Αφηρημένο

Πρόσφατα έλεγχο της ευαισθησίας του φαρμάκου σε μεγάλα πάνελ των κυτταρικών σειρών καρκίνου παρέχει ένα πολύτιμο πόρο για την ανάπτυξη αλγορίθμων που προβλέπουν την αντίδραση στο φάρμακο. Δεδομένου ότι περισσότερα δείγματα παρέχουν αυξημένη στατιστική ισχύ, πλησιάζει περισσότερο στην πρόβλεψη της πισίνας ευαισθησίας φαρμάκου πολλαπλούς τύπους καρκίνου μαζί χωρίς διάκριση. Ωστόσο, τα αποτελέσματα πανευρωπαϊκής καρκίνου μπορεί να είναι παραπλανητικά οφείλεται στη σύγχυση αποτελέσματα των ιστών ή των υποτύπων καρκίνου. Από την άλλη πλευρά, ανεξάρτητη ανάλυση για κάθε καρκίνο τύπου παρεμποδίζεται από το μικρό μέγεθος του δείγματος. Να εξισορροπήσει αυτό το εμπόριο-off, παρουσιάζουμε ΣΕΡ (Εξειδικευμένης ετερογένεια Enabled Παλινδρόμηση), ένας αλγόριθμος που χτίζει μοντέλα πρόβλεψης για την ευαισθησία των ναρκωτικών, επιλέγοντας προγνωστική γονιδιωματική χαρακτηριστικά και να αποφασίσει ποια θα πρέπει, και δεν πρέπει, να μοιράζονται σε διαφορετικούς καρκίνους, τους ιστούς και τα ναρκωτικά . CHER παρέχει σημαντικά πιο ακριβή μοντέλα της ευαισθησίας του φαρμάκου από τα συγκρίσιμα μοντέλα ελαστικό-net-based. Επιπλέον, CHER παρέχει καλύτερη κατανόηση των βασικών βιολογικών διεργασιών με την εύρεση μια αραιή σύνολο των κοινών και ειδικού τύπου γονιδιωματικής χαρακτηριστικά

Παράθεση:. Chen BJ, Litvin O, Ungar L, Pe’er D (2015) Πλαίσιο ευαίσθητα Μοντελοποίηση Cancer Drug ευαισθησίας. PLoS ONE 10 (8): e0133850. doi: 10.1371 /journal.pone.0133850

Επιμέλεια: Julio Βέρα, του Πανεπιστημίου του Erlangen-Νυρεμβέργης, Γερμανία

Ελήφθη: 4 Φεβ, 2015? Αποδεκτές: 3, Ιουλ, 2015? Δημοσιεύθηκε: 14 Αυγούστου 2015

Copyright: © 2015 Chen et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Τα στοιχεία προέρχονται από κυτταρική σειρά καρκίνου του έργου Εγκυκλοπαίδεια (https://www.broadinstitute.org/ccle/home) και είναι διαθέσιμες μετά την εγγραφή του χρήστη στην ιστοσελίδα

Χρηματοδότηση:. η έρευνα υποστηρίχθηκε από Stand Up με τον καρκίνο Πρωτοποριακή έρευνα Grant (IRG08), National Institutes of Health (R01CA1