Abstract

Ιστορικό

Genomic εκτροπή είναι ένα κοινό χαρακτηριστικό των ανθρώπινων καρκίνων και επίσης είναι ένας από τους βασικούς μηχανισμούς που οδηγούν σε υπερέκφραση των ογκογονιδίων και υποέκφραση των ογκοκατασταλτικών γονιδίων. Η μελέτη μας αποσκοπεί στο να αναγνωρίζουν τους συχνούς γονιδιωματικής αλλαγές στον καρκίνο του παγκρέατος.

Υλικά και Μέθοδοι

χρησιμοποιείται συστοιχία συγκριτική γονιδιωματική υβριδισμού (array CGH) για τον εντοπισμό επαναλαμβανόμενων γονιδιωματικής μετατροπές και επικύρωσε την πρωτεΐνη έκφραση των επιλεγμένων γονιδίων με ανοσοϊστοχημεία.

Αποτελέσματα

Δεκαέξι κέρδη και τριάντα δύο απώλειες σημειώθηκαν κατά περισσότερο από 30% και το 60% των όγκων, αντίστοιχα. ενισχύσεις υψηλού επιπέδου σε 7q21.3-q22.1 και 19q13.2 και ομόζυγη διαγραφές στις 1p33-p32.3, 1p22.1, 1q22, 3q27.2, 6p22.3, 6p21.31, 12q13.2, 17p13. 2, 17q21.31 και 22q13.1 εντοπίστηκαν. Ειδικά, η ενίσχυση του ΑΚΤ2 ανιχνεύθηκε σε δύο καρκινώματα και ομόζυγη διαγραφή του CDKN2C σε άλλες δύο περιπτώσεις. Σε 15 ανεξάρτητα δείγματα επικύρωσης, διαπιστώσαμε ότι ΑΚΤ2 (19q13.2) και MCM7 (7q22.1) ενισχύθηκαν σε 6 και 9 περιπτώσεις, και CAMTA2 (17p13.2) και PFN1 (17p13.2) έχουν ομοζυγικά διαγραφεί στο 3 και 1 περιπτώσεις. ΑΚΤ2 και MCM7 ήταν υπερεκφράζεται και CAMTA2 και PFN1 ήταν υποεκφράζονται σε παγκρεατικά καρκινικούς ιστούς από ό, τι στο μορφολογικά φυσιολογικό λειτουργικό ιστούς περιθώριο. Τόσο GISTIC και Γονιδιωματική Workbench λογισμικό εντοπίστηκαν 22q13.1 περιέχει APOBEC3A και APOBEC3B ως η μόνη περιοχή ομόζυγη διαγραφή. Και τα επίπεδα έκφρασης APOBEC3A και APOBEC3B ήταν σημαντικά χαμηλότερα σε καρκινικούς ιστούς σε σύγκριση με την κανονική λειτουργική μορφολογικά ιστούς περιθώριο. Περαιτέρω επικύρωση έδειξε ότι η υπερέκφραση της PSCA ήταν σημαντικά σχετίζεται με μετάσταση λεμφαδένα, και η υπερέκφραση του HMGA2 συσχετίστηκε σημαντικά με διηθητικό βάθος του καρκίνου του παγκρέατος.

Συμπέρασμα

Αυτές οι επαναλαμβανόμενες γονιδιωματική αλλαγές μπορεί να είναι χρήσιμη για αποκαλύπτοντας τον μηχανισμό του παγκρέατος καρκινογένεση και την παροχή υποψήφιο βιοδεικτών

Παράθεση:. Liang JW, Shi ZZ, Shen ΤΥ, Τσε Χ, Wang Ζ, Shi SS, et al. (2014) Προσδιορισμός των Γονιδιωματική Αλλαγές στον καρκίνο του παγκρέατος Χρησιμοποιώντας Array-Based Συγκριτική Γονιδιωματική υβριδοποίηση. PLoS ONE 9 (12): e114616. doi: 10.1371 /journal.pone.0114616

Επιμέλεια: Xin Yuan-Γκουάν, το Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Κίνα

Ελήφθη: 16 Ιουλ 2014? Αποδεκτές: 12, Νοεμ 2014? Δημοσιεύθηκε: 11η Δεκεμβρίου 2014

Copyright: © 2014 Liang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του χαρτιού

Χρηματοδότηση:. Η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Επιστήμης και Τεχνολογίας Μεγάλου Έργου της Κίνας (2012ZX09506001, 2011YQ17006710), και το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (81241086), και το Yunnan Provincial Ίδρυμα Ερευνών και Μελετών για βασική έρευνα, την Κίνα (Grant Νο 2013FD012). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Ιστορικό

Ο καρκίνος του παγκρέατος είναι μια από τις πιο malignent καρκίνων στον κόσμο, με ποσοστό επιβίωσης 5 ετών κάτω από 5% [1]. Μέχρι σήμερα, δεν υπάρχει συμβατική θεραπεία με σημαντικό αντίκτυπο στην πορεία του καρκίνου του παγκρέατος, έτσι ώστε η πρόγνωση για τους ασθενείς παραμένει φτωχή. Ως εκ τούτου, ο προσδιορισμός των μοριακών αλλαγών που διέπουν αυτόν τον καρκίνο, θα θέσει τα θεμέλια για τη βελτίωση της κλινικής διαχείρισης και των αποτελεσμάτων.

Γονιδιωματική αστάθεια είναι ένα χαρακτηριστικό γνώρισμα σχεδόν ανθρώπινων όγκων [2]. Οι Αντιγραφή αλλαγές αριθμό που βρίσκεται συχνά σε καρκίνους, και πιστεύεται ότι συμβάλλουν στην έναρξη και την πρόοδο των όγκων με ενίσχυση και ενεργοποίηση των ογκογονιδίων ή διαγραφή προκαλούμενη από κάτω της έκφρασης των ογκοκατασταλτικών γονιδίων. Αρκετές προηγούμενες μελέτες έχουν εντοπίσει κάποιες επαναλαμβανόμενες μεταβολές χρωμοσωμάτων στον καρκίνο pacreatic, όπως κέρδη από 1q, τα χρωμοσώματα 2, 3 και 5, 7ρ, 8q, 11q, 12p, 14q, 17q, 19q και 20q, απώλειες στα χρωμοσώματα 1p, 3p, 6 , 8p, 9p, 10q, 13q, 14q, 15q, 17ρ και 18q, και πολλαπλασιασμοί των FGFR1, HER2 και DcR3 [3], [4], [5], [6], [7], [8], [ ,,,0],9]. Ωστόσο, οι διαθέσιμες πληροφορίες είναι ακόμη περιορισμένη, ειδικά για τις κινεζικές καρκίνο του παγκρέατος.

Η παρούσα μελέτη εντόπισε κοινά κέρδη, ζημίες, ενισχύσεις και ομόζυγη διαγραφές στον καρκίνο του παγκρέατος. Αξιολογήσαμε περαιτέρω το επίπεδο έκφρασης της πρωτεΐνης του αντιγράφου νούμερο αυξήθηκε γονίδια HMGA2 και PSCA.

Υλικά και Μέθοδοι

Μελέτη

Κατ ‘αρχάς, οι γενετικές ανωμαλίες σε παγκρεατικά καρκινώματα ήταν ανιχνεύεται χρησιμοποιώντας Agilent 44K Ανθρώπινο Γονιδίωμα CGH μικροσυστοιχιών και κοινή γονιδιωματικής αλλαγές εντοπίστηκαν. Στη συνέχεια, θα επικυρωθεί η πρωτεΐνη έκφραση HMGA2 και PSCA που βρίσκονταν στις κοινές περιοχές χρωμοσωμική ανωμαλία στον καρκίνο pancreactic.

Ασθενείς και δείγματα

Φρέσκο ​​εκτομή ιστών από ασθενείς με καρκίνωμα 93 του παγκρέατος συλλέχθηκαν από το Τμήμα Παθολογίας, Αντικαρκινικό Νοσοκομείο, κινεζική Ακαδημία Ιατρικών Επιστημών, Πεκίνο, Κίνα από το 2006 έως το 2008. Όλες οι ασθενείς με καρκίνο του παγκρέατος υποβλήθηκαν σε θεραπεία με ριζική λειτουργία, και κανένας από αυτούς δεν έλαβε καμία θεραπεία πριν την επέμβαση. Αντιπροσωπευτικά περιοχές του όγκου αποκόπηκαν από έμπειρους παθολόγους και αποθηκεύεται αμέσως στους -70 ° C μέχρι να χρησιμοποιηθεί. Όλα τα δείγματα που χρησιμοποιήθηκαν σε αυτή τη μελέτη ήταν υπολειμματική δείγματα μετά τη δειγματοληψία διάγνωση. Κάθε ασθενής υπογραφεί ξεχωριστή ενημέρωση έντυπα συγκατάθεσης για τη δειγματοληψία και μοριακή ανάλυση. Τα κλινικά χαρακτηριστικά των ασθενών που χρησιμοποιήθηκαν στη μελέτη array CGH φαίνεται στον Πίνακα 1. Η παρούσα μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας του Καρκίνου Ινστιτούτο και το Νοσοκομείο, το Πεκίνο Ένωση Medical College, Κινεζική Ακαδημία Ιατρικών Επιστημών (Αρ NCC2013B-30).

Γονιδιωματικό DNA Extraction

Γονιδιωματικό DNA απομονώθηκε από τους ιστούς όγκου χρησιμοποιώντας το Qiagen DNeasy Blood & amp? Kit ιστών όπως περιγράφεται από τον κατασκευαστή (Qiagen, Hilden, Germany). το περιεχόμενο των κυττάρων του όγκου όλων των δειγμάτων ήταν μεγαλύτερη από 50% με χρώση HE.

Array με βάση CGH

Array πειράματα CGH πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση τυποποιημένων πρωτοκόλλων Agilent (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) . Εμπορική ανθρώπινο γονιδιωματικό DNA (Promega, Warrington, UK) χρησιμοποιήθηκε ως αναφορά. Για κάθε υβριδοποίηση CGH, 500 ng γενωμικού DNA αναφοράς και την ίδια ποσότητα όγκου DNA υποβλήθηκαν σε πέψη με ΑΙυΙ και ένζυμο περιορισμού RSA Ι (Promega, Warrington, UK). Τα χωνεμένα κομμάτια αναφοράς DNA σημάνθηκαν με κυανίνης-3 dUTP και DNA που όγκου με κυανίνης-5 dUTP (Agilent Technologies, Santa Clara, CA). Μετά καθαρισμό, οι ανιχνευτές αναφοράς και DNA όγκου αναμίχθηκαν και υβριδοποιήθηκαν επί Agilent 44K ανθρώπινο γονιδίωμα CGH μικροσυστοιχία (Agilent) για 40 ώρες. διαδικασίες πλύσιμο, σάρωση και την εξόρυξη δεδομένων πραγματοποιήθηκαν μετά από τυποποιημένα πρωτόκολλα.

Microarray Ανάλυση Δεδομένων

δεδομένα μικροσυστοιχιών αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας Agilent Genomic Workbench (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) και BRB-arraytools ( https://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html). Agilent Genomic Workbench χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό log αναλογία

2

για κάθε ανιχνευτή και να προσδιορίσει γονιδιωματική εκτροπών. Η μέση log

2

αναλογία όλων των ανιχνευτών σε μια περιοχή του χρωμοσώματος μεταξύ 0,25 και 0,75 ταξινομήθηκε ως γονιδιωματική κέρδος, & gt? 0,75 ως ενίσχυση του DNA υψηλού επιπέδου, & lt? -0.25 Ως ημιζυγωτική απώλεια, και & lt? -0.75 ως ομόζυγη διαγραφή. Στην ανάλυση του εμπλουτισμού οδό, τιμή p υπολογίζεται για κάθε μονοπάτι με βάση τη μηδενική κατανομή που λαμβάνεται με τη μέθοδο της τυχαίας δειγματοληψίας 1000 χρόνο.

Real-time PCR

Οι PCR αντιδράσεις πραγματοποιήθηκαν σε ένα συνολικό όγκο 20 μΙ, συμπεριλαμβανομένων 10 μΙ 2XPower SYBR Green PCR Master Mix (Applied Biosystems, Warrington, UK), 2 μΐ cDNA /γονιδιωματικού DNA (5 ng /μl), και 1 μΐ μείγματος εκκινητή (10 μΜ έκαστο ). Η ενίσχυση και ανίχνευση PCR διεξήχθησαν στο ΑΒΙ 7300 (Applied Biosystems, Warrington, UK) ως εξής: μια αρχική μετουσίωση στους 95 ° C για 10 λεπτά? 45 κύκλοι των 95 ° C για 15 s και 60 ° C για 1 λεπτό. Η σχετική έκφραση του γονιδίου ή σχετικός αριθμός αντιγράφων του γονιδίου-στόχου υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας τη συγκριτική μέθοδο CT με κανονικοποιημένη σε έναν ενδογενή GAPDH. Η σχέση με το βαθμονομητή δόθηκε από τον τύπο 2

-ΔΔCt. ΔCt υπολογίστηκε με αφαίρεση της μέσης GAPDH CT από τη μέση CT του γονιδίου ενδιαφέροντος. Η αναλογία καθορίζει το επίπεδο της σχετικής έκφρασης ή σχετικός αριθμός αντιγράφων του γονιδίου-στόχου με εκείνη του GAPDH. 2

-ΔΔCt & gt? 2,0 ορίστηκε για την ενίσχυση του στόχου, και 2

-ΔΔCt & lt?. 0,25 ορίστηκε για μια ομόζυγη διαγραφή στόχο

Η ανοσοϊστοχημική χρώση

σταθεροποιημένα με φορμαλίνη, παγκρεατικών όγκων εγκλεισμένους σε παραφίνη τοποθετήθηκαν στην μικροσυστοιχία ιστό. Για κάθε περίπτωση, οι ιστοί του καρκίνου επαναλήφθηκαν τρεις φορές και των παρακείμενων μορφολογικά φυσιολογικών ιστών για δύο φορές. Οι πλάκες αποπαραφινοποιήθηκαν, επανυδατώθηκαν, βυθίζεται σε διάλυμα υπεροξειδίου του υδρογόνου 3% επί 10 λεπτά, θερμάνθηκε σε κιτρικό ρυθμιστικό (ρΗ 6) για 25 λεπτά στους 95 ° C, και ψύχθηκε επί 60 λεπτά σε θερμοκρασία δωματίου. Τα πλακίδια αποκλείστηκαν με 10% φυσιολογικό ορό κατσίκας για 30 λεπτά στους 37 ° C και στη συνέχεια επωάζονται με μονοκλωνικό αντίσωμα ποντικού έναντι HMGA2 (Abcam, Cambridge, ΜΑ) και πολυκλωνικό αντίσωμα κουνελιού έναντι PSCA (Abcam, Cambridge, ΜΑ) επί μία νύκτα στους 4 ° ΝΤΟ. Μετά από πλύση με PBS, τα πλακίδια επωάστηκαν με βιοτινυλιωμένο δευτερεύον αντίσωμα (αραιωμένο 1:100) για 30 λεπτά στους 37 ° C, που ακολουθείται από στρεπταβιδίνη-υπεροξειδάση (1:100 αραίωση) επώαση για 30 λεπτά στους 37 ° C. Ανοσοεπισήμανση οπτικοποιήθηκε με ένα μίγμα διαλύματος 3,3′-διαμινοβενζιδίνη. Αντιχρωματισμός διεξήχθη με αιματοξυλίνη.

επίπεδο έκφρασης προσδιορίζεται με βάση τη χρώση ένταση και το ποσοστό των ανοσοδραστικών κυττάρων. Αρνητική έκφραση (βαθμολογία = 0) δεν ήταν ή λιποθυμίας χρώση ή μέτρια έως ισχυρή χρώση στο & lt? 25% των κυττάρων. Ασθενής έκφραση (βαθμολογία = 1) ήταν μια μέτρια ή έντονη χρώση σε 25% έως 50% των κυττάρων. Και ισχυρή έκφραση (βαθμολογία = 2) ήταν & gt?. 50% των κυττάρων με ισχυρή χρώση

Στατιστική Ανάλυση

έλεγχος τ και την πλατεία τεστ Chi πραγματοποιήθηκαν με το στατιστικό λογισμικό SPSS 15.0 . Οι διαφορές κρίθηκαν στατιστικά σημαντικές, όταν το αντίστοιχο διπλής όψης

P

αξία ήταν & lt?. .05

Αποτελέσματα

Κέρδη και ζημιές στο παγκρεατικό καρκίνωμα Εντοπίστηκε από Array CGH

Δεκαπέντε δείγματα παγκρεατικό καρκίνωμα αναλύθηκαν σε αυτή τη μελέτη και όλοι τους είχαν γονιδιωματικής αλλαγές (εύρος: 1-387). Δεκαέξι κέρδη και τριάντα δύο απώλειες συχνά ανιχνεύονται (συχνότητα κέρδος & gt? 30%, και η απώλεια & gt? 60%). Οι πιο συχνές κέρδη ήταν 8p23.3 (41,7%), 1q44 (40%), 14q32.33 (40%), 19q13.43 (36,7%), 1q21.3 (36%) και 5q31.1-q31.2 (35,6%), και η πιο κοινή απώλειες ήταν 11p15.4 (70,7%), 15q15.1-q21.1 (70%), 3p21.31 (68,9%), 17p13.3-p13.2 (66,7%), 19p13.3-p13.2 (66,7%), 5p13.3 (63,3%), 11p11.2 (63,3%) και 19p13.3-p13.11 (63,3%). GISTIC ανάλυση έδειξε ότι ο αριθμός αντιγράφων μείωση APOBEC3A (22q13.1) και APOBEC3B (22q13.1) ήταν σημαντική (Σχ. 1 και Πίνακας 2).

A. Γονιδίωμα-ευρύ οικόπεδο συχνότητα του καρκίνου του παγκρέατος κατά σειρά ανάλυση CGH. Γραμμή για το δικαίωμα 0%-άξονα, το κέρδος? γραμμή στα αριστερά του 0% -άξονα, απώλεια. B. αριθμός εκτροπών σε καρκίνο του παγκρέατος. Χ, ο αριθμός των εκτροπών? Υ, ο αριθμός των περιπτώσεων. Γ Κέρδη και ζημίες (HDS) που προσδιορίζονται από GISTIC.

Η

Ενισχύσεις και Ομόζυγος Διαγραφές στο καρκίνωμα του παγκρέατος Εντοπίστηκε από Array CGH

ενισχύσεις υψηλού επιπέδου εντοπίστηκαν σε δύο χρωμοσωμάτων περιοχές, συμπεριλαμβανομένης της 7q21.3-q22.1 και 19q13.2. Ομόζυγη διαγραφές εντοπίστηκαν στο 1p33-p32.3, 1p22.1, 1q22, 3q27.2, 6p22.3, 6p21.31, 12q13.2, 17p13.2, 17q21.31 και 22q13.1 (Πίνακας 3). Ειδικά, το γονίδιο του καρκίνου του ΑΚΤ2 (19q13.2) ενισχύθηκε σε δύο καρκινώματα, και CDKN2C (1p33) ομοζυγικά διαγραφεί σε άλλες δύο περιπτώσεις. (Εικ. 2). Με την αναζήτηση η κοσμική βάση δεδομένων, βρήκαμε ότι η ενίσχυση της ΑΚΤ2 συνδέθηκε με την αυξημένη sentitivity στο φάρμακο Z-LLNIe-ΟΗΟ. Πιο ενδιαφέρον, ομόζυγη διαγραφή του 22q13.1 που περιέχουν APOBEC3A και APOBEC3B ταυτίστηκε τόσο GISTIC και ανάλυσης Agilent Γονιδιωματική Workbench (Εικ. 3).

Α. ενίσχυση της ΑΚΤ2. Β ομόζυγη διαγραφή του CDKN2C. Τα βέλη δείχνουν τη θέση του ΑΚΤ2 και CDKN2C.

Η

Κύκλοι αντιπροσωπεύουν τις ανιχνευτές της APOBEC3A και APOBEC3B.

Η

Εμείς περαιτέρω επιλεγεί τα ενισχυμένα γονίδια ΑΚΤ2 (19q13.2 ) και MCM7 (7q22.1) και ομόζυγη διαγραφή γονίδια CAMTA2 (17p13.2) και PFN1 (17p13.2) για την επικύρωση από την PCR πραγματικού χρόνου. Σε 15 ανεξάρτητα δείγματα επικύρωση, επιμηκύνσεις του ΑΚΤ2 και MCM7 ανιχνεύθηκαν σε 6 και 9 περιπτώσεις, και ομόζυγο εξαλείψεις CAMTA2 και PFN1d σε 3 και 1 περιπτώσεις, αντίστοιχα (Σχ. 4Α και 4Β). ΑΚΤ2 και MCM7 ήταν υπερεκφράζεται και CAMTA2 και PFN1 ήταν υποεκφράζονται σε παγκρεατικά καρκινικούς ιστούς από ό, τι σε μορφολογικά φυσιολογικούς ιστούς λειτουργικό περιθώριο (εικ. 5Α και 5Β).

Α. amplication της ΑΚΤ2 και MCM7. Β ομόζυγη διαγραφή του CAMTA2 και PFN1. Γ ομόζυγη διαγραφή του APOBEC3A και APOBEC3B. Λόγος = (αριθμός αντιγράφων του υποψήφιου γονιδίου σε ιστούς όγκων) /(αριθμός αντιγράφων του υποψήφιου γονιδίου σε εμπορικές ανθρώπινο γενωμικό DNA).

Η

A. Η υπερέκφραση του ΑΚΤ2 και MCM7. Β υποέκφραση CAMTA2 και PFN1. Γ υποέκφραση APOBEC3A και APOBEC3B.

Η

Στην ανεξάρτητα δείγματα επικύρωσης, APOBEC3A και APOBEC3B ήταν ομόζυγο διαγράφονται 3 και 4 όγκους, αντίστοιχα (Εικ. 4C). Τα επίπεδα έκφρασης του mRNA της APOBEC3A και APOBEC3B σε ιστούς όγκων ήταν σημαντικά χαμηλότερα από ό, τι σε μορφολογικά φυσιολογικούς ιστούς λειτουργικό περιθώριο (Εικ. 5C)

Πορείες Εμπλουτισμένο για Copy Number Μεταβολές

ανάλυση εμπλουτισμό Διαδρομή χρήση της βάσης δεδομένων KEGG εφαρμόστηκε στα δεδομένα CGH. Βρήκαμε ότι οι δύο πορείες εμπλουτισμένο σε γονίδια με κέρδος και ότι έξι μονοπάτια εμπλουτισμένο σε γονίδια με την απώλεια. Οι γονιδιωματικής κέρδη στο καρκίνωμα του παγκρέατος άλλαξε τα μονοπάτια της υποβάθμισης γ-εξαχλωροκυκλοεξάνιο και οξειδωτική φωσφορυλίωση. Ωστόσο, κυανοαμινο μεταβολισμός οξύ, το μεταβολισμό της γλουταθειόνης, η υποβάθμιση ατραζίνη, ταυρίνη και υποταυρίνης μεταβολισμού, του μεταβολισμού του αραχιδονικού οξέος και οδούς της νόσου του Parkinson άλλαξαν από τις γονιδιωματικές απώλειες (Πίνακας 4).

Η

Επικύρωση HMGA2 και PSCA σε καρκίνο του παγκρέατος, χρησιμοποιώντας ανοσοϊστοχημεία

Αντιγραφή αύξηση αριθμού των HMGA2 και PSCA ανιχνεύθηκε σε ένα και τέσσερα όγκου, αντίστοιχα. Λόγω της σημαντικής ρόλο τους στην ογκογένεση [10], [11], [12], [13], αναλύσαμε την πρωτεΐνη έκφραση HMGA2 και PSCA χρησιμοποιώντας ανοσοϊστοχημεία (IHC). Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι η υπερέκφραση του HMGA2 και PSCA ανιχνεύθηκε σε 76,7% και 65,0% των ασθενών με καρκίνο του παγκρέατος, αντίστοιχα (Εικ. 6). Περαιτέρω, η υπερέκφραση του PSCA συσχετίστηκε σημαντικά με λεμφαδένα μετάσταση (Πίνακας 5), και η υπερέκφραση του HMGA2 συσχετίστηκε σημαντικά με επεμβατική βάθος του καρκίνου του παγκρέατος (Πίνακας 6).

A. Ισχυρή και αρνητική έκφραση της HMGA2. Β Ισχυρή και αρνητική έκφραση της PSCA.

Η

Η

Συζήτηση

Γονιδιωματική εκτροπές μπορεί να συμβάλει στην καρκινογένεση και την εξέλιξη του όγκου. Για τον εντοπισμό του DNA μεταβολές αριθμού αντιγράφων στον καρκίνο του παγκρέατος, πραγματοποιήσαμε σειρά που βασίζεται συγκριτική γενωμική υβριδισμού και διαπίστωσε ότι δεκαέξι κέρδη με συχνότητα πάνω από 30% και τριάντα δύο απώλειες πάνω από 60%, με δύο ενισχύσεις υψηλού επιπέδου στο 7q21.3- q22.1 και 19q13.2 και δέκα ομόζυγο διαγραφές στις 1p33-p32.3, 1p22.1, 1q22, 3q27.2, 6p22.3, 6p21.31, 12q13.2, 17p13.2, 17q21.31 και 22q13. 1. Με τη σύγκριση των αποτελεσμάτων μας με τα δεδομένα που παρουσιάζονται σε CGH progenetix ιστοσελίδα [14], [15], βρήκαμε ότι οι περισσότεροι γονιδιωματική εκτροπές ήταν συνεπή. Αλλά υπήρχαν ακόμη κάποιες διαφορές. Για παράδειγμα, η απώλεια του 9p ήταν πιο συχνές από απώλεια 9Q στα δεδομένα progenetix, αλλά η συχνότητα της απώλειας 9Q ήταν υψηλότερη από 9p απώλεια στη μελέτη μας. Το κέρδος του χρωμοσώματος 7 ήταν πολύ συχνή σε δεδομένα progenetix, αλλά η απώλεια του χρωμοσώματος ήταν συχνότερη στα δεδομένα μας.

Αξίζει να σημειωθεί ότι το γονίδιο του καρκίνου του ΑΚΤ2 ενισχύθηκε σε δύο ασθενείς με καρκίνο του παγκρέατος, και το γονίδιο του καρκίνου του CDKN2C ομοζυγικά διαγράφεται σε δύο άλλες περιπτώσεις. Εμείς επικύρωσε την ενίσχυση του ΑΚΤ2 και MCM7 (7q22.1) και ομόζυγη διαγραφή του CAMTA2 (17p13.2) και PFN1 (17p13.2) σε καρκίνο του παγκρέατος, και περαιτέρω βρήκαν ότι ΑΚΤ2 και MCM7 υπερεκφράστηκαν και CAMTA2 και PFN1 είχαν υποεκφράζονται στον καρκίνο του παγκρέατος σε σύγκριση με εκείνες σε μορφολογικώς φυσιολογικά λειτουργική ιστούς περιθώριο. Αυτά τα αποτελέσματα πρότειναν ότι τα γονίδια συμπεριλαμβανομένων ΑΚΤ2, MCM7, CAMTA2 και PFN1 θα μπορούσε να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στον καρκίνο του παγκρέατος. Ομόζυγη εξάλειψη του γονιδίου CDKN2C έχει βρεθεί στο μυέλωμα, και αριθμό αντιγράφων μείωση CDKN2C συσχετίστηκε με χειρότερη συνολική επιβίωση [16], [17], [18]. Ωστόσο, υπήρχε ακόμα λίγες πληροφορίες σχετικά με το ρόλο των CDKN2C στον καρκίνο του παγκρέατος. Όσον αφορά την μεταβολή του ΑΚΤ2 σε ανθρώπινες κακοήθειες, Miwa et al. έχουν αναφέρει την ενίσχυση της ΑΚΤ2 ήταν σε 3 από 12 παγκρεατικού καρκίνου κυτταρικές γραμμές και σε 3 από 20 πρωτογενών καρκινωμάτων του παγκρέατος. Η υπερέκφραση του ΑΚΤ2 ανιχνεύθηκε επίσης στις κυτταρικές γραμμές 3 με ενισχυμένο ΑΚΤ2 [19]. Η αυξητική ρύθμιση του ΑΚΤ2 συσχετίστηκε με την πρόγνωση [20]. Τάνο et al. διαπιστώθηκε ότι η ενεργός ΑΚΤ προώθησε την διεισδυτικότητα των καρκινικών κυττάρων του παγκρέατος μέσω up-ρύθμιση της έκφρασης του IGF-IR [21]. RNAi ταυτόχρονα στόχευση ΑΚΤ2 και K-ras μπορούσε inhibite την ανάπτυξη παγκρεατικού όγκου [22]. Chen et al. απέδειξαν ότι η αναστολή ΑΚΤ2 μπορούσε να καταργήσει gemcitabine επαγόμενη ενεργοποίηση ΑΚΤ2 και NF-κΒ, και την προώθηση της γεμσιταβίνης επαγόμενη PUMA αυξητική ρύθμιση, με αποτέλεσμα την χημειοευαισθητοποίηση παγκρεατικών όγκων να γενικταβίνη [23]. Τα αποτελέσματά μας επαλήθευσε περαιτέρω την ενίσχυση του ΑΚΤ2 σε καρκίνο του παγκρέατος. Με την αναζήτηση η κοσμική βάση δεδομένων, βρήκαμε επίσης ότι η ενίσχυση της ΑΚΤ2 συνδέθηκε με την αυξημένη sentitivity στο φάρμακο Z-LLNIe-ΟΗΟ. Όλα αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι η ενίσχυση του ΑΚΤ2 ίσως να εξελιχθεί σε μια βιοδείκτη να διαιρέσει τους ασθενείς με καρκίνο του παγκρέατος σε διαφορετικές υποομάδες για την εφαρμογή διαφορετική στρατηγική θεραπείας. Και στο μέλλον, αν το φάρμακο Ζ-LLNIe-ΟΗΟ θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για τη θεραπεία των ασθενών με καρκίνο του παγκρέατος ενίσχυση ΑΚΤ2 θα πρέπει να μελετηθεί.

Είναι ενδιαφέρον ότι, και τα δύο GISTIC και γονιδιωματικών Workbench Software προσδιορίζονται 22q13.1 (που περιέχει APOBEC3A και APOBEC3B) ως ομόζυγη περιοχή διαγραφή. Real-time PCR ανάλυση έδειξε ότι APOBEC3A και APOBEC3B ήταν υποεκφράζονται σε παγκρεατικά καρκινικούς ιστούς από ό, τι στο μορφολογικά φυσιολογικό λειτουργικό ιστούς περιθώριο. APOBEC ένζυμα λειτουργούν σε έμφυτες ανοσοαποκρίσεις, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που στοχεύουν ρετροϊούς, γεγονός που υποδηλώνει δεσμοί μεταξύ ανοσία, μεταλλαξογένεση και ιική μόλυνση στο στάδιο της ανάπτυξης του καρκίνου. APOBEC3A θα μπορούσε να προκαλέσει υπερμετάλλαξη του γονιδιακού DNA και τα διαλείμματα διπλό κλώνου DNA, και καταλύουν τη μετάβαση από ένα υγιές σε ένα γονιδίωμα του καρκίνου [24], [25]. Pham et al. ανέφεραν ότι APOBEC3A εκφράστηκε σε κερατινοκύτταρα, και τα επάνω ρυθμισμένη σε καρκίνο του δέρματος [26]. APOBEC3B υπερεκφράστηκε στην πλειοψηφία των κυτταρικών σειρών καρκίνου των ωοθηκών και υψηλής ποιότητας πρωτογενείς καρκίνους των ωοθηκών. έκφραση Improtantly APOBEC3B συσχετίστηκε με συνολικό φορτίο mutaion καθώς και αυξημένα επίπεδα των μεταλλάξεων μεταστροφής [27]. Harris et al. ανέφερε ότι APOBEC3B αντιπροσώπευαν μέχρι το ήμισυ του μεταλλάξεων φορτίου στο μητρικό καρκινώματα εκφράζουν το ένζυμο αυτό [28]. Σε άλλες μορφές καρκίνου, συμπεριλαμβανομένων της ουροδόχου κύστης, του τραχήλου, του πνεύμονα και κεφαλής και λαιμού, APOBEC3B επίσης ρυθμίζεται αυξητικά και αλληλουχία προτιμώμενος στόχος της ήταν συχνά μεταλλαχθεί και σε σύμπλεγμα [29]. Διαγραφή των APOBEC3B εξασθενημένο κάθαρση του HBV, και είχε ως αποτέλεσμα HBV λοίμωξη και αυξημένο κίνδυνο για την ανάπτυξη ηπατοκυτταρικού καρκινώματος [30]. Διαγραφή του APOBEC3 συσχετίστηκε επίσης με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του μαστού μεταξύ των γυναικών της ευρωπαϊκής καταγωγής [31]. Ομόζυγη διαγραφή του APOBEC3B ήταν σημαντικά σχετίζεται με δυσμενή αποτελέσματα για τον ιό HIV-1 εξαγορά και την εξέλιξη του AIDS [32]. Θα είναι ενδιαφέρον να διερευνηθεί ο ρόλος του ομόζυγη διαγραφή του APOBEC3A και APOBEC3B στον παγκρεατικό καρκινογένεση.

HMGA2 και PSCA έχουν αναφερθεί ότι συνδέονται με τον καρκίνο του παγκρέατος. Piscuoglio et al. έδειξε ότι το ποσοστό των καρκινικών κυττάρων με HMGA2 και HMGA1 πυρηνική ανοσοδραστικότητα συσχετίζεται θετικά με την αύξηση της ποιότητας κακοήθεια και λεμφαδένα μετάσταση [33], [34]. Και HMGA2 διατηρείται ογκογόνο RAS-επαγόμενη επιθηλιακά-μεσεγχυματικά μετάβαση σε ανθρώπινα καρκινικά κύτταρα του παγκρέατος [35]. Η μελέτη μας έδειξε ότι τα κέρδη της HMGA2 και PSCA εντοπίστηκαν σε ένα και τέσσερα καρκινωμάτων του παγκρέατος, αντίστοιχα. Στην δοκιμασία IHC, η υπερέκφραση του HMGA2 ανιχνεύθηκε στο 76.7% και εκείνη του PSCA σε 65,0% των όγκων. Και η υπερέκφραση του PSCA ήταν σημαντικά σχετίζεται με μετάσταση στους λεμφαδένες, και η υπερέκφραση του HMGA2 συσχετίστηκε σημαντικά με διηθητικό βάθος του καρκίνου του παγκρέατος.

Σε γενικές γραμμές, η μελέτη μας προσδιορίζονται πολλαπλών αντιγράφων αριθμό-μεταβληθεί περιοχές του χρωμοσώματος για τον καρκίνο του παγκρέατος. Τα ευρήματα αυτά παρέχουν σημαντικές γνώσεις σχετικά με τις μοριακές αλλαγές που σχετίζονται με παγκρεατική ογκογένεση. Περαιτέρω μελέτες θα πρέπει να διεξαχθούν για να διερευνήσει τις πιθανές ογκογόνο ρόλους αυτών αριθμού αντιγράφων αλλάζει τα γονίδια.