Αφηρημένο

HPV σπάνια παραμένει και εξελίσσεται σε καρκίνο του τραχήλου της μήτρας. Εξετάσαμε γενετικοί παράγοντες υποδοχής υποτεθεί ότι παίζουν ένα ρόλο στον προσδιορισμό που υποσύνολο των ατόμων που έχουν μολυνθεί με ογκογόνο ιό των ανθρωπίνων θηλωμάτων (HPV) έχουν επίμονη λοίμωξη και περαιτέρω ανάπτυξη του τραχήλου της μήτρας προκαρκινικά /καρκίνο σε σύγκριση με την πλειονότητα των μολυσμένων ατόμων που θα καθαρίσει τη μόλυνση.

θα αξιολογηθούν 7140 tag πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) από 305 υποψήφια γονίδια υπόθεση να εμπλέκονται στην επιδιόρθωση του DNA, ιογενείς λοιμώξεις και την είσοδο των κυττάρων σε 416 τραχηλική ενδοεπιθηλιακή νεοπλασία 3 (CIN3) /περιπτώσεις καρκίνου, 356 HPV επίμονη γυναίκες (μέση : 25 μήνες), και 425 τυχαίους ελέγχους (RC) από το 10.049 γυναίκες μελέτης Guanacaste Κόστα Ρίκα Φυσικής Ιστορίας. Χρησιμοποιήσαμε λογιστική παλινδρόμηση για να υπολογίσει τις πιθανότητες αναλογίες και π-τάση για CIN3 /καρκίνου και HPV επιμονή σε σχέση με γονότυπους και απλοτύπων SNP (προσαρμοσμένο για την ηλικία). Έχουμε λάβει μονοπάτι και γονιδιακών επίπεδο σύνοψη των ενώσεων υπολογίζοντας την προσαρμοστική συνδυασμό του p-τιμές. Γονίδια /περιοχές στατιστικά σημαντική συσχέτιση με CIN3 /καρκίνο περιλαμβάνονται οι ιογενείς λοιμώξεις και την είσοδο στο κύτταρο γονίδια 2 ‘, 5’ του γονιδίου συνθετάσης ολιγοαδενυλικού 3 (

OAS3

), σουλφατάση 1 (

SULF1

), και ιντερφερόνη γάμμα (

IFNg

)? Τα γονίδια επιδιόρθωσης του DNA δεοξυουριδίνη τριφωσφορική (

ΔΠΘ

), η δοσολογία καταστολέα της MCK 1 ομόλογο (

DMC1

), και γενικά μεταγραφικού παράγοντα ΙΙΗ, πολυπεπτίδιο 3 (

GTF2H4

)? και η

EVER1

και

EVER2

γονίδια (p & lt? 0,01). Από κάθε περιοχή, οι πιο σημαντικές SNPs που σχετίζονται με CIN3 /καρκίνο ήταν

OAS3

rs12302655,

SULF1

rs4737999,

IFNg

rs11177074,

DUT

rs3784621 ,

DMC1

rs5757133,

GTF2H4

rs2894054,

EVER1 /EVER2

rs9893818 (p-trends≤0.001). SNPs για

OAS3

,

SULF1

,

DUT

, και

GTF2H4

συνδέθηκαν με HPV επιμονή ενώ

IFNg

και

EVER1 /EVER2

SNPs συνδέθηκαν με την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνο. Σημειώνουμε ότι οι ενώσεις που παρατηρήθηκαν ήταν λιγότερο από δύο φορές. Εντοπίσαμε επισκευής παραλλαγές του DNA και ιικά γονίδια δέσμευσης και κυτταρικού εισόδου που συνδέονται με CIN3 /καρκίνο. Τα αποτελέσματά μας απαιτούν αναπαραγωγή, αλλά δείχνουν ότι διαφορετικά γονίδια μπορεί να είναι υπεύθυνα για τη διαμόρφωση των κινδύνων στα δύο κρίσιμα στάδια της μετάβασης σημαντικό για την αυχενική καρκινογένεση:. HPV επιμονή και εξέλιξη της νόσου

Παράθεση: Wang SS, Γκονζάλες P, Yu K, Porras C, Li Q, Safaeian M, et al. (2010) Κοινή γενετικές παραλλαγές και κινδύνου για τον HPV Ανθεκτικότητα και εξέλιξη σε καρκίνο του τραχήλου της μήτρας. PLoS ONE 5 (1): e8667. doi: 10.1371 /journal.pone.0008667

Επιμέλεια: Syed A. Αζίζ, Health Canada, Καναδάς

Ελήφθη: 1 Δεκ, 2009? Αποδεκτές: 18, Δεκέμβρη, 2009? Δημοσιεύθηκε: 13 Ιανουαρίου του 2010

Copyright: © 2010 Wang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου Τειχών Πρόγραμμα και Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας (συμβάσεις CO-12400, CP-21081, και CP-31061? χορηγήσει CA-78527 για να RDB)? τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας Γραφείο Ερευνών για τις Γυναίκες της Υγείας (ORWH)? Κόστα Ρίκα Ίδρυμα για την Εκπαίδευση στις Επιστήμες Υγείας? Caja de Seguro Costarricense Κοινωνική (Κόστα Ρίκα). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Επίμονη μόλυνση με έναν από περίπου 15 τύπους ιού των ανθρώπινων θηλωμάτων (HPV) είναι απαραίτητη για την ανάπτυξη του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας και άμεσος πρόδρομος της, τραχηλικής ενδοεπιθηλιακής νεοπλασίας βαθμού 3 (CIN3). Ωστόσο, η λοίμωξη από HPV δεν αποτελεί επαρκή αιτία του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας /CIN3 και HPV συμπαράγοντες έχουν εντοπιστεί, συμπεριλαμβανομένων του στόματος χρήση αντισυλληπτικών και το κάπνισμα [1]. Η οικογενής μελέτες συγκέντρωση και αξιολόγηση των κληρονομικών γενετικών παραλλαγών υποδηλώνουν περαιτέρω ότι υποδοχής γενετικούς παράγοντες μπορεί επίσης να συμβάλει στην τραχήλου της μήτρας παθογένεση του καρκίνου [2]. Ένας αριθμός μελετών έχουν αξιολογηθεί και εμπλέκεται ένα ρόλο για αντιγόνα ανθρώπινων λευκοκυττάρων (

HLA

) [3], [4]. Έχουμε αναφερθεί στο παρελθόν τη συσχέτιση μεταξύ της κοινής παραλλαγές στα γονίδια που επηρεάζουν την βλάβη του DNA, κυρίως,

FANCA

, που σχετίζονται τόσο με τον HPV επιμονή και την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνο. Έχουμε αναφερθεί επίσης μια παραλλαγή στην έμφυτη ανοσία γονίδιο

IRF3

που σχετίζονται με τον HPV επιμονή [5]. Εδώ, επεκτείνουμε αξιολόγησή μας γενετικές παραλλαγές υποδοχής στην επιδιόρθωση του DNA, ιογενείς λοιμώξεις και την είσοδο των κυττάρων γονίδια και ο κίνδυνος για τον HPV επιμονή και του τραχήλου της μήτρας προκαρκινικά στάδια /καρκίνο.

Αξιολογήσαμε τα δεδομένα για 7.140 υποψήφιος πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNP) σε 305 υποψήφια γονίδια /περιοχές (161 ιογενή λοίμωξη και την είσοδο των κυττάρων και 144 γονίδια επιδιόρθωσης του DNA). Όλα τα γνωστά γονίδια επιδιόρθωσης του DNA συμπεριλήφθηκαν [6] και επιλεγμένα ιικά γονίδια μόλυνση και την είσοδο των κυττάρων βασίζεται σε βιολογικά στοιχεία του υποθετικού συσχέτιση με τον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας, του HPV, ή άλλες λοιμώξεις. Όλα τα γονίδια και επιλεγμένα παραλλαγές τους αξιολογήθηκαν για τον κίνδυνο της HPV επιμονή και την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνου στον πληθυσμό με βάση Guanacaste ομάδα στην Κόστα Ρίκα (τα γονίδια και SNPs σχολιασμένο στον πίνακα S1). Μια μοναδική πτυχή της προσπάθειας μας είναι η δυνατότητα να αξιολογήσει χωριστά γενετικούς παράγοντες που σχετίζονται με τις δύο γνωστές και κρίσιμες καταστάσεις μετάβασης στη φυσική ιστορία του καρκίνου του τραχήλου -. (I) ιικό επιμονή και (ii) την εξέλιξη σε προ-καρκίνο /καρκίνος

Αποτελέσματα

Pathway-Based Σύλλογοι

Βρήκαμε την οδό επιδιόρθωσης του DNA στο σύνολό στατιστικά σχετίζεται σημαντικά με CIN3 /καρκίνο (p = 0,0197) και με HPV επιμονή (p = 0,0472 ) αλλά όχι την εξέλιξη (p = 0,7451) (Πίνακας 1). Αυτές οι ενώσεις εμφανίστηκε οδηγείται από τα γονίδια που εμπλέκονται στην νουκλεάσες επεξεργασία /μεταποίηση, η διαφοροποίηση των δεξαμενών νουκλεοτιδίων, και την επισκευή νουκλεοτιδίων εκτομή. Η οικογένεια των γονιδίων αναιμίας Fanconi ήταν επίσης σημαντικά που συνδέονται με HPV επιμονή (p = 0.0326).

Η

/Περιοχή-Based Σύλλογοι

Ο Πίνακας 2 παρουσιάζει τα αποτελέσματα για 9 γονιδίων /περιοχές που σχετίζονται Gene με CIN3 /καρκίνο σε σύγκριση με δειγματοληπτικούς ελέγχους σε ρ & lt? 0,01, με εντολή στατιστική σημασία τους. Έξι από τα γονίδια που θεωρήθηκαν αξιοσημείωτη με ≤0.2 FDR, συμπεριλαμβανομένων των γονιδίων επιδιόρθωσης του DNA –

GTF2H4

,

DUT

, και

DMC1 –

και η ιογενής λοίμωξη και των κυττάρων γονίδια που σχετίζονται με την είσοδο –

OAS3, SULF1

, και

IFNg

. Η ένωση για

GTF2H4

και

SULF1

επίσης σχετίζεται με HPV επιμονή (p = 0,005). Τρεις περιοχές ήταν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνο σε ρ & lt? 0.05:

TMC6 (EVER1), TMC8 (EVER2)

, και

FLJ35220

. Όλα τα αποτελέσματα του γονιδίου που βασίζεται παρουσιάζονται στον Πίνακα S2.

Η

Σύλλογοι SNP-Based

Σύμφωνα με το γονίδιο αναλύσεις /περιοχή που βασίζονται μας βρήκαμε αποδείξεις μια αλλαγμένη κινδύνου (περίπου 2 φορές σε) για CIN3 /καρκίνου για μία ή περισσότερες SNPs σε οκτώ από τις εννέα γονίδια /περιοχές με π-τάσεις ≤0.001 (Πίνακας 3, SNPs αλφαβητικά με βάση το όνομα του γονιδίου). Από τα τέσσερα γονίδια που σχετίζονται με τον HPV επιμονή, SNPs στο

DUT

(rs3784621),

GTF2H4

(rs2894054, rs6926723),

OAS3

(rs12302655), και

SULF1

(rs4737999, rs4284050, rs10108002) είχαν σημαντική p-τάση & lt? 0,05. Των γονιδίων /περιοχές που σχετίζονται με την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνο, SNPs στο

IFNg

(rs11177074) και μεταξύ των

EVER2 /TMC8

και

EVER1 /TMC6

(rs9893818) ήταν στατιστικά σημαντικές σε ρ & lt? 0,05. Οι λόγοι πιθανοτήτων και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης για αυτές τις SNPs που φαίνονται στον Πίνακα S3 (όλα τα δεδομένα για όλους τους SNPs που φαίνονται στον Πίνακα S4). Σημειώνουμε ότι και άλλες SNPs που σχετίζονται με CIN3 /καρκίνο περιλαμβάνονται εκείνες του

OAS1

,

OAS2

, και

POLN

γονίδια (Πίνακας 3). Όσο για

OAS3

, οι ενώσεις με

OAS1

και

OAS2

ήταν σημαντικές για τον HPV επιμονή ενώ

POLN

συνδέθηκε με την εξέλιξη της νόσου.

απλότυπου Σύλλογοι

τα αποτελέσματα από τις αναλύσεις απλότυπος που βασίζεται (η οποία ορίζεται από τα μπλοκ της ανισορροπίας σύνδεσης) ήταν γενικά σύμφωνο με τα πορίσματα του γονιδίου /περιοχή- και SNP-based. Απλοτύπων στατιστικά σημαντική συσχέτιση με CIN3 /καρκίνο περιλαμβάνονται SNPs που εμπλέκονται στην ανάλυση SNP που βασίζεται (όπως φαίνεται στον Πίνακα S5 για

DUT

,

GTF2H4

και

μπλοκ SULF1

όπου απλότυπος θα μπορούσε να κατασκευαστεί). Δεν υπάρχουν νέες περιοχές ενδιαφέροντος εντοπίστηκαν στην ανάλυση απλότυπου με τη χρήση της συρόμενης προσέγγιση παράθυρο του 3 SNPs (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Συζήτηση

Σε αυτή τη μελέτη βασισμένη στον πληθυσμό, βρήκαμε εννέα γονίδια /περιοχές που συνδέονται με CIN3 /καρκίνο, 6 από τα οποία παρέμεινε σημαντικός σε FDR≤0.2 – τρία γονίδια επιδιόρθωσης του DNA (

GTF2H4

,

DUT

, και

DMC1

) και τρεις ιογενή γονίδια που σχετίζονται με την είσοδο λοίμωξη και των κυττάρων (

OAS3, SULF1

, και

IFNg

). Μια μοναδική πτυχή της μελέτης μας είναι η δυνατότητα να αξιολογήσει χωριστά τις ενώσεις με τα δύο σημαντικά βήματα για τη μετάβαση στη φυσική ιστορία του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας – ιογενής επιμονή και την εξέλιξη σε προκαρκινικά στάδια /καρκίνο. Των περιφερειών /γονίδια βρέθηκαν να είναι σημαντικό, η συσχέτιση ήταν κατά κύριο λόγο με HPV επιμονή για

GTF2H4

και

SULF1

.

IFNg

και οι Ακροχορδονοειδης επιδερμική (EV) -associated γονίδια (

TMC6-EVER1

και

TMC8-EVER2

) ήταν κατά κύριο λόγο σχετίζονται με την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνο. Όλα τα κορυφαία γονίδια που προέρχονται από τις /περιοχή- και SNP με βάση αναλύσεις γονίδιο σχολιασμένη και συνοπτικά περιγράφεται στον Πίνακα 4.

Η

Τα αποτελέσματα για τις αναλύσεις βάσει διαδρομής επιδιόρθωσης του DNA μας ήταν συνεπής με την ατομική μας SNP-based αποτελέσματα. Συγκεκριμένα, βρήκαμε ότι τα γονίδια μέσα επισκευή νουκλεοτιδίων εκτομή (που περιλαμβάνει

GTF2H4

) και της διαμόρφωσης των δεξαμενών νουκλεοτιδίων (που περιλαμβάνει

ΔΠΘ

) να συνδέεται με HPV επιμονή. Η οικογένεια επιδιόρθωση του DNA της επεξεργασίας /μεταποίησης νουκλεάσες συνδέθηκε με την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνο και αν πολλά γονίδια ήταν στατιστικά σημαντικές, καμία δεν ήταν αξιοσημείωτη σε FDR & lt? 0.2. Η συσχέτιση μεταξύ της οικογένειας Fanconi αναιμία γονιδίων με HPV επιμονή είναι επίσης συνεπής με προηγούμενες αναλύσεις μας, που αναφέρθηκαν

FANCA

παραλλαγές που σχετίζονται με τον HPV επιμονή (5). Δεν υπήρξαν αναφορές πολυμορφισμών στο

GTF2H4

,

DUT

ή

DMC

με HPV επιμονή, ο καρκίνος του τραχήλου της μήτρας, ή οποιοδήποτε άλλο καρκίνο μέχρι σήμερα. Ωστόσο,

GTF2H4

βρίσκεται στο χρωμόσωμα 6p21.3 μέσα στο

HLA

περιοχή και είναι ως εκ τούτου της σημείωσης ως μια σειρά από μελέτες έχουν διερευνήσει

γονίδια HLA

Τάξης II και εγώ με τον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας και έχουν προσδιορίσει με συνέπεια αλληλόμορφα (π.χ.,

HLA

–

DRB

* 1301) που σχετίζεται με τον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας [4]. Αν η παρατηρούμενη συσχέτιση μεταξύ

GTF2H4

παραλλαγές και HPV επιμονή οφείλεται στη βιολογική λειτουργία του και την ιδιότητά του ως ένα γονίδιο επιδιόρθωσης του DNA ή σε δυνητικούς ανισορροπία σύνδεσης με το

HLA

απαιτεί περαιτέρω αξιολόγηση.

Παραλλαγές σε δύο γονίδια υποτεθεί ότι παίζουν ρόλο στην ιογενή και HPV δεσμευτική,

OAS3

και

SULF1

, επίσης σχετίζεται με HPV επιμονή του πληθυσμού μας.

OAS3

παίζει ένα ρόλο στην αντίσταση σε ιική μόλυνση μέσω αποικοδόμησης των ιικών και κυτταρικών RNAs και δυσλειτουργία της αντιγραφής του ιού. Συγκεκριμένα, η οικογένεια OAS των γονιδίων (

OAS1, OAS2, OAS3

) προκαλείται από ιντερφερόνη. Όταν ενζυμικά ενεργή ΟΑΚ δεσμεύονται να ιικό RNA, RNase L ενεργοποιείται, με αποτέλεσμα την υποβάθμιση του ιικού RNA [7]. Αξίζει να σημειωθεί ότι,

OAS1

και

OAS2

SNPs επίσης συνδέεται με HPV επιμονή του πληθυσμού μας (Πίνακας 3).

SULF1

(σουλφατάση 1) εμπλέκεται στην κυτταρική σηματοδότηση και είναι ένα συν-υποδοχέα για την ηπαρίνη-δεσμευτικών αυξητικών παραγόντων και κυτοκινών. Sulfs δυνητικά να διαδραματίσουν ένα ρόλο σε μια μηχανισμό κυτταρικής ανάδρασης όπου επεξεργαστείτε τη θείωση των πολλών πρωτεογλυκανών θειικής ηπαρίνης [8]. Αυτό έχει ιδιαίτερο ενδιαφέρον καθώς οι πρωτεογλυκάνες θειικής ηπαρίνης πιστεύεται ότι είναι ο πρωταρχικός παράγοντας σύνδεσης για HPV και τη θεραπεία με ηπαρίνη και θειική ηπαρίνη έχουν ανέστειλαν μόλυνση ορισμένων τύπων HPV [9].

Τρία γονίδια που σχετίζονται κυρίως με την εξέλιξη να CIN3 /καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου

IFNg

, μια κυτοκίνη που παίζει ένα ρόλο στην έμφυτη ανοσία έναντι ιικών ή βακτηριακών λοιμώξεων. Προκαλεί επίσης την οικογένεια ΟΑΚ γονιδίων που οδηγεί στην αποδόμηση του ιικού RNA. Μπορούμε επίσης να αναφέρουν τη σύνδεση μεταξύ των γονιδίων στο

EVER1 /TMC6

και

EVER2 /TMC8

και ένα SNP που βρίσκεται μεταξύ των δύο γονιδίων με την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνο. Μεταλλάξεις σε είτε

EVER1

ή

EVER2

γονιδίων είναι καλά τεκμηριωμένες στη σπάνια καρκίνωμα του δέρματος, επιδερμική δυσπλασία (EV), η οποία χαρακτηρίζεται από μόλυνση με HPV5 [10]. Ότι η κοινή πολυμορφισμοί στο

EVER1

και

EVER2

συνδέονται επίσης με την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνος μπορεί δυνητικά να προτείνει ένα μεγαλύτερο ρόλο, αν και μέτρια, για

EVER1

και

EVER2

γονίδια σε HPV ευαισθησία και μετέπειτα κίνδυνο για τη νόσο.

όπως περιγράφηκε προηγουμένως [5], οι περιορισμοί της μελέτης μπορεί να περιλαμβάνει πιθανή προκατάληψη επιβίωσης όπως τα συμπληρωματικά κρούσματα που εντοπίστηκαν στην Guanacaste έγιναν εκ των υστέρων διαπιστώθηκε και το DNA δεν λήφθηκε για εκλιπόντος περιπτώσεις. Ένας άλλος περιορισμός είναι η ανικανότητά μας να αξιολογηθεί διηθητικό καρκίνο του τραχήλου της μήτρας χωριστά. Οι μελλοντικές μελέτες με μεγαλύτερο αριθμό περιπτώσεων θα χρειαστούν για την αντιμετώπιση κατά πόσον συγκεκριμένα γονίδια που εμπλέκονται στη μετάβαση από την in situ σε διεισδυτική νόσο. Αν και στοχευμένες

a priori

γονίδια και χρησιμοποίησε ένα FDR του & lt? 0.2 για να καθοριστεί ποια γονίδια ήταν αξιοσημείωτη, δεν μπορούμε να αποκλείσουμε την πιθανότητα ψευδών θετικών (ή ψευδώς αρνητικά). Είναι σημαντικό, επειδή ο πληθυσμός μας περιλαμβάνει Κόστα Ricans και γονίδια ετικέτα βάσει του Καυκάσου και Yoruban πληθυσμούς όπου υπάρχουν διαθέσιμα στοιχεία από HapMap, είναι εύλογο ότι το γονίδιο κάλυψη στην Κόστα Ρίκα πληθυσμού μας είναι ελλιπής. δυνάμεις της μελέτης περιλαμβάνουν τον πληθυσμό με βάση το σχεδιασμό της μελέτης μας. Αυτό το σχέδιο προσεγγίζει ένα σχέδιο νομολογία ομάδα δεδομένου ότι το ποσοστό των γυναικών στην ομάδα με CIN3 ή ο καρκίνος είναι μικρός. Μια άλλη δύναμη μελέτη είναι η ικανότητά μας να αξιολογήσει τα γονίδια σχετίζονται με τον HPV επιμονή και γονίδια που σχετίζονται με την εξέλιξη της νόσου. Επιπλέον, η μελέτη μας είχε αυστηρή παρακολούθηση, τεστ HPV και επανεξέταση παθολογίας για ορισμών των κρουσμάτων. Η προσέγγισή μας tag-SNP επέτρεψε επίσης για ευρύτερη κάλυψη κάθε

a priori

έρευνα γονίδιο /περιοχή, σε σύγκριση με πριν από υποψήφιο προσεγγίσεις του γονότυπου SNP-based. αξιολόγησή μας της οδού επιδιόρθωσης του DNA ήταν σχεδόν πλήρης με βάση την πιο πρόσφατη βιβλιογραφία και επιτρέπεται για τις αναλύσεις βάσει διαδρομής. Ωστόσο, ιογενείς δέσμευσης και κυτταρικού γονίδια είσοδο μας δεν ήταν δεκτικά σε παρόμοιες αναλύσεις. Αναγνωρίζουμε ότι μας

a priori

προσέγγιση του δείγματος ένα μικρό υποσύνολο των γονιδίων στο γονιδίωμα και επομένως πιθανό χάσει άλλες σημαντικές ενώσεις. Αυξημένη ισχύ και αναπαραγωγή των αποτελεσμάτων μας απαιτούνται και μεγαλύτερες προσπάθειες σε μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος σε επίπεδο θα πρέπει να ρίξουν πρόσθετο φως σε γονίδια και τις περιφέρειες της σημασίας για τον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας. Η μελέτη μας, ωστόσο, παραμένει η μόνη σχεδιαστεί για να οριοθετηθούν μεταξύ των ενώσεων με HPV επιμονή και την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνο.

Εν κατακλείδι, τα αποτελέσματά μας απαιτούν αναπαραγωγή, αλλά βασιστεί προηγούμενη αναφορά μας, των γενετικών παραλλαγών δυναμικό υποδοχής σχετικά με τους HPV επιμονή και εκείνων που αφορούν την εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνο. Εάν αναπαραχθεί, πρόσθετες μελέτες για να εντοπίσει την αιτιώδη SNP (ες) και τον καθορισμό των βιολογικών ενδιαφέρον τους θα πρέπει να επιδιωχθεί. Οι μελλοντικές προσπάθειες θα πρέπει να περιλαμβάνουν περαιτέρω ανατομή της μακροπρόθεσμης εμμονής που πιθανόν οδηγεί σε εξέλιξη σε σχέση με τις βραχυπρόθεσμες εμμονή που είναι λιγότερο πιθανό να εξελιχθεί σε CIN3 /καρκίνο. Θα πρέπει επίσης να εξεταστεί ο ρόλος των γονιδίων του ξενιστή και HPV μεθυλίωση και ο ρόλος τους σε γονίδια συνάφεια. Τα στοιχεία αυτά είναι σημαντικά για το μέλλον της έρευνας στην αξιολόγηση της αλληλεπίδρασης μεταξύ ιού και ξενιστή γενετικής τον καθορισμό του κινδύνου HPV επιμονή και για εξέλιξη σε CIN3 /καρκίνο.

Μέθοδοι

Πληθυσμός μελέτης

Η παρούσα μελέτη ένθετα μέσα σε μια προοπτική μελέτη βασισμένη στον πληθυσμό των γυναικών σε Guanacaste, Costa Rica. Οι λεπτομέρειες σχετικά με τις μεθόδους μελέτης κοόρτης [11], [12] και του υπο-πληθυσμού έχουν επιλεγεί για γενετικές αναλύσεις [5] έχουν αναφερθεί αλλού. Εν συντομία, η μελέτη φυσικής ιστορίας Guanacaste HPV είναι ένας πληθυσμός που βασίζονται ομάδα των 10.049 γυναικών που προσλαμβάνονται κατά τη διάρκεια μιας περιόδου 18 μηνών το 1993-94 και παρακολουθήθηκαν για επτά χρόνια. . Για τους συμμετέχοντες ομάδα, κύτταρα του τραχήλου ήταν διαθέσιμα για εξέταση DNA HPV όπως περιγράφηκε προηγουμένως [11], [12], καθώς και δείγματα φλεγμονώδη πλακούντα ήταν διαθέσιμα για τον έλεγχο του πολυμορφισμού του γονιδίου υποδοχής

Οι γυναίκες που έχουν επιλεγεί για τη γενετική μελέτη περιλαμβάνονται: ( i) όλες οι γυναίκες στην ομάδα επιβεβαίωσε ιστολογικά με διαδεδομένες ή περιστατικό CIN3 ή καρκίνο (n = 184)? (Ii) όλες οι γυναίκες στην κοόρτη με ενδείξεις HPV επιμονή, που ορίζονται ως οι γυναίκες θετικά για τον ίδιο τύπο HPV σε δύο διαδοχικές επισκέψεις (n = 432) (μέσος όρος μήκους της εμμονής: 25 μήνες)? και (iii) μια τυχαία επιλογή των ελέγχων από την ομάδα (n = 492) [5]. Όπως περιγράφηκε προηγουμένως [5], θα περιλαμβάνονται επίσης 331 συμπληρωματικές CIN3 και τον καρκίνο περιπτώσεις από Guanacaste οι οποίοι δεν ήταν οι συμμετέχοντες στη φυσική μελέτη της ιστορίας, αλλά ήταν ανεξάρτητα διαγνωστεί με CIN3 ή καρκίνο κατά την ίδια περίοδο κατά την οποία διεξήχθη μελέτη φυσικής ιστορίας μας. Σημειώνουμε ότι αυτές οι συμπληρωματικές περιπτώσεις ήταν ελαφρώς μεγαλύτερης ηλικίας, λόγω του μεγαλύτερου ποσοστού των καρκίνων σε σύγκριση με ομάδα που βασίζεται σε υποθέσεις μας, όπου υπήρχε ένα υψηλότερο ποσοστό των CIN3. Αλληλόμορφο συχνότητες ήταν συγκρίσιμα μεταξύ της ομάδας και του συμπληρωματικού περιπτώσεις μας, δικαιολογούν την συνδυασμού των δύο ομάδων για γενετικές αναλύσεις (5).

Δήλωση Ηθικής

Η μελέτη εγκρίθηκε τόσο από το US NCI και Κόστα Ρίκα Institutional Review Boards και όλα τα θέματα που υπέγραψε ενημερωμένη συγκατάθεση.

Εργαστηριακές Μέθοδοι

εκχύλιση του DNA.

Το DNA που εξάγεται από φλεγμονώδεις πλακούντες με Puregene κιτ καθαρισμού /πρωτόκολλο Autopure (Gentra Συστήματα ) σε SeraCare (Frederick, MD). Για τις συμπληρωματικές περιπτώσεις η εξαγωγή DNA έγινε στο Πανεπιστήμιο της Κόστα Ρίκα χρησιμοποιώντας το ίδιο κιτ /πρωτόκολλο.

τεστ HPV.

PCR-based τεστ HPV DNA με L1 MY09 /MY11 συναίνεση αστάρι μεθόδους [11], [13], [14] διεξήχθη σε κύτταρα του τραχήλου αποθηκευμένα σε στάνταρ μέσο μεταφοράς (Qiagen, Germantown, MD) από μόνο του φυσικού μελέτη ιστορίας. Επειδή κύτταρα του τραχήλου δεν ελήφθησαν από τις συμπληρωματικές περιπτώσεις, HPV αποτελέσματα δεν είναι διαθέσιμα για αυτές τις γυναίκες. Για τους σκοπούς της ανάλυσης HPV-περιορισμένη, οι περιπτώσεις συμπληρωματικά προκαρκινικών /ο καρκίνος θεωρείται ότι είναι HPV-θετικά λόγω της παρούσας γνώση ότι ογκογόνων είναι μια καθιερωμένη και απαραίτητο παράγοντα κινδύνου για την αυχενική προκαρκινικά στάδια /καρκίνο.

Host του γονότυπου.

γονοτυπικός των SNPs ετικέτα από 305 υποψήφια γονίδια /περιοχές (γονίδια και SNPs σχολιασμένο στον πίνακα S1) υπέθεσαν ότι εμπλέκεται σε τραχήλου της μήτρας progession καρκίνο ή HPV επιμονή διεξήχθη στο Μηχανισμό NCI πυρήνα Γονοτυπικές (Advanced Technology Center, Gaithersburg , MD? https://snp500cancer.nci.nih.gov) [15] χρησιμοποιώντας ένα ειδικά σχεδιασμένο δοκιμασία iselect Infinium (Illumina, www.illumina.com). Η Infinium περιελάμβανε συνολικά 27.904 SNPs ετικέτα, του οποίου υποψήφια γονίδια μας /περιοχές εκπροσωπείται 7765 SNPs. SNPs ετικέτα για τα 305 υποψήφια γονίδια επιλέχθηκαν από την designable σύνολο κοινών SNPs (ελάσσονα συχνότητα αλληλόμορφο (MAF) & gt? 5%) γονότυπου στο Καυκάσου (CEU) και Yoruban (YRI) δείγμα του πληθυσμού του Προγράμματος HapMap (Data Release 20 /Φάση ΙΙ, NCBI Build 36,1 συναρμολόγηση, dbSNPb126) με τη χρήση του λογισμικού Tagzilla (https://tagzilla.nci.nih.gov/), η οποία υλοποιεί έναν αλγόριθμο σήμανσης με βάση την κατά ζεύγη μέθοδο ενδοχείαση της Carlson

et al

. [16]. Επειδή δεν υπάρχει Κόστα Ρίκα πληθυσμού στο πρόγραμμα HapMap για την οποία θα μπορούσαμε να επιλέξετε SNPs, συμπεριλάβαμε tagging για την YRI πέραν του πληθυσμού CEU για τη βελτίωση της πιθανότητας μας για την επίτευξη κάλυψης του γονιδίου στον πληθυσμό μας. Για κάθε πρωτότυπο γονίδιο στόχο, SNPs εντός της περιοχής που εκτείνεται 20 kb 5 ‘της έναρξης της μεταγραφής (εξόνιο 1) έως 10 kb 3’ από το τέλος του τελευταίου εξονίου ομαδοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα κατώφλι ενδοχείαση του r

2 & gt? 0.8 να ορίσει ένα γονίδιο /περιοχή. Όταν υπήρχαν πολλαπλές μεταγραφές που διατίθενται για τα γονίδια, αξιολογήθηκε μόνο η κύρια μεταγραφή.

Ο ποιοτικός έλεγχος (QC).

SNPs Tag που απέτυχε κατασκευής (παραγγελθεί αλλά δεν μετατροπή), απέτυχε η επικύρωση ( καμία ενίσχυση ή clustering) και δοκιμασίες που είχε λιγότερο από το 80% την ολοκλήρωση ή 80% συμφωνία με τα 90 δείγματα HapMap CEU που χρησιμοποιούνται για την επικύρωση αποκλείστηκαν (n = 104). SNPs με χαμηλό ποσοστό ολοκλήρωσης (& lt? 90% των δειγμάτων) αποκλείστηκαν περαιτέρω (Ν = 138). SNPs με QC ασυμφωνία μεταξύ των 100 QC διπλότυπα μας και μεταξύ HapMap δείγματα & lt? 98% εξαιρέθηκαν (n = 383). Αποκλείσαμε επίσης δείγματα με χαμηλό ποσοστό ολοκλήρωσης (& lt? 90%) (Ν = 7). Hardy-Weinberg ισορροπία αξιολογήθηκε μεταξύ ελέγχων. SNPs εμφανίζουν ενδείξεις απόκλισης από Hardy-Weinberg αναλογίες (n = 49, p & lt? 0.0001) σημειώνονται στον Πίνακα S1. Αν και τα δεδομένα QC μας δεν δείχνουν καμία πρόδηλη πλάνη του γονότυπου και σας παρουσιάζουμε τα αποτελέσματά τους, σημειώνουμε προσοχή στην ερμηνεία των εν λόγω επιλέξτε αποτελέσματα. Από τους 7.765 προτέρων SNPs, 7140 SNPs συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα ανάλυση μας.

Τελική πληθυσμού αναλυτική.

Εμείς αξιολογήθηκαν συνολικά 416 γυναίκες διαγιγνώσκονται με CIN3 ή καρκίνο, 356 γυναίκες με HPV επίμονη λοίμωξη, και 425 τυχαίων ελέγχων για τους οποίους επικυρωμένα αποτελέσματα του γονότυπου ελήφθησαν.

Στατιστική Ανάλυση

αναλύσεις pathway- και γονιδιακή /περιοχή που βασίζεται.

Έχουμε λάβει pathway- και το γονίδιο /περιοχή που βασίζεται σύνοψη των ενώσεων χρησιμοποιώντας την προσαρμοστική συνδυασμό του p-τιμές [17], [18], η οποία συνδυάζει το γονίδιο-επίπεδο αποδεικτικών στοιχείων σύνδεσης μέσω της μεθόδου προϊόν προσαρμοστική κατάταξη περικοπεί. Για να ληφθεί υπόψη για πολλαπλές συγκρίσεις, εφαρμόσαμε τη μέθοδο ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) της Benjamini και Hochberg [19]. αναλύσεις βάσει διαδρομής διεξήχθησαν για τα γονίδια επιδιόρθωσης του DNA? δεν διεξήχθησαν για ιογενείς λοιμώξεις και την είσοδο των κυττάρων γονίδια, καθώς μόνο επιλέξετε γονίδια στοχευμένες για την αξιολόγηση και μαζί δεν αντιπροσωπεύει πλήρως ένα μονοπάτι.

ενώσεις SNP-based.

Εμείς υπολογίζεται λόγοι πιθανοτήτων ( OR) και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (95% CI) για κάθε γονότυπο με κάθε αποτέλεσμα ασθένεια, χρησιμοποιώντας το ομόζυγο άγριου τύπου (WT) γονότυπο όπως την ομάδα αναφερόμενο. Πρέπει πρώτα σε σύγκριση περιπτώσεις CIN3 /καρκίνο σε τυχαίους ελέγχους. Αξιολογήσαμε περαιτέρω εάν οι στατιστικά σημαντικές συσχετίσεις για CIN3 /καρκίνο ήταν συνεπής για HPV επιμονή και /ή εξέλιξη της νόσου με τις ακόλουθες αντίστοιχες συγκρίσεις: (i) HPV persisters σε σύγκριση με δειγματοληπτικούς ελέγχους και (ii) περιπτώσεις CIN3 /καρκίνου σε σύγκριση με HPV persisters.

Εμείς διεξάγονται τόσο αργό και αναλύσεις προσαρμοστεί για την ηλικία (& lt? 30, 30-49, 50+ ετών). Για κάθε αποτέλεσμα, υπολογίσαμε το

P

τάση με βάση το τακτικό μεταβλητή τριών επιπέδων (0, 1, και 2) της ομοζυγώτη WT, ετεροζυγώτη, και παραλλαγή ομοζυγώτες σε ένα μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης. Για την αξιολόγηση των ενώσεων με HPV επιμονή, πραγματοποιήσαμε επίσης αναλύσεις όπου HPV επιμονή και οι έλεγχοι περιορίστηκαν σε οποιοδήποτε ογκογόνο-HPV λοίμωξη (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68 ). Όλα τα μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης ήταν άνευ όρων και διεξάγεται με τη χρήση SAS έκδοση 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).

αναλύει Απλότυπου.

Διενεργήσαμε απλότυπος αναλύσεις χρησιμοποιώντας δύο μεθόδους. Κατ ‘αρχάς, αξιολογήσαμε τον κίνδυνο του καρκίνου, της εξέλιξης και της HPV επιμονή που σχετίζονται με απλοτύπων που ορίζεται από SNPs μέσα σε ένα συρόμενο παράθυρο των τριών τόπων σε ένα γονίδιο (ΗΑΡΙΌ Στατιστικά, έκδοση 1.2.1, haplo.score.slide, http: //mayoresearch.mayo .edu /Mayo /έρευνα /schaid_lab /software.cfm) για όλα τα γονίδια. Μια παγκόσμια στατιστική όρος χρησιμοποιήθηκε για να συνοψίσει τα στοιχεία της σύνδεσης της νόσου με τις απλοτύπων για κάθε παράθυρο. Δεύτερον, οπτικοποιούνται δομές απλότυπος για τα γονίδια όπου p & lt? 0,01 για ανάλυση γονιδίων /περιοχής με βάση τη χρήση Haploview, έκδοση 3.11 [20] βασίζεται σε μέτρα ζεύγη ανισορροπία σύνδεσης μεταξύ των SNPs. Για μπλοκ της ανισορροπίας σύνδεσης, πήραμε ΕΑΠ και εμπιστοσύνης επιπέδου 95% για τις υποκείμενες απλοτύπων με την παραδοχή ενός μοντέλου πρόσθετης ύλης (haplo.glm, ελάχιστη συχνότητα απλότυπος 1%). Όλες οι αναλύσεις απλότυπος προσαρμόστηκαν ως προς την ηλικία.

Ευχαριστίες

Ευχαριστούμε θερμά τους Drs. Chris Buck και την Ημέρα της Patricia για την επιστημονική τους συμβολή στο προτείνοντας υποψήφια γονίδια για την αξιολόγηση σε σχέση με τη σημασία τους στην πρόσδεση του HPV. Είμαστε ευγνώμονες για την Σαμπρίνα Chen από τις υπηρεσίες της διαχείρισης πληροφοριών, Inc. (IMS) για τη διαχείριση των δεδομένων και την υποστήριξη του προγραμματισμού. Είμαστε ευγνώμονες για την Amy Hutchinson και Belynda Hicks για τη διαχείρισή τους από αυτή του γονότυπου προσπάθεια διευκόλυνσης NCI πυρήνα Γονοτυπικές και για την επιστημονική συμβολή τους στην έρευνα μας προσπάθειες. Τα αποτελέσματα παρουσιάστηκαν εν μέρει στο 25

ου Διεθνούς Συνεδρίου ανθρώπινων θηλωμάτων, Μάλμο, Σουηδία, Μάιος 2009.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s001

(0.83 MB XLS)

Πίνακας S2.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s002

(0,61 MB DOC)

Πίνακα S3.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s003

(0,11 MB DOC)

Πίνακας S4.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s004

(5,99 MB XLS)

Πίνακας S5.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s005

(0,09 MB DOC)