Abstract

Σκοπός

Ο καταστολέας όγκου ρ53 είναι γνωστό ότι αδρανοποιείται συχνά σε διάφορους καρκίνους. Επιπλέον, πολυμορφισμοί βλαστικής σειράς σε ποσοστό

ΤΡ53

είναι γνωστό ότι επηρεάζουν την λειτουργία της πρωτεΐνης και την επιρροή κίνδυνο ανάπτυξης διαφόρων τύπων καρκίνου. Σε αυτή τη μελέτη, αναλύσαμε τη σύνδεση των

TP53

Pro72Arg πολυμορφισμού με πλακώδες καρκίνωμα της στοματικής γλώσσας (SCCOT) και του οισοφάγου (ESCC) στην Ινδία.

Μέθοδοι

αξιολόγησε την διανομή του

ΤΡ53

Pro72Arg πολυμορφισμού σε εκατόν δέκα πέντε και ογδόντα δύο SCCOT και ESCC ασθενείς, αντίστοιχα, σε σχέση με εκατόν δέκα υγιείς μάρτυρες από τον ίδιο πληθυσμό. Επιπλέον, αναλύσαμε σύνδεση του πολυμορφισμού με διάφορες παθολογικές κλινικο- και μοριακών παραμέτρων.

Αποτελέσματα

Pro72 αλληλόμορφο ήταν σημαντικά εμπλουτισμένο σε ασθενείς SCCOT σε σύγκριση με την υγιή ομάδα ελέγχου, αλλά ούτε αλληλόμορφο εμπλουτίστηκε σε ESCC. Είναι ενδιαφέρον, Pro72 αλληλόμορφο ήταν κατά προτίμηση μεταλλάσσεται σε ESCC η οποία επιβεβαιώθηκε με ανάλυση των δειγμάτων ετερόζυγο για Pro72Arg.

Συμπεράσματα

Η μελέτη μας αποκάλυψε τη σχέση της Pro72 αλληλόμορφου με SCCOT που υποδηλώνει την επίδραση αυτού του πολυμορφισμού σε SCCOT κινδύνου. Προνομιακή μετάλλαξη του Pro72 αλληλόμορφο αποκλειστικά σε ESCC δείχνει την ανάγκη για περαιτέρω μελέτες για να κατανοήσουν τον ιστό συγκεκριμένο αποτέλεσμα της p53 πολυμορφισμού

Παράθεση:. Adduri RSR, Katamoni R, Pandilla R, Madana SN, Paripati AK, Kotapalli V, et al. (2014)

TP53

Pro72 αλληλόμορφο Εμπλουτισμένο με τον καρκίνο του στόματος Tongue και μεταλλάσσονται συχνά στον καρκίνο του οισοφάγου στην Ινδία. PLoS ONE 9 (12): e114002. doi: 10.1371 /journal.pone.0114002

Επιμέλεια: Xin Yuan-Γκουάν, το Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Κίνα

Ελήφθη: έβδομης Αυγούστου του 2014? Αποδεκτές: 31 του Οκτώβρη του 2014? Δημοσιεύθηκε: 1 Δεκέμβρη, 2014

Copyright: © 2014 Adduri et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. MDB λάβει Ινδικού Συμβουλίου Ιατρικής Έρευνας (ICMR), Govt. της Ινδίας (Grant No. 5/13/129/2009-NCD-III), το Συμβούλιο Επιστημονικής και Βιομηχανικής Έρευνας (CSIR), Govt. της Ινδίας (Grant Νο 27 (265) /12 /EMR-ΙΙ), Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Govt. της Ινδίας (Grant Νο BT /PR11873 /MED /30/173/2009) και ένα πυρήνα επιχορήγηση από το Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Govt. της Ινδίας στο Κέντρο για το DNA λήψη δακτυλικών αποτυπωμάτων και Diagnostics (CDFD). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

πλακωδών κυττάρων καρκίνωμα της προφορικής γλώσσας (SCCOT) είναι μια κοινή μορφή του κεφαλιού και ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα τραχήλου (HNSCC) και η συχνότητα εμφάνισης της είναι συνεχώς αυξανόμενη σε όλο τον κόσμο [1]. Η αύξηση στη συχνότητα εμφάνισης έχει παρατηρηθεί κυρίως σε νεότερους ασθενείς [2], [3] το οποίο φαίνεται να παρουσιάζουν χαμηλότερη συνεργασία με κοινούς παράγοντες κινδύνου, όπως το αλκοόλ και ο καπνός που υποδηλώνει πιθανή γενετική προδιάθεση [3]. SCCOT είναι γνωστό ότι είναι επιθετική και σχετίζεται με υψηλότερα ποσοστά των απόκρυφων και κομβικών μετάσταση σε σύγκριση με άλλους υπότυπους HNSCC [4]. Είναι συχνά συνδέεται με κακή επιβίωση η οποία δεν έχει βελτιωθεί σημαντικά κατά τη διάρκεια των τελευταίων τεσσάρων δεκαετιών [5], [6]. Καρκίνο του οισοφάγου (ΕΚ) είναι η έκτη και όγδοη πιο κοινή μορφή καρκίνου σε άνδρες και γυναίκες αντίστοιχα, στην Ινδία (https://www.icmr.nic.in/ncrp/report_pop_2001-04/cancer_p_based.htm). Πλακωδών (ESCC? Εμφανίζεται συνήθως σε εγγύς και μέσης οισοφάγου) και αδενοϊό (ΑΗΚ? Εμφανίζεται κυρίως στο άπω τμήμα του οισοφάγου) καρκίνωμα είναι οι δύο μεγάλες υποκατηγορίες ΕΚ [7]. Αν ESCC ήταν πιο συχνές πριν από λίγες δεκαετίες, η ταχεία αύξηση της ΑΗΚ έχει σημειωθεί από το 1980 στη Δύση [8], παράλληλα με την αυξημένη συχνότητα εμφάνισης γαστρεντερικών αντανακλαστικό νόσο (ΓΟΠΝ). GERD προκαλεί φλεγμονή που προκαλείται από παθολογική κατάσταση που ονομάζεται «Barrett του οισοφάγου», η οποία προδιαθέτει στην ΑΗΚ [9]. Αν και, μια παρόμοια τάση στην αύξηση της ΓΟΠΝ έχει σημειωθεί στις ασιατικές χώρες κατά τις τελευταίες δεκαετίες, ESCC παραμένει η κυρίαρχη υποτύπου ΕΚ [10], γεγονός που υποδηλώνει τη δυνατότητα του ρόλου των γενετικών παραγόντων. Λόγω της πιο κοντά τη θέση του στο λαιμό και τις ομοιότητες στα μονοπάτια ογκογένεση, ESCC είναι μερικές φορές ταξινομείται με HNSCC.

Σωματικά αδρανοποίηση του

TP53

είναι ένα συχνό συμβάν σε περισσότερες μορφές καρκίνου ενώ οι εκτροπές βλαστικής που σχετίζονται με Li-Fraumeni [11], ένα σύνδρομο κληρονομικό καρκίνο προδιάθεση. Κοινό τρόποι αδρανοποίησης p53 είναι σημειακές μεταλλάξεις, απώλεια αλληλικές [12] και η αδρανοποίηση διαμεσολαβείται από oncoviral πρωτεΐνες [13]. Επιπλέον, πολλές πολυμορφισμοί συμβαίνουν σε

ΤΡ53

μερικοί από τους οποίους προτείνονται για διαταράσσουν τη λειτουργία της πρωτεΐνης και μπορεί να επηρεάσει τον καρκίνο επιδεκτικότητα [14]. Μεταξύ αυτών, το κωδικόνιο 72 Pro /Arg πολυμορφισμός (rs1042522) είναι η πιο κοινή και καλά μελετηθεί. Οι δύο αλληλόμορφα ρ53 codon72 κωδικοποιούν προλίνη (Pro72) ή αργινίνη (Arg72), που βρίσκεται σε μια περιοχή πολυπρολίνης παρούσα μεταξύ της διαενεργοποίησης και τα πεδία σύνδεσης DNA και μπορεί να επηρεάσει την δομή του υποθετικού πεδίου SH3 δέσμευσης [15]. Το αλληλόμορφο Pro72 είναι γνωστό ότι σχετίζονται με τη νόσο της στεφανιαίας αρτηρίας [16], υψηλότερη ευαισθησία στην ενδομητρίωση [17], τα πρωτογενή γλαύκωμα ανοικτής γωνίας [18], συστηματικός ερυθηματώδης λύκος (ειδικά σε Ασιάτες) [19] και της ελκώδους κολίτιδας [20], ενώ το αλληλόμορφο Arg72 σχετίζεται με την εξέλιξη της διαβητικής νεφροπάθειας [21]. Το πιο σημαντικό, ο πολυμορφισμός εκθέματα ποικίλες συσχέτιση με τον κίνδυνο [22], [23], η επιβίωση [24], [25], και ανταπόκριση στη θεραπεία [25] σε αρκετές καρκίνους σε διαφορετικούς πληθυσμούς.

Στην παρούσα μελέτη , αξιολογήσαμε τη συχνότητα των Pro72Arg πολυμορφισμού σε SCCOT και ESCC. Pro72 αλληλόμορφο φαίνεται να σχετίζεται σημαντικά με SCCOT ενώ καμία συσχέτιση είτε με αλληλόμορφο ανιχνεύθηκε σε ESCC. Ωστόσο, σε ESCC,

TP53

DNA δεσμευτική μεταλλάξεις της περιοχής σημειώθηκαν σε σημαντικά υψηλότερη συχνότητα του αλληλόμορφου Pro72.

Υλικά και Μέθοδοι

Τα δείγματα των ασθενών και τον έλεγχο

εκατόν δεκαπέντε και ογδόντα δύο είχαν λάβει προηγουμένως θεραπεία και χειρουργικά δείγματα SCCOT και ESCC αντίστοιχα συλλέχθηκαν κατά την περίοδο 2007-2013 από τρία νοσοκομεία στο Hyderabad, Ινδία, μετά από ενημερωμένη συγκατάθεση. Εβδομήντα δύο και εβδομήντα πέντε SCCOT και ESCC ασθενείς αντίστοιχα, ήταν από προηγούμενες μελέτες μας [26], [27]. Οι κλινικο-παθολογικές πληροφορίες των ασθενών δίνονται στον Πίνακα S1. Διάμεση ηλικία και αναλογία ανδρών-γυναικών ήταν 49 και 50? και 1,94 και 1 για SCCOT και ESCC αντίστοιχα. Περιφερικού αίματος από εκατόν δέκα ετών και να συνδυαστούν καρκίνο φύλο δωρεάν υγιή άτομα που ανήκουν στην ίδια γεωγραφική περιοχή συλλέχθηκαν.

Δήλωση Ηθικής

Η μελέτη εγκρίθηκε από τις επιτροπές δεοντολογίας του Απόλλωνα Νοσοκομεία (14 /05/2005), MNJ Ινστιτούτο Ογκολογίας και Περιφερειακό Κέντρο Καρκίνου (23/09/2006 και 20/10/2008) και Ινδο-αμερικανικού Ινστιτούτου Καρκίνου και Ερευνητικό Κέντρο (08/08/2007), καθώς και Θεσμικών Επιτροπής βιοηθικής Κέντρο για το DNA λήψη δακτυλικών αποτυπωμάτων και Diagnostics (CDFD) (20/12/2009), σύμφωνα με τροποποιημένους δήλωση του 2005. Ελσίνκι Όλα τα δείγματα συλλέχθηκαν μετά από γραπτή συγκατάθεση.

Γονοτυπικές

DNA απομονώθηκε από ιστολογικά επιβεβαίωσε φυσιολογικό ιστό γειτονικά του όγκου για κάθε δείγμα, όπως αναφέρεται λεπτομερώς στο έγγραφο S1. Γονοτυπικός του κωδικονίου 72 πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας μια διττή προσέγγιση, συμπεριλαμβανομένων PCR-RFLP (Σχήμα 1Α) [28] και αλληλόμορφο ειδική PCR (Σχήμα 1Α) [29], όπως περιγράφηκε προηγουμένως. Τα αποτελέσματα επιβεβαιώθηκαν ανεξάρτητα σε είκοσι και δεκαπέντε SCCOT και ESCC δείγματα αντίστοιχα χρησιμοποιώντας αμφίδρομη ανάλυση αλληλουχίας Sanger σε γενετικό αναλυτή 3100 (ΑΒΙ Inc., Foster πόλη, CA, USA) (Σχήμα 1Β). Οι αλληλουχίες εκκινητών παρατίθενται στον Πίνακα S2.

Πίνακας Α, ανάλυση PCR-RFLP επιβεβαιώθηκε με αλληλόμορφο ειδική PCR πραγματοποιήθηκε όπως περιγράφεται στο τμήμα υλικών και μεθόδων. Μ, 50 bp DNA σκάλα? 1, Pro /Pro? 2, Pro /Arg? 3, Arg /Arg? και C, Δεν υπάρχει έλεγχος πρότυπο. Το πάνελ Β, ο προσδιορισμός αλληλουχίας Sanger. Pro /Pro (αριστερά), Pro /Arg (μέση) και Arg /Arg (δεξιά).

Η

TP53

διαλογής μετάλλαξη

TP53

διαλογή μετάλλαξη πραγματοποιήθηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [26]. Να προσδιορίσει αν η Pro72 ή το αλληλόμορφο Arg72 ήταν υπόθαλψη μετάλλαξη p53 σε δείγματα ετερόζυγο για τον πολυμορφισμό Pro72Arg, ένα μεγάλο αμπλικόνιο (~2700 bp) που εκτείνονται σε εξώνια 4-8 του

TP53

(η οποία περιλαμβάνει το κωδικόνιο 72, καθώς και ως την περιοχή που κωδικοποιεί την περιοχή δέσμευσης DNA) ενισχύθηκε (Primer ζεύγη Arg

+ και εξονίου 8R, Πίνακας S2) από γενωμικό DNA και κλωνοποιήθηκε σε φορέα ΤΑ (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Τα ανασυνδυασμένα πλασμίδια διαλέγονται για μετάλλαξη, καθώς και για το κωδικόνιο 72 πολυμορφισμό χρησιμοποιώντας αμφίδρομη ανάλυση αλληλουχίας Sanger.

Μοριακή ανάλυση

Κατάσταση της ρ53 πυρηνικό σταθεροποίησης,

ΤΡ53

μετάλλαξη (μόνο για SCCOT), EGFR πάνω έκφραση, αστάθεια μικροδορυφορικού, β-κατενίνης κατάστασης πυρηνικού εντοπισμού (μόνο για ESCC), μόλυνση από HPV και LOH και μεταβλητές κλινικο-παθολογικές όπως η ηλικία, το φύλο, το κάπνισμα, η κατανάλωση αλκοόλ, τον βαθμό και παθολογικές στάδιο αναφέρθηκαν σε μας προηγούμενες μελέτες [26], [27].

η στατιστική ανάλυση

Απόκλιση από Hardy-Weinberg ισορροπίας για τη συχνότητα του γονότυπου για τις περιπτώσεις και τους ελέγχους, αναλύθηκε χρησιμοποιώντας χ

2 τεστ. αναλογία πιθανοτήτων και τα αντίστοιχα διαστήματα εμπιστοσύνης 95% για τον κίνδυνο της νόσου υπολογίστηκαν. Κυρίαρχη, συνεπικρατούν, υπολειπόμενο, πάνω κυρίαρχη και συνδεθείτε προσθέτων μοντέλα κληρονομιά ελέγχθηκαν για να διαπιστωθεί αν το SNP σχετίζεται με τη νόσο. Akaike (AIC) και Bayesian (BIC) κριτήριο πληροφορίες, πέραν των χ

2 σ τιμές χρησιμοποιήθηκαν για να επιλέξετε το καλύτερο μοντέλο της κληρονομίας. Σύνδεσης μεταξύ διαφορετικών γονότυπων και κλινικο-παθολογικές μεταβλητές αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας χ

2 ή Fisher exact test ανάλογα με την περίπτωση.

Αποτελέσματα

TP53

Pro72 αλληλόμορφο είναι εμπλουτισμένο σε SCCOT αλλά όχι σε ασθενείς ESCC

Αναλύσαμε την κατανομή της ρ53 κωδικονίου 72 γονότυπους σε SCCOT και ESCC σε σχέση με τους υγιείς μάρτυρες (Σχήμα 1), όπως περιγράφεται στο τμήμα υλικά και μέθοδοι. 26 (23,6%), 53 (48.2%) και 31 (28,2%) δείγματα μαρτύρων που φιλοξενούνται Pro /Pro, Pro /Arg και Arg /Arg γονότυπους, αντίστοιχα, επιδεικνύοντας έτσι καμία σημαντική εμπλουτισμό ενός αλληλόμορφου έναντι του άλλου (Πίνακας 1) . Ωστόσο, Pro72 αλληλόμορφο φάνηκε να εμπλουτίζεται σημαντικά το SCCOT σύγκριση με τους μάρτυρες (Πίνακας 1), ενώ δεν παρατηρήθηκε σημαντική εμπλουτισμό σε ESCC (Πίνακας 1). Οι κατανομές γονότυπου των δειγμάτων SCCOT και ESCC καθώς και οι έλεγχοι δεν είχαν αποκλίνουν από Hardy-Weinberg ισορροπία (Πίνακας 1). Co-κυρίαρχη, υπολειπόμενο και log-προσθετικό γενετικό μοντέλα βρέθηκαν να είναι κατάλληλες για την κληρονομιά της SCCOT για αυτό το SNP (Πίνακας S3A). Ωστόσο, η μικρότερη τιμή του AIC (310.7) και BIC (317) για υπολειπόμενο μοντέλο αυτό δείχνει να είναι το καλύτερο μοντέλο (Πίνακας S3A). Σε αντίθεση, ESCC δεν εμφανίζουν συσχέτιση με οποιοδήποτε γενετικό μοντέλο (Πίνακας S3b) όπως αναμενόταν. Κανένα από διάφορες μοριακές και κλινικο-παθολογικές μεταβλητές παρουσίασαν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με το κωδικόνιο 72 συχνότητα αλληλόμορφου σε SCCOT και ESCC (Πίνακας S1).

Η

Οι TP53

μεταλλάξεις που παρατηρήθηκαν αποκλειστικά σε όγκους ESCC με p53 πυρηνική σταθεροποίηση

TP53

κατάσταση μετάλλαξης αναφέρθηκε νωρίτερα για όλα τα δείγματα που αναλύθηκαν SCCOT στην προηγούμενη μελέτη [26]? μεταλλάξεις σχετίζονται με την κακή ασθένεια ειδικές επιβίωση [26], αλλά όχι με αρκετές κλινικο- παθολογικών παραμέτρων που απαριθμούνται στο Υλικά και Μέθοδοι τμήμα. Εμείς διαλογή δειγμάτων ESCC για σωματικές μεταλλάξεις στα εξόνια 5-8 του

ΤΡ53

που κωδικοποιούν την περιοχή δέσμευσης του DNA και είναι γνωστό ότι φιλοξενούν πλειονότητα του καρκίνου που σχετίζεται μεταλλάξεων [30]. Οι μεταλλάξεις εντοπίστηκαν σε είκοσι εννέα από σαράντα πέντε δείγματα που εμφανίζουν πυρηνικό σταθεροποίησης και κανένας από τριάντα επτά δείγματα που δεν έκανε, γεγονός που υποδηλώνει ότι η απουσία της πυρηνικής σταθεροποίησης μπορεί να είναι ένας αξιόπιστος δείκτης της απουσίας του

TP53

DNA δεσμευτική μετάλλαξη τομέα στο ESCC . Εντοπίστηκαν συνολικά είκοσι επτά (δεκαεννέα εσφαλμένου νοήματος, τρεις ανοησίες και πέντε indels) μεταλλάξεις (όλα ετερόζυγο). Δύο μεταλλάξεις (c.610G & gt?. Τ (p.E204X) και c.566delC (p P190Lfs * 57)) ανιχνεύθηκαν σε δύο δείγματα κάθε (Πίνακας S4). Έχουμε εντοπίσει τρεις νέες σωματικές μεταλλάξεις

δηλ.

, C.621_639del19, c.454_466dupCCGCCCGGCACCC και c.428_432delTGCAG + 440delG (Πίνακας S4). Λεπτομερής περιγραφή των νέων μεταλλάξεων παρέχεται στο έγγραφο S2. Μεταλλάξεις σε ESCC δεν συνδέεται με καμία από τις μεταβλητές κλινικο-παθολογική αναλύθηκαν (Πίνακας S5). Αναλογία των μεταβάσεων και μεταστροφές (Σχήμα S1 Α), καθώς και πλαισίου, εσφαλμένου νοήματος και μεταλλάξεις ανοησίες (Σχήμα S1B) ήταν παρόμοια με προηγούμενες εκθέσεις για ESCC, σύμφωνα με τον Διεθνή Οργανισμό Ερευνών για τον Καρκίνο (IARC)

TP53

βάση δεδομένων [ ,,,0],15]. Είναι ενδιαφέρον, το ποσοστό των διαγραφών ήταν υψηλότερη από ό, τι αναφέρθηκε στο

TP53

βάση δεδομένων (Σχήμα S1B). G: C & gt? A: μεταβάσεις Τ αποτελούσαν το μείζον

ΤΡ53

τύπος μετάλλαξης (9/29? 34,48%) σε δείγματα ESCC σε αυτή τη μελέτη είναι παρόμοια με τη βάση δεδομένων [15]. Ωστόσο, η συχνότητα του C & gt? Τ μεταβάσεις σε CpG δινουκλεοτίδια ήταν χαμηλότερη (10,34%), ενώ η συχνότητα των διαγραφών (5/29? 17,24%) ήταν υψηλότερη από αναφερθεί στη βάση δεδομένων [15]

Pro72 αλληλόμορφο harbored αδρανοποίησης. μεταλλάξεις συχνά σε ESCC

μεταλλάξεις δεσμευτικός Ρ53 ΟΝΑ δεν σχετίζονται με κωδικόνιο 72 γονότυπο σε SCCOT (p = 0,917) (Πίνακας 2). Σε αντίθεση, τα δείγματα ESCC με Pro /Pro (10/20? 50%) γονότυπο ήταν πιο πιθανό να φιλοξενούν μετάλλαξη από δείγματα με Arg /Arg γονότυπου (5/16? 31,3%) (ρ = 0.289) (Πίνακας 2). Ως εκ τούτου, προχωρήσαμε για να καθοριστεί αν Pro72 αλληλόμορφο ήταν πιο συχνά μεταλλάσσεται από την ανάλυση δειγμάτων ετερόζυγο για Pro72Arg πολυμορφισμό. Ένα μοναδικό προϊόν PCR που περιελάμβανε την μετάλλαξη, καθώς και ο πολυμορφισμός δημιουργήθηκε και κλωνοποιήθηκε μέσα σε ένα κατάλληλο φορέα πλασμιδίου και αλληλουχήθηκε για να καθοριστεί αν η μετάλλαξη ήταν παρούσα στο Pro72 ή αλληλόμορφου Arg72. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 2, η μετάλλαξη προτίμηση βρίσκεται στο αλληλόμορφο Pro72 (p = 0,0001) (Πίνακας 2), ενισχύοντας έτσι το αποτέλεσμα που ελήφθη για τα δείγματα ομόζυγο για κωδικόνιο 72 και μας επιτρέπει να συγκρίνουμε Pro72Arg πολυμορφισμό και την κατάσταση μετάλλαξης της ρ53 για όλους 75 δείγματα ESCC η οποία αποκάλυψε ότι η μετάλλαξη συσχετίστηκε σημαντικά με Pro72 αλληλόμορφο (p = 0,0018) (Πίνακας 2).

ηλεκτροφορητόγραμμα δείχνει μετάλλαξη (αριστερά) και το κωδικόνιο 72 πολυμορφισμό (δεξιά) για καθένα από τα δεκατέσσερα δείγματα δείχνονται. Θέση του εσφαλμένου νοήματος και διαγραφής μεταλλάξεις υποδεικνύονται από τα βέλη και τα μπαρ, αντίστοιχα. Οι προλίνη (CCC) ή αργινίνη (ΚΕΔ) κωδικόνια που υποδεικνύεται από ένα μπαρ.

Η

Είναι ενδιαφέρον, μεταλλάξεις αναμένεται να προκαλέσει περικοπή p53 (ανοησίες και πλαισίου) εντοπίστηκαν αποκλειστικά στο αλληλόμορφο Pro72 (8 /8, 100%) σε δείγματα ESCC. Αν και, μια διαγραφή και ένα συγκρότημα μετάλλαξη (του συνόλου των έξι μεταλλάξεις) ταυτοποιήθηκαν στο Arg72 αλληλόμορφο, και οι δύο δεν αναμένεται να μεταβάλλει το πλαίσιο ανάγνωσης και, επομένως, δεν μπορεί να προκαλέσει πρωτεΐνη αποκοπής. Μόνο το 16,67% των

ΤΡ53

μεταλλάξεις σε SCCOT [26] (σε σύγκριση με 27,59% σε ESCC) αναμένεται να οδηγήσει σε ακρωτηριασμό ρ53, υποδηλώνοντας περαιτέρω διαφορές στη βιολογία του SCCOT και ESCC σε σχέση με τη λειτουργία του ρ53.

Συζήτηση

Αρκετές μελέτες που διεξήχθησαν σε μείγμα πλακώδες καρκίνωμα κεφαλής και τραχήλου (HNSCC) δείγματα δεν ανιχνεύουν καμία στατιστικά σημαντική συσχέτιση με το

TP53

κωδικόνιο 72 πολυμορφισμός [31] – [ ,,,0],33] ίσως λόγω της ετερογένειας των υποτύπων των όγκων. Μελέτες για όγκους του συγκεκριμένου χώρου HNSCC ή /και μοριακή υπότυπο διαπιστώθηκε, ωστόσο, σύνδεση με τον πολυμορφισμό σε διαφορετικές εθνότητες [34] – [37]. Για το καλύτερο της γνώσης μας, αυτή είναι η πρώτη ειδική μελέτη ελέγχου υπόθεση ανέλαβε να βρει τη σχέση μεταξύ

TP53

Pro72Arg πολυμορφισμό και SCCOT. Υπάρχουν αντικρουόμενες αναφορές σχετικά με τη σύνδεση των Pro72Arg πολυμορφισμού με ESCC κίνδυνο με μελέτες αναφέρουν σημαντική συσχέτιση με Pro72 [22], [23], [38], [39], Arg72 [40] ή καμία από τις δύο [41], [42]. Είναι ενδιαφέρον ότι, η επίδραση μπορεί να ποικίλει εντός του ίδιου πληθυσμού [22], [40]. Η ανάλυσή μας έδειξε ότι Pro72 αλληλόμορφο σχετίζεται σημαντικά με SCCOT αλλά όχι με ESCC, ίσως αντανακλούν τις διαφορές στη βιολογία των SCCOT και ESCC μεταξύ των Ινδών. Αξίζει να σημειωθεί ότι μια πρόσφατη μελέτη έδειξε σημαντική διαφορά στη λειτουργία του p53 μεταξύ Arg72 και Pro72 αλληλόμορφο. Ωστόσο αυτή η διαφορά ήταν ειδικό ιστό [43]. Προτάθηκε επίσης ότι Pro72 αλληλόμορφο θα μπορούσε να είναι πιο αποτελεσματική στην πρόκληση διακοπή του κυτταρικού κύκλου [44], ενώ Arg72 αλληλόμορφο δείχθηκε να είναι πιο αποτελεσματική στην επαγωγή της απόπτωσης και εντοπισμού για να μιτοχόνδρια [45]. Αν και έχει αποδειχθεί ότι Arg72 αλληλόμορφο θα μπορούσε να στοχεύει πιο αποτελεσματικά από τον ιό HPV πρωτεΐνη Ε6 [29], δεν είχαμε ανιχνεύσει οποιαδήποτε σημαντική συσχέτιση σε αυτή τη μελέτη.

Παρόμοια με τα αποτελέσματά μας, μια άλλη μελέτη από την Ινδία, επίσης, αναφερθεί απουσία του

TP53

μεταλλάξεις στο ESCC όγκους χωρίς πυρηνικά σταθεροποίησης [46], σε αντίθεση με αναφορές από άλλες χώρες (54-55) ίσως δείχνει ένα χαρακτηριστικό που σχετίζεται αποκλειστικά με την ινδική πληθυσμού. Επιπλέον, η ESCC

TP53

σωματικών φάσμα μετάλλαξη ανιχνεύτηκε σε αυτή τη μελέτη είναι παρόμοια με τις παρατηρήσεις που έγιναν νωρίτερα από την Ινδία [47]. Χαμηλότερη αναλογία G: C & gt? Α: Τ μεταβάσεις σε CpG δινουκλεοτίδια (αποδίδεται στην αυθόρμητη απαμίνωση της κυτοσίνης) εντοπίστηκαν σε δείγματα ESCC σε αυτή τη μελέτη είναι σύμφωνη με προηγούμενες μελέτες από την Ινδία [47]. Υψηλότερη συχνότητα του G: C & gt? A: μεταβάσεις Τ σε θέσεις μη-CpG μπορεί να αποδοθεί σε παράγοντες αλκυλίωσης στα τρόφιμα και το περιβάλλον [48]. Αξίζει να σημειωθεί ότι οι νιτροζαμίνες σε αλκοολούχα ποτά [49] και επεξεργασμένου κρέατος [50] είναι γνωστό ότι αυξάνουν τον κίνδυνο του οισοφάγου και του στομάχου του καρκίνου, αντίστοιχα. ESCC μελέτες από το Ιράν [51], καθώς και νότια Βραζιλία [52] ανέφερε μια συσχέτιση της συνήθεια του πόσιμου ζεστό τσάι με G: C & gt? Α:. Τ μεταβάσεις

Για το καλύτερο της γνώσης μας, αυτή είναι η μόνο μελετήσει με την κατάσταση του να αξιολογήσει

TP53

μετάλλαξη στο Pro ετεροζυγώτες /Arg, το οποίο αναμένεται να δώσει πιο ακριβείς πληροφορίες σχετικά με την έκταση του συνεταιρίζεσθαι καθώς και οι δύο αλληλόμορφα είναι παρόντα στο ίδιο γενετικό υπόβαθρο. Παρατηρήσαμε ότι η δέσμευση p53 DNA μεταλλάξεις της περιοχής ήταν κατά κύριο λόγο ανιχνεύονται σε Pro72 αλληλόμορφο (σε σύγκριση με Arg72 αλληλόμορφο) σε ESCC ότι ούτε αλληλόμορφο ήταν κατά προτίμηση μεταλλάσσεται σε SCCOT. Αρκετές μελέτες για διάφορες μορφές καρκίνου αναφερθεί πιθανή συσχέτιση της δέσμευσης μετάλλαξη τομέα με Arg72 αλληλόμορφο [53] DNA p53, [54], ενώ μερικές αναφέρεται διαφορετικά [24], [55]. Ίσως, η ένωση μπορεί να ποικίλει ανάλογα με την εθνικότητα [24]. Μεταλλαγμένα p53 Arg72 προτείνεται να είναι πιο αποτελεσματική σε σύγκριση με ρ53 Pro72 στην πρόσδεση και αδρανοποίηση ρ73, ένα ομόλογο ρ53 που μπορεί να μετενεργοποιούν στόχους p53 [56]. Επιπλέον, προηγούμενες μελέτες έδειξαν επίσης ότι μεταλλαγμένο αλληλόμορφο Pro72 μπορεί να έχουν μεγαλύτερες δυνατότητες να απενεργοποιούν το ρ53 μόνη της [57]. Αξίζει να σημειωθεί, ESCC εμφανίζει συχνή απενεργοποίηση του ρ73 μέσω της απώλειας της ετεροζυγωτίας [58], με τον τρόπο αυτό ίσως εξηγεί υψηλότερη συχνότητα μετάλλαξης στο Pro72 αλληλόμορφο που προκαλεί απενεργοποίηση του ρ53.

Είναι ενδιαφέρον, παρατηρήσαμε πρωτεΐνη περικοπή μεταλλάξεις που σχετίζονται αποκλειστικά με την Pro72 αλληλόμορφο ESCC. Αξίζει να σημειωθεί ότι οι μεταλλάξεις κολόβωση αναμένεται να καταργήσει εντελώς τη λειτουργία ρ53 ενώ μεταλλάξεις εσφαλμένου νοήματος μπορεί να αναμένεται να διατηρήσει μερική /μεταβάλλεται δραστηριότητα. Επιπλέον, σε αντίθεση με μετάλλαξη κολόβωση, νοηματικές μεταλλάξεις στον τομέα δέσμευσης ρ53 DNA μπορεί να μεταβάλλει την ικανότητα του ρ53 να συνδέεται προς γονίδια DNA και στόχων, μετενεργοποιούν αλλά μπορεί να μην επηρεάζουν τις λειτουργίες της ρ53 αποκλειστική σε άλλους τομείς της πρωτεΐνης [59]. Έτσι την πλήρη αδρανοποίηση του Pro72 θα μπορούσε να είναι περισσότερο από ό, τι ογκογόνο Arg72 στο ESCC.

Συμπέρασμα

Αυτή η μελέτη έδειξε επίδραση του

TP53

Pro72 αλληλόμορφο στην αύξηση του κινδύνου SCCOT και πρότεινε ότι SCCOT μπορεί να έχουν βιολογική διαφορά σε σχέση με άλλες μορφές HNSCC. Ένα μοναδικό χαρακτηριστικό αυτής της μελέτης ήταν προσδιορισμό της κατάστασης μετάλλαξης σε δείγματα ετερόζυγο για p53 Pro72Arg πολυμορφισμό, η οποία μας επέτρεψε να συμπεράνουμε ότι Pro72 αλληλόμορφο ήταν πράγματι κατά προτίμηση μεταλλάσσεται σε ESCC. Τα αποτελέσματά μας υποστηρίζουν προηγούμενες παρατηρήσεις προτείνοντας διαφορετική συμπεριφορά των αλληλομόρφων p53 Pro72Arg σε διάφορους τύπους και εθνοτήτων καρκίνου και να προτείνει ξεχωριστή μοριακή λειτουργία του p53 και p53 Arg72 Pro72 σε σχέση με συνδέονται μετάλλαξη, σε ESCC. Περαιτέρω μελέτες για άλλους καρκίνους θα πρέπει να διεξάγεται για να αναλυθεί η ένωση του πολυμορφισμού και μετάλλαξης. Τα αποτελέσματά μας μπορεί να επεκταθεί για να αναλύσει την επίδραση του πολυμορφισμού και της μετάλλαξης στην επιβίωση των ασθενών και την αντιμετώπιση της χημειο /radiotherapies. Μοριακές και λειτουργικές μελέτες σχετικά με μεταλλαγμένο p53 σε Pro72 και Arg72 φόντο θα μπορούσε ενδεχομένως να διαφωτίσει διαφορική δράση του p53. Τέλος, για να διαφωτίσει την επίδραση του πολυμορφισμού σε μετάλλαξη, μελέτες με τη χρήση ζωικών μοντέλων μπορεί να βοηθήσει στην κατανόηση του ρόλου αυτού του πολυμορφισμού στην ογκογένεση.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Συγκριτική ανάλυση της κατανομής των ESCC

TP53

μεταλλάξεις στην Ινδία με την IARC

TP53

βάση δεδομένων σε επίπεδο νουκλεοτιδίων (Πίνακας Α), το επίπεδο του DNA (Πίνακας Β) και το επίπεδο της πρωτεΐνης (Πίνακας C ). Αταξινόμητη και σιωπηλές μεταλλάξεις που αναφέρονται στη βάση δεδομένων έχουν παραλειφθεί από την ανάλυση αυτή. Η μετάλλαξη p.V143_W146delinAV δεν είχε συμπεριληφθεί στην ανάλυση (στον Πίνακα Γ) λόγω της πολυπλοκότητας της επίδρασης του σε επίπεδο πρωτεΐνης

doi:. 10.1371 /journal.pone.0114002.s001

(EPS)

Πίνακας S1.

doi: 10.1371 /journal.pone.0114002.s002

(DOCX)

Πίνακας S2.

doi: 10.1371 /journal.pone.0114002.s003

(DOC)

Πίνακα S3.

doi: 10.1371 /journal.pone.0114002.s004

(DOCX)

Πίνακας S4.

doi: 10.1371 /journal.pone.0114002.s005

(DOC)

Πίνακας S5.

doi: 10.1371 /journal.pone.0114002.s006

(DOCX)

εγγράφου S1.

doi: 10.1371 /journal.pone.0114002.s007

(DOCX)

εγγράφου S2.

doi: 10.1371 /journal.pone.0114002.s008

(DOCX)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε Δρ Mukta Srinivasulu, της MNJ Ινστιτούτο Ογκολογίας & amp? Περιφερειακό Κέντρο Καρκίνου, Hyderabad, Δρ MohanaVamsy Chigurupati, Δρ. Sujith Patnaik, Subramanyeshwar Rao και NarasimhaRaju Kalidindi της Ινδο-American Cancer Hospital & amp? Research Institute, Hyderabad, Δρ. Swarnalata Gowrishankar και Umanath Κ Nayak των Απόλλωνα Νοσοκομεία, Hyderabad, για τη βοήθειά τους στη συλλογή του δείγματος. Ευχαριστούμε τον Δρ Kumarasamy Thangaraj, Κέντρο Κυτταρικής & amp? Molecular Biology, Hyderabad, για τη συλλογή των δειγμάτων DNA από υγιή άτομα. RSRA και RP είναι εγγεγραμμένοι υποψήφιοι διδάκτορες του Πανεπιστημίου Manipal, Karnataka, Ινδία και το Πανεπιστήμιο της Hyderabad, αντίστοιχα. RSRA και RP είναι ευγνώμων στο Πανεπιστήμιο της Επιτροπής Χορηγιών (UGC), Govt. της Ινδίας και του Ινδικού Συμβουλίου Ιατρικής Έρευνας (ICMR), Govt. της Ινδίας, αντίστοιχα, για τους ειδικευόμενους και ανώτερα ερευνητικές υποτροφίες.