Αφηρημένο

Μέχρι στιγμής έξι ευαισθησία τόπους για νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (RCC) έχουν ανακαλυφθεί από το γονιδίωμα-ευρεία ένωση μελέτες (GWAS). Να προσδιορίσει επιπλέον RCC τόπους κοινό κίνδυνο, πραγματοποιήσαμε μια μετα-ανάλυση των δημοσιευμένων GWAS (συνολικά 2.215 περιπτώσεις και 8.566 ελέγχους της Δυτικής Ευρώπης φόντο) με τον καταλογισμό χρήση 1000 γονιδιώματος του έργου και UK10K Έργου δεδομένων, όπως πίνακες αναφοράς και ακολούθησε την πιο σημαντική συσχέτιση σήματα [22 πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) και 3 indels σε οκτώ περιοχές του γονιδιώματος] σε 383 περιπτώσεις και 2.189 έλεγχοι από τον καρκίνο Genome Atlas (TCGA). Μια συνδυασμένη ανάλυση εντόπισε μια πολλά υποσχόμενη χαρτογράφηση τόπου ευαισθησία σε 1q24.1 σημαδεύτηκε από τις τεκμαρτές rs3845536 SNP (

P

σε συνδυασμό = 2.30×10

-8). Συγκεκριμένα, οι χάρτες σήμα σε ιντρόνιο 4 του

ALDH9A1

γονίδιο (αλδεΰδη αφυδρογονάση 9 οικογένεια, μέλος της Α1). Αξιολογήσαμε περαιτέρω αυτό το δυναμικό σήμα σε 2.461 περιπτώσεις και 5.081 έλεγχοι από το Διεθνές Κέντρο Έρευνας για τον Καρκίνο (IARC) GWAS των περιπτώσεων RCC και ελέγχων από πολλαπλές ευρωπαϊκές περιφέρειες. Σε αντίθεση με προηγούμενα ευρήματα καμία συσχέτιση παρουσιάστηκε στη σειρά IARC (

P

= 0,94?

P

σε συνδυασμό = 2.73×10

-5). Ενώ παραλλαγή σε 1q24.1 αντιπροσωπεύει μια πιθανή θέση κινδύνου για RCC, οι μελλοντικές αναλύσεις αντιγραφής που απαιτείται για να τεκμηριώσει την παρατήρηση μας

Παράθεση:. Henrion MYR, Purdue MP, Scelo G, Broderick P, Frampton Μ, Ritchie Α, et al. (2015) κοινή παραλλαγή σε 1q24.1 (

ALDH9A1

) είναι ένας πιθανός παράγοντας κινδύνου για καρκίνο των νεφρών. PLoS ONE 10 (3): e0122589. doi: 10.1371 /journal.pone.0122589

Ακαδημαϊκό Επιμέλεια: Paolo Peterlongo, IFOM, Fondazione Istituto di FIRC Oncologia Molecolare, Ιταλία

Ελήφθη: 26 Νοεμ του 2014? Αποδεκτές: 11 Φεβρουαρίου, 2015? Δημοσιεύθηκε: 31 Μαρ, 2015

Αυτό είναι ένα ανοικτό άρθρο πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 δημόσιο τομέα αφοσίωση

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Πλήρη στοιχεία μετα-ανάλυση (συμπεριλαμβανομένης της αναγνωριστικά SNP, αναλογίες πιθανοτήτων και P-τιμές για τις μελέτες του Ηνωμένου Βασιλείου και NCI) είναι διαθέσιμες στην Υποστήριξη ενότητα πληροφορίες για αυτό το άρθρο στην ιστοσελίδα PLoS ONE (S1 συνόλου δεδομένων)

Χρηματοδότηση:. SORCE συντονίζεται από το Συμβούλιο Ιατρικής Έρευνας (MRC) Μονάδα Κλινικές Δοκιμές (CTU) στο UCL και χρηματοδοτείται κατά κύριο λόγο από το MRC CTU σε UCL και Cancer Research UK με ένα εκπαιδευτικό επιχορήγησης από την Bayer. Πρόσθετη χρηματοδότηση παρέχεται από Cancer Research UK (C1298 /A8362 που υποστηρίζονται από το Bobby Moore Ταμείο). MYRH υποστηρίχθηκε από Λευχαιμία Λέμφωμα Έρευνας. JL χρηματοδοτείται από τον RMH /ICR Βιοϊατρικής Κέντρο Ερευνών για τον Καρκίνο. Εθνική Υπηρεσία Υγείας (NHS) της χρηματοδότησης των Royal Marsden Βιοϊατρικής Κέντρο Ερευνών και το Πανεπιστήμιο του Cambridge Συνεργάτες Υγείας αναγνωρίζεται. Χρηματοδότηση για την ομάδα ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ παρέχεται από Cancer Research UK (C490 /A10124). Το νεφρό NCI GWAS χρηματοδοτήθηκε από το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα του Εθνικού Ινστιτούτου Καρκίνου, Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας (NIH). Οι χρηματοδότες, εκτός από MRC CTU, δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Zhaoming Wang απασχολείται από Leidos Biomedical Research Inc., μια κυβέρνηση των ΗΠΑ αναδόχου. Timothy Eisen είναι Διευθύνων Ερευνητής του SORCE και έχει λάβει μορφή υποστήριξης της έρευνας της Bayer, GlaxoSmithKline, η Pfizer και η AstraZeneca, έχει λάβει μέρος και έχουν αποζημιωθεί για συμβουλευτικές επιτροπές για την GlaxoSmithKline, Aveo και Astellas και είναι σήμερα σε άδεια απουσίας από το Πανεπιστήμιο του Cambridge στην εργασία ως επικεφαλής ιατρού Επιστήμονας στο AstraZeneca. SORCE, αν και συντονίζεται από το Συμβούλιο Ιατρικής Έρευνας (MRC) Μονάδα Κλινικές Δοκιμές (CTU) στο UCL και χρηματοδοτείται κατά κύριο λόγο από το MRC CTU στο UCL και Cancer Research UK, έχει χρηματοδοτηθεί εν μέρει από ένα εκπαιδευτικό επιχορήγησης από εμπορική πηγή, η Bayer. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Παγκόσμια λογαριασμούς του καρκίνου του νεφρού περίπου 2% όλων των κακοηθειών η νόσος που προσβάλλει 270.000 άτομα και προκαλώντας 116.000 σχετίζονται με τον καρκίνο θανάτους κάθε χρόνο [1]. Στους ενήλικες το 90% των καρκίνων του νεφρού είναι καρκινώματα νεφρικών κυττάρων (RCC) [2].

Εκτός από τα καλά αναγνωρισμένο τροποποιήσιμων παραγόντων κινδύνου για RCC-κάπνισμα και γνωρίσματα παχυσαρκία, καθώς και την αντίστροφη σχέση μεταξύ του κινδύνου και η κατανάλωση αλκοόλ, υπάρχουν ισχυρές ενδείξεις για μια κληρονομική γενετική προδιάθεση [3]. μεταλλάξεις σπάνια βλαστικής σειράς στο

VHL

(σύνδρομο von Hippel-Lindau),

ΚΟΑ

(κληρονομική θηλώδες νεφρικό καρκίνωμα),

BHD

(σύνδρομο Birt-Hogg-Dube) και

FH

(κληρονομική leiomyomatosis και σύνδρομο RCC) αυξάνουν δραματικά τον κίνδυνο της RCC [4], αλλά συμβάλλουν ελάχιστα στη συνολική δύο φορές οικογενή κίνδυνο [5]. Αποδεικτικά στοιχεία για πολυγονιδιακή ευαισθησία σε RCC έχει πρόσφατα δικαιώθηκε από μελέτες γονιδιώματος σε επίπεδο σύνδεσης (GWAS) που έχουν εντοπιστεί SNPs κινδύνου (πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου) στο 2p21, 2q22.3, 8q24.21, 11q13.3, 12p11.33 και 12q24. 31 [2,6-9].

Για την αναγνώριση επιπλέον SNPs κίνδυνο RCC, που καταλόγισε πάνω από 10 εκατομμύρια SNPs σε δύο σύνολα δεδομένων που δημοσιεύθηκε GWAS, χρησιμοποιώντας δεδομένα από τα γονιδιώματα Έργου 1000 [10] και τα έργα UK10K ως αναφορά ( δείτε Υλικά & amp? Μέθοδοι για λεπτομέρειες). Αυτό μας επέτρεψε να ανακτήσει untyped γονότυπους, μεγιστοποιώντας έτσι τις προοπτικές εντοπισμού νέων παραλλαγών κινδύνου για RCC. Στη συνέχεια πραγματοποίησε μια γονιδιώματος-ευρεία μετα-ανάλυση των δύο τεκμαρτών μελέτες

Αποτελέσματα

Για την μετα-ανάλυση που κάναμε χρήση των δεδομένων από δύο προηγουμένως δημοσιευθεί GWAS του RCC:. (I) . UK-GWAS, 1.045 περιπτώσεις RCC γονότυπου στις BeadChips Illumina Omni Express με 2.699 άτομα από το Wellcome Trust υπόθεση Ελέγχου Κοινοπραξία 2 (WTCCC2) κλάση 1958 γέννηση και 2501 Υπηρεσία Αίματος του Ηνωμένου Βασιλείου που είχε ο γονότυπος γονότυπου στις συστοιχίες Hap1.2M-Duo υπηρετούν ως μάρτυρες [2]? (Ii) Το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου (NCI) GWAS (NCI-GWAS), που αποτελείται από τέσσερις σειρές case-control ευρωπαϊκή, συνολικά 1.311 περιπτώσεις και 3.424 μάρτυρες, ο γονότυπος για HumanHap HapMap 500, 610 ή 660W BeadChips [7].

Δημοσίευση έλεγχο της ποιότητας αυτών GWAS παρέχονται στοιχεία σχετικά με ένα σύνολο 2.215 περιπτώσεις και 8.566 ελέγχους. Για να μεγιστοποιήσετε την ταυτοποίηση νέων παραλλαγών κινδύνου, θα καταλογισθεί πάνω από 10 εκατομμύρια SNPs χρήση 1000 γονιδιώματος του έργου και UK10K δεδομένων ως σημείο αναφοράς. Ποσοστημόριο-ποσοστημόριο (QQ) οικοπέδων για όλα τα SNPs μετά τον καταλογισμό, δεν δείχνουν ουσιαστική υπερ-διασποράς (

λ

= 1,02 και 1,01 για το Ηνωμένο Βασίλειο-GWAS και NCI-GWAS αντίστοιχα?. S1 σχήμα).

ανέλυσαν τα δεδομένα από αυτά τα δύο GWAS και να χρησιμοποιηθεί μια αντίστροφη-διακύμανσης σταθμισμένη σταθερής επιπτώσεις μοντέλο μετα-ανάλυση για να υπολογίσει αναλογίες πιθανοτήτων (OR), τα διαστήματα εμπιστοσύνης (CI) και

P

-τιμές για κάθε SNP . Τα αποτελέσματα από αυτή τη μετα-ανάλυση, σχολιασμένο με γνωστούς τόπους κίνδυνο, φαίνονται στο Σχ. 1. Θα αποκλείονται SNPs ότι (i) αντιστοιχίζονται απευθείας στο παρελθόν δημοσιευθεί τόπους κινδύνου (2p21, 2q22.3, 8q24.21, 11q13.3, 12p11.33 και 12q24.31? S1 πίνακα), (ii) ήταν σε ανισορροπία σύνδεσης (LD? από το όριο του

r

2 & gt? 0,8) με SNPs από αυτούς τους τόπους ή (iii) είχε

P

& gt? 0.01 είτε στο Ηνωμένο Βασίλειο ή στο σύνολο δεδομένων NCI . Μετά την εφαρμογή αυτών των φίλτρων, που θεωρήσαμε 22 SNPs και 3 indels σε οκτώ περιοχές της Ν.Δ., που παρουσίασαν στοιχεία για συσχέτιση με τον κίνδυνο RCC σε

P

& lt? 1,0 × 10

-6 (S2 Πίνακας). Να επικυρώσει αυτές τις πιθανές ενώσεις, πραγματοποιήσαμε την αντιγραφή σε περιπτώσεις και τους ελέγχους προκύπτει από τον συνδυασμό του καρκίνου Γονιδιώματος Atlas (TCGA) Νεφρού Νεφρική Clear Καρκίνωμα (KIRC) και καρκίνος Γενετικοί δείκτες ευαισθησίας (CGEMS) σύνολα δεδομένων (383 περιπτώσεις και 2189 ελέγχους? S3 Πίνακας ).

Η οριζόντια γραμμή αντιπροσωπεύει το κατώτατο όριο σημαντικότητας (

P

= 1.0×10

-6) που απαιτούνται για παραλλαγές που πρέπει να ληφθούν προς τα εμπρός για το στάδιο αναπαραγωγής. RCC τόπους κινδύνου που αναφέρθηκαν σε προηγούμενες μελέτες έχουν επισημανθεί

Η

Σε μια ανάλυση που συνδυάζει αυτά τα τρία σύνολα δεδομένων, rs3845536, χαρτογράφηση στο χρωμόσωμα 1q24.1. (165.650.787 bps? NCBI χτίσει 37), επιτυγχάνεται γονιδιώματος σε επίπεδο σημαντικότητας (

P

= 2.30 × 10

-8?

P

het = 0.24,

I

2 = 29%? Πίνακας 1) για συσχέτιση με τον κίνδυνο RCC. Η ένωση αυτή προήλθε από το NCI (

P

= 9.40×10

-7) και το Ηνωμένο Βασίλειο (

P

= 4.61×10

-3) μελέτες και δεν ήταν ονομαστικά σημαντική στην η μελέτη TCGA (

P

= 0,16). Ωστόσο, στην τελευταία, μικρότερο, να μελετήσει το αποτέλεσμα είναι παρόμοιου μεγέθους και προς την ίδια κατεύθυνση όπως στις μελέτες του Ηνωμένου Βασιλείου και NCI, ενισχύοντας έτσι το σήμα σύνδεσης στο μετα-ανάλυση.

Η

εντοπίζεται rs3845536 να ιντρόνιο 4 του

ALDH9A1

γονίδιο (αφυδρογονάση αλδεΰδη, οικογένεια 9, υποοικογένειας ένα, μέλος 1? MIM 602.733? Εικ. 2), μέσα σε ένα μπλοκ 64KB της ΝΔ. Εμείς επιβεβαίωσε την υψηλή πιστότητα των καταλογισμό από απ ‘ευθείας προσδιορισμό του γονότυπου rs3845536 σε ένα τυχαίο υποσύνολο του Ηνωμένου Βασιλείου-GWAS (516 περιπτώσεις, r

2 = 0,99 και 402 έλεγχοι, r

2 = 0,98, Υλικά και Μέθοδοι). Ο κίνδυνος που σχετίζεται με RCC rs3845536 γονότυπο είναι συμβατό με ένα log-προσθετικό μοντέλο, το OR για ομοζυγώτες αλληλόμορφο κινδύνου είναι 1,51 (95% CI: 1,29 – 1,77).

Το σχήμα δείχνει -λογάριθμος

10

P

τιμές (γ-άξονας) έναντι χρωμοσωμικές θέσεις (χ-άξονας? NCBI χτίσει 37). Οι γονότυπος SNPs εμφανίζονται ως τρίγωνα, με τεκμαρτές SNPs όπως κύκλους. rs3845536 έχει επισημανθεί με τη χρήση ενός μεγαλύτερου συμβόλου. Η χρωματική ένταση είναι ανάλογη της LD με rs3845536: από λευκό (

r

2 = 0) σε κόκκινο (

r

2 = 1,0). Το φως μπλε γραμμή δείχνει τα ποσοστά γενετικού ανασυνδυασμού (εκτιμάται από το 1000 γονιδιώματος Φάσης 1 CEU). Κοντινές γονίδια και μεταγραφές έχουν επίσης δείξει.

Η

Εμείς δεν βρήκε αποδεικτικά στοιχεία για τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ 1q24.1 και οποιοδήποτε από τα προηγουμένως δημοσιευθεί κίνδυνο loci-ειδικά αξιολογήσαμε τα αποτελέσματα της αλληλεπίδρασης στην RCC κίνδυνο rs3845536 με SNPs στις 2p21 (rs7579899 και rs4953346), 2q22.3 (rs12105918), 8q24.1 (rs6470588 και rs6470589), 11q13.3 (rs7105934), 12p11.23 (rs718314) και 12q24.31 (rs4765623). Η υπόθεση των ανεξάρτητων loci κινδύνου RCC υποστηρίχθηκε από την έλλειψη σημαντικών όρων αλληλεπίδρασης μεταξύ των τόπων κινδύνου (

i

e

P

& gt?.. 0,05? S4 Πίνακας ).

Χρησιμοποιώντας δημοσίως διαθέσιμα δεδομένα έκφρασης του mRNA, αξιολογήσαμε τη δυνατότητα για

cis

-Κανονισμός του

ALDH9A1

ή άλλα κοντινά γονιδίων με διακύμανση rs3845536. Δεν υπήρχε στατιστικά σημαντική σχέση μεταξύ του γονότυπου του rs3845536 ή SNP στο LD με rs3845536 (σε r

2 & gt? 0,8) και έκφραση

ALDH9A1

και τα κοντινά μεταγραφές

MGST3

και

TMCO1

(στοιχεία έκφρασης για μεταγραφές LOC440700 και BC071770, επίσης στην περιοχή, δεν ήταν διαθέσιμα). Περαιτέρω, ένα Haploreg και RegulomeDb αναζήτησης δεν απέδωσαν ενδείξεις για rs3845536 ή συσχετίζεται SNP να εντοπίσει εντός μιας ρυθμιστικής περιοχής μεταγραφής (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Μπορούμε επίσης να κάνει χρήση των δεδομένων διαυγοκυτταρικό TCGA να εξετάσει τη συχνότητα της μετάλλαξης του

ALDH9A1

,

MGST3

,

LOC440700

και

TMCO1

σε καρκίνο του νεφρού [11]. Κανένα από αυτά τα γονίδια έχουν μεταλλάξεων συχνότητες σε RCC & gt?. 1% (ήταν διαθέσιμα για την μεταγραφή BC071770 δεν υπάρχουν στοιχεία)

Για να εξετάσει περαιτέρω αυτή τη συσχέτιση κάναμε χρήση των δεδομένων από το Διεθνές Κέντρο Έρευνας για τον Καρκίνο (IARC) GWAS του RCC, που βασίστηκε σε οκτώ ανεξάρτητες σειρές ασθενών-μαρτύρων από διάφορες ευρωπαϊκές χώρες, με 41,4% των περιπτώσεων από τη Δυτική και Βόρεια Ευρώπη, και 58,6% από την Κεντρική και Ανατολική Ευρώπη. Στη σειρά IARC δεν υπήρχε στοιχεία για μια συσχέτιση μεταξύ rs3845536 και του κινδύνου RCC (

P

= 0,94? Πίνακας 1). Ως εκ τούτου συνολικά, η δύναμη ένωση ήταν σημαντικά μειωμένη με ταυτόχρονη σημαντική ετερογένεια με ενσωμάτωση του συνόλου δεδομένων IARC

(P

= 2,73 x 10

-5,

P

het = 9,1 x 10

-4, I

2 = 82%?. πίνακα 1)

Συζήτηση

Σας αναφέρω ένα πρόσφατα εντοπίστηκαν κοινή παραλλαγή στο χρωμόσωμα 1q24.1 σχολιασμό ένα δυναμικό RCC επιδεκτικότητα υποψήφιο τόπο. Εάν επιβεβαιωθούν και από άλλες μελέτες, υπάρχει μια μεγάλη πιθανότητα ότι η λειτουργική βάση του τόπου 1q24.1 κινδύνου επιτυγχάνεται με τη μεσολάβηση

ALDH9A1 a priori

δεδομένου ότι η περιοχή της ένωσης είναι μικρό και rs3845536 είναι ιντρονικές να

ALDH9A1

. Αν και δεν τήρησε τη σύνδεση μεταξύ rs3845536 γονότυπου και

ALDH9A1

έκφραση, μια λεπτή σχέση μεταξύ των δύο, όπως ένα σωρευτικό και μακροπρόθεσμη αλληλεπίδραση, παραμένει μια πιθανότητα.

Το γονίδιο ΑίϋΗ υπεροικογένεια τεκμηριώνεται [12] να περιλαμβάνουν μια ποικιλία από ισοενζύμων που εμπλέκονται στο μεταβολισμό των αλδεϋδών που παράγονται από χημικά διαφορετικές ενδογενών και εξωγενών προδρόμων. Αλδεΰδη-προκαλούμενα αποτελέσματα ποικίλλουν από έχουν ομοιοστατική και θεραπευτικές σε κυτταροτοξικές και γονιδιοτοξικές και αρκετές ALDHS ενοχοποιηθεί σε φαινοτύπους ανθρώπινη νόσο ή παθοφυσιολογιών [12].

ALDH9A1

κωδικοποιεί γ-trimethylaminobutyraldehyde αφυδρογονάσης που συμμετέχει στο μεταβολισμό του γ-αμινοβουτυραΛδευδης και αμινοαλδεύδες προέρχονται από πολυαμίνες [12]. Τα υψηλά επίπεδα του

ALDH9A1

έκφρασης φαίνονται στο νεφρό [13] με σημαντικό εμπλουτισμό των δεϋδρογενασών συμπεριλαμβανομένων των

ALDH9A1

στο RCC [14]. σηματοδότηση TNF είναι καθιερωμένη να παίζουν ένα ρόλο στην ανάπτυξη RCC [15] και είναι αξιοσημείωτο ότι

ALDH9A1

επιρροές έκφραση του TNF άλφα που προκαλείται πρωτεΐνη 3 [16]. Παρά το γεγονός ότι οι κερδοσκοπικές τα στοιχεία αυτά είναι σύμφωνα με την υπόθεση ξενοβιοτικών μεταβολισμό που συνδέεται με απόπτωση και ογκογένεσης παίζουν ένα ρόλο στην ογκογένεση RCC. Ενώ το εύρημα μας προσθέτει στοιχεία ότι

ALDH9A1

εμπλέκεται στην ανάπτυξη του RCC, απαιτούνται περαιτέρω μελέτες για να καθορίσουν τις παραλλαγές που είναι λειτουργικά σχετικές.

Για να ανακρίνουν αν rs3845536 έχει πλειοτροπικές επιδράσεις σχετικά με τους κινδύνους των άλλων τύπους καρκίνου, ερευνήσαμε τη σύνδεση με ορθοκολικό [17] και καρκίνων του πνεύμονα [18], οξεία λεμφοβλαστική λευχαιμία [19], του πολλαπλού μυελώματος [20], γλοίωμα [21] και μηνιγγίωμα [22] χρησιμοποιώντας στοιχεία από τα προηγουμένως αναφερθεί GWAS. Ωστόσο, τα δεδομένα μας δεν υποστηρίζουν αυτή την υπόθεση και δεν τήρησε, για οποιαδήποτε από αυτές τις μορφές καρκίνου, μια σημαντική επίδραση της rs3845536 γονότυπο (ή συσχετίζονται SNP σε r

2≥0.8) σχετικά με τον κίνδυνο του όγκου.

συνοπτικά, αναφέρουμε ένα δυνητικό κίνδυνο RCC υποψήφιο τόπο ευαισθησία στο rs3845536. Το εύρημα αυτό εμπλέκει γενετική παραλλαγή σε

ALDH9A1

στην ανάπτυξη του RCC. Παρόμοια με άλλα χτυπήματα GWAS, rs3845536 είναι μια κοινή παραλλαγή και προσδίδει μέτριο κίνδυνο RCC. Ωστόσο συναρπαστικό εύρημα μας είναι από την ανάλυση του Ηνωμένου Βασιλείου, NCI και TCGA δεδομένων λόγω της αποτυχίας να επικυρώσει τη σύνδεση στη σειρά IARC η παρατήρηση πρέπει να αντιμετωπίζονται με κάποια προσοχή σε αυτό το σημείο και απαιτείται περαιτέρω αντιγραφή. Σημειώνουμε ότι λόγω τόσο του μικρού μεγέθους της ανακάλυψης σύνολο δεδομένων μας και το γεγονός ότι δημοσιεύθηκε RCC ευαισθησία τόπους στο 2p21, 2q22.3, 8q24.21, 11q13.3, 12p11.33 και 12q24.31 λογαριασμό για & lt? 5% των οι πρόσθετες παραλλαγές κίνδυνο οικογενούς κινδύνου είναι πιθανό να είναι αναγνωρίσιμο μέσω επεκταθεί αναλύσεις GWAS.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

η συλλογή των δειγμάτων αίματος και κλινικο-παθολογικές πληροφορίες από όλα υποκείμενα ανέλαβε με γραπτή συγκατάθεση με κανόνες δεοντολογίας, εγκρίσεις του σκάφους από το Royal Marsden NHS Νοσοκομεία Εμπιστοσύνη (CCR 1552/1922) και του Διοικητικού συμβουλίου του Ηνωμένου Βασιλείου Πολύκεντρο Έρευνας Ηθικής (07 /MRE01 /10). Οι λεπτομέρειες σχετικά με την έγκριση Δεοντολογίας για τις μελέτες NCI, TCGA και IARC λεπτομερώς προηγουμένως [7].

Θέματα και σύνολα δεδομένων

GWAS σύνολα δεδομένων έχουν αναφερθεί στο παρελθόν [2]. (I) Ηνωμένο Βασίλειο-GWAS βασίστηκε σε 1.045 περιπτώσεις RCC (συμπεριλαμβανομένων 590 σαφή καρκινώματα (Επιτροπών CCC), 42 καρκινώματα θηλώδες (PCs), 33 καρκινώματα χρωμόφοβο (CCS) και 19 μικτά ή άλλων ιστολογικών υποτύπων) γονότυπου χρησιμοποιώντας τα Ανθρώπινα OmniExpress-12 BeadChips , με 856 υποθέσεις από τη δίκη MRC SORCE και 189 περιπτώσεις που συλλέγονται μέσω του Ινστιτούτου Έρευνας για τον Καρκίνο (ICR) και η Royal Marsden NHS Νοσοκομεία Εμπιστοσύνη και 5.200 ελέγχους γονότυπου χρησιμοποιώντας Hap1.2M-Duo Προσαρμοσμένη σειρά με 2.699 άτομα από το Wellcome Trust υπόθεση Κοινοπραξία Ελέγχου 2 (WTCCC2) 1958 κλάση γεννήσεων και 2501 από την Υπηρεσία αίματος του Ηνωμένου Βασιλείου. (Ii) NCI-GWAS βασίστηκε σε 1.453 περιπτώσεις RCC και 3.599 ελέγχους της Ευρωπαϊκής φόντο γονότυπου χρησιμοποιώντας Illumina HumanHap HapMap 500, 610 ή 660W BeadChips. Τα δεδομένα ήταν διαθέσιμα στο κοινό μέσω 1.311 περιπτώσεις (συμπεριλαμβανομένων των 534 Επιτροπών CCC, 93 ηλεκτρονικοί υπολογιστές, 86 άλλες ιστολογικές υποτύπους) και 3.424 ελέγχους [7].

Όπως περιγράφηκε προηγουμένως [2], εφαρμόσαμε μια σειρά από προ-καθορισμένη ποιότητα μετρήσεις ελέγχου με τα δεδομένα. Συγκεκριμένα χρησιμοποιήσαμε τα ακόλουθα κριτήρια για τον αποκλεισμό ατόμων: συνολική γονότυπος επιτυχία SNPs & lt? 97%, ασύμφωνα σεξ, ακραίες τιμές σε οικόπεδο ετεροζυγωτίας έναντι missingness, αντιγραφή ή συγγένειας με την εκτιμώμενη ταυτότητας από την κάθοδο (IBD) & gt? 0.185 ή απόδειξη της μη ευρωπαϊκής καταγωγής με ανάλυση PCA με βάση τη χρήση HapMap δείγματα αναφοράς (S2 Εικ.). κριτήρια αποκλεισμού SNP περιλαμβάνονται: ποσοστό & lt καλέσετε? 95%? διαφορετικά λείπουν τα ποσοστά γονότυπο μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων σε

P

& lt? 10

-5? MAF & lt? 0,01? αναχώρηση από Hardy-Weinberg ισορροπία στους ελέγχους σε

P

& lt? 10

-5. Μια επισκόπηση όλων των αποκλεισμών δείγματος δίνεται στο S3 Εικ. Επάρκεια της αντιστοίχισης ασθενών-μαρτύρων αξιολογήθηκε από επιθεώρηση των αγροτεμαχίων Q-Q των στατιστικών τεστ και με τη βοήθεια του συντελεστή πληθωρισμού λ

GC.

σειρά αναπαραγωγής

Για την αντιγραφή, εμείς χρησιμοποιούνται, όπως περιγράφεται λεπτομερώς προηγουμένως [2], τα δεδομένα από TCGA και IARC. Εν συντομία, οι σαφείς περιπτώσεις κυττάρων TCGA RCC (KIRC μελέτη, αριθμός ένταξης phs000178.v7.p6) ήταν ο γονότυπος χρησιμοποιώντας το Array Affymetrix Genome-Wide Ανθρωπίνων SNP 6.0. Για τους ελέγχους που έκαναν χρήση των δεδομένων σχετικά υγιή άτομα από την μαστού και του προστάτη μελέτη για τον καρκίνο CGEMS, ο γονότυπος χρησιμοποιώντας Illumina HumanHap550 και Φάσης 1A HumanHap300 + Φάση 1BHumanHap240 Beadchips αντίστοιχα. Και οι δύο περιπτώσεις και οι έλεγχοι εξετάστηκαν επίσημα για μια επικάλυψη με τα δείγματα NCI GWAS. Κάθε TCGA ή δείγμα CGEMS βρέθηκε να είναι ένα αντίγραφο του ή σχετίζονται με ένα δείγμα από το NCI GWAS αφαιρέθηκε από το σύνολο δεδομένων αντιγραφής. Μετά από περαιτέρω έλεγχο για την συγγένεια και την ευρωπαϊκή καταγωγή 383 περιπτώσεις και 2189 ελέγχους αποτελούσε τη σειρά αναπαραγωγής TCGA /CGEMS. Ο Διεθνής Οργανισμός Έρευνας για τον Καρκίνο (IARC) GWAS αποτελούνταν από 2.461 περιπτώσεις RCC (συμπεριλαμβανομένων 1.340 Επιτροπών CCC, 95 ηλεκτρονικοί υπολογιστές, 88 άλλες ιστολογικές υποτύπους) και 5.081 ελέγχους της Ευρωπαϊκής φόντο από οκτώ ευρωπαϊκές μελέτες) και έχει προηγουμένως περιγραφεί [7]. Γονοτυπική των περιπτώσεων και των ελέγχων πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας είτε Illumina HumanHap300, 550 ή 610 Quad Beadchips. Στοιχεία που προέρχονται από τις τρεις συστοιχίες είχαν καταλογιστεί για να ανακτήσει rs3845536 γονότυπο.

Στατιστική και βιοπληροφορικής αναλύσεις

R (v3.02) και SNPTEST (v2.4.1) λογισμικό χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση. Σύνδεσης μεταξύ μεμονωμένων SNPs και τον κίνδυνο RCC αξιολογήθηκε από τη δοκιμή η τάση Cochran-Armitage. Άνευ όρων λογιστικής παλινδρόμησης χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό των ΕΑΠ και το σχετιζόμενο 95% ΠΙ. Το Ηνωμένο Βασίλειο-GWAS δεν απαιτεί συμπαράγοντες για την προσαρμογή για το NCI-GWAS απαιτείται προσαρμογή για το κέντρο μελέτης και η TCGA-GWAS απαιτείται προσαρμογή για την πρώτη κύρια συνιστώσα. Κλιμάκωση των GWAS γονότυπων SNP εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας SHAPEIT v2.644. Untyped SNPs είχαν καταλογισθεί χρησιμοποιώντας IMPUTEv2 (v2.3.0) με δεδομένα από τα γονιδιώματα Έργου 1000 (Φάση 1 ολοκληρωμένο σετ παραλλαγή, v3.20101123, κυκλοφόρησε στην ιστοσελίδα IMPUTEv2 στις 9 Δεκεμβρίου 2013) και UK10K (ALSPAC, EGAS00001000090 /EGAD00001000195, και TwinsUK , EGAS00001000108 /EGAD00001000194, μελέτες μόνο) που χρησιμοποιούνται ως πίνακες αναφοράς. Ανάλυση των τεκμαρτών δεδομένων διεξήχθη χρησιμοποιώντας SNPTEST v2.4.1 να λογοδοτήσουν για τις αβεβαιότητες στην πρόβλεψη SNP. Σύλλογος μετα-αναλύσεις που περιλαμβάνονται μόνο δείκτες με πληροφορίες βαθμολογίες & gt? 0.4, καταλόγισε ποσοστά κλήσης /SNP & gt? 0.9 (UK & amp? Μελέτες NCI) και MAFs & gt? 0.005. Μετα-αναλύσεις έγιναν με μετα v2.4-1 πακέτο R, με τη χρήση των πιθανοτήτων γονότυπο από IMPUTEv2 για untyped SNPs. Ετερογένεια αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας Cochran είναι

Q

στατιστική και το ποσοστό της συνολικής διακύμανσης που οφείλεται στην ετερογένεια εκτιμήθηκε με τη χρήση του

2 στατιστικό στοιχείο.

ποσοστό HapMap ανασυνδυασμού ( cM /Mb) χρησιμοποιήθηκε για να καθορίσει μπλοκ LD. Ο ρυθμός ανασυνδυασμού ορίζεται με βάση τις hotspots ανασυνδυασμού της Οξφόρδης και με βάση την κατανομή των πιστωτικών ιδρυμάτων που ορίζονται από τον Gabriel και συν-εργαζομένων [23].

Η πιστότητα του καταλογισμού, όπως εκτιμάται από τη συμφωνία μεταξύ τεκμαρτών και άμεσα ο γονότυπος SNPs, εξετάστηκε σε ένα τυχαίο υποσύνολο δειγμάτων από το UK-GWAS. Για να ποσοτικοποιηθεί η πιστότητα της καταλογιστικής υπολογίσαμε κατά Pearson συντελεστής συσχέτισης r

2 μεταξύ των άμεσα ο γονότυπος τιμές (μετρώντας τον αριθμό των αλληλομόρφων αναφοράς, λαμβάνοντας διακριτές τιμές στο {0, 1, 2}) και οι τεκμαρτές γονότυπους (λαμβάνοντας πραγματικές τιμές στο διάστημα [0,2])

το οικογενειακό σχετικός κίνδυνος RCC αποδίδεται σε μια συγκεκριμένη παραλλαγή υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας τον τύπο από [24]:. όπου ο σχετικός κίνδυνος συνολικής αδελφό

λ

0 για RCC είναι 2.45 [5].

Εικ. 2 έχει παραχθεί με τη χρήση visPIG [25].

Ανάλυση των TCGA δεδομένων

Οι ενώσεις του SNP γονότυπο με την έκφραση του γονιδίου σε RCC διερευνήθηκε χρησιμοποιώντας δεδομένα TCGA παράγονται χρησιμοποιώντας συστοιχίες Agilent 244K Προσαρμοσμένη G4502A. Η συχνότητα των μεταλλάξεων λήφθηκαν χρησιμοποιώντας το CBioPortal για τον Καρκίνο Genomics web server.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Συμπληρωματικές πληροφορίες είναι διαθέσιμες στο

PLoS ONE

σε απευθείας σύνδεση.

URLs

R πυρήνα Team (2013). Ε: Μια γλώσσα και το περιβάλλον για στατιστικούς υπολογισμούς. R Ίδρυμα για στατιστικούς υπολογισμούς, Βιέννη, Αυστρία. URL https://www.R-project.org/

Illumina:. https://www.illumina.com

dbSNP: http: //www.ncbi.nlm.nih .gov /έργα /SNP

HapMap: https://www.hapmap.org

1000Genomes: https://www.1000genomes.org

visPIG: http: //vispig.icr.ac.uk

καταλόγισε: https://mathgen.stats.ox.ac.uk/impute/impute

SNPTEST: http: //www.stats. ox.ac.uk/~marchini/software/gwas/snptest

cBioPortal για τον Καρκίνο Genomics: https://www.cbioportal.org

Wellcome Trust υπόθεση Ελέγχου Κοινοπραξία: www.wtccc. org.uk

Μέντελ Κληρονομικότητα Σε Man: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim

Το έργο Cancer Genome Atlas: https://cancergenome.nih.gov

Genevar (Gene Expression παραλλαγή): https://www.sanger.ac.uk/resources

SORCE: https://www.ctu.mrc.ac.uk

Ο καρκίνος Γενετικοί δείκτες ευαισθησίας (

CGEMS

): cgems.cancer.gov

Υποστήριξη Πληροφορίες

S1 συνόλου δεδομένων. UK & amp? . NCI αποτελέσματα της δοκιμής σύνδεσης με τα αποτελέσματα μετα-ανάλυση

Tab οριοθετημένο αρχείο κειμένου ASCII με σειρά μία κεφαλίδα

doi:. 10.1371 /journal.pone.0122589.s001

(TXT)

S1 Εικ. οικόπεδα Q-Q του Cochran-Armitage στατιστικά τεστ τάση για ένωση με βάση την μετα-ανάλυση των UK-GWAS και NCI-GWAS προ-καταλογισμό (α-β)? . Μετά τον καταλογισμό (EH) και σπάνια SNPs μετά τον καταλογισμό (il)

η γραμμή ταυτότητας υποδεικνύεται ως μια μπλε διακεκομμένη γραμμή

doi:. 10.1371 /journal.pone.0122589.s002

(ΔΕΘ)

S2 Εικ. Τα πρώτα δύο κύριες συνιστώσες του Ηνωμένου Βασιλείου και NCI σύνολα δεδομένων, όπως χρησιμοποιείται για την αφαίρεση των δειγμάτων με βάση την καταγωγή κατά τον έλεγχο ποιότητας.

υπόθεση και δείγματα ελέγχου αναφέρονται ως γκρι και μαύρο σταυρούς, με τους πληθυσμούς αναφοράς HapMap εμφανίζεται ως έντονα χρωματιστά δίσκους.

doi: 10.1371 /journal.pone.0122589.s003

(ΔΕΘ)

S3 Εικ. . GWAS της ποιότητας των δεδομένων ελέγχου

Λεπτομέρειες παρέχονται των δειγμάτων, SNPs και ποιοτικού ελέγχου (QC) που χρησιμοποιούνται σε κάθε GWAS

doi:. 10.1371 /journal.pone.0122589.s004

(ΔΕΘ)

S1 Τραπέζι. Αποδεικτικά στοιχεία για την ένωση αναφερθεί στο παρελθόν RCC ευαισθησία τόπους

Σε κάθε τόπο οι τιμές που δίδονται για το αναφέρθηκαν προηγουμένως SNPs και το προβάδισμα SNP σε αυτή τη μελέτη

doi:.. 10.1371 /journal.pone.0122589.s005

( PDF)

Πίνακας S2. UK & amp? NCI μετα-ανάλυση για όλες τις παραλλαγές που λαμβάνονται μέχρι το στάδιο της αναπαραγωγής

doi:. 10.1371 /journal.pone.0122589.s006

(PDF)

S3 πίνακα. Ηνωμένο Βασίλειο, NCI & amp? . TCGA μετα-ανάλυση για όλες τις παραλλαγές που λαμβάνονται μέχρι το στάδιο της αντιγραφής του

Με έντονους χαρακτήρες είναι οι παραλλαγές που πέτυχαν

P

σταθερής & lt? 5×10

-8

doi:. 10.1371 /journal.pone.0122589.s007

(PDF)

Πίνακας S4. σημασία των όρων αλληλεπίδρασης του rs3845536 με προηγουμένως δημοσιευθεί SNPs κινδύνου για RCC

doi:. 10.1371 /journal.pone.0122589.s008

(PDF)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε οι συμμετέχοντες στη μελέτη και οι οικογένειές τους και οι ερευνητές της μελέτης και των συντονιστών για εργασία σε προσλήψεις. Αυτή η μελέτη κάνει χρήση των δεδομένων του γονότυπου από το 1958 Γέννηση Cohort και τα δείγματα Εθνική Υπηρεσία αίματος, την καλοσύνη που διατίθενται από το Wellcome Trust υπόθεση Ελέγχου Κοινοπραξία 2. Πλήρη κατάλογο των ερευνητών που συνέβαλαν στη δημιουργία των δεδομένων είναι διαθέσιμο στη διεύθυνση http: //www.wtccc.org.uk/. Τα αποτελέσματα δημοσιεύονται εδώ είναι εν όλω ή εν μέρει με βάση τα δεδομένα που παράγονται από το πιλοτικό πρόγραμμα του καρκίνου Γονιδιώματος Atlas συστάθηκε με το NCI και NHGRI. Πληροφορίες σχετικά με TCGA και τους ερευνητές και τα ιδρύματα που αποτελούν το ερευνητικό δίκτυο TCGA μπορεί να βρεθεί στο https://cancergenome.nih.gov/. Αυτή η μελέτη κάνει χρήση των δεδομένων που παράγονται από την UK10K κοινοπραξία, που προέρχονται από τα δείγματα από τις μελέτες ALSPAC και TwinsUK. Ένας πλήρης κατάλογος των ερευνητών που συνέβαλαν στη δημιουργία των δεδομένων είναι διαθέσιμα από www.UK10K.org. Χρηματοδότηση για UK10K δόθηκε από το Wellcome Trust στο πλαίσιο ανάθεσης WT091310. Τέλος, αναγνωρίζουμε το έργο του τα ακόλουθα άτομα ΗΠΑ Lee E. Moore (Division of Cancer Epidemiology και Γενετικής, NCI, Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας, Υπουργείο Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών), Kevin B. Jacobs (Division of Cancer Epidemiology και Γενετικής, NCI , Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας, Υπουργείο Υγείας και Ανθρωπίνων υπηρεσιών? Cancer Genomics Research Laboratory, Leidos Biomedical Research Inc.)? Jorge R. Toro (Division of Cancer Epidemiology και Γενετικής, NCI, Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας, Υπουργείο Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών)? Joanne Σ Colt (Division of Cancer Epidemiology και Γενετικής, NCI, Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας, Υπουργείο Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών)? Πίστη Γ Davis (Τμήμα Επιδημιολογίας /Βιοστατιστική, της Σχολής Δημόσιας Υγείας του Πανεπιστημίου του Ιλινόις στο Σικάγο)? Kendra L. Schwartz (Karmanos Ινστιτούτο Καρκίνου και του Τμήματος Οικογενειακής Ιατρικής, Wayne State University)? Christine D. Berg (Τομέας Πρόληψης του Καρκίνου, NCI, Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας, Υπουργείο Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών)? Robert L. Grubb III (Division της Ουρολογικής Χειρουργικής, Washington University School of Medicine)? Michelle A. Hildebrandt (Τμήμα Επιδημιολογίας, Τμήμα Πρόληψης Καρκίνου και Πληθυσμιακών Επιστημών, του Πανεπιστημίου του Τέξας MD Anderson Cancer Κέντρο), Xia Pu (Τμήμα Επιδημιολογίας, Τμήμα Πρόληψης Καρκίνου και Πληθυσμιακών Επιστημών, του Πανεπιστημίου του Τέξας MD Anderson Κέντρο Καρκίνου )? Amy Hutchinson (Division of Cancer Epidemiology και Γενετικής, NCI, Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας, Υπουργείο Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών? Cancer Genomics Research Laboratory, Leidos Biomedical Research Inc.)? Joseph F. Fraumeni Jr (Division of Cancer Epidemiology και Γενετικής, NCI, Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας, Υπουργείο Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών) και Meredith Yeager (Division of Cancer Epidemiology και Γενετικής, NCI, Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας, Υπουργείο Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών? καρκίνο του Genomics Research Laboratory, Leidos Biomedical Research Inc.)

Οι συγγραφείς θα ήθελαν να αναγνωρίσουν τους συμμετέχοντες και ερευνητές από τις ακόλουθες μελέτες IARC:. EPIC, HUNT2, μελέτη NCI /IARC Κεντρική Ευρώπη, άσραμ, CeRePP, η Λιντς ομάδα, η μελέτη αναζήτησης και η μελέτη ασθενών-μαρτύρων Μόσχα. Περαιτέρω λεπτομέρειες αυτών των μελετών μπορούν να βρεθούν στο συμπληρωματικό υλικό του Purdue κ.ά., Nature Genetics, 2011.