Αφηρημένο

Ο υποδοχέας του παράγοντα S100A8 και επιδερμικού αυξητικού πρωτεΐνες (EGFR) Νεφρού είναι πρωτο-ογκογονίδια που είναι σταθερά εκφράζονται σε ένα αριθμό τύπων καρκίνου. EGFR προάγει τον κυτταρικό πολλαπλασιασμό, τη διαφοροποίηση, τη μετανάστευση και την επιβίωση ενεργοποιώντας μοριακών οδών. Συμμετοχή των προφλεγμονωδών S100A8 στη διαφοροποίηση και εξέλιξη των καρκινικών κυττάρων είναι σε μεγάλο βαθμό ασαφής και δεν μελετήθηκαν σε καρκίνο του νεφρού (KC). S100A8 και EGFR είναι πιθανές θεραπευτικές βιοδείκτες και τους στόχους αντικαρκινικό φάρμακο για KC. Σε αυτή τη μελέτη, ερευνήσαμε μοριακών μηχανισμών των προφίλ αλληλεπίδρασης των δύο μορίων με δυνητική αντικαρκινικά φάρμακα. Αναλάβαμε μεταγραφικό προφίλ Σαουδική KCs χρησιμοποιώντας Affymetrix HuGene 1,0 συστοιχίες ST. Εντοπίσαμε 1478 σημαντικά εκφραζόμενα γονίδια, συμπεριλαμβανομένων S100A8 και υπερέκφραση του EGFR, χρησιμοποιώντας cut-off τιμή p & lt? 0.05 και διπλώστε την αλλαγή ≥2. Επιπλέον, συγκρίναμε και επιβεβαίωσε τα ευρήματά μας με τα δεδομένα έκφρασης διαθέσιμη σε βάση δεδομένων GEO NCBI του. Ένας σημαντικός αριθμός των γονιδίων που σχετίζονται με τον καρκίνο έδειξε συμμετοχή σε πρόοδο του κυτταρικού κύκλου, την επιδιόρθωση του DNA, τη μορφολογία των όγκων, της ανάπτυξης των ιστών, και την επιβίωση των κυττάρων. Η αθηροσκλήρωση σηματοδότηση, λευκοκυττάρων σηματοδότηση εξαγγείωση, σηματοδότηση εγκοπή, και IL-12 σηματοδότηση ήταν οι πιο σημαντικά διαταραχθεί οδούς σηματοδότησης. Η παρούσα μελέτη παρέχει μια αρχική μεταγραφικού προφίλ των ασθενών Σαουδική KC. Η ανάλυσή μας δείχνει διακριτές transcriptomic υπογραφές και οδοί υποκείμενων μοριακών μηχανισμών της εξέλιξης KC. ανάλυση μοριακής σύνδεσης αποκάλυψε ότι ο αναστολέας της κινάσης «MIDOSTAURIN» έχει μεταξύ των επιλεγμένων στόχων των ναρκωτικών, τις καλύτερες ιδιότητες συνδετήρα για να S100A8 και EGFR, με το υπονοούμενο ότι αναστέλλει τη δέσμευση της κατάντη σηματοδότησης στην KC. Αυτή είναι η πρώτη μελέτη σύνδεσης δομή που βασίζεται για τις επιλεγμένες στόχους πρωτεΐνης και αντικαρκινικό φάρμακο, και τα αποτελέσματα δείχνουν S100A8 και EGFR όπως ελκυστικό αντικαρκινική στόχους και MIDOSTAURIN με αποτελεσματικές ιδιότητες φάρμακο για θεραπευτική παρέμβαση σε KC

Παράθεση:. Mirza Ζ, SCHULTEN HJ, Φαρσί HM, al-Maghrabi JA, Gari MA, Chaudhary AG, et al. (2015) Μοριακή Αλληλεπίδραση μιας κινάσης αναστολέα MIDOSTAURIN με στόχους Anticancer Drug, S100A8 και EGFR: μεταγραφικού προφίλ και Μοριακής Μελέτη σύνδεσης για τον καρκίνο του νεφρού Therapeutics. PLoS ONE 10 (3): e0119765. doi: 10.1371 /journal.pone.0119765

Ακαδημαϊκό Επιμέλεια: Jaydutt V. Vadgama, Charles R. Drew Πανεπιστήμιο Ιατρικής και Επιστημών, Ηνωμένες Πολιτείες |

Ελήφθη: 9 Σεπτέμβρη του 2014? Αποδεκτές: 16 Ιανουαρίου, 2015? Δημοσιεύθηκε: 19, Μαρτίου, 2015

Copyright: © 2015 Mirza et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:.. η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε από τον βασιλιά Αμπντουλάχ πόλης για την Επιστήμη και την Τεχνολογία, Ριάντ, Σαουδική Αραβία (KACST, στρατηγικό σχέδιο ID 10-BIO1258-03 και 10- BIO1073-03) και Κοσμητεία της έρευνας, ο βασιλιάς Abdulaziz University (Έργο ID: HiCi-1434-117-2). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ο καρκίνος είναι μια παγκόσμια μείζον πρόβλημα υγείας. Απορρύθμισης στις πορείες μοριακής σηματοδότησης είναι ένα σήμα κατατεθέν της έναρξης του καρκίνου και την εξέλιξη [1-3]. καρκίνο του νεφρού (KC) αντιπροσωπεύει περίπου το 1,5 τοις εκατό του συνόλου των θανάτων από καρκίνο. Ειδικότερα, KC είναι κοινή σε παχύσαρκα ανδρικό πληθυσμό [4]. Η χειρουργική εκτομή του όγκου είναι η τυπική θεραπευτική αγωγή. Μεταστατικό KC είναι σχεδόν δεν αποκρίνονται στα συμβατικά συστηματικές θεραπείες και σχεδόν όλοι οι ασθενείς πεθαίνουν από μετάσταση. Έλλειψη υπόσχεται βιοδεικτών για την αποτελεσματική στοχευμένη χημειοθεραπεία αποτελεί μια μεγάλη πρόκληση στη διαχείριση KC. Η καλύτερη κατανόηση των μοριακών μηχανισμών αποτελεσματική στην KC έχουν διευρυνθεί το παράθυρο για την ανάπτυξη αποτελεσματικών στοχευμένων θεραπειών [5,6]. Υψηλής απόδοσης πλατφόρμες μικροσυστοιχιών είναι κατάλληλοι για την αναγνώριση του νέου επάγονται ή καταστέλλονται από ασθένειες που σχετίζονται με τα γονίδια ένοχος [7]. Μόρια που δείχνει την άμεση εμπλοκή σε βιοχημικές ή κανονιστικής οδού που οδηγεί σε ασθένεια είναι πιθανές αντικαρκινικές στόχο. αλληλεπίδρασης φαρμάκου /μορίου που αφορούν αυτούς τους στόχους μπορεί είτε να διερευνηθεί από την συν-κρυστάλλωση ή δοκιμαστεί με προσομοίωση σύνδεσης να εντοπίζεται μοριακές αλληλεπιδράσεις που απαιτούνται για την ορθολογική σχεδιασμό των ναρκωτικών [8]. Υψηλής απόδοσης docking είναι το κλειδί εισόδου για την ανακάλυψη φαρμάκων [9,10]. Transcriptomic προφίλ και λειτουργική ανάλυση της οδού στο KC έχουν εντοπιστεί αρκετά σημαντικά διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια, συμπεριλαμβανομένων S100A8 και EGFR. Προσπαθήσαμε να αξιολογούν τις δυνατότητές τους ως φάρμακο στόχος KC από

in silico

σύνδεσης με αναστολείς της κινάσης γνωστή πρωτεΐνη. Συνολικά, αυτή η μελέτη απεικονίζει τη δομή που βασίζεται σε εικονική διαλογή και συνδετήρα-πρωτεΐνη σύνδεσης των αντικαρκινικών φαρμάκων, π.χ. MIDOSTAURIN, enzastaurin, και gefitinib, με αντικαρκινικά στόχους, S100A8 και EGFR.

S100A8 είναι ένα μικρό (10 kDa) προφλεγμονωδών πρωτεΐνη της οικογένειας S100, το οποίο τείνει να σχηματίσει σύμπλοκα με ετεροδιμερική S100A9 (S100A8 /A9) [9 ], που υποβάλλονται σε δομικές αλλαγές κατά Ca

2 + δεσμευτικές και λειτουργούν ως ενδοκυτταρικό Ca

αισθητήρες 2+ [10]. Κάτω από φυσιολογικές συνθήκες, αυτές οι Ca

2+ δεσμευτικές πρωτεΐνες τύπου χέρι EF είναι συστατικώς εκφράζεται από μυελοειδή κύτταρα [11-13]. Ωστόσο, σύμφωνα με παθολογικές καταστάσεις όπως η φλεγμονή και ο καρκίνος, η αυξημένη έκφραση του S100A8 παρατηρείται σε επιθηλιακά κύτταρα [14,15]. Πρώιμο στάδιο θάνατο των ποντικών νοκ-άουτ S100A8 αποδεικνύει την ουσιαστικότητα αυτού του γονιδίου για την επιβίωση [16]. Ενισχυμένη επίπεδο S100A8 βρίσκεται σε διαφορετικά καρκινώματα συμπεριλαμβανομένου του μαστού [15], του προστάτη [17,18], του πνεύμονα [19], γαστρικό [20], η ηπατική [21], παγκρεατικό [22] και του παχέος εντέρου [23,24]. Μια πρόσφατη μελέτη δείχνει προαγωγής ανάπτυξης κυττάρου δραστικότητα και πρόσδεση σε υποδοχέα για τελικά προϊόντα προχωρημένης γλυκοζυλίωσης (RAGE) σε χαμηλές συγκεντρώσεις S100A8 [15]? Ωστόσο, η άμεση ρόλος του στην ογκογένεση είναι ασαφής και πρέπει να διευκρινιστεί ακόμα. Έχει αναφερθεί ότι πρωτογενείς όγκους εκκρίνουν διαλυτούς παράγοντες που επάγουν την έκφραση του S100A8 στα ενδοθηλιακά κύτταρα πριν από την μετάσταση όγκου [19]. Με την ενεργοποίηση της οδού της ρ38 ΜΑΡΚ, αυξάνει την κινητικότητα των κυκλοφορούντων καρκινικών κυττάρων [25]. Ως εκ τούτου στόχευσης S100A8 θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για την πρόληψη της μετανάστευσης των καρκινικών κυττάρων και την ανάπτυξη. Αρκετές γραμμές του σημείου στοιχεία για να ζωτικές λειτουργίες του S100A8 κατά τη διάρκεια της ογκογένεσης και, αν και δεν είναι ακριβής ρόλος εντός μικροπεριβάλλον του όγκου είναι ακόμη σαφής, έχουν προταθεί διαφορετικά αποτελέσματα προαγωγής όγκων. Αν και, η έρευνα περιορίζεται στο πρότυπο έκφρασης της στον καρκίνο, τη συμμετοχή της στην ογκογένεση και τις δυνατότητές της ως θεραπευτικό βιοδείκτη. Για το καλύτερο της γνώσης μας, καμία μελέτη δεν έχει αναφερθεί ακόμα πρότυπο έκφρασης του ή το ρόλο της στην εξέλιξη της KC.

EGFR είναι ένα από τα τέσσερα μέλη της οικογένειας ErbB των κινασών τυροσίνης υποδοχέα. Ο υποδοχέας υπερεκφράζεται ή μεταλλάσσεται σε πολλούς καρκίνους, τονίζοντας το ρόλο της ως θεραπευτικό βιοδεικτών του καρκίνου. Εμπλέκεται σε διάφορες κυτταρικές λειτουργίες όπως πολλαπλασιασμό, αγγειογένεση και την καταστολή του κυτταρικού θανάτου. Όντας διαμεμβρανικής πρωτεΐνης, EGFR περνάει κρίσιμη σήματα από επιθηλιακά κυτταρική επιφάνεια με την ενδοκυτταρική περιοχή για ελεγχόμενη κυτταρικό πολλαπλασιασμό, τη μετανάστευση και προσκόλληση. Υπερεκφράζεται EGFR μεταδίδει πολλαπλά σήματα για τα κινητά για την επιτάχυνση της ανάπτυξης και την κυτταρική μακροβιότητα, και διαδραματίζει βασικό ρόλο στην καρκινογένεση διαφορετικών τύπων καρκίνου [26-29]. Βελτιωμένη αντίληψη των οδών μοριακής σηματοδότησης έχει ανοίξει νέες στρατηγικές και τρόπους για τη θεραπεία του καρκίνου. Έτσι, η στόχευση του EGFR απενεργοποίησης μεταγωγής σήματος του προβλέπεται να εμποδίσει την ανάπτυξη και την επιβίωση των καρκινικών κυττάρων.

S100A8 και EGFR παίζουν ένα σημαντικό ρόλο στην κακοήθεια και έτσι θεωρούνται ως πιθανοί στόχοι φαρμάκων για την ανάπτυξη του καρκίνου θεραπευτικά [26 -30]. Ο λόγος για την επιλογή MIDOSTAURIN, enzastaurin και gefitinib ως αναστολέας για S100A8 και EGFR είναι η πρόσφατη έρευνα που δείχνει ότι οι EGFR-στοχευμένες θεραπείες χρησιμοποιώντας κινάση αναστολείς είναι αποτελεσματική σε πολλούς ασθενείς με καρκίνο [31-36]. Το gefitinib, ένας αναστολέας της λειτουργίας κινάσης EGFR, εγκρίθηκε από το U.S. FDA για τη θεραπεία του καρκίνου του πνεύμονα [37]. S100A8 δεν κατέχει καμία περιοχή της κινάσης ή θύλακα δέσμευσης ΑΤΡ, ωστόσο συμμετέχει σε φωσφορυλίωση πρωτεϊνών [38] και αποτελεί ανάντη μόριο μονοπάτι του EGFR. Έτσι, ένα φάρμακο ικανό να αναστέλλει τόσο EGFR και S100A φέρει υποψήφιους θεραπευτικούς αντίκτυπο.

Μετά την ανακάλυψη της δραστικότητας κινάσης πρωτεΐνης σε 1.954, πολλοί αναστολείς κινάσης έχουν εντοπιστεί [39]. Λόγω του υψηλού βαθμού ομοιότητας στην δομή και τη λειτουργία τους μέσα στην «kinome» [40], ο προσδιορισμός των αποτελεσματικών αναστολέων πρωτεϊνικής κινάσης (αντικείμενα óπως) είναι μια μεγάλη πρόκληση. Επί του παρόντος, οι αναστολείς κινάσης περιλαμβάνουν περισσότερο από το 30% των προγραμμάτων τα ναρκωτικά ανακάλυψη οδηγεί σε έγκριση δεκάδων αναστολείς κινάσης ως αντικαρκινικά φάρμακα ή τουλάχιστον δοκιμές σε κλινικές δοκιμές [41]. Σε αυτή τη μελέτη, θα καθορίζεται από docking προσομοίωση του δυναμικού απόδοσης των τριών τέτοιων φαρμάκων που ονομάζεται MIDOSTAURIN, enzastaurin και gefitinib

(i) MIDOSTAURIN (CID 104.937? Επίσης γνωστή ως PKC412 και βενζοϋλο-). Είναι ένα πολυ-στόχο αναστολέα κινάσης που χρησιμοποιείται για οξεία μυελογενή λευχαιμία θεραπεία. Είναι ένα ημι-συνθετικό αλκαλοειδές που προέρχεται από βακτηριακή σταυροσπορίνη που χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία ασθενών με CD135 (FMS-όπως τυροσίνη κινάση 3 υποδοχέα) μεταλλάξεις [42]. MIDOSTAURIN αναστέλλει την ανάπτυξη ή επάγει την απόπτωση σε διάφορους τύπους καρκίνου, μπλοκ αγγειογένεση και ευαισθητοποιεί τα καρκινικά κύτταρα σε ιοντίζουσα ακτινοβολία, δικαιολογώντας χρήση της στη θεραπεία του καρκίνου [43]. Προκλινικές μελέτες έχουν δείξει ότι η MIDOSTAURIN λειτουργεί συνεργιστικά με χημειοθεραπευτικούς παράγοντες, ενισχυτικό αποτέλεσμα του άλλου κατά του καρκίνου [44]. (Ii) Enzastaurin είναι ένα συνθετικό ακυκλική δισινδολυλομηλεϊμίδης δείχνει αντινεοπλασματική δράση. Είναι ένα μικρό αναστολέα κινάσης του στόματος σερίνης /θρεονίνης του ΡΚΟβ και οδών ΑΚΤ. Αναστέλλει πρωτεϊνική κινάση Οβ που είναι γνωστό διεγέρτης της νεο-αγγειογένεσης μέσω επαγωγής του αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα (VEGF). Η πρόσδεση της πρωτεΐνης κινάσης οβ στην θέση σύνδεσης ΑΤΡ της VEGF πιθανώς ελαττώνει την αιμάτωση του όγκου και εμποδίζει την ανάπτυξη. Εκτός από τα αποτελέσματά της παράγοντας αντι-VEGF, χαμηλή συγκέντρωση enzastaurin καταστέλλει τον πολλαπλασιασμό σε κυτταρικές γραμμές καρκίνου [45]. Απώλεια της φωσφορυλίωσης ΟδΚ3β και ΑΚΤ έχει αναφερθεί σε κύτταρα μυελώματος θεραπεία με enzastaurin [46]. (Iii) Gefitinib (Iressa) στοχεύει επιλεκτικά το σχισμή ΑΤΡ μέσα EGFR περιοχή της κινάσης της τυροσίνης [47]. Διακόπτει EGFR σηματοδότηση των κυττάρων-στόχων και ως εκ τούτου είναι αποτελεσματική μόνο σε καρκινικά κύτταρα με μεταλλαγμένα και υπερδραστήρια EGFR.

Molecular προβλέψεις σύνδεσης μια βελτιστοποιημένη διαμόρφωση και σχετικό προσανατολισμό τόσο για την πρωτεΐνη και μόριο συνδέτη. Σε αυτή τη μελέτη μας με στόχο να αξιολογήσει τις δυνατότητες του S100A8 και EGFR ως στόχο ναρκωτικών KC από

in silico

μοριακής σύνδεσης με τη γνωστή πρωτεΐνη αναστολείς κινάσης MIDOSTAURIN, enzastaurin και gefitinib να δοκιμαστεί η αποτελεσματικότητα αυτών των αντικαρκινικών φαρμάκων υπό αυτοί οι αστερισμοί.

Υλικά και Μέθοδοι

ασθενείς και δείγματα

Η μελέτη διεξήχθη σε ασθενείς από τη Σαουδική Αραβία διαγνωστεί με νεφροκυτταρικό καρκίνωμα. Τα δείγματα συλλέχθηκαν από το King Abdulaziz University Hospital, Bakhsh Νοσοκομείο και το βασιλιά Faisal Specialist Νοσοκομείο & amp? Research Center, Τζέντα κατά τη διάρκεια του 2010-2012. Για ανάλυση έκφρασης γονιδίου, φρέσκο ​​όγκου και φυσιολογικών δειγμάτων ιστού ελήφθησαν από χειρουργική εκτομές των όγκων και φυσιολογικό νεφρό ιστούς, αντίστοιχα, και τοποθετήθηκαν αμέσως σε RNAlater (Invitrogen-Life Technologies, Grand Island, ΝΥ, USA). Από 18 δείγμα όγκου, μόνο δύο περάσει το κριτηρίων (αριθμός ακεραιότητα RNA (RIN) & gt? 5) που πρόκειται να χρησιμοποιηθεί για την ανάλυση της έκφρασης συστοιχία. Ένας ασθενής ήταν 61 ετών Σαουδική αρσενικό, διαγνώστηκε με σαφείς καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων του πυρηνικού βαθμού ΙΙ και του όγκου μεγέθους 4,5 x 3 x 4 cm. Ο δεύτερος ασθενής ήταν 47 ετών Σαουδική θηλυκό, διαγνώστηκε με χρωμόφοβο νεφροκυτταρικό καρκίνωμα του βαθμού II Fuhrman του.

Ηθικές έγκριση.

Όλοι οι ασθενείς που συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη με την προϋπόθεση γραπτή συγκατάθεση. Η μελέτη αναθεωρήθηκε και εγκρίθηκε από το Κέντρο Αριστείας στην Γονιδιωματική Ιατρική Έρευνα (CEGMR) τοπική (αριθμός έγκρισης 08-CEGMR-02-ETH) επιτροπή δεοντολογίας.

εκχύλιση RNA και επεξεργασία σήματος

Ολικό RNA εξήχθη από προσφάτως διατηρημένα δείγματα ιστού νεφρού με το Qiagen RNeasy Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) που περιλαμβάνει μια σε στήλη DNAse θεραπεία σύμφωνα με τις συστάσεις του κατασκευαστή. Ποιότητα του καθαρισμένου RNA ελέγχθηκε σε Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Palo Alto, CA). Μέση τιμή των RIN για την επεξεργασία δειγμάτων ήταν 8,0 μόνο για δύο δείγματα καρκίνο και τέσσερις φυσιολογικό νεφρό ιστούς. Οι συγκεντρώσεις RNA προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας ένα φασματοφωτόμετρο NanoDrop ND-1000 (NanoDrop Technologies, Wilmington, DE). Δείγματα RNA (250 ng) υποβλήθηκαν σε επεξεργασία σύμφωνα με τις συστάσεις του κατασκευαστή (Technology Life, Grand Island, ΝΥ). Μετά τον κατακερματισμό και την επισήμανση, τα δείγματα υποβλήθηκαν σε υβριδισμό στους 45 ° C για 17 ώρες για να Human Gene 1,0 συστοιχίες ST GeneChip (Affymetrix, Santa Clara, CA, USA). Αυτές οι σειρές βασίζονται εννοιολογικά για το Ανθρώπινο Γονιδίωμα ακολουθία συναρμολόγησης UCSC hg18, NCBI Build 36 και ανακρίνεται με ένα σύνολο 764.885 ανιχνευτές 28869 σχολιασμένη γονίδια.

Γονιδιακής Έκφρασης Ανάλυση

Διενεργήσαμε προφίλ έκφρασης των δύο καρκινώματα της νεφρικής και τέσσερις φυσιολογικό νεφρό ιστούς. Λόγω του περιορισμένου αριθμού μας δειγμάτων, ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων διαθέσιμη στο δημόσιο τομέα ενσωματώθηκαν στη διαδικασία ανάλυσης της γονιδιακής έκφρασης. Χρησιμοποιήσαμε επιλεγμένα δεδομένα έκφρασης ΚΚ από τη βάση δεδομένων GEO NCBI του (Προσχώρησης no: GSE781, GSE7023, και GSE6344) για τη συγκριτική ανάλυση και επιβεβαίωση. Το μέγεθος του δείγματος για GSE781, GSE7023 και GSE6344 ήταν 34, 47 και 40 αντίστοιχα. Affymetrix. CEL αρχεία εισήχθησαν σε Partek Γονιδιωματική Σουίτα έκδοση 6.6 (Partek Inc., ΜΟ, USA). Τα δεδομένα ομαλοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας RMA ομαλοποίηση. Ανάλυση Διακύμανσης (ANOVA) εφαρμόστηκε για το πλήρες σύνολο των δεδομένων και ο κατάλογος των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων στη συνέχεια δημιουργήθηκε χρησιμοποιώντας ψευδή ρυθμό ανακάλυψης (FDR) 0,05 με 2-φορές αλλαγή αποκοπεί. Χωρίς επίβλεψη δισδιάστατο μέσο σύνδεσης ιεραρχική ομαδοποίηση έγινε χρησιμοποιώντας συσχέτισης Spearman ως μήτρα ομοιότητας.

Λειτουργική και Pathway ανάλυση

Για να ορίσετε βιολογικών δικτύων, αλληλεπίδρασης και λειτουργική ανάλυση μεταξύ των διαφορικά ρυθμιζόμενα γονίδια στο KC , αναλύσεις οδός πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του λογισμικού Ingenuity Pathways Ανάλυση (IPA) (Ingenuity Systems, Redwood City, CA). Στατιστικά διαφορικά εκφρασμένη σύνολα δεδομένων με probesets ID, σύμβολο Gene και την ταυτότητα του γονιδίου Εηίτεζ ως κλώνος αναγνωριστικό, p-value και διπλώστε τιμές μεταβολής ανέβηκαν σε ΙΡΑ. Η ανάλυση λειτουργική /μονοπάτι του ΙΡΑ προσδιορίζει τις βιολογικές λειτουργίες ή /και ασθενειών και τα μονοπάτια που έχουν αλλοιωθεί πιο σημαντικά για διαφορικά εκφραζόμενου σετ γονιδίων. Η σημασία της σύνδεσης μεταξύ των δεδομένων έκφρασης και των κανονικών οδών υπολογίστηκαν από την αναλογία ή /και την ακριβή δοκιμασία του Fisher.

Μοριακή Βάση σύνδεσης

Πραγματοποιήσαμε μελέτες μοριακής σύνδεσης (i) να διερευνήσει το ρόλο του S100A8 ως φλεγμονωδών μεσολαβητών και να δημιουργήσουν εμπλοκή τους σε καρκίνους που σχετίζονται με φλεγμονές σε μοριακό επίπεδο και (ii) για να διερευνήσει τον ρόλο του EGFR σηματοδότησης στον πολλαπλασιασμό, αγγειογένεση και την καταστολή του κυτταρικού θανάτου που προκαλούν καρκίνο. Οι δομές 3-D των προσδιορισμένων στόχων φάρμακο κατά του καρκίνου ανακτήθηκαν από Τράπεζα Δεδομένων Πρωτεΐνης (ΠΠ ID: S100A8 διμερές, 1MR8 και τον τομέα τυροσίνης κινάσης του EGFR, 2GS2). Οι μοριακές δομές των αναστολέων ανακτήθηκαν από PubChem ένωση βάσης δεδομένων (MIDOSTAURIN με CID 104.937? Enzastaurin με CID 176167 και gefitinib με CID 123.631) (Εικ. 1). Το δεσμευμένο πρόσδεμα χρησιμοποιήθηκε ως ανιχνευτής για τον δεσμευτικό γενεά θέση πλέγμα. οπτικοποίηση Δομή και ταυτοποίηση θέσης δέσμευσης του φαρμάκου έγινε χρησιμοποιώντας PyMol [48] (Εικ. 2). PyMOL χρησιμοποιήθηκε για να αναλύσει και να δημιουργήσει μια εικόνα ολόκληρου του συμπλόκου πρωτεΐνης-συνδετήρα.

Η

Surface εκπροσώπηση των δύο ΠΣΠ δομών που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση σύνδεσης. Εικόνα γίνονται με τη χρήση PyMol. (1) MR8 αλυσίδα Α (πράσινο) + Β αλυσίδας (κυανό) (2) αλυσίδα 2GS2 (κίτρινο), δεσμευτική κοιλότητα στο ματζέντα ναρκωτικών.

Η

υπολογισμοί Docking έγιναν με Μοριακή Βάση σύνδεσης για διακομιστή [49] . Merck τομέα της μοριακής ισχύος 94 (MMFF94) [50] χρησιμοποιήθηκε για την ελαχιστοποίηση της ενέργειας των μορίων του φαρμάκου που χρησιμοποιείται ως συνδέτης: MIDOSTAURIN, enzastaurin και gefitinib. Gasteiger μερική χρεώσεις προστέθηκαν συνδέτη άτομα. Μη πολικά άτομα υδρογόνου συνδυάστηκαν, και περιστρεφόμενο ομόλογα ορίστηκαν. Μοριακή βάση σύνδεσης του κάθε συνδέτη διεξήχθη χωριστά με (S100A8)

2 τομείς ομο-ροοστάτη (1MR8), και τυροσίνη κινάση του EGFR (2GS2) μοντέλα πρωτεΐνη, για την πρόβλεψη της πρόσδεσης προσανατολισμό και την αλληλεπίδραση. Essential άτομα υδρογόνου, Kollman ενωμένοι επιβαρύνσεις τύπος άτομο, και οι παράμετροι επιδιαλύτωσης προστέθηκαν με τη βοήθεια εργαλείων ΑυΤΌϋΟΟΚ [51]. Πρόγραμμα Autogrid χρησιμοποιήθηκε για τη δημιουργία συγγένειας (πλέγμα) χάρτες της 20 × 20 × 20 πόντους ένα πλέγμα και 0.375 απόσταση δεσμευτική γενιά ιστοσελίδα του δικτύου Α [52]. ΑυΤΌϋΟΟΚ παράμετρος παύσης και εξαρτάται από την απόσταση διηλεκτρική λειτουργίες χρησιμοποιήθηκαν σε van der Waals και τον υπολογισμό ηλεκτροστατική όρους, αντίστοιχα. προσομοιώσεις docking επιτεύχθηκαν με τη χρήση του Λαμαρκιανή γενετικού αλγορίθμου (LGA) και το Solis & amp? Βρέχει μέθοδο τοπικής αναζήτησης [53]. Προσανατολισμό, την αρχική του θέση, και στρέψη γωνίες του συνδέτη μορίων τέθηκαν τυχαία. Κάθε πείραμα docking ήταν η συνισταμένη των 10 διαφορετικές πίστες που είχαν τοποθετηθεί για να σταματήσει μετά από ένα μέγιστο 250000 ενέργειας αξιολογήσεων. μέγεθος του πληθυσμού τέθηκε σε 150. Κατά τη διάρκεια της αναζήτησης, μια μεταφραστική βήμα 0,2 Α, και quaternion και στρέψη βήματα των 5 εφαρμόστηκαν στην τρέχουσα σειρά ανάλυση σύνδεσης.

Διαθεσιμότητα της υποστήριξης

δεδομένων

τα σύνολα δεδομένων που υποστηρίζουν τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης είναι διαθέσιμα στο Gene Expression του NCBI του Omnibus (GEO), που αναγνωρίζεται ως GSE781, GSE7023 και GSE6344 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/?term= GSE781).

Αποτελέσματα

Ο κύριος στόχος αυτής της μελέτης ήταν να ανακαλύψουν νέες στόχο αντικαρκινικό φάρμακο από transcriptomic προφίλ και να εντοπίσει πιθανές αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών-φαρμάκων από την ανάλυση μοριακής σύνδεσης. Εντοπίσαμε S100A8 και EGFR ως σημαντικό πρωτεΐνες KC και έκανε μια προσπάθεια να αποδείξει αντικαρκινική πιθανό στόχο τους για τα ναρκωτικά.

Αναγνώριση των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων

Εμείς προφίλ δείγματα ιστών φρέσκα τα νεφρά και τα συνέκριναν με φυσιολογική δείγματα ελέγχου. Σαφείς διαφορές επίσης παρατηρήθηκαν μεταξύ των όγκων και των φυσιολογικών ιστών αποκαλύπτοντας διακριτά προφίλ έκφρασης για κάθε τύπους ιστών. Σύγκριση του γονιδιώματος-ευρεία έκφραση της KC ​​αποκάλυψε 1478 διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων, 943 έως ρυθμιζόμενα και 535 κάτω-ρυθμίζονται, με μια αλλαγή ≥ 2 φορές και ψευδείς ρυθμό ανακάλυψης της P & lt? 0.05 (Εικ. 3, πίνακας 1, S1 πίνακα). Προσδιορίζονται διαφορικά εκφρασμένα γονίδια στο σύνολο δεδομένων μας συγκρίθηκαν με την εκ νέου αναλύονται σύνολο δεδομένων (GSE-781, -6344 και-7023) ανακτώνται από τη βάση δεδομένων GEO. 876, 1200 και 1258 διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων βρέθηκαν σημαντικές για GSE781, GSE6344 και GSE7023 σύνολο δεδομένων αντίστοιχα στο αποκοπεί αξία φορές αλλαγής & gt? 2 και τιμή p & lt? 0,05. Όπως ήταν αναμενόμενο, υπήρξαν εκατοντάδες γονίδια που δείχνουν παρόμοιο μοτίβο έκφρασης συμπεριλαμβανομένων S100A8 και EGFR, τόσο γονίδιο υπερεκφράζεται σε όλα τα σετ δεδομένων υπό μελέτη, εκτός GSE7023, όπου φορές η αλλαγή ήταν 1.948 για S100A8 και 1.893 για EGFR. Αυξημένη έκφραση του S100A8 και EGFR σε CEGMR σύνολο δεδομένων μας και GEO σύνολο δεδομένων επιβεβαιώνει το εύρημα μας (Πίνακας 2, S2 πίνακα).

Η

Η

Πορείες και δίκτυα υποκείμενες καρκίνο του νεφρού

Για την κατανόηση των μηχανισμών με τους οποίους τα γονίδια μεταβάλλουν ένα ευρύ φάσμα των φυσιολογικών διαδικασιών, εξετάσαμε βιολειτουργίες, μοριακό δίκτυο και τις οδούς που σχετίζονται με KC. Είναι ενδιαφέρον ότι η βιολογική διαδικασία, κυτταρική κίνηση ήταν σημαντικά υπερεκπροσωπούνται στα δύο κάτω-ρυθμίζονται και up-ρύθμιση λίστες γονίδιο δείχνοντας ότι η μετάσταση είναι πιθανόν να συνδέεται με μια διαφορετική ισορροπία ενεργοποίηση και απενεργοποίηση. Λειτουργική ανάλυση του KC-συνδέονται γονιδίων βρήκε μια έκφραση πάνω των γονιδίων που εμπλέκονται στην εξέλιξη του κυτταρικού κύκλου, την επιδιόρθωση του DNA, κυτταρικού θανάτου, τη μορφολογία του όγκου και οι εξελίξεις των ιστών. ανάλυση Pathway έδειξε σημαντική διατάραξη σε ορισμένες οδούς σηματοδότησης, συμπεριλαμβανομένης της σηματοδότησης της αθηροσκλήρωσης, η ενεργοποίηση LXR /RXR, λευκοκυττάρων σηματοδότηση εξαγγείωση, η ηπατική ίνωση /ενεργοποίησης ηπατικών αστεροειδών κυττάρων, σηματοδότηση εγκοπή, και IL-12 σηματοδότηση και την παραγωγή σε μακροφάγα (Εικ. 4, Πίνακας 3) . Εκτενή ανάλυση μονοπατιού των διαφορικά ρυθμίζονται τα γονίδια μπορεί να δώσει νέες υποθέσεις στις οποίες βασίζεται εισβολή όγκου και τη μεταστατική εξέλιξη της KC.

Το κόκκινο αντιπροσωπεύει υπερέκφραση και πράσινο υποέκφραση. Μελέτες

Η

Docking

μελέτες σύνδεσης Μοριακής προβλέψει πιθανές αλληλεπιδράσεις του προτεινόμενου στόχου πρωτεΐνης ναρκωτικών μας με τα επιλεγμένα μόρια του φαρμάκου. Πρόκειται για μια προσέγγιση δομική προτυποποίηση να μελετήσει πιθανές δεσμευτικές για θεραπευτική του καρκίνου. Για να κατανοήσουμε τη μοριακή αλληλεπίδραση μεταξύ των φαρμάκων και S100A8, σειρά ανάλυση μοριακής σύνδεσης πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση τρισδιάστατης δομής διαθέσιμα (PDBID: 1MR8) με τρία αντικαρκινικά φάρμακα δηλ MIDOSTAURIN, enzastaurin και gefitinib. Η θέση σύνδεσης συνδετήρα ήταν μια περιοχή άρθρωσης που περιέχει δύο μοτίβα EF-hand. Κατά παρόμοιο τρόπο, μπορούμε επίσης προσομοιωμένο σύνδεσης των προαναφερθέντων φαρμάκων με την περιοχή κινάσης τυροσίνης του EGFR. Με βάση το μέγεθος, στερεοχημεία τους και δομικές διαφορές οι συνδετήρες επέδειξαν ποικίλη ένταση στη σύνδεση με τα μόρια στόχους πρωτεΐνης. Οι προβλεπόμενες παραμέτρους των εκτιμώμενων πρόσδεσης ελεύθερης ενέργειας, σταθερά αναστολής (Κί), η συνολική ενέργεια του VDW + Hbond + αποδιαλύτωσης + ηλεκτροστατική ενέργεια, το σύνολο των διαμοριακών ενέργεια και να αλληλεπιδρά επιφάνεια αξιολογήθηκαν για να εκτιμηθεί η ευνοϊκή πρόσδεσης των μορίων του φαρμάκου συνδέτη στην πρωτεΐνη-στόχο. Μοριακή οπτικοποίηση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση PyMol. Το πλήρες προφίλ αλληλεπίδρασης (H-ομόλογα, πολική, υδρόφοβη, pi-pi, κατιόν-pi και άλλες επαφές), και δεσμούς υδρογόνου (HB οικόπεδο) αλληλεπιδράσεις μελετήθηκαν (Εικ. 5 και 6, Πίνακας 4).

Ligand ομολόγων, ομολόγων μη-συνδετήρα, δεσμός υδρογόνου και τα μήκη τους σημειώνονται για MIDOSTAURIN, enzastaurin και gefitinib. . Όπου Α, Β, Γ δείχνει την αλληλεπίδραση του S100A8 (1MR8) με τα ναρκωτικά, και E, F δείχνει την αλληλεπίδραση του EGFR (2GS2) με MIDOSTAURIN και gefitinib αντίστοιχα

Η

Το κόκκινο αντιπροσωπεύει πρωτεΐνη ως καρτούν? γκρι αντιπροσωπεύει Αλληλεπιδρώντες πλευρική αλυσίδα σαν κύλινδρος? και το πράσινο αντιπροσωπεύει ναρκωτικών ως μοντέλο μπάλα και ραβδί.

Η

Ο ελλιμενισμός μελέτες αποκαλύπτουν την παρουσία ενός μορίου MIDOSTAURIN στη θέση δέσμευσης υποστρώματος του S100A8 διμερές (ΠΣΠ κωδικός 1MR8). Έχει παρατηρηθεί ότι το μόριο του φαρμάκου είναι θαμμένος στο υδρόφοβο κανάλι υπόστρωμα δέσμευσης της περιοχής δέσμευσης S100A8 συνδετήρα. Οι περισσότεροι από τους αλληλεπιδρώντας υπολείμματα είναι υδρόφοβα στη φύση. Αλληλεπίδρασης και ανάλυσης προσβάσιμη περιοχή της επιφάνειας αποκαλύπτουν ότι η κοιλότητα που εμπλέκονται στην θέση δέσμευσης των ναρκωτικών έχει μοριακό προσβάσιμη επιφάνεια 123.017 Α

2 και ένα διαλύτη προσβάσιμη επιφάνεια 509.834 Α

2. Οι διαμορφώσεις της θέσης σύνδεσης σε S100A8, καθώς και ότι σε φάρμακα δεν μεταβλήθηκαν κατά τη δέσμευση ως άκαμπτος προσομοίωση σύνδεσης διεξήχθη. Η κοιλότητα δέσμευσης είναι η ίδια και για τα τρία φάρμακα.

Έχουμε επιλέξει την κρυσταλλική δομή του δραστικού πεδίου κινάσης EGFR που έχει μήκος 330 υπολειμμάτων (ΠΠ κωδικός 2GS2) για μελέτη σύνδεσης. Η κοιλότητα πρόσδεσης του φαρμάκου της περιοχής κινάσης τυροσίνης EGFR είναι περισσότερο σαν ένα κανάλι και είναι βαθύτερη σε σύγκριση με την περίπτωση S100A8 και έχει ένα μοριακό και προσβάσιμο σε διαλύτη εμβαδόν επιφανείας 181.409 Α

2 και 875,519 α

2 αντίστοιχα. Η κοιλότητα είναι επενδεδυμένα με ως επί το πλείστον πολικό, καθώς και μερικά μη-πολικά υπολείμματα. Enzastaurin δεν παρουσιάζει καμία δέσμευση με την επιλεγμένη περιοχή κινάσης τυροσίνης. Gefitinib είναι ένας προηγουμένως γνωστός αναστολέας του EGFR και τη δομή συν-κρυστάλλου του έχει προσδιοριστεί και παρουσιάζονται στο ΠΣΠ (3UG2), ωστόσο οι μελέτες σύνδεσης αποκάλυψε ότι η MIDOSTAURIN είναι ο πιο κατάλληλος εταίρος δέσμευσης του EGFR από gefitinib.

(S100A8 )

2 (1MR8) με MIDOSTAURIN.

MIDOSTAURIN συνδέεται στη θέση σύνδεσης συνδετήρα και σχηματίζει η-δεσμό με ένα υπόλειμμα κρίσιμη αμινοξέος στην θέση πρόσδεσης περιοχή σύνδεσης του S100A8 δηλαδή Gln 69 (Β) που σχηματίζεται μεταξύ Ν1 του συνδετήρα και το τερματικό O του Gln. Τα κατάλοιπα που εμπλέκονται στο σχηματισμό κοιλότητα συνδέτη είναι δύο πολικά υπολείμματα Gln 69 (Β) και Glu 70 (Β) και άλλα υδρόφοβα υπολείμματα Ile 60 (Β), Ile 73 (Α), Ile 73 (Β), Ile 76 (Α), Ile 76 (Β), Val 80 (Α) και Leu 72 (Β), όπως φαίνεται στο Σχ. 2. Περισσότερες από 20 υδρόφοβες επαφές και van der Waals αλληλεπιδράσεις είναι σημείωσε επίσης. Ο αναστολέας παρουσιάζει ευνοϊκές χαρακτηριστικά σύνδεσης με την προβλεπόμενη ελεύθερη ενέργεια πρόσδεσης-9,77 kcal /mol και η εκτιμώμενη σταθερά αναστολής, Κί 68.48 ηΜ. Αυτά τα αποτελέσματα είναι ενθαρρυντικά και είναι ανώτερα από άλλα αποτελέσματα σύνδεσης γίνει σε αυτή την συγκεκριμένη μελέτη.

(S100A8)

2 (1MR8) με enzastaurin.

Το φάρμακο προσδένεται στο μόριο πρωτεΐνης ικανοποιητικά με εκτιμώμενο ελεύθερη ενέργεια πρόσδεσης του-4,19 kcal /mol και Κί 844,18 μΜ. Είναι δείχνει δέσμευση με το διμερές S100A8 αλλά χωρίς τον σχηματισμό ούτε τυχόν H-ομόλογα ούτε πολικό επαφές. Εμφανίζει πέντε υδρόφοβα επαφές που διαμεσολαβείται από αλειφατικά μη πολικά αμινοξέα Leu 72 (Β), Ile 73 (Β), Ile 76 (Α), Ile 76 (Β), και Val 80 (Α). Άλλες αξιοσημείωτες αλληλεπιδράσεις είναι με Lys 77 (Α) και Gln 69 (Β).

(S100A8)

2 (1MR8) με gefitinib.

ικανότητα δέσμευσης του gefitinib είναι καλή, αλλά υπάρχουν υπάρχουν H-δεσμοί που σχηματίζονται και η ελεύθερη ενέργεια της δεσμευμένης δομής-4,21 kcal /mol. Ένα αξιοσημείωτο πολική αλληλεπίδραση είναι με Lys 77 της πρωτεϊνικής αλυσίδας Α Υπάρχουν περίπου δέκα υδρόφοβων αλληλεπιδράσεων με τη θέση δέσμευσης του φαρμάκου φόδρα υδρόφοβα υπολείμματα-Ile 73 (Α), Ile 73 (Β), Ile 76 (Α) και Val 80 (Α ). άτομα αλογόνου F και Cl της παράστασης φάρμακο μη-ομοιοπολική αλληλεπίδραση. Για σύμπλοκα πρωτεΐνης-συνδετήρα, ομόλογα αλογόνου είναι ενεργητικά και γεωμετρικά συγκριτικά ίση με εκείνη του δεσμού υδρογόνου, εάν η κατευθυντικότητα δότη-δέκτη παραμένει συνεπής. Αυτό ενδομοριακή αλληλεπίδραση έχει δειχθεί να σταθεροποιείται και ένα καθοριστή διαμόρφωσης σε σύμπλοκα [54]. F εμφανίζει μια μεσολάβηση δεσμό νερό και Cl δείχνει αλληλεπίδραση με Gln 69 (Α). Ένα ζευγάρι των άλλων ασθενών αλληλεπιδράσεων παρατηρήθηκε πάρα πολύ.

περιοχή της κινάσης του EGFR (2GS2) με MIDOSTAURIN.

MIDOSTAURIN είναι κυρίως ένας αναστολέας της κινάσης αποβάθρες καλά με τον τομέα του EGFR κινάσης τυροσίνης με δωρεάν ενέργεια δέσμευσης του -6,58 kcal /mol και σταθερή αναστολή 15.13 μΜ. Τέσσερις H-ομόλογα είναι πιθανόν εμπλέκονται μεταξύ της πρωτεΐνης και μορίου συνδέτη. Cys 773 Sγ δείχνει H-δέσιμο με Ν4 του φαρμάκου σε interatomic απόσταση 3,28 Å. Επιπλέον, άτομο 0δ2 του Cys 773 σχηματίζει πιθανόν μια άλλη Η-δεσμό με άτομο Η του συνδετήρα. Παρόμοιο πρότυπο H-δεσμού που παρατηρήθηκαν με Asp 776. Υπολείμματα Arg 817, Thr 830 και Asp 831 εμπλέκονται σε πολικές αλληλεπιδράσεις με τον συνδετήρα. Οι υδρόφοβες αλληλεπιδράσεις διαμεσολαβούνται από Cys 773 και Leu είναι 820. Άλλες αλληλεπιδράσεις με το φάρμακο με τη μεσολάβηση Lys 721, Glu 738, Asp776, Arg 817, Leu 820, Thr 830 και Asp 831.

περιοχή της κινάσης του EGFR (2GS2 ) με enzastaurin.

Η προσκολλημένη δομή εμφανίζει θετική ελεύθερη ενέργεια δέσμευσης υποδηλώνοντας ότι η σύνδεση δεν είναι εφικτή, καθώς τα περισσότερα από τα αποσυντίθεται ενέργειες αλληλεπίδρασης έχουν θετική αξία. Το αποτέλεσμα μπορεί να εξηγηθεί εν μέρει από το γεγονός ότι enzastaurin είναι κυρίως ένας αναστολέας της κινάσης σερίνης /θρεονίνης, αλλά το έχουμε συνδεδεμένο με τον τομέα τυροσίνης κινάσης του EGFR. Διαφορετικά, ενισχυμένες ιδιότητες σύνδεσης μπορεί να επιτευχθεί, ενδεχομένως, αυξάνοντας το μέγεθος του πλαισίου προσομοίωσης.

περιοχή της κινάσης του EGFR (2GS2) με gefitinib.

Συνολικά ανάλυση σύνδεσης μας τρεις H-ομόλογα έχουν δει, δύο με Thr (απόσταση interatomic 2,99 και 3,89 Α) 830 και ένα με Glu 738 (3,48 Α). Glu 738, Asn 818 και Asp 831 οθόνη πολικές αλληλεπιδράσεις. Leu 764, Cys 773 και Leu 820 εμφανίζουν υδρόφοβες αλληλεπιδράσεις. Τα δύο ομόλογα αλογόνου νερού με τη μεσολάβηση δει με ΣΤ Αρκετές άλλες αλληλεπιδράσεις έχουν παρατηρήσει με Val 702, Lys 721, Glu 738, Thr 766, Cys 773, Arg 817, Asn 818, Leu 820, Thr 830 και Asp 831. Η μονομερής ( V948R) gefitinib /erlotinib ανθεκτική διπλή μετάλλαξη (L858R + Τ790Μ) περιοχή της κινάσης του EGFR έχει προηγουμένως συν-κρυσταλλώνεται με gefitinib (ΠΣΠ ID: 4I22) [55]

Συζήτηση

καρκίνο του νεφρού περιλαμβάνει. ετερογενής όγκων με ποικίλα μοριακά και κλινικά χαρακτηριστικά όπως αντανακλάται από την ανταπόκριση τους σε ειδικές θεραπείες. Για να κατανοήσουμε τους μηχανισμούς με τους οποίους τα γονίδια μεταβάλλουν ένα ευρύ φάσμα των φυσιολογικών διαδικασιών, πραγματοποιήσαμε μια μεταγραφική μελέτη προφίλ για τον εντοπισμό σημαντικών γονιδίων και εξέτασε βιολογικές λειτουργίες τους, καθώς και για τον εντοπισμό KC συνδεδεμένων μοριακό δίκτυο και μονοπάτια. Μεταξύ εκατοντάδες διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων εντοπίσαμε S100A8 και EGFR ως πιθανοί βιοδείκτη της KC ​​και προσπάθησε να αποδείξει αντικαρκινική πιθανό στόχο τους για τα ναρκωτικά.

Στο silico

ανάλυση σύνδεσης έδειξαν ότι η MIDOSTAURIN και gefitinib συνδέεται με S100A8, καθώς και να EGFR και προβλέψιμα αναστέλλει κατάντη σηματοδότησης στην KC. Ωστόσο, enzastaurin δεσμεύεται μόνο στο διμερές S100A8. διαπίστωση μας οδηγεί στην υπόθεση ότι S100A8 και EGFR υπόσχονται στόχοι αντικαρκινικών φαρμάκων και MIDOSTAURIN μπορεί να είναι ένας πιθανός αναστολέας. Η υπόθεση αυτή χρειάζεται σίγουρα περαιτέρω επικύρωση.

S100 πρωτεΐνες συμμετέχουν σε πολλές λειτουργίες, όπως φωσφορυλίωση πρωτεϊνών, ενζυματική ενεργοποίηση, ομοιόσταση του ασβεστίου, και την αλληλεπίδραση με τα συστατικά του κυτταροσκελετού [38]. Τα περισσότερα γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες S100 συγκεντρωμένα σε μια περιοχή του ανθρώπινου χρωμοσώματος 1q21 που είναι επιρρεπής σε χρωμοσωματικών αναδιατάξεων, γεγονός που υποδηλώνει μια σύνδεση μεταξύ των πρωτεϊνών S100A8 /A9 και τη μετάσταση και σχηματισμό όγκων [38,56]. S100A8 έχει προαγωγής ανάπτυξης κυττάρου δραστικότητα σε χαμηλές συγκεντρώσεις μέσω δέσμευσης σε RAGE. Αυτή η σύνδεση βελτιώνει τις ιδιότητες των μεσεγχυματικών κυττάρων, διεγείρει επιθηλιακά-μεσεγχυματικά μετάβασης και παίζει σημαντικό ρόλο στην προώθηση της εισβολής του καρκίνου και της μετάστασης του καρκίνου [15,22]. Ανώμαλη έκφραση πρωτεϊνών S100A8 παρατηρήθηκαν σε μία ποικιλία καρκίνων, όπως του στομάχου, του πνεύμονα, του μαστού, του ήπατος, του παγκρέατος και του οισοφάγου πλακωδών καρκινωμάτων [15,17,20-23,57-60]. Αυτές οι μελέτες δείχνουν τις δυνατότητες της S100A8 ως αντικαρκινικά στόχο.