Αφηρημένο

Ιστορικό

Η χρωμοσωμική ανευπλοειδία είναι ένα καθοριστικό χαρακτηριστικό των καρκινωμάτων. Για παράδειγμα, σε καρκίνο του παχέος εντέρου, ένα πρόσθετο αντίγραφο του χρωμοσώματος 7 δεν είναι μόνο παρατηρήθηκε στις αρχές του προ-κακοήθεις πολύποδες, αλλά πιστά διατηρείται καθ ‘όλη την εξέλιξη σε μετάσταση. Αυτές οι αλλαγές αριθμός αντιγράφων δείχνουν μια θετική συσχέτιση με το μέσο όρο επίπεδα μεταγραφής γονιδίων που κατοικούν. Μία ανεξάρτητη γραμμή του έρευνα έχει επίσης αποδειχθεί ότι συγκεκριμένα χρωμοσώματα καταλαμβάνουν μια καλά συντηρημένη θέση 3D μέσα στον πυρήνα μεσόφασης.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

ερευνήσαμε αν ειδική για τον καρκίνο ανευπλοειδικών χρωμοσώματα αναλάβει 3D- θέση παρόμοια με εκείνη της ενδογενούς ομολογά του, τα οποία θα υποδεικνύουν μια πιθανή συσχέτιση με μεταγραφική δραστηριότητα. Χρησιμοποιώντας 3D-FISH και συνεστιακή μικροσκοπία σάρωσης με λέιζερ, δείχνουμε ότι χρωμοσώματα 7, 18, ή 19 εισάγεται μέσω microcell μεταφορά επιτελούμενη χρωμόσωμα εντός του γονικού διπλοειδή καρκίνου του παχέος εντέρου κυτταρική γραμμή DLD-1 διατηρούν συντηρημένη θέση τους στον πυρήνα μεσόφασης.

Συμπεράσματα

Τα στοιχεία μας είναι επομένως σύμφωνη με το μοντέλο που κάθε χρωμόσωμα έχει μια σχετική ταχυδρομικό κώδικα (ενδεχομένως πυκνότητα γονίδιο) που καθορίζει τον πυρηνικό εντοπισμό του. Κατά πόσον η πυρηνική εντόπιση καθορίζει ή καθορίζεται από την μεταγραφική δραστηριότητα των γονιδίων κάτοικος έχει ακόμη να εξακριβωθεί

Παράθεση:. Sengupta K, άνω άκρου MB, Barenboim-Stapleton L, Nguyen QT, Wincovitch SM Sr, Garfield SH, et al. (2007) τεχνητά εισαγμένο ανευπλοειδικών χρωμοσώματα Ας υποθέσουμε ότι μια διατηρημένη θέση στον Καρκίνο του παχέος εντέρου κύτταρα. PLoS ONE 2 (2): e199. doi: 10.1371 /journal.pone.0000199

Ακαδημαϊκό Επιμέλεια: Beth Sullivan, το Πανεπιστήμιο Duke, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 13 Δεκέμβρη 2006? Αποδεκτές: 12 Γενάρη 2007? Δημοσιεύθηκε: 7, Φεβ 2007

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της δήλωσης Creative Commons Public Domain που ορίζει ότι, μόλις τοποθετηθεί στο δημόσιο τομέα, το έργο αυτό μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο σκοπό

Χρηματοδότηση:.. η έρευνα υποστηρίχθηκε από την εντός των τειχών ερευνητικού προγράμματος του Εθνικού Ινστιτούτου Υγείας, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου

Ανταγωνιστικά συμφέροντα : Οι συγγραφείς δηλώνουν ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Τα χρωμοσώματα αναλάβει μια μη τυχαία και συντηρημένη θέση στην ενδιάμεση φάση πυρήνα ανώτερων ευκαρυωτικών.. Πιστεύεται ότι αυτή η εντόπιση συσχετίζεται με γονίδιο πυκνότητες τους. Για παράδειγμα, το πλούσιο γονίδιο χρωμοσώματος 19 είναι κυρίως το κεντρικό, ενώ το γονίδιο φτωχοί χρωμοσωμάτων 18 είναι περιφερειακά τοποθετημένη [1]. Ένα τέτοιο σχέδιο είναι συντηρημένη κατά τη διάρκεια της εξέλιξης, είναι ειδικό ιστό [2], [3], και διατηρείται επίσης όταν αυτά τα χρωμοσώματα εμπλέκονται στην μετατοπίσεις [1]. Εκτεταμένες μελέτες σε ποντίκια επίσης δείχνουν ειδικό, μη τυχαία ρυθμίσεις χρωμόσωμα κυτταρικό τύπο με βάση τόσο την πυκνότητα γονίδιο και χρωμόσωμα μεγέθους [4]. Μαζί, αυτά τα δεδομένα υποδηλώνουν μία λειτουργική σημασία της τοποθέτησης χρωμοσώματος. Ωστόσο, ούτε η βάση για μία τέτοια διάταξη, ούτε η φύση της σχέσης δομής /λειτουργίας του, έχει ακόμα αποκαλυφθεί. Έτσι, απομένει να προσδιοριστεί πώς η πυρηνική διανομή των χρωμοσωμάτων συσχετίζεται με μεταγραφική δραστηριότητα τους.

Τα μη κληρονομική μορφές καρκίνου του παχέος εντέρου που ορίζεται από ένα μη τυχαίο και αυστηρά διατηρημένο πρότυπο χρωμοσωμικών ανισορροπίες. Για παράδειγμα, επιπλέον αντίγραφα του χρωμοσώματος 7 μπορεί να παρατηρηθεί ως η μόνη γονιδιωματική ανωμαλία σε πολυπόδων του παχέος εντέρου [5]. Πρόσθετες ανευπλοειδιών που οδηγούν σε αριθμό αντιγράφων κέρδη των χρωμοσωμάτων και 8q χέρια χρωμόσωμα, 13q και 20, καθώς και οι απώλειες των 8p, 17ρ, και 18q αποκτώνται διαδοχικά σε μεταγενέστερα στάδια της εξέλιξης του καρκίνου του παχέος εντέρου, και πιστά διατηρούνται σε δύο μεταστατικές αλλοιώσεις και κυτταρικές σειρές που προέρχονται από τις πρωτογενείς όγκους [5] – [7]. Μέσω την έλευση της παγκόσμιας γονιδιακής έκφρασης μεθοδολογίες, όπως μικροσυστοιχίες, έχει καταστεί δυνατός ο προσδιορισμός των συνεπειών αυτών των εξαιρετικά διατηρημένων χρωμοσωμικές ανευπλοειδίες στο μεταγραφικό καρκίνου. Αρκετές πρόσφατα δημοσιευμένες μελέτες παρέχουν σαφείς αποδείξεις ότι η γονιδιωματική ανισορροπίες σε όγκους επηρεάσει άμεσα μεταγραφή επίπεδα [8] – [11]

Έχουμε περιγράψει προηγουμένως τη δημιουργία ενός μοναδικού συστήματος μοντέλου για τη συστηματική μελέτη των συνεπειών της ανευπλοειδίας για το. κυτταρική μεταγραφικό. Το μοντέλο αυτό βασίζεται στην εισαγωγή συγκεκριμένων χρωμοσωμάτων σε καρυοτυπικά σταθερή αθάνατα κύτταρα ή τα καρκινικά κύτταρα με τη χρήση microcell μεταφορά με τη μεσολάβηση του χρωμοσώματος. Όπως και σε πρωτογενείς όγκους, η αύξηση του αριθμού αντιγράφων γενωμικού οδήγησε σε αυξημένα επίπεδα μεταγραφής μέσος των γονιδίων που κατοικούν στις ανευπλοειδικών χρωμοσώματα. Επιπλέον, η ανευπλοειδία επαγόμενη μεταγραφική απορρύθμιση βρέθηκε να είναι ούτε χρωμόσωμα ούτε τύπου κυττάρου ειδική [12]. Έτσι, ανευπλοειδία δεν φαίνεται να στοχεύουν μόνο ένα ή λίγα γονίδια για την πληγείσα χρωμόσωμα, αλλά καταλήγει σε μια μαζική απελευθέρωση ενός μεγάλου τμήματος των μεταγραφικά ενεργά γονίδια.

Στα ενδιάμεσης πυρήνες των φυσιολογικών και καρκινικών κυττάρων , τα δύο ομόλογα χρωμοσώματα αναλάβει μια συντηρημένη θέση, σε μεγάλο βαθμό σχετίζεται με γονίδιο πυκνότητες τους [1], [13]. Τμήματα των χρωμοσωμάτων που εμπλέκονται στην μετατοπίσεις παρατηρήθηκαν επίσης να προσανατολιστούν κατά τέτοιο τρόπο ώστε να εντοπίζεται σε εγγενείς θέσεις τους [1]. Είχαμε ως εκ τούτου περιέργεια αν μια τεχνητά εισαγμένο ανευπλοειδικών χρωμόσωμα ήταν επίσης σε θέση να βρει μία θέση στον πυρήνα που είναι παρόμοιο με ενδογενούς ομολογά του. Το ζήτημα αυτό, ενώ ενδιαφέρουσα από μόνη της, ήταν ιδιαίτερα ενδιαφέρον λαμβάνοντας υπόψη τα αποτελέσματα της προηγούμενης μελέτης μας περιγράφεται παραπάνω [12], η οποία άφησε να εννοηθεί ότι οι εισαγόμενοι χρωμοσώματα ήταν μεταγραφικά ενεργή. Η ικανότητα του εισαχθέντος χρωμοσώματος να καταλάβει μια συγκεκριμένη τοποθεσία 3D θα έδειχνε την πυρηνική τοποθέτηση ως προϋπόθεση για την ανευπλοειδία επαγόμενη αύξηση στην έκφραση γονιδίου. Εναλλακτικά, η αποτυχία για τον εντοπισμό των εγγενών πυρηνικό χώρο τους συνεπάγεται ότι η πυρηνική τοποθέτηση της ανευπλοειδικών χρωμοσωμάτων στα καρκινικά κύτταρα δεν παίζει κανένα ρόλο στον καθορισμό μεταγραφική δραστηριότητα τους.

Για να προσδιορίσει τη θέση του ανευπλοειδικών χρωμοσωμάτων σε μεσόφαση πυρήνες, εμείς μεταχειρισμένα 3D-FISH, ομοεστιακό μικροσκόπιο σάρωσης με λέιζερ, και οι μετρήσεις απόστασης 3D στο DLD-1 γονικών και των παράγωγων κυτταρικές σειρές που φέρουν έξτρα αντίγραφα των χρωμοσωμάτων 7, 18 ή 19. από τελεολογική σκοπιά, αυτά τα πειράματα περαιτέρω κατανόηση της αλληλεπίδρασης μεταξύ συντήρηση πυρηνική αρχιτεκτονική και τη λειτουργία του γονιδιώματος. Αυτό μπορεί να επηρεάσει τον τρόπο που σκέφτονται αυτήν την περίοδο για τη θεραπεία της νόσου, ιδιαίτερα σε ανευπλοειδικών καρκινικά κύτταρα, στα οποία τόσο γονιδιωματική περιεχόμενο και τη γονιδιακή έκφραση ήταν σημαντικά ενόχλησή.

Αποτελέσματα

Microcell μεσολάβηση μεταφορά χρωμόσωμα χρωμοσώματα 7, 18 και 19

Όπως έχει ήδη αναφερθεί, ένα μόνο αντίγραφο του ανθρώπινου χρωμοσώματος 7 επιτυχώς εισαχθεί στο διπλοειδή κυτταρική γραμμή DLD-1, παράγοντας έτσι το παράγωγο κυτταρική γραμμή DLD-1 + 7 (Σχήμα 1Α) [12]. Το πρόσθετο αντίγραφο αυτού του χρωμοσώματος άμεσα και αύξησε σημαντικά τα μέσα επίπεδα μεταγραφής των γονιδίων που κατοικούν στο χρωμόσωμα 7 [12]. Αυτή η αύξηση ήταν παρόμοια με την εισαγωγή των χρωμοσωμάτων 3 και 13 σε DLD-1, και παρατηρήθηκε επίσης όταν χρωμόσωμα 3 εισήχθη σε κανονική μαστικά επιθηλιακά κύτταρα [12]. Η αύξηση των επιπέδων μεταγραφής είναι επομένως ανεξάρτητη του εισαχθέντος χρωμόσωμα και ανεξάρτητη από τον τύπο του κυττάρου. Για τους σκοπούς της παρούσας μελέτης, δημιουργήσαμε δύο επιπλέον κυτταρικές γραμμές με την εισαγωγή χρωμοσώματα 18 ή 19 σε DLD-1 δημιουργώντας έτσι το παράγωγο κυτταρικές σειρές DLD-1 + 18 και DLD-1 + 19, αντίστοιχα (Σχήμα 1Α). Επιλέξαμε αυτές χρωμοσώματα επειδή είναι ισοδύναμη περιεκτικότητα DNA (Σχήμα 1Β) και επειδή η πυρηνική θέσεις τους είναι διακριτές και συντηρημένα: οι πλούσιοι γονίδιο χρωμοσώματος 19 είναι τοποθετημένο προς το εσωτερικό του πυρηνικού χώρου, ενώ το γονίδιο φτωχοί χρωμοσωμάτων 18 βρίσκεται προς το πυρηνική περιφέρεια [1]

Α:. Σχηματική αναπαράσταση του πειραματικού σχεδιασμού. DLD-1 (γονική κυτταρική σειρά) υποβλήθηκε σε MMCT να παράγεται παράγωγο κυτταρικές σειρές DLD-1 + 7, DLD-1 + 18 και DLD-1 + 19. 3D-FISH πραγματοποιήθηκε σε κάθε μία από τις κυτταρικές σειρές παραγώγων με τους συνδυασμούς ανιχνευτή υποδεικνύεται. Β: Πίνακας συγκρίσεις περιεχόμενο DNA και της πυκνότητας του γονιδίου μεταξύ χρωμοσώματος 7, 18 και 19.

Η

Το ποσοστό των κυττάρων σε ένα δεδομένο κλώνο διατήρηση τρισωμία για την εισαχθείσα χρωμόσωμα, παρά τη συνεχή επιλογή, διαφοροποιείται ανάλογα με το χρωμόσωμα μεταβιβάζεται και ο αριθμός των διόδων. Έτσι, οι μετρήσεις της θέσης του χρωμοσώματος αυστηρά περιορίζεται σε DLD-1 που προέρχεται κύτταρα που είχαν τρισωμικών για το τεχνητά εισαγμένο χρωμόσωμα. Ενώ νωρίς πέρασμα κλώνους DLD-1 + 3, DLD-1 + 7 και DLD-1 + 13 είχε ένα υψηλό ποσοστό τρισωμικών κυττάρων και ήταν σε θέση να διατηρήσει αυτή τη συχνότητα μέχρι και 12 διελεύσεις, περίπου το 20% των κυττάρων στην αρχική κλώνοι DLD-1 + 18 και DLD-1 + 19 ήταν τρισωμικών και αυτό μειώθηκε περαιτέρω σε πολύ πρώιμο περάσματα.

3D Μέτρηση απόστασης των χρωμοσωμάτων Εδάφη

Πρέπει πρώτα εκτελούνται dual-χρώμα 3D-FISH για μορφολογικά διατηρημένα γονική πυρήνες DLD-1, όπως περιγράφεται στο Σχήμα 1Α. Αντιπροσωπευτικά μέγιστη προεξοχές ένταση του συνεστιακού στοίβες εικόνας από κάθε μία από τις τρεις συνδυασμούς ανιχνευτή (18 Μπορεί ένα τέτοιο φαινόμενο εξηγείται μηχανιστικά

Για να επαναλάβουμε τα γεγονότα: χρωμοσώματα με σχετικά υψηλή πυκνότητα γονίδιο καταλαμβάνουν μια πιο κεντρική θέση, ενώ το γονίδιο κακή χρωμοσώματα έχουν την τάση να εντοπίζεται πιο κοντά στην πυρηνική περιφέρεια [1]. Είναι επίσης αλήθεια ότι η γονιδιακή πλούσια χρωμοσώματα έχουν υψηλότερη περιεκτικότητα σε G-C. Αυτό μπορεί να αντανακλά εν μέρει την παρουσία των CpG νησίδων σε υποκινητές γονιδίων, καθώς και την υπεροχή των G-C πλούσιο επαναλαμβανόμενα στοιχεία όπως αλληλουχίες Alu που συμπίπτει με τις περιοχές κωδικοποίησης του γονιδιώματος. Σε ινοβλάστες, για παράδειγμα, μια ενισχυμένη χρώση των ακολουθιών Alu βρέθηκε στο πυρηνικό εσωτερικό [17]. Αντιστρόφως, η πυρηνική περιφέρεια είναι εμπλουτισμένο για ετεροχρωματίνη, η οποία έχει την τάση να είναι πιο Α-Τ πλούσια. Είναι γνωστό ότι οι πυρηνικές λαμίνες είναι κρίσιμης σημασίας για την ανάπλαση του πυρήνα μετά την μίτωση. Οι λαμίνες έχουν επίσης δειχθεί ότι αλληλεπιδρά με συγκεκριμένες αλληλουχίες στον τομέα της ουράς τους με χρωματίνη και ειδικότερα με δύο από τις Η2Α πυρήνα ιστονών Η2Β και [18], [19]. Μια αυξημένη παρουσία μεθυλιωμένου ιστονών, όπως τρι-H3K27, έχει παρατηρηθεί κοντά στην πυρηνική περιφέρεια [20]. Έτσι, λαμίνες και παραλλαγές στο νουκλεοσώματος σύνθεση ή /και τροποποιήσεις μπορεί να διαδραματίσει έναν ρόλο στην μη-τυχαία τοποθέτηση ορισμένων περιοχών του χρωμοσώματος κοντά στην πυρηνική μεμβράνη.

Τι πιθανοί παράγοντες μπορεί να είναι υπεύθυνοι για τον καθορισμό των ανωτέρω σημειώνεται χαρακτηριστικά της η πυρηνική αρχιτεκτονική, ιδίως σε σχέση με την τοποθέτηση των επιμέρους περιοχών χρωμόσωμα; Ίσως η πιο έξυπνη μοντέλο είναι εκείνο στο οποίο κάθε χρωμόσωμα χαρακτηρίζεται από ένα μοναδικό «ταχυδρομικό κώδικα» που καθορίζει όπου θα διαμένουν στον πυρήνα. Ένα τέτοιο διακριτικό σήμα θα μπορούσε να είναι οι μοναδικές αλληλουχίες που βρίσκονται στην κεντρομερική ή pericentromeric περιοχή του κάθε ομολόγου. Αυτή η υπόθεση θα μπορούσε να δοκιμαστεί πειραματικά με τη μετακίνηση αυτών των αλληλουχιών από ένα χρωμόσωμα στο άλλο. Ευτυχώς, τέτοια γεγονότα συμβαίνουν με φυσικό τρόπο μέσω χρωμοσωμικές μεταθέσεις. Για παράδειγμα, η κυτταρική σειρά καρκίνου SW620 περιέχει ένα der (18) t (17? 18) στην οποία το υλικό από το γονίδιο πλούσιο σε χρωμοσώματος 17 έχει μετατοπιστεί προς το κεντρομερές περιέχει γονίδιο-φτωχών χρωμοσώματος 18. Παρά περιέχουν το χρωμόσωμα 18 κεντρομερίδιο, αυτό το παράγωγο χρωμόσωμα καταλαμβάνει μια ακτινική εντοπισμού παρόμοιο με το κανονικό χρωμόσωμα 17 [13]. Συνεπώς, η παρούσα μελέτη δείχνει ότι το χρωμόσωμα συγκεκριμένες κεντρομεριδίων δεν είναι ο κύριος καθοριστικός παράγοντας της θέσης χρωμόσωμα και σημεία περισσότερο προς το υλικό που περιέχεται στην αγκαλιά του χρωμοσώματος.

Μια εναλλακτική λύση σε ένα κεντρομερές-ειδική ακολουθία «ΤΚ» θα είναι ένα στην οποία ένα μάλλον γενικό χαρακτηριστικό της κάθε χρωμόσωμα είναι υπεύθυνο για τη διάθεσή του, ή αποκλείοντάς το από, ορισμένων πυρηνικών περιοχές. Σε ένα τέτοιο μοντέλο καθίσταται επιτακτική ανάγκη να εξηγήσει πώς τα χαρακτηριστικά γνωρίσματα όπως η πυκνότητα του γονιδίου, σύνθεση νουκλεοτιδίων (G-C έναντι περιεχόμενο Α-Τ), το DNA και οι τροποποιήσεις των ιστονών ή μεταγραφική δραστηριότητα γίνεται αισθητή από την εκ νέου σχηματισμού πυρήνα και χρησιμοποιούνται για τη θέσπιση θέσης. Δεδομένου ότι κάθε ένα από αυτά τα χαρακτηριστικά είναι παρούσα σε διαφορετικό βαθμό σε κάθε χρωμόσωμα, τοποθέτηση των εδαφών γίνεται πιο πιθανολογική από οριστική. Αυτό είναι σύμφωνο με τις πειραματικές παρατηρήσεις μας (Σχήμα 4).

Ως παράδειγμα, προτείνουμε το ακόλουθο σενάριο ως πιθανός μηχανισμός για τη δημιουργία της ενδιάμεσης φάσης της πυρηνικής αρχιτεκτονικής. Μη μεταγράφεται, το γονίδιο-φτωχές περιοχές του γονιδιώματος τείνουν να είναι πιο heterochromatic, η οποία είναι κατά κύριο λόγο Α-Τ πλούσια. Η ετεροχρωματίνη είναι εγκατεστημένος μέσω ενός συνδυασμού DNA και ιστόνης τροποποιήσεις που είναι γνωστό ότι συσχετίζονται με μεταγραφική αδράνεια. Έτσι, ένα υψηλότερο απόλυτο αριθμό ή τη συγκέντρωση των τροποποιημένων νουκλεοσώματα, για παράδειγμα τρι-H3K27, θα μπορούσε να είναι πιο πιθανό για ένα γονίδιο-φτωχό χρωμόσωμα να snared από λαμίνες συνδέονται με το εσωτερικό της αναμόρφωσης πυρηνικής μεμβράνης. Κάποιος θα μπορούσε στη συνέχεια υποθέσουμε ότι από προεπιλογή, unsnared G-C πλούσια, γονίδιο πλούσιο, μεταγραφικά ενεργό χρωμοσώματα θα έχουν μια τάση να αποκλειστούν από την πυρηνική περιφέρεια και έτσι αποφάσισε να καταλάβει μια πιο κεντρική πυρηνική θέση. Σε αυτό το σύστημα αυτο-οργάνωσης, ο εντοπισμός του γονιδίου πλούσιες αλληλουχίες στο κέντρο του πυρήνα δεν είναι τόσο η κινητήρια δύναμη, αλλά μάλλον το τελικό αποτέλεσμα της πυρηνικής ανάπλασης μετά την μίτωση. Άλλοι έχουν βάλει εμπρός μια αυτο-οργάνωσης μοντέλο όπου η συλλογική δραστηριότητα μεταγραφική του γονιδιώματος έχει προταθεί για να υπαγορεύσει την πυρηνική αρχιτεκτονική που βασίζεται στις φυσικές ιδιότητες της χρωματίνης και την αλληλεπίδραση πολυμεράσες [21]. Επειδή είναι πιθανό ότι υπάρχει πολύ μικρή συνεχή μεταγραφή σε μιτωτικώς συμπυκνωμένη χρωμοσώματα, θα θέτουμε ότι δεν είναι ενεργή μεταγραφή per se η οποία καθορίζει την αρχιτεκτονική κατά πυρηνική αναμόρφωση, αλλά μάλλον οι σημάνσεις των προηγούμενων μεταγραφικώς ενεργό ή ανενεργό περιοχές όπως το DNA και ιστονών τροποποιήσεις.

Gene πλούσια χρωμοσώματα επίσης μεταγράφονται πιο ενεργά. Γονιδίωμα-ευρεία ανάλυση του προφίλ έκφρασης mRNA του ανθρώπινου γονιδιώματος δείχνει ότι το γονίδιο πυκνές περιοχές συσχετίζονται έντονα με Περιφέρειες αυξημένη γονιδιακή έκφραση (κορυφογραμμές) [22], [23]. Αυτό θα απαιτούσε εμπλουτισμού ή μια βαθμίδα αυξανόμενης συγκέντρωσης των παραγόντων μεταγραφής ή εργοστασίων προς το πυρηνικό κέντρο όπου υπάρχει περισσότερη μεταγραφική δραστηριότητα. Θα ήταν ενδιαφέρον να καθοριστεί εάν οι κλίσεις υπάρχουν πραγματικά στον πυρήνα. Αν υπάρχει βαθμίδα, είναι ο λόγος για τη μη-τυχαία κατανομή των χρωμοσωμάτων ή είναι εγκατεστημένος σε απόκριση σε ένα τέτοιο πυρηνικό αρχιτεκτονική; Εάν μια κλίση δεν υπάρχει, είναι η ομοιόμορφη συγκέντρωση των μεταγραφικών παραγόντων που περιορίζουν σε γονίδιο πυκνές περιοχές του πυρήνα με υψηλή μεταγραφική δραστηριότητα; Οι παράγοντες της πυρηνικής εσωτερικό περισσότερα μεταγραφικά ασχολούνται από εκείνες προς την περιφέρεια; Έχει η υψηλότερη συγκέντρωση ετεροχρωματίνης στην πυρηνική περιφέρεια περιορίζουν όχι μόνο την προσβασιμότητα των παραγόντων μεταγραφής στο χρωματίνη, αλλά επίσης παρεμποδίζουν την ικανότητά τους να διασχίζουν το εσωτερικό των περιοχών των χρωμοσωμάτων;