Αφηρημένο

γονιδιακές αναδιατάξεις ERG βρίσκονται σε περίπου το ήμισυ του συνόλου των καρκίνων του προστάτη. Λειτουργικές αναλύσεις δεν εξηγούν πλήρως την επιλεκτική πίεση προκαλώντας ERG αναδιάταξη κατά την διάρκεια της ανάπτυξης του καρκίνου του προστάτη. Για τον προσδιορισμό της μεταγραφής αλλαγές στον καρκίνο του προστάτη, συμπεριλαμβανομένων όγκων με γονιδιακές αναδιατάξεις ERG, πραγματοποιήσαμε μια μετα-ανάλυση των δεδομένων της έκφρασης γονιδίων που δημοσιεύθηκε ακολουθούμενη από επικυρώσεις σε mRNA και τα επίπεδα πρωτεΐνης, καθώς και πρώτη λειτουργική έρευνες. Οκτώ μελέτες έκφρασης (n = 561) για τους ανθρώπινους ιστούς προστάτη συμπεριλήφθηκαν στη μετα-ανάλυση. Μεταγραφική αλλαγές μεταξύ καρκίνου του προστάτη και μη-καρκινικές προστάτη, καθώς και ERG αναδιάταξης-θετικό (ERG +) και ERG αναδιάταξη-αρνητικό (ERG-) καρκίνο του προστάτη, αναλύθηκαν. Λεπτομερή αποτελέσματα μπορεί να προσεγγιστεί μέσω μιας online βάσης δεδομένων. Εμείς επικυρωθεί μας μετα-ανάλυση χρησιμοποιώντας δεδομένα από τη δική μας ανεξάρτητη μελέτη των μικροσυστοιχιών (n = 57). 84% και 49% (fold-αλλαγή & gt? 2 και & gt? 1.5, αντίστοιχα) όλων των μεταγραφικών αλλαγές μεταξύ ERG + και ERG- καρκίνου του προστάτη καθορίζεται από μετα-ανάλυση επιβεβαιώθηκαν στη μελέτη επικύρωσης. Επιλεγμένοι στόχοι επιβεβαιώθηκαν με ανοσοϊστοχημεία: ΝΡΥ και PLA2G7 (πάνω ρυθμισμένα σε ERG + καρκίνοι), και AZGP1 και TFF3 (ρυθμισμένα προς τα κάτω σε ERG καρκίνους +). Πρώτα λειτουργικές έρευνες για ένα από τα πιο γνωστά γονίδια αναδιάταξη σχετιζόμενη ERG – νευροπεπτίδιο Υ (ΝΡΥ) – αποκάλυψε αυξημένη πρόσληψη γλυκόζης

in vitro

υποδεικνύοντας το δυνητικό ρόλο του ΝΡΥ στη ρύθμιση του κυτταρικού μεταβολισμού. Περιληπτικά, βρήκαμε εύρωστο πληθυσμό-ανεξάρτητο μεταγραφικό αλλαγές στον καρκίνο του προστάτη και πρώτα σημάδια της ERG αναδιατάξεων επαγωγής αλλαγές του μεταβολισμού στα καρκινικά κύτταρα με την ενεργοποίηση κύρια μεταβολική μόρια όπως ΝΡΥ σηματοδότησης. Η μελέτη μας δείχνει ότι μεταβολικές αλλαγές ενδεχομένως να συμβάλει στην επιλεκτική πίεση που ευνοεί ERG ανακατατάξεις στον καρκίνο του προστάτη

Παράθεση:. Massoner P, Kugler KG, UNTERBERGER Κ, Kuner R, Mueller LAJ, Fälth M, et al. (2013) Χαρακτηρισμός της Μεταγραφική Αλλαγές στο ERG Αναδιάταξη-θετικό καρκίνο του προστάτη Προσδιορίζει τον κανονισμό του Μεταβολικού αισθητήρες όπως νευροπεπτίδιο Υ PLoS ONE 8 (2): e55207. doi: 10.1371 /journal.pone.0055207

Επιμέλεια: Hari Κοαΐ, Πανεπιστήμιο του Κολοράντο, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 28 του Αυγούστου του 2012? Αποδεκτές: 27, Δεκεμβρίου του 2012? Δημοσιεύθηκε: 4 Φεβρουαρίου του 2013

Copyright: © 2013 Massoner et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς Αναγνωρίζετε οικονομική στήριξη από τον κομήτη Κέντρο Oncotyrol (Σχέδιο 3.1), την αυτόνομη επαρχία του Bolzano, το Νότιο Τιρόλο, (Grant 37 /40.3), το αυστριακό Επιστήμης FWF Ταμείο (Grant J3201), και το Ταμείο Έρευνας του Τιρόλου. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν διαβάσει την πολιτική του περιοδικού και έχουν τα ακόλουθα συγκρούσεις: μετά από συζήτηση με Oncotyrol , Κέντρο Εξατομικευμένη Cancer Medicine GmbH, οι συγγραφείς θα ήθελαν να γνωστοποιεί τα ακόλουθα: PM, KU και Χονγκ Κονγκ διεξάγεται αυτό το έργο ως υπάλληλοι /συνεργάτες του Oncotyrol GmbH. Οι εργασίες για το έργο αυτό συγχρηματοδοτήθηκε από Oncotyrol GmbH στο πλαίσιο του αυστριακού προγράμματος χρηματοδότησης COMET. Oncotyrol GmbH δεν σκοπεύει να καταθέσει δίπλωμα ευρεσιτεχνίας ή εμπορικά συνεχίσει τα αποτελέσματα που περιέχονται σε αυτό το χειρόγραφο. Κατά συνέπεια, δεν ανταγωνίζεται το ενδιαφέρον θα μπορούσε να προσδιοριστεί στο πλαίσιο του περιγραφόμενου έργου. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Περίπου το ήμισυ όλων των καρκίνων του προστάτη φιλοξενούν μια γονιδιακή αναδιάταξη [1]. Ο τελευταίος σχηματίζεται από σύντηξη 5 ‘ρυθμιστικά στοιχεία του γονιδίου ανδρογόνο ρυθμίζεται προς την κωδικοποιητική περιοχή ενός μέλους της οικογένειας γονιδίων των παραγόντων μεταγραφής E είκοσι έξι (ETS).

ETS

ανακατατάξεις ως αποτέλεσμα των ανδρογόνων με γνώμονα την υπερέκφραση των μεταγραφικών παραγόντων ETS [1]. Η πιο κοινή αναδιάταξη ETS είναι η μετατόπιση του ανδρογόνο ρυθμίζεται διαμεμβρανική πρωτεάση σερίνης 2 (

TMPRSS2

) γονίδιο, με τον ιό ερυθροβλάστωση v-ETS E26 ογκογονίδιο γονίδιο ομόλογο (

ERG

) παράγοντα μεταγραφής αντιπροσωπεύοντας περίπου το 85% όλων των καρκίνων του προστάτη ETS αναδιάταξη θετικά [2] – [4]. ERG αναδιάταξη είναι ένα πρώιμο συμβάν στη γένεση του καρκίνου του προστάτη. Είναι ήδη παρούσα σε τοπικό χαμηλού βαθμού του καρκίνου του προστάτη [5], [6], και επιμένει σε μεταστατικούς και ευνουχισμός ανθεκτικών τύπων (CRPC) [1], [4], [7]. Η πρώιμη εμφάνιση και η υψηλή συχνότητα της ERG αναδιατάξεις δείχνουν την επιλεκτική όφελος της αναδιάταξης-θετικών κυττάρων στον καρκίνο του προστάτη.

Λειτουργική αναλύσεις μέχρι στιγμής δεν έχουν δώσει μια περιεκτική εξήγηση για την επιλεκτική πίεση αναγκάζει ERG αναδιάταξη στα πρώτα στάδια του καρκίνου του προστάτη. ERG αναδιάταξη αποτελέσματα στην ERG υπερέκφραση [1]. Το τελευταίο αναφέρθηκε να προωθήσει τη μετανάστευση των καρκινικών κυττάρων και εισβολή καθώς και κυτταρική αποδιαφοροποίηση και μετασχηματισμό [8] – [11]. Ο ρόλος του ETS αναδιάταξη στην εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη δεν έχει επίσης διευκρινισθεί. Ενώ μερικές μελέτες δείχνουν μια σχέση μεταξύ αναδιάταξη-θετικών καρκίνων, πιο επιθετικούς όγκους και κακή πρόγνωση (δηλαδή [12] – [14]), άλλοι αναφέρουν καμία τέτοια συσχέτιση (δηλαδή [15] – [17])? Ορισμένοι αναφέρουν ακόμη και μια ευνοϊκή πρόγνωση (δηλαδή [18], [19]). Είναι προφανές ότι χρειαζόμαστε περισσότερες πληροφορίες σχετικά με το ETS αναδιάταξη θετικούς καρκίνους του προστάτη, προκειμένου να κατανοήσουν τη βιολογία του καρκίνου του προστάτη.

Ένας μεγάλος όγκος δεδομένων γονιδιακής έκφρασης έχει δημοσιευθεί από την διαδικασία της ανάλυσης της έκφρασης με χρήση μικροσυστοιχιών ιδρύθηκε περισσότερο από πριν από μια δεκαετία [20]. Αυτές οι μελέτες έχουν αναφέρει μια ποικιλία από αλλαγές στην γονιδιακή έκφραση που σχετίζονται με διάφορες ασθένειες, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του προστάτη. Επικύρωση της μεγάλης ποσότητας των δεδομένων που λαμβάνονται από πειράματα γονιδιακής έκφρασης είναι προκλητική. Ακριβώς ένας μικρός αριθμός των εντοπισθέντων υποψηφίων έχουν λειτουργικά επικυρωθεί. Τα στοιχεία αυτά απέχουν πολύ από εξαντλητικές και εξακολουθούν να περιέχουν πολλές πληροφορίες αναμονή εκμετάλλευσης. Μετα-αναλύσεις άδειας σε συνδυασμό αναλύσεων των επιμέρους μελέτες, επηρεάζονται λιγότερο από τις τοπικές ευρήματα, και θα επιτρέψει τη μείωση των δεδομένων για την επίτευξη ισχυρών αποτελεσμάτων.

Σας παρουσιάζουμε μια μετα-ανάλυση των δημοσιευμένων δεδομένων γονιδιακής έκφρασης με σκοπό τον προσδιορισμό της μεταγραφής μεταβολές στον καρκίνο του προστάτη. Η προσέγγισή μας περιλαμβάνεται η σύγκριση του καρκίνου του προστάτη σε σχέση με καλοήθη ιστό του προστάτη, και ERG αναδιάταξη θετικά (ERG +) για να ERG αναδιάταξη αρνητικά (ERG-) καρκίνοι του προστάτη. Εμείς επικύρωσε τα αποτελέσματα του μας μετα-ανάλυση χρησιμοποιώντας δεδομένα από μια ανεξάρτητη μελέτη των μικροσυστοιχιών και επιβεβαιώθηκε επιλεγμένων στόχων με ανοσοϊστοχημεία. Πραγματοποιήσαμε επίσης προκαταρκτικές λειτουργικές έρευνες για ένα από τα πιο σημαντικά νομοθετικά γονίδια, δηλαδή το νευροπεπτίδιο Υ (NPY). Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η ERG-αναδιατάξεις πιθανόν να προκαλέσει μεταβολικές αλλαγές στα καρκινικά κύτταρα, ενεργοποιώντας κύρια μεταβολική σηματοδότηση μορίων όπως ΝΡΥ.

Υλικά και Μέθοδοι

Δείγμα Κοόρτεις

Τα δείγματα ιστών που χρησιμοποιούνται για την μετα-ανάλυση περιγράφονται αλλού (μελέτες και οι αναφορές στον πίνακα 1). Δείγματα ιστών για τη μελέτη της έκφρασης επικύρωσης και ανοσοϊστοχημικές μελέτες που επιλέγεται από την Ίνσμπρουκ βιοτράπεζα καρκίνου του προστάτη. Αυτή η βιοτράπεζα ιδρύθηκε κατά τη διάρκεια του προγράμματος έγκαιρης ανίχνευσης του Τιρόλου για τον καρκίνο του προστάτη στο Τμήμα Ουρολογίας, Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Ίνσμπρουκ [21]. Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους ασθενείς και τεκμηριώνεται στη βάση δεδομένων του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου του Ίνσμπρουκ, σε συμφωνία με τις καταστατικές διατάξεις και τις απαιτήσεις της επιτροπής δεοντολογίας του Innsbruck Medical University. Η μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας του Innsbruck Medical University (Μελέτη αρ. ΑΜ 3174, τροπολογία 2). Ομάδες που αναλύθηκαν εδώ ήταν οι εξής: α) μελέτη επικύρωσης ανάλυση έκφρασης? 57 ιστούς του καρκίνου του προστάτη? GSC 5 n = 1, GSC 6 n = 5, 7 GSC n = 36, 8 GSC n = 3, 9 GSC n = 11, GSC 10 n = 1? την ηλικία των ασθενών, μέση τιμή ± τυπική απόκλιση (SD), 61,7 ± 6,9 χρόνια? ασθενών ορού του ειδικού προστατικού αντιγόνου επίπεδο (PSA), 7,4 ± 5,0 ng /ml. β) Ανοσοϊστοχημική μελέτη? 93 προστάτη καρκινικούς ιστούς, GSC 5 n = 19, 6 GSC n = 22, 7 GSC n = 32, 8 GSC n = 10, 9 GSC η = 10? την ηλικία των ασθενών, μέση τιμή ± τυπική απόκλιση (SD), 60,6 ± 6,4 χρόνια? επίπεδο PSA, 6,6 ± 5,4 ng /ml.

Η

Η μετα-ανάλυση

Έχουμε επιλέξει οκτώ μελέτες έκφρασης, που περιλαμβάνει 561 ανθρώπινων ιστών του προστάτη, για την μετα-ανάλυση (Πίνακας 1, Σχήμα S1). Αυτά αναφέρονται στην Εκδήλωση βάσεις δεδομένων Gene Omnibus (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) [22], Array Express (https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress) [23] και Oncomine (https://www.oncomine.org) [24]. Όλες οι μελέτες πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση της τεχνολογίας των μικροσυστοιχιών Affymetrix.

Για την ολοκληρωμένη ανάλυση των δεδομένων των μικροσυστοιχιών, ανεπεξέργαστα δεδομένα, όπως αποθηκευμένα σε αρχεία CEL, ομαλοποιήθηκε χρησιμοποιώντας αλγόριθμο gcRMA [25], [26]. Για αναλυτικές πληροφορίες σχετικά με τη μελέτη ειδικών προεπεξεργασία των δεδομένων, βλέπε συμπληρωματικές μέθοδοι. Για να εκτελέσετε μια διασταυρούμενης μελέτης σύγκρισης των επιπέδων έκφρασης των γονιδίων, συγκεκριμένη πλατφόρμα γονίδιο ανιχνευτής-σύνολο αναγνωριστικών χαρτογραφήθηκαν σε ένα κοινό χώρο ονομάτων, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [27], [28]. Εδώ η πλατφόρμα ειδικά αναγνωριστικά χαρτογραφήθηκαν με αναγνωριστικά γονίδιο Εηίτεζ χρησιμοποιώντας τις τρέχουσες αντιστοιχίσεις probeset /Εηίτεζ από Biomart μέσω του πακέτου Biomart [29]. Όπου περισσότερες από μία ανιχνευτής-σετ χαρτογραφήθηκε σε ένα αναγνωριστικό γονίδιο Entrez, ο ανιχνευτής-που με την υψηλότερη διακύμανση χρησιμοποιήθηκε για ανάλυση. Για τον εντοπισμό διαφορικά ρυθμιζόμενων γονιδίων χρησιμοποιήσαμε μια προσέγγιση σε δύο στάδια. Πρώτον, προέρχεται σε συνδυασμό p-τιμές σε όλες τις μελέτες με χρήση αντίστροφο chi-τετράγωνο μεθόδου του Fisher [30]. Στη συνέχεια υπολογίζεται συνδυασμό (σταθμισμένο) αλλαγές φορές. Σε προηγούμενη μελέτη, οι συγγραφείς χρησιμοποίησαν ένα τεστ για την αξιολόγηση μετάθεση σημασία [27]. Εμείς, από την άλλη πλευρά, που προέρχεται τις πληροφορίες από μια κατανομή χι-τετράγωνο, όπως προτείνεται στην [31]. Δείτε συμπληρωματικές μέθοδοι για λεπτομέρειες σχετικά με p-τιμές και τους υπολογισμούς φορές αλλαγή. Λειτουργική σχολιασμό ομαδοποίηση των αποτελεσμάτων της μετα-ανάλυση έγινε με τη χρήση της βάσης δεδομένων DAVID (https://david.abcc.ncifcrf.gov) [32].

Έκφραση Επικύρωση Ανάλυση

Μια ανεξάρτητη δεδομένων των μικροσυστοιχιών που (GSE32571) που παράγεται στο παρελθόν από coauthors χρησιμοποιήθηκε για την επικύρωση της ERG που σχετίζεται με το γονίδιο της υπογραφής. Για τις παρούσες αναλύσεις, τους ιστούς καρκίνου του προστάτη (n = 57) χωρίστηκαν σε ομάδες ERG + και ERG- χρησιμοποιώντας ένα διάλειμμα μεταξύ τους φθορισμού σε in situ υβριδισμού (FISH) προσδιορισμό, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [33]. Δείγματα ιστού απομονώθηκαν με macrodissection από κατεψυγμένες τομές 10-μm. Ολικό RNA απομονώθηκε με την EZ1 RNA Mini Kit (Qiagen) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή, ελέγχονται για την ποιότητα χρησιμοποιώντας την Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies), και ποσοτικοποιούνται. Ολικό RNA παρασκευάστηκε για υβριδισμό σε συστοιχίες Illumina Ανθρώπινα Sentrix-12 BeadChip (Illumina) σύμφωνα με τις συστάσεις του κατασκευαστή. Illumina δεδομένα μικροσυστοιχιών υποβλήθηκαν σε επεξεργασία με τη χρήση του αγωγού open source «Lumi» [34]. Μετά ποσοστημόριο κανονικοποίηση, η διαφορική έκφραση των γονιδίων προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας το πακέτο R «LIMMA» [35]. Λεπτομερείς μέθοδοι και κλινικά δεδομένα της μελέτης επικύρωσης έκφρασης που περιγράφεται αλλού [36]

Ανοσοϊστοχημεία

διαφάνειες Tissue (n = 10) και μικροσυστοιχίες ιστού (TMAs?. n = 92? διάμετρος 0,6 mm ) που περιέχει τον καρκίνο (n = 3) και καλοήθη (n = 1) πυρήνες προστατικό ιστό από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη, χρησιμοποιήθηκαν για ανοσοϊστοχημική ανάλυση. Όλα τα δείγματα ιστού χρωματίστηκαν για ERG. Εννέα δείγματα αποκλείστηκαν λόγω του μικρού τους ποσότητα του ιστού του όγκου. 24 ιστών έδειξε πολύ αδύναμη ή ετερογενή χρώση ERG, ενώ 69 ιστούς με ενδιάμεσο με ισχυρή ή αρνητική χρώση ERG χωρίστηκαν σε ομάδες ERG + και ERG-, αντίστοιχα. 61 δείγματα ιστού χρησιμοποιήθηκαν για ανοσοϊστοχημική σύγκριση της ERG + και ERG-. ανάκτησης αντιγόνου και ανοσοϊστοχημεία διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας αυτοματοποιημένο σύστημα slide-χρώση Discovery XT (Ventana Medical Systems). Όλα τα αντισώματα στόχους ελέγχθηκαν σε μικροσυστοιχία δοκιμής ιστού που περιέχει διαφορετικά δείγματα ανθρώπινου ιστού. Η ανοσοϊστοχημική χρώση αξιολογήθηκε από έναν έμπειρο uropathologist (G.S.). καθορίστηκαν βέλτιστες συνθήκες ανάκτησης αντιγόνου για όλα τα αντισώματα στόχους. αντισώματα στόχους, τους προμηθευτές, τους αριθμούς άρθρου, και οι συγκεντρώσεις που χρησιμοποιήθηκαν ήταν οι εξής: αντι-AZGP1, Sigma, ΗΡΑ-012582, 1:50? αντι-ERG, Epitomics, EPR3864, 1:100? αντι-GPR116, Imgenex, ΑΕΚ-71635, 1:100? αντι-νευροπεπτίδιο Υ, Abcam, ab30914, 1:200? αντι-PLA2g7, Sigma, ΗΡΑ-0035915, 1:400? αντι-HPGD, Atlas, HPA004919, 1:75? αντι-TFF3, Στρατηγική Diagnostics, 29940002, 1:5000. ανάκτησης αντιγόνου για όλα τα αντισώματα εκτελέστηκε με θερμική προκατεργασία στους 98 ° C για 1 ώρα σε CC1, ένα τρις-based ρυθμιστικό με ένα ελαφρώς βασικό ρΗ. αντισώματα στόχους επωάστηκαν για 1 ώρα στους 37 ° C, που ακολουθείται από ανίχνευση iView DAB (οπτικοποίηση διαμινοβενζιδίνη, Ventana Medical Systems) και αιματοξυλίνη αντιχρωματισμός. Εικόνες αποκτήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα μικροσκόπιο Axio Imager M1 (Zeiss) και του λογισμικού TissueFAXS (TissueGnostics). Ποσοτική ανοσοϊστοχημική ανάλυση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το λογισμικό HistoQuest ανάλυση ανοσοϊστοχημείας (TissueGnostics), το οποίο είναι ένα κύτταρο που βασίζεται εργαλείο ανάλυσης ένταση χρώσης που χρησιμοποιεί ένα δείκτη πυρηνική κυτταρική αναγνώριση (σε αυτή την περίπτωση αιματοξυλίνη), που ακολουθείται από ποσοτική ανάλυση ενός δεδομένου δείκτη σημασμένο με διαφορετικό χρώμα (σε αυτή την περίπτωση κυτταροπλασματική χρώση με διαμινοβενζιδίνη, DAB, καφέ).

Πειράματα Cell Culture

DU145, DUCaP, LNCaP, PC3 και vcap είναι παράγωγα των μεταστάσεων του καρκίνου του προστάτη. Αυτά αγοράστηκαν από την ATCC και καλλιεργήθηκαν σύμφωνα με τις συστάσεις ATCC. EP156T και RWPE-1 αθανατοποιημένα καλοήθη επιθηλιακά κύτταρα του προστάτη, ενώ CAF και PM151T είναι στρωματικά κύτταρα προστάτη [37] – [39]. Καλοήθης και στρωματικά κύτταρα καλλιεργήθηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [37] – [39]. Η ταυτότητα των κυτταρικών σειρών καρκίνου του επιβεβαιώθηκε με ιατροδικαστική μεθόδους ιχνηλασίας DNA χρησιμοποιώντας το κιτ ενίσχυσης AmpFlSTR® SGM Plus® PCR (Applied Biosystems).

Τα κύτταρα σπάρθηκαν σε πλάκες 24 φρεατίων, στερήθηκαν ορού, και υποβλήθηκε σε επεξεργασία με 25 πΜ ανασυνδυασμένη NPY /24 h (Sigma) για συνολικό χρονικό διάστημα 48 ωρών. Οι συνολικοί αριθμοί κυττάρων προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας το μετρητή κυττάρων CASY και σύστημα αναλυτή (Scharfe System). Τα επίπεδα γλυκόζης μετρήθηκαν σε υπερκείμενα κυτταρικής καλλιέργειας χρησιμοποιώντας το σύστημα παρακολούθησης της γλυκόζης του Κυττάρου Gluc (Thermo Fisher Scientific). qPCR και ανοσοκηλίδος διεξήχθησαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [40]

Στατιστικά

Στατιστικοί υπολογισμοί για μετα-ανάλυση και ανάλυση έκφρασης επικύρωσης διεξήχθησαν με τη χρήση του R (http:. //www.r-project .org), συσκευασίες από Bioconductor βάση δεδομένων βιοπληροφορικής ανοικτού κώδικα [41] και τις λειτουργίες των κυρία [42].

Στατιστικοί υπολογισμοί για τα πειράματα ανοσοϊστοχημείας και κυτταρικής καλλιέργειας πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του SPSS 18 για Windows. Η δοκιμασία Kolmogorov-Smirnov χρησιμοποιήθηκε για να διερευνήσει κανονική κατανομή των συνόλων δεδομένων. Μη κανονική κατανομή των δεδομένων και των δεδομένων με Gaussian (κανονική) κατανομή αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το Mann-Whitney U-test και έλεγχος τ, αντίστοιχα, προκειμένου να υπολογιστεί η σημασία των διαφορών μεταξύ των ομάδων. Οι τιμές Ρ κάτω από 0,05 θεωρήθηκαν σημαντικές. γραμμές σφάλματος στα ιστογράμματα αντιπροσωπεύουν την τυπική απόκλιση (SD) ενός τουλάχιστον τρία ανεξάρτητα πειράματα.

Αποτελέσματα

Η μετα-ανάλυση των δημοσιευμένων δεδομένων γονιδιακής έκφρασης για τον καρκίνο του προστάτη

Για να διερευνηθεί αλλαγές στην έκφραση γονιδίων σε ανθρώπινα καρκίνο του προστάτη, πραγματοποιήσαμε μια μετα-ανάλυση των δημοσιευμένων στοιχείων γονιδιακής έκφρασης. Οκτώ ανεξάρτητες μελέτες μικροσυστοιχίας συμπεριλήφθηκαν στη μετα-ανάλυση, η οποία αποτελείτο από 561 δείγματα ιστού του προστάτη (Πίνακας 1). Τα ακόλουθα δύο ζητήματα διερευνήθηκαν: α) σύγκριση της γονιδιακής έκφρασης σε καρκινικούς ιστούς του προστάτη και της καλοήθους ιστούς του προστάτη? και β) τη σύγκριση της γονιδιακής έκφρασης σε ERG αναδιάταξη θετικά (ERG +) και ERG αναδιάταξη αρνητικά (ERG-) του προστάτη (σχέδιο της μελέτης στο Σχήμα 1).

Η μετα-ανάλυση πραγματοποιήθηκε σε οκτώ ανεξάρτητες γονιδιακής έκφρασης μελέτες επικεντρώνονται ανθρώπινους ιστούς του προστάτη. Χρησιμοποιήθηκαν δύο τύποι συγκριτικών αναλύσεων. Γονίδια που δείχνουν διαφορικά ρυθμίζονται ERG + και ERG- προστάτη καρκινικούς ιστούς επικυρώθηκαν χρησιμοποιώντας μια ανεξάρτητη ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης (πρώτη επικύρωση) και ανοσοϊστοχημική χρώση (δεύτερη επικύρωση? Μόνο για επιλεγμένα γονίδια).

Η

Τα αποτελέσματα της μετα μας οι -την ανάλυση φαίνονται στα Σχήματα 2Α-Β, και παρατίθενται στον πίνακα S1 Α-Β. Τα αποτελέσματα της μετα-ανάλυσης και οι επιμέρους μελέτες μπορούν επίσης να προβληθούν σε απευθείας σύνδεση σε https://prostatedb.eigenlab.net/. Εκτός από το λιγότερο συντηρητική Chi-τετράγωνο μέθοδο, η οποία θα εφαρμόζεται για την εξαγωγή ενός p-value περίληψη [31], η βάση δεδομένων περιλαμβάνει επίσης μια πιο συντηρητική τιμή p περίληψη που προέρχεται από μια αντιμεταθετική προσέγγιση [27].

Τα γονίδια διαφορικά ρυθμίζονται στον καρκίνο του προστάτη και καλοήθη ιστό του προστάτη (A, C), και ERG + και καρκινικού ιστού ERG- προστάτη (Β, D). Α-Β) οικόπεδα ηφαίστειο. Διαφορικά ρυθμιζόμενα γονίδια υπογραμμίστηκαν όταν τουλάχιστον 2-φορές κατάντη (πράσινο) ή πάνω-ρυθμιζόμενη (κόκκινο), και είχε μια προσαρμοσμένη ρ-τιμή μικρότερη από 0,1. C-D) Γραφικό διάγραμμα των οκτώ κορυφαία λειτουργικά συμπλέγματα προσδιορίζεται με λειτουργική ομαδοποίηση σχολιασμό, χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων DAVID. Το μέγεθος των συστάδων συσχετίζεται με τον αριθμό των αναγνωρισμένων πρωτεϊνών που σχετίζονται με λειτουργικές σχολιασμού (πολλαπλή μεταβολή & gt? 1,5). Όταν οι πρωτεΐνες είναι παρούσες σε περισσότερα από ένα σύμπλεγμα, οι συστάδες συνδέονται με γραμμές. Το πάχος των γραμμών σύνδεσης αντανακλά τον αριθμό των πρωτεϊνών που υπάρχουν στα δύο συνδεδεμένα συμπλέγματα. Τα δεδομένα που αφορούν 561 δείγματα ιστών που χρησιμοποιούνται για τη μετα-ανάλυση.

Η

Εμείς πρώτη σύγκριση του καρκίνου του προστάτη ιστούς με καλοήθεις ιστούς του προστάτη. Όσον αφορά τα γονίδια, τα οποία ήταν τουλάχιστον 1,5 φορές οργανωμένη και αποκάλυψε μια προσαρμοσμένη τιμή-p & lt? 0.1, βρήκαμε ότι 280 γονίδια ήταν πάνω ρυθμισμένα (46 εκ των οποίων περισσότερες από 2 φορές), ενώ 275 γονίδια ήταν κάτω-ρυθμίζονται (36 περισσότερο από 2 φορές) σε προστάτη καρκινικούς ιστούς σε σύγκριση με καλοήθη ιστούς του προστάτη (Σχήμα 2Α, Πίνακας S1 Α). Λειτουργική σχολιασμό αποκάλυψε ότι διαφορικά ρυθμιζόμενα γονίδια (πολλαπλή μεταβολή & gt? 1,5) κωδικός για μόρια (trans-μεμβράνης και πρωτεΐνες εξωκυτταρικής σηματοδότησης), δομικές πρωτεΐνες (πρωτεΐνες του κυτταροσκελετού και κυτταρικής πρόσφυσης) και πρωτεΐνες που εμπλέκονται στην πρωτεόλυση και την επούλωση τραυμάτων σηματοδότησης (Σχήμα 2C) . Πρωτεΐνες που είναι γνωστό ότι σχετίζεται με τον καρκίνο του προστάτη (π.χ. AMACR [43], AGR2 [44], CRISP3 [45], ΗΡΝ [46], HOXC6 [47], OR51E2 [48]) καθώς και πρωτεΐνες που δεν συνδέονται με τον καρκίνο του προστάτη έτσι σήμερα (παραδείγματα PPM1H, SLC4A4, CaMKK2) εντοπίστηκαν στη μετα-ανάλυση.

στη συνέχεια, σε σύγκριση ERG + και ERG- ιστούς του καρκίνου του προστάτη. Δεν υπήρχαν διαθέσιμες πληροφορίες σχετικά με το καθεστώς αναδιάταξη ERG των δειγμάτων καρκίνου του προστάτη που χρησιμοποιούνται στις μελέτες της μετα-ανάλυσης. ERG αναδιάταξη καταλήγει σε ERG υπερέκφραση και παρατηρείται σε περίπου το 50% όλων των ιστών καρκίνου του προστάτη [1], [3]. Χωρίσαμε όλα τα δείγματα καρκίνου του προστάτη των μελετών που περιλαμβάνονται στο μετα-ανάλυση σε τρεις ομάδες, ανάλογα με το επίπεδο έκφρασής τους ERG: ERG υπερέκφραση θετικών δειγμάτων, ERG ενδιάμεσα δείγματα, και ERG υπερέκφραση-αρνητικά δείγματα (Εικόνα S2). Κάθε ομάδα αποτελείτο από ένα τρίτο όλων των δειγμάτων μιας μελέτης. ERG υπερέκφραση θετικά δείγματα υποτίθεται ότι είναι ERG αναδιάταξη θετικών και αποδίδεται στην κατηγορία ERG +, ενώ η ERG υπερέκφραση αρνητικά δείγματα υποτίθεται ότι είναι ERG αναδιάταξη αρνητικά και ανέθεσε την κατηγορία ERG-. Δείγματα έχουν ανατεθεί στην ενδιάμεση ομάδα ERG εξαιρέθηκαν από την ανάλυση για να εξασφαλίζεται η ακριβής σύγκριση των ERG + και ERG- δείγματα καρκίνου του προστάτη. Η χρήση της έκφρασης ERG ως υποκατάστατο για γονιδιακή αναδιάταξη-κατάσταση έχει περιγραφεί παλαιότερα [49] και επαληθεύθηκε στη δική μας μελέτη μικροσυστοιχιών όπως περιγράφεται παρακάτω. Η συγκριτική μετα-ανάλυση αποκάλυψε 109 έως ρυθμιζόμενα και 58 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια (fold-αλλαγή & gt? 1.5? Προσαρμοστεί τιμή p & lt? 0.1? 36 γονίδια ήταν περισσότερο από 2 φορές ρυθμίζονται) στο ERG + σε σύγκριση με ERG- προστάτη καρκίνου (Σχήμα 2Β, πίνακας S1B). Διαφορικά ρυθμιζόμενη γονίδια που σχετίζονται με τις λειτουργικές συστάδες σηματοδότησης (εξωκυττάριο πεπτίδια σηματοδότησης και σήμανσης ορμόνη), πρόσφυση (προσκόλληση των κυττάρων και πρωτεϊνών εξωκυττάριας ουσίας), και η απόκριση της άμυνας (επούλωση των πληγών και φλεγμονώδη αντίδραση? Σχήμα 2D).

μας μετα-ανάλυση αποκάλυψε αλλαγές στην έκφραση γονιδίων σε διάφορες υποομάδες κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης του καρκίνου του προστάτη. Ένας αριθμός μελετών που περιλαμβάνει ανεξάρτητων ομάδων ασθενών συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση. Ως εκ τούτου, οι προσδιορίζονται οι μεταβολές στη γονιδιακή έκφραση σημαίνει γενικό πληθυσμό-ανεξάρτητες επιδράσεις που σχετίζονται με τον καρκίνο του προστάτη.

Η μετα-ανάλυση Επικύρωση από ανεξάρτητη έκφραση Ανάλυση

Στη συνέχεια, επικύρωσε τα αποτελέσματα του μας μετα-ανάλυση. Εστιάσαμε σε σύγκριση μεταξύ της ERG + και ERG- καρκίνους του προστάτη, διότι αυτές οι υπότυποι έχουν περιγραφεί πρόσφατα και δεν έχουν ερευνηθεί εκτενώς μέχρι σήμερα. Για την επικύρωση της μετα-ανάλυσης που χρησιμοποίησε δεδομένα από μια ανεξάρτητη μελέτη έκφραση πραγματοποιείται σε μια εναλλακτική πλατφόρμα έκφρασης (Illumina). Η μελέτη επικύρωσης διαφέρει από τις μελέτες μετα-ανάλυση στις ακόλουθες πτυχές: α) ανεξάρτητη ομάδα ασθενών (n = 57) που επιλέγονται από την βιοτράπεζα Ίνσμπρουκ καρκίνο του προστάτη? β) η τεχνολογία έκφρασης εναλλακτικών γονιδίου (μελέτη επικύρωσης, συστοιχίες Illumina BeadChip? μελέτες μετα-ανάλυση, Affymetrix μικροσυστοιχίες GeneChip)? και γ) εκχώρηση ομάδα ERG + και ERG- (Σχήμα 3Α). Στη μετα-ανάλυση, ERG + και ERG- ιστοί έχουν ανατεθεί σύμφωνα με τα επίπεδα έκφρασης ERG. Στη μελέτη επικύρωσης η ERG αναδιάταξη-κατάσταση προσδιορίστηκε με φθορισμό in situ υβριδοποίηση χρησιμοποιώντας δοκιμασία διάλειμμα μεταξύ τους όπως περιγράφηκε προηγουμένως [33] (Εικόνα S3A).

84% όλων των γονιδίων βρέθηκε να ρυθμίζεται διαφορικά ERG + και ERG- ιστούς (fold-αλλαγή & gt? 2) επιβεβαιώθηκαν από ανεξάρτητη μελέτη της έκφρασης. Α) χαρακτηριστικά Μελέτη. επίπεδα έκφρασης Β) ERG στην ERG αναδιάταξη θετικά και -αρνητικοί ιστό της μελέτης επικύρωσης. ERG αναδιατάξεις προσδιορίστηκαν με φθορίζον in situ υβριδισμού. Γ) Τα γονίδια διαφορικά ρυθμίζονται ERG + και ERG- ιστούς. Δ) Επικυρωμένη ρυθμίζονται τα γονίδια στη μετα-ανάλυση και μελέτη επικύρωσης. P-τιμή διορθώνεται BH? σε συνδυασμό p-value του Fisher, Benjamini-Hochberg διορθωθεί.

Η

Εμείς επιβεβαίωσε κατ ‘αρχάς ότι ERG αναδιάταξη οδήγησε στην ERG υπερέκφραση (Σχήμα 3Β, Σχήμα S3A-C), υποδεικνύοντας έτσι ότι η ERG + και ERG- ομάδες ορθώς αποδίδεται στη μετα-ανάλυση, καθώς και η μελέτη επικύρωσης. Στη συνέχεια ανέλυσε την έκφραση των 155 γονιδίων (12 γονίδια είχαν αποκλειστεί λόγω του λείπουν ή απολύονται σετ καθετήρα) προσδιορίζονται ως διαφορικά ρυθμίζεται σε ιστούς ERG + και ERG- στη μετα-ανάλυση (FC & gt? 1.5? P & lt? 0,1). 49% (76/155) όλων των γονιδίων που βρέθηκαν να ρυθμίζονται διαφορικά σε ERG + και του καρκίνου του προστάτη ERG- στη μετα-ανάλυση επιβεβαιώθηκαν στη μελέτη επικύρωσης. Όταν η ανάλυση επικύρωσης περιοριζόταν σε γονίδια τα οποία ρυθμίζονταν τουλάχιστον 2-φορές στην μετα-ανάλυση, αυτά ανέρχονταν σε 84% (27/32) (Σχήμα 3C-D, Πίνακας S2). Όταν αναλύσαμε την μελέτη έκφρασης επικύρωσης ως ανεξάρτητη μελέτη και διερευνώνται όλα τα γονίδια σε συστοιχίες, αυτές εξακολουθούν να ανέρχονται σε 20% και 41% για την ομάδα FC & gt? 1.5 και FC & gt? 2, αντίστοιχα (Πίνακας S2). Η συμφωνία μεταξύ της μετα-ανάλυσης και την ανεξάρτητη μελέτη επικύρωσης έδειξε ότι μας μετα-ανάλυση που δημιουργούνται ισχυρά αποτελέσματα τα οποία ήταν ανεξάρτητη από την ομάδα δείγματος, εκχώρηση του δείγματος, και απασχολούνται τεχνολογία της γονιδιακής έκφρασης.

Πρωτεΐνη Ανάλυση Χρήση Ανοσοϊστοχημεία

Η μελέτη μας είχε επικεντρωθεί στα επίπεδα έκφρασης του mRNA, μέχρι αυτή τη στιγμή. Στη συνέχεια ερευνήθηκε κατά πόσον οι πρωτεΐνες που κωδικοποιούνται από τα διαφορικά ρυθμιζόμενα γονίδια βρίσκονται σε διαφορετικές ποσότητες σε ERG + και ERG- ιστούς καρκίνου του προστάτη. Έχουμε επιλέξει ανεξάρτητους ιστούς (που δεν χρησιμοποιούνται για την ανάλυση της έκφρασης) από το Ίνσμπρουκ βιοτράπεζα καρκίνου του προστάτη, προκειμένου να εξασφαλιστεί ότι η έρευνά μας θα αποκαλύψει γενικά ERG + καρκίνο του προστάτη που σχετίζονται με αλλοιώσεις παρά τον ασθενή συγκεκριμένες διαφορές.

Για να ορίσετε το ιστοί με τις ομάδες ERG + και ERG-, προσδιορίσαμε τα επίπεδα ERG πρωτεΐνης με ανοσοϊστοχημεία χρησιμοποιώντας αντίσωμα καθορίστηκε προηγουμένως για την εφαρμογή αυτή [50]. ERG ανοσοϊστοχημεία επιτρέπεται μια σαφή διάκριση μεταξύ ERG + και ERG- ιστούς. Σε συμφωνία με τα δημοσιευμένα στοιχεία σχετικά με ERG + ιστών, η ένταση χρώσης του ERG κυμαινόταν από ισχυρή στην αδύναμη (Σχέδιο S4A) [50]. Ορισμένοι ιστοί εμφανίστηκε ετερογενή για ERG. Αμφότερες οι ERG-θετικά και αρνητικά ERG-καρκινικά κύτταρα ήταν παρόντα σε αυτούς τους ιστούς (Σχήμα S4B). Χρώση έλεγχοι πραγματοποιήθηκαν σε ένα) καλοήθη κύτταρα του προστάτη, οι οποίες είναι αρνητικές για ERG (Σχήμα S4C, αριστερή εικόνα)? β) τα ενδοθηλιακά κύτταρα και τα λεμφοκύτταρα, τα οποία λεκέ θετικό για ERG [50] και αποτελούν εσωτερικού ελέγχου χρώσης (παράδειγμα στην Εικόνα S4C, δεξιά εικόνα)? και γ) κυτταρικές γραμμές που αντιπροσωπεύουν ERG + (VCAP) ή ERG- (Du145) καρκίνο του προστάτη (Σχήμα S4D). Σύμφωνα με προηγούμενες εκθέσεις, περίπου το μισό (εδώ 60%) όλων των ιστών διερευνήθηκαν προστάτη εμφανίστηκε ERG-θετικό (σύνοψη των 93 περιπτώσεων καρκίνου του προστάτη στο Σχήμα S4E) [1], [3]. Προκειμένου να εκφραστεί η μετα-ανάλυση, ιστούς με υψηλή για ενδιάμεση βαφή ERG συγκρίθηκαν με ιστούς με αρνητική χρώση ERG? ιστοί με ετερογενείς και χαμηλή χρώση ERG αποκλείστηκαν

Έξι γονίδια στόχους υποβλήθηκαν σε επικύρωση πρωτεΐνης:.

GPR116

,

ΝΡΥ

και

PLA2G7

, τρεις γονίδια υπερ-εκφράζονται σε ERG + ιστούς, και

AZGP1, HPGD

και

TFF3

, τρία γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω σε ERG ιστούς + καρκίνο του προστάτη. Σε τέσσερις από τις εξετασθείσες γονίδια, τα επίπεδα πρωτεΐνης αντανακλούσε τη ρύθμιση των mRNAs: ΝΡΥ και PLA2G7 ήταν up-ρυθμίζεται ERG + ιστούς ενώ AZGP1 και TFF3 εμφανίστηκε ρυθμισμένα προς τα κάτω (εικόνα 4). TFF3 έχει αναφερθεί να ρυθμίζονται διαφορικά σε ERG + ιστούς [51]? Ως εκ τούτου, μόνο 11 δείγματα χρησιμοποιήθηκαν για σύγκριση. Σύμφωνα με τα δεδομένα μας, PLA2G7 αναφέρθηκε πρόσφατα ότι σχετίζεται με ERG + όγκους [52]. επίπεδα πρωτεΐνης των γονιδίων στόχων

GPR116

και

HPGD

δεν μεταβλήθηκαν σε σύγκριση ERG + και ERG- καρκίνου του προστάτη (δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Παραμένει ασαφές κατά πόσον οι διαφορές που παρατηρούνται μεταξύ των mRNA και τα επίπεδα της πρωτεΐνης αυτών των δύο γονιδίων αντανακλούν βιολογική (διαφορετική ρύθμιση σε επίπεδο mRNA και πρωτεΐνης) ή τεχνικές (απόδοση αντίσωμα) παραλλαγές.

Α) Διαδοχική διαφάνειες των ιστών του προστάτη των δύο εκπρόσωπο των ασθενών. Β) Ποσοτικοποίηση των δειγμάτων ιστού που λαμβάνονται από 61 διαφορετικούς ασθενείς με καρκίνο του προστάτη χρησιμοποιώντας το HistoQuest ανοσοϊστοχημεία λογισμικό ποσοτικοποίησης. HistoQuest δεν κάνει διάκριση μεταξύ επιθηλιακών και στρωματικών κυττάρων. Διαφορές στην ένταση χρώσης στα επιθηλιακά κύτταρα να υπερβαίνει τις διαφορές που φαίνεται στο κουτί-blots. Bar, 100 μΜ. Στατιστικά, Mann Whitney U-test? *, P & lt? 0,05? ** P & lt? 0,01? *** P & lt?. 0.001

Η

ERG-συνδέονται έκφραση της NPY Προκαλεί αυξημένη πρόσληψη γλυκόζης στα κύτταρα καρκίνου του προστάτη

Για να αποκτήσουν νέες γνώσεις σχετικά με το ρόλο του ERG-αναδιατάξεις στον καρκίνο του προστάτη , μελετήσαμε τις λειτουργίες της διαφορικά ρυθμιζόμενα γονίδια στα κύτταρα του καρκίνου του προστάτη ERG +. ΝΡΥ επελέγη για λειτουργική ανάλυση. ΝΡΥ είναι ένα μικρό νευροπεπτίδιο με περιγράφηκε ως κεντρική ρυθμιστής του ενεργειακού ισοζυγίου στο ανθρώπινο σώμα (που επισκοπείται στο [53]). Μετρήσαμε την πρόσληψη γλυκόζης

in vitro

να διαπιστωθεί αν ΝΡΥ προκαλεί μεταβολικές αλλαγές στα καρκινικά κύτταρα του προστάτη.

Εμείς επιβεβαίωσε NPY υπερέκφραση στο ERG + κυτταρικές σειρές καρκίνου του προστάτη χρησιμοποιώντας qPCR και ανοσοαποτύπωση. επίπεδα έκφρασης qPCR του ΝΡΥ αποκάλυψε υψηλότερη έκφραση του ΝΡΥ mRNA στο κυτταρικές γραμμές ERG + DUCaP και Vcap σε σύγκριση με άλλες κυτταρικές σειρές προστάτη (Σχήμα 5Α). ΝΡΥ πρωτεΐνη ήταν ανιχνεύσιμη με ανοσοκηλίδωση αποκλειστικά DUCaP και vCap (Σχήμα 5Β). Όταν αντιμετωπίζονται προστάτη καρκινικών κυττάρων που δεν εκφράζουν ενδογενή ΝΡΥ (DU145, LNCaP και PC3) με ανασυνδυασμένη ΝΡΥ (48 ώρες, 25 ηΜ), παρατηρήσαμε μεγαλύτερη πρόσληψη γλυκόζης σε κύτταρα-ΝΡΥ αγωγή από ό, τι σε μη επεξεργασμένα κύτταρα (Σχήμα 5C). Αυτό το αποτέλεσμα δεν παρατηρήθηκε σε κύτταρα που εκφράζουν ενδογενή ΝΡΥ (VCAP, Σχήμα 5C). Να διερευνήσει κατά πόσον οι ανθρώπινοι ιστοί του προστάτη είναι δυνητικά NPY ανταποκρίνεται, συγκρίναμε τελικά την έκφραση του NPY και των NPY-απόκρισης υποδοχείς NPY1R, NPY5R και NPY2R (συγγένεια ΝΡΥ κατετάγη, [54]) στον προστάτη με εκείνα άλλων ανθρώπινων οργάνων, χρησιμοποιώντας το Oncomine βάση δεδομένων (https://www.oncomine.org) [24]. Βρήκαμε ΝΡΥ να είναι πιο άφθονο σε καλοήθη και καρκινικό ιστό προστάτη σε σύγκριση με καλοήθη και καρκινικούς ιστούς που προέρχονται από άλλα όργανα ενώ NPYRs εκφράστηκαν σε παρόμοιο βαθμό σε προστάτη και άλλους ιστούς (τα αντιπροσωπευτικών μελετών φαίνονται στο Σχήμα S5). Έτσι, αρκετές ιστούς μπορεί να είναι ΝΡΥ απόκριση. Ο προστάτης, ωστόσο, παράγει σημαντικά επίπεδα ενδογενούς ΝΡΥ. Λαμβανόμενα μαζί τα δεδομένα μας δείχνουν ότι οι ERG-αναδιατάξεις στον καρκίνο του προστάτη συνδέεται με μια ποικιλία μεταγραφικών αλλαγές στα καρκινικά κύτταρα συμπεριλαμβανομένης της έκφρασης των μεταβολικών αισθητήρες όπως ΝΡΥ.

ΝΡΥ μετρήθηκε με qPCR (Α) και ανοσοκηλίδος (Β ) σε κυτταρικές σειρές προστάτη. ΝΡΥ έκφραση ήταν υψηλότερη στην ERG + DuCAP και vcap καρκινικά κύτταρα του προστάτη. Γ) διέγερση ΝΡΥ (48 ώρες, 25 ηΜ) αύξησε την πρόσληψη γλυκόζης σε καρκίνο του προστάτη κύτταρα που δεν εκφράζουν ενδογενή ΝΡΥ (DU145, LNCaP, PC3). PC, κυτταρικές σειρές καρκίνου του προστάτη? BP, καλοήθης κυττάρων του προστάτη γραμμές? PS, κυτταρικές σειρές στρωματικών προστάτη.

Η

Συζήτηση

Αυτή η μελέτη διεξήχθη για να προσδιοριστεί αλλαγές στην έκφραση γονιδίων στον καρκίνο του προστάτη, οι οποίες οφείλονται σε γενικές μεταβολές που σχετίζονται με προστάτη και ανεξάρτητη από τον ασθενή ομάδες, τις τεχνικές παραλλαγές, και η εφαρμοζόμενη μεθοδολογία. Εστιάσαμε στην μεταγραφική αλλαγές στην ERG αναδιάταξη θετικά (ERG +) καρκίνου του προστάτη, επειδή οι όγκοι αυτοί αποτελούσαν ένα λιγότερο χαρακτηρίζεται υποομάδα των καρκίνων του προστάτη. Περιμέναμε τα αποτελέσματα αυτής της έρευνας να δώσει ένα προσιτό στο κοινό βάση δεδομένων για μεταβολές της γονιδιακής έκφρασης για τον καρκίνο του προστάτη και να παρέχει νέες γνώσεις σχετικά με τη βιολογία της ERG + καρκίνων του προστάτη. Παρατηρήσαμε, για πρώτη φορά, ότι ERG αναδιατάξεις έχουν πιθανώς σχετίζονται με μεταβολικές αλλαγές στα κύτταρα καρκίνου του προστάτη.

μετα-ανάλυση μας αποτελείτο από 561 ιστών που προέρχονται από οκτώ ανεξάρτητες μελέτες.