Αφηρημένο

Οι μεγάλης κλίμακας μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) έχουν δημιουργήσει χρωμόσωμα 5q31 .1 ως ένα τόπο ευαισθησία για καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC), η οποία ήταν ακόμα έλλειψη αιτιώδους γενετικών παραλλαγών. Ψάξαμε δυνητικά ρυθμιστικές πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) στην περιοχή επικάλυψης μεταξύ ανισορροπία σύνδεσης (LD) μπλοκ 5q31.1 και τα ρυθμιστικά στοιχεία που προβλέπονται από τις τροποποιήσεις των ιστονών, τότε δοκιμάζεται η ένωσή τους με CRC μέσω ενός μελέτη ασθενών-μαρτύρων. Μεταξύ των τριών υποψήφιων κοινές παραλλαγές, βρήκαμε rs17716310 ανατίθενται σημαντικά (ετερόζυγο μοντέλο: OR = 1.273, 95% διάστημα εμπιστοσύνης (95% CI) = 1,016 – 1,595,

P

= 0.036) και οριακά (κυρίαρχο μοντέλο: Ή = 1.238, 95% CI = 1,000 – 1,532,

P

= 0,050) αύξηση του κινδύνου για CRC σε ένα κινεζικό πληθυσμό, συμπεριλαμβανομένων 695 περιπτώσεις και 709 μάρτυρες. Αυτή η παραλλαγή προτάθηκε να είναι ρυθμιστική μεταβολή της δραστηριότητας του ενισχυτή που ελέγχουν

PITX1

έκφρασης. Χρησιμοποιώντας επιγενετικές πληροφορίες όπως χρωματίνης ανοσοκατακρήμνιση-αλληλουχίας (τσιπ επόμενα) δεδομένων θα μπορούσε να βοηθήσει τους ερευνητές να ερμηνεύσει τα αποτελέσματα των GWAS και τον εντοπισμό παραλλαγές αιτιώδης για τις ασθένειες στην μετα-GWAS εποχή

Παράθεση:. Ke J, Lou J, Chen X, Λι J, Liu C, Gong Y, et al. (2015) Προσδιορισμός των εν δυνάμει ρυθμιστικών Παραλλαγή για καρκίνο του παχέος εντέρου Χαρτογράφηση Κινδύνου με το χρωμόσωμα 5q31.1: Μια μετα-GWAS μελέτη. PLoS ONE 10 (9): e0138478. doi: 10.1371 /journal.pone.0138478

Επιμέλεια: Yifeng Zhou, Ιατρικό Κολέγιο του Πανεπιστημίου Soochow, ΚΙΝΑ

Ελήφθη: 24 Ιουν, 2015? Αποδεκτές: 29 Αυγούστου του 2015? Δημοσιεύθηκε: 18η Σεπτεμβρίου 2015

Copyright: © 2015 Ke et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (NSFC-81402744) για να JG. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

στην Κίνα, καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) είναι η πέμπτη πιο συχνά διαγιγνώσκεται ο καρκίνος στους άνδρες και η τρίτη στις γυναίκες, με κατ ‘εκτίμηση 310.244 νέες περιπτώσεις και 149.722 θάνατοι συμβαίνουν το 2011 [1]. Οι παράγοντες κινδύνου για CRC περιλαμβάνουν διατροφή, η έλλειψη σωματικής άσκησης, η παχυσαρκία, το κάπνισμα και το ποτό [2, 3], και είναι καλά τεκμηριωμένο ότι γενετικοί παράγοντες παίζουν επίσης σημαντικό ρόλο στην αιτιολογία της CRC [4, 5]. Μέχρι τώρα, οι μελέτες γονιδιώματος σε επίπεδο σύνδεσης (GWAS) και πρόστιμο έρευνες χαρτογράφηση εντόπισαν παραλλαγές κινδύνου χαρτογράφηση σε περισσότερες από 30 ανεξάρτητες ευαισθησία τόπους της CRC σε Ευρωπαίους και Ασιάτες [6-20]. Ωστόσο, συντριπτική πλειοψηφία αυτών των παραλλαγών διαμένουν σε διαγονιδιακές και ιντρονικές περιοχές, και το πιο πιθανό βιολογικό μηχανισμό που τους συνδέει με τη νόσο είναι η ρυθμιστική [21].

Συσσωρευμένα στοιχεία που έδειξαν ότι δεν περιέχουν γενετικές παραλλαγές των κινδύνων που συνδέονται loci θα μπορούσε να ασκήσει μια επίδραση επί της έκφρασης γονιδίου με ρύθμιση της δραστικότητας των ρυθμιστικών στοιχείων [22], συμπεριλαμβανομένων υποκινητών, ενισχυτών, μονωτήρων και σιγαστήρες. Και διάφορες ιστόνες στις πλευρικές νουκλεοσώματα τέτοιων γονιδιωματικών περιοχών έχουν ανακαλυφθεί να φέρουν χαρακτηριστικές μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις [23, 24]. Για παράδειγμα, οι υποκινητές είναι συνήθως σημειώνονται από H3K4me3 (ιστόνης Η3 τριμεθυλιωμένη στη λυσίνη 4) και ενισχυτές με H3K4me1 (ιστόνης Η3 monomethylated στη λυσίνη 4), και είτε επιπρόσθετα χαρακτηρίζεται από H3K27ac (ιστόνης Η3 ακετυλιωμένη στη λυσίνη 27) κατά την ενεργοποίηση [25- 28]. Σήμερα, η χαρτογράφηση του γονιδιώματος σε επίπεδο των τροποποιήσεων ιστονών επιτυγχάνεται με χρωματίνης ανοσοκατακρήμνιση-αλληλουχίας (τσιπ επόμενα) χρησιμοποιείται ευρέως για την πρόβλεψη υποκινητές και ενισχυτές [29-32].

5q31.1 για πρώτη φορά χαρτογραφείται ως ευαισθησίας CRC τόπου από Jia et al [17] τόσο στην Ανατολική Ασία και ευρωπαϊκούς πληθυσμούς, ενισχύεται περαιτέρω από μια άλλη γενετική μελέτη μεγαλύτερης κλίμακας από τους Zhang et al [20], στην Ανατολική Ασία. Το πιο πιθανόν εμπλέκονται γονίδιο

PITX1

(ζεύγη που μοιάζει ομοπεδίου 1) έχει θεωρηθεί ότι είναι ένα ογκοκατασταλτικό γονίδιο που σχετίζονται με την καρκινογένεση του CRC [33, 34] και άλλων καρκίνων [33, 35-38]. Ωστόσο, η αναφερόμενη ισχυρότερο πολυμορφισμός κίνδυνο rs647161 είναι ασαφές λειτουργία και όχι σε οποιαδήποτε γνωστή μεταγραφής ή ρυθμιστικών αλληλουχιών. Έτσι, εμείς αιτιολογημένη ότι rs647161 δεν είναι η αιτιώδης ενιαίο πολυμορφισμός νουκλεοτιδίου (SNP) και τα πραγματικά λειτουργικά SNPs απομένουν να εξορύσσεται στην περιοχή αυτή. Την ίδια στιγμή, τον εντοπισμό λειτουργικών SNPs που επικαλύπτονται ιστού-ειδικά ρυθμιστικά στοιχεία που προβλέπονται από το καθεστώς της χρωματίνης, όπως τροποποιήσεις των ιστονών, έχουν αντιπροσώπευε μια ισχυρή προσέγγιση για τη μετάβαση από στατιστική συσχέτιση με τη λειτουργικότητα και την αιτιότητα στην μετα-GWAS γενετικές έρευνες [39-42].

στην παρούσα μελέτη, αναλύσαμε τσιπ επόμενα δεδομένα των τροποποιήσεων των ιστονών από το έργο Κωδικοποίηση [29], διερευνηθούν δυνητικά ρυθμιστικές παραλλαγές εντός του τόπου ευαισθησία 5q31.1, και διερευνήθηκαν ένωση υποψήφιος κοινή SNPs »με CRC κίνδυνο μέσω ενός μελέτη ασθενών-μαρτύρων στο κινεζικό πληθυσμό.

Υλικό και Μέθοδοι

οι συμμετέχοντες στη μελέτη

Ένα σύνολο 695 CRC περιπτώσεων και 709 του καρκίνου χωρίς ελέγχους είχαν προσληφθεί από Tongji Νοσοκομείο Huazhong Πανεπιστήμιο Επιστήμης και Τεχνολογίας (HUST) μεταξύ του 2008 και του 2011. Όλα τα άτομα ήταν άσχετες εθνοτικών Κινέζων Χαν που ζουν στην πόλη Wuhan και τις γύρω περιοχές. Τα κριτήρια ένταξης για περιπτώσεις ιστοπαθολογικά επιβεβαίωσε CRC, χωρίς προηγούμενη χημειοθεραπεία ή ακτινοθεραπεία, και δεν υπάρχει κανένας περιορισμός για το φύλο και την ηλικία. επιλέχθηκαν τυχαία από ένα προγράμματα σωματικής εξέτασης στο ίδιο νοσοκομείο στο ίδιο χρονικό διάστημα οι έλεγχοι και οι ασθενείς εντάχθηκαν, μέρος του οποίου συμμετείχαν επίσης στο διαπερατό από τις μελέτες μας [43, 44], και ήταν επαρκώς ταιριάζει με τις περιπτώσεις από την άποψη του φύλου και την ηλικία (± 5 έτη). Εδώ, οι καπνιστές ορίστηκαν ως εκείνοι που είχαν καπνίσει τουλάχιστον ένα τσιγάρο την ημέρα για 12 μήνες ή περισσότερο σε οποιαδήποτε στιγμή της ζωής τους, ενώ οι μη καπνιστές ορίστηκαν εκείνοι που δεν είχαν. Κατά την πρόσληψη, 5-ml περιφερικού φλεβικού αίματος συλλέχθηκε από κάθε υποκείμενο μετά ελήφθη γραπτή συγκατάθεση. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από την Ηθική επιτροπή Tongji Νοσοκομείο Huazhong Πανεπιστήμιο Επιστήμης και Τεχνολογίας

Η επιλογή των υποψήφιων SNPs

Οι υποψήφιες SNPs σε αυτή τη μελέτη αναγνωριστεί ως κοινή (ελάσσονα συχνότητα αλληλόμορφο, MAF & gt.? 0.05) γενετικές παραλλαγές εντοπισμό στην περιοχή επικάλυψης μεταξύ των ρυθμιστικών στοιχείων 5q31.1 τόπου και CRC-ειδική σήμανση με την κατάλληλη επιγενετικές σημάτων. Πρώτον, έχουμε κατεβάσει τις πληροφορίες γονότυπο των Κινέζων Χαν στο Πεκίνο, Κίνα (CHB) που ήταν 500kb ανάντη και κατάντη των rs647161 tagSNP από HapMap βάση δεδομένων, και η συμβολή ότι τα δεδομένα στο HaploView λογισμικό για να αποκτήσετε την ανισορροπία σύνδεσης (LD) μπλοκ rs647161 με τα κριτήρια του

r

2

& gt? 0.8, το οποίο ορίζεται ως το όριο της GWAS θέση 5q31.1. Δεύτερον, έχουμε αποκτήσει τσιπ επόμενα δεδομένα των διαφόρων τροποποιήσεων των ιστονών που παράγεται σε δύο κυτταρικές σειρές CRC HCT116 και Caco2 από τη βάση δεδομένων UCSC ενσωμάτωση με τα δεδομένα Encode (S1 πίνακα), τότε εξάγεται το εύρος των κορυφών του σήματος τους, στέκεται για τα ρυθμιστικά στοιχεία, όπου διασταυρώνεται δύο εκδόσεις αναπαραγωγή του ίδιου συνόλου δεδομένων (διασταύρωση) και ενωμένοι όλα τα διαφορετικά σύνολα δεδομένων (ένωση). Τρίτον, βασίζοντας την βάση δεδομένων dbSNP, πήραμε το SNPs με MAF & gt? 0,05 σε ΧΗΒ που βρίσκονται στην επικαλυπτόμενη περιοχή μεταξύ προαναφερθέντα μπλοκ LD και κορυφές. Τέλος, τρεις SNPs, rs2193941, rs7703385 rs17716310 και επελέγησαν ως υποψήφιος SNPs για το επόμενο βήμα του γονότυπου.

Γονοτυπικές

Το γονιδιακό DNA εξήχθη από λευκοκύτταρα περιφερικού αίματος χρησιμοποιώντας RelaxGene αίματος Σύστημα DP319-02 (Tiangen, Πεκίνο, Κίνα) σε σχέση με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Όλα τα SNPs γονότυπος με τη Δοκιμασία TaqMan Γονοτυποποίηση SNP (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) σε μια 7900HT Fast PCR Πραγματικού χρόνου System (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). 5% διπλές δείγματα επιλέχθηκαν τυχαία για να εκτιμηθεί η δυνατότητα αναπαραγωγής για τον έλεγχο της ποιότητας, με ένα ποσοστό συμφωνία του 100%.

Στατιστική Ανάλυση

Το t-test και χ

2 δοκιμή εφαρμόστηκε σε εκτιμούν διαφορές στις μεταβλητές και κατανομές των γονοτύπων μεταξύ ασθενών και μαρτύρων. Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) αξιολογήθηκε με την εφαρμογή της χ

2 τεστ καλοσύνη-of-fit στους ελέγχους. Η δύναμη της σύνδεσης μεταξύ κάθε κίνδυνο SNP και CRC μετρήθηκε από την αναλογία πιθανοτήτων (OR) και το αντίστοιχο 95% διάστημα εμπιστοσύνης της (95% CI). Προκειμένου να αποφευχθεί η υπόθεση των γενετικών μοντέλων, ετερόζυγα, ομόζυγο, κυρίαρχη, υπολειπόμενο και προσθέτων μοντέλα αναλύθηκαν. Η στατιστική δοκιμή δύναμη του κάθε SNP ήταν υπολογίζονται v3.0 POWER (https://www.mds.qmw.ac.uk/stat-gen/dcurtis/software.html). Και ΕΑΠ και το αντίστοιχο 95% ΠΙ, προσαρμόζεται ανάλογα με το φύλο, την ηλικία και την κατάσταση του καπνίσματος υπολογίστηκαν από την άνευ όρων πολυπαραγοντική λογιστική παλινδρόμηση. Οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση v20.0 SPSS (SPSS, Chicago, Illinois, USA). Το δυναμικό γονιδίων-περιβάλλοντος και αλληλεπιδράσεις SNP-SNP αξιολογήθηκαν με ανάλυση κατά ζεύγη σύμφωνα με πολλαπλασιαστική μοντέλα [45] και την πρόσθετη αλληλεπίδραση [46]. Οι

P

τιμές για πολλαπλασιαστική αλληλεπίδραση υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας μια πολλαπλασιαστική όρος αλληλεπίδρασης κάτω από το πολυπαραγοντικό μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης στο λογισμικό SPSS. Και οι

P

τιμές για προσθετικό αλληλεπίδραση αξιολογήθηκαν από μια δοκιμασία bootstrapping της καλοσύνης-of-fit χρήση Stata V11.0 (Stata Corporation, College Station, TX). Όλα

P

τιμές ήταν δύο όψεων με τα κριτήρια στατιστικής σημαντικότητας του

P

& lt? 0.05

Αποτελέσματα

Η επιλογή των υποψήφιων SNPs

Η περιοχή της GWAS ευαισθησίας τόπους 5q31.1 μας ορίζεται από LD ήταν χρωμοσώματος 5:. 134467220000000-134518445000000 εκατομμύρια. Μετά από ένα τριών σταδίων βιοπληροφορική ανάλυση, τρεις κοινές πολυμορφισμοί, rs2193941, rs7703385 και rs17716310 ότι βρίσκονται εντός των κορυφών των δεδομένων τσιπ Seq τροποποίηση ιστόνης παράγεται από HCT116 ή Caco2, βρέθηκαν στο ανωτέρω τόπους (Πίνακας 1).

Χαρακτηριστικά Πληθυσμός

695 νέες περιπτώσεις και 709 έλεγχοι συχνότητα ταιριαστό εντάχθηκαν σε αυτή τη μελέτη. Όπως φαίνεται στον Πίνακα 2, το ποσοστό των αρσενικών ήταν 58,42% σε σύγκριση με τις περιπτώσεις 56,42% σε ελέγχους (

P

= 0.449, Pearson χ

2 = 0.570). Η μέση ηλικία και η αντίστοιχη τυπική απόκλιση ήταν 60,16 ± 12,26 χρόνια για τις περιπτώσεις και 59.80 ± 13,18 χρόνια για τους ελέγχους (

P

= 0,598 με δοκιμή t), και δεν υπήρχαν στατιστικά σημαντικές διαφορές μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων όσον αφορά την ηλικία διανομής (

P

= 0.305, Pearson χ

2 = 3.625) μεταξύ των τεσσάρων κατηγοριών (≤50, 51-60, 61-70 και ≥71). Όπως ήταν αναμενόμενο, πιο καπνιστές παρουσιάστηκαν στις περιπτώσεις που από ό, τι στους ελέγχους (35,25% έναντι 29,62%?

P

= 0.022, Pearson χ

2 = 5.257), θεωρώντας ότι το κάπνισμα ήταν μια καθιερωμένη παράγοντα κινδύνου για CRC (2).

Η

Σύλλογος Ανάλυση

και οι τρεις SNPs, rs2193941, rs17716310 και rs7703385, ήταν σε HWE (

P

HWE = 0,55, 0,17 και 0,55), και η στατιστική ισχύς δοκιμή ήταν 95,9%, 95,3% και 95,5% αντίστοιχα. Οι κατανομές γονότυπου των πολυμορφισμών διερευνήθηκαν παρουσιάζονται στον πίνακα 3. Στην ανάλυσή του συνεταιρίζεσθαι, μόνο rs17716310 έδειξε σημαντική συσχέτιση με το CRC κάτω από το μοντέλο ετερόζυγο, ενώ τα άλλα δύο SNPs rs2193941 και rs7703385 παρουσίασε καμία στατιστικά στοιχεία της σχέση με CRC κίνδυνο.

Σύμφωνα με πολυπαραγοντικό μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης με προσαρμογή για το φύλο και την ηλικία, τα άτομα με AC γονότυπο της rs17716310 είχαν σημαντικά αυξημένο κίνδυνο CRC (OR = 1.273, 95% CI = 1,016 – 1,595,

P

= 0.036 ) σε σύγκριση με εκείνους με ΑΑ ομοζυγώτη. Ένα κυρίαρχο μοντέλο έγινε για τη βελτίωση της στατιστικής ισχύος, συνδυάζοντας την AC με CC σε μια ομάδα C-φορέα (AC συν CC), και έδειξε ότι οι αερομεταφορείς αλληλόμορφο C πήρε μια οριακή επίδραση στην CRC ευαισθησία (OR = 1.238, 95% CI = 1,000 – 1,532,

P

= 0.050). Ωστόσο, δεν υπάρχει σημαντικός κίνδυνος αλληλόμορφου παραλλαγής C παρατηρήθηκε σε ομόζυγη, υπολειπόμενο ή πρόσθετο μοντέλο. Όσο για rs2193941 και rs7703385, δεν υπήρξαν θετικά αποτελέσματα στο πλαίσιο όλων των γενετικών μοντέλων μελετήσαμε.

Ανάλυση της ανισορροπίας σύνδεσης

Φαίνεται στο σχήμα 1, τρεις SNPs που διερευνήθηκαν ήταν σε υψηλό LD με το άλλο ( rs2193941 και rs17716310,

r

2

= 0,89? rs17716310 και rs7703385,

r

2

= 0,97? rs2193941 και rs7703385,

r

2

= 0.90) στη μελέτη μας. Από την άλλη πλευρά, rs2193941, rs7703385 rs17716310 και ανακαλύφθηκαν να είναι σε υψηλή LD με τις rs647161 tagSNP (

r

2

= 0.83,

r

2

= 0.88,

r

2

= 0,88, αντίστοιχα) σε ΧΗΒ πληθυσμό 1000 γονιδιωμάτων Έργου Φάση 3.

Η

αλληλεπίδραση ανάλυση

Πίνακας 4 λεπτομερώς τα αποτελέσματα της ανάλυσης της αλληλεπίδρασης μεταξύ του ελπιδοφόρα rs17716310 SNP και το κάπνισμα, όπου παρατηρείται σημαντική αλληλεπίδραση (

P

mult = 0,013) στην πολλαπλασιαστική όροι. Όταν εξετάσαμε τις αλληλεπιδράσεις κατά ζεύγη μεταξύ των τριών υποψηφίων παραλλαγές, που δεν βρήκε θετικά αποτελέσματα στο πλαίσιο τόσο πολλαπλασιαστική και προσθετικό μοντέλο (S2 Πίνακας).

Η

Συζήτηση

Στη μετα-GWAS εποχής , τον εντοπισμό συγκεκριμένων λειτουργικών γενετικές παραλλαγές που αντιπροσωπεύει σήμερα το φαινότυπο είναι ο βασικός σκοπός και πρόκληση, και ρυθμιστικά στοιχεία του γονιδιώματος μπορεί να βοηθήσει. Χρησιμοποιώντας επιγενετικές σημάτων που λαμβάνονται από τις σχετικές τύπους κυττάρων, ψάξαμε πιθανώς λειτουργική SNPs που βρίσκονταν σε υποθετικά ρυθμιστικά στοιχεία, και επικυρώνονται ένωσή τους με CRC σε ένα ανεξάρτητο πληθυσμό.

Σε αυτή τη μελέτη, μέσα από το συνδυασμό GWAS θέση 5q31.1 και πολλά υποσχόμενη ρυθμιστικές περιοχές που προβλέπονται από τις τροποποιήσεις των ιστονών σε κυτταρικές σειρές CRC, θα προβληθεί τρεις κοινές παραλλαγές, rs2193941, rs17716310 και rs7703385, στην επικάλυψη τους. Αφού διεξήγαγε μια μελέτη σύνδεσης σε ένα κινεζικό πληθυσμό που περιέχει 695 περιπτώσεις CRC και 709 υγειονομικούς ελέγχους, βρήκαμε σημαντική και οριακή επίδραση της rs17716310, η οποία ήταν σε LD με tagSNP rs647161 και ίσως αλληλεπιδρούν με το κάπνισμα.

Τα ευρήματα οδήγησαν να υποθέσουμε rs17716310 επηρεάζεται CRC κίνδυνο τροποποιώντας τη δραστηριότητα των ρυθμιστικών στοιχείων που ελέγχουν

PITX1

έκφρασης. Που βρίσκεται σε μια περιοχή του γονιδιώματος που παρουσιάζουν τροποποιήσεις της χρωματίνης H3k4me1 και H3k27ac, rs17716310 είναι πολύ προτείνεται να είναι μια ρυθμιστική παραλλαγές που ανήκουν σε ένα ενεργό ενισχυτή [47, 48]. Είναι περίπου 107 kb ανοδικά του γονιδίου που βρίσκεται πλησιέστερα

PITX1

, το οποίο έχει αναφερθεί ως καταστολέας όγκου προς τα κάτω ρύθμιση της οδού της Ras [33], ενεργοποιώντας

ΤΡ53

[49] και η δραστικότητα τελομεράσης συντονισμού [ ,,,0],50]. Επιπλέον, κατώτερο

PITX1

έκφρασης έχει βρεθεί σε ανθρώπινα δείγματα καρκινικού ιστού και κυτταρικές σειρές [35-37], και σχετίζονται με την κακή επιβίωση σε ασθενείς CRC [51]. Από την άλλη πλευρά, σε μια ηλεκτρονική βάση δεδομένων HaploReg [52], rs17716310 υποδείχθηκε να αλλάξει το μοτίβο σύνδεσης του ρ300 που λειτουργεί σαν ένας μεταγραφικός συνενεργοποιητή και ακετυλοτρανσφεράσης ιστόνης ρυθμίζει την γονιδιακή έκφραση με την αναδιαμόρφωση της χρωματίνης [53]. Η παραλλαγή θα μπορούσε να μεταβάλλει την θέση δέσμευσης κάποιου παράγοντα (ες) μεταγραφή, και επιπτώσεις στην αλληλεπίδραση μεταξύ αυτού του ενισχυτή δραστικού και κατάντη υποκινητή του

PITX1

, ως εκ τούτου να επηρεάσει τη μεταγραφή και την έκφραση του γονιδίου καταστολής, και κατά συνέπεια διευκολύνει την CRC ογκογονικότητα και ευαισθησία. Όσο για την αλληλεπίδραση με το κάπνισμα βρίσκεται σε πολλαπλασιαστικό μοντέλο, θα μπορούσε να είναι λόγω των σχέσεων μεταξύ της κατάστασης καπνού και RAS οδού,

TP53

και τη δράση της τελομεράσης [54-57], στην οποία

PITX1

ήταν εμπλεγμένος. Ωστόσο, η υπόθεση χρήζει περαιτέρω λειτουργικά πειράματα για να επαληθευτεί.

Η εφαρμογή των επιγενετικών πληροφορίες biofeature όπως η τροποποίηση των ιστονών δεδομένων τσιπ επόμενα για τον εντοπισμό υποψήφιων ενισχυτές έχουν αντιπροσώπευε ένα χρήσιμο εργαλείο για τον εντοπισμό υποψήφιων λειτουργική SNPs σε ρυθμιστικές περιοχές [ ,,,0],58, 59], και βάσεις δεδομένων όπως UCSC και Encode παρείχαν εύκολη πρόσβαση σε τεράστιες ποσότητες των σχετικών δεδομένων. Ενσωμάτωση πρόσφατα προκύψει epigentics και παραδοσιακά μοριακής επιδημιολογίας θα μπορούσε να είναι μια αποτελεσματική προσέγγιση για να βοηθήσει την ερμηνεία resluts GWAS και να ανακαλύψουν αιτιώδης παραλλαγές για τις ασθένειες σε μελέτες μετα-GWAS. Εφαρμόζοντας παρόμοια στρατηγική με άλλες περιοχές CRC GWAS θα πρέπει να βοηθήσει στην βαθύτερη κατανόηση της CRC κινδύνου.

Ακόμα, διάφοροι περιορισμοί θα πρέπει να αναγνωριστεί εδώ. Πρώτον, η στρατηγική της ανάκτησης υποψηφίου πολυμορφισμών εξαρτάται από την πρόβλεψη από το τσιπ επόμενα δεδομένα των δύο κυτταρικές σειρές CRC, η οποία δεν ήταν αρκετά αυστηρή για να καθορίσουν την ακριβή ρυθμιστικά στοιχεία, και δεν είναι αρκετά εκτενείς ώστε να ανακαλύψουν όλα τα λειτουργικά SNPs στο εσωτερικό. Δεύτερον, το μέγεθος του δείγματος της μελέτης ασθενών-μαρτύρων μας ήταν σχετικά μικρό. Τρίτον, η ανεπαρκής περιβαλλοντική και κλινικές πληροφορίες μας περιορίζεται να διερευνηθούν περαιτέρω οι αλληλεπιδράσεις μεταξύ γονιδίων και άλλων παραγόντων. Forth, που στερούνται των λειτουργικών πειραμάτων, βιολογική πραγματικότητα κάτω από την στατιστικά σημαντική συσχέτιση που αναφέρθηκε είναι αβέβαιο.

Εν ολίγοις, ανακαλύψαμε ένα μάλλον ρυθμιστικές SNP σε υψηλή LD με το GWAS tagSNP που σχετίζεται με CRC κινδύνου κινεζικού πληθυσμού . Οι συστηματικές έρευνες σε περισσότερα ευαισθησία τόπους με μεγαλύτερα μεγέθη δειγμάτων και παρακολούθηση λειτουργικών αναλύσεων δικαιολογείται να προσδιορίσει την αιτιώδη παραλλαγές και επεξεργαστεί το βιολογικό μηχανισμό της γενετικής αιτιολογίας.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1. Τσιπ επόμενα σύνολα δεδομένων κατεβάσει από UCSC την ενσωμάτωση δεδομένων Encode

doi:. 10.1371 /journal.pone.0138478.s001

(DOC)

S2 πίνακα. ανάλυση της αλληλεπίδρασης μεταξύ rs17716310 και rs2193941, rs17716310 και rs7703385, rs2193941 και rs7703385

doi:. 10.1371 /journal.pone.0138478.s002

(DOCX)