Αφηρημένο

όγκων γενωμική αστάθεια και την επιλεκτική επεξεργασία πιέσεις οδηγούν στην εξέλιξη κλωνική νόσος? μοριακή διαστρωμάτωση για μοριακά στοχευμένη χορήγηση του φαρμάκου απαιτεί επαναλαμβανόμενη πρόσβαση στο DNA των όγκων. Υποθέσαμε ότι κυκλοφορούν DNA πλάσματος (cpDNA) σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο είναι σε μεγάλο βαθμό προέρχεται από όγκο, έχει προγνωστική χρησιμότητα, και μπορούν να χρησιμοποιηθούν για προσδιορισμό της αλληλουχίας μετάλλαξη multiplex όγκου όταν επανάληψη της βιοψίας δεν είναι εφικτή. Αξιοποιήσαμε τον πίνακα Sequenom MassArray συστήματος και OncoCarta για σωματικών χαρακτηριστικών μετάλλαξη. Αντίστοιχα δείγματα, που αποκτήθηκαν από τον ίδιο ασθενή, αλλά σε διαφορετικά χρονικά σημεία αξιολογήθηκαν? αυτά αποτελούνται (FFPE) ιστού αρχειακό όγκου φορμόλη-σταθερής εμπεδωθεί με παραφίνη (πρωτοβάθμιας και /ή μεταστατικό) και cpDNA. Η σκοπιμότητα, η ευαισθησία, και η ειδικότητα αυτής της υψηλής απόδοσης, multiplex προσέγγιση ανίχνευση μετάλλαξης ελέγχθηκε χρησιμοποιώντας δείγματα που αποκτήθηκαν από 105 ασθενείς με συμπαγείς όγκους που αναφέρονται για τη συμμετοχή σε μελέτες Ι μοριακά στοχευμένων φαρμάκων φάσης. Η μέση συγκέντρωση cpDNA ήταν 17 ng /ml (εύρος: 0,5 – 1600)? αυτό ήταν 3 φορές υψηλότερη από ό, τι σε υγιείς εθελοντές. Επιπλέον, υψηλότερες συγκεντρώσεις cpDNA σχετίζεται με χειρότερη συνολική επιβίωση? υπήρξε μια συνολική αναλογία επιβίωση (OS) κίνδυνο 2,4 (95% CI 1.4, 4.2) για κάθε 10-πλάσια αύξηση της συγκέντρωσης cpDNA και αναλύσεις πολλών μεταβλητών, συγκέντρωση cpDNA, λευκωματίνη, και κατάσταση απόδοσης παρέμειναν ανεξάρτητοι προγνωστικοί παράγοντες του OS. Αυτά τα δεδομένα υποδεικνύουν ότι το DNA του πλάσματος σε αυτούς τους ασθενείς με καρκίνο είναι σε μεγάλο βαθμό προέρχεται από όγκο. Παρατηρήσαμε επίσης υψηλή αντιστοιχία ανίχνευση μεταλλάξεων κρίσιμη «hot-spot» (

KRAS

,

BRAF

,

PIK3CA

) σε συμφωνημένα cpDNA και αρχειακό ιστό του όγκου, και σημαντικές διαφορές μεταξύ αρχειακό όγκου και cpDNA. Αυτή η δοκιμασία multiplex αλληλούχιση μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανίχνευση σωματικών μεταλλάξεων από το πλάσμα σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο, όταν αυτό είναι ασφαλές βιοψία επανάληψη όγκου δεν είναι εφικτή και γονιδιωματική ανάλυση αρχειακό όγκου, κρίνεται ανεπαρκής. Συνολικά, κυκλοφορεί μελέτες βιοδεικτών νουκλεϊκών οξέων έχουν κλινικά σημαντική χρησιμότητα πολλαπλών χρήσεων σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο και περαιτέρω μελέτες για να συνεχίσει την ενσωμάτωσή τους στο επίπεδο της περίθαλψης που δικαιολογούν

Παράθεση:. Perkins G, Yap ΤΑ, ο Πάπας L, Cassidy AM, Dukes JP, Riisnaes R, et al. (2012) Πολλαπλών Χρήσεων Χρησιμότητα των κυκλοφορούντων Δοκιμές Plasma DNA σε ασθενείς με προχωρημένους καρκίνους. PLoS ONE 7 (11): e47020. doi: 10.1371 /journal.pone.0047020

Επιμέλεια: Jose Luis Perez-Gracia, Πανεπιστημιακή Κλινική της Ναβάρα, Ισπανία

Ελήφθη: May 15, 2012? Δεκτές: 7 Σεπτεμβρίου 2012? Δημοσιεύθηκε: 7 του Νοέμβρη 2012

Copyright: © 2012 Perkins et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Το φάρμακο ανάπτυξη μονάδας του Royal Marsden NHS Foundation Trust και του Ινστιτούτου Έρευνας για τον Καρκίνο υποστηρίζεται εν μέρει από επιχορήγηση του προγράμματος από το Cancer Research UK. Υποστήριξη επίσης παρέχεται από το Πειραματικό Cancer Medicine Centre (στο Ινστιτούτο Έρευνας για τον Καρκίνο) και το Εθνικό Ινστιτούτο για την Έρευνα Κέντρο Ερευνών Βιοϊατρικής Υγείας (από κοινού με την Royal Marsden NHS Foundation Trust και του Ινστιτούτου Έρευνας για τον Καρκίνο). GP υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση από το γαλλικό Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου (Institut National du Cancer, Inca, Γαλλία). TY είναι αποδέκτης του Βραβείου Νέου Scott Minerd προστάτη Ίδρυμα Καρκίνου ανακριτής 2011. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Η ανάπτυξη του καρκίνου είναι κατά κύριο λόγο οφείλεται σε γενετικές ανωμαλίες που οδηγούν ογκογένεση και να καθορίσει τις κλινικές εκδηλώσεις των όγκων? αυτά μπορεί επίσης να επηρεάσει την ανταπόκριση στη θεραπεία [1]. βελτιωμένη γνώση μας της υποκείμενης βιολογίας του καρκίνου και της διαθεσιμότητας των σύγχρονων βιοτεχνολογικών εργαλείων έχει αρχίσει να οδηγήσει στην επιτυχή ανάπτυξη νέων αντικαρκινικών μοριακών θεραπευτικά, καθώς και μια καλύτερη αναγνώριση των μηχανισμών αντοχής [2], [3]. Αξιοσημείωτα παραδείγματα περιλαμβάνουν

KRAS

μεταλλάξεις σε όγκους παχέος εντέρου πρόβλεψη αντίσταση σε αντι-υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGFR) με στόχο μονοκλωνικά αντισώματα (cetuximab [ImClone και Bristol-Myers Squibb]? Και panitumumab [Amgen]) [4], [5], και

KIT

μεταλλάξεις πρόβλεψη κατά του όγκου αποκρίσεις στο imatinib (Novartis) σε γαστρεντερικούς στρωματικούς όγκους [6]. Μοριακή ανάλυση αυτών γονιδιωματική εκτροπών συνήθως διεξάγεται σε αρχειακό ιστό του όγκου οφείλεται σε ηθικές και την ασφάλεια προκλήσεις που συνδέονται με την επαναλαμβανόμενη βιοψίες. Ωστόσο, κατά την άποψη του δυναμικού για γενωμική αστάθεια, εξακολουθούν να υπάρχουν ανησυχίες, σχετικά με την εγκυρότητα αυτής της προσέγγισης για την ανάλυση αρχειακού ιστό του όγκου, παρά rebiopsying όγκου για μοριακές αναλύσεις σε κάθε θεραπευτική σημείο απόφασης. Για παράδειγμα, δεν είναι σαφές εάν η ανάλυση των αρχειακών βιοψιών όγκου που λαμβάνονται από πολλά χρόνια και συχνά πολλαπλές θεραπείες προηγουμένως, αντανακλά επαρκώς βιολογία της νόσου κατά τη στιγμή της θεραπείας. Επαναληπτική βιοψία ενός επιλεγμένου της καρκινικής βλάβης δεν μπορεί, ωστόσο, να παρέχουν επαρκείς πληροφορίες για τη νόσο μοριακή ετερογένεια μεταξύ των ασθενών και rebiopsying πολλαπλές βλάβες παραμένει κλινικά πρακτικό. Βελτιωμένη στρατηγικών για την υλοποίηση των ασθενών μοριακή διαστρωμάτωση χρειάζονται επειγόντως.

Εμείς που ορίζονται για τη βελτιστοποίηση όφελος για τους ασθενείς με προχωρημένους συμπαγείς όγκους που αναφέρονται για τη φάση Ι των κλινικών δοκιμών, με τη διάθεση ειδικών στοχευμένων θεραπειών σε ασθενείς οι οποίοι φιλοξενούν όγκου μοριακή εκτροπές στόχο την παράγων εν λόγω [2], [3], [7]. Αξιολογήσαμε όγκων που λαμβάνονται από αυτούς τους ασθενείς με την υψηλή απόδοση πλατφόρμα Sequenom MassArray χρησιμοποιώντας τον πίνακα μετάλλαξη OncoCarta (έκδοση 1.0? Sequenom, San Diego, CA). Αυτή η ομάδα χρησιμοποιεί προ-σχεδιασμένα και προ-επικυρωμένες μάζας τεχνολογία του γονότυπου φασματομετρίας SNP για την παράλληλη multiplex αναλύσεις των 238 απλών και σύνθετων μεταλλάξεις σε 19 κοινές ογκογονίδια, ελαχιστοποιώντας την ποσότητα του δείγματος που απαιτείται και τη μεγιστοποίηση της ευαισθησίας [8]. Έχει προηγουμένως χρησιμοποιηθεί επιτυχώς για τη διαλογή μεταλλάξεων στο (FFPE) καρκινικός ιστός εγκλεισμένα σε παραφίνη σταθεροποιημένα με φορμαλίνη [9] [10].

Μία εναλλακτική πηγή DNA του όγκου κυκλοφορούντος DNA πλάσμα (cpDNA) [ ,,,0],11], που μπορεί να είναι εύκολα και κατ ‘επανάληψη εκχυλίστηκε από το πλάσμα και μπορεί να είναι προέρχονται από όγκους [11], [12], με συγκεντρώσεις cpDNA συνδυασμού με φορτίο και την εξέλιξη [13] ασθένεια. Μελέτες έχουν δείξει επίσης την σκοπιμότητα της ανίχνευσης μετάλλαξης από cpDNA σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο του [14], [15], [16], [17], [18]. Ξεκινήσαμε να διερευνήσει τις δυνατότητες χρησιμότητα της πολλαπλής ανίχνευσης μετάλλαξης από cpDNA με το υψηλής απόδοσης πλατφόρμα Sequenom MassArray χρησιμοποιώντας τον πίνακα μετάλλαξη OncoCarta (v1.0) για να προσδιορίσετε εάν αυτό μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως συμπλήρωμα σε βιοψίες ιστού να εμπλουτίσει και να υποστηρίξει τα δεδομένα του όγκου για την επιλογή των ασθενών. Δευτερεύοντες στόχοι ήταν να διερευνηθεί αν η μέτρηση των συγκεντρώσεων cpDNA έχει προγνωστική αξία.

Υλικά και Μέθοδοι

Κλινικά δείγματα

Οι ασθενείς με προχωρημένο στάδιο προχωρημένων συμπαγών όγκων οι οποίοι αναφέρονται στην Μονάδα Ανάπτυξης Φαρμάκων του Ιδρύματος Royal Marsden NHS Trust μεταξύ του Σεπτεμβρίου του 2009 και Αύγουστο του 2010, και οι οποίοι ήταν επιλέξιμοι για μια δοκιμή φάσης Ι συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη. Όλοι οι ασθενείς με την προϋπόθεση έγγραφη ενημερωμένη συγκατάθεση για γενετική ανάλυση των όγκων τους και τα δείγματα πλάσματος πριν από τη συμμετοχή σε αυτή τη μελέτη. Οκτώ κ.εκ. περιφερικού αίματος ελήφθησαν δείγματα σε ένα BD Vacutainer Παρασκευή Κυττάρων Tube (CPT) που περιέχει ηπαρίνη νατρίου, το οποίο επιτρέπει στο πλάσμα και μονοπύρηνων διαχωρισμού κυττάρων κατά τη διάρκεια ενός βήματος της φυγοκέντρησης. Ο σωλήνας αναστρέφεται τουλάχιστον 8 φορές για να εξασφαλιστεί η πλήρης ανάμιξη του δείγματος, και στη συνέχεια φυγοκεντρήθηκε στα 1800 g για 15 λεπτά. Το προκύπτον υπερκείμενο πλάσμα μεταφέρεται σε ένα καθαρό σωλήνα και αποθηκεύτηκε στους -80 ° C μέχρι την ανάλυση. Επιπλέον, σε 20 υγιείς εθελοντές παρέχεται 8 ml αίματος για ανάλυση χρησιμοποιώντας αυτή τη μέθοδο. Ζητήθηκε επίσης από τα αντίστοιχα δείγματα FFPE (πρωτογενούς και /ή μεταστατικό sites) για κάθε ασθενή. Το σχετικό κανονιστικό και ανεξάρτητη επιτροπή δεοντολογίας (Εθνική Υπηρεσία Έρευνας Ηθικής (NRES) Επιτροπή Λονδίνο-Τσέλσι, Ηνωμένο Βασίλειο) ενέκρινε την εν λόγω μελέτη πριν από την δίκη έναρξη.

απομόνωσης DNA και ποσοτικοποίηση

Για τις αναλύσεις των δειγμάτων όγκου, hemotoxylin- και διαφάνειες ηωσίνη-βάφονται εξετάστηκαν από μια πίνακας-επικυρωμένο παθολόγο (ΚΤ) για την εξασφάλιση επαρκούς βιώσιμο όγκο και να καθορίσει το καρκινικό ζώνη πυρήνα. DNA από δείγματα FFPE εξήχθη από πυρήνες 1 mm όταν είναι δυνατόν ή από 10 μm μη χρωσμένα τομές με μικρότερες βιοψίες χρησιμοποιώντας το QIAamp DNA FFPE Kit Tissue (Qiagen, Valencia, CA, USA), σύμφωνα με τις συστάσεις του κατασκευαστή. Το εκχυλισμένο DNA στη συνέχεια εκλούστηκε σε 30 μΐ ρυθμιστικού ΑΤΕ και αποθηκεύεται στους -20 ° C μέχρι την περαιτέρω ανάλυση. DNA ποσοτικοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το Nanodrop 1000 Φασματοφωτόμετρο (Thermo Scientific).

Για την εκχύλιση cpDNA, πλάσμα αποψύχθηκε σε θερμοκρασία περιβάλλοντος και cpDNA εξάγεται από 2 ml πλάσματος χρησιμοποιώντας ένα QIAamp Blood DNA Midi Kit (Qiagen, Valencia, CA , USA), σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή, με τις ακόλουθες τροποποιήσεις: για κάθε 2 ml δείγματος πλάσματος, ένα επιπρόσθετο στάδιο φυγοκέντρησης (16,000 g, 5 min, RT) προστέθηκε πριν από τη διαδικασία εκχύλισης, προκειμένου να εξαλειφθούν τα κυτταρικά θραύσματα από την πλάσμα αίματος. Στο τέλος της διαδικασίας, το DNA εκλούεται εντός 100 μΙ ρυθμιστικού διαλύματος έκλουσης ΑΕ. συγκέντρωση του DNA μετρήθηκε με χρώση φθορισμού, χρησιμοποιώντας το Quant-iT ™ Pico-Green® δίκλωνο DNA (dsDNA) Assay Kit (Invitrogen, Carlsbad, CA) και τον αναγνώστη SynergyHT μικροπλάκας (Biotek). DNA από τις κυτταρικές γραμμές καρκίνου που αναλύθηκαν εξήχθη από σφαιρίδια χρησιμοποιώντας το QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA, USA), σύμφωνα με τις συστάσεις του κατασκευαστή. Για σκοπούς σύγκρισης, όλες οι συγκεντρώσεις cpDNA παρουσιάζονται σε αυτό το χειρόγραφο εκφράζονται ως ng /ml πλάσματος.

τεχνολογία Φασματομετρίας Μάζας TypePLEX και πάνελ OncoCarta (v1.0)

Ο πίνακας OncoCarta (v1 0.0) αποτελείται από 24 δεξαμενές ζεύγη εκκινητών και εκκινητές επέκτασης, και έχει την ικανότητα να ανιχνεύει 238 μεταλλάξεις σε 19 γονίδια. Το πρωτόκολλο που παρέχεται από Sequenom (San Diego, CA) ακολουθήθηκε με μικρές τροποποιήσεις. Η ποσότητα του DNA που προστίθεται στην αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) ήταν 20 ng ανά αντίδραση για δείγματα FFPE DNA. Για τα δείγματα DNA πλάσματος, 30 μΐ του DNA προστίθενται εις 30 μΐ καθαρού νερού, και χρησιμοποιούνται για τον πίνακα OncoCarta (v1.0) επεξεργασίας. DNA ενισχύθηκε με τη χρήση των δεξαμενών εκκινητή OncoCarta PCR, μη ενσωματωμένα νουκλεοτίδια απενεργοποιήθηκαν με αλκαλική φωσφατάση γαρίδας (SAP), και μια ενιαία αντίδραση επέκτασης βάσης εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας εκκινητές επέκτασης που υβριδοποιούνται αμέσως γειτονικά προς τις μεταλλάξεις και ένα προσαρμοσμένο μίγμα νουκλεοτιδίων. Άλατα απομακρύνθηκαν με την προσθήκη μιας ρητίνης ανταλλαγής κατιόντων. Πολυπλεκτικά αντιδράσεις κηλιδώθηκαν επί συστοιχίες SpectroCHIP II, και τα θραύσματα DNA αναλύθηκαν με MALDI-TOF για την Φασματόμετρο Μάζας Compact (Sequenom, San Diego, CA).

Ανάλυση δεδομένων

ανάλυση δεδομένων διεξήχθη χρησιμοποιώντας το λογισμικό MassArray Typer Analyzer 4.0.4.20 (Sequenom), η οποία διευκολύνει την οπτικοποίηση των μοντέλων δεδομένων και των πρώτων φάσματα. Typer αυτοματοποιεί την ταυτοποίηση των μεταλλάξεων από τη σύγκριση δεικτών του άγριου αιχμής τύπου με όλες τις ύποπτες μεταλλάξεις και παράγει μια έκθεση OncoMutation λεπτομερώς συγκεκριμένες μεταλλάξεις και τις αναλογίες του άγριου τύπου και μετάλλαξης κορυφές. Όλες οι μεταλλάξεις από την έκθεση Oncomutation εξετάστηκαν με το χέρι από 2 τυφλωμένοι φορείς, με επιλεγμένα μεταλλάξεις επανεξεταστεί από την έκθεση OncoMutation σύγκριση και επιβεβαιώθηκε να είναι σύμφωνη. Εγχειρίδιο αναθεώρηση των μεταλλάξεων σε όλα τα φάσματα OncoCarta έγινε για τον εντοπισμό «πραγματικό» μεταλλαγμένο κορυφές από κορυφές αλάτι ή άλλες κορυφές φόντο. Οι στατιστικές αναλύσεις που περιγράφονται λεπτομερώς στο Συμπληρωματικό Μέθοδοι S1.

μετάλλαξη FFPE επιβεβαίωση

KRAS

μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν επίσης χρησιμοποιώντας το κιτ μετάλλαξη TheraScreen KRAS (Qiagen, Γερμανία) με βάση την ενίσχυση πυρίμαχα Mutation Σύστημα (ARMS) -Scorpion PCR [19].

BRAF

μεταλλάξεις V600E ανιχνεύθηκαν επίσης με τη χρήση της ηλεκτροφόρησης-single ανάλυση κλώνου τριχοειδών (CE-SSCA). Περαιτέρω λεπτομέρειες παρέχονται στο Συμπληρωματικό Μέθοδοι S1.

Αποτελέσματα

Τα χαρακτηριστικά των ασθενών

Ένα σύνολο 105 ασθενών που παραπέμπονται για δοκιμή φάσης Ι συμμετοχή εντάχθηκαν μεταξύ Σεπτεμβρίου του 2009 και Αύγουστο 2010 (Πίνακας 1? Πίνακας S1). Ένας ασθενής στη συνέχεια βρέθηκε να είναι επιλέξιμες για δοκιμές Φάσης Ι και, επομένως, αυτής της μελέτης, όπως ο ίδιος δεν είχε εξαντλήσει όλες τις γραμμές των διαθέσιμων θεραπειών κατά των όγκων. Οι διάφοροι τύποι όγκων που αντιπροσωπεύονται στα υπόλοιπα 104 ασθενείς ήταν ορθοκολικό καρκίνο (CRC) (n = 25), ο καρκίνος του μαστού (n = 19), μελάνωμα (n = 15), ο καρκίνος των ωοθηκών (n = 15), ο ευνουχισμός καρκίνος ανθεκτικός προστάτη ( CRPC) (n = 11) και άλλων τύπων όγκων (n = 19), συμπεριλαμβανομένων των μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC), μεσοθηλίωμα, σάρκωμα, γλοιοβλάστωμα, αδενοκαρκίνωμα αγνώστου πρωτοπαθούς (Acup), χολαγγειοκαρκίνωμα, και του τραχήλου της μήτρας, του ενδομητρίου, του δωδεκαδακτύλου , του οισοφάγου, του παγκρέατος και νεφρικούς καρκίνους (Πίνακας 1).

η

Από τους 104 ασθενείς που αναλύθηκαν στη μελέτη, τα δείγματα πρωτογενούς όγκου FFPE ελήφθησαν για 69 (66%) άτομα, με FFPE κομβικών και /ή μεταστατικό δείγματα όγκων που είναι διαθέσιμα για ένα περαιτέρω 31 (30%) ασθενείς. cpDNA συλλέχθηκε από 101 (97%) ασθενείς? δεν ήταν δυνατό να αντλήσει αίμα από 1 ασθενή για τεχνικούς λόγους και το αίμα δεν συλλέχθηκε από 2 ασθενείς λόγω υλικοτεχνική λάθη. Συνολικά 60 ασθενείς απεβίωσαν κατά τη διάρκεια της παρακολούθησης, ενώ τα δεδομένα για 44 ασθενείς είχαν λογοκριθεί για τους σκοπούς της παρούσας δημοσίευσης. Η διάμεση παρακολούθηση διάστημα ήταν 5,8 μήνες (εύρος 0,3 – 17,5) (Πίνακας 1).

πειράματα DNA σειριακή αραίωση για την ανάπτυξη δοκιμασία

Οι αραιώσεις του DNA που εξάγεται από το

KRAS

μεταλλαγμένο HCT116 ανθρώπινη κυτταρική σειρά καρκίνου του παχέος εντέρου έδειξε ότι το

KRAS

μετάλλαξη G13D ήταν αναπαραγώγιμα ανιχνεύσιμη με τον πίνακα 1.0 OncoCarta σε συγκεντρώσεις DNA τόσο χαμηλά όσο 40 ng /ml (Σχήμα S1). cpDNA επίσης συλλέχθηκαν από υγιείς εθελοντές (Πίνακας 2)? σε αυτά τα δείγματα, η συγκέντρωση cpDNA βρέθηκε να είναι χαμηλή: διάμεση 6,5 ng /ml πλάσματος (εύρος 4,5 έως 13,3 ng /ml πλάσματος) και δεν ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις σε οποιοδήποτε δείγμα. Ένας ασθενής με προχωρημένο καρκίνο του μαστού που είχαν πολύ υψηλά επίπεδα cpDNA (1600 ng /ml πλάσματος) βρέθηκε να έχει ένα

PIK3CA

μετάλλαξη και στα δύο FFPE και τα δείγματα cpDNA? διαδοχικές αραιώσεις αυτού του cpDNA έδειξαν ότι η

PIK3CA

μετάλλαξη ήταν ανιχνεύσιμη μέχρι μία συγκέντρωση 2.5 ng /ml πλάσματος χρησιμοποιώντας αυτή τη δοκιμασία.

Η

Plasma cpDNA επίπεδα συγκέντρωσης και μετάλλαξης ανίχνευση

Η συνολική διάμεση συγκέντρωση cpDNA ήταν 17 ng /ml σε αυτούς τους ασθενείς με προχωρημένους όγκους (εύρος: 0,5 έως 1600) (Εικόνα 1? Πίνακας S1). Η μέση συγκέντρωση cpDNA ήταν 18 ng /ml (εύρος: 5-230) για ασθενείς με CRC? 7 ng /ml (εύρος: 2-50) για ασθενείς με μελάνωμα, 17 ng /ml (εύρος: 0,5 έως 1600) για ασθενείς με καρκίνο του μαστού, 15 ng /ml (εύρος: 4-49) για ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών και 53 ng /ml πλάσματος (εύρος: 7-1177). για ασθενείς με CRPC που είχαν τις υψηλότερες συγκεντρώσεις του DNA στο πλάσμα

Box και μουστακιού οικόπεδα δείχνει 25

ου, 50

ου και 75

ου τοις εκατό, άνω και κάτω γειτονικών τιμών (μουστάκια) και των ακραίων τιμών Tukey (•). τιμή P είναι για δύο όψεων unpaired t-test για τις συγκεντρώσεις log10 DNA χρησιμοποιώντας διόρθωση Welch για άνισες διακυμάνσεις.

Η

Συμφωνήθηκε πλάσμα και FFPE ήταν διαθέσιμα για ανάλυση από 84 ασθενείς. Ένα σύνολο 42 μεταλλάξεων ανιχνεύτηκαν σε οποιοδήποτε ένα ή αμφότερα FFPE όγκου και cpDNA δείγματα που λαμβάνονται από αυτούς τους ασθενείς (Πίνακας 3? Πίνακας S1? Σχήματα S2A-S2D). Η συνολική συμφωνία σε ανιχνεύονται μεταλλάξεις μεταξύ FFPE και δείγματα cpDNA ήταν 60% (25 από 42 ανιχνεύονται μεταλλάξεις) (Πίνακας 3). Απαραμετρική ROC αναλύσεις χρησιμοποιήθηκαν για να εκτιμηθεί το όριο της πλατφόρμας Sequenom για την ανίχνευση μεταλλάξεων πάνελ OncoCarta σε cpDNA (Σχήμα 2Α). Η συγκέντρωση του cpDNA με τη βέλτιστη δυνατότητα να ανιχνεύει μία μετάλλαξη ήταν 29,95 ng /ml (αναλογία Κίνδυνος = 7,3043). Η AUC υπολογίστηκε ότι ήταν 0,8075 (95% CI 0,6552 – 0,9598). Το Σχήμα 2Β δείχνει τους διαφορετικούς τύπους μεταλλάξεων σε μία ποικιλία τύπων όγκων σε αντίστοιχες συγκεντρώσεις cpDNA αυτοί ανιχνεύθηκαν στο

2Α:. Απαραμετρική ROC αναλύσεις χρησιμοποιήθηκαν για να εκτιμηθεί το όριο της πλατφόρμας Sequenom για την ανίχνευση μεταλλάξεων πάνελ OncoCarta σε cpDNA. Κάθε τελεία στο γράφημα αντιστοιχεί στην ευαισθησία και ειδικότητα σε μία από τις παρατηρούμενες συγκεντρώσεις. Οι μεταλλάξεις θεωρήθηκαν «διαθέσιμη για ανίχνευση» αν είχαν ανιχνευθεί σε FFPE ιστούς του ασθενούς. Μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε δείγματα FFPE από 37 ασθενείς. Η συγκέντρωση του cpDNA με τη βέλτιστη δυνατότητα να ανιχνεύει μία μετάλλαξη είναι 29,95 ng /ml (αναλογία Κίνδυνος = 7,3043). Η AUC που υπολογίζεται είναι 0,8075 (95% CI 0,6552 – 0,9598). Οι ασθενείς των οποίων FFPE δεν ήταν διαθέσιμος ή αρνητικές για μεταλλάξεις εξαιρέθηκαν από την ανάλυση. Οι γραμμές αναφοράς ειδικότητα για τεταρτημόρια των συγκεντρώσεων DNA υποδεικνύονται με κόκκινο διακεκομμένες γραμμές. 2Β: Γράφημα που δείχνει τους τύπους των μεταλλάξεων και των συγκεντρώσεων cpDNA στην οποία ανιχνεύθηκαν σε διαφορετικούς όγκους. Μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε έξι ογκογονίδια. Σύμβολα αντιπροσωπεύουν διαφορετικά είδη όγκων.

Η

Συσχέτιση με αποτέλεσμα ασθενή.

Η διάμεση συνολική επιβίωση (OS) για όλους τους ασθενείς ήταν 7,9 μήνες (95% CI 5,8, 9,2) . Οι ασθενείς ταξινομήθηκαν σε χαμηλές και υψηλές ομάδες συγκέντρωση cpDNA βασίζεται στη μέγιστη υγιεινή συγκέντρωση DNA εθελοντική ομάδα των 13,3 ng /ml? 61 ασθενείς ταξινομήθηκαν ως έχοντες υψηλές συγκεντρώσεις cpDNA με 40 που έχουν χαμηλά επίπεδα. Η διάμεση OS σε ασθενείς κατηγοριοποιούνται ως έχοντες χαμηλές συγκεντρώσεις cpDNA ήταν 10,5 μήνες (95% CI 6,0, NC), ενώ τα άτομα της ομάδας υψηλή συγκέντρωση cpDNA είχαν διάμεση OS 6,5 μήνες (95% CI 4,5, 8,4) (logrank p = 0.0383) (Σχήμα 3Α). Ως συνεχή μεταβλητή, υπήρχε μια αναλογία κινδύνου OS 2,4 (95% CI 1,4, 4,2) για κάθε 10-πλάσια αύξηση της συγκέντρωσης cpDNA (Σχήμα 3Β).

(3Α) Kaplan-Meier γραφική παράσταση που δείχνει την επιβίωση καμπύλες με συγκέντρωση cpDNA σε 101 ασθενείς με προχωρημένους συμπαγείς όγκους. Οι ασθενείς στην δυσμενή κατηγορία είχαν συγκεντρώσεις μεγαλύτερες από ένα υγιή εθελοντή κοόρτη μέγιστο 13,3 ng /ml (logrank p = 0,0383). (3Β) Survivor λειτουργία εκτιμήθηκε από μονοπαραγοντική δείχνει παλινδρόμησης Cox προέβλεψε καμπύλες επιβίωσης για ένα εύρος συγκεντρώσεων cpDNA. Μια αναλογία κινδύνου 2,4 (p = 0,002) απεικονίζεται μεταξύ γειτονικών καμπύλες.

Η

Συσχέτιση με RMH προγνωστική βαθμολογία.

Έχουμε πρόσφατα προοπτικά επικυρωθεί προγνωστικός σκορ (βαθμολογία RMH) για ασθενείς που συμμετέχουν σε κλινικές δοκιμές φάσης Ι με βάση το συνδυασμό των τριών προγνωστικών παραγόντων: ορός αλβουμίνης λιγότερο από 35 g /L? γαλακτικής αφυδρογονάσης (LDH) μεγαλύτερη από το ανώτερο όριο του φυσιολογικού (ULN)? και δύο ή περισσότερες θέσεις των μεταστάσεων. Η παρουσία καθενός από αυτές τις μεταβλητές που σχετίζονται με επιδείνωση έκβαση [20]. Η μέση συγκέντρωση cpDNA ήταν υψηλότερη σε ασθενείς με χειρότερη RMH προγνωστική βαθμολογία (F [3,98] = 9,97, p & lt? 0.0001)? Μετα-τεστ αποκάλυψαν μια σημαντική θετική γραμμική τάση μεταξύ log10 (cpDNA) και βαθμολογία RMH (beta = 0,247, p & lt? 0.0001) (Σχήμα 4)

Scatterplot που δείχνει τη σχέση μεταξύ συγκέντρωσης cpDNA και RMH προγνωστική βαθμολογία.. Υπήρξε μια σημαντική θετική γραμμική τάση μεταξύ log

10 (cpDNA) και βαθμολογία RMH (beta = 0,252, p & lt? 0.0001)..

Η

Συσχέτιση με μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική ανάλυση

μονοπαραγοντική δοκιμασία χρησιμοποιήθηκε για να προσδιοριστεί σημαντικοί προγνωστικοί της συνολικής επιβίωσης, η οποία περιελάμβανε συγκέντρωση cpDNA ως συνεχή μεταβλητή (HR 2,4 ανά 10-πλάσια αύξηση, 95% CI 1.4 έως 4.2), λευκωματίνη & lt? 35 g /L (ρ = logrank 0,0003 ), και κατάσταση απόδοσης ECOG ίση με 2 (logrank p = 0,0007). Όταν cpDNA, λευκωματίνη και κατάσταση απόδοσης ενσωματώθηκαν σε ένα πολυμεταβλητό μοντέλο, όλες οι τρεις παραμέτρους βρέθηκαν να είναι ανεξάρτητοι προγνωστικοί δείκτες επιβίωσης (Πίνακας 4). Ο αριθμός των μεταστατικών sites δεν βρέθηκε να είναι ένας σημαντικός προγνωστικός δείκτης επιβίωσης στην μονοπαραγοντική ανάλυση και, ως εκ τούτου εξαιρούνται από το πολυπαραγοντικό μοντέλο.

Η

μεταλλάξεων εντοπισμό και τη συμφωνία μεταξύ FFPE και cpDNA

Καρκίνος του παχέος εντέρου.

από 25 ασθενείς με CRC, δείγματα cpDNA ελήφθησαν από όλους τους ασθενείς, ενώ τα δείγματα όγκων FFPE ήταν διαθέσιμα για ανάλυση για 22 ασθενείς. Συνολικά, οι μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε 15 από 22 (68,2%) που διατίθενται όγκους FFPE και 14 από τα 25 (56%) δείγματα cpDNA (Πίνακας S1). Συγκεκριμένα,

KRAS

,

BRAF

και

PIK3CA

μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε 10 (45%), 3 (14%) και 2 (9%) δείγματα του όγκου, αντίστοιχα . Συγκριτικά, 9 (36%)

KRAS

, 3 (12%)

BRAF

και 3 (12%)

PIK3CA

μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε δείγματα cpDNA.

Συμφωνία για την ανίχνευση των μεταλλάξεων μεταξύ συμφωνημένα αρχειακό όγκων FFPE και δείγματα cpDNA από Sequenom OncoCarta αναλύσεις ήταν 70% (7 από τους 10 ασθενείς) για

KRAS

και 100% (3 από 3 ασθενείς) για

BRAF

κατάστασης μεταλλάξεων (Πίνακας 3). Δεν ασθενείς με άγριου τύπου

KRAS

ή

BRAF

γονότυπους ιστό του όγκου είχε μεταλλάξεις στα αντίστοιχα cpDNA τους. Πέντε ασθενείς είχαν ανιχνεύσιμο

PIK3CA

μεταλλάξεις με έναν ή αμφότερους FFPE όγκου ή /και cpDNA: 1 ασθενής είχε μια μετάλλαξη Q546K ανιχνεύεται τόσο σε ιστό FFPE και cpDNA? 1 ασθενής είχε μια μετάλλαξη E545K ανιχνευθεί μόνο σε FFPE, αλλά όχι cpDNA? 1 ασθενής είχε ένα E542K μετάλλαξη ανιχνεύεται σε μετάσταση στο ήπαρ (FFPE), αλλά όχι στον πρωτογενή όγκο (FFPE) ή cpDNA? 1 ασθενής είχε E545K ανιχνεύεται μόνο σε πλάσμα αλλά όχι FFPE? και 1 ασθενής είχε μια μετάλλαξη Q546K βρέθηκαν σε cpDNA αλλά όχι δείγμα FFPE ήταν διαθέσιμο. Το πρόσφατα αναφερθεί ογκογόνο

ΑΚΤ1

E17K μετάλλαξη [21] ανιχνεύθηκε σε 1 ασθενή στο χαρτί και το πλάσμα. Δεν ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις σε άλλα ογκογονίδια δοκιμαστεί.

Υπήρξε 90% (9 από 10

KRAS

μεταλλαγμένα δείγματα) συμφωνία για FFPE όγκων

KRAS

κατάστασης μεταλλάξεων μεταξύ του πίνακα OncoCarta και τα χέρια-Scorpion πλατφόρμες PCR. Η συμφωνία BRAF μεταξύ του πάνελ και CE-SSCA μέθοδο OncoCarta ήταν 100% (3 από 3

BRAF

μεταλλαγμένα δείγματα).

Το μελάνωμα.

Από τους 15 ασθενείς με μελάνωμα , δείγματα όγκων FFPE ήταν διαθέσιμα για ανάλυση για 10 ασθενείς, ενώ τα δείγματα cpDNA ελήφθησαν από όλους τους 15 ασθενείς. Συνολικά, οι μεταλλάξεις εντοπίστηκαν σε 8 από 10 (80,0%) διατίθενται όγκους FFPE και 6 του 15 (40%) δείγματα cpDNA (Πίνακας S1).

BRAF

,

NRAS

και

ΜΕΤ

μεταλλάξεις ανιχνεύτηκαν σε 5 (50%), 3 (30%) και 1 (10%) του 10 δειγμάτων FFPE όγκου, αντίστοιχα, και 3 (20%), 2 (13.3% ) και 2 (13,3%) από 15 δείγματα cpDNA, αντίστοιχα. Συμφωνία για την ανίχνευση των μεταλλάξεων μεταξύ συμφωνημένα FFPE και cpDNA ήταν 60% (3 από 5 ασθενείς) για

BRAF

, 66,7% για το

NRAS

(2 από 3 ασθενείς) και 100% για το

ΚΟΑ

κατάστασης μεταλλάξεων (1 από 1 ασθενή) (Πίνακας 3). Ένα άλλο

ΚΟΑ

μετάλλαξη, T992I, βρέθηκε σε ένα δείγμα cpDNA, αλλά δεν δείγματος όγκου FFPE ήταν διαθέσιμο. Δεν ασθενείς με γονότυπους ιστό άγριου τύπου του όγκου είχε μεταλλάξεις στα αντίστοιχα cpDNA τους.

Υπήρξε 100% συμφωνία (5 από 5 δείγματα) για το

BRAF

κατάστασης μεταλλάξεων μεταξύ του πίνακα OncoCarta και CE-SSCA μέθοδο.

Ο καρκίνος του μαστού.

δείγματα όγκων FFPE και τα δείγματα cpDNA ήταν διαθέσιμα για ανάλυση για όλους τους 19 ασθενείς με καρκίνο του μαστού. Συνολικά, οι μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε 5 από 19 (26,3%) των όγκων FFPE και 4 του 19 (21,1%) δείγματα cpDNA (Πίνακας S1).

Το

PIK3CA

μετάλλαξη H1047R ανιχνεύθηκε σε 4 19 (21,5%) δείγματα όγκου και 3 από 19 (15,8%) δείγματα cpDNA, με συμφωνία μεταξύ 3 από 4 (75%) αντιστοιχεί FFPE και cpDNA δείγματα (Πίνακας 3). Η

ΑΚΤ1

E17K μετάλλαξη ανιχνεύτηκε σε 1 ασθενή στο χαρτί FFPE και cpDNA. Δεν μεταλλάξεις σε οποιοδήποτε από τα άλλα ογκογονίδια που μελετήθηκαν ανιχνεύθηκαν με τον πίνακα OncoCarta. Δεν ασθενείς με γονότυπους ιστό άγριου τύπου του όγκου είχε μεταλλάξεις στα αντίστοιχα cpDNA τους.

Ευνουχισμός ανθεκτικό καρκίνο του προστάτη.

Από τους 11 ασθενείς με CRPC, δείγματα cpDNA ελήφθησαν από όλους τους ασθενείς, ενώ FFPE όγκοι ήταν διαθέσιμο για 8 ασθενείς. Συνολικά, οι μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε 3 από 8 (37,5%) των όγκων FFPE, και 3 του 11 (27,3%) δείγματα cpDNA (Πίνακας S1).

PIK3CA

,

HRAS

και

ΑΚΤ1

(όλα τα n = 1) μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε δείγματα όγκων FFPE, ενώ

NRAS

,

PIK3CA

και

ΑΚΤ1

(όλα n = 1) μεταλλάξεις βρέθηκαν στα δείγματα cpDNA. Το αντίστοιχο FFPE όγκου

PIK3CA

και

ΑΚΤ1

μεταλλάξεις βρέθηκαν στα δείγματα cpDNA, αλλά ο όγκος FFPE

HRAS

μετάλλαξη δεν βρέθηκε στο συμφωνημένα δείγμα cpDNA (Πίνακας 3 ). Η Q61K

NRAS

μετάλλαξη βρέθηκε σε ένα δείγμα cpDNA, αλλά όχι στο αντίστοιχο δείγμα FFPE όγκου

καρκίνο των ωοθηκών..

Από τους 15 ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο των ωοθηκών, δείγματα cpDNA ελήφθησαν από όλους τους ασθενείς, ενώ τα δείγματα όγκων FFPE ήταν διαθέσιμα για 14 ασθενείς. Συνολικά, οι μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε 5 από 14 (35,7%) των όγκων FFPE, και 0 από 14 (0%) δείγματα cpDNA (Πίνακας S1).

KRAS

μεταλλάξεις (G12V και G13D) (n = 3) και ο

PIK3CA

μετάλλαξη H1047R (n = 1) ανιχνεύθηκαν σε δείγματα όγκων FFPE, αλλά δεν βρέθηκαν μεταλλάξεις σε οποιαδήποτε δείγματα cpDNA (Πίνακας 3). Ένας ασθενής με ωοθηκών καρκινοσάρκωμα είχε ένα

KIT

P585P μετάλλαξη ανιχνεύτηκε σε FFPE, αλλά όχι σε cpDNA.

Άλλα είδη όγκων.

Από τους υπόλοιπους 19 ασθενείς με μια σειρά από τύπους όγκων, τα δείγματα cpDNA ελήφθησαν από 17 ασθενείς, ενώ οι όγκοι FFPE ήταν διαθέσιμα για 12 ασθενείς.

Ο

NRAS

G12D μετάλλαξη βρέθηκε τόσο σε FFPE όγκου και του πλάσματος από έναν ασθενή με Acup ( Πίνακας 3). Η

NRAS

μεταλλάξεις G 13R μετάλλαξη ανιχνεύθηκε στο πλάσμα, αλλά όχι σε FFPE όγκου από έναν ασθενή με χολαγγειοκαρκίνωμα. Η

KRAS

μετάλλαξη G12D βρέθηκε σε FFPE όγκου, αλλά όχι στο πλάσμα από ασθενή με καρκίνο του δωδεκαδακτύλου. Δεν ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις στους άλλους ασθενείς, συμπεριλαμβανομένων χωρίς υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (

EGFR

) μεταλλάξεις στους 5 ασθενείς με ΜΜΚΠ.

Συμφωνία με την ανίχνευση μετάλλαξης μεταξύ FPFE και cpDNA για πρωτογενή όγκο ή μεταστατικό δείγματα

κατά την εξέταση όλων των ασθενών με αντίστοιχα δείγματα, συμπεριλαμβανομένων και εκείνων που δεν ανιχνεύονται μεταλλάξεις (n = 83), η συμφωνία για την ανίχνευση μεταλλάξεων μεταξύ FFPE και cpDNA ήταν υψηλότερη σε μεταστάσεις (83,3% των 18 δειγμάτων) σε σύγκριση με πρωτοπαθούς όγκου (78,5% των 65 δειγμάτων). Κατά την εξέταση μόνο ασθενείς με μεταλλάξεις ανιχνεύονται σε τουλάχιστον αίμα και /ή πρωτογενούς όγκου (n = 40), η συμφωνία στην ανίχνευση μεταλλάξεων μεταξύ FFPE και cpDNA ήταν πάλι υψηλότερη σε μεταστάσεις (70,0% του 10 δειγμάτων) σε σύγκριση με πρωτογενή όγκο (53,3% 30 δείγματα). Ωστόσο, λόγω της διαφοράς στον αριθμό των πρωτοπαθούς όγκου (n = 65) και μεταστατικό (n = 18) δείγματα που λαμβάνονται, δεν είμαστε σε θέση να συναχθούν στατιστικά συμπεράσματα από αυτά τα δεδομένα.

Συζήτηση

Αυτή η μελέτη έδειξε, για πρώτη φορά, η δυνατότητα πολυπλεξίας ανίχνευση μεταλλάξεων του DNA του όγκου χρησιμοποιώντας το πολλαπλό OncoCarta πίνακα τόσο από το DNA που εξάγεται από FFPE αρχειακό ιστό του όγκου και cpDNA. Έχουμε δείξει ότι τα συνολικά επίπεδα cpDNA σε ασθενείς με προχωρημένους καρκίνους είναι, γενικά, σημαντικά υψηλότερες από αυτές σε υγιείς εθελοντές, με τις υψηλότερες συγκεντρώσεις που βρέθηκαν σε ασθενείς με προχωρημένο προστάτη και του μαστού, αν και αυτή η διαφορά δεν ήταν σημαντική σε μελάνωμα και τον καρκίνο των ωοθηκών (Φιγούρα 1). Η μέγιστη συγκέντρωση ανιχνεύεται σε υγιείς εθελοντές βρέθηκε να χωρίσει τους ασθενείς σε δύο ομάδες που συσχετίστηκαν με σημαντικά διαφορετικές προγνώσεις? ασθενείς στην ομάδα χαμηλού cpDNA είχαν σημαντικά υψηλότερο OS σε σχέση με αυτές της ομάδας υψηλού cpDNA [11], [13], [22]. Επιπλέον, η συγκέντρωση cpDNA παρέμεινε εξαιρετικά προγνωστικά για το OS σε αναλύσεις πολλαπλών μεταβλητών χρησιμοποιώντας τα προγνωστικά βιοδείκτες για την Φάση Ι δίκη πληθυσμό ασθενών που έχουν περιγραφεί στο παρελθόν [20]. Έχουμε δείξει επίσης μια συσχέτιση μεταξύ των συγκεντρώσεων cpDNA και την προγνωστική βαθμολογία που έχουμε περιγράψει προηγουμένως να προβλέψει την έκβαση των ασθενών που παραπέμπονται για συμμετοχή δοκιμή Φάσης Ι? συγκέντρωση cpDNA, αλβουμίνη & lt? 35 g /L και κατάσταση απόδοσης είχαν προγνωστική αξία στη σειρά των ασθενών ως ανεξάρτητοι προγνωστικοί παράγοντες της επιβίωσης. Αυτά τα δεδομένα συνολικά δείχνουν ότι cpDNA σε αυτόν τον πληθυσμό ασθενών είναι σε μεγάλο βαθμό όγκου προέρχεται, αν και αυτό μπορεί να παραχθεί και από τις δύο κακοήθεις και στρωματικά κύτταρα.

Ο πίνακας Sequenom OncoCarta έχει επίσης μας έδωσε τη δυνατότητα να αναλύσει περισσότερες από 230 γνωστές μετάλλαξη «καυτό μεταλλάξεις -spots »σε πάνω από εκατό ασθενείς με υψηλή μόδα απόδοση. Ο πίνακας OncoCarta καλύπτει ένα μεγάλο και αυξανόμενο αριθμό των ογκογονιδίων και μπορούν να προσαρμοστούν ώστε να περιλαμβάνουν επιπρόσθετα γονίδια που ενδιαφέρουν. Επιτρέπει την ανίχνευση μετάλλαξης του όγκου ακόμη και με ελάχιστες ποσότητες DNA του όγκου, η κακή συντήρηση των ιστών και η παρουσία σημαντικών ποσοτήτων της κανονικής DNA. τεχνολογία αλληλούχισης επόμενης γενιάς θα επιτρέψουν μεγαλύτερη κάλυψη DNA και απόκτηση δεδομένων, που επιτρέπουν την ανάλυση αλληλουχίας των εκατοντάδων γονιδίων πλήρους μήκους, η οποία θα είναι κρίσιμης σημασίας για την μελέτη των γονιδίων, όπου οι μεταλλάξεις μπορούν να βρεθούν σε πολλές ανόμοιες περιοχές, όπως είναι η περίπτωση για πολλά ογκοκατασταλτικό γονίδια όπως το BRCA1, BRCA2, p53 και PTEN.

καθώς προχωρούμε προς την ανάπτυξη μοριακά στοχευμένες παράγοντες για επιλεγμένους πληθυσμούς ασθενών, είναι σημαντικό ότι το μοριακό χαρακτηρισμό των όγκων για την πρόβλεψη της αποτελεσματικότητας σε στοχευμένες θεραπείες ενσωματώνεται σε πρώιμες κλινικές δοκιμές [2], [3]. Μια τέτοια προσέγγιση μπορεί να αυξήσει τις πιθανότητες των επιμέρους όφελος των ασθενών, μειώνοντας τον αριθμό των ασθενών που έλαβαν αναποτελεσματικές θεραπείες και την επίσπευση της κλινικής προσόντα της πρόβλεψης βιοδεικτών. Αρχειακό ιστό του όγκου, συχνά λαμβάνονται πολλά χρόνια πριν, χρησιμοποιείται συχνά για αυτές τις αναλύσεις. Όγκου επαναληπτική βιοψία παραμένει ασυνήθιστο, αν είναι εφικτό, όπως καταδεικνύεται στην προσαρμοστική δοκιμή πρώτη μάχη του καρκίνου του πνεύμονα [23]. Παρ ‘όλα αυτά, η υποχρεωτική πολλαπλή rebiopsies επαναλαμβάνεται όγκου θέτει υλικοτεχνική, φορολογικά και ηθικά ζητήματα, ενώ η επιβράδυνση δίκη σε δεδουλευμένη βάση και όχι αντιμετώπιση του προβλήματος της ενδο-ασθενούς βλάβη στη βλάβη ετερογένεια. Επαναληπτική βιοψία και cpDNA αναλύσεις μπορούν και τα δύο να αντιμετωπισθούν οι ανησυχίες γύρω όγκου γενωμική αστάθεια και κλωνική μοριακή εξέλιξη οφείλεται σε θεραπευτική πιέσεις επιλογής, ενώ, επίσης, ενδεχομένως να ανακρίνει το θέμα ετερογένεια μεταξύ των ασθενών.