Αφηρημένο

έχουν Οξειδωτικό μονοπάτια σηματοδότησης στρες-διαμορφωμένο έχουν ενοχοποιηθεί στην καρκινογένεση και την αντίσταση της θεραπείας. Το επιθήλιο του φακού που προέρχεται αυξητικού παράγοντα ρ75 (LEDGF /p75) είναι ένα μεταγραφής συν-ενεργοποιητή που προωθεί αντοχή στο στρες που προκαλείται από τον κυτταρικό θάνατο. Αυτή η πρωτεΐνη έχει ενοχοποιηθεί σε φλεγμονώδεις και αυτοάνοσες καταστάσεις, HIV-AIDS και καρκίνο. Παρά το γεγονός ότι LEDGF /p75 αναδύεται ως μια ογκοπρωτεΐνη επιβίωση του στρες, υπάρχουν ελάχιστες πληροφορίες σχετικά με την έκφραση της σε ανθρώπινους όγκους. Η παρούσα μελέτη διεξήχθη για να αξιολογηθεί η έκφραση του σε ένα ολοκληρωμένο ομάδα ανθρώπινων καρκίνων. έκφραση Απομαγνητοφώνηση εξετάστηκε στο Oncomine βάση δεδομένων μικροσυστοιχιών γονιδίων του καρκίνου και κατά του καρκίνου TissueScan έρευνα τύπου πάνελ αλυσιδωτής αντίδρασης ποσοτικής πολυμεράσης array (Q-PCR). έκφραση της πρωτεΐνης εκτιμήθηκε με ανοσοϊστοχημεία (IHC) σε μικροσυστοιχίες καρκινικού ιστού (TMAs) που περιέχει 1735 ιστούς που αντιπροσωπεύουν μόνο ή αναπαράγουν πυρήνες από 1220 μεμονωμένες περιπτώσεις (985 όγκου και 235 φυσιολογικούς ιστούς). Ένα σύνολο από 21 βασικά είδη καρκίνου αναλύθηκαν. Ανάλυση του /p75 έκφραση μεταγραφή LEDGF στο Oncomine σύνολα δεδομένων αποκάλυψε σημαντική ρύθμιση προς τα άνω (του όγκου εναντίον κανονική) σε 15 από τους 17 τύπους όγκων. Η συστοιχία TissueScan Καρκίνου Q-PCR αποκάλυψε σημαντικά αυξημένα έκφραση μεταγραφή LEDGF /p75 σε καρκίνους του προστάτη, του παχέος εντέρου, του θυρεοειδούς και του μαστού. IHC ανάλυση TMAs αποκάλυψε σημαντικά αυξημένα επίπεδα της πρωτεΐνης /ρ75 LEDGF στον προστάτη, του παχέος εντέρου, του θυρεοειδούς, του ήπατος και της μήτρας όγκους, σε σχέση με την αντίστοιχη φυσιολογικούς ιστούς. Αυξημένα μεταγραφή ή έκφραση πρωτεΐνης του LEDGF /ρ75 παρατηρήθηκε σε αρκετούς τύπους όγκων. Αυτά τα αποτελέσματα αποδεικνύουν περαιτέρω LEDGF /p75 ως μια πρωτεΐνη σχετίζεται με τον καρκίνο, και να παρέχει μια λογική για τρέχουσες μελέτες που αποσκοπούν στην κατανόηση της κλινικής σημασίας της έκφρασής του σε συγκεκριμένα ανθρώπινους καρκίνους

Παράθεση:. Basu Α, Rojas Η, Banerjee Η Cabrera ΙΒ, Perez KY, De León M, et al. (2012) Έκφραση του στρες Response ογκοπρωτεΐνη LEDGF /p75 σε ανθρώπινα καρκινικά: Μια μελέτη των 21 τύπων όγκου. PLoS ONE 7 (1): e30132. doi: 10.1371 /journal.pone.0030132

Συντάκτης: John R. Battista, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο της Λουιζιάνα και A & amp? Μ College, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 10 Ιουνίου του 2011? Αποδεκτές: 9η Δεκεμβρίου, 2011? Δημοσιεύθηκε: 19 του Ιαν 2012

Copyright: © 2012 Basu et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση από το Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας (NIH) Εθνικό Κέντρο για Μειονοτικά υγείας και της υγείας ανισότητες [ΝΙΗ-NCMHD 5P20MD001632 (MDL, CAC)]. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ένα αυξανόμενο σώμα της στοιχεία υποστηρίζει την κεντρική υπόθεση ότι μια επαυξημένη κατάσταση του κυτταρικού οξειδωτικού στρες (Ascos) είναι ένας σημαντικός παράγοντας που συμβάλλει στην καρκινογένεση [1], [2]. Πιθανές ωθήσεις του Ascos περιλαμβάνουν τρόπου ζωής και του περιβάλλοντος που συνδέονται με παράγοντες όπως η διατροφή, λοιμώξεις, το κάπνισμα, το αλκοόλ, και ρύπους [3]. Ascos προκαλεί βλάβη στο DNA, πρωτεΐνες, και τα λιπίδια, καθώς και την ενεργοποίηση των παραγόντων μεταγραφής στρες, που οδηγεί στην ενεργοποίηση του στρες, αντιοξειδωτικό, αντιφλεγμονώδες, και μονοπάτια προ-επιβίωσης που συμβάλλουν στην κακοήθη μετασχηματισμό, η απορρύθμιση του κυτταρικού κύκλου, αντοχή σε κυτταρικό θάνατο και θεραπεία, εισβολή, αγγειογένεση, μετάσταση και [1], [2].

LEDGF /p75 είναι μια πρωτεΐνη απόκριση στρες που προάγει την επιβίωση των κυττάρων παρουσία περιβαλλοντικών παραγόντων πίεσης που επάγουν Ascos, όπως η χημειοθεραπεία, η ακτινοβολία , τη θερμότητα, και ασιτία ορού [4] – [7]. LEDGF /p75 είναι επίσης γνωστή ως μεταγραφή συν-ενεργοποιητή p75 [8], PC4 και την αλληλεπίδραση της πρωτεΐνης SFRS1 (PSIP1) [9], και πυκνό πρόστιμο στιγματισμένος αυτοαντιγόνο 70 kD (DFS70) [10]. Έχει ενοχοποιηθεί σε φλεγμονή, αυτοανοσία, τον αναδιπλασιασμό του HIV-1, και του καρκίνου [10] – [17]. Οι ιδιότητες επιβίωση άγχος του LEDGF /ρ75 φαίνεται να συνδέεται με την ικανότητά της να δεσμεύει ειδικούς παράγοντες μεταγραφής και διευκολύνει την μετενεργοποίηση του στρες, αντιφλεγμονώδες, αντιοξειδωτικό, και σχετίζονται με τον καρκίνο γονίδια [18] – [23]. LEDGF /ρ75 (530 αμινοξέα) και λιγότερο χαρακτηρισμένους εναλλακτική παραλλαγή ματίσματος του, LEDGF /ρ52 (333 αμινοξέα), προέρχονται από το γονίδιο LEDGF /PSIP1 [8], [9], [24]. LEDGF /Ρ52 αντιστοιχεί στο Ν-τερματικά αμινοξέα 1-325 του LEDGF /ρ75, και περιέχει ένα επιπλέον ιντρόνιο προερχόμενο 8 αμινοξέων ουρά [25]. Η ομάδα μας έχει ήδη αναφερθεί ότι LEDGF /ρ75 υπερεκφράζεται σε καρκινικά κύτταρα συγκριτικά με φυσιολογικά κύτταρα, και ότι LEDGF /ρ52 εκφράζεται σε σχετικά χαμηλά επίπεδα σε καρκινικά κύτταρα, επάγει απόπτωση όταν εκφράζονται εκτοπικά, και ανταγωνίζεται τις λειτουργίες προ-επιβίωσης του LEDGF /p75 [7], [16], [25].

Αρκετές γραμμές αποδείξεων υποστηρίζουν την πρόσφατη εμφάνιση της LEDGF /p75 ως ογκοπρωτεΐνη στον καρκίνο του ανθρώπου. Για παράδειγμα, LEDGF /p75 είναι ένας στόχος της χρωμοσωμικές μετατοπίσεις σε λευχαιμίες, με αποτέλεσμα NUP98 πρωτεΐνες σύντηξης LEDGF /με αυξημένη δραστικότητα [23], [26] – [29]. mRNA έκφραση του βρέθηκε να ρυθμίζεται προς τα πάνω σε βλάστες από ασθενείς με οξεία μυελογενή λευχαιμία χημειοθεραπεία ανθεκτικά, και έκτοπη υπερέκφραση της προστατεύονται κύτταρα λευχαιμίας έναντι του κυτταρικού θανάτου που προκαλείται από φάρμακα [30]. LEDGF /p75 δένει την καταγωγή λευχαιμία (MLL) σύμπλοκο μεταγραφικού παράγοντα Menin-μικτή στη χρωματίνη για να ενεργοποιήσετε λευχαιμογένεση [23]. Η ομάδα μας έχει ήδη αναφερθεί ότι LEDGF /p75 είναι ένα αυτοαντιγόνο σε καρκίνο προστάτη (PCA), με αυξημένη έκφραση της πρωτεΐνης σε ιστούς όγκων του προστάτη [16]. Παρατηρήσαμε επίσης ότι η έκτοπη υπερέκφραση της προωθούνται κυτταρική επιβίωση κατά του στρες που προκαλείται από τον θάνατο στα κύτταρα όγκου ήπατος HepG2 [7], και εξασθενημένα docetaxel επαγόμενη λυσοσωμική κυτταρικό θάνατο σε κύτταρα προστάτη [31]. Daugaard et al. [17] ανέφεραν αυξημένη έκφραση μεταγράφου LEDGF /p75 σε ανθρώπινους καρκίνους του μαστού και της ουροδόχου κύστης, και ότι η έκτοπη υπερέκφραση της σε καρκινικά κύτταρα του μαστού προστατεύονται έναντι λυσοσωματικής κυτταρικού θανάτου που προκαλείται από φάρμακα και αύξησε την ογκογόνο δυναμικό των καρκινικών κυττάρων σε μοντέλα ποντικών. Πρόσφατα, αυξημένα γοναδοτροπίνες δείχθηκαν να ενισχύσουν LEDGF ρ75-εξαρτώμενη ενεργοποίηση /της έκφρασης VEGF-C, αυξάνοντας τη λεμφαγγειογένεση και την αγγειογένεση των όγκων των ωοθηκών [32].

Αν και η έκφραση του μεταγράφου LEDGF /ρ75 αναφέρθηκε ότι ρυθμίζεται προς τα πάνω σε λευχαιμία, του μαστού, της ουροδόχου κύστης και καρκίνους [17], [30], ανάλυση ανοσοϊστοχημική (IHC) έκφραση της πρωτεΐνης σε ανθρώπινους ιστούς όγκου έχει πραγματοποιηθεί μόνο για την PCA [16]. Ο αναδυόμενος ρόλος της LEDGF /p75 ως επιβίωσης άγχος ογκοπρωτεΐνη μας οδήγησαν να προβεί σε διεξοδική ανάλυση του mRNA και η έκφραση της πρωτεΐνης σε 21 βασικά είδη ανθρώπινου όγκου, χρησιμοποιώντας βάσεις δεδομένων γονίδιο του καρκίνου μικροσυστοιχιών, σειρά TissueScan Καρκίνος Q-PCR και ανάλυση IHC ιστού μικροσυστοιχίες (TMAs). Αυτή η μελέτη παρέχει στοιχεία που αποδεικνύουν ότι LEDGF /p75 επιλεκτικά υπερεκφράζεται σε καρκίνους του ανθρώπου.

Υλικά και Μέθοδοι

Βιοπληροφορική ανάλυση του Καρκίνου Oncomine Gene μικροσυστοιχιών Database

Για την σύγκριση της έκφρασης mRNA LEDGF μεταξύ των όγκων και των φυσιολογικών ιστών, επιλέξαμε σύνολα δεδομένων από την Oncomine βάση δεδομένων (Compendia Βιοεπιστημών? Ann Arbor, MI, USA? www.oncomine.org). Αυτά τα σύνολα δεδομένων, που περιέχει γονίδιο μικροσυστοιχίες καρκίνων και την αντίστοιχη ελεύθερη νόσου κανονική ή /και φυσιολογικό παρακείμενων ιστών, υπό την προϋπόθεση πολλαπλή μεταβολή δεδομένα για γονιδιακή έκφραση (όγκος vs φυσιολογικό), με ρ-τιμές που υπολογίζονται από t-tests. Θα πρέπει να αναφερθεί ότι τα σύνολα δεδομένων που εξετάστηκαν δεν ήταν ειδικά για LEDGF /p75, αλλά υπό την προϋπόθεση δεδομένα γονιδιακής έκφρασης για το γονίδιο /PSIP1 LEDGF, η οποία οδηγεί σε δύο παραλλαγές ματίσματος p75 και P52. Συνολικά 81 σύνολα δεδομένων εξετάστηκαν για έκφραση μεταγραφή LEDGF /PSIP1 για τους ακόλουθους καρκίνους: της ουροδόχου κύστης (2 σύνολα δεδομένων), του μαστού (9 σύνολα δεδομένων), του τραχήλου της μήτρας (2 σύνολα δεδομένων), του παχέος εντέρου και του ορθού (3 σύνολα δεδομένων), του οισοφάγου (3 σύνολα δεδομένων), νεφρού (6 σύνολα δεδομένων), το κεφάλι και το λαιμό (8 σύνολα δεδομένων), το συκώτι (2 σύνολα δεδομένων), του πνεύμονα (9 σύνολα δεδομένων), λέμφωμα (3 σύνολα δεδομένων), των ωοθηκών (6 σύνολα δεδομένων), του παγκρέατος (6 σύνολα δεδομένων), προστάτη (13 σύνολα δεδομένων), σιελογόνων αδένων (1 PO), το δέρμα (5 σύνολα δεδομένων), στο στομάχι (2 σύνολα δεδομένων) και της μήτρας (1 σύνολο δεδομένων). Δεν υπάρχουν δεδομένα μικροσυστοιχιών ήταν διαθέσιμα για LEDGF έκφραση μεταγραφή /PSIP1 σε καρκίνους της χοληδόχου κύστης, του λεπτού εντέρου, και του θυρεοειδούς.

«TissueScan Καρκίνου έρευνα τύπου πάνελ« Human Q-PCR Array

Εμείς χρησιμοποιείται η ανθρώπινη σειρά Q-PCR »TissueScan Καρκίνος Έρευνα πίνακα 96-I» (CSRT-101, ΟηΟεηε Technologies Inc., Rockville, MD, USA) για in-house ανάλυση της έκφρασης του mRNA LEDGF /p75 σε 96 ιστούς που καλύπτουν 8 μεγάλων ανθρώπινων καρκίνων ( του μαστού, του παχέος εντέρου, του νεφρού, του ήπατος, του πνεύμονα, των ωοθηκών, του προστάτη και του θυρεοειδούς). Αυτή η συστοιχία αποτελείτο από πρώτου κλώνου συμπληρωματικού DNA (cDNA) από 9 μεμονωμένες περιπτώσεις κάθε τύπου καρκίνου και 3 περιπτώσεις αντίστοιχο φυσιολογικό γειτονικούς ιστούς. Ο κατασκευαστής που προβλέπεται περιορισμένος ασθενή κλινικοπαθολογοανατομικές πληροφορίες (ηλικία, φύλο, το στάδιο του όγκου, το στάδιο pTNM), χωρίς ταυτοποίηση ασθενών.

Q-PCR πραγματοποιήθηκε σε 96-φρεατίων σειρά PCR (ΟηΟεηε) με τη χρήση του θερμικού ανακυκλωτή MyiQ (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USA) με εκκινητές ειδικούς για την παραλλαγή LEDGF /p75 συναρμογής (μπροστά 5′-TGCTTTTCCAGACATGGTTGT-3 ‘και αντίστροφη 5′-CCCACAAACAGTGAAAAGACAG-3’), και iQ SYBR Green Supermix (βιο- Rad). Εν συντομία, 30 μΐ μείγματος PCR, η οποία περιελάμβανε 15 μΙ 2 χ κύριο μίγμα, 13 μΐ διπλά αποσταγμένου νερού και 1 μΐ το καθένα από τα εμπρός και αντίστροφοι εκκινητές (10 pmol /μl), προστέθηκαν σε κάθε ένα από τα 96 πηγάδια οι πλάκες σειρά PCR. PCR ενίσχυση διεξήχθη στους 95 ° C για 10 λεπτά, ακολουθούμενη από 40 κύκλους των 95 ° C για 15 δευτερόλεπτα και 60 ° C για 1 λεπτό. έκφραση του mRNA ομαλοποιήθηκε χρησιμοποιώντας την έκφραση του γονιδίου της καθαριότητας ανθρώπινης β-ακτίνης, των οποίων οι εκκινητές (προς τα εμπρός 5-CAGCCATGTACGTTGCTATCCAGG-3 ‘και αντίστροφη 5′-AGGTCCAGACGCAGGAT GGCATG-3’) που παρέχονται στο κιτ σειρά TissueScan Καρκίνου Q-PCR σε ένα συγκέντρωση 10 pmol /μl. Για την ανάλυση των δεδομένων, χρησιμοποιήθηκε η μέθοδος ΔΔCt. Fold αλλαγές υπολογίστηκαν ως η διαφορά στην έκφραση γονιδίων μεταξύ όγκων και αντίστοιχο φυσιολογικό γειτονικό ελέγχους.

παρεμβολή RNA διαμεσολαβούμενη εξόντωση LEDGF /p75

PC-3 καρκίνου του προστάτη κύτταρα αγοράστηκαν από την American Type Culture Collection και καλλιεργήθηκαν όπως συνιστάται από τον προμηθευτή σε υγροποιημένο επωαστή με 5% CO

2 στους 37 ° C. Παροδική knockdown του LEDGF /ρ75 σε κύτταρα PC-3 διεξήχθη χρησιμοποιώντας την μέθοδο Amaxa Nucleofection (Amaxa, Lonza) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [21]. LEDGF /p75 siRNA (siLEDGF /p75) και η ομελέτα siRNA διπλής όψης (SISD, αρνητικός έλεγχος) συντέθηκαν από το Ολοκληρωμένο DNA Technologies (IDT). Η αλληλουχία /ρ75 siLEDGF αντιστοιχούσαν στα νουκλεοτίδια 1340-1360 (5′-AGACAGCAUGAGGAAGCGAdTdT-3 ‘) σε σχέση με το πρώτο νουκλεοτίδιο του κωδικονίου έναρξης του /p75 ανοικτό πλαίσιο ανάγνωσης LEDGF [21]. Αυτή η αλληλουχία αντιστοιχεί σε μία περιοχή στο Ο-άκρο της LEDGF /ρ75 δεν συμμερίζονται LEDGF /P52. Η αλληλουχία για SISD ήταν 5’- GCGCGCUUUGUAGGAUUCGdTdT-3 ‘[21]

Αντισώματα και Ανοσοστύπωμα

Χρησιμοποιήθηκαν τα ακόλουθα αντισώματα:. Μονοκλωνικών αντισωμάτων ποντικού αντι-β-ακτίνης (Sigma-Aldrich), και αντι-LEDGF (1:1000, BD Biosciences)? πολύκλωνα αντι-LEDGF /p75 (1:1000, Novus Biologicals)? αντι-LEDGF /p75 (1:1000, Bethyl)? και υπεροξειδάση αρμορακίας (HRP) -επισημασμένο δευτερεύοντα αντισώματα IgG (Zymed). Χρησιμοποιήσαμε επίσης ένα LEDGF /p75-ειδικό πολυκλωνικό αντίσωμα κουνελιού που αναπτύχθηκε στο W.M. Keck Αυτοάνοση Κέντρο ασθένεια του Ερευνητικού Ινστιτούτου Scripps (La Jolla, CA, USA). Αυτό το αντίσωμα κουνελιού, που είχε αρχικά οριστεί αντι-DFS /LEDGFp75 # 5087 αντίσωμα (εφεξής Scripps-Ab5087), εγέρθηκε έναντι ενός ανασυνδυασμένου, κολοβωμένη πρωτεΐνη DFS70 παράγεται από έναν μερικό cDNA κλώνο, pDFS6.1, το οποίο κωδικοποιεί το C-τερματικό περιοχή της LEDGF /p75 [10]. Για την αναγνώριση ενός αντισώματος το οποίο είναι ειδικό μόνο για την παραλλαγή ματίσματος LEDGF /p75, εξετάσαμε την αντιδραστικότητα όλων των προαναφερθέντων εμπορικών και μη εμπορικών αντισώματα LEDGF με ανοσοστύπωμα χρησιμοποιώντας προϊόντα λύσης κυττάρου από PC 3-κυττάρων με SISD και siLEDGF /ρ75.

ανοσοκηλίδωση διεξήχθη ουσιαστικά όπως περιγράφηκε προηγουμένως [21]. Εν συντομία, το σύνολο των πρωτεϊνών από PC3 κυττάρων με SISD και siLEDGF /ρ75 διαχωρίστηκαν με SDS-PAGE (NuPAGE 4-12%, Invitrogen) ακολουθούμενη από μεταφορά σε πολυβινυλίου διφθοριούχο (PVDF) μεμβράνες (Millipore). Οι μεμβράνες αποκλείστηκαν με 5% διάλυμα ξηρού γάλακτος σε ρυθμιστικό ΤΒδ-Τ (20 mM Tris-HCl, ρΗ 7.6, 140 mM NaCl, 0,1% Tween 20) για 1 ώρα και ανιχνεύθηκαν με πρωτεύοντα αντισώματα. Μετά από αρκετές πλύσεις με ΤΒδ-Τ, οι μεμβράνες επωάστηκαν με υπεροξειδάση κρένου (HRP) δευτερεύοντα αντισώματα για 30 λεπτά και στη συνέχεια πλύθηκε και πάλι με ΤΒδ-Τ. Οι ζώνες πρωτεΐνης ανιχνεύθηκαν με ενισχυμένη χημειοφωταύγεια (Amersham).

ανοσοϊστοχημική ανάλυση των μικροσυστοιχιών καρκινικού ιστού

μικροσυστοιχίες Ανθρώπινα καρκίνος ιστού (TMAs), εμπορικά διαθέσιμο από την National Disease Research Interchange (NDRI, Philadelphia, PA , USA), Imgenex Corp. (San Diego, CA, USA) και US Biomax Inc. (Rockville, MD, USA), χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση των IHC LEDGF /ρ75. Πολλές διαφορετικές TMAs χρησιμοποιήθηκαν για να αυξηθεί ο αριθμός των τύπων ιστού του όγκου και το μέγεθος του δείγματος (Πίνακας 1). Εν συντομία, έχουμε αποκτήσει NDRI της ολοκληρωμένης πανευρωπαϊκής καρκίνο TMAs περιέχουν διπλούν πυρήνες των 642 μοναδικές περιπτώσεις (522 ιστούς όγκων του 20 βασικά είδη όγκων και 120 φυσιολογικά ή /και φυσιολογικό παρακείμενο δείγματα ελεύθερη νόσου) σε ένα σύνολο 5 slide (TS-1, TS -2, TS-3, TS-4 και TMA5). Κάθε ένα από παν-καρκίνου TMAs ΙΜΗ-326, ΙΜΗ-327 και ΙΜΗ-328 (Imgenex Corp), περιείχε 59 δείγματα διαφόρων τύπων όγκου, ενώ TMAs ΙΜΗ-336, ΙΜΗ-337 και ΙΜΗ-338 (Imgenex Corp.) περιέχεται η αντίστοιχο 59 συμφωνημένα κανονική παρακείμενους ιστούς.

Η

επίσης χρησιμοποιήσαμε TMA ΙΜΗ-303 (Imgenex Corp.), που περιέχει 40 ιστούς του προστάτη και 9 συμφωνημένα κανονική γειτονικούς ιστούς. Οκτώ επιπλέον TMAs από το US Biomax χρησιμοποιήθηκαν, το καθένα περιέχει πολλαπλά δείγματα ιστών ενός μόνο τύπου του όγκου (του μαστού, του παχέος εντέρου, του νεφρού, του πνεύμονα, του ήπατος, του παγκρέατος, του προστάτη, του θυρεοειδούς), καθώς και αντίστοιχες ελεύθερη νόσου φυσιολογικό έλεγχο ή /και φυσιολογικό γειτονικό ιστούς. Οι κατασκευαστές αυτών των TMAs παρέχονται περιορισμένες βασικές κλινικοπαθολογοανατομικές πληροφορίες (ηλικία, φύλο, το στάδιο του όγκου σε ορισμένες περιπτώσεις) που αντιστοιχούν στους πυρήνες των ιστών, χωρίς ταυτοποίηση ασθενών. Δεν υπήρχαν διαθέσιμες πληροφορίες σχετικά με τη φυλή των ασθενών ή εθνοτική καταγωγή, νεο-επικουρική θεραπεία, χειρουργική τεχνική, το χρόνο της χειρουργικής επέμβασης, τα ιδρύματα που συνέλεξε τους ιστούς, τον αριθμό των ιδρυμάτων, την παρακολούθηση ρουτίνες και τεχνικές χειρισμού των ιστών. Η περιορισμένη ασθενής παρακολουθεί τα δεδομένα που σχετίζονται με την TMAs απέτρεψε οποιαδήποτε ανάλυση επιβίωσης Kaplan-Meier.

TMAs βάφτηκαν χρησιμοποιώντας ένα Βιογενείς i6000 αυτόματης χρώσης (Biogenex Corporation, Fremont, CA, USA) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [16] , [33]. Εν συντομία, ενσωματωμένα σε παραφίνη τμήματα ιστού σε διαφάνειες TMA αποπαραφινοποιήθηκαν και οι αντικειμενοφόρες πλάκες βυθίζονται σε Citra-Plus διάλυμα ανάκτηση αντιγόνου (Biogenex Corp.). Το αντιγόνο ανάκτηση πραγματοποιήθηκε με φούρνο μικροκυμάτων τα πλακίδια επί 2 λεπτά σε 100% της ισχύος που ακολουθείται από 10 λεπτά σε 20% ισχύ. Τα σλάϊντς στη συνέχεια ψύχεται στο διάλυμα ανάκτησης αντιγόνου επί 20 λεπτά. Η ενδογενής δραστικότητα υπεροξειδάσης αποσβέστηκε με κατεργασία με υπεροξείδιο του υδρογόνου 3% σε 10% μεθανόλη, και μπλοκ εξουσίας © καθολικής αντιδραστήριο φραγμού (Biogenex Corp.) χρησιμοποιήθηκε για να εμποδίσει την μη ειδική σύνδεση της πρωτεΐνης.

TMA αντικειμενοφόροι επωάστηκαν ολονύκτια με Scripps-Ab5087 αντίσωμα αντι-LEDGF /p75 [16], που ακολουθείται από 3 πλύσεις σε PBS. Τα πλακίδια στη συνέχεια επωάστηκαν με Multi-Link © βιοτινυλιωμένο δευτερογενές αντίσωμα (Biogenex Corp.) για 20 λεπτά, ακολουθούμενη από επώαση με στρεπταβιδίνη-συζευγμένη υπεροξειδάση supersensitive Label © (Biogenex Corp.) για 20 λεπτά. Η ανοσοχρώση ανιχνεύθηκε με την ενεργοποίηση της υπεροξειδάσης της χρωμογόνο 3-αμινο-9-ethycarbazole (AEC) (Biocare Medical, Concord, CA, USA). TMAs επιχρωματίστηκαν ελαφρώς με αιματοξυλίνη (Sigma, St. Louis, ΜΟ, USA) και τοποθετείται με Permount (Fisher Scientific, Pittsburgh, ΡΑ, USA). Για αρνητικό έλεγχο το πρωτογενές αντίσωμα παραλείφθηκε και υποκαθίσταται με προ-άνοσο ορό κουνελιού. τομές ιστών εξετάστηκαν κάτω από ένα μικροσκόπιο Olympus BX50, και οι εικόνες αποκτήθηκαν χρησιμοποιώντας μια ψηφιακή φωτογραφική μηχανή Spot RT3 ™ (Διαγνωστικά Όργανα, Sterling Heights, MI, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής). Ανοσοχρωματίστηκε TMAs βαθμολογήθηκαν τυφλά για LEDGF /p75 ανοσολογική αντίδραση από σκάφους επικυρωμένο παθολόγο. Ένα σύστημα βαθμολόγησης 4 βαθμίδων (0 = αρνητική, 1 = ασθενής, 2 = μέτρια, 3 = ισχυρή) χρησιμοποιήθηκε για να αξιολογήσει χρώση ένταση. Ιστούς με σκορ 0-1 θεωρήθηκαν για να έχουν χαμηλή ένταση χρώσης, ενώ ιστούς με σκορ 2-3 θεωρήθηκαν ότι έχουν υψηλή ένταση χρώσης. δείγματα ιστού που έδειξε κακή ποιότητα αποκλείστηκαν από τις αναλύσεις. Αυτές οι μελέτες διεξήχθησαν υπό την έγκριση της επιτροπής αναθεώρησης Θεσμική.

Στατιστική Ανάλυση

t-test του φοιτητή χρησιμοποιήθηκε για να αξιολογηθεί η σημασία της αλλαγής στην έκφραση του mRNA μεταξύ του όγκου και φυσιολογικό γειτονικό ελέγχου δείγματα στη συστοιχία TissueScan Cancer Q-PCR. Η στατιστική ανάλυση των δεδομένων IHC και τη σχέση τους με κλινικές εκβάσεις ασθενών έγινε χρησιμοποιώντας το πακέτο λογισμικού SAS (έκδοση 9.2? SAS Institute). Για την ευκολία της στατιστικής ανάλυσης, τα δείγματα ιστού ομαδοποιήθηκαν σε δύο κατηγορίες με βάση την βαθμολογία τους. κηλίδωση «Low» προσδιορίστηκε όπως ομαδοποιήθηκαν βαθμολογίες έντασης χρώσης του 0 και 1, ενώ «υψηλές» χρώσης είχε ομαδοποιήθηκαν βαθμολογίες 2 και 3. Διαφορά στα επίπεδα έκφρασης πρωτεΐνης LEDGF /p75 μεταξύ όγκων και φυσιολογικών ιστών αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το ακριβές τεστ του Fisher.

για να ελέγξετε για false positives, που μπορεί να προκύψουν σε πολλαπλές υποθέσεις-δοκιμή μελέτες, ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) ρυθμίζεται p-τιμές υπολογίστηκαν επίσης. FDR είναι μια ποσοτικοποίηση των σφαλμάτων που χρησιμοποιούνται συνήθως σε πολλαπλές συγκρίσεις. Ελέγχει την αναμενόμενη αναλογία εσφαλμένα απέρριψε μηδενικές υποθέσεις. Με άλλα λόγια, FDR ελέγχει το κλάσμα των θετικών ανιχνεύσεων που είναι ψευδής. Συσχετίσεις μεταξύ των επιπέδων έκφρασης των LEDGF /p75 και κλινικοπαθολογοανατομικές παράμετροι προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας το ακριβές τεστ του Fisher (για την ηλικία και το φύλο) και ανάλυση tau συσχέτισης Kendall (για το στάδιο του όγκου). Οι τιμές πιθανότητας

P

& lt? 0,05 θεωρήθηκαν στατιστικά σημαντικές. Επαναληψιμότητα των επαναληπτικών πυρήνων εκτιμήθηκε με τη δοκιμασία Cochran-Mantel-Haenszel που ο έλεγχος της ομοιογένειας μεταξύ των επαναλήψεων.

Αποτελέσματα

LEDGF /p75 μεταγραφή υπερεκφράζεται σε διάφορους ανθρώπινους τύπους καρκίνου

σε ανάλυση silico της έκφρασης LEDGF /PSIP1 mRNA σε καρκινικούς ιστούς διεξήχθη χρησιμοποιώντας σύνολα δεδομένων γονίδιο του καρκίνου μικροσυστοιχιών από τη βάση δεδομένων που Oncomine σύγκριση καρκινικού ιστού με τους φυσιολογικούς ιστούς (είτε ελεύθερη νόσου κανονική ή /και φυσιολογικό γειτονικό). Όπως συνοψίζεται στον Πίνακα 2, παρατηρήσαμε μια στατιστικά σημαντική (

P

& lt? 0,05) προς τα πάνω ρύθμιση του LEDGF /PSIP1 μεταγραφή σε κάποια από τα διαθέσιμα σύνολα δεδομένων μικροσυστοιχιών από καρκίνους του μαστού, του τραχήλου της μήτρας, του παχέος εντέρου, του οισοφάγου, των νεφρών, κεφαλής και λαιμού, του ήπατος, του πνεύμονα, λέμφωμα, των ωοθηκών, του παγκρέατος, του προστάτη, των σιελογόνων αδένων, του δέρματος, και το στομάχι. Η αναδιπλούμενη αύξηση ήταν μεγαλύτερη από 2 σε καρκίνους του μαστού, του τραχήλου, της κεφαλής και του λαιμού, των νεφρών, του δέρματος, και το στομάχι (Πίνακας 2). Η αύξηση ήταν μέτρια (μεταξύ 1 και 2) σε ορθοκολικό, οισοφαγικό, ήπατος, πνεύμονα, των ωοθηκών, του παγκρέατος, του προστάτη και των σιελογόνων αδένων καρκίνων. Δεν υπάρχουν αλλαγές στην έκφραση /PSIP1 μεταγραφή LEDGF ανιχνεύθηκαν στην ουροδόχο κύστη (5 σύνολα δεδομένων) και της μήτρας (1 PO) καρκίνους. Καμία από τις ανωτέρω αναφερθείσες 17 τύπους καρκίνου έδειξαν σημαντική ρύθμιση προς τα κάτω του LEDGF /PSIP1 μεταγραφής σε οποιοδήποτε σύνολο δεδομένων. Δεν σύνολα δεδομένων ήταν διαθέσιμα τη σύγκριση του όγκου vs κανονική έκφραση LEDGF /PSIP1 μεταγραφή στη χοληδόχο κύστη, λεπτό έντερο, και καρκίνων του θυρεοειδούς.

Η

Η έκφραση της LEDGF /p75 μεταγραφή αξιολογήθηκε περαιτέρω πειραματικά σε οκτώ τύπους στερεών όγκων (μαστού, κόλου, νεφρού, ήπατος, πνεύμονα, των ωοθηκών, του προστάτη και του θυρεοειδούς) χρησιμοποιώντας τη συστοιχία TissueScan Cancer Q-PCR, το οποίο περιείχε τα δείγματα καρκινικού ιστού από 12 μεμονωμένες περιπτώσεις δότη (n = 9, για κάθε τύπο καρκίνου, η = 3 για τις αντίστοιχες φυσιολογικούς ιστούς). Εναρκτήρες ειδικοί για LEDGF /ρ75 χρησιμοποιήθηκαν σε αυτά τα πειράματα. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 1, μία στατιστικά σημαντική (

P

& lt? 0,05) προς τα πάνω ρύθμιση του LEDGF /ρ75 μεταγραφής παρατηρήθηκε σε προστάτη (2,38 φορές,

P

= 0.002), του θυρεοειδούς (1.85 πλάσια ,

P

= 0,031), του μαστού (2,26 φορές,

P

= 0,037) και του παχέος εντέρου (2,04 φορές,

P

= 0,047) καρκίνους. Αν και το επίπεδο του LEDGF /ρ75 μεταγραφής ανυψώθηκε (& gt? 1,02 φορές) σε άλλους τύπους καρκίνου (με την εξαίρεση του καρκίνου του ήπατος) οι δίπλωσης αλλαγές δεν ήταν στατιστικά σημαντικές. όγκοι του ήπατος έδειξαν μία ελαφρά προς τα κάτω ρύθμιση (-1,24 φορές) στην έκφραση μεταγράφου /p75 LEDGF, αλλά η μείωση ήταν στατιστικά ασήμαντη.

Τα δεδομένα αναλύθηκαν με τη χρήση της μεθόδου ΔΔCt με τιμές ομαλοποιήθηκαν σε β-ακτίνη επίπεδα. Ο γ-άξονας αντιπροσωπεύει την επαγωγή φορές του επιπέδου του mRNA /ρ75 LEDGF σε οκτώ τύπους καρκίνου (n = 9) σε σύγκριση με την κανονική ταιριάζουν γειτονικούς ιστούς (n = 3) στη συστοιχία. Οι ράβδοι σφάλματος εμφανίζει το φάσμα του τυπικού σφάλματος. *

P

& lt? 0,05.

P τιμές

προσδιορίστηκαν με t-test του Student.

Η

Επιλογή LEDGF /p75 ειδικό αντίσωμα για IHC

Για να εντοπίσει ένα αντίσωμα που είναι ειδικό για LEDGF /p75 και που θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν από IHC για την αξιολόγηση των επιπέδων έκφρασης αυτής της πρωτεΐνης στον καρκίνο TMAs, αξιολογήσαμε με ανοσοκηλίδωση την εξειδίκευση των διαθέσιμων αντι-LEDGF αντισώματα. Τρία εμπορικά διαθέσιμα αντι-LEDGF αντισώματα (Bethyl, BD και Novus) και μια μη εμπορική αντίσωμα (Scripps-Ab5087) έναντι LEDGF ελέγχθηκαν με ανοσοκηλίδωση σε PC-3 κύτταρα με και χωρίς παροδική knockdown της πρωτεΐνης (Σχήμα 2). PC-3 κύτταρα επιμολυσμένα με SISD χρησίμευσαν ως έλεγχος. Ανοσοκηλίδωση ανάλυση έδειξε ότι όλα τα 3 αντισώματα του εμπορίου να LEDGF αντέδρασαν τόσο με ρ75 και παραλλαγές P52. Ωστόσο, το αντίσωμα Scripps-Ab5087 ανιχνεύεται μόνο LEDGF /p75 και επομένως επελέγη για τις μελέτες IHC.

Τα κύτταρα επιμολύνθηκαν με siLEDGF /ρ75 να επάγει παροδική knockdown του LEDGF /ρ75. PC-3 κύτταρα επιμολυσμένα με μικρό παρεμβαλλόμενο κωδικοποιημένο RNA διπλής όψης (SISD) χρησίμευσε ως αντίστοιχο έλεγχο. ανάλυση ανοσοαποτύπωσης δοκιμαστεί η ειδική αντιδραστικότητα όλων των αντισωμάτων έναντι LEDGF /PSIP1. Όλα τα ζεύγη blot (SISD και siLEDGF /p75) για κάθε αντίσωμα που προέρχεται από το ίδιο κηλίδα.

Η

LEDGF /p75 πρωτεΐνη υπερεκφράζεται σε διάφορους ανθρώπινους τύπους καρκίνου

Πραγματοποιήσαμε IHC ανάλυση της έκφρασης /p75 πρωτεΐνη LEDGF σε ιστούς όγκου χρησιμοποιώντας μια ολοκληρωμένη ομάδα TMAs περιέχουν συνολικά 2.330 πυρήνων ιστού, συμπεριλαμβανομένων 1.754 όγκους πυρήνες ιστού από πάνω από 35 κύριους τύπους καρκίνου στον άνθρωπο και τα αντίστοιχα 576 μη-όγκου (κανονική και μη καρκινικά φλεγμονώδη ) πυρήνες ιστού (Πίνακας 1). Εμείς εξαιρούνται από τις στατιστικές μας ανάλυση αυτών των τύπων όγκων που είχε & lt? 5 πυρήνες ιστό του όγκου ή /και δεν είχαν αντίστοιχο μη καρκινικούς ιστούς. Τα μη καρκινικά φλεγμονώδη πυρήνες ιστού επίσης αποκλείεται, διότι δεν είναι όλοι οι τύποι όγκων είχαν τα αντίστοιχα φλεγμονώδεις ιστούς. Μερικοί πυρήνες ιστός δεν θα μπορούσαν να σημειωθούν λόγω της κακής ποιότητας των ιστών. Στο τέλος, 21 τύπους όγκου συμπεριλήφθηκαν στην στατιστική ανάλυση μας (Πίνακας 3). Αυτά που αποτελείται συνολικά από 1735 ιστοί που αντιπροσωπεύουν μόνο ή αναπαράγουν πυρήνες από 1220 μεμονωμένες περιπτώσεις δότη, με 985 περιπτώσεις όγκων και 235 περιπτώσεις μη-όγκου.

Η

Τα αποτελέσματα από την ανάλυση IHC συγκεντρωμένων βαθμολογίες για LEDGF /τα έκφραση της πρωτεΐνης ρ75 (δηλαδή, υψηλή = βαθμολογίες 2-3 vs χαμηλού = βαθμολογίες 0-1) σε ιστούς όγκου σε σύγκριση με τους φυσιολογικούς ιστούς φαίνεται στον πίνακα 3. Υπήρξε σημαντική υπερέκφραση της πρωτεΐνης /ρ75 LEDGF στον προστάτη, του παχέος εντέρου, του θυρεοειδούς, ήπαρ, και της μήτρας όγκους (

P

& lt? 0,05) (Πίνακας 3 και Σχήμα 3). Αυξημένα επίπεδα έκφρασης σε όγκους του μαστού ήρθε κοντά στην στατιστική σημασία (

P

= 0,087). Όταν διορθώνεται για εμφάνιση των ψευδών θετικών αποτελεσμάτων, μόνο του προστάτη, του θυρεοειδούς, και οι όγκοι του ήπατος βρέθηκαν να παρουσιάζουν σημαντική υπερέκφραση της πρωτεΐνης /p75 LEDGF (FDR προσαρμοστεί

P

& lt? 0,05).

μικροσυστοιχίες ιστών βάφτηκαν με αντίσωμα έναντι LEDGF /ρ75, και οι επιμέρους πυρήνες τυφλά άνοιξε χρησιμοποιώντας την ακόλουθη κλίμακα: 0 = καμία χρώση, 1 = χαμηλή χρώση, 2 = μέτρια χρώση, 3 = ισχυρή χρώση. Σκόραρε ιστοί ομαδοποιήθηκαν σε δύο ομάδες: χαμηλή χρώση (βαθμολογίες 0 και 1, σκοτεινό μπαρ) και υψηλή χρώση (βαθμολογίες 2 και 3, φωτεινές μπάρες). Το ποσοστό των δειγμάτων στις δύο κατηγορίες χρώση παραστάθηκε γραφικά για ιστούς όγκου σε σύγκριση με το φυσιολογικό (συμπεριλαμβανομένης της νόσου χωρίς κανονικό και φυσιολογικό γειτονικό) ιστούς. *

P

& lt? 0,05? **

P

& lt? 0,01.

P τιμές

προσδιορίστηκαν με την ακριβή δοκιμασία του Fisher.

Η

Το ποσοστό των καρκινικών ιστών με υψηλή (σκορ 2-3) έκφραση LEDGF /p75 πρωτεΐνη ήταν 70,5% το θυρεοειδή, 68% στο ήπαρ, 38,3% στον προστάτη, 30,2% στην μήτρας, και το 25% σε καρκίνους του παχέος εντέρου, σε σύγκριση με 12,5%, 31,3%, 0%, 0% και 6,3%, αντίστοιχα, σε αντίστοιχη φυσιολογικούς ιστούς τους (Πίνακας 3) . Υπήρχαν τέσσερις τύπους καρκίνου (του μαστού, του τραχήλου, των ωοθηκών, και των σιελογόνων αδένων) στον οποίο η συχνότητα των όγκων που εμφανίζουν υψηλή έκφραση πρωτεΐνης /p75 LEDGF ήταν περίπου 20% ή μεγαλύτερη, και οι αντίστοιχοι φυσιολογικοί ιστοί έδειξαν μικρή ή καθόλου έκφραση της πρωτεΐνης. Ωστόσο, όταν συγκρίναμε διαφορές στην έκφραση /ρ75 LEDGF (υψηλή έναντι χαμηλή έκφραση) μεταξύ όγκου και φυσιολογικών ιστών, η

P

τιμές δεν έφτασε σημασία. Είναι ενδιαφέρον ότι, όταν συγκρίναμε τις διαφορές μεταξύ καρκινικών και φυσιολογικών ιστών σε σχέση με LEDGF έκφραση /p75 (σκορ 1-3) vs καμία έκφραση (βαθμός 0), τα

P

τιμές για καρκίνο του μαστού και του τραχήλου της μήτρας έφτασε σημασία (

P

& lt? 0,05? δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Η σύγκριση των επαναληπτικών πυρήνων δεν έδειξε σημαντική διαφορά (

P

= 0,6226) μεταξύ των επαναλήψεων, υποδηλώνοντας την υψηλή επαναληψιμότητα μεταξύ των πυρήνων επανάληψη.

Εικόνα 4Α δείχνει αντιπροσωπευτικά πυρήνες ιστού του όγκου ανοσοχρώση με Scripps-Ab5087 αντι-LEDGF /αντισώματος p75. Οι αντιπροσωπευτικές εικόνες IHC αντιστοιχούν σε προστάτη, του παχέος εντέρου, και πυρήνων ιστού του θυρεοειδούς του όγκου με χαμηλή (βαθμολογίες 0-1) και υψηλής έντασης (βαθμολογίες 2-3) χρώση. Όπως προαναφέρθηκε, αυτοί οι τρεις τύποι όγκων εμφανίζεται σημαντική προς τα πάνω ρύθμιση τόσο της μεταγραφής (TissueScan Cancer array Q-PCR) και πρωτεΐνη (IHC). Το Σχήμα 4Β δείχνει αντιπροσωπευτικές εικόνες IHC του φυσιολογικό προστάτη και του παχέος εντέρου ιστούς ελεύθερη νόσου (από δότες μη-καρκίνου), καθώς επίσης και δείγματα προστάτη και καρκίνου του κόλου με συμφωνημένα γειτονικούς ιστούς τους. Ο καρκίνος του θυρεοειδούς TMAs δεν έχουν συμφωνημένα παρακείμενους ιστούς για συγκεκριμένους όγκους του θυρεοειδούς. Παρατηρήσαμε ότι οι «κανονική» ιστοί που γειτνιάζουν με τις προστάτη και των όγκων του παχέος εντέρου ιστοί είχαν μέτρια χρώση LEDGF /ρ75, σε σύγκριση με τη σχετικά χαμηλή ένταση χρώσης των απαλλαγμένη από την ασθένεια φυσιολογικούς ιστούς. Μια άλλη ενδιαφέρουσα παρατήρηση ήταν ότι LEDGFp75 ανοσοχρώση διανεμήθηκε τόσο στον πυρήνα και το κυτταρόπλασμα στους περισσότερους ιστούς όγκων που εξετάστηκαν.

A. Αντιπροσωπευτικές εικόνες ανοσοϊστοχημική χρώση (χαμηλή ένταση, βαθμολογίες 0-1? Υψηλή ένταση, βαθμολογίες 2-3) για LEDGF /p75 σε όγκους του προστάτη, του παχέος εντέρου, και του θυρεοειδούς (Κλίμακα ράβδου 40 μm? Μεγέθυνση = 200 ×). Β Εκπρόσωπος εικόνες της LEDGF /p75 ανοσοχρώση μη νόσου φυσιολογικό προστάτη και του παχέος εντέρου ιστούς και σε ιστούς όγκων και συμφωνημένα γειτονικούς ιστούς τους (Κλίμακα bar-40 μm? Μεγέθυνση = 400 ×). TMAs χρωματίστηκαν χρησιμοποιώντας LEDGF /p75 αντίσωμα ειδικό κουνελιού Scripps-Ab5087, όπως αναφέρεται στο Υλικά και Μέθοδοι. Ταυτόσημες ρυθμίσεις της μηχανής χρησιμοποιήθηκαν για την απόκτηση και την επεξεργασία των εικόνων για ένα συγκεκριμένο τύπο ιστού.

Η

Οι διαθέσιμες κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά των ασθενών με τύπους όγκων εμφανίζει σημαντική υπερέκφραση LEDGF /p75 συνοψίζονται στον Πίνακα 4. Ο αριθμός δειγμάτων ιστού για κόλου και του προστάτη διαφέρει στα σύνολα συζητούν ηλικία και το φύλο, λόγω των ελλειπόντων στοιχείων στο εμπορικά διαθέσιμο TMAs. Τα στοιχεία σχετικά με την ηλικία έλειπε για 4 πυρήνες στον καρκίνο του προστάτη TMAs ενώ τα στοιχεία για το φύλο έλειπε για 2 πυρήνες στον καρκίνο του παχέος εντέρου TMA. Συσχέτιση μεταξύ αυτών των χαρακτηριστικών και η έκφραση πρωτεΐνης LEDGF /p75 αποκάλυψε ότι η υπερέκφραση αυτής της πρωτεΐνης σε ήπαρ και θυρεοειδούς συσχετίστηκε σημαντικά με μικρότερη ηλικία (

P

& lt? 0,05) (Πίνακας 4). Οι διάμεσοι ηλικίες των ασθενών που εκπροσωπούνται στην TMAs ήταν 62 ετών για τον καρκίνο του παχέος εντέρου, 53 ετών για τον καρκίνο του ήπατος, 66 ετών για τον καρκίνο του προστάτη, 48 ετών για τον καρκίνο του θυρεοειδούς και 70 έτη για καρκίνο της μήτρας. Κανένας από τους πέντε τύπους όγκων παρουσίασαν σημαντική συσχέτιση μεταξύ της αυξημένης έκφρασης LEDGF /p75, το φύλο ή την αυξημένη στάδιο TNM όγκου. Τα δεδομένα παρακολούθησης περιορισμένη ασθενούς η οποία σχετίζεται με την TMAs δεν επέτρεψε να συσχετίζοντας LEDGF έκφραση /p75 με τα αποτελέσματα της επιβίωσης των ασθενών.

Η

Η ανάλυση cross-platform της έκφρασης /p75 LEDGF σε διάφορους τύπους ανθρώπινων καρκινικών έχει συνοψίζονται στον Πίνακας 5. οι εκφράσεις απομαγνητοφώνηση και πρωτεΐνης για κάθε τύπο όγκου συγκρίνονται μεταξύ των διαφόρων πλατφορμών που χρησιμοποιούνται:. in silico, Q-PCR και IHC

Η

Συζήτηση

Η παρούσα μελέτη διεξήχθη ως μέρος των συνεχιζόμενων προσπαθειών μας να κατανοήσουμε τη βιολογική και κλινική σημασία της έκφρασης /p75 LEDGF στον καρκίνο του ανθρώπου. αποτελέσματά μας έδειξαν σημαντική προς τα πάνω ρύθμιση τόσο του LEDGF /p75 μεταγραφή και πρωτεΐνης σε προστάτη, του παχέος εντέρου, και όγκους του θυρεοειδούς, συνάγεται από την ανάλυση της έκφρασης μεταγράφου στο Oncomine βάση δεδομένων μικροσυστοιχίας γονίδιο καρκίνου (όταν τα διαθέσιμα δεδομένα) και η συστοιχία TissueScan Cancer Q-PCR, και η ανάλυση της έκφρασης πρωτεΐνης με IHC σε TMAs. Η παρατηρούμενη αυξητική ρύθμιση του LEDGF /ρ75 σε όγκους του προστάτη είναι συνεπής με προηγούμενες αναφορές μας ότι αυτή η πρωτεΐνη είναι ο στόχος των αυτοαντισωμάτων σε μερικούς ασθενείς με PCA, ρυθμίζεται προς τα πάνω σε αμφότερες τις κυτταρικές σειρές και ιστούς PCa, και προωθεί χημειοαντίσταση σε κυτταρικές σειρές προστάτη όταν εκτοπικά υπερεκφράζεται [16], [31].

Σημαντική ρύθμιση προς τα πάνω του LEDGF /PSIP1 μεταγραφής παρατηρήθηκε επίσης σε ορισμένες Oncomine σύνολα δεδομένων για καρκίνους του μαστού, του τραχήλου, του οισοφάγου, των νεφρών, της κεφαλής και του λαιμού, του ήπατος, του πνεύμονα, λέμφωμα, ωοθηκών, του παγκρέατος, του σιελογόνου αδένα, το δέρμα, και το στομάχι. Εντούτοις, μόνο 4 από τους 8 τύπους όγκων (προστάτη, του παχέος εντέρου, του μαστού και του θυρεοειδούς) εμφάνισαν σημαντική ρύθμιση προς τα πάνω του /ρ75 μεταγραφής LEDGF στη συστοιχία TissueScan Cancer Q-PCR. Αν και άλλοι τύποι όγκων (νεφρών, των πνευμόνων, των ωοθηκών και) παρουσίασαν & gt? 1,02 φορές LEDGF /ρ75 ανύψωση μεταγραφή σε αυτόν τον πίνακα, η προς τα πάνω ρύθμιση δεν ήταν στατιστικά σημαντική. Αυτές οι διαφορές μεταξύ του Oncomine βάσης δεδομένων και τη συστοιχία Καρκίνου TissueScan Q-PCR θα μπορούσε να αποδοθεί στο μικρό μέγεθος του δείγματος στα τελευταία, παραλλαγές μεθοδολογική /πλατφόρμα, η ανάλυση των LEDGF /PSIP1 vs LEDGF /p75, καθώς και η χρήση των μη συνδεδεμένων συνόλων δεδομένων όγκου. [17].