Αφηρημένο

Ιστορικό

κληρονομική παράγοντες προφανώς εμπλέκονται στον καρκίνο του προστάτη (PRCA) καρκινογένεση, αλλά προς το παρόν, γενετικοί δείκτες είναι δεν χρησιμοποιούνται συνήθως σε διαλογή ή διαγνωστικά της νόσου. Πιο ακριβείς πληροφορίες που απαιτούνται για τη λήψη αποφάσεων θεραπεία για τη διάκριση επιθετική περιπτώσεις από νωχελικός ασθένεια, για την οποία κληρονομικές παράγοντες θα μπορούσαν να είναι ένα χρήσιμο εργαλείο. Η γενετική σύσταση των PRCA έχει αρχίσει μόλις πρόσφατα να κατέρρευσε μέσα από μεγάλης κλίμακας μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος επίπεδο (GWAS). Τα μέχρι στιγμής εντοπιστεί ενός νουκλεοτιδίου πολυμορφισμοί (SNPs) εξηγούν, ωστόσο, μόνο ένα κλάσμα της οικογενειακής ομαδοποίησης. Επιπλέον, οι γνωστές SNPs κινδύνου που δεν σχετίζεται με την κλινική έκβαση της νόσου, όπως επιθετική ή μετάσταση της νόσου, και ως εκ τούτου δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να προβλέψει την πρόγνωση. Ο σχολιασμός των SNPs με βαθιά κλινικά δεδομένα μαζί με τα προφίλ έκφρασης των miRNAs μπορεί να βελτιώσει την κατανόηση των υποκείμενων μηχανισμών των διαφόρων φαινοτύπων του καρκίνου του προστάτη.

Αποτελέσματα

Στη μελέτη αυτή μελετήθηκαν microRNA (miRNA) προφίλ ως πιθανούς βιοδείκτες για να προβλέψει την έκβαση της νόσου. Οι συμμετέχοντες στη μελέτη ήταν από τη φινλανδική οικογένειες με καρκίνο του προστάτη υψηλού κινδύνου. Για τον εντοπισμό πιθανών βιοδεικτών συνδυάσαμε μια νέα, μη παραμετρικό τεστ με ένα μέτρο σημασία που παρέχονται από ένα ταξινομητή Τυχαία Δάσος. Ο συνδυασμός αυτός παρέδωσε ένα σύνολο εννέα miRNAs που ήταν σε θέση να διαχωρίσει τις περιπτώσεις από τους ελέγχους. Οι ανιχνεύεται προφίλ έκφρασης των miRNAs θα μπορούσε να προβλέψει την εξέλιξη των ετών ασθένειας πριν από την πραγματική διάγνωση PRCA ή να ανιχνεύσει την ύπαρξη άλλων καρκίνων στους μελετήθηκαν άτομα. Επιπλέον, χρησιμοποιώντας μια έκφραση γονιδίων ποσοτικών χαρακτήρων ανάλυση (eQTL), ρυθμιστικές SNPs για miRNA miR-483-3p που επίσης συνδέεται άμεσα με PRCA βρέθηκαν.

Συμπέρασμα

Με βάση τα ευρήματά μας, προτείνουμε ότι miRNA προφίλ έκφρασης με βάση το αίμα μπορούν να χρησιμοποιηθούν στη διάγνωση και ίσως ακόμη και πρόγνωση της νόσου. Στο μέλλον, miRNA προφίλ θα μπορούσε ενδεχομένως να χρησιμοποιηθεί σε στοχευμένη προβολή, μαζί με Ειδικές δοκιμές (PSA) του προστάτη Antigene, για τον εντοπισμό των ανδρών με αυξημένο κίνδυνο PRCA

Παράθεση:. Fischer D, Wahlfors Τ, Mattila Η, Oja Η, Tammela TLJ, Schleutker J (2015) miRNA προφίλ σε λεμφοβλαστοειδείς κυτταρικές σειρές των Οικογενειών φινλανδική καρκίνο του προστάτη. PLoS ONE 10 (5): e0127427. doi: 10.1371 /journal.pone.0127427

Ακαδημαϊκό Επιμέλεια: Xin Yuan-Γκουάν, το Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, την Κίνα

Ελήφθη: 19, Δεκεμβρίου, 2014? Αποδεκτές: 15 Απριλίου 2015? Δημοσιεύθηκε: May 28, 2015

Copyright: © 2015 Fischer et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι διαθέσιμα από EBI (ένταξη αριθμό E-mtab-3397)

Χρηματοδότηση:. η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε από το Ιατρικό Ταμείο Έρευνας του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Tampere (9L091, 9M094, και 9N069), η φινλανδική Καρκίνο Οργανώσεις, την Sigrid Juselius Ιδρύματος, και η Ακαδημία της Φινλανδίας (παρέχει 116437 και 251074) για JS. Το έργο αυτό υποστηρίζεται επίσης από τη φινλανδική Διδακτορικό Πρόγραμμα στη Stochastics και Στατιστικής για DF

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

προστάτη καρκίνος (PRCA) είναι η πιο κοινή κακοήθεια noncutaneous και η δεύτερη κύρια αιτία των θανάτων που σχετίζονται με τον καρκίνο μεταξύ των ανδρών στις βιομηχανικές χώρες [1]. Στη Φινλανδία, 4604 νέες προστάτη περιπτώσεις καρκίνου διαγνώστηκαν το 2012 (φινλανδικά Cancer Registry, https://www.cancer.fi/syoparekisteri/). Γήρανση και την εξέταση PSA μπορεί να είναι οι πιο προφανείς λόγους για την αύξηση του αριθμού των νέων περιπτώσεων. Η αυξανόμενη συχνότητα εμφάνισης δημιουργεί πίεση στο σύστημα υγειονομικής περίθαλψης, όπως η ανησυχία σχετικά με υπερθεραπεία είναι σημαντική. Ως εκ τούτου, μία από τις μεγαλύτερες προκλήσεις είναι να βελτιωθούν τα διαγνωστικά και προγνωστικά εργαλεία για να είναι σε θέση να διακρίνουν θανατηφόρα από νωχελικός ασθένεια σε μια ιάσιμη κατάσταση της νόσου.

Η συμβολή των γενετικών παραλλαγών έχει μελετηθεί ευρέως σε συνδυασμό με προστάτη προδιάθεση του καρκίνου. Τόσο δεσμός και GWAS μαζί με τα λίγα παραδείγματα που προκύπτουν από προσεγγίσεις γονιδιακής υποψήφιος έχουν οδηγήσει στην ταυτοποίηση περίπου 100 γενετικών τόπων που εξηγούν μόνο περίπου το 30% του γενετικού κινδύνου για τη νόσο [2] [3] [4] [5]. Ωστόσο, δεν υπάρχει καμία προφανής μοριακή ή λειτουργικά στοιχεία που δείχνουν πώς οι διακυμάνσεις αυτές τις υποψήφιες περιοχές ή συν-κληρονόμησε γειτονικές παραλλαγές τους θα μπορούσε να προκαλέσει PRCA. Στην πραγματικότητα, οι περισσότερες από τις παραλλαγές μοναδικού νουκλεοτιδίου (SNPs) που βρέθηκαν από GWAS είναι απίθανο να επηρεάσουν την κωδικοποιητική αλληλουχία του οποιουδήποτε γονιδίου αλλά μάλλον κατοικούν σε διαγονιδιακές περιοχές. Τα ευρήματα αυτά υποδηλώνουν ότι έχουν ένα ρυθμιστικό ρόλο, όπως σε μεταγραφή, μάτισμα ή σταθερότητα mRNA, αντί για μια άμεση επίδραση επί της λειτουργίας του προϊόντος γονιδίου [6].

Τα τελευταία χρόνια, η σημασία της κωδικοποίηση γονιδίωμα μη-πρωτεΐνης στην λειτουργική ρύθμιση της φυσιολογικής ανάπτυξης και της ανάπτυξης της νόσου έχει καταστεί προφανές. MiRNAs είναι μικρής μη-κωδικοποίησης RNAs που ρυθμίζουν την έκφραση του γονιδίου-στόχου τους τυπικά με σύνδεση προς το 3 ‘αμετάφραστη περιοχή (UTR) του στόχου mRNA [7]. Ατομική διακύμανση των επιπέδων έκφρασης miRNA μπορεί να επηρεάσει την έκφραση του γονιδίου στόχου mRNA, προκαλώντας φαινοτυπικές διαφορές.

Αρκετές μελέτες έχουν δείξει ότι τα επίπεδα έκφρασης miRNA είναι προγνωστικά για την έκβαση της συμπαγών όγκων και λευχαιμιών, αλλά η συμβολή του μεταβληθέντα επίπεδα έκφρασης miRNA να επιδεκτικότητα γενετική του καρκίνου δεν είναι γνωστή. Η μεταγραφική δραστικότητα της κωδικοποίησης γονιδίων πρωτεΐνης κληρονομείται ως ένα ποσοτικό χαρακτηριστικό, και οι ρυθμιστικές πολυμορφισμών που σχετίζονται με τη μεταβλητότητα των επιπέδων του mRNA που θεωρούνται eQTL. Παρά την αποδεδειγμένη σημασία, η γνώση της γενετικής ρύθμισης της έκφρασης των miRNAs είναι ακόμα στα σπάργανα. Σε μία πρόσφατη δημοσίευση, πάνω από εκατό eQTLs σε πρωτογενείς ινοβλάστες περιγράφηκαν, αναφέροντας τουλάχιστον μια μερική ρόλο για γενετική μεταβολή στην τροποποιημένη έκφραση miRNA [8]. Συνδυασμένη ανάλυση των κοινών SNPs και παραλλαγές στο προφίλ έκφρασης των miRNAs θα μπορούσε να χρησιμεύσει ως ένας τρόπος για τη διαλεύκανση των βιολογικών λειτουργιών των SNPs που προσδιορίζονται από GWAS σε κοινές ασθένειες.

Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν να αξιολογήσει τα προφίλ έκφρασης των miRNAs λεμφοβλαστοειδών κυτταρικές σειρές (LCL) που προέρχεται από τα μέλη των οικογενειών PRCA υψηλού κινδύνου. Αλλοιωμένη έκφραση miRNA στην LCLs ασθενή σε σύγκριση με εκείνα από υγιή μέλη της οικογένειας έδωσε την ευκαιρία να προσδιοριστούν οι παραλλαγές βλαστικής σειράς σε προαγωγό ή άλλες ρυθμιστικές περιοχές των γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες ως ένα σημαντικό ποσό της έκφρασης των miRNAs συσχετίζεται να φιλοξενήσει και την έκφραση του γονιδίου-στόχου [9]. Η μεγάλη ποσότητα των σημαντικών αποτελεσμάτων των δοκιμών miRNA-σοφός εντός της δεδομένα που απαιτούνται, επίσης, την ανάπτυξη ενός νέου τύπου διαφορικά αγωγού ανάλυση της έκφρασης. Να αναπτύξει ένα τέτοιο αγωγό, διαφορικά δοκιμές έκφρασης έχει συνδυαστεί με τα μέτρα σημασία του αλγορίθμου μηχανικής μάθησης, Τυχαία δάση [10].

Υλικά και Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

Αυτή η μελέτη έχει εγκριθεί από τα αρμόδια συμβούλια IRB του Υπουργείου Κοινωνικών Υποθέσεων και Υγείας (SMT), Εθνική Εποπτική Αρχή για την Πρόνοια και την Υγεία (Valvira) και την Επιτροπή Δεοντολογίας του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Tampere. Κάθε άτομο που συμμετέχει στην μελέτη έχει δώσει γραπτή συγκατάθεση.

πληθυσμός Μελέτη

Όλα τα δείγματα είναι φινλανδικής καταγωγής και η συλλογή των οικογενειών έχει αναφερθεί στο παρελθόν [11]. Για τη μελέτη των μικροσυστοιχιών miRNA, χρησιμοποιήθηκαν 115 περιπτώσεις από τις 70 οικογένειες PRCA. Οι επιλεγμένες οικογένειες είχαν τουλάχιστον δύο συγγενείς πρώτου βαθμού διαγνωστεί με καρκίνο του προστάτη σε οποιαδήποτε ηλικία. Υγιή (= χωρίς διάγνωση του καρκίνου του προστάτη) άτομα (n = 78) από 47 οικογένειες χρησιμοποιήθηκαν ως οι έλεγχοι. Η διάμεση ηλικία κατά τη διάγνωση των περιπτώσεων ήταν 65 (44 – 86,2) έτη και οι έλεγχοι είχαν διάμεση ηλικία 57,5 ​​(35,2 – 83,3) ετών κατά τη στιγμή ελήφθησαν τα δείγματα.

Ένα υποσύνολο των ατόμων ( n = 54) από το πείραμα μικροσυστοιχιών γονότυπος με σειρά HumanOmniExpress Illumina για ένα άλλο πείραμα, και τα αποτελέσματα δημοσιεύονται αλλού [12]. Ως εκ τούτου, θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν οι εν λόγω 54 δείγματα εδώ για μια ανάλυση eQTL (39 περιπτώσεις PRCA και 15 ελέγχους). Πρόσθετες 83 άτομα θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για σκοπούς επικύρωσης. Συνολικά, υπήρχαν 137 γονότυπος άτομα από 33 οικογένειες (20 επικαλυπτόμενες οικογένειες με το μέρος των μικροσυστοιχιών της μελέτης).

Η κλινική έκβαση του καρκίνου του προστάτη μπορούν χονδρικά να ταξινομηθούν σε επιθετική και μη-επιθετική μορφή καρκίνου, με βάση την PSA , Gleason σκοράρει και άλλων κλινικών αξιολογήσεων [13]. Με βάση αυτές τις κατευθυντήριες γραμμές, οι ασθενείς με καρκίνο του προστάτη από τα δύο πειράματα ομαδοποιήθηκαν σε 36 (36) επιθετικά και 79 (66) μη-επιθετικών καρκίνων του προστάτη. Ο μέγιστος αριθμός των επιθετικών κρουσμάτων ανά οικογένεια ήταν 3, και το ελάχιστο ήταν 1. Μια λεπτομερής επισκόπηση των ατόμων της μελέτης δίνεται στο σχήμα 1.

Για κάθε ομάδα για την υγεία, ο αριθμός των ατόμων από διάφορα πειράματα. Ο συνολικός αριθμός από ένα πείραμα στη συνέχεια υποδεικνύεται από το αντίστοιχο έγχρωμο πλαίσιο συν το κόκκινο πλαίσιο (επικάλυψη). κάτω: Απεικόνιση της οικογενειακό ιστορικό. Οι τρεις επιλογές »PRCA μόνο», «μόνο υγιές» ή «PRCA /Υγιεινή» εμφανίζονται και ομαδοποιούνται ανάλογα. Επιπλέον, η συμμετοχή των διαφόρων οικογενειών στα δύο πειράματα. Παραγγελία είναι σύμφωνα με ένα εσωτερικό κωδικό οικογένειας.

Η

εκχύλιση RNA από λεμφοβλαστοειδείς κυτταρικές σειρές

LCLs προήλθαν από τη μετατροπή του ιού Epstein-Barr των περιφερικών μονοπύρηνων λευκοκυττάρων από ασθενείς και υγιείς συγγενείς τους . Οι λεμφοβλαστοειδείς κυτταρικές γραμμές αναπτύχθηκαν σε μέσο RPMI-1640 (Lonza, Walkersville, MD, USA) συμπληρωμένο με 10% εμβρυϊκό βόειο ορό (Sigma-Aldrich, St. Louis, ΜΟ, USA) και αντιβιοτικά στους 37Α ° C, 5% CO2 και 95% υγρασία. Τα σφαιρίδια του κυττάρου καταψύχθηκαν, και το συνολικό RNA εκχυλίζεται με ΤπζοΙ σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Οι αποδόσεις RNA ήταν ποσοτικά χρησιμοποιώντας ένα ND-1000 φασματοφωτόμετρο (Nanodrop Technologies, Wilmington, DE, USA) και Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA).

ανάλυση microRNA μικροσυστοιχιών

Τα επίπεδα έκφρασης microRNA στο LCLs ανιχνεύθηκαν χρησιμοποιώντας Agilent Ανθρωπίνων miRNA V2 Ολίγο μικροσυστοιχιών Kit (Agilent Technologies). Πρώτον, 100 ng ολικού RNA χρησιμοποιήθηκε ως πρώτη ύλη, και miRNAs σημάνθηκαν χρησιμοποιώντας την Agilent miRNA Επισήμανση Kit. Ονομάσθηκε το RNA υβριδισμό προς Agilent miRNA μικροσυστοιχίες που έχουν οκτώ πανομοιότυπα πίνακες ανά διαφάνεια, με κάθε σειρά περιέχει ιχνηθέτες που στρέφονται κατά 817 miRNAs (719 ανθρώπων, 76 ιογενής miRNAs μη ανθρώπινων και 22 του ελέγχου miRNAs). Συνολικά, 26 διαφάνειες χρησιμοποιήθηκαν, και τα δεδομένα εξήχθησαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό της Agilent Feature Extraction (FES), έκδοση 10.7.1.1 με τον D_F_20091030 διάταξη πλέγματος. Για την ανάλυση των δεδομένων, τα δείγματα χαμηλής ποιότητας πρώτα απομακρύνθηκαν, καταλήγοντας σε 193 άτομα. Κάθε άτομο Agilent μικροσυστοιχιών V2 μετρά 13.737 χαρακτηριστικά, και η FES χρησιμοποιείται στη συνέχεια για αυτά τα χαρακτηριστικά για να υπολογίσει τις τιμές έκφρασης για 2.466 (2.125 ανθρώπου) ανιχνευτές? που βασίζονται σε αυτές ανιχνευτές υπολογίστηκαν οι τιμές έκφρασης 817 miRNA. Τα δεδομένα μπορούν να προσπελαστούν μέσω προσχώρηση ArrayExpress E-mtab-3397.

Οι τιμές έκφρασης των miRNAs συνήθως υπολογίζεται με τον αλγόριθμο

gTotalGeneSignal

όπως εφαρμόζεται στη FES, αλλά σε αυτή τη μελέτη, ωστόσο, καθετήρα -wise, φόντο αφαιρείται μέσες τιμές χρησιμοποιήθηκαν αντ ‘αυτού. Η ανάλυση των διαφορετικών ανιχνευτών του ίδιου miRNA ως μια ενιαία τιμή έκφρασης των miRNAs δεν φαίνεται να είναι αρκετά αξιόπιστη, καθώς και μια ανάλυση σε επίπεδο καθετήρα ήταν πιο εφικτή. Μετά τον υπολογισμό των τιμών έκφραση στο επίπεδο του ανιχνευτή, όλα τα μη ανθρώπινα ανιχνευτών και εκείνων που δεν ανιχνεύονται από τους FES αφαιρέθηκαν. Μόνον οι ανιχνευτές που ανιχνεύθηκαν για τουλάχιστον το 50% των δειγμάτων σε τουλάχιστον μία ομάδα κατάσταση της υγείας χρησιμοποιήθηκαν για περαιτέρω ανάλυση. Επιπλέον, τα μη ανθρώπινα χαρακτηριστικά ελέγχου απομακρύνθηκαν πριν από την ανάλυση. Συνολικά, 547 ανιχνευτές, που εκπροσωπεί 211 miRNAs, πληρούνται τα κριτήρια αυτά. Η τεχνική μεταβλητότητα των δεδομένων μειώθηκε με την εφαρμογή ενός ποσοστημόριο ομαλοποίηση [14].

Ανάλυση Δεδομένων γονοτυπικός

Ο πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου (SNP) δεδομένα γονότυπο παρήχθησαν χρησιμοποιώντας συστοιχία Illumina του HumanOmniExpress σε συνεργασία με το Ινστιτούτο Μοριακής Ιατρικής Φινλανδία (FIMM). Η επιλεγείσα σειρά επέτρεψε τον προσδιορισμό του γονοτύπου περίπου 700k SNPs. Για να παραχθούν τα δεδομένα γονότυπο, τα ακατέργαστα δεδομένα αναλύθηκαν με Genome Studio σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Illumina, San Diego, USA).

Συνολικά, οι πληροφορίες γονότυπο για 137 άτομα ήταν διαθέσιμο, με την έκφραση miRNA μετρούμενα επίπεδα και σε 54 από αυτά τα άτομα. Ως εκ τούτου, η ανάλυση eQTL βασίστηκε στις ακόλουθες 54 άτομα. Τα υπόλοιπα 83 άτομα που χρησιμοποιήθηκαν για την επικύρωση των αποτελεσμάτων.

Αναγνώριση των διαφορικά εκφρασμένων ανιχνευτές χρησιμοποιώντας κατεύθυνσης δοκιμές

ασθενών PRCA χωρίστηκαν σε επιθετικές (Α) και μη-επιθετικό /ήπια (Μ) ομάδες PRCA και σε σύγκριση με υγιείς μάρτυρες (Η). Μια νέα γενίκευση των δοκιμών τύπου Mann-Whitney εφαρμόστηκε για τον προσδιορισμό διαφορικά εκφρασμένων ανιχνευτές στη σύγκριση των τριών ομάδων. Η ίδια γενίκευση χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση eQTL (για λεπτομέρειες βλέπε [15] και [16]).

Για ένα γενικό ορισμό, αφήστε τα μεγέθη των δειγμάτων από τις τρεις ομάδες να είναι

Ν

Η

,

Ν

Μ

και

Ν

μια

που οδηγεί σε μια συνολική μέγεθος δείγματος

Ν

Η

+

Ν

Μ

+

Ν

Μια

=

Ν

. Η γενικευμένη Mann-Whitney test βασίζεται στην πιθανολογική δείκτες υπολογίζονται με τριπλό ποσά των αντίστοιχων λειτουργιών ένδειξης. Έστω x

p

?

H

= (

x

1,

σ

?

Η

,

x

2

σ

?

Η

, …,

x

Ν

Η

,

σ

?

Η

)

T

, χ

p

?

Μ

= (

x

1,

σ

?

Μ

,

x

2

p

?

M

, …,

x

Ν

Μ

,

p

?

Μ

)

T

και x

p

?

Μια

= (

x

1,

σ

?

Μια

,

x

2

σ

?

Μια

, …, em

x

Ν

Μια

,

σ

?

Α

)

Τ

είναι οι τιμές έκφρασης για έναν ανιχνευτή

σ

σε κάθε ομάδα για την υγεία με υποκείμενες

cdf

‘s

F

p

?

H

,

F

p

?

Μ

και

F

p

?

Μια

. Η πιθανολογική δείκτης

P

^

H

,

Μ

,

A

?

p

για ανιχνευτή

σ

που χρησιμοποιούνται σε αυτή την προσέγγιση μπορεί στη συνέχεια να υπολογιστεί byand

I

(⋅) είναι η συνάρτηση δείκτης που είναι 1 αν η κατάσταση (⋅) είναι αληθής και 0 αν όχι. Παρακαλούμε σημειώστε ότι η σειρά του δείκτη

P

^

H

,

Μ

,

Μια

?.

p

αναφέρεται στη διάταξη που χρησιμοποιείται στη λειτουργία του δείκτη

Επιπλέον, η πιθανολογική δείκτη

P

^

H

,

Μ

,

Μια

?

σ

μπορεί στη συνέχεια να χρησιμοποιηθεί για τον έλεγχο της κατεύθυνσης hypothesiswhere ≺ αναφέρεται στην στοχαστικών διατάξεων του

cdf

‘s. Φυσικά, διαφορετικές τάξεις στην κατάσταση (⋅) της συνάρτησης δείκτης μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τον έλεγχο για διαφορετικές εναλλακτικές λύσεις. Επιπλέον, όταν οι τιμές έκφραση αποδίδονται σε ομάδες γονότυπο αντί της κατάστασης της υγείας, αυτή η διαδικασία δοκιμής είναι ιδανικό για τη δοκιμή eQTL όπως δοκιμές για την κατευθυντική εναλλακτικές λύσεις που είναι σαφώς παρούσα στο πλαίσιο μιας ανάλυσης eQTL.

Η δύο πιθανολογική δείκτες

P

^

H

,

Μ

,

A

?

p

και

P

^

Μια

,

M

,

H

?

p

χρησιμοποιήθηκαν για τους ανιχνευτές δοκιμές

σ

= 1, …, 547, και ρ-τιμές για την έκδοση της δοκιμής μετάθεσης υπολογίστηκαν με βάση 5.000 παραλλαγές. Τα αποτελέσματα των δοκιμών με ρ-τιμή μικρότερη από 0.01 θεωρήθηκαν ότι είναι σημαντικές. Η μέθοδος δοκιμής που εφαρμόζονται στον τομέα της Ε-πακέτο

gMWT

[16], και το πακέτο

GeneticTools

εκμεταλλεύεται αυτή μέθοδος δοκιμής για τη δοκιμή eQTL. Και τα δύο πακέτα είναι ελεύθερα διαθέσιμο από την Πλήρη R Δίκτυο Αρχείο (CRAN).

Η Benjamini-Hochberg διαδικασία πολλαπλές δοκιμές για τον έλεγχο της ψευδούς ρυθμό ανακάλυψης είναι ορατό χρησιμοποιώντας οικόπεδα απόρριψη και τις γραμμές. Η αναλογία των αναμενόμενων απορρίψεις υπό την μηδενική υπόθεση συναρτήσει της παρατηρούμενης αναλογία των απορρίψεων. Αν αυτή η καμπύλη είναι πάνω από το (0, 1) -line, έχουμε περισσότερες απορρίψεις από το αναμενόμενο σύμφωνα με την μηδενική υπόθεση. Οι απορρίψεις για ένα σταθερό μέγεθος δοκιμή μπορεί να απεικονιστεί με μια κάθετη γραμμή, και τις απορρίψεις για διαφορετικές πολλαπλές προσαρμογές δοκιμή μπορεί να απεικονιστεί με τις γραμμές με μια ορισμένη κλίση. Ο αριθμός των απορριφθέντων μηδενικές υποθέσεις στη συνέχεια καθορίζεται από το σημείο διέλευσης της καμπύλης και της γραμμής. Για λεπτομέρειες, ανατρέξτε στην ενότητα [15].

Ταξινόμηση, Σημασία Μέτρο και Clustering

Η μηχανική μάθηση ταξινομητής Τυχαία δάση [10], όπως εφαρμόζεται στον τομέα της Ε-πακέτο

randomForest

[17], εφαρμόστηκε στα δεδομένα έκφρασης, έτσι ώστε το σύνολο δεδομένων χωρίστηκε σε εκπαίδευση (75%) και της δοκιμής (25%) των δεδομένων. Τα δεδομένα εκπαίδευσης χρησιμοποιήθηκαν για να δημιουργήσουν ένα σύνολο 2.500 δέντρα απόφασης, και τα δέντρα αυτά στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκαν για την ταξινόμηση των στοιχείων των δοκιμών. Η διαίρεση μεταξύ των δεδομένων εκπαίδευσης και επικύρωσης ήταν τότε επαναλαμβάνεται 2000 φορές, και στη συνέχεια αξιολογήθηκαν τα αποτελέσματα της κατάταξης όλων των διαδρομών δεδομένων των δοκιμών. Το μέτρο σημασία Gini εκχυλίστηκε επίσης για κάθε Random Forest, και η μέση σημασία κάθε ανιχνευτή συνδυάστηκε με την αντίστοιχη τιμή p από τη δοκιμή κατεύθυνσης. Ανιχνευτές που είχε μια τιμή p μικρότερη από 0,01 και ότι ανήκαν σε 10% πιο σημαντικό ανιχνευτές πάνω από όλα τα τρεξίματα Τυχαία Δάσος θεωρήθηκαν υψηλού ενδιαφέροντος (HI ανιχνευτές) και στη συνέχεια χρησιμοποιείται στο στάδιο της ομαδοποίησης και στην ανάλυση eQTL.

Οι Τυχαία δάση έχουν εκπαιδευτεί για τις τρεις τάξεις δυνατό αποτέλεσμα υγιή (H), ήπια PRCA (Μ) και επιθετικό PRCA (Α). Ας

L

i

,

r

?

Η

,

L

i

,

r

?

Μ

και

L

i

,

r

?

A

είναι οι πιθανοτήτων τάξη που παρέχονται από τον ταξινομητή τρέξιμο Τυχαία Δάσος

r

για μεμονωμένες

i

με

L

i

,

r

?

Η

+

L

i

,

r

?

Μ

+

L

i

,

r

?

μια

= 1. Αυτά πιθανοτήτων στη συνέχεια συνδυάζονται σε μια ενιαία αυστηρότητα αξίας PRCA

S

i

,

r

=

1

2

L

i

,

r

;

M

+

L

i

,

r

;

A

. Η αξία severness

S

i

,

r

επιλέχθηκε με τέτοιο τρόπο που να

S

i

,

r

= 0 σε περίπτωση που

L

i

,

r

?

H

= 1 ,

S

i

,

r

= 0,5 για

L

i

,

r

?

M

= 1 και

S

i

,

r

= 1 εάν

L

i

,

r

?

μια

= 1.

σε 2-way Τυχαία Δάσος τρέξιμο, η ταξινόμηση έγινε μόνο μεταξύ τα υγιή και PRCA τάξεις, με το ίδιο setup όπως ότι για την 3-way Τυχαία Δάσος που περιγράφεται παραπάνω.

για να υπολογίσετε το εμβαδόν υπό την καμπύλη (AUC) της Χαρακτηριστική (ROC) καμπύλη Receiver Operating στο Τυχαία Δάσος περίπτωση, δύο διαφορετικές προσεγγίσεις επελέγησαν. Πρώτον, οι δύο πιθανοτήτων

L

i

,

r

?

Μ

και

L

i

,

r

?

Μια

προστέθηκαν για να αξιολογήσει την ικανότητα του Random Forest να ταξινομήσει PRCA σε γενικές γραμμές. Στη συνέχεια, στο δεύτερο σύγκριση, οι πιθανοτήτων

L

i

,

r

?

Η

και

L

i

,

r

?

Μ

προστέθηκαν για να αξιολογήσει την ικανότητά του να εντοπίσει επιθετική PRCA. Τελικά, για να σχεδιάσετε το ROC μια συνεχή τιμή αποκοπής στο [0, 1] εφαρμόσθηκε επί την πιθανότητα να κατατάξει τα άτομα σε true /false positives.

Για την ομαδοποίηση στην heatmap, η μήτρα tau συσχέτισης Kendall S μεταξύ όλων των δειγμάτων υπολογίστηκε με βάση τις τιμές έκφραση των ανιχνευτών ΗΙ. tau Kendall »μεταξύ των δύο μεταβλητών είναι ένα μέτρο των θετικών /αρνητικών εξάρτηση και είναι αμετάβλητες σε καμία απολύτως αύξηση μετασχηματισμού στο οριακό μεταβλητές. Η αντίστοιχη απόσταση μεταξύ των μεταβλητών στη συνέχεια ορίζεται ως D = (1 – S) /2. Ας τότε D ο μήτρα των αποστάσεων που χρησιμοποιείται για την ιεραρχική συσταδοποίηση.

eQTL Ανάλυση

Οι πληροφορίες γονότυπο από τη συστοιχία 700k συνδυάστηκε με τις τιμές έκφραση των ανιχνευτών HI χρησιμοποιώντας μια ανάλυση eQTL. Εντοπίστηκαν οι χρωμοσωμικές θέσεις των ανιχνευτών miRNA και όλα τα SNPs μέσα σε ένα παράθυρο του 1Mb γύρω από την κεντρική τοποθεσία του ανιχνευτή συνδέθηκαν με αυτόν τον ανιχνευτή. Οι τιμές έκφρασης καθετήρα στη συνέχεια χωρίζονται σε ομάδες γονότυπο του κάθε συνδεδεμένο SNP (Σχήμα 2 παρουσιάζει μια συστηματική σκίτσο του αυτό το βήμα).

Ανεξάρτητα από την κατάσταση της υγείας του κάθε ατόμου, οι τιμές έκφρασης ομαδοποιούνται ανάλογα με το ομάδες γονότυπος των γύρω SNPs και στη συνέχεια ελέγχθηκαν για διαφορική έκφραση μεταξύ αυτών των ομάδων. (Εικόνα που λαμβάνονται από το [16])

Η

Σε μια προσέγγιση eQTL, τρεις περιπτώσεις είναι δυνατές, ανάλογα με το αν οι τιμές έκφρασης έχουν ανατεθεί σε ένα, δύο ή και τις τρεις πιθανές ομάδες γονότυπο. Μονομορφικού παραλλαγές δεν εξετάστηκαν περαιτέρω στην ανάλυση, και στην περίπτωση των δύο ομάδων, δύο όψεων Mann-Whitney test εφαρμόστηκε. Στην περίπτωση των τριών ομάδα, η γενικευμένη Mann-Whitney test για κατευθυντική εναλλακτικές χρησιμοποιήθηκε για τις δύο διαφορετικές εναλλακτικές λύσεις αν οι υψηλότερες τιμές έκφρασης που συνδέονται με την άγριου τύπου ή την ομόζυγη μετάλλαξη. Αυτό το είδος της κατεύθυνσης της δοκιμής χρησιμοποιήθηκε στην περίπτωση των τριών ομάδων ως εντολή για τις αξίες της έκφρασης σε σχέση με τις ομάδες γονότυπου είναι σαφώς αναμενόμενο.

Συγκριτική Ανάλυση

Η εδώ χρησιμοποιούνται δύο σταδίων προσέγγιση συγκρίθηκε με άλλες δύο μεθόδους που χρησιμοποιούνται συνήθως. Η πρώτη μέθοδος ήταν μία κλασική Ανάλυση Διακύμανσης (ANOVA), τη δοκιμή την εναλλακτική υπόθεση ότι υπάρχει μια διαφορά μεταξύ τουλάχιστον δύο από τις τρεις ομάδες. Ας

μ

p

,

Η

,

μ

p

,

M

και

μ

p

,

Μια

είναι οι μέσες τιμές έκφραση καθετήρα

σ

για τις τρεις ομάδες, τότε είναι η ανιχνευτή-σοφός υπόθεση για τη μονόδρομη ANOVA

με αποτέλεσμα οι τιμές ρ συνέχεια ρυθμίστηκε για πολλαπλές δοκιμές χρησιμοποιώντας μια Bonferroni διόρθωση.

Η δεύτερη μέθοδος που χρησιμοποιήθηκε ως σύγκριση ήταν δύο σταδίων λογιστικής παλινδρόμησης με το λάσο (LRL). Πρώτον, LRL εφαρμόσθηκε επί του πλήρους συνόλου δεδομένων με τις δύο τάξεις υγιείς /άρρωστα. Η παράμετρος ρύθμισης

λ

επιλέχθηκε έτσι ώστε η ποσότητα των επιλεγμένων μεταβλητών ήταν στο ίδιο επίπεδο μεγέθους με τις εδώ προτεινόμενη μέθοδος εντοπίζει. Η δεύτερη LRL κίνηση στη συνέχεια εφαρμόστηκε πάνω σε μόνο και με στόχο για τον διαχωρισμό της ήπιας και επιθετική PRCA περιπτώσεις καρκίνου. Τέλος, τα προκύπτοντα ανιχνευτές συγχωνεύθηκαν σε μία μήτρα αποτέλεσμα από την ανάλυση LRL.

Για να συγκρίνετε τα αποτελέσματα της ANOVA και της LRL με την εδώ προτεινόμενη προσέγγιση, μια ιεραρχική ομαδοποίηση εφαρμόσθηκε επί των καθορισμένων ανιχνευτές που χρησιμοποιούν επίσης μια Κένταλ tau με βάση πίνακα αποστάσεων. Στη συνέχεια, η προσαρμοσμένη Rand Index υπολογίζεται μεταξύ της κατάταξης των τριών διαφορετικών clusterings και την πραγματική κατάσταση του καρκίνου των ατόμων να προσδιοριστεί το επίπεδο της συμφωνίας.

Αποτελέσματα

Χρησιμοποιώντας την κατευθυντική διαδικασία δοκιμών, 146 (87 με υψηλότερη έκφραση σε επιθετική PRCA και 59 με υψηλότερη έκφραση σε ελέγχους) από ένα σύνολο από 547 διερευνητές πιστοποιήθηκαν έχουν διαφορετικά προφίλ έκφρασης. Η χρωμοσωμική θέση των σημαντικών καθετήρες και το είδος της εναλλακτικής δοκιμής είναι ορατό στο σχήμα 3.

Αποτελέσματα Σημαντικές τεστ που ανήκουν επίσης στα miRNAs 10% πιο σημαντικό (Gini Index) στο πλαίσιο της προετοιμασίας Τυχαία Δάσος σημειώνονται ως HI ανιχνευτές.

η

Για να προσδιορίσετε HI ανιχνευτές από αυτή την αναπάντεχα μεγάλη ποσότητα διαφορικά εκφρασμένων ανιχνευτές, ένας ταξινομητής Τυχαία Δάσος εφαρμόστηκε επίσης στα δεδομένα έκφρασης. Σημαντικές ανιχνευτές που ήταν εντός του 10% από τις σημαντικότερες ανιχνευτές στην Random Forest, μετρούμενη ως Gini Index, κλήθηκαν ΗΙ ανιχνευτών και επισημαίνονται στην Εικόνα 3. Οι 13 προσδιορίζονται ανιχνευτές αντιπροσωπεύουν οκτώ διαφορετικές miRNAs και ένα συρραφής RNA. Περισσότερες λεπτομέρειες σχετικά με τις 13 που προσδιορίζονται ανιχνευτές που παρατίθενται στον Πίνακα 1.

Η

Το συνολικό αποτέλεσμα ταξινόμηση βασίζεται στις αυστηρότητα τιμές

S

i

,

r

του Random Δάσος οπτικοποιείται στο σχήμα 4. υγιή άτομα (πράσινο) σαφώς έτειναν να είναι στην κάτω περιοχή κινδύνου, αλλά επιθετικά ασθενείς PRCA (κόκκινο) δεν τείνουν να έχουν μεγαλύτερες τιμές από τους μη-επιθετική PRCA ασθενείς (κίτρινο). Επιπλέον, ένας μέσος ρυθμός κατάταξη πάνω από όλα τα τρεξίματα κατάταξη προσδιορίζεται χωριστά για τις συγκρίσεις μεταξύ υγιών και PRCA και μεταξύ των επιθετικών PRCA και σε συνδυασμό υγιή και μη-επιθετική PRCA. Η Τυχαία Δάσος ήταν σε θέση να ταξινομήσει PRCA με μέση AUC της ROC περίπου 0,89 και επιθετική PRCA σε σχέση με τις συνδυασμένες δείγματα μη επιθετική PRCA και τους ελέγχους των 0,68 (Σχήμα 5). Τα αποτελέσματα κατάταξης σε ατομικό επίπεδο απεικονίζονται στις πληροφορίες υποστήριξης (S1 και S2 σχήματα).

Η

Τα υγιή άτομα σε σύγκριση με τις συγκεντρωτικές μη-επιθετικό /επιθετικό αποτελέσματα PRCA (μαύρη καμπύλη), και επιθετική PRCA οι ταξινομήσεις σε σύγκριση με τις άλλες ομάδες συγκεντρώνονται (κόκκινο).

η

Μια ιεραρχική ομαδοποίηση δείχνει τη σημασία των ανιχνευτών HI. Ομαδοποίηση του συνόλου δεδομένων βάσει όλων των ανιχνευτών οδήγησε μόνο σε ελαφρώς καλύτερη κατάταξη από την ομαδοποίηση με βάση τις 13 HI ανιχνευτές. Το δενδρόγραμμα για ομαδοποίηση των ατόμων με βάση τα 13 HI ανιχνευτές μαζί με την αντίστοιχη heatmap φαίνεται στο Σχ 6. Εδώ, η ικανότητα να διαχωρίζονται σαφώς μεταξύ επιθετικών και μη επιθετικών PRCA ήταν περιορισμένη, αλλά έχει ενδιαφέρον μόνο συνενώθηκαν πέντε από τα 78 υγιή άτομα στενά με PRCA άτομα. Σε αντίθεση, 46, 115 περιπτώσεις PRCA ήταν μέσα στο σύμπλεγμα που περιείχε περισσότερα από τα υγιή άτομα.

Κόκκινο χρώματα αναφέρονται σε χαμηλές τιμές έκφρασης, ενώ τα πράσινα χρώματα αντιπροσωπεύουν μεγάλες τιμές έκφρασης για συγκεκριμένα καθετήρα. Η miRNA στοχεύει αναγνωριστικά που αντιστοιχούν στις δεδομένες αναγνωριστικά καθετήρα παρατίθενται στον Πίνακα 1. Τα χρώματα στο δενδρόγραμμα αντιπροσωπεύουν την παρατηρούμενη κατάσταση της υγείας (πράσινο: υγιές, κίτρινο:. Μη AGGR PRCA, κόκκινο: aggr.PrCa)

Η

Επιπλέον, ένας cis-eQTL (0.5MB πάνω /προς τα κάτω παράθυρο) για τους ανιχνευτές ΗΙ διεξήχθη. Συνολικά, 3863 SNP-miRNA ενώσεις ελέγχθηκαν, και 79 είχαν μια τιμή p ≤ 0,01, (S3 Εικ στις πληροφορίες υποστήριξης). Όλα τα SNPs που βρέθηκαν να έχουν μια πιθανή ρυθμιστική επίδραση επί ανιχνευτή HI στη συνέχεια εξετάστηκαν για την άμεση συσχέτιση PRCA με την εφαρμογή ενός Fisher δοκιμή στον πίνακα 2 × 3 μεταξύ γονότυπου και κατάστασης της υγείας των ομάδων. Για τέσσερα SNPs, μια σημαντική συσχέτιση βρέθηκε για τα 53 γονότυπους των δειγμάτων eQTL (μέγεθος δοκιμής 0,05).

Στα δείγματα για τα οποία γονότυπο μόνο υπήρχαν διαθέσιμα στοιχεία, έξι συνδέονται SNPs βρέθηκαν, αλλά σημαντικές SNPs από η πρώτη, η αρχική δοκιμή δεν θα μπορούσε να επικυρωθεί με τα πρόσθετα δεδομένα γονότυπο. Για τα δύο σύνολα δεδομένων, ωστόσο, υπήρχαν ένα, τα αντίστοιχα τέσσερα (από τα 15) σχετίζεται σημαντικά SNPs σε cis-θέση του miRNA HSA-miR-483-3p (βλέπε Πίνακα 2 για λεπτομερείς πληροφορίες).

Το ανώτερο μέρος είναι από το σύνολο δεδομένων eQTL, και το κάτω μέρος είναι τα αποτελέσματα για τα δεδομένα επικύρωσης.

η

Τέλος, η εδώ προτεινόμενη μέθοδος συγκρίθηκε επίσης με μια προσέγγιση ANOVA και LRL. Χρησιμοποιώντας ένα προσαρμοσμένο δοκιμές επίπεδο πολλαπλές σημαντικότητας

α

= 0,001 οδήγησε σε 14 σημαντικές ανιχνευτές, ενώ η παράμετρος LRL συντονισμού ορίστηκε τέτοια, ώστε LRL εντοπίστηκαν 15 ανιχνευτές να είναι υψηλού ενδιαφέροντος. Το ποσό των τεμνόμενων ανιχνευτές μεταξύ αυτών των δύο προσεγγίσεων ήταν επτά, ενώ η διασταύρωση των HIprobes με τους ανιχνευτές ANOVA ήταν μόλις πέντε ετών και με LRL ακόμα και μόνο τρεις. Συγκρίνοντας την ποιότητα της ομαδοποίησης βάσει των εν λόγω ανιχνευτές χρησιμοποιώντας το Προσαρμοσμένο Rand Index, οδήγησε σε Rand δείκτη 0,168 για τους ανιχνευτές που προσδιορίζονται από την εδώ προτεινόμενη προσέγγιση, 0.130 για την ANOVA και 0.131 για την προσέγγιση LRL.

συζήτηση

Οι στόχοι της μελέτης ήταν να εφαρμόσει νέες στατιστικές μεθόδους που καλύτερα διαφοροποιούν επιθετικό από νωχελικός καρκίνο του προστάτη και είναι ισχυρή έναντι των ακραίων τιμών και να ερευνήσει τα προγνωστικά και διαγνωστικά τιμές των miRNAs προέρχονται από το αίμα.

σε αυτή τη μελέτη, χρησιμοποιήσαμε μια γενικευμένη προσέγγιση Mann-Whitney [15] σε συνδυασμό με τον αλγόριθμο Random Forest να προσδιορίσει διαφορικά εκφρασμένων miRNAs. Με το συνδυασμό των δύο μεθόδων, ήμασταν σε θέση να μειώσει σημαντικά τον πίνακα του ενδιαφέροντα miRNAs. Το πλεονέκτημα αυτής της προσέγγισης είναι ότι συνδυάζει αποτελεσματικά τις δύο διαφορετικές μεθόδους για την ανίχνευση νόημα μεταβλητές. Κάθε προσέγγιση από μόνη της εντόπισε μεγάλο αριθμό σημαντικών miRNAs, ακόμα και μετά τον έλεγχο της ψευδούς ρυθμό ανακάλυψης. Ωστόσο, συνδυάζοντας αυτές τις δύο μεθόδους που προβλέπονται μια μικρότερη λίστα των miRNAs δυνητικού ενδιαφέροντος, μειώνοντας αποτελεσματικά την ποσότητα των ψευδώς θετικά αποτελέσματα. S4 Σχ στις πληροφορίες που υποστηρίζουν εμφανίζει λεπτομέρειες σχετικά με τις απορρίψεις των δοκιμών και τις συνέπειες μιας διόρθωσης Benjamini-Hochberg.

Χωρίς καμία διόρθωση πολλαπλές δοκιμές, οι δύο δοκιμές έδειξαν ποσοστά απόρριψης περίπου 16% και 10% για ένα test μέγεθος των 0,01. Αποδοχή ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη του 0,05% τα ποσοστά απόρριψης ήταν ακόμη της τάξης του 5-10%. Αντί να ελέγξει ακριβώς το ποσοστό των λανθασμένων ανακάλυψη, μια μέθοδος πολλαπλές δοκιμές παραλείφθηκε, και ένα σύνολο μέθοδος που συνδυάζει τα αποτελέσματα των δύο διαφορετικών προσεγγίσεων χρησιμοποιήθηκε αντ ‘αυτού. Παρά το γεγονός ότι αυτό έγινε για μια πιθανή έξοδο πολλών ψευδώς αρνητικών αποτελεσμάτων της δοκιμής, η εδώ προσδιορίζονται σύνολο αποκτήσει περαιτέρω την εμπιστοσύνη, συνδυάζοντας τα αποτελέσματα των δοκιμών.

Εκτός από την ανάπτυξη των αναλυτικών εργαλείων, την απόκτηση καλή αγώνες μεταξύ ασθενών και μαρτύρων είναι σημαντικό, ειδικά σε μελέτες miRNA για την οποία τα ευρήματα μεταξύ των μελετών είναι συχνά αντικρουόμενες. Η χρήση των Φινλανδική οικογενείς περιπτώσεις PRCA και υγιείς συγγενείς τους επέτρεψε να μειωθεί η ετερογένεια φόντο των προφίλ έκφρασης miRNA να μειωθεί. Στην πραγματικότητα, τα άτομα στο πλαίσιο των οικογενειών παρατηρήθηκαν να μοιράζονται μια υπογραφή miRNA ειδικό για την οικογένεια, και τα μέλη της οικογένειας ήταν πιο συχνά συγκεντρωμένα ένα δίπλα στο άλλο. Κατά συνέπεια, ενημερωτικό βιοδείκτες miRNA που μπορεί να διακρίνει τους ασθενείς από υγιείς ομολόγους τους εντός ενός οικογένειας είναι εξαιρετικά ενδιαφέρουσα.

Η αλλαγμένη έκφραση των miRNAs έχει εντοπιστεί σε διάφορες κακοήθειες. Ανάλογα με το προφίλ έκφρασης στον όγκο, μπορούν να δράσουν είτε ως ογκογονίδια ή καταστολείς όγκου.