Αφηρημένο

ATP Binding Cassette Β1 (

ABCB1

) είναι ένας μεταφορέας με ένα ευρύ εξειδίκευση υποστρώματος που συμμετέχουν στην εξάλειψη πολλών καρκινογόνων από το έντερο. Αρκετές πολυμορφικές παραλλαγές μέσα στο

ABCB1

γονίδιο έχουν αναφερθεί ως ρυθμιστές του

ABCB1

μεσολάβηση των μεταφορών. Ερευνήσαμε την επίδραση του

ABCB1

γενετικές παραλλαγές σε καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) κινδύνου. Ένα υβριδικό tagging /λειτουργική προσέγγιση έγινε για να επιλέξετε 28 πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs), που ο γονότυπος σε 1.321 Τσεχική άτομα, 699 περιπτώσεις CRC και 622 μάρτυρες. Επιπλέον, έξι δυνητικά λειτουργικά SNPs γονότυπος σε 3.662 γερμανικά θέματα, 1.809 περιπτώσεις και 1.853 έλεγχοι από τη μελέτη Dachs. Βρήκαμε ότι τα τρία λειτουργικά SNPs (rs1202168, rs1045642 και rs868755) σχετίστηκαν με CRC κινδύνου στο γερμανικό πληθυσμό. Οι μεταφορείς των αλληλόμορφα rs1202168_T και rs868755_T είχαν αυξημένο κίνδυνο για CRC (P

τάση

= 0,016 και 0,029, αντίστοιχα), ενώ τα άτομα που φέρουν το αλληλόμορφο rs1045642_C παρουσίασαν μειωμένο κίνδυνο CRC (P

τάση

= 0,022). Επιδιώξαμε να αναπαράγουν τα πιο σημαντικά αποτελέσματα σε μια ανεξάρτητη μελέτη ασθενών-μαρτύρων των 3.803 ατόμων, 2.169 περιπτώσεις και 1.634 ελέγχους που διενεργούνται στο βόρειο τμήμα της Γερμανίας. Κανένα από τα SNPs ελέγχθηκαν συσχετίστηκαν σε σημαντικό βαθμό με CRC κινδύνου στη μελέτη αναδιπλασιασμού. Συμπερασματικά, στην παρούσα μελέτη περίπου 8.800 άτομα θα δείξουμε ότι

ABCB1

πολυμορφισμούς του γονιδίου παίξει στην καλύτερη περίπτωση ένα μικρό ρόλο στην ευαισθησία στην CRC

Παράθεση:. Campa D, Sainz J, Pardini Β , Vodickova L, Naccarati Α, Rudolph A, et al. (2012) από εμπεριστατωμένη έρευνα σχετικά με την Κοινή πολυμορφισμοί στο

MDR1 /ABCB1

Gene Transporter και ευαισθησία στον καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 7 (3): e32784. doi: 10.1371 /journal.pone.0032784

Επιμέλεια: Momiao Xiong, Πανεπιστήμιο του Τέξας Σχολής Δημόσιας Υγείας, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 18 Ιούνη 2011? Αποδεκτές: 2 Φεβ 2012? Δημοσιεύθηκε: 2 Μάρτη του 2012

Copyright: © 2012 Campa et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε εν μέρει από τις ακόλουθες ενισχύσεις: CZ GACR GA 310/07/1430 και GA P304 /10/1286 από τον Οργανισμό Grant της Τσεχικής Δημοκρατίας. Η μελέτη Dachs υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από το Συμβούλιο Έρευνας της Γερμανίας (Deutsche Forschungsgemeinschaft, χορηγεί αριθμούς BR 1704 /6-1, BR 1704 /6-3, BR 1704 /6-4 και CH 117 /1-1), και η γερμανική Ομοσπονδιακό Υπουργείο Παιδείας και Έρευνας (αριθμοί επιχορήγηση 01KH0404 και 01ER0814). ΠΛΟΙΟΥ διεξάγεται από το Ερευνητικό Δίκτυο του κοινοτικού Ιατρικής στο Πανεπιστήμιο του Greifswald, το οποίο χρηματοδοτείται από το Γερμανικό Ομοσπονδιακό Υπουργείο Παιδείας και Έρευνας και το ομοσπονδιακό κρατίδιο του Μεκλεμβούργου-Δυτικής Πομερανίας. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο ορθοκολικός καρκίνος (CRC) είναι μία από τις πιο κοινές καρκίνους διαγιγνώσκονται στις δυτικές χώρες [1], [2], και την αιτιολογία της περιλαμβάνει την αλληλεπίδραση γενετικών και περιβαλλοντικών παραγόντων [3], [4], [5 ], [6], [7], [8], [9], [10], [11]. Αν και οι βιολογικές διεργασίες που συνδέουν τα χαρακτηριστικά του τρόπου ζωής και του παχέος καρκινογένεση παραμένουν ασαφείς, μελέτες συσχέτισης αναλύοντας την επίδραση των διαιτητικών παραγόντων έχουν αποδεικνύεται ότι, τουλάχιστον εν μέρει, CRC προκύπτει ως επακόλουθο της έκθεσης σε ξενοβιοτικών παραλαμβάνεται με τρόφιμα [6], [12] .

ΑΤΡ-σύνδεσης κασέτας (ABC) είναι μία από τις μεγαλύτερες οικογένειες των ενεργών μεταφορέων εκροής που βρίσκονται κυρίως σε ιστούς που ενεργεί ως φραγμός ή έχουν εκκριτικής λειτουργίας. ABC μεταφορείς είναι εντόνως εκφράζονται στην ακραία μεμβράνη των εντεροκυττάρων όπου μεσολαβούν την εκροή μιας ευρείας ποικιλίας των ενδογενών υποστρωμάτων (συμπεριλαμβανομένων σακχάρων, αμινοξέα, νουκλεοτίδια, στεροειδή, ανόργανα ιόντα) μέσα στον αυλό του εντέρου. Επιπλέον, οι περισσότεροι από τους μεταφορείς ABC παίζουν ένα ρόλο στην κυτταρική άμυνα κατά των περιβαλλοντικών επιθέσεων που παράγεται από ξενοβιοτικά [13].

ABCB1

έκφραση στο ανθρώπινο έντερο αυξάνεται από εγγύς προς άπω καταλήγοντας σε τα υψηλότερα επίπεδα έκφρασης στο κόλον [14], όπου συμμετέχουν στην απέκκριση πολλών καρκινογόνων από το έντερο μέσα στον εντερικό αυλό [15]. Επιπλέον, έχει αποδειχθεί ότι

ABCB1

είναι υπεύθυνη για την εκροή του μεταλλαξιογόνους μαγειρεμένα τρόφιμα [16], αρκετές καρκινογόνα σχετίζονται με τον καπνό [17], [18], [19], καθώς και ένα ευρύ φάσμα των φαρμάκων [20], [21], [22], [23].

η έκφραση και δράση του

ABCB1

μεταφορέας μπορεί να διαφέρουν μεταξύ των ατόμων που, είτε λόγω γενετικών πολυμορφισμών ή παθολογικών καταστάσεων [24] και, ως εκ τούτου, αυτό μπορεί να αντικατοπτρίζεται στη διαφορές στη βιοδιαθεσιμότητα των διαφόρων τοξινών, καρκινογόνες ουσίες και φάρμακα [5]. Κατά τη διάρκεια των τελευταίων δεκαετιών, η υπόθεση αυτή έχει οδηγήσει σε πολλαπλασιασμό των

in vitro

εκθέσεις εξετάζουν τη λειτουργικότητα του

πολυμορφισμών του γονιδίου ABCB1

και την έρευνα σχετικά με τον πιθανό ρόλο τους σε πολλές ασθένειες και καρκίνους [4] , [25], [26], [27], [28], [29], [30], [31]. Λειτουργική πολυμορφικές παραλλαγές του

ABCB1

έχουν αναφερθεί στον Καυκάσιο πληθυσμό. Για παράδειγμα Hoffmeyer και συνεργάτες ανέφεραν ότι η παραλλαγή C3435T (rs1045642) οδηγεί σε μειωμένη δραστηριότητα και την έκφραση της πρωτεΐνης στο δωδεκαδάκτυλο [23]. Ομοίως, πολλές μελέτες έχουν επίσης επικεντρωθεί σχετικά με τη σύνδεση μεταξύ πολυμορφικών παραλλαγών του ABC μεταφορέων σε πολλά φάρμακα και η έκθεση σε αντικαρκινικά φάρμακα [21], [22]. Παρά τις πολυάριθμες μελέτες συσχετισμού και στην επίδραση των

ABCB1

παραλλαγές και CRC [30], [31], [32], [33], [34], περιορισμένα δεδομένα είναι διαθέσιμα, καθώς οι περισσότερες από αυτές τις μελέτες σύνδεσης έχουν αναλύονται μειωμένο αριθμό γενετικών δεικτών ή έχουν διεξαχθεί σε ένα σχετικά μικρό πληθυσμό.

ο σκοπός της παρούσας εργασίας ήταν να διαπιστωθεί αν γενετικές παραλλαγές μέσα στο

ABCB1

γονίδιο επηρεάζει τον κίνδυνο του CRC , με ιδιαίτερη προσοχή στο ρόλο των υποθετικά λειτουργικές παραλλαγές που έχουν προηγουμένως δειχθεί να σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου [24], [30], [32], [33].

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Όλοι οι συμμετέχοντες υπέγραψαν ενημέρωσε γραπτή συγκατάθεση. Η μελέτη εγκρίθηκε από τις ηθικές συμβούλια αναθεώρηση των οργάνων που είναι αρμόδια για το θέμα πρόσληψης σε κάθε ένα από τα κέντρα στρατολόγησης. Οι επιτροπές δεοντολογίας ήταν οι εξής: επιτροπή δεοντολογίας του Ινστιτούτου Πειραματικής Ιατρικής, Πράγα, Τσεχική Δημοκρατία. Η μελέτη Dachs εγκρίθηκε από τις επιτροπές δεοντολογίας της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Χαϊδελβέργης και του Ιατρικού Επιμελητήρια της Βάδης-Βυρτεμβέργης και της Ρηνανίας-Παλατινάτου. Η Βόρεια γερμανική μελέτη (Kiel) εγκρίθηκε από τις επιτροπές δεοντολογίας της Ιατρικής Σχολής του Christian-Albrechts Πανεπιστήμιο του Κιέλου και Mecklenburg-Δυτικής Πομερανίας (Μελέτη Υγείας στην Πομερανία).

πληθυσμούς Μελέτη

σε αυτή τη μελέτη τρεις πληθυσμούς του Καυκάσου καταγωγής (μία από την Τσεχική Δημοκρατία και δύο από τη Γερμανία) ερευνήθηκαν, συμπεριλαμβανομένης συνολικά 8786 άτομα. Όλες οι πληθυσμοί είχαν προηγουμένως περιγραφεί λεπτομερώς [35]. Εν συντομία, η πρώτη μελέτη ασθενών-μαρτύρων περιλαμβάνει 1321 άτομα, 699 περιπτώσεις CRC και 622 μάρτυρες από την Τσεχική Δημοκρατία [36]. Όλοι οι συμμετέχοντες είχαν προσληφθεί από έξι ογκολογικών και πέντε γαστρεντερολογικό τμήματα, σε όλη την Τσεχική Δημοκρατία. Η μελέτη βασίστηκε σε περιπτώσεις περιστατικό με θετικά κολονοσκοπικής αποτελέσματα για κακοήθεια και με ιστολογικά επιβεβαιωμένο του παχέος εντέρου ή του ορθού καρκίνωμα. Έλεγχοι ορίστηκαν ως υποκείμενα που είχαν υποβληθεί σε κολονοσκόπηση και των οποίων κολονοσκοπικής αποτελέσματα ήταν αρνητικά για κακοήθεια ή αδενώματα του παχέος εντέρου. Είχαν δειγματοληψία στο ίδιο χρονικό πλαίσιο με τις υποθέσεις. Όλοι οι συμμετέχοντες υπέγραψαν ενημέρωσε έγγραφη συγκατάθεση και ο σχεδιασμός της μελέτης εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας του Ινστιτούτου Πειραματικής Ιατρικής, Πράγα, Τσεχική Δημοκρατία.

Η δεύτερη μελέτη ασθενών-μαρτύρων περιλαμβάνει 3662 συμμετέχοντες, 1809 περιπτώσεις και 1853 έλεγχοι που προσλαμβάνονται από την Dachs (Darmkrebs: Chancen der Verhütung durch Screening) μελέτη, [37]. Περιπτώσεις είχαν περιστατικό επεμβατική CRC διαγνώστηκαν μεταξύ του Ιανουαρίου 2003 και του Μαρτίου του 2007. Είχαν προσληφθεί από ασθενείς που έλαβαν σε νοσηλεία σε νοσοκομείο της περιοχής Rhein-Neckar-Odenwald (νοτιοδυτική Γερμανία) οφείλεται σε μια πρώτη διάγνωση της CRC. Οι έλεγχοι ήταν η συχνότητα ταιριάζει ανάλογα με το φύλο, την κομητεία της κατοικίας και την ηλικία και τυχαία επιλεγμένων από τους καταλόγους των μητρώων του πληθυσμού. Η μελέτη Dachs εγκρίθηκε από τις επιτροπές δεοντολογίας της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Χαϊδελβέργης και του Ιατρικού Επιμελητήρια της Βάδης-Βυρτεμβέργης και της Ρηνανίας-Παλατινάτου. Όλοι οι ασθενείς έδωσαν ενημέρωσε τη γραπτή συγκατάθεσή τους για να συμμετέχουν σε αυτή τη μελέτη.

Για να αναπαράγουν τα θετικά ευρήματα στο σύνολο ανακάλυψη, χρησιμοποιήσαμε επίσης μια ανεξάρτητη μελέτη ασθενών-μαρτύρων με βάση τον πληθυσμό σε Βόρεια γερμανικό πληθυσμό που περιλαμβάνει 3803 άτομα, 2169 περιπτώσεις και 1634 ελέγχους [38]. περιπτώσεις CRC εντοπίστηκαν μέσω του περιφερειακού μητρώου καρκίνου του Schleswig-Holstein είτε μέσω αρχείων των χειρουργικών τμημάτων στη Βόρεια Γερμανία και προσλαμβάνονται από την βιοτράπεζα POPGEN. Έλεγχοι επιλέχθηκαν τυχαία από τα μητρώα του πληθυσμού, αλλά και προσλαμβάνονται από την βιοτράπεζα POPGEN. Πρόσθετοι έλεγχοι είχαν προσληφθεί από το πλοίο (Μελέτη Υγείας στην Πομερανία) στη Βόρειο-ανατολική Γερμανία και ήταν ελεύθεροι καρκίνου σε προσλήψεις.

Επιλογή SNP

Το σύνολο των κοινών γενετικών παραλλαγών στο

ABCB1

εκτιμήθηκε μετά από τόσο tagging και λειτουργικές προσεγγίσεις. Σκοπός της σήμανσης SNP ήταν να εντοπίσει μια σειρά από SNPs που αιχμαλωτίζει αποτελεσματικά όλα τα γνωστά κοινή γενετική μεταβλητότητα, ενώ η λειτουργική προσέγγιση αυτή χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό των επιπτώσεων των εν δυνάμει λειτουργικές παραλλαγές στο

ABCB1

γονίδιο για CRC κίνδυνο. Η σήμανση εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο που περιγράφεται από τους Carlson και τους συνεργάτες του [39]. Όλες οι SNPs εντός της περιοχής του

ABCB1

(συμπεριλαμβανομένων των 5 kb ανάντη του πρώτου εξονίου και κατάντη του τελευταίου εξονίου) και με συχνότητα ελάχιστο αλληλόμορφο (MAF) ≥5% σε Καυκάσιους (International HapMap έργου, έκδοση 21α ? https://www.hapmap.org), συμπεριλήφθηκαν. Tagging SNPs επιλέχθηκαν με τη χρήση του προγράμματος Haploview Tagger (https://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/? https://www.broad.mit.edu/mpg/tagger/) [40] , [41], χρησιμοποιώντας ζεύγη ετικέτες με ελάχιστο r

2 0.8. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα μια επιλογή από 28 tagging SNPs, με μέση r

2 των επιλεγμένων SNPs με τα SNPs που ετικέτα του 0.976, που σημαίνει ότι οι επιλογές μας συλλαμβάνει σε ένα πολύ υψηλό βαθμό την γνωστή κοινή μεταβλητότητα σε αυτό το γονίδιο. Λαμβάνοντας υπόψη ότι η γονιδιωματική περιοχή του

ABCB1

χαρακτηρίζεται από υψηλά επίπεδα ανισορροπίας σύνδεσης (LD), έχουμε υποθέτουν ότι τέτοιες SNPs είναι επίσης πιθανό να επισημάνετε τυχόν μέχρι σήμερα αγνώστων κοινή SNPs στο γονίδιο.

προκειμένου να ελεγχθεί η υπόθεση υποδηλώνει ότι οι λειτουργικές SNPs παρά την τοποθέτηση πινακίδων SNPs μπορεί να επηρεάσει την ABCB1 μεσολάβηση εκροή του DNA βλαβερών ουσιών, έχουμε επιλέξει έξι δυνητικά λειτουργική SNPs από το 28 που επελέγη προηγουμένως (rs2229109, rs1202168, rs1045642, rs9282564, rs2214102 και rs868755 ), και τους γονότυπου στην Τσεχική και στους πληθυσμούς της Γερμανίας Dachs. Η επιλογή βασίστηκε σε παλαιότερα δημοσιευμένα αποτελέσματα που επεσήμανε είτε τη λειτουργικότητα του

ABCB1

παραλλαγές [23], [42] ή την ένωσή τους με διάφορες ασθένειες [43], [44], [45].

για να καλύψει εξαντλητικά όλες τις γενετική ποικιλομορφία στο

ABCB1

τόπο έχουμε ελέγξει τις παραλλαγές που περιγράφονται στο σχέδιο 1000 γονιδιώματος και ανακαλύψαμε ότι 180 SNPs δεν έχουν γονότυπος στο HapMap. Εμείς δεν περιλαμβάνουν αυτές τις παραλλαγές δεδομένου ότι στους Καυκάσιους, η συχνότητα του ανηλίκου αλληλόμορφο ήταν είτε λείπει είτε κάτω από το όριο του 0,05. Ψάχνοντας τη βάση δεδομένων του γενωμικού παραλλαγές (https://projects.tcag.ca/variation/), η οποία είναι ένας κατάλογος των διαρθρωτικών μεταβολή στο ανθρώπινο γονιδίωμα, βρήκαμε ότι σε Καυκάσιος υπάρχει μόνο ένα σπάνιο (MAF = 0,03%) αντίγραφο παραλλαγή αριθμό (CNV) και ως εκ τούτου δεν προσπάθησε να το γονότυπο. Συμπληρωματικές σχήμα S1 δείχνει λεπτομερώς τον αριθμό των SNPs και θέματα γονότυπου σε κάθε φάση. Συμπληρωματικές σχήμα S2 δείχνει την πλοκή LD από το

ABCB1

γονίδιο, όλα τα SNPs στον τόπο και οι SNPs γονότυπος, ενώ συμπληρωματικό πίνακα S1 δείχνει τα SNPs tagging επιλεγεί στη μελέτη και τα SNPs που ετικέτας.

εξαγωγή DNA και του γονότυπου

Για την Τσεχική θέματα DNA εκχυλίζεται από το αίμα χρησιμοποιώντας τυπικές πέψης πρωτεϊνάσης Κ που ακολουθείται από εκχύλιση με φαινόλη /χλωροφόρμιο και καθίζηση με αιθανόλη. Γερμανικά δείγματα DNA απομονώθηκαν από μονοπύρηνα κύτταρα περιφερικού αίματος ή στοματικό διάλυμα χρησιμοποιώντας Flexigene Kit 250 (Qiagen, Valencia, CA, USA) και Qiagen Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA, USA), αντίστοιχα. Η σειρά των DNAs από τις περιπτώσεις και τους ελέγχους ήταν τυχαία σε πλάκες PCR, προκειμένου να διασφαλιστεί ότι ένας ίσος αριθμός των περιπτώσεων και ελέγχων θα μπορούσαν να αναλυθούν ταυτοχρόνως. Όλη η γονοτυποποίηση διεξήχθη χρησιμοποιώντας Taqman (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) ή Kaspar (KBiosciences, Hoddesdon, Hertfordshire, UK) σύμφωνα με τα πρωτόκολλα των κατασκευαστών. γονότυπους έλεγχος επαναλαμβάνεται ποιότητας (8% του συνόλου) εμφάνισαν κατά μέσο όρο σύμπτωση 99,9%. Περισσότερες λεπτομέρειες σχετικά με τις μεθόδους καθορισμού γονοτύπου μπορούν να βρεθούν αλλού [36], [46], [47]. πλάκες PCR διαβάστηκαν σε ένα όργανο ΑΒΙ PRISM 7900HT (Applied Biosystems). Οι γονότυποι των SNPs rs2229109, rs1202168, rs1045642, rs9282564, rs2214102 συμπίπτουν εν μέρει με αυτά που χρησιμοποιούνται σε ένα άλλο σχέδιο για ένα υποσύνολο των θεμάτων Dachs αναφερθεί εδώ [48]. Τα αποτελέσματα έδειξαν στο παρόν έγγραφο δεν έχουν αναφερθεί στο παρελθόν.

Στατιστική Ανάλυση

κατανομής γονότυπου εξετάστηκε στις περιπτώσεις και πληθυσμούς ελέγχου. Hardy-Weinberg ισορροπία ελέγχθηκε στους ελέγχους από chi square test και στο α = 1% επίπεδο. Χρησιμοποιήσαμε λογιστική παλινδρόμηση για πολυπαραγοντικές αναλύσεις για την εκτίμηση των σημαντικών επιπτώσεων του γενετικού πολυμορφισμού στο CRC κίνδυνο χρησιμοποιώντας ένα ημερολόγιο-προσθετικό μοντέλο κληρονομικότητας. Η πιο κοινή γονότυπος στους ελέγχους αποδόθηκε ως κατηγορία αναφοράς. Όλες οι αναλύσεις προσαρμόστηκαν ως προς την ηλικία και το φύλο. Επιπλέον, πραγματοποιήσαμε μια λογιστική παλινδρόμηση διαστρωμάτωση για την τοποθεσία του καρκίνου (παχέος εντέρου

έναντι

ορθού). Όλες οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση SAS 9.2.

Από πολυμορφισμούς επιλεγεί ως tagging SNPs είχαν χαμηλό επίπεδο των υπολειμματικών ανισορροπίας σύνδεσης (LD), υποθέσαμε ότι απλότυποι επαρκώς συλληφθεί από την προσέγγιση tagging SNP μας, και εμείς δεν το έκανε επιχειρήσει μια ανάλυση απλότυπου στην Τσεχική πληθυσμού. Ωστόσο μπορούμε να εκτελείται για τις 6 SNPs που επιλέγονται ως λειτουργικά αυτά. μπλοκ απλότυπος κατασκευάστηκαν από τα δεδομένα του γονότυπου ελέγχου χρησιμοποιώντας SNP-εργαλείο https://www.dkfz.de/de/molgen_epidemiology/tools/SNPtool.html, [49] και ο αλγόριθμος εφαρμόζεται σε Haploview με βάση τα όρια εμπιστοσύνης από τον Gabriel και συναδέλφους [50]. Οι ακόλουθες τιμές cut-off χρησιμοποιήθηκαν: MAF & gt? 5%, HWE p≥0.01 και το 75% των μη λείπει γονότυπους. Εκτιμήσεις μέγιστης πιθανότητας των συχνοτήτων απλότυπου δημιουργήθηκαν με βάση τον αλγόριθμο μεγιστοποίησης υλοποιούνται στο πλαίσιο της διαδικασίας PROC απλότυπος SAS. Άνευ όρων λογιστικής παλινδρόμησης με προσαρμογή για την ηλικία (συνεχής), φύλο και κέντρο μελέτης χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό των εκτιμήσεων κινδύνου. Η πιο συχνή απλότυπος ορίστηκε ως αναφορά, ενώ απλοτύπων με συχνότητα κάτω από 0,05 δηλώθηκαν ως σπάνια απλοτύπων και σε συνδυασμό.

Για να αξιολογηθεί η πιθανότητα ψευδώς θετικών, λάβαμε υπόψη το θέμα των πολλαπλών δοκιμών. λογισμικό SNPSpD (https://genepi.qimr.edu.au/general/daleN/SNPSpD), που βασίζεται στη χρήση της φασματικής αποσύνθεσης (SPD) του μήτρες ζεύγη LD μεταξύ SNPs, χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό του πραγματικού αριθμού των ανεξάρτητων δείκτες (Μ

ΕΤΑ) για πολλαπλές δοκιμές [51], [52]. Οι p-τιμές αξιολογήθηκαν υπό το φως της Μ

eff αξία.

Αποτελέσματα

Πραγματοποιήσαμε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων χρησιμοποιώντας τρία ένθετα σύνολα

ABCB1

SNPs σε τρεις διακριτές πληθυσμούς της Τσεχίας και η γερμανική προέλευση. Η πρώτη σειρά SNP αποτελούνταν από 28 ετικέτες SNPs, που θα δοκιμαστεί σε 699 περιπτώσεις και 622 μάρτυρες από την Τσεχική Δημοκρατία. Η δεύτερη σειρά SNP αποτελούνταν από μια υποομάδα των 28 tagging SNPs, ήτοι έξι υποθετικά λειτουργικές SNPs, τα οποία επιπλέον πληκτρολογούνται σε ένα γερμανικό πληθυσμό 1809 περιπτώσεις και 1853 ελέγχους. Τέλος, θα αναπαραχθεί τις καλύτερες επιτυχίες, δηλαδή rs1202168 SNPs, rs1045642, rs9282564, και rs868755, μέχρι και σε 2169 πρόσθετες περιπτώσεις και 1634 επιπλέον ελέγχους από τη Βόρεια Γερμανία. Ως εκ τούτου, αυτά τα τέσσερα SNPs είχαν πληκτρολογήσει σε όλους τους πληθυσμούς, δίνοντας αυτή τη μελέτη ένα τελικό μέγεθος του δείγματος έως και 4677 περιπτώσεις και 4109 ελέγχους. Τα σχετικά χαρακτηριστικά των τριών πληθυσμών αναφέρονται στον Πίνακα 1. Οι συχνότητες γονοτύπου μεταξύ των ελέγχων ήταν σε ισορροπία Hardy-Weinberg για όλους τους SNPs και σε όλους τους πληθυσμούς. Η υπολογιζόμενη M

eff τιμή ήταν 16. Ως εκ τούτου, θεωρείται ένα όριο μελέτη σε επίπεδο p-value σημασία της 0.05 /16 = 0.003.

Η

Αποτελέσματα στην ανακάλυψη που

η ανάλυση των 28 ετικετών SNPs στην Τσεχική πληθυσμού δεν αποκάλυψε καμία στατιστικά σημαντική συσχέτιση (χρησιμοποιώντας το όριο της p = 0,003). Η κατανομή των γονότυπων των 28 SNPs στην Τσεχική πληθυσμού και οι αναλογίες οι αποδόσεις τους (ΕΑΠ) για σύνδεση με CRC κίνδυνο παρουσιάζονται στον συμπληρωματικό πίνακα S2.

Σύλλογοι των τριών πολυμορφισμών με CRC κινδύνου σε συμβατικό επίπεδο p & lt? 0,05 παρατηρήθηκαν στη μελέτη Dachs. Οι μεταφορείς των αλληλόμορφα rs1202168_T και rs868755_T είχαν αυξημένο κίνδυνο CRC (ή

het = 1,20, 95% CI 1,04 έως 1,40, ή

Hom = 1,23, 95% CI 1,01 έως 1,48, P

τάση

= 0,016, και OR

het = 1.17, 95% CI 1,00 έως 1,36, ή

Hom = 1,22, 95% CI 1,01 έως 1,48, P

τάση

= 0,029, αντίστοιχα), ενώ τα άτομα που φέρουν το αλληλόμορφο rs1045642_C είχαν μειωμένο κίνδυνο CRC (ή

Hom = 0.79, 95% CI 0,66 έως 0,96, P

τάση

= 0,022, συμπληρωματικός Πίνακας S3 ).

τα αποτελέσματα της μελέτης

αντιγραφή

Τέσσερις SNPs που έδειξαν στατιστικά σημαντική (rs1202168, rs1045642, rs868755) ή οριακά σημαντική (rs9282564) ένωση στη γερμανική ανακάλυψη που είχαν πληκτρολογήσει σε ένα πρόσθετο το σύνολο των περιπτώσεων CRC και υγιείς μάρτυρες από τη Γερμανία. Κανένα από τα SNPs έδειξαν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με το CRC κινδύνου στο σύνολο αντιγραφή ή στη συνδυασμένη σύνολο δεδομένων. Η κατανομή των γονότυπων των τεσσάρων SNPs πληκτρολογήσει σε όλα τα θέματα της μελέτης αυτής και ΕΑΠ τους για συνεργασία με το CRC κίνδυνο παρουσιάζονται στον Πίνακα 2.

Η

απλότυπος ανάλυση

Κανένα από οι απλοτύπων έδειξε στατιστικά σημαντική συσχέτιση, μετά από διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές. Κατά τη δοκιμή των απλοτύπων Στον πληθυσμό, κανείς δεν έδειξε καμία στατιστικά σημαντική συσχέτιση με το CRC κίνδυνο στο συμβατικό όριο της P = 0,05. Η κατανομή των

Οι ABCB1

απλοτύπων για τις λειτουργικές SNPs και τον κίνδυνο CRC φαίνεται στον συμπληρωματικό πίνακα S4.

Συζήτηση

Αν και σχετικά λειτουργικά στοιχεία

ABCB1

SNPs δεν είναι εντελώς συνεπής, μερικοί από αυτούς έχουν αναφερθεί ότι εμπλέκεται με μια ενισχυμένη ικανότητα εκροής μεταφοράς [23], [42], [53]. Παρομοίως, πολλές από αυτές τις λειτουργικές πολυμορφισμοί έχουν βρεθεί να σχετίζονται με παράγοντες κινδύνου CRC όπως η ελκώδης κολίτιδα ή παχυσαρκία [54], [55], [56]. Η παρούσα μελέτη επιχειρεί να εκτιμήσει συστηματικά το ρόλο των κοινών

ABCB1

πολυμορφισμούς στο CRC κίνδυνο.

Αρκετές μελέτες έχουν ερευνήσει τον πιθανό ρόλο των γενετικών παραλλαγών στο

ABCB1

και τον κίνδυνο παχέος νόσο, ως επί το πλείστον με επίκεντρο C3435T (rs1045642) και 2677G & gt? T /A (rs2032582). Συνολικά οι μελέτες αυτές είναι ετερογενείς όσον αφορά το μέγεθος, τον αριθμό των SNPs δοκιμαστεί, μεθοδολογία που χρησιμοποιείται και την εθνικότητα. C3435T βρέθηκε να σχετίζεται με τον κίνδυνο της νόσου σε διάφορες μελέτες ασθενών-μαρτύρων [33], [57], [58], [59], ενώ άλλοι δεν βρέθηκε καμία στατιστικά σημαντική συσχέτιση [34], [60] Η παραλλαγή πολυμορφισμός 2677G & gt ? Τ /Α (rs2032582) στο εξόνιο 21 έχει επίσης βρεθεί συνδέονται με CRC κίνδυνο [26], [45], [59], αν και όχι σε όλες τις μελέτες [34]. Άντερσον και οι συνεργάτες του δοκίμασαν και την πιθανή συσχέτιση του rs3789243 σε δύο ξεχωριστές μελέτες. Βρήκαν μια σύνδεση σε ένα δανικό πληθυσμό, αλλά δεν βρήκε τίποτα σε μια μελέτη με βάση την Νορβηγική θέματα [3], [57]. Σε αυτή τη μελέτη έχουμε γονότυπος rs3789243 και δεν παρατηρήσαμε καμία στατιστικά σημαντική συσχέτιση.

Τρεις

παραλλαγές ABCB1

(rs1202168, rs1045642 και rs868755) βρέθηκαν να σχετίζονται με το CRC κινδύνου στην Dachs πληθυσμού της μελέτης. Οι μεταφορείς των αλληλόμορφα rs1202168_T και rs868755_T έδειξε αυξημένο κίνδυνο CRC, ενώ τα άτομα που φέρουν το, rs1045642_C αλληλόμορφο (αναφέρεται επίσης ως C3435 σε προηγούμενες μελέτες) έδειξε μειωμένο κίνδυνο για CRC. Τα αποτελέσματα σχετικά με rs1202168 και rs868755 είναι μυθιστόρημα, αν και rs2032582 και rs868755 είναι σε υψηλή LD (r

2 = 0.85), ενώ τα αποτελέσματα σχετικά με rs1045642 είναι σε συμφωνία με αρκετές άλλες μελέτες που διαπίστωσαν ότι ο πολυμορφισμός C3435T συμβάλλουν στον κίνδυνο του CRC . Σε συμφωνία με τα αποτελέσματά μας, Kurzawski και οι συνεργάτες του διαπίστωσαν ότι οι μεταφορείς της παραλλαγής αλληλόμορφου του πολυμορφισμού C3435T είχαν αυξημένο κίνδυνο CRC ενώ φορείς της CC γονότυπο είχαν το χαμηλότερο κίνδυνο για CRC [33]. Επιπλέον, αρκετές απλότυποι περιέχουν το αλληλόμορφο rs1045642_C έχουν συσχετιστεί με βραδύτερη εξέλιξη CRC [30]. Kimchi-Sarfaty και οι συνεργάτες του πρότειναν, επίσης, ότι αυτή η σιωπηλή πολυμορφισμός επηρεάζει την μετα-μεταφραστική αναδίπλωση των πρωτεϊνών και μεταφορικές δραστηριότητες της [61].

Ωστόσο, τα τρέχοντα δεδομένα σχετικά με την επίδραση του

ABCB1

SNPs για CRC κινδύνου είναι αντικρουόμενα και, αν και τρεις SNPs στον πληθυσμό Dachs έδειξε μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση με το CRC, κανένας από αυτούς δεν έδειξε την ίδια τάση στη μελέτη αντιγραφής.

Επιπλέον, αξίζει να σημειωθεί ότι μας μελέτη αναπαραγωγής εκτελείται σε έναν πληθυσμό της Βόρειας Γερμανίας από το Κίελο έδειξε ότι το αλληλόμορφο rs1045642_C συσχετίστηκε με μια αυξημένη, αν και όχι στατιστικά σημαντική, του κινδύνου για CRC, δηλαδή, ένα αντίθετο αποτέλεσμα από εκείνο που βρέθηκε στη μελέτη Dachs. Αυτά τα αποτελέσματα που επιτεύχθηκαν στα Βόρεια Γερμανοί είναι σε συμφωνία με τις ήδη δημοσιευθεί σε δανικού πληθυσμού [57]. Κατά συνέπεια, θα μπορούσε να είναι πιθανό να πιστεύουν ότι η αλληλεπίδραση μεταξύ των γενετικών παραλλαγών και περιβαλλοντικούς παράγοντες θα μπορούσε να τροποποιήσει τον κίνδυνο της CRC.

Γονιδίωμα-ευρύ μελέτες συσχέτισης (GWAS) της CRC έχουν επιβεβαιώσει την υπόθεση ότι ένα μέρος των κληρονομικών κινδύνων για την ασθένεια αυτή προκαλείται από τις παραλλαγές κοινό, χαμηλού κινδύνου και έχουν εντοπίσει διάφορες κοινές παραλλαγές που σχετίζονται με CRC κίνδυνο [62], [63], [64], [65], [66] αλλά κανένα από τα GWAS αναφερθεί πολυμορφισμών στο

γονίδιο ABCB1

ως σημαντικοί παράγοντες κινδύνου CRC. Ωστόσο, δεδομένου ότι μόνο οι ενώσεις σημαντική στο επίπεδο του γονιδιώματος σε επίπεδο (συνήθως p & lt? 10

-7) αναφέρονται σε GWAS δεν είναι δυνατόν να αποκλειστεί ότι

ABCB1

πολυμορφισμοί που σχετίζονται με CRC κίνδυνο, αλλά δεν ήταν αναφερθεί λόγω της αυστηρής στατιστικό όριο που χρησιμοποιείται. Έχει όντως τεκμηριωθεί ότι GWAS έχουν την τάση να αναφέρουν ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα [67].

Για τις γνώσεις μας, η παρούσα μελέτη είναι μία από τις μεγαλύτερες μελέτες για την αντιμετώπιση της πιθανής σύνδεσης μεταξύ

ABCB1

πολυμορφισμούς και τον κίνδυνο CRC. Στη μελέτη αυτή είχαμε μια στατιστική ισχύ μεγαλύτερη από 80% για την ανίχνευση σύνδεσης για ένα μοντέλο πρόσθετης καταγραφής με OR = 1,45 σε α = 0.001 για το σύνολο ανακάλυψη tagSNPs (MAF = 0,30), OR = 1,23 για το λειτουργικό σύνολο ανακάλυψη (MAF = 0,30) και OR = 1,16 για την από κοινού ανάλυση (MAF = 0,30). Επιπλέον, το υβριδικό tagging /λειτουργική προσέγγιση διευκόλυνε μια ολοκληρωμένη ανάλυση των κοινών παραλλαγών στο

ABCB1

γονίδιο περιοχής σε δύο σαφώς καθορισμένες και ομοιογενείς πληθυσμούς μελέτης με επαρκές μέγεθος. Επιπλέον, χρησιμοποιήσαμε μια μεγάλη πληθυσμιακή μελέτη που διεξάγεται στην ίδια εθνική ομάδα για την αντιγραφή. Παρ ‘όλα αυτά, αυτή η μελέτη έχει κάποιες πιθανούς περιορισμούς. Πρώτον, ο μεγάλος αριθμός των δοκιμών που εκτελούνται μπορούσε να οδηγήσει σε τυχαίο εύρημα και μάλιστα, προσθέτοντας τη διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές κανένα από τα SNPs έδειξαν στατιστικά σημαντικές συσχετίσεις. Επιπλέον, ακόμη και αν οι τρεις πληθυσμοί του Καυκάσου προέλευσης, μια πιθανή ετερογένεια μεταξύ τους θα μπορούσε ακόμα να είναι παρόντες. Τέλος, στην παρούσα έκθεση δεν είχαμε εξετάσει σπάνιες παραλλαγές είτε ως SNPs ή CNVs.

Εν κατακλείδι αυτής της έκθεσης δεν μπορούμε να αποκλείσουμε τελείως ένα ρόλο, έστω και ήσσονος σημασίας, για

γονιδιακές παραλλαγές ABCB1

και τον κίνδυνο CRC .

Υποστήριξη Πληροφορίες

Σχήμα S1.

Δείχνει λεπτομερώς τον αριθμό των SNPs και θέματα γονότυπου σε κάθε φάση

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s001

(PPT)

Εικόνα S2. οικόπεδο

LD του

ABCB1

γονίδιο που δείχνει όλα τα SNPs στον τόπο και την επιλογή tagging. Στην επάνω αριστερή γωνία εμφανίζεται η θέση του τόπου και το μέγεθός του. Οι αριθμοί στις διαμάντια είναι r

2 αξίες και η SNPs σημειώνονται με * είναι τα SNPs ετικέτες που έχουν επιλεγεί για αυτή τη μελέτη

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s002

(ΔΕΘ)

Πίνακας S1.

Tagging SNPs που επιλέγονται στη μελέτη και οι SNPs που ετικέτα

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s003

(DOC)

Πίνακας S2.

Διανομή

ABCB1

πολυμορφισμούς και τον κίνδυνο CRC στην Τσεχική πληθυσμού

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s004

(DOC)

Πίνακα S3.

Διανομή

ABCB1

πολυμορφισμούς και τον κίνδυνο της CRC στο γερμανικό πληθυσμό Dachs

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s005

(DOC)

Πίνακας S4.

Διανομή

ABCB1

απλοτύπων για τις λειτουργικές SNPs και τον κίνδυνο CRC

doi:. 10.1371 /journal.pone.0032784.s006

(XLS)