Αφηρημένο

Η ιντερφερόνη (IFN) σηματοδότησης έχει προταθεί να παίζει σημαντικό ρόλο στην καρκινογένεση του παχέος εντέρου. Η μελέτη μας με στόχο να εξετάσει πιθανώς λειτουργική γενετικές παραλλαγές σε ρυθμιστικό παράγοντα ιντερφερόνης 3 (

IRF3

),

IRF5

,

IRF7

, τύπου Ι και τύπου ΙΙ

IFN

και τα γονίδια των υποδοχέων τους σε σχέση με καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) των κινδύνων και της κλινικής έκβασης. Συνολικά 74 πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) καλύφθηκαν από τις 34 SNPs γονότυπου σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων νοσοκομείο με βάση των 1327 υποθέσεων CRC και 758 υγιείς μάρτυρες από την Τσεχική Δημοκρατία. Αναλύσαμε επίσης αυτά τα SNPs σε σχέση με τη συνολική επιβίωση και την επιβίωση χωρίς συμβάντα σε μια υποομάδα 483 ασθενών. Επτά SNPs στο

IFNA1

,

IFNA13

,

IFNA21

,

IFNK

,

IFNAR1

και

IFNGR1

συσχετίστηκαν με CRC κίνδυνο. Μετά από πολλαπλές διόρθωση δοκιμές, οι ενώσεις με τις rs2856968 SNPs (

IFNAR1

) και rs2234711 (

IFNGR1

) παρέμεινε επίσημα σημαντική (

P

= 0,0015 και

P

& lt? 0,0001, αντίστοιχα). αναλύσεις πολλαπλών μεταβλητών επιβίωσης έδειξαν ότι οι rs6475526 SNP (

IFNA7 /IFNA14

) συσχετίστηκε με τη συνολική επιβίωση των ασθενών (

P

= 0,041 και ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση μεταξύ των ασθενών χωρίς μακρινή μετάσταση κατά το χρόνο της διάγνωσης,

P

= 0,034). Οι αναλογίες κινδύνου (HR) για rs6475526 παρέμεινε στατιστικά σημαντική ακόμη και μετά την προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο, το βαθμό και το στάδιο (

P

= 0.029 και

P

= 0,036, αντίστοιχα), γεγονός που υποδηλώνει ότι rs6475526 είναι ένας ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης για CRC. Τα στοιχεία μας δείχνουν ότι η γενετική παραλλαγή στα γονίδια μονοπάτι σηματοδότησης IFN μπορεί να παίζουν ρόλο στην αιτιολογία και την επιβίωση της CRC και περαιτέρω μελέτες έχουν εγγύηση

Παράθεση:. Lu S, Pardini Β, Cheng Β, Naccarati Α, Huhn S, Vymetalkova V, et al. (2014) ενός νουκλεοτιδίου πολυμορφισμοί στο Ιντερφερόνη μονοπάτι σηματοδότησης Γονίδια συνδέονται με καρκίνο του παχέος εντέρου Ευαισθησία και επιβίωσης. PLoS ONE 9 (10): e111061. doi: 10.1371 /journal.pone.0111061

Επιμέλεια: Christophe Lamaze, Institut Curie, Γαλλία

Ελήφθη: 3 του Ιουνίου 2014? Αποδεκτές: 18 του Σεπτέμβρη 2014? Δημοσιεύθηκε: 28 Οκτωβρίου 2014

Copyright: © 2014 Lu et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. Η μελέτη αυτή χρηματοδοτήθηκε από τον οργανισμό Grant της Τσεχικής Δημοκρατίας (GACR) [CZ: GACR: GA P304 /10/1286 και P304 /12/1585] και BM1206 COST Action. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) είναι μια σημαντική συμβολή στην συχνότητα εμφάνισης καρκίνου και θανάτου, με περισσότερους από 1,3 εκατομμύρια νέες περιπτώσεις με αποτέλεσμα περίπου 694.000 θανάτους το 2012 σε όλο τον κόσμο (https://globocan.iarc.fr/Default.aspx ). Διατροφή, παράγοντες του τρόπου ζωής και το περιβάλλον [1], καθώς επίσης και γενετικά γεγονότα έχουν ενοχοποιηθεί τόσο στην πρόκληση CRC και την επιβίωση των ασθενών μετά τη διάγνωση του CRC [2], [3]. Μέχρι στιγμής, 50 πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) που βρίσκεται σε 40 τόπους έχουν συσχετιστεί με τον κίνδυνο CRC με μελέτες σύνδεσης γονιδιώματος επίπεδο (GWASs, https://www.genome.gov/gwastudies/, [4] – [6 ]). Παρά το γεγονός ότι έχουν μοριακούς δείκτες έχουν προταθεί για την παρακολούθηση των ασθενών που έλαβαν CRC, πλήρης κλινική εφαρμογή τους είναι υπό αξιολόγηση. Κλινικοπαθολογικοί στάδιο εξακολουθεί να είναι ο κύριος προγνωστικός δείκτης που χρησιμοποιείται στην κλινική πρακτική.

Οι φλεγμονώδεις αντιδράσεις διαδραματίζουν καίριο ρόλο στην παχέος καρκινογένεση. Αρκετές μελέτες, αν και όχι οποιαδήποτε GWAS, έχουν αναφέρει SNPs σε ανοσο-συναφή γονίδια να συνδέονται με CRC κινδύνου ή πρόγνωση [7] – [10]. Οι ιντερφερόνες (IFNs) είναι ανοσο-σχετιζόμενες πρωτεΐνες που παράγονται και απελευθερώνονται από κύτταρα ξενιστές σε απόκριση προς την παρουσία παθογόνων. IFN-μεσολάβηση σηματοδότηση έχει ένα ευρύ φάσμα λειτουργιών, συμπεριλαμβανομένων των αντιιικών και αντιμικροβιακή απάντηση, του πολλαπλασιασμού, ανοσοτροποποίηση και την απόπτωση [11], [12]. Υπάρχουν δύο κύριες κατηγορίες IFNs, τύπου Ι και τύπου II. Οι IFNs δύο τύπου Ι, IFNA και IFNB, έχουν αναφερθεί να έχουν επίδραση στην καταστολή του όγκου και αντι-ιική ανοσολογική άμυνα μέσω της επαγωγής των απαντήσεων p53 [13]. IFNg, ο μόνος τύπος II ΙΡΝ, έχει προταθεί ότι παίζουν ζωτικό ρόλο στην διατάραξη της λειτουργίας εντερικού επιθηλιακού φραγμού [14], [15]. Επίσης, έχει επισημανθεί ως σημαντικός διαμορφωτής του ανοσοποιητικού που σχετίζονται με γονίδια, όπως ΤοΙΙ υποδοχέα 3 (

TLR3

), το γονίδιο το οποίο έδειξε συσχέτιση με CRC επιβίωση σε προηγούμενη μελέτη μας [8]. Ιντερφερόνη ρυθμιστικούς παράγοντες (ΔΠΧΑ) ρυθμίζουν IFNs και μερικά IFN που επάγεται από ογκογονίδια λειτουργώντας ως διαμεσολαβητές της μεταγραφής των παθογόνων και IFN-που προκαλείται από μονοπάτια σηματοδότησης. υποδοχείς ιντερφερόνης είναι απαραίτητα για IFNs να ασκήσουν βιολογικές επιδράσεις τους [11], [12]. Όλα τύπου Ι IFNs συνδέονται με έναν υποδοχέα που αποτελείται από δύο υπομονάδες, IFNAR1 και IFNAR2, ενώ η ιντερφερόνη τύπου II IFNg δεσμεύεται με άλλη διμερούς υποδοχέα που αποτελείται από IFNGR1 και IFNGR2.

Μέχρι στιγμής, λίγες μελέτες έχουν διερευνήσει τη συσχέτιση μεταξύ γενετικές παραλλαγές στην IFN μονοπάτι και CRC σηματοδότησης. Μια προηγούμενη μελέτη εξέτασε γενετική παραλλαγή στο

ΙΡΝγ, IFNGR1, IFNGR2

και IRF1-9 με τον κίνδυνο και την επιβίωση του παχέος εντέρου και του καρκίνου του ορθού [16]. Στη μελέτη αυτή, εφαρμόσθηκε tagSNP προσέγγιση? αρκετές SNPs σε

ΔΠΧΑ, IFNg

και των υποδοχέων του βρέθηκε να σχετίζεται με CRC κίνδυνο ή την επιβίωση [16]. Για να διερευνήσουν περαιτέρω το ρόλο των γενετικών παραλλαγών στα γονίδια σηματοδοτικό μονοπάτι της IFN στην CRC, είμαστε ο γονότυπος μια σειρά από δυνητικά λειτουργικών SNPs στο

IRF3, IRF5, IRF7, IFNA, IFNB, IFNE, IFNK, IFNW, ΙΡΝγ, IFNAR1, IFNAR2, IFNGR1

και

IFNGR2

γονίδια σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων του 1327 ασθενών CRC και 758 υγιείς μάρτυρες από την Τσεχική Δημοκρατία και αξιολογούνται ένωσή τους με CRC ευαισθησία, την εξέλιξη και την πρόγνωση.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Όλοι οι συμμετέχοντες έδωσαν γραπτή συγκατάθεση για τη χρήση των δειγμάτων τους για ερευνητικούς σκοπούς. Η μελέτη εγκρίθηκε από τις επιτροπές δεοντολογίας των συμμετεχόντων ιδρυμάτων, το Ινστιτούτο Πειραματικής Ιατρικής της Ακαδημίας Επιστημών της Δημοκρατίας της Τσεχίας, Πράγα, Τσεχική Δημοκρατία και το Ινστιτούτο Κλινικής και Πειραματικής Ιατρικής και Σχολή Thomayer Νοσοκομείο, Πράγα, Δημοκρατία της Τσεχίας.

πληθυσμός Μελέτη

Η ομάδα υπόθεσης περιείχε 1327 ασθενείς CRC προσλαμβάνονται μεταξύ των ετών 2004 και 2010 από διάφορα ογκολογικά τμήματα στην Τσεχική Δημοκρατία [17]. Η μέση ηλικία τους (± τυπική απόκλιση) ήταν 62,1 (± 10,7) έτη και 61,7% από αυτούς ήταν άνδρες. Οι ασθενείς έδειξαν θετικά κολονοσκοπικής αποτελέσματα για κακοήθεια, ιστολογικά επιβεβαιωμένη όπως του παχέος εντέρου ή του ορθού καρκινώματα. Οι ασθενείς που πληρούσαν τα κριτήρια Αμστερνταμ Ι ή II για την κληρονομική μη-πολυποειδούς ορθοκολικό καρκίνο δεν συμπεριελήφθησαν στη μελέτη [18]. Γενικές πληροφορίες σχετικά με το φύλο και την ηλικία κατά τη διάγνωση ήταν διαθέσιμες για όλους τους ασθενείς. Για 483 διαδοχικά προσληφθεί, περιπτώσεις περιστατικό διαγνώστηκαν μεταξύ του 2003 και του 2010, κλινικά δεδομένα κατά τη στιγμή της διάγνωσης, συμπεριλαμβανομένης της θέσης του όγκου (παχέος εντέρου /ορθού), της Διεθνούς Ένωσης κατά του Καρκίνου (UICC) ταξινόμηση στάδιο TNM [size ή άμεση έκταση των πρωτογενών όγκου (Τ), βαθμός εξάπλωσης στην περιφερειακή λεμφαδένες (Ν), παρουσία μεταστάσεων (Μ)] και βαθμού ήταν διαθέσιμα (Πίνακας 1). Πληροφορίες σχετικά με μακρινή μετάσταση, η υποτροπή και η ημερομηνία του θανάτου συλλέγονται επίσης, με την παρακολούθηση έως τις 31 Αυγούστου, 2011.

Η

Η ομάδα ελέγχου περιείχε 758 υγιή άτομα που προσλαμβάνονται από ένα κέντρο αίματος του δότη σε ένα νοσοκομείο στην Πράγα [19]. Αυτά τα άτομα ελεύθερη νόσου αντιπροσωπεύουν το γενικό πληθυσμό της Τσεχικής Δημοκρατίας, η οποία έχει ένα γενετικά αρκετά ομοιόμορφο πληθυσμό [20] – [22]. Τους μέση ηλικία (± τυπική απόκλιση) ήταν 45,6 (± 8,3) έτη και 56,2% από αυτούς ήταν άνδρες.

επιλογή SNP

επιλέχθηκαν 20 υποψήφια γονίδια από IFN μονοπάτι σηματοδότησης με βάση τους πρότεινε λειτουργικό ρόλο στην CRC αιτιώδη συνάφεια και την επιβίωση, συμπεριλαμβανομένων των

IFNA (1, 2, 4, 5, 7, 8, 13, 16, 17, και 21), IFNB1, IFNK, IFNW1, IRF3, IRF5, IRF7, IFNAR1 , IFNAR2, IFNGR1

, και

IFNGR2

[8], [13] – [15], [23] – [28]. Επελέγησαν συνολικά 34 SNPs, το οποίο κατέλαβε 74 δυνητικά λειτουργική SNPs, για προσδιορισμό του γονότυπου σε αυτά τα γονίδια από το Διεθνές HapMap Έργου (https://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov) και τη βάση δεδομένων NCBI (http: //www .ncbi.nlm.nih.gov) (Πίνακας 2) με βάση τα ακόλουθα κριτήρια: ελάσσονα συχνότητα αλληλόμορφο (MAF) ≥10% σε Ευρωπαίους? θέση εντός της κωδικοποιητικής περιοχής (μη συνώνυμες SNPs), τα 5 ‘και 3’ αμετάφραστες περιοχές (UTRs) και τον υποκινητή (μέχρι περίπου 1 kb από τη θέση έναρξης της μεταγραφής)? ζεύγη ανισορροπία σύνδεσης (LD, r

2≤0.80) μεταξύ των SNPs σε κατοίκους της Γιούτα με τη Βόρεια και Δυτική Ευρώπη καταγωγή από τη συλλογή CEPH (CEU). SNPnexus (https://snp-nexus.org/) χρησιμοποιήθηκε για να προβλέψει λειτουργικές συνέπειες των επιλεγμένων SNPs. Για τα SNPs rs2856968, rs2243711 και rs6475526 (συμπεριλαμβανομένων SNPs συλλαμβάνεται από αυτά τα SNPs), η οποία σχετίζεται με CRC κίνδυνο ή την επιβίωση, χρησιμοποιήσαμε επίσης πρόσθετες web-based εργαλεία [HaploReg v2 (https://www.broadinstitute.org) και SNPinfo Web εξυπηρετητή (https://snpinfo.niehs.nih.gov/cgi-bin/snpinfo/snpfunc.cgi)] για να προβλέψει τις επιπτώσεις τους στο δυναμικό ρυθμιστικά στοιχεία.

Η

Γονοτυπικές

σε αυτό το έργο, ολόκληρο το γονιδίωμα ενισχύεται (WGA) DNA από λευκοκύτταρα περιφερικού αίματος χρησιμοποιήθηκε [29], [30]. Η γονοτυπική έγινε τυφλωμένοι από την κατάσταση περίπτωση ελέγχου του κάθε δείγματος. Η μέθοδος KASP αλληλομόρφων των διακρίσεων (LGCgenomics, Middelsex, UK) χρησιμοποιήθηκε για να γονότυπο τις επιλεγμένες SNPs. ενίσχυση του DNA πραγματοποιήθηκε σύμφωνα με τις συνθήκες της PCR των LGCgenomics ». Η ανίχνευση γονότυπου εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας ένα σύστημα ανίχνευσης 7900HT Sequence ΑΒΙ PRISM με λογισμικό SDS2.4 (Applied Biosystems). Το σύνολο του δείγματος περιείχε 138 διπλές δείγματα όπως ποιοτικούς ελέγχους. Η συσχέτιση γονοτύπου μεταξύ των διπλών δειγμάτων ήταν & gt? 99%. συντελεστής γονότυπο κυμάνθηκε μεταξύ 97,0 και 99,5%.

Η στατιστική ανάλυση

Οι παρατηρούμενες συχνότητες γονοτύπου στους μάρτυρες εξετάστηκαν για Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) χρησιμοποιώντας το τεστ chi-square. αναλογίες πιθανοτήτων (OR) και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (ΠΙ) για τις ενώσεις μεταξύ των γονότυπων και τον κίνδυνο CRC υπολογίστηκαν από λογιστικής παλινδρόμησης (PROC LOGISTIC, SAS έκδοση 9.2? SAS Institute, Cary, NC), και προσαρμοσμένο για την ηλικία και το φύλο. Για να ληφθεί υπόψη για πολλαπλές δοκιμές, η μέθοδος SNP Spectral Εναπόθεση (SNPSpD) για πολλών θέσεων αναλύσεις εφαρμόστηκε [24], [31] _ENREF_31. Για ένα πολυμορφισμό με συχνότητα παραλλαγή αλληλόμορφου μεταξύ 10 και 50%, η μελέτη είχε περισσότερο από 90% δύναμη για την ανίχνευση μιας OR 1,50 σε επίπεδο σημαντικότητας 0,05 (PS-λογισμικό για την εξουσία και τον υπολογισμό του μεγέθους του δείγματος, http: //biostat .mc.vanderbilt.edu /TWiki /bin /view /Main /PowerSampleSize). Σε αυτή τη μελέτη, αναλύσαμε τη συνολική επιβίωση στην ομάδα των 483 διαδοχικά προσληφθεί, περιστατικό περιπτώσεις CRC διαγνώστηκαν μεταξύ του 2003 και του 2010, χρησιμοποιώντας την ημερομηνία του θανάτου ή στο τέλος της μελέτης (31 Αυγούστου του 2011) ως το τελικό σημείο της παρακολούθησης. Ο διάμεσος χρόνος παρακολούθησης των 483 ασθενών ήταν 58 μήνες. Για εκδήλωση επιβίωση χωρίς σε ασθενείς με μη-μεταστατική νόσο κατά τον χρόνο της διάγνωσης (n = 325), ημερομηνία απομακρυσμένη μετάσταση, υποτροπή, θάνατος ή στο τέλος της μελέτης χρησιμοποιήθηκε ως το τελικό σημείο της παρακολούθησης. Εκδήλωση επιβίωση χωρίς ορίστηκε ως ο χρόνος από τη χειρουργική επέμβαση στην εμφάνιση των μακρινών μεταστάσεων, υποτροπής ή θανάτου, όποιο ήρθε πρώτο. Ο διάμεσος χρόνος παρακολούθησης ήταν 55 μήνες. Οι καμπύλες επιβίωσης για τη συνολική και ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση προέκυψαν με τη μέθοδο Kaplan-Meier (PROC LIFETEST, SAS έκδοση 9.2) και σε σύγκριση με τη χρήση δοκιμασία log-rank. Ο σχετικός κίνδυνος θανάτου υπολογίζεται ως αναλογία κινδύνου (HR) με τη χρήση Cox παλινδρόμησης (PROC PHREG, SAS έκδοση 9.2). Πολυπαραγοντική επιβίωση αναλύσεις προσαρμόστηκαν ως προς την ηλικία, το φύλο, το στάδιο Τ, Ν, Μ, TNM και βαθμό χωριστά, και σε ένα τελικό μοντέλο για την ηλικία, το φύλο, τη θέση του όγκου, το στάδιο TNM και ποιότητας. Covariables κατανεμήθηκαν στην ανάλυση, εφόσον δεν πληρούν την ανάλογη υπόθεση κινδύνους.

Αποτελέσματα

Συνολικά, 74 SNPs με MAF ≥10% του πληθυσμού CEU βρίσκονται εντός των περιοχών ενδιαφέροντος (υποκινητή, 5 ‘και 3’ UTR, μη συνώνυμες SNPs) από τις 20 γονιδίων

IFNA (1, 2, 4, 5, 7, 8, 13, 16, 17, και 21), IFNB1, IFNK, IFNW1, IRF3, IRF5, IRF7, IFNAR1, IFNAR2, IFNGR1

και

IFNGR2

. Από αυτά, επιλέχθηκαν 34 SNPs για προσδιορισμό του γονότυπου με βάση LD (r

2≤0.80) (Πίνακας 2). Όλες τις φωτογραφίες

IFNA

γονίδια, καθώς και το

IFNB1

,

IFNK

και

IFNW1

γονίδια βρίσκονται στον ίδιο τόπο σε 9p21.3. Έτσι, αν και επελέγησαν οι SNPs με βάση το δυναμικό λειτουργική επίδραση τους σε ένα συγκεκριμένο γονίδιο, μπορεί να συλλάβει, και να δώσει πληροφορίες, σχετικά με πρόσθετα SNPs και άλλων γονιδίων στον ίδιο τόπο, όπως φαίνεται στον Πίνακα 2 και το Σχήμα S1. Η κατανομή γονότυπος όλων των 34 γονότυπου πολυμορφισμών ήταν σύμφωνο με HWE στην ομάδα ελέγχου (

P

& gt? 0,05). Οι MAFs στον πληθυσμό ελέγχου ήταν παρόμοιες με αυτές που αναφέρονται από το σχέδιο HapMap για τον πληθυσμό CEU (Πίνακας 2).

Επτά SNPs συσχετίστηκαν με ευαισθησία CRC

Μικρά φορείς αλληλόμορφο του

IFNA13

SNP υποκινητή rs641734, και

IFNA21

3’UTR SNP rs2939, είχαν μειωμένο κίνδυνο CRC, ενώ οι δευτερεύουσες φορείς αλληλόμορφο του

IFNA1

παρερμηνεύσιμη SNP rs33965070,

IFNK

3’UTR SNP rs700782,

IFNAR1

3’UTR SNP rs2834202,

IFNAR1

SNP rs2856968, η οποία γονότυπου αντί του υποκινητή SNPs στο ίδιο γονίδιο, και

IFNGR1

rs2234711 5’ΙΙΤΚ SNP είχαν αυξημένο κίνδυνο CRC (Πίνακας 3). Οι ενώσεις αυτές δεν διέφερε από τη θέση του όγκου σε παχέος εντέρου ή του ορθού (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Για να διορθωθεί για πολλαπλές δοκιμές, χρησιμοποιήσαμε την προσέγγιση SNPSpD. Η μελέτη-σοφός πραγματικός αριθμός ανεξάρτητων δεικτών Μ

EFF υπολογίστηκε να είναι 27, η οποία έδωσε το όριο σημαντικότητας του 0,0019. Έτσι, οι ενώσεις με τις rs2856968 SNPs (

IFNAR1

) και rs2234711 (

IFNGR1

) παρέμεινε επίσημα σημαντική (

P

= 0,0015 και

P

& lt ? 0,0001, αντίστοιχα). Τα άλλα γονότυπος SNPs δεν συσχετίστηκαν με CRC κινδύνου (Πίνακας S1).

Η

Δύο SNPs συνδέθηκαν με CRC επιβίωση

Στην μονοπαραγοντική ανάλυση, οι ακόλουθες παράμετροι που σχετίζονται με τη συνολική επιβίωση ρυθμός: το φύλο, το μέγεθος ή την άμεση έκταση του πρωτοπαθούς όγκου (Τ), βαθμός εξάπλωσης στην περιφερειακή λεμφαδένες (Ν), παρουσία μεταστάσεων (Μ), ΤΝΜ στάδιο και όγκου βαθμός (Πίνακας S2). Είναι ενδιαφέρον, οι rs6475526 SNP, που βρίσκεται περίπου 2,2 kb 5 ‘του

IFNA14

και γονότυπου αντί του

IFNA7

υποστηρικτής SNPs, και οι

IFNA21

υποστηρικτής SNP rs7047687, έδειξε μια συσχέτιση με τη συνολική επιβίωση μεταξύ των 483 ασθενών με δεδομένα παρακολούθησης (HR 1.33, 95% CI 1,01 – 1,74 και HR 0.77, 95% CI 0,59 έως 0,99, αντίστοιχα) (Πίνακας 4, Πίνακας S3) και rs6475526 SNP και με Event- δωρεάν επιβίωσης των ασθενών χωρίς μακρινή μετάσταση κατά τον χρόνο της διάγνωσης (HR 1.51, 95% CI 1.3 έως 2.21) (Πίνακας 4). Επιπλέον, σε σύγκριση με τον GG γονότυπο φέρει, το ΑΑ μεταφέρει του

IRF5

SNP rs11770859 είχε καλύτερη συνολική επιβίωση (HR 0.67, 95% CI 0,47 – 0,96). Οι καμπύλες επιβίωσης Kaplan-Meier αντιπροσωπεύουν τις συνολικές και εκδήλωση-free ποσοστά επιβίωσης των ασθενών σύμφωνα με γονότυπους rs6475526 τους και τα συνολικά ποσοστά επιβίωσης των ασθενών, σύμφωνα με γονότυπους rs7047687 τους παρουσιάζονται στο Σχήμα 1. Οι διαφορές επιβίωσης μεταξύ των φορέων του διαφορετικούς γονότυπους ήταν στατιστικά σημαντική με p-τιμές log-rank 0,04, 0,03 και 0,04, αντίστοιχα. Οι ενώσεις ήταν ισχυρότερη μεταξύ σταδίου 1 ασθενείς: η HR για τη συνολική επιβίωση ήταν 4,04 (95% CI 1,13 – 14,53) για SNP rs6475526 και 0,29 (95% CI 0,10 – 0,83) για

IFNA21

SNP rs7047687? το HR για την ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση ήταν 3,78 (95% CI 1,27 – 11,67) για SNP rs6475526 (Πίνακας S4). Ωστόσο, τα αποτελέσματα αυτά θα πρέπει να λαμβάνονται με προσοχή λόγω του μικρού αριθμού των ασθενών που πέθαναν (11/29 και 6/34 φορείς παραλλαγή αλληλόμορφου του σταδίου 1 ασθενείς, αντίστοιχα), και επειδή οι HRs μεταξύ σταδίου 2, 3 και 4 ασθενείς ήταν παρόμοιες με αυτές για όλους τους 483 ασθενείς (Πίνακας S4). Επιπλέον, δεν παρατηρήθηκαν διαφορές στη συνολική επιβίωση μεταξύ των ασθενών με βαθμού 1 + 2 και βαθμού 3 + 4 όγκους ή μεταξύ των ασθενών χωρίς (M0) και με μακρινή μετάσταση (Μ1). Στρωματοποιημένη ανάλυση ανάλογα με την τοποθεσία του όγκου έδειξε ότι η χειρότερη συνολική επιβίωση των SNP rs6475526 ήταν περιορισμένη σε ασθενείς με καρκίνο του ορθού (HR 2.10, 95% CI 1,31 – 3,36? Καρκίνου του παχέος εντέρου HR 1.01, 95% CI 0,72 – 1,42), η ίδια τάση ήταν παρατηρήθηκαν επίσης για ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση (ορθού HR 1.90, 95% CI 1,06 – 3,40? καρκίνου του παχέος εντέρου HR 1.27, 95% CI 0,77 – 2,10). (Πίνακας S4)

(Α) Συνολική επιβίωση μεταξύ όλων ασθενείς με ορθοκολικό καρκίνο (rs6475526, n = 465). (Β) ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση μεταξύ των ασθενών χωρίς μακρινή μετάσταση κατά τη διάγνωση (rs6477526, n = 310). (Γ) Η συνολική επιβίωση μεταξύ όλων των ασθενών καρκίνο του παχέος εντέρου (rs7047687, n = 464).

Η

Στην πολυπαραγοντική ανάλυση, οι HR για rs6475526 παρέμεινε στατιστικά σημαντική μετά από προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο, όγκου τοποθεσία και το στάδιο ΤΝΜ (συνολική HR επιβίωση 1,38, 95% CI 1,04 – 1,84? εκδήλωση χωρίς HR επιβίωσης 1.55, 95% CI 1,03 – 2,32). (Πίνακας 4)

Συζήτηση

IFN σύστημα -signaling μπορεί να παίζει έναν κρίσιμο ρόλο στην καρκινογένεση του CRC ρυθμίζοντας ανοσολογικών αποκρίσεων κατά τη διάρκεια της φλεγμονής και μπορεί επιπλέον να επηρεάσει την επιβίωση των ασθενών με CRC [8], [13] – [16], [20], [25]. Σε αυτή τη μελέτη της γενετικής σύνδεσης, μελετήσαμε τις ενώσεις μεταξύ 34 SNPs σύλληψη 74 εν δυνάμει λειτουργική SNPs στα γονίδια του συστήματος IFN-σηματοδότησης και CRC κινδύνου και την κλινική έκβαση. Δύο SNPs που βρίσκεται στο

IFNAR1

και

IFNGR1

γονίδια παρουσίασαν συσχέτιση με CRC κίνδυνο. Στην ανάλυση πολυμεταβλητών επιβίωσης, οι rs6475526 SNP, που βρίσκεται περίπου 2,2 kb του

IFNA14

και τη σύλληψη δύο SNPs προαγωγό σε

IFNA7

, συνδέθηκε με τη συνολική επιβίωση, αλλά και με ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση των μη -metastatic ασθενείς CRC. Αυτά τα SNPs, μαζί με άλλες κοινές παραλλαγές που προσδιορίζονται από την GWASs και τις μελέτες υποψήφιο γονίδιο μπορεί να επηρεάσει CRC κινδύνου και την κλινική έκβαση.

IFNAR1

προτάθηκε πρόσφατα ως νέο υποψήφιο CRC ογκοκατασταλτικό γονίδιο [ ,,,0],21]. IFNAR1 έχει επίσης αναφερθεί ότι παίζει σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη του πρώιμης έναρξης CRC, υποδηλώνοντας ένα ρόλο στην γενετική προδιάθεση [23]. Πολυμορφισμοί σε

IFNAR1

έχουν επίσης αναφερθεί ότι σχετίζεται με την ευαισθησία της σκλήρυνσης κατά πλάκας, ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα και το αποτέλεσμα της λοίμωξης από τον ιό της ηπατίτιδας Β [32], [33]. Στη μελέτη μας, ο ανήλικος αλληλόμορφο του rs2856968 στο ιντρόνιο του

IFNAR1

συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο CRC. Αυτός ο πολυμορφισμός κατέλαβε τρεις υποστηρικτής SNPs rs2843710, rs17875753 και rs17875752 με υψηλή LD (D ‘= 1, r

2 = 1). Rs2843710 βρίσκεται στη θέση σύνδεσης της πρωτεΐνης πολυμεράσης (DNA κατευθυνόμενη), έψιλον, καταλυτική υπομονάδα (πόλου), η οποία έχει αναφερθεί ότι σχετίζεται με ορθοκολικό καρκινογένεση [26], [34]. Σε συνδυασμό με τα προηγούμενα αναφερθεί ενώσεις

IFNAR1

με πρώιμη έναρξη CRC και τα αποτελέσματα των

IFNAR1

επί της απόπτωσης και της οδού σηματοδότησης ρ53 στα κύτταρα CRC [13], [21], [23], τα δεδομένα μας υποστηρίζουν το ρόλο του

IFNAR1

στο CRC αιτιώδη συνάφεια.

Η πρωτεΐνη IFNGR1 αποτελεί προϋπόθεση για την έναρξη της ΙΡΝγ σηματοδότησης [35]. Μειωμένη έκφραση του IFNGR1 έχει αναφερθεί ότι συνδέεται με κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά οισοφαγικού καρκίνου του [36] και την πρόγνωση του καρκίνου των ωοθηκών [37]. Δημοσιευμένες μελέτες έχουν αναφέρει ότι οι πολυμορφισμοί σε

IFNGR1

σχετίζονται σημαντικά με επιδεκτικότητα της χρόνιας λοίμωξης από ηπατίτιδα Β ιό, νωρίς γαστρικό καρκίνωμα, και του καρκίνου του ορθού [16], [38], [39]. Σε αυτή τη μελέτη, βρήκαμε την έλασσον αλληλόμορφο του rs2234711 στον προαγωγέα του

IFNGR1

να σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο CRC. Rs2234711 έχει επίσης αναφερθεί ότι σχετίζεται με την ευαισθησία της πρόωρης γαστρικού καρκινώματος, της χρόνιας λοίμωξης από τον ιό της ηπατίτιδας Β και εγκεφαλική ελονοσία [38] – [40]. Μια προηγούμενη μελέτη έδειξε ότι rs2234711 μπορεί να έχουν λειτουργικές επιδράσεις στην τόνωση Β κυτταρικές σειρές, και C αλληλόμορφο συσχετίστηκε με μειωμένο

IFNGR1

γονίδιο δραστηριότητα, ωστόσο, σε ένα πλαίσιο-εξαρτώμενο τρόπο [41]. Rs2234711 βρίσκεται κοντά σε μια πρωτεΐνη ενεργοποίησης (AP) -2 /ΑΡ-4 συναινετική θέση πρόσδεσης [42] και η υπερέκφραση του ΑΡ-2α έχει αποδειχθεί ότι μειώνουν την έκφραση του

IFNGR1

και να αναστέλλουν IFNg σηματοδότηση [35 ]. Επιπλέον, rs2234711 βρίσκεται στη θέση σύνδεσης του POLB, η οποία έχει συσχετισθεί με CRC [43], [44]. Μαζί με αποδείξεις παραπάνω, το εύρημα μας πρότεινε ότι οι λειτουργικές rs2234711 παραλλαγή μπορεί να έχει μια επίδραση στην CRC αιτιώδη συνάφεια με τη ρύθμιση της έκφρασης ή της λειτουργίας του

IFNGR1

.

Η μελέτη μας πρότεινε μια ένωση του

IFNA

SNPs με την κλινική έκβαση της CRC. Με βάση τα δεδομένα μας, οι rs6475526 SNP μπορεί να σχετίζεται με τη συνολική και ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση των ασθενών CRC. Οι ενώσεις παρέμεινε στατιστικά σημαντική μετά από προσαρμογή ως προς γνωστούς προγνωστικούς δείκτες, γεγονός που υποδηλώνει ότι rs6475526 είναι ένας ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης. Rs6475526 (περίπου 2,2 kb 5 ‘της IFNA14) είναι η σύλληψη δύο

IFNA7

υποστηρικτής SNPs rs7045980 και rs7046208 με υψηλή LD (D’≥0.97, r

2≥0.85). Σύμφωνα με SNPinfo Web Server, όλα αυτά τα SNPs βρίσκονται σε κοντινή απόσταση αρκετών θέσεων σύνδεσης παράγοντα μεταγραφής και έτσι μπορεί να επηρεάσει μεταγραφική δραστηριότητα. Προηγούμενες μελέτες έχουν αναφέρει ότι IFNA-καρκινικά κύτταρα που εκφράζουν την ενίσχυση της παραγωγής και την προώθηση της επιβίωσης των ογκο-ειδικών κυτταροτοξικών Τ λεμφοκυττάρων [45] και ότι βελτιώνει την IFNA αντι-πολλαπλασιαστική επίδραση των αναστολέων EGFR σε κυτταρικές γραμμές CRC [27], [28]. Το εύρημά μας δίνει νέα στοιχεία για το ρόλο της IFNA στο CRC εξέλιξη και την επιβίωση.

Σε σύγκριση με την προηγούμενη μελέτη, η οποία διερεύνησε τη σύνδεση των tagSNPs στο

IFNg

,

IFNGR1

,

IFNGR2

και

IRF1-9

με τον κίνδυνο και την επιβίωση του παχέος εντέρου και του καρκίνου του ορθού [16], η μελέτη μας επικεντρώθηκε σε δυνητικά λειτουργική SNPs και καλύπτονται εκτός από το

ΔΠΧΑ

,

IFNg

και τους υποδοχείς του και άλλα

Οι IFN

και των υποδοχέων τους. Έξι γονίδια,

ΙΡΝγ, IFNGR1, IFNGR2, IRF3, IRF5

και

IRF7

, ήταν κοινή σε αυτές τις δύο μελέτες. Σε αντίθεση με την προηγούμενη μελέτη, η οποία αναφέρθηκε πολλές ενώσεις, τόσο με παχέος εντέρου και του ορθού τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου και την επιβίωση, παρατηρήσαμε μόνο δύο ενώσεις με CRC κινδύνου και μια σύνδεση με τη συνολική και ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση. Το μόνο γονίδιο που δείχνει συσχέτιση και στις δύο μελέτες ήταν

IFNGR1

, ωστόσο, οι rs2234711 SNP που συσχετίστηκε με CRC κινδύνου στη μελέτη μας, η οποία δεν καλύπτονται από καμία tagSNP στην προηγούμενη μελέτη. Για την ανάλυση των κινδύνων, οι δύο μελέτες ήταν μεγάλη [Slattery et. al. υπόθεση /έλεγχος, 1555/1956 (καρκίνος του παχέος εντέρου), 754/959 (καρκίνου του ορθού)? εμείς 1327/758 (CRC)]. Μπορεί να υπάρχουν μικρές διαφορές στην καταγωγή των συμμετεχόντων στη μελέτη, με τη μελέτη μας, προέρχονται από γενετικά αρκετά ομοιόμορφη Τσεχική πληθυσμού [22], ενώ η περιοχή πρόσληψης της μελέτης από Slattery et. al. Ήταν Βόρεια Καλιφόρνια και της Γιούτα, συμπεριλαμβανομένων και περίπου 10-20% των ισπανόφωνων, Μαύρο και Ασίας συμμετέχοντες. Για την ανάλυση επιβίωσης, οι μελέτες είχαν συγκρίσιμες χρόνο παρακολούθησης, αλλά ενώ Slattery et. al. είχε παρακολούθησης για όλους τους ασθενείς, θα είχε μόνο για τους 483 ασθενείς, το οποίο μειώθηκε από το χέρι μας για να ανιχνεύσει μικρές ενώσεις. Ωστόσο, αυτό εξασφαλίζεται ότι μόνο πρόσφατα διαγνωστεί περιπτώσεις CRC (εντός ενός έτους από τη διάγνωση πριν από την εγγραφή για την παρούσα μελέτη) συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη μας, εκτός από μια προκατάληψη επιβίωσης. Για αυτή την υποομάδα, σχεδόν πλήρη κλινικά δεδομένα ήταν διαθέσιμα, που επιτρέπει την αξιολόγηση των SNPs ως ανεξάρτητοι προγνωστικοί δείκτες.

GWASs κυρίως περιγράφουν μόνο τις πιο ισχυρές ενώσεις, οι οποίες μπορεί να είναι ο λόγος για τον οποίο δεν έχουν αναφερθεί καμία συσχέτιση μεταξύ CRC και τα γονίδια οδού ιντερφερόνη. Η προσέγγιση tagSNP, που χρησιμοποιείται στην GWAS, θεωρείται ως μία μέθοδος με τη μέγιστη ακρίβεια πρόβλεψης SNP, ωστόσο, δεν καλύπτουν όλες τις SNPs στις ρυθμιστικές περιοχές. Ένα σύνολο 74 SNPs στις ρυθμιστικές και κωδικοποιητικές περιοχές των γονιδίων καλύπτονταν από τη μελέτη μας. Ωστόσο, λόγω δείγμα περιορισμούς μεγέθους, επικεντρωθήκαμε σε SNPs με MAF ≥10% σε Ευρωπαίους και SNPs βρίσκονται στις βασικές ρυθμιστικές περιοχές. Είναι πιθανό ότι SNPs με χαμηλότερη MAF ή SNPs σε ακόμα άγνωστη ρυθμιστικές περιοχές των γονιδίων που μελετήθηκαν, όπως ο ενισχυτής και τις περιφέρειες σιγαστήρα, θα μπορούσε επίσης να ρυθμίζουν CRC ευαισθησία ή την επιβίωση.

Συνοπτικά, τα αποτελέσματα μας, μαζί με την προηγούμενη μελέτη από Slattery et. al. υποδηλώνουν ότι η γενετική παραλλαγή στις IFN σηματοδότησης γονίδια οδού παίζει ένα ρόλο στην αιτιολογία και την επιβίωση του CRC. Τα ισχυρότερα ευρήματα της μελέτης μας περιλαμβάνονται οι ενώσεις των SNPs στο

IFNAR1

και

IFNGR1

με ευαισθησία σε CRC, και των SNPs στο

IFNA7 /IFNA14

με την επιβίωση της CRC ασθενείς. Επικύρωση των ευρημάτων και τη διερεύνηση νέων γενετικές παραλλαγές σε μεγάλους, ανεξάρτητα πληθυσμών μας ενθαρρύνονται.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Haploview ανισορροπία σύνδεσης (LD) σχέδιο της περιοχής ιντερφερόνης άλφα στο χρωμόσωμα 9p21.3 δείχνει ζεύγη τιμών Ν.Δ. r

2 μεταξύ των SNPs. Μόνο SNPs με τον ανήλικο συχνότητα αλληλόμορφου & gt? Τα 10% των κατοίκων της Γιούτα με τη Βόρεια και Δυτική Ευρώπη καταγωγή (CEU) από τη συλλογή CEPH στο πρόγραμμα 1000 γονιδιώματα φαίνονται. Ένταση του γκρι χρώμα από λευκό (r

2 = 0) σε μαύρο (r

2 = 1) δείχνει την έκταση της LD. Οι δύο

IFNA7

υποστηρικτής SNPs rs7045980 και rs7046208 συλληφθεί από rs6475526 (2.2 kb του

IFNA14

) περιβάλλονται από μια κόκκινη γραμμή

doi:. 10.1371 /journal.pone.0111061.s001

(PNG)

πίνακα S1.

Σύλλογος όλων αξιολογούνται SNPs με ορθοκολικό καρκίνο ευαισθησία σε ολόκληρο τον πληθυσμό της μελέτης του 1327 περιπτώσεις και 758 έλεγχοι

doi:. 10.1371 /journal.pone.0111061.s002

(DOC)

Πίνακας S2.

μονοπαραγοντική ανάλυση του παχέος επιβίωσης του καρκίνου και είναι γνωστό προγνωστικούς παράγοντες

doi:. 10.1371 /journal.pone.0111061.s003

(DOC)

Πίνακα S3.

Σύλλογος όλων αξιολογούνται SNPs με καρκίνο του παχέος εντέρου συνολική επιβίωση για όλους τους ασθενείς και ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση μεταξύ των ασθενών χωρίς μακρινή μετάσταση κατά τη στιγμή της διάγνωσης

doi:. 10.1371 /journal.pone.0111061.s004

( DOC)

Πίνακας S4.

Στρωματοποιημένη ανάλυση των rs6475526, rs7047687 και rs11770589 για τη συνολική επιβίωση και rs6475526 για ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση μεταξύ των ασθενών χωρίς μακρινή μετάσταση κατά τη στιγμή της διάγνωσης

doi:. 10.1371 /journal.pone.0111061.s005

( DOC)