Αφηρημένο

Ιστορικό

Το αντιγόνο του καρκίνου του προστάτη 3 (

PCA3 /DD3)

γονίδιο είναι ένα πολύ συγκεκριμένο βιοδείκτη υπερεκφράζεται στον καρκίνο του προστάτη (PCA). Για να κατανοήσουμε τη σημασία της

PCA3

στον προστάτη ερευνήσαμε την οργάνωση και την εξέλιξη του

PCA3

γονιδιακό τόπο.

Μέθοδοι /Κύρια Ευρήματα

Έχουμε απασχολούνται σύνθεση cDNA, RTPCR και της αλληλουχίας του DNA για τον εντοπισμό 4 νέες θέσεις έναρξης μεταγραφής, θέσεις πολυαδενυλίωσης 4 και 2 νέες διαφορικά ματισμένο εξώνια σε εκτεταμένη μορφή του

PCA3

. Εκκινητές που σχεδιάστηκαν από αυτές τις νέες

PCA3

εξώνια βελτιώσει σημαντικά την RT-PCR βασίζεται διάκριση μεταξύ μεταστάσεις προστάτη, του προστάτη και δείγματα BPH. Συγκριτική γονιδιωματική αναλύσεις έδειξαν ότι το

PCA3

εξελίχθηκε πρόσφατα σε ένα προσανατολισμό αντι-νόημα εντός ενός δεύτερου γονιδίου,

BMCC1 /PRUNE2

. BMCC1 έχει δειχθεί προηγουμένως να αλληλεπιδρούν με RhoA και RhoC, καθοριστικοί παράγοντες της κυτταρικό μετασχηματισμό και μετάσταση, αντίστοιχα. Χρησιμοποιώντας RT-PCR αποδείξαμε ότι η πλέον

BMCC1-1

ισομορφή – όπως

PCA3

– υπερεκφράζεται σε ιστούς και μεταστάσεις προστάτη και σε κυτταρικές σειρές του προστάτη. Επιπλέον

PCA3

και

BMCC1-1

επίπεδα ανταποκρίνονται στη θεραπεία διυδροτεστοστερόνη.

Συμπεράσματα /Σημασία

Η αναβάθμιση των δύο νέων ισομορφών PCA3 σε ιστούς προστάτη βελτιώνει διάκριση μεταξύ του προστάτη και καλοήθους υπερπλασίας του προστάτη. Η λειτουργική σημασία αυτής της ιδιαιτερότητας είναι πλέον ιδιαίτερο ενδιαφέρον δεδομένου

PCA3 για επικάλυψη συνδυασμό με ένα δεύτερο γονίδιο

BMCC1

, ένας ρυθμιστής της Rho σηματοδότησης. Προς τα πάνω ρύθμιση του

PCA3

και

BMCC1

στον προστάτη έχει δυνατότητες για βελτιωμένη διάγνωση

Παράθεση:. Clarke RA, Zhao Z, Guo AY, Roper Κ, Teng L, Fang ZM , et al. (2009) Νέα γονιδιακή δομή για τον καρκίνο του προστάτη Ειδικές PCA3 Gene μέσα BMCC1: Συνέπειες για προστάτη Ανίχνευση Καρκίνου και Εξέλιξη. PLoS ONE 4 (3): e4995. doi: 10.1371 /journal.pone.0004995

Επιμέλεια: Baohong Zhang, Καρολίνα Πανεπιστήμιο East, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 11 Νοεμβρίου 2008? Αποδεκτές: πέμπτης Φεβρουαρίου 2009? Δημοσιεύθηκε: 25, Μάρτη του 2009

Copyright: © 2009 Lavin et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Η χρηματοδότηση είναι που παρέχονται από την Εθνική Αυστραλιανή Υγείας και του Συμβουλίου Ιατρικής Έρευνας και το Συμβούλιο Καρκίνου του Κουίνσλαντ. Zhongming Zhao υποστηρίζεται από μια επιχορήγηση ΝΙΗ (LM009598) από την Εθνική Βιβλιοθήκη της Ιατρικής, τον Thomas F. και η Kate Miller Jeffress Trust Fund Memorial, και Θεσμικών Research Grant IRG-73-001-31 από την Αμερικανική Αντικαρκινική Εταιρεία. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του προστάτη (PCA) είναι η πιο συχνά διαγιγνώσκεται εσωτερική κακοήθεια στους άνδρες και η δεύτερη συχνότερη αιτία θανάτων από καρκίνο. Η αιτιολογία του προστάτη είναι αβέβαιο με τους περιβαλλοντικούς, ορμονικούς και κληρονομικούς παράγοντες εμπλέκονται. Η έναρξη του προστάτη (δηλ. Ο σχηματισμός ενός ιστολογικά αναγνωρίσιμο βλάβη) είναι μια κοινή εκδήλωση, που ανιχνεύονται σε αυτοψία σειρά σχεδόν το ένα τρίτο των ανδρών άνω των 45 ετών [1]. Ευτυχώς, η πλειοψηφία αυτών των βλαβών δεν προχωρούν σε κλινικά σημαντική όγκους. Ωστόσο, σε ασθενείς με κλινικά ανιχνεύεται ασθένεια και οι οποίοι θεωρούνται ότι έχουν όγκο τους εντοπίζεται στον προστάτη, μεταξύ 15% και 40% έχουν διάχυτης νόσου, δεν αναγνωρίζονται από τις τρέχουσες μεθόδους απεικόνισης, για τα οποία δεν υπάρχει επί του παρόντος θεραπευτικής αγωγής. Η διάγνωση του καρκίνου του προστάτη (από προστατική βιοψίες) εκκινεί τυπικά μετά από ανύψωση σε μετρήσεις του ειδικού προστατικού αντιγόνου (PSA), μια πρωτεΐνη που εκκρίνεται φυσιολογικά ειδικά από προστάτη επιθηλιακά κύτταρα να σχηματίσουν ένα συστατικό της εκσπερμάτωση ορού. PSA δεν είναι ένα τεστ για τον καρκίνο και δεν υπάρχει όριο αυτού του ενζύμου παρέχοντας μια υψηλή ευαισθησία και ειδικότητα με ένα συνεχές του κινδύνου για όλες τις τιμές PSA [2]. Ένα αυξημένο PSA ορού τόσο συχνά δεσμεύεται άνδρες στην επεμβατική και ανακριβής διαδικασία της διορθικό υπερηχογράφημα (TRUS) καθοδηγείται βιοψίες [3], [4]. Μια περαιτέρω κατηγορητήριο των περιορισμών της PSA στην ανίχνευση του προστάτη είναι η διαφορά μεταξύ TRUS βιοψία ευρήματα και εκείνων που προέρχονται από ριζική προστατεκτομή με την πρώην υπο-καλώντας παθολογία [5].

Για να βελτιωθεί η ανίχνευση και θεραπεία του προστάτη, έρευνες έχουν ήταν σε εξέλιξη για τον εντοπισμό των γονιδίων που εμπλέκονται στην έναρξη και εξέλιξη της νόσου. Οι κληρονομικούς παράγοντες θεωρείται ότι παίζουν μεγαλύτερο ρόλο στη γένεση του προστάτη από ό, τι σε οποιαδήποτε άλλη κακοήθεια. Γονιδιωματικής σε επίπεδο μελετών σύνδεσης και οθόνες υποψήφιο γονίδιο δείχνουν ότι η κληρονομιά περιλαμβάνει πολλαπλές μικρές οργανώσεις η συντριπτική πλειοψηφία των οποίων παραμένουν άγνωστα εκτός από ενδεχομένως σύνθετη επιγενετικές ή γονίδιο γονίδιο αλληλεπιδράσεις. [6] – [12]. Διαφορική τεχνολογία απεικόνισης έχει χρησιμοποιηθεί με επιτυχία για να προσδιοριστούν οι αλλαγές στο επίπεδο της γονιδιακής έκφρασης που συνδέονται με τη μετάβαση από κανονική σε όγκο που περιλαμβάνουν γονίδια που εμπλέκονται στην σηματοδότηση των λιπιδίων και του μεταβολισμού? σύνθεση λιπαρού οξέος? ρύθμιση του κυτταρικού κύκλου? κυτταρική προσκόλληση και τη ρύθμιση των στρωματικών? αγγειογένεση? ρύθμιση διαύλων ιόντων, και την μεταγωγή σήματος [13], [14]. Χρησιμοποιώντας διαφορική Bussemakers οθόνη et al [15] εντοπίστηκαν ένα cDNA, που στη συνέχεια ονομάστηκε προστάτη αντιγόνο του καρκίνου του 3 (

PCA3 /DD3

), που ρυθμίζεται αυξητικά σε 53 από 56 καρκίνους του προστάτη σε σύγκριση με τους μη κακοήθη ιστό προστάτη. Η

PCA3

γονίδιο (25 kb – Σχήμα 1Α), η οποία είναι διαφορικά συγκολλημένα, έχει μια υψηλή συχνότητα κωδικόνια τερματισμού σε όλα τα αναγνωστικά πλαίσια που πρότεινε ήταν ένα μη-κωδικοποίησης RNA (ncRNA). Επιπλέον, δεν υπήρχε καμία ένδειξη για την έκφραση μίας πρωτεΐνης PCA3 [16]. Προς τα πάνω ρύθμιση των μεγάλων ~ 2 kb

PCA3

μεταγραφής, η οποία αποκλείει το εξόνιο 2 (Σχήμα 1Α), αποδείχθηκε ότι είναι ένα ευαίσθητο και ειδικό δείκτη για τη διάγνωση της προστάτη [15], [16]. Η έκφραση του πολυαδενυλιωμένο μεταγραφές του

PCA3

προταθεί ότι μπορεί να έχει ένα λειτουργικό ρόλο που υποστηρίζεται σε κάποιο βαθμό από τον εντοπισμό του στον πυρήνα και την αποτυχία να ανιχνευθεί στο κυτταρόπλασμα [16]. Μέχρι σήμερα κανένα ρόλο στον καρκίνο έχει περιγραφεί για

PCA3

αλλά έχει προταθεί ότι αυτό μπορεί να λειτουργεί στην ρύθμιση της έκφρασης του γονιδίου ή να συμμετέχουν στη γονιδιακή μάτισμα [16]. ncRNAs έχουν βρεθεί πρόσφατα στην έκπληξη αφθονία, με νέες κατηγορίες και απρόσμενες ρόλους που μεσολαβούν εξέλιξη, την οργάνωση χρωμοσωμικές περιοχές, αναδιαμόρφωσης χρωματίνης και μεταγραφικής ρύθμισης (τόσο ενεργοποίηση και καταστολή) [17], [18]. Εκτός από την

PCA3

, οι συγκρίσεις μεταξύ υποπλασία καλοήθους προστάτη (ΚΥΠ) και δείγματα προστάτη έδειξαν 14 από τα άλλα 51 ncRNAs που εκφράζονται διαφορικά ήταν επίσης αυξορρυθμίζεται PCa [19], [20]. Είναι επίσης καθιερωμένο ότι μια κατηγορία πολύ μικρών ncRNAs γνωστό ως microRNAs αλλοιώνονται με διαφορετικούς τύπους όγκων και μπορεί να δράσει ως ογκογονίδια ή γονίδια καταστολής όγκου [19], [21], [22].

(Α ) Μερική

PCA3

γονιδιακή δομή, όπως είχε αναφερθεί αρχικά από Bussemakers et al. [15] με 4 εξώνια (ανοιχτή κουτιά ~ όχι σε κλίμακα) με εναλλακτική συρραφή του εξονίου 2 και τριών αναπληρωματικών θέσεις τερματισμού της μεταγραφής στο εξόνιο 4. 5 ‘πειράματα RACE (Συμπληρωματικές Εικ. S1) προσδιορίζονται 4 μυθιστόρημα

PCA3

θέσεις έναρξης της μεταγραφής (ισομορφές 1-4 που χαρακτηρίζεται από κάθετη βέλη που δείχνουν προς τα κάτω με ακολουθία νουκλεοτιδίων κάτω βρίσκεται 1150 bp, 699 bp, 640 bp και 136 bp ανοδικά της αρχικής θέσης έναρξης (μετονομάστηκε εδώ ισομορφή 5). 3 ‘RACE προσδιόρισε τέσσερις μυθιστόρημα πολυαδενυλίωσης sites (7 συνολικά *) που βρίσκεται στο εξόνιο 4. το μέγεθος του εξονίου 1 επεκτείνεται από την αρχική 120 bp έως 1270 bp. Ισόμορφης 4 (

PCA3-4

) είναι η πιο υψηλή έκφραση του τεσσάρων καινοτόμων ισομορφές. Τέσσερις επικάλυψη των ORF ξεκινήσει από το σημείο έναρξης ενός ενιαίου «ATG» (κάθετο βέλος προς τα πάνω) στο

PCA3-4

και να τερματίσει σε μία από τις εναλλακτικό μάτισμα εξώνια (2α ή 2β ή 2γ) ή στο εξώνιο 3 . (Β) ενίσχυση RT-PCR του ΒΡΗ, προστάτη και τα δείγματα μετάσταση προστάτη χρησιμοποιώντας ένα έναυσμα από το εσωτερικό του νέου

PCA3-4

θέση έναρξης μεταγραφής και ένα αντίστροφο έναυσμα από τα νέα εξόνιο 2α. (C) Πλήρης κατασκευή της

PCA3

γονίδιο. Σκίαση προσδιορίζει τα πρόσφατα εντοπίστηκαν περιοχές του

PCA3

γονίδιο, το οποίο έχει 6 εξώνια με εναλλακτικό μάτισμα του εξωνίου 2α (93 bp) και το εξόνιο 2β (93 bp) και το εξόνιο 2γ (αρχική εξόνιο 2, 165 bp). και (Δ) ενίσχυση RT-PCR του PCA3 χρησιμοποιώντας τον ίδιο πρόσθιο εκκινητή και έναν αντίστροφο εκκινητή από τα νέα 2b εξόνιο και (Ε) RT-PCR ενίσχυση του PCA3 χρησιμοποιώντας ένα έναυσμα από το

PCA3-5F

(εντός της αρχική μεταγραφή θέση εκκίνησης) και ένα ανάστροφο εκκινητή που καλύπτει τα εξόνια 1 και 3 [15].

η

για να κατανοήσουμε περαιτέρω τη σημασία του

PCA3

γονιδίου σε προστάτη αναλάβαμε μια πιο λεπτομερή διερεύνηση αυτού του γονιδίου και χρωμοσωμική θέση του. Αυτό πόντους έρευνας σε έναν πολύ πιο περίπλοκο μεταγραφική μονάδα για

PCA3

ό, τι αρχικά αναφερθεί [15], [16], συμπεριλαμβανομένων των πρόσθετων νέων εξώνια. Έχουμε περιγράψει μια σειρά από νέα

PCA3

ματίσματος παραλλαγές με πιο συγκεκριμένη έκφραση σε ιστούς και μεταστάσεις προστάτη. Έχουμε αποδείξει επίσης ότι

PCA3

είναι ενσωματωμένο στο ιντρόνιο ενός δεύτερου γονιδίου,

BMCC1

, ένα γονίδιο εμπλέκεται στον έλεγχο ογκογόνο μετασχηματισμό [23] και ότι αμφότερα τα γονίδια έδειξαν αυξημένη έκφραση σε προστάτη και μεταστάσεις .

Αποτελέσματα

Αναγνώριση των νέων μεταγραφές PCA3 και εμπειρία στον προστάτη

Η απουσία ενός στοιχείου ΤΑΤΑ μέσα σε ένα γονίδιο υποκινητή του ανθρώπινου έχει συσχετιστεί με επιπόλαιο μεταγραφικής έναρξης. Η

PCA3

γονίδιο δεν περιέχει ανοδική αλληλουχία ΤΑΤΑ και ως εκ τούτου παρουσιάζουν ενδιαφέρον ήταν να διαπιστωθεί αν υπήρχαν οποιεσδήποτε πρόσθετες θέσεις έναρξης της μεταγραφής για

PCA3

(Σχήμα 1Α, πάνω μέρος). Πραγματοποιήσαμε 5 ‘RACE χρησιμοποιώντας προστάτη ιστό που εκφράζει

PCA3

να ψάξουν για πρόσθετες θέσεις έναρξης.

Αυτή η προσέγγιση έδειξε ότι το εξώνιο 1 είναι 1150 bp μεγαλύτερο από ό, τι στο παρελθόν αναφερθεί (τώρα 1270 bp) και περιέχει 4 νέες θέσεις έναρξης της μεταγραφής (συμπληρωματική Εικόνα S1

Από

PCA3

είναι ενσωματωμένο ή ένθετα μέσα

BMCC1

ήταν ενδιαφέρον να μελετήσει εξελικτικές αλλαγές σε αυτό το γονίδιο. BLAST έρευνες αποκάλυψαν ότι

BMCC1

ομόλογα υπάρχουν σε θηλαστικά, κοτόπουλο και σαύρα, αλλά όχι στην αφρικανική βάτραχος, τα ψάρια ή τα ασπόνδυλα (Σχήμα 2Β). Χρησιμοποιήσαμε λογισμικού VISTA για την εκτέλεση παγκόσμια ευθυγράμμιση του

BMCC1

ομόλογο γονιδίων. Η ευθυγράμμιση στο Σχ 2Β καταδεικνύει ότι

BMCC1

διατηρείται μόνο από άνθρωπο σε σκύλο /ποντικό, με εξαίρεση ενός αριθμού εξαιρετικά διατηρημένων ECR που εκτείνονται από άνθρωπο σε σαύρα (συμπεριλαμβανομένων εκείνων με βέλη Α και C στο Σχ. 2Β ).

Αυτά σ βρίσκονται σε μεγάλο βαθμό μεταξύ των

BMCC1

ιντρονίου 6 και το εξόνιο 9 (ακόμη και εντός

PCA3

). Συγκρίναμε τις αλληλουχίες αμινοξέων που βασίζονται στην ανθρώπινη και του χιμπατζή

BMCC1-1

CDS ακολουθίες. Το συνολικό μήκος αμινοξέων είναι 3088 (ανθρώπινη) και 3089 (χιμπατζή). Αφού ευθυγραμμισμένα ανθρώπινων και χιμπαντζή ακολουθίες, βρήκαμε 40 μη συνώνυμες μεταλλάξεις και 21 συνώνυμες μεταλλάξεις. Για ολόκληρη την περιοχή, η αναλογία των μη-συνώνυμη πάνω ποσοστό συνώνυμο υποκατάστασης (dN /DS) είναι 0,90. Ένας λόγος dn /dS μεγαλύτερη από 1 σε μια περιοχή κωδικοποίησης υποδηλώνει συχνά θετική επιλογή. Εξόνιο 8 είναι το μακρύτερο εξόνιο στο

BMCC1

και έχει 6598 bp, το οποίο κωδικοποιεί 2199 αμινοξέα. Βρήκαμε η πλειοψηφία των μη συνώνυμες μεταλλάξεις είναι στο εξόνιο 8 και ο αριθμός των μη συνώνυμες μεταλλάξεις [25] είναι σχεδόν τρεις φορές αυτή του συνώνυμες μεταλλάξεις [12]. Ο λόγος dn /dS ήταν 1,38, γεγονός που υποδηλώνει μια πρόσφατη θετική επιλογή σε αυτό το υποπεριοχή. Επιπλέον, βρήκαμε ότι 39 από τα 40 μη συνώνυμες αντικαταστάσεις στην

BMCC1

γονιδίου ήταν στα εξόνια 8 και 9, η οποία είχε μόνο 14 συνώνυμο αντικαταστάσεις. Υπήρχε μόνο μία υποκατάσταση, η οποία είναι συνώνυμη, στο εξόνιο 7. Όταν εξετάσαμε εξώνια 8-9 ή εξώνια 7-9, έχουμε με συνέπεια βρεθεί ότι ο λόγος dn /dS ήταν μεγαλύτερη από 1 (εξόνια 8-9, 1,30? εξόνια 7 -9, 1,22), γεγονός που υποδηλώνει μια θετική επιλογή στη γειτονική περιοχή του

PCA3

.

PCA3

εμφανίστηκε στα θηλαστικά και εξελίχθηκε πρόσφατα σε πρωτεύοντα

PCA3

δεν είναι τόσο καλά συντηρημένο σε θηλαστικά ως

BMCC1

και δεν ανιχνεύθηκε προηγουμένως σε τρωκτικά [15]. Για τον προσδιορισμό της προέλευσης των

PCA3

συγκρίναμε

PCA3

αλληλουχίες γονιδίων μεταξύ των ειδών. Πραγματοποιήσαμε μια παγκόσμια ευθυγράμμιση των 15 θηλαστικών

PCA3

ορθόλογα. Σύκο. 3Α εμφανίζει ένα οικόπεδο VISTA από τις διατηρημένες περιοχές εντός του

PCA3

γονίδιο περιοχής. Μια πιο λεπτομερής οικόπεδο VISTA εστιάζοντας σε

PCA3

εξώνια 2-4 παρέχεται στο Σχ. 3Β. Όπως περιγράφεται, το

PCA3

γονίδιο είναι εντόνως διατηρημένη σε πρωτεύοντα. Για παράδειγμα, όταν συγκρίνονται με την ανθρώπινη

PCA3

ακολουθία, και οι τέσσερις αλληλουχίες εξονίου και η πλειοψηφία των αλληλουχιών ιντρονίου στα τέσσερα πρωτεύοντα θηλαστικά έχουν υψηλή ταυτότητα με την ανθρώπινη (Εικ. 3Α).

Σύγκριση διατήρησης της αλληλουχίας μεταξύ αυτών των 15 θηλαστικά, αποκάλυψε ένα γραμμικό πρότυπο μεταβολή σε σχέση με αυτές τις τέσσερις εξόνια κατά τη διάρκεια της εξέλιξης των θηλαστικών. Το εξόνιο 4 είναι μακράν η μεγαλύτερη εξωνίων (τα 3.454 bp) και για συγκριτικούς σκοπούς εξώνιο 4 χωρίστηκε (5 ‘→ 3’) σε 3 περιοχές [a, b και c αντιστοιχούν στις τρεις θέσεις τερματισμού που περιγράφεται από Bussemakers et al. [15]. ECR_ex4c, η συντηρημένη τμήμα 4c εξονίου περιγράφηκε νωρίτερα (με βέλη ‘Β’ στο Σχ. 2Β και το Σχ. 3) φαίνεται σε όλα τα 15 θηλαστικά, συμπεριλαμβανομένου του οπόσσουμ, η οποία είναι μια εξω-ομάδας των 14 eutherians. Ενώ opossum έχει μόνο αυτό το ένα διατηρημένη περιοχή σε σχέση με το 4

PCA3

εξώνια, τα τρωκτικά έχουν 1-2 μικρή επιπλέον ECRs στο εξόνιο 4β (Σχ. 3Α και 3Β). Εξώνιο 4α εμφανίστηκε για πρώτη φορά το κουνέλι. Το εξόνιο 3 ανιχνεύθηκε σε ελέφαντα, μέγαιρα δέντρο, αγελάδα, σκύλος, χοίρος, άλογο, και σε όλα τα πρωτεύοντα, αλλά όχι σε κουνέλι, τρωκτικά, ή οπόσσουμ. Σύμφωνα με την πλοκή VISTA μια ουσιαστική εξόνιο 2 είναι παρούσα μόνο σε χοίρο, άλογο και όλων των πρωτευόντων (Σχ. 3Β).

Τέλος, το εξώνιο 1 είναι παρούσα σε πρωτεύοντα μόνο (Σχ. 3Α). Αυτή η γραμμική εξελικτικό πρότυπο σχηματισμού γονιδίου συνοψίζεται στο Σχ. 3C, όπου τα αποτελέσματα δείχνουν ότι: (1) απομεινάρια του

PCA3

γονίδιο εμφανίστηκε στα θηλαστικά? (2) αυτά τα απομεινάρια, στη συνέχεια υποβλήθηκαν σε ένα γραμμικό μοτίβο της εξέλιξης: εξόνιο 4c → εξόνιο 4c /4β → εξόνιο 4γ /4β /4α → εξώνια 4/3 → εξώνια 4.3 /2 → εξώνια 4/3/2/1? και (3)

PCA3

φαίνεται να ωριμάσει σε πρωτεύοντα με όλες μοιράζονται ένα πλήρες συμπλήρωμα των εξώνια (Σχ. 3C). Η ακριβής ταυτότητα ακολουθίας για κάθε πλήρη ανθρώπινη

PCA3

εξώνια σε σύγκριση με άλλα είδη φαίνεται στον συμπληρωματικό πίνακα S2.

BMCC1 υπερεκφράζεται σε προστάτη και ανδρογόνων επαγώγιμων

Από

PCA3

υπερεκφράζεται σε προστάτη και αφού δείξαμε εδώ ότι αυτό το γονίδιο είναι ενσωματωμένο σε ένα δεύτερο γονίδιο

BMCC1

, εμπλέκονται σε κυτταρικό πολλαπλασιασμό, θα καθορίζεται εάν

BMCC1

ήταν επίσης διαφορικά ρυθμίζονται ΣΕΣΣ. Χρησιμοποιήσαμε ένα σύνολο RT-PCR εκκινητών που εκτείνονται σε αυτή την περιοχή του

BMCC1

γονιδίου (εξώνια 6 και 7), ειδικά για την πλήρους μήκους

BMCC1-1

μεταγραφή. Έκφραση του

BMCC1-1

ήταν εμφανής σε φυσιολογικά δείγματα προστάτη και BPH και ρυθμίζεται αυξητικά σε προστάτη και μεταστάσεις (Εικόνα 4Α, Συμπληρωματικό Σχ. S4). Αυτό επιβεβαιώθηκε χρησιμοποιώντας εκκινητές που αντιστοιχούν στον ΟΕΒ C-τερματική περιοχή του BMCC1 και για BMCC1-2. Πράγματι, η ενίσχυση αυτής της ισομορφής έδωσε την καλύτερη διάκριση μεταξύ του προστάτη και καλοήθους υπερπλασίας του προστάτη (Σχ. 4Α, άνω φωτογραφία). Η επέκταση αυτών των πειραμάτων προς PCA και άλλες κυτταρικές σειρές αποκάλυψαν ότι και τα δύο γονίδια υψηλής έκφρασης, ειδικά στην κυτταρική σειρά προστάτη LNCaP (Εικ. 4Β). Επιπλέον

BMCC1-1

ανιχνεύθηκε σε μία δεύτερη κυτταρική σειρά προστάτη DU145, αλλά σε χαμηλότερα επίπεδα.

PCA3

εκφράζεται επίσης σε DU145, αλλά απαιτείται περαιτέρω γύρους ενίσχυσης για την ανίχνευση. Οι βραχύτερες

BMCC1

ισομορφές (

BMCC1-3

και /ή

BMCC1-4

) ανιχνεύθηκαν επίσης (χρησιμοποιώντας εκκινητές ειδικούς για την περιοχή ΟΕΒ) σε ένα ΕΒν-μετασχηματισμένα λεμφοβλαστοειδή κυτταρική γραμμή (JHP), αλλά η πλέον

BMCC1-1

ισομορφή δεν ανιχνεύθηκε (Σχήμα 4Β). Προηγούμενη δεδομένα έχουν δείξει ότι το επίπεδο του

PCA3

μπορεί να διεγείρεται σε κύτταρα LNCaP μετά από θεραπεία με διυδροτεστοστερόνη, η οποία μιμείται τις επιδράσεις της δέσμευσης του υποδοχέα ανδρογόνων (DHT) [16]. Έχουμε καθορίζεται εάν

BMCC1-1

ήταν επίσης ανταποκρινόμενες στην ορμονική διέγερση. Τα αποτελέσματα στο Σχ. 4C δείχνουν ότι και οι δύο

PCA3

και

BMCC1

τα μέγιστα προκαλείται στο LNCaP κυτταρική σειρά σε συγκέντρωση 0,5 mM DHT.

Συζήτηση

Έχουμε αποκάλυψε εδώ μια σειρά από νέα ευρήματα για το

PCA3

βιοδεικτών γονίδιο που είναι δραματικά ρυθμίζεται αυξητικά στην ΣΕΣΣ. Bussemakers et al. [15] είχε προηγουμένως δείξει ότι

PCA3

αποτελούνταν από 4 εξώνια και διαφορετικές μεταγραφές προέκυψε λόγω εναλλακτικό μάτισμα του εξονίου 2 και παρουσία 3 θέσεων πολυαδενυλίωσης στο εξώνιο 4. Τα δεδομένα μας αποκαλύπτουν ότι η μεταγραφική μονάδα για

PCA3

είναι σημαντικά πιο περίπλοκη από αυτό. Εκτός από την θέση έναρξης της μεταγραφής που αναφέρθηκαν από Bussemakers et al. [15] έχουμε εντοπίσει 4 επιπλέον θέσεις έναρξης μεταγραφής εκτείνεται ανοδικά πάνω από 1 kb το οποίο αυξάνει το μέγεθος του εξώνιο 1 με 1,27 kb. Οι μεταγραφές κίνηση σε αυτές τις νέες θέσεις εκφράζονται διαφορικά με τη μικρότερη ισομορφή 4 (

PCA3-4

) πιο υψηλή έκφραση σε προστάτη και μεταστάσεις. Schalken et al. [16] διαπιστώθηκε ότι ένα τμήμα των 500 bp αμέσως ανοδικά από την αρχική θέση έναρξης της μεταγραφής (που περιγράφεται εδώ ως

PCA3-5

) έχει όλες τις κρίσιμες περιοχές ενεργοποιητή και καταστολέα στην οδήγηση

PCA3

έκφρασης . περιγραφή μας επιπρόσθετων

PCA3

ξεκινήσει sites περαιτέρω ανάντη των δύο μικρότερες ισομορφές (

PCA3-4

και

PCA3-5

) περιέχεται μέσα σε ένα μεγαλύτερο μεταγραφικό και ότι είναι πιθανό ότι υπάρχουν και άλλα στοιχεία ελέγχου περαιτέρω ανοδικά. Αυτή η διάταξη της μεταγραφικό δεν είναι μυθιστόρημα, όπως είναι πολλά γονίδια τοποθετημένα σε πολύπλοκες επικαλύψεις και interlaced μοτίβα σε ευκαρυωτικά γονιδιώματα [26]. Στην εν λόγω έκθεση είναι παρακάμπτοντας τους μηχανισμούς επίκληση για επεξεργασία στο 3 ‘άκρο της μεταγραφής. Αυτό μπορεί επίσης να συμβεί στο 5 ‘άκρο. Περιγράφουμε επίσης 2 νέες διαφορικά ματισμένο εξώνια (εξώνια 2α και 2β) για

PCA3

τα οποία βρίσκονται ανάμεσα εξόνιο 1 και το αρχικό εξώνιο 2 (τώρα εξόνιο 2c) [15]. [16]. [16].