Αφηρημένο

Εισαγωγή

Μετάσταση πιστεύεται ότι είναι μια κλωνική περίπτωση όπου ένα μόνο κύτταρο ξεκινά την ανάπτυξη ενός νέου όγκου σε ένα μακρινό τόπο. Ωστόσο ο βαθμός στον οποίο πρωτογενών και μεταστατικών όγκων διαφέρουν σε μοριακό επίπεδο παραμένει ασαφής. Να αξιολογήσει περαιτέρω αυτές τις έννοιες, θα χρησιμοποιηθούν για την επόμενη αλληλουχίας γενιάς (NGS) για να αξιολογήσει τη μοριακή σύνθεση των ζεύγη δειγμάτων πρωτογενούς και μεταστατικού καρκίνου του παχέος εντέρου ιστού.

Μέθοδοι

468 παχέος δείγματα όγκων από μια μεγάλη εξατομικευμένη πρωτοβουλία ιατρική αξιολογήθηκαν από στοχευμένη γονιδιακή αλληλουχία των 1.321 μεμονωμένα γονίδια. Δεκαοκτώ ασθενείς που παράγονται γονιδιωματικής προφίλ για 17 ζεύγη πρωτογενούς: μεταστατικό (και 2 μεταστατικό: μεταστατικού). Δείγματα

Αποτελέσματα

Κατά μέσο όρο 33,3 μεταλλάξεις /όγκου ήταν σύμφωνη (κοινή) μεταξύ αντίστοιχα δείγματα, συμπεριλαμβανομένων κοινά γνωστό γονίδια (APC, KRAS, TP53). Κατά μέσο όρο 2,3 μεταλλάξεις /όγκου ήταν ασύμφωνα (επιμερισμένα) ανάμεσα σε συνδυασμό sites. Μεταλλαξιογόνος κατάσταση KRAS ήταν πάντα σύμφωνη. Το συνολικό ποσοστό συμφωνία για μεταλλάξεις ήταν 93,5%? Ωστόσο, σχεδόν όλοι (18/19 (94,7%)) ζευγαρωμένο όγκων έδειξαν τουλάχιστον μία μεταλλακτική ασυμφωνία. Μεταλλάξεις παρατηρήθηκαν σε:

TTN

, το μεγαλύτερο γονίδιο (5 ασύμφωνα ζεύγη),

ADAMTS20

,

APC

,

MACF1

,

RASA1

,

TP53

, και

WNT2

(2 ασύμφωνα ζεύγη),

SMAD2

,

Smad3

,

Smad4

,

FBXW7

, και 66 άλλοι (1 ασύμφωνα ζεύγος).

Συμπεράσματα

ότι οι πρωτογενείς και μεταστατικούς όγκους που εμφανίζονται μικρή διακύμανση συνολικά, συν-εξέλιξης που παράγεται αυξητική μεταλλάξεις και στα δύο. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι ενώ η βιοψία του μόνος του πρωτογενούς όγκου είναι πιθανόν επαρκής στην χημειοθεραπεία αφελή ασθενή, επιπλέον βιοψίες του πρωτογενούς ή μεταστατική νόσο μπορεί να είναι απαραίτητο να ακριβώς εξατομικευμένη θεραπεία μετά αντίσταση χημειοθεραπεία ή αναισθησία για να καταθέσουν επαρκώς για την εξέλιξη του όγκου.

Παράθεση: Kim R, Schell MJ, Teer JK, Greenawalt DM, Yang Μ, Yeatman TJ (2015) συνεξέλιξη των σωματικών Μεταβολή στην Πρωτοβάθμια και μεταστατικό καρκίνο του παχέος εντέρου μπορεί να επεκταθεί βιοψία Ενδείξεις στη Μοριακή Εποχή. PLoS ONE 10 (5): e0126670. doi: 10.1371 /journal.pone.0126670

Ακαδημαϊκό Επιμέλεια: Hiromu Suzuki, Σαπόρο Ιατρικό Πανεπιστήμιο, ΙΑΠΩΝΙΑ

Ελήφθη: 27 Οκτωβρίου 2014? Αποδεκτές: 6 Απρίλη, 2015? Δημοσιεύθηκε: May 14, 2015

Copyright: © 2015 Kim et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα οι withing την υποστήριξη αρχείων πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. Η μελέτη χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας (NIH) nih.gov U01CA157960 (TJY). Ο χρηματοδότης δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. Merck Co, Inc /AstraZeneca παρέχεται στήριξη με τη μορφή των μισθών για το συγγραφέα [DMG], αλλά δεν έχουν κανένα πρόσθετο ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. Οι συγκεκριμένοι ρόλοι του συγγραφέα αρθρωτά στο τμήμα «συγγραφέας εισφορές»

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. DMG εργαζόταν προηγουμένως από την Merck Co, Inc και σήμερα από την AstraZeneca. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) είναι η τρίτη πιο κοινή μορφή καρκίνου στους άνδρες και στις γυναίκες [1] . Περίπου το ένα τρίτο των ασθενών αυτών θα υποκύψει τελικά στην ασθένεια. Πολλοί ασθενείς θα παρουσιάσει με σύγχρονη μεταστατική νόσο ή τελικά αναπτύσσουν metachronous μεταστατική νόσο μετά την εκτομή του πρωτογενούς όγκου. Πρόσφατα, για την καλύτερη κατανόηση της ασθένειας, μια ανάλυση του γονιδιώματος κλίμακας διεξήχθη σε καρκίνο του παχέος εντέρου από το δίκτυο TCGA χρησιμοποιώντας όγκου και τα κανονικά δείγματα [2]. Στη μελέτη αυτή, όπως αναμένεται,

APC

,

TP53

,

KRAS

,

Smad4

,

BRAF

και

PIK3CA

μεταλλάξεις που βρίσκονται συνήθως. Εντοπίστηκαν επίσης πολλές επιπλέον, λιγότερο συχνά παρατηρούνται μεταλλάξεις. Επειδή αυτή η μελέτη περιορίστηκε σε μεγάλο βαθμό με την ανάλυση των πρωτογενών καρκίνων, περαιτέρω διορατικότητα μεταστατική νόσο ήταν δικαιολογημένη.

Αν και οι ακριβείς μηχανισμοί που διέπουν μετάσταση όγκου είναι ακόμη πλήρως κατανοητό, έχουν προκύψει πολλαπλούς δυναμικό εξηγήσεις. Μια ιδέα είναι ότι η μετάσταση είναι μια καθαρή κλωνική παράγωγο του πρωτεύοντος έτσι ώστε να είναι σχεδόν γενετικά πανομοιότυπα αλλά για μερικά νέα γονίδια οδηγού (Εικ 1Α) [3]. Μία επέκταση αυτής της ιδέας είναι ότι ένας όγκος μπορεί να υποστούν απλά ένα πλαστικό φυσιολογική μεταβολή στην έκφραση γονιδίου, ίσως άσχετη με μεταλλακτική αλλαγή, αλλά μάλλον σχετίζονται με τις περιβαλλοντικές ενδείξεις, με αποτέλεσμα την επιθηλιακή προς μεσεγχυματικά μετάβαση (ΕΜΤ) που επιτρέπουν τη μετάσταση [4]. Μια άλλη ιδέα είναι ότι η μεταστατική βλάβη είναι γενετικά διαφορετικό από τον πρωτογενή, που οφείλονται είτε σε αποβολή ενός εξαιρετικά αποκλίνουσες κυττάρων από ένα ετερογενές πρωτογενή, ή ακόμη και την προέλευση ενός ξεχωριστού κλώνου (Εικόνα 1Β) [5, 6]. Ένα τρίτο μοντέλο προτείνει πρωτογενείς όγκους είναι γενετικά όμοια με μεταστατικών βλαβών, αλλά δεν είναι ακριβώς το ίδιο. Για να μεταστάσεις, η πρωτοπαθής όγκος πρέπει να αντιμετωπίσετε επιπλέον κέρδος ή απώλεια της λειτουργίας μέσω της μετάλλαξης να επιτρέπει την εισβολή και την εξάπλωση της νόσου (Εικόνα 1C) [7-9]. Καθένα από αυτά τα τρία μοντέλα περιπλέκεται από την πιθανότητα της ετερογένειας του όγκου εντός του πρωτογενούς όγκου (Σχ 1D).

α. Πρωτοβάθμια και συναντήθηκε είναι γενετικά πανομοιότυπα, και μετάσταση συμβαίνει μέσω επιγενετικές ή ρυθμιστικές αλλαγές, όπως αυτές που συμβάλλουν στην EMT /ΚΟΑ φαινοτύπων. σι. Πρωτοβάθμια και συναντήθηκε είναι γενετικά διακριτά, προτείνοντας τα κύτταρα διαφοροποιήθηκαν γρήγορα μετά τη διάσπαση, ή ότι είναι ανεξάρτητα γεγονότα. ντο. Πρωτοβάθμια και συναντήθηκε όγκων μοιράζονται πολλές μεταλλάξεις, αλλά το καθένα έχει κάποια που είναι μοναδικά. ρε. Απεικονίσεις πιθανή σύνθεση των όγκων.

Η

Για να αποκτήσουν εικόνα για τις ενίοτε αντικρουόμενες βιολογικές εξηγήσεις για μεταστατική συμπεριφορά, και για να καθορίσει την καλύτερη ποια τοποθεσία όγκου θα πρέπει να υποβάλλονται σε βιοψία, αναλάβαμε μια μελέτη από ένα μοναδικό σύνολο των δειγμάτων όγκου . Σε αυτή τη μελέτη, πραγματοποιήθηκε στοχευμένη αλληλουχίας γονιδίων από τα ζεύγη όγκου 19 χρησιμοποιώντας μαζικά παράλληλη πλατφόρμα αλληλουχίας επόμενης γενιάς για ομάδες ζευγών πρωτογενών και μεταστατικών όγκων CRC.

Υλικά και Μέθοδοι

Συμπερίληψη κριτήρια

Αξιόπιστες παχέος δείγματα καρκίνου εντοπίστηκαν σε H. Lee Moffitt Κέντρο καρκίνου, ως μέρος ενός μεγάλου πληθυσμού με βάση τη μελέτη αποκτώντας σχεδόν 20.000 καταψύχθηκαν, χαρακτηρίζεται κλινικά δείγματα καρκίνου [10, 11]. Σύγχρονη και metachronous του παχέος εντέρου περιελήφθησαν όλα.

όγκου δείγματος /DNA εξόρυξη

Πρωτοβάθμια και μεταστατικό δείγματα από περισσότερους από 2.000 ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου ήταν διαθέσιμα για ανάλυση. Σε όλες τις περιπτώσεις, των ιστών και των κλινικών δεδομένων που συλλέχθηκαν σε ασθενείς κάτω των θεσμικών έγκριση του διοικητικού συμβουλίου της επανεξέτασης ως μέρος του προγράμματος Total Care Καρκίνο (TCC) [10]. Έγκριση για την ανάλυση κλινικά δεδομένα από ασθενείς των οποίων οι όγκοι είχαν χρησιμοποιηθεί για στοχευμένη αλληλουχίας ελήφθη για αυτή τη μελέτη από το Πανεπιστήμιο της Νότιας Φλόριντα (USF) διοικητικό συμβούλιο θεσμική αναθεώρηση στις 11 Ιουνίου, το 2014, παρέχοντας μια παραίτηση από άδεια HIPAA και συγκατάθεση για αυτήν την αναδρομική, de -identified μελέτη. Επιπλέον, η κατηγορία 4 απαλλαγής και παραιτήσεις εγκρίθηκαν από το Spartanburg Περιφερειακό Συμβούλιο Institutional Review, το Σεπτέμβριο του 2013, ισχύει μέχρι το Σεπτέμβριο του 2019.

Όλοι οι όγκοι συλλέχθηκαν από τη θεραπευτική εκτομές επιβίωση και καταψύχθηκαν σε υγρό άζωτο μέσα σε 15-20 λεπτά του εκρίζωση. Οι όγκοι στη συνέχεια υποβλήθηκε σε μια διαδικασία ποιοτικού ελέγχου macrodissection να εξασφαλιστεί Η παλαιά έννοια θα υποστηρίξει την άποψη ότι η βιοψία του πρωτογενούς βλάβης είναι αρκετή για να προβλέψει το μεταστατικό δυναμικό, καθώς και πιθανοί στόχοι φαρμάκων, ενώ η δεύτερη βιολογία θα μπορούσε να οδηγήσει σε σφάλματα δειγματοληψίας βιοψίας που οδηγεί σε ακατάλληλες κλινικές συμπεράσματα. Ο πρώην έννοια θα μπορούσε επίσης να οδηγήσει σε περιστασιακές μοτίβο της διάχυτης και θανατηφόρο μετάσταση κυνηγετικό όπλο εναντίον του συνήθους oligometastatic μοτίβο δει. Μια άλλη εντελώς διαφορετική πιθανότητα είναι ότι δεν χρειάζονται νέες μεταλλάξεων γεγονότα που απαιτούνται για τη μετάσταση, αλλά μάλλον είναι ένα φυσιολογικό γεγονός που προκλήθηκε από στρωματικά στοιχεία. Η θεωρία αυτή είναι ενσωματωμένη στην έννοια της επιθηλιακής προς μεσεγχυματικά μετάβασης όπου απαιτείται ένα πλαστικό μεταβατική κατάσταση μεσεγχυματικών για ένα καρκινικό κύτταρο να εισβάλει και να ταξιδέψουν σε μακρινές μεταστατικές θέσεις, όπου μια αντιστροφή της διαδικασίας (ΚΟΑ) έχει ως αποτέλεσμα την εκ νέου συνθηκολόγηση της πρωτοβάθμια βιολογία του όγκου. Υπάρχουν

in vivo

και

in vitro

μοντέλα μετάστασης δείχνει μεταβλητή έκφραση των γονιδίων μεταξύ πρωτογενών βλαβών και συγγενείς μεταστατικών βλαβών τους, χωρίς ουσιαστικές αλλαγές γονιδιωματικής υποστηρίζουν αυτή τη θεωρία. Για παράδειγμα, το κλασικό μελέτες έχουν δείξει υψηλό μεταστατικό δυναμικό μπορεί να αποκτηθεί μέσω σειριακής «φαινοτυπική» επιλογή ή ακόμα και τη διαλογή των κυττάρων από ένα πρωτότυπο κακώς-μεταστατικό κλώνο. Αν αυτή είναι η περίπτωση, η γενετική του πρωτογενούς και του μεταστατικού όγκου θα μπορούσε να είναι σχεδόν πανομοιότυπα, επιτρέποντας βιοψία είτε βλάβης.

NGS μελέτες έχουν αναληφθεί πρόσφατα να ρίξει φως σε ορισμένα από αυτά τα ζητήματα. Πρόσφατες μελέτες χρησιμοποιώντας NGS άλλων κακοηθειών όπως του μαστού και καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων έχουν υποστηρίξει την υπόθεση ότι υπάρχουν σημαντικές γενετικές διαφορές μεταξύ των πρωτογενών βλαβών σε σύγκριση με μεταστατικές θέσεις που μπορεί να επιτρέψει μια εξελικτική εντοπισμό της ανάπτυξης [18, 19]. Είναι ενδιαφέρον ότι, μια πρόσφατη μελέτη σε καρκίνο του παχέος εντέρου έδειξε ότι αξιοσημείωτα ήμισυ μόνο των μεταστατικών αλλοιώσεων CRC δοκιμάστηκαν είχαν την ίδια κλωνικής προέλευσης με πρωτογενή όγκο τους, ενώ οι υπόλοιπες περιπτώσεις ήταν γενετικά διακριτές [6]. Αυτά τα είδη των μελετών θα μπορούσε να υποδηλώνει ότι κάθε μεταστατική βλάβη πρέπει να υποβάλλονται σε βιοψία προκειμένου να κατανοήσουμε πλήρως την πολυπλοκότητα της νόσου. Άλλες μελέτες, ωστόσο, οι μεταστάσεις που υποδηλώνει ότι μπορεί να είναι περισσότερο σαν πρωταρχικό αλλοιώσεις τους από το να μην [20, 21]. Προς στήριξη αυτής της έννοιας, υπάρχει μια πρόσφατη μελέτη του παχέος δείχνει ένα υψηλό συμφωνία κοινά μεταλλαγμένα γονίδια όπως

KRAS

,

NRAS

,

BRAF

,

PIK3CA

, και

TP53

μεταξύ πρωτοβάθμιας και μεταστατικές θέσεις [22]. Αυτό είναι επίσης πολύ παρόμοια με την πιο πρόσφατη μελέτη που δημοσιεύθηκε στον καρκίνο του πνεύμονα, όπου 15 ζεύγη μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα αξιολογήθηκαν [23].

Για την αντιμετώπιση αυτών των σημαντικών αμφιλεγόμενα ζητήματα, εξετάσαμε ένα νέο σύνολο ζευγών πρωτογενούς και μεταστατικών βλαβών CRC χρησιμοποιώντας μια στοχευμένη γονιδιακή ανάλυση ενός ισχυρού συνόλου 1.321 καρκίνου συνδέονται τα γονίδια με ~ 100X κάλυψη βάθος αλληλουχίας. Τα δεδομένα μας πρότεινε μια πολύ μεγάλη σύμπτωση ανιχνεύεται μεταλλάξεων εκδηλώσεων μεταξύ πρωτογενών και μεταστατικών ζεύγη, είτε προέρχεται από τοποπεριοχική λεμφαδένες ή μακρινές μεταστατικές θέσεις. Τα δεδομένα μας φαίνεται να έρχονται σε αντίθεση με μια πρόσφατη μελέτη CRC χρησιμοποιώντας ολόκληρη αλληλουχίας exome δείχνουν μεγάλες διαφορές μεταξύ των βλαβών που μπορεί να εξηγηθεί από ανεξάρτητους πρωτογενή γεγονότα (Εικόνα 1Β), ή μπορεί επίσης να είναι το σφάλμα δειγματοληψίας ή θόρυβος δευτερεύουσα σε χαμηλή κάλυψη αλληλουχίας ολόκληρη exome όπου τα γεγονότα χαμηλής συχνότητας καταγράφονται [6]. Τα δεδομένα μας σε καρκίνο του παχέος εντέρου έδειξε ότι η πλειονότητα των μεταλλάξεων που προσδιορίζονται μοιράστηκαν μεταξύ ενός πρωτογενούς όγκου και συγγενών ζευγών μεταστατική αλλοίωση της, συμπεριλαμβανομένων των

KRAS

,

APC

, και

PIK3CA

τα οποία συνήθως ελέγχονται μεταλλάξεις στους ασθενείς μας.

Παρά το υψηλό ποσοστό αντιστοιχίας που παρατηρήσαμε σε γενικές γραμμές, σχεδόν όλοι (18/19 (95%)) σε συνδυασμό όγκων έδειξε τουλάχιστον μία μεταλλάξεων ασυμφωνία. Η ανησυχία για τον κλινικό ιατρό γίνεται στη συνέχεια αν η ασυμφωνία είναι κλινικά σημαντική και αξίζει μια νέα βιοψία. Είναι υπεύθυνη για τη μεταστατική συμπεριφορά; Είναι ένα νέο στόχο της θεραπείας, ή μια πιθανή νέα λειτουργία για την αντίσταση στη θεραπεία; Ή μήπως απλά αντιπροσωπεύει ανεπαρκή δειγματοληψία ενός όγκου το οποίο είναι εγγενώς ετερογενής; επτά πολλαπλώς ασύμφωνα μεταλλάξεις μας περιλαμβάνονται δύο περιπτώσεις καθένα από

APC

και

TP53

, πιθανό δυναμικό τους οδηγούς της εξέλιξης του όγκου και το μεταστατικό δυναμικό. Επιπλέον, τρεις Wnt μονοπατιού (

APC

,

MACF1

,

WNT2

) και ένα μονοπάτι Ras (

RASA1

) γονίδια είναι μεταξύ των επτά. Τα ευρήματα αυτά υποδηλώνουν επίσης θανατηφόρο μεταστατικά κύτταρα μπορεί να προκύψουν ως αποτέλεσμα των πρόσθετων νέων μεταλλαγμένες παραλλαγές. Προσδιορισμός των χαρακτηριστικών του πρωτογενούς καρκίνου που μπορεί να προκαλέσουν θανατηφόρες μεταστατικών κυτταρικών κλώνων είναι υψηλού ενδιαφέροντος. Στη μελέτη μας,

TTN

και

TP53

μεταλλάξεις βρέθηκαν τόσο στην πρωτογενή και μεταστατικό site, αλλά το καθένα με νέες αλλαγές που υποστηρίζουν τη θεωρία του κέρδους της λειτουργίας θανατηφόρου μεταστατικού κυτταρικού κλώνου.

TP53

είναι μια μετάλλαξη που έχει μελετηθεί εκτενώς σε καρκίνο του παχέος εντέρου [24]. Έχει αναφερθεί ότι μια αυξημένη συχνότητα εμφάνισης

ΤΡ53

μεταλλάξεων σχετίζεται με δευτερογενείς βλάβες των όγκων παχέος εντέρου, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι μεταλλάξεις σε αυτό το γονίδιο μπορεί να παίζει έναν σημαντικό ρόλο στην καθιέρωση του παχέος ηπατικές μεταστάσεις [25]. Για παράδειγμα, ρ53, το πρωτεϊνικό προϊόν του

ΤΡ53

, έχει αναφερθεί ότι αναστέλλει την επίδραση Warburg και να προωθήσει μιτοχονδριακό οξειδωτικό μεταβολισμό, έναν μηχανισμό anti-μετάσταση, και έτσι αδρανοποίηση αυτής της λειτουργίας καταστολής όγκου συμβάλλει στη διαδικασία της μετάστασης [26]. Στη μελέτη μας, 13/19 (68%) ζεύγη είχαν

TP53

μεταλλάξεις, ένα υψηλό ποσοστό που είναι παρόμοια με άλλες μελέτες [27]. Είναι ενδιαφέρον ότι, στη μελέτη μας, ένας ασθενής είχε μια ασύμφωνα

TP53

μετάλλαξη στο μεταστατικό ιστοσελίδα, ενώ ένας άλλος είχε ένα στον πρωτογενή όγκο. Τα ασύμφωνα μεταλλάξεις από τα ζεύγη δειγμάτων είναι κατατοπιστική σχετικά με την εξέλιξη του όγκου. Τα ευρήματα αυτά υποδηλώνουν ότι

TP53

μεταλλάξεις είναι συχνά αργά καρκινογόνες περίπτωση, σύμφωνα με ένα εξελικτικό μοντέλο που ορίζονται από Vogelstein et al [28].

Πρόσθετες ενδιαφέρουσες μεταλλάξεις βρέθηκαν σε μεταστατικές θέσεις ήταν μέλη της η πρωτεΐνη τυροσίνη φωσφατάση (PTP) οικογένεια. Υπήρχαν 3 νέες μεταλλάξεις δει σε μεταστατικές βλάβες. Αυτές οι PTPs περιγραφεί είτε ως καταστολείς των όγκων ή ως υποψήφιος ογκοπρωτεΐνες [29]. Μεταβολές σε αυτά τα γονίδια μπορεί να οδηγήσει σε αλλαγές στην ισορροπία της δραστηριότητας κινάσης-φωσφατάση που θα μπορούσε να έχει αρνητικές επιπτώσεις που θα μπορούσε τελικά να οδηγήσει σε πρόοδο του καρκίνου.

μελέτη κυρίως εντοπίζονται κέρδος μας από νέες μεταλλάξεις τόσο στην πρωτογενή σχέση με τους συγγενές μεταστατική ζευγαρωμένα βλάβη, καθώς και νέες μεταλλάξεις στα μεταστατικών βλαβών σε σχέση με τις προκριματικές. Αυτή η παρατήρηση μπορεί να εξηγηθεί από την συν-εξέλιξη τόσο των πρωτογενών και μεταστατικών βλαβών πάροδο του χρόνου (Σχήμα 1 C). Είναι επίσης δυνατόν ότι αυτά τα ασύμφωνα μεταλλάξεις αντιπροσωπεύουν διαφορετικούς πληθυσμούς ενός ετερογενούς πρωτογενούς όγκου.

Υπάρχουν διάφοροι περιορισμοί για τη μελέτη μας. μικρού μεγέθους ομάδα μας περιλάμβανε ένα ετερογενή πληθυσμό, με τα δύο σύγχρονα και metachronous όγκων. Αυτές οι ομάδες μπορεί να είναι εγγενώς διαφορετικό γονιδίωμά. Για παράδειγμα, οι νέες μεταλλάξεις φαίνεται στις μεταστατικές θέσεις μπορεί να είναι το αποτέλεσμα της μεταστατικής διαδικασίας ή λόγω επιλογής ανθεκτικών κλώνων που επάγεται από προηγούμενη συστηματική θεραπεία όπως εισαγωγική θεραπεία πριν από την εκτομή ήπατος. Δυστυχώς, δεν έχουμε κλινικά δεδομένα χημειοθεραπεία για τους ασθενείς που ανέπτυξαν metachronous ασθένεια. Ως εκ τούτου, δεν είναι σαφές ποια επίδραση, αν υπάρχει, χημειοθεραπεία ή στοχευμένες θεραπείες θα έχει για την εμφάνιση νέων μεταλλάξεων στις μεταστατικές θέσεις. Επίσης εντός του όγκου ετερογένεια, ενώ πιθανότατα δεν είναι τόσο υψηλή περιεκτικότητα σε CRC βλάβες όπως σε γεωγραφικά διακριτές οζίδια των νεφρικών κυττάρων που προέρχονται από το ίδιο αρχικό όγκο [28], μπορεί να είναι ένας παράγοντας σύγχυσης που θα μπορούσε να εξηγήσει μερικά από γενετική απόκλιση, καθώς και. Η μελέτη μας χρησιμοποιήθηκαν χειρουργικά δείγματα μας επιτρέποντας έτσι να συλλάβει ένα μεγάλο μέρος της κάθε όγκου και να αξιολογεί την ετερογένεια του παρατηρώντας χαμηλής συχνότητας, υπο-κλωνική παραλλαγές.

Συμπεράσματα

Η μελέτη μας έδειξε ένα υψηλό επίπεδο αντιστοιχίας για πιθανές σωματικές αλλαγές, υποδηλώνοντας ότι η γονιδιωματική προφίλ του πρωτογενούς θέσης είναι πολύ παρόμοια με εκείνη του μεταστατικού θέση για την πλειοψηφία των ανακρίνεται γονιδίων καρκίνου. Έτσι, η βιοψία του πρωτογενούς όγκου μπορεί να είναι επαρκής σε ασθενείς χημειο-αφελής. Ωστόσο, πιστεύουμε επίσης ότι υπάρχουν περιπτώσεις όπου οι νέες βιοψίες πιθανόν χρειάζεται να εκτιμηθεί με ακρίβεια το μεταλλάξεων τοπίο ενός όγκου και του σχεδιασμού κατάλληλη θεραπεία, για παράδειγμα, σε ασθενείς CRC που υποτροπίασαν μετά από ορισμένο θεραπεία (δηλαδή αντι θεραπεία EGFR). Σε αυτήν την κατάσταση, είναι πιθανό ότι ένας ανθεκτικός υποκλώνος προέκυψε υπό επιλεκτική πίεση του στοχευμένη θεραπεία. Υπάρχουν επίσης περιπτώσεις όπου απάντηση θα φανεί μόνο στον πρωτογενή όγκο και όχι στη μεταστατική θέση. Σε αυτό το σενάριο, είναι πιθανό ότι οι νέες μεταλλάξεις έχουν συμβεί στο μεταστατικό χώρο που οδηγεί σε αντίσταση. Τα δεδομένα αυτά θα μπορούσαν να δικαιολογήσουν την ανάγκη για μια νέα βιοψία του μεταστατικού site για να κατανοήσουμε καλύτερα την επίκτητη αντοχή ή νέας προσφυγής μεταλλάξεις, έτσι ώστε οι ασθενείς θα μπορούσαν να προσφερθούν εξατομικευμένη θεραπεία. Ως εκ τούτου, μπορεί να είναι σημαντικό ότι οι μελλοντικές μελέτες μπορούν να εφαρμοστούν νέες βιοψίες μεταστατικού τοποθεσίες για να κατανοήσουν καλύτερα τη μετάσταση και επίκτητη αντίσταση.

Υποστήριξη Πληροφορίες

S1 αρχείου. Σε συνδυασμό αρχείο πινάκων υποστήριξη

Πίνακα Α Ο κατάλογος του 1321 γονίδια για στοχευμένη αλληλουχίας.? Πίνακας Β Οι μετρήσεις αλληλουχίας του δείγματος? Πίνακας Γ Η μετάλλαξη μετρήσεις αλληλουχίας

doi:. 10.1371 /journal.pone.0126670.s001

(DOCX)

Ευχαριστίες

είναι ενεργοποιημένη η Total Care Cancer, εν μέρει, με την ευγενική υποστήριξη του DeBartolo Οικογένεια, και ευχαριστούμε τους πολλούς ασθενείς που τόσο ευγενικά παραχωρήθηκε δεδομένων και των ιστών με την Total Cancer Care Κοινοπραξία. Η μελέτη μας έλαβε επίσης πολύτιμη βοήθεια τους Βιοστατιστική και Βιοπληροφορικής βασικές εγκαταστάσεις στο H. Lee Moffitt Cancer Center & amp? Research Institute, ένα NCI οριστεί Περιεκτική Κέντρο Καρκίνου, που υποστηρίζονται από ΝΙΗ επιχορήγηση P30-CA76292.