Αφηρημένο

Πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει η δύναμη της βαθιάς εκ νέου προσδιορισμό της αλληλουχίας του γονιδιώματος ολόκληρη ή exome στην κατανόηση γονιδιώματα του καρκίνου. Ωστόσο, στοχευμένη σύλληψη των επιλεγμένων γονιδιωματικών ολόκληρων περιοχών του γονιδίου-σώμα, και όχι το σύνολο exome, έχουν πολλά πλεονεκτήματα: 1) τα γονίδια μπορούν να επιλεγούν με βάση τη βιολογία ή μια υπόθεση? 2) μεταλλάξεις στο υποκινητή και ιντρονικές περιοχές, οι οποίες έχουν σημαντικό ρυθμιστικό ρόλο, μπορεί να διερευνηθεί? και 3) λιγότερο ακριβά από ό, τι ολόκληρο το γονιδίωμα ή αλληλουχίας ολόκληρη exome. Ως εκ τούτου, σχεδιάσαμε έθιμο υψηλής πυκνότητας μικροδιατάξεις ολιγονουκλεοτιδίων (NimbleGen Inc.) για να συλλάβει περίπου 1,7 Mb περιοχές στόχου που περιλαμβάνει τα γονιδιωματικές περιοχές από 28 γονίδια που σχετίζονται με καρκίνο του παχέος εντέρου συμπεριλαμβανομένων γονιδίων που ανήκουν στην WNT οδό σηματοδότησης, καθώς και σημαντικούς παράγοντες μεταγραφής ή του παχέος εντέρου -ειδικές γονίδια που εκφράζονται πάνω σε ορθοκολικό καρκίνο (CRC). Τα 1,7 Mb στοχευμένες περιοχές αναλύθηκαν κατά την αλληλουχία με την κάλυψη κυμαίνεται από 32 × έως 45 × για τα 28 γονίδια. Εμείς εντόπισε συνολικά 2342 παραλλαγές ακολουθίας στο CRC και των αντίστοιχων παρακείμενων φυσιολογικών ιστών. Μεταξύ αυτών, 738 ήταν νέες παραλλαγές ακολουθίας βασίζονται σε συγκρίσεις με τη βάση δεδομένων SNP (dbSNP135). Εμείς επικυρωθεί 56 από 66 SNPs σε μια ξεχωριστή ομάδα 30 ιστών CRC χρησιμοποιώντας Sequenom MassARRAY Iplex Πλατφόρμα, προτείνοντας ένα ποσοστό επικύρωσης από τουλάχιστον 85% (56/66). Βρήκαμε 15 εσφαλμένου νοήματος μεταλλάξεις μεταξύ των εξονικές διακυμάνσεις, 21 συνώνυμος SNPs που είχαν προβλεφθεί για την αλλαγή των εξωνίου μοτίβα ματίσματος, 31 UTR SNPs που προβλέπεται να συμβεί στις θέσεις δέσμευσης παράγοντα μεταγραφής, 20 ιντρονικές SNPs που βρίσκεται κοντά στις θέσεις ματίσματος, 43 SNPs σε συντηρημένη μεταγραφικού παράγοντα sites και 32 νησίδες CpG δεσμευτική. Τέλος, διαπιστώσαμε ότι rs3106189, εντοπίζεται στο 5 ‘UTR της παρουσίασης αντιγόνου tapasin πρωτεΐνη (TAPBP) σύνδεση, και rs1052918, εντοπίζεται στο 3’ UTR του μεταγραφικού παράγοντα 3 (TCF3), συνδέθηκαν με τη συνολική επιβίωση των ασθενών CRC.

Παράθεση: Shao J, Lou Χ, Wang J, Zhang J, Chen C, Hua D, et al. (2013) Στοχευμένες Re-αλληλουχίας Αναγνωρισμένα rs3106189 στο 5 ‘UTR του TAPBP και rs1052918 στο 3’ UTR της TCF3 να συνδέεται με τη συνολική επιβίωση σε ασθενείς καρκίνου του παχέος εντέρου. PLoS ONE 8 (8): e70307. doi: 10.1371 /journal.pone.0070307

Επιμέλεια: Hiromu Suzuki, Σαπόρο Ιατρικό Πανεπιστήμιο, την Ιαπωνία

Ελήφθη: 14 Μάρτη 2013? Αποδεκτές: 19 Ιουνίου του 2013? Δημοσιεύθηκε: 5 Αυγούστου 2013

Copyright: © 2013 Shao et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από το Υπουργείο Επιστήμης και Τεχνολογίας, η Κίνα (2006DFA32950, ​​2006AA02A303, 2012AA02A204,2011ZX09307-001-05) και επιχορήγηση από το Εθνικό Ίδρυμα Επιστημών, η Κίνα (81072060 /H1618). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

με 639.000 θανάτους ετησίως σε όλο τον κόσμο, καρκίνο του παχέος εντέρου είναι η τρίτη πιο κοινή μορφή καρκίνου και η δεύτερη κύρια αιτία των θανάτων από καρκίνο που σχετίζονται με τον δυτικό κόσμο (WHO, Φεβρουάριο του 2009, http: //www.who .int /mediacentre /δελτία /fs297 /en /) και στην Κίνα [1], [2]. Μέχρι σήμερα, ευαισθησία σε καρκίνο του παχέος εντέρου έχει χαρακτηριστεί από την ταυτοποίηση σπάνια κληρονομική μεταλλάξεις σε ένα μικρό αριθμό καθιερωμένων γονίδια όπως μεταλλάξεις του

APC

γονίδιο, ένα γονίδιο αναγνωρίστηκε για πρώτη φορά ως οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση (FAP) γονιδιακό τόπο [3], που συμβάλλει στην ογκογένεση του παχέος [1], [4]. SNPs (πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου) είναι ο πλέον συχνός τύπος παραλλαγής στο ανθρώπινο γονιδίωμα, επερχομένης κάθε αρκετών εκατοντάδων ζευγών βάσεων σε όλο το γονιδίωμα [5].

Πρόσφατες μελέτες κατέδειξαν την πιθανή δύναμη της βαθιάς εκ νέου προσδιορισμό αλληλουχίας των υποψήφιων γονιδίων σε ανθρώπινους πληθυσμούς για τον εντοπισμό σπάνιων παραλλαγές και βοηθούν στην κατανόηση των πολύπλοκων ανθρώπινων χαρακτηριστικών [6]. Παραδοσιακά, ο καρκίνος του γονιδιώματος εκ νέου προσδιορισμό της αλληλουχίας έχει εκτελεστεί χρησιμοποιώντας εξόνιο ενίσχυση και συμβατικών αλληλούχιση Sanger [7] – [9]. Πιο πρόσφατα, το σύνολο του γονιδιώματος ή ολόκληρα exome (από exome σύλληψη) έχει χρησιμοποιηθεί λόγω της τεχνολογικής προόδου και μειωμένο κόστος σε αλληλούχισης επόμενης γενιάς [10] – [12]. Για παράδειγμα, Bass

et al.

Εφαρμοστεί ολόκληρο γονιδιώματος στην αλληλουχία τους όγκους από τους 9 ασθενείς CRC και αναγνωρίστηκαν 11 εντός πλαισίου γονίδιο σύντηξης εκδηλώσεις, συμπεριλαμβανομένης της σύντηξης του VTI1A και TCF7L2, το οποίο βρέθηκε σε 3 από 97 παχέος καρκίνοι [13]. Ο καρκίνος Γονιδιώματος Atlas Δικτύου πραγματοποιήθηκε πρόσφατα αλληλουχίας exome σύλληψη του DNA του παχέος εντέρου και εντοπίζονται συχνά μεταλλαγμένα γονίδια, συμπεριλαμβανομένων APC, TP53, KRAS, PIK3CA, FBXW7, Smad4, TCF7L2, ΕΡΑ, ARID1A, SOX9 και γονίδια FAM123B (WTX) [14].

Επιπλέον, αντί να συλλάβει το σύνολο exome, στοχευμένη σύλληψη των επιλεγμένων γονιδίων ενδιαφέροντος θα μειώσει το κόστος και ενδεχομένως να κινηθούν NGS στην κλινική πρακτική. Για παράδειγμα, Pritchard

et al.

Αναπτύχθηκε Coloseq, στο οποίο επιλεγμένες περιοχές των 1.1 Mb του DNA, συμπεριλαμβανομένων 209 kb σε

MLH1

,

MSH2

,

MSH6

,

PMS2

,

EpCAM

,

APC

, και

MUTYH

έγιναν στόχος, συλλαμβάνονται και υποβάλλονται σε NGS [15]. Οι συγγραφείς ήταν σε θέση να προσδιορίσει 28/28 (100%) των παθογόνων μεταλλάξεων στο MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EpCAM, APC, και MUTYH [15].

Δεν ήταν ενδιαφέρονται για την στοχευμένη σύλληψη περιοχές του γονιδιώματος συμπεριλαμβανομένων των προαγωγών και ιντρονικές περιοχές των γονιδίων που σχετίζονται με ένα μονοπάτι ή ένα δίκτυο γονιδίων με ορισμένα χαρακτηριστικά για την κατανόηση της βιολογίας του καρκίνου. Υπάρχουν αρκετά πλεονεκτήματα στην προσέγγιση αυτή: 1) τα γονίδια μπορούν να επιλεγούν με βάση τη βιολογία ή μια υπόθεση? 2) μεταλλάξεις στο υποκινητή και ιντρονικές περιοχές, οι οποίες έχουν πρόσφατα προταθεί για να έχουν σημαντικό ρυθμιστικό ρόλο, μπορεί να διερευνηθεί? και 3) η τεχνική είναι λιγότερο ακριβό από ολόκληρο το γονιδίωμα ή αλληλούχιση ολόκληρο exome. Ως εκ τούτου, σχεδιάσαμε έθιμο υψηλής πυκνότητας μικροδιατάξεις ολιγονουκλεοτιδίων (NimbleGen Inc.) για να συλλάβει ένα σύνολο περίπου 1,7 Mb στόχο περιοχές που περιλαμβάνουν τις περιοχές του γονιδιώματος του 28 γονίδια που σχετίζονται με καρκίνο του παχέος εντέρου, συμπεριλαμβανομένης της εξονικές, ιντρονικές, 10 kb ανάντη και 5 kb επόμενων ακολουθιών ακολουθούμενη από ανάλυση με τη χρήση της Illumina Genome Analyzer. Τα επιλεγμένα γονίδια περιλαμβάνουν εκείνα που ανήκουν στην WNT οδό σηματοδότησης, καθώς και σημαντικούς παράγοντες μεταγραφής ή του παχέος εντέρου-ειδικά γονίδια που είναι πάνω από εκφράζονται σε CRC.

Αποτελέσματα

Targeted Re-αλληλουχίας των γονιδιωματικών περιοχών συμπεριλαμβανομένων υποψήφιοι του Key WNT Pathway και άλλες CRC που σχετίζονται με γονίδια

Καθώς η WNT μονοπάτι σηματοδότησης είναι ένα κρίσιμο μονοπάτι που εμπλέκονται στην CRC [16], επιλέξαμε δύο WNT γονίδια οδού (http: //www.genome. jp /kegg /μονοπάτι /HSA /hsa04310.html) για να ξεκινήσει την έρευνά μας. Επιπλέον, επιλέξαμε 22 σημαντική (GO δραστηριότητα ρυθμιστή μεταγραφής: 0030528) μεταγραφή παράγοντες και τέσσερα γονίδια του παχέος εντέρου ειδικά ή εμπλουτισμένο [17] που υπερεκφράζεται στον καρκίνο βασίζεται σε δεδομένα που δημιουργούνται στο εργαστήριο, καθώς και διαθέσιμα στοιχεία στο δημόσιο τομέα (π.χ. GSE8671, GSE15960, GSE24551, GSE41258 από τη βάση δεδομένων GEO). Ο τελικός κατάλογος των επιλεγμένων 28 γονίδια που φαίνεται στον Πίνακα 1 με σχολιασμούς.

Η

Για να μειώσετε τα έξοδα, πρέπει πρώτα αλληλουχία μια ομάδα 30 ιστών CRC (η πισίνα CRC) και μια πισίνα 30 παρακείμενο φυσιολογικό ιστούς (η πισίνα CRN) και στη συνέχεια επικυρώνονται τα SNPs ταυτοποιούνται με τη χρήση PCR ή τεχνολογίες Sequenom του. Δημιουργήσαμε μια σειρά έθιμο ολιγο χρησιμοποιώντας την τεχνολογία NimbleGen να συλλάβει τις αλληλουχίες στόχους. Το συνολικό μήκος των γονιδιωματικών περιοχών στόχου σχεδιαστεί ήταν 1,7 ΜΒΡ. Τα συλληφθέντα DNAs υπεβλήθησαν σε προσδιορισμό αλληλουχίας με τη χρήση της Illumina Genome Analyzer. Μετά την αφαίρεση διπλότυπα PCR από τις πρώτες αλληλουχίες, η μέση κάλυψη κυμάνθηκε από 32x έως 45x, και η κάλυψη από το μήκος αλληλουχίας για τις στοχευόμενες περιοχές του κάθε γονιδίου κυμαίνονταν από 83,5 έως 100%. Η κάλυψη για τις διάφορες περιοχές των γονιδίων στόχων διέφεραν, η οποία μπορεί να οφείλεται στην ιδιότητα των NimbleGen τεχνολογία δέσμευσης ακολουθία, την πολυπλοκότητα ακολουθία ή άλλα μη χαρακτηρισμένα παράγοντες. Τα δεδομένα των πρώτων αλληλουχίας κατατέθηκε στην ακολουθία NCBI διαβάσετε το αρχείο (SRA) με τον αριθμό πρόσβασης SRX277359.

Εμείς πίνακα των καλύψεων και των 28 γονιδίων με τη σύγκριση με τις περιοχές που καλύπτονται από τις σχεδιασμένο ανιχνευτές ή με τις συνολικές στοχευμένες περιοχές, συμπεριλαμβανομένης της υποκινητές και 3 ‘άπω περιοχές (Πίνακας 1) για τον υπολογισμό της αποτελεσματικότητας σύλληψη της προσέγγισης NimbleGen. Μετράται από την στοχευμένη περιοχές, οι μέσες καλύψεις ήταν 98,1 και 99,5% για το CRC και τους ιστούς CRN αντίστοιχα, και που κυμαίνονται από 83,5 έως 100% (Πίνακας 1). Κατά το σχεδιασμό ανιχνευτή NinbleGen, οι ανιχνευτές δεν έχουν σχεδιαστεί ως επικαλυπτόμενα ολιγονουκλεοτίδια για να καλύψει τις πλήρεις περιοχές, αλλά μάλλον ως ανιχνευτές που απέχουν μεταξύ των περιοχών στόχων με συγκεκριμένα χαρακτηριστικά βελτιστοποιηθεί για σύλληψη DNA. Η κάλυψη που υπολογίζεται από τις περιοχές που καλύπτονται από τις σχεδιασμένες ανιχνευτές όλα υπερβαίνει το 100% (Πίνακας 1), γεγονός που υποδηλώνει ότι οι ανιχνευτές σύλληψης συλλαμβάνονται γειτονικές αλληλουχίες εκτός από συμπληρωματικές αλληλουχίες τους, η οποία είχε ως αποτέλεσμα ότι οι αναλυθείσες περιοχές πράγματι επεκτείνεται πέραν των περιοχών που καλύπτονται από τους ανιχνευτές.

το περιεχόμενο GC υπολογίστηκε για κάθε θέση των ακολουθιών αναφορά επικεντρώνεται σε μια 81-bp παράθυρο, προκειμένου να διερευνηθεί κατά πόσο οι καλύψεις επλήγησαν από το περιεχόμενο GC των συλληφθέντων περιοχές. Η κάλυψη για κάθε θέση μετρήθηκε μετά την αφαίρεση διπλές σειρές. Επαρκή κάλυψη των & gt? 40Χ επιτεύχθηκε στις περιφέρειες με περιεχόμενο GC μεταξύ περίπου 15-75% (Σχήμα 1Α, 1Β). Εμείς επόμενο μελετηθεί κατά πόσο η διαφορά στην κάλυψη επηρέασε την συχνότητα ανίχνευση παραλλαγών ακολουθίας. Εμείς υπολογίζεται η συσχέτιση Spearman για το SNP μετράνε και η αντίστοιχη κάλυψη με χρήση R (www.r-project.org). Εδώ, η κάλυψη ήταν υπολογίζονται μετά την αφαίρεση διπλότυπων ακολουθία. Οι συντελεστές συσχέτισης ήταν -0,51 και -0,38 για τα δείγματα CRC και CRN, αντίστοιχα, υποδεικνύοντας μικρή συσχέτιση μεταξύ ανίχνευσης SNP και διαβάστε κάλυψη. Εμείς επιπλέον υπολογιστική αν το ποσοστό SNP αντιπροσώπευαν το σύνολο των SNPs με διαφορετικές καλύψεις (Σχήμα 1C). Βρήκαμε ότι η συχνότητα ανίχνευσης παρέμεινε στα ίδια επίπεδα, όταν η κάλυψη ακολουθία αυξήθηκε από 40Χ έως 60Χ για τους ιστούς CRC. Ωστόσο, βρήκαμε ότι η συχνότητα ανίχνευσης στους φυσιολογικούς ιστούς πισίνες αυξάνεται όταν η κάλυψη αλληλουχία έφθασε περίπου 55X να 65X (Σχήμα 1 C). Αυτές οι διαφορές θα μπορούσαν να υποδηλώνουν μια υψηλότερη ετερογένεια μεταξύ λίμνης κανονικού ιστού από την πισίνα ιστό CRC, η οποία μπορεί να εξηγηθεί με παρόμοια βιολογία του όγκου ή μετάλλαξη προφίλ μεταξύ των ιστών CRC. Η συχνότητα ανίχνευσης έπεσε όταν η κάλυψη ακολουθία ήταν μεγαλύτερη από ό, τι 65X, πιθανόν να οφείλεται σε ψευδείς υψηλή κάλυψη δημιουργούνται για τις επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες για τις περιοχές αυτές.

(Α) Το περιεχόμενο GC και κάλυψη σε CRC (καρκίνο του παχέος εντέρου) ιστού. (Β) Το περιεχόμενο GC και κάλυψη σε CRN (ορθοκολικό φυσιολογικού ιστού) ιστού. (Γ) Η σχέση μεταξύ της κάλυψης ακολουθία και την ανίχνευση SNP. Κόκκινη γραμμή δείχνει την κάλυψη ακολουθία και το ποσοστό των SNPs που ανιχνεύεται εκείνη κάλυψη σε CRC πισίνα και πράσινη γραμμή στο CRN πισίνα (D) Venn διάγραμμα των SNPs για δείγματα CRC και CRN. (Ε) Μια επισκόπηση των SNPs εντοπίστηκαν στον καρκίνο και γειτονικό φυσιολογικό ιστό.

Η

Μετά την ανάλυση των δεδομένων, εντοπίσαμε συνολικά 2342 παραλλαγές ακολουθίας στο CRC και των αντίστοιχων παρακείμενων φυσιολογικών ιστών. Μεταξύ αυτών, 738 ήταν νέες παραλλαγές ακολουθίας βασίζονται σε συγκρίσεις με την τρέχουσα βάση δεδομένων SNP (dbSNP135? Πίνακας S1). 1226 παραλλαγές ήταν κοινά με το CRC και φυσιολογικούς ιστούς παχέος εντέρου, ενώ 374 και 742 παραλλαγές ήταν μοναδικά για κάθε τύπο ιστού, αντίστοιχα (Σχήμα 1 D).

Για τις δύο ομαδοποιημένα δείγματα, η συχνότητα των ρυθμός μετάλλαξης κυμαινόταν από 0.354 έως 4.942 ανά kilobase για διαφορετικά γονίδια. Οι περισσότερες μεταβολές σημειώθηκαν στις ιντρονικές περιοχές, με μόνο το 5% των μεταβολών που συμβαίνουν στις εξονικό περιοχές.

Έχουμε επιλέξει τυχαία οκτώ SNPs για την επικύρωση που καλύπτουν τις παραλλαγές που βρέθηκαν στην ιντρονική και εξονική περιοχές. Για την επικύρωση, χρησιμοποιήσαμε αλληλόμορφο-ειδική PCR (AS-PCR) για γονοτυπικές πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου [18], [19]. Κάθε SNP αναλύθηκε ξεχωριστά με ένα γονίδιο ειδικό ζεύγος εκκινητή σε ένα ξεχωριστό κοόρτη 22 δείγματα CRC και 24 CRC παρακείμενων φυσιολογικών ιστών από τους αντίστοιχους ασθενείς και τέσσερις υγιείς δότες (Πίνακας S5). Βρήκαμε ότι τα δεδομένα για τέσσερα από τα SNPs ήταν συνεπή μεταξύ των δεδομένων αλληλουχίας και την επικύρωση PCR. Για παράδειγμα, οι SNPs για την MSX2 και KAT5 ανιχνεύθηκαν 100% από την προσέγγιση προσδιορισμού αλληλουχίας βάσης και με την επικύρωση PCR. Για rs80186078 στο γονίδιο TFDP1, ανιχνεύσαμε μόνο το SNP στους ιστούς CRC με προσδιορισμό της αλληλουχίας και την επικύρωση ότι και στις δύο ιστούς CRC και CRN, αλλά όχι σε υγιείς δότες από την επικύρωση AS-PCR. Ωστόσο, παρατηρήσαμε επίσης μια ασυνέπεια μεταξύ της αλληλουχίας των συγκεντρωμένων δειγμάτων και την PCR επικύρωση των μεμονωμένων δειγμάτων. Για παράδειγμα, rs11186694 και rs17107140 ανιχνεύθηκαν στα δύο δείγματα CRC και CRN με αλληλούχιση, αλλά δεν μπορούσε να ανιχνευθεί με AS-PCR σε μεμονωμένα δείγματα. Το αποτέλεσμα αυτό υποδηλώνει μια ψεύτικη θετική ταυτοποίηση των SNPs ή αποτυχία της AS-PCR. Εμείς δεν προσπάθησε να σχεδιάσουν επιπλέον εκκινητές PCR για AS-PCR, όπως διαπιστώσαμε ότι AS-PCR ήταν επαχθής και δεν είχαν την ευαισθησία [20]. Επιπλέον, μερικά από τα SNPs (π.χ., chr11:65481267_TG) ανιχνεύθηκαν σε ένα συγχωνευμένο δείγμα αλλά βρέθηκαν τόσο CRC και φυσιολογικούς ιστούς όταν αναλύθηκαν με PCR επικύρωση των μεμονωμένων δειγμάτων. Αυτό το αποτέλεσμα υποδηλώνει ένα ψευδώς αρνητικό προσδιορισμό των SNPs σε ένα από τα συγκεντρωμένα δείγματα. Ωστόσο, μπορεί να μην είναι έκπληξη, επειδή αν η συχνότητα αλληλόμορφο του SNPs είναι χαμηλή σε μία από τις συγκεντρωμένων δειγμάτων, θα μπορούσε να χαθεί με αλληλούχιση συγκεντρωμένων δειγμάτων.

Λόγω της χαμηλής απόδοσης και της ευαισθησίας των επικύρωσης SNP με PCR, αποφασίσαμε να χρησιμοποιήσουμε το Sequenom MassARRAY iPlex πλατφόρμας για τις μελέτες επικύρωσης. Επιλέξαμε 66 SNPs για επικύρωση σε μια ξεχωριστή ομάδα 30 ιστών CRC επειδή το DNA που χρησιμοποιείται για αλληλούχιση είχε εξαντληθεί. Στο τέλος, ήμασταν σε θέση να επιβεβαιώσει την ύπαρξη των 56 SNPs στα 30 ιστούς CRC (Πίνακας S6), γεγονός που υποδηλώνει ένα ποσοστό επικύρωσης από τουλάχιστον 85% (56/66), θεωρώντας ότι ορισμένες από τις αποτυχίες ανίχνευσης μπορεί να οφείλεται σε διαφορές στον πληθυσμό του δείγματος.

Λειτουργική Συνέπεια των προσδιορισμένων παραλλαγές Ακολουθία

Βρήκαμε 15 SNPs που θα άλλαζε πρωτεϊνικών αλληλουχιών μεταξύ των εξονικό διακυμάνσεις της CRC και φυσιολογικούς ιστούς παχέος εντέρου, συμπεριλαμβανομένων 14 νοηματικές μεταλλάξεις και 1 ανοησία μετάλλαξη (Σχήμα 1 Ε και Πίνακας 2). Αυτές οι μεταλλάξεις εσφαλμένου νοήματος μπορεί να επηρεάσει την λειτουργία της μεταλλαγμένης πρωτεΐνης προϊόντα. Το μυθιστόρημα SNP chr13:114288328_CT εντοπίζονται μόνο σε ιστούς CRC θα οδηγήσει σε κωδικόνιο λήξης, η οποία θα μπορούσε να προκαλέσει την πρόωρη λήξη της μετάφρασης των TFDP1 (NP_009042, Q200 *) και την απώλεια του τομέα Transc_factor_DP_C στην κομμένη πρωτεΐνη TFDP1. Το αποτέλεσμα αυτής της κόλουρου TFDP1 για CRC καρκινογένεση μένει να διερευνηθεί.

Η

Τέσσερις από τις μεταλλάξεις απέτυχε να επικυρωθεί από Sequenom του MassARRAY iPlex (Πίνακας S6) και ως εκ τούτου αποκλείονται από περαιτέρω ανάλυση. Τέσσερα από τα υπόλοιπα παραλλαγών αλληλουχίας 11 εσφαλμένου νοήματος που προσδιορίζονται στο CRC και φυσιολογικών ιστών κόλου ήταν νέα μεταλλάξεις. Η PolyPhen online εργαλεία, κοσκινίστε και PROVEAN χρησιμοποιήθηκαν για να προβλέψει τις λειτουργικές συνέπειες (Πίνακας 2). Και τα τρία προγράμματα προέβλεψε ότι οι νέες μεταλλάξεις για MSX2 (A197T) επηρεάζει τις λειτουργικές περιοχές της πρωτεΐνης και μπορεί να έχει λειτουργικές συνέπειες. Η NEXN (G245R) διακύμανση ήταν προβλέπεται να έχει λειτουργικές συνέπειες από την SIFT και προγράμματα PolyPhen (Πίνακας 2). PolyPhen προέβλεψε μια άλλη μετάλλαξη στο γονίδιο NR3C1 να είναι πιθανή επιζήμια (Πίνακας 2). Εκτιμήσαμε επίσης αν αυτές οι μεταλλάξεις 11 έχουν προηγουμένως αναφερθεί για CRC. Δέκα από αυτά δεν έχουν προηγουμένως αναφερθεί ότι συνδέεται με CRC και ως εκ τούτου προσδιορίστηκαν για πρώτη φορά (Πίνακας 2). Ένας από αυτούς, rs459552 στο γονίδιο APC έχει αναφερθεί να προσδώσει μια προστατευτική επίδραση για CRC με μια αναλογία πιθανοτήτων 0,76 (CI = 0,60 – 0,97) μεταξύ των CRC ασθενείς [21].

Υπήρχαν 29 συνώνυμο SNPs ανιχνεύθηκαν στην κωδικεύουσα περιοχή στα δείγματα CRC και CRN και 73 SNPs στο 5 ‘ή 3’ περιοχές UTR. FastSNP χρησιμοποιήθηκε για να προβλέψει τις ρυθμιστικούς ρόλους αυτών των SNPs συμπεριλαμβανομένων εξονικές ενισχυτή splicing (ESE), εξονικές σιγαστήρας splicing (ESS), αλλαγές μοτίβο για συνώνυμος SNPs (Πίνακας 3), και TF θέσεις σύνδεσης αλλαγές για UTR SNPs (Πίνακας 4). Ο ανιχνευτής ESE μπορεί να προσδιορίσει ESES αναγνωρίζεται από μεμονωμένες πρωτεΐνες SR που είναι πολύ συντηρημένες παράγοντες ματίσματος και ΔΙΑΣΩΣΗΣ-ESE να αναζητήσετε ακολουθίες με ESE δραστηριότητα. Σε αντίθεση, FAS-ΕΣΑ μπορεί να προσδιορίσει ΕΣΣ. Τα πρόβλεψη αποτελεσμάτων από τις τρεις υπολογιστικών εργαλείων ενώθηκαν για να επιβεβαιώσει εάν η ενιαία παραλλαγή νουκλεοτιδίου θα αλλάξει το μοτίβο μάτισμα. Ο παράγοντας μεταγραφής θέσεις που συνδέονται με τις SNPs δεσμευτικός στόχος ταυτοποιήθηκαν με TFSEARCH χρησιμοποιώντας FastSNP. Ένα σύνολο 21 συνώνυμος SNPs είχαν προβλεφθεί να αλλάξει το εξωνίου μοτίβα ματίσματος, και 31 UTR SNPs είχαν προβλεφθεί να συμβεί κατά τη παράγοντα μεταγραφής θέσεις πρόσδεσης και επομένως θα μπορούσαν να επηρεάσουν τη μεταγραφή γονιδίων. Η νέα SNP chr2:219524460_CA (5’UTR της BCSIL) βρέθηκε επίσης σε συντηρημένες θέσεις πρόσδεσης μεταγραφικών (Πίνακας S2).

Η

Για να κατανοήσουμε τις λειτουργικές συνέπειες των εσωνίων SNPs, το online εργαλείο SNPnexus χρησιμοποιήθηκε για να σχολιάσετε την SNPs. Οι αποστάσεις στις θέσεις ματίσματος υπολογίστηκαν από SNPnexus. Υπήρχαν 20 ιντρονική SNPs που βρίσκεται κοντά στις θέσεις ματίσματος με μία απόσταση μικρότερη από 30 bp, και μόνο ένας ήταν νέα. Οι μεταλλάξεις σε αυτές τις περιοχές μπορεί να επηρεάσει το μάτισμα και μεταγραφή. C6orf1, ETV4, KAT5 και VAV1 καθένα είχε δύο παραλλαγές που βρίσκεται κοντά θέσεις ματίσματος, και TNKS2 είχε 3 παραλλαγές που βρίσκεται κοντά θέσεις ματίσματος (Πίνακας 5). Οι rs2271959 SNP (chr17:41622740_GT, ETV4) ήταν 5 bp μακριά από τη θέση ματίσματος και ανιχνεύθηκε μόνο σε CRN ιστούς με υψηλή εμπιστοσύνη. Υπήρχαν 43 εσωνίων, ανάντη ή διαγονιδιακές SNPs σε θέσεις δέσμευσης συντηρημένο μεταγραφικού παράγοντα (Πίνακας S2) και 32 νησίδες CpG (Πίνακας S3).

Η

Οι δημόσιες τσιπ επόμενα σύνολα δεδομένων, ιδιαίτερα το έργο ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ, παρέχουν ϋΝΑάση θέσεις υπερευαισθησίας σε διάφορες κυτταρικές σειρές δεσμευτικός συντριπτική TF ή. Εδώ, χρησιμοποιήσαμε RegulomeDB να σχολιάσετε τα SNPs με ρυθμιστικές περιοχές. Κάθε SNP δόθηκε μια βαθμολογία που εκπροσωπούνται διαφορετικές ρυθμιστικές περιοχές από RegulomeDB (Πίνακας S1, Πίνακας 6). Η προαναφερθείσα, πιθανόν καταστροφικές, rs1166698 εσφαλμένου νοήματος SNP (NEXN, επικύρωση από Sequenom) έλαβε βαθμολογία 1β, που ήταν η υψηλότερη σε αυτή τη μελέτη, που δείχνει ότι το SNP είχε εμπλακεί σε πολλές σημαντικές ρυθμιστικές περιοχές. Μια άλλη SNP 1b ήταν rs1860661, που βρίσκεται στο ιντρόνιο του TCF3 και δεν δοκιμάζονται από Sequenom. Μεταξύ του 2342 SNPs, 1062 βρίσκονταν σε περιοχές σύνδεσης TF ορίζεται από τσιπ επόμενα τεχνολογία.

Η

Ανάλυση των Ενώσεων μεταξύ SNPs και τη συνολική επιβίωση Ώρα

Εμείς επιλέξαμε εννέα SNPs (Πίνακας 7 ) που επικυρώθηκαν από την τεχνολογία Sequenom MassARRAY iPlex και με αλληλόμορφο heterozygosities μεγαλύτερη από 0,4 για την ανάλυση της σχέσης μεταξύ SNPs και CRC επιβίωση των ασθενών. Συλλέξαμε δείγματα από ένα σύνολο 117 ασθενών με λεπτομερείς κλινικές πληροφορίες για την ανάλυση αυτή με τη χρήση της τεχνολογίας Sequenom MassARRAY Iplex. Η κατανομή των δημογραφικών και κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά των 117 ασθενών συνοψίζονται στον Πίνακα 8, και τα δεδομένα γονότυπο συνοψίζονται στον Πίνακα S7.

Η

Πρέπει πρώτα αναλυθεί ο Hardy-Weinberg ισορροπία κάθε SNP και διαπίστωσε ότι μόνο rs1053023 SNP παρέκκλινε από την ισορροπία Hardy-Weinberg (Πίνακας 9, σ & lt? 0,05)? οι τιμές Ρ για άλλα SNPs κυμαίνονταν από 0,3265 έως 1. Η επίδραση των εννέα SNPs στο συνολικό χρόνο επιβίωσης αξιολογήθηκε σε 117 ασθενείς CRC χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Kaplan-Meier και σχεδιάστηκαν χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα στατιστικής ανάλυσης Stata 12 (www.stata.com) . Βρήκαμε ότι δύο SNPs (rs3106189 και rs1052918) συσχετίστηκαν με τη συνολική επιβίωση των ασθενών CRC (Σχήμα 2) χρησιμοποιώντας το κυρίαρχο μοντέλο με αναλογίες κινδύνου 0,25 (P = 0.009) και 0,28 (Ρ = 0,024), αντιστοίχως. Οι rs3106189 SNP επίσης σημαντική συσχέτιση με την επιβίωση των ασθενών CRC με το μοντέλο προσθέτου (αναλογία κινδύνου = 0.33, Ρ = 0.021? Πίνακας 7). Οι rs3106189 SNP εντοπίζεται στο 5 ‘UTR του TAPBP, καθώς και οι rs1052918 SNP εντοπίζεται στο 3’ UTR του TCF3. Για τους rs3106189 SNP, οι αριθμοί των ασθενών με ετερόζυγο και τα ομόζυγα παραλλαγές ήταν 42 και 7 αντίστοιχα. Για τους rs1052918 SNP, οι αριθμοί των ασθενών με ετερόζυγο και τα ομόζυγα παραλλαγές ήταν 47 και 22 αντίστοιχα. Οι ασθενείς που φέρουν μία από τις δύο παραλλαγές φαίνεται να έχουν υψηλότερες πιθανότητες να επιβιώσει πλέον.

(Α) κατά Kaplan-Meier οικόπεδο για rs3106189 εντοπίζεται στο 5 ‘UTR του TAPBP. (Β) Kaplan-Meier για οικόπεδο rs1052918 εντοπίζεται στο 3 ‘UTR του TCF3. Υ-άξονα, CRC πιθανότητα επιβίωσης? Χ-άξονας, μήνα από τη χειρουργική επέμβαση. Μπλε γραμμές είναι ομόζυγο άγριου τύπου (wild), το πράσινο είναι ομόζυγο παραλλαγή (var), το κόκκινο είναι ετερόζυγη παραλλαγή (het).

Η

Συζήτηση

Σε αυτό το χειρόγραφο, περιγράφουμε αγωγού ανάλυσή μας, που αποτελείται από (1) αρχικά αλληλούχιση δείγματα συγκεντρώνονται DNA, ακολουθούμενη από την επικύρωση και την περαιτέρω ανάλυση σε μεγαλύτερες ομάδες των δειγμάτων για τη μείωση του κόστους και (2) μια υπόθεση με γνώμονα στοχευμένη σύλληψη και ανάλυση των SNPs και τις ενώσεις τους με τους φαινοτύπους καρκίνου. Η συγκέντρωση γονιδιωματικά DNAs για αλληλούχιση έχει το πλεονέκτημα της μείωσης παρασκευής του δείγματος και προσδιορισμός της αλληλουχίας του κόστους. Για παράδειγμα, συλλαμβάνοντας 30 μεμονωμένα δείγματα θα απαιτούσε τη χρήση 30 συστοιχίες σύλληψης για την εκτέλεση υβριδισμού και δείγμα ανακτήσεις, η οποία είναι επίπονη και μπορεί δυνητικά να εισαγάγει δείγμα προς δείγμα διακυμάνσεις κατά το στάδιο της προετοιμασίας του δείγματος. Αλληλούχιση 30 μεμονωμένα δείγματα θα ήταν επίσης πολύ πιο δαπανηρή από την αλληλουχία μία πισίνα. Αν και είναι δυνατή η χρήση barcoding και πολυπλεξίας αντιδράσεις και προσδιορισμού αλληλουχίας για να επιτευχθεί παρόμοια κάλυψη αλληλουχία σε παρόμοιο κόστος για τη συγκέντρωση των δειγμάτων, η πολυπλοκότητα προετοιμασία του δείγματος θα είναι σημαντικά υψηλότερο. Σε μια πρόσφατη ανάλυση GWAS του διαβήτη τύπου 1 (T1D) που δημοσιεύτηκε στο περιοδικό Science, Nejentsev

et al.

Ξανά αλληλουχία εξόνια και θέσεις ματίσματος των 10 υποψηφίων γονιδίων σε πισίνες DNA από 480 ασθενείς και 480 ελέγχους για τον εντοπισμό αιτιολογικός τύπου 1 διαβήτης (T1D) παραλλαγές και μετά ελέγχθηκαν συνδέσμου ασθένεια τους σε πάνω από 30.000 συμμετέχοντες [22]. Οι συγγραφείς ήταν σε θέση να προσδιορίσει τέσσερις σπάνιες παραλλαγές που μείωσε ανεξάρτητα κίνδυνο T1D [αναλογίες πιθανοτήτων, 0,51 – 0,74? P = 1.3 × 10 (-3) έως 2,1 × 10 (-16)] σε ιντερφερόνη που προκαλείται με τον τομέα ελικάσης C 1 (IFIH1) [22].

Ένα άλλο ιδιαίτερο χαρακτηριστικό του αγωγού ανάλυσή μας είναι ότι εμείς αλληλουχία οι περιοχές του γονιδιώματος που περιελάμβανε εξονικές και ιντρονικές περιοχές, δηλαδή, τον προωθητή 10 kb και τα 5-kb κατάντη γονιδιωματικές περιοχές των επιλεγμένων γονιδίων. Η μέθοδος αυτή ήταν σε αντίθεση με τις περισσότερες μελέτες που μόλις ανέλυσε τους εξονικούς ακολουθίες (σύλληψη exome) [23], [24]. Είναι σημαντικό να περιλαμβάνουν τις περιοχές υποκινητή στην ανάλυση, όπως έχουν SNPs στις περιοχές προαγωγού έχουν συσχετιστεί με ογκογένεση. Για παράδειγμα, ο δεσμός

et al.

Έδειξε ότι ένα μόνο νουκλεοτίδιο πολυμορφισμός στον υποκινητή MDM2 θα μπορούσε να εξασθενήσει την ρ53 ογκοκατασταλτικό μονοπάτι και να επιταχύνει το σχηματισμό όγκων σε ανθρώπους [25]. Passarelli

et al.

Έδειξε ότι SNPs σε βήτα υποδοχέα οιστρογόνου προαγωγό σχετίζονται με την επιβίωση των μετεμμηνοπαυσιακών γυναικών με CRC [26]. Οι πολυμορφισμοί στις περιοχές UTR των γονιδίων έχουν επίσης βρεθεί ότι σχετίζεται με τον καρκίνο. Για παράδειγμα, Zhang

et al.

Διαπιστώθηκε ότι ένας πολυμορφισμός στην περιοχή 3’UTR του αυξητικού παράγοντα που μοιάζει με ινσουλίνη Ι (IGF1) γονίδιο προβλέπει επιβίωση του μη μικροκυτταρικού καρκίνου του πνεύμονα σε ένα κινεζικό πληθυσμό [27] . . Hao

κ.ά.

βρεθεί ότι ένα SNP (rs3213245, -77T & gt? C) στο γονίδιο ΧΚΧΧ1 5 ‘UTR συμβάλλει στην δραστηριότητα μειωμένη προαγωγού και αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα μη-μικρού κυττάρου [28]. Έχουμε εντοπίσει και επικυρωθεί χρησιμοποιώντας πλατφόρμα Sequenom για αρκετές SNPs που εντοπίζεται στο 5 ‘ή 3’ UTR των γονιδίων (Πίνακας S6). Για παράδειγμα, rs3106189 του TAPBP και rs8041394 του GTF2A2 εντοπίζεται στο 5 ‘UTRs, και rs1051425 του ETS2 και rs1052918 του TCF3 εντοπίζεται στο 3’UTRs (Πίνακας S6). Η λειτουργική σημασία αυτών των SNPs μένει να καθοριστεί.

Έχουμε επιλέξει γονίδια που σχετίζονται με μονοπάτι Wnt, όπως ο καρκίνος Γονιδιώματος Atlas Network βρεθεί μεταλλάξεις σε 16 διαφορετικά γονίδια στα μονοπάτια WNT συμπεριλαμβανομένης της APC, CTNNB1, FAM123B και TCF7L2 [14]. Έχουμε επεκταθεί η ανάλυση των WNT γονίδια οδού σε περιοχές πέρα ​​από το exome ανέλυσε ο καρκίνος Γονιδιώματος Atlas Network, και η προσέγγισή μας έχει τη δυνατότητα να εντοπίσει αυτές τις μεταλλάξεις που ρυθμίζουν την έκφραση του γονιδίου ή μάτισμα σε επιπλέον με την αναγνώριση των εν λόγω δομικά βλαβερές μεταλλάξεις στα εξώνια .

Εντοπίσαμε ένα σύνολο 2342 παραλλαγές αλληλουχίας σε CRC και των αντίστοιχων παρακείμενων φυσιολογικών ιστών. Μεταξύ αυτών, 738 ήταν νέες παραλλαγές ακολουθίας με βάση τη σύγκριση με την τρέχουσα βάση δεδομένων SNP (dbSNP135? Πίνακας S1). Επιλέξαμε 66 SNPs για επικύρωση σε μια ξεχωριστή ομάδα 30 ιστών CRC. Είχαμε τη δυνατότητα να επιβεβαιώσει την ύπαρξη 56 SNPs στα 30 ιστούς CRC (Πίνακας S6), υποδηλώνοντας ένα ποσοστό επικύρωσης τουλάχιστον 85% (56/66), θεωρώντας ότι ορισμένες από τις αποτυχίες ανίχνευσης μπορεί να οφείλεται σε διαφορές στον πληθυσμό δείγμα . Αυτό το ποσοστό επικύρωσης είναι σύμφωνη με την αναγραφόμενη τιμή επικύρωση του 85,4% για NGS χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα Illumina [29]. Επιπλέον, έχει αναφερθεί ότι διάφορες πλατφόρμες επικύρωση, συμπεριλαμβανομένων αλληλούχισης Sanger, Pyrosequencing, Sequenom MassArray ή ανίχνευσης SNAPshot SNP δεν έχουν την ευαισθησία να επιβεβαιώσει παραλλαγές αλληλουχίας προσδιορίζονται από βαθιά αλληλούχιση σε όγκους, τα οποία μπορεί να έχουν μολυνθεί με DNA από κανονικούς ιστούς ή η οποία μπορεί περιέχουν πολλαπλούς κλώνους [30].

Εντοπίσαμε 14 παρανοηματικές εξονικές μεταλλάξεις στο CRC και φυσιολογικούς ιστούς κόλου (Πίνακας 2). Το SNP (G245R) στο γονίδιο NEXN (Nexilin? Δεσμευτική πρωτεΐνη F ακτίνη) προβλεπόταν να έχουν λειτουργικές συνέπειες. Οι ρόλοι του γονιδίου NEXN στον καρκίνο δεν έχουν ακόμη ερευνηθεί. Δύο νέα SNP στην υποοικογένεια πυρηνικών υποδοχέων 3, ομάδα Γ, μέλος 1 (NR3C1) και ακετυλοτρανσφεράση λυσίνη 5 γονίδια (KAT5) βρέθηκαν μόνο στους ιστούς CRC, αλλά όχι σε φυσιολογικούς ιστούς του παχέος εντέρου. KAT5 (που ονομάζονται επίσης ΤΙΡ60 ή HIV-1 Tat διαδραστική πρωτεΐνη) είναι ένα τρανσφεράσης ιστόνης ακετύλιο (ΗΑΤ), και αυτό παίζει σημαντικό ρόλο στη ρύθμιση της χρωματίνης αναδιαμόρφωση και στην επιδιόρθωση του DNA και την απόπτωση [31]. Σε παχέος εντέρου, KAT5 ρύθμιση προς τα κάτω συνδέεται με πιο προχωρημένα στάδια του καρκίνου του παχέος εντέρου [32]. NR3C1 (ψευδώνυμο, υποδοχέα γλυκοκορτικοειδών) βρέθηκε να απελευθερωθεί επιγενετικώς σε παχέος ογκογένεση [33]. Επιπλέον, υπερμεθυλίωση NR3C1 είναι ένα γονίδιο CRC με μικροδορυφόρων αστάθεια [34]. Αυτά τα νέα SNPs σε γονίδια KAT5 και NR3C1 εγγυάται επιβεβαίωση, και οι πρόσθετες λειτουργικές μελέτες που απαιτούνται για την αξιολόγηση των λειτουργικές συνέπειες των μεταλλάξεων και η σχέση τους με τον καρκίνο, όπως το αν ο SNPs θα μιμούνται τις επιγενετικών κανονισμούς αυτών των γονιδίων.

Εντοπίσαμε επίσης SNPs που μπορεί να επηρεάσουν το εξόνιο μάτισμα επειδή εντοπίζεται στην ESE (εξονικό ενισχυτή splicing) και ΕΣΣ (εξονική μάτισμα σιγαστήρα), οι οποίες είναι κρίσιμες στο εξόνιο μάτισμα. Για παράδειγμα, εντοπίσαμε SNPs στο μακρινό ανάντι στοιχείο (FUSE) δέσμευσης πρωτεΐνης 1 (FUBP1), ενεργοποιείται από πολλαπλασιαστή περοξυσώματος άλφα υποδοχέα (PPARγ και) και παράγοντα μεταγραφής DP-1 (TFDP1) που μπορεί να επηρεάσουν το εξόνιο ματίσματος για αυτά τα γονίδια, και αυτά SNPs βρέθηκαν μόνο στους ιστούς CRC (Πίνακας 3). . Zhang

et al

έδειξε ότι ένας SNP (-195 C & gt? Τ? DbSNP ID: rs1056932) που μεταβάλλει μια πιθανή θέση δέσμευσης για μια εξονικό ενισχυτή μάτισμα θα μπορούσαν να επηρεάσουν τον κίνδυνο μη Hodgkin λεμφώματος [35]. Οι λειτουργικές συνέπειες των SNPs που εντοπίζονται στις ακολουθίες ESE ή ES σε FUBP1, PPARγ και και TFDP1 γονίδια απαιτούν περαιτέρω διερεύνηση

διαπιστώσαμε ότι rs3106189, που εντοπίζεται στο 5 ‘UTR του TAP πρωτεΐνη δέσμευσης (tapasin?. TAPBP ), και rs1052918, που εντοπίζεται στο 3 ‘UTR του TCF3, συνδέθηκαν με τη συνολική επιβίωση των ασθενών CRC (Πίνακας 7 και σχήμα 2) με αναλογίες κινδύνου φθάνοντας 0,28 (P = 0.024) και 0,33 (Ρ = 0,021), αντιστοίχως. Αυτά τα δεδομένα υποδηλώνουν ότι αυτές οι δύο παραλλαγές προσδίδουν προστατευτική δράση για CRC ασθενείς. Είναι ενδιαφέρον ότι, μια άλλη παραλλαγή που έχουν επισημανθεί, η rs459552 στο γονίδιο APC, έχει αναφερθεί στο παρελθόν για να προσδώσει ένα προστατευτικό αποτέλεσμα για CRC με αναλογία πιθανοτήτων 0,76 (CI = 0,60 – 0,97) μεταξύ των ασθενών CRC [21]. Ωστόσο, εμείς δεν αναλύσουμε αυτό το SNP από την τεχνολογία Sequenom και ως εκ τούτου δεν θα μπορούσε να εκτιμηθεί κατά πόσον η διαπίστωση αυτή ισχύει επίσης στο σύνολο των δεδομένων μας.

TAPBP κωδικοποιεί μια διαμεμβρανική γλυκοπρωτεΐνη που μεσολαβεί την αλληλεπίδραση μεταξύ των πρόσφατα συναρμολογούνται μείζον σύμπλεγμα ιστοσυμβατότητας ( MHC) τάξης Ι και ο μεταφορέας που σχετίζονται με την επεξεργασία του αντιγόνου (TAP) [36]. Η ελαττωμένη έκφραση της TAPBP έχει παρατηρηθεί για πολλούς καρκίνους, συμπεριλαμβανομένων CRC, ως ανοσολογικός μηχανισμός διαφυγής των ανθρώπινων όγκων [37]. Η απώλεια της έκφρασης TAPBP έχει παρατηρηθεί στο 80% των υψηλού βαθμού ενδοεπιθηλιακή νεοπλασία (HIN) σε σύγκριση με αυτόλογα παχέος βλεννογόνο, στο 63% των πρωτογενών αδενοκαρκινώματα κατά το τρίτο στάδιο και το 79% των αντιστοιχισμένων μεταστάσεων λεμφαδένα [38]. Η ex νίνο εισαγωγή της έκφρασης TAPBP σε ένα μοντέλο καρκινώματος πνεύμονα ποντικού αυξημένη επιφάνεια MHC τάξης Ι και να αποκατασταθεί επιδεκτικότητα των καρκινικών κυττάρων στο αντιγόνο-ειδικά κυτταροτοξικά Τ λεμφοκύτταρα (CTL) θανάτωση [39]. Η rs3106189 SNP βρίσκεται μέσα σε ένα σήμα ιστονών H3K27Ac, ​​το οποίο βρίσκεται συχνά κοντά στο ενεργό ρυθμιστικά στοιχεία, και εντός H3K9Ac και H3K4me3 σήματα (UCSC πρόγραμμα περιήγησης γονιδίωμα? Σχήμα S1). Επιπλέον, rs3106189 εντοπίζεται μεταξύ θέσεων πρόσδεσης για αρκετούς παράγοντες μεταγραφής συμπεριλαμβανομένων παράγοντας ιντερφερόνης ρυθμιστικές μεταγραφής 1 (IRF-1), IRF-2 και IRF-7. Η ακριβής λειτουργική συνέπεια της παραλλαγής στον τόπο rs3106189 απαιτεί περαιτέρω μελέτη

παράγοντα μεταγραφής 3 (TCF3? E2A ενισχυτή ανοσοσφαιρίνης παράγοντες Ε12 /Ε47 δεσμευτική). Είναι μέλος της /LEF οικογένεια μεταγραφικού παράγοντα TCF που είναι κεντρική στη ρύθμιση επιδερμική και της ταυτότητας των εμβρυϊκών βλαστικών κυττάρων και εμπλέκεται στην οδό σηματοδότησης WNT [40]. Στον καρκίνο του μαστού, TCF3 εμπλέκεται στη ρύθμιση της κρατικής διαφοροποίησης κυττάρων καρκίνου του μαστού και ογκογενετικότητας [40]. Επιπλέον, η υπερέκφραση του TCF3 είναι εν μέρει υπεύθυνη για την βουτυρικό ανθεκτικό φαινότυπο του CRC επειδή TCF3 καταστέλλει την υπερ-επαγωγή των Wnt δραστηριότητας από βουτυρικό [41].