Αφηρημένο

Οι γενετικοί παράγοντες που σχετίζονται με τον κίνδυνο του καρκίνου που σχετίζονται με το κάπνισμα έχουν μέχρι πρόσφατα παρέμενε άπιαστο. Από έχουν εντοπιστεί η δημοσίευση μιας μελέτης σύνδεσης γονιδίωμα-ευρεία (GWAS) για τον καρκίνο του πνεύμονα νέων γενετικών τόπων που φαίνεται να σχετίζονται με τον κίνδυνο της νόσου. Σε αυτή τη μελέτη αναπαραγωγής που ο γονότυπος 14 πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) που βρίσκεται στα 5p12.3-p15.33, 6p21.3-p22.1, 6q23-q27 και 15q25.1 τόπους σε 874 πνευμόνων, 450 ουροδόχου κύστης, καρκίνο του λάρυγγα 418 περιπτώσεις και χωρίς καρκίνο ελέγχους, σε συνδυασμό με το έτος γέννησης και το φύλο των περιπτώσεων. Τα αποτελέσματα μας αποκάλυψαν ότι τόπους στο 15q25.1 περιοχή του χρωμοσώματος (rs16969968 [Α], rs8034191 [G]) και 5p15 (rs402710 [T]) σχετίζονται με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα στην πολωνική πληθυσμού (κάπνισμα προσαρμογή OR = 1.45, 1.35 , 0,77? p≤0.0001, 0.0005, 0.002? 95% CI 1,23 έως 1,72, 1,14 έως 1,59, 0,66 έως 0,91 αντίστοιχα). Καμία από τις άλλες περιοχές που αναλύθηκαν ενταύθα είχαν εμπλακεί στον κίνδυνο του πνεύμονα, της ουροδόχου κύστης ή του καρκίνου του λάρυγγα. Αυτή η μελέτη υποστηρίζει τα προηγούμενα ευρήματα σχετικά με τον καρκίνο του πνεύμονα, αλλά αποτυγχάνει να δείξει συσχέτιση των SNPs βρίσκονται σε 15q25.1 και 5p15 περιοχή με άλλες που σχετίζονται με το κάπνισμα καρκίνους όπως της ουροδόχου κύστης και του λάρυγγα καρκίνος του

Παράθεση:. Jaworowska E, Trubicka J, Lener MR , Masojć Β, Złowocka-Perłowska Ε, McKay JD, et al. (2011) συνδέονται με το κάπνισμα Καρκίνοι και Loci σε χρωμοσώματα 15q25, 5p15, 6p22.1 και 6p21.33 στην πολωνική πληθυσμού. PLoS ONE 6 (9): e25057. doi: 10.1371 /journal.pone.0025057

Συντάκτης: Amanda Ewart Toland, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Οχάιο Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 20, Ιουνίου, 2011? Αποδεκτές: 23 Αυγούστου του 2011? Δημοσιεύθηκε: 22 Σεπ 2011

Copyright: © 2011 Jaworowska et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Ευρωπαϊκό κοινοτικό πρόγραμμα «Marie-Curie υποτροφίες υποδοχής για τη μεταφορά γνώσεων», nr MTKD-CT-2.004 έως 510114. Β.Μ. λαμβάνει ένα «Υποτροφία για Νέους Επιστήμονες» από πολωνικό Υπουργείο Επιστημών και Τριτοβάθμιας Εκπαίδευσης. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του πνεύμονα παραμένει η κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο. Κάθε χρόνο πάνω από 1 εκατομμύριο νέες περιπτώσεις διαγιγνώσκονται και ένα σημαντικό ποσοστό πεθάνουν εντός δύο ετών από τη διάγνωση [1]. Το κάπνισμα είναι ο σημαντικότερος παράγοντας κινδύνου για τον καρκίνο του πνεύμονα, αλλά υπάρχει μια ξεχωριστή ομάδα ασθενών που αναπτύσσουν τη νόσο χωρίς ιστορικό καπνίσματος. Επιπλέον, υπάρχουν αναφορές που υποδεικνύουν ότι ένα θετικό οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του πνεύμονα είναι ένας σημαντικός παράγοντας κινδύνου για την ασθένεια αυτή [2].

Παρά το μεγάλο αριθμό μελετών που αποσκοπούν στον εντοπισμό γενετικών παραγόντων που τροποποιούν τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του πνεύμονα, δεν σαφή εικόνα έχει προκύψει. Το 2008 το γονιδίωμα μεγάλη μελέτες συσχέτισης (GWAS) αποκάλυψε μια σειρά από πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) που συμβαίνουν σε διακριτές θέσεις, συνδέονται στενά με διάφορες πτυχές του κινδύνου εκδήλωσης ασθένειας. Μια θέση στο χρωμόσωμα 15q25.1 συσχετίστηκε με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα [3] – [9], η νικοτίνη και εξάρτηση από το αλκοόλ [10] – [14]. Πολυμορφικών δεικτών της συγκεκριμένης περιοχής βρίσκονταν στην περιοχή του νικοτινικού υποδοχέα ακετυλοχολίνης γονιδίου

CHRNA5

,

CHRNA3

και ο τομέας αμινογλυκοσίδη φωσφοτρανσφεράση που περιέχει 1 γονίδιο

AGPHD1

. Υπάρχουν επίσης ενδείξεις ότι οι άλλοι τόποι που συνδέονται με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα: 5p15, το οποίο περιέχει το γονίδιο TERT και το γονίδιο CLPTM1L [15] – [19]? 6p22.1, που περιλαμβάνει την περιοχή MHC [3], [15]? 6p21.33 η οποία περιλαμβάνει μια περιοχή όπου κατοικεί το γονίδιο MSH5 (rs3131379) [3], [15], [19]? και 6q23-25 ​​τόπο που φιλοξενεί το γονίδιο RGS17 [20] – [22]

Για να αναπαράγουν και να επεκτείνει τη σύνδεση που προσδιορίζονται από την GWASs στον καρκίνο του πνεύμονα, επιλέξαμε μια σειρά από δείκτες από την loci 5p12.3-. 15.33, 6p21.33-22.1, 6q23-27 και 15q25.1, και εξέτασε τη σχέση τους με άλλα νεοπλάσματα που σχετίζονται με το κάπνισμα. Ένα σύνολο 874 πνεύμονα, του λάρυγγα 418, 450 ασθενείς με καρκίνο της ουροδόχου κύστης φύλο και την ηλικία συνδυάζεται με τους ελέγχους και προσδιορίστηκε για 14 SNPs που βρίσκονται στις τέσσερις περιοχές ενδιαφέροντος (Πίνακας 1).

Η

Αποτελέσματα

από 14 SNPs γονότυπου, ένα (rs17374971) εξαιρέθηκε από περαιτέρω ανάλυση σε όλες τις ομάδες οφείλεται σε στατιστικά σημαντική απόκλιση από την ισορροπία Hardy-Weinberg.

Δύο SNPs στο χρωμόσωμα 15q25 (rs16969968 και rs8034191 ) συνδέθηκαν στενά με τον καρκίνο του πνεύμονα (ρ & lt? 0,0001, ρ = 0.0002, αντίστοιχα, Πίνακας 2) και ήταν σε ισχυρή ανισορροπία σύνδεσης (D ‘= 0,958, r

2 = 0.91). Λόγω της υψηλής LD μεταξύ rs16969968 και rs8034191, μόνο rs16969968 θα συζητηθεί περαιτέρω. Η αναλογία πιθανοτήτων (OR) και το διάστημα εμπιστοσύνης 95% (95% CI) για να είναι ετερόζυγο για rs16969968 όταν ρυθμιστεί το καθεστώς του καπνίσματος ήταν 1,68 (95% CI: 1.31 – 2.14) και όταν ομόζυγη ήταν 1,89 (95% CI: 1,32 – 2,70 )? όταν ενσωματωθεί στο αρχείο καταγραφής από προσθετικό γενετικό μοντέλο επιπτώσεις το OR ήταν 1,45 (95% CI: 1,23 – 1,72). Αν και παρατηρήσαμε την ισχυρότερη σύνδεση των rs16969968 και rs8034191 με το πλακώδες υπότυπο καρκίνωμα του καρκίνου του πνεύμονα (ρυθμισμένο OR = 1,4 και 1,3? Ρ = 0,002 και 0,017, αντίστοιχα), μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση με τον υπότυπο καρκίνωμα μικρών κυττάρων (ρυθμισμένο OR = 1,5 , 1.4? p = 0.017, 0.025) και μια τάση προς μια συσχέτιση με τον υπότυπο αδενοκαρκίνωμα παρατηρήθηκαν (Πίνακας S1). Καμία συσχέτιση μεταξύ rs16969968 και rs8034191 με την ηλικία κατά τη διάγνωση του καρκίνου του πνεύμονα, το φύλο ή το κάπνισμα θα μπορούσε να ταυτοποιηθεί (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Καμία από αυτές τις SNPs συσχετίστηκε με τον κίνδυνο της ουροδόχου κύστης ή του λάρυγγα καρκίνος (Πίνακας S2 και S3). Σε μία συνδυασμένη ανάλυση όλων των ομάδων ελέγχου, η συχνότητα των rs16969968 και rs8034191 ήταν παρόμοια και στις ποτέ καπνιστές σε σύγκριση με την ομάδα μη καπνιστές (προσαρμοσμένο για την ηλικία και το φύλο OR = 0.96, 0.97? Ρ = 0.74, ρ = 0,8, αντίστοιχα).

Η

Η συσχέτιση με τον καρκίνο του πνεύμονα παρατηρήθηκε επίσης για το SNP rs402710 βρίσκεται στο χρωμόσωμα 5p15.33. Αυτό SNP, ήταν σε ανισορροπία σύνδεσης με rs2736098 (D ‘= 0,89? R

2 = 0.129), αλλά όχι με rs2736100 (D’ = 0,181? R

2 = 0.014). Η προσαρμοσμένη OR για την εκτέλεση σπάνιο αλληλόμορφο (Τ) της rs402710 ήταν 0,77 (95% CI 0,66 – 0,91? P = 0,002). Αμφότερες οι ετεροζυγώτες (CT) και σπάνια ομοζυγώτες (ΤΤ) ήταν λιγότερο συχνές στην ομάδα του καρκίνου του πνεύμονα σε σύγκριση με μάρτυρες (ρυθμισμένο OR = 0.75, 0.61? Ρ = 0.021, 0.007, αντίστοιχα) (Πίνακας 2). Επιπλέον, μια ένωση rs402710 με πλακώδους υποτύπους καρκίνωμα και adenocarcioma πνεύμονα παρατηρήθηκε (ρυθμισμένο OR = 0.69, 0.75? Ρ = 0.001, 0.033, αντίστοιχα) (Πίνακας S1). Παρόμοια με τις παρατηρήσεις που σχετίζονται με τα SNPs στο χρωμόσωμα 15q25.1, στατιστικά σημαντική διαφορά ανιχνεύθηκε όταν οι περιπτώσεων καρκίνου του πνεύμονα στρωματοποιήθηκαν ανά φύλο, ηλικία διάγνωσης και το κάπνισμα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Σε μία συνδυασμένη ανάλυση όλων των ομάδων ελέγχου, rs402710 δεν σχετίζεται με το κάπνισμα (ή προσαρμόζεται για το φύλο και την ηλικία κατά τη διάγνωση = 1,03? P = 0.66).

Αρχικά άλλη συσχέτιση του καρκίνου του πνεύμονα και rs3131379 (μη προσαρμοσμένες Ή = 1,47, p = 0,003) παρατηρήθηκε, αλλά μετά την προσαρμογή για το κάπνισμα έγινε στατιστικά ασήμαντη (Πίνακας S2 και S3). Δεν ενώσεων του καρκίνου του πνεύμονα με τις υπόλοιπες 10 SNPs γονότυπος παρατηρήθηκαν στη μελέτη αυτή (Πίνακας S2 και S3).

Ανάλυση των 13 πολυμορφικών δεικτών μεταξύ του λάρυγγα και της ουροδόχου κύστης περιπτώσεις αποκάλυψε ότι κανένας από αυτούς που σχετίζονται με αυτούς τους τύπους καρκίνου (Πίνακας S2 και S3).

η αναδρομική ισχύς υπολογισμοί έγιναν με το έλασσον αλληλόμορφο συχνότητες (MAF) κυμαίνεται 0,06 – 0,48 για να εξασφαλιστεί ότι η μελετηθεί επαρκώς κινούνται για τον εντοπισμό τυχόν ενώσεις. Αυτή η μελέτη είχε το 80% της ισχύος στο επίπεδο άλφα = 0,05 για την ανίχνευση ελάχιστων αναλογίες πιθανοτήτων στην περιοχή από 01.03 έως 01.05 για τον καρκίνο του πνεύμονα, 1.5 έως 1.8 για τον καρκίνο της ουροδόχου κύστης και του καρκίνου του λάρυγγα. Το όριο ανίχνευσης αυξάνεται σε 1,4-1,7 (καρκίνος του πνεύμονα) και 1.7-2.1 (κύστη και ο καρκίνος του λάρυγγα) με διόρθωση Bonferroni (επίπεδο άλφα = 0.0038).

Συζήτηση

Αυτή η μελέτη έδειξε ότι αντιγραφής τα SNPs στο 15q25.1 χρωμόσωμα (rs16969968 και rs8034191) και 5p15 (rs402710) που σχετίζεται με τον καρκίνο του πνεύμονα στο πολωνικό πληθυσμό αναπαράγει έτσι προηγούμενα ευρήματα [3] – [9], [15] – [19]. Δεν έδωσε, ωστόσο, να επιβεβαιώσει οποιαδήποτε συσχέτιση μεταξύ SNPs βρίσκονται σε 15q25.1 και 5p15 περιοχή με την ουροδόχο κύστη και ο καρκίνος του λάρυγγα.

Η θέση στο χρωμόσωμα 15q25.1 περιέχει τρία γονίδια που κωδικοποιούν νικοτινικό υποδοχέα της ακετυλοχολίνης (nAChR) υπομονάδες (CHRNA3, CHRNA5, CHRNB4) η συμμετοχή των οποίων στην εξάρτηση από τον καπνό, προτάθηκε από μελέτες που διεξήχθησαν σε μεγαλύτερους πληθυσμούς με καρκίνο του πνεύμονα [5], [10] – [12]. Η περιοχή του συνδέσμου περιέχει τη μη συνώνυμες CHRNA5 SNP, rs16969968, η οποία εισάγει μια υποκατάσταση ασπαρτικού οξέος (D) αντί ασπαραγίνης (Ν) στην θέση αμινοξέος 398 (D398N) της πρωτεΐνης CHRNA5 (α5 nAChR υπομονάδων). Η α5 nAChR υπομονάδων βρίσκεται στην κυτταροπλασματική θηλειά μεταξύ των διαμεμβρανικών περιοχών και δεν εμπλέκεται σε σύνδεση υποδοχέα. Η περιοχή της πρωτεΐνης CHRNA5 όπου η υποκατάσταση ασπαρτικό οξύ στη θέση 398 παρουσιάζεται είναι άκρως συντηρημένη μεταξύ των ειδών των σπονδυλωτών, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι αλλαγές στη θέση αυτή είναι πολύ πιθανόν να έχουν λειτουργική σημασία.

In vitro

μελέτες δείχνουν ότι η ασπαραγίνη σε postion 398 της α5 nAChR υπομονάδων μειώνει τη λειτουργία του υποδοχέα χολινεργικών [13]. Οι νικοτινικοί υποδοχείς που περιέχουν α5 βρέθηκαν σε ντοπαμινεργικούς νευρώνες και ενεργοποίησης GABA στο ραβδωτό σώμα και κοιλιακή καλυπτήρια περιοχή, μια περιοχή του εγκεφάλου που εμπλέκονται στην οδό ανταμοιβής [13], [23]. Τα άτομα που φιλοξενούν την παραλλαγή του CHRNA5 (η οποία μειώνει την δραστηριότητα υποδοχέα χολινεργική) μπορεί να έχουν αυξημένο κίνδυνο εξάρτησης από τη νικοτίνη, όπως είναι τα υψηλότερα επίπεδα της νικοτίνης που απαιτείται για να επιτύχουν παρόμοια ενεργοποίηση του ντοπαμινεργικής οδού [13]. Μόλις εκτεθεί στο κάπνισμα, ετεροζυγώτες και σπάνια ομοζυγώτες της rs16969968 έχουν αντίστοιχα ένα 1,3 φορές και σχεδόν 2 φορές αυξημένο κίνδυνο να αναπτύξουν εξάρτηση από τη νικοτίνη [24]. Ανεξάρτητες παρατηρήσεις επιβεβαίωσαν την ένωση των SNPs στην περιοχή αυτή με τον κίνδυνο που σχετίζονται με νεοπλάσματα, όπως τον καπνό του πνεύμονα, της ουροδόχου κύστης και του ανώτερου καρκίνους aeordigestive οδού (UADT) [3] – [9], [25] – [27]. Προς υποστήριξη αυτών των ευρημάτων άλλες μελέτες έχουν δείξει ότι αυτή η θέση έχει εμπλακεί στον κίνδυνο της χρόνιας αποφρακτικής πνευμονοπάθειας (ΧΑΠ) και περιφερική αρτηριακή νόσος, τα οποία αμφότερα έχουν συσχετιστεί με το κάπνισμα [5], [28]. Στο σύνολό τους οι παρατηρήσεις αυτές θέτουν το ερώτημα κατά πόσον η περιοχή 15q25.1 συνδέεται με μια άμεση επίδραση του καπνίσματος που σχετίζονται με ασθένειες ή μπορούν να εξηγηθούν μόνο από μια γενετική επιρροή για τον εθισμό του καπνίσματος. Πρόσθετες μελέτες που διεξάγονται σε διαφορετικούς πληθυσμούς υποστήριξε την ένωση του τόπου 15q25.1 με καρκίνο του πνεύμονα σε μη καπνιστές παροχή αποδεικτικών στοιχείων μιας άμεσο ρόλο αυτού του τόπου στην ανάπτυξη της ασθένειας [3], [6]. Προς υποστήριξη αυτού, έχει δειχθεί ότι η πνευμονική νευροενδοκρινή κύτταρα, κυψελιδικά επιθηλιακά κύτταρα, πνευμονικά νευροενδοκρινικά κύτταρα και τον καρκίνο του πνεύμονα κυτταρικές σειρές, εκφράζουν υποδοχείς νικοτίνης, τα οποία δεσμεύουν τις ουσίες του καρκινογόνου δυναμικού που περιλαμβάνουν

N

‘-nitrosonornicotine και νιτροζαμίνες. Έτσι καρκινογόνες ουσίες μπορεί να προωθήσει νεοπλασματικό μετασχηματισμό από την τόνωση της ανάπτυξης των όγκων και την αγγειογένεση [29], [30]. Επιπλέον, τα αποτελέσματα μιας πρόσφατα διεξήχθη μελέτη για τη διαφοροποίηση δραστηριότητα CHRNA5 στο βρογχικό κύτταρα και σε κυτταρικές σειρές καρκίνου του πνεύμονα πρότεινε μια πιθανή επίδραση της CHRNA5 επί προσκόλλησης κυττάρου, καθώς και κυτταρική κινητικότητα και τη ρύθμιση του p63, μια ομόλογη πρωτεΐνη στον όγκο καταστολέα ρ53 [31]. Μελέτες σε μεγάλους πληθυσμούς των μικτών εθνικότητας έδειξε ότι αυτός ο τόπος εμπλέκεται σε όλες τις ιστοπαθολογικές υποτύπους του καρκίνου του πνεύμονα, στην παρούσα μελέτη έχουμε αντιγράφεται επίσης αυτήν την ένωση στην Πολωνική πληθυσμό, αν και η ανάλυσή μας των αλληλομόρφων κινδύνου μεταξύ των περιπτώσεων αδενοκαρκινώματος υποτύπου έδειξε μόνο ένα ασθενές τάση προς μια ένωση (Πίνακας S1) [3] – [9]. Ήμασταν σε θέση να δείξει οποιαδήποτε συσχέτιση μεταξύ SNPs στην περιοχή 15q25 και την κατάσταση καπνίσματος μεταξύ των ελέγχων, ενώ άλλες μεγαλύτερες μελέτες αναλύοντας μόνο την εξάρτηση από τη νικοτίνη και σχετικά με τα διάφορα μέτρα του καπνίσματος έκθεσης, σαφώς αποδειχθεί αυτή τη συσχέτιση [10] – [13]. Τα αποτελέσματα βασίστηκαν σε μικρότερους αριθμούς από ποτέ καπνιστών ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα και γι ‘αυτό δεν είχε καμία εξουσία να ανιχνεύσει αυτή τη συσχέτιση. Τα ευρήματά μας ήταν, παρ ‘όλα αυτά, σε συμφωνία με μια μεγάλη μελέτη αναπαραγωγής που πραγματοποιούνται στο πλαίσιο του Διεθνούς καρκίνο του πνεύμονα Κοινοπραξία χρησιμοποιώντας 11 645 ασθενείς περίπτωση του καρκίνου του πνεύμονα και 14 954 άτομα ελέγχου, όπου δεν υπάρχει σύνδεση των rs16969968, rs8034191 με καρκίνο του πνεύμονα στους μη καπνιστές παρατηρήθηκε [9 ]. Προσθέτοντας σε αυτό, μια πρόσφατα δημοσιευμένη μετα-ανάλυση των 5 προηγούμενων μελετών σχετικά ποτέ το κάπνισμα ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα δεν βρήκε καμία συσχέτιση μεταξύ 15q25 και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα [32]. Αυτό θέτει υπό αμφισβήτηση την πλειοτροπική έννοια της περιοχής 15q25 και προτείνει μια πιο έμμεση επίδραση στον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα.

Η συσχέτιση του καρκίνου της ουροδόχου κύστης με την 15q25 τόπο καταδείχθηκε σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων των ασθενών από το Λος Άντζελες County, ΗΠΑ και τη Σαγκάη της Κίνας. Σε αυτό το rs8034191 μελέτη που σχετίζεται με 1,26 φορές αυξημένο κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης μεταξύ των μη ισπανόφωνων λευκών, αν και οι συγγραφείς δεν μπορούσαν να αναπαράγουν τη σύνδεση του κινεζικού πληθυσμού, διότι η σπάνια συχνότητα αλληλόμορφο ήταν πολύ χαμηλή [25]. Σε αντίθεση, τα δεδομένα μας και ότι από τη μελέτη των 790 ποτέ το κάπνισμα νεφρική περιπτώσεις καρκίνου του Καυκάσου καταγωγή της ουροδόχου κύστης και δεν έδειξαν συσχέτιση μεταξύ του καρκίνου της ουροδόχου κύστης και του 15q25 περιοχή [33].

Η περιοχή στο χρωμόσωμα 5p15.33 περιέχει δύο γονίδια,

CLPTM1L

– χειλεογναθουπερωιοσχιστία διαμεμβρανική 1, όπως γονίδιο και

TERT

– ανθρώπινης τελομεράσης αντίστροφη γονίδιο μεταγραφάσης. Το ένζυμο TERT είναι ένα πρωτεϊνικό συστατικό τελομεράσης, μια πολυμεράση ριβονουκλεοπρωτεΐνη που αναγεννά τελομερών τελειώνει με την προσθήκη νουκλεοτιδίων επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες. Το συστατικό RNA της τελομεράσης χρησιμεύει ως πρότυπο για την επανάληψη των τελομερών. Η τελομεράση διαδραματίζει κρίσιμο ρόλο στη διασφάλιση της σταθερότητας των χρωμοσωμάτων και εμποδίζουν την κανονική κύτταρα γίνονται κακοήθεις. Η περιοχή κωδικοποίησης του TERT είναι εντόνως διατηρημένη μεταξύ των ειδών [34]. Μεταλλάξεις στην κωδικοποιητική αλληλουχία του γονιδίου αυτού είναι σπάνια και έχουν συσχετιστεί με συγγενή δυσκεράτωση, ιδιοπαθή πνευμονική ίνωση και αυξημένο κίνδυνο ορισμένων μορφών καρκίνου [35], [36].

Το δεύτερο γονίδιο σε 5p15.33 είναι

CLPTM1L

, το οποίο εμπλέκεται στην ευαισθησία σε λυκόστομα. Αυτό το γονίδιο εκφράζεται σε διάφορους ιστούς, συμπεριλαμβανομένου του πνευμονικού ιστού και υπερεκφράζεται σε σισπλατίνη ανθεκτικές κυτταρικές γραμμές καρκίνου των ωοθηκών, όπου έχει αποδειχθεί ο ρόλος του στην επαγωγή της απόπτωσης σε σισπλατίνη ευαίσθητα κύτταρα [37]. Μερικοί συγγραφείς προτείνουν ότι με βάση αυτές τις παρατηρήσεις

CLPTM1L

θα μπορούσε να σχετίζεται με την επαγωγή της απόπτωσης σε κύτταρα των πνευμόνων μετά από έκθεση σε γονιδιοτοξικά παράγοντες όπως καρκινογόνες ουσίες του καπνού [16].

Σε αυτή τη μελέτη έχουμε διερευνώνται δύο SNPs (rs2736100, rs2736098) που βρίσκονται στην περιοχή της TERT και στην περιοχή της CLPTM1L (rs402710). Επί του παρόντος, δεν υπάρχουν στοιχεία που να δείχνουν ότι οποιαδήποτε από αυτές τις SNPs έχουν ένα λειτουργικό ρόλο ή είναι ένα αλληλόμορφο αιτιολογικός ασθένεια. Η περιοχή 5p15.33 έχει σαφώς σχετίζονται με τον καρκίνο του πνεύμονα [15] – [19]. Σε αυτή τη μελέτη αναπαραχθεί με τη σύνδεση των rs402710 με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα στο πολωνικό πληθυσμό, αλλά δεν ήταν σε θέση να αποδείξει τη σύνδεση των δύο άλλων SNPs, ένα εκ των οποίων (rs2736100) προτάθηκε να είναι ένας ανεξάρτητος παράγοντας κινδύνου για καρκίνο του πνεύμονα [16] . Διαστρωμάτωση των δεδομένων μας με ιστοπαθολογική υποτύπου αποκάλυψε ότι η ισχυρότερη συσχέτιση παρατηρήθηκε μεταξύ των ασθενών πλακώδες καρκίνωμα και ασθενέστερη σύνδεσης για τον υπότυπο αδενοκαρκίνωμα, το οποίο έρχεται σε αντίθεση με αποτελέσματα που λαμβάνονται από GWAS, όπου παρατηρήθηκε η αντίστροφη σχέση [17], [ ,,,0],18]. Η περιοχή 5p15.33 συνδέθηκε με καρκίνο της ουροδόχου κύστης σε μια μελέτη που διεξήχθη από deCODE Genetics σε έναν ευρωπαϊκό πληθυσμό που αποτελείται από 4.147 περιπτώσεις καρκίνου από 10 χώρες ή περιοχές [38]. Σε αυτή τη μεγάλη μελέτη rs401681 και rs2736098 συσχετίστηκαν με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης (OR = 1.12, 1.16, p = 5.7 × 10

-5, 1,3 × 10

-4, 5.7 × 10

– 5, αντιστοίχως). Μια μελέτη που διεξήχθη σε μη-ισπανόφωνοι λευκοί από Los Angeles County, USA και ένα κινεζικό πληθυσμό έδειξε μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση του καρκίνου της ουροδόχου κύστης με rs2736100 και στις δύο εθνοτικές ομάδες [25]. Στο σύνολο δεδομένων μας δεν θα μπορούσε να δείξει τη σύνδεση των τριών SNPs στην περιοχή 5p15.33, πιθανόν να οφείλεται σε διαφορές του πληθυσμού, η οποία παρατηρήθηκε επίσης στη μελέτη από deCODE Genetics, όπου η ένωση rs2736098, όταν στρωματοποιημένη ανά χώρα ή περιοχή, έφτασε ap value≤0.05 μόνο σε τέσσερις από τις χώρες που συνεισφέρουν και οι περιφέρειες [38].

μια αναδρομική ανάλυση δύναμης που εκτελούνται στη μελέτη μας πρότεινε ότι ένας από τους πιθανούς λόγους δεν θα μπορούσαμε να αναπαραχθούν τα ευρήματα έχουν αναφερθεί στο παρελθόν για την ουροδόχο κύστη και του λάρυγγα του καρκίνου ομάδες θα μπορούσε να οφείλεται στο μικρό μέγεθος του δείγματος από αυτές τις ομάδες στη μελέτη μας. Αυτό το πρόβλημα θα μπορούσε να αντιμετωπιστεί με την αύξηση της υπόθεσης για τον έλεγχο αναλογία 1:01 με 1:03. Σε αυτή τη μελέτη ήταν σε θέση να ταιριάζει με τις περιπτώσεις και τους ελέγχους με υψηλότερες αναλογίες οφείλεται στο ότι δεν είναι σε θέση να προσλαμβάνουν περισσότερους ελέγχους που τηρούνται τα κριτήρια που ταιριάζουν μας.

Εν ολίγοις η μελέτη επιβεβαίωσε περαιτέρω την GWAS κρίνοντας ότι οι περιοχές 15q25 .1 και 5p15.33 συμβάλλουν στον κίνδυνο του καρκίνου του πνεύμονα, αλλά απέτυχε να δείξει συσχέτιση αυτών των τόπων με την ουροδόχο κύστη και ο καρκίνος του λάρυγγα στο πολωνικό πληθυσμό.

Υλικά και Μέθοδοι

Μεταξύ των ετών 2000 και το 2007 συνολικά 1742 ασθενείς διαδοχικά συλλέγονται καρκίνου από την κλινική νοσοκομεία στο Szczecin, Πολωνία συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη. Η μελέτη περιελάμβανε 874 περιπτώσεις καρκίνου του πνεύμονα, 450 ασθενείς που διαγνώστηκαν με καρκίνο της ουροδόχου κύστης και 418 ασθενείς με καρκίνο του λάρυγγα. Όλες οι περιπτώσεις ήταν ιστολογικά ή κυτταρολογικά επιβεβαιωθεί. Οι ασθενείς κλήθηκαν να συμμετάσχουν σε αυτή τη μελέτη, όταν παρακολούθησε ένα ογκολογικό εξωτερικά ιατρεία στα αντίστοιχα περιφερειακά νοσοκομεία τους ή το Διεθνές Κέντρο κληρονομικό καρκίνο (IHCC) σε Szczecin. ποσοστό συμμετοχής του ασθενούς ξεπέρασε το 80%. Τα στοιχεία σχετικά με το κάπνισμα ήταν διαθέσιμο από το 91% του συνόλου των ασθενών με καρκίνο, που συλλέγονται κατά τη στιγμή της εγγραφής. Για εκείνους τους ασθενείς, όπου το κάπνισμα δεν συλλέγονται κατά τη στιγμή της εγγραφής που αποκτήθηκε είτε σε επισκέψεις παρακολούθησης ή από προσωπική επικοινωνία (τηλέφωνο, e-mail). το κάπνισμα ήταν κατηγοριοποιούνται σε δύο κατηγορίες:. Ποτέ και ποτέ καπνιστές

Ο πληθυσμός ελέγχου αποτελείτο από 1061 υγιείς ενήλικες ασθενείς, οι οποίοι είχαν επισκεφθεί την οικογένειά τους γιατρούς που βρίσκεται στην πόλη του Szczecin ή γύρω νομούς. Τα ποσοστά συμμετοχής για τον πληθυσμό ελέγχου ξεπέρασε το 71%. Θήκες και Έλεγχοι στη συνέχεια συνδυάζεται τυχαία από το έτος γέννησης (+/- 3 έτη) και το φύλο, με αποτέλεσμα 874, 450, 418 ζεύγη με τον πνεύμονα, της ουροδόχου κύστης και του καρκίνου του λάρυγγα περιπτώσεις, αντίστοιχα. Τα στοιχεία σχετικά με το κάπνισμα ήταν διαθέσιμα από το 83% του συνόλου των ελέγχων. Τα χαρακτηριστικά των υποθέσεων και των ομάδων ελέγχου παρουσιάζονται στον Πίνακα 3.

Η

Η μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας του Pomeranian Ιατρικό Πανεπιστήμιο του Szczecin. Όλα τα άτομα που περιλαμβάνονται στη μελέτη αυτή εντάχθηκαν μόνο μετά την παροχή έγγραφη ενημερωμένη συγκατάθεση για να συμμετάσχουν.

Το DNA για ανάλυση εξήχθη από λεμφοκύτταρα περιφερικού αίματος των ατόμων που χρησιμοποιούν τη μη ενζυματική, ταχεία μέθοδος εξαλάτωσης χωρίς τροποποίηση, όπως περιγράφεται προηγουμένως [39]. Η ανάλυση του γονότυπου των 14 SNP εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας τον προσδιορισμό 5’exonuclease (TaqMan, Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) στο Διεθνές Κέντρο Έρευνας για τον Καρκίνο. δείγματα DNA από καρκίνο και ελέγχου των περιπτώσεων κατανεμήθηκαν τυχαία αριθμοί δοκιμασία κατά τη διάρκεια της διαδικασίας προσδιορισμού του γονότυπου προκειμένου να αποφευχθεί οποιαδήποτε προκατάληψη γονοτυπική? προσωπικό του εργαστηρίου δεν γνώριζαν την κατάσταση της περίπτωσης /ελέγχου. 7% του συνολικού αριθμού των ατόμων σε αυτή τη μελέτη (που προέρχεται από τις δύο περιπτώσεις και έλεγχοι) επιλέχθηκαν τυχαία να είναι εκ νέου γονότυπος για κάθε SNP για να ελεγχθεί η επαναληψιμότητα των δοκιμασιών προσδιορισμού του γονότυπου. Εσωτερική συμφωνία διπλούν ήταν & gt? 99.9% και η επιτυχία του γονότυπου ποσοστό ήταν & gt? 91%. Από 14 αναλύονται SNPs, τις κατανομές γονότυπου των 13 SNPs δεν αποκλίνουν από Hardy-Weinberg Ισορροπία (HWE) σε κάθε ομάδα μάρτυρες. Ένας SNP (rs17374971) που είχε σημαντική απόκλιση από HWE εξαιρέθηκε από περαιτέρω ανάλυση σε όλες τις ομάδες. Κάθε ένα από τα SNPs αναλύθηκε ξεχωριστά ανά αλληλόμορφο (σύμφωνα με το μοντέλο log-προσθετική) και ανά γονότυπο με τον υπολογισμό αναλογία πιθανοτήτων (OR), το 95% διάστημα εμπιστοσύνης (95% CI), p-τιμές χρησιμοποιώντας ένα μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης. Ή προσαρμογή έγινε με την ενσωμάτωση κάπνισμα ως πρόσθετη παράμετρο μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης. Ασθενείς με ελλείποντα στοιχεία για την κατάσταση του καπνίσματος αποκλείστηκαν από τον υπολογισμό μιας προσαρμογή OR. Αλληλόμορφα για όλους τους SNPs είχαν ανατεθεί σύμφωνα με πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου βάση δεδομένων (dbSNP, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP) [40]. Όλοι οι υπολογισμοί έγιναν χρησιμοποιώντας το μείζον αλληλόμορφο του κάθε SNP ως αναφορά (Πίνακας 1). Bonferroni διόρθωση χρησιμοποιήθηκε για την προσαρμογή για πολλαπλές δοκιμές, έτσι ώστε όλα τα αποτελέσματα που ελήφθησαν ρ value≤0,0038 θεωρήθηκαν σημαντικές. LD (Α ‘και r

2) υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας haploview [41]. Μια αναδρομική ανάλυση δύναμης πραγματοποιήθηκε με τη χρήση δύναμης για το λογισμικό Γενετική Έκδοση Συλλόγου 2.0 με το επίπεδο άλφα ορίζεται σε 0,05 και 0,0038 σύμφωνα με συν-κυρίαρχο μοντέλο με δύο βαθμούς ελευθερίας [42].

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακας S1 .

εκτιμήσεις κινδύνου ανά αλληλόμορφο με ιστοπαθολογική για rs16969968, rs803419 και rs402710 στην ομάδα του καρκίνου του πνεύμονα

doi:. 10.1371 /journal.pone.0025057.s001

(XLS)

Πίνακας S2.

εκτιμήσεις κινδύνου ανά αλληλόμορφο για 13 SNPs στον πνεύμονα, της ουροδόχου κύστης και της ομάδας του καρκίνου του λάρυγγα

doi:. 10.1371 /journal.pone.0025057.s002

(XLS)

Πίνακα S3.

εκτιμήσεις κινδύνου ανά γονότυπο για 13 SNPs στον πνεύμονα, της ουροδόχου κύστης και του λάρυγγα ομάδα του καρκίνου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0025057.s003

(XLS)