Αφηρημένο

Αν και ο καρκίνος των ωοθηκών είναι συχνά αρχικά χημειοθεραπεία-ευαίσθητα, η συντριπτική πλειονότητα των όγκων τελικά υποτροπιάζουν και οι ασθενείς πεθαίνουν όλο και πιο επιθετική νόσο. Τα καρκινικά βλαστικά κύτταρα πιστεύεται ότι έχουν ιδιότητες που τους επιτρέπουν να επιβιώσουν θεραπεία και μπορούν να οδηγούν υποτροπιάζουσα ανάπτυξη του όγκου. Καρκίνος βλαστικά κύτταρα ή καρκινικά κύτταρα κίνηση είναι ένα σπάνιο κυτταρικό πληθυσμό και δύσκολο να απομονωθούν πειραματικά. Γονίδια που εκφράζονται από βλαστικά κύτταρα μπορεί να χαρακτηρίζει ένα υποσύνολο των λιγότερο διαφοροποιημένη όγκων και ενίσχυση σε προγνωστική ταξινόμηση του καρκίνου των ωοθηκών. Ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν η γονιδιωματική ταυτοποίηση και τον χαρακτηρισμό ενός υποτύπου του καρκίνου των ωοθηκών που έχει βλαστικά γονιδιακή έκφραση σε κύτταρα παρόμοια. Χρήση ανθρώπινων και γονιδίου ποντικού υπογραφές των εμβρυονικών, ενηλίκων, ή καρκινικά βλαστικά κύτταρα, πραγματοποιήσαμε μια ανεξέλεγκτη τάξη με διμερή ανακάλυψη σχετικά με το προφίλ έκφρασης από 145 ορώδες όγκους των ωοθηκών να εντοπίσει ένα στέλεχος που μοιάζει και πιο διαφοροποιημένη υποομάδα. Υπότυποι ήταν αναπαραγώγιμα και χαρακτηρίσθηκαν περαιτέρω σε τέσσερις ανεξάρτητες, ετερογενής σύνολα δεδομένων καρκίνο των ωοθηκών. Εντοπίσαμε ένα στέλεχος που μοιάζει υποτύπου χαρακτηρίζεται από ένα 51-γονιδίου υπογραφή, η οποία είναι σημαντικά εμπλουτισμένη σε όγκους με ιδιότητες τύπου ΙΙ καρκίνου των ωοθηκών? υψηλής ποιότητας, ορώδες όγκων, και την κακή επιβίωση. Αντίθετα, οι διαφοροποιημένοι όγκοι μοιράζονται ιδιότητες με διαβήτη τύπου Ι, καθώς και χαμηλότερης ποιότητας και μικτές ιστολογικών υποτύπων. Το στέλεχος κυττάρου σαν υπογραφή ήταν προγνωστικός εντός υψηλής στάδιο ορώδες καρκίνου των ωοθηκών, ταξινόμησης ένα μικρό υποσύνολο των όγκων υψηλής στάδιο με καλύτερη πρόγνωση, σε διαφοροποιημένο υπότυπο. Στην πολυπαραγοντική μοντέλα που προσαρμόζονται για κοινή κλινικών παραγόντων (συμπεριλαμβανομένης της ποιότητας, το στάδιο, ηλικία), η ταξινόμηση υπότυπο ήταν ακόμα ένας σημαντικός προγνωστικός δείκτης της υποτροπής. Η προγνωστική στέλεχος που μοιάζει γονίδιο υπογραφή δίδει νέες γνώσεις σχετικά με προγνωστικές διαφορές στον καρκίνο των ωοθηκών, παρέχει μια γονιδιωματική πλαίσιο για τον καθορισμό υποτύπους τύπου I /II, και πιθανοί στόχοι γονίδιο οποίος μετά περαιτέρω επικύρωση ενδέχεται να είναι πολύτιμη στην κλινική αντιμετώπιση ή τη θεραπεία του καρκίνου των ωοθηκών.

Παράθεση: Schwede Μ, Σπέντζος D, Bentink S, Hofmann O, Haibe-Kains Β, Harrington D, et al. (2013) Stem Cell-Όπως Gene Expression στον καρκίνο των ωοθηκών Προβλέπει τύπου ΙΙ Δευτερεύων και πρόγνωση. PLoS ONE 8 (3): e57799. doi: 10.1371 /journal.pone.0057799

Επιμέλεια: Vincenzo Coppola, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Οχάιο Περιεκτική Κέντρο Καρκίνου, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 17 Αύγ, 2012? Αποδεκτές: 29 Ιαν 2013? Δημοσιεύθηκε: 11 Μαρτίου 2013

Copyright: © 2013 Schwede et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Χρηματοδότηση το έργο αυτό προβλέπεται από τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας 1U19CA148065 (JQ, ΒΗΚ), τον καρκίνο Dana-Farber Ινστιτούτο Γυναικών Πρόγραμμα καρκίνοι (απονέμεται σε ACC? MS, ACC) και την ίδρυση Claudia Adams Barr (JQ και ACC). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. SB είναι υπάλληλος της εξωσωμάτων Diagnostics GmbH? JQ είναι εξωσωμάτων Diagnostics Επιστημονική Συμβουλευτική μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου και έχει ελάχιστες επιλογές μετοχών στην εταιρεία. Ούτε αυτό, ούτε οποιεσδήποτε άλλες πεποιθήσεις μεταβάλλει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Ο καρκίνος των ωοθηκών είναι η πέμπτη πιο κοινή αιτία θανάτου από καρκίνο μεταξύ των γυναικών και των είναι η κύρια αιτία θανάτου από γυναικολογικό νεοπλασματική νόσο [1]. Η συντριπτική πλειοψηφία των αρχικά αποκρίνεται ωοθηκών τελικά υποτροπή [2], και αυτό μπορεί να εξηγηθεί από μια υπο-πληθυσμό χημειοθεραπεία νεοπλασιών ανθεκτικών κυττάρων βλαστικού κυττάρου που ομοιάζει [3] – [5]

μαστού. καρκίνο, υπάρχουν ευρέως αποδεκτό μοριακό υποτύπους. Περίπου το 15% των καρκίνων του μαστού έχουν υποδοχείς οιστρογόνων (ER) -αρνητικοί, υψηλής ποιότητας και συχνά βασικοκυτταρικό-όπως ο καρκίνος του μαστού που είναι εμπλουτισμένα σε κύτταρα που εκφράζουν δείκτες υποθετικό βλαστικών κυττάρων CD44

+ /CD24

– [6] και υπερ-εκφράζει γονίδια που συνδέονται με τα εμβρυϊκά υπογραφές γονίδιο βλαστικών κυττάρων [7]. Αυτή η «βλαστική ικανότητα» μπορεί να εξηγηθεί εν μέρει από την παρατήρηση ότι BRCA1, η οποία φέρεται να ρυθμίζει μαστικού μοίρα των βλαστικών κυττάρων [8], συχνά μεταλλάσσεται στη βασική όγκους τύπου [9].

Σε αντίθεση , ο καρκίνος των ωοθηκών δεν έχει καμία συναίνεση της μοριακής ταξινόμησης υπότυπο. Tothill et al. μεταχειρισμένα k-means ομαδοποίηση των δεδομένων των μικροσυστοιχιών και περιγράφονται έξι μοριακή υποτύπους ορώδες και ενδομητριοειδές καρκίνο των ωοθηκών [10]. Ο καρκίνος Γονιδιώματος Atlas (TCGA) κοινοπραξία εντόπισε τέσσερα μοριακά υποτύπους υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνους των ωοθηκών [11]. Ωστόσο, άλλοι έχουν προτείνει παθολογία τόπου προέλευσης βασίζεται σε υποτύπους του καρκίνου των ωοθηκών σε όγκους τύπου Ι, οι οποίες είναι χαμηλής ποιότητας και ιστολογικά ετερογενή, και όγκους τύπου ΙΙ, τα οποία είναι υψηλής ποιότητας και κυρίως ορώδες [12], [13]. Τύπου ΙΙ πιστεύεται ότι προκύπτει σε μεγάλο βαθμό στην φαλλοπειά επιθήλιο σωλήνα ενώ ο τύπος Ι θέση του προέλευση πιστεύεται ότι είναι η ωοθήκη, αν και η κυτταρική προέλευσης παραμένει ασαφής [12], [13]. Δεν Type I /II υπάρχει μοριακή υπογραφή, και την ταξινόμηση των όγκων ως τύπου Ι ή τύπου ΙΙ με βάση clincopathologic ανάλυση είναι γενικά αλλά όχι πάντα εύκολο [14].

Εδώ αναφέρουμε την ταυτοποίηση των υποτύπων καρκίνου των ωοθηκών με βάση το έκφραση των γονιδίων που σχετίζονται με τα βλαστικά κύτταρα υπογραφές. Χρησιμοποιώντας μια υπολογιστική προσέγγιση, αποδεικνύουν την παρουσία ενός κακής πρόγνωσης, τα βλαστικά κύτταρα παρόμοια υποτύπου στον καρκίνο των ωοθηκών που ευθυγραμμίζονται στενά με την κυτταρική ταξινόμησης προέλευσης και παρέχει την πρώτη γενωμική ορισμό του τύπου I /II καρκίνο των ωοθηκών. Αυτό το προφίλ γονιδιακής έκφρασης δεν αποδεικνύει την ύπαρξη ενός υποπληθυσμού των καρκινικών βλαστικών κυττάρων σε αυτούς τους όγκους. Αντ ‘αυτού, ανακαλύπτει κοινά μοριακά μονοπάτια που εκφράζονται από αυτές τις μορφές καρκίνου και βλαστοκυττάρων. Οι όγκοι που εμφανίζουν έκφραση των γονιδίων stem-σαν μπορεί να έχει ένα λιγότερο διαφοροποιημένο φαινότυπο. Ανακάλυψη αυτής της βλαστικών κυττάρων του υποτύπου μας παρέχει μια πληρέστερη κατανόηση της μοριακής ποικιλομορφίας του καρκίνου των ωοθηκών και ανοίγει τη δυνατότητα για νέες και πιο κατευθύνεται προσεγγίσεις για την αντιμετώπιση και τη διαχείριση της νόσου.

Μέθοδοι

Δεδομένα

η Stem-όπως η ανακάλυψη του συμπλέγματος εφαρμόστηκε σε δεδομένα έκφρασης των ωοθηκών γονίδιο του καρκίνου δημοσιεύθηκε από Tothill et al. [10], ως μέρος της αυστραλιανής ωοθηκών Μελέτης του Καρκίνου (AOCS) δεδομένα, και τα οποία είχαν κατεβάσει από γονιδιακής έκφρασης Omnibus (GEO) [15] (GSE9891). Δείγματα AOCS (n = 206), ελήφθησαν από το Royal Brisbane Hospital (n = 22), Westmead Hospital (n = 54), και Ολλανδικό Ινστιτούτο Καρκίνου (NKI-AVL? η = 3) [10], και γονιδιακή έκφραση ήταν προσδιορίστηκαν σε Affymetrix GeneChip U133 συν 2,0 συστοιχίες [10]. Ανεπεξέργαστα δεδομένα ομαλοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας RMA [16] με τα αρχεία περιγραφή έθιμο κυττάρων (CDFS) με βάση τη χαρτογράφηση Ensembl γονίδιο (έκδοση 12), όπως προβλέπεται από το Εργαστήριο μικροσυστοιχιών στο Πανεπιστήμιο του Μίσιγκαν [17]. Προσαρμοσμένη CDFS χρησιμοποιήθηκαν επειδή ενημερωμένους ορισμούς σύνολο ανιχνευτών παρέχουν καλύτερη ακρίβεια και πιστότητα σε σύγκριση με Affymetrix σύνολο ανιχνευτών ορισμούς [18].

Το γονίδιο του καρκίνου των ωοθηκών τα σύνολα δεδομένων έκφρασης τέσσερις επικύρωσης που χρησιμοποιούνται σε αυτή την ανάλυση ήταν από Dressman et al. [19]? Wu et al. (GSE6008) [20]? Tone et al. (GSE10961) [21]? και Crijns et al. [22]. Τα τρία σύνολα δεδομένων καρκίνου του μαστού επικύρωσης ήταν από Miller et al. (GSE3494) [23]? Desmedt et al. (GSE7390) [24]? και ένα συγχωνευμένο σύνολο δεδομένων που συνδυάζει GSE2034 [25] και GSE5327 [26], το οποίο θα ονομάζεται «Veridex.» Όλα τα σύνολα δεδομένων είχαν κατεβάσει από GEO, εκτός από το σύνολο δεδομένων Crijns, η οποία ελήφθη από τους συγγραφείς σε κανονικοποιημένη μορφή, όπως περιγράφεται στην εργασία τους [22 ], και το σύνολο δεδομένων Dressman είχε κατεβάσει από την ιστοσελίδα των δημιουργών [19]. TCGA καρκίνο των ωοθηκών σύνολο δεδομένων μικροσυστοιχιών (n = 518) είχε κατεβάσει από την πύλη δεδομένων TCGA [11]. Όλα τα σύνολα δεδομένων, εκτός από το Crijns, Wu, και σύνολα δεδομένων Tone ήταν RMA-ομαλοποιήθηκε με το έθιμο Ensembl CDF [17].

RMA-ομαλοποίηση χρησιμοποιήθηκε στα περισσότερα σύνολα δεδομένων, λόγω της εξαιρετικά επαναλήψιμα αποτελέσματα και η συσχέτισή της με RT-PCR δεδομένων [27]. Ωστόσο, λόγω των συμπεριλήψεων της κανονικής σάλπιγγας στη δέσμη στοιχείων Tone και φυσιολογικά δείγματα επιφανειακό επιθήλιο των ωοθηκών στο σύνολο δεδομένων Wu, αυτά σύνολα δεδομένων ομαλοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας τη μέθοδο κανονικοποίησης Αμετάβλητα Set [28] για να αποφευχθεί η υπόθεση εντός RMA ισοδύναμης διανομής γονιδιακής έκφρασης. Όλα τα δεδομένα επικύρωσης είχαν συγκεντρωθεί σε συστοιχίες Affymetrix GeneChip U133a, εκτός από τον τόνο και σύνολα δεδομένων Crijns, τα οποία είχαν συλλεχθεί για Affy U133 Plus 2.0 chips και Operon ανθρώπινη v3 -35 Κ 70-μερές δύο χρωμάτων ολιγονουκλεοτιδίων μικροσυστοιχίες, αντίστοιχα.

στα σύνολα δεδομένων του καρκίνου του μαστού Desmedt και Veridex, προβλέψαμε μοριακό υπότυποι όπως περιγράφεται από Desmedt et al. (2008) [29]. Συγκεκριμένα, υπότυποι με βάση δείκτες γονίδιο ESR1, erbB2, και AURKA παρήχθησαν χρησιμοποιώντας το

subtype.cluster

συνάρτηση με το μοντέλο

scmgene

στο Bioconductor πακέτο genefu. Αυτό συνεπάγεται τη χρήση μείγματος μοντέλων για τους ασθενείς της ομάδας σε HER2 +, ΕΚ- /HER2- (βασικοκυτταρικό-όπως), ή ER + /HER2- (αυλού) [29]. Ενώ τριπλά αρνητικό καρκίνο του μαστού δεν είναι ισοδύναμη με την βασική-όπως ο καρκίνος του μαστού [30] – [32], οι περισσότεροι τριπλά αρνητικό καρκίνο του μαστού κατατάσσουν στην βασική μοιάζει με μοριακό υπότυπο [32] που μας οδηγεί να θεωρήσουμε την πρόβλεψη της ΕΚ- /HER2 – μια προσέγγιση της «βασικής-όπως το»

Στατιστική Ανάλυση

Στατιστικές αναλύσεις, εκτός αν περιγράφεται διαφορετικά, διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας όλα τα διαθέσιμα δεδομένα και τις τυπικές λειτουργίες στο R έκδοση 2.10.1.. Ο αλγόριθμος ISIS [33] εφαρμόστηκε στο σύνολο δεδομένων AOCS να παράγουν χωρίς επίβλεψη υποψήφιο bipartitions των ασθενών. Για κάθε υποψήφιο με διμερή, ISIS υπολογίζει μια διαγώνια βαθμολογία γραμμική διακρίνουσα (DLD) με τα πιο σημαντικά γονίδια που υποστηρίζουν την διαχωρισμένης στα δύο. Χρησιμοποιήθηκαν Προεπιλεγμένη παραμέτρους της εφαρμογής R του ISIS, εκτός του ότι ο αριθμός των γονιδίων που χρησιμοποιούνται για τη βαθμολόγηση ( «Μ») ήταν 100, ένα επίπεδο το οποίο έχει χρησιμοποιηθεί προηγουμένως [34]. Πήραμε επίσης να επωφεληθούν από μια άλλη paramater ( «p.offs»), αγνοώντας τις top 5 πιο σχετικών γονιδίων, προκειμένου να μειωθούν οι επιπτώσεις της υψηλής γονιδίων μόχλευσης στο σκορ, με αποτέλεσμα ένα 95-γονίδιο υπογραφής που χρησιμοποιούνται για τη βαθμολογία κάθε διαχωρισμένης στα δύο.

Για να μειωθεί η σύγχυση επιπτώσεις από την διαφορική στρώμα και μη καρκινικά κύτταρα σε διαφορετικές μαζεύτηκαν χώρους (π.χ. περιτοναϊκή ή ωοθήκες) (αδημοσίευτα δεδομένα), μόνο AOCS συστοιχίες των ωοθηκών mRNA από κακοήθη, ορώδες και πρωταρχική θέση όγκους των ωοθηκών από ασθενείς οι οποίοι δεν έλαβαν εισαγωγική θεραπεία συμπεριλήφθηκαν, μειώνοντας το σύνολο δεδομένων 285 με 145 ασθενείς. Οι αναλύσεις του συνόλου δεδομένων AOCS έγιναν σε αυτό το υποσύνολο αν δεν καθορίσετε το «ολόκληρο» AOCS σύνολο δεδομένων (n = 285) ή «υπόλοιπο» δεδομένα AOCS (n = 140), η οποία ήταν όγκοι δεν χρησιμοποιούνται για ISIS κατηγορία ανακάλυψη.

γονίδια που χρησιμοποιούνται για την ανακάλυψη σύμπλεγμα υπότυπο περιορίστηκαν σε 83 ποντικού και ανθρώπου γονίδιο υπογραφές των ενηλίκων, του καρκίνου, ή εμβρυϊκά βλαστικά κύτταρα που λαμβάνονται από GeneSigDB [35] που είχαν τουλάχιστον 5 και το πολύ 1000 γονίδια. Για κάθε γονίδιο υπογραφή, θα ανακτηθεί το άρθρο περιγράφει το γονίδιο υπογραφή για να επιβεβαιώσετε την περιγραφή και την ένωσή του με ενήλικα, ο καρκίνος, ή εμβρυϊκών βλαστικών κυττάρων. Stem-όπως υπογραφές γονίδιο συχνά περιέχουν γονίδια πολλαπλασιασμό [7]. Για να αποφευχθεί η διαίρεση των ασθενών που βασίζεται στον πολλαπλασιασμό, θα αφαιρεθεί επίσης γονίδια (n = 580, Πίνακας S1 στο Μέθοδοι S1) που συνδέονται με τον πολλαπλασιασμό (βλέπε Μέθοδοι S1), παρόμοια με τις αναλύσεις από τον Ben-Porath εμείς al. [7].

Η προκύπτουσα μήτρα 2.632 γονίδια στελέχους-όπως ήταν υπόκεινται σε ISIS με διμερή ανακάλυψη. Το υψηλότερο σκορ με διμερή που ήταν σημαντικά (p & lt? 0,05) που σχετίζονται με το βαθμό και την ελεύθερη νόσου επιβίωση επιλέχθηκε για περαιτέρω διερεύνηση. Τα κριτήρια αυτά βασίζονται στη διαπίστωση ότι η βλαστικών κυττάρων που μοιάζουν με υπο-πληθυσμού των καρκινικών όγκων του μαστού ανακαλύφθηκε από τον Ben-Porath et al. χαρακτηρίστηκε από υψηλής ποιότητας και φτωχή πρόγνωση [7]. Η συνεργασία με την πρόγνωση ήταν δευτερεύον από την Ben-Porath et al. ανάλυση πρωτίστως περιγράφεται σύνδεσης μεταξύ της έκφρασης των βλαστικών κυττάρων που μοιάζουν με γονίδιο και ανώτερο βαθμό [7]. Έχουμε επιλέξει το διαχωρισμένης στα δύο που ικανοποίησε περισσότερο με τα κριτήρια και κάλεσε αυτό διαχωρισμένης στα δύο η «βλαστική ικανότητα διαχωρισμένης στα δύο». Αφήστε-one-out cross-επικύρωσης χρησιμοποιήθηκε για να περιορίσετε τη λίστα γονίδιο που καθορίζει το διαχωρισμένης στα δύο βλαστική ικανότητα, και τα γονίδια τα οποία ήταν σε κάθε λίστα 95 γονιδίων σε όλους τους 145 πτυχώσεις σχηματίζεται ένα καρκίνο των ωοθηκών «51-γονιδίου βλαστική ικανότητα υπογραφή» (Πίνακας S2 σε μέθοδοι S1).

Gene-Set-Εμπλουτισμός Ανάλυση (GSEA) με μη παραμετρική συμπερασματολογία για γραμμικά μοντέλα όπως εφαρμόζεται στο

gsealmPerm

στο gsealm συσκευασία Bioconductor [36] πραγματοποιήθηκε με επιμελημένες σειρές γονιδίων (C2) και σετ Gene Ontology (GO) γονιδίων (C5) από το σύνολο γονίδιο βάση δεδομένων MSigDB έκδοση 3.0 [37]. GSEA επίσης πραγματοποιήθηκε με χρήση των συνόλων κυτταρικής γονιδιακής 13 στέλεχος του Ben-Porath et al .: δυο περιγράφουν εμβρυϊκά βλαστικά κύτταρα? τέσσερις ενεργοποιείται από Nanog, Oct4, ή /και Sox2? τέσσερις δεσμεύεται από την κατασταλτική συγκρότημα Polycomb 2 PRC2? και δύο ενεργοποιούνται από c-Myc [7].

Class Πρόβλεψη

Για να επιβεβαιωθεί η παρουσία του στελέχους που μοιάζει υποτύπου στον καρκίνο των ωοθηκών, το στέλεχος που μοιάζει με ταξινόμηση υποτύπου εφαρμόστηκε σε πολλαπλά ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων μικροσυστοιχιών. Προκειμένου να προβλέψουμε την κατηγορία των νέων όγκων, πρώτα χρειάζεται να δημιουργήσει ένα «βλαστική ικανότητα μοριακή ταξινομητή,» ένα μοντέλο του βάρους του γονιδίου που υφίστανται τα βλαστικά-όπως και διαφοροποιημένη όγκους. γραμμική διακρίνουσα (DLD) ανάλυση διαγώνιο [38] χρησιμοποιήθηκε για να εκπαιδεύσει αυτό το γονίδιο ταξινομητή χρησιμοποιώντας προφίλ έκφρασης των 51 γονιδίων στο σύνολο δεδομένων AOCS (Πίνακας S2 στο Μέθοδοι S1). Για την πρόβλεψη της υπότυπο νέων όγκων, προφίλ έκφρασης προβάλλεται ως συμπληρωματικές σημεία πάνω στον άξονα DLD, και η βαθμολογία DLD ήταν το σταθμισμένο άθροισμα της έκφρασης των γονιδίων. Καθώς οι βαθμολογίες DLD νέων όγκων των ωοθηκών προβάλλεται σε αυτόν τον άξονα ήταν διπλής-διανεμηθούν (Σχήμα S1 στο Μέθοδοι S1), Gaussian μοντελοποίηση μίγμα [39] χρησιμοποιήθηκε για τον ορισμό των δύο πληθυσμών και να εκχωρήσει νέους όγκους είτε στο στέλεχος που μοιάζει ή διαφοροποιημένων υπότυπο. Η βαθμολογία DLD είναι ο γραμμικός συνδυασμός των σταθμισμένων έκφραση πολλών γονιδίων, και παρόλο που δεν είχαμε διερευνήσει την επίδραση της παρτίδας-ειδικές τεχνικές διαφορές [40] σε βάθος, βρήκαμε ισχυρή στην ήπια θορύβου από τα δεδομένα που λείπουν και ακραίες τιμές στα σύνολα δεδομένων δοκιμάστηκαν . Αυτή η βλαστική ικανότητα μοριακής ταξινομητή εφαρμόστηκε σε κάθε σύνολο δεδομένων επικύρωσης.

Οι ωοθηκών σύνολα δεδομένων καρκίνου που χρησιμοποιούνται για την επικύρωση είναι φαινοτυπικά και κλινικά ετερογενείς, και περιέχουν διαφορετικές ιστολογικές υποτύπους, οι βαθμοί, προγνώσεις, τις θεραπείες και τα πρωτόκολλα παρακολούθησης. Εκτός αν αναφέρεται δεν είχαμε τον έλεγχο για παραλλαγή φαινότυπο? αντί εκμεταλλευτήκαμε την ετερογένεια σε σύνολα δεδομένων, ιδίως ιστολογία και ποιότητας, να διερευνήσει πώς η διαχωρισμένης στα δύο σχετίζονται με φαινότυπους πέραν εκείνων που εκπροσωπούνται στο σύνολο δεδομένων AOCS και να προσδιοριστεί ο βαθμός στον οποίο θα μπορούσε να γενικευθεί η βλαστική ικανότητα μοριακής ταξινομητή.

αποτελέσματα

Ανακάλυψη ενός βλαστικών κυττάρων-όπως Δευτερεύων σε καρκίνο των ωοθηκών

για να διερευνήσουν κατά πόσο ο καρκίνος των ωοθηκών έχει μια συνιστώσα στέλεχος-όπως, ελέγξαμε εάν γονίδια αναφερθεί ότι εκφράζεται από βλαστικά κύτταρα εκφράζονται επίσης σε ένα υποσύνολο των όγκων των ωοθηκών. Για να γίνει αυτό, εξάγαμε την ένωση όλων των ενηλίκων, τον καρκίνο, ή εμβρυϊκών βλαστικών (ES) υπογραφές γονιδιακής έκφρασης των κυττάρων σε GeneSigDB [35], όπως περιγράφεται στις Μεθόδους S1 για να δημιουργήσει μια λίστα με 2.632 γονίδια στελέχους-όπως (Πίνακας S3 στις Μεθόδους S1 ).

στη συνέχεια πήρε τα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης του καρκίνου των ωοθηκών AOCS (n = 145 ασθενείς) και θεωρούνται μόνο οι 2.632 γονίδια αναφερθεί ότι εκφράζεται σε βλαστικά κύτταρα. Για αυτό, εφαρμόσαμε ISIS [33], μια ανεξέλεγκτη αλγόριθμο με διμερή ομαδοποίησης που διαχωρίζει τυχαία δείγματα σε δύο υποσύνολα και επιλέγει τα γονίδια που συνδέουν τα περισσότερα σημαντικά με την κατάτμηση. ISIS εντοπίστηκαν είκοσι οκτώ ξεχωριστές διακριτές, στατιστικά σημαντική bipartitions των δεδομένων του ασθενούς, και καθένα από τα οποία εξετάστηκε περαιτέρω σύνδεσης με το βαθμό και την ελεύθερη νόσου επιβίωση.

Η κορυφή με διμερή βαθμολόγησης, στο εξής θα αναφέρεται ως ωοθηκών καρκίνος βλαστική ικανότητα διαχωρισμένης στα δύο διαφοροποιημένα δύο διακριτές υποομάδες ασθενών με καρκίνο των ωοθηκών: ένα σύνολο 121 ασθενών με χειρότερη πληγέν (p = 0,0541), η συνολική επιβίωση (ρ = 0.102), και ανώτερο βαθμό (ρ = 0,00326), η οποία ερμηνεύεται ως πιο «στέλεχος κύτταρο-όπως »όπως αυτούς τους όγκους υπερεκφράζεται ενός αριθμού γονιδίων που είναι γνωστό ότι σχετίζονται με βλαστική ικανότητα, και μια μικρότερη ομάδα από 24 ασθενείς με καλύτερη επιβίωση και κατώτερο βαθμό που αναφερόμαστε ως» διαφοροποιημένη «υποομάδα (Σχήμα 1).

(Α) heatmap των προφίλ γονιδιακής έκφρασης του 24 διαφοροποιείται (πράσινο) και 121 του στελέχους-όπως (μπλε) όγκοι από το σύνολο δεδομένων AOCS [10]. Οι όγκοι με εντολή αυξάνοντας βλαστική ικανότητα σκορ μοριακού υποτύπου, και τα 51 γονίδια ταξινομητής παραγγελθούν από πάνω προς τα κάτω με αύξηση υπερέκφραση στο στέλεχος που μοιάζει υποτύπου σύμφωνα με μια συγκεντρωτική

t-τεστ

. Οι καμπύλες Kaplan-Meier είναι σε σχέση με το (Β) ελεύθερη νόσου επιβίωση και (Γ) τη συνολική επιβίωση και δεν είναι σημαντικό σε p & lt? 0.05, αλλά αυτό είναι πιθανόν να οφείλεται στο μικρό μέγεθος της διαφοροποιημένης υποτύπου

Αφήστε-ένα-ασθενής-out διασταυρωμένης επικύρωσης διεξήχθη για να εξαγάγετε το πιο ισχυρό γονίδιο υπογραφή της παρούσας διαχωρισμένης στα δύο, με αποτέλεσμα ένα 51-γονιδίου βλαστική ικανότητα υπογραφής (Πίνακας S2 στο Μέθοδοι S1). Αν και τη σύνδεση της με διμερή με τη συνολική επιβίωση έδειξε μια τάση και δεν φτάνουν συμβατικής στατιστικής σημαντικότητας, η υπογραφή ήταν σημαντικά προγνωστικές σε επόμενες αναλύσεις, όταν το μέγεθος του δείγματος ήταν μεγαλύτερη (βλέπε παρακάτω).

Για να παράσχει περαιτέρω υποστήριξη για τους φαινοτύπους αποκαλύπτεται από την διαχωρισμένης στα δύο, ελέγξαμε εάν οι στόχοι γονίδιο που είναι γνωστό ότι εκφράζεται σε βλαστικά κύτταρα διαφορικά ρυθμίζονται μεταξύ του στελέχους-όπως και διαφοροποιημένα υποτύπους χρησιμοποιώντας ανάλυση γονίδιο σετ εμπλουτισμού (GSEA). Εξετάστηκαν δεκατρείς λίστες των γονιδίων (Πίνακας S4 στο Μέθοδοι S1), τα οποία έχουν προηγουμένως χρησιμοποιηθεί για να χαρακτηρίσει τα βλαστικά κύτταρα [7], αλλά δεν ήταν μεταξύ των αρχικών 83 υπογραφές που χρησιμοποιούνται για να ανακαλύψετε την υπότυπο του στελέχους-όπως των ωοθηκών. στόχοι Ενεργοποίηση του Nanog, Oct4, Sox2 και c-myc, τα οποία είναι ρυθμισμένα προς τα πάνω σε βλαστικά κύτταρα, επίσης ρυθμίζεται προς τα πάνω στο στέλεχος που μοιάζει υποτύπου, και οκτώ από τα εννέα από αυτές τις λίστες γονίδιο ήταν σημαντικά (ρ & lt? 0,05) διαφορετικά σε όλη την υποτύπους (Πίνακας 1). Τέσσερις σειρές Polycomb ρυθμιζόμενα γονίδια, τα οποία χαρακτηρίζουν περισσότερο διαφοροποιημένα κύτταρα, ήταν πάνω ρυθμισμένα στο διαφοροποιημένο υπότυπο σε σύγκριση με το στέλεχος που μοιάζει υποτύπου και ήταν κοντά στην σημαντικότητα (ρ & lt? 0,10). Δεδομένου ότι ορισμένα από αυτά τα σύνολα γονιδίου αναφέρονται ότι είναι εξαρτάται από τα γονίδια του πολλαπλασιασμού [7], πραγματοποιήσαμε επίσης μια τροποποιημένη ανάλυση σετ γονιδίων με γονίδια πολλαπλασιασμό αποκλείονται όπως περιγράφηκε προηγουμένως [7]. Ακόμη και με αυτή την τροποποίηση, το στέλεχος που μοιάζει υποτύπου εμπλουτίστηκε στη γονιδιακή έκφραση του ES [41] (ρ & lt? 0,0001), Nanog [42] (ρ & lt? 0,05), και c-Myc [43] (ρ & lt? 0,05) στόχους. Υψηλή έκφραση του ίδιου συνόλου γονίδιο ES αναφέρεται σε υψηλής ποιότητας, υποδοχέα οιστρογόνων (ER) -αρνητικοί όγκους του μαστού [7].

Η

Αναγνώριση Λειτουργική Σύνδεση με βασικοκυτταρικό-όπως ο καρκίνος του μαστού

για τον περαιτέρω χαρακτηρισμό των όγκων στο στέλεχος που μοιάζει με τον υπότυπο, πραγματοποιήσαμε GSEA χρήση όλων των συνόλων γονιδίων σε MSigDB [37] για να εντοπίσετε ποιες ομάδες γονιδίων εμπλουτισμένο σε γονίδια που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ των όγκων στα βλαστικά-όπως και διαφοροποιημένη υποτύπους ( και πάλι, αυτά τα σύνολα δεν περιλαμβάνουν τις σειρές γονιδίων αρχικά χρησιμοποιηθεί για να ανακαλύψετε την διαχωρισμένης στα δύο). Γονίδια υπερ-εκφράζονται από όγκους βλαστικών όπως ήταν ειδικά εμπλουτισμένα (p & lt? 0,0001) για γονιδιακή σύνολα που περιγράφουν κακή πρόγνωση και αδιαφοροποίητο καρκίνων? υψηλής ποιότητας, διηθητικό καρκίνο των ωοθηκών? Myc στόχους? και τα εμβρυϊκά βλαστικά κύτταρα, η μετάλλαξη BRCA 1, υποδοχέα οιστρογόνων (ER) -αρνητικοί κατάσταση, και το βασικοκυτταρικό-όπως υποτύπου στον καρκίνο του μαστού (Πίνακας S5). Σε αντίθεση, τα σύνολα γονίδιο εμπλουτισμένο έντονα το διαφοροποιημένο υπότυπο περιλαμβάνονται εκείνες που σχετίζονται με κυτταρικές προεξοχές (Πίνακας S6), ER-θετικό καρκίνο του μαστού, και το χαμηλό κακοήθους δυναμικού (LMP) και καρκίνου των ωοθηκών χαμηλού βαθμού (Πίνακας S5 στο Μέθοδοι S1).

και οι δύο υψηλής ποιότητας, ορώδες καρκίνο του μαστού των ωοθηκών και των βασικών-όπως παρατηρούνται σε γυναίκες με μετάλλαξη BRCA 1 [9], [44]. Να διερευνήσει την πρόβλεψη GSEA ότι το στέλεχος που μοιάζει με ορώδες καρκίνο των ωοθηκών μοριακή υπότυπος είναι εμπλουτισμένο για τα γονίδια που εκφράζονται επίσης σε υψηλό βαθμό βασική-όπως ο καρκίνος του μαστού, θα εφαρμοστεί διαγώνια ανάλυση γραμμικής διακρίνουσας [38] με τα δεδομένα του καρκίνου των ωοθηκών AOCS να εκπαιδεύσει μια βλαστική ικανότητα μοριακής ταξινομητή και προέβλεψε ότι η «στέλεχος-όπως» ή «διαφοροποιημένο» ταξινόμηση των όγκων σε δύο δημοσιεύτηκε σύνολα δεδομένων γονιδιακής έκφρασης του μαστού (Desmedt [24] και Veridex [25], [26] σύνολα δεδομένων). Ο κατάλογος γονίδιο που εφαρμόζεται στις σειρές δεδομένων του καρκίνου του μαστού δεν βελτιστοποιήθηκε για τον καρκίνο του μαστού, και οι βαθμολογίες DLD δεν δεικνύουν δικόρυφη κατανομές. Ωστόσο, για να διατηρηθεί η συνοχή με τη μεθοδολογία που εφαρμόστηκε στα δεδομένα του καρκίνου των ωοθηκών, χρησιμοποιήσαμε την ίδια προσέγγιση Gaussian μοντελοποίησης μείγμα να διχοτομήσει τις βαθμολογίες DLD των καρκίνων του μαστού ορισμό τους ως στέλεχος-όπως ή διαφοροποιημένα. Η προκύπτουσα βλαστική ικανότητα ταξινόμηση των όγκων του μαστού επιβεβαίωσε τις προβλέψεις ανάλυση του γονιδίου που? όγκους του μαστού αποδίδεται στο στέλεχος που μοιάζει με τον υπότυπο ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη σε βασικά μοιάζει με μοριακό υπότυπο προδιαγραφών και υψηλής ποιότητας (λογιστικής παλινδρόμησης δοκιμή αναλογία πιθανότητας p = 1,42 × 10

-9 και p = 0,00964, Desmedt και Veridex σύνολα δεδομένων αντίστοιχα – Πίνακας 2) τον καρκίνο του μαστού.

η

επαναληψιμότητα των φαινοτύπων «βλαστική ικανότητα» στην Ανεξάρτητη Σύνολα

για την επικύρωση των ωοθηκών στέλεχος-όπως και διαφοροποιημένη μοριακή υποτύπους μας, εφαρμόσαμε τη βλαστική ικανότητα DLD μοριακή ταξινομητή να τρία ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων ωοθηκών μικροσυστοιχιών και τα «δεδομένα υπόλοιπες AOCS» (n = 140) δεν χρησιμοποιήθηκε στην αρχική ανακάλυψη διαχωρισμένης στα δύο. Δύο σύνολα δεδομένων, Crijns et al. [22] και Dressman et al. [19], αποτελείτο από υψηλής στάδιο, ορώδες όγκους, ενώ τα άλλα δύο, ο Wu et al. σύνολο δεδομένων [20] και τα υπόλοιπα δεδομένα AOCS [10] ήταν ιστολογικά ετερογενή.

Κατ ‘αρχάς, επιβεβαίωσε τη συσχέτιση μεταξύ του βαθμού και του στελέχους που μοιάζει με μοριακό υπότυπο. Σε αυτά τα ανεξάρτητα στοιχεία, τα βλαστικά-όπως οι όγκοι είχαν υψηλότερο βαθμό στην Γου (n = 103, λογιστική παλινδρόμηση p = 1,63 × 10

-5), παραμένοντας AOCS (n = 140, p = 1,16 × 10

– 7), και Dressman (n = 118, p = 0,073) σύνολα δεδομένων.

Στη συνέχεια ερευνήσαμε το οποίο ιστολογική υποτύπους του καρκίνου των ωοθηκών ταξινομήθηκαν ως στέλεχος-όπως. Υδαρής είναι η πιο κοινή μορφή ιστολογική των επιθηλιακών όγκων των ωοθηκών, αλλά επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών είναι μια ετερογενής νόσος με μικτή δυναμικά κακοήθεια και ιστολογικών υποτύπων, συμπεριλαμβανομένων ενδομητριοειδές, σαφείς κυττάρων, και βλεννώδες [12], [13]. Παρά την αρχική κατάταξη που πραγματοποιείται μόνο σε κακοήθεις, ορώδες όγκων, η βλαστική ικανότητα μοριακής ταξινομητής διακρίσεις μεταξύ των διαφόρων ιστολογικών υποτύπων. Στο σύνολο δεδομένων Wu [20], οι περισσότεροι ορώδες όγκοι (29/41) ήταν «στέλεχος-όπως», αλλά οι περισσότεροι ενδομητριοειδές (22/37), σχεδόν καθόλου σαφές κυττάρων (7/8), και όλα βλεννώδες (13/13) όγκων, καθώς και όλα τα τέσσερα (4/4) «κανονική» δείγματα επιφανειακού επιθηλίου των ωοθηκών ήταν «διαφοροποιημένα».

Για να αξιολογηθεί περαιτέρω σύνδεσης με ιστολογική υπότυπο, εξετάσαμε την όλη τη δέσμη AOCS (n = 285). Αυτό το μεγαλύτερο σύνολο δεδομένων αποτελούνταν από το ορώδες ανακάλυψη σύνολο δεδομένων AOCS (n = 145) και τα υπόλοιπα δεδομένα AOCS (n = 140), η οποία περιελάμβανε LMP ορώδες όγκους και κακοήθεις ενδομητριοειδές και ορώδες όγκους παρατάσσονται από τοποθεσίες εκτός από την ωοθήκη. Παρατηρήσαμε ότι η διαφοροποιημένη υπότυπος ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη με ενδομητριοειδές όγκους (9/20, του Fisher δοκιμή p & lt? 0,05 μετά τη διόρθωση FWER [45]). Αξίζει να σημειωθεί ότι οι βαθμολογίες βλαστική ικανότητα DLD ήταν σημαντικά χαμηλότερα στα ορώδες όγκους LMP (Wilcoxon p-value τεστ rank-sum = 1,09 × 10

-4) από ό, τι στις κακοήθεις, διαφοροποιημένοι όγκοι, και σχεδόν όλοι (17/18) LMP όγκοι ταξινομούνται ως διαφοροποιημένα. Επιπλέον, στο πλαίσιο του στελέχους που μοιάζει με υπότυπο το σκορ DLD συσχετίστηκε σημαντικά με υψηλότερο βαθμό (p = 0,00159), αν και δεν συσχετιζόταν (p & gt? 0,05 μετά τη διόρθωση FWER) με το στάδιο, η συνολική επιβίωση ή την επιβίωση ελεύθερη νόσου, γεγονός που υποδηλώνει ότι περαιτέρω έρευνα σχετικά με την κλινική αξία της συνεχούς βαθμολογίας DLD μέσα σε υποτύπους είναι δικαιολογημένη.

το στέλεχος που μοιάζει με ταξινόμηση υποτύπου δεν ήταν ισοδύναμη με την κατάταξη που προτάθηκε πρόσφατα από Tothill et al. στην οποία ορώδες και ενδομητριοειδές όγκους αναγνωριστεί ως μία από τις έξι μοριακής υποτύπων, C1-C6 [10]. Οι όγκοι στέλεχος που μοιάζει με (n = 233) δεν είχαν ταξινομηθεί σε ένα ενιαίο μοριακό υποτύπο αλλά αντ ‘αυτού ήταν κυρίως διανέμονται μεταξύ φτωχών υποτύπων πρόγνωση C1 (n = 80), C2 (n = 48), C4 (n = 39), C5 ( n = 29) και Μη ταξινομημένος (n = 30). Ένας σημαντικός αριθμός των διαφοροποιημένων όγκων ήταν σε καλή πρόγνωση υποτύπους C3 μοριακό (n = 25) και C6 (η = 4), και οι υπόλοιπες 23 διαφοροποιημένα όγκοι διανέμονται μεταξύ των άλλων υποτύπων (Πίνακας 3). Έτσι, ενώ η διαχωρισμένης στα δύο περίπου διαχωρίζεται καλύτερη πρόγνωση χαμηλής ποιότητας υποτύπους C3 και C6 από τους άλλους και συμπίπτουν με την ταξινόμηση μοριακό υπότυπο ήταν σημαντική, κανένας συνδυασμός AOCS υποτύπων εξήγησε πλήρως την διαχωρισμένης στα δύο. Ωστόσο, πρέπει να σημειωθεί ότι η ταξινόμηση του υποτύπου C1-C6 ήταν υπολογίζονται σύμφωνα με

k

-means clustering [10], μια μέθοδο που δεν είναι αιτιοκρατική υπό την έννοια ότι ξανατρέξετε τον αλγόριθμο μπορούν να παράγουν διαφορετικές συστάδες , έτσι ώστε οι αναθέσεις από τις AOCS πρέπει να εξετάζεται μόνο approximate.Prognostic αξία του φαινοτύπου στελέχους-όπως.

η

στα τρία ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων επικύρωση και τα υπόλοιπα δεδομένα AOCS, όγκοι με το στέλεχος που μοιάζει με τον υπότυπο είχε χειρότερη πρόγνωση (Σχήμα 2). Ο υπότυπος στέλεχος-όπως είχαν τόσο σημαντικά χειρότερη συνολική επιβίωση (δοκιμασία log-rank p = 4,41 × 10

-7) και την επιβίωση ελεύθερη νόσου (p = 0,00127) στο υπόλοιπο σύνολο δεδομένων AOCS (n = 140) και χειρότερα συνολική επιβίωση στο Crijns (n ​​= 157, p = 0,021) και συνόλων δεδομένων Dressman (n = 118, p = 0,0354). Παρά το γεγονός ότι το σύνολο δεδομένων Wu [20] δεν περιλαμβάνουν στοιχεία επιβίωσης, οι όγκοι του στελέχους-όπως υποτύπου είχαν σημαντικά υψηλότερο στάδιο (n = 103, p = 1,03 × 10

-6), γεγονός που υποδηλώνει χειρότερη πρόγνωση.

στο υπόλοιπο σύνολο δεδομένων AOCS, το στέλεχος που μοιάζει με υπότυπος έχει έντονα χειρότερα (Α) ελεύθερη νόσου επιβίωση (p & lt? 0.001) και (Β) συνολική επιβίωση (p = 0,00127). Στα σύνολα δεδομένων (C) Crijns και (Δ) Dressman, το στέλεχος που μοιάζει με υπότυπος έχει σημαντικά χειρότερη συνολική επιβίωση (p = 0,022 και p = 0,035, αντίστοιχα).

Η

Η διαπίστωση πιθανών κλινικής σημασίας είναι ότι η βλαστική ικανότητα μοριακό ταξινομητής μπορεί επίσης να είναι προγνωστικός εντός υψηλής ποιότητας, υψηλής στάδιο ορώδης καρκίνο των ωοθηκών. Ο υπότυπος στέλεχος που μοιάζει είχαν χειρότερη ελεύθερη νόσου (p = 0,0053) και τη συνολική επιβίωση (p = 0,0299) σε υψηλής ποιότητας, κακοήθεις όγκους του συνόλου του συνόλου δεδομένων AOCS. Σε ανεξάρτητη ανάλυση του κάθε ιστολογία, το στέλεχος που μοιάζει με τον υπότυπο συνδέθηκε με φτωχότερες ελεύθερη νόσου επιβίωση σε υψηλής ποιότητας ορώδες (p = 0,0447), αλλά δεν ήταν ένας σημαντικός προγνωστικός παράγοντας σε όγκους ενδομητριοειδές υψηλής ποιότητας (p = 0.278). Στις Crijns και Dressman σύνολα δεδομένων, τα οποία ήταν αποκλειστικά υψηλής στάδιο ορώδες όγκων, η βλαστική ικανότητα μοριακή ταξινομητής εντοπιστεί ένα μικρό υποσύνολο των διαφοροποιημένων όγκων υποτύπου με την καλύτερη συνολική επιβίωση (Σχήμα 2). Επίσης, σε όλη σύνολα δεδομένων η διαφοροποιημένη υποτύπου περιλαμβάνεται ένας μικρός αριθμός των υψηλής ποιότητας όγκους (βαθμοί 2 ή 3) [14] με την καλύτερη πρόγνωση. Περαιτέρω ανάλυση για να καθοριστεί εάν αυτή η ταξινόμηση είναι χρήσιμη για τον εντοπισμό όγκων υψηλού βαθμού πιο πιθανό να έχουν θετική έκβαση.

Ο υπότυπος στέλεχος-όπως συνδέθηκε με φαινοτύπους συχνά προγνωστικά κακή έκβαση (Πίνακας 3), αλλά προγνωστική ικανότητα του στελέχους που μοιάζει με τον υπότυπο δεν έχει εξηγηθεί πλήρως από αυτές τις κοινές κλινικές μεταβλητές. Σε ολόκληρη την AOCS συνόλου δεδομένων το στέλεχος που μοιάζει με τον υπότυπο ήταν ισχυρός προγνωστικός παράγοντας της έκβασης (μονοπαραγοντική ανάλυση DFS p = 3,23 × 10

-6, OS p = 0,00122), σχετίστηκε με μεγαλύτερη ηλικία των ασθενών (p & lt? 0.05), και ήταν έντονα (p & lt? 0.001 μετά από διόρθωση FWER [46]) που συνδέονται με την υψηλή στάδιο? περιτοναϊκή παραταγμένοι ιστοσελίδα, ένα site στο οποίο διαδίδεται συχνά υψηλής ποιότητας καρκίνο των ωοθηκών? και μεγαλύτερη υπολειμματικής νόσου μετά από χειρουργική επέμβαση.

Παρά τις εν λόγω ενώσεις, σε πολυπαραγοντική ανάλυση, η διαχωρισμένης στα δύο βλαστική ικανότητα παρέμεινε ένα ισχυρό προγνωστικό παράγοντα χειρότερη ελεύθερη νόσου επιβίωση. Το με διμερή παρέμεινε σημαντικός προγνωστικός δείκτης επιβίωσης ελεύθερης νόσου κατά τη ρύθμιση για ένα (p & lt? 0.005) ή δύο μεταβλητές μεταξύ το στάδιο, το βαθμό και υπολειμματικής νόσου (Πίνακας 4) ή οποιοδήποτε συνδυασμό των δύο μεταβλητών (p & lt? 0,05) στον Πίνακα 3, με εξαίρεση την προσαρμογή τόσο για το στάδιο και χαμηλό δυναμικό κακοήθειας (p = 0,0785). Αξίζει να σημειωθεί ότι, το στέλεχος που μοιάζει με τον υπότυπο είχαν σημαντικά χειρότερη επιβίωση ελεύθερη νόσου (p = 0,0143) σε πολυπαραγοντική ανάλυση προσαρμογή για το βαθμό, ιστολογική υπότυπο, και χαμηλού δυναμικού κακοήθειας. Ακόμα και όταν προσαρμογή για το στάδιο, χαμηλό δυναμικό κακοήθειας, ιστολογικές υπότυπο, και βαθμό, το στέλεχος που μοιάζει με τον υπότυπο είχε ακόμα ένα 54% αυξημένες πιθανότητες υποτροπής, αν και αυτό δεν ήταν σημαντική (p = 0,126).

Η

Stem-όπως όγκοι έχουν Χαρακτηριστικά του τύπου ΙΙ καρκίνου των ωοθηκών

Ένα πρόσφατο μοντέλο παθογένεση του καρκίνου των ωοθηκών χωρίζει όγκων σε τύπου Ι, το οποίο είναι χαμηλής ποιότητας και ιστολογικά ποικίλες, και τύπου ΙΙ, η οποία είναι υψηλής ποιότητας και ως επί το πλείστον ορώδες [12], [13]. Μια μοριακή ταξινόμηση γονίδιο βάσει υπογραφής τύπου Ι, καρκίνο των ωοθηκών /II δεν έχει ακόμη περιγραφεί, και Type I /II διακρίνονται βασίζονται σε μεγάλο βαθμό στις μορφολογικές τους ιδιότητες (Πίνακας 5). Σε σύγκριση μοριακών υποτύπων μας σε αυτές τις μορφολογικές ταξινομήσεις, βρήκαμε όγκοι βλαστικών σαν να έχουν τα χαρακτηριστικά του τύπου ΙΙ όγκων των ωοθηκών και των διαφοροποιημένων όγκους να είναι παρόμοια με τύπου Ι (Πίνακας 5).

Η

Τόσο Τύπος II και το στέλεχος που μοιάζει υποτύπου σχετίζονται με κακή πρόγνωση, υψηλής ποιότητας ορώδης όγκους (Πίνακας 5). Αν και επίσημη αξιολόγηση του επιπολασμού και θνησιμότητας των βλαστικών-όπως και διαφοροποιημένη υποτύπους »θα επιβάλουν στους υποψήφιους τυχαία δειγματοληψία των ωοθηκών καρκινώματα και μετέπειτα ταξινόμηση, τα βλαστικά-όπως ιδιότητες υποτύπου φαίνεται να είναι συνεπής με τις εκθέσεις σχετική επικράτηση και θνησιμότητα τύπου ΙΙ (πίνακας 5 ).

Μεταλλάξεις χαρακτηριστικό του καρκίνου των ωοθηκών τύπου II βρίσκονται στο στέλεχος που μοιάζει με υπότυπο. Οι όγκοι τύπου II πιστεύεται ότι προκύπτουν από πρόδρομα βλάβες σε φαλλοπειά επιθήλιο σωλήνα και έχουν «υπογραφές p53» που έχουν ισχυρή ανοσοαντιδραστικότητα ρ53 και ρ53 συνήθως μεταλλάξεων [13]. Έχει αναφερθεί ότι οι περισσότεροι όγκοι II Τύπος ωοθηκών (& gt? 80%) έχουν μετάλλαξη p53 [12]. TCGA δεδομένα καρκίνο των ωοθηκών αποτελείται από 489 υψηλής ποιότητας ορώδες αδενοκαρκινώματα των ωοθηκών και σχεδόν όλα έχουν ΤΡ53 μετάλλαξη (96%) [11]. Kim et al. Πίνακας S3.