Συγκριτικές μελέτες έδειξαν ότι αρκετές πρωτεΐνες που έχουν ήδη βρεθεί να συσκευαστεί σε σωματίδια HIV-1 μέσω ειδικών αλληλεπιδράσεων με ιικές πρωτεΐνες ή νουκλεϊκά οξέα ανιχνεύονται επίσης σε HIV-2 και σε σωματίδια ιού ανεπάρκειας πιθήκου ανοσο. Για ορισμένες πρωτεΐνες, η διατήρηση τους επεκτάθηκε σε πιο μακρινές ρετροϊούς, όπως HTLV-1. Η σημασία αυτών των ομοιοτήτων είναι αμφισβητήσιμη. Μπορεί να είναι είτε υποστηριχθεί για τη διατήρηση ενός κοινού μηχανισμού αντιγραφής σε όλη ιικής εξέλιξης, ή μπορεί να θεωρηθεί ως απόδειξη για τη μη ειδική σύνδεση των πρωτεϊνών με ιούς μακρινή συγγένεια. Bay 11-7082 Bay 11-782

Σε ορισμένες περιπτώσεις, ακόμη και για ορισμένες κινάσες, αποδεικτικά στοιχεία για τη διατήρηση των κινήτρων αλληλεπίδρασης σε ιικές πρωτεΐνες μαζί με λειτουργικές μελέτες των ιών μπορεί να συσκευάσει αυτών των κυτταρικών παραγόντων αποδειχθεί ότι αυτά συστατικά διατηρούν μια εξελικτικά συντηρημένη λειτουργία. Εκτός από τη δυσκολία που συνδέεται με τη διάκριση μεταξύ παράγοντες του ξενιστή τα οποία επιλεκτικά ή παθητικά συσκευάζονται σε ιούς, η ταυτοποίηση των κυτταρικών πρωτεϊνών ενσωματωμένα σε ιικά σωματίδια είναι τεχνικά complicated.The πιο κρίσιμη πτυχή είναι η αυστηρή αναγκαιότητα να διακρίνουν μεταξύ των συνιστωσών του ιού ενσωματώνεται και κυτταρική παράγοντες μολυσματικών ιικών preparations.The τελευταία ομάδα περιλαμβάνει πρωτεΐνες ελλιμενίζεται στο εξωτερικό του ελεύθερου κυττάρων ιοσωμάτια. Η ομάδα αυτή περιλαμβάνει επίσης κυτταρικές πρωτεΐνες που περιέχονται στο μικροκυστίδια και εξωσώματα με τα μεγέθη και πυκνότητες συγκρίσιμες με ιούς, ότι η συν-ιζημάτων με ιικά σκευάσματα και αποτελούν πηγή μόλυνσης, ακόμη και μετά το διαχωρισμό κλίσης πυκνότητας των ιικών σωματιδίων.

Κατά συνέπεια, προετοιμασία του δείγματος θα πρέπει να γίνεται με προσοχή. Δύο πρωτόκολλα αναφοράς έχουν αναπτυχθεί για να παράγουν παρασκευάσματα υψηλής καθαρότητας HIV-1. Μία προσέγγιση περιλαμβάνει την πέψη των ιικών δειγμάτων με τη χρήση της μη ειδικής σουμπτιλισίνης πρωτεάση σερίνης. πέψη Subtilisin του HIV-1 παρασκεύασμα seliminates περισσότερο από το 95% των συνδεδεμένων μικροκυστίδιο πρωτεΐνες και αφαιρεί ρύπους ελλιμενίζεται προς το εξωτερικό των ιών. Η αποτελεσματικότητά της protocolis προσδιορίζεται από τη μείωση του μεγέθους του gp41 γλυκοπρωτεϊνης διαμεμβράνης φακέλου. Αυτή η μέθοδος είναι ιδιαίτερα προσαρμοσμένη στην μελέτη των πρωτεϊνών μέσα στα βίρια. Εναλλακτικά, η εξάντληση συγγένεια ανοσο CD45 του HIV-1 μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την απομόνωση ιών από την κυτταρική εξωσώματα.

Αυτή η τεχνική, η οποία αναπτύχθηκε με βάση την παρατήρηση ότι τα μόρια της μεμβράνης CD45 απορρίπτονται από HIV-1 ιών που παράγονται από αιμοποιητικά κύτταρα, έχει προηγουμένως σε συνδυασμό με την ανάλυση masss pectrometry να παράγουν μια εντυπωσιακή λίστα των παραγόντων κυτταρικής συσκευάζονται σε HIV-1 σωματιδίων που παράγονται από πρωτογενή μακροφάγα. εξάντληση CD45 είναι πιο χρήσιμη για τις μελέτες που απαιτούν το εξωτερικό των ιοσωματίων να είναι άθικτη. Σε κάθε περίπτωση, η απεικόνιση ηλεκτρονικό μικροσκόπιο παρέχει μια αξιόπιστη μέθοδο για τη διάκριση μεταξύ συναρμολογούνται ιών και εξωσώματα από μορφολογικής άποψης και να επικυρωθεί η παρουσία πρωτεϊνών ξενιστή σε ιοσωμάτια, όπως αναφέρθηκε προηγουμένως. Ένα άλλο τεχνικό χαρακτηριστικό για να εξετάσει κατά τη μελέτη του HIV-1 που σχετίζεται με κυτταρικούς παράγοντες είναι ο τύπος των κυττάρων και το ιικό απομόνωμα ή στέλεχος που χρησιμοποιήθηκε για την παρασκευή του βιολογικού συστοιχία samples.The συσκευασμένων κυτταρικών πρωτεϊνών μπορεί να διαφέρουν σημαντικά ανάλογα με το κύτταρο ξενιστή που χρησιμοποιείται για να διαδοθεί ο ιός .

Αυτή η πτυχή έχει τεκμηριωθεί καλά για τα μόρια της μεμβράνης ενσωματωμένη στο περίβλημα του virions που παράγεται από διάφορες κυτταρικές σειρές Τ. Η απόκτηση των CD55 και CD59 συμπλήρωμα παράγοντες αποσύνθεσης, LFA-1 και MHC κατηγορίας Ι και II μορίων είναι τα προφίλ ενσωμάτωση host-dependent.Distinct έχουν επίσης αναφερθεί όταν αναλύθηκαν ιών που παράγονται από μόνιμες κυτταρικές σειρές ή πρωτογενή μονοπύρηνα κύτταρα περιφερικού αίματος. Όσον αφορά κυτταροπλασματικών πρωτεϊνών, το σημείο αυτό δεν έχει πλήρως μελετηθεί. Ωστόσο, LC-MS /MS ανάλυση των ιών καλλιεργούνται σε μακροφάγα απέτυχε να ανιχνεύσει την παρουσία κάποιων συστατικών που εντοπίστηκαν από τους ιούς που καλλιεργούνται σε Τ λεμφοκύτταρα. VX-661 1152311-62-0

Αξιοσημείωτα, ΕΚΚ-2, akinase ανιχνεύεται από τον HIV-1HZ321 απομονώσεως αναπτύχθηκαν σε HUT78 Τ λεμφοκύτταρα και από HIV-1ELI ιοί που παρασκευάζονται από κύτταρα ΜΤ4, δεν ανιχνεύθηκε από τον ιό HIV 1NLAD8 που καλλιεργούνται σε πρωτογενή μακροφάγα. Η λειτουργική σημασία για την εν λόγω διαφορά παραμένει άγνωστη, και η συσχέτιση της με την βιολογία του HIV-1 αναδιπλασιασμού σε διαφορετικούς τύπους κυττάρων παραμένει να αναλυθεί.