Αφηρημένο

Οι επιλογές θεραπείας για τον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας βασίζεται κυρίως σε κλινικό στάδιο ΦΥΓΩ και την μετεγχειρητική αξιολόγηση των προγνωστικών παραμέτρων, συμπεριλαμβανομένων των όγκων διαμέτρου, parametrial και τη συμμετοχή των λεμφαδένων, Βάσω-εισβολή, το βάθος διείσδυσης, και ιστολογικό τύπο. Ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν να αξιολογήσει γενωμική αλλαγές στην ογκώδη τραχήλου όγκους και η σχέση τους με κλινικές παραμέτρους, χρησιμοποιώντας πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου (SNP) -την ανάλυση.

Flow-διαλεγμένων κυττάρων όγκου και φυσιολογικών κυττάρων ταιριαστού ασθενούς εκχυλίστηκαν από 81 ογκώδη τραχήλου της μήτρας όγκους. DNA-δείκτη (DI) μέτρηση και ολόκληρο το γονιδίωμα SNP-ανάλυση εκτελέστηκαν. Τα δεδομένα αναλύθηκαν για την ανίχνευση αριθμού αντιγράφων αλλοιώσεις (ΚΥΠΕ) και την κατάσταση ισορροπίας αλληλομόρφων: ισορροπημένη, ανισόρροπη ή καθαρή ΑΕ, και η σχέση τους με κλινικές παραμέτρους

Το DI κυμαινόταν 0,92 έως 2,56.. Καθαρό ΑΕ βρέθηκε σε ≥40% των δειγμάτων στο χρωμόσωμα όπλα 3ρ, 4ρ, 6ρ, 6q και 11q, κέρδη ΣΟ & gt? 20% για 1q, 3q, 5ρ, 8q και 20q, και οι ζημίες από 2q, 3ρ , 4ρ, 11q, 13q και. Πάνω από το 40% παρουσίασε κέρδος από 3q. Οι μόνες βρέθηκαν σημαντικές διαφορές μεταξύ των ιστολογικών τύπων (squamous, αδενο και αδενοχοληδωτό) σε αναλογία μικρότερη ένταση αλληλόμορφο (LAIR) (p = 0,035) και στην ανάλυση CNA (p = 0,011). Περισσότερες απώλειες βρέθηκαν στο 2q χρωμόσωμα-βραχίονα (FDR = 0,004) σε πλακώδη καρκινώματα και περισσότερα κέρδη για 7ρ, 7q, και 9p σε αδενοχοληδωτό όγκους (FDR = 0,006, FDR = 0,004, και FDR = 0,029).

Όλη η ανάλυση του γονιδιώματος των ογκωδών καρκίνου του τραχήλου της μήτρας εμφανίζει εκτεταμένες αλλαγές στην αλληλομόρφων ισορροπία και CN. Οι συνολικές γενετικές αλλαγές και CNA σε συγκεκριμένες χρωμόσωμα όπλα διέφερε μεταξύ των ιστολογικών τύπων. Καμία σχέση βρέθηκε με τις κλινικές παραμέτρους που υπαγορεύουν σήμερα την επιλογή της θεραπείας

Παράθεση:. Van den Tillaart SAHM, Corver ΕΜΕΙΣ, Ruano Neto D, ter Haar NT, Goeman JJ, Trimbos JBMZ, et al. (2013) Απώλεια της ετεροζυγωτίας και αριθμός αντιτύπου μεταβολές στη ροή-Κατάταξη σύμφωνα Ογκώδης τον καρκίνο του τραχήλου. PLoS ONE 8 (7): e67414. doi: 10.1371 /journal.pone.0067414

Επιμέλεια: Hiromu Suzuki, Σαπόρο Ιατρικό Πανεπιστήμιο, την Ιαπωνία

Ελήφθη: 21 Νοεμβρίου, 2012? Αποδεκτές: 20 Μαΐου, 2013? Δημοσιεύθηκε: 9 Ιουλίου 2013

Copyright: © 2013 van den Tillaart et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση: Δ. Ruano Neto λάβει χρηματοδότηση από την επιχορήγηση 93518025 της γονιδιωματικής πρωτοβουλίας Κάτω Χώρες (NGI). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Προγνωστικοί παράγοντες για τον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας

Ο καρκίνος του τραχήλου είναι μία από τις πιο συχνές γυναικολογικών καρκίνων σε όλο τον κόσμο. Μετά τη χειρουργική θεραπεία του τραχήλου της μήτρας όγκους, προγνωστικούς παράγοντες για την επιβίωση περιλαμβάνουν τις κλινικές παραμέτρους στάδιο ΦΥΓΩ, διαμέτρου του όγκου, του όγκου στο parametria, όγκου θετική πυελική λεμφαδένες, Βάσω-εισβολή, και το βάθος διείσδυσης. Ιστολογικός τύπος σχετίζεται επίσης με την πρόγνωση, και αξιολογείται τόσο πριν όσο και μετά την επέμβαση [1] – [4]. Παρά το γεγονός ότι οι παράμετροι μπορεί να καθορίζεται εν μέρει προεγχειρητικά με κλινική εξέταση, απεικόνιση, ή η παθολογική αξιολόγηση των δειγμάτων βιοψίας, οι περισσότερες παραμέτρους οριστικά μόνο μετά την μετεγχειρητική παθολογική εξέταση των χειρουργικών δειγμάτων. Παρουσία ή απουσία αυτών των παραγόντων είναι προγνωστικών συνάφεια και συνεπώς χρησιμοποιείται για την επιλογή τόσο της πρωτοβάθμια επεξεργασία, και να αποφασίσει αν επικουρική χημειοθεραπεία και /ή ακτινοθεραπεία είναι απαραίτητες.

Χειρουργική θεραπεία θεωρείται ότι είναι η βέλτιστη πρωτοβάθμια επεξεργασία για τραχήλου της μήτρας όγκους μικρής διαμέτρου (& lt? 4 εκατοστά, ΦΥΓΩ στάδιο & lt? 1B2). Τα τοπικά επεκταθεί όγκους (ΦΥΓΩ 2b ή υψηλότερη) αντιμετωπίζεται κατά κύριο λόγο από χημειο-ακτινοβολία. Υπάρχει, ωστόσο, δεν υπάρχει παγκόσμια συμφωνία για τη βέλτιστη κύρια θεραπεία για τον καρκίνο του τραχήλου ογκώδη (διάμετρος & gt? 4 εκατοστά, ΦΥΓΩ ≥1b2-2b), αν και η ακτινοθεραπεία ή χειρουργική επέμβαση είναι οι επιλογές [5] – [13]. Πρόσφατα, η ομάδα μας ανέφερε μια πιθανή πρόσθετη προγνωστικό παράγοντα για ογκώδη τραχήλου της μήτρας όγκους. Ασθενείς με σχήμα βαρελιού (πλευρική επέκταση ≥1.5 × κρανιο-ουραία επέκταση) ογκώδης όγκων έδειξαν μία χειρότερη ελεύθερη νόσου και συνολική επιβίωση μετά από χειρουργική θεραπεία, σε σύγκριση με εξωφυτικό (όλα τα άλλα) όγκων. Πρωτογενής χειρουργική θεραπεία, παρά ακτινοθεραπεία ή χημειοθεραπεία-ακτινοβολία, έχει προταθεί ως η βέλτιστη θεραπεία για ασθενείς με ογκώδη εξωφυτικό όγκους [14].

Η δυνατότητα να επιλέξετε πιο ομοιογενείς υποομάδες ασθενών με αυχενική όγκους μπορεί να βοηθήσει στην η επιλογή του πλέον κατάλληλου στρατηγική θεραπείας για τους μεμονωμένους ασθενείς. Ταυτοποίηση ασθενών με συγκεκριμένες γενετικές μοτίβα μπορεί να είναι ένας τρόπος για να επιτευχθεί αυτός ο στόχος. Γενετικές αλλαγές θα μπορούσαν να αξιολογείται αντικειμενικά, προεγχειρητικά, σε βιοψίες όγκων, ενδεχομένως παρέχοντας μια πιο ακριβή πρόβλεψη της σκηνής και κλινικής συμπεριφοράς από τη φυσική εξέταση του ασθενούς. Επιπλέον, γενετικές προφίλ θα μπορούσε να παρέχει πληροφορίες σχετικά με τα γονίδια ή οδούς υπεύθυνες για την ανάπτυξη του όγκου και τη μετάσταση.

Genetic profiling

Η εξέλιξη των κανονικών κυττάρων σε καρκίνο συνοδεύεται από αλλαγές στο DNA, και γενετική προφίλ έχουν τεκμηριωθεί για διάφορους τύπους καρκίνου. Αυτά τα προφίλ έχουν σε μεγάλο βαθμό με τη χρήση arrayCGH, και έχουν επομένως περιοριστεί να αντιγράψετε τον αριθμό αλλαγών. Σε αυτή τη μελέτη, χρησιμοποιήσαμε νουκλεοτιδίου πολυμορφισμός (SNP) συστοιχίες και μόνο για να προσδιοριστεί η γενετική προφίλ των πληθυσμών όγκου ροής ταξινομημένο. Αυτή η προσέγγιση έχει το πλεονέκτημα του προσδιορισμού επίσης αλληλόμορφο-ειδικών αλλαγών, εκτός από τον αριθμό αντιτύπου αλλοιώσεις (CNA), σε καθαρή καρκινικά κύτταρα. Προκειμένου να περιλαμβάνουν απώλεια της ετεροζυγωτίας (ΑΕ) στην ανάλυση, έχουμε αναπτύξει την προσέγγιση μικρότερη αναλογία έντασης αλληλόμορφο (LAIR), η οποία επιτρέπει την αξιολόγηση των διακριτών αλληλόμορφο τον αριθμό αντιγράφων (ΣΟ) για όλες τις γονιδιωματικές περιοχές [15]. Αυτή η μέθοδος επιτρέπει την ταξινόμηση του διακριτού συνόλου των ΣΟ καθώς και οι δύο το άθροισμα των δύο αλληλόμορφα και ως κράτος ισορροπία, η οποία μπορεί στη συνέχεια να χωριστούν σε 3 κατηγορίες:. Ισορροπημένη, ανισορροπία και ΑΕ

Η στατιστική ανάλυση των διαφορών στη γενετική προφίλ μεταξύ των ομάδων των όγκων έχει αποδειχθεί ότι είναι δύσκολη. Η φύση των γενετικών αλλαγών σε όγκους προκαλεί ισχυρές συσχετίσεις μεταξύ των μετρήσεων από τις γειτονικές ανιχνευτές, οι συσχετισμοί που δεν χρησιμοποιείται σωστά σε κοινώς χρησιμοποιούνται στατιστικές δοκιμές. Στην παρούσα μελέτη θα παρουσιάσουμε μια στατιστική μέθοδος που βασίζεται στην παγκόσμια δοκιμή [16], η οποία εκτελεί πολλαπλές διόρθωση δοκιμές σωστά στην παρουσία συσχετίζεται έντονα τιμές. Ένα άλλο πλεονέκτημα της παγκόσμιας δοκιμή είναι ότι μπορεί να ελεγχθεί η υπόθεση ότι οι ομάδες των δειγμάτων είναι οι ίδιες σε ολόκληρη επίπεδο γονιδιώματος, και να κάνετε ζουμ σε όπλα χρωμόσωμα όταν μια διαφορά μεταξύ των ομάδων έχει βρεθεί.

Στόχος της μελέτη

Ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν να προσδιορίσει γενετικών αλλαγών που συνδέονται με έναν ή περισσότερους προγνωστικούς παράγοντες σε ασθενείς με καρκίνο του τραχήλου της μήτρας. Η προσέγγισή μας ήταν να χρησιμοποιήσετε ανάλυση της σειράς SNP στις ταμειακές-ταξινομημένο καρκινικού ιστού FFPE από ογκώδη καρκίνων του τραχήλου.

Για τις γνώσεις μας, αυτή είναι η πρώτη μεγάλης κλίμακας, ολόκληρο το γονιδίωμα SNP μελέτης σειρά από αυτό το στάδιο του τραχήλου της μήτρας όγκων, και δεν δημοσίευση έχει ακόμη περιγραφεί μια γονιδιωματική προφίλ του τραχήλου της μήτρας όγκων με βάση την ανάλυση της σειράς SNP καθαρό ιστό του όγκου. Επιπλέον, αυτή είναι η πρώτη ολόκληρο το γονιδίωμα SNP μελέτης σειρά από μια μεγάλη ομάδα ογκώδη τραχήλου της μήτρας όγκους σε σχέση με τις γενετικές αλλαγές σε κατάσταση ισορροπίας και CN, και η σχέση τους με δυσμενείς προγνωστικούς παράγοντες.

Υλικά και Μέθοδοι

δείγματα

ιστός από 107 καρκινώματα του τραχήλου, καθώς και σε συνδυασμό κανονική (μη θιγούν) του ενδομητρίου ή /και των λεμφαδένων ιστού, ελήφθη από την τράπεζα ιστών FFPE του Τμήματος Παθολογίας, Leiden University Medical Center (ΤΕΔΚ). Τα δείγματα εξετάζονται σύμφωνα με τις ιατρικές ηθικές κατευθυντήριες γραμμές περιγράφονται στον Κώδικα Ορθή Δευτεροβάθμια χρήση ανθρώπινων ιστών ιδρύθηκε από την ολλανδική Ομοσπονδία Ιατρικών Επιστημών (www.federa.org). ομάδα μελέτης μας αποτελούνταν από ασθενείς που ζουν στην Ολλανδία και στο Σουρινάμ. Όλοι οι ασθενείς που παρουσιάζονται με ογκώδη καρκίνο του τραχήλου ΦΥΓΩ στάδιο ≥1b2-2b και έλαβε πρωτοβάθμια χειρουργική θεραπεία στο LUMC μεταξύ Ιανουαρίου 1984 και Νοεμβρίου 2000, συμπεριλήφθηκαν στην ομάδα μελέτης. Ένας μεγάλος αριθμός των κλινικών παραμέτρων έχουν χαρακτηριστεί σε αυτούς τους ασθενείς, αλλά για αυτή τη μελέτη έχουμε επιλέξει να ερευνήσει επτά κλινικές παραμέτρους που είναι γνωστό ότι είναι προγνωστική αξία: διάμετρος όγκου, ιστολογικό τύπο, parametrial εμπλοκή, πυελική λεμφαδένες κατάσταση κόμβο, αγγειο-εισβολή, διήθηση το βάθος, και του τρόπου ανάπτυξης. Το πρότυπο ανάπτυξης ορίστηκε σαν σχήμα βαρελιού, εάν η πλευρική επέκταση του όγκου ήταν ≥1.5 × κεφαλοουριαία επέκταση του όγκου? Αλλιώς ο όγκος είχε χαρακτηριστεί ως εξωφυτικό. Ιστολογική πληκτρολόγηση (squamous, αδενο, αδενοχοληδωτό, ή μικτό όγκους) βασίστηκε σε ιστοχημική χρώση με Η &? Ε, υπεριωδικό οξύ-Schiff (PAS) αντιδραστήριο, και μπλε της Αλσατίας για βλεννίνης ανίχνευση. Η χρήση αυτού του επιπλέον χρώση έχει εδραιωθεί μεταξύ Παθολόγοι [17]. στάδιο ΦΥΓΩ δεν είχε συμπεριληφθεί στις αναλύσεις δεδομένου ότι οι διάφορες μετεγχειρητικές χαρακτηριστικά επικάλυψη με, και πιο ακριβή από ό, τι τα χαρακτηριστικά που χρησιμοποιούνται για την προεγχειρητική σταδιοποίηση ΦΥΓΩ.

δείγμα ιστού προετοιμασία

Παραφίνη τμήματα που λαμβάνονται από όλα τα δείγματα ήταν H & amp? Ε βάφονται και επανεξετάζονται από έναν παθολόγο (GJF). Το οζίδιο όγκου σημαδεύτηκε από την H & amp? Ενότητα Ε, το οποίο χρησιμοποιήθηκε ως οδηγός για να τακτοποιήσει το φυσιολογικό ιστό από μπλοκ παραφίνης πριν από κυτταρομετρίας ροής κατεργασία. Ο όγκος αρνητική κατάσταση των μπλοκ που περιέχουν φυσιολογικό ιστό (είτε όγκου αρνητική λεμφαδένες ή ενδομήτριου ιστού) εξετάστηκε από ιστολογία και επιβεβαιώθηκε. Κυτταρικά εναιωρήματα παρασκευάσθηκαν για κυτταρομετρία ροής, όπως περιγράφεται λεπτομερώς αλλού [18], [19]. Εν συντομία, έξι έως δέκα 60 μm τομές που λαμβάνονται από κάθε μπλοκ παραφίνης. Οι τομές αποκηρωμένου και περαιτέρω επεξεργασία μέχρι να ληφθεί ένα κυτταρικό εναιώρημα. Τα κύτταρα στη συνέχεια συλλέχθηκαν, πλύθηκαν, μετρήθηκαν και αποθηκεύτηκαν σε πάγο πριν από την περαιτέρω επεξεργασία.

Η ανοσοκυτταροχημεία κυτταρικών αιωρημάτων

Η ανοσοκυτταροχημεία έχει περιγραφεί λεπτομερώς αλλού [18], [19]. Εν συντομία, πέντε εκατομμύρια κύτταρα επωάστηκαν σε ένα μίγμα μονοκλωνικών αντισωμάτων που στρέφονται εναντίον κερατίνη ή βιμεντίνης. Τα ακόλουθα MAbs χρησιμοποιήθηκαν: αντι-κερατίνης MNF116 (ϋΑΚΟ, Glostrup, Denmark), αντι-κερατίνης AE1 /ΑΕ3 (Millipore-Chemicon, Billerica, ΜΑ), και αντι-βιμεντίνης V9-2b (αραιωμένο 1:05) (Αντισώματα για έρευνα Εφαρμογές BV, Γκούντα, Ολλανδία). Τα κύτταρα επωάστηκαν με προαναμεμειγμένα FITC- ή RPE-επισημασμένα δευτερογενή αντιδραστήρια (αίγας F (ab2) «αντι-ποντικού IgG1-FITC και κατσίκας F (ab2)« αντι-ποντικού IgG2b-RPE [Southern Biotechnology Associates, Birmingham, AL]), και το DNA σημάνθηκε με DAPI (Sigma-Aldrich, Zwijndrecht, Ολλανδία) [20].

η κυτταρομετρία ροής και τη διαλογή

Χρησιμοποιώντας ένα LSRII (BD Biosciences, Erembodegem, Βέλγιο) κυτταρόμετρο ροής, ένα πύλη δημιουργήθηκε για να συγκεντρώσει 20.000 κερατίνη θετικά μόνο τα γεγονότα των κυττάρων κατά τη διάρκεια της απόκτησης. Τυπική σετ φίλτρων χρησιμοποιήθηκαν για την ανίχνευση του FITC, R-PE και φθορισμός DAPI. Ένα αρχείο δεδομένων που περιέχονται όλα τα γεγονότα. Οι WinList 6.0 και ModFit 3.2.1 πακέτα λογισμικού (Verity Software House, Inc., Topsham, ΜΕ) χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση των δεδομένων και ο δείκτης DNA (DI) υπολογισμός (διάμεση τιμή του G

0G

1 πληθυσμού των καρκινικών κυττάρων κλάσμα /διάμεσος των G

0G

1 πληθυσμό του κλάσματος στρωματικών κυττάρων). Με σκοπό τον διαχωρισμό καρκινικά κύτταρα από γενετικώς φυσιολογικά κύτταρα (συνδετικός ιστός, lymphocyes και τα αιμοφόρα αγγεία) [21], [22]. κερατίνη-θετικά και φυσιολογικά κύτταρα βιμεντίνης θετικά συλλέχθηκαν χωριστά, χρησιμοποιώντας ένα FACSAria Ι ροή-διαλογέας σε 40 psi (BD Biosciences, Erembodegem, Belgium). Σε περιπτώσεις όπου κυτταρομετρίας ροής ανιχνεύεται περισσότερα από ένα πληθυσμό κυττάρων όγκου κερατίνη-θετικό, και οι δύο πληθυσμοί διαχωρίστηκαν ανεξάρτητα. Η επικρατέστερη πληθυσμός DNA επιλέχθηκε να υποβληθεί σε ανάλυση της σειράς SNP.

απομόνωση DNA πραγματοποιήθηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [23]. Σε περιπτώσεις όπου ενδομητρίου ή των λεμφαδένων ιστός δεν ήταν διαθέσιμο, DNA από διαλεγμένα κλάσματα στρώματος του όγκου των κυττάρων χρησιμοποιήθηκε ως αναφορά [23].

SNP σειρά

Το Golden Gate πίνακα Linkage V, που αποτελείται 4 συστοιχίες με συνολικά 6000 SNPs (Illumina, San Diego, USA), χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση που προέρχονται από όγκους DNA, μαζί με DNA από συμφωνημένα κανονικό /μη-προσβεβλημένο ιστό. Οι ανιχνεύσεις πραγματοποιήθηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [24]. Η επίλυση αυτού του προσδιορισμού είναι σχετικά χαμηλό, αλλά σε αντίθεση με άλλες ανιχνεύσεις SNP μπορεί να χρησιμοποιηθεί με FFPE που προέρχονται DNA [24], [25]. Αυτά SNP αναλύσεις για FFPE ιστούς εκτενώς επικυρωθεί προηγουμένως με ανάλυση FISH [15], [24] – [26]. Τα δείγματα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία σε 6 παρτίδες των 48 δειγμάτων, και τα δείγματα του ίδιου ασθενούς ήταν πάντα σε επεξεργασία στην ίδια παρτίδα. Ένα 7

ου παρτίδα χρησιμοποιήθηκε για να επαναλάβει προσδιορισμούς με χαμηλή ποιότητα. Τα δείγματα γονότυπος στο Illumina Beadstudio 2.3. Οι συστάδες γονότυπο αναφοράς προήλθαν από τα κανονικά δείγματα στο σύνολο δεδομένων, και γονότυπους και εντάσεις αλληλόμορφο εξήχθησαν. Το πακέτο beadarraySNP χρησιμοποιήθηκε για περαιτέρω επεξεργασία των δεδομένων. Τα βήματα ανάλυση απεικονίζεται στο Σχήμα 1. SNPs που απέκλινε σημαντικά από την ισορροπία Hardy-Weinberg (σε επίπεδο σημαντικότητας 0.05, διαιρούμενο με τον αριθμό των SNPs που αναλύθηκαν = 0,00001), και SNPs με έναν ρυθμό κλήση μικρότερο από 95% σε ελέγχους, αφαιρέθηκαν για να αποτρέψει την πιθανότητα λαθών του γονότυπου. Όλες οι δοκιμασίες με διάμεση ένταση του παρακάτω 2.000 για ένα από τα αλληλόμορφα απορρίφθηκαν και επαναλαμβάνονται σε παρτίδα 7. κανονικοποίηση υποδιαιρείται σε 4 βήματα: Ι) την κανονικοποίηση των εντάσεων για επίδραση βαφή – ποσοστημόριο ομαλοποίηση εφαρμόστηκε για να κάνουν την κατανομή των εντάσεων τόσο χρωστικές ουσίες ταυτόσημες, ΙΙ) ανά δείγμα μεταξύ ποσοστημόριο δοκιμασία ομαλοποίηση να εξισώσει τις διαφορές έντασης, III) εντός κανονικοποίηση του δείγματος σε κλίμακα η μέση ένταση του κάθε αλληλόμορφο σε 1, IV) ανά SNP μεταξύ εξομάλυνση δείγμα χρησιμοποιώντας τα δείγματα αναφοράς (η οποία κλιμακώνει τη συνολική ένταση της SNPs και διορθώνει την ειδική προκατάληψη αλληλόμορφο χρησιμοποιώντας ένα γραμμικό μοντέλο μεταξύ του λόγου B-αλληλόμορφο και συνολική ένταση). Συμφωνήθηκε φυσιολογικά δείγματα χρησιμοποιήθηκαν για την επιλογή των ενημερωτικών ετερόζυγο SNPs. Η LAIR υπολογίστηκε για όλες τις πληροφοριακές SNPs στα δείγματα του όγκου. Η τιμή LAIR είναι βασικά η Β-αλληλόμορφο αναλογία, η αναλογία της έντασης της Β-αλληλόμορφο και τη συνολική ένταση, αντικατοπτρίζεται στον άξονα συμμετρίας του σε 0,5, και κλιμακώνονται σε μια τιμή μεταξύ 0 και 1. Αυτό καθιστά εύκολο να υπολογιστεί μέσους όρους και επιτρέπει την τμηματοποίηση. Προκειμένου να εντοπίσει περιοχές του γονιδιώματος με πανομοιότυπα ΣΟ και την ισορροπία κατάσταση, τα δεδομένα διαστήματα με κυκλικές δυαδική κατάτμησης στις προεπιλεγμένες ρυθμίσεις του πακέτου DNAcopy R [27]. Για κάθε όγκο, πρώτα η ένταση σήματος κάθε χρωμόσωμα κατά διαστήματα, που ακολουθείται από ένα υπο-κατάτμηση των αποκτήθηκαν προηγουμένως τμήματα του LAIR [15]. Με το συνδυασμό της συνεχούς ΣΟ (ένταση σήματος) και την αξία φωλιά ενός τμήματος με το δείκτη του DNA του δείγματος μετριέται με κυτταρομετρία ροής, έχουμε αναπτύξει μια νέα μέθοδο καλώντας που εκχωρεί μια κατάσταση αλληλομόρφων για κάθε τμήμα [15]. Στην παρούσα κατάσταση μελέτη αλληλομόρφων διακρίθηκε μαζί 2 διαστάσεις. Για κάθε τμήμα, διακριτή ΣΟ και μια κατάσταση ισορροπίας αποδόθηκε. Η διακριτή CN είναι ένα απόλυτο μέτρο εκχωρηθεί σε τμήματα κατά τέτοιο τρόπο ώστε ο μέσος διακριτές τιμές CN σε όλα τα τμήματα θα πρέπει να αντανακλά το δείκτη DNA του δείγματος. Η ισορροπία μεταξύ αλληλόμορφα χωρίστηκε σε 3 πιθανά αποτελέσματα: ισορροπημένη τμήματα – με τον ίδιο κωδικό ΣΟ για τα δύο αλληλόμορφα και μια τιμή LAIR κοντά στο 1? ΑΕ – τμήματα με μόνο ένα αλληλόμορφο παρόν και μια αξίας LAIR κοντά στο 0? ισορροπημένη τμήματα – με διαφορετικές ΣΟ για τα δύο αλληλόμορφα και μια τιμή LAIR μεταξύ 0 και 1.

Τα δεδομένα είναι έτοιμη τροφή για να αποκτήσουν την ποιότητα ελέγχεται και κανονικοποιημένες τιμές για την ένταση και LAIR. Μαζί με το DNA δείκτη αυτές ερμηνεύονται σε διακριτά και κατηγορηματική κλίμακα. Το ενσωματωμένο διάγραμμα δείχνει κανονικοποιημένη ένταση όπως τελείες στην άνω πίνακα, και LAIR στο κάτω πίνακα ως παύλες. Η διαδικασία κατάτμησης έχει διχάσει την περιοχή αυτή σε δύο τμήματα. Το αριστερό τμήμα έχει αριθμό αντιγράφων 1 με ΑΕ. Η κατάσταση αλληλομόρφων είναι Α Το δικαίωμα τμήμα έχει αριθμό αντιγράφων 2 με την ισορροπία. Η κατάσταση αλληλομόρφων είναι AB.

Η

Η στατιστική ανάλυση

Τα όρια μεταξύ των τμημάτων είναι διαφορετικά σε κάθε δείγμα. Τα όρια ευαισθησίας του κάθε δείγματος εφαρμόζεται σε όλα τα δείγματα. Αυτό καθιστά τα δείγματα συγκρίσιμα μετά κατάτμηση Η παγκόσμια δοκιμή χρησιμοποιήθηκε για να ανιχνεύσει διαφορές σε γενετικές αλλαγές μεταξύ των ομάδων των ασθενών στο επίπεδο ολόκληρου του γονιδιώματος και σε χρωμοσωμικές όπλα [16]. Δοκιμάσαμε διαφορές, τόσο στο συνεχή και διακριτά ΣΟ. Η συνεχής ΣΟ είναι ένα σχετικό μέτρο? ο μέσος όρος του δείγματος είναι 1, ανεξάρτητα από το DI. Διακριτά CN είναι ένα απόλυτο μέτρο που αντιπροσωπεύει τον αριθμό των αντιγράφων σε ένα γονιδιωματικό τμήμα σε κάθε κύτταρο ενός όγκου. Η συνεχής CN είναι ο συμβατικός τρόπος θεώρησης ΣΟ? θα διερευνήσει εδώ αν είναι χρήσιμο να εξετάσουμε την απόλυτη ΣΟ. LAIR ως μια συνεχής μέτρηση της ισορροπίας αλληλομόρφων και την κατάσταση ισορροπίας, ως διακριτή πράξη δοκιμάστηκαν επίσης. Συνεχής κέρδη και ζημίες ΣΟ ορίστηκαν ως αποκλίνει περισσότερο από 15% από το μέσο όρο του δείγματος. Η παγκόσμια δοκιμής επιτρέπει τη χρήση των συγχυτικούς παράγοντες. Ethnic ομάδα χρησιμοποιήθηκε ως παράγοντας σύγχυσης για όλες τις δοκιμές, επειδή η γενετική συνθέτουν θα μπορούσε να επηρεάσει την εμφάνιση των χρωμοσωμικών αλλαγών. DI χρησιμοποιήθηκε ως επιπλέον παράγοντας σύγχυσης στην ανάλυση της συνεχούς ΣΟ, επειδή DI έχει μια σχέση με κέρδη και ζημίες. Ο προσδιορισμός των διακριτών ΣΟ λαμβάνει ήδη το DI υπόψη, και ως εκ τούτου τη χρήση DI ως παράγοντας σύγχυσης θα καθιστούσε την ανάλυση αυτή πίσω σε ένα σχετικό μέτρο αντί της απόλυτης (βλέπε σχήμα S2 σε S1 File). Εθνότητα ορίστηκε από ομαδοποίησης των γονότυπων μαζί με HapMap δείγματα γνωστής εθνοτικής καταγωγής. Οι δοκιμές περαιτέρω εντοπισμένο εκτελώντας την παγκόσμια δοκιμή σε όλες τις χρωμοσωμικές όπλα ατομικά. Οι διαφορές μεταξύ των ομάδων έγιναν δεκτές ως σημαντική όταν το ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) ήταν μικρότερη από 0.05 [28]

Όλα SNP-δεδομένα μας μπορεί να βρεθεί στην έκφραση του γονιδίου Omnibus:.. Σειρά GSE29143

Αποτελέσματα

Κλινικά δεδομένα

Από τους ασθενείς καρκίνωμα του τραχήλου της μήτρας 107 που περιλαμβάνονται στη μελέτη, επαρκές υλικό DNA αποκτήθηκε για 82 ταιριάζουν όγκου /φυσιολογικό ζεύγη μετά τη διαλογή ροής. Ένα δείγμα αφαιρέθηκε μετά από υβριδισμό λόγω της χαμηλής ποιότητας των δεδομένων. Ο πίνακας 1 παρουσιάζει συνοπτικά τις κλινικές πληροφορίες σχετικά με τους 81 ασθενείς που αναλύθηκαν, ενώ στον πίνακα S1 στο αρχείο S1 παρουσιάζει τα δεδομένα για μεμονωμένους ασθενείς. Όπως διαπιστώθηκε 96,3% των όγκων να έχουν μια διάμετρο όγκου μεγαλύτερο από 40 mm, η παράμετρος αυτή δεν είχε διερευνηθεί περαιτέρω.

Η

Principal Components Analysis (PCA) πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τις 4 αρχικές πληθυσμούς HapMap ως σημείο αναφοράς πάνελ, μαζί με γονότυπους που λαμβάνονται από κανονικό ιστό των ασθενών. Τρεις μεγάλες γενετικές ομάδες θα μπορούσαν να διακριθούν σε τέσσερις HapMap πληθυσμούς, με τα ιαπωνικά και κινέζικα πληθυσμούς HapMap ομαδοποίηση μαζί. Καθοδηγούμενη από αυτήν την ομαδοποίηση, ταξινομήσαμε τους ασθενείς σε 3 εθνοτικές ομάδες: Ευρωπαϊκό (EUR, n = 45) των ασθενών που συγκεντρώνονται από κοινού με τον πληθυσμό CEU HapMap, της Αφρικής (AFR, n = 25), ότι σύμπλεγμα μαζί με YRI και της Ασίας ( ASI, n = 11), ότι σύμπλεγμα μαζί με τη CHB και πληθυσμούς JPT. Για περισσότερες πληροφορίες, δείτε το σχήμα S1 στο S1 αρχείου.

Δείγματα

Τα περισσότερα από τα αντίστοιχα δείγματα 81 όγκων (89%) θα μπορούσε να συνδυαστεί με την κανονική /μη επηρεάζονται ιστού. Όπως φυσιολογικός ιστός δεν ήταν διαθέσιμη σε 9 περιπτώσεις, το DNA του όγκου αντί συνδυάζεται με το DNA από τα φυσιολογικά κύτταρα στρώμα που λαμβάνεται από την ροή διαδικασία [23] διαλογής. Διαλογή κυττάρων ανιχνεύσει την παρουσία του κυτταρικού πληθυσμού περισσότερα από ένα όγκου σε 8 περιπτώσεις. Για τις περιπτώσεις αυτές, επιλέχθηκε η πιο διαδεδομένη πληθυσμού DNA για να υποβληθούν σε ανάλυση της σειράς SNP. Ο δείκτης DNA (DI) των δειγμάτων ροής ταξινομημένο κυμαινόταν 0,92 έως 2,56. Το Σχήμα 2 δείχνει το διάγραμμα πυκνότητας DI της ομάδας ασθενών.

Υπάρχει δικόρυφη κατανομή του δείκτη DNA με αιχμές γύρω στο 1, και κοντά στο 2.

Η

το γενικό γενετικό πρότυπο

υπόλοιπο μέλος.

κατά την εξέταση των κρατικών ισορροπία μοτίβα που δημιουργούνται από την ανάλυση των δεδομένων πίνακα SNP, μπορεί να παρατηρηθεί ότι η ΑΕ είναι παρούσα σε όλες σχεδόν τις χρωμοσωμικές περιοχές (Σχήμα 3). Στις 28 από 40 όπλα χρωμοσώματος, πάνω από 10% των ασθενών εμφάνισαν ΑΕ. LOH ήταν ιδιαίτερα συχνό στο χρωμόσωμα 3ρ όπλα, 4ρ, 6ρ, 6q, και 11q, όπου παρατηρήθηκε σε περισσότερο από το 40% όλων των ασθενών. Εκτός LOH όλες χρωμοσωμικές περιοχές δείχνουν την παρουσία των ανισορροπιών σε τουλάχιστον 10% των δειγμάτων (Σχήμα 3). Το μοτίβο της ανισορροπίας είναι κάπως συμπληρωματικό προς το πρότυπο του LOH

Εκτός από το ύψος του γραφήματος, Τα χρώματα δείχνουν την συχνότητα του LOH.? μαύρο: & gt? 10%, πράσινο: & gt? 20%, μπλε: & gt? 0%, κόκκινο: & gt? 40%. Η ισορροπημένη ομάδα δεν σχεδιάζεται? είναι το συμπλήρωμα αυτών των 2 ομάδων.

Η

Αντιγραφή αριθμού αλλοιώσεις.

CNA χρησιμοποιώντας τη συνεχή ΣΟ μπορεί να δει όλο το γονιδίωμα (Σχήμα 4). Περισσότερο από το 20% των ασθενών εμφανίζουν κέρδη από 1q, 3q, 5ρ, 8q και 20q και οι ζημίες στα χρωμοσώματα 2q, 3ρ, 4ρ, 11q, 13q και. Κέρδος για το 3ο τρίμηνο του βρέθηκε σε & gt?. 40% του συνόλου των δειγμάτων

Τα κέρδη απεικονίζονται πάνω από τα ιδεογράμματα, ενώ οι απώλειες που απεικονίζεται παρακάτω. Τα χρώματα δείχνουν τη συχνότητα μέσα στο σύνολο δεδομένων? μαύρο: & gt? 10%, πράσινο: & gt? 20%, μπλε: & gt? 30%, κόκκινο: & gt? 40%. Κέρδη και ζημιές εντοπίστηκαν όταν η συνεχής ΣΟ απέκλιναν περισσότερο από το 15% από το μέσο όρο του δείγματος.

Η

Σχέση μεταξύ κλινικές παραμέτρους και τις γενετικές αλλαγές

κατάσταση Balance.

Ο Πίνακας 2Α παρουσιάζει τα αποτελέσματα του συνόλου ανάλυση του γονιδιώματος του φωλιά και την κατάσταση ισορροπίας. Όταν οι 22 αυτοσωμάτων και το χρωμόσωμα Χ αναλύθηκαν μαζί, μόνο ιστολογικό τύπο έδειξαν στατιστικά σημαντικές διαφορές στην τιμή LAIR (p = 0,035). Δεν παρατηρήθηκαν διαφορές μεταξύ των διαφόρων κλινικών παραμέτρων σε κατάσταση ισορροπίας (p = 0,050). Εστιάζοντας στα χέρια χρωμόσωμα ξεχωριστά έδειξαν ότι η διαφορά μεταξύ των ιστολογικών ομάδων δεν θα μπορούσε να αποδοθεί σε ένα συγκεκριμένο βραχίονα του χρωμοσώματος.

Η

Αντιγραφή αριθμού αλλοιώσεις.

Ο πίνακας 2Β δείχνει το αποτέλεσμα της όλης ανάλυση του γονιδιώματος για τις αλλαγές στη ΣΟ. Συνεχής τιμές ΣΟ έδειξε στατιστικά σημαντικές διαφορές μόνο για ιστολογικών τύπων (p = 0,011). Η δοκιμή για διακριτές CN δεν ήταν στατιστικά σημαντική (p = 0,363). Όταν DI προστίθεται ως παράγοντας σύγχυσης με την ανάλυση των διακριτών ΣΟ η διαφορά μεταξύ των ιστολογικών τύπων είναι σημαντική (ρ = 0,019), Τα διακριτά προφίλ CN των ασθενών με και χωρίς λέμφου μετάσταση στους λεμφαδένες ήταν σημαντικά διαφορετικές (ρ = 0,032), και εδώ ο δοκιμή για συνεχή ΣΟ δεν ήταν σημαντική (p = 0,614). Η συμπερίληψη του DI ως παράγοντας σύγχυσης στη δοκιμή για διακριτική ΣΟ δείχνει τώρα καμία διαφορά πια (p = 0,637). Δείτε επίσης το Σχήμα S3 στο S1 αρχείου. Για συνεχή CN οι δοκιμές δείχνουν συγκρίσιμα αποτελέσματα με ή χωρίς συμπερίληψη DI ως παράγοντας σύγχυσης (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Στη συνέχεια μεγεθύνεται σε επιμέρους σκέλη του χρωμοσώματος κατά την ανάλυση των κλινικών παραμέτρων που έδειξαν διαφορά. Πλακωδών όγκων έδειξαν μεγαλύτερες απώλειες σε 2q (FDR = 0,004), ενώ αδενοχοληδωτό όγκοι βρέθηκαν να έχουν περισσότερα κέρδη από 7ρ, 7q, και 9p (FDR = 0,006, FDR = 0,004, και FDR = 0,029 αντίστοιχα). Για διακριτές CN, οι διαφορές μεταξύ των ομάδων με και χωρίς εμπλοκή λεμφαδένα δεν θα μπορούσε να αποδοθεί σε οποιοδήποτε από τους βραχίονες χρωμοσωμάτων ειδικότερα. Το Σχήμα 5 δείχνει τις διαφορές σε συνεχή ΣΟ για ιστολογικό τύπο σχετικά με τα διάφορα σκέλη του χρωμοσώματος. Οι

Κέρδη απεικονίζεται πάνω από τα ιδεογράμματα, ενώ οι απώλειες που απεικονίζεται παρακάτω. Κόκκινο: πλακώδη καρκινώματα, πράσινο: αδενοκαρκίνωμα + μικτού τύπου, μπλε: αδενοχοληδωτό όγκους. Αδενοκαρκίνωμα και μικτού τύπου συνδυάστηκαν, λόγω του χαμηλού αριθμού των δειγμάτων σε αυτές τις ομάδες.

Η

Συζήτηση

Χρησιμοποιώντας ανάλυση της σειράς SNP, έχουμε δείξει εκτεταμένη γονιδιώματος σε επίπεδο ΑΕ και ΣΟ αλλάζει σε ογκώδη καρκίνου του τραχήλου. Για τις γνώσεις μας, δεν τις προηγούμενες μελέτες έχουν εφαρμοστεί γονιδίωμα-ευρεία γενετική προφίλ σε ένα τόσο μεγάλο αριθμό ογκωδών καρκίνων του τραχήλου (FIGO στάδιο 1b2-2b).

Η ανάλυση της σχέσης μεταξύ των γενετικών αλλαγών και της προγνωστικούς παράγοντες ιστολογικών τύπου, το βάθος διείσδυσης, το καθεστώς των λεμφαδένων, επέκταση στο parametria, αγγειο-εισβολή, και του τρόπου ανάπτυξης αποκάλυψε μια στατιστικά σημαντική διαφορά στην ανάλυση του διακριτού ΣΟ μεταξύ των ομάδων με και χωρίς εμπλοκή λεμφαδένων, και μια σχέση μεταξύ ιστολογικού τύπου και των αλλαγών Lair και συνεχή ΣΟ. Ακόμη και αν η διακριτή ΣΟ δεν έδειξε διαφορές μεταξύ των διαφόρων ιστολογικών τύπων, παρατηρήσαμε ότι όταν ο δείκτης DNA χρησιμοποιήθηκε ως παράγοντας σύγχυσης στην ανάλυση αποκαταστάθηκε η σημαντική διαφορά μεταξύ των ιστολογικών ομάδων (p-value πηγαίνει από 0,363 να 0.019). Αυτό σημαίνει ότι οι διακριτές τιμές ΣΟ περιέχει άφθονες πληροφορίες για να διακρίνουν τις ομάδες, αλλά ότι οι σχετικές αλλαγές στο DNA σε σύγκριση με τη μέση περιεκτικότητα του DNA ενός κυττάρου είναι πιο σημαντικό για τη διαφορά μεταξύ των ιστολογικών ομάδων από τον απόλυτο αριθμό αλληλόμορφο.

Για να καθορίσετε τις γενετικές αλλαγές που συμβάλλουν με τις διαφορές στις κλινικές παραμέτρους, αναλύσαμε τα χέρια χρωμόσωμα ξεχωριστά. Κατά την ανάλυση των συνεχών αλλαγών ΣΟ, οι ιστολογικές ομάδα πλακώδη καρκινώματα έδειξε στατιστικά σημαντική αύξηση στην απώλεια για 2q, ενώ αδενοχοληδωτό καρκινώματα έδειξε περισσότερα κέρδη από 7ρ, 7q, και 9p. Οι στατιστικές διαφορές σε αυτές τις 4 περιοχές είναι συγκρίσιμα, αλλά η αριθμητική διαφορά είναι πιο έντονη για το χρωμόσωμα 2q, όπου περίπου το 10% των αδενοχοληδωτό καρκινώματα δείχνει την απώλεια, αλλά πάνω από το 40% των πλακωδών καρκινωμάτων δείχνει την απώλεια. Παρά τη διαφορά στο σύνολό του γονιδιώματος σε διακριτές ΣΟ μεταξύ των ασθενών με και χωρίς τη συμμετοχή λεμφαδένων, δεν θα μπορούσαμε να συνδέσετε αυτή τη διαφορά σε μια συγκεκριμένη χρωμοσωμική βραχίονα. Έτσι, η διαφορά αυτή δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να εξαγάγετε μια κλινική παράμετρο

ΚΥΠΕ βρέθηκαν σε προηγούμενες μελέτες που χρησιμοποιούν την κλασική σειρά-CGH, ​​που εξετάζει μόνο τις συνεχείς αλλαγές ΣΟ (βλέπε πίνακα S2 σε S1 αρχείου) [29] -. [ ,,,0],39]. Όπως μπορεί να δει κανείς στον πίνακα, τα κέρδη που βρήκαμε ήταν προηγουμένως αναφερθεί:

Κέρδη από 1q βρέθηκαν επίσης σε 8 από τα 11 που περιλαμβάνονται μελέτες, για 3q συχνά σε όλες τις μελέτες, σε 5 λεπτά στο 5 από τους 11 μελέτες, στις 8q σε 3 από τις άλλες μελέτες, και στις 20q σε 6 μελέτες. Οι απώλειες για 2q αναφέρθηκαν σε 5 από τις 11 άλλες μελέτες, στις 3ρ σε 8 από 11, σε 4p σε 6, στις 11 q σε 6, και 13q σε 8 από τις άλλες μελέτες. Όλα τα ευρήματά μας είχαν προηγουμένως βρεθεί από Rao et al., Και όλα, αλλά ένα από Lando et al., Αν και πρόσθετες αλλαγές σε άλλες θέσεις βρέθηκαν επίσης σε αυτές τις μελέτες. Αυτό μπορεί να εξηγηθεί από την συμπερίληψη των όγκων με ένα ανώτερο στάδιο ΦΥΓΩ σε αυτές τις μελέτες.

Μερικές από τις μελέτες διερευνήθηκε επίσης τη σχέση μεταξύ κλινικές παραμέτρους και γενετικές αλλαγές σε καρκίνο του τραχήλου (βλέπε πίνακα S2 σε S1 File) [ ,,,0],29], [30], [33], [34], [36]. Rao et al. δεν βρέθηκαν διαφορές μεταξύ των πλακωδών και αδενο όγκοι Σταδίου 1Β-4β. Αυτό μπορεί να οφείλεται στο μικρό αριθμό αδενοκαρκινωμάτων περιλαμβάνονται (5 αδενοκαρκινώματα και 72 καρκινώματα πλακωδών) [34]. Δεν υπήρχαν αδενοχοληδωτό όγκων σε αυτή την ομάδα. Σε μια ανάλυση του τραχήλου της μήτρας όγκους σταδίου 1β-3b, Μαρασμός et al. ανέφεραν σημαντικά περισσότερα κέρδη σε 9 πλακωδών όγκους συγκριτικά με 7 αδενοκαρκινώματα. Υψηλότερα κέρδη κατά κύριο λόγο βρίσκονται στο 3ο τρίμηνο του [36], αν και η μέθοδος που χρησιμοποιείται για τον καθορισμό του ιστολογικού τύπου δεν περιγράφεται. Οι θέσεις των διαφορών στις γενετικές μεταβολές μεταξύ των πλακωδών και αδενοχοληδωτό καρκινώματα στη μελέτη μας δεν συμπίπτουν με τα ευρήματα της Μαρασμός et al., Αλλά δεν υπήρχαν αδενοχοληδωτό όγκοι σε αυτήν την ομάδα.

Η διαφορά στη συνολική ευρήματα μεταξύ μας και προηγούμενες μελέτες μπορεί να εξηγηθεί από τις διαφορές στο στάδιο ΦΥΓΩ, το μέγεθος του δείγματος, και τις τεχνικές χρώσης για διακρίσεις ιστολογικό τύπο. Η ομάδα των όγκων που χρησιμοποιήσαμε δεν είχε προηγουμένως αναλυθεί στη βιβλιογραφία, και, εκτός από λεμφαδένες, οι κλινικές παράμετροι που αναλύσαμε μελετήθηκαν πριν σε μόνο 2 από τα άλλα 11 μελέτες (Rao et al., Και μαρασμός et al. ). Αραίωση που προκαλείται από τη χρήση του ιστού του όγκου, αντί της καθαρής καρκινικών κυττάρων μπορεί επίσης να εξηγήσει τις διαφορές στα αποτελέσματα.

Η προγνωστική σημασία της ιστολογικού τύπου είναι ακόμα ένα αντικείμενο της συζήτησης και δεν χρησιμοποιείται σήμερα για την κύρια ή επικουρική θεραπευτική επιλογή [ ,,,0],1] – [4], [40] – [42]. Τα αντικρουόμενα αποτελέσματα αυτών των μελετών σχετικά με την επίδραση του ιστολογικού τύπου στη συμπεριφορά του όγκου και της επιβίωσης ασθενών μπορεί επίσης να οφείλεται σε διαφορές στην ταξινόμηση των όγκων, όπου εφαρμόστηκε καμία ειδική χρώση (PAS και μπλε της Αλσατίας). Οι μελλοντικές μελέτες για τις γονιδιακές μεταβολές συνιστάται να λαμβάνουν τις διάφορες γενετικές προφίλ των ιστολογικών τύπων υπόψη.

Οι περιοχές με τις σημαντικότερες διαφορές περιέχει πολλά γονίδια. Ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν να βρείτε πρόσθετες προεγχειρητική παραμέτρους που θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για την επιλογή της θεραπείας, χωρίς να γνωρίζει το γονίδιο αιτιολογικός. Αυτό το θέμα αξίζει περαιτέρω έρευνα.

Η συστοιχία SNP που χρησιμοποιείται σε αυτή τη μελέτη αποτελούνταν από 6.000 δείκτες SNP κατανέμονται ομοιόμορφα εντός του γονιδιώματος, και η συστοιχία βελτιστοποιήθηκε να έχουν υψηλότερο ελάσσονα-αλληλόμορφο συχνότητα στον Καυκάσιο (Ευρωπαϊκό) πληθυσμός . Κατά συνέπεια, ο μέσος αριθμός των πληροφοριακών ιχνηλατών ήταν υψηλότερη για τις Καυκάσιοι ασθενείς (2139 ενημερωτικό SNPs) από ό, τι για τις χώρες της Αφρικής (1796) και της Ασίας (1712) ασθενείς. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε υποτίμηση των γενετικών αλλαγών που λαμβάνουν χώρα στον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας σε αυτούς τους πληθυσμούς. Αν και θα ήταν ενδιαφέρον να συγκρίνουμε γενετικές αλλαγές και τη σχέση με τις κλινικές παραμέτρους από εθνοτική καταγωγή, οι υποομάδες είναι πολύ μικρή για να επιτρέψει αυτό.

Τα αποτελέσματα μας αποκάλυψαν γενετικές αλλαγές που σχετίζονται με ιστολογικό τύπο, η κλινική παράμετρος επί του παρόντος δεν που χρησιμοποιούνται για την επιλογή της θεραπείας. Η ανάλυσή μας έδειξε καμία σχέση γενετικών αλλαγών κλινικές παραμέτρους που θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για να προβλεφθεί δυσμενής μετεγχειρητικού προγνωστική χαρακτηριστικά ή επιλέξτε υποομάδες ασθενών. Φαίνεται ότι, προς το παρόν, η καλύτερη αξιολόγηση των προγνωστικών παραγόντων εξακολουθεί να προέρχεται από την προσχολική, ενδο- και μετεγχειρητική ευρήματα της γυναικολογικών ογκολόγου και παθολόγος. Καθώς οι διαφορές στις μεταβολές του DNA μεταξύ των όγκων των διαφορετικών ιστολογικών τύπων ενδέχεται να έχουν αντίκτυπο στη συμπεριφορά των όγκων, ανταπόκριση στη θεραπεία και την επιβίωση, μελλοντικές έρευνες θα πρέπει να περιλαμβάνει μεγαλύτερες ομάδες ασθενών, και η χρήση τεχνικών χρώσης που μπορεί να διακρίνει αξιόπιστα ιστολογικό τύπο.

Υποστήριξη πληροφορίες

αρχείου S1.

Σχήμα S1, Ταξινόμηση της εθνότητας των ασθενών σε σχέση με το HapMap πληθυσμούς.