Οι

Αφηρημένο

Οι βιοδείκτες για την αντιμετώπιση υπερθεραπεία που συμβαίνει για την πλειονότητα των ασθενών με καρκίνο του προστάτη που δεν θα πεθάνουν από τη νόσο, αλλά λαμβάνουν ριζική θεραπεία. Μια πιθανή εμπόδιο στην βιοδεικτών ανακάλυψη μπορεί να είναι το πολυκλωνικό /πολυεστιακή φύση των όγκων του προστάτη, καθώς και τον τύπο κυττάρων ετερογένεια μεταξύ των δειγμάτων του ασθενούς. Tumor-παρακείμενες στρώμα (μικροπεριβάλλον του όγκου) επηρεάζεται λιγότερο από γενετική μεταβολή και θα μπορούσε ως εκ τούτου να δώσει περισσότερο συνεπής βιοδείκτες σε απόκριση της επιθετικότητας του όγκου. Για το σκοπό αυτό συγκρίναμε τα προφίλ γονιδιακής έκφρασης Affymetrix στο στρώμα κοντά όγκου και προσδιόρισε ένα σύνολο από 115 σύνολα ελέγχων για τους οποίους τα επίπεδα έκφρασης συσχετίζονταν σημαντικά με το χρόνο-να-υποτροπής. Έχουμε, επίσης, σε σύγκριση με τους ασθενείς που υποτροπίασαν χημικά λίγο μετά προστατεκτομή (& lt? 1 έτος), και ασθενείς που δεν υποτροπή κατά τα πρώτα τέσσερα έτη μετά την προστατεκτομή. Εντοπίσαμε 131 διαφορικά εκφρασμένων σετ καθετήρα μικροσυστοιχιών μεταξύ των δύο αυτών κατηγοριών. 19 σετ καθετήρα (15 γονιδίων επικαλύπτονται μεταξύ των δύο καταλόγων γονίδιο με

σ

& lt? 0,0001). Έχουμε αναπτύξει ένα PAM-based ταξινομητή από την εκπαίδευση σε δείγματα που περιέχουν στρώμα κοντά όγκου: 9 δείγματα ταχεία υποτροπή του ασθενούς και 9 δείγματα νωχελικός ασθενή. Στη συνέχεια εξετάσαμε την ταξινομητή σε 47 διαφορετικά δείγματα, που περιέχουν 90% ή περισσότερο στρώμα. Ο ταξινομητής προβλέψει την κατάσταση κινδύνου των ασθενών με μέση ακρίβεια 87%. Αυτή είναι η πρώτη προγνωστική ταξινομητής γενική μικροπεριβάλλον του όγκου που βασίζεται. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι το μικροπεριβάλλον του καρκίνου του προστάτη εμφανίζει επαναλήψιμη αλλαγές χρήσιμες για την πρόβλεψη των αποτελεσμάτων για τους ασθενείς

Παράθεση:. Jia Z, Rahmatpanah FB, Chen X, Lernhardt W, Wang Υ, Xia Χ-Q, et al. (2012) Αλλαγές Έκφραση στο στρώμα του καρκίνου του προστάτη Προβλέψτε επακόλουθη υποτροπή. PLoS ONE 7 (8): e41371. doi: 10.1371 /journal.pone.0041371

Συντάκτης: Τσαντ Creighton, Baylor College of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: May 11, 2012? Αποδεκτές: 20 Ιουν 2012? Δημοσιεύθηκε: 1, Αυγούστου, 2012

Copyright: © Jia et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας στρατηγικοί εταίροι για την αξιολόγηση του Καρκίνου υπογραφές (SPECS) Κοινοπραξία επιχορήγηση U01 CA1148102 και του National Cancer Institute Πρώιμη Ανίχνευση Δίκτυο Έρευνας (EDRN) Κοινοπραξία U01 επιχορήγηση CA152738. Το έργο αυτό υποστηρίζεται επίσης από το Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια Βραβείο Irvine Σχολής Career Development (ZJ), επιχορήγηση από το Chao Οικογένεια Περιεκτική Κέντρο Καρκίνου στο Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνιας Irvine (ZJ και DAM). Επίσης, το έργο αυτό υποστηρίζεται εν μέρει από Υπουργείο Άμυνας Congressionally Σκηνοθεσία Ιατρική Ερευνητικά Προγράμματα χορηγήσει W81XWH-08-1-0720, και από το Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια Irvine Ινστιτούτο για την Έρευνα του Καρκίνου Κατάρτισης Grant Υποτροφία (T32CA009054 από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου) ( FR). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. MM και DM είναι συνιδρυτές και WL είναι Διευθύνων Σύμβουλος της Proveri Inc. YW είναι υπάλληλος της AltheaDx Inc. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

ο καρκίνος του προστάτη είναι η πιο συχνά διαγιγνώσκεται καρκίνος στους άνδρες και η δεύτερη κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο στους άνδρες στις Ηνωμένες Πολιτείες [1]. Κάθε χρόνο στις ΗΠΑ, υπάρχουν περίπου 230.000 νέες περιπτώσεις καρκίνου του προστάτη και περίπου οι 195.000 ριζική προστατεκτομών που πραγματοποιούνται [2]. Ωστόσο, λίγοι ασθενείς μπορεί να σωθεί από αυτές τις θεραπείες, διότι μόνο μια μειοψηφία των περιπτώσεων θα πεθάνουν από τη νόσο, αν αφεθεί χωρίς θεραπεία. Ο αριθμός που απαιτείται για τη θεραπεία για να σώσει μια ζωή εκτιμάται σε δύο μελέτες ήταν 12-15 [3] και έως 48 [4]. Πολυάριθμες νομογράμματα και οι σχετικές μέθοδοι πρόβλεψης έχουν δημιουργηθεί με βάση την κλινική μεταβλητές κατά τη στιγμή της διάγνωσης, αλλά, μέχρι στιγμής, τέτοια εργαλεία έχουν παράσχει περιορισμένες συμβουλές σχετικά με το οποίο οι ασθενείς λιμάνι επιθετική νόσο που απαιτεί ριζική θεραπεία η οποία ακολουθείται ενδεχομένως από συμπληρωματική θεραπεία και την οποία οι ασθενείς μπορεί να είναι κατάλληλο για μια πιο συντηρητική ενεργό πρόγραμμα επιτήρησης [5] – [9].

έχουν τεράστιες προσπάθειες έχουν επενδύσει στην ανάπτυξη των βιοδεικτών για την πρόγνωση του καρκίνου του προστάτη με έμφαση στα χαρακτηριστικά του συστατικού επιθηλιακών όγκων σε αναδρομική δείγματα. Ωστόσο, έχουν λίγες αποδεκτή και κλινικά απασχολούνται βιοδείκτες έχουν αναπτυχθεί. Ένα εμπόδιο για βιοδεικτών ανακάλυψη μπορεί να είναι η ετερογένεια κυτταρικό τύπο και το πολυκλωνικό /πολυεστιακή φύση των συσσωρευμένων γενετικών αλλαγών κατά τη στιγμή της διάγνωσης [10] – [13]. Σε αντίθεση, οι μικροπεριβάλλον του όγκου εκθέματα πολύ πιο περιορισμένη μεταλλάξεις και η απώλεια της ετεροζυγωτίας (ΑΕ) [14], αλλά μπορεί να ανταποκρίνεται σε σήματα από παρακρινή κοντινό όγκου. Έχει αποδειχθεί ότι το μικροπεριβάλλον των επιλεγμένων περιπτώσεων εμφανίζουν διακριτές ιστολογικές μεταβολές που ονομάζεται «αντιδραστική στρώμα» με διακριτά προφίλ έκφρασης που συσχετίζονται με κακή έκβαση [15], [16]. Πράγματι, δείξαμε ότι σχετίζονται με όγκους στρώματος χωρίς να λαμβάνεται υπόψη υποτύπου έχει μοναδικά προφίλ έκφρασης όταν συγκρίνεται με φυσιολογικό στρώμα. Χρησιμοποιήσαμε αυτές τις αλλαγές έκφρασης του γονιδίου για την ανάπτυξη ενός ταξινομητή που μπορεί να διαγνώσει με ακρίβεια την παρουσία του όγκου σε περιπτώσεις καρκίνου του προστάτη, ακόμη και αν τα δείγματα που χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση δεν περιέχουν αναγνωρίσιμα καρκινικά [13]. Αυτή η προσέγγιση έχει κλινική δυνατότητες για την επίλυση εκατοντάδες χιλιάδες διφορούμενη βιοψίες εκτελούνται στις ΗΠΑ κάθε χρόνο, το οποίο θα βελτιώσει σημαντικά τη διαχείριση της νόσου και να σώσει ζωές. Ομοίως, χρήσιμες διαγνωστικές πληροφορίες έχουν ληφθεί από την εξέταση της κατάστασης μεθυλίωσης του GSTP1 και APC γονίδια σε αρνητική αρχική βιοψίες του προστάτη [17]. Η διαφορική έκφραση και επιγενετικών προφίλ σε σχετίζονται με όγκους στρώματος σε σύγκριση με την κανονική στρώμα μπορεί να αντανακλούν αποκρίσεις στρώμα με παράγοντες παρακρινή όγκων καθώς και άλλες επιρροές. Εάν η ποιότητα και η ποσότητα αυτών των αντιδράσεων συσχετίζονται με την κλινική έκβαση, όπως τα νωχελικός ή επιθετική φαινοτύπων, τότε η απάντηση στρώμα στο κοντινό του όγκου μπορεί να είναι χρήσιμο για την εξαγωγή ενός γενικού κανόνα για την πρόγνωση. Άλλοι ερευνητές έχουν παρατηρηθεί τέτοιες διαφορές στον καρκίνο του μαστού [18]. Σε αυτή τη μελέτη, εξετάσαμε την υπόθεση αυτή με τη σύγκριση της έκφρασης των γονιδίων μεταξύ των δειγμάτων στρώμα μεταξύ ασθενών με γνωστή διαφορετικά αποτελέσματα, ανεξάρτητα από την ιστολογία, και τον εντοπισμό 115 σύνολα ανιχνευτή για τον οποίο τα επίπεδα έκφρασης συσχετίστηκε σημαντικά με χρόνους μέχρι την υποτροπή. Έχουμε, επίσης, σε σύγκριση με τα προφίλ έκφρασης μεταξύ ενός υποσυνόλου δειγμάτων στρώμα από ασθενείς που υποτροπίασαν γρήγορα και δείγματα στρώμα από ασθενείς που δεν είχαν υποτροπιάσει μετά από περισσότερα από τέσσερα χρόνια. Εντοπίσαμε 131 σύνολα καθετήρα που είχε αλλαγμένη εκφράσεις. Υπήρχαν 19 σειρές ανιχνευτών (15 μοναδικά γονίδια) από κοινού μεταξύ αυτών των δύο λίστες γονίδιο. Στη συνέχεια προέρχεται μια 15-γονίδιο ταξινομητή. Η συνολική ακρίβεια ήταν 87%, όταν ο ταξινομητής δοκιμάστηκε σε 47 ανεξάρτητα δείγματα δοκιμής. ανάλυση Pathway και μελέτες Gene Ontology υποδεικνύεται αυτά τα 15 γονίδια εμπλουτίζεται σημαντικά για γονίδια που εμπλέκονται στις διαδικασίες σχετίζονται με την απόπτωση. Οι μελέτες αυτές υποστήριξαν την πιθανότητα ότι το στρώμα είναι μια πρακτική βάση της εκτίμησης του κινδύνου.

Υλικά και Μέθοδοι

Καρκίνος του προστάτη δείγματα ασθενών και Ανάλυση έκφρασης

Τα στοιχεία μας θέτει GSE8218 και GSE17951, που είναι δημοσίως διαθέσιμα στην έκφραση του γονιδίου Omnibus (GEO) βάση δεδομένων, βασίζονται σε μετά από προστατεκτομή δείγματα κατεψυγμένου ιστού που λαμβάνεται με εν επιγνώσει συναίνεση χρησιμοποιώντας IRB-εγκεκριμένη και HIPPA συμβατό πρωτόκολλα. Όλοι οι ιστοί συλλέχθηκαν σε χειρουργική επέμβαση και συνοδεία σε παθολογία για την ταχεία αναθεώρηση, ανατομή, και απότομα κατάψυξη σε υγρό άζωτο. Κλινικά δεδομένα παρακολούθησης αφομοιώθηκε από το πρόγραμμα της UCI προδιαγραφές και διατηρούνται σε μια σχεσιακή βάση δεδομένων. RNA για ανάλυση της έκφρασης έγινε απευθείας από κατεψυγμένο ιστό μετά από τεμαχισμό του OCT (βέλτιστης κοπής ένωση θερμοκρασία) όγκοι που παρασκευάζονται από τις πρόωρες κατεψυγμένα δείγματα με τη βοήθεια ενός κρυοστάτη. Stroma από δείγματα που φέρει όγκο παρασκευάστηκε από ΥΧΕ-embedded ιστού που ήταν τοποθετημένα σε ένα κρυοστάτη με χάραξη μιας γραμμής μεταξύ του όγκου και το στρώμα με ένα νυστέρι και κατόπιν παρασκευής κατεψυγμένων τμημάτων τα οποία εμφανίζονται ως δύο κομμάτια το ένα από τα οποία είναι όγκος υποκείμενο στρώμα, όπως περιγράφεται στο [13]. Πριν από την τελειότητα της μεθόδου αυτής, ορισμένα στρώμα παρασκευάστηκε με το χέρι τεμαχισμό του κατεψυγμένου ιστού με ένα νυστέρι. Για να αποφευχθεί η μόλυνση, η μέθοδος χέρι που απαιτείται αφήνοντας ένα κενό μεταξύ του όγκου και στρώματος του 0,5-1,0 mm και το προκύπτον στρώμα ονομάζεται «κοντά» στρώμα.

Για την ανάλυση της έκφρασης 50 μικρογραμμάρια (10 μικρογραμμάρια για βιοψία ιστού ) του συνολικού RNA δείγματα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία για υβριδοποίηση σε Affymetrix GeneChips (GSE17951: U133 Plus 2.0 πλατφόρμα? GSE8218: πλατφόρμα U133A). Για αυτές τις δύο ομάδες δεδομένων, οι κατανομές για τις τέσσερις κύριες τύπους κυττάρων [καρκινικών επιθηλιακών κυττάρων, τα κύτταρα στρώματος, επιθηλιακά κύτταρα καλοήθους υπερπλασίας του προστάτη (ΒΡΗ), και επιθηλιακά κύτταρα διεσταλμένων κυστικής αδένων] εκτιμήθηκαν με έως και τέσσερις παθολόγους, των οποίων οι εκτιμήσεις . τέθηκαν στον μέσο όρο, όπως περιγράφεται [19], [20]

Σύνολο δεδομένων GSE25136 (πλατφόρμα U133A), το οποίο αποτελείται από 79 περιπτώσεις που φέρουν όγκο (& gt? 10 κύτταρα% όγκου), είχε αναπτυχθεί ανεξάρτητα και χρησιμοποιήθηκε ως ένας σύνολο ελέγχου. Η κατανομή κυτταρικού τύπου αυτού του συνόλου δεδομένων εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας CellPred, ένα

in silico

μέθοδος για τον προσδιορισμό του ποσοστού όγκου των δειγμάτων με βάση τις τιμές έκφρασης για τις υπογραφές πολλαπλών γονιδίων που είναι αμετάβλητες με καρκινικά χειρουργικές παραμέτρους παθολογία των Gleason και το στάδιο (διαθέσιμο σε https://www.webarraydb.org/webarray/index.html) [20]. Σημειώστε ότι η κατανομή των κυττάρων-είδος των δεδομένων που ορίζει GSE8218 και GSE17951 δόθηκαν μέχρι 4 παθολόγους [19], ενώ η κατανομή των κυττάρων-είδος των δεδομένων που GSE25136 εκτιμήθηκε από

in silico

μέθοδο [20].

Στατιστικές Μέθοδοι

η κανονικοποίηση πραγματοποιήθηκε σε πολλαπλά σύνολα δεδομένων με τη χρήση των ~22,000 σετ καθετήρα στο κοινό σε όλα τα σύνολα δεδομένων. Πρώτον, τα δεδομένα που ήταν GSE8218 ποσοστημόριο-ομαλοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας τους «normalizeQuantiles» λειτουργία της ρουτίνας LIMMA [21]. Σύνολα δεδομένων GSE17951 και GSE25136 ήταν τότε quantile-κανονικοποιούνται με αναφορά τα κανονικοποιημένα δεδομένα που GSE8218 χρησιμοποιώντας μια τροποποιημένη λειτουργία »REFnormalizeQuantiles», η οποία είναι διαθέσιμη στην ιστοσελίδα προδιαγραφές (https://www.pathology.uci.edu/faculty/mercola/UCISpecsHome. html) [22]. Το πακέτο LIMMA από Bioconductor χρησιμοποιήθηκε για να ανιχνεύσει διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια. Ανάλυση Πρόβλεψη για μικροσυστοιχίες (ΡΑΜ [23]), που εφαρμόζονται στον τομέα της Ε, χρησιμοποιήθηκε για να αναπτυχθεί μια έκφραση που βασίζεται ταξινομητής από τα σύνολα εκπαίδευση και στη συνέχεια εφαρμόστηκε σε σύνολα δοκιμών χωρίς περαιτέρω αλλαγή.

Αποτελέσματα

γονίδιο που σχετίζεται με

κινδύνου

Δύο μέθοδοι χρησιμοποιούνται για να καθορίσουν τα γονίδια που εκφράζονται διαφορικά σε στρώμα των περιπτώσεων υψηλού και χαμηλού κινδύνου. Σύντομη ελεύθερη νόσου επιβίωση (DFS) ο χρόνος είναι μια ευρέως χρησιμοποιούμενη δείκτης της επιθετικότητας [24] – [26]. Πρώτον, ορίσαμε επιθετικές περιπτώσεις καρκίνου του προστάτη, όπως εκείνους τους ασθενείς που εμφάνισαν υποτροπή της νόσου μέσα σε 1 χρόνο μετά την προστατεκτομή, και νωχελικός (ή λιγότερο επιθετική) περιπτώσεις σαν εκείνους τους ασθενείς οι οποίοι είτε υποτροπίασαν μετά από 4 χρόνια μετά την επέμβαση ή που δεν υποτροπιάζουν και είχαν τουλάχιστον τα διαθέσιμα δεδομένα παρακολούθησης 4 χρόνια ». Με βάση αυτά τα κριτήρια, εντοπίσαμε 40 δείγματα ταχεία ασθενή υποτροπή που περιέχουν καθαρό στρώμα που ήταν κοντά σε όγκο και 9 δείγματα ασθενών με βραδείας ασθένεια που περιέχουν καθαρό στρώμα που ήταν κοντά σε όγκο από τα δεδομένα που GSE8218. Από αυτούς τους πίνακες που επιλέγονται τυχαία 8 ταχεία δείγματα υποτροπής των ασθενών και 7 νωχελικός δείγματα ασθενών, όπως τα σύνολα εκπαίδευσης και σύγκριση των προφίλ έκφρασης αυτών των δύο ομάδων χρησιμοποιώντας LIMMA. Γονίδια με

σ

τιμές & lt? 0.05 και διπλώστε την αλλαγή & gt? 1.6 (είτε προς τα πάνω ρυθμισμένα ή προς τα κάτω-ρυθμιζόμενες) εντοπίστηκαν και χρησιμοποιήθηκαν για την ανάπτυξη ενός ταξινομητή PAM. Η προκύπτουσα ταξινομητής στη συνέχεια δοκιμάστηκε εναντίον των δειγμάτων των ασθενών που δεν είχαν χρησιμοποιηθεί για την εκπαίδευση (32 δείγματα ταχεία υποτροπή του ασθενούς και 2 δείγματα νωχελικός ασθενή). Αυτή η διαδικασία επαναλήφθηκε 1.000 φορές και επιλέχθηκαν 3.625 σετ καθετήρα τουλάχιστον μία φορά στα 1.000 φορές βασίζονται σε κριτήρια της

p

τιμές & lt? 0.05 και διπλώστε την αλλαγή & gt? 1.6. Η μέση ευαισθησία και ειδικότητα της διαδικασίας διασταυρούμενης επικύρωσης ήταν 69% και 82%, αντίστοιχα. Ένα σύνολο 131 σύνολα ανιχνευτή επιλέχθηκαν από PAM όχι λιγότερο από 500 φορές από τις 1000 επαναλήψεις.

Δεύτερον, προκειμένου να προσδιοριστούν τα σύνολα ανιχνευτή που συνδέεται με μια ευρύτερη κατηγορία των αξιών κινδύνου, τα δεδομένα που GSE8218 πάλι ήταν χρησιμοποιείται για να προσδιορίσει σετ καθετήρα που συσχετίζονται με τον χρόνο επιβίωσης ελεύθερης νόσου, συμπεριλαμβανομένων των ασθενών που υποτροπίασαν μεταξύ ενός και τεσσάρων ετών μετά την επέμβαση. Τα δεδομένα που περιλαμβάνονται GSE8218 49 καθαρά δείγματα στρώμα από 49 ασθενείς που υποβλήθηκαν σε υποτροπή του καρκίνου του προστάτη μετά από χειρουργική επέμβαση. Σημειώστε ότι τα 49 δείγματα στρώμα που χρησιμοποιείται για την ανάλυση συσχέτισης δεν είναι πανομοιότυπες με τις 49 περιπτώσεις στρώμα που χρησιμοποιείται για την ταχεία υποτροπή

vs.

Νωχελικός σύγκριση οποία αποτελείται από 44 υποτροπή περιπτώσεις (από κοινού με τις υποθέσεις που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση συσχέτισης) και 5 μη-υποτροπιάζουσα περιπτώσεις. Αναλύσαμε τα δείγματα 49 στρώμα από υποτροπή περίπτωση από μια ανάλυση συσχέτισης και εντοπίστηκαν 115 DFS που σχετίζεται με σύνολα ανιχνευτή χρησιμοποιώντας ανάλυση συσχέτισης Pearson με συντελεστές συσχέτισης & gt? 0,46 και συνδέονται

σ

τιμές & lt? 0.001). συντελεστές συσχέτισης του Pearson για αυτά τα 115 σύνολα ανιχνευτή κυμαίνονται -0,46 έως -0,61 ή 0,46 έως 0,69. Διαφορετικές ασθένειες εξέλιξη σχετικών γονιδίων, πέρα ​​από εκείνα που βρίσκονται σε πρώιμη και όψιμη περιπτώσεις υποτροπής (131 γονίδια παραπάνω) υποτίθεται ότι θα αποκαλυφθεί σε αυτό το βήμα αναγνώρισης του γονιδίου, επειδή περιπτώσεις διάμεσος κινδύνου (υποτροπής διάστημα μεταξύ 1 έτους και 4 χρόνια) συμπεριλήφθηκαν.

Υπήρχαν 19 σειρές κοινή καθετήρα μεταξύ των 131 σετ ανιχνευτών που προσδιορίζονται από παραλλαγμένο ανάλυση PAM και τα 115 σύνολα ανιχνευτών προσδιορίζονται από την ανάλυση συσχέτισης. Μια μελέτη προσομοίωση έδειξε ότι η πιθανότητα παρατήρησης 19 επικάλυψης μεταξύ τυχαία επιλεγμένων 131 σύνολα ανιχνευτή και 115 σύνολα ανιχνευτή από τη βάση του 22.000 σύνολα ανιχνευτή είναι & lt? 0,0001. Έτσι, αυτά τα 19 επικαλυπτόμενα σύνολα ανιχνευτών (ένα ποσοστό μεγαλύτερο από τυχαία) αντιπροσωπεύουν σημαντική συμφωνία μεταξύ δύο μη όμοια σύνολα της υπόθεσης χρησιμοποιώντας διαφορετικές μεθόδους ανάλυσης. Τα 19 κοινά σύνολα ανιχνευτών, οι οποίες αντιπροσωπεύουν 15 μοναδικά γονίδια, παρατίθενται στον Πίνακα 1. Παράδειγμα οικόπεδα έκφρασης αυτών των ανιχνευτών

vs.

Το χρόνο DFS που φαίνεται στο Σχήμα S1.

Η

ανάπτυξη ταξινομητή και δοκιμές με ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων.

Οι 19 επικαλυπτόμενα σύνολα ανιχνευτή χρησιμοποιήθηκαν για την ανάπτυξη ενός ταξινομητή. Από 40 δείγματα ταχεία καρκίνος υποτροπή από το πρώτο στάδιο περιέχει στρώμα κοντά όγκου, επιλέξαμε 9 δείγματα με τα συντομότερη φορές DFS, τα οποία συνδυάστηκαν με όλους τους 9 δείγματα που περιέχουν στρώμα κοντά νωχελικός όγκου για να σχηματίσουν ένα σύνολο εκπαίδευσης. Χρησιμοποιήσαμε τα 19 σύνολα ανιχνευτή προσδιορίζονται στο προηγούμενο στάδιο ως PAM [23] εισόδου για την ανάπτυξη ενός ταξινομητή με βάση αυτά τα δείγματα εκπαίδευσης 18. ορίστηκε η παρατηρούμενη κατάσταση των υποθέσεων της κατάρτισης ως επιθετική υπόθεση ή βραδείας εξέλιξης περίπτωση. Όλα τα 19 σετ καθετήρα διατηρήθηκαν από τη διαδικασία βελτιστοποίηση ΡΑΜ με τελικό ακρίβεια την κατάρτιση του 88,9% (Πίνακας 2).

Η

Ένας χάρτης θερμότητας (Εικόνα S2) δείχνει ότι τα 194 γονίδια (ο συνδυασμός των 131 σύνολα ανιχνευτών που προσδιορίζονται από την ανάλυση PAM και τα 115 σύνολα ανιχνευτών προσδιορίζονται από την ανάλυση συσχέτισης) είχαν διακριτά προφίλ μεταξύ ταχεία περιπτώσεις υποτροπής και νωχελικός περιπτώσεις στα δείγματα εκπαίδευσης στρώμα 18. Ένα οικόπεδο ηφαιστείου (Σχήμα S3) απεικονίζει ότι ορισμένα από τα σύνολα ανιχνευτή έχουν μεγάλες αλλαγές αναδίπλωσης και χαμηλές τιμές ρ. Οι 115 σειρές ανιχνευτών έχουν 19 σειρές ανιχνευτών (15 μοναδικά γονίδια) από κοινού με τις 131 σειρές ανιχνευτών προσδιορίζονται από την ανάλυση παραλλαγμένο PAM. Το οικόπεδο ηφαίστειο στο σχήμα S3 δείχνει ότι αυτές οι 19 σειρές ανιχνευτών είναι από τα πιο ελπιδοφόρα σύνολα ανιχνευτών που έχουν τις μεγαλύτερες αλλαγές φορές και χαμηλότερες τιμές ρ.

Για να παρέχουν ένα αντικειμενικό τεστ της προγνωστικής ταξινομητή, 47 ανεξάρτητες δείγματα δοκιμής των οποίων 36 δείγματα από τα δεδομένα που GSE8218 και 11 δείγματα από τα δεδομένα που GSE17951 (που δεν χρησιμοποιούνται στην εκπαίδευση) χρησιμοποιήθηκαν για τη δοκιμή. Μια ευαισθησία 88,1% και ειδικότητα 80% παρατηρήθηκαν αποδίδοντας την μέση ακρίβεια ήταν 87% (Πίνακας 2,

Test

). Η συνολική θετική προγνωστική αξία (PPV) και η αρνητική προγνωστική αξία (NPV) των δοκιμών με βάση τα 47 ανεξάρτητα δείγματα ήταν 97,9% και 44,4%, αντίστοιχα.

Για να δοκιμαστεί περαιτέρω εάν το 15-γονιδίου προγνωστική ταξινομητή ισχύει γενικά για όλο το φάσμα των αποτελεσμάτων και δεν περιορίζεται στη συγκεκριμένη επιλεγμένη επιζώντες που έχουν επιλεγεί για την κατάρτιση στο πρώτο βήμα, ελέγξαμε 19 δείγματα (δεν περιλαμβάνεται στην εκπαίδευση) από τους ασθενείς οι οποίοι είτε υπέστη υποτροπή μεταξύ του έτους 1 και χρόνο 4 μετά τη χειρουργική επέμβαση ή δεν υποτροπή, αλλά είχε δεδομένων παρακολούθησης λιγότερο από 4 χρόνια. Αυτά τα 19 δείγματα περιλάμβαναν 9 δείγματα στρώμα από κοντά όγκου και 10 δείγματα που φέρουν όγκο (όγκος & lt? 10%). Η ανάλυση Kaplan-Meier έδειξε ότι το 15-γονίδιο προγνωστική ταξινομητή διαχωρίστηκαν μεταξύ τους αυτά τα διφορούμενα δείγματα σε δύο ομάδες με σημαντικά διαφορετικούς κινδύνους (

σ

= 0,02). Αυτές οι παρατηρήσεις έδειξαν ότι ο συνδυασμός μιας μεθόδου κατάρτισης βάσει επιλεγμένων επιβίωση, σε συνδυασμό με μια μέθοδο συσχέτισης που χρησιμοποιείται το πλήρες φάσμα των διαθέσιμων φορές ελεύθερης νόσου επιβίωσης έδωσε ένα ταξινομητή με ακριβή αποτελέσματα όταν εφαρμόζεται σε ένα ανεξάρτητο ομάδα δοκιμής. Μια αναπαράσταση Kaplan-Meier των αποτελεσμάτων της δοκιμής για τα δείγματα 47 δοκιμής σε συνδυασμό με τα αποτελέσματα των δοκιμών για αυτά τα δείγματα στρώμα 19 διάμεσος κινδύνου συνοψίζεται στην Εικόνα 1. Αυτά τα αποτελέσματα έδωσαν ένα πιθανότητα πιθανότητα διαχωρισμού των προβλεπόμενων ταξινομήσεων με ένα

σ

= 0,0018.

η

για να μετρηθεί η σημασία της 19ης καθετήρα θέτει ταξινομητή, κάναμε ένα πείραμα βασίζεται σε σύνολα γονιδίων που επιλέγονται τυχαία. Έχουμε επιλέξει τυχαία 19 σετ καθετήρα μεταξύ όλων των 22283 σύνολα καθετήρα και επανέλαβαν την εκπαίδευση και τη δοκιμή, όπως περιγράφεται παραπάνω. Αυτή η τυχαία διαδικασία επαναλήφθηκε 1000 φορές. Οι μέσοι όροι των λειτουργικών χαρακτηριστικών δίνονται στον Πίνακα 2. Μόνο το 7% των 1000 τυχαίων ταξινομητές είχαν ίση ή καλύτερη απόδοση από ό, τι την προγνωστική ταξινομητή.

Επίσης, ελέγχεται εάν συμπεριλαμβανομένων των κλινικών πληροφοριών, όπως Gleason Παρτιτούρες, όγκου στάδιο και προεγχειρητική PSA προστιθέμενη προγνωστική αξία στον ταξινομητή. Χρησιμοποιήσαμε αυτές τις τρεις μεταβλητές που σε συνδυασμό με τα 19 σετ καθετήρα ως είσοδο PAM και αφήστε PAM επιλέξετε τα καλύτερα προγνωστικά χαρακτηριστικά. Καμία από αυτές τις τρεις μεταβλητές συλλέχθηκαν με ΡΑΜ. Επιπλέον, αναλύσαμε 65 περιπτώσεις (18 περιπτώσεις, η κατάρτιση και 47 περιπτώσεις δοκιμών στον Πίνακα 2) χρησιμοποιώντας μια πολυπαραγοντική αναλογικών κινδύνων κατά Cox παλινδρόμησης, όπου η ηλικία, Gleason ποσό, TNM και προ-op PSA είναι σε σύγκριση με την πρόβλεψη που έγινε από τον ταξινομητή μας. Μόνο πρόβλεψη ταξινομητή (

σ

= 0,0005) και ΤΝΜ (

σ

= 0.0383) συσχετίζονταν σημαντικά με την επιβίωση. Το αποτέλεσμα έδειξε ότι το γονίδιο υπογραφή έχει καλύτερη προγνωστική αξία και προσθέτει προγνωστική αξία σε γνωστές κλινικές και παθολογικές μεταβλητές.

Test για Stroma δείγματα Μακριά από όγκου και όγκου δείγματα με χαμηλές ποσότητες Stroma

Το 19 σετ ανιχνευτή (15 γονίδια) σχηματίζουν ένα προγνωστικό υπογραφή ειδικά για στρώμα κοντά όγκου. Να εξετάσει αν η 15-γονίδιο ταξινομητή επεκταθεί σε στρώμα που είναι μακριά από το πρωτοπαθούς όγκου, ελέγξαμε τον ταξινομητή στις 9 νωχελικός δείγματα στρώμα 8 από τα οποία είναι

πολύ

από τον πρωτογενή όγκο, που λαμβάνονται από μια ετερόπλευρη ζώνη στην θέση του όγκου. Η ακρίβεια ή την ειδικότητα ήταν μόνο 11,1% (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Ετσι, όταν το στρώμα δοκιμάζεται από απομακρυσμένες θέσεις με χαμηλή πιθανότητα να επηρεαστεί από τον όγκο παρακρινείς παράγοντες, μία απόκριση στρώμα που αντιπροσωπεύεται από τις αλλαγές έκφραση αυτών των γονιδίων 15 δεν ανιχνεύθηκε σε αντίθεση με αυτές τις αλλαγές ανιχνεύσιμη σε στρώμα κοντά όγκου. Για να ελέγξετε αν η 15-γονίδιο ταξινομητή ήταν αναίσθητη σε μεγάλες ποσότητες μολυσματικών όγκου, εμείς θα δοκιμαστεί σε 117 δείγματα όγκων που φέρουν (& gt? 10 κύτταρα% του όγκου με μέσο όρο 48,5% του συστατικού όγκου) σε τρία σύνολα δεδομένων (GSE8218, GSE17951 και GSE25136) με συνολική ακρίβεια του 41%. Ωστόσο, όταν ο ταξινομητής δοκιμάστηκε σε 9 δείγματα που περιέχουν & lt? 10% καρκινικά κύτταρα, η ακρίβεια ήταν 89% (Πίνακας 2). Έτσι, για την προβλεπόμενη κλινική χρήση της δοκιμασίας, θα είναι σημαντικό να δοκιμάσουν στρώμα που είναι γειτονικό προς αλλά χωρίς κύτταρα όγκου.

Ανάλυση Function για τα γονίδια Ταξινομητής

Αναλύσαμε τον ανιχνευτή 19 σύνολα (15 γονίδια) χρησιμοποιώντας το εργαλείο βιοπληροφορικής DAVID [27]. Τα 15 γονίδια εμπλουτισμένο σημαντικά σε γονίδια που σχετίζονται με την απόπτωση και με το κυτταρικό θάνατο (ρ & lt? 0.001 και Benjamin στείλει & lt? 0,05) (Πίνακας 1, σε έντονη γραφή ή /και πλάγια). Αναλύσαμε περαιτέρω τα 194 γονίδια (το συνδυασμό των 131 σύνολα ανιχνευτών που προσδιορίζονται από την ανάλυση PAM και τα 115 σύνολα ανιχνευτών προσδιορίζονται από την ανάλυση συσχέτισης) χρησιμοποιώντας ένα εργαλείο ανάλυσης μονοπάτι από MetaCore (GeneGo Inc.). Το σύστημα φιλτραρίσματος της MetaCore βοήθησε περιορίζουν αναζήτησης με αυτά τα γονίδια που έχουν αναφερθεί σε συγκεκριμένο ιστό, για παράδειγμα, προστατικό ιστό. Τα φιλτραρισμένα γονίδια χρησιμοποιήθηκαν για την κατασκευή των οδών σηματοδότησης. Τα στατιστικά σημαντική μονοπάτια έπρεπε να πληρούν το FDR & lt? 0.05 και πολλαπλά γονίδια (& gt? 2) σχετίζονται σημαντικά με τις βιολογικές οδούς. Για την ανάλυση των 194 γονιδίων, χρησιμοποιήσαμε «λείων μυϊκών + νόσο βιοδεικτών» και «προστάτη νεοπλάσματα μεταγραφή» ως παράμετροι φιλτραρίσματος. Τα αποτελέσματα της ανάλυσης μονοπατιού MetaCore παρατίθενται στον Πίνακα S1.

Συζήτηση

Είμαστε στο παρελθόν έδειξαν ότι υπάρχουν εκατοντάδες των σημαντικών αλλαγών της γονιδιακής έκφρασης μεταξύ όγκου γειτονικών στρώμα και κανονικό στρώμα που χρησιμοποιήθηκαν για την ανάπτυξη ένα στρώμα-ειδική υψηλή ακρίβεια διάγνωσης Ταξινομητής για την ανίχνευση της παρουσίας του όγκου του-με βάση την έκφραση του RNA του στρώματος και μόνο [13]. Αυτές οι αλλαγές έκφρασης στρώμα ειδικά είναι πιθανό να οφείλεται στην αντίδραση του στρώματος των όγκων προερχόμενων παρακρινή μεσολαβητών, καθώς και μια πιθανή «φαινόμενο πεδίου». Εδώ υποθέσαμε περαιτέρω ότι μπορεί να υπάρχουν διαφορές ανάμεσα έκφραση του στρώματος του ανώδυνων και επιθετικών όγκων, το οποίο θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για κλινική πρόγνωση. Προκειμένου να ελεγχθεί αυτή η υπόθεση, συγκρίναμε τα προφίλ γονιδιακής έκφρασης μεταξύ των δειγμάτων στρώματος του όγκου γειτονικά από ασθενείς που παρουσίασαν δείγματα στρώμα ταχεία υποτροπή και όγκο-παρακείμενες από ασθενείς που δεν παρουσίασαν υποτροπή ή για τα οποία υποτροπή πήρε πολλά χρόνια. 40 δείγματα στρώμα από ταχεία υποτροπή και 9 δείγματα στρώμα από νωχελικός περιπτώσεων υποβλήθηκαν σε μία διαδικασία μετάθεσης για τον εντοπισμό γονιδίων που εκφράζονται διαφορικά. Σε κάθε μία από 1.000 επαναλήψεις /αναδειγματοληψία, χρησιμοποιήσαμε 31% των δειγμάτων στρώμα (8 από 40 ταχείες δείγματα στρώμα υποτροπή και 7 από τα 9 δείγματα βραδείας στρώμα) για την κατάρτιση και χρησιμοποιούνται τα υπόλοιπα δείγματα στρώμα για τη δοκιμή. Λόγω του γεγονότος ότι είχαμε μικρό αριθμό δειγμάτων για την κατάρτιση, επιλέξαμε το μικρό αλλά παρόμοιους αριθμούς (8 και 7) για κάθε επανάληψη, προκειμένου να δώσει χώρο για αναδειγματοληψία (permuted ανάλυση). Τα πλεονεκτήματα για το καθεστώς αυτό είναι τρεις φορές. Πρώτον, ήταν μια ισορροπημένη ανάλυση σε κάθε αναδειγματοληψία. Δεύτερον, τέτοιο σύστημα είναι ανθεκτικό σε πιθανούς «κακή» δείγματα από το κακό δείγματα μπορεί να αποκλειστεί σε πολλούς συνδυασμούς αναδειγματοληψία. Τρίτον, τέτοιου συστήματος μπορεί να αυξήσει δραματικά τη βάση ανίχνευσης (συνολικά 3625 ανιχνευτές εντοπίστηκαν από 1.000 Κάνει αναδειγματοληψία). Ωστόσο, έχουμε επιλέξει μόνο 131 σύνολα ανιχνευτή που εντοπίστηκαν πάνω από 500 φορές στα 1000 επαναλήψεις για να μειωθεί η πιθανότητα ψευδών ταυτοποιήσεις. Εμείς εντόπισε επίσης 115 σύνολα ελέγχων εκ των οποίων τα επίπεδα έκφρασης σε όγκο παρακείμενο στρώμα είναι συσχετίστηκε σημαντικά με την ασθένεια χωρίς χρόνους επιβίωσης των ασθενών που υποβλήθηκαν σε υποτροπή της νόσου. Τα 19 κοινά σύνολα ανιχνευτή (15 μοναδικά γονίδια) αυτών των δύο σημαντικών λίστες γονίδιο χρησιμοποιήθηκαν για να αναπτυχθεί μια PAM-based ταξινομητής, το οποίο είχε κατά μέσο όρο ακρίβεια 87% όταν δοκιμάστηκε σε 47 ανεξάρτητα δείγματα στρώματος όγκου γειτονικά.

Πρόσφατα, έχει αναφερθεί ότι στον καρκίνο του μαστού οποιοδήποτε σύνολο 100 γονιδίων ή περισσότερα επιλεγμένα τυχαία έχει μια πιθανότητα 90% να σχετίζεται σημαντικά με αποτέλεσμα, και τα περισσότερα δημοσιεύθηκε υπογραφές δεν είναι σημαντικά περισσότερο σχετίζονται με αποτέλεσμα από τυχαίες προγνωστικούς [ ,,,0],28]. Προκειμένου να αντιμετωπιστεί αυτό το πρόβλημα, που δημιουργείται τυχαία ταξινομητές με βάση το

ίδια δείγματα

εκπαίδευσης και οι 1.000 σύνολα σύνολα 19 ανιχνευτή επιλέγονται τυχαία και δοκιμάζονται αυτές τις τυχαίες ταξινομητές με τις

δείγματα δοκιμής ίδια

όπως χρησιμοποιείται για τη δοκιμή της 19-ανιχνευτή που Πρόγνωσης Stroma ταξινομητή. Ο μέσος αριθμός των ανιχνευτών που επιλέγονται από PAM στα 1.000 τυχαία σύνολα είναι 3.7 οι οποίες υποτίθεται ότι είναι ένας θόρυβος. Αυτό είναι για οποιαδήποτε τυχαία διάλεξε σύνολο 19 σετ καθετήρα, ένας μικρός αριθμός των σετ καθετήρα θα πρέπει να συσχετίζεται με την υψηλή /χαμηλή στάθμη κινδύνου κατά σύμπτωση, το οποίο εξηγεί γιατί η μέση ακρίβεια της κατάρτισης των τυχαίων ταξινομητές ήταν ~ 70%. Ωστόσο, αυτές οι τυχαίες ταξινομητές δεν θα μπορούσε να λειτουργήσει για τους ανεξάρτητους σύνολα δοκιμών. Αντιθέτως, τα 19 σύνολα ανιχνευτή ταυτοποιήθηκαν μέσω τόσο αυστηρή προσεγγίσεις? Ως εκ τούτου, είναι δυνητικά γενική προγνωστικοί δείκτες που εφαρμόζονται σε άλλα σύνολα δοκιμών. Η σύγκριση ευνοείται ταξινομητή μας 15-γονιδίου (19 σετ καθετήρα) πάνω σε αυτές τις ταξινομητές που δημιουργούνται μέσω τυχαίων διεργασιών (Πίνακας 2).

Ο αριθμός των γονιδίων που ταυτοποιούνται εδώ για την ανάπτυξη ταξινομητή έχουν παρατηρηθεί σε άλλες μελέτες της έκφρασης RNA σε το στρώμα του ιστού του προστάτη. Συγκρίναμε το σύνολο των 227 σετ καθετήρα ή 194 μοναδικά γονίδια που προσδιορίζονται εδώ με σετ καθετήρα στρώμα ειδικά προηγουμένως εντοπιστεί σε τρεις μελέτες ως χρήσιμα για τη διάγνωση. Υπάρχουν 2 γονίδια κοινά (PROM1, GPM6B) με τα 339 σύνολα ανιχνευτής που χρησιμοποιήθηκε για την ανάπτυξη διαγνωστικών ταξινομητή μας [13]? 3 γονίδια (SEL1L3, KRT19, και KRT7) από κοινού με τα 119 γονίδια διαφορικά εκφραζόμενο γονίδιο του Joesting

et al.

[29], και 3 γονίδια (NKX3-1, TPD52, και GALNT3) από κοινού με τα 44 γονίδια που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ σχετιζόμενο με τον όγκο στρώμα και μη όγκου στρώμα από 5 ασθενείς [30]. Αυτές οι παρατηρήσεις δείχνουν ότι οι προγνωστικοί υπογραφές σε στρώμα είναι διαφορετικές σε μεγάλο βαθμό από τις διαγνωστικές υπογραφές στο στρώμα.

Σε μια πρόσφατη μελέτη, η ΑΕ /αλληλομόρφων ανισορροπία (AI) σάρωση του γονιδιώματος σε επίπεδο του DNA διεξήχθη για τον εντοπισμό ΑΕ /AI ζεστό /κρύο σημεία στο επιθήλιο του προστάτη, ή σε στρώμα του προστάτη, ή σε αμφότερα τα οποία προσδιορίζονται 156 γονίδιο που σχετίζεται με κλινικοπαθολογική φαινοτύπους περιλαμβανομένων υποτροπής [14]. Τα τέσσερα γονίδια (C7, SLPI, HOXB13, PDCD10) από κοινού με 194 στρώμα προγνωστικών γονιδίων μας με ένα

σ

αξία των 0,08. Έτσι, η γονιδιακή έκφραση μερικών γονιδίων που προσδιορίζονται ως δυνητικών προγνωστική αξία θα μπορούσε να μεταβληθεί λόγω γονοτυπικές αλλαγές, και παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον το μέλλον, αλλά τα περισσότερα γονίδια που εντοπίστηκαν δεν δείχνουν ακόμη μια τέτοια ένωση.

υποσύνολο των πιο επιθετική δείγματα στη μελέτη μας θα έχουν αντιδραστικές στρώμα, το οποίο έχει αποδειχθεί ότι συσχετίζεται με κακή έκβαση [15]. Έτσι, συγκρίναμε τις 194 stroma-εκφρασμένων γονιδίων που βρήκαμε να συσχετίζονται με αποτέλεσμα στις 1.150 γονίδια που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ «αντιδρώσα στρώμα» υποομάδα των δειγμάτων καρκίνου του προστάτη και μακρινό στρώμα από τους ίδιους 17 ασθενείς [15]. Δέκα γονίδια (RABEP1, ZNF263, MCCC2, SLC4A4, TP53, KPNA6, PTPRF, Cdh1, SCNN1A, και CD24) ήταν κοινά μεταξύ των μελετών (

σ

value = 0,1312, με ένα τεστ προσομοίωσης-based). Μια άλλη πρόσφατη μελέτη εντοπίστηκαν 36 προγνωστικοί δείκτες, επίσης, σχεδιαστεί ειδικά από την αντιδραστική στρώμα [16]. Επιπλέον, τα δείγματα δοκιμής είχαν ουσιαστικές παρούσα όγκου, αφήνοντας ανοιχτή την πιθανότητα ότι μερικά γονίδια εκφράζονται διαφορικά μεταξύ του επιθηλίου του όγκου του υψηλού και χαμηλού κινδύνου όγκου. Παρά τις διαφορές αυτές σε πειραματικό σχεδιασμό, τέσσερα γονίδια (NKX3-1, FOLH1, AGR2, HOXB13) είναι κοινά με 194 στρώμα προγνωστικών γονιδίων μας με ένα

σ

αξία των 0,0001, δείχνοντας ουσιαστική συμφωνία. Επιπλέον, όλα τα τέσσερα γονιδιακά προϊόντα είναι καλά τεκμηριωμένες διαγνωστικούς ή προγνωστικούς βιοδείκτες για τον καρκίνο του προστάτη [31] – [35]. Αυτά τα γονίδια θα έχουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον σε μελλοντικές μελέτες.

Είμαστε ανέλυσε τις βιολογικές λειτουργίες για τους προγνωστικούς 19 σετ καθετήρα (15 γονίδια) (Πίνακας 1) χρησιμοποιώντας Δαβίδ και MetaCore λογισμικού. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι οι 7 γνωστά γονίδια (GADD45B, CDKN1A, NLRP1, ErbB3, YWHAE, TNFSF10 και EIF5A) που σχετίζονται με την απόπτωση και 6 γνωστά γονίδια (CDKN1A, NLRP1, ErbB3, YWHAE, TNFSF10 και EIF5A) που σχετίζονται με κυτταρικό θάνατο, με 6 από κοινού. Αυτό είναι ενδιαφέρουσα βασίζεται σε εικασίες μας διαλόγου όγκου-στρώματος που ευνοεί την εξέλιξη του όγκου. Ίσως, επιθετικούς όγκους παρακρινικές σήματα παρέχουν ένα μηχανισμό για να αναγκάσει τη γύρω στρώμα να υποβληθούν σε αναδιαμόρφωση και /ή αποπτωτικών διαδικασιών για τη διευκόλυνση της ανάπτυξης του όγκου και την εισβολή [36] που ακολουθείται από επιθηλιακά-μεσεγχυματικά μετάβαση [37], [38]. Στοιχεία από ανεξάρτητα πειράματα σε μοριακό επίπεδο είναι απαραίτητη για να υποστηρίξουν αυτή την υπόθεση.

αναλυθούν περαιτέρω τα 194 γονίδια (το συνδυασμό των 131 σύνολα ανιχνευτών που προσδιορίζονται από την ανάλυση PAM και τα 115 σύνολα ανιχνευτών προσδιορίζονται από την ανάλυση συσχέτισης) χρησιμοποιώντας ένα λογισμικό μονοπάτι MetaCore. Το αποτέλεσμα της ανάλυσης μονοπατιού με τη χρήση «λείων μυών + νόσο βιοδεικτών» ως παράμετρο το φιλτράρισμα έδειξε ότι αυτό το σύνολο των 194 γονιδίων που εμπλουτίζονται σημαντικά στα γονίδια που συνδέονται με την «προστάτη νεοπλάσματα μεταγραφή». Οι επτά γονιδίων που σχετίζονται με την περιγραφή αυτή ήταν NCOA3 (ΤΡΑΜ-1), γ /ΕΒΡ (CEBP), NR77 (NR4A1), NK31 (NKX3-1), Ρ53 (TP53), KL5 (KL5), CEBPD. Επιπλέον, 3 γονίδια STAT1, ErbB3, P21 (CDKN1A) βρέθηκαν να συνδέονται με την «ρύθμιση του προστάτη νεοπλάσματα της εξέλιξης μέσω του κυτταρικού κύκλου και 1 γονίδιο STAT1 σχετίζεται με« προστάτη νεοπλάσματα φλεγμονώδη αντίδραση ». ανάλυση Pathway χρησιμοποιούν «λείου μυός + νόσος» ως παράμετρος φιλτράρισμα έδειξε ότι 67 από τα 194 γονίδια είναι γνωστό ότι σχετίζονται σημαντικά με προστατικών ασθενειών και 66 από αυτά τα 194 γονίδια είναι γνωστό ότι σχετίζονται σημαντικά με προστατική νεοπλάσματα (Πίνακας S1) του οποίου 59 είναι κοινά μεταξύ των δύο καταλόγων. Επιπλέον, τα περισσότερα από αυτά τα 194 γονίδια συνδέονται επίσης με άλλες μορφές καρκίνου, όπως του ορθοκολικού νεοπλάσματα, νεοπλάσματα μαστού νεοπλάσματα και του πνεύμονα, υποδεικνύοντας αυτά τα γονίδια μπορεί να εμπλέκεται συνήθως σε σχετικά με τον καρκίνο μονοπάτια. Η ανάλυση οδός έδειξε επίσης ότι ένα σημαντικό μέρος αυτών των 194 γονιδίων που αλληλεπιδρούν με μεταγραφικούς παράγοντες, όπως η Ρ53, SP1, FOXO3a, AR, BCL6, STAT5A, STAT5b, C-Jun, NRF2, myod και STAT1, οι οποίες παίζουν κρίσιμο ρόλο στον καρκίνο ανάπτυξη και εξέλιξη. Για παράδειγμα, μεταγραφικού παράγοντα SP1 συνδέεται λειτουργικά με 94 γονίδια από τη λίστα γονίδιο 194 (Σχήμα S4).