Αφηρημένο

Διάμεση πνευμονοπάθεια έχουν (ΔΠΝ) ενέργειες έχουν αναφερθεί στην ιαπωνική καρκίνο μη-μικρών κυττάρων του πνεύμονα (NSCLC), οι ασθενείς που λαμβάνουν αναστολείς τυροσίνης κινάσης του EGFR. Ερευνήσαμε πρωτεομική βιοδεικτών για τη μηχανιστική ιδέες και βελτιωμένη πρόβλεψη ΔΠΝ. πλάσμα του αίματος συλλέχθηκε από 43 gefitinib ασθενείς που έλαβαν NSCLC ανάπτυξης οξείας διάμεσης πνευμονοπάθειας (επιβεβαιώνεται από τύφλωσε διαγνωστική ανασκόπηση) και 123 τυχαία επιλεγμένων ελέγχων σε μια μελέτη ένθετη περίπτωση ελέγχου εντός φαρμακοεπιδημιολογική μελέτη κοόρτης στην Ιαπωνία. Εμείς παράγεται περίπου 7 εκατομμύρια διαδοχικής φασματομετρίας μάζας (MS /MS) μετρήσεις με εκτενή έλεγχο της ποιότητας και της επικύρωσης, που παράγουν ένα από τα μεγαλύτερα σύνολα δεδομένων πρωτεομική καρκίνο του πνεύμονα μέχρι σήμερα, ενσωματώνοντας αυστηρό σχεδιασμό της μελέτης, ορισμός φαινότυπο, και την αξιολόγηση της επεξεργασίας του δείγματος. Μετά την ευθυγράμμιση, την κλιμάκωση και τη μέτρηση προσαρμογή της παρτίδας, εντοπίσαμε 41 πεπτίδιο κορυφές που αντιπροσωπεύουν 29 πρωτεΐνες πρόβλεψη καλύτερο ΔΠΝ. Πολυμεταβλητή πεπτίδιο, πρωτεΐνη, και μοντελοποίηση μονοπατιού επιτευχθεί πρόβλεψη ILD συγκρίσιμη με προηγουμένως εντοπιστεί κλινικές μεταβλητές? ο συνδυασμός των δύο παρέχεται κάποια βελτίωση. Το μονοπάτι οξεία αντίδραση φάση ισχυρή εκπροσώπηση (17 από 29 πρωτεΐνες, p = 1.0 × 10

-25), γεγονός που υποδηλώνει έναν βασικό ρόλο με πιθανή χρησιμότητα ως δείκτης για αυξημένο κίνδυνο οξείας γεγονότα ILD. Επικύρωση από κηλίδωση Western έδειξαν συσχέτιση για τις προσδιοριζόμενες πρωτεΐνες, επιβεβαιώνοντας ότι η ισχυρή αποτελέσματα μπορεί να παραχθεί από μια πλατφόρμα MS /MS εφαρμογή αυστηρό έλεγχο της ποιότητας

Παράθεση:. Nyberg F, Ogiwara Α, Harbron CG, Kawakami Τ, Nagasaka K , Takami S, et al. (2011) πρωτεομικής βιοδείκτες για την οξεία Διάμεση Πνευμονοπάθεια στην Gefitinib-επεξεργασμένα ιαπωνική καρκίνο του πνεύμονα ασθενείς. PLoS ONE 6 (7): e22062. doi: 10.1371 /journal.pone.0022062

Επιμέλεια: Scott A. Coonrod, το Cornell University, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 28 Μάρτη, 2011? Αποδεκτές: 14, Ιουν 2011? Δημοσιεύθηκε: 20 Ιουλ 2011

Copyright: © 2011 Nyberg et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη χρηματοδοτήθηκε από την AstraZeneca και διεξάγονται σε συνεργασία με ερευνητές από την Ακαδημία, η AstraZeneca και την Ιατρική Proteoscope Εταιρείας. Όλα τα συνεργαζόμενα μέρη συμμετείχε στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, απόφαση για τη δημοσίευση, και την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. FN, TPP, ISP, MCS και ΔΔ είναι υπάλληλοι της AstraZeneca και ιδίων μετοχών η εταιρία. AO, ΤΚ, Κ Nagasaka, ST, KW, HKT, MO, Γ Kyono, TD, Γ Komatsu, MK, SA, και TN είναι /ήταν υπάλληλοι της Ιατρικής Proteoscope Co., Ltd TH είναι υπάλληλος της Chiesi Farmaceutici. TH και GMV είναι πρώην εργαζομένων της AstraZeneca. MF έχει λάβει αμοιβές από την AstraZeneca. Κ Nakata, YO, SK, και Χονγκ Κονγκ έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν συγκρούσεις συμφερόντων.

Εισαγωγή

Διάμεση πνευμονοπάθεια (ΔΠΝ) επηρεάζει το πνευμονικό παρέγχυμα ή κυψελιδική περιοχή [1]. Όταν συνδέονται με την φαρμακευτική αγωγή, μπορεί να παρουσιάσει απότομα η οξεία διάχυτη κυψελιδική βλάβη (DAD), μερικές φορές με μοιραία έκβαση [2]. Οι ασθενείς συχνά έχουν «εσμυρισμένο» εμφάνιση σοβαρή δύσπνοια και το στήθος ακτινολογία παραστάσεις. Δεν υπάρχει ειδική θεραπεία είναι διαθέσιμη, αλλά υποστηρικτική θεραπεία περιλαμβάνει οξυγόνο, κορτικοστεροειδή, ή υποβοηθούμενη αναπνοή. Οξεία γεγονότα ILD μπορεί να αναπτυχθεί

de novo

, αλλά ένα υπάρχον χρόνια πάθηση ΔΠΝ αυξάνει τον κίνδυνο σημαντικά [3], όπως παρατηρήθηκε σε πρόσφατες μελέτες σε ασθενείς με ιδιοπαθή πνευμονική ίνωση (ΙΠΙ), η πιο κοινή χρόνια μορφή [4 ].

ΔΠΝ, ειδικά ΙΠΙ, είναι ένα γνωστό συν-νοσηρότητας σε ασθενείς με μη μικροκυτταρικό καρκίνο των κυττάρων του πνεύμονα (NSCLC) [5]. Οι οξείες εκδηλώσεις ILD έχουν αναφερθεί με πολλές θεραπείες του καρκίνου του πνεύμονα σε ποσοστά έως και -10% [6] – [11]. ILD αναγνωρίζεται ως πιο συχνή στην Ιαπωνία από οπουδήποτε αλλού, τόσο στον πληθυσμό και μεταξύ των ασθενών με NSCLC [5], [6], [12], [13], αν και δεν είναι σαφές γιατί.

τυροσίνης EGFR αναστολείς κινάσης (TKIs) είναι μια καθιερωμένη θεραπεία για προχωρημένο NSCLC. Σε αντίθεση με πολλά χημειοθεραπεία, είναι συνήθως καλά ανεκτή και χωρίς κυτταροτοξικές παρενέργειες. Το gefitinib EGFR ΤΚΙ (IRESSA) εγκρίθηκε το 2002 στην Ιαπωνία για τη θεραπεία του προχωρημένου NSCLC. Παρά το γεγονός ότι ορισμένα γεγονότα τύπου ILD παρατηρήθηκαν σε κλινικές μελέτες και παρηγορητική κλινική χρήση, μόνο μετά από έγκριση έκανε ένας αυξανόμενος αριθμός των αυθόρμητων αναφορών για ΔΠΝ εμφανίζονται στην Ιαπωνία ως το φάρμακο έγινε πιο ευρέως διαθέσιμο.

Σε αυτό το σημείο, καλύτερη κατανόηση της διάμεσης πνευμονοπάθειας ήταν επειγόντως: βασική επίπτωση στις διάφορες θεραπείες, τους παράγοντες κινδύνου, καθώς και την πιθανή συσχέτιση του gefitinib με τον κίνδυνο ΔΠΝ. Μια ανεξάρτητη ακαδημαϊκή ομάδα, μαζί με τους επιστήμονες AstraZeneca, επομένως, που σχεδιάστηκε και πραγματοποιήθηκε μια ομάδα και ένθετα περίπτωση ελέγχου φαρμακοεπιδημιολογική μελέτη της ΔΠΝ σε ασθενείς ιαπωνική NSCLC αγωγή είτε με gefitinib ή χημειοθεραπεία, με κλινικά αποτελέσματα έχουν αναφερθεί στο παρελθόν [3]. Ως μία διερευνητική συστατικό υπο-μελέτη, οι ασθενείς που λαμβάνουν gefitinib (και οι δύο επόμενες περιπτώσεις διάμεσης πνευμονοπάθειας και ασθενείς ελέγχου) στο δείγμα για πρωτεομική πλάσμα, με δύο βασικούς στόχους: 1) για τον εντοπισμό πρωτεομική προγνωστικοί παράγοντες της ΔΠΝ που μπορεί τελικά να εξελιχθεί σε μια εξατομικευμένη ιατρική διαγνωστική να τον εντοπισμό ασθενών που διατρέχουν μεγαλύτερο κίνδυνο ΔΠΝ? 2) να αυξηθεί η κατανόηση των μηχανισμών που διέπουν την ανάπτυξη των επεισοδίων οξείας διάμεσης πνευμονοπάθειας.

Χρησιμοποιώντας μια προσέγγιση πολλαπλών βιοδεικτών όπως η πρωτεομική (η ταυτόχρονη μελέτη μεγάλων τμημάτων του ανθρώπινου proteome να δώσει μια συνολική εικόνα της διαφορικής έκφρασης των πρωτεϊνών στο αίμα ή ιστούς), και όχι απλώς ένα συμβατικό μόνο βιοδείκτη, αυξάνει δυνητικά προβλεπτική ικανότητα τόσο με την αύξηση της ευρωστίας που προέρχονται από πολλαπλές μετρήσεις και την ευκαιρία να συνδυάσουν πληροφορίες από πολλαπλές βιολογικές διαδικασίες. Για να υποστηρίξει την παραγωγή υψηλής ποιότητας των πληροφοριών αυτών, που σε συνδυασμό με ένα νέο τρόπο διάφορα βασικά στοιχεία της μελέτης: ισχυρή σχεδιασμό της μελέτης, σαφώς καθορισμένες φαινοτυπική ορισμούς, προσεκτική διαδικασίες συλλογής δειγμάτων, σταθερή προηγμένη υγρή χρωματογραφία (LC) -tandem φασματομετρία μάζας (MS /MS) -με βάση τον διαχωρισμό και την ανίχνευση των μεθόδων πεπτίδιο, στατιστική ανάλυση ενσωματώνοντας πρωτεομική και κλινικές πληροφορίες, αυστηρές μέθοδοι για την πρωτεΐνη βάση δεδομένων σχολιασμό των διαπιστωμένων κορυφές πεπτιδίου και τη βιολογική ερμηνεία χρησιμοποιώντας το λογισμικό εξόρυξης λογοτεχνίας, καθώς και εκτεταμένο έλεγχο της ποιότητας και της επικύρωσης, που αναφέρονται παρακάτω.

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά του πληθυσμού της μελέτης

η μη τυχαιοποιημένη ομάδα περιελάμβανε 3.166 Ιάπωνες ασθενείς με προχωρημένο /επαναλαμβανόμενες NSCLC οι οποίοι παρακολουθήθηκαν για 12 εβδομάδες μετά την έναρξη της gefitinib (n = 1.872 περιόδους θεραπείας ) ή χημειοθεραπεία (n = 2.551). Από το gefitinib επεξεργασμένο υπο-ομάδα, 103 ύποπτες περιπτώσεις διάμεσης πνευμονοπάθειας (79 επιβεβαιώθηκε στη συνέχεια και 24 απορρίφθηκαν από το Διοικητικό Συμβούλιο αναθεώρηση υπόθεση [CRB]), καθώς και 252 μάρτυρες, είχαν εγγραφεί στη μελέτη ασθενών-μαρτύρων. δείγματα πρωτεομική για αυτή την υπο-μελέτη ήταν διαθέσιμα από 43 επιβεβαιωμένες περιπτώσεις διάμεσης πνευμονοπάθειας, 123 άτομα ελέγχου, και 15 CRB-απέρριψε αρχικά διαγνωστεί περιπτώσεις διάμεσης πνευμονοπάθειας (Πίνακας 1). Τα κλινικά χαρακτηριστικά των ασθενών και μαρτύρων που περιγράφονται στον Πίνακα S1.

Η

Διερευνητική ανάλυση δεδομένων LC-MS /MS που δημιουργούνται στο πλαίσιο της ποιότητας ελεγχόμενες συνθήκες αποκαλύπτει μεγάλες αποκλίσεις παρτίδα που πρέπει να ελέγχονται σε επόμενες στατιστικές αναλύσεις

αξιολόγηση της ποιότητας της επεξεργασίας των δειγμάτων και παραγωγής ψηφιακών δεδομένων

Μετά την εξάντληση ανοσοσυγγένειας, παραμένοντας λευκωματίνη ορού ήταν & lt? 8% για όλα τα δείγματα 181 αρχική τιμή (Πίνακας S2). Η επακόλουθη υδρόλυση τρυπτικό οδήγησε σε υπόλοιπο άπεπτη μέρος πρωτεΐνης που κυμαίνεται από 3,0% έως 32,3% (μέσος όρος 15,3%) (Πίνακας S2). Η διακύμανση σε αυτά τα στάδια επεξεργασίας ήταν ανεξάρτητη από την κατάσταση υπόθεση /έλεγχος (δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

μετρήσεις LC-MS /MS για τις 181 μεμονωμένα δείγματα βασικής γραμμής έγιναν σε 11 παρτίδες, με 19 και 20 δείγματα από παρτίδες 1 και 3 επαναλαμβάνονται σε παρτίδες 10 και 11, αντίστοιχα (Πίνακας 1), με αποτέλεσμα 220 διακριτές μετρήσεις πρωτεωμικής. Τέσσερις από τις 11 παρτίδες απέτυχε αρχικά τα κριτήρια ποιοτικού ελέγχου (συντελεστής διακύμανσης [CoV] & gt? 20% για κάθε ένα από τα έξι πεπτίδια ελέγχου μεταξύ των τριών δειγμάτων ελέγχου εντός-παρτίδα) για την πρώτη εκτέλεση της μέτρησης, αλλά πέρασε τα κριτήρια για επαναλαμβανόμενες μετρήσεις. Μια περίληψη έλεγχος ποιότητας των αποδεκτών περασμάτων παρτίδας δίνεται στο Σχήμα 1Α.

(Α) Αναπαραγωγικότητα 6 κορυφών ελέγχου για τα πρότυπα δείγματα ελέγχου ποιότητας 3, σχεδιάστηκαν ως «+», σε κάθε παρτίδα ανάλυση (ένταση κορυφής, αριστερός άξονας). Οι συντελεστές διακύμανσης (%, δεξιός άξονας) μεταξύ των δειγμάτων 3 ελέγχου σε κάθε παρτίδα απεικονίζονται ως σημεία ενώνονται με μία γραμμή. (Β) Επαναληψιμότητα του πεπτιδίου εντάσεις για 39 δείγματα με τις αναλύσεις εις διπλούν σε διαφορετικές παρτίδες ανάλυση. Μερική συσχέτιση, μετά από απομάκρυνση μεταξύ των διαφορών παρτίδας, συναρτήσει της μέσης κανονικοποιημένης έντασης για κάθε πεπτίδιο. Υψηλότερη πεπτίδια ένταση παρουσιάζουν υψηλή επαναληψιμότητα σε εντάσεις τους μεταξύ επαναλαμβανόμενων παρτίδων.

Η

Το σχήμα 1Β δείχνει ένα οικόπεδο μερική συσχετίσεις μεταξύ των διπλών δειγμάτων σε παρτίδες 1 και 10, 3 και 11, αφού ληφθεί υπόψη οποιαδήποτε επίδραση παρτίδα , έναντι του μέσου όρου κανονικοποιημένη ένταση πάνω από το πλήρες σύνολο του δείγματος για κάθε σήμα. Πεπτίδια με υψηλότερες μέσες εντάσεις παρουσιάζουν υψηλότερη δυνατότητα αναπαραγωγής μεταξύ των παρτίδων, όπως αποδεικνύεται από την γενικά υψηλή μερική συσχετίσεις.

Διερευνητική ανάλυση των δεδομένων των εντάσεων σήματος MS.

Στη συνέχεια χρησιμοποιείται μια ανάλυση κύριο συστατικό (PCA) για να διερευνήσει τα δεδομένα προκειμένου να προσδιορίσει τις μεγαλύτερες πηγές διακύμανσης. Το Σχήμα 2Α δείχνει μια γραφική παράσταση της ανάλυσης αυτής, με κάθε δείγμα χρωματιστό σύμφωνα με παρτίδας. Μετρήσεις από την ίδια παρτίδα έχουν την τάση να συγκεντρώνονται μαζί, ξεχωριστά από άλλες παρτίδες, πράγμα που σημαίνει ότι οι μεγαλύτερες διαφορές μεταξύ των δειγμάτων προκύπτουν από την επεξεργασία κατά παρτίδες.

(Α) Οικόπεδο δύο πρώτες κύριες συνιστώσες από το PCA ανάλυση των πλήρη πρωτεομική δεδομένα από όλες τις παρτίδες 11 ανάλυση (αριθμημένα 1-11 στην ακολουθία του χρόνου). Κάθε δείγμα αντιπροσωπεύεται από ένα μόνο σημείο, με το εύρος των σημείων σε κάθε παρτίδα που παρουσιάζεται από ένα πολύγωνο που ενώνει τα ακραία σημεία της εν λόγω παρτίδας. (Β) Οικόπεδα από τις δύο πρώτες κύριες συνιστώσες για τις επανειλημμένες παρτίδες των δειγμάτων (1 και 10, 3 και 11). Μεμονωμένα δείγματα αντιπροσωπεύονται από μία γραμμή, που συνδέει τις δύο αντίγραφα σε διαφορετικές παρτίδες. (Γ) Επαναληψιμότητα ενός παραδείγματος εκφράζονται διαφορικά πεπτιδίου μεταξύ δύο διπλές σειρές παρτίδα πρωτεομική ανάλυση. Οι εντάσεις του πρώτου και του δεύτερου τρέχει για κάθε δείγμα χαράσσεται αναπαραχθεί εναντίον του άλλου. Δείγματα χρωματίζεται από παρτίδα (παρτίδα 1 επαναλαμβάνεται ως παρτίδα 10 – μπλε? Παρτίδα 3, επαναλαμβάνεται ως παρτίδα 11 – κόκκινο). Επιτρέποντας μεταξύ αλληλουχία διαφορές υπάρχει ένας καλός συσχετισμός μεταξύ επαναλήψεων των πειραμάτων.

Η

Σχήμα 2Β δείχνει τα αποτελέσματα PCA για τα ζεύγη των επαναλαμβανόμενων παρτίδων (1 και 10, 3 και 11), με διπλά δείγματα ενώνονται με μία γραμμή, συναρτήσει των δύο πρώτων κύρια συστατικά. Οι γραμμές είναι γενικά οριζόντια και παράλληλα, υποδεικνύοντας και πάλι ότι η μεγαλύτερη πηγή της μεταβλητότητας ή οι μεγαλύτερες συνολικές διαφορές στα προφίλ μεταξύ των δειγμάτων (πρώτη κύρια συνιστώσα) σχετίζεται με διακύμανση μεταξύ παρτίδων, και ότι η διάταξη των δειγμάτων για τη δεύτερη κύρια συνιστώσα, δηλαδή στην επόμενη μεγαλύτερη πηγή της μεταβλητότητας ή συνολικές διαφορές μεταξύ των δειγμάτων, είναι σε ισχυρή συμφωνία μεταξύ των επαναλαμβανόμενων παρτίδων. Μετά επιτρέποντας συνεπείς διαφορές μεταξύ των παρτίδων, αυτά τα αποτελέσματα έτσι επιβεβαιώνουν ότι οι διαφορές μεταξύ των δειγμάτων είναι να αναπαραχθεί με τη μέθοδο που χρησιμοποιείται.

ότι το σχήμα 2Β συγκρίνει αποτελέσματα συνοψίζονται πάνω από όλα μετριέται πεπτιδίων, Σχήμα 2C δείχνει τις επανειλημμένες αποτελέσματα τρέξιμο για ένα παράδειγμα πεπτιδίου. Παρά το γεγονός ότι υπάρχουν μεγάλες μεταξύ παρτίδα διαφορές, σε κάθε παρτίδα υπάρχει υψηλή συσχέτιση μεταξύ των εντάσεων για το ίδιο θέμα στις επαναληπτικές εκτελέσεις. Από τις 41 διαφορικά εκφραζόμενο πεπτίδιο κορυφών χρησιμοποιούνται για την ταυτοποίηση των πρωτεϊνών που απαριθμούνται στον Πίνακα 2, 25 (61%) δείχνουν μια μερική συσχέτιση μετά την αφαίρεση του αποτελέσματος παρτίδα είναι μεγαλύτερη από 0,8 και όλα δείχνουν μια μερική συσχέτιση άνω των 0,35.

Εκκαθάριση διαφορές στα πρότυπα πεπτιδίων και πρωτεϊνών μεταξύ των περιπτώσεων διάμεσης πνευμονοπάθειας και των ελέγχων

Οι μετέπειτα αναλύσεις με στόχο να προσδιορίσει τα πεπτίδια και πρωτεΐνες που ουσιαστικά διάκριση μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων, έτσι απέρριψε περιπτώσεις τώρα εξαιρούνται. Επαναλαμβανόμενες δείγματα σε παρτίδες 10 και 11 αποκλείστηκαν, και δεδομένου του μεγάλου μεταξύ παρτίδα διαφορές εντοπίζονται στις διερευνητικές αναλύσεις, το θέμα του ελέγχου μετριέται σε παρτίδα 10 ήταν επίσης εξαιρούνται, αφήνοντας 43 επιβεβαιωμένες περιπτώσεις διάμεσης πνευμονοπάθειας και 122 ελέγχους με μία μέτρηση του δείγματος η κάθε μία.

Ταυτοποίηση διακρίσεις πεπτιδίων και πρωτεϊνών.

το Σχήμα 3 δείχνει τα αποτελέσματα του μονομεταβλητών (ατομική πεπτίδιο) αναλύσεις χρησιμοποιώντας ανάλυση συνδιακύμανσης (ANCOVA), εμφανίζεται ως ιστογράμματα των ρ-τιμές για τη σύγκριση μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων. Επιτρέποντας για παρτίδα ως συμμεταβλητή ανάλυση, για να απομακρυνθεί διακύμανση μεταξύ των παρτίδων, αυξάνει σημαντικά την ισχύ της ανάλυσης, εντοπίζοντας περίπου διπλάσιες πεπτίδια που δείχνουν στατιστικώς σημαντική διαφορική έκφραση στο επίπεδο του 5%. Τα σχήματα S1 και S2 διερευνήσει και να εξηγήσει τη σχέση αυτή με περισσότερες λεπτομέρειες. Περαιτέρω λογιστικής για την παραγγελία εντός παρτίδα ελαφρά μόνο μειώνει τον αριθμό των σημαντικών πεπτιδίων, γεγονός που υποδηλώνει ότι οποιαδήποτε μέσα-παρτίδα επίδραση τάξης είναι οριακή και προσπαθεί να διαμορφώσει δεν θα αυξήσει τη δύναμη.

Το σχήμα δείχνει την επίδραση στο διανομή του p-τιμές για διαφορική έκφραση συμπεριλαμβανομένων των πληροφοριών επεξεργασίας ανάλυσης και κλινικές μεταβλητές.

η

από την άλλη πλευρά, επιτρέποντας κλειδί κλινικές μεταβλητές (WHO απόδοσης κατάσταση [PS], το ιστορικό καπνίσματος, την έκταση των κανονικών πνεύμονα κάλυψη για αξονική τομογραφία, και τη σοβαρότητα της προϋπάρχουσας ILD) στην ανάλυση μειώνεται σταθερά ο αριθμός των πεπτιδίων που ανιχνεύεται ως εκφράζονται διαφορικά, αντανακλώντας το γεγονός ότι μεγάλο μέρος των πληροφοριών που μεταφέρονται από τα σημαντικότερα πεπτίδια είναι αντιγραφή πληροφορίες που μεταφέρονται από τις κλινικές μεταβλητές ( Σχήμα 3). Το Σχήμα S3 δείχνει ένα παράδειγμα αυτού, όπου τα υψηλότερα επίπεδα του πεπτιδίου, υψηλότερη βαθμολογία κατάσταση απόδοσης και κατάσταση περίπτωση συνδέονται όλα μεταξύ τους, και ένα μεγάλο μέρος της αυξημένης έντασης πεπτίδιο των περιπτώσεων σε σύγκριση με τους μάρτυρες μπορεί να εξηγηθεί από την ένωσή τους με υψηλότερη βαθμολογία κατάστασης απόδοσης, έτσι ώστε η ένταση πεπτίδιο προσθέτοντας πολύ λιγότερες πληροφορίες όταν εξετάζονται σε συνδυασμό με αυτή την κλινική μεταβλητή.

με βάση την τιμή-p, οι 100 κορυφαίες αιχμές τόσο από τις αναλύσεις, συμπεριλαμβανομένων και των εξαιρουμένων κλινικές μεταβλητές ήταν αναγνωρισθείς. Αυτές οι κορυφές στη συνέχεια περιορίζεται στο 41 σύμφωνα με τα ακόλουθα κριτήρια: 1) κανονικοποιημένο LC χρόνος κατακράτησης μεταξύ 5 και 75 λεπτά, και 2) την πλήρη σάρωση

m /z

αξία του προδρόμου ιόντος μεταξύ 450 και 1.500. Στη συνέχεια, επιλεγμένο πεπτίδιο ταυτοποιήσεις περιλαμβάνονται στις 41 πεπτίδιο κορυφές χρησιμοποιώντας τα ακόλουθα κριτήρια: 1) ένα ιόν Mascot σκοράρει πάνω από την τιμή κατωφλίου ταυτότητα δίνεται με την ακολουθία επιμέρους αμινοξέων του πεπτιδίου? και 2) & gt? 3 δείγματα με την αντίστοιχη αναγνώριση πεπτιδίου. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα 45 ισχύουν πεπτίδιο ταυτοποιήσεις από 28 από τις 41 κορυφές, συμπεριλαμβανομένων δύο πεπτίδια από εμβολιασμένο λυσοζύμη (Πίνακας S3). Τα προερχόμενα από το πλάσμα 43 πεπτίδια που αντιπροσωπεύεται 27 διακριτές ταυτοποιήσεις με 2 dual ταυτοποιήσεις στενά συνδεδεμένων πρωτεϊνών, για ένα σύνολο 29 πρωτεϊνών. Αυτά αναφέρονται στον πίνακα 2, με περισσότερες λεπτομέρειες σχετικά με την ταυτοποίησή τους δίνονται στον Πίνακα S3.

απόκριση οξείας φάσης επισημανθεί ως σημαντικό μονοπάτι που ενδέχεται να εμπλέκονται σε οξείες εκδηλώσεις ΔΠΝ

Αυτό το σύνολο των πρωτεϊνών στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκε στο βιολογικό ερμηνεία αναλύσεις, χρησιμοποιώντας το σύστημα Ingenuity Pathway Analysis (ΙΡΑ). Η πιο σημαντική οδός που βρέθηκαν κατά την υπέρθεση των πρωτεϊνών σε Ingenuity-επιμέλεια κανονικών μονοπατιών ήταν η οξεία απόκριση φάσης σηματοδοτικό μονοπάτι, με το οποίο θα μπορούσε να συνδεθεί 17 από τα 29 πρωτεϊνών (p = 1,0 × 10

-25). Άλλες οδοί που δείχνει ένα υψηλό επικάλυψη με τη λίστα των πρωτεϊνών περιλάμβανε τις οδούς του συμπληρώματος και της πήξης, αλλά ρ-τιμές ήταν λιγότερο σημαντική λόγω του μικρότερου αριθμού των πρωτεϊνών που εμπλέκονται (Σχήμα 4).

Οι σημαντικότερες οδοί από ένα ανάλυση συνδέει τα εντοπίστηκαν 29 πρωτεϊνών από την μελέτη για επιμελημένες μονοπάτια στο σύστημα Ingenuity Pathway Analysis δείχνονται, ταξινομούνται σύμφωνα με την αναλογία μεταξύ του αριθμού των δεικτών πρωτεΐνης που μπορεί να συνδέεται με την οδό και τον αριθμό των πρωτεϊνών στο μονοπάτι.

Η είσοδος των 29 πρωτεϊνών σε ΙΡΑ, σχηματίστηκαν 5 δίκτυα. Η πιο σημαντική δίκτυο περιέχει 24 από τα 29 πρωτεϊνών (Εικόνα 5). Οι πρωτεΐνες που προστίθενται στο δίκτυο από το εργαλείο για τη σύνδεση των πρωτεϊνών δεικτών περιλαμβάνουν IL1 και NF-κΒ, υποδηλώνοντας ότι αυτές οι πρωτεΐνες θα μπορούσαν επίσης να εμπλέκονται στην δημιουργία του παρατηρήθηκε μοτίβο. Ο συνδυασμός των δύο δικτύων με την υψηλότερη βαθμολογία προσθέτει περαιτέρω IL1-βήτα, HNF1A, HNF4A, HNF6 (ONECUT1), και CEBPB ως κεντρικό συστατικά (Σχήμα S4).

Υψηλότερη δικτύου βαθμολόγησης που παράγεται από την είσοδο των εντοπισμένων 29 πρωτεϊνών σε το σύστημα Ingenuity Διαδρομή Analysis, με πρωτεΐνες που προσδιορίζονται στη μελέτη σκιασμένο γκρι και τη σύνδεση των πρωτεϊνών που προσδιορίζονται από Ingenuity Pathway Ανάλυση μη-σκιασμένο. Σκούρο μπλε σχήματα και γραμμές = πρωτεΐνες αναγνωρίζονται ως προγνωστικοί παράγοντες σε αυτή τη μελέτη και τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ τους. Γκρι σχήματα και γραμμές = πρωτεΐνες που προσδιορίζονται από Ingenuity για τη δημιουργία του δικτύου και τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ τους. Φως μπλε γραμμές = αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνών που προσδιορίζονται από Ingenuity για τη δημιουργία του δικτύου και των πρωτεϊνών που προσδιορίστηκαν στη μελέτη. Σχήμα S4A δείχνει το ποσοστό αυτό με τις σχέσεις αλληλεπίδρασης σήμανση. Πρωτεΐνες που προσδιορίζονται στη μελέτη και που περιλαμβάνονται στο δίκτυο: SERPINA1 = άλφα-1-αντιθρυψίνης? SERPINA3 = α-1-αντιχυμοθρυψίνη? SERPINC1 = αντιθρομβίνης-III? ApoA1 = απολιποπρωτεΐνη Α-Ι? APOB = απολιποπρωτεΐνη Β-100? APOC3 = απολιποπρωτεΐνη C-III? C3 = συμπλήρωμα C3? C4A, C4B = συμπληρώματος C4-A? συμπληρώνουν C4-Β? C9 = συστατικό του συμπληρώματος C9? GSN = γελσολίνη? HbA2 = αιμοσφαιρίνης άλφα? HBB, HBD = αιμοσφαιρίνης β /δέλτα? HP = απτοσφαιρίνης? HPR = πρωτεΐνη απτοσφαιρίνη που σχετίζονται? HRG = πλούσια σε ιστιδίνη γλυκοπρωτεΐνη? KLKB1 καλλικρεΐνη = πλάσμα? IGKC = Ig κ αλυσίδα V-III περιοχή Ti? RBP4, Rbp = 4 πρωτεΐνη δέσμευσης ρετινόλης? APCs = αμυλοειδούς Ρ ορού συστατικών? TF = serotransferrin? TTR = τρανσθυρετίνης. Πρωτεΐνες που προσδιορίζονται στη μελέτη και δεν περιλαμβάνονται στο δίκτυο: ORM1 = άλφα-1-όξινη γλυκοπρωτεΐνη 1? A1BG = α-1Β-γλυκοπρωτεΐνη? LRG1 = πλούσιες σε λευκίνη α-2-γλυκοπρωτεΐνη? ARMC2 = Armadillo επανάληψη πρωτεΐνη που περιέχει 2? AHSG = άλφα-2-HS-γλυκοπρωτεΐνη? ITIH4 = αναστολέα ενδο-α-θρυψίνη βαριά Η4 αλυσίδας.

Η

Η επικύρωση των δεδομένων MS /MS δείχνει καλή επαναληψιμότητα και λογική συμφωνία με

κηλίδας Western

Στο πλαίσιο της πλατφόρμας MS /MS εκεί ήταν ισχυρή συμφωνία μεταξύ επαναλήψεων των πειραμάτων των ίδιων δειγμάτων μετά την αφαίρεση επιδράσεις παρτίδας, όπως περιγράφεται ανωτέρω (Σχήμα 2C).

Επικύρωση με άλλη μέθοδο, ο Πίνακας 2 δείχνει την αντιστοιχία σε εντάσεις που προέρχονται από την MS /MS και Western κηλίδας (WB) για μια επιλογή από 9 πρωτεϊνών. Λαμβάνοντας υπόψη ότι WB στοχεύει στην άθικτη πρωτεΐνη, ενώ η παρούσα MS /MS μπορεί να ανιχνεύσει τα πεπτίδια που προέρχονται από τις άθικτες πρωτεΐνες, αυτά τα 9 πρωτεΐνες δείχνουν ένα αρκετά ισχυρό επίπεδο συμφωνίας μεταξύ των τεχνολογιών, με 6 από τα 9 πρωτεϊνών που παρουσιάζουν έναν συσχετισμό άνω των 0,7 . Οι scatterplots σύγκριση των MS /MS και WB εντάσεις που παρουσιάζεται στην Εικόνα S5 και των ΠΤ εικόνες στην Εικόνα S6.

Πρόβλεψη ΔΠΝ χρήση πρωτεϊνών και κλινικά δεδομένα

φαινότυπο Modeling βάσει πολλαπλών δεικτών πεπτίδιο .

η Εικόνα 6Α δείχνει την προβλεπτική δύναμη που βασίζεται σε άδεια-one-out cross-επικύρωσης για μοντέλα που κατασκευάστηκαν χρησιμοποιώντας μια σειρά από διαφορετικούς αριθμούς των πεπτιδίων σε συνδυασμό. Ουσιαστικές βελτιώσεις σε τυχαία πρόβλεψη ελήφθησαν από μόλις λίγα πεπτίδια, και την αύξηση του αριθμού των πεπτιδίων περαιτέρω δεν βελτίωσε σημαντικά τις προβλέψεις του μοντέλου. Η προβλεπτική ικανότητα του μοντέλου μειώθηκε ακόμα και όταν χρησιμοποιούνται πολύ πολλά πεπτίδια.

(Α) από τα πεπτίδια, για διαφορετικό αριθμό πεπτιδίων που περιλαμβάνονται στην πρωτεομική πρόβλεψη του μοντέλου, και (Β) από κλινικά δεδομένα, πρωτεομικά δεδομένα, και ένας συνδυασμός και των δύο κλινικών και πρωτεομικών δεδομένων.

η

Για την ευρωστία, συγκρίθηκαν εναλλακτικές πολυμεταβλητή προσεγγίσεις μοντελοποίησης. Χρησιμοποιώντας τυχαία δάση, αντί της μερικής ελαχίστων τετραγώνων διακριτική ανάλυση (PLS-DA) και της λογιστικής παλινδρόμησης εντός του πλαισίου μοντελοποίησης απέδωσε περίπου την ίδια προγνωστική επίπεδο, όπως αποδεικνύεται από την περιοχή κάτω από την καμπύλη (λεπτομέρειες δεν φαίνονται).

Μια υποομάδα ανάλυση που περιορίζουν το σύνολο των υποθέσεων σε αυτά με το DAD πρότυπο οξείας διάμεσης πνευμονοπάθειας (20 από τις 43 περιπτώσεις) εμποδίστηκε από το μικρό μέγεθος του δείγματος και δεν ήταν σε θέση να βελτιώσει τη συνολική προγνωστική δύναμη.

φαινότυπο Modeling βάσει πολλαπλών δεικτών πεπτίδιο και κλινικά δεδομένα.

Εικόνα 6Β συγκρίνει την προβλεπτική ισχύ, με βάση την άδεια-one-out cross επικύρωσης, για τα μοντέλα χτισμένο σε κλινική /ακτινολογικών δεδομένων και μόνο με τη χρήση μιας λογιστικής παλινδρόμησης, τα δεδομένα πεπτίδιο μόνο του, και ένα συνδυασμό. Και οι δύο τύποι δεδομένων και μόνο υπό τον όρο παρόμοια πρόβλεψη. Κάποια βελτίωση αποκτήθηκε με συνδυασμό των δύο τύπων δεδομένων, αλλά ήταν πολύ λιγότερο από προσθετικό. Αυτό είναι σύμφωνο με τα αποτελέσματα από την ανάλυση των επιμέρους πεπτιδίων, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι διακρίσεις πεπτίδια φέρουν εν μέρει πληροφορίες επίσης διαθέσιμα από τις κλινικές /ραδιολογικών μεταβλητές.

Μοντελοποίηση φαινότυποι βασίζονται σε πρωτεΐνες και κλινικά δεδομένα.

Σχήμα 7 δείχνει τις τιμές ρ για τη διάκριση περιπτώσεων και ελέγχων που λαμβάνεται από τις πρωτεΐνες (δηλαδή σε συνδυασμό συστατικών σκορ πεπτίδιο), όλα τα δομικά πεπτίδια τους, και η συνδυασμένη ένταση μονοπάτι μέτρο οξείας φάσης (δηλαδή το συνδυασμένο αποτέλεσμα του 16 περιλαμβάνεται συστατικού πρωτεΐνες) . Για τις περισσότερες πρωτεΐνες, η εκτιμώμενη ένταση πρωτεΐνη είναι πιο σημαντικό από τα περισσότερα των μετρούμενων εντάσεων πεπτίδιο που συνδέεται με την εν λόγω πρωτεΐνη, αλλά βελτιώνει μόνο σχετικά με τη σημασία του καλύτερου πεπτιδίου για λίγες πρωτεΐνες. Δεδομένου ότι αυτά τα αποτελέσματα ελήφθησαν μέσα στο ίδιο σύνολο δεδομένων που χρησιμοποιήθηκε για τον εντοπισμό και την επιλογή των πεπτιδίων συστατικά, κάποια υπερ-τοποθέτηση μπορεί να συμβαίνουν, και η ένταση της έκφρασης της πρωτεΐνης που ενσωματώνει πληροφορίες από πολλές πεπτίδια μπορεί να είναι μια πιο ισχυρή μέτρο να εφαρμοστεί σε ένα ευρύτερο πλαίσιο . Η συνδυασμένη μέτρο της οξείας φάσης ένταση μονοπάτι δείχνει μία περισσότερο σημαντική ανταπόκριση από οποιοδήποτε από τα συστατικά πρωτεϊνών. Μια παρόμοια εικόνα προκύπτει αν λάβουμε υπόψη τις πρόσθετες πληροφορίες που παρέχονται από τα μέτρα πεπτιδίων, πρωτεϊνών και μονοπάτι πάνω από τις γνωστές κλινικές μεταβλητές στην πρόβλεψη κατάσταση διάμεσης πνευμονοπάθειας (Σχήμα S7).

Οι p-τιμές για τις πρωτεΐνες εμφανίζονται με κόκκινα αστέρια, οι p-τιμές για μεμονωμένα πεπτίδια φαίνεται από τα σημεία, και η κατανομή τους για κάθε πρωτεΐνη που παρουσιάζεται από ένα boxplot. Σε κάθε boxplot, τα άνω και κάτω πλευρές του κουτιού αντιπροσωπεύουν τις υψηλότερες και χαμηλότερες τιμές τεταρτημόριο (Q3 και Q1), αντίστοιχα. Η μαύρη γραμμή σε κάθε κουτί αντιπροσωπεύει την μέση τιμή. Η ρ-τιμή για την οδό οξεία φάση αντιπροσωπεύεται από τη διακεκομμένη γραμμή? Οι Boxplots για πρωτεΐνες στην οδό οξεία απόκριση φάσης σκιασμένες. A1AG1 = άλφα-1-όξινη γλυκοπρωτεΐνη 1? A1AT = άλφα-1-αντιθρυψίνης? A1BG = α-1Β-γλυκοπρωτεΐνη? A2GL = πλούσιες σε λευκίνη α-2-γλυκοπρωτεΐνη? AAct = α-1-αντιχυμοθρυψίνη? ANT3 = αντιθρομβίνης-III? ApoA1 = απολιποπρωτεΐνη Α-Ι? APOB = απολιποπρωτεΐνη Β-100? APOC3 = απολιποπρωτεΐνη C-III? ARMC2 = Armadillo επανάληψη πρωτεΐνη που περιέχει 2? CO3 C3 = συμπλήρωμα? CO4 = συμπληρώνουν C4-A? συμπληρώνουν C4-Β? CO9 = συστατικό του συμπληρώματος C9? FETUA = άλφα-2-HS-γλυκοπρωτεΐνη? ΠΗΚΤΩΜΑΤΩΝ = γελσολίνη? HBA = αιμοσφαιρίνης άλφα? HBB, HBD = αιμοσφαιρίνης β /δέλτα? ΤΦ = απτοσφαιρίνης? HPTR = πρωτεΐνη απτοσφαιρίνη που σχετίζονται? HRG = πλούσια σε ιστιδίνη γλυκοπρωτεΐνη? ITIH4 = αναστολέας ενδο-α-θρυψίνης Η4 της βαριάς αλυσίδας? KLKB1 καλλικρεΐνη = πλάσμα? KV3 = Ig κ αλυσίδα V-III περιοχή Ti? RETBP = 4 πρωτεΐνη δέσμευσης ρετινόλης? SAMP = αμυλοειδές ορού P-συνιστώσα? TRFE = serotransferrin? TTHY = τρανσθυρετίνης.

Η

Εικόνα 8Α δείχνει την οξεία απόκριση φάσης ένταση της οδού καταγράφεται σε ένα συνδυασμό κλινικών μεταβλητή βαθμολογίας μετρώντας την πιθανότητα ενός ατόμου να είναι μια υπόθεση που υπολογίζεται από λογιστικής παλινδρόμησης της κατάστασης ασθενών-μαρτύρων κατά την κλινικές μεταβλητές ΠΟΥ PS, το ιστορικό καπνίσματος, την έκταση της κανονικής κάλυψης του πνεύμονα στην αξονική τομογραφία, και η σοβαρότητα των προϋπαρχόντων ILD. Αυτό δείχνει και τις δύο πηγές πληροφοριών που συμβάλλει στην πρόβλεψη αποτελέσματος ΔΠΝ, αν και τα δύο αυτά μέτρα είναι αρκετά ισχυρά συσχετίζονται, έτσι ώστε μεγάλο μέρος των πληροφοριών είναι διπλές. Εικόνα 8Β εξετάζει τις επιπτώσεις για την πρόβλεψη της ΔΠΝ δείχνοντας τα χαρακτηριστικά λειτουργίας δέκτη (ROC) καμπύλες για τις κλινικές μεταβλητές, οξεία ένταση οδού φάσης, και ο συνδυασμός των δύο πηγών πληροφόρησης. Αυτό δείχνει συγκρίσιμα επίπεδα προβλεπτική ικανότητα από τις κλινικές μεταβλητές και οξείας εντάσεις μονοπάτι φάση, και κάποια δυνητικό όφελος από το συνδυασμό τους μαζί η οποία, ωστόσο, είναι περιορισμένη, γεγονός που αντανακλά την αντιστοιχία τους.

(Α) Plot της οξείας φάσης ένταση απόκριση έναντι της συνδυασμένης κλινική μεταβλητή βαθμολογίας μετρώντας την πιθανότητα ενός υποκειμένου που μια υπόθεση που υπολογίζεται από ένα μοντέλο πρόβλεψης κατάστασης υπόθεση ελέγχου που βασίζεται μόνο στις κλινικές μεταβλητές πΟΥ PS, το κάπνισμα ιστορία, την έκταση της κανονικής κάλυψης του πνεύμονα στην αξονική τομογραφία, και τη σοβαρότητα της προϋπάρχουσα ILD, με Boxplots συγκρίνοντας την κατανομή αυτών των μέτρων σε περιπτώσεις και τους ελέγχους. Σε κάθε boxplot, τα άνω /δεξιά και κάτω /αριστερά πλευρές του κουτιού αντιπροσωπεύουν τις υψηλότερες και χαμηλότερες τιμές τεταρτημόριο (Q3 και Q1), αντίστοιχα. Η μαύρη γραμμή σε κάθε κουτί αντιπροσωπεύει την μέση τιμή. (Β) Δέκτης που λειτουργούν τα χαρακτηριστικά της καμπύλης του cross-επικυρωμένες προβλέψεις από κλινικά δεδομένα, η οξεία ένταση απόκριση φάσης και ο συνδυασμός των κλινικών δεδομένων και οξεία ένταση απόκριση φάσης.

Η

Συζήτηση

παρουσιάζουμε εδώ προκύπτει από μια πρωτεομική ανάλυση εφαρμόζεται σε μια φαρμακοεπιδημιολογική μελέτη μεγάλης κλίμακας και να αποδείξει ότι με ιδιαίτερη προσοχή για να μελετήσει το σχεδιασμό και πειραματικές διαδικασίες σε όλη τη διαδικασία που απαιτείται για την παραγωγή υψηλής ποιότητας δεδομένα, είναι δυνατό να αντλήσει πολύτιμη γνώση τόσο από επιστημονική και ένα διαγνωστικό προοπτική. Ωστόσο, υπάρχουν πολλές πιθανές πηγές διακύμανσης δεδομένα και προκατάληψη σε αυτή τη διαδικασία. Η ακεραιότητα του όλα τα βήματα της διαδικασίας είναι κρίσιμη για τη δημιουργία χρήσιμων δεδομένων και την αποτυχία να εξασφαλίσει υψηλή ποιότητα σε κάθε ένα από αυτά μπορεί να θέσει σε κίνδυνο την εγκυρότητα και την αξία του συνόλου της μελέτης.

Μεθοδολογικές πτυχές

σχεδιασμός μελέτης και προετοιμασίας του δείγματος.

Εμείς εφαρμόζεται προσεκτικοί φαινοτυπική με τύφλωσε διαγνωστικό έλεγχο προκειμένου να διασφαλιστεί μια ακριβή διάγνωση ΔΠΝ, και να ενσωματωθούν μέτρα για να εξασφαλίσουν ότι όλες οι περιπτώσεις της ΔΠΝ που συμβαίνουν στην ομάδα πηγή θα συλληφθεί. Έλεγχοι επιλέχθηκαν από τον πραγματικό πληθυσμό δημιουργώντας τις περιπτώσεις, εξασφάλιση της συγκρισιμότητας μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων, έτσι ώστε αντιθέσεις δει μπορεί να αποδοθεί σε καθεστώς υπόθεση. Τα ποσοστά συμμετοχής ήταν υψηλό (& gt? 90%) και παρόμοιες για τις περιπτώσεις και τους ελέγχους [3], καθιστώντας μεροληψία της επιλογής απίθανο. δείγματα πρωτεομική ελήφθησαν μετά από χωριστή εν επιγνώσει συναίνεση από περίπου το ήμισυ του συνόλου των περιπτώσεων και ελέγχων gefitinib-θεραπεία. Μέτρα για τη διασφάλιση υψηλής ποιότητας πρωτεομική δεδομένων για μεγάλης κλίμακας επιδημιολογική έρευνα μας περιλαμβάνονται τυχαιοποίηση των επεξεργασμένων δειγμάτων, προσεκτική αξιολόγηση της ποιότητας της προετοιμασίας του δείγματος και των βελτιστοποιημένων πρωτοκόλλων προετοιμασία για να εξασφαλιστεί η σταθερότητα σε όλες τις διαδικασίες για ένα μεγάλο αριθμό δειγμάτων. Έχουμε περιγράψει προηγουμένως τη γενική στρατηγική που αποφασίσαμε να χρησιμοποιήσουμε στη μελέτη βασίζεται σε μια σειρά πειραματικών γύρους πιλοτικής φάσης [14].

Πειραματικές μετρήσεις αποτελέσματα παρτίδα.

Δύο διαστάσεων πηκτή πολυακρυλαμιδίου ηλεκτροφόρηση είναι μία κοινή συμβατική τεχνολογία που χρησιμοποιείται για την ανάλυση πρωτεϊνών σε ορό /πλάσμα [15], [16]. Επί του παρόντος, LC-MS /MS έχει γίνει ευρέως αποδεκτό για υψηλής ανάλυσης πρωτεώματος κλίμακα προφίλ από ένα σύνθετο μίγμα πεπτιδίων [17]. Πρόσφατες πρόοδοι σε αυτή τη μεθοδολογία, συμπεριλαμβανομένων βελτιωμένη σταθερότητα του πεπτιδίου διαχωρισμού και ανίχνευσης επέτρεψε σύγκριση της έντασης ιόν μεταξύ των προφίλ LC-MS /MS [18]. Μας σύστημα πρωτεομική ανάλυση εφαρμόζεται LC-MS /MS μετά την εξάντληση ανοσοσυγγένειας από τα πιο άφθονα συστατικά των πρωτεϊνών στο πλάσμα του αίματος, και η πρωτεολυτική επεξεργασία ενζύμων του απεμπλουτισμένου δείγματος πλάσματος.

Εντοπίσαμε ότι η LC-MS /MS διαδικασία μέτρησης έχει συστηματικά σφάλματα μέτρησης, όπως θα περίμενε κανείς, το οποίο πήραμε μέτρα για την εξάλειψη εισάγοντας την επεξεργασία παρτίδα με τον έλεγχο της ποιότητας, το σχεδιασμό τη σειρά της επεξεργασίας του δείγματος για την ελαχιστοποίηση των επιπτώσεων της τυχόν συστηματικών σφαλμάτων, και, στη συνέχεια, την εξάλειψη των επιπτώσεων παρτίδα στη στατιστική ανάλυση. Η εξέταση των αποτελεσμάτων της παρτίδας στην στατιστική ανάλυση φάνηκε να βελτιώσει τη διαδικασία της ανίχνευσης διακρίσεις κορυφές, και ως εκ τούτου, με βάση τελικό βήμα αναγνώρισης πρωτεΐνης μας σε αυτή την προσέγγιση ανάλυσης

αλγόριθμοι Ευθυγράμμιση -. Εσωτερικού προτύπου καθοδηγούμενη Βέλτιστη Προφίλ ευθυγράμμισης ( i-OPAL)

για να είναι δυνατή η συγκριτική ποσοτικοποίηση των δειγμάτων, οι μετρήσεις του δείγματος πρέπει να ευθυγραμμιστεί – δηλ. πρέπει να προσδιορίζονται η αντιστοιχία των σημάτων ιόντων. Διάφορες μέθοδοι έχουν προταθεί για αυτό, π.χ. βασίζονται σε σταθερό ισότοπο επισήμανση [19] – [21], με τη χρήση συγκριτικής αναγνώρισης [22], [23], ή με άμεση σύγκριση των αντίστοιχων σημάτων πεπτιδίου ιόν [18]. Η μέθοδος i-OPAL ανήκει στην τελευταία κατηγορία. Παρά τη σχετικά χαμηλή ακρίβεια και μαζική ανάλυση

m /z

μέτρηση, το μέσο MS τύπου ιόντων παγίδα επιτρέπει μια μακροπρόθεσμη σταθερή μέτρηση χωρίς οποιαδήποτε λειτουργία βαθμονόμησης [24], [25]. Κατά συνέπεια, η

m /z

τιμές είναι άμεσα συγκρίσιμα σε ένα μεγάλο σύνολο δειγμάτων χωρίς περαιτέρω μετασχηματισμούς.

Βιολογικά ευρήματα και τις επιπτώσεις

Οι πιθανοί βιολογικοί μηχανισμοί υποκείμενη οξείες εκδηλώσεις ILD.

Στη χαρτογράφηση IPA μας στην κανονική βιολογικά μονοπάτια, πρωτεΐνες οξείας φάσης βγήκε ως το ισχυρότερο σήμα, που ακολουθείται από τις οδούς του συμπληρώματος και της πήξης.