Αφηρημένο

Η ανώμαλη κυτοσίνη 5-μεθυλίωση βάση πολλών απελευθερωμένης στοιχεία του καρκίνου. Ανάμεσα σε συνδυασμό μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC), επιδιώξαμε στο προφίλ DNA 5-μεθυλο-κυτοσίνη χαρακτηριστικά τα οποία μπορεί να αποτελούν τη βάση του γονιδιώματος-ευρεία απορρύθμιση. Σε μία από τις πιο πυκνή ανακρίσεις του methylome, έχουμε δείγμα 1,2 εκατομμύρια θέσεις CpG από είκοσι-τέσσερα NSCLC όγκου (Τ) -μη-όγκου (ΝΤ) ζεύγη με χρήση ευαίσθητων σε μεθυλίωση ένζυμα περιορισμού βασίζεται δοκιμασία HELP-μικροσυστοιχιών. Βρήκαμε 225.350 διαφορικά μεθυλιωμένη (DM) sites σε αδενοκαρκινώματα

έναντι

παρακείμενο μη καρκινικό ιστό που ποικίλλουν σε συχνότητα σε όλη την γονιδιωματική διαμέρισμα, ιδιαίτερα αξιοσημείωτη σε φορείς του γονιδίου (GB? P & lt? 2.2E-16). Περαιτέρω, όταν DM συζεύχθηκε σε διαφορική μεταγραφικό (DE) στα ίδια δείγματα, 37056 απόκλιση θέσεων στο αδενοκαρκίνωμα προέκυψε. Περίπου το 90% των σχέσεων DM-DE ήταν μη κανονικά? για παράδειγμα, DM προαγωγό που συνδέεται με DE προς την ίδια κατεύθυνση. Από τις κανονικές αλλαγές σημειωθεί, υποστηρικτής (PR) DM τόπους με αμοιβαίες αλλαγές στην έκφραση σε αδενοκαρκινώματα περιλαμβάνονται

HBEGF

,

AGER

,

PTPRM

,

DPT

,

CST1

,

Melk?

DM GB τόπους με συγκλίνουσες αλλαγές στην έκφραση που περιλαμβάνονται

FOXM1

,

FERMT1

,

SLC7A5

και

FAP

γονίδια. αναλύει IPA έδειξε αδενοκαρκίνωμα-ειδικός προαγωγός DMxDE επικάλυψη προσδιορίζονται εξοικειωμένοι κόμβους καρκίνο του πνεύμονα [

TP53

,

Akt

], καθώς και λιγότερο γνωστά κόμβους [

HBEGF

,

NQO1

,

Grk5

,

VWF

,

HPGD

,

CDH5

,

CTNNAL1

,

PTPN13

,

DACH1

,

SMAD6

,

LAMA3

,

AR

]. Τα μοναδικά ευρήματα από τη μελέτη αυτή περιλαμβάνει την ανακάλυψη πολλών υποψήφιων τα μοναδικά ευρήματα από τη μελέτη αυτή περιλαμβάνει την ανακάλυψη πολλών sites υποψήφιος μεθυλίωσης στις δύο περιοχές PR και GB που δεν έχουν προηγουμένως εντοπιστεί σε NSCLC, και πολλές μη κανονικές σχέσεις με τη γονιδιακή έκφραση. Αυτά τα χαρακτηριστικά της μεθυλίωσης του DNA θα μπορούσε ενδεχομένως να αναπτυχθεί ως κίνδυνος ή διαγνωστικών βιοδεικτών, ή ως υποψήφια στόχους για τις νεότερες μεθυλίωση προληπτικών ή θεραπευτικών μέσων ενεργητικής στοχευμένες

Παράθεση:. Mullapudi Ν, Ye Β, Suzuki Μ, Fazzari Μ, Han W, Shi ΜΚ, et al. (2015) Genome Ευρεία Methylome Μεταβολές στον καρκίνο του πνεύμονα. PLoS ONE 10 (12): e0143826. doi: 10.1371 /journal.pone.0143826

Επιμέλεια: Osman El-Maarri, Πανεπιστήμιο της Βόννης, Ινστιτούτο Πειραματικής Αιματολογίας και Μεταγγίσεων Ιατρικής, Γερμανία

Ελήφθη: 18 του Αυγούστου του 2015? Αποδεκτές: 10 του Νοεμ 2015? Δημοσιεύθηκε: 18 Δεκεμβρίου 2015

Copyright: © 2015 Mullapudi et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Σχετικά στοιχεία μπορούν να να βρεθεί στο GEO αποθετήριο-GSE315520, GSE 31552.

Χρηματοδότηση: το έργο υποστηρίχθηκε από NCI 1RC1 CA145422-01 (SDS)? 1K24-CA139054-01 (SDS)? Ίδρυμα Stony-Wold Herbert (NM)? 1R01-CA180126-01 (SDS Co-PI)? P30 CA013330 (Albert Einstein Κέντρο Καρκίνου πυρήνα επιχορήγησης)

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνου

πνεύμονα είναι υπεύθυνη για την υψηλότερη τον αριθμό του καρκίνου που σχετίζονται με θανάτους στις Ηνωμένες Πολιτείες [1]. Ο καρκίνος χαρακτηρίζεται από την ευρεία γονιδιακή αλλαγές στην CpG μεθυλίωση, συμπεριλαμβανομένης μιας γενικευμένης γονιδιώματος σε επίπεδο υπομεθυλίωση (απώλεια μεθυλίωση) και σε ογκογονίδια, και αμοιβαία υπερμεθυλίωση σε συγκεκριμένους τόπους (αυξημένη μεθυλίωση), συμπεριλαμβανομένων των υποκινητών ογκοκατασταλτικό γονίδιο [2,3]. Πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει ότι η λειτουργική συνέπεια της 5-μεθυλίωση της κυτοσίνης εξαρτάται από την γονιδιωματική πλαίσιο και ειδική ακολουθία στο οποίο εντάσσεται [4,5]. Η μεθυλίωση υπολειμμάτων CG μέσα CG νησιά (CGI) σε προαγωγούς γονιδίου σχετίζεται με γονιδιακή σίγηση. Ωστόσο, η μεθυλίωση του CGI εντός φορέων γονίδιο βρέθηκε να σχετίζεται με την έκφραση ιστοειδική και ενεργοποίηση γονιδίων σε γονιδιώματα του καρκίνου [6-8].

Πίνακες γνωστών γονιδίων καταστολής υποψήφιος όγκου έχουν μελετηθεί σε κλινικές πνεύμονα δειγμάτων καρκίνου για τον χαρακτηρισμό υποκινητή-μεθυλίωση [9,10], αποδίδοντας συνοπτική υπογραφές μεθυλίωση [11], καθώς και τη διάκριση των διαφορετικών ιστολογικών επιμέρους τύποι [12]. αλλαγές μεθυλίωσης συμβαίνουν νωρίς κατά την ανάπτυξη του καρκίνου του πνεύμονα [13] και έτσι μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως προγνωστική δείκτες για την ανίχνευση πιθανών κακοηθειών [14,15]. Έτσι, η αναγνώριση των σημάτων μεθυλίωσης διακρίσεις μπορούν να αναπτυχθούν περαιτέρω σε διαγνωστικές δοκιμασίες για να βοηθήσουν στην αξιολόγηση του κινδύνου και τη διάγνωση.

μεθυλίωσης του DNA μπορεί να μετρηθεί με στοχευμένες μεθόδους όπως όξινο αλληλουχίας (tBGS) [16], methylation- ειδική PCR (MSP) [17], και η μάζα των μεθόδων φασματομετρίας-based (Epityper

®) [18]. Κάθε δοκιμασίες πλατφόρμα ειδικής θέσεως μεθυλίωσης σε υψηλότερη ανάλυση, όπου ένα καθορισμένο πίνακα των γονιδίων μπορεί να αξιολογηθεί για την κατάσταση μεθυλίωσης του έναν επιλεγμένο αριθμό των υπολειμμάτων CpG στο εσωτερικό τους. Ωστόσο, αυτές οι μέθοδοι εξαρτώνται από προηγούμενη γνώση συγκεκριμένων Γενετικής loci να σχεδιάσει τη δοκιμασία.

Μεταξύ των μεθόδων ανακάλυψη για την ανίχνευση προτύπων μεθυλίωσης σε κλίμακα γονιδιώματος σε επίπεδο, μία προσέγγιση είναι να χρησιμοποιείται μεθυλίωση ευαίσθητων και ανθεκτικών ένζυμα περιορισμού isoschizmer ( HELP, RLM, κ.ά.). Άλλες προσεγγίσεις περιλαμβάνουν χρωματίνης ανοσοκαθίζηση με αντισώματα μεθυλιωμένο δέσμευσης DNA (MBD, MeDIP, άλλοι), ή όξινο θειώδες αλληλούχιση του μειωμένου συστατικού του γονιδιώματος (RRBGS, άλλοι) [19]. Κάθε μία από αυτές τις μεθόδους έχει το δικό του προκαταλήψεις και με την αναγκαιότητα της κλίμακάς του, δείγματα μόνο ένα μικρό υποσύνολο του ανθρώπινου methylome. Ολόκληρο το γονιδίωμα θειώδους αλληλουχίας [20] έχει σχεδιαστεί για να πυκνά ερώτημα ολόκληρο το methylome σε ενιαία βάση ειδικό ψήφισμα. Ωστόσο, επί του παρόντος αυτή η μέθοδος είναι πολύ δαπανηρή και αναλυτικά εντατική για να εκτελέσει σε μεγάλα μεγέθη δείγματος.

Πρόσφατες μελέτες έχουν αξιολογήσει γονιδιώματος σε επίπεδο μεθυλίωσης στον καρκίνο του πνεύμονα για να ανακαλύψετε τις υπογραφές συγκεκριμένων όγκων μεθυλίωση των γονιδιωμάτων του καρκίνου [13,21,22] . Selamat

et al

[23] χρησιμοποίησαν την πλατφόρμα Illumina Infinium HumanMethylation27k να χαρακτηρίσει γονιδίωμα-ευρεία μεθυλίωση των ~ 27.000 CpG τοποθεσίες σε 59 αντίστοιχα δείγματα αδενοκαρκινώματος Τ /ΝΤ πνεύμονα, και σε συνδυασμό ότι σε συστοιχίες μεταγραφικό. Ολοκληρωμένη μοριακή προφίλ των 230 ασθενών (αδενοκαρκίνωμα) και 178 ασθενείς (καρκινώματα πλακωδών κυττάρων) από TCGA [24,25] έκανε χρήση ενός διευρυμένου εκδοχή της ίδιας πλατφόρμας, HM450k, που ανακρίνει πάνω από 480.000 περιοχές CpG, σε όλη CpG νησιά και τις ακτές στο ανθρώπινο γονιδίωμα.

Υποθέσαμε ότι μία αμερόληπτη γονιδιώματος σε επίπεδο όγκου vs αναζήτηση μη-όγκου για διαφορικά μεθυλιωμένα τόπους θα οδηγήσει στην ταυτοποίηση νέων και γνωστών θέσεων απελευθερωθεί στον καρκίνο του πνεύμονα. Επιπλέον, διερευνά τα ίδια δείγματα για διαφορική γονιδιακή έκφραση θα επιτρέπουν την ταυτοποίηση των απήχησή DM τόπους, λόγω των πιθανών επιπτώσεων στην έκφραση. Για να δοκιμαστούν αυτές οι υποθέσεις, χρησιμοποιήσαμε τη βοήθεια ανάλυσης [26] για να προσδιοριστεί η μεθυλίωση CpG των 24 ζεύγη όγκου (Τ) και των παρακείμενων μη-όγκου (ΝΤ) ανθρώπινα δείγματα. Αυτή η δοκιμασία ερωτήματα θραύσματα μοτίβο καθορισμένες 1,2 εκατομμύρια CCGG απέναντι στο γονιδίωμα με ένζυμα περιορισμού

Ηρ

II (μεθυλίωση ευαίσθητη) και

Msp

I (ανθεκτικό μεθυλίωση) για την απομόνωση διαφορικά μεθυλιωμένα θραύσματα του γονιδιώματος. Αυτά τα θραύσματα στη συνέχεια συνδέθηκαν προσαρμογέα-και ενισχύεται και η επισήμανση, μετά την οποία είναι συν-υβριδοποιήθηκε σε μικροσυστοιχία υψηλή πυκνότητα. Η μεθυλίωση ανιχνεύεται στα άκρα των τεμαχίων ενζύμου που δημιουργείται (θέσεις CCGG) και μετράται ως αναλογία

Msp

I δημιουργείται θραύσματα στο

Ηρα

II που δημιουργείται θραυσμάτων. Συλλογισμό ότι τα γονίδια μεθυλίωση-απελευθερωμένη θα μπορούσε να είναι περισσότερο εμφανής αν η έκφραση συγγενή /κοντά γονίδιο μεταβάλλεται, εξετάσαμε περαιτέρω τη σύνδεση των διαφορικά μεθυλιώνονται (DM) περιοχές με διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια (DE), χρησιμοποιώντας δεδομένα έκφρασης mRNA από την ίδια ζεύγη T και NT χειρουργική εκτομή δείγματα.

Αποτελέσματα

Γονιδίωμα-ευρύ έρευνα διαφορικά μετουσιωμένο τόπους στον πνεύμονα όγκου έναντι

μη-όγκου

Μεταξύ 24 NSCLC δωρητές εκτομή του πνεύμονα (S1 πίνακα), χρησιμοποιώντας η δοκιμασία HELP-μικροσυστοιχιών εντοπίσαμε 452.754 τεμάχια ΗραΙΙ σημαντικά διαφορικά μεθυλιωμένη (DM? ρ & lt? 0,05, FDR προσαρμοσμένο) σε όγκο έναντι παρακείμενες μη-όγκου (Πίνακας 1). Από αυτές τις τοποθεσίες DM, το 57% βρέθηκαν σε περιοχές κωδικοποίησης (περιλαμβάνει 38% των εν λόγω χώρων CCGG εκπροσωπούνται στη συστοιχία). (Σχήμα 1) Ένα άλλο 39% από αυτά βρέθηκαν σε διαγονιδιακές περιοχές (48% των εν λόγω τόπων εκπροσωπούνται στη συστοιχία) και ως επί το πλείστον μεθυλιωμένος σε όγκους. Περίπου το 7% βρέθηκαν σε περιοχές υποκινητή (26% από αυτές τις τοποθεσίες στη συστοιχία). υποκινητές γονιδίων (PR) και του γονιδίου φορείς (GB) έδειξε τόσο υπερ- και υπο-μεθυλίωση. (Τραπέζι 1). Υποστηρικτής υπομεθυλίωση υπέρβαση υπερμεθυλίωση σε αριθμό (Πίνακας 1). Με βάση μια δοκιμή μετάθεση διεξήχθη με τυχαία δειγματοληψία εντός των διαμερισμάτων (PR /GB /IG) βρήκαμε ότι loci DM είναι σημαντικά υπερεκπροσωπούνται σε περιοχές του σώματος γονίδιο (p & lt? 2.2e-16).

452.754 θέσεις είναι σημαντικά διαφορικά μεθυλιωμένο (DM) μεταξύ Τ και ΝΤ βασίζεται σε μια FDR & lt? 0.05. Πλειοψηφία των τόπων DM είναι μεθυλιωμένος εις T vs ΝΤ.

Η

(Α) Περίπου το 91% των 1,2 εκατομμυρίων τόπους που εκπροσωπούνται στη μικροσυστοιχία HELP βρίσκονται στο γονίδιο του σώματος (GB) και διαγονιδιακές (IG) περιφέρειες, με μια μικρή μειοψηφία (9%) των τόπων που βρίσκονται εντός των προαγωγών (PR). (Β) Η στατιστική σημαντικότητα (Υ-άξονας) έναντι δέλτα (Χ-άξονας) (μέγεθος) του DM. Delta (Χ-άξονας) δεικνύει τη διαφορά στην μεθυλίωση μεταξύ όγκου (Τ) έναντι των μη-όγκου (ΝΤ) σε ένα δεδομένο τόπο. Τόπους υπερμεθυλίωση σε Τ σε σχέση με ΝΤ έχουν δέλτα & lt? 0. P-τιμής (άξονας Υ) υπολογίζεται με βάση Benjamini Hochberg προσαρμοστεί FDR. Στο FDR p & lt? Τα 0,05, 433.505 θέσεις σε όλες τις γονιδιωματικής διαμερίσματα βρέθηκε να μεθυλιωμένο διαφορικά σε Τ vs NT. Κόκκινες κουκίδες δείχνουν στατιστικά σημαντική τόπους DM.

Η

Το μέγεθος της διαφορικής μεθυλίωσης (δέλτα) κυμαινόταν από διαμερίσματος και την κατεύθυνση της αλλαγής. Μέτρια /μεγάλα βαθμούς DM υπερμεθυλίωση στο PR και GB (δέλτα & gt? 1? PR = 74%, GB = 63%) ήταν πιο συχνές από τις μικρές βαθμούς (1 & lt? Δέλτα & lt? 0.5? PR = 24%, GB = 33%) της αλλαγές υπερμεθυλίωση σε αυτά τα διαμερίσματα (Σχήμα 2). Το μέγεθος της μέτρια /μεγάλες αλλαγές υπερμεθυλίωση ήταν διαφορετική από εκείνη των αλλαγών υπομεθυλίωσης, όπου η μέτρια /μεγάλα διανομή με γονιδιωματική περιοχή ήταν PR = 12%, GB = 14%, IG = 17%. Μέσα σε υποστηρικτές του όγκου, CG νησιά (CGI) και τις ακτές CG (CGS) έχουν πιο συχνά από ό, τι υπερμεθυλίωση μεθυλιωμένος (Σχήμα 2Β). Συνολική κατανομή των DM τόπους μεταβάλλεται PR γονιδιωματική θέση (CGI, CGS, και άλλα) μεταξύ όλων των ιστολογίες NSCLC (Chisquare p = 2.2E-16) και μεταξύ αδενοκαρκίνωμα-μόνο (ChiSquare1.9E-4). Υπήρξε ουσιαστική DM έξω από CGI και CGS.

(Α) Όλα τα NSCLC ιστολογίες DM είχε χαρακτηριστεί ως αμελητέα, μικρή ή μέτρια με βάση την απόλυτη αξία. (1 & lt? Κοιλιακούς δέλτα & lt? 2 είναι Μέτρια /Μεγάλες? 1 & lt? Κοιλιακούς δέλτα & lt? 0.5 είναι μικρές? 0.5 & lt? Κοιλιακούς δέλτα & lt? 0 είναι αμελητέα). DM loci με FDR ρ & lt? 0.05 με βάση paired t-test θεωρήθηκαν για την ανάλυση αυτή. Πλειοψηφία των υπερμεθυλίωση σε όγκους παρατηρείται να είναι μέτριας /μεγάλης έκτασης σε υποστηρικτές και τους φορείς του γονιδίου, ενώ στις διαγονιδιακές περιοχές, οι μικρές αλλαγές είναι πιο συχνές. Η πλειοψηφία των υπομεθυλίωσης παρατηρείται να είναι μικρού μεγέθους, σε όλες τις τρία διαμερίσματα. Ένα σημαντικό μέρος των αλλαγών υπομεθυλίωσης είναι αμελητέα μεγέθους αλλά στατιστικά σημαντική. (Β) Κατεύθυνση της DM και η κατανομή εντός υποστηρικτές κατηγοριοποιούνται με βάση την τοποθεσία μέσα CG-νησιά και CG-ακτές. Στην κατηγορία των τόπων DM υποκινητή, υπερμεθυλίωση είναι συχνότερη σε όγκους σε σύγκριση με υπομεθυλίωση για εκείνους τους τόπους στο εσωτερικό CG-νησιά και CG-ακτές. Συνολικά διαφορές DM διαφέρουν από PR γονιδιωματική θέση (CGI, CGS, και άλλα)? Όλα τα ιστολογίες NSCLC ήταν Chisquare p = 2.2E-16? αδενοκαρκίνωμα μόνο ιστολογία Chisquare p = 1.9E-4.

Η

Ατομική γονίδια του καρκίνου που προσδιορίζονται από διαφορική μεθυλίωση

Το top 25 διαφορικά μετουσιωμένο τόποι εντός των περιοχών υποκινητή και φορείς του γονιδίου είναι εισηγμένες (S2 Τραπέζι). Εν συντομία, για όλες τις ιστολογικές παρατηρήθηκε σε συνδυασμό DM σε πολλούς υποστηρικτές (S2A Πίνακας) [υπερμεθυλίωση στο

C7orf54

,

Dars

,

SPTAN1

,

DOM3Z

,

PCNX

,

CTNNAL1

, άλλοι? υπομεθυλίωση στο

NQO1

,

SIRP1B

,

UNC5CL

,

nfia

,

CST1

, άλλοι] και σε φορείς του γονιδίου [υπερμεθυλίωση στο

NOL10

,

ARHGEF12

,

UST

,

RGS3

,

MBNL2

, άλλοι? υπομεθυλίωση

FBXL7

,

RYR2

,

NTRK3

,

ADAMTS12

,

PARK2

, άλλοι]. Για αδενοκαρκίνωμα συγκεκριμένα, DM παρατηρήθηκε σε υποστηρικτές [υπερμεθυλίωση

RASL12? SPTAN1

,

mir-26α

, μεθυλιωμένος

NQO1

,

SIRPB1

,

NF1A

] και το γονίδιο φορείς [υπερμεθυλίωση

AKAP13

,

οικογένειας ANK

,

PRKCE

,

ROS1

? μεθυλιωμένος

FAM171A1

,

PARK2

,

BCAS3

,

RHOJ

] και πολλοί άλλοι.

χάρτες θερμότητας από τα κορυφαία 50 πιο διαφορικά μεθυλιωμένα τόποι εντός του υποσυνόλου αδενοκαρκινώματα (σχήμα 3Α και 3Β)

(Α) περιοχές προαγωγού? και (Β) περιοχές του σώματος Gene. Αρκετά γονίδια δείχνουν διαφορική μεθυλίωση (DM) σε περισσότερα από ένα τόπο και εμφανίζονται πολλές φορές στην Heatmap. . Μπλε = Μη όγκου, Κόκκινο = Tumor

Η

Το top 50 πιο DM τόπους (FDR προσαρμοστεί σ & lt? 0,05, ανάλογα με το μέγεθος του δέλτα), αντανακλούν τον διαχωρισμό των Τ και ΝΤ στα περισσότερα από τα ζεύγη δειγμάτων , εκτός από τα δείγματα 603T, 653T και 542T. Αρκετές θέσεις μέσα στο ίδιο γονίδιο επίδειξη DM, με αποτέλεσμα την επανάληψη των ονομάτων γονιδίου στους χάρτες θερμότητας. Εκείνοι πολλαπλές θέσεις μέσα σε ένα γονίδιο (π.χ. PR:

TMEM88

,

GIMAP6

,

RUSC2

, άλλοι? GB:

CDH13

,

CACNA203

,

NOMO3

, κ.ά.) έτειναν να είναι σύμφωνη, έστω και ατελώς, με την κατεύθυνση της DM (υπερ- vs υπομεθυλίωση).

CpG επικύρωση μεθυλίωση

η μεθυλίωση μέλη τριών αντιπροσωπευτικών loci DM CCGG επιλέγονται βάσει του DM μεγέθους (ένα στον υποκινητή του Dars και δύο στον υποκινητή του RGS3) ποσοτικά προσδιορίζεται από την υψηλή ανάλυση Sequenom MassARRAY

® μέθοδο, και σε σύγκριση με τα αποτελέσματα από την δοκιμασία HELP βάσει μικροδιάταξης χρησιμοποιώντας Spearman λογισμικό σειρά κατάταξης συσχέτιση [27]. Η συσχέτιση (rho) ήταν 0.72 (p = 0,0006), υποδεικνύοντας ότι τα αποτελέσματα της ανάλυσης βοηθήσει σημαντικά συσχετίζονται με τα αποτελέσματα αναφοράς της Sequenom MassARRAY

® δοκιμασία αναφοράς (S1 Σχήμα)

Αναγνώριση ταξινομητές διακρίσεις

Η μέση ακρίβεια για την κορυφαία 100 ή top 25 DM τόπους όγκου σε σχέση με τα μοντέλα ταξινόμηση μη-όγκου, όλα ιστολογίες NSCLC συνολικά, ήταν 87% και 90% αντίστοιχα. Από την υποσύνολο δεδομένων αδενοκαρκίνωμα, η μέση ακρίβεια για την κορυφαία 100 και άνω 25 DM τόπους ήταν 80% και 79% αντιστοίχως στα γενικά, τα μοντέλα κατάταξης τείνουν να είναι πιο συγκεκριμένες από ευαίσθητα. (S7 Πίνακας). Δύο θέσεις (

LOXL4

και

LINC00841

) έχουν κατ ‘επανάληψη επιλεγεί στο top DM τόπους κατά τη διαδικασία ταξινόμησης.

Η μεθυλίωση x Έκφραση Συγχώνευση

DNA loci ενσωματώθηκαν με παλαιότερα δεδομένα που δημιουργούνται mRNA μεταγραφικό μικροσυστοιχιών μεταξύ των 21 ζεύγη T-NT, όπου και τα δύο σύνολα δεδομένων ήταν διαθέσιμα. (S2 σχήμα). Αυτή η ανάλυση απέδωσε n = 433.666 DM loci σε όλα τα διαμερίσματα (Πίνακας 2). Για παράδειγμα, την ομαδοποίηση όλων των ιστολογίες, εντοπίσαμε n = 75 loci που έδειξε υπερμεθυλίωση σε περιοχές PR και ταυτόχρονη ρύθμιση προς τα κάτω της έκφρασης του mRNA με μικροσυστοιχίας. Υπήρχαν n = 219 θέσεις στο εσωτερικό των περιφερειών GB που έδειξε ταυτόχρονη υπερμεθυλίωση και up-ρύθμιση της έκφρασης.

Όλα τα ιστολογίες (21 ζεύγη).

Η

Ο προαγωγός-ειδική κατανομή υποδιαμέρισμα (CGI , CGS, και άλλα) των κανονικών σχέσεων DMxGE (

e

g

προαγωγός υπερμεθυλίωση:.. γονιδιακής ρύθμισης προς τα κάτω)

έναντι

μη κανονικές σχέσεις (

e

g

προαγωγός υπερμεθυλίωση:.. εμφανίζεται γονιδίου ρύθμιση προς τα πάνω) στο Σχήμα 4. Συνολικά, εντός των περιφερειών PR, σχέδια CGI έτειναν να ακολουθούν κανονική DM: πρότυπα GE (πρώτη γραμμή του κάθε ένα από τα αριστερότερα δύο τριάδες ραβδόγραμμα μέσα σε ένα πίνακα) κάπως λιγότερο συχνά από ό, τι τα άλλα διαμερίσματα υποκινητή. Αξιοσημείωτο είναι ότι οι μη κανονικές DM: DE σχέσεις ήταν περίπου ίση με τη συνολική συχνότητα σε κανονικές σχέσεις, όπως εκτιμάται από την ανάλυση αυτή. Για όλα τα 21 ζεύγη (όλα τα ιστολογίες NSCLC, Σχήμα 4Α), συνολική κατανομή των DMxDE διαφορές ποικίλλουν από PR γονιδιωματική θέση (CGI, CGS, και άλλα), Chisquare p = 3.32E-4. Ομοίως, στο σύνολο των αδενοκαρκινώματα (Σχήμα 4Β), συνολικές διαφορές DMxDE διαφέρουν από PR γονιδιωματική θέση (CGI, CGS, και άλλα), Chisquare p = 1.10E-7. Η πλειοψηφία των PR DM τόπους σχετίζονται με υπερμεθυλίωση όταν οι τόποι DM είναι εντός CG νησιά. Αυτή η επίδραση είναι αξιοσημείωτη μεταξύ των αδενοκαρκινώματα υποσύνολο καθώς, όπου η DM υπερμεθυλίωση τόποι στην CG νησιά είναι ως επί το πλείστον συνδέονται με την αρνητική ρύθμιση του γονιδίου.

Ανάλυση των τόπων DM εντός των περιοχών υποκινητή και επικάλυψη τους με διαφορική γονιδιακή έκφραση. (Αριστερός πίνακας Α) Όλα τα 21 ζεύγη (όλα ιστολογίες NSCLC), οι συνολικές διαφορές ποικίλλουν από PR γονιδιωματική θέση (CGI, CGS, και άλλα), Chisquare p = 3.32E-4.

(δεξί πάνελ Β)

Στο σύνολο αδενοκαρκινώματα συνολικές διαφορές ποικίλλουν από PR γονιδιωματική θέση (CGI, CGS, και άλλα), Chisquare p = 1.10E-7. Πλειοψηφία των τόπων υποστηρικτής DM σχετίζονται με υπερμεθυλίωση όταν το τόποι DM είναι εντός CG νησιά. Αυτή η επίδραση είναι πιο έντονη μεταξύ αδενοκαρκινώματα, όπου οι τόποι DM σε CG νησιά είναι ως επί το πλείστον συνδέονται με προς τα κάτω ρύθμιση του γονιδίου. ΚΛΕΙΔΙ: «M» = μεθυλίωση, «E» = έκφραση. Ανοδική βέλος δείχνει αύξηση και προς τα κάτω βέλος δείχνει μείωση.

Η

Ο αριθμός των τόπων που λαμβάνονται από την έκφραση-μεθυλίωση επικάλυψη εμφανίζεται σε 3D συντεταγμένες στον πίνακα Α (S3 Εικ). Γονιδιωματικής συντεταγμένες επίσης εμφανίζονται από circos οικόπεδα? ένα παράδειγμα του χρωμοσώματος 3 εμφανίζεται στον πίνακα Β (S3 Εικ). Οι πινακίδες αυτές συμβολίζουν τα συνολικά μοντέλα του σώματος γονιδίων και μεθυλίωση προαγωγού και συνοδεύουν τις αλλαγές της γονιδιακής έκφρασης. Η επικάλυψη μεταξύ γερμανικών μάρκων και η GE για GB ήταν πιο συχνή από ό, τι PR (εν μέρει λόγω της σχετικής υπερ-εκπροσώπηση της GB

έναντι

PR περιοχές στη μικροσυστοιχία HELP (Πίνακας 1). Η κανονική μοτίβο πιο συχνά εμφανίζονται σε GB ήταν υπομεθυλίωση και ρύθμιση προς τα κάτω (S3 σχήμα).

τα παραδείγματα της ποσοτικής σχέσης του DM στην GE σε υποστηρικτές και τους φορείς του γονιδίου που εμφανίζονται σε επιλεγμένες διαγράμματα διασποράς (S4 σχήμα). τα περισσότερα γονίδια που ήταν ποιοτικά κανονική για η σχέση DM⬄GE έδειξε μια διφορούμενη ποσοτική σχέση (δεν εμφανίζεται)?. εκείνα τα γονίδια που έχουν επιλεγεί για την οθόνη να διδάξουν μια κανονική σχέση

Οι οκτώ κορυφαίες διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων (DE) συνδέονται με DM υποστηρικτής τόπους (S3 Πίνακας:

ΦΙΛΙΠ

,

HBEF

,

TMEM88

,

VWR

,

CASP12

,

NQO1

,

CST

,

XAGE1D

) υποβλήθηκε σε ποσοτική επαλήθευση των αλλαγών έκφρασης GE μικροσυστοιχιών με βάση, χρησιμοποιώντας qRT-PCR κλιμακωθεί σε

GAPDH

εσωτερική οικονόμος. S5 σχήμα εμφανίζει τα αποτελέσματα αυτά, δείχνει γενική συμφωνία της κατεύθυνσης της GE μεταξύ των δύο πλατφόρμες (μικροσυστοιχιών και qRT-PCR?

r

2

= 0,9367815, σ & lt? 0,0007), αν και με συμπιεσμένο δυναμικό εύρος των δεδομένων μικροσυστοιχιών, όπως είναι χαρακτηριστικό στη βιβλιογραφία [28].

μεμονωμένων γονιδίων αποκάλυψε DM x GE Συγχώνευση

Όλα ιστολογίες NSCLC

: επικάλυψη των DM x DE επικάλυψης (S3 Πίνακας) έδωσε πρόσθετες θέσεις γονιδιωματικής DM με κανονικά πρότυπα έκφρασης (

e

g

PR υπερμεθυλίωση:.. mRNA ρυθμίζεται προς τα κάτω και PR υπομεθυλίωση: mRNA ρυθμίζεται προς τα πάνω? GB υπερμεθυλίωση: mRNA ρυθμίζεται προς τα πάνω και μεθυλιωμένος: mRNA ρυθμίζεται προς τα κάτω) [PR n = 113? GB n = 3.972] (Πίνακας 2). Αξιοσημείωτες υπερμεθυλίωση τόπους δημοσίων σχέσεων με αμοιβαία μειωμένη έκφραση της GE ήταν

HBEGF

,

DPT

,

AGER

,

SPARCL1

,

PTPRM

,

ARHGEF6

,

TMEM88

,

SEMA6A

. Εκείνοι PR μεθυλιωμένος τόπους με αυξημένη GE ήταν

NQO1

,

CST1

,

TNS4

,

FUT2

,

Melk

,

FAM83A

,

ΜΜΡ9

,

και SLCO1B3

. Εκείνοι GB τόπους με συγκλίνουσες μεθυλίωση και της έκφρασης περιλαμβάνονται: υπερμεθυλίωση /αυξημένη GE:

FERMT1

,

SLC7A5

,

FAP

,

KRT15

,

ETV4

,

TFAP2a TPX2

,

FOXM1

? μεθυλιωμένος /μειώθηκε GE:

AGBL1

,

RHOJ

,

LDB2

,

GHR

,

ITGA8

,

ABCB1

,

SEMA5A

,

GPM6A

.

στην κατηγορία των αδενοκαρκινώματα και μόνο, θα συγχωνευθούν τα αποτελέσματα των DM με DE, και ανακάλυψε αρκετές θέσεις με διαφορική μεθυλίωση σε υποστηρικτές ή φορείς του γονιδίου και των ομώνυμων αλλαγές της γονιδιακής έκφρασης. Υπερμεθυλίωση PR loci με την GE προς τα κάτω ρύθμιση περιλαμβάνουν

RPL23AP32

,

CTNNAL1

,

HBEGF

,

TMEM88 και CASP12

. Τόποι που δείχνει υπομεθυλίωση PR και προς τα πάνω ρύθμιση περιλαμβάνουν

NQO1

,

CST1

,

XAGE1D

,

IGKC και AIM2

. GB τόπους δείχνει υπερμεθυλίωση και προς τα πάνω ρύθμιση περιλαμβάνουν

FAP

,

NLN

,

TPX2

,

και KIF26B

και άλλα. GB τόπους δείχνει υπομεθυλίωσης και αρνητική ρύθμιση περιλαμβάνουν

AGBL1

,

RHOJ

,

LDB2

,

GHR

,

ITGA8 *

και άλλοι ( S3 Πίνακας)

σχέση

η μεθυλίωση-έκφραση σε CG-νησιά και CG-ακτές

Εμείς αμφισβήτησε τη συσχέτιση μεταξύ γερμανικών μάρκων και ΔΕ για DM τόπους που βρίσκονται εντός υποστηρικτής CG νησιά (CGI) και τις ακτές CG ( CGS? ορίζεται ως 2 kb ανοδικά ενός νησιού CG? σχήμα 4? S5 πίνακα). Παρατηρήσαμε μόνο ένα μικρό ποσοστό των γενετικών τόπων (3-11%) που εμφάνισαν DM μέσα σε CGI ή CGS που σχετίζονται με την αναμενόμενη αλλαγή στη γονιδιακή έκφραση του πλησιέστερου γονιδίου. Αυτά περιλαμβάνουν τα γονίδια, όπως

TMEM88

,

S1P1R

,

FZD4

,

GIPC2

,

DNAJB4

,

ADAMTS1

(υπερμεθυλίωση στο CGI και CGS και μειωτικά) και BUB1 (μεθυλιωμένος και υπερεκφράζεται).

Διαδρομή αναλύει

Ένα πίνακα περίληψη του ΜΠΒ αναλύσεις προσφέρονται σε S6 πίνακα. Όλα DM loci (Bejamini-Hochberg Προσ p & lt? 0.05) που αντιστοιχεί σε οκτώ κατηγορίες (με βάση την γενωμική διαμέρισμα, ιστολογία και με /χωρίς συγχώνευση της γονιδιακής έκφρασης) έχουν ξεχωριστά αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας ΜΠΒ, για τον εντοπισμό των δικτύων γονιδίων εμπλουτίζεται μέσα στα σύνολα DM τόπους. Σε όλες τις οκτώ περιπτώσεις, «Cancer» ήταν η κορυφαία ασθένεια που σχετίζεται με το σύνολο δεδομένων εισόδου, αν και τα συστατικά γονίδια ήταν διαφορετική. Η Canonical μονοπάτια από τη βάση γνώσεων Ingenuity της που βρέθηκαν να εμπλουτιστεί μέσα στα σύνολα γονιδίων με adj. p & lt? 0,05 αναφέρονται. Τρία από τα δίκτυα (Όλες ιστολογίες NSCLC, DM μόνο, GB? Αδενοκαρκινώματα DM μόνο, GB? Και αδενοκαρκινώματα DM + DE τόσο, PR) μεταξύ των οκτώ κατηγοριών βρέθηκαν να έχουν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με ένα κανονικό μονοπάτι με adj. p & lt? 0.05, και περαιτέρω περιγράφονται κατωτέρω.

IPA σχετίζονται με τον καρκίνο Δίκτυα απεικονίσεις.

Δίκτυα ανάλυση αυτών των σημαντικών δικτύων συνοψίζονται στον S6 πίνακα συνοψίζονται στο S6 Εικ. Οι οθόνες δείχνουν ότι διάφορα γονίδια που παίζουν σημαντικό ρόλο στον καρκίνο σχετίζονται μονοπάτια διαφορικά μεθυλιωμένα σε Τ σε σχέση με το ΝΤ σε διάφορες κατηγορίες, και αναδεικνύει ορισμένα γονίδια που δεν είναι γνωστό να το πράξουν. Για παράδειγμα, συγκεντρώνοντας όλες τις ιστολογίες NSCLC, S6a σχήμα δείχνει το δίκτυο σχετίζονται με τον καρκίνο που προέρχεται από το IPA όλων των τόπων DM (adj p & lt?. 0,05) εντός GB σε όλα τα 24 ζεύγη Τ /ΝΤ. Γονίδια όπως

ΕΖΗ2

,

Cdh1

,

CDKN2A

και

Dnmt3a /3Β

βρίσκονται σε κεντρικά σημεία σε αυτό το δίκτυο.

ΕΖΗ2

(μεθυλιωμένος) είναι ένα μέλος της οικογένειας Polycomb-ομάδα και παίζει σημαντικό ρόλο στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, την ανάπτυξη, την εξέλιξη του κυτταρικού κύκλου, μεταγραφική καταστολή και την εισβολή.

Dnmt3a

/3Β (υπερμεθυλιωμένο) κωδικοποιεί ένα DNA μεθυλο-τρανσφεράση που φιλοδοξούσε να πραγματοποιήσει de novo μεθυλίωση και έχει έναν σημαντικό ρόλο στην μεταγραφική repressional σηματοδότηση.

Cdh1

(υπερμεθυλίωση) κωδικοποιεί Ε-καδχερίνη, ένα γνωστό μόριο προσκόλλησης επιφάνεια προς τα κάτω σε καρκίνους. CDKN2A (υπερμεθυλιωμένο) είναι ένας αναστολέας της κινάσης CDK4 και αποτελεί ένα σημαντικό ογκοκατασταλτικό γονίδιο, που είναι γνωστό ότι μεταλλαχθεί ή διαγραφεί σε διαφορετικές μορφές καρκίνου.

ZEB1

, GB-μεθυλιωμένος, τονίζεται επίσης ως κεντρικό κόμβο στο δίκτυο αυτό σχετίζονται με τον καρκίνο. Κωδικοποιεί μια παράγοντα μεταγραφής δακτύλου ψευδαργύρου (γνωστή επίσης και ως

TCF8

), το οποίο είναι γνωστό ότι είναι ένας επαγωγέας της επιθηλιακής-μεσεγχυματικής μετάβασης σε NSCLC [29].

Στην κατηγορία των αδενοκαρκινώματα ειδικά ( 16 ζεύγη S6B σχήμα δείχνει το δίκτυο του καρκίνου που σχετίζονται με το γονίδιο που προσδιορίζονται από τις πιο σημαντικές (προσαρμοσμένο σ & lt? 0,05). loci DM (σε GB) Ένα κομβικό σημείο του δικτύου αυτού είναι το γονίδιο

AR

(υποδοχέα ανδρογόνων) που έχει βρεθεί να είναι GB-μεθυλιωμένος εις όγκους. AR είναι ένας παράγοντας μεταγραφής που ενεργοποιείται από την στεροειδή ορμόνη ανδρογόνων. παίζει σημαντικό ρόλο στην κυτταρική ανάπτυξη, πολλαπλασιασμό, κυτταρικού θανάτου και εισβολή. Λόγω της μια προφανή κεντρική σε αυτό το συγκεκριμένο δίκτυο DM, θα διερευνηθεί περαιτέρω το πρότυπο DM μεθυλίωση της AR που σχετίζεται με το φύλο. Παρατηρήσαμε ότι οι δύο σχετικές θραύσματα DM (σε GB) ήταν αξιοσημείωτη για την υπερμεθυλίωση στο GB στους άνδρες σε σύγκριση με τις γυναίκες σε NT ιστό μοναδικά (t-test FDR, θραύσμα 1 = 0,041, θραύσμα 2 = 3.76E-5). Supervillin

(SVIL)

, είναι επίσης ένα γονίδιο σε ένα κόμβο του δικτύου αυτού (Εικ S6B), και είναι GB-μεθυλιωμένος εις όγκους.

SVIL

είναι μια περιφερειακή μεμβρανική πρωτεΐνη που ρυθμίζει την κυτταρική κινητικότητα, εξάπλωση και είναι γνωστό ότι ενισχύει την επιβίωση των κυττάρων αλληλεπιδρώντας με το ογκοκατασταλτικό γονίδιο ρ53 και κατάντη στόχοι της [30].

Αδενοκαρκίνωμα-ειδική DM υποστηρικτής επικάλυψη x DE είχε τονίσει εξοικειωμένοι (

SMAD6

,

TP53

,

CTNNB1

,

NQO1)

καθώς και άγνωστα κόμβοι καρκίνο του πνεύμονα IPA ( S6C σχήμα). Το δίκτυο σχετίζονται με τον καρκίνο που προέρχεται από την ανάλυση αυτή αποτελείται από ένα μόνο γονίδιο μεθυλιωμένος προαγωγό (NQO1) στον κόμβο ενός συμπλέγματος που αλληλεπιδρά με το

ΤΡ53

,

HSP70 και NPM1

. Αρκετές υπερμεθυλίωση υποκινητές γονιδίων συμπεριλαμβανομένων των

HBEGF

,

SMAD6

,

PTPN13

,

CDH5

και

SFTPC

βρέθηκαν στην περιφέρεια της το δίκτυο. Το δίκτυο αυτό αποτελείται από διάφορα γονίδια που δεν χαρακτηρίζονται ως DM από τη μελέτη μας, αλλά δεν αποτελούν μέρος του δικτύου λόγω της προηγουμένως δημοσιευθέντα αλληλεπιδράσεις τους με άλλα DM τόπους, όπως απεικονίζεται στο ανοιχτό /λευκό σχήματα.

Τρέχων vs πρώην καπνιστές

Το σύνολο του δείγματος των 24 ατόμων αποτελούνταν από 11 πρώην καπνιστές και 10 νυν καπνιστές. Ερευνήσαμε την παρουσία διαφορικά μετουσιωμένο τόπων με βάση την κατάσταση του καπνίσματος. Σε προσαρμοσμένη p & lt? 0,05 επίπεδο, δεν τόποι βρέθηκαν να είναι DM μεταξύ νυν και πρώην καπνιστές

Συζήτηση

Έχουμε αναφέρει μια έρευνα σύγκρισης methylome για ένα σύνολο όγκους NSCLC

σε σχέση με

η αντιστοιχισμένη μη καρκινικό ιστό σε χειρουργική εκτομή δείγματα προκειμένου να εντοπίσει γονιδιώματος σε επίπεδο υπογραφές μεθυλίωσης στον καρκίνο του πνεύμονα, και τα φιλτράρει για εκείνους germane σε μεταβολές γονιδιακής έκφρασης από τα ίδια δείγματα. Ο στόχος είναι ενημέρωση διαγνωστική εργασία βιοδείκτη ήδη σε εξέλιξη στο εργαστήριο, [31] και τον προσδιορισμό στόχων για τη μελλοντική ανάπτυξη σε διαγνωστικές και προληπτικές /θεραπευτικές δοκιμές [32,33].

Χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία HELP, ήμασταν σε θέση να ερώτημα 1,2 εκατ ασυνεχή loci CCGG (~ 1% του methylome) κατά τρόπο αντιπροσωπευτικό όλων των περιφερειών τριών γονιδιωματική (PR, GB, IG). Χρησιμοποιώντας ένα FDR προσαρμοστεί σ & lt? 0,05 ως αποκοπής, 452.754 θέσεις σε όλες τις περιφέρειες και ιστολογίες παρουσιάζουν στατιστικά σημαντική διαφορά μεθυλίωσης σε όγκους. Η κατανομή αυτών των χώρων DM ήταν κυρίως πιο συγκεντρωμένη σε φορείς του γονιδίου από ό, τι σε περιοχές υποκινητή, ακόμα και λαμβάνοντας υπόψη τις περιφερειακές διαφοροποιήσεις εκπροσώπηση στο μικροσυστοιχιών ανιχνευτή, όπως υποστηρίζεται από μια δοκιμή μετάθεση.

Οι μελέτες μέχρι τώρα έχουν συνήθως επικεντρώνεται στην μεθυλίωση προαγωγού στον καρκίνο του πνεύμονα, χρησιμοποιώντας υποστηρικτής εστιασμένη έθιμο μικροσυστοιχίες [10,15,34] ή συστοιχίες χάντρα [23,35] και έτσι συχνά το ερώτημα μόνο για προ-επιλεγμένες περιοχές του γονιδιώματος και τόπους. Αυτή είναι μία από τις λίγες μελέτες μέχρι σήμερα που εξετάζει περισσότερο agnostically γονιδιώματος σε επίπεδο μεθυλίωσης σε όλες τις περιοχές του γονιδιώματος του καρκίνου του πνεύμονα σε πολλαπλά δείγματα. Οι περιοχές του γονιδιώματος προσδιορίστηκε με την δοκιμασία HELP εξαρτώνται από τις εμφανίσεις των περιοχών CCGG εντός του γονιδιώματος, και όχι από οποιαδήποτε προηγούμενη λειτουργική ή διαμέρισμα-wise ταξινόμηση των τόπων. Η δοκιμασία HELP είναι μικρότερη υποκινητής προκατειλημμένη (τα GB και IG περιοχές που αντιπροσωπεύονται περιοχές 3.5x φορές υποκινητή), επιτρέποντας έτσι την ανακάλυψη νέων γεγονότων που σχετίζονται με τη μεθυλίωση σε άλλες περιοχές του γονιδιώματος σε δείγματα όγκων [36]. Ωστόσο, ο προσδιορισμός ΒΟΗΘΕΙΑ χάνει μη CCGG ενσωματωμένο CpG θέσεις, καθώς και εκείνα τα CCGGs που θα καθορίσει μια κλίμακα μεγέθους έξω από την περιοχή μέγεθος του θραύσματος στόχου (200-2000bp). HELP (σε αντίθεση με συστοιχίες Infinium HM) δεν εστιάζεται στην ανίχνευση συνεχόμενα CpGs προκαθορισμένων υποκινητές γονιδίων. Ενώ το μέγεθος των συνολικών διαφορές DM μεταξύ των όγκων και μη όγκου πνευμονικού ιστού σε μια δεδομένη θέση έτειναν να είναι μικρή (γενικά & lt? 2 φορές), καθησυχάζοντας είναι ότι η επικύρωση των προ-επιλεγμένων τόπων DM συγκρίνεται ευνοϊκά με την τεχνική της ποσοτικής αναφοράς ( Sequenom MassARRAY

®).

κατά την εξέταση των καταλόγων γονίδιο κορυφή τόπους DM ανακάλυψαν μεταξύ άλλων δημοσιευμένες μελέτες γονιδιώματος σε επίπεδο στον καρκίνο του πνεύμονα με εκείνα που αναφέρθηκαν στη μελέτη μας, διαπιστώσαμε ότι, όπως αναμενόταν, η βαθμός επικάλυψης μεταξύ των μελετών μας και τους άλλους είναι μέτρια, ίσως ενδεικτικό των διαφορών στην πλατφόρμα HELP (η οποία ανιχνεύει τα θραύσματα που οριοθετείται από μεμονωμένες θέσεις CpG, αλλά όχι επιπλέον κομμάτι-εσωτερικών χώρων CPG), και οι περιφέρειες στόχου ερωτάται (που στο HELP είναι κατανέμεται εξίσου μεταξύ των PR, GB, και IG περιοχές του γονιδιώματος. Επιπλέον, σημειώνουμε ότι ο βαθμός επικάλυψης μεταξύ των μελετών που χρησιμοποίησαν την ίδια μικροσυστοιχιών με βάση μεθυλίωσης (για συστοιχία π.χ. Infinium) ([23,24,35] δεν ήταν, επίσης, μεγάλο. Αυτό θα μπορούσε να προέλθει από διάφορες θέμα και δείγμα παράγοντες ετερογένεια, και τα κριτήρια που χρησιμοποιούνται για την κατάταξη DM τόπους. Για παράδειγμα, Sandoval

et al

[35] εντοπίστηκε

HOXA7

περιοχή μεταξύ των κορυφαίων πιο μεταβλητή υποστηρικτές CpG, ενώ το ίδιο τόπο δεν αναφέρεται στη μελέτη TCGA [24] που χρησιμοποιεί η ίδια πλατφόρμα. Από την άλλη πλευρά, και οι δύο αυτές μελέτες αναφέρουν διαφορική μεθυλίωση του

HOXA9

τόπο. Και οι δύο αυτές θέσεις δεν περιλαμβάνονται στις λίστες των κορυφαίων γερμανικών μάρκων τόπων από τη μελέτη μας

Σε γενικές γραμμές τα ευρήματα αυτής της μελέτης περιλαμβάνουν τα εξής:. Υπάρχουν πολλές ατομικές DM τόπους /γονίδια, ιδιαίτερα σε φορείς του γονιδίου (S2 και S3 Πίνακες )? υπάρχουν πολλά μη κανονικών σχέσεων DMxDE? και genelists και τις σχέσεις του δικτύου περιλαμβάνει τόσο προηγουμένως αναγνωριστεί και μυριάδες προηγουμένως μη αναγνωρισμένη τόπους. Όπως αναγνωρίζεται στο παρελθόν, το γονιδίωμα είναι συνολικά πιο μεθυλιωμένος, αλλά επίσης εμφανίζει υπερμεθυλίωση προαγωγού σε καρκίνο σε σχέση με ζεύγη ιστούς μη-καρκίνο, όπως ίσχυε από τις αρχές του γονιδιώματος σε επίπεδο μελετών της διαφορικής μεθυλίωσης στον καρκίνο του πνεύμονα [2,21-23]. Ωστόσο, πολλά χαρακτηριστικά διαφέρουν σαφώς?