Αφηρημένο

Είναι ευρέως αποδεκτό ότι οι περισσότεροι καρκίνοι του παχέος (CRCs) προκύπτουν από αδενώματα του παχέος εντέρου (ΟΑΠΙ), αλλά transcriptomic δεδομένα που χαρακτηρίζουν την εξέλιξη από ορθοκολικό φυσιολογικό βλεννογόνο με αδένωμα, και στη συνέχεια να αδενοκαρκίνωμα είναι λιγοστές. Αυτά τα βήματα μετάβασης διερευνήθηκαν χρησιμοποιώντας μικροσυστοιχίες, τόσο στο επίπεδο της γονιδιακής έκφρασης και εναλλακτικό μάτισμα προ-mRNA. Πολλά γονίδια και εξόνια αφύσικα εκφράζονται σε ΟΑΠΙ, ακόμη περισσότερο από ό, τι CRCs, σε σύγκριση με την κανονική βλεννογόνου. Γνωστών βιολογικών οδών που εμπλέκονται στην CRC μεταβλήθηκαν σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας, αλλά και αρκετά νέα εμπλουτισμένη οδοί έχουν αναγνωριστεί επίσης, όπως οι συμπληρώματος και πήξης καταρράκτες. Εντοπίσαμε επίσης τέσσερις διατομεακές μεταγραφική υπογραφές που θα μπορούσαν να διακρίνουν ΟΑΠΙ από την κανονική βλεννογόνων ή CRCs, συμπεριλαμβανομένης της υπογραφής των 40 γονιδίων διαφορικά απορυθμισμένη και στα δύο δείγματα CRA και CRC. Η πλειοψηφία αυτών των γονιδίων είχαν περιγραφεί σε διάφορες μορφές καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του

FBLN1

ή

INHBA

, αλλά μόνο λίγα στη CRC. Αρκετές από αυτές τις αλλαγές παρατηρήθηκαν επίσης στο πρωτεϊνικό επίπεδο. Επιπλέον, το 20% αυτών των γονιδίων (

δηλαδή CFH

,

CRYAB

,

DPT

,

FBLN1

,

ITIH5

,

NR3C2

,

SLIT3

και

TIMP1

) έδειξε αλλαγμένη προ-mRNA ματίσματος σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας. Ως μια παγκόσμια διακύμανση συμβαίνουν από το στάδιο του CRA, και διατηρείται σε CRC, η έκφραση και μάτισμα αλλαγές αυτού του συνόλου 40-γονιδίου μπορεί να σηματοδοτήσει τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου από την ανάλυση των ΟΑΠΙ βιοψιών

Παράθεση:. Pesson Μ, βολάν Α, Uguen Α, Trillet Κ, De La Grange P, Aubry M, et al. (2014) Μια γονιδιακή έκφραση και προ-mRNA Συγκόλληση Υπογραφή που σηματοδοτεί το αδένωμα-αδενοκαρκίνωμα Πρόοδος στον Καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 9 (2): e87761. doi: 10.1371 /journal.pone.0087761

Συντάκτης: Amanda Ewart Toland, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Οχάιο Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 24η Σεπτεμβρίου, 2013? Αποδεκτές: 30 Δεκέμβρη του 2013? Δημοσιεύθηκε: 6, Φλεβάρη του 2014

Copyright: © 2014 Pesson et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Χρηματοδοτείται από INSERM, Πανεπιστήμιο Μπρεστ, Brest Πανεπιστήμιο νοσοκομείο Cancéropole Grand Ouest, Ligue contre le Cancer, OSEO – BioIntelligence Πρόγραμμα, ARC, και την περιοχή της Βρετάνης. Βουλευτής ήταν ο αποδέκτης μιας υποτροφίας από την περιοχή της Βρετάνης. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ο ορθοκολικός καρκίνος (CRC) είναι μία από τις πιο διαδεδομένες καρκίνους στις αναπτυγμένες χώρες, και είναι μια σημαντική κύρια αιτία θνησιμότητας σχετίζονται με τον καρκίνο σε όλο τον κόσμο. Ο πιο κοινός τύπος του CRC είναι αδενοκαρκίνωμα (& gt? 95%), η οποία είναι μια επεμβατική νεόπλασμα της αδενικό επιθήλιο του παχέος εντέρου ή του ορθού. Είναι αποδεκτό ότι τα αδενοκαρκινώματα μπορεί πιθανόν να προκύψουν από αδενώματα του παχέος εντέρου (ΟΑΠΙ), όπως προκύπτει από συγκεκριμένα φαινοτυπικά χαρακτηριστικά, όπως το μέγεθος και ιστολογία.

παχέος βλάβες κατατάσσονται σε ενδοσκόπηση ως μη polypoid (επίπεδη) και πολυποδοειδών, τα οποία διαχωρίζονται σε σωληνοειδή, tubulovillous ή λαχνών, με διαφορετικούς βαθμούς δυσπλασίας. ΟΑΠΙ συχνά αναφέρονται ως αδενωματώδεις πολύποδες που αντιπροσωπεύουν τις βλάβες σχετίζονται συχνότερα με νεοπλασματικές έκβαση, και δείχθηκε ότι η απομάκρυνση τους συνδέθηκε με μια μείωση στη συχνότητα εμφάνισης CRC [1]. Ενώ σωληνωτού αδενώματα είναι η πιο κοινή, λάχνης αδενώματα είναι οι λιγότερο συχνές, αλλά μπορεί να μετατρέψει σε καρκίνο με υψηλή συχνότητα [2]. Επιπλέον, οι ασθενείς με προηγούμενο πολλαπλές πολύποδες είχαν αδενώματα με προηγμένα παθολογικά χαρακτηριστικά [3].

Αρκετές μεταλλάξεις οδηγού εντοπίστηκαν κατά τη διάρκεια της εξέλιξης από την CRA να CRC [4], μαζί με άλλα μοριακά γεγονότα, όπως microRNA διαφοροποίηση [5] ή προ-mRNA splicing μεταβολές [6]. Επιπλέον, πολλά προφίλ γονιδιακής έκφρασης έχουν αναφερθεί σε CRC [7], [8]. Ορισμένες μελέτες που ρωτήθηκαν επίσης γονιδιακής έκφρασης σε CRA, και ανέλυσε την καταγωγή με CRC [9], [10], [11], [12], [13], [14]. Παρ ‘όλα αυτά, οι περισσότερες αναλύσεις διεξήχθησαν από έναν περιορισμένο αριθμό δειγμάτων CRA. Επιπλέον, μόνο λίγες μελέτες έχουν εξετάσει το γονιδίωμα-ευρεία εναλλακτική προ-mRNA προφίλ μάτισμα των δειγμάτων ΟΑΠΙ [15] και η σύνδεσή τους με το CRC, παρόλο που εναλλακτικό μάτισμα συμβαίνει για έναν κατ ‘εκτίμηση το 90% των γονιδίων στο ανθρώπινο γονιδίωμα [16] .Η σκοπός αυτής της μελέτης ήταν η ανάλυση, με μικροσυστοιχίες, γονιδιακή έκφραση και εναλλακτικό μάτισμα σε ΟΑΠΙ, σε σύγκριση με την κανονική βλεννογόνων, αλλά και με CRCs. Αναφέρουμε εδώ μια ολοκληρωμένη εικόνα των μεταβολών που σημειώθηκαν κατά ΟΑΠΙ, μερικά από τα οποία ήταν ειδικά για τους ΟΑΠΙ, ενώ άλλοι μοιράστηκαν σε CRCs. Είναι σημαντικό, εντοπίσαμε ένα σύνολο 40 γονιδίων (32 κατάντη και 8 up-ρυθμιζόμενα γονίδια), από διατομεακές ανάλυση των side-by-side συγκρίσεις, θεωρώντας κανονική βλεννογόνων, ΟΑΠΙ και CRCs, που θα μπορούσε να σηματοδοτήσει τις κύριες ρυθμιστικές εξελίξεις που χαρακτηρίζουν το σταδιακή εξέλιξη σε καρκίνο του παχέος εντέρου.

Υλικά και Μέθοδοι

Επεξεργασία δείγματα ιστών

Ένα γραπτό έντυπο συγκατάθεσης εκπονήθηκε από κοινού με την Επιτροπή Ηθικής του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Μπρεστ (με επικεφαλής τον Πρ . JM Boles). Οι ασθενείς που υπέγραψε το έντυπο, το οποίο επέστρεψε στο τμήμα Ανατομίας και Παθολογίας του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Μπρεστ. Ως εκ τούτου, η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Μπρεστ. δείγματα του παχέος εντέρου ή του ορθού βιοψία ελήφθησαν μετά από χειρουργική αφαίρεση. Τα δείγματα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία ανώνυμα. Τα θραύσματα του ιστού που προέρχεται από βιοψίες αποθηκεύονται σε RNAlater (Ambion, Γαλλία): 55 ΟΑΠΙ, 25 CRCs και 27 του παχέος κανονική βλεννογόνων (NOR? Συνδυασμό με ΟΑΠΙ ή CRCs) συλλέχθηκαν μεταξύ 2006 και 2012, το μεγαλύτερο μέρος από το 2009. Από το CRA ή CRC βιοψίες, ένα θραύσμα επιφάνεια συλλέχθηκε από την περιοχή του όγκου, η οποία περιλαμβάνει κατά μέσο όρο καρκινικά κύτταρα το 90%, 5% λεμφοκύτταρα και 5% των κυττάρων του στρώματος. Τα ποσοστά αυτά ήταν πολύ ομοιογενείς μεταξύ ανεξάρτητων δειγμάτων. Τρεις υποομάδες (Α1, Α2 και Α3) των οργανισμών αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας θα μπορούσαν να διακριθούν σύμφωνα με ιστολογικές εξετάσεις. Λεπτομερείς πληροφορίες για τον ασθενή παρουσιάζονται στον Πίνακα 1 και Πίνακα S1. DNA και ολικό RNA εκχυλίστηκαν με την AllPrep DNA /RNA Mini κιτ (Qiagen, Courtaboeuf, Γαλλία) από δείγματα ομογενοποιημένου ιστού (20 mg), σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. καθαρότητα και την ακεραιότητα του RNA προσδιορίστηκαν με μέτρηση της αναλογίας οπτικής πυκνότητας (Α260 /Α280) και τον αριθμό ακεραιότητα RNA (RIN) ελήφθη με τη χρήση του RNA 6000 Νανο LabChip (Agilent, Massy, ​​Γαλλία) και το 2100 Bioanalyzer (Agilent). Μόνο RNA δείγματα με αναλογία 28S /18S & gt? 1.0 και RIN ≥7.0 χρησιμοποιήθηκαν για μικροσυστοιχιών αναλύσεις

Η

Ολόκληρο-Γονιδιώματος μικροσυστοιχιών

Η ανάλυση των δειγμάτων 55 RNA που προέρχεται από ορθοκολικό. ιστού, που αποτελείται από τρεις ομάδες δειγμάτων (NOR, CRA και CRC) με διαφορετικό αριθμό των βιολογικών επαναλήψεις, διεξήχθη σε 44K Σύνολο μικροσυστοιχίες ανθρώπινου Γονιδιώματος (Agilent) που περιέχουν 41.093 ανιχνευτές, παρέχοντας πλήρη κάλυψη των ανθρώπινων μεταγραφές. Δίκλωνο cDNA συντέθηκε από 500 ng ολικού RNA χρησιμοποιώντας το κιτ σήμανσης Quick Amp, ένα χρώμα, σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Agilent). Σήμανση με cyanine3-CTP, ο κατακερματισμός του cRNA, υβριδοποίησης και πλύσης εκτελέσθηκαν σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Agilent). Οι μικροσυστοιχίες σαρώθηκαν και τα δεδομένα εξήχθησαν με το Λογισμικό Feature Extraction Agilent.

Γονιδιακής Έκφρασης Ανάλυση

δεδομένα έκφρασης γονιδίων Πρώτες εισήχθησαν στο πρόγραμμα GeneSpring GX 11.0.2 λογισμικού (Agilent). Side-by-side συγκρίσεις πραγματοποιήθηκαν για αλλαγές της γονιδιακής έκφρασης: CRC

vs

ζεύγη NOR, CRA

vs

NOR, και CRC

vs

ΟΑΠΙ…. Γονίδια με ελλιπείς τιμές σε περισσότερο από το 25% των δειγμάτων εξαιρέθηκαν από την ανάλυση. Αυτά τα στοιχεία έχουν κατατεθεί στη γονιδιακή έκφραση Omnibus NCBI και είναι προσβάσιμες μέσω των αριθμών πρόσβασης GEO Σειρά GSE50114, GSE50115 και GSE50117. Μια 2-πλάσια αποκοπής διαφορά εφαρμόστηκε για να επιλέξετε το πάνω και κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια (P-value ≤0.01 από

t-test

με Benjamini-Hochberg ποσοστό ψευδώς ανακάλυψη, FDR). Ιεραρχική ομαδοποίηση των δεδομένων έκφρασης πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας Ευκλείδεια απόσταση με μέσο σύνδεσης.

Γονιδιακή Ρύθμιση Ανάλυση Εμπλουτισμός

Το διαθέσιμες στο κοινό λογισμικό, Βάση δεδομένων για το σχολιασμό, την απεικόνιση και την Ολοκληρωμένη Discovery [17], χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση της σειράς γονιδίου εμπλουτισμό σε ορθοκολικό αλλοιώσεις. Μια 2-πλάσια διαφορά cut-off εφαρμόστηκε για να επιλέξετε τη λίστα των απελευθερωμένης γονιδίων (P-value ≤0.01 από

t-test

με FDR). Μόνο τα μονοπάτια από την Εγκυκλοπαίδεια του Κιότο γονιδίων και γονιδιωμάτων (KEGG) θα περιγράφεται [18].

εναλλακτικό μάτισμα Ανάλυση

Μια συγκεντρωτική RNA, εις διπλούν, από 3 παχέος κανονική βλεννογόνων και 24 δείγματα CRA RNA αναλύθηκαν για τα Ανθρώπινα εξόνιο 1,0 συστοιχίες ST (Affymetrix, Παρίσι, Γαλλία), η οποία επέτρεψε την ανάλυση τόσο της γονιδιακής έκφρασης και εναλλακτικό μάτισμα. υβριδοποίηση μικροσυστοιχιών εκτελέστηκε στις εγκαταστάσεις Institute Curie (Παρίσι, Γαλλία). Τα ακατέργαστα δεδομένα αναλύθηκαν με τεχνολογία GenoSplice. Αυτά τα δεδομένα είναι προσβάσιμα μέσω του αριθμού ένταξη GEO Σειρά GSE50592. Μια 1,5-φορές αποκοπής διαφορά εφαρμόστηκε για να επιλέξετε το πάνω και κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια και εξώνια (P-value ≤0.05).

Real-Time Επικύρωση Polymerase Chain Reaction

Όπως ένα βήμα επικύρωση των αποτελεσμάτων μικροσυστοιχίας, ποσοτική RT-PCR πραγματοποιήθηκε σε τρεις ομάδες (NOR, CRA και CRC) τουλάχιστον 8 δείγματα, συμπεριλαμβανομένων ορισμένων από τα δείγματα υβριδοποιούνται στις μικροσυστοιχίες, ή σε ένα ανεξάρτητο σύνολο 14 ΟΑΠΙ και 8 ζεύγη όγκου -τις κανονικές δείγματα CRC. Ολικό RNA (200 ng) χρησιμοποιήθηκε για τη σύνθεση του πρώτου κλώνου cDNA με το υψηλής χωρητικότητας σετ cDNA αντίστροφη μεταγραφή (Applied Biosystems). Ποσοτική RT-PCR πραγματοποιήθηκε με τη χρήση του ρεύματος SYBR Green PCR Master Mix (Applied Biosystems) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή με ένα σύστημα PCR σε πραγματικό χρόνο ΑΒΙ 7000 ή 7300 (Applied Biosystems). Όλοι οι προσδιορισμοί διεξήχθησαν εις διπλούν και κανονικοποιήθηκε έναντι

βήτα

-2-μικροσφαιρίνης ως ένα γονίδιο εσωτερικού ελέγχου. Τα αποτελέσματα εκφράστηκαν ως η σχετική έκφραση του γονιδίου χρησιμοποιώντας τη μέθοδο ΔΔCt [19]. Όλα τα δοκιμάστηκαν γονίδια επιλέχθηκαν με βάση τις αναλύσεις η μικροσυστοιχία, προκειμένου να επικυρωθεί η βιολογική εμπλουτισμό μονοπάτι και ένα γονίδιο υπογραφή σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας και CRCs. Οι αλληλουχίες εκκινητή και συνθήκες αντίδρασης θα πρέπει να παρέχονται κατόπιν αιτήσεως. Επιπλέον, μια σειρά ρύθμισης PCR (Qiagen) χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση, με NOR και δείγματα CRC, η έκφραση των γονιδίων με εκκινητές παρόντες μεταξύ των πλάκες με πολλές εκβαθύνσεις συστοιχία PCR (απόπτωση, Cancer Pathway Finder, Drug Metabolism, λιποπρωτεΐνη Σηματοδοσίας και χοληστερόλη Metabolism,

Wnt

μονοπάτι σηματοδότησης).

Αποτελέσματα

Σύγκριση ορθοκολικού αδενώματος Μορφολογικά υποομάδες

Αρκετές μεταλλάξεων ορόσημα έχουν περιγραφεί στην εξέλιξη σε καρκίνο του παχέος εντέρου, όπως όπως

KRAS

,

BRAF

και

PI3K

μεταλλάξεις [4], [20], και αναλύθηκαν σε δείγματα μας (Υποστήριξη πληροφοριών). Επιπλέον, η κατάσταση αστάθειας του μικροδορυφορικού DNA (Υποστήριξη Πληροφοριών) προσδιορίστηκε σε 12 δείγματα ΟΑΠΙ, αλλά όλα ήταν αρνητικά. Η ταξινόμηση της Βιέννης επιτρέπεται να αδενώματα ομάδα σε δύο κατηγορίες: μια μικρή ομάδα χαμηλότερης ποιότητας (3) με 11 (22%) δείγματα και μια μεγάλη ομάδα των 40 (78%) δείγματα του υψηλότερου βαθμού (& gt? 3) (Πίνακας S1) . Η ταξινόμηση αυτή δεν ταιριάζει με τις σωληνοειδή /λαχνών /tubulovillous τύπους βλάβης, δεδομένου ότι οι ΟΑΠΙ με τόσο χαμηλής ποιότητας και υψηλού βαθμού δυσπλασία ήταν ομοιόμορφα κατανεμημένα στα tubullovillous και σωληνοειδή ομάδες (μόνο ένας ΟΑΠΙ ήταν από το λαχνών τύπου). Αυτός ο διαχωρισμός σε σωληνοειδή, λαχνών ή tubulovillous επομένως δεν εγκρίθηκε. Αποφασίσαμε να βασίζονται σε μια ακριβή ανάλυση της μορφολογίας και εφαρμόζεται μια ανατομική ομαδοποίηση, η οποία οδήγησε στη διάκριση των τριών μορφολογικών υποομάδες: αδενώματα με τους τομείς της μικρο-επεμβατική αδενοκαρκινώματα (Α1? 10 δείγματα), εκφυλίστηκε αδενώματα,

δηλαδή

. αδενώματα με περιοχές

in situ

(ενδο-βλεννογόνο) αδενοκαρκινώματα (Α2? 17 δείγματα), και αδενώματα με περιοχές δυσπλασία (Α3? 24 δείγματα). Προκειμένου να προσδιοριστεί εάν ΟΑΠΙ θα μπορούσαν επίσης να διακριθούν από το μοριακό μέσα, μια μονόδρομη ANOVA εκτελέστηκε για σύγκριση CRA υποομάδες να CRC και NOR ομάδες, με «τύπου ιστού» ως παράγοντα ANOVA (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Η ανάλυση αποκάλυψε ότι οι ΟΑΠΙ υποομάδες ήταν πολύ κοντά μεταξύ τους. Δεν υπήρχε διαφορά μεταξύ των υποομάδων Α2 και Α3, και ο μέγιστος αριθμός των απελευθερωμένης ανιχνευτές βρέθηκε για την υποομάδα Α1

vs

. υποομάδα Α2 σύγκριση (49 ανιχνευτές, που αντιστοιχεί σε 0,12% του συνολικού αριθμού των ανιχνευτών, P-value ≤0.01). Επιπλέον, ενώ οι συγκρίσεις μεταξύ των υποομάδων των ΟΑΠΙ και την κανονική βλεννογόνων έδειξαν το μεγαλύτερο αριθμό διακριτικό ανιχνευτές (έως 4.382 ανιχνευτές σε υποομάδα Α2

vs

. NOR), οι συγκρίσεις μεταξύ των υποομάδων των ΟΑΠΙ και CRCs έδειξαν το μικρότερο (μέχρι 1.424 ανιχνευτές σε CRC

vs

. υποομάδα Α2). ΟΑΠΙ στο σύνολό της ήταν έτσι περισσότερο διακριτές από τις συνήθεις βλεννογόνων παρά από CRCs. Οι τρεις CRA υποομάδες συγκρίθηκαν επίσης μεταξύ τους, και δεν παρατηρήθηκε διαφορά σε side-by-side συγκρίσεις (Ρ-τιμή ≤0.01 από

t-τεστ

με FDR). Κατά συνέπεια, οι ΟΑΠΙ θεωρήθηκαν συλλογικά ως ενιαία ομάδα για περαιτέρω side-by-side συγκρίσεις με Μαθητή

t-test

.

Gene Expression προφίλ σε παχέος βλάβες σε σύγκριση με την κανονική βλεννογόνων

για να προσδιοριστούν τα γονίδια που θα μπορούσαν να συμμετάσχουν στην εξέλιξη από το φυσιολογικό βλεννογόνο με ΟΑΠΙ, πραγματοποιήσαμε μια ΟΑΠΙ

vs

. NOR σύγκρισης, και διαπίστωσε ότι 2.393 ανιχνευτές απελευθερωθεί σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας (≥2.0 φορές αλλαγή (FC), P-τιμή ≤0.01 από

t-test

με FDR), που αντιστοιχεί στο 32% πάνω και 68 % κάτω κανονισμούς. Το CRC

vs

. ΟΥΤΕ σύγκριση έδειξε ότι 1.805 ανιχνευτές απελευθερωθεί στο CRCs (≥2.0 FC, P-value ≤0.01 από ζεύγη

t-test

με FDR), που αντιστοιχεί στο 46% πάνω και 54% κάτω κανονισμούς. Οι χάρτες θερμότητας της απελευθερωμένης ανιχνευτές με πολλαπλή μεταβολή ≥3.0 και P-τιμή ≤0.001 φαίνονται στα Σχήματα 1Α (CRA

vs

. NOR) και 1Β (CRC

vs

. NOR), και το σχήμα S1 (CRA

vs

. NOR, πλήρη εικόνα). Πλήρεις κατάλογοι των διαφορικά εκφρασμένων ανιχνευτές σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

. NOR και CRC

vs

. NOR παρουσιάζονται στους Πίνακες S2 και S3, αντίστοιχα. Μια σειρά από γεγονότα απορρύθμισης στην CRA

vs

. NOR αναλύθηκε με ποσοτική RT-PCR, και ο ρυθμός επικύρωση των αποτελεσμάτων μικροσυστοιχίας Agilent ήταν 78% (50 από 64 μεταγραφές? Πίνακας S4). Επιπλέον, τα πειράματα σειρά Qiagen PCR πραγματοποιήθηκαν σε ανεξάρτητο σύνολο 96 CRC και 20 NOR δείγματα (από την τράπεζα όγκων Μπρεστ). Μεταξύ των απορυθμισμένη ανιχνευτές σε CRC

vs

. Ούτε σε μικροσυστοιχίες, 41 ζεύγη εκκινητών που αντιστοιχούν στα ίδια γονίδια που υπήρχαν στα συστοιχίες PCR. Είκοσι οκτώ επίσης απελευθερωθεί σε συστοιχίες PCR (≥2.0 FC, P-value ≤0.01), που αντιστοιχεί στο 68% σταυρό επικύρωσης (Πίνακας S5).

Η θερμότητα χάρτη των δεδομένων έκφρασης κατασκευάστηκε χρησιμοποιώντας Ευκλείδεια απόσταση με μέσο σύνδεσης. Η θερμότητα χάρτη της απελευθερωμένης ανιχνευτές με πολλαπλή μεταβολή ≥3.0 και P-τιμή ≤0.001 παρουσιάζεται για ΟΑΠΙ

vs

. NOR (Α? Πλήρης χάρτης θερμότητας στο σχήμα S1), για CRC

vs

. NOR (Β), και CRC

vs

. CRA (C).

Η

Ο οργανισμός αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

. ΟΥΤΕ σύγκριση έδειξε περισσότερες διαφορές από την CRC

vs

. NOR σύγκρισης, και υπήρχαν περισσότερες κάτω-κανονισμούς (68% το CRA

vs

. 54% σε CRC) από up-κανονισμούς (32% το CRA

vs

. 46% το CRC) . Μια διατομεακές ανάλυση του επιπέδου αλλοιώσεις ανιχνευτή πραγματοποιήθηκε (Σχήμα 2Α), που δείχνει μια υπογραφή 954 ανιχνευτές απορυθμισμένη και στα δύο δείγματα CRA και CRC, σε σύγκριση με την κανονική βλεννογόνου (Πίνακας S6 και το Σχήμα S2), που αντιστοιχεί στο 40% και 53% απορρυθμισμένη ανιχνευτές σε CRA και CRC, αντίστοιχα. Όλα τα κοινώς απορυθμισμένη ανιχνευτές ακολούθησε τον ίδιο τύπο παραλλαγή και στις δύο συγκρίσεις,

δηλ.

Ήταν πάνω ή προς τα κάτω-ρυθμίζονται ομοίως.

Μια διατομεακές ανάλυση του επιπέδου αλλοιώσεις ανιχνευτή εκτελέστηκε. Οι τιμές αποκοπής ήταν P-value ≤0.01 και διπλώστε αλλαγή ≥2. Ο οργανισμός αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

. ΟΥΤΕ σύγκριση έδειξε το μεγαλύτερο αριθμό των αλλαγών επίπεδο ανιχνευτή (2393 απελευθερωθεί ανιχνευτές), ενώ το CRC

vs

. CRA σύγκριση έδειξε τα χαμηλότερα (669 απορυθμισμένη ανιχνευτές). Οι ανιχνευτές που έδειξαν μεταβολές σε δύο ή και στις τρεις συγκρίσεις ήταν ενδιαφέρον. (Α) Υπογραφή των 954 ανιχνευτών έκφραση και στους δυο οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας και CRC βλάβες σε σύγκριση με NOR. (Β) Υπογραφή των 172 ανιχνευτών απελευθερωμένης στο CRC σε σύγκριση με τα δύο οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας και NOR. (Γ) Υπογραφή των 265 ανιχνευτών απελευθερωμένης στο CRC σε σύγκριση με CRA, που τα επίπεδα ήταν ήδη ανώμαλα στο CRA, σε σύγκριση με NOR. (Δ) Υπογραφή του 44 ανιχνευτές που δείχνουν μεταβολές στις τρεις συγκρίσεις (CRA

vs

. NOR, CRC

vs

. CRA και CRC

vs

. NOR). Συντομογραφίες: NOR: παχέος φυσιολογικό βλεννογόνο? CRA: ορθοκολικού αδενώματος? CRC:. Ορθοκολικού καρκίνου

Η

Διαδρομή Εμπλουτισμός σε παχέος βλάβες σε σύγκριση με την κανονική βλεννογόνων

Η ανάλυση μονοπατιού KEGG έδειξε 25 ομάδες γονιδίων διάκριση ΟΑΠΙ από NOR, και 20 διακρίνει CRC από NOR ( P-τιμή ≤0.05? Πίνακας 2), θεωρώντας απελευθερωθεί ανιχνευτές με 2-φορές αποκοπής (P-value ≤0.01 από

t-test

με FDR). Οι συμπληρώματος και πήξης καταρράκτες, αλληλεπίδραση υποδοχέα κυτοκίνης-κυτταροκινών και χημειοκινών σηματοδότηση μονοπατιών ήταν μεταξύ των κορυφαίων εμπλουτισμένου οδών σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

. NOR, ενώ κυτταρικού κύκλου και την αντιγραφή του DNA ήταν οδούς που πλήττονται περισσότερο στο CRC

vs

. NOR, σύμφωνα με την P-τιμή. Επτά οδοί εμπλουτισμένο σε δύο οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

. NOR και CRC

vs

. NOR συγκρίσεις, μεταξύ των οποίων το μονοπάτι σηματοδότησης ρ53 ήταν μέρος του ήδη περιγραφεί εμπλουτισμένου περιόδων CRA [14]. μεταβολισμό του αζώτου ήταν επίσης συχνά εμπλουτίζεται οδός μεταξύ των δύο αναλύσεων, και περιλάμβανε τις ανθρακικές ανυδράσες (

CA1

και

CA4

) που αποτελούσαν μέρος των πιο κάτω ρυθμίζεται ανιχνευτές σε ΟΑΠΙ και CRC.

Αν μια 1.1-φορές αποκοπής διαφορά αντί για 2,0 εφαρμόστηκε για να επιλέξετε απορυθμισμένη ανιχνευτές (P-value ≤0.01),

δηλαδή

. αν όλες οι απελευθερωμένες ανιχνευτές θεωρήθηκαν (5 733 ανιχνευτές), 18 γονίδιο ρυθμίζει αντί για 25 μεταβλήθηκε σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

. ΟΥΤΕ σύμφωνα με KEGG (P-value ≤0.05? Πίνακας S7). Μόνο η οδός του συμπληρώματος και της πήξης καταρράκτες ήταν κοινή μεταξύ των δύο καταλόγων γονίδιο 18 και 25. Ως εκ τούτου, 17 νέες οδοί εμπλουτισμένο σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας, όπως η αντιγραφή του DNA, του κυτταρικού κύκλου, σωμάτια συναρμογής ή αναντιστοιχία επισκευή.

Gene Expression προφίλ σε αδενοκαρκινώματα του παχέος εντέρου σε σύγκριση με αδενώματα του παχέος εντέρου

Μια ανάλυση των διαφορικά ανιχνευθεί ανιχνευτές μεταξύ CRC και CRA εντοπίστηκαν 669 απορυθμισμένη ανιχνευτές (≥2.0 FC, P-τιμή ≤0.01 από

t-test

με FDR), που αντιστοιχεί στο 55% πάνω και 45% κάτω κανονισμούς. Η θερμότητα χάρτη της απελευθερωμένης ανιχνευτές με πολλαπλή μεταβολή ≥3.0 και P-τιμή ≤0.001 φαίνεται στο Σχήμα 1Γ. Η πλήρης λίστα των διαφορικών σημάτων αισθητήρα στο CRC

vs

. CRA παρουσιάζεται στον Πίνακα S8. Το CRC

vs

. CRA σύγκριση έδειξε λιγότερες διαφορές επιπέδου καθετήρα με πολύ χαμηλότερο πτυσσόμενο αλλαγές από την CRC

vs

. NOR και CRA

vs

. ΟΥΤΕ συγκρίσεις. Η διατομεακές ανάλυση των σημάτων ανιχνευτή έδειξαν μια υπογραφή 172 ανιχνευτές απελευθερωμένης σε CRC σε σύγκριση με τα δείγματα τόσο CRA και NOR (Σχήμα 2Β, πίνακας S9 και το Σχήμα S3), που αντιστοιχεί στο 26% απορυθμισμένη ανιχνευτές σε CRC

vs

. CRA, και λιγότερο από το 10% απελευθερωμένης ανιχνευτές σε CRC

vs

. ΟΎΤΕ. Δεδομένου ότι αυτές οι τροποποιήσεις δεν ήταν παρόντες στην ΟΑΠΙ, θα μπορούσαν να είναι οι δείκτες της CRC επιθετικότητας.

Διαδρομή Εμπλουτισμός σε αδενοκαρκινώματα του παχέος εντέρου σε σύγκριση με αδενώματα του παχέος εντέρου

Η ανάλυση μονοπατιού KEGG αποκάλυψε πέντε σετ γονιδίων διάκριση CRC από CRA (P-value ≤0.05? Πίνακας 2), θεωρώντας απελευθερωθεί ανιχνευτές με 2-φορές αποκοπής (P-value ≤0.01 από

t-test

με FDR). Δύο εμπλουτισμένο οδοί ήταν ειδικά για την CRC

vs

. CRA σύγκριση: αργινίνη και προλίνη μεταβολισμό, και ΤΟΡ-

βήτα

οδό σηματοδότησης που έχει ήδη περιγραφεί ως ένα αλλαγμένο μονοπάτι μεταξύ CRA και CRC [9]. Επιπλέον, η CRA

vs

. NOR και CRC

vs

. CRA συγκρίσεις είχε τρεις συνήθως εμπλουτίζεται οδών, μεταξύ των οποίων εστιακή πρόσφυση και την αλληλεπίδραση ECM-υποδοχέα ήταν μέρος του ήδη αναφερθεί οδών εμπλουτισμένο στην καρκινογένεση του παχέος εντέρου [21]. Αυτά τα μονοπάτια θα μπορούσε να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη της CRC, επειδή εμπλουτίστηκαν από NOR να CRA, και στη συνέχεια από τους ΟΑΠΙ να CRC.

Ενδιάμεση Υπογραφή εξέλιξη από ορθοκολικού αδενώματος προς ορθοκολικό αδενοκαρκίνωμα

Τα στοιχεία για την εξέλιξη από NOR προς CRA, και στη συνέχεια να CRC, διερευνήθηκε με διατομεακές ανάλυση του επιπέδου ανιχνευτή αλλοιώσεις. Μια υπογραφή 265 ανιχνευτών, που αντιστοιχούν σε 215 γονίδια, ταυτοποιήθηκε (Σχήμα 2C, Πίνακας S10 και το Σχήμα S4), η οποία ήταν συμπτωματική σε καταλόγους των 2393 και 669 απορρυθμισμένη ανιχνευτές, που αντιστοιχεί στο CRA

vs

. NOR και CRC

vs

. CRA συγκρίσεις, αντίστοιχα. Περιελάμβανε απελευθερωμένη ανιχνευτές σε CRC

vs

. CRA, το οποίο ήταν ήδη διακριτές στο CRA

vs

. ΟΥΤΕ ανάλυση. Οι κατανομές των πάνω και κάτω-ρυθμίζονται γεγονότα στην CRC

vs

. CRA ήταν 69% και 31%, αντίστοιχα. Μια ανάλυση εμπλουτισμό της υπογραφής των 265 ανιχνευτών έγινε χρησιμοποιώντας μονοπάτια KEGG, και αποκάλυψε ότι 41 γονίδια ήταν μέρος των οκτώ εμπλουτισμένο σετ γονιδίων, συμπεριλαμβανομένης της εστίασης πρόσφυση, την αλληλεπίδραση ECM-υποδοχέα ή TGF-β

β

μονοπατιού σηματοδότησης (Πίνακας S11). Επιπλέον, ένα ενδιάμεσο υπογραφή γονιδιακή έκφραση του 44 ανιχνευτές (που αντιστοιχούν σε 40 γονίδια) ταυτοποιήθηκε υπογραφές (Εικόνα 2D και Πίνακας 3), η οποία ήταν συμπτωματική στις τρεις καταλόγους απελευθερωμένης ανιχνευτών, και στη συνέχεια, ήταν μέρος όλων των υπογραφών που περιγράφηκε προηγουμένως ( 954, 172 και 265 ανιχνευτές). Είναι αντιστοιχούσε σε 8 ανάντη και 32 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια και στα δύο δείγματα CRA και CRC, σε σύγκριση με την κανονική βλεννογόνου. Οκτώ ανιχνευτές έδειξαν αυξάνονται σταδιακά τα σήματα από NOR να CRA, και στη συνέχεια να CRC? 23 ανιχνευτές αποκάλυψε σταδιακά μειώθηκε σήματα. Επιπλέον, 13 ανιχνευτές λιγότερο καταστέλλεται στο CRC ό, τι σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας, σε σύγκριση με NOR.

Η

Η κατάταξη των αδενώματα του παχέος εντέρου σε σύγκριση με την κανονική βλεννογόνων και του παχέος εντέρου Τα αδενοκαρκινώματα

Η ταξινόμηση των παχέος ιστούς διεξήχθη χρησιμοποιώντας ιεραρχική συσταδοποίηση αλλοιώσεων σήμα του αισθητήρα που αντιστοιχούν στις τέσσερις υπογραφές που περιγράφηκαν προηγουμένως. Μόνο δύο ομάδες διακρίθηκαν εξετάζει την υπογραφή του 954 ανιχνευτές (Εικόνα S2): ένα αποτελούνταν από φυσιολογικό βλεννογόνων και το άλλο περιείχε ένα μείγμα από ορθοκολικό αλλοιώσεων. Αντιθέτως, η ομαδοποίηση εξετάζει την υπογραφή του 172 ανιχνευτές αφήνονται να διακρίνουν τα τρία είδη του παχέος ιστούς (Σχήμα S3): μία ομάδα αποτελούνταν μόνο από CRCs, και η άλλη ήταν χωρισμένη σε μια υποομάδα CRA και ένα NOR υποομάδα. Ομοίως, η ομαδοποίηση με την υπογραφή 265 ανιχνευτές επέτρεψε να διακρίνει τα τρία δείγματα τύπους (Εικόνα S4), αλλά μία ομάδα αποτελούνταν μόνο από ΟΑΠΙ, και η άλλη ομαδοποιούνται τα NOR και CRC δείγματα τα οποία κατανεμήθηκαν σε δύο διακριτές υποομάδες. Τέλος, η υπογραφή των 44 ανιχνευτές έδειξε ότι η πλειοψηφία των οργανισμών αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας σε σύμπλεγμα με CRCs, λίγα ΟΑΠΙ (που δείχνει το λιγότερο που πλήττονται ιστολογία) να ομαδοποιείται με NOR δείγματα (Σχήμα 3). Για την πλειοψηφία των δειγμάτων, δεν αυστηρή αντιστοιχία μεταξύ των ιστολογικών (μορφολογικά υποομάδες ή εντοπισμού) και μοριακά δεδομένα αναγνωρίστηκε σχετικά με την κατανομή των ΟΑΠΙ σε υποομάδες. Ομοίως, οι ιδιαιτερότητες της CRC ομαδοποίησης δεν εξηγείται από τον εντοπισμό του όγκου (Πίνακας S1). Μοριακά δεδομένα θα μπορούσε έτσι να δώσει συμπληρωματικές πληροφορίες για την ταξινόμηση των βλαβών του παχέος εντέρου.

Υποκαταστήματα αντιπροσωπεύουν μεμονωμένες παχέος δείγματα. Τα διαφορετικά χρώματα χρησιμοποιήθηκαν για τον προσδιορισμό των ομάδων του δείγματος: κόκκινο, ομάδα φυσιολογικών βλεννογόνων (Ν: φυσιολογικό)? πράσινο, ομάδα αδενωμάτων (Α: αδένωμα)? μπλε, ομάδα αδενοκαρκινώματα (C: καρκίνος). Το πρώτο δείγμα σχολιασμός αντιστοιχεί στην ομάδα δείγματος. Οι υποομάδες των αδενωμάτων που καθορίζονται: Α1, αδενώματα με τους τομείς της μικρο-επεμβατική αδενοκαρκινώματα? Α2, αδενώματα με τους τομείς της ενδο-βλεννογόνου αδενοκαρκινώματα? Α3, αδενώματα με τους τομείς της δυσπλασίας. Το δεύτερο δείγμα σχολιασμό αντιστοιχεί στον αριθμό του δείγματος.

Η

Exon-Level Ανάλυση σε αδενώματα του παχέος εντέρου

Ένας οργανισμός αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

. ΟΥΤΕ σύγκριση πραγματοποιήθηκε για τα Ανθρώπινα εξόνιο 1.0 συστοιχίες ST (Affymetrix), και έδειξε ότι 1.484 γονίδια απελευθερωθεί στο CRA (590 επάνω και 894 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια? ≥1.5 FC, P-value ≤0.05? Πίνακας S12). Μια αντίστοιχη χάρτης θερμότητας παρουσιάζεται στο Σχήμα S5. Μια σειρά από απελευθερωμένης μεταγραφές στο CRA

vs

. NOR αναλύθηκε με ποσοτική RT-PCR, και ο ρυθμός επικύρωση των αποτελεσμάτων μικροσυστοιχίας Affymetrix ήταν 83% (24 από 29 μεταγραφές, επίσης επικυρωμένες για την ανάλυση Agilent). Επιπλέον, η CRA

vs

. ΟΥΤΕ σύγκριση έδειξε εκτεταμένες αλλαγές στο εναλλακτικό μάτισμα προφίλ: 1852 εξώνια είχαν απελευθερωθεί στην CRA (862 επάνω και 990 κάτω-ρυθμίζονται εξώνια? ≥1.5 FC, P-value ≤0.05? Πίνακας S13). Μια δημόσια διαθέσιμα δεδομένα έκφρασης μικροσυστοιχιών ρυθμιστεί από 10 σε συνδυασμό με όγκο φυσιολογικά δείγματα CRC [6] είχε κατεβάσει από την ιστοσελίδα Affymetrix, προκειμένου να συγκρίνουν εναλλακτικό μάτισμα προφίλ στο CRA και CRC. Ο οργανισμός αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

. NOR και CRC

vs

. ΟΥΤΕ συγκρίσεις είχε 100 απορυθμισμένη εξώνια στο κοινό. Ενώ 47 ανάντη και 47 ρυθμισμένα προς τα κάτω συμβάντα ματίσματος ακολούθησε τον ίδιο τύπο παραλλαγή στις δύο συγκρίσεις, λίγοι κανονισμοί ήταν απέναντι σε CRA και CRC, αντιστοιχεί στο 6% των κοινών απελευθερωμένης εξόνια (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Βρήκαμε ότι 296 απορυθμισμένη (102 επάνω και 194 κάτω-ρυθμιζόμενες) ανιχνευτές σε CRA

vs

. NOR από την ανάλυση Agilent έδειξε απορυθμισμένη εξόνια στην ανάλυση Affymetrix (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Πολλά γονίδια που ήταν μέρος της αλλοιωμένη μονοπάτια είχαν απελευθερωθεί εξώνια. Μεταξύ των 40 γονιδίων της Agilent μεταγραφικό υπογραφή των 44 ανιχνευτές, 8 (

CFH

,

CRYAB

,

DPT

,

FBLN1

,

ITIH5

,

NR3C2

,

SLIT3

και

TIMP1

),

δηλαδή

. 20%, είχε απελευθερωθεί εξώνια (Πίνακας S14).

Συζήτηση

Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν να διερευνήσει, σε επίπεδο ολόκληρου μεταγραφικό, την έκταση των μεταβολών που συμβαίνουν στην ανθρώπινη αδενώματα του παχέος εντέρου σε σύγκριση με αδενοκαρκινώματα, λαμβάνοντας το φυσιολογικό επιθήλιο ως αναφορά. Πολλές αλλαγές ήταν εμφανείς σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

. NOR, ακόμη περισσότερο από ό, τι στο CRC

vs

. ΟΎΤΕ. Ως εκ τούτου, η CRA, ως ένα είδος διαμεσολαβητή βλάβη, που έχουν ήδη εκτεθεί έντονα σημάδια αλλαγών. Από τις μοριακές αλλαγές αποδεικνύεται ΟΑΠΙ, είναι σαφές ότι οι ΟΑΠΙ δεν είναι απλώς συσσώρευση αλλαγές που όλοι θα βρεθεί σε CRCs. Ενδεχομένως, η εξέλιξη να CRCs ακολουθεί μια πιο αυστηρά κλωνική επέκταση, η οποία μπορεί να οδηγήσει σε επιλογή για γονιδιακή αλλαγές σημαντικές για την κλωνική ανάπτυξη, ενώ την εξάλειψη λιγότερο σχετικές τροποποιήσεις. Σύμφωνα με αυτή την υπόθεση, οι ΟΑΠΙ μπορεί να έχουν διαφορετικά αποτελέσματα, κάποια εξέλιξη προς την κατεύθυνση του καρκίνου, ενώ άλλοι μπορεί να είναι επιρρεπείς σε εξαφάνιση. Έχουμε προσδιορίσει τέσσερις υπογραφές διακρίνουν τα είδη του παχέος ιστούς, και έδειξε ότι ένα σύνολο 40 γονιδίων θα μπορούσε να είναι ειδικού ενδιαφέροντος, σημειώνοντας τις μοριακές αλλαγές που διακρίνουν την κανονική βλεννογόνο από την CRA και CRC. Είναι σημαντικό, πολλές εναλλακτικές εκδηλώσεις μάτισμα προ-mRNA ήταν επίσης χαρακτηριστικό της CRA έως την πρόοδο της CRC.

Πολλά γονίδια που εμπλέκονται στην CRC έχουν απελευθερωθεί σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

. ΟΎΤΕ. Οι υψηλότερες αυξήσεις στα επίπεδα καθετήρα περιλαμβάνονται

KIA1199

που είχαν ήδη βρεθεί απελευθερωθεί στην ΟΑΠΙ [22], ή το μεταλλοπρωτεϊνάσης μήτρας

ΜΜΡ7

που υπερ-έκφραση είναι γνωστό ότι επηρεάζουν την πρόωρη παχέος καρκινογένεση [23 ]. Δεκαπέντε σύνολα γονιδίων, όπως αυτές που εμπλέκονται στην αλληλεπίδραση κυτοκίνης-κυτοκίνης υποδοχέα, χημειοκινών μονοπάτι σηματοδότησης, ή μόρια κυτταρικής προσκόλλησης, ήταν ειδικά για τους ΟΑΠΙ

vs

. ΟΎΤΕ. Σημαντικά, διάφορες νέες εμπλουτισμένο βιολογικές οδοί αναγνωρίσθηκαν, μεταξύ των οποίων η οδός του συμπληρώματος και της πήξης καταρράκτες ήταν η επηρεάζονται περισσότερο σημαντικά στην ανάλυση Agilent, και αναγνωρίστηκε επίσης ως μεταβάλλεται στην ανάλυση Affymetrix (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Αυτό συμφωνεί με μια πρόσφατη έκθεση που υποδηλώνει ότι τα συστατικά του καταρράκτη της πήξης θα μπορούσαν να επηρεάσουν την εξέλιξη του καρκίνου [24].

Μια σειρά από γονίδια εκφράζονται διαφορικά σε CRC

vs

. CRA. Τα περισσότερα από αυτά τα γονίδια δεν έχουν περιγραφεί σε προηγούμενες μελέτες μικροσυστοιχίας, αν και πολλές από τις αλλαγές που έχουν συμφωνηθεί με τις προηγούμενες εκθέσεις, συμπεριλαμβανομένων παραλλαγών στα επίπεδα έκφρασης του AMN, THBS2, SPP1 ή TIMP1 [25], [26], [27]. Επιπλέον, 58 ανιχνευτές (19 πάνω και 39 κάτω-ρυθμιζόμενες) από την CRC

vs

. CRA σύγκριση ήταν μεταξύ ενός καταλόγου 248 ανιχνευτές έχουν αναγνωρισθεί προηγουμένως [11], συμπεριλαμβανομένων και αυτών της

AURKA

, το οποίο κωδικοποιεί ένα κυτταρικό κύκλο ρυθμίζεται κινάσης εμπλέκονται σε CRC [28], και υπερ-εκφράζεται σε CRC, όπως σε σύγκριση με το CRA και NOR. Επιπλέον, μεταξύ των κορυφαίων απελευθερωθεί ανιχνευτές μας,

SPON2

,

RGS16

,

SFRP4

και

CTHRC1

έχουν ήδη βρεθεί από τα πιο up-ρυθμίζονται ανιχνευτές σε CRC σε σύγκριση με το CRA, και

FAM55D

,

ATOH8

,

RETNLB

,

ID4

,

UGT1A6

, και

VSIG2

, ένα από τα πιο κάτω ρυθμίζεται ανιχνευτές [11]. Έχει ήδη δείξει ότι ορισμένα από αυτά τα γονίδια έχουν απελευθερωθεί σε επιθηλιακά καρκίνους ή σχετίζονται με, όπως

SFRP4

,

SPON2

[29],

RGS16

[30], ή

UGT1A6

[31].

εντοπίζονται ειδικές μεταβολές της γονιδιακής έκφρασης σε οποιονδήποτε τύπο παχέος αλλοιώσεων, χάρη στην διατομεακές αναλύσεις (Σχήμα 2). Πρώτον, 1.218 (51%) απορυθμισμένη ανιχνευτές ήταν ειδικά για την NOR να CRA μετάβαση και, στη συνέχεια, θα μπορούσε να σηματοδοτήσει CRA χαμηλού κινδύνου, επειδή δεν υπήρχε σύνδεση με το CRC. Δεύτερον, 723 (40%) απορυθμισμένη διερευνητές ήταν ειδικοί για CRC

vs

. NOR, και στη συνέχεια θα μπορούσε να σηματοδοτήσει ειδικά CRC. Τέλος, 276 (41%) απορυθμισμένη διερευνητές ήταν ειδικοί για το CRA να μετάβαση CRC. Το τελευταίο σετ καθετήρας θα μπορούσε να είναι ενδιαφέρον να καθορίζονται συμβάντα ειδικό για τα τελικά στάδια της εξέλιξης του καρκίνου.

Η υπογραφή 954 ανιχνευτές αντιστοιχούσαν σε γονίδια που δείχνουν μεταβολές έκφραση στα δύο δείγματα CRA και CRC, σε σύγκριση με την κανονική βλεννογόνου. Δεδομένου ότι αυτές οι απορυθμισμένη ανιχνευτές σε CRC επίσης αφύσικα εκφράζονται σε CRA, ήταν πιθανό υποψήφιο δείκτες της εξέλιξης από CRA να CRC. Κατά συνέπεια, η ιεραρχική ομαδοποίηση δεν επιτρέπει τη διάκριση των ΟΑΠΙ από CRCs. Η υπογραφή των 172 ανιχνευτές, που αντιστοιχούν σε γονίδια απορυθμισμένη στο CRC σε σύγκριση με τα δύο οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας και NOR, θα μπορούσε να σηματοδοτήσει ειδικά CRC και, υποστηρίζουν αυτή την υπόθεση, την ιεραρχική ομαδοποίηση προσδιοριστεί η ταυτότητα του CRCs ως ενιαία ομάδα. Η υπογραφή των 265 ανιχνευτών που αντιστοιχούν σε γονίδια απορυθμισμένη στο CRC

vs

. CRA, που ήταν ήδη υπερβολικά εκφράζονται σε οργανισμούς αξιολόγησης πιστοληπτικής ικανότητας

vs

.