Αφηρημένο

Ιστορικό

Desmocollin 3 (DSC3), ένα μέλος του γονιδίου cadherin υπεροικογένεια, συνδέεται με την παθογένεση ορισμένων μορφών καρκίνου, αλλά ο ρόλος της στον καρκίνο του προστάτη (PCA) παραμένει σε μεγάλο βαθμό άγνωστη.

Μέθοδοι

επίπεδο έκφρασης του γονιδίου DSC3 διαθέσιμων μικροσυστοιχιών σύνολο δεδομένων προστάτη εξετάστηκε χρησιμοποιώντας το Oncomine βάση δεδομένων. έκφραση μεταγραφή DSC3 στον πίνακα γραμμή κυττάρων του προστάτη και μια ανεξάρτητη ομάδα ιστού (n = 52) εκτιμήθηκε με ποσοτική PCR (Q-PCR). Επιγενετική κατάσταση του γονιδίου DSC3 υποκινητή σε προστάτη ερευνήθηκε από το φόρτωμα των τριών σύνολο δεδομένων (ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ Infinium 450K δεδομένων πίνακα και δύο αλληλουχίας μεθυλίωση) στο UCSC πρόγραμμα περιήγησης γονιδίωμα. Ενώ Pyrosequencing ανάλυση μετράται μεθυλίωσης του DNA προαγωγέα, οι εκτιμήσεις Q-PCR ελήφθησαν για DSC3 μεταγραφής επανέκφραση μετά από 5-Αζα-δεοξυκυτιδίνη (5-Αζα) θεραπεία. Κλινική σημασία της έκφρασης DSC3 μελετήθηκε με ανάλυση επιβίωσης Kaplan-Meier. Τέλος, λειτουργικές μελέτες του πολλαπλασιασμού των κυττάρων παρακολούθηση, τη μετανάστευση και εισβολή εκτελέστηκαν σε κυτταρικές σειρές προστάτη μετά siRNA μεσολαβεί knockdown DSC3 ή μετά 5-Αζα επαγόμενη επανέκφραση. EMT δείκτες βιμεντίνης και της έκφρασης Ε-καδερίνης μετρήθηκε με Western Blot. Αναλύσεις

Αποτελέσματα

δεδομένα μικροσυστοιχιών αποκάλυψε μια σημαντική μείωση της έκφρασης των μεταγραφή DSC3 σε προστάτη, σε σύγκριση με καλοήθη δείγματα. ανάλυση Q-PCR ενός ανεξάρτητου ομάδα αποκάλυψε DSC3 μεταγραφή ρύθμιση προς τα κάτω, τόσο σε κυτταρικές σειρές προστάτη και ιστούς όγκων αλλά όχι σε καλοήθη ομόλογό τους. Εξέταση των διαθέσιμων στοιχείων NGS και Infinium εντοπιστεί κάποιο ρόλο για την επιγενετική ρύθμιση μείωσης mRNA DSC3 στην ΣΕΣΣ. Pyrosequencing επιβεβαίωσε την αυξημένη μεθυλίωση DSC3 υποκινητή σε κυτταρικές σειρές και την αποκατάσταση της έκφρασης μεταγράφου κατά την κατεργασία 5-Αζα καρκίνος περαιτέρω επιβεβαίωσε αυτή επιγενετικό μηχανισμός σίγηση. Σημαντικά Kaplan-Meier ανάλυση της κοόρτης αποτέλεσμα έδειξε μια συσχέτιση μεταξύ της απώλειας της έκφρασης DSC3 και σημαντικά αυξημένο κίνδυνο βιοχημικής υποτροπής. Λειτουργικές μελέτες υποδεικνύουν ένα ρόλο για τα επιθηλιακά-μεσεγχυματικά μετάβαση σε DSC3 ρυθμιζόμενη κυτταρική μετανάστευση /εισβολή.

Συμπέρασμα

Λαμβανόμενα μαζί, τα δεδομένα μας δείχνουν ότι το DNA μεθυλίωση συμβάλλει στην ρύθμιση προς τα κάτω του DSC3 στον καρκίνο του προστάτη , και την απώλεια του DSC3 προβλέπει κακή κλινική έκβαση

Παράθεση:. Παν J, Chen Υ, Μο C, Wang D, Chen J, ο Μάο Χ, et al. (2014) Ένωση DSC3 mRNA κάτω ρύθμιση στον καρκίνο του προστάτη με τον ανάδοχο υπερμεθυλίωση και κακή πρόγνωση. PLoS ONE 9 (3): e92815. doi: 10.1371 /journal.pone.0092815

Συντάκτης: Robert Dante, Institut national de la Santé et de la recherche médicale, Γαλλία

Ελήφθη: 13 Νοέμβρη, 2013? Αποδεκτές: 26 Φεβρουαρίου 2014? Δημοσιεύθηκε: 24 Μάρτη 2014

Copyright: © 2014 Pan et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (81272809)? Έργο Επιστήμης και Τεχνολογίας Σχεδιασμού της Guangdong (2011B050400021) και Guangdong Βασικά Εργαστήριο της Ουρολογίας, το πρώτο Affiliated Νοσοκομείο της Guangzhou Medical University (2010A060801016). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του προστάτη είναι η δεύτερη πιο κοινή μορφή καρκίνου μεταξύ των ανδρών σε όλο τον κόσμο και πάνω από 900.000 άνδρες διαγνώστηκαν με καρκίνο του προστάτη κάθε χρόνο [1]. Παρά το γεγονός ότι το PSA είναι κλινικά χρησιμοποιείται ως δοκιμασία διαλογής με ευαισθησία 80%, η χρησιμότητά της είναι περιορισμένη λόγω της χαμηλής εξειδίκευσης του (20%), η οποία μπορεί να οδηγήσει σε περιττές βιοψίες και υπερθεραπεία [2]. Παρά τη μεγάλη προσπάθεια στην έρευνα για βιοδείκτες, ο καρκίνος του προστάτη κλινική διαχείριση παραμένει μια πρόκληση, λόγω μη βέλτιστη απόδοση των υφιστάμενων διαγνωστικά και προγνωστικά εργαλεία [3].

Οι μελέτες που προσδιορίζουν και χαρακτηρίζουν τον καρκίνο συγκεκριμένη ανώμαλη μοριακή γεγονότα αποκαλύπτουν επίσης υποψηφίους με πιθανή χρησιμότητα βιοδείκτη [4]. Διαφορική μεθυλίωση του DNA είναι κοινή σε καρκίνο του προστάτη που οδηγεί σε υπερμεθυλίωση στο προαγωγέα των ογκοκατασταλτικών γονιδίων, υπομεθυλίωση στις υποκινητές των ογκογονιδίων, και την παγκόσμια υπομεθυλίωση οδηγεί σε γενωμική αστάθεια σε μεταγενέστερα στάδια του καρκίνου του προστάτη [5], [6]. Μερικά από τα συχνά αναφερόμενες υπερμεθυλιωμένων γονιδίων στον καρκίνο του προστάτη περιλαμβάνουν GSTP1, RASSF1A, και APC, οι οποίες έχουν βοηθήσει στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη και την πρόγνωση [7]. Ο καρκίνος του προστάτη είναι μια ετερογενής νόσος, ο αριθμός των υπερμεθυλιωμένων γονιδίων αυξάνεται ο καρκίνος του προστάτη εξελίσσεται [8], [9]. έχουν σημαντικό μοριακών γεγονότων σε PCa, όπως συντήξεις γονιδίου έχουν δειχθεί πρόσφατα να μεταδώσει διαφορική προτύπων μεθυλίωσης του DNA [5], [9]. Αυτό σημαίνει ότι η ετερογένεια της νόσου του προστάτη μπορεί να αντικατοπτρίζεται καλύτερα από διαφορική επιγενετικές υπογραφές. Έτσι, ο χαρακτηρισμός των διαφορικά μεθυλιωμένων περιοχών (αιτήσεις συντήρησης δεδομένων) έχει μεγάλη πιθανότητα για να αποδώσει δυνητική βιοδείκτες με κλινική χρήση για τον καρκίνο του προστάτη.

Τα μέλη της οικογενείας των δεσμοσωμάτων cadherin, συμπεριλαμβανομένων desmocollins και δεσμογλεΐνες, βρίσκονται κυρίως σε επιθηλιακά κύτταρα όπου αποτελούν τις συγκολλητικές πρωτεΐνες της συνδέσεως κυττάρου-κυττάρου δεσμόσωμα και απαιτούνται για την κυτταρική προσκόλληση και το σχηματισμό δεσμόσωμα [10], [11]. Διαταραγμένη λειτουργία πρωτεΐνη δεσμοσωμάτων σχετίζεται με πολλές ασθένειες [12]. Μια από τις ενδιαφέρουσες λειτουργίες είναι η ικανότητά τους να αναστέλλουν την κυτταρική κινητικότητα, ένα φαινόμενο της σημασίας του καρκίνου [10]. Desmocollin 3 (DSC3), ένα μέλος της υπεροικογένειας καδερίνης, συμβάλλει στην δεσμόσωμα μεσολάβηση προσκόλλησης κυττάρου-κυττάρου [11]. Πρόσφατες μελέτες έχουν παρατηρηθεί απώλεια DSC3 σε αρκετούς τύπους καρκίνου, όπως μεταστάσεις στους λεμφαδένες του στοματικό καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων, ο καρκίνος του μαστού και του παχέος εντέρου, όπου τα μειωμένα επίπεδα που σχετίζονται με την εξέλιξη του καρκίνου ρυθμίζονταν από επιγενετικές τροποποίηση [13], [14], [15]. Ωστόσο, λίγα είναι γνωστά για την έκφραση και των ρυθμιστικών μηχανισμών του DSC3 στον καρκίνο του προστάτη.

Στην παρούσα μελέτη, αναλύσαμε την έκφραση και την μεθυλίωση πρότυπα DSC3 στον καρκίνο του προστάτη, και το πιο σημαντικό διερευνηθεί ο λειτουργικός ρόλος του DSC3 και δυνητική κλινική αξία πρόβλεψης της.

Υλικά και Μέθοδοι

κυτταρικές γραμμές και δείγματα ιστών

Όλες οι κυτταρικές σειρές του προστάτη ελήφθησαν από την American Type Culture Collection και τα πρωτογενή κύτταρα του προστάτη PrEC αγοράζονται από την Lonza αναπτύχθηκαν στους 37 ° C σε ένα 5% επωαστή CO2 κυτταρικής καλλιέργειας. Οι κυτταρικές σειρές καρκίνου του προστάτη διατηρήθηκαν σε ϋΜΕΜ (Invitrogen) (Du145) και RPMI (LNCaP, 22RV1) συμπληρωμένο με 10% ορό εμβρύου βοός (FBS). Η κανονική κυτταρική σειρά προστάτη RWPE διατηρήθηκε σε KSF μέσα (Invitrogen) συν 10 ng /ml EGF (Sigma) και εκχύλισμα βόειας υποφύσεως (ΒΡΕ) και τα πρωτογενή κύτταρα προστάτη PrEC καλλιεργήθηκε σε PrEGM μέσο (Lonza). δείγματα προστάτη ιστών συμπεριλαμβανομένων καλοήθη προστάτη (n = 18), ο καρκίνος του προστάτη (n = 34) ελήφθησαν από την Πρώτη Ενταγμένο Νοσοκομείο του Sun Yat-Sen University (Guangzhou, Κίνα). Τα δείγματα ιστού ήταν φλας-καταψύχθηκαν σε υγρό άζωτο κατά τη στιγμή της συλλογής και αποθηκεύτηκαν στους -80 ° C μέχρι την εκχύλιση του RNA. Ενημέρωσε γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους ασθενείς για να επιτρέπουν τη χρήση των δειγμάτων και κλινικών δεδομένων για την έρευνα. Αυτή η μελέτη που περιλαμβάνει ανθρώπινα υποκείμενα εγκρίθηκε από το Συμβούλιο Δεοντολογίας της Sun Yat-Sen University.

εκχύλιση RNA και ποσοτική RT-PCR

Το συνολικό RNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας ΤΚΙζοΙ (Invitrogen) χρησιμοποιήθηκε σε cDNA σύνθεση (Superscript III, Invitrogen) με την παρουσία τυχαίων εκκινητών (Invitrogen). Ποσοτική PCR πραγματικού χρόνου (Q-PCR) πραγματοποιήθηκε με τη χρήση δύναμης SYBR Green βασικού μείγματος (Applied Biosystems) σε ένα Applied Biosystems 7900HT PCR Πραγματικού χρόνου System. Όλες οι ολιγονουκλεοτιδικοί εκκινητές ελήφθησαν από την Invitrogen και παρατίθενται στον Πίνακα S1. ενίσχυση GAPDH χρησιμοποιήθηκε ως εσωτερικός έλεγχος. Το επίπεδο έκφρασης του mRNA προσδιορίστηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως, χρησιμοποιώντας την 2

-ΔΔCT μέθοδο [16].

σύνολο δεδομένων ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ και Methylplex NGS δεδομένα αλληλουχίας Ανάλυση

Η Array Infinium 450K Χάντρα και μειωμένη αναπαράσταση δεδομένων Bisulfite αλληλουχίας DNA μεθυλίωση από την κοινοπραξία ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ διαθέσιμο ως κομμάτια χρήστη σε UCSC πρόγραμμα περιήγησης γονιδιώματος χρησιμοποιήθηκαν σε αυτή τη μελέτη [17]. Οι Methylplex NGS προσαρμοσμένα δεδομένα αλληλουχίας κομμάτια της καλοήθους κυτταρικής σειράς PrEC και προστάτη κυτταρική σειρά LNCaP, προστάτη φυσιολογική, καλοήθη δίπλα, εντοπισμένη προστάτη, και μεταστατικούς ιστούς του προστάτη από μια πρόσφατα δημοσιευμένη μελέτη από Kim et al. (Genome Res 2011) επίσης φορτώθηκε ως κομμάτια σε UCSC πρόγραμμα περιήγησης γονιδιώματος και οπτικοποιούνται [9]. Αυτά τα δεδομένα βαθιά αλληλουχίας από ένα παρελθόν που δημοσιεύθηκε σύνολο δεδομένων έχει κατατεθεί στο NCBI GEO υπό τον αριθμό πρόσβασης: GSE27619.The DSC3 γονιδιωματική περιοχή «Chr18: 28,570,052-28,622,781» (Hg19) (συμπεριλαμβανομένων τόσο τον προαγωγό και περιοχή κωδικοποίησης) επιθεωρήθηκε για τη διαφορική μεθυλίωση του DNA .

Genomic απομόνωση DNA, όξινο θειώδες μετατροπή και Pyrosequencing

Το γονιδιωματικό DNA εκχυλίζεται με QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen) ήταν μετατραπέντος με όξινο θειώδες χρησιμοποιώντας ΕΖ μεθυλίωσης του DNA χρυσά kit (Zymo Research) και χρησιμοποιήθηκε ως εκμαγείο για αντιδράσεις PCR. DSC3 μεθυλίωση εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία μεθυλίωσης PyroMark DSC3 (Qiagen) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Εν συντομία, όξινο θειώδες μετατρέπεται DNA, DSC3 εκκινητές, και HotStart Master Mix (Qiagen) χρησιμοποιήθηκαν σε μία αντίδραση PCR για να ενισχύσουν DSC3 γονιδιωματικές περιοχές ενδιαφέροντος από το δείγμα. Η ενίσχυση ελήφθη από 45 κύκλους των 30 sec στους 94 ° C, 30 sec στους 50 ° C, και 40 sec στους 72 ° C, μετά από μια αρχική ενεργοποίηση του ενζύμου για 15 λεπτά στους 95 ° C, και η τελική επιμήκυνση 7 λεπτών στους 72 ° C. Τα προϊόντα PCR συλλαμβάνεται επί σφαιριδίων στρεπταβιδίνης Sepharose (GE Healthcare), μετουσιώνεται ώστε να παράγουν μονές έλικες, πλύθηκαν και συγκολλήθηκε στο έναυσμα προσδιορισμού αλληλουχίας, και η αλληλουχία προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας το σύστημα PyroMark Ε24 (Qiagen). Η μέση μεθυλίωση τρεις επιμέρους θέσεις θεωρείται σε αυτή τη δοκιμασία. Primer ακολουθίες είναι show στον Πίνακα S1. επίπεδα μεθυλίωσης ξεχωριστά για κάθε χώρο CpG και υπολογίζονται οι μέσες τιμές της είναι εκπομπή στον Πίνακα S2.

5-Aza-δεοξυκυτιδίνης Θεραπεία

LNCaP κύτταρα καλλιεργούνται σε τρυβλία 6 φρεατίων υποβλήθηκαν σε θεραπεία για την επόμενη ημέρα με δεικνυόμενες συγκεντρώσεις του 5-Αζα-δεοξυκυτιδίνη (Sigma) ή έναν ισοδύναμο όγκο οχήματος (DMSO) για πέντε συνεχόμενες ημέρες. Το μέσο ανάπτυξης που περιέχει είτε 5-Αζα-δεοξυκυτιδίνη ή όχημα αντικαταστάθηκε κάθε 24 ώρες. Στο τέλος της περιόδου θεραπείας, το ολικό RNA απομονώθηκε για να αξιολογηθεί η έκφραση υποδεικνύεται μεταγραφής με Real Time RT-PCR.

Ανάλυση Western Blot

πρωτεΐνης από κυτταρικά λύματα απομονώθηκε, και οι συγκεντρώσεις πρωτεΐνης ήταν καθορίζεται από το κιτ BCA. 20 μg πρωτεΐνης διαχωρίστηκαν με SDS-PAGE και μεταφέρθηκαν σε μεμβράνη PVDF (GE Healthcare). Η μεμβράνη επωάστηκε για μισή ώρα σε ρυθμιστικό αποκλεισμού που περιέχει 5% γάλα που ακολουθείται από ολονύκτια επώαση στους 4 ° C με τα πρωτεύοντα αντισώματα, που περιλαμβάνουν Ε-καδερίνης αντίσωμα (1:1000,3195S, Cell Signaling)? αντισώματα βιμεντίνη (1:1000,5741S, Cell Signaling) ή αντισώματος GAPDH (1:2000,5174, Cell Signaling). Μετά από αρκετές πλύσεις με αλατόνερο ρυθμισμένο με Tris που περιέχει Tween-20 (ΤΒδ-Τ), το στύπωμα επωάστηκε με χρένο δευτερεύον αντίσωμα συζευγμένο με υπεροξειδάση. Τα σήματα κατέστησαν ορατά με αυξημένη χημιφωταύγεια σύστημα σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή (GE Healthcare).

παρεμβολή RNA

Τα κύτταρα επιστρώθηκαν σε πλάκες 6 φρεατίων σε μία επιθυμητή αριθμούς και επιμολύνθηκαν με DSC3 siRNA (Dharmacon ) ή μη-στόχευση siRNA δύο φορές. Οι επιμολύνσεις πραγματοποιήθηκαν με OptiMEM (Invitrogen) και Oligofectamine (Invitrogen) σύμφωνα με πρότυπα πρωτόκολλα. Είκοσι τέσσερις ώρες μετά την επιμόλυνση, τα κύτταρα θρυψινοποιήθηκαν και επιστρώθηκαν εις τριπλούν σε 8000 κύτταρα ανά φρεάτιο σε πλάκες 24 φρεατίων. Knockdown αποδοτικότητα προσδιορίσθηκε με Q-PCR.

Κυτταρικού Πολλαπλασιασμού /Μετανάστευση Δοκιμασία /Invasion

Προσδιορισμός πολλαπλασιασμού κυττάρων διεξήχθη χρησιμοποιώντας το WST-1 Kit σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Clontech Laboratories). Μετανάστευσης /εισβολή, τα κύτταρα επιμολύνονται ή θεραπεία. Μετά από 24 ώρες, τα κύτταρα σπάρθηκαν στις 8 μm ένθετα (BD Falcon) επικαλύπτονται με Matrigel (για προσδιορισμούς εισβολής) ή μη επικαλυμμένο (για δοκιμασίες κινητικότητα) σε πλάκες καλλιέργειας 24 φρεατίων. Ο εμβρυϊκός βόειος ορός προστέθηκε στον κάτω θάλαμο ως προσελκυστικό χημειο. Μετά από 72 ώρες, η μη εισβάλλοντα κύτταρα απομακρύνθηκαν με ήπια βαμβάκι. Μεταστατικών κυττάρων στην κάτω πλευρά του θαλάμου βάφτηκαν με κρυσταλλικό ιώδες και ξηραίνεται στον αέρα. Σχετική εισβολή προσδιορίστηκε ποσοτικά με διαλυτοποίηση του κρυσταλλικού ιώδους χρώματος και μέτρηση της απορρόφησης στα 560 nm.

Oncomine Έκφραση και Αποτελέσματα Ανάλυσης

έκφραση DSC3 από ανεξάρτητες μελέτες που δημοσιεύθηκαν μικροσυστοιχιών εξήχθη από Oncomine βάση δεδομένων. Τα σύνολα δεδομένων μπορούν επίσης να ληφθούν από το NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) με αριθμούς πρόσβασης, GSE35988 (Grasso et al,.)? PMID: 19737960? (Arredouani κ.ά.,.) GSE3325 (Varambally κ.ά.,.)? GSE3933 (Lapointe et al,.)? και GSE21032 (Taylor et al.,). Για Kaplan-Meier ανάλυση του Taylor et al., (Cancer Cell 2010) σύνολο δεδομένων [18], βιοχημικής υποτροπής ορίστηκε ως 0,2 ng /mL στα PSA ή στην επανάληψη της νόσου μετά από προστατεκτομή, όπως η ανάπτυξη του μεταστατικού καρκίνου, αν βιοχημική υποτροπή πληροφορίες δεν ήταν διαθέσιμες. τιμές έκφρασης DSC3 κατηγοριοποιήθηκαν σε χαμηλές και υψηλές ομάδες, ανάλογα με τη διάμεση τιμή αποκοπής.

Στατιστική Ανάλυση

Όλα στατιστική ανάλυση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση του προγράμματος λογισμικού GraphPad Prism. Για τα ποσοτικά στοιχεία, ομάδες αναφέρθηκαν ως μέσος όρος ± SEM και συγκρίνονται με τη χρήση t-test unpaired Student ή μονόδρομη δοκιμή ANOVA. Για την ανάλυση επιβίωσης Kaplan-Meier, χρησιμοποιήθηκε δοκιμασία log-rank. Η στατιστική σημαντικότητα ορίστηκε σε Ρ & lt?. 0.05

Αποτελέσματα

έκφραση DSC3 καταστέλλεται στον καρκίνο του προστάτη

Για να εξερευνήσετε την έκφραση του DSC3 μεταγραφή στον καρκίνο του προστάτη και καλοήθη ιστούς, εμείς χρησιμοποίησε το Oncomine εργαλείο για την ανάλυση πολλών μελετών γονιδιακής έκφρασης που δημοσιεύθηκε μικροσυστοιχιών. Η ανάλυσή μας έδειξε μια ισχυρή μείωση στην έκφραση του mRNA DSC3 σε προστάτη καρκινικούς ιστούς σε σύγκριση με καλοήθη δείγματα. Το Σχήμα 1Α απεικονίζει τα επίπεδα του DSC3 μετεγγραφής σε τέσσερις ανεξάρτητες δημοσιευμένες μελέτες μικροσυστοιχίας [19], [20], [21], [22]. Για να επιβεβαιωθεί πειραματικά αυτή την παρατήρηση, εξετάσαμε ένα πάνελ των κυττάρων του προστάτη γραμμές συμπεριλαμβανομένων των LNCaP, DU145, 22RV1, καλοήθη κύτταρα δηλαδή RWPE και PrEC, από την Q-PCR. Σε ένα πρότυπο συμβατό με δεδομένα μικροσυστοιχιών τα καλοήθη κύτταρα έδειξαν έκφραση υψηλότερη μεταγραφές σε σύγκριση με καρκινικές κυτταρικές σειρές (Σχήμα 1Β). Παρόμοια μορφή έκφρασης παρατηρήθηκε για GSTP1, ένα πολύ γνωστό μεθυλιωμένο γονίδιο στον καρκίνο του προστάτη που χρησιμοποιήσαμε ως θετικός έλεγχος (Σχήμα 1 C).

(Α) Boxplots αναπαράσταση της έκφρασης DSC3 mRNA σε τέσσερις ανεξάρτητες microarray καρκίνο του προστάτη σύνολα δεδομένων, Β = καλοήθης, Τ = όγκου. Πρώτος συγγραφέας και η στατιστική σημαντικότητα υποδεικνύονται. (Β) ανάλυση Q-PCR του DSC3 και (C) έκφραση GSTP1 σε ένα πάνελ κυτταρικών γραμμών προστάτη? PrEC-προστάτη φυσιολογικά επιθηλιακά κύτταρα, RWPE-καλοήθεις κυτταρική σειρά προστάτη, LNCaP, Du145, 22RV1 είναι μεταστατικές κυτταρικές σειρές καρκίνου του προστάτη.

Η

DSC3 ρύθμιση προς τα κάτω σε προστάτη διαμεσολαβείται από μεθυλίωση υποστηρικτής

μια λεπτομερής εξέταση των DSC3 γονιδιωματική οργάνωση που χρησιμοποιεί το πρόγραμμα περιήγησης στο γονιδίωμα UCSC αποκάλυψε την παρουσία ενός νησιού CpG στην ρυθμιστική περιοχή του γονιδίου DSC3 «Chr18: 28,570,052-28,622,781» (Hg19) που περιβάλλει τη θέση έναρξης της μεταγραφής. Ανάλυση της μεθυλίωσης του DNA σε αυτήν την περιοχή σε ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ Methyl 450K Bead Συστοιχίες και μειωμένη Αντιπροσωπεία Bisulfite Sequencing (RRBS) σύνολα δεδομένων [17] έδειξε ότι ο υποκινητής του γονιδίου DSC3 είναι υπερμεθυλιωμένο σε LNCaP σε σύγκριση με την καλοήθη κυτταρική γραμμή PrEC (Σχήμα 2Α). Επιπλέον, η ανάλυση ενός ανεξάρτητου συνόλου δεδομένων μεθυλίωσης του DNA του καρκίνου του προστάτη [9] που παράγεται από Methylplex Next Generation Sequencing (Μ-NGS) αποκάλυψε επίσης μεθυλίωση DSC3 προαγωγό σε LNCaP και όχι σε PrEC. Επιπλέον αυτά τα δεδομένα έδειξαν επίσης αυξημένη μεθυλίωση εντοπισμένη και μεταστατικό καρκίνο του προστάτη δείγματα και όχι σε καλοήθη ή φυσιολογικά δείγματα προστάτη (Σχήμα 2Β). Τόσο τα δεδομένα κυτταρική γραμμή από ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ [17] και την κυτταρική γραμμή /σύνολο δεδομένων ιστού από τη μελέτη Μ-NGS από τους Kim et al. [9], αποκάλυψε μεθυλίωση του DNA ήταν σε ένα εξαιρετικά επικαλυπτόμενη περιοχή εντός του προαγωγού DSC3. Το ψήφισμα ζεύγος βάσεων αυτών των συνόλων δεδομένων, μας επέτρεψε να ακρίβεια σπίτι στην χρωμοσωμική περιοχή στόχο μεθυλίωσης του DNA. Χρησιμοποιώντας την ανωτέρω πληροφορίες που επόμενα πειραματικά διερευνήθηκε η χρωμοσωμική περιοχή σε προαγωγού DSC3 για αλλαγή μεθυλίωση με Pyrosequencing ανάλυση σε ένα πάνελ κυτταρικών γραμμών προστάτη. Ενισχύοντας την τάση που παρατηρήθηκε με τα δημοσίως διαθέσιμα δεδομένα, Pyrosequencing ανάλυση αποκάλυψε συχνή υπερμεθυλίωση προαγωγού DSC3 σε καρκινικές κυτταρικές σειρές (3/3) σε σύγκριση με καλοήθη κυτταρικές γραμμές (0/2) (10% μεθυλίωση ως αποκοπής) (Σχήμα 3Β). Για να δοκιμαστεί εάν DSC3 είναι επιγενετικώς σιγήσει με μεθυλίωση του καρκίνου του προστάτη, θα επεξεργασμένα κύτταρα LNCaP με έναν αναστολέα μεθυλίωσης DNA, 5-Αζα-δεοξυκυτιδίνη (5-Αζα). έκφραση μεταγραφής αναλύσεις με Q-PCR τόσο DSC3 και GSTP1, η τελευταία χρησιμοποιήθηκε ως θετικός έλεγχος έδειξε επαγωγή και των δύο αυτών mRNAs κατά την κατεργασία φάρμακο 5-Αζα, και Pyrosequencing έδειξαν ότι η μείωση των μεθυλίωσης του DNA της περιοχής του υποκινητή DSC3 κατόπιν 5- θεραπεία Αζα (Σχήμα 3C & amp? D). Αυτά τα δεδομένα δείχνουν ότι η μεταγραφή DSC3 παρόμοια με GSTP1, είναι επιγενετικώς σιγήσει λόγω DNA υπερμεθυλίωση στον καρκίνο του προστάτη. Λαμβανόμενες μαζί αυτές οι παρατηρήσεις υποδεικνύουν ότι το γονίδιο υποκινητής DSC3 υπόκειται σε συχνές μεθυλίωση και στα δύο του προστάτη καρκινικούς ιστούς και κυτταρικές σειρές. Τα πειράματά μας στο μοντέλο γραμμή κυττάρων υποστήριξε, επίσης, με την έννοια ότι το γονίδιο DSC3 μεταγραφή ρυθμίζεται από CpG νησί υπερμεθυλίωση στον καρκίνο του προστάτη.

(Α) Top πίνακα απεικονίζει το UCSC εκπροσώπησης του προγράμματος περιήγησης γονιδίωμα της γονιδιωματικής οργάνωσης του γονιδίου DSC3 που υπάρχουν στο ανθρώπινο χρωμόσωμα 18 (28570052 με 28622781), όπου τα εξώνια υποδεικνύονται από στερεά κουτιά και εσώνια από την μπλε γραμμή. Το νησί CpG (CGI) που σχετίζεται με τον υποκινητή γονιδίου DSC3 αναπαρίσταται ως οριζόντια πράσινο στερεό bar. DNA κατάσταση μεθυλίωσης των περιοχών σκιασμένες με κίτρινο χρώμα (+/- 3 kb από την περιοχή έναρξης της μεταγραφής) παρουσιάζεται παρακάτω. ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ Infinium 450K Χάντρα Πίνακες και μειωμένη εκπροσώπηση Bisulfite σύνολα δεδομένων αλληλουχίας (RRBS) έδειξε ότι το γονίδιο υποκινητή DSC3 είναι υπερμεθυλίωση σε LNCaP σε σύγκριση με την καλοήθη κυτταρική σειρά PrEC. Οι θέσεις του ΚΒ προσδιορίστηκαν με τις μεθόδους αυτές εκπροσωπήθηκαν ως κάθετες μπάρες χρωματισμένα ανάλογα με την κατάσταση μεθυλίωσης τους. ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ RRBS, κόκκινο (100%), κίτρινο (50%), πράσινο (0%) είναι μεθυλιωμένα? ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ Infinium 450K, πορτοκαλί = μεθυλιωμένο (βαθμολογία ≥600), φωτεινό μπλε = μη μεθυλιωμένα (0 & lt? Βαθμολογίας ≤200). LNCaP (1): LNCaP κύτταρα επεξεργασμένα με ανδρογόνου? LNCaP (2): LNCaP δεδομένα από το Πανεπιστήμιο Duke? LNCaP (3): LNCaP δεδομένα από το Πανεπιστήμιο της Ουάσιγκτον. (Β) Εκπροσώπηση των δεδομένων MethylPlex NGS αλληλουχίας (PrEC, LNCaP, προστάτη φυσιολογική, καλοήθη δίπλα, εντοπισμένη προστάτη και μεταστατικούς ιστούς PCA) για DSC3. Τα μεθυλιωμένα περιοχές παρατηρούνται στις αντίστοιχες ομάδες του δείγματος απεικονίζεται ως κορυφές και οι αριθμοί στις άξονα y δηλώνουν τα ύψη των κορυφών

Η

(Α) Ακολουθία του υποκινητή DSC3 (Chr18: 28.622.751000000-28622860000000 εκατομμύρια). και η περιοχή αναλύθηκαν με Pyrosequencing δίδονται σε μπλε (Chr18: 28622791 έως 28622820) και οι θέσεις του ΚΒ παρακολουθούνται εντός υποδεικνύονται με κόκκινο χρώμα. CGI, το νησί CpG. plot (Β) Μπαρ απεικονίζει τον μέσο όρο των επί τοις εκατό μεθυλίωσης στις τρεις θέσεις του ΚΒ σε κυτταρικές σειρές προστάτη. Μπλε-τοις εκατό unmethylation? Πορτοκαλί-τοις εκατό μεθυλίωσης? Bi-θειώδες μετατρέπεται καθολικά μεθυλιωμένα gDNA και εμβρυϊκού DNA χρησιμοποιήθηκαν ως θετικός και αρνητικός έλεγχος αντίστοιχα. (Γ) DSC3 έκφραση όπως εκτιμήθηκε με Q-PCR σε κύτταρα LNCaP επεξεργάστηκε με 5-Αζα-δεοξυκυτιδίνη (5-Αζα), GSTP1 συμπεριλήφθηκε ως θετικός έλεγχος. (D) οικόπεδο Bar απεικονίζει το μέσο όρο του ποσοστού μεθυλίωσης στις τρεις θέσεις CG σε LNCaP που έλαβαν θεραπεία με 5-Aza.

Η

DSC3 ρυθμίζεται προς τα κάτω σε προστάτη και προβλέπει κακή κλινική έκβαση

για να διερευνηθεί η έκφραση του DSC3 σε ιστούς καρκίνου του προστάτη, πραγματοποιήσαμε Q-PCR σε ένα πάνελ ιστών του προστάτη συμπεριλαμβανομένων των καλοηθών προστάτη (n = 18), ο καρκίνος του προστάτη (n = 34). έκφραση DSC3 ήταν αξιοσημείωτα μειωμένη σε καρκίνο προστάτη (2,4 ± 1,2) σε σύγκριση με καλοήθη ιστούς (21,8 ± 16,3) (Σχήματα 4Α & amp? Β). Περίπου 25-40% των ασθενών που έλαβαν θεραπεία με ριζική προστατεκτομή για κλινικά εντοπισμένο καρκίνο του προστάτη θα βιώσουν υποτροπή της νόσου, αρχικά υποδεικνύεται από την αύξηση του επιπέδου του PSA (βιοχημική υποτροπή) ορό [23]. Έτσι, την επόμενη προσπάθησε να καθορίσει εάν η κατάσταση DSC3 αδρανοποίηση συνδέθηκε με βιοχημική υποτροπή μετά από χειρουργική εκτομή. Προς την κατεύθυνση αυτή εξετάσαμε την Taylor et al. σύνολο δεδομένων (Cancer Cell 2010) γονιδιακή έκφραση [18], η οποία χαρακτηρίζεται όγκους από 140 ασθενείς που έχουν υποτροπή πληροφορίες (με 36 υποτροπές). Τα δείγματα χωρίστηκαν σε υψηλές και χαμηλές ομάδες DSC3 με βάση DSC3 μέση τιμή της έκφρασης. Η ανάλυση Kaplan-Meier έδειξε ότι οι ασθενείς ομάδα χαμηλής DSC3 είχαν σημαντικά υψηλότερο κίνδυνο υποτροπής από τους ασθενείς της ομάδας υψηλού DSC3 (αναλογία κινδύνου: 2.352, 95% CI: 1,198 – 4,446, log rank p = 0.0125) (Σχήμα 4C). Αυτό υποδηλώνει ότι DSC3 απώλεια μεταγραφή στον καρκίνο του προστάτη μπορεί να προβλέψει κακή κλινική έκβαση. Συλλογικά, αυτά τα δεδομένα δείχνουν DSC3, μέλος της καντερίνης υπερ μπορεί να παίζει σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη που οδηγεί σε κακή κλινική έκβαση.

(Α) Q-PCR για DSC3 μεταγραφή σε μία ομάδα της καλοήθους προστάτη ( n = 18) και του καρκίνου του προστάτη (n = 34) ιστούς. (Β) περίληψη ιστόγραμμα των τιμών έκφρασης DSC3 στον προστάτη καλοήθεις και όγκου δείγματα. ανάλυση (C) Kaplan-Meier έδειξε ότι οι ασθενείς ομάδα χαμηλής DSC3 είχαν σημαντικά αυξημένο κίνδυνο υποτροπής από τους ασθενείς της ομάδας υψηλού DSC3 (P = 0.0125).

Η

Επιπτώσεις του DSC3 στο δυναμικό της μετανάστευσης /εισβολής των κυττάρων του προστάτη

DSC3 είναι μία από τις συγκολλητικές πρωτεΐνες της συνδέσεως κυττάρου-κυττάρου δεσμόσωμα και απαιτείται για προσκόλληση κυττάρου. Για τη μελέτη του ρόλου της DSC3 στον προστάτη, επιμολύναμε καλοήθη RWPE κυττάρων είτε με έλεγχο ή DSC3 siRNA και εκτελούνται δοκιμασίες πολλαπλασιασμού, τη μετανάστευση και εισβολή. Παροδική knockdown του DSC3 σε RWPE οδήγησε σε αυξημένη κυτταρική μετανάστευση και εισβολή (Σχήμα 5C), ενώ δεν παρατηρήθηκε σημαντική επίδραση επί του κυτταρικού πολλαπλασιασμού (Σχήμα 5Β). Για να κατανοήσουμε τον μηχανισμό του DSC3 ρυθμιζόμενης μετανάστευσης και εισβολής, εξετάσαμε την έκφραση του επιθηλίου-μεσεγχύματος μετάβασης (ΕΜΤ) δείκτη Ε-καδερίνης και βιμεντίνης σε RWPE αγωγή είτε με έλεγχο ή DSC3 siRNA. Είναι ενδιαφέρον ότι, knockdown DSC3 σε RWPE αυξημένη βιμεντίνης έκφραση, ενώ αναστολή της έκφρασης Ε-καδερίνης (Εικόνα 5D). Αυτό πρότεινε ότι DSC3 μπορεί να ρυθμίσει προστάτη κυτταρική σειρά πιθανών μετανάστευση /την εισβολή επάγοντας EMT. Για να προσδιοριστεί η επίδραση της DSC3 επανέκφραση σχετικά με τη λειτουργία των κυττάρων του προστάτη, η μετανάστευση και επιθετική πιθανότητα ελέγχου και 5-Αζα αγωγή αξιολογήθηκαν DU145 κύτταρα. Η επαγωγή της έκφρασης DSC3 κατά την κατεργασία 5-Αζα κυττάρων DU145 ως αποτέλεσμα τη σημαντική μείωση του δυναμικού της μετανάστευσης /εισβολής των κυττάρων αυτών. Περαιτέρω επεξεργασία αυτών των κυττάρων με DSC3 siRNA, εν μέρει αποκατασταθεί το δυναμικό της μετανάστευσης /εισβολής (Σχήμα 5F). Η ανάλυση αυτή καθιστά πειστικά στοιχεία ότι η μειωμένη μετανάστευση των καρκινικών κυττάρων /εισβολή μετά από θεραπεία με 5-Aza οφείλεται κυρίως στην επαγωγή της έκφρασης DSC3.

(Α) DSC3 νοκ ντάουν με siRNA σε καλοήθη κυτταρική σειρά προστάτη RWPE όπως ανιχνεύεται Q-PCR. * υποδηλώνει τιμές που είναι σημαντικά διαφορετική από την ομάδα-μη στόχους (ΝΤ). siRNA # 2 και siRNA # 3 είναι δύο ατομικές DSC3 siRNA. (Β) Επίδραση των DSC3 νοκ ντάουν στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων RWPE από WST-1. (C) Επίδραση της DSC3 νοκ ντάουν για τη μετανάστευση μέσω Transwell και εισβολής μέσω Matrigel στα κύτταρα RWPE. Μετανάστευσαν και εισέβαλαν κύτταρα χρωματίστηκαν με κρυσταλλικό ιώδες, διαλυτοποιημένο και ποσοτικοποιείται με μέτρηση της απορρόφησης στα 560 nm. * Υποδηλώνει τιμές που είναι σημαντικά διαφορετικές από την ομάδα που δεν αποτελούν στόχο (ΝΤ). (D) E-cadherin και έκφραση βιμεντίνης αξιολογήθηκε με ανάλυση Western blot σε RWPE κύτταρο υποβάλλεται σε επεξεργασία με μη στόχους siRNA ή DSC3 siRNA. (Ε) Q-PCR για DSC3 χρησιμοποιώντας ολικό RNA που εκχυλίζεται από PCa κυτταρική γραμμή Du145 επεξεργάστηκε με 5-Αζα ή DSC3 siRNA. (F) Το δυναμικό μετανάστευση και εισβολή του μη κατεργασμένου και 5-Αζα επεξεργασμένο Du145 αξιολογήθηκαν με προσδιορισμό Transwell ή Matrigel. Μετανάστευσαν και εισέβαλε κύτταρα βάφτηκαν με κρυσταλλικό ιώδες, διαλυτοποιούνται και ποσοτικοποιούνται με μέτρηση της απορρόφησης στα 560 nm.

Η

Συζήτηση

Desmocollin 3 (DSC3) βρέθηκε να είναι συχνά κάτω-ρυθμίζονται αρκετές καρκίνους όπως του μαστού, του στόματος, του παχέος εντέρου και του καρκίνου του πνεύμονα, και αδρανοποίηση DSC3 σε αυτούς τους καρκίνους προκλήθηκε από υποκινητή υπερμεθυλίωση [13], [14], [15], [24]. Ωστόσο, λίγα είναι γνωστά για το ρόλο του DSC3 στον καρκίνο του προστάτη. Προς την κατεύθυνση αυτή έχουμε την πρώτη σύγκριση έκφραση DSC3 στον καρκίνο του προστάτη από δημοσιευμένες μελέτες γονιδιακής έκφρασης μικροσυστοιχιών χρησιμοποιώντας το Oncomine εργαλείο. Τέσσερις ανεξάρτητες σύνολα δεδομένων προστάτη αποκάλυψε ότι DSC3 ήταν σημαντικά μειωμένη σε ιστούς του καρκίνου του προστάτη συγκριτικά με καλοήθη δείγματα. Η ανάλυσή μας έδειξε επίσης συνεπής προς τα κάτω ρύθμιση του DSC3 mRNA σε καρκινικές κυτταρικές σειρές. Στη συνέχεια, διερευνήσαμε διάφορες δημοσίως διαθέσιμες σύνολο δεδομένων για την κατάσταση μεθυλίωσης του γονιδίου υποκινητή DSC3 στον καρκίνο του προστάτη. Πολλαπλές γραμμές των αποδεικτικών στοιχείων με βάση την ανάλυση χρησιμοποιώντας ανεξάρτητες πλατφόρμες όπως Infinium μεθυλίωση 450K Στεφάνη Πίνακες (ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ), μειωμένη εκπροσώπηση Bisulfite αλληλουχίας (ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ), η οποία χαρακτηρίζεται LNCaP και PrEC κύτταρα, μαζί με τη μελέτη αλληλουχίας MethylPlex NGS που χαρακτηρίζεται LNCaP, PrEC και καρκίνο του προστάτη κλινική δείγματα υποστηρίζεται διαφορική μεθυλίωση του γονιδίου υποκινητή DSC3 στον καρκίνο του προστάτη. Δείξαμε επίσης ότι το γονίδιο DSC3 είναι επιγενετικώς σιγήσει στον καρκίνο του προστάτη, η θεραπεία των κυττάρων LNCaP με την απο-μεθυλίωση παράγοντα 5-Αζα, επαγόμενη έκφραση μεταγράφου DSC3. παρούσα μελέτη μας αποδεικνύει έτσι ότι η έκφραση DSC3 συχνά χάνεται στον καρκίνο του προστάτη λόγω υπερμεθυλίωση προαγωγού παρόμοια με προηγούμενες αναφορές σε άλλους συμπαγείς όγκους [15], [24]. Είναι σημαντικό ότι η έκφραση DSC3 στον καρκίνο του προστάτη κλινικά δείγματα ήταν σε θέση να προβλέψει κακή κλινική έκβαση όταν αναλύονται για βιοχημική υποτροπή.

Μια λειτουργική μελέτη που διεξήχθη μέχρι στιγμής έχει εντοπίσει DSC3 ως πιθανή ογκοκατασταλτικό γονίδιο, σταθερή επιμόλυνση ενός φορέα έκφρασης DSC3 στον καρκίνο του πνεύμονα κυτταρικές γραμμές έδειξαν ότι η έκτοπη έκφραση του DSC3 ανέστειλαν τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, ανεξάρτητη από προσκόλληση ανάπτυξη, μετανάστευση, καθώς και εισβολή [24]. Είναι ενδιαφέρον παρατηρήσαμε μια αύξηση στην κυτταρική μετανάστευση και την εισβολή των κυττάρων του προστάτη RWPE όταν χτυπηθεί κάτω γονίδιο DSC3 χρήση δύο ειδικών ανεξάρτητες siRNAs και όχι ο έλεγχος που δεν αποτελούν στόχο siRNA. Το siRNA μεσολαβεί σίγηση του DSC3 δεν έδειξε καμία επίδραση στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων. Επιπλέον, νοκ ντάουν του DSC3 ενώ επάγουν την έκφραση της πρωτεΐνης βιμεντίνης, μείωσε τα επίπεδα της E-καδχερίνη, ίσως υποδηλώνει ένα EMT, όπως φαινότυπο όταν γονίδιο DSC3 ρυθμίζεται προς τα κάτω. Ενώ οι ρυθμιστικοί μηχανισμοί που ελέγχουν την έκφραση DSC3 δεν είναι πλήρως κατανοητοί, DSC3 είναι ένα γονίδιο απόκριση ΤΡ53 και προσθήκη αγρίου τύπου ΤΡ53 βρέθηκε να είναι επαρκής για να επάγει την έκφραση του DSC3 στον καρκίνο του μαστού [15], [25]. Ως εκ τούτου, η απώλεια της λειτουργίας ΤΡ53 μέσω σωματικής μεταλλάξεως, η οποία συχνά παρατηρείται σε προχωρημένο καρκίνο του προστάτη, μπορεί να οδηγήσει σε υπερμεθυλίωση των γονιδίων στόχων του. Μια παρόμοια σχέση παρατηρήθηκε με έκφραση ERG και την κατάσταση μεθυλίωσης του γονιδίου στόχου του δηλαδή TDRD1 στον καρκίνο του προστάτη [26], [27]. Ωστόσο, οι περισσότερες μελέτες που απαιτούνται για να διερευνήσει τους μηχανισμούς που ρυθμίζουν DSC3 στον καρκίνο του προστάτη.

Για να διευκρινιστεί η έκφραση του DSC3 στον καρκίνο του προστάτη ομάδα ιστών από ένα κινέζικο πληθυσμό, πραγματοποιήσαμε Q-PCR σε ιστούς του προστάτη. έκφραση DSC3 ήταν σημαντικά και έντονα μειωμένη σε καρκίνο του προστάτη σε σύγκριση με καλοήθη ιστούς. Δεδομένης αδρανοποίηση του σε κυτταρικές σειρές και ιστούς PCa, θέλουμε να εκτιμήσει αν η έκφραση DSC3 σχετίζεται με κακή κλινική έκβαση. Στην ανάλυσή μας παρατηρήσαμε μια συσχέτιση μεταξύ μειορύθμιση DSC3 και σημαντικά υψηλότερο κίνδυνο βιοχημικής υποτροπής. Η ανώμαλη μεθυλίωση του DNA του γονιδίου υποκινητών είναι χαρακτηριστική των καρκινικών κυττάρων, και αρκετά γονίδια επιγενετικώς μεταβάλλονται κατά του καρκίνου ειδικό τρόπο [28]. Σε ασθενείς με καρκίνο του προστάτη, οι συσχετίσεις μεταξύ συγκεκριμένων υπερμεθυλίωσης γονιδίου υποκινητή και το σκορ Gleason, παθολογικό στάδιο ή την υποτροπή του όγκου είναι γνωστό [29]. GSTP1 μεθυλίωση του γονιδίου υποκινητή είναι ευρέως χαρακτηρίζεται από διάφορες ανεξάρτητες ομάδες και βρίσκεται να είναι έχουν διαγνωστική αξία ως βιοδείκτη σε καρκίνο του προστάτη ιστό ή υγρό του σώματος του ασθενούς με τη βοήθεια σε μη επεμβατική ανίχνευση [30]. Η υπερμεθυλίωση DSC3 είχε προηγουμένως αναφερθεί ως ένας δείκτης για την πρόβλεψη της κλινικής έκβασης σε ορθοκολικό καρκίνο του πνεύμονα και [15], [24]. Έτσι, οι περισσότερες μελέτες σχετικά μεγάλες ομάδες καρκίνου του προστάτη ιστών, καθώς και τα υγρά του σώματος που απαιτούνται για να αξιολογηθεί περαιτέρω DSC3 ως βιοδείκτη μεθυλίωσης. Οι μελέτες αυτές θα καθορίσει πλήρως τη σχέση μεταξύ της μεθυλίωσης DSC3 υποκινητή και του καρκίνου του προστάτη κλινικά χαρακτηριστικά.

Συμπέρασμα

Εν ολίγοις, DSC3 ρυθμίζεται προς τα κάτω στον καρκίνο του προστάτη από το DNA υπερμεθυλίωση. Αυτή είναι η πρώτη μελέτη, για να αναφέρετε μια λεπτομερή ανάλυση των DSC3 mRNA έκφραση και γονιδιακή μεθυλίωση υποστηρικτής στον καρκίνο του προστάτη. Ανάλυση της έκφρασης του DSC3 μπορούσε να είναι χρήσιμη για την πρόβλεψη κλινικές εκβάσεις σε ασθενείς με καρκίνο του προστάτη. Μελλοντικές μελέτες είναι απαραίτητες για να επεκτείνουν αυτές τις παρατηρήσεις και να ερευνήσει συγκεκριμένα τη διαγνωστική /θεραπευτική δυνατότητα της DSC3 στον καρκίνο του προστάτη.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

Περίληψη Ακολουθίες των εκκινητών

doi:. 10.1371 /journal.pone.0092815.s001

(XLSX)

Πίνακας S2.

Περίληψη της Pyrosequencing τριών θέσεων CG σε κυτταρικές σειρές προστάτη

doi:. 10.1371 /journal.pone.0092815.s002

(XLSX)

Ευχαριστίες

Εμείς θα ήθελα να ευχαριστήσω τον Δρ Saravana Mohan Dhanasekaran (University of Michigan) για την παροχή των αρχείων MethylPlex NGS δεδομένα αλληλουχίας κουνάω και συζήτηση, Stephanie Huang για κριτική ανάγνωση, και το Έργο ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ.