Αφηρημένο

Ιστορικό

Γονιδίωμα-ευρύ προφίλ γονιδιακής έκφρασης με τη χρήση τεχνολογιών βαθιά αλληλουχίας μπορεί να οδηγούν την ανακάλυψη βιοδεικτών του καρκίνου και θεραπευτικών στόχων. Οι προσπάθειες αυτές συχνά περιορίζεται σε profiling την υπογραφή έκφραση είτε mRNA ή microRNA (miRNA) σε έναν ενιαίο τύπο καρκίνου.

Μεθοδολογία

Εδώ παρέχεται μια ολοκληρωμένη ανάλυση του mRNA γονιδιώματος σε επίπεδο και τα προφίλ έκφρασης των miRNAs τριών διαφορετικών ουροποιογεννητικού καρκίνους: καρκινώματα της ουροδόχου κύστης, των νεφρών και των όρχεων

Κύρια Ευρήματα

τα αποτελέσματά μας υπογραμμίζουν τις γενικές ή καρκίνο συγκεκριμένους ρόλους πολλών γονιδίων και miRNAs που μπορεί. χρησιμεύσει ως υποψήφιος ογκογονίδια ή καταστολείς της ανάπτυξης του όγκου. Περαιτέρω συγκριτικών αναλύσεων σε επίπεδο συστημάτων αποκάλυψε ότι σημαντικά εκτροπές της διαδικασίας κυτταρικής προσκόλλησης, σηματοδότηση ρ53, σηματοδότηση ασβέστιο, οι οδοί ECM-υποδοχέα και του κυτταρικού κύκλου, οι διαδικασίες επιδιόρθωσης του DNA και την αντιγραφή και οι διαδικασίες του ανοσοποιητικού και φλεγμονώδους απόκρισης ήταν οι κοινές χαρακτηριστικά γνωρίσματα της ανθρώπινων καρκίνων. σύνολα γονίδιο που δείχνει καρκίνου των όρχεων-ειδικά πρότυπα απορρύθμιση είχαν εμπλακεί κυρίως στις διαδικασίες που σχετίζονται με την ανδρική αναπαραγωγική λειτουργία, και γενικά διαταραχές των πολλών μεταβολικών οδών και των διαδικασιών που σχετίζονται με τη μετανάστευση των κυττάρων ήταν οι χαρακτηριστικές μοριακά γεγονότα για νεφρική και της ουροδόχου κύστης, αντίστοιχα. Επιπλέον, αποδείξαμε επίσης ότι οι όγκοι με τα ίδια ιστολογική προέλευση και τα γονίδια με παρόμοιες λειτουργίες τείνουν να ομαδοποιούνται σε μια ανάλυση ομαδοποίησης. Αξιολογώντας τη συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης του κάθε miRNA και τους στόχους του, αποφασίσαμε ότι η απορρύθμιση των «βασικών» miRNAs μπορεί να οδηγήσει σε παγκόσμια εκτροπή από μία ή περισσότερες οδούς ή διαδικασία στο σύνολό της.

Συμπεράσματα

Αυτή η συστηματική ανάλυση αποκρυπτογραφηθεί των μοριακών φαινοτύπων των τριών ουροποιογεννητικού καρκίνων και διερευνώνται παραλλαγές τους σε επίπεδο miRNA ταυτόχρονα. Τα αποτελέσματά μας παρείχε μια πολύτιμη πηγή για τις μελλοντικές μελέτες και επισημαίνονται μερικές ελπιδοφόρες γονίδια, miRNAs, πορείες και τις διαδικασίες που μπορεί να είναι χρήσιμες για διαγνωστικές ή θεραπευτικές εφαρμογές

Παράθεση:. Λι Χ, Τσεν J, Χου Χ, Huang Υ, Li Ζ, Zhou L, et al. (2011) Συγκριτική mRNA και microRNA Έκφραση προφίλ του τρίτου Ουρογεννητικό Καρκίνοι Αποκαλύπτει Κοινή Σφραγίδες και ειδική για τον καρκίνο μοριακά γεγονότα. PLoS ONE 6 (7): e22570. doi: 10.1371 /journal.pone.0022570

Επιμέλεια: Xin-γιουάν Guan, Το Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Κίνα

Ελήφθη: 7 του Απρίλη του 2011? Αποδεκτές: 24, Ιούνη 2011? Δημοσιεύθηκε: 25 Ιούλη 2011

Copyright: © 2011 Li et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Υπουργείο Επιστήμης και Τεχνολογίας της Κίνας, 863 πρόγραμμα (2006AA02A301? 2006AA02A302? 2009AA022707)? το Εθνικό Key Επιστημονικό Πρόγραμμα της Κίνας (Αρ 2011CB944303 να Y.T.-G.)? το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (30900817)? το έργο της ανακαίνισης της Shenzhen και το Χονγκ Κονγκ (ZYB200907080110A)? το Πρόγραμμα Προώθησης για Shenzhen Βασικά Εργαστήριο, Shenzhen, Κίνα (CXB200903090055A και CXB201005250016A να Z.M.-C.)? και η Βιοτράπεζα πολύπλοκες ασθένειες σε Shenzhen (CXC201005260001A). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

νεοπλάσματα του ουροποιητικού συστήματος δημιουργούν ένα μεγάλο βάρος για τα ανθρώπινα υγειονομικής περίθαλψης, με καρκίνο του προστάτη κατατάσσεται ως η πιο κυρίαρχη ουροποιητικό όγκων που ακολουθείται από την ουροδόχο κύστη και καρκίνωμα του νεφρού στην Αμερική [1], άλλα είδη ουροποιογεννητικού όγκοι είναι σχετικά σπάνια. Ωστόσο, της ουροδόχου κύστης, των νεφρών, του προστάτη και καρκίνωμα των όρχεων είναι οι κορυφαίες τέσσερις ουροποιητικό όγκους στην Κίνα [2]. καρκίνος της ουροδόχου κύστης είναι ένα από τα πιο ακριβά καρκίνους, λόγω της αναγκαιότητας της δια βίου επιτήρησης που περιλαμβάνουν απεικόνιση του ανώτερου ουροποιητικού, του ουροποιητικού κυτταρολογία και κυστεοσκόπηση από τη διάγνωση μέχρι το θάνατο του ασθενούς [3]. Νεφρική καρκίνωμα (RCC) αντιπροσωπεύει περίπου το 2% όλων των καρκίνων, με παγκόσμια ετήσια αύξηση της τάξης του 1.5 έως 5.9% [4], [5]. Ο καρκίνος των όρχεων, αφ ‘ετέρου, αντιπροσωπεύει μεταξύ 1% και 1,5% των ανδρών νεοπλασμάτων και 5% των ουρολογικών όγκων γενικά, και είναι η πιο κοινή διάγνωση του καρκίνου στους άνδρες ηλικίας μεταξύ 15 έως 35 [6], [7 ]. Επιπλέον, επιδημιολογικές έρευνες δείχνουν ότι υπάρχει σαφής τάση προς μια αυξανόμενη συχνότητα εμφάνισης καρκίνου των όρχεων στις περισσότερες βιομηχανικές χώρες στη Βόρεια Αμερική, την Ευρώπη και την Ωκεανία κατά τις τελευταίες δεκαετίες, αν και παρατηρούνται σημαντικές διαφορές στα ποσοστά εμφάνισης μεταξύ γειτονικών χωρών [8].

Παρά τις εντατικές προσπάθειες από πολλούς ερευνητές κατά τα τελευταία χρόνια, οι ακριβείς μηχανισμοί που εμπλέκονται στην έναρξη και την εξέλιξη αυτών των καρκίνων του ουροποιογεννητικού συστήματος παραμένουν σε μεγάλο βαθμό ασαφής. καρκίνωμα από μεταβατικό επιθήλιο (TCC) της ουροδόχου κύστης είναι ο πιο κοινός (-90%) ιστοπαθολογική τύπος καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Πολλοί παράγοντες, συμπεριλαμβανομένων χρωμοσωμικές ανωμαλίες, γενετικών πολυμορφισμών, και γενετικές και επιγενετικές μεταβολές, πιστεύεται ότι συνεισφέρουν στην ογκογένεση ή την πρόοδο TCC [9]. Παρομοίως, πολλαπλές περιβαλλοντικούς και γενετικούς παράγοντες προτείνονται επίσης να συνδέεται με την ανάπτυξη του νεφροκυτταρικού καρκινώματος σαφής κυττάρου (ccRCC), η οποία είναι η πιο κοινή υποτύπου (-70%) από καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων [10]. Στην περίπτωση όγκων των όρχεων γεννητικών κυττάρων (TGCT), η κυρίαρχη (90-95%) υπότυπο του καρκίνου των όρχεων, προηγούμενη ανάλυση της έκφρασης του γονιδιώματος σε επίπεδο ή στοχευμένες μελέτες ερεύνησαν την άλφα-εμβρυοπρωτεΐνη (AFP) επίπεδο mRNA σε άτυπες σεμινώματα έδειξε ότι σεμινώματα και του εμβρύου καρκινώματα μπορεί να αναπτυχθούν μέσω κοινών μοριακών μηχανισμών [11].

προηγούμενες εργασίες μας για ccRCC απέδειξε ότι ταυτόχρονα προφίλ τα πρότυπα έκφρασης των mRNAs και miRNAs στην ίδια ομάδα των ασθενών με καρκίνο χρησιμοποιώντας μαζικά παράλληλη πλατφόρμα αλληλουχίας (Illumina GA II) είναι μια εξαιρετικά ολοκληρωμένη και αναπαραγώγιμο τρόπο ανατομής της μοριακής βάσης του ανθρώπινου καρκίνου [12]. Εδώ δημιουργείται για πρώτη φορά τα προφίλ έκφρασης σε ολόκληρο το γονιδίωμα των γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες σε TCC και TGCT και χαρακτηρίζονται τα πρότυπα έκφρασης των miRNAs στην TGCT. Σε συνδυασμό με τα αποτελέσματα προηγούμενων μελετών μας σχετικά με ccRCC [12] και TCC [13], συστηματική σύγκριση των τριών διαφορετικών ουροποιητικό καρκίνους στα δύο επίπεδα mRNA και miRNA σε συνολικά 27 ζεύγη ιστού του όγκου κανονικό ασθενή συμφωνημένα προσδιορίζονται πολλαπλά γονίδια και miRNAs που ήταν ομοιόμορφα απελευθερωθεί σε όλες τις τρεις ουροποιητικό καρκίνους ή αποκλειστικά απορυθμισμένη σε ένα μόνο είδος καρκίνου. Επιπλέον, σε επίπεδο συστήματος ή ανάλυση βάσει διαδρομής τόνισε επίσης τους ρόλους των κοινών αλλοιώσεις σε διάφορα μονοπάτια του καρκίνου και του καρκίνου ειδικά μοριακά γεγονότα στην ανάπτυξη των όγκων.

Αποτελέσματα

Ένα στιγμιότυπο του mRNA και miRNA προφίλ αποτελέσματα που παρήχθησαν στην TGCT, TCC και ccRCC

Μεγάλος αριθμός των αντιγράφων έδειξαν συνεπή πρότυπα της έκφρασης μεταξύ των ασθενών (επτά TGCTs, δέκα TCCS και δέκα ccRCCs) με την ίδια ουροποιογεννητικού καρκίνου. Σε σύγκριση με την συμφωνημένα κανονικό έλεγχο, ένα σύνολο 3181, 4321 και 4596 mRNAs ήταν σημαντικά διαφορικά εκφρασμένων (απόλυτη τιμή του log

2 αναλογία ≥1, FDR≤0.01) σε TGCT, TCC και ccRCC, αντίστοιχα. Οι αριθμοί των miRNAs σημαντικά απελευθερωμένη σε αυτές τις τρεις καρκίνους ήταν 254, 226 και 118, αντίστοιχα (απόλυτη τιμή του log

2 αναλογία ≥1,

P

≤0.01). Οι στατιστικές μέθοδοι για τον προσδιορισμό των διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων και miRNAs περιγράφηκε προηγουμένως [12], και την πλήρη καταλόγους απελευθερωμένης mRNAs και miRNAs μπορούν να βρεθούν στον Πίνακα S1 και S2, αντίστοιχα. Όπως αναφέρθηκε σε προηγούμενες μελέτες μας [12], [13], τα αποτελέσματα της ανάλυσης έκφρασης ολόκληρου γονιδιώματος μας συσχετίζεται καλά με ανεξάρτητους αποτελέσματα επικύρωσης qPCR, το οποίο είναι ενδεικτικό της καλή αξιοπιστία της προσέγγισης αλληλούχισης μας και αναλυτικές αγωγού.

Όπως φαίνεται στο Σχήμα 1, υπήρχαν 103 και 185 γονιδίων που ανιχνεύθηκαν να είναι προς τα πάνω ρυθμισμένα ή προς τα κάτω ρυθμισμένα με συνέπεια σε όλες τις τρεις καρκίνους, αντίστοιχα, και μόνο εννέα και οκτώ miRNAs εμφάνισε συνεπής πάνω και κάτω ρύθμιση μοτίβα, αντίστοιχα. Οι αριθμοί των γονιδίων και των miRNAs που είχαν απελευθερωθεί (προς τα πάνω ή προς τα κάτω) μόνο σε TGCT ήταν 1.819 (527 έως ρυθμιζόμενα και 1292 κάτω-ρυθμιζόμενες) και 150, αντίστοιχα. Παρατηρήσαμε επίσης 2.697 γονίδια και 124 miRNAs παρουσιάζουν σημαντικές αλλαγές έκφραση μόνο σε TCC και 3.182 γονίδια και 69 miRNAs έχουν απελευθερωθεί μόνο σε ccRCC. Οι υπόλοιποι αριθμοί στο Σχήμα 1 αντιπροσωπεύουν γονίδια και miRNAs που ομοιόμορφα απορρυθμισμένη σε δύο από τα τρία ουροποιογεννητικού καρκίνους.

διαγράμματα Venn απεικονίζουν τη σχέση επικαλύψεως του αριθμού των up-ρυθμιζόμενων γονιδίων (Α), κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια (Β), up-ρυθμίζονται miRNAs (C) και κάτω-ρυθμίζονται miRNAs (D) μεταξύ αυτών των καρκίνων.

Η

Διαδρομή εμπλουτισμός των γονιδίων σημαντικά απορυθμισμένη στους τρεις καρκίνους

Όλα της τα γονίδια που είχαν απελευθερωθεί σε κάθε μία από τις τρεις καρκίνους χρησιμοποιήθηκαν ως εισροές για τον πόρο της βιοπληροφορικής DAVID χωριστά για να εντοπίζουν τα σημαντικά απελευθερωμένη οδών [14]. Οι προκύπτουσες λίστες των οδών KEGG σημαντικά εμπλουτισμένη (

P

≤0.05) στην απελευθερωμένη γονίδια σε TGCT, TCC και ccRCC παρατίθενται στον Πίνακα S3. Όπως απεικονίζεται στο Σχήμα 2, ο μορίων κυτταρικής προσκόλλησης (CAMs) οδός επηρεάστηκε σε όλες τις τρεις καρκίνους. Άλλες οδοί διαταράσσεται σε δύο καρκίνους περιλαμβάνονται σηματοδότησης p53 και τα μονοπάτια ECM-υποδοχέα και του κυτταρικού κύκλου, που είχαν διακοπεί το TCC και ccRCC, και το μονοπάτι σηματοδότησης ασβεστίου, η οποία διαταράχθηκε σε TCC και TGCT. Η κυτοκίνη κυτοκίνη οδού αλληλεπίδραση υποδοχέα επηρεάστηκε τόσο TGCT και ccRCC. Αξίζει να σημειωθεί ότι, η οδός σηματοδότησης χημειοκίνης ήταν επίσης σημαντικά εμπλουτισμένο σε απορυθμισμένη γονίδια σε TCC, το οποίο έδειξε ότι διατάραξη της κανονικής λειτουργίας των κυτοκινών μπορεί να είναι ένα κοινό μοριακό γεγονός στην ανάπτυξη του όγκου [15]. Άλλες οδοί που επηρεάστηκαν μόνο σε ένα ενιαίο τύπο καρκίνου (για παράδειγμα, ΜΑΡΚ σηματοδότησης σε TCC και γλυκόλυση σε ccRCC) απεικονίζονται επίσης στην Εικόνα 2. Είναι ενδιαφέρον ότι, όπως σημειώνεται σε προηγούμενες μελέτες, η παγκόσμια ρύθμιση προς τα κάτω των πολλαπλών μεταβολικών οδών μπορεί να είναι ένα χαρακτηριστικό φαινότυπο ccRCC, τουλάχιστον σε σύγκριση με τις άλλες δύο καρκίνους προφίλ.

πορείες KEGG σημαντικά εμπλουτισμένη (

P

≤0.05) με διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια απεικονίζονται, και τα μονοπάτια ανθρώπινη ασθένεια τα χειροκίνητα αφαιρεθεί. Τα μονοπάτια που ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη και στους τρεις καρκίνους που απεικονίζονται με κόκκινο χρώμα, εκείνοι εμπλουτισμένο σε δύο καρκίνοι είναι το κίτρινο, και εκείνων που εμπλουτίζεται σε ένα μόνο καρκίνου είναι στο πράσινο.

Η

Γονιδιακή Οντολογία (GO) εμπλουτισμός ανάλυση γονιδίων διαφορικά εκφραζόμενων σε τρεις καρκίνους

σετ Gene παρουσιάζουν τις ίδιες απορυθμισμένη πρότυπα έκφρασης σε πολλαπλές μορφές καρκίνου ή γονίδια που δείχνει ειδική για τον καρκίνο απορρύθμιση έκφρασης πιστεύεται ότι είναι λειτουργικά σημαντικό για τους ογκογόνων διεργασίες [16]. Έτσι, εξετάσαμε όλα τα γονίδια που εμφάνισαν τα ίδια σχέδια απορρύθμισης σε δύο ή τρεις ουροποιογεννητικού καρκίνων και όλων των γονιδίων που είχαν αποκλειστικά απελευθερωθεί σε ένα μόνο καρκίνο με τη βάση δεδομένων GO για να εντοπίσει τα σημαντικά απελευθερωμένη GO βιολογικής απόψεως διαδικασίας (προσαρμοσμένο

P

≤0.05). Τα λεπτομερή αποτελέσματα της ανάλυσης εμπλουτισμού GO παρατίθενται στον Πίνακα S4. Για τα 288 γονίδια που εμφανίζονται τα ίδια σχέδια απορρύθμισης σε όλες τις τρεις καρκίνους, τα περισσότερα από τα εξαιρετικά εμπλουτισμένο GO βιολογική όροι που σχετίζονται με τη διαδικασία του κυτταρικού κύκλου (προσαρμοσμένο

P

≤5.0 × 10

-05) . Άλλες σημαντικές βιολογικές διεργασίες που ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη σε γονίδια απορυθμισμένη σε οποιαδήποτε δύο από τις τρεις καρκίνους περιλαμβάνονται η αναπτυξιακή διαδικασία, κυτταρική προσκόλληση και τη διαδικασία διαφοροποίησης των κυττάρων, οι οποίες επηρεάστηκαν σε TGCT και TCC? η διαδικασία του ανοσοποιητικού και φλεγμονώδους απόκρισης, η οποία επηρεάστηκε σε TGCT και ccRCC? και οι διαδικασίες αντιγραφής και επιδιόρθωσης DNA, η οποία επηρεάστηκε σε TCC και ccRCC. Αξίζει να σημειωθεί ότι, παρατηρήσαμε επίσης ότι τα σύνολα γονίδιο που δείχνει TGCT-ειδικά πρότυπα απορρύθμιση είχαν εμπλακεί κυρίως σε διαδικασίες που σχετίζονται με την ανδρική αναπαραγωγική λειτουργία, όπως η σπερματογένεση, γονιμοποίηση και ανάπτυξη σπερματοζωιδίου [17]. Γονίδια αποκλειστικά απορυθμισμένη σε TCC εμπλουτίστηκαν σε βιολογικές διαδικασίες που συνδέονται με εισβολή όγκου και η μετάσταση, όπως η προσκόλληση αναπτυξιακή διαδικασία, κύτταρο (-matrix), τη διαφοροποίηση των κυττάρων, την κίνηση των κυττάρων και την οργάνωση διασταύρωση των κυττάρων [18]. Πολλά γονίδια που είχαν απελευθερωθεί μόνο σε ccRCC είχαν εμπλακεί σε διαδικασίες που σχετίζονται με την ανοσολογική απόκριση και διαμεμβρανική μεταφορά των σχετικά μικρών μορίων.

γονιδιακής έκφρασης συσχετίζεται με τύπους όγκων

Μελετήσαμε επόμενο τις διαφορές στη γονιδιακή προφίλ έκφρασης που θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για να γίνει διάκριση μεταξύ, ή να δώσει βιολογική διαλεύκανση των μοριακών διαφορών των όγκων με διακριτά ιστολογικά προέλευση. Από τα 596 γονίδια που είχαν απελευθερωθεί σε όλες τις τρεις καρκίνους (Πίνακας S5), 64 εκφράστηκαν διαφορικά (απόλυτη τιμή του log

2 αναλογία ≥1, FDR ≤0.01) σε τουλάχιστον 75% των 27 ασθενών. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 3, χωρίς επίβλεψη ιεραρχική συσταδοποίηση των δειγμάτων όγκου με βάση τα σχετικά επίπεδα έκφρασης αυτών των 64 γονιδίων αποκάλυψε ότι οι όγκοι με την ίδια ιστολογική προέλευση τείνουν γενικά να ομαδοποιηθούν (εκτός TGCT Τ17 και Τ18) και ότι αυτά τα γονίδια θα μπορούσε να διαιρεθεί σε πέντε μεγάλες συστάδες που δείχνουν διαφορετικά μοτίβα έκφρασης μεταξύ των όγκων. Γονίδια σε σύμπλεγμα 1 και 2 συστάδα ήταν κυρίως πάνω ρυθμισμένα και ρυθμισμένα προς τα κάτω στην πλειονότητα των όγκων αλληλουχία, αντίστοιχα. Σε αντίθεση, τα γονίδια ομαδοποιούνται σε σύμπλεγμα 3 ήταν επάνω-ρυθμίζονται σε ccRCC αλλά κάτω-εκφράζεται σε TCC και TGCT.

Η μήτρα αξία διαφορική έκφραση 64 γονιδίων με απόλυτη τιμή

2 αναλογία log ≥1 και FDR≤0.01 σε τουλάχιστον 75% των 27 ασθενών που χρησιμοποιήθηκε για να εκτελέσει χωρίς επίβλεψη ιεραρχική ομαδοποίηση. Οι διάφοροι τύποι όγκων (επισημαίνονται στην κορυφή? Β, TCC? Τ, TGCT? Κ, ccRCC) ήταν συγκεντρωμένα από τη ρύθμιση προς τα πάνω (κόκκινο) και προς τα κάτω ρύθμιση (πράσινο) τα πρότυπα των αντίστοιχων γονιδίων (που απαριθμούνται κατακόρυφα από επίσημο σύμβολο του γονιδίου τους ).

η

η απορρύθμιση πρότυπα έκφρασης των miRNAs στις τρεις ουροποιητικό καρκίνους

σε αυτή τη συγκριτική μελέτη, παρατηρήσαμε ότι πάνω από το ήμισυ (17/31) των miRNAs που εκφράζονται ανώμαλα σε όλες οι τρεις καρκίνοι παρουσίασαν συνεπή πρότυπα έκφρασης (Σχήμα 1 C και 1 D). Πολλά από αυτά τα miRNAs (όπως miR-142-3p, miR-155, miR-21 και miR-210), που ήταν γνωστό ότι λειτουργούν ως «ογκογονίδια» σε προηγούμενες μελέτες παρατηρήθηκε ότι ήταν ομοιόμορφα πάνω ρυθμισμένα, ενώ άλλοι δυνητικοί » καταστολείς των όγκων », όπως ας-7c και miR-214 ήταν κάτω-ρυθμίζονται στη μελέτη μας (αξιολόγηση από τον Ramiro Γκαρθόν et al. [19] και Aurora Esquela-Kerscher et al. [20]). Ένα μεγάλο ποσοστό της απελευθερωμένης miRNAs έδειξε επίσης πρότυπα έκφρασης ειδική για τον καρκίνο (σχήμα 1Γ και 1Δ). Συνεπής με άλλες μελέτες για TGCT [21], [22], miR-372 και miR-373 έχουν προταθεί ότι δρουν ως ογκογονίδια, και βρέθηκαν να είναι up-ρυθμίζεται αποκλειστικά σε TGCT καθώς και η μορφή αστέρι miR-373 * στη μελέτη μας, επιβεβαιώνοντας περαιτέρω ειδικές ρόλους τους στην ανάπτυξη TGCT. miRNAs αποκλειστικά απορυθμισμένη στις άλλες δύο καρκίνους που περιλαμβάνονται miR-143 και miR-195, το οποίο ήταν κάτω-ρυθμίζονται σε TCC. miR-122, ένα προηγουμένως αναγνωριστεί ογκοκατασταλτικό που είχε δειχθεί ότι είναι ειδική για τον καρκίνο του ήπατος [23], ήταν επάνω ρυθμισμένη σε ccRCC.

Όπως φαίνεται στον Πίνακα 1, παρατηρήσαμε επίσης ότι ένας σημαντικός αριθμός οικογένειες miRNA έχουν απελευθερωθεί σε δύο ή τρεις τύπους καρκίνων. Πολλαπλές μέλη της οικογένειας miR-8, οι ενώσεις των οποίων με ανθρώπινους καρκίνους είχε αναφερθεί επανειλημμένα [24], [25], επέδειξαν ποικίλη πρότυπα έκφρασης σε αυτούς τους τρεις καρκίνους. Άλλες οικογένειες miRNA (όπως το miR-199, miR-17 και miR-506 οικογένειες) που δεν έχουν λάβει προηγούμενη σχολιασμό στις μελέτες του καρκίνου παρατηρήθηκαν επίσης να απελευθερωθεί είτε σταθερά είτε με ασυνέπεια σε δύο ή τρεις τύπους όγκων σε αυτή τη μελέτη (Πίνακας 1). Είναι ενδιαφέρον, εντοπίσαμε τρεις περίεργο οικογένειες miRNA ή συμπλέγματα που εκτίθενται TGCT ειδικά επάνω ρυθμισμένη πρότυπα έκφρασης (Πίνακας S2). 42 μέλη της οικογένειας miR-515 (miR-515 – 527) και οκτώ μέλη του cluster miR-302 έως 367 (miR-302a, miR-302a *, miR-302b, miR-302b * miR-302c, ΜΙΚ 302d, miR-302d * και miR-367) ήταν μόνο μέχρι ρυθμίζονται σε TGCT και όχι στις άλλες δύο καρκίνους, και τρία μέλη του cluster miR-105 έως 767 (miR-105, miR-105 * και miR-767 -5p) κατατάχθηκαν ως τις δέκα κορυφαίες up-ρυθμίζονται miRNAs σε TGCT.

η

συσχέτισης του Pearson μεταξύ των επιπέδων έκφρασης των διαφορικά εκφρασμένων miRNAs και τις δυνατότητες γονίδια στόχους τους

στη συνέχεια διερευνήθηκε η βιολογική σχετικότητα των σημαντικά απελευθερωμένης miRNAs αξιολογώντας τη συσχέτιση μεταξύ των επιπέδων έκφρασης της κάθε miRNA και το σύνολο των προβλεπόμενων γονιδίων στόχων του. Σημαντικές συσχετίσεις (

P

≤0.05) βρέθηκαν μεταξύ 77, 196 και 444 ζεύγη miRNA-mRNA σε TGCT, TCC και ccRCC, αντίστοιχα (Πίνακας S6). Οι GO βιολογικές διαδικασίες που εμπλουτίστηκαν με αυτά συσχετίστηκε σημαντικά γονίδια στόχους προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας DAVID, και τα εμπλουτισμένα κατηγορίες GO παρατίθενται στον Πίνακα S7 για TGCT, TCC και ccRCC, αντίστοιχα. Πολλαπλές πυρήνας ρυθμιστικές διαδικασίες ή οδούς σηματοδότησης που είναι πιθανό να είναι λειτουργική σημασία για την ανάπτυξη του όγκου, περιλαμβανομένης της αναπτυξιακής διαδικασίας, καταρράκτη JAK-STAT, κυτταρική διαφοροποίηση, κίνηση των κυττάρων και άλλες διαδικασίες που συνδέονται με το κυτταρικό θάνατο ή ρύθμιση απόπτωσης, ήταν όλοι προβλεφθεί να να είναι κάτω από την πιθανή επίδραση της απελευθερωμένης miRNAs.

με την προσεκτική εξέταση των επιμέρους miRNAs που συσχετίζεται αρνητικά με τα επίπεδα έκφρασης των γονιδίων στόχων τους, διαπιστώσαμε ότι το miR-367 (που ανήκει στο σύμπλεγμα των miR-302-367 που αναφέρθηκε παραπάνω) ήταν up-ρυθμίζεται αποκλειστικά σε TGCT και προβλεπόμενο στόχο του

CDKN1C

, ένα εντυπωμένο γονίδιο το οποίο χαρακτηρίζεται από συχνή απώλεια της αποτύπωσης σε οισοφάγου και του μαστού, επίσης ρυθμίζεται προς τα κάτω σε TGCT (

r

= -0,59,

P

= 0,024) [26], [27]. Μια άλλη miRNA, miR-195, ήταν κάτω-ρυθμίζονται και του στόχου

MAP7

, η οποία εκφράζεται κυρίως σε κύτταρα επιθηλιακής προέλευσης και είναι σε θέση να σταθεροποιήσει μικροσωληνίσκους, παρατηρήθηκε να είναι up-ρυθμίζονται σε TCC (

r

= -0,48,

P

= 0,031) [28].

Όπως ήταν αναμενόμενο, τα επίπεδα έκφρασης κάποιων miRNAs συσχετίζονταν σημαντικά με πολλαπλά γονίδια-στόχους. 43 προβλέψει γονίδια στόχους στο πλαίσιο του κανονισμού του up-ρυθμίζεται miR-19a /b ήταν όλοι κάτω-ρυθμίζονται σε TCC, και 11 από αυτούς είχαν προβλεφθεί να ρυθμίζεται τόσο από miR-19a και miR-19b (Πίνακας S6). Επιπλέον, τρεις miRNAs miR-20b, miR-363 και miR-30c που ήταν όλα μόνο κάτω-ρυθμίζονται ccRCC έδειξε επίσης σημαντική συσχέτιση με τα επίπεδα έκφρασης των 23, 25 και 37 της προβλεπόμενης γονιδίων στόχων τους, αντίστοιχα (Πίνακας S6) . Αξίζει να σημειωθεί ότι, οι συσχετιζόμενων γονιδίων στόχων του miR-20b είχαν εμπλακεί κυρίως στη ρύθμιση των μεταβολικών διεργασιών (προσαρμοσμένο

P

= 0.037) και τρεις από τους στόχους (

JAK1

,

CCND2

και

SPRED1

) συμμετέχουν στη ρύθμιση του μονοπατιού σηματοδότησης JAK-STAT. Ωστόσο, δεν είναι εμπλουτισμένη βιολογική διαδικασία βρέθηκε στα συσχετίζονται σύνολα γονιδίου-στόχου των miR-30c και miR-363.

Συζήτηση

Η παρούσα μελέτη παρέχει μια ολοκληρωμένη επισκόπηση των τριών ουροποιογεννητικού καρκίνων με βάση τους προφίλ έκφρασης σε ολόκληρο το γονιδίωμα των δύο mRNA και miRNA. Όλα τα συμφωνημένα όγκο κανονική ζευγών δειγμάτων από τους 27 ασθενείς με καρκίνο ήταν προετοιμασμένοι και αλληλουχία χρησιμοποιώντας τα ίδια πρωτόκολλα στην ίδια πλατφόρμα, και τα δεδομένα που προκύπτουν πρώτες αλληλουχίας υποβλήθηκαν επίσης σε παρόμοια προκαταρκτικές αναλύσεις [12]. Έτσι, υποθέτουμε ότι οι τεχνικές διαφορές οφείλονται σε διεργαστηριακές ή διαφορές μεταξύ της πλατφόρμας πρέπει να είναι ελάχιστη ή αμελητέα σε αυτή τη μελέτη. Τα αποτελέσματα μας αποκάλυψαν ότι η συγκριτική ανάλυση των διαφόρων καρκίνων θα μπορούσε να παράσχει πρόσθετη σε βάθος γνώσεις σχετικά με τους μοριακούς μηχανισμούς σε επίπεδο συστήματος της ογκογένεσης, που είναι κατά τα άλλα σχετικά δύσκολο να αποκρυπτογραφηθεί με την εστίαση σε ένα μόνο είδος καρκίνου. Επιπλέον, ελήφθησαν τα προφίλ έκφρασης των miRNAs και γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες σε όλους τους 27 ασθενείς. Ολοκληρωμένη ανάλυση του προφίλ έκφρασης mRNA και miRNA διευκόλυνε τον εντοπισμό των απελευθερωμένης βιολογικών διεργασιών ή πορείες που μπορεί να είναι υπό τον έλεγχο του miRNAs, η οποία με τη σειρά του θα μπορούσε να χρησιμεύσει ως ιδανική θεραπευτικών στόχων [29].

Η έρευνα τις τελευταίες δεκαετίες έχει πρότειναν ότι ο μετασχηματισμός των φυσιολογικών κυττάρων σε κακοήθη καρκίνοι μπορεί να διέπεται από διάφορους κοινούς κανόνες [30]. συγκριτικά μας ανάλυση των τριών διαφορετικών ουροποιητικό καρκίνους αποκάλυψε επίσης τις κοινές φυσιολογικές αλλαγές που συμβαίνουν στα κύτταρα του όγκου. Σημαντική απελευθέρωση των αναπτυξιακών και διαφοροποίησης των διαδικασιών και των οδών έλεγχο του κυτταρικού κύκλου σε δύο ή περισσότερα καρκίνους έδειξαν ότι τα αποδιαφοροποιημένα κύτταρα όγκου ήταν μη ευαίσθητα στα σήματα ανασταλτική (anti-ανάπτυξη) που κανονικά θα μπλοκάρουν την είσοδο σε μία ενεργή κατάσταση του κυτταρικού κύκλου. Απορρύθμιση των οδών σηματοδότησης ρ53 μπορεί να διευκολύνει και την αγγειογένεση και την αντοχή σε απόπτωση [31]. Εκτροπή του μονοπατιού και ECM υποδοχέων CAMs επιτρέπει στα καρκινικά κύτταρα να ξεφύγουν από πρωτογενή μάζες όγκου τους, εισβάλλουν γειτονικούς ιστούς και αποικίζουν αλλού [32], [33]. Επιπλέον, όπως καταδεικνύεται στη μελέτη μας, οι συχνές απορρύθμιση των κυτοκινών που σχετίζονται με οδούς, καθώς και τις διαδικασίες του ανοσοποιητικού και φλεγμονώδους απόκρισης είναι ένα άλλο κοινό χαρακτηριστικό γνώρισμα του ανθρώπινου καρκίνου [34]. Για πολλούς στερεούς όγκους, κυτοκίνες, μαζί με CAMs, παίζουν σημαντικό ρόλο στην επαγωγή αντικαρκινικής ανοσοαποκρίσεων και απόρριψη του όγκου στο μικροπεριβάλλον του όγκου όπου το ανοσοποιητικό και κακοήθη κύτταρα αλληλεπιδρούν [35]. Επιπλέον, οι πρόσφατες αναδυόμενες δεδομένα πρότειναν ότι σχετίζονται με τον καρκίνο φλεγμονή συμβάλλει στον πολλαπλασιασμό και την επιβίωση των καρκινικών κυττάρων και να συνδέεται αυτή η φλεγμονή με τη θεραπευτική ανταπόκριση και την πρόγνωση των ασθενών με καρκίνο [36].

Συστηματική συγκρίσεις των τριών ουροποιογεννητικού καρκίνων επίσης απέδειξε ότι ένας μεγάλος αριθμός γονιδίων απελευθερωμένης εμπλουτίστηκαν σε συγκεκριμένες οδούς ή διαδικασίες που χαρακτηρίζουν τις ξεχωριστές βιολογικές συμπεριφορές του κάθε καρκίνου. Gene σύνολα αποκλειστικά απορυθμισμένη σε TGCT εμπλέκονται κυρίως σε άνδρες διαδικασίες που σχετίζονται με την αναπαραγωγή, όπως σπερματογένεση, ανάπτυξη σπερματοζωιδίου και λίπανση, υποδεικνύοντας ότι η κανονική λειτουργία των όρχεων είχαν χαθεί κατά την μετατροπή των φυσιολογικών σωματικών κυττάρων σε καρκινικά κύτταρα. Εν τω μεταξύ, η παγκόσμια ρύθμιση προς τα κάτω των πολλών μεταβολικών οδών και σημαντική απορρύθμιση των βιολογικών διεργασιών που σχετίζονται με την πήξη του αίματος, των λιπιδίων και τη μεταφορά ιόντων παρατηρήθηκαν μόνο σε ccRCC. Όπως έχει ήδη αναφερθεί, διαταραχή του ενδοαγγειακή πήξη μπορεί να οδηγήσει σε νεφρικές βλάβες [37]. Το μοναδικό προφίλ έκφρασης του TCC χαρακτηρίστηκε από σημαντική απορρύθμιση των διεργασιών που συνδέονται με την εισβολή όγκου και η μετάσταση. Σύμφωνα με το μοριακό φαινότυπο του, TCC συμπεριφέρεται επίσης μοναδικά από την άποψη των κλινικών χαρακτηριστικών και την πρόγνωση της. Εκτιμάται ότι περίπου το 70% των ασθενών TCC παρούσας επιφανειακή μη διηθητικό όγκους που δεν είναι απειλητική για τη ζωή, αλλά έχουν την τάση να επαναληφθεί? οι υπόλοιπες περιπτώσεις που παρουσιάζουν διηθητικό όγκοι είναι συνήθως σε υψηλό κίνδυνο θανάτου που σχετίζεται με μακρινές μεταστάσεις [38].

Η κατάταξη του καρκίνου με βάση τα πρότυπα έκφρασης των βασικών μοριακών δεικτών που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη διάγνωση του καρκίνου, πρόγνωση και πρόβλεψη είχαν περιγραφεί ευρέως και εφαρμόζεται σε προηγούμενες μελέτες [39]. Σε αυτή τη μελέτη, ιεραρχική ομαδοποίηση των γονιδίων απελευθερωμένη στην πλειοψηφία (πάνω από 75%) των ασθενών με κατατομή μπορούν γενικά ταξινομούν τους όγκους σε ομάδες με τα ίδια ιστοπαθολογική εκδηλώσεις (Σχήμα 3). Τα γονίδια στη συστάδα 1 κυριαρχείται από ογκογονίδια που είναι ρυθμισμένα προς τα πάνω στους περισσότερους όγκους, όπως

CCND1

,

PERP

και

RRM2

[40], [41], [42]. Επιπλέον,

TCF19

κωδικοποιεί ένα παράγοντα μεταγραφής που υποτίθεται ότι παίζουν κεντρικό ρόλο στη ρύθμιση της έκφρασης των γονιδίων στόχων. Το προϊόν γονιδίου του

CCNB1

(κυκλίνη Β1) και cdc2 σχηματιστεί το σύμπλοκο ωρίμανση που προάγει, η οποία είναι σημαντική για την τόνωση της μίτωσης [43]. Το προϊόν του

CENPF

μπορεί να παίζει ρόλο σε χρωμόσωμα διαχωρισμού κατά τη διάρκεια της μίτωσης [44] και μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως πολύτιμο δείκτη της εξέλιξης ρινοφαρυγγικού καρκινώματος [45]. Σε αντίθεση, τα γονίδια ανήκουν σε σύμπλεγμα 2 έχασαν σημαντικά την έκφρασή τους σε περισσότερες από τις ουροποιογεννητικού νεοπλασμάτων προφίλ. Πολλά γονίδια ομαδοποιούνται σε σύμπλεγμα 2 αναγνωρίζονται ως καταστολείς όγκων υποψήφιος σε προηγούμενες μελέτες. Μεθυλίωση σχετίζεται με αποσιώπηση του

FAM107A

εντοπίστηκε στα τρία ουροποιητικό όγκων [46]. Το προϊόν πρωτεΐνης του

DCN

(ντεκορίνης) είναι ικανή να καταστέλλει την ανάπτυξη διαφόρων κυττάρων όγκου [47], [48], [49].

TCF21

ήταν παρεκκλίνοντα μεθυλιωμένα και σιγήσει στο κεφάλι και το λαιμό καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων και καρκίνου του πνεύμονα μη-μικρού κυττάρου [50]?

C2orf40

ήταν υπερμεθυλίωση και μεταγραφική σιγήσει σε ορθοκολικό καρκίνωμα και γλοίωμα, και υπερ-έκφραση του οδήγησε σε σημαντική μείωση στην ανάπτυξη των κυττάρων [51]. Συνολικά, αν και τα περισσότερα από τα γονίδια που αναφέρθηκαν παραπάνω γνωστή για άλλες μορφές καρκίνου, ανωμαλίες τους στο ουροποιητικό όγκοι σπάνια αναφέρθηκαν πριν. Τα ευρήματά μας τόνισε γενικές επιπτώσεις τους στο TCC, TGCT και ccRCC. Επιπλέον, όπως γονίδια με παρόμοια πρότυπα έκφρασης ή λειτουργίες τείνουν να ομαδοποιούνται, άλλα γονίδια (π.χ.,

TCF19

) στο σύμπλεγμα 1 και 2 μπορεί επίσης να είναι υπεύθυνη για σημαντικές λειτουργίες σε αυτές τις τρεις καρκίνους και, επομένως, είναι άξια περαιτέρω προσοχή σε μελλοντικές μελέτες.

Επιπλέον, εντοπίσαμε επίσης ένα υποσύνολο των γονιδίων (cluster 3) που ήταν επάνω-ρυθμίζονται σε ccRCC αλλά κάτω-ρυθμίζονται σε TCC και TGCT. Η έκφραση του

CNN1

είναι ένας δείκτης διαφοροποίησης αργά στάδιο των λείων μυϊκών κυττάρων, και μια μείωση στο

CNN1

σχετίζεται με υπανάπτυκτες σκάφη νεφρική όγκου που έχουν έλλειψη ακεραιότητας [52], [53]. Τρία γονίδια (

AMOTL1

,

CAV1

και

COL15A1

) σε αυτή την κατηγορία ήταν λειτουργικά συνδέονται με τη διαδικασία της αγγειογένεσης.

AMOTL1

ελέγχει την κυτταρική μετανάστευση και προσκόλληση κυττάρου-κυττάρου in vivo κατά την διάρκεια της αγγειογένεσης [54].

CAV1

ενισχύει το σχηματισμό ενδοθηλιακών τριχοειδών [55] και την αποσιώπηση της έκφρασης του με αντινοηματικά ολιγοδεοξυνουκλεοτίδια χειροτερεύει την διαδικασία της αγγειογένεσης

in vitro

και

in vivo

[56]. Επιπλέον, η υπερέκφραση του

CAV1

σε ccRCC είχε τεκμηριωθεί προηγουμένως και πιστεύεται ότι είναι σημαντική για την εξέλιξη της ccRCC [57], [58]. Αγγειακά συστήματα σε διαφορετικούς όγκους είναι εξαιρετικά μεταβλητό στα μεγέθη τους, τα σχήματα και τα πρότυπα διακλάδωσης και συνήθως δεν είναι οργανωμένη στη συμβατική ιεραρχία των αρτηριδίων, τριχοειδών και φλεβιδίων [59]. Νεφρική καρκίνωμα είναι ένας αγγειακός πλούσια όγκου και οραματιστήκαμε την πιθανότητα ότι όσο μεγαλύτερη είναι η μάζα του όγκου είναι η πιο σύνθετη αγγειακό σύστημα ο όγκος χρειάζεται για τη διατροφή. Έτσι, προσαρμοστική υπερ-έκφραση των γονιδίων που σχετίζονται με αγγειογένεση θα πρέπει να είναι ουσιώδης για τον πολλαπλασιασμό των καρκινικών κυττάρων εντός της μάζας του τεράστιου ccRCC.

miRNAs αποτελούν μια σημαντική κατηγορία των μικρών μη κωδικοποιητικού RNA που είναι σε θέση να ρυθμίζουν την χρονική και ιστοειδική πρότυπα έκφρασης των πρωτεϊνών που κωδικοποιούν γονίδια στο μετα-μεταγραφικό επίπεδο, εμποδίζοντας τη μετάφραση και /ή οδηγούν σε αποδόμηση του mRNA [60]. miRNAs παίξει ενεργό ρόλο στην ογκογένεση με τη ρύθμιση της έκφρασης των γονιδίων στόχων τους, με αποτέλεσμα την εκτροπή των πολλαπλών πυρήνα βιολογικών διαδικασιών ή πορείες [20], [61]. Η ανάλυσή μας εντόπισε μια σειρά σχολιασμένη σχετίζονται με τον καρκίνο miRNAs όπως miR-142-3p, miR-155, miR-21, miR-210, αφήστε-7c και miR-214 παρουσιάζουν συνεπή απορρύθμιση σε TCC, TGCT και ccRCC, η οποία μπορεί να προτείνουν γενικές επιπτώσεις τους στην ανάπτυξη του ανθρώπινου καρκίνου. Μερικές οικογένειες miRNA ή συστάδες στο σύνολό της ήταν επίσης σημαντικά απελευθερωθεί στη μελέτη μας (Πίνακας 1). Οι παρατηρούμενες μορφές συν-έκφρασης για αυτές τις οικογένειες miRNA ή συμπλέγματα αναμένεται, όπως άλλες μελέτες είχε προτείνει ότι οι περισσότερες από τις γνωστές miRNAs είναι διαδοχικά συγκεντρωμένα και μεταγράφονται ως πολυσιστρονικό πρωτογενείς μεταγραφές [62], [63]. miR-8 (γνωστή επίσης και ως «miR-200») της οικογένειας παρουσίασαν διαφορετικά μοτίβα σε TCC, TGCT και ccRCC στη μελέτη μας. Κάτω ρύθμιση του miR-8 οικογένεια αναγνωρίστηκαν σε πολλαπλούς καρκίνους όπως του μαστού, των ωοθηκών και του παγκρέατος νευροενδοκρινών όγκων, και η αναστολή της miR-8 οικογένεια επάγει την επιθηλιακή-προς-μεσεγχυματικά μετάβαση (ΕΜΤ), η οποία θεωρείται ως ένα ουσιαστικό πρώιμο βήμα σε μετάσταση όγκου [24], [25], [64]. Είναι ενδιαφέρον ότι, η υπερέκφραση του miR-8 οικογένεια έχει επίσης δειχθεί ότι ενισχύει μαστού αποικισμό των καρκινικών κυττάρων ποντικού για να σχηματίσουν απομακρυσμένες μεταστάσεις [65]. Με λίγα λόγια, miR-8 της οικογένειας μπορεί να παίζει διαφορετικούς ρόλους σε διαφορετικούς καρκίνους του ανθρώπου, και τα δεδομένα που μας πρότεινε επίσης διαφορετικούς ρόλους τους στο ουροποιητικό καρκίνους.

Ολοκληρωμένη ανάλυση συσχέτισης των επιπέδων έκφρασης των miRNAs και προέβλεψε γονίδια στόχους τους σε οι τρεις καρκίνους υπογράμμισε περαιτέρω οι επιδράσεις ορισμένων miRNAs στην ανάπτυξη του όγκου. Από τον μεγάλο αριθμό των στόχων των οποίων η έκφραση συσχετίζεται επίπεδα αρνητικά με miR-19a και /ή miR-19b σε TCC (Πίνακας S6), πολλά γονίδια ήταν καλά γνωστό ότι σχετίζονται με τον καρκίνο βασίζεται σε προηγούμενες λειτουργικές μελέτες. Για παράδειγμα, το προϊόν του γονιδίου στόχου

ARRDC3

μπορεί να δεσμεύει και να υποβαθμίσει την πρωτεΐνη ITGβ4, η οποία επηρεάζει τον πολλαπλασιασμό, τη μετανάστευση και την εισβολή των καρκινικών κυττάρων του μαστού

in vitro

[66]. Η έκφραση ενός άλλου στόχου,

CBX7

, μειώνεται με βαθμό κακοήθειας και το στάδιο της νεοπλασίας στον καρκίνο του θυρεοειδούς [67] και σχετίζεται με μια πιο επιθετική φαινότυπο σε παγκρεατικού καρκίνου [68]. Έτσι, πιστεύεται ότι κάτω ρύθμιση του miR-19a και miR-19b μπορεί επίσης να προωθήσει την ογκογόνο διαδικασία του TCC. Μια άλλη miRNA αντάξια της ανακοίνωσης είναι miR-20b σε ccRCC, η οποία στοχεύει 3 γονίδια (

JAK1

,

CCND2

και

SPRED1

) που συμμετέχουν στη σηματοδότηση JAK-STAT. Κάτω ρύθμιση του miR-20b μπορεί συνεπώς να οδηγήσει στην ενεργοποίηση του μονοπατιού JAK-STAT, το οποίο έχει τεκμηριωθεί σε πολλές μελέτες του καρκίνου [69], [70], [71], [72]. Εντυπωσιακά, τα κάτω ρυθμισμένα στόχους του miR-20b έχουν ενοχοποιηθεί κυρίως σε πολλές μεταβολικές διεργασίες (ρυθμισμένο

P

= 0.037), που μπορεί, εν μέρει, αντιπροσωπεύουν το χαρακτηριστικό φαινότυπο του ccRCC (παγκόσμια απορρύθμιση των πολλαπλών μεταβολικές οδούς σε ccRCC όπως φαίνεται στο Σχήμα 2).