλλαξη ενεργοποίησης, παράγοντες που δρουν στο EGFR δεν θα έχει καμία επίδραση στην ανάπτυξη του όγκου [19].

Προηγούμενες μελέτες έχουν ήδη περιγραφεί ότι η χρήση των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης, σε συνδυασμό με την

in vitro δοκιμασίες

ευαισθησία φαρμάκου, μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανάπτυξη υπογραφές που θα μπορούσαν να ταξινομήσει ανταπόκριση στη συμβατική αντικαρκινικούς παράγοντες [20], [21]. Σε μια άλλη μελέτη, ένα πάνελ των κυτταρικών γραμμών καρκίνου του υποβλήθηκε σε επεξεργασία με dasatinib, ένα multitarget αναστολέα κινάσης, και ευαισθησία στο μετρήθηκε το φάρμακο. Παράλληλα, τα στοιχεία έκφρασης που παράγονται από το ίδιο πάνελ των κυτταρικών γραμμών χρησιμοποιήθηκε για την ανάπτυξη μια υπογραφή για την πρόβλεψη της ευαισθησίας στο φάρμακο [22]. Σε μια διαφορετική μελέτη, μια ομάδα από κυτταρικές σειρές καρκίνου του πνεύμονα χρησιμοποιήθηκε για την ανάπτυξη υπογραφές γονιδιακής έκφρασης που προβλέπουν ευαισθησία στις gefitnib αναστολείς EGFR [23] και erlotinib [24]. Τέλος, οι κοινές σημαντικά γονίδια του

in vitro

και

in vivo

μελέτη ήταν σε θέση να προβλέψουν την ανταπόκριση στην ραπαμυκίνη [25]. Παρά το γεγονός ότι επικεντρώθηκε στην ενιαία θεραπευτικών παραγόντων σε έναν τύπο καρκίνου, οι μελέτες αυτές έχουν ήδη αποδείξει την ισχύ των προφίλ γονιδιακής έκφρασης για να προβλέψουν την ανταπόκριση σε ένα συγκεκριμένο παράγοντα.

Στην παρούσα μελέτη, πήραμε μια ευρύτερη προσέγγιση με στόχο να εντοπίσει το γονίδιο υπογραφές που συνδέονται με εγγενή αντοχή έναντι 5 που έχουν ήδη εγκριθεί αναστολείς κινάσης τυροσίνης που στοχεύουν στην ERBB /RAS-μονοπάτι. Για να αποκτήσετε νέα έξυπνη βιοδείκτες, που συσχετίζεται την ευαισθησία των 45 κυτταρικών σειρών που εκπροσωπούν 15 διαφορετικές καρκίνο οντότητες με πρότυπα έκφρασης. Οι καλύτερες επιδόσεις υποψήφια γονίδια στη συνέχεια επικυρώνονται χρησιμοποιώντας qRT-PCR. Τέλος, κλινική επικύρωση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση ανοσοϊστοχημείας βασίζεται σε μικροσυστοιχίες ιστού σε ένα σύνολο καρκινώματα νεφρικών κυττάρων από ασθενείς που έλαβαν θεραπεία με sunitinib.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Η έγκριση αριθμό για τη συλλογή δειγμάτων από την Εθνική Επιτροπή Επιστημονικής και Δεοντολογίας (ΕΤΤ-TUKEB) (Ουγγαρία) είναι # 185/2007. Γενικά ενημερωμένη συγκατάθεση λήφθηκε πριν από τη χειρουργική επέμβαση. Το Εθνικό Επιστημονικό και Ερευνητικό Δεοντολογίας Επιτροπή δεν ζήτησε ειδική έγγραφη άδεια, επειδή, ήταν μια αναδρομική μελέτη, και οι ασθενείς αντιμετωπίζονται ανώνυμα.

Πολιτισμός τηλέφωνα

Έχουμε λάβει 45 κυτταρικές γραμμές ATCC . Πριν από την επιλογή, η απουσία του

KRAS

μετάλλαξη στις κυτταρικές σειρές επιβεβαιώθηκε χρησιμοποιώντας τον Κατάλογο Σωματικών Μεταλλάξεων Καρκίνου (αναζήτηση γίνεται στο 25

ης Ιουνίου 2010). Τα κύτταρα καλλιεργήθηκαν σύμφωνα με τα πρωτόκολλα ATCC (https://www.lgcstandards-atcc.org/). Επιπλέον, τα αντιβιοτικά (πενικιλλίνη-στρεπτομυκίνη, Invitrogen, αρ. Κατ .: 15070-063, αμφοτερικίνη Β, Invitrogen, αρ. Κατ .: 15290-026) προστέθηκαν. Οι κυτταρικές σειρές συνοψίζονται στον Πίνακα 1. Μια επισκόπηση της μελέτης παρουσιάζονται στο Σχήμα 1.

Κουτιά με γκρίζο φόντο αντιπροσωπεύουν τα βήματα εκπαίδευσης, ενώ το λευκό φόντο αντιπροσωπεύει βήματα επικύρωσης.

Η

Απομόνωση DNA και Ελέγχου ποιότητας

το DNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας το Qiagen DNeasy αίματος και Kit ιστών (Qiagen, Hilden, Γερμανία, αρ. κατ .: 69506) σύμφωνα με τις οδηγίες χρήσης του προϊόντος. Ποσότητα και την ποιότητα του DNA ελέγχθηκαν με τη χρήση ενός συστήματος Nanodrop 1000 (BCM, Houston, ΤΧ, USA). DNA (Α260) και (Α280) συγκεντρώσεις πρωτεΐνης και καθαρότητα του δείγματος (260/280 αναλογία) μετρήθηκαν και η υψηλή ποιότητα του DNA μόνο χρησιμοποιήθηκε για περαιτέρω ανάλυση. DNA αποθηκεύτηκε στους -80 ° C.

Πιστοποίηση των κυτταρικών γραμμών

ταυτότητας έγινε για κυτταρικές σειρές που λαμβάνονται περισσότερα από 4 χρόνια πριν από την ATCC χρησιμοποιώντας σύντομο διαδοχική επανάληψη (STR) ανάλυση των 10 συγκεκριμένων τόπους στο ανθρώπινο γονιδίωμα και ενός συγκεκριμένου δείκτη του ποντικιού. Authentication διεξήχθη από StemElite ID System στην Εγκατάσταση Θραύσμα Ανάλυσης, Πανεπιστήμιο Johns Hopkins (Βαλτιμόρη, ΗΠΑ). προφίλ STR των εφαρμοσμένων κυτταρικές γραμμές σε σύγκριση με τη βάση δεδομένων προφίλ STR του Leibniz Ινστιτούτο DSMZ – Γερμανική Συλλογή Μικροοργανισμών και Κυτταρικών Καλλιεργειών (https://www.dsmz.de). Όλες οι κυτταρικές σειρές που περιλαμβάνονται σε αυτή τη μελέτη ήταν απαλλαγμένο από μολύνσεις.

δοκιμές αντοχής

Τα φάρμακα που χρησιμοποιούνται στην εμπορικά διαθέσιμη μορφή τους, και εφαρμόστηκαν στα κύτταρα σε 3 συγκεντρώσεις (C1, C2, C3 ). C1 = 0.1 * C2 και C3 = 10 * C2. Συγκέντρωση C2 συνάχθηκε από τις κλινικώς χρησιμοποιούμενων δόσεων (βλέπε πίνακα 2).

Η

Η δοκιμασία ΜΤΤ (Roche, Cat. Νο .: 11465007001), χρησιμοποιήθηκε για να ελεγχθεί η αντι-πολλαπλασιαστική επίδραση των αντιδραστηρίων και βιωσιμότητα των κυττάρων. Σε κάθε πείραμα, κύτταρα 2000 /πηγάδι σπάρθηκαν σε 100 μΙ μέσου επί πλακιδίων των 96 φρεατίων. Μετά από μία ημέρα επώαση, προέλεγχος κύτταρα χρωματίστηκαν. Ταυτόχρονα, οι καλλιέργειες υπέστησαν κατεργασία με όλες τις 5 μελετήθηκαν φάρμακα σε συγκεντρώσεις C1, C2 και C3. Την πέμπτη ημέρα το πείραμα τερματίστηκε και τα κύτταρα χρωματίζονται. Η απορρόφηση διαβάστηκε με ένα Thermo Scientific Multiskan® FC. Η απορρόφηση μετρήθηκε στα 595 nm διορθώθηκε με το φόντο που μετράται στα 690 nm. Όλες οι μετρήσεις επαναλήφθηκαν τρεις φορές και για τον υπολογισμό των τιμών του δείκτη αντίστασης (RI), χρησιμοποιήθηκαν οι μέσοι όροι των 3 μετρήσεων. Ο δείκτης αντίστασης (RI) υπολογίστηκε από τον τύπο [26]: όπου Ν

pre είναι η μέση τιμή απορρόφησης του προελέγχου (που αντιπροσωπεύει τον αριθμό των κυττάρων κατά την έναρξη της θεραπείας), Ν

η θέση είναι το μέσο τιμή της απορρόφησης του μάρτυρα (που αντιπροσωπεύει τον αριθμό των κυττάρων στο τέλος της θεραπείας με θεραπεία μόνο όχημα), και Ν

2 είναι η μέση τιμή απορρόφησης των επεξεργασμένων κυττάρων σε επεξεργασία με τη συγκέντρωση C2 της υπό μελέτη φαρμάκου. Οι συγκεντρώσεις C1 και C3 χρησιμοποιήθηκαν ως εσωτερικοί έλεγχοι για την παρακολούθηση της δυναμικής περιοχής των παραγόντων. Μόνο κυτταρικές σειρές που πληρούσαν τα κριτήρια ποιότητας του Ν

μετα & gt? Ν

πριν και απόκλιση στην ανάπτυξη των κυττάρων μέσα σε επαναλήψεις & lt?. 15% συμπεριλήφθηκαν στην αξιολόγηση

Δυνατότητα επιλογής

δεδομένα Raw μικροσυστοιχιών για τις κυτταρικές γραμμές δημιουργήθηκαν στο έργο GSK caArray (ftp://caftpd.nci.nih.gov/pub/caARRAY/transcript_profiling). caArray αναπτύχθηκε χρησιμοποιώντας τις κατευθυντήριες γραμμές για τη συμβατότητα caBIG, καθώς και τα πρότυπα της κοινωνίας των μικροσυστοιχιών Gene Expression Data (MGED) για τα δεδομένα μικροσυστοιχιών. Μετά τη λήψη, τα αρχεία raw.CEL ήταν MAS5 κανονικοποιούνται στο R στατιστική περιβάλλον (www.r-project.org) χρησιμοποιώντας τη βιβλιοθήκη Affy Bioconductor [27]. MAS5 κατατάσσεται μεταξύ των καλύτερων μεθόδων κανονικοποίησης, σε σύγκριση με τα αποτελέσματα των μετρήσεων qRT-PCR σε πρόσφατη μελέτη μας [28]. Κάθε κυτταρική γραμμή μετρήθηκε στις μικροσυστοιχίες με τριπλότυπα – στο τελικό στάδιο της προ-επεξεργασίας ο μέσος όρος αυτών υπολογίστηκαν. Όπως σετ καθετήρα με πολύ χαμηλή αφθονία δεν είναι μόνο απίθανο να κρατήσει τη βιολογική σημασία, αλλά είναι επίσης λάθος επιρρεπείς, κάναμε ένα φιλτράρισμα για να διατηρήσει μόνο σετ καθετήρα με μέσο έκφρασης πάνω από 100 και μέγιστη έκφραση πάνω από 1000. Η πλήρης κανονικοποιημένη βάση δεδομένων παρουσιάζεται στο Πίνακας S1.

Η πλήρης σύνολο δεδομένων που αποτελείται από τα προφίλ έκφρασης έχει κανονιστεί σε 2 κατηγορίες, σύμφωνα με τις ιδιότητες αντοχής των κυτταρικών γραμμών. Ενδιάμεσο κυτταρικές γραμμές αποκλείστηκαν. Αυτή η διαδικασία επιλογής οδήγησε σε 5 σύνολα δεδομένων, τα οποία αντιμετωπίζονται ως αυτόνομες καθήκοντα κατάταξης. Για να αποκτήσετε τη λίστα των γονιδίων καλύτερα συσχετίζεται με την αντίσταση, χρησιμοποιήσαμε Σημασία ανάλυση των μικροσυστοιχιών (SAM) [29] και των προϊόντων βαθμό [30], [31]. Ενώ SAM είναι η πιο ευρέως χρησιμοποιούμενη μέθοδος, προϊόντα rank βρέθηκαν να παραδώσει την καλύτερη απόδοση σε περιβάλλον παρόμοιο με το έργο μας με μικρό μέγεθος του δείγματος σε μια παλαιότερη περίληψη των διαθέσιμων μεθόδων επιλογής χαρακτηριστικών [32]. Η αποτελεσματικότητα του γονιδίου θέτει σε διακρίσεις ανθεκτικά και ευαίσθητα κυτταρικών σειρών υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας Πρόβλεψη Ανάλυση μικροσυστοιχίες [33]. Το αρχείο R του χρησιμοποιήθηκε στατιστική ανάλυση είναι διαθέσιμη στο συμπληρωματικό υλικό όπως Script S1.

Για να αξιολογηθεί η ικανότητα των γονιδίων-σετ για την πρόβλεψη της επιβίωσης, ψάξαμε στο Pubmed GEO για σύνολα δεδομένων με τις διαθέσιμες κλινική παρακολούθηση όπου ασθενείς με καρκίνο υποβλήθηκαν σε θεραπεία με έναν από τους πράκτορες που ερευνήθηκαν πέντε. Τέλος, για να αναζητήσετε λίστες γονίδιο παρόμοιο με τα γονίδια μας και να εντοπίσει τα γονίδια συσχετίζονται με τις εντοπίστηκαν γονίδια, χρησιμοποιήσαμε τη μηχανή αναζήτησης CCancer [34].

Απομόνωση RNA και Ποιοτικού Ελέγχου

Μετά την ομογενοποίηση χρησιμοποιώντας QIAshredder, RNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας το κιτ Qiagen RNeasy (Qiagen, Hilden, Γερμανία) σύμφωνα με τις οδηγίες χρήσης του προϊόντος. Ποσότητα και ποιότητα του απομονωμένου RNA ελέγχθηκε με τη χρήση ενός συστήματος Nanodrop 1000 (BCM, Houston, ΤΧ, USA) και με ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα χρησιμοποιώντας ένα σύστημα Agilent Bioanalyzer (Agilent Technologies Inc., Santa Clara, CA, USA). Μετρήθηκαν RNA (Α260) και (Α280) συγκεντρώσεις πρωτεΐνης και καθαρότητα του δείγματος (260/280 αναλογία). Μόνο υψηλής ποιότητας, ανέπαφο ολικό RNA έγινε αποδεκτή για τα δείγματα που έδειξε επίσης τακτικές 18S και 28S ριβοσωμικού μοτίβο στροφή RNA στην ανάλυση Bioanalyzer. RNA διατηρήθηκε στους -80 ° C μέχρι τη μέτρηση RT-PCR.

TaqMan Δοκιμασία

TaqMan πραγματικού χρόνου PCR χρησιμοποιήθηκε για να μετρηθεί η έκφραση του 95 επιλεγμένων γονιδίων (συν ένα γονίδιο housekeeping) χρησιμοποιώντας Σύστημα μικρο fluidic Card (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) σε 40 κυτταρικές γραμμές. Οι μετρήσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση ενός ΑΒΙ PRISM® 7900HT Σύστημα Ανίχνευσης Αλληλουχίας, όπως περιγράφεται στον Οδηγό προϊόντα Χρήστη. επιλέχθηκαν Τα γονίδια να περιλαμβάνουν τα κορυφαία γονίδια που συσχετίζονται με την αντοχή στα διάφορα μέσα. Επιπλέον, με βάση μια βιβλιογραφική έρευνα, μια σειρά γονιδίων που συσχετίζονται με στοχευμένες αντοχής στη θεραπεία και τα μέλη του EGFR /RAS οδού προστέθηκαν επίσης για συμπληρωματικές αναλύσεις. Ο κατάλογος των περιελάμβανε γονίδια παρουσιάζεται στον Πίνακα S2.

ανάλυση των δεδομένων της RT-PCR Μετρήσεις

για πρωτογενή ανάλυση των δεδομένων χρησιμοποιήθηκε το λογισμικό SDS 2.2

. Οι τιμές Ct δέλτα (που αντιπροσωπεύουν την έκφραση ρυθμίζεται σύμφωνα με ριβοσωματική έκφραση 18S) ομαδοποιήθηκαν ανάλογα με τα χαρακτηριστικά αντίστασης κατά των διαφόρων παραγόντων σε ομάδες. Στη συνέχεια, έλεγχος τ εκτελέστηκε για να συγκριθεί η έκφραση του γονιδίου σε διάφορες ομάδες ανεξάρτητα. Η στατιστική σημαντικότητα ορίστηκε στο p & lt?. 0.05

νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (RCC) Δείγμα Συλλογή

Οι ασθενείς υποβλήθηκαν σε θεραπεία στο Τμήμα Ουρολογίας, Πανεπιστήμιο Semmelweis, Βουδαπέστη, Ουγγαρία μεταξύ των ετών 2005 και 2010. Δείγματα συλλέχθηκαν σύμφωνα με state-of-the-art πρωτόκολλο παθολογία από όλους τους ασθενείς που λειτουργεί για τον καρκίνο των νεφρικών κυττάρων. Ωστόσο, μόνο οι ασθενείς με μεταστατική νόσο αργότερα συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη, καθώς μόνο αυτοί οι ασθενείς έλαβαν μια στοχευμένη θεραπεία θεραπεία. Οι δύο παράγοντες σε κλινική χρήση για μεταστατικό RCC είναι sunitinib και sorafenib. Από αυτά, το sunitinib χορηγείται στην πρώτη ρύθμιση γραμμής, έτσι, αυτοί οι ασθενείς επιλέχθηκαν για την ανοσοϊστοχημικές αναλύσεις. μικροσυστοιχίες ιστού (ΤΜΑ) όλων των δειγμάτων FFPE κατασκευάστηκαν με το όργανο ιστό Micro-Array Builder (Παθολογικής Ανατομικής Ltd., Πετς, Ουγγαρία). Στο TMAs, αντίγραφα της ευρείας πυρήνες 2 χιλιοστά χρησιμοποιήθηκαν του κάθε όγκου που αντιπροσωπεύει πιο σχετικές περιοχές τους, σύμφωνα με ιστοπαθολογική εξέταση.

Η ανοσοϊστοχημεία

Η ανοσοϊστοχημική (IHC) αντιδράσεις διεξήχθησαν στις 4 μm πάχους τομές που λαμβάνεται από το μπλοκ TMA. Μετά αποπαραφίνωση, τα πλακίδια θερμάνθηκαν σε ένα φούρνο μικροκυμάτων σε Target Ανάκτηση Solution (DAKO, Carpenteria, CA, USA) για 30 λεπτά. Ένα αυτοματοποιημένο σύστημα Benchmark ανοσοκηλιδωτή Ventana χρησιμοποιήθηκε σύμφωνα με το πρωτόκολλο «880» (και «870» για LGALS8) που παρέχονται από τον κατασκευαστή (Ventana Medical Systems Inc., Tucson, AZ, USA). RAB17 (αραίωση, 1:200), LGALS8 (1:50), EpCam (1:100) και CD9 (1:300) αντισώματα χρησιμοποιήθηκαν για χρώση. Οι ιστοί αντίθετα με hemalaun Μάγιερ (00-8011, Zymed Laboratories Inc.). Θετικά δείγματα αναφοράς και αρνητικά ιστούς ελέγχου εφαρμόστηκαν σε όλα τα πειράματα IHC. Σε περίπτωση CD9, LGALS8, RAB17 κυτταροπλασματική αντίδραση, για μεμβρανώδη EpCAM χρώσης έγινε δεκτή ως σωστή εντόπιση.

Οι βάφονται διαφάνειες ήταν ψηφιοποιημένο με ένα σαρωτή διαφανειών (Mirax MIDI σάρωσης, 3DHistech Ltd., Βουδαπέστη, Ουγγαρία), και η ένταση της αντίδρασης (0: αρνητική αντίδραση, +1: αδύναμη θετικότητα, 2: μέτρια θετικότητα, +3: ισχυρή αντίδραση) και η συχνότητα των θετικά χρωματισμένων κυττάρων (0:0-1%, 1:1-5%, 2:5-10%, 3:10-20%, 4:20-33%, 5:33-50%, 6:50-66%, 7:66-80%, 8:80-100%) ήταν αξιολογηθούν ξεχωριστά. Τέλος, η συσχέτιση μεταξύ των ομάδων επιβίωσης 25 εκατοστημόριο, καθώς και οικόπεδα επιβίωσης Kaplan-Meier με βάση την ομαδοποίηση χρησιμοποιώντας το μεσαίο υπολογίστηκαν σε WinStat για το Excel (R. Fitch Λογισμικό, Bad Krozingen, Γερμανία).

Αποτελέσματα

αντοχή

Η αντίσταση του κάθε κυτταρική σειρά μετρήθηκε εις τριπλούν για κάθε μία από τις τρεις συγκεντρώσεις των πέντε παραγόντων. Στη συνέχεια, οι κυτταρικές σειρές κατατάσσονται με βάση την αξία τους RI. Ένα ενδιάμεσο τιμή RI ορίστηκε ως εντός του διάμεση τιμή RI +/- 10% του εύρους RI. Οι κυτταρικές σειρές που εμφανίζουν υψηλότερα ΥΠΕΝ ορίστηκαν ως ανθεκτική, και κυτταρικές σειρές με χαμηλότερα ΥΠΕΝ ως ευαίσθητες. Μια πλήρης επισκόπηση του διαχωρισμού των κυτταρικών σειρών σε ομάδες απεικονίζεται στον Πίνακα 1.

Αναγνώριση των διακρίσεων λόγω γονίδια

Για την κατάταξη, τα γονίδια διηθούνται ώστε να περιλαμβάνει μόνο εκείνα τα οποία επιτυγχάνεται τουλάχιστον διαφορά 2-φορές στη μέση έκφραση σύγκριση μεταξύ των κυτταρικών σειρών που χαρακτηρίζονται ως ευαίσθητα ή ανθεκτικά. Στη συνέχεια, έγινε επιλογή χαρακτηριστικών με SAM και προϊόντα κατάταξη. Μόνο εκείνα τα γονίδια που έγιναν δεκτές ως σημαντική, η οποία πέτυχε μια ψευδή ρυθμό ανακάλυψη κάτω από 20%. Η πλήρης λίστα των σημαντικών γονιδίων που παρατίθενται στον Πίνακα S3.

Η ακρίβεια της ταξινόμησης στη ρύθμιση cross-επικύρωσης άδεια-one-out χρησιμοποιώντας όλα τα γονίδια στις κυτταρικές γραμμές που είχε ως αποτέλεσμα την απόδοση του 92,8% το PAM (κυτταρικές σειρές με ενδιάμεσες αντιστάσεις αποκλείστηκαν). Η χρήση από τις 100 κορυφαίες γονίδια που προσδιορίζονται από τα προϊόντα κατάταξη οδήγησε σε σωστές προβλέψεις 79%. Οι σωστές ταξινομήσεις χρησιμοποιώντας τα 100 κορυφαία προϊόντα κατάταξη εντοπίζονται γονίδια παρουσιάζονται σε μπλε και λανθασμένες ταξινομήσεις με κόκκινο χρώμα στον πίνακα S4.

Αν και οι παράγοντες που ερευνήθηκαν βρίσκονται σε κλινική χρήση ήδη για πάνω από 7 χρόνια, ήμασταν σε θέση να βρείτε δημοσιεύονται σύνολα δεδομένων κατάλληλα για μετα-ανάλυση του εντοπίστηκαν γονίδιο-σετ. Έτσι, δεν θα μπορούσαμε να εκτελέσει μια

in silico

επικύρωση στην πρόβλεψη της κλινικής ανταπόκρισης ή την επιβίωση. Χρησιμοποιώντας CCancer, όλα μαζί 27 δημοσιεύσεις με επικαλυπτόμενα σύνολα γονίδιο έχει εντοπιστεί. Αυτές παρουσιάζονται στον Πίνακα S5.

TaqMan Επικύρωση προέρχεται από κυτταρική σειρά είναι Gene προφίλ

Αποτελέσματα TaqManq RT-PCR συνοψίζονται στον Πίνακα 3. 45 από τα 63 γονίδια που σχετίζονται με την αντίσταση στην χαρακτηριστικό επιλογής χρησιμοποιώντας τα δεδομένα μικροσυστοιχιών επιβεβαιώθηκαν παρακάτω σ & lt? 0,05 και 23 από αυτά κάτω από p & lt? 0,01. Η υψηλότερη σημαντικότητα επιτεύχθηκε με

ITGB4

(p = 0,005) της erlotinib αντοχής που σχετίζονται με

IADA

(p = 0,003) των γονιδίων gefitinib που σχετίζονται με

FAT4

(p = 0,011) των γονιδίων που σχετίζονται sorafenib και

φουρίνη

και

ΜΕ1

(p = 0,011) των γονιδίων λαπατινίμπης που σχετίζονται. Αρκετά γονίδια επιβεβαιώθηκαν σημαντικά από την υπογραφή του γονιδίου sunitinib αντίστασης συμπεριλαμβανομένης

KRT18

(p = 0.001),

LGALS8

(p = 0,019),

RAB17

(p = 0,002 ),

CD9

(p = 0,002) και

PPL

(p = 0,001). Εν τω μεταξύ, μόνο 7 από τις 32 γονίδια που περιγράφονται προηγουμένως στη βιβλιογραφία ως σχετίζονται με την αντίσταση εναντίον των στοχευμένων παραγόντων θεραπεία επιβεβαιώθηκαν. Η πλήρης ομαλοποιημένη αποτέλεσμα των δοκιμασιών TaqMan είναι διαθέσιμο ως Πίνακας S6.

Η

Μερικά από τα γονίδια που σχετίζονται με την αντίσταση κατά πολλών παραγόντων. Η υψηλότερη σημασία αυτών επιτεύχθηκε με

COL3A1

(p & lt? 0.001 σε περίπτωση sorafenib-αντίστασης),

GJA1

(p & lt? 0.001 σε περίπτωση sunitinib-αντίστασης) και

KRT19

(p & lt? 0.001 σε περίπτωση sunitinib-αντίστασης). Έχουμε, επίσης, απεικονίζονται τα γονίδια που σχετίζονται με την αντίσταση κατά των πολλαπλών παραγόντων χρησιμοποιώντας ένα τσίρκο-plot (βλέπε Εικόνα 2). Χρησιμοποιώντας αυτή την προσέγγιση μπορεί κανείς να αναγνωρίσει το μεγάλο αριθμό των γονιδίων που σχετίζονται με sunitinib αντίσταση και την παρουσία μόνο ενός απλού γονιδίου συσχετίζεται με λαπατινίμπη αντίσταση. Μόνο δύο γονίδια (

ANXA3

και

RAB25

) συσχετίστηκαν με εγγενή αντίσταση κατά τουλάχιστον τέσσερις παράγοντες.

Circos οικόπεδο RT-PCR επικυρωθεί συσχετισμοί για τα γονίδια που σχετίζονται με την αντίσταση εναντίον πολλών παραγόντων, όπως προσδιορίζονται από την ανάλυση μικροσυστοιχιών. Το πάχος των κορδέλες συσχετίζονται με την

log (p) της συσχέτισης (βλέπε Πίνακα 2). Σημειώστε τον μεγάλο αριθμό των γονιδίων που σχετίζονται με sunitinib αντίσταση και το μοναδικό γονίδιο που συνδέεται με λαπατινίμπη αντίσταση. Οι δύο πιο κατατοπιστική γονίδια είναι ANXA3 και RAB25, κάθε που σχετίζονται με την αντίσταση εναντίον τεσσάρων παραγόντων.

Η

IHC-based Επικύρωση σε καρκινώματα νεφρικών κυττάρων

Συνολικά 39 ασθενείς που έλαβαν sunitinib με μεταστατικό νεφρική καρκίνωμα συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη. Τα δείγματα ασθενών συλλέχθηκαν πριν από τη χορήγηση της πρώτης γραμμής ΤΚΙ και είναι ως εκ τούτου παρόμοια με τη μέτρηση της γονιδιακής έκφρασης σε κυτταρικές γραμμές χωρίς θεραπεία. Η μέση ηλικία των ασθενών ήταν 59 έτη 63% των ασθενών ήταν γυναίκες. Η διάμεση συνολική επιβίωση είναι 14 μήνες με 12/39 θανάτους. Η μέση επιβίωση είναι 20 μήνες. Μερική metastasectomy διεξήχθη σε περίπτωση δεκαεπτά ασθενείς. Αντιπροσωπευτικές εικόνες της ανοσοϊστοχημική χρώση για τρεις πρωτεΐνες που κωδικοποιούνται από τα γονίδια που προσδιορίζονται εμφανίζεται στο Σχήμα 3. Τα λεπτομερή αποτελέσματα σε όλα τα δείγματα για όλα τα γονίδια που παρουσιάζονται στον Πίνακα S7.

Αντιπροσωπευτικά παραδείγματα της immunhistochemical επικύρωσης για CD9, EpCAM και LGALS8. Αριστερή στήλη: φυσιολογικό νεφρό, δεξιά στήλη: επιλεγμένο ιστό όγκου

Η

Η αυξημένη ένταση χρώσης του LGALS8 (p = 0.026) και RAB17 (p = 0,018) και η συχνότητα των θετικών κυττάρων για EpCAM (σελ. = 0,01) και LGALS8 (p = 0.01) συσχετίστηκαν με βελτιωμένη επιβίωση. Εν τω μεταξύ, CD9 – αν και δείχνει μια τάση προς την μειωμένη επιβίωση σε ασθενείς που έχουν αυξημένη ένταση χρώσης (p = 0.14) – δεν ήταν σημαντική. Το οικόπεδο επιβίωσης Kaplan-Meier για EpCAM απεικονίζεται στο Σχήμα 4.

Kaplan-Meier για την επιβίωση του μεταστατικού δειγμάτων sunitinib επεξεργασμένα RCC διαιρούνται σε δύο ομάδες με βάση το διάμεσο EpCAM θετικών κυττάρων (ρ = 0.01).

η

Συζήτηση

Στοχευμένες μέσα θεραπείας που ενεργεί μέσω της οδού ERBB /RAS εισήλθε στην επικρατούσα τάση κατευθυντήριες γραμμές για τη θεραπεία του καρκίνου. Όπως ακόμα μόνο 10 με 47% των ασθενών που ανταποκρίνονται σε αυτές τις θεραπείες, είναι υψίστης σημασίας για τον εντοπισμό των οδηγών και των πιθανών δεικτών αντίστασης. Στη μελέτη μας χρησιμοποιήσαμε κυτταρικές σειρές 45 καρκίνου και τις υπογραφές της γονιδιακής έκφρασης του γονιδιώματος σε επίπεδο για τον εντοπισμό δυνητικών νέων ενδογενή γονίδια βιοδείκτη. Ως πιθανή κλινική εφαρμογή της στρατηγικής μας, έχουμε επικυρώνονται τα προϊόντα των γονιδίων αντίστασης που σχετίζεται με ανάλυση IHC σε sunitinib αγωγή καρκινώματα νεφρικών κυττάρων.

Χρησιμοποιήσαμε μια ετερογενή ομάδα κυτταρικών σειρών καρκίνου του πνεύμονα που προέρχονται από (χρησιμοποιείται TKIs περιλαμβάνουν erlotinib και gefitinib), του μαστού (λαπατινίμπη), νεφρική (sorafenib και sunitinib), και το ήπαρ (sorafenib). Κυτταρικές σειρές με μία γνωστή μετάλλαξη RAS εξαιρέθηκαν, δεδομένου ότι ενεργοποίηση μεταλλάξεων RAS καθιστούν την αναστολή των κινασών τυροσίνης ανάντη εντελώς αναποτελεσματική, όπως έχει δειχθεί προηγουμένως για τον καρκίνο του παχέος εντέρου [35]. Η επιλογή των κυτταρικών σειρών επιτρέπει τον εντοπισμό ισχυρών γονίδια που σχετίζονται με προηγουμένως αγνώστων ανεξάρτητες πορείες.

Σε μια πρόσφατη μελέτη της Barretina et al, μια μεγάλη ομάδα κυτταρικές σειρές ερευνήθηκε να προσδιορίσει δείκτες της ευαισθησίας ενάντια σε ένα σύνολο κυτταροτοξικών και στοχευμένη παράγοντες μεταξύ των οποίων τρεις από τους αναστολείς της τυροσινικής κινάσης που χρησιμοποιείται στην παρούσα μελέτη (erlotinib, λαπατινίμπη και sorafenib) με τη μέτρηση της ευαισθησίας στις τιμές IC50 και EC50 [36]. Για να αυξήσετε την κλινική σημασία των δοκιμών κυτταρική σειρά καρκίνου, χρησιμοποιήσαμε συγκεντρώσεις του φαρμάκου εφαρμοστεί σε κλινικό περιβάλλον, καθώς περιμέναμε να βρείτε τις πιο αξιόπιστο υποψήφιο δείκτες σε συγκεντρώσεις επίσης εφικτό σε ασθενείς [37], [38]. Η ευρωστία της προσέγγισης με τη χρήση αυτών των προκαθορισμένων κλινικές συγκεντρώσεις υποστηρίζεται από την επιτυχή επικύρωση σε μια κλινική ομάδα των ασθενών που έλαβε θεραπεία με sunitinib.

Έχουμε βρει γονίδια που συνδέεται περισσότερο διασταυρούμενη αντοχή που σχετίζονται με sunitinib-αντίσταση. Είναι ενδιαφέρον ότι, μέχρι τώρα μόνο μερικά γονίδια έχουν συσχετιστεί με sunitinib αντοχή στη βιβλιογραφία ενώ ο αριθμός των υποψηφίων γονιδίων που εμπλέκονται στην αντοχή έναντι των άλλων παραγόντων είναι πολύ μεγαλύτερο. Ως εκ τούτου, είμαστε ιδιαίτερα επικεντρώθηκε στην αντίσταση sunitinib και εκτελούνται ανοσοϊστοχημικές πειράματα σε δείγματα όγκων για να επικυρώσει τη δυνατότητα διακρίσεων των τεσσάρων νέων υποψήφιων βιοδεικτών,

LGALS8

,

RAB17

,

EpCAM

, και

CD9

.

πρώτο υποψήφιο γονίδιο μας

LGALS8

κωδικοποιεί ένα μέλος της οικογένειας γκαλεκτίνη. Οι γαλεκτίνες έχουν εμπλακεί σε πολλές λειτουργίες συμπεριλαμβανομένης της ανάπτυξης, της διαφοροποίησης, προσκόλληση κυττάρου-κυττάρου, αλληλεπίδραση κυττάρου-μήτρας, ρύθμιση ανάπτυξης, απόπτωση, και μάτισμα RNA. Γαλεκτίνης-8 μπορεί επίσης να εμπλέκεται στην αγγειογένεση [39], και η έκφραση μεταβάλλεται κατά τη διάρκεια hypolaryngeal και λαρυγγικών εξέλιξης του όγκου [40]. Το δεύτερο γονίδιο,

RAB17

είναι ένα επιθηλιακό κύτταρο-ειδικό ΘΤΡάσης παίζει σημαντικό ρόλο στη ρύθμιση της εμπορίας μεμβράνης [41]. Το τρίτο γονίδιο, επιθηλιακά μόριο κυτταρικής προσκόλλησης (

EpCAM

) είναι μια πρωτεΐνη μεμβράνης με πρωτο-ογκογόνο ιδιότητες που εκφράζεται σε πολυάριθμους καρκίνους και είναι ένα πολλά υποσχόμενο στόχο αντικαρκινικό φάρμακο. Λειτουργεί ως ομοτυπική μόριο προσκόλλησης κυττάρου ασβέστιο-ανεξάρτητη. Η απελευθέρωση της ενδοκυτταρικής περιοχής του μορίου έχει ως αποτέλεσμα την ενεργοποίηση του μονοπατιού WNT [42]. Υψηλή έκφραση του

EpCAM

σχετίζεται με κακή πρόγνωση σε καρκίνωμα χοληδόχου κύστης [43]. Τέλος,

CD9

παίζει ρόλο σε πολλές κυτταρικές διεργασίες, συμπεριλαμβανομένης της διαφοροποίησης, πρόσφυση, μεταγωγή σήματος, την ανάπτυξη, και για την καταστολή του καρκίνου κυτταρική κινητικότητα και τη μετάσταση. Miyake

et al

έδειξαν ότι σε ασθενείς με διηθητικό πορογενές καρκίνωμα η μειωμένη έκφραση του

CD9

πρωτεΐνης που σχετίζεται με κακή πρόγνωση [44]. Τα αποτελέσματα κηλίδωσης επιβεβαίωσε τις συσχετίσεις μεταξύ των

LGALS8, RAB17

και

EpCAM

και την επιβίωση των ασθενών με νεφρικό καρκίνωμα που έλαβαν θεραπεία με sunitinib, ενώ CD9 απέτυχε να επιτύχει σημαντικές δυνατότητες διακρίσεις.

σύμφωνα με τα αποτελέσματα της μελέτης μας αυτά τα γονίδια μπορεί να αντιπροσωπεύουν νέους υποψηφίους να προσδιορίσουν τους ασθενείς που μπορούν να ωφεληθούν από sunitinib θεραπεία. Ενώ η ανοσοϊστοχημική ανάλυση επικυρωθεί 3 από τους 4 υποψηφίους των βιοδεικτών, θα χρειαστεί μια μεγαλύτερη κλινική μελέτη για την εκτίμηση αυστηρά τη δύναμη και να επιβεβαιώσει την κλινική τους σημασία.

Κατά την τελευταία δεκαετία, ογκογονίδιο εθισμού έχει αναγνωριστεί ως ένα από τα βασικούς παράγοντες της εξέλιξης του καρκίνου που μπορεί επίσης να σηματοδοτήσει μονοπάτια και γονίδια για στοχευμένες θεραπείες [45]. Ωστόσο, λόγω της προσαρμογής των καρκινικών κυττάρων, η τοξικομανία που προκύπτουν από την εντατική θεραπεία μπορεί να υπερνικήσει τον εθισμό ογκογονιδίου όπως αποδείχθηκε πρόσφατα σε κυτταρικές σειρές καρκίνου του πνεύμονα [46]. Για να κατανοήσουμε αυτές τις διαδικασίες, η ταυτοποίηση των γονιδίων, τα οποία μοιράζονται ένα λειτουργικό ρόλο στην αντίσταση εναντίον αρκετών παράγοντες στόχοι της θεραπείας, είναι υψηλής προτεραιότητας.

Παρά το παρόμοιο μηχανισμό δράσης, κανένα γονίδιο εντοπίστηκε να συσχετίζεται με η ευαισθησία έναντι των πέντε παραγόντων στη μελέτη μας. Δύο γονίδια,

ANXA3

και

RAB25

σχετίζονταν με τέσσερα φάρμακα.

αννεξίνης 3

(ANXA3) παίζει ένα ρόλο στην κυτταρική ανάπτυξη και την μεταγωγή σήματος [47], και στο παρελθόν ήταν συνδεδεμένη με αντίσταση λευκόχρυσου στον καρκίνο των ωοθηκών [48]. Το προϊόν του

ANXA3

γονίδιο επίσης αναγνωριστεί ως ένας από τους στόχους της τυροσίνης-φωσφορυλίωση του EGFR με ανοσοκαταβύθιση και κηλίδωση Western [49].

ANXA3

αναγνωρίστηκε ως ένα από τα τέσσερα κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια που εμπλέκονται στην εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη σε μια πρόσφατη μελέτη ότι σε σύγκριση EGFR μεταλλαγμένο και μη-μεταλλαγμένο όγκους [50]. Τα αποτελέσματά μας υποδηλώνουν τη δυνατότητα της συμμετοχής των

ANXA3

σε μονοπάτια εξασφαλίσεων που επιτρέπει στα καρκινικά κύτταρα να παρακάμψουν ΤΚΙ θεραπεία.

RAB25

είναι ένα μέλος της οικογένειας ογκογονιδίου RAS. Απώλεια

RAB25

συνδέθηκε με ανθρώπινη παχέος αδενοκαρκινώματα [51] και τριπλά αρνητικό καρκίνο του μαστού [52], αλλά το γονίδιο δεν έχει ακόμη διερευνηθεί σε σχέση με τυροσίνης αντίσταση κινάσης. Μελλοντικές μελέτες στις οποίες συμμετείχαν ασθενείς με ταυτόχρονη αλληλουχία κινασών τυροσίνης και σηματοδότησης Ras τα μέλη μονοπάτι που απαιτούνται για να εκτιμήσει τη συνάφειά της με τη στοχευμένη θεραπεία.

Με λίγα λόγια, σας παρουσιάζουμε μια ολοκληρωμένη αγωγού ανάλυση για μελλοντικές μελέτες των αναστολέων της κινάσης τυροσίνης διερευνηθεί. Ως απόδειξη της αρχής επιλέξαμε μια σειρά γονιδίων που σχετίζονται με την αντίσταση sunitinib (παράγοντα με τις λιγότερο δημοσιεύονται πρόβλεψης βιοδείκτες) για τη δοκιμή σε μια κλινική ομάδα.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

κανονικοποιημένα δεδομένα μικροσυστοιχιών όλων των γονιδίων σε όλες τις κυτταρικές σειρές.

doi: 10.1371 /journal.pone.0059503.s001

(XLSX)

Πίνακας S2.