Αφηρημένο

Ιστορικό

Ο πληθυσμός κινεζική Hui, ως η δεύτερη μεγαλύτερη μειονότητα εθνική ομάδα στην Κίνα, μπορεί να έχει διαφορετικό γενετικό υπόβαθρο από Han άνθρωποι λόγω της μοναδικής δημογραφική ιστορία της. Σε αυτή τη μελέτη, έχουμε ως στόχο να εντοπίσει τις γενετικές διαφορές μεταξύ Han και Hui κινέζικα από την περιοχή Ningxia της Κίνας με τη σύγκριση των δεκαοκτώ πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων σε γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο.

Μέθοδοι

δείγματα DNA συλλέχθηκαν από 99 Hui και 145 άνθρωποι Χαν από την Αυτόνομη Περιφέρεια Ningxia Hui στην Κίνα, και SNPs ανιχνεύθηκαν χρησιμοποιώντας μια βελτιωμένη μέθοδο αντίδραση ανίχνευσης multiplex λιγάσης. δεδομένα γονοτυπική από έξι 1000 δείγματα πληθυσμού γονιδιώματος του έργου (99 κάτοικοι της Γιούτα με τη βόρεια και τη δυτική ευρωπαϊκή καταγωγή (CEU), 107 Τοσκάνης στην Ιταλία (ΤΠΔ), 108 Γιορούμπα σε Ibadan (YRI), 61 της αφρικανικής καταγωγής στη νοτιοδυτική ΗΠΑ (ASW) , 103 Κινέζων Χαν στο Πεκίνο (CHB), και 104 Ιάπωνες στο Τόκιο (JPT)) επίσης περιλαμβάνονται σε αυτή τη μελέτη. Οι διαφορές στην κατανομή των αλληλομόρφων μεταξύ των πληθυσμών αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας χ

2 δοκιμές, και F

ST χρησιμοποιήθηκε για τη μέτρηση του βαθμού διαφοροποίησης του πληθυσμού.

Αποτελέσματα

Βρήκαμε ότι η γενετική ποικιλότητα πολλών SNPs στο σχετίζονται με τον καρκίνο γονίδια στα Hui κινεζική σε Ningxia ήταν διαφορετική από εκείνη των Κινέζων Χαν στην Ningxia. Για παράδειγμα, οι συχνότητες αλληλόμορφο τέσσερα SNPs (rs13361707, rs2274223, rs465498 και rs753955) έδειξε διαφορετικό γενετικό διανομές (p & lt? 0,05) μεταξύ των κινεζικών Ningxia Χαν και κινέζικα Ningxia Hui. Πέντε SNPs (rs730506, rs13361707, rs2274223, rs465498 και rs753955) είχαν διαφορετικές F

αξίες ST (F

ST

& gt?

0.000). Μεταξύ των πληθυσμών Hui και Han

συμπεράσματα

Αυτά τα αποτελέσματα υποδεικνύουν ότι μερικοί SNPs που σχετίζονται με γονίδια σχετίζονται με τον καρκίνο ποικίλλουν μεταξύ των διαφόρων κινεζικές εθνοτικές ομάδες. Προτείνουμε ότι οι διαφορές του πληθυσμού θα πρέπει να εξετάζεται προσεκτικά την αξιολόγηση του κινδύνου του καρκίνου και την πρόγνωση, καθώς και την αποτελεσματικότητα της θεραπείας του καρκίνου

Παράθεση:. Tian C, Chen Ζ, Ma Χ, Yang Μ, Wang Ζ, Dong Υ, et al. (2015) Σύγκριση των γενετικών παραλλαγών στα σχετίζονται με τον καρκίνο γονίδια μεταξύ των κινεζικών Hui και Han πληθυσμοί. PLoS ONE 10 (12): e0145170. doi: 10.1371 /journal.pone.0145170

Επιμέλεια: Yifeng Zhou, Ιατρικό Κολέγιο του Πανεπιστημίου Soochow, ΚΙΝΑ

Ελήφθη: 10 Οκτωβρίου, 2015? Αποδεκτές: 30 Νοεμβρίου, 2015? Δημοσιεύθηκε: 18 Δεκεμβρίου 2015

Copyright: © 2015 Tian et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του χαρτιού

Χρηματοδότηση:.. το ερευνητικό έργο χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (αριθμοί επιχορήγηση 81460434, 81160249 για να WJY? https://www.nsfc.gov cn /.Το χρηματοδότες είχαν δεν ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

γενετικές μελέτες έχουν αποκαλύψει ότι οι διαφορετικοί πληθυσμοί έχουν διαφορετικές γενετικές δομές, λόγω των πολύπλοκων δημογραφικών ιστορίες τους [1]. Ως εκ τούτου, οι γενετικές διαφορές στα γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο αναμένεται να υπάρχουν μεταξύ των διαφόρων εθνοτικών ομάδων. Αυτή η ποικιλομορφία σε γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο μπορεί να οδηγήσουν σε διαφορές στην ευαισθησία του καρκίνου, την ευαισθησία στην ακτινοθεραπεία και τη χημειοθεραπεία, καθώς και την πρόγνωση μεταξύ των διαφόρων εθνοτικών πληθυσμών. Για παράδειγμα, το ρ53 είναι γνωστή ως το πιο συχνά μεταλλαγμένο γονίδιο στον καρκίνο του ανθρώπου. Κωδικονίου 72 του p53, εντοπισμένη στο εξόνιο 4, είναι από τα πιο εντατικά μελετηθεί πολυμορφισμούς που βρέθηκαν στην περιοχή κωδικοποίησης του ΤΡ53. Υποκατάσταση της Arg (κωδικόνιο CGC) με Pro (CCC κωδικόνιο) στο κατάλοιπο 72 (R72P) οδηγεί σε μια δομική αλλαγή της πρωτεΐνης [2]. Banks et al. κατέδειξε την ύπαρξη βιοχημικών και βιολογικών διαφορών μεταξύ της Arg και Pro ισομορφές της ρ53 [3]. Αρκετές ομάδες έχουν αναφέρει τη σύνδεση μεταξύ της παραλλαγής ρ53 Arg και αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του επιθηλιακού όπως γαστρικό καρκίνο [4]. Ωστόσο, άλλες μελέτες έχουν δείξει το αντίθετο συσχέτιση, με το Pro (μικρότερο αποπτωτικών) παραλλαγής που αντιστοιχεί σε αυξημένο κίνδυνο άλλων τύπων καρκίνου, όπως ο καρκίνος του θυρεοειδούς [5]. Beckman et al. πρώτη σημειωθεί μια σημαντική διαφορά στη συχνότητα του Pro αλληλόμορφο μεταξύ Νιγηρίας πληθυσμού (Αφρικανική μαύρο) και ένα σουηδικό πληθυσμό (Δυτικής Ευρώπης), με τιμές 17% και 63%, αντίστοιχα [3]. Η συχνότητα των p53 κωδικονίου 72 αλληλόμορφα και απλοτύπων διαφέρει μεταξύ των εθνοτήτων, η οποία μπορεί να είναι η κύρια αιτία των διαφόρων επιπτώσεων της p53 στο κωδικόνιο 72 του πολυμορφισμού στον κίνδυνο καρκίνου σε διαφορετικές εθνότητες [6].

Υπάρχουν 56 εθνικές ομάδες στην Κίνα. Han είναι η μεγαλύτερη εθνοτική πληθυσμού, το οποίο περιλαμβάνει 98% του συνολικού πληθυσμού της Κίνας. Οι πληθυσμοί των άλλων 55 μειονοτικές ομάδες διαφέρουν από χιλιάδες σε εκατομμύρια, και μερικές από τις μειονοτικές ομάδες διαφέρουν σημαντικά από Κινέζων Χαν από την άποψη των μορφολογικών και γενετικών χαρακτηριστικών. Για παράδειγμα, ο πληθυσμός των Ουιγούρων (UIG), η πέμπτη μεγαλύτερη ομάδα μειονότητας στην Κίνα, διαφέρει σημαντικά από τις Κινέζων Χαν από την άποψη των χαρακτηριστικών του προσώπου και έχει περίπου το 55% του Ευρωπαϊκού γενετική συνιστώσα [7]. Hui κινέζικα, πίσω μόνο από Μογγολικά Κινέζικα, είναι η δεύτερη μεγαλύτερη εθνοτική μειονότητα με πληθυσμό πάνω από 12 εκατομμύρια. Η πλειοψηφία των ανθρώπων κινεζικών Hui ζουν σε Ningxia Hui Αυτόνομη περιοχή (εφεξής Ningxia) βρίσκεται στη βορειοδυτική Κίνα, αντιπροσωπεύοντας το ένα τρίτο του πληθυσμού της Ningxia [8]. Έχει προταθεί ότι οι Hui Κινέζοι μπορεί να κατάγεται από την Κεντρική Ασία, Αραβικά, και περσικά εμπόρους που ήρθε στην Κίνα κατά τη διάρκεια του 7ου αιώνα. Ως εκ τούτου, οι πληθυσμοί μπορεί να διαφέρουν από Κινέζων Χαν σε σχέση με γενετικό υπόβαθρο τους. πολυμορφισμών Single νουκλεοτιδίου (SNPs) έχουν αναδειχθεί ως γενετικοί δείκτες επιλογής, λόγω της υψηλής τους πυκνότητας και σχετικά ομοιόμορφη κατανομή σε όλη το ανθρώπινο γονιδίωμα, και έχουν SNPs έχουν χρησιμοποιηθεί για τη λεπτή χαρτογράφηση των τόπων της νόσου και για μελέτες υποψήφιο γονίδιο ένωση [9]. Αρκετές έρευνες έχουν δείξει πρόσφατα ότι υπήρχαν διαφορές στην ψυχολογική ευαισθησία του στρες, την ευαισθησία του καρκίνου και την πρόγνωση του καρκίνου μεταξύ των κινεζικών Hui και Κινέζοι Χαν [10,11,12]. Ωστόσο, εξακολουθούν να υπάρχουν πολλά έργα που χρειάζονται να γίνουν για να αποκαλύψει τελικά τις γενετικές διαφορές μεταξύ των δύο αυτών ομάδων ανθρώπων. Σε αυτή τη μελέτη, επιλέξαμε τυχαία δεκαοκτώ SNPs σε γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο για να προωθήσει την κατανόηση των γενετικών διαφορών μεταξύ Hui και Κινέζων Χαν από την περιοχή Ningxia της Κίνας.

Θέματα και Μέθοδοι

2.1 γενετική τροποποίηση των δεδομένων

Όλα τα άτομα ήταν από την Ningxia Hui Αυτόνομη περιοχή στην Κίνα. Ένα σύνολο 99 ατόμων Hui επιλέχθηκαν από τη φυσική εξεταστικό κέντρο ενός νοσοκομείου νομό που βρίσκεται στην περιοχή Ningxia Haiyuan της Κίνας. Συνολικά 145 Han άτομα επιλέχθηκαν από την φυσική εξεταστικό κέντρο του Γενικού Νοσοκομείου της Ningxia Ιατρικό Πανεπιστήμιο. Τα κριτήρια ένταξης ήταν: (1) Όλα τα άτομα ήταν από Ningxia Han ή Hui κατοίκους των οποίων προγονική μητρική διαβίωσης θέσεις ήταν Ningxia Hui Αυτόνομη Περιφέρεια και τουλάχιστον τρεις γενιές των οικογενειών τους που ήταν επίσης τα ίδια εθνοτική τους ανθρώπους. (2) Όλα τα άτομα έχουν αποδειχθεί να είναι σωματικά υγιής από την ιστορία τους, τη φυσική εξέταση και την κλινική εξέταση, όταν συλλέχθηκαν δείγματα τους. (3) Όλα τα υποκείμενα αποδείχθηκαν ότι είναι ελεύθερη από καλοήθεις ή κακοήθεις όγκους, τόσο στο παρελθόν και το παρόν, από την ιστορία τους, τη φυσική εξέταση, και την κλινική εξέταση. Τα δημογραφικά στοιχεία όπως η ηλικία, το φύλο, και η κατανάλωση αλκοόλ και καπνού λήφθηκαν χρησιμοποιώντας μια έρευνα. Δείγματα αίματος συλλέχθηκαν από όλα τα υποκείμενα για την απομόνωση του DNA και προσδιορισμού του γονότυπου των δεκαοχτώ SNPs. Υπεγράφη ενημέρωσε Conset λήφθηκε από κάθε συμμετέχοντα. Όλες οι διαδικασίες εγκρίθηκαν από την Επιτροπή Δεοντολογίας Ιατρική Επανεξέταση της Ningxia Ιατρικό Πανεπιστήμιο (Ningxia περιοχή, Κίνα).

2.2 σχετιζόμενη με τον καρκίνο Γονίδια και

επιλέχθηκαν Επιλεγμένα SNPs

Δεκαοκτώ SNPs για την ανάλυση. Μεταξύ όλων των SNPs, δέκα συμπεριλαμβανομένων rs13042395, rs465498, rs753955, rs17728461, rs2274223, rs13361707, rs9841504, rs9485372, rs4488809 και rs9934948 αναφέρθηκαν από GWAS να σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου. Για παράδειγμα, τα τέσσερα SNPs που σχετίζονται με τον καρκίνο του πνεύμονα που βρίσκεται στο

TP63

γονίδιο (rs4488809 στο 3q28),

TERT

–

CLPTM1 L

γονίδιο (rs465498 στο 5p15),

MIPEP

–

TNFRSF19

γονίδιο (rs753955 σε 13q12), και

MTMR3

–

HORMAD2

–

LIF

γονίδιο (rs17728461 σε 22q12). Οι δύο SNPs που σχετίζονται με τον καρκίνο του οισοφάγου βρίσκεται στο

PLCE1

γονίδιο (rs2274223 στο 10q23) και

C20orf54

γονίδιο (rs13042395 σε 20p13). Οι δύο SNPs που σχετίζονται με τον καρκίνο του μαστού βρίσκεται στο

ΤΑΒ2

γονίδιο (rs9485372 στο 6q25) και

LOC100506172

(rs9934948 στο χρωμόσωμα 16). Οι δύο SNPs με ανεξάρτητες επιδράσεις και σημαντική γαστρικό καρκίνο ενώσεις που βρίσκονται στο

PRKAA1

(rs13361707 σε 5p13) και

ZBTB20

γονίδια (rs9841504 στο 3q13).

Οκτώ άλλες SNPs , συμπεριλαμβανομένων rs1042522, rs3176320, rs3829964, rs762624, rs4135234, rs730506, rs3829963 και rs2395655, είναι ρ53 ή

CDKN1A

, τα οποία διαδραματίζουν έναν κρίσιμο ρόλο στην καρκινογένεση στην οδό ρ53. Για παράδειγμα, μόνο ένα SNP, rs1042522, βρίσκεται στο γονίδιο p53 (κατά 17p13), η οποία αντιπροσωπεύει ένα από τα πιο μελετημένα ογκοκατασταλτικών γονιδίων στη βιολογία του καρκίνου. Ένας μεγάλος αριθμός μελετών γενετικής συσχέτισης έχουν αναφέρει ότι rs1042522 είναι ένας παράγοντας κινδύνου για την ανθρώπινη κακοήθειες [3,13]. Επτά από τα υπόλοιπα SNPs βρίσκονται στην περιοχή του υποκινητή του

CDKN1A

γονίδιο (rs2395655, rs3176320, rs3829964, rs762624, rs4135234, rs730506 και rs3829963 στο 6p21), έξι από τα οποία έχουν αναλυθεί για τις ενώσεις τους με τη μακροζωία , οισοφαγικό καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων ή καρκίνο του πνεύμονα, εκτός rs3176320 [14,15,16,17].

2.3 DNA εξόρυξη και Γονοτυπικές

Το γονιδιακό DNA εκχυλίζεται χρησιμοποιώντας Qiagen κιτ εκχύλισης γονιδιακό DNA (QIAGEN Inc., Valencia, CA, USA). SNP γονοτυπική πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας μια βελτιωμένη μέθοδο αντίδραση ανίχνευσης πολυπλεξίας λιγάσης (iMLDR, Genesky Bio-Tech Cod., Ltd, Shanghai, Κίνα) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [18]. Οι εκκινητές και ανιχνευτές δέκα SNPs που χρησιμοποιούνται σε αντιδράσεις αλυσίδας πολυμεράσης (PCRs) και αντίδραση ανίχνευσης λιγάσης (LDR) εισήχθησαν στο S1 πίνακα, καθώς και οι εκκινητές και οι ανιχνευτές για τα υπόλοιπα οκτώ SNPs που χρησιμοποιούνται στην PCR και LDR ήταν τα ίδια όπως περιγράφηκε προηγουμένως [19].

δεδομένα Γονοτυπικές από έξι 1000 δείγματα πληθυσμού γονιδιώματος του έργου (99 κάτοικοι της Γιούτα με τη βόρεια και τη δυτική ευρωπαϊκή καταγωγή (CEU), 107 Τοσκάνης στην Ιταλία (ΤΠΔ), 108 Γιορούμπα σε Ibadan (YRI), 61 άτομα αφρικανικής καταγωγής στις νοτιοδυτικές Ηνωμένες Πολιτείες (ASW), 103 Κινέζων Χαν στο Πεκίνο (CHB), και 104 Ιάπωνες στο Τόκιο (JPT)) συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη αυτή. Σύμφωνα με δύο αναφορές από τον Xu et al. και Hu et al, έχουμε κατεβάσει τα δεδομένα γονότυπο του ατόμου από έξι πληθυσμούς από την ιστοσελίδα 1000 γονιδιώματος του έργου (www.1000genomes.org) ως μάρτυρες [20,21]. Τα άτομα αυτά προέρχονται από τρεις διαφορετικές ομάδες του πληθυσμού που καλύπτουν έξι υποπληθυσμούς: CEU και ΤΠΔ ως ευρωπαϊκοί όμιλοι, YRI ως αναπαράσταση των Αφρικανών, ASW ως αφροαμερικάνων και CHB και JPT καθώς οι ασιατικές ομάδες Ανατολή

2.4 Στατιστική και Πληθυσμού Γενετική. αναλύσεις

γονότυπος και αλληλόμορφο συχνότητες ελήφθησαν με άμεση καταμέτρηση. Οι διαφορές στην κατανομή των αλληλίων μεταξύ των πληθυσμών αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας το χ

2 δοκιμή. Όλες οι δοκιμές σημαντικότητας ήταν αμφίδρομες και θεωρήθηκαν στατιστικά σημαντικές σε ρ & lt? 0,05. Στατιστικό Πακέτο Κοινωνικών Επιστημών (SPSS) έκδοση 17.0 στατιστικό λογισμικό που χρησιμοποιείται για τις στατιστικές αναλύσεις. Το F

αξία ST, που αρχικά ορίζεται από Wright, εισήχθη ως συσχέτιση μεταξύ γαμετών επιλέγονται τυχαία από εντός της ίδιας υποπληθυσμού σε σχέση με το σύνολο του πληθυσμού. F

ST μπορεί να θεωρηθεί είτε ως το ποσοστό της γενετικής ποικιλότητας λόγω αλληλόμορφο διαφορές συχνότητας μεταξύ των πληθυσμών ή ως συσχετίσεις μεταξύ αλληλομόρφων εντός των πληθυσμών σε σχέση με το σύνολο του πληθυσμού [22,23,24]. F

υπολογισμοί ST πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση Arlequin 3.5. Το F

ST των SNPs είχαν υπολογιστεί βάσει Weir και Cockerham [7]. Το F

ST ενός SNP ήταν αμφίδρομες και θεωρήθηκαν στατιστικά σημαντικές σε ρ & lt?. 0.05

Αποτελέσματα

Ερευνήσαμε συνολικά 244 άτομα, συμπεριλαμβανομένων 99 Hui και 145 Χαν θέματα. Ο Πίνακας 1 δείχνει τα δημογραφικά χαρακτηριστικά, όπως η ηλικία, το φύλο, το κάπνισμα τσιγάρων, και πόση οινοπνεύματος. Δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές στις καταναλώσεις ηλικία, το φύλο, και το ποτό. Σε σύγκριση με Hui άνθρωποι, ωστόσο, υπήρχαν περισσότεροι καπνιστές τσιγάρων σε πληθυσμό Han από εκείνο του πληθυσμού Hui (32,4% έναντι 16,2%).

Η

Για τον εντοπισμό των γονιδίων του καρκίνου που σχετίζονται με τα οποία είναι υψηλά διαφοροποιημένοι σε σχέση με συχνότητα αλληλόμορφου μεταξύ των έξι 1.000 πληθυσμούς Γονιδιώματα έργου και των δύο πληθυσμών από την περιοχή Ningxia της Κίνας, ένα F

αξία ST, ένα μέτρο της γενετικής διαφοροποίησης, υπολογίστηκε για κάθε SNP για την ποσοτικοποίηση των διαφορών μεταξύ των διαφόρων πληθυσμών. Όπως φαίνεται στον Πίνακα 2, το σύνολο των SNPs είχαν διαφορετικά F

τιμές ST μεταξύ των οκτώ πληθυσμών, που κυμαίνεται από 0,013 να 0,192, και όλα

ρ

τιμές ήταν μικρότερη από 0,05. Το εύρημα αυτό υποδηλώνει ότι τα γονίδια σχετίζονται με τον καρκίνο διαφέρουν σημαντικά μεταξύ τους πληθυσμούς που μελετήθηκαν.

Η

Η μέση F

ST αξία μεταξύ κάθε ζεύγους των υποπληθυσμών των δεκαοκτώ τόπους SNP επίσης υπολογίστηκε (Πίνακας 3) . Το F

αξίες ST μεταξύ CEU και ΤΠΔ, YRI και ASW, και JPT και CHB κυμαινόταν 0,00440 έως 0,00970, που δείχνουν ότι υπήρξε μικρή γενετική διαφοροποίηση μεταξύ δύο οποιωνδήποτε ευρωπαϊκές ομάδες, δύο αφρικανικές ομάδες, ή δύο ασιατικών ομάδων Ανατολή. Η μέση τιμή F

ST μεταξύ CHB και της Κίνας Ningxia Χαν ήταν 0,0000, η ​​οποία ήταν μικρότερη από την τιμή μεταξύ Ningxia Hui και Ningxia Han (0,00363). Ωστόσο, ο μέσος όρος F

αξία ST μεταξύ δύο διαφορετικών εθνοτικών ομάδων των ανθρώπων μεταξύ των ευρωπαϊκών ομάδων, της Αφρικής ομάδες, και δύο ασιατικών ομάδων Ανατολή μεταβάλλεται 0,07961 έως 0,16061, γεγονός που υποδηλώνει ότι υπήρξε σημαντική γενετική διαφοροποίηση. Για παράδειγμα, η μέγιστη μέση F

ST τιμή ήταν 0.16061 μεταξύ CEU και YRI, και η ελάχιστη τιμή ήταν 0.07961 μεταξύ ASW και JPT. Βρήκαμε ότι η μέση F

ST αξίας μεταξύ των κινεζικών Ningxia Χαν και CEU έδειξε τη μεγαλύτερη διαφοροποίηση (0,10627) μεταξύ των κινεζικών Ningxia Χαν και τους άλλους πληθυσμούς? Επιπλέον, ο μέσος όρος F

αξία ST μεταξύ των κινεζικών Ningxia Χαν και CHB έδειξε το λιγότερο διαφοροποίησης (0,00000), και η αξία των κινεζικών Ningxia Han και Hui ήταν μεταξύ της μέγιστης και της ελάχιστης (0,00363). Ομοίως, όσον αφορά τη διαφοροποίηση μεταξύ των κινεζικών Ningxia Hui και τους άλλους πληθυσμούς, ο μέσος όρος F

αξία ST μεταξύ των κινεζικών Ningxia Hui και YRI έδειξε τη μέγιστη διαφοροποίηση (0,10129), και ο μέσος όρος F

αξία ST μεταξύ των κινεζικών Ningxia Hui και CHB αναφέρεται το λιγότερο διαφοροποίησης (0.00108).

η

F

αξίες ST επίσης υπολογίζεται για κάθε SNP για την ποσοτικοποίηση των διαφορών μεταξύ των πληθυσμών CHB, Hui, και Han (Πίνακας 4). Δεκαοκτώ SNPs έδειξε χαμηλή F

αξίες ST (F

ST≤0.004) μεταξύ της CHB και δείγματα κινεζικής Ningxia Χαν. Αντίθετα, η F

αξίες ST πέντε SNPs μεταξύ των πληθυσμών Hui και Han κυμαίνονταν από 0,000 να 0,050, γεγονός που υποδηλώνει την ύπαρξη γενετική διαφοροποίηση μεταξύ των δύο πληθυσμών. Το άλλο δεκατρείς SNPs είχαν F

ST τιμές ≤0.000 μεταξύ των δύο πληθυσμών (Πίνακας 4)

Η

Οι πληροφορίες κατανομή αλληλόμορφο δεκαοκτώ SNPs μεταξύ των οκτώ πληθυσμών ήταν στατιστικά σημαντική (p & lt? 0,05). , όπως φαίνεται στον πίνακα 5. Για παράδειγμα, ο ρ53 κωδικόνιο 72 (rs1042522) G αλληλόμορφο έδειξε μία διανομή του 24,2% σε CEU, 27,6% το TSI, 63,9% σε YRI, 59,8% σε ASW, 31,7% σε JPT, 45,1% σε CHB, 41,4% στην κινεζική Ningxia Hui, και 44,5% στην κινεζική Ningxia Χαν.

Η

Η συχνότητα του αλληλόμορφου και η σχετική φυσική συντεταγμένες των δεκαοκτώ SNPs παρουσιάζονται στον πίνακα 4. οι συχνότητες αλληλόμορφο όλων των δεκαοκτώ SNPs βρέθηκαν να είναι πολύ παρόμοια μεταξύ των κινεζικών δειγμάτων Ningxia Χαν και CHB, δείχνει καμία σημαντική διαφορά μεταξύ των δύο πληθυσμών (p & gt? 0,05). Ωστόσο, τέσσερα SNPs έδειξε σημαντικά διαφορετικό γενετικό κατανομές μεταξύ των κινεζικών Ningxia Hui και κινέζικα Ningxia Χαν (p & lt? 0,05). Για παράδειγμα, οι συχνότητες της rs13361707 Τ, rs2274223 G, και αλληλόμορφα rs465498 G στην κινεζική Ningxia Hui (0.414, 0.131 και 0.121, αντίστοιχα) ήταν σημαντικά μικρότερες από εκείνες των κινεζικών Ningxia Χαν (0.545, 0.207 και 0.190, αντίστοιχα) . Η συχνότητα του αλληλόμορφου rs753955 G στην κινεζική Ningxia Hui (0,439) ήταν σημαντικά μεγαλύτερη από ότι στα κινέζικα Ningxia Han (0.303), και οι συχνότητες των άλλων δεκατεσσάρων SNPs δεν έδειξαν σημαντικές διαφορές μεταξύ των κινεζικών Ningxia Hui και κινέζικα Ningxia Χαν (p & gt? 0.05).

Συζήτηση

Μοριακή γενετική μελέτες των τελευταίων δεκαετιών έχουν παράσχει τη βάση για την προγονική ανάλυση και ανάλυση των γεωγραφικών προελεύσεων των ανθρώπινων πληθυσμών με τη χρήση γενετικών δεδομένων. Ξεκινώντας από περίπου 100.000 χρόνια πριν, ανατομικά σύγχρονοι άνθρωποι μετανάστευσαν από την Ανατολική Αφρική και σταδιακά εξαπλώθηκε στη Νότια Ασία, την Αυστραλία, την Ευρώπη, την Ανατολική Ασία, και τελικά στην Αμερική. Όλοι οι άνθρωποι που ζουν σήμερα είναι απευθείας απόγονοι αυτών νωρίτερα τον άνθρωπο. Οι πληθυσμοί που ζουν σε διαφορετικά μέρη του κόσμου σήμερα παρουσιάζουν ένα μικρό αριθμό των γενετικών διαφορών λόγω της μετανάστευσης, η μετάλλαξη, γενετική παρέκκλιση, η φυσική επιλογή, και την αναπαραγωγική απομόνωση [25].

Σε αυτή τη μελέτη, επιδιώξαμε να διερευνήσει την μοτίβο ποικιλομορφία των γονιδίων που σχετίζονται με τον καρκίνο μεταξύ Hui και Κινέζων Χαν από την περιοχή Ningxia της Κίνας για να διερευνήσει τις κληρονομικές διαφορές μεταξύ των δύο πληθυσμών. Έχουμε επιλέξει δεκαοχτώ SNPs από γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο για την ανάλυση. Χρησιμοποιήσαμε πρώτα F

ST για τη μέτρηση του βαθμού της διαφοροποίησης του πληθυσμού [26], και τα αποτελέσματά μας πρότεινε ότι όλες οι SNPs των γονιδίων σχετιζόμενων με τον καρκίνο διαφέρουν σημαντικά μεταξύ των οκτώ πληθυσμούς. Επιπλέον, όλοι οι F

Αποτελέσματα ST ήταν σύμφωνα με τις συγκρίσεις συχνότητα αλληλόμορφου μεταξύ των διαφόρων πληθυσμών.

Χρησιμοποιήσαμε τότε μέσος F

τιμές ST για τη διερεύνηση της μοτίβο ποικιλομορφία των γονιδίων του καρκίνου που σχετίζονται με μεταξύ οκτώ υποπληθυσμών σε σχέση με τις δεκαοχτώ θέσεις SNP. Βρήκαμε ότι υπήρξε μικρή γενετική διαφοροποίηση μεταξύ δύο οποιωνδήποτε Ευρώπης, της Αφρικής, ή της Ανατολικής Ασίας ομάδες, αν και υπήρξε αξιοσημείωτη γενετική διαφοροποίηση μεταξύ κάθε ζεύγους των προαναφερόμενων εθνικών ομάδων.

Στη συνέχεια διερευνήθηκε η γενετική διαφοροποίηση μεταξύ CHB και Κινέζων Χαν στην Ningxia. Τα δεδομένα μας έδειξαν ότι οι συχνότητες αλληλόμορφου όλων των δεκαοχτώ SNPs ήταν πολύ παρόμοια μεταξύ των δύο πληθυσμών. Ο πληθυσμός Κινέζων Χαν γενικά θεωρείται να διαιρεθεί με φυσικό τρόπο από τον ποταμό Yangtze σε δύο ομάδες: τις ομάδες της Νότιας και της Βόρειας Χαν Χαν. Μια προηγούμενη μελέτη έδειξε ότι η διαφορά μεταξύ των δύο αυτών ομάδων Κινέζων Χαν είναι μεγαλύτερη από εκείνη μεταξύ μιας δεδομένης υποπληθυσμό και των εθνοτικών μειονοτήτων στην ίδια θέση [27]. Επειδή CHB και Ningxia Κινέζων Χαν και οι δύο βρίσκονται στο βόρειο τμήμα της Κίνας, η γενετική διαφορά μεταξύ CHB και Ningxia Κινέζων Χαν θα πρέπει να είναι μικρότερη από ότι μεταξύ των ομάδων της Νότιας Χαν και της Βόρειας Χαν.

Η μελέτη μας έδειξε ακόμη ότι οι συχνότητες αλληλόμορφο από τέσσερα SNPs διαφοροποιούνται Ningxia Hui κινεζική από Ningxia Κινέζων Χαν, που δείχνει ότι υπήρχε κάποια γενετική διαφοροποίηση στην κατανομή των τεσσάρων SNPs από γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο μεταξύ των κινεζικών Ningxia Hui και Χαν. Μεταξύ των τεσσάρων SNPs, SNP rs753955 είχε αναφερθεί να σχετίζεται με τον καρκίνο του πνεύμονα σε πληθυσμό Κινέζοι Χαν από GWAS. SNP rs753955 βρέθηκε επίσης να σχετίζεται με μη καρδιακή γαστρικό καρκίνο στα κινέζικα Ningxia Χαν στην προηγούμενη μελέτη μας [19]. Ωστόσο, οι ενώσεις τους με τον καρκίνο στο Ningxia Hui άνθρωποι είναι ακόμα ασαφής. Η εθνική ομάδα κινεζική Hui καταγόταν από αραβικές και περσικές μουσουλμάνοι μετανάστες που ήρθαν στην Κίνα και παντρεύτηκε ντόπια κορίτσια εκατοντάδες ή ακόμη και χιλιάδες χρόνια πριν [28]. Ωστόσο, Hui άνθρωποι τηρούν τις ισλαμικές αρχές [29]. Να διατηρήσει τη θρησκευτική καθαρότητα και την ταυτότητα της ομάδας, οι περισσότεροι Hui άνθρωποι έχουν απομονωθεί πάντα οι ίδιοι κοινωνικά από άλλους ανθρώπους σε θύλακες. Hui πρακτικές γάμο τείνουν προς ενδογαμίας από όλες τις απόψεις, ειδικά στην αγροτική περιοχή της Ningxia. Ως εκ τούτου, ο πληθυσμός Hui είναι θρησκευτικά και πολιτιστικά συντηρητικοί [30]. Κατά συνέπεια, τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η κατανομή συχνότητας αλληλόμορφου τεσσάρων SNPs σε ορισμένες σχετίζονται με τον καρκίνο γονίδια στα Ningxia Hui κινέζικα είναι διαφορετική από εκείνη στην Ningxia Κινέζων Χαν, που δείχνει ότι υπάρχουν διαφορές μεταξύ των κληρονομικών Hui και Κινέζων Χαν σε Ningxia. Shuhua Xu et al. συστηματικά διερεύνησαν την επίδραση του μείγματος για την ποικιλομορφία της απορρόφησης, της κατανομής, του μεταβολισμού και της απέκκρισης (ADME) γονίδια που είναι υπεύθυνα για την απορρόφηση του φαρμάκου, τη διανομή, το μεταβολισμό και την απέκκριση σε πέντε βορειοδυτική πληθυσμούς κινεζική μειονότητα, δηλαδή του Τατζικιστάν, Ουιγούρων, Καζακστάν, Kirgiz και Hui. Βρήκαν ότι βορειοδυτική κινεζική πληθυσμοί εμφάνισαν σημαντικές διαφορές σε ορισμένα γονίδια ΑϋΜΕ σε σύγκριση με Κινέζων Χαν [31]. Ως εκ τούτου, τόσο το έργο του Xu και η έρευνά μας δείχνει ότι Hui Κινέζοι είναι διαφορετική από την κινεζική πληθυσμό Han σε σχέση με το γενετικό υπόβαθρο τους. Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι η γενετική ποικιλότητα φόντο μπορεί να οδηγήσει σε διαφορές στο φάσμα ασθενειών. Για παράδειγμα, σε δύο μεγάλες μελέτες από την Κορέα και την Κίνα, Pro /Pro σε p53 κωδικόνιο 72 (rs1042522) βρέθηκε να συνδέεται με τον καρκίνο του παχέος εντέρου? οι αντίστοιχες συχνότητες του Pro αλληλόμορφο σε περιπτώσεις και οι έλεγχοι ήταν 34,0% και 36,4% σε Κορεάτες και 50,3% και 39,6% στα κινεζικά [32]. Σε δύο μεγαλύτερες μελέτες, μία με 442 περιπτώσεις και 904 μάρτυρες στις Ηνωμένες Πολιτείες, η συχνότητα του Pro αλληλόμορφο σε περιπτώσεις και τους ελέγχους ήταν 27,4% και 25,5%, αντίστοιχα. [2] Μια άλλη μελέτη με 352 περιπτώσεις και 316 έλεγχοι στην Ισπανία έδειξε συχνότητες Pro αλληλόμορφο σε περιπτώσεις και τους ελέγχους του 24,0% και 21,0% και βρέθηκε καμία συσχέτιση μεταξύ της p53 κωδικόνιο 72 πολυμορφισμό και τον κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου [33]. Τα αποτελέσματα αυτά υπογραμμίζουν ότι η εθνικότητα είναι ένας κρίσιμος παράγοντας για την κατανομή των συχνοτήτων των αλληλομόρφων, η οποία μπορεί τελικά να επηρεάσει το φάσμα του καρκίνου του ατόμου. Τα αποτελέσματα αυτά θα έχουν σημαντικές επιπτώσεις κατά την αξιολόγηση της ευαισθησίας του καρκίνου, την ευαισθησία στην ακτινοθεραπεία και τη χημειοθεραπεία και την πρόγνωση σε Hui και Κινέζων Χαν.

Συμπεράσματα

Τα αποτελέσματά μας έδειξαν για πρώτη φορά ότι Hui κινεζική σε Ningxia εμφανίζουν διαφορές σε ορισμένα γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο σε σύγκριση με Κινέζων Χαν στην Ningxia. Ως εκ τούτου, προτείνουμε ότι οι διαφορές πληθυσμού στην ευαισθησία του καρκίνου, η αποτελεσματικότητα της θεραπείας του καρκίνου, και η πρόγνωση θα πρέπει να εξεταστεί προσεκτικά. Ωστόσο, υπάρχουν ορισμένοι περιορισμοί για την μελέτη μας, όπως το μικρό μέγεθος του δείγματος, το μικρό αριθμό γενετικών δεικτών, και την πολύ περιορισμένη γεωγραφική θέση. Επιπλέον, αν και έχουμε ερευνήσει τις ενώσεις μεταξύ ορισμένων από τις SNPs και καρκίνου σε Ningxia Han πληθυσμού [19], δεν θα μπορούσαμε να συγκρίνουμε περαιτέρω τις ενώσεις μεταξύ των γενετικών πολυμορφισμών και καρκίνου μεταξύ των πληθυσμών Hui και Han λόγω έλλειψης των δειγμάτων καρκίνου του από Hui ανθρώπους, η οποία θα ενισχύσει σε μεγάλο βαθμό το έργο αυτό. Ως εκ τούτου, απαιτείται περαιτέρω έρευνα για να εντοπιστούν περαιτέρω γενετικές διαφορές μεταξύ των πληθυσμών Hui και Χαν.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1. Οι εκκινητές για την αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) και probers για LDR

doi:. 10.1371 /journal.pone.0145170.s001

(DOC)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε όλους των συμμετεχόντων της μελέτης αυτής.