Αφηρημένο

Ιστορικό και Σκοπός

Η ανώμαλη υπερμεθυλίωση των γονιδίων που σχετίζονται με τον καρκίνο έχει αναδειχθεί ως μια πολλά υποσχόμενη στρατηγική για την ανάπτυξη διαγνωστικών, προγνωστικών και πρόβλεψης βιοδείκτες στον καρκίνο του ανθρώπου, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του παχέος εντέρου ( CRC). Ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν να εκτελέσει μια συστηματική και περιεκτική ανάλυση μιας ομάδας CRC-ειδικών γονιδίων ως πιθανές διαγνωστικές, προγνωστικές και πρόβλεψης βιοδεικτών σε μια μεγάλη, βασισμένη στον πληθυσμό CRC ομάδα.

Ασθενείς και Μέθοδοι

κατάσταση μεθυλίωσης των

SEPT9, TWIST1, IGFBP3, GAS7, ALX4 και miR137

μελετήθηκε με ποσοτική θειώδους Pyrosequencing σε έναν πληθυσμό που βασίζονται ομάδα των 425 ασθενών CRC.

Αποτελέσματα

επίπεδα μεθυλίωσης όλων των γονιδίων που αναλύθηκαν ήταν σημαντικά υψηλότερα σε ιστούς όγκου σε σύγκριση με την κανονική βλεννογόνο (ρ & lt? 0.0001)? Ωστόσο, ο καρκίνος σχετίζεται με υπερμεθυλίωση ήταν πιο συχνά παρατηρούμενες για

miR137

(86,7%) και

IGFBP3

(83%) σε ασθενείς CRC. ανάλυση μεθυλίωσης χρησιμοποιώντας το συνδυασμό αυτών των δύο γονιδίων απέδειξαν μεγαλύτερη ακρίβεια για τον εντοπισμό του κόλου όγκων (ευαισθησία 95,5%? ειδικότητα 90,5%). Τα χαμηλά επίπεδα του

IGFBP3

μεθυλίωση υποστηρικτής αναδειχθεί ως ανεξάρτητος παράγοντας κινδύνου για την πρόβλεψη της κακής επιβίωσης χωρίς νόσο στο στάδιο ΙΙ και ΙΙΙ ασθενείς CRC (HR = 0,49, 95% CI: 0,28 – 0,85, p = 0,01). Τα αποτελέσματά μας δείχνουν επίσης ότι το στάδιο ΙΙ & amp? ασθενείς III CRC με υψηλά επίπεδα

IGFBP3

μεθυλίωση δεν επωφελούνται από ανοσοενισχυτικό 5FU χημειοθεραπεία με βάση.

Συμπέρασμα

Με την ανάλυση ενός μεγάλου, βασισμένη στον πληθυσμό CRC ομάδα, έχουμε καταδεικνύουν την πιθανή κλινική σημασία του

miR137

και

IGFBP3

υπερμεθυλίωση ως ελπιδοφόρα διαγνωστική βιοδείκτες στο CRC. Τα δεδομένα μας αποκάλυψε, επίσης, ότι

IGFBP3 υπερ

μεθυλίωση μπορεί να χρησιμεύσει ως ανεξάρτητος προγνωστικός και πρόβλεψης βιοδείκτη στο στάδιο ΙΙ και ΙΙΙ ασθενείς CRC

Παράθεση:. Perez-Carbonell L, Μπαλαγκέρ F, Toiyama Υ, Egoavil C, Rojas Ε, Guarinos C, et al. (2014)

IGFBP3

Η μεθυλίωση είναι ένα μυθιστόρημα διάγνωσης και πρόβλεψης βιοδεικτών στον Καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 9 (8): e104285. doi: 10.1371 /journal.pone.0104285

Επιμέλεια: Hassan Ashktorab, Πανεπιστήμιο Howard, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 4 Απριλίου του 2014? Δεκτές: 7 Ιούλ 2014? Δημοσιεύθηκε: 15 του Αυγούστου, 2014

Copyright: © 2014 Perez-Carbonell et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. Η παρούσα εργασία υποστηρίχθηκε από επιχορήγηση R01 CA72851 και CA181572 από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας και κεφαλαίων από το Ινστιτούτο Ερευνών Baylor. Lucia Perez-Carbonell είναι αποδέκτης μιας 2012 μετα-διδακτορική υποτροφία από Fundación Alfonso Martín Escudero. Francesc Balaguer είναι αποδέκτης της επιχορήγησης από το Instituto de Salud Carlos III (PI10 /00384). CIBEREHD χρηματοδοτείται από το Instituto de Salud Carlos III. Κάρλα Guarinos είναι αποδέκτης της επιχορήγησης από την Generalitat Valenciana (Vali + D Acif /2010/018). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Ajay Goel είναι ένα PLoS ONE Συντακτική μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE Editorial πολιτικές και κριτήρια.

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) είναι ένας από τους συχνότερους καρκίνους στις δυτικές χώρες, και είναι η δεύτερη κύρια αιτία θανάτων από καρκίνο σχετίζονται σε ενήλικες [1]. Συσσωρευμένα στοιχεία δείχνουν ότι επιγενετικές μεταβολές διαδραματίζουν ουσιαστικό ρόλο στην παθογένεση της CRC. Η ανώμαλη μεθυλίωση του DNA αποτελεί ένα από τα πιο μελετημένα επιγενετική μεταβολή, και είναι καλά κατανοητό ότι ογκοκατασταλτικά γονίδια συχνά σιγήσει από μεθυλίωση των CpG νησίδων που διαμένουν συνήθως σε περιοχές 5 ‘των περίπου το ήμισυ όλων των ανθρώπινων γονιδίων [2], [3 ], [4]. Η μεταγραφική αποσιώπηση ογκοκατασταλτικών γονιδίων έχει αναδειχθεί ως ένα σημαντικό βήμα στην σταδιακή διαδικασία του παχέος καρκινογένεσης. Επιγενετικές διαταραχές, ιδιαίτερα υπερμεθυλίωση του DNA, μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την έγκαιρη ανίχνευση των προκαρκινικών αλλοιώσεων, συμπεριλαμβανομένων αδενωματώδεις πολύποδες στο παχύ έντερο, και είναι παρούσα σε μη νεοπλασματικών ιστών δίπλα στο αδενωματώδεις πολύποδες και οι καρκίνοι του παχέος εντέρου [5], [6] . Εκτός από τη χρήση τους ως διαγνωστικά βιοδείκτες, επιγενετικές μεταβολές δείχνουν υπόσχεση σαν καθοριστικοί παράγοντες της πρόγνωση καρκίνου, καθώς και βιοδείκτες για την ανταπόκριση στις ειδικές χημειοθεραπείες [7], [8].

CRC, συστηματική γονιδιώματος σε επίπεδο προσεγγίσεων έχουν εντοπιστεί αρκετά γονίδια που δείχνουν υπερμεθυλίωση προαγωγού όγκου ειδικό που μπορεί δυνητικά να εξελιχθεί σε κλινικά σχετικές διαγνωστικές, προγνωστικές και προγνωστική βιολογικών δεικτών. Στο πλαίσιο της CRC, αρκετές τέτοιες βιοδείκτες έχουν πρόσφατα περιγραφεί ως δυνητικά ελπιδοφόρα διαγνωστικά βιοδείκτες, συμπεριλαμβανομένων:

SEPT9

(Septin 9), ένα μέλος της οικογένειας των Septin εμπλέκονται στην κυτταροκίνηση και τον έλεγχο του κυτταρικού κύκλου [9], [10], [11]?

ALX4

(πρωτεΐνη ομοιοκυτίου aristaless μοιάζει 4), ένας παράγοντας μεταγραφής που εμπλέκονται στο κρανίο και την ανάπτυξη των άκρων [12], [13]?

TWIST1

(Twist ομόλογο 1), ένα αντι-αποπτωτικά και pro-μεταστατικό παράγοντα μεταγραφής [14], [15]?

IGFBP3

, ένα μέλος της οικογένειας σύνδεση με τις πρωτεΐνες του αυξητικού παράγοντα που μοιάζει με ινσουλίνη (ινσουλίνη-όπως αναπτύχθηκε παράγοντα πρωτεΐνη 3 σύνδεσης) [16]?

GAS7

(διακοπή της ανάπτυξης ειδικών 7), που παίζει ένα υποθετικό ρόλο στην νευρωνική ανάπτυξη [17], [18]? και

miR137

, μια μη κωδικοποίησης microRNA το οποίο είναι ενσωματωμένο σε ένα νησί CpG [17], [19], [20], [21]. Ωστόσο, μέχρι σήμερα, κανένας από αυτούς τους δείκτες μεθυλίωσης έχουν υποστεί μια συστηματική επικύρωση σε μια μεγάλη σειρά ασθενών CRC να εξακριβωθεί πλήρως το δυναμικό τους ως κλινικά χρήσιμη διαγνωστική, προγνωστική ή προγνωστική βιοδείκτες. Για το λόγο αυτό, με στόχο τη διερεύνηση της διαγνωστικής, προγνωστικής και προγνωστική αξία της

SEPT9, TWIST1, ALX4, IGFBP3, GAS7

, και

miR137

υπερμεθυλίωση προαγωγού σε ένα μεγάλο, καλά χαρακτηρίζεται, βασισμένη στον πληθυσμό CRC ομάδα. Επιπλέον, εξετάσαμε τις ενώσεις μεταξύ της κατάστασης μεθυλίωσης των επιμέρους δεικτών και ο συνδυασμός τους με τα κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά σε αυτά τα πρωτογενή ΚΕΣ και για την πρώτη έκθεση φορά που

IGFBP3

υπερμεθυλίωση είναι μια πολλά υποσχόμενη διαγνωστική και προγνωστική βιοδείκτη σε ασθενείς CRC.

Υλικό και Μέθοδοι

ασθενείς

Αυτή η μελέτη συμπεριέλαβε 425 ασθενείς CRC που είχαν εγγραφεί ως μέρος του έργου Epicolon-Ι, η οποία είναι μια βασισμένη στον πληθυσμό μελέτη της CRC ως περιγράφηκε προηγουμένως [22], [23], [24]. Δεδομένου ότι αυτή η μελέτη είχε ως σκοπό να καθορίσει την προγνωστική και προβλεπτική δυναμικό των βιοδεικτών μεθυλίωσης, τα δείγματα των ασθενών που συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη επιλέχθηκαν τυχαία από μία προηγουμένως περιγραφείσα σειρά ασθενών για τους οποίους υπήρχαν διαθέσιμα δεδομένα παρακολούθησης [7], [25], [26 ]. Δημογραφικά, κλινικά και όγκων που σχετίζονται με τα χαρακτηριστικά του probands, καθώς και ένα λεπτομερές οικογενειακό ιστορικό, ελήφθησαν χρησιμοποιώντας προηγουμένως συσταθεί ερωτηματολόγιο [22]. Οι κλινικοπαθολογοανατομικών και μοριακά χαρακτηριστικά των ασθενών που συμμετείχαν σε αυτές τις μελέτες που περιγράφονται στον Πίνακα S1. Η μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας όλων των συμμετεχόντων νοσοκομείων στην ομάδα EPICOLON (Νοσοκομείο 12 de Octubre, Μαδρίτη? Hospital Clinic, Βαρκελώνη? Νοσοκομείο Clínico Universitario, Σαραγόσα? Νοσοκομείο Cristal-Pinor, Complexo HOSPITALARIO de Ourense? Parc de Salut Mar, Barcelona? Νοσοκομείο Ντονόστια, CIBERehd, Πανεπιστήμιο της χώρας των Βάσκων, Σαν Σεμπαστιάν? Γενικό Νοσοκομείο Universitario de Alicante? Γενικό Νοσοκομείο de Granollers? Γενικό Νοσοκομείο de Vic? Γενικό Νοσοκομείο Universitario de Guadalajara και Fundación para la Formación e Investigación Sanitarias Μούρθια? Γενικό Νοσοκομείο Universitario de Βαλένθια), και γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από κάθε ασθενή. Η κατάσταση μεθυλίωσης υποκινητής έξι γονιδίων (

SEPT9, TWIST1, IGFBP3, GAS7, ALX4

και

miR-137

) αναλύθηκε σε όλους τους 425 ασθενείς CRC, καθώς επίσης και σε κανονικό κολονικό βλεννογόνο από 21 υγιή άτομα με φυσιολογική κολονοσκόπηση.

εξαγωγή DNA και όξινο θειώδες τροποποίηση

το γονιδιακό DNA εξήχθη από παραφίνη-ενσωματωμένες ιστό του όγκου (FFPE) δείγματα στη μελέτη Epicolon-I. Υπό την εποπτεία του παθολόγος μελέτης, εξετάστηκαν τομές ιστών προσεκτικά, οι περιοχές του όγκου εμπλουτισμένο εντοπίστηκαν και προσεκτικά τεμαχίζεται για την εκχύλιση του DNA. Μετά την απομάκρυνση παραφίνης με ξυλόλιο, το DNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας QIAamp DNA Mini κιτ, σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Qiagen, Valencia, CA). Το προκύπτον γονιδιωματικό DNA τροποποιήθηκε με νάτριο-όξινο θειώδες χρησιμοποιώντας το EZ Μεθυλίωση Gold Kit (Zymo Research, Orange, CA).

Η μεθυλίωση του DNA ανάλυση

Bisulfite Pyrosequencing διεξήχθη για ποσοτική ανάλυση μεθυλίωσης όπως προηγουμένως περιγράφεται (Σχήμα S1) [7], [25], [26]. Οι εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν σχεδιάστηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό σχεδιασμού PyroMark 1.0 και Pyrosequencing προσδιορισμοί εκτελούνται στο όξινο θειώδες-τροποποιημένο DNA (Πίνακας S2 και Πληροφοριών S1). Οι μέσες ποσοστό μεθυλίωσης για όλες τις τοποθεσίες CpG σε κάθε δοκιμασία υπολογίστηκε για κάθε γονίδιο /δείκτη. Η μεθυλίωση τιμές cut-off προσδιορίστηκαν για κάθε δείκτη με βάση τις μέσες επίπεδα μεθυλίωσης που παρατηρήθηκαν σε φυσιολογικά κολονικό βλεννογόνο από υγιή άτομα 2 τυπικές αποκλίσεις. Πρόσθετες επιβεβαιωτική ανάλυση μεθυλίωσης για

IGFBP3

επίσης αναλάβει μία δοκιμασία ποσοτική MSP (qMSP) για τον υποκινητή /exon1 CpG νησίδα με τη χρήση των εκκινητών και PCR συνθήκες όπως περιγράφηκε προηγουμένως [27].

CpG νησί Methylator φαινότυπο (CIMP) και αστάθεια μικροδορυφόρου (MSI) κατάσταση

Η κατάσταση CIMP των δειγμάτων CRC από την ομάδα Epicolon-Ι είχε προηγουμένως προσδιορίζεται με τη χρήση θειώδους Pyrosequencing των δεικτών CIMP

CACNAG1

,

SOCS1

,

RUNX3

,

NEUROG1

, και

MLH1

, όπως αναφέρθηκε προηγουμένως [7]. Μια CRC θεωρήθηκε CIMP-θετικό εάν τουλάχιστον 3/5 υποκινητές μεθυλιώθηκαν [7]. δοκιμών αστάθεια μικροδορυφόρου (MSI) πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας BAT26 και NR24 quasimonomorphic σημειωτές όπως περιγράφηκε προηγουμένως [28]. Όγκοι ταξινομούνται ως MSI-θετική όταν είτε δείκτης είχε μεταλλαχθεί, και κρίθηκαν μικροδορυφορικού σταθερό (MSS) όταν ούτε δείκτη αποδειχθεί κανένα αποδεικτικό στοιχείο για τη γενετική αστάθεια.

BRAF

μετάλλαξη

παρουσία του

V600E BRAF

μετάλλαξη σε δείγματα CRC ανιχνεύθηκε χρησιμοποιώντας ανιχνευτές TaqMan και ένα σύστημα ΑΒΙ Prism 7500 ακολουθία ανίχνευσης (Applied Biosystems, Foster City, CA), με διάκριση αλληλόμορφων, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [29]. οι

Στατιστική Ανάλυση

οι συνεχείς μεταβλητές αναφέρονται ως μέση τιμή + τυπική απόκλιση (SD), ενώ οι κατηγορικές μεταβλητές αναφέρεται ως συχνότητα ή ποσοστά. Στατιστικές διαφορές των αρχικών χαρακτηριστικών μεταξύ των ομάδων αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το χ

2 τεστ για κατηγορικά δεδομένα, που ακολουθείται από την εφαρμογή της διόρθωσης Yates και το Mann-Whitney U για την ποσοτική ανάλυση των δεδομένων. Τα πρωτογενή αποτελέσματα αυτής της μελέτης ήταν η συνολική επιβίωση (OS) και την επιβίωση ελεύθερη νόσου (DFS). Αναλύσεις των δύο αποτελεσμάτων διεξήχθησαν για ολόκληρη την ομάδα CRC, και χωριστά στο υποσύνολο των ασθενών σταδίου II και III CRC προκειμένου να αξιολογηθεί ειδικά η επίδραση της κατάστασης μεθυλίωσης στο πρόγνωση και την αντίδραση σε επικουρική χημειοθεραπεία. OS ορίστηκε ως ο χρόνος από την εγγραφή σε θάνατο, και DFS ορίστηκε ως ο χρόνος από εγγραφή έως θανάτου από οποιαδήποτε αιτία ή την πρώτη υποτροπή. Τα στοιχεία σχετικά με το λειτουργικό σύστημα και DFS είχαν λογοκριθεί σε 1100 ημέρες από την ημερομηνία της διάγνωσης του καρκίνου. CRC όγκοι διακρίνονται σε ομάδες υψηλής και χαμηλής κατάσταση μεθυλίωσης χρησιμοποιώντας Receiver Operating καμπύλης Χαρακτηριστικά (ROC) ανάλυση. Η ανάλυση Kaplan-Meier διεξήχθη για να εκτιμηθούν οι κατανομές των DFS και OS στο στάδιο ΙΙ και ΙΙΙ ασθενείς. διανομές επιβίωσης συγκρίθηκαν χρησιμοποιώντας το τεστ log rank. Μια πολυπαραγοντική ανάλυση για τον προσδιορισμό των δεικτών κινδύνου για θάνατο ή όγκου επανάληψης έγινε χρησιμοποιώντας πολλές μεταβλητές, συμπεριλαμβανομένων, λεμφαδένα μετάσταση, το στάδιο TNM, MMR κατάσταση, όγκου βαθμό διαφοροποίησης, την ηλικία και την επικουρική χημειοθεραπεία. Περαιτέρω αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση αναλογικού κινδύνου παλινδρόμησης του Cox με σταδιακό τρόπο για να ελεγχθεί η επίδραση της κατάστασης μεθυλίωσης ενός δεδομένου γονιδίου /δείκτη με DFS και την αλληλεπίδρασή της με χημειοθεραπεία. Οι αναλογίες κινδύνου και διάστημα εμπιστοσύνης 95% (95% CI) για θάνατο υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας Cox μοντέλων επιβίωσης. Όλες οι αναφερόμενες τιμές ρ είναι δύο όψεων, και οι τιμές ρ & lt? 0,05 θεωρήθηκαν σημαντικές. Όλοι οι υπολογισμοί πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του SPSS 10.0 ή GraphPad Prism 4.0 λογισμικό στατιστικής.

Αποτελέσματα

Στη σειρά μας 425 περιπτώσεις CRC, η μέση τιμή ± SD ηλικία των ασθενών ήταν 70,4 + -11 χρόνια, και υπήρχαν περισσότεροι άνδρες ασθενείς από τις γυναίκες (252/425? 60,3%). Από τους 425 όγκους, 117 (27,9%) βρίσκονταν στο εγγύς κόλον, 151 (36,2%) ήταν στο άπω κόλον, και 150 (35,9%) βρίσκονταν στο ορθό. Περίπου το 12,8% των περιπτώσεων ήταν σταδίου Ι, 33,7% σταδίου ΙΙ, 39,7% σταδίου ΙΙΙ και 13,7% το στάδιο IV όγκων. Βρήκαμε ότι 35/425 (8,2%) CRCs ήταν MSI, 90/303 (29,7%) ήταν CIMP-θετικά, και 21/191 (10,9%) έτρεφε μια σωματική μετάλλαξη V600E στο

BRAF

γονίδιο. Όπως ήταν αναμενόμενο, η CIMP-θετικό φαινότυπο ήταν πιο συχνά συνδέεται με MSI και την παρουσία του

BRAF

V600E μετάλλαξη (22,3% έναντι 2,3%, p & lt? 0,0001 για το φαινότυπο MSI, και 31% έναντι 1,5% , p & lt? 0,0001 για το

BRAF

μετάλλαξη V600E)

Διαγνωστική σημασία των δεικτών μεθυλίωσης στο CRC

Τα επίπεδα μεθυλίωσης μέση τιμή για κάθε γονίδιο σε πρωτογενείς ιστούς CRC ήταν:. 23.8 % για

SEPT9

, 50,5% για το

TWIST1

, 44,9% για το

IGFBP3

, 50,2% για το

GAS7

, 36,5% για το

ALX4

, και 35,3% για το

miR137

. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 1, τα επίπεδα μεθυλίωσης του κάθε γονιδίου ήταν σημαντικά υψηλότερα σε CRC έναντι φυσιολογικού βλεννογόνου από υγιή άτομα (

ρ

& lt? 0,0001 έως

ρ

& lt? 0,0005 για όλες τις συγκρίσεις). Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν τον καρκίνο-ειδικότητα για υπερμεθυλίωση αυτών των γονιδίων και να δημιουργήσουν μια λογική για την αξιοποίησή τους ως πιθανών διαγνωστικών βιοδεικτών για CRC, θεωρώντας ότι όλες οι 6 δείκτες απέδειξαν υπερμεθυλίωση σε όλα τα στάδια του ΚΕΣ (Σχήμα 2).

Bisulfite αποτελέσματα Pyrosequencing για μεθυλίωση του

SEPT9

(Α),

TWIST1

(Β),

IGFBP3

(C),

ALX4

(D),

GAS7

(Ε) και

miR137

(F) γονίδια τη σύγκριση της κανονικής βλεννογόνου από υγιείς μάρτυρες (Ν-Ν) και πρωτογενείς όγκους από ασθενείς CRC.

Η

Bisulfite Pyrosequencing τα αποτελέσματα της μεθυλίωσης του

sept9

(α),

twist1

(β),

IGFBP3

(γ),

alx4

(δ),

gas7

(ε) και

mir137

(στ) τη σύγκριση της κανονικής βλεννογόνου από υγιείς ασθενείς (ΝΝ) και πρωτογενείς όγκους από CRC ασθενείς όλων των σταδίων ΤΝΜ I-IV. n (αριθμός ατόμων)? διάμεση μεθυλίωσης (%).

Η

Για την αξιολόγηση της απόδοσης του κάθε δείκτη μεθυλίωσης ξεχωριστά για CRC διάγνωση, τα αποτελέσματα της μεθυλίωσης αναλύθηκαν ως κατηγορική μεταβλητή. Κατά συνέπεια, κάθε γονίδιο είχε χαρακτηριστεί ως μεθυλιωμένο όταν μέσα επίπεδα μεθυλίωσης ήταν υψηλότερο από 7,1% για το

SEPT9

, 35,7% για το

TWIST

, 27,5% για το

IGFBP3

, 53,5% για

GAS7

, 28,5% για το

ALX4

, και 11,9% για το

miR137

. Με βάση αυτές τις αναλύσεις, οι πιο συχνά μετουσιωμένο δείκτες σε ιστούς CRC ήταν η

miR-137

γονίδιο (302/344, 87,7%), ακολουθούμενη από

IGFBP3

(289/348, 83% ),

TWIST1

(269/356, 75,6%),

SEPT9

(244/346, 70,5%),

ALX4

(214/350, 61,1%), και

GAS7

(164/378, 43,3%). Να αξιολογήσει περαιτέρω κατά πόσον ένας συνδυασμός των δεικτών θα ενισχύσει περαιτέρω τη διαγνωστική ακρίβεια της δοκιμασίας, αναλύσαμε πάνελ συνδυασμό δείκτη και διαπίστωσε ότι το

miR137

+

IGFBP3

συνδυασμό απέδωσε μια διαγνωστική ακρίβεια 86% , ακολουθούμενο από

TWIST1

+

IGFBP3

(82,7%) και

TWIST1

+

miR137

(78,5%). Επιπλέον, βρήκαμε ότι ο συνδυασμός του

miR137

+

IGFBP3

+ TWIST1 μεθυλίωση είχε την υψηλότερη διαγνωστική ακρίβεια, 92%, όπως φαίνεται στον Πίνακα 1.

Η

κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά που σχετίζονται με τους βιοδείκτες μεθυλίωση

Είμαστε δίπλα διερευνηθεί η σχέση μεταξύ των διαφόρων κλινικοπαθολογοανατομικών και μοριακά χαρακτηριστικά και την ένωσή τους με παρεκκλίνουσα μεθυλίωση των έξι γονίδια που αναλύονται σε αυτή τη μελέτη. Οι κλινικοπαθολογοανατομικές μεταβλητές περιλάμβαναν την ηλικία, το φύλο, TNM στάσης και τη θέση του όγκου, και οι μοριακοί παράγοντες περιλαμβάνονται το καθεστώς MMR, φαινότυπο CIMP και το

BRAF

κατάστασης μεταλλάξεων. τοποθεσία του όγκου και ΤΝΜ στάδιο δεν συνδέουν με την κατάσταση μεθυλίωσης οιασδήποτε των δεικτών γονιδίου. Περιέργως,

SEPT9

μεθυλίωση συσχετίστηκε σημαντικά με το ανδρικό φύλο (p & lt? 0,05? Πίνακα S3). Όταν μεθυλίωση αναλύθηκε ως συνεχής μεταβλητή, παρατηρήσαμε μια τάση για υψηλότερες μεθυλίωση του

TWIST1

,

IGFBP3, ALX4

, και

GAS7

(p & lt? 0,05) και άνω ασθενείς με CRC? Ωστόσο, δεν βρήκαμε μια θετική συσχέτιση μεταξύ της κανονικής μεθυλίωσης βλεννογόνο του κόλου σε αυτά τα γονίδια και την ηλικία σε υγιή άτομα. (σχήματα 3 & amp? 4)

Η

Όσον αφορά τις μοριακές ενώσεις,

TWIST1

επίπεδα μεθυλίωσης ήταν υψηλότερα σε σύγκριση με MSS MSI CRCs (51% έναντι 40,3%? ρ & lt? 0,05) (Πίνακας 2). Η μεθυλίωση των τεσσάρων γονιδίων,

ALX4, IGFBP3, GAS7

, και

miR137

, συσχετίστηκε σημαντικά με CIMP-θετικούς όγκους (ρ & lt? 0.001). Επιπλέον, όπως φαίνεται στον Πίνακα 2, CRCs με

ALX4

και

IGFBP3

μεθυλίωση ήταν πιο συχνά συνδέονται με σωματικά

BRAF

V600E μετάλλαξη (13,5% έναντι 1,8%, p & lt? 0,05 για

ALX4

, και 12,4% έναντι 0%, p & lt? 0,05 για

IGBFP3

)

Η

Η ανώμαλη υπερμεθυλίωση των γονιδίων και την επιρροή της. CRC ασθενή πρόγνωση

Η διάμεση παρακολούθηση για τη σειρά των 425 ασθενών που συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη αυτή ήταν 1268 ημέρες (3,4 χρόνια? εύρος 0 έως 2204 ημέρες). Στο τέλος της περιόδου παρακολούθησης, 169 ασθενείς είχαν πεθάνει (39,7%), και η διάμεση παρακολούθηση για αυτή την ομάδα ήταν 671 ± 513 ημέρες (1,8 ± 1,4 έτη). Πληροφορίες σχετικά με την αιτία του θανάτου ήταν διαθέσιμο σε 99 ασθενείς? 67,7% (67/99) έχασαν τη ζωή τους λόγω επιπλοκών της εξέλιξης του όγκου, 18,2% (18/99) έχασαν τη ζωή τους λόγω επιπλοκών της χημειοθεραπείας, και 14,1% (14/99) υπέκυψαν σε θάνατο από άλλες αιτίες, συμπεριλαμβανομένων των μετεγχειρητικών επιπλοκών. Όγκου υποτροπή παρατηρήθηκε σε 116/370 ασθενείς (31,3%), με μέσο χρόνο διάρκειας 644 ± 448 ημέρες (1,7 ± 1,2 έτη) μετά τη χειρουργική επέμβαση.

Για να προσδιοριστεί η προγνωστική σημασία της κατάστασης μεθυλίωσης για κάθε γονίδιο, όλα τα CRCs κατηγοριοποιήθηκαν σε δύο ομάδες με βάση τα επίπεδα μεθυλίωσης τους (υψηλή έναντι χαμηλή), και η σχέση δόσης-απόκρισης μεταξύ του βαθμού μεθυλίωσης και ελεύθερη συμβαμάτων επιβίωση εξετάστηκε με ανάλυση καμπύλης ROC. Συνολικά, τα υψηλά επίπεδα μεθυλίωσης του

GAS7

(τιμή cut-off πρόγνωση = 52.62%? High-μεθυλίωση: 43,3%, χαμηλό-μεθυλίωση: 56,7%? Χ

2 p = 0.03) και

ALX4

γονίδια (τιμή cut-off πρόγνωση = 25,8%? high-μεθυλίωση: 67,1%, χαμηλό-μεθυλίωση: 32,9%? χ

2 p = 0.005) που σχετίζονται με την κακή DFS σε ασθενείς CRC (τα δεδομένα δεν απεικονίζεται). Σε αντίθεση, τα χαμηλά επίπεδα του

IGFBP3

μεθυλίωσης απέδειξαν σύνδεσης με σημαντικά χειρότερη DFS, σύμφωνα με μη διορθωμένη ανάλυση (τιμή αποκοπής πρόγνωση = 53,1%? High-μεθυλίωση: 30,9%, χαμηλό-μεθυλίωση: 69,1%? Χ

2 ρ = 0,01? Σχήματα 5Α και Β). Μετά από πολυπαραγοντική ανάλυση Cox παλινδρόμησης, όπου αναλύθηκαν πολλαπλές μεταβλητές, μόνο χαμηλά επίπεδα

IGFBP3

μεθυλίωση αναδειχθεί ως ανεξάρτητος παράγοντας κινδύνου για την κακή DFS στο στάδιο ΙΙ και ΙΙΙ ασθενείς CRC (HR = 0,49, 95% CI: 0.28- 0,85, p & lt? 0,01). Επιπλέον, η κατάσταση μεθυλίωσης του

IGFBP3

γονιδίου ήταν ο μόνος στατιστικά σημαντικός παράγοντας κινδύνου για τη φάση ΙΙ CRC, μετά από προσαρμογή για άλλους προγνωστικούς παράγοντες όπως η ηλικία, το πρόσθετο 5-FU (5-φθοριοουρακίλη) χημειοθεραπεία ή την κατάσταση MSI (HR = 0,28, 95% CI: 0,12 – 0,70, p = 0,006? Πίνακας 3)

(α) την ελεύθερη νόσου επιβίωση των ασθενών με σταδίου ΙΙ και ΙΙΙ CRC, σύμφωνα με το

IGFBP3

κατάσταση μεθυλίωσης (υψηλή μεθυλίωση, n = 73, (30,3%) χαμηλής μεθυλίωση, n = 168, (69,7%). (β) την ελεύθερη νόσου επιβίωση των ασθενών με τη φάση ΙΙ της νόσου, σύμφωνα με το

IGFBP3

μεθυλίωση (υψηλή μεθυλίωση, n = 45, (32,4%)?. χαμηλή μεθυλίωση, n = 94, (67,6%) (γ) την ελεύθερη νόσου επιβίωση των ασθενών με σταδίου ΙΙ και ΙΙΙ της νόσου, σε υψηλές

IGFBP3

όγκοι μεθυλίωση βασίζεται στην επικουρική χημειοθεραπεία (χημειοθεραπεία, n = 20, (22,5%)?. όχι χημειοθεραπεία, n = 69, (77,5%) (δ) ελεύθερη νόσου επιβίωση των ασθενών με σταδίου II και III της νόσου, σε χαμηλή

IGFBP3

όγκους μεθυλίωση σύμφωνα με την επικουρική χημειοθεραπεία (Chemotherapyc n = 83, (52,7%)? ΟΧΙ χημειοθεραπεία, n = 74, (47,2%).

Η

Η ανώμαλη γονίδιο υπερμεθυλίωση και την επιρροή της στην επιβίωση ασθενών μετά από χημειοθεραπεία

χημειοθεραπευτική αγωγή δόθηκε 257/425 ασθενείς (60,5%), κυρίως με τη χρήση 5FU + λευκοβορίνη (236? 91,8% των ασθενών). Μεταξύ ολόκληρη την ομάδα, 315 ασθενείς (74,1%) είχαν είτε ένα στάδιο ΙΙ ή ΙΙΙ της νόσου, και 155 (49,2%) από τους οποίους έλαβαν 5FU επικουρική χημειοθεραπεία βασιζόμενη. Μόνο 9 σταδίου ΙΙ και ΙΙΙ οι ασθενείς έλαβαν άλλα χημειοθεραπευτικά θεραπείες, και αποκλείστηκαν από την περαιτέρω ανάλυση. Μετά από μια μέση περίοδο παρακολούθησης των 1.221 ημέρες (3,3 χρόνια), 92 (31,2%) ασθενείς με σταδίου ΙΙ και ΙΙΙ παρουσίασε υποτροπή του όγκου, και μέχρι το τέλος της περιόδου παρακολούθησης, 101 (34,2%) ασθενείς από τις ομάδες αυτές είχαν πέθανε

Επικουρική χημειοθεραπεία παρείχε σημαντική βελτίωση στο λειτουργικό σύστημα σε ασθενείς III CRC σταδίου ΙΙ και σε σύγκριση με τους ασθενείς που δεν είχαν λάβει χημειοθεραπεία (χημειοθεραπεία: 49,1%, χωρίς χημειοθεραπεία:. 50,9%? χ

2 σ = 0.0001). Αυτές οι διαφορές στο OS ήταν επίσης παρόντες στην πολυπαραγοντική ανάλυση η οποία ελέγχεται ως προς την ηλικία, το φύλο, τη μετάσταση στους λεμφαδένες, MMR, και CIMP κατάσταση φαινότυπο. (HR = 0,55, 95% CI: 0,36 – 0,85, p = 0,007)

Είναι ενδιαφέρον ότι, μεταξύ όλων των 6 δείκτες μεθυλίωση διερευνηθεί, μόνο

IGFBP3

επίπεδα μεθυλίωσης ήταν πρόβλεψης της ανταπόκρισης σε 5FU χημειοθεραπεία με βάση. Σύμφωνα με τα αποτελέσματά μας, οι ασθενείς με χαμηλή

IGFBP3

επίπεδα μεθυλίωσης είχε πλέον OS (p = 0,0007) και DFS (p = 0.05), όταν έλαβαν χημειοθεραπεία. Αντίθετα, σε ασθενείς με υψηλό

IGFBP3

μεθυλίωση, επικουρική χημειοθεραπεία δεν βελτίωσε OS (ρ = 0.4) ή DFS (p = 0,3? Σχήμα 5C και D). Χρησιμοποιώντας πολυπαραγοντική ανάλυση παλινδρόμησης Cox (Πίνακας 4), σε ασθενείς με χαμηλή

IGFBP3

μεθυλίωση, επικουρική χημειοθεραπεία ανεξάρτητα προέβλεψε την καλύτερη OS (HR = 0,49, 95% CI: 0,29 – 0,80, p = 0,004)? Ωστόσο, αυτό δεν επηρεάζει σημαντικά DFS (p = 0.08). Από την άλλη πλευρά, την κατάσταση MMR ήταν η μόνη μεταβλητή που προέβλεψε ανεξάρτητα OS (p = 0.05) και DFS (p = 0.04) σε ασθενείς με υψηλή

IGFBP3

μεθυλίωσης (πίνακας 4). Στην ομάδα των ασθενών που έλαβαν θεραπεία με 5-FU επικουρική χημειοθεραπεία,

IGFBP3

κατάσταση μεθυλίωσης δεν ανεξάρτητα προβλέψει OS και DFS. Σε αντίθεση, DFS επηρεάστηκε θετικά από

IGFBP3

κατάσταση μεθυλίωσης σε ασθενείς που δεν λαμβάνουν επικουρική χημειοθεραπεία. (HR = 0,41, 95% CI: 0,18 – 0,91, p = 0,02)

Η

Συζήτηση

Κατά τα τελευταία χρόνια, μια σειρά από πολλά υποσχόμενη γονιδιακή μεθυλίωση με βάση το διαγνωστικό βιοδείκτες συμπεριλαμβανομένων των

SEPT9, TWIST 1, IGFBP3, GAS7, ALX4

, και

miR137

έχουν προταθεί για την έγκαιρη ανίχνευση του ορθοκολικού νεοπλασίας. Ωστόσο, η πλειοψηφία των δεικτών αυτών έχουν περιοριστεί σε αρχικές μελέτες ανακάλυψη μικρής κλίμακας, και δεν έχουν αναπτυχθεί στην κλινική πρακτική, δεδομένου ότι δεν έχουν συστηματικά επικυρωθεί σε μεγάλες, ανεξάρτητες ομάδες της CRC ασθενών. Εν όψει αυτού του κενού στη γνώση, σχεδιάσαμε αυτή τη μελέτη για την επιβεβαίωση της διάγνωσης δυνατότητες αυτών των βιοδεικτών, και να εξακριβώσει προγνωστική και προβλεπτική αξία τους στα CRC. Επιπλέον, ήμασταν ενδιαφέρονται για την εξέταση των συσχετίσεων μεταξύ παρεκκλίνουσα υπερμεθυλίωση αυτών των γονιδίων και κλινικοπαθολογοανατομικές χαρακτηριστικά αναλύοντας ένα μεγάλο, καλά χαρακτηρίζεται, βασισμένη στον πληθυσμό σειρά ασθενών CRC.

Με βάση την ποσοτική ανάλυση μεθυλίωσης μας, όλα έξι γονίδια ανέκριναν πληρούσαν τα κριτήρια για ενδεχόμενη κλινική χρήση ως διαγνωστικοί βιοδείκτες της CRC. Τα κριτήρια αυτά περιλαμβάνονται: α) η μεθυλίωση του κάθε γονιδίου συνέβη σε έναν όγκο-ειδικό τρόπο? β) τα επίπεδα μεθυλίωσης του κάθε γονιδίου σε νεοπλαστικούς ιστούς ήταν σημαντικά υψηλότερες από ότι στα φυσιολογικά κολονικό βλεννογόνο? και γ) κανένα από τα γονίδια έδειξαν μια εξαρτώμενη από την ηλικία αύξηση της μεθυλίωσης του DNA σε φυσιολογικούς κολονικό βλεννογόνο [30], [31]. επίπεδα μεθυλίωσης του κάθε γονιδίου μας επέτρεψε να ταξινομήσει ιστούς παχέος ως φυσιολογική ή νεοπλασματικών. Μεταξύ όλων των δεικτών που ερευνήθηκαν,

IGFBP3

και

miR137

επίπεδα μεθυλίωσης έδειξε την υψηλότερη διαγνωστική ακρίβεια ως μεμονωμένα γονιδιακοί δείκτες για την αναγνώριση των πρωτογενών CRCs (83% και 78,3%, αντίστοιχα). Αυτή η διαγνωστική ακρίβεια βελτιώθηκε περαιτέρω με συνδυασμό της κατάστασης μεθυλίωσης του γονιδίου δύο δεικτών? ιδίως, η κατάσταση μεθυλίωσης του

IGFBP3 + TWIST1

ή

IGFBP3

+

miR137

είχαν τις υψηλότερες τιμές ακρίβεια 86% και 82,7% αντίστοιχα, με ευαισθησία και ειδικότητα τιμές & gt? 80%.

Ερευνήσαμε τα μοριακά χαρακτηριστικά που σχετίζονται με τα επίπεδα μεθυλίωσης του όγκου αυτών των γονιδίων. Αυτό ήταν ιδιαίτερο ενδιαφέρον ως μοριακή ταξινόμηση βασίζεται σε MSI και το καθεστώς CIMP έχει γίνει όλο και πιο σημαντική [32] για τους προγνωστικούς [33], [34], [35] και πρόβλεψης ρόλο σε ασθενείς CRC [7], [34], [ ,,,0],36]. Σε αυτή τη μελέτη, τέσσερα από τα έξι γονίδια σχετίζεται θετικά με τον φαινότυπο CIMP (

ALX4, IGFBP3, GAS7

, και

miR137

). Επιπλέον, μια θετική συσχέτιση μεταξύ του

BRAF

V600E μετάλλαξη και μεθυλίωση του

ALX4

και

IGFBP3

γονιδίων που σχετίζονται με CIMP-υψηλή περιεκτικότητα σε CRC [37], [38] . Όπως ήταν αναμενόμενο, η μεθυλίωση του

ALX4

και

IGFBP3

γονιδίων που σχετίζονται με την παρουσία του

BRAF

γονιδιακή μετάλλαξη.

TWIST1

επίπεδα μεθυλίωσης ήταν υψηλότερα σε ασθενείς με MMR-καλά όγκους σε σύγκριση με τους όγκους MSI? Ωστόσο, στην ομάδα μας, μόνο ένα μικρό ποσοστό των CRCs ήταν MMR ανεπάρκεια (5%), και οι συσχετίσεις μεταξύ της κατάστασης και της μεθυλίωσης δείκτες MMR μπορεί να έχουν χαθεί κατά την ανάλυση της ομάδας ως σύνολο.

Στο στάδιο ασθενών ΙΙ και ΙΙΙ CRC που έχουν υποβληθεί σε δυνητικά θεραπευτική εκτομή, η πρόγνωση εξαρτάται από την υποτροπή της νόσου, η οποία συνδέεται κυρίως με μακρινή μετάσταση. Επιπλέον, το όφελος από την επικουρική χημειοθεραπεία, ιδίως για το στάδιο ΙΙ ασθενείς CRC έχει παραμείνει μια περιοχή της διαμάχης και χημειοθεραπευτικών αντίσταση παραμένει ένα σημαντικό πρόβλημα σε αυτούς τους ασθενείς. Ως εκ τούτου, η ανακάλυψη νέων προγνωστικών και προγνωστική βιολογικών δεικτών που μπορούν να βοηθήσουν στον εντοπισμό σταδίου ΙΙ και ΙΙΙ ασθενείς που διατρέχουν υψηλό κίνδυνο υποτροπής και μετάσταση, μπορεί να βελτιώσει την τρέχουσα στρατηγική για CRC διαστρωμάτωση των ασθενών και τη διαχείριση της θεραπείας. Για το καλύτερο της γνώσης μας, καμία προηγούμενη μελέτη εξέτασε τη σχέση μεταξύ της μεθυλίωσης του

SEPT9, IGFBP3, TWIST1, GAS7, ALX4

, και

miR137

γονίδια με την πρόγνωση σε ασθενείς με CRC, καθώς επίσης και την ικανότητα αυτών των βιοδεικτών να προβλέψουν την ανταπόκριση στην επικουρική χημειοθεραπεία 5-FU με βάση. Με βάση τα αποτελέσματά μας σε αυτό το μεγάλο, καλά χαρακτηρίζεται πληθυσμιακής ομάδας, το στάδιο ΙΙ και ΙΙΙ CRC ασθενείς με χαμηλά επίπεδα του

IGFBP3

μεθυλίωση προαγωγού είχαν φτωχότερες OS και DFS σε σύγκριση με εκείνους με υψηλά επίπεδα DNA υπερμεθυλίωσης. Όσον αφορά την ανταπόκριση στη χημειοθεραπεία, όταν βασίζεται 5-FU επικουρική χημειοθεραπεία χορηγήθηκε σε στάδιο ΙΙ και ΙΙΙ CRC ασθενείς, μόνο τους ασθενείς με χαμηλά επίπεδα του

IGFBP3

-μεθυλιωμένη όγκοι είχαν επηρεαστεί θετικά, με αποτέλεσμα πλέον DFS και φορές OS, υποδεικνύοντας ότι το όφελος της χημειοθεραπείας περιορίζεται σε αυτή την ομάδα ασθενών CRC. Περιέργως, αυτή η επίδραση του

IGFBP3

μεθυλίωση ήταν ανεξάρτητη από το καθεστώς CIMP. Παρ ‘όλα αυτά, είναι σημαντικό να επισημανθεί ότι, αν και

IGFBP3

κατάσταση μεθυλίωσης αναδείχθηκε ως το μόνο ανεξάρτητο παράγοντα που προβλέπεται κακή πιθανότητα DFS μεταξύ σταδίου ΙΙ ασθενείς CRC, οι πρόσθετες ανεξάρτητες κλινικές μελέτες που απαιτούνται για να αποδείξει ότι

IGFBP3

επίπεδα μεθυλίωσης στο CRC θα μπορούσε να αποτελέσει μια πιθανή δοκιμή ρουτίνας για την πρόγνωση των ασθενών με CRC, και στη βελτίωση της διαχείρισης των ασθενών με εντοπισμένη νόσο σε συνδυασμό με την τρέχουσα κλινικοπαθολογοανατομικές και μοριακών εργαλείων.

Άλλες μελέτες έχουν παρατηρήσει μια σχέση μεταξύ των υψηλών επίπεδα

IGFBP3

μεθυλίωση και φτωχών κλινική έκβαση σε πνεύμονα και των ωοθηκών [39], [40], και πιο πρόσφατα σε ασθενείς CRC [27]. Τυχόν αντιφατικά εκθέσεις χρησιμοποιώντας δείκτες μεθυλίωση μπορεί να οφείλεται στη χρήση διαφορετικών μεθοδολογιών και την ανάλυση των διαφόρων τοποθεσιών αλληλουχίας εντός CpG Νησιά. Σε αυτή τη μελέτη, χρησιμοποιήσαμε διθειώδες Pyrosequencing για ανάλυση μεθυλίωσης, η οποία είναι μια αξιόπιστη ποσοτική προσέγγιση για ισχυρή ανάλυση μεθυλίωσης του DNA σε σύγκριση με τη συμβατική μεθυλίωση ειδική PCR (MSP), η οποία στερείται της ποσοτικοποίησης που παρέχεται από όξινο θειικό Pyrosequencing [27], [39], [40]. Επιπλέον, για να εξασφαλιστεί περαιτέρω η ακρίβεια των αποτελεσμάτων μεθυλίωσης μας, πραγματοποιήσαμε επίσης μια ανάλυση των ποσοτικών-MSP (qMSP) εντός της περιοχής νησί CpG προηγουμένως μελετηθεί σε CRC [41]. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 6, επιβεβαιώσαμε ότι το όξινο θειώδες Pyrosequencing αποτελέσματα της μεθυλίωσης μας σχετίστηκαν θετικά με τα αποτελέσματα που προέκυψαν στο νησί CpG περιοχή μελετήσει προηγουμένως [27], [39], [40].

(α) Σχηματική επισκόπηση της που μοιάζει με ινσουλίνη καλλιεργούνται πρόσδεσης (IGFBP3) γονιδίου πρωτεΐνης 3 παράγοντας. Τα εξώνια αντιπροσωπεύονται από μπλε κουτιά, εσώνια με μπλε γραμμές, και η περιοχή του υποκινητή με μπλε διακεκομμένες γραμμές. η

IGFBP3

γονίδιο έχει μία κυτοσίνη-φωσφορική-γουανίνης (CPG) νησί στην περιοχή του υποκινητή και exon1 υπογραμμίζοντας τη δυνατότητα διαμόρφωσης της γονιδιακής έκφρασης μέσω των CpG υπερμεθυλίωσης, και αυτό αντιπροσωπεύεται από ένα πράσινο κουτί. πραγματοποιήσαμε δύο διαφορετικές δοκιμασίες που καλύπτουν τόσο CpGs νησιά (υποδεικνύεται με πράσινα βέλη) χρησιμοποιώντας δύο ποσοτικών μεθόδων: Pyrosequencing και qmsp προκειμένου να συσχετισθούν τα επίπεδα μεθυλίωσης αυτών των δύο θέσεων. (Β) η ανάλυση γραμμικής παλινδρόμησης συγκρίνοντας

IGFBP3

επίπεδα μεθυλίωσης του Pyrosequencing (% μεθυλίωσης) σε 348 δείγματα ασθενών και qmsp (PMR) δοκιμασίες στο CRC ιστούς (n = 197).

Η

Αν και υπάρχουν ορισμένες διαφορές μεταξύ της εν λόγω μελέτης και προηγουμένως δημοσιευμένες μελέτες, πιστεύουμε ότι αυτό το έργο είναι πιο ισχυρή και ολοκληρωμένη, όπως η δική μας απασχολεί το μεγαλύτερο ομάδα ασθενών, είναι βασισμένη στον πληθυσμό, και περιλαμβάνει μια ομάδα ελέγχου ασθενών που δεν έλαβαν CRC για σύγκριση. Ο βιολογικός ρόλος και το χρονοδιάγραμμα των

IGFBP3

μεθυλίωση στο CRC είναι ελάχιστα κατανοητή? Ωστόσο, πρόσφατες

in vitro

μελέτες έχουν αναφέρει ότι η μεθυλίωση επαγόμενη σίγηση του

IGFBP3

μπορεί να οδηγήσουν σε σημαντική αντίσταση στη θεραπεία σισπλατίνη στον καρκίνο του πνεύμονα [42], [43].