Αφηρημένο

Ιστορικό

ωοθηκών καρκινώματα αποτελείται από τουλάχιστον πέντε διακριτές ασθένειες: υψηλής ποιότητας ορώδες, χαμηλού βαθμού ορώδες, σαφείς κυττάρων, ενδομητριοειδές και βλεννώδες. Βιοδεικτών και μοριακός χαρακτηρισμός μπορεί να αντιπροσωπεύει μια πιο βιολογικά σχετική βάση για την ομαδοποίηση και τη θεραπεία αυτής της οικογένειας των όγκων, παρά το site προέλευσης. Μοριακά χαρακτηριστικά έχουν γίνει το νέο πρότυπο για την κλινική παθολογία, ωστόσο, ανάπτυξη προσαρμοσμένων τύπου ειδικών θεραπειών παρεμποδίζεται από την αποτυχία της βασικής έρευνας να αναγνωρίσει ότι τα συστήματα μοντέλο που χρησιμοποιείται για τη μελέτη των ασθενειών αυτών πρέπει επίσης να στρωματοποιημένη. Άσχετες συστήματα μοντέλο κάνει προσφορά αξίας για τη μελέτη των βιοχημικών διεργασιών, αλλά συγκεκριμένο κυτταρικό πλαίσιο, πρέπει να εφαρμόζονται για την αξιολόγηση σχετικών θεραπευτικών στρατηγικών.

Μέθοδοι

Έχουμε επικεντρωθεί στην αναγνώριση της κυτταρικής σειράς σαφές καρκίνωμα μοντέλα. Μια ομάδα 32 «καρκίνος των ωοθηκών» κυτταρικές σειρές έχει ταξινομηθεί σε histotypes χρησιμοποιώντας ένα συνδυασμό των προφίλ μετάλλαξης, IHC μετάλλαξη υποκατάστατα, και ένα επικυρωμένο ανοσοϊστοχημική μοντέλο. Όλες οι κυτταρικές σειρές ήταν ταυτότητα πιστοποιήθηκε χρησιμοποιώντας ανάλυση STR.

Αποτελέσματα

Πολλοί περιγράφεται ωοθηκών σαφές κυτταρικές σειρές έχουν χαρακτηριστικές μεταλλάξεις (συμπεριλαμβανομένων των

ARID1A

και

PIK3CA

) και ένα συνολικό μοριακό /ανοσο-προφίλ τυπικό των πρωτογενών όγκων. Μεταλλάξεις στο

TP53

ήταν παρόντες στην πλειοψηφία των υψηλής ποιότητας ορώδες κυτταρικές σειρές. Προηγμένη γονιδιωματική ανάλυση των καλόπιστων καρκινικών κυττάρων σαφές κυτταρικές σειρές υποστηρίξει επίσης αριθμός αντιγράφων αλλάζει σε τυπικό βιοδείκτες όπως στο

MET

και

HNF1B

και η έλλειψη οποιασδήποτε επαναλαμβανόμενες εξέφρασε εκ νέου ρυθμίσεις.

Συμπεράσματα: όπως και με πρωτοπαθείς όγκους των ωοθηκών, κατάσταση της μετάλλαξης των γονιδίων του καρκίνου, όπως

ARID1A

και

TP53

και μια γενική ανοσο-προφίλ εξυπηρετήσει καλά για την ίδρυση histotype των καρκινικών κυττάρων των ωοθηκών Περιγράφουμε συγκεκριμένες βιοδείκτες και μοριακά χαρακτηριστικά για την εκ νέου ταξινόμηση των γενόσημων «καρκίνωμα των ωοθηκών» κυτταρικές σειρές σε συγκεκριμένο τύπο κατηγορίες. Τα δεδομένα μας υποστηρίζουν τη χρήση του πρωτοτύπου σαφείς κυτταρικές σειρές, όπως TOV21G και JHOC-5, και τα ερωτήματα της χρήσης των SKOV3 και Α2780 ως μοντέλα υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνωμα

Παράθεση:. Anglesio MS, Wiegand KC, Melnyk Ν, Chow C, Σαλαμάνκα C, Prentice LM, et al. (2013) ειδικά για τον τύπο Μοντέλα κυτταρική γραμμή δια τύπου Ειδικές ωοθηκών Cancer Research. PLoS ONE 8 (9): e72162. doi: 10.1371 /journal.pone.0072162

Επιμέλεια: Goli Σαμίμι, Kinghorn Κέντρο Καρκίνου, Garvan Institute of Medical Research, Αυστραλία

Ελήφθη: 19 του Απρίλη του 2013? Δεκτές: 7 Ιουλίου 2013? Δημοσιεύθηκε: 4 Σεπτέμβρη 2013

Copyright: © 2013 Anglesio et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Υποστήριξη για το έργο αυτό είχε προβλεφθεί στην Ερευνητική Ομάδα του καρκίνου των ωοθηκών της BC (OVCARE? https://www.ovcare.ca) μέσω του Ιδρύματος π.Χ. καρκίνου, οι VGH και UBC Ιδρύματος Νοσοκομεία και τις καναδικές Ινστιτούτα Ερευνών Υγείας (CIHR) Αναδυόμενες ομάδας Grant : Εξατομικευμένη siRNA-Based νανοφάρμακα (ΤΚΕ: 111627). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν ανταγωνιστικά συμφέροντα υπάρχουν

Εισαγωγή

Ο καρκίνος των ωοθηκών είναι ένα διαφορετικό σύνολο των ασθενειών και μεταξύ των πιο κλινικά σημαντική, επιθηλιακών καρκίνων των ωοθηκών (EOC), υπάρχουν τουλάχιστον πέντε διακριτές οντότητες [1] – [9]. Σε ένα ευρύ επίπεδο, οι όροι τύπου Ι και τύπου ΙΙ EOCs εφαρμόζεται συχνά, όπου υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνωμα (HGSCs) είναι τύπου ΙΙ και όλα τα άλλα ιστολογίες είναι καρκίνοι τύπου Ι [8]. Ωστόσο, ακόμη και εντός του τύπου Ι, υπάρχουν διακριτές οντότητες, δηλαδή χαμηλού βαθμού ορώδες καρκίνωμα (LGSC), ενδομητριοειδές καρκίνωμα (ENOCa), σαφές καρκίνωμα (CCC) και βλεννώδες καρκίνωμα (MUC). Υπάρχει σημαντική δεδομένα υποδηλώνουν ότι η πλειοψηφία των HGSC προέρχονται από σάλπιγγα επιθήλιο του σωλήνα [1], [10] – [13], ενώ η χαμηλού βαθμού ορώδες όγκοι είναι γενικά ακόμα πιστεύεται ότι προέρχονται από την επιφάνεια του επιθηλίου των ωοθηκών – αν και αυτή η σχέση είναι να αμφισβητηθεί [7], [14]. ENOCa και της CCC όγκων συμβαίνουν σε ένα υπόβαθρο της ενδομητρίωσης και θα μπορούσε να αποτελέσει ένα φάσμα των εκτοπισμένων, κακοήθη ενδομητρίου [15] -. Τέλος, βλεννώδες όγκοι είναι εξαιρετικά σπάνια και αληθινή προέλευσή τους είναι δύσκολο να εξακριβωθεί με υποομάδες των διακριτών ιστολογία. ομοιότητα τους σε άλλες βλεννώδες επιθηλιακά κακοήθειες, κυρίως γαστρικών καρκίνων, έχει προσθέσει στη σύγχυση της καταγωγής τους [3], [21] – [23]

Η κλινική ανταπόκριση και επιδημιολογικές διαφορές είναι επίσης εμφανείς μεταξύ histotypes.. Υψηλής ποιότητας υδαρής καρκίνοι εμφανίζουν τις καλύτερες τιμές αρχική απάντηση στην τρέχουσα τυπική χημειοθεραπεία με πλατίνα και ταξάνες [24], [25]. Η οικογενής

BRCA1 /BRCA2

μεταλλάξεις εμφανίζονται επίσης περιορίζεται σε μεγάλο βαθμό σε αυτήν την ιστολογία [26] – [28]. Αντιθέτως, τα ανήλικα histotypes τείνουν να εμφανίζονται σε νεότερους πληθυσμούς ασθενών και πιο συχνά παρούσα σε χαμηλότερο στάδιο [29] – [31]. Μια λίστα με μερικά από τα πιο διακριτικά χαρακτηριστικά μεταξύ των διαφόρων τύπων histotypes δίνεται στον Πίνακα 1.

Η

Ανεξάρτητα από την προέλευση ή ιστολογικές ομοιότητες και τις διαφορές, βιοδεικτών και γονιδιωματικές μελέτες έχουν χρησιμοποιηθεί με επιτυχία για να διακρίνει κάθε histotype και μπορεί να αντιπροσωπεύουν ένα πολύ πιο βιολογικά σχετικές βάση για την ταξινόμηση και στη συνέχεια θεραπεία EOCs. Παρά το γεγονός ότι η έννοια αυτή είναι ευρέως αποδεκτές, και κερδίζει έδαφος για να γίνει ένα νέο κλινικό πρότυπο, διφορούμενη μοντέλα κυτταρική σειρά διαιωνίζεται μέσα από την έρευνα μοριακής βιολογίας πάγκο παρεμποδίζουν την ανάπτυξη των προσαρμοσμένων ειδικά για τον τύπο θεραπείες. Εκείνοι που χρησιμοποιούν συστήματα μοντέλο πείραμα πάγκο πρέπει να αναγνωρίσουμε ότι, όπως πρωτογενείς καρκίνους, τα μοντέλα που χρησιμοποιήθηκαν για τη μελέτη των ασθενειών αυτών πρέπει επίσης να στρωματοποιημένη. Αν και βιοχημικές μελέτες μπορούν να παράγουν χρήσιμες πληροφορίες από χρησιμοποιώντας μια ποικιλία των μη συνδεδεμένων συστημάτων μοντέλου, συγκεκριμένη ασθένεια μελέτες πρέπει να εφαρμόσει κυτταρικό περιβάλλον. Η συντριπτική πλειοψηφία των ερευνητικών απασχολούν λειτουργικών μελετών στο «καρκίνος των ωοθηκών» κυτταρικές σειρές δεν γνωρίζουν σωστά το φόντο των συστημάτων τους μοντέλο. Με αποτέλεσμα τα συμπεράσματα μπορεί να είναι δύσκολο να ερμηνεύσει και την αξία των πιθανών θεραπευτικών στόχων μπορεί να είναι αμφισβητήσιμη, όπως είναι το αληθινό ενδιαφέρον για μια συγκεκριμένη ασθένεια.

μελέτες γραμμή κυττάρων του καρκίνου των ωοθηκών έχουν περιοριστεί σημαντικά λόγω της έλλειψης κατάλληλης σχολιασμού του «ωοθηκών» κυτταρικές γραμμές καρκινώματος. Μόλις σε καλλιέργεια, τα κύτταρα δεν έχουν πλέον εύκολα αναγνωρίσιμα μορφολογικά γνωρίσματα για να βοηθήσουν στην ιστολογική κατάταξη. Επιπλέον, το ανθρώπινο λάθος, εσφαλμένη επισήμανση και το γενικό χαρακτηριστικό των «επιθηλιακά-όπως το» κυτταρικές σειρές έχουν επίσης οδηγήσει σε ανάμιξη ups των κυτταρικών σειρών και τη μόλυνση που έχει ως αποτέλεσμα τα δεδομένα un-ερμηνεύσιμο [32], [33]. Στην εποχή μετα-γονιδίωμα, βιοδείκτες και γονιδιωματική χαρακτηριστικά για υποτύπων καρκίνου των ωοθηκών είναι πολύ καλά εδραιωμένη. Screening τεχνικές για την ανάλυση βιοδεικτών και βεβαιωθείτε γονιδιωματικής χαρακτηριστικά είναι επίσης ευρέως προσβάσιμα. Εδώ, σας παρουσιάζουμε ένα πάνελ βιοδεικτών και μοριακών χαρακτηριστικών σε 32 χρησιμοποιούνται συνήθως και in-house προέρχονται κυτταρικές σειρές καρκινώματος των ωοθηκών. Η αρχική μας στόχος ήταν να καταρτίσει κατάλογο καλόπιστων των κυτταρικών σειρών CCC για το δικό μας ερευνητικό πρόγραμμα, ωστόσο προτείνουμε την ίδρυση τύπου ειδικότητα για αυτές τις κυτταρικές γραμμές θα πρέπει να έγινε το νέο πρότυπο στο σχεδιασμό και την εκτέλεση των πειραμάτων γύρω από οποιαδήποτε μελέτη σχετικά με επιθηλιακό καρκίνο ωοθηκών.

Μέθοδοι

καλλιέργειας κυττάρων

τα κύτταρα διατηρήθηκαν σε ένα υγροποιημένο επωαστήρα στους 37 ° C με 5% CO

2. Βλέπε Πίνακα S1 για μια λίστα των κυτταρικών σειρών, συνθήκες καλλιέργειας και συμβάλλοντας εργαστήρια και αποθήκες. Μερικά κυτταρικές σειρές που προέρχονται in-house (με την ετικέτα «VOA #») μέσω της συνεχούς

in vitro

καλλιέργεια πρωτογενούς υλικού ασθενών που λαμβάνεται μέσω της τράπεζας Tumor OVCARE. Όλοι οι ασθενείς με ιστό κατατεθεί στην τράπεζα του όγκου OVCARE προϋπόθεση γραπτής συγκατάθεσης για πειραματικές μελέτες, συμπεριλαμβανομένων αλληλούχισης, IHC χαρακτηρισμό και παραγωγή των μακροπρόθεσμων κυτταρικές σειρές από δείγματα ιστών. Η μελέτη τράπεζα όγκου OVCARE εγκρίθηκε σύμφωνα με το Πανεπιστήμιο της Βρετανικής Κολομβίας και της British Board Δεοντολογίας Κολούμπια Οργανισμό Έρευνας για τον Καρκίνο H05-60119 πρωτόκολλο.

Όλες οι κυτταρικές σειρές υποβλήθηκαν σε έλεγχο ταυτότητας χρησιμοποιώντας STR του γονότυπου (AmpFlSTR Identifiler, Applied Biosystems) σε το Κολέγιο της αμερικανικής Παθολόγος (ΚΑΠ) διαπιστευμένο Κέντρο Μεταγραφική και Εφαρμοσμένων Genomics (CTAG) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Μόνο γραμμές με προφίλ που ταιριάζουν δημόσια αρχεία αποθετήριο, ανέφερε STR [32], και /ή πρωτότυπο όγκους των ασθενών (στην περίπτωση των παραγώγων κυτταρικών σειρών in-house) επελέγησαν για περαιτέρω μελέτη.

Η ανοσοϊστοχημεία και Υπολογιστής του υποτύπου πρόβλεψη (COSP)

οι κυτταρικές σειρές ξύστηκαν από τρυβλία καλλιέργειας, πλένονται 2 × με PBS και σε σβώλους. Τα κυτταρικά ιζήματα επαναιωρήθηκαν σε -500 μΐ 10% ουδέτερη ρυθμισμένη φορμαλίνη (NBF) και αφέθηκε να καθορίσει τη διάρκεια της νύχτας. Τα κύτταρα σφαιροποιήθηκαν και πάλι και επανα-αιωρούνται σε ένα Histo-gel (Thermo-Fisher) βύσμα πριν από την ενσωμάτωση σε παραφίνη. Μια μικροσυστοιχία ιστού (ΤΜΑ) δομήθηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [4], λαμβάνοντας πυρήνες 3 × 2 mm από τα βύσματα κυτταρική γραμμή. Ανοσοϊστοχημεία (IHC) διεξήχθη σε 4 μm τομές σε ένα σύστημα Ventana Discovery ΧΤ όπως περιγράφηκε προηγουμένως [2], [34], ανατρέξτε στον πίνακα S2 για λεπτομέρειες των αντισωμάτων που χρησιμοποιούνται. πρόβλεψη Histotype έγινε χρησιμοποιώντας τον Υπολογιστή του υποτύπου Πρόβλεψη (COSP) [2] σε λειτουργία τράπεζα όγκου. Λειτουργία τράπεζα όγκου επιλέχθηκε λόγω της φύσης των σταθερών κυτταρικών γραμμών και την ελεγχόμενη περίοδο σταθερού παρόμοια με τη διαδικασία τράπεζα όγκου στην οποία έχει εκπαιδευτεί αυτό πρόβλεψης. κριτήρια βαθμολόγησης για IHC έγινε οπτικά και ακολούθησε τις ακριβείς κατευθύνσεις που προτείνονται στην αρχική COSP χαρτί [2]. IHC για αναντιστοιχία επισκευή (MMR) πρωτεΐνες (Πίνακας S5) διεξήχθη όπως περιγράφεται στο [35], η πλήρης απουσία χρώσης για οποιαδήποτε δεδομένη πρωτεΐνη MMR οδήγησε σε βαθμολογία από 0 (αρνητική), και θεωρείται ότι οδηγούν σε ανεπάρκεια MMR.

μεταγραφές

mRNA

το RNA που εξάγεται από κυτταρικές σειρές χρησιμοποιώντας κιτ Qiazol-miRNeasy πρωτόκολλο (Qiagen) και από πρωτογενείς όγκους, 12 επιλέγονται τυχαία από κάθε histotype, χρησιμοποιώντας το κιτ miRNeasy FFPE (Qiagen). Όλα τα επίπεδα μεταγραφής RNA μετρήθηκαν με τη χρήση του συστήματος NanoString nCounter [36] και τα δεδομένα κανονικοποιούνται με το λογισμικό nSolver v1.1 (NanoString Inc.) χρησιμοποιώντας ενδογενή γονίδια ελέγχου (

ACTB, SDHA, RPL 19, POLR1B, PGK1

) ως ανά οδηγίες των κατασκευαστών. Στην περίπτωση του

TFF3

επίπεδα mRNA που θεωρήσαμε κάθε δείγμα με ανιχνεύσιμες μεταγραφές να είναι θετική και να αντικατασταθεί ένα σκορ «1» στη θέση του TFF3 IHC όταν χρησιμοποιούν COSP. Το κατώφλι ανίχνευσης (DT) για mRNA θεωρήθηκε ότι είναι η μέγιστη μέτρηση από αρνητική ακίδα ανιχνευτές-in ελέγχου (σε όλες δείγματα κυτταρική γραμμή) συν 2 τυπικές αποκλίσεις. Στατιστικοί έλεγχοι υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό v6.0c GraphPad Prism

Μετάλλαξη Δοκιμές και Γονιδιωματική ανάλυση

Το γονιδιακό DNA εκχυλίζεται χρησιμοποιώντας πρότυπες μεθόδους (Gentra Puregene κιτ? Qiagen).. Περιοχές που περιλαμβάνουν μεταλλάξεις των γνωστών σημασίας (hotspots Καρκίνου) ήταν Sanger αλληλουχία χρησιμοποιώντας Μ13-tagged εκκινητών. Αλληλούχιση του

ARID1A

έγινε μέσω ενός συνδυασμού προσαρμοσμένη υβριδικών δέσμευσης και αλληλουχίας μεταγραφικό σε αλληλούχισης επόμενης γενιάς Illumina GAII συστήματος (NGS) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [16], [37]. Associated ανεπεξέργαστα δεδομένα έχει κατατεθεί στο Διαβάστε Αρχείο NCBI Ακολουθία υπό BioProjects PRJNA209481, PRJNA209482 και PRJNA209484. Όλα σημειωθεί παραλλαγές είτε επαληθεύεται με προσδιορισμό της αλληλουχίας Sanger ή θεωρείται επικυρωμένη εφόσον καταγράφονται στο Cancer Cell Γραμμή Εγκυκλοπαίδεια (CCLE) [38] ή /και η κοσμική βάση δεδομένων [39]. Εκφράστηκε εκ νέου διευθετήσεις προβλεφθούν από τα δεδομένα αλληλουχίας μεταγραφικό για CCC κυτταρικές σειρές TOV21G, JHOC-5, JHOC-7, JHOC-9, και RMG-2 χρησιμοποιώντας την εκτόνωση [40] (Πίνακας S3).

Αριθμός Αντιγραφή ανάλυση

αριθμό αντιγράφων του DNA συναχθεί από Affymetrix SNP μικροσυστοιχίες 6.0 γονιδίωμα-ευρεία. Συστοιχίες διεξήχθησαν σύμφωνα με τις οδηγίες των κατασκευαστών και την αναλογία του αριθμού αντιγράφων που δημιουργούνται από ένα αταίριαστο αναφοράς. Ανίχνευση του αριθμού αντιγράφων άλλαξε περιοχές έγινε με τη χρήση ενός αλγόριθμου κατάτμησης. Όλη η ανάλυση και οπτικοποίηση εκτελέστηκε με Partek Γονιδιωματική Σουίτα 6,6, πρωτογενή δεδομένα είναι διαθέσιμα από NCBI GEO [προσχώρησης GSE48351].

Αποτελέσματα

Histotype από COSP σε καρκινικές κυτταρικές σειρές των ωοθηκών

Ο καρκίνος των ωοθηκών κυτταρικές γραμμές αναπτύχθηκαν σε καλλιέργεια δεν εμφανίζουν ιστολογικά φαινοτύπους που είναι χρήσιμα για την ταξινόμηση σε τύπους των μεγάλων ασθενειών. Η ομάδα μας έχει περιγράψει ένα μεγάλο αριθμό ανοσοϊστοχημική βιοδείκτες που δείχνουν ειδικά χαρακτηριστικά σε αυτούς τους histotypes [4], [41] – [43]. Ένας πυρήνας πάνελ 9 IHC δεικτών σε συνδυασμό με ένα αλγόριθμο πρόβλεψης, ο Υπολογιστής για ωοθηκών Δευτερεύων Πρόβλεψη (COSP), μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να διακρίνει αξιόπιστα μεταξύ των τύπων [2]. Έχουμε αποδείξει στο παρελθόν ένα υψηλό επίπεδο αντιστοιχίας μεταξύ πρόβλεψης του ανοσοποιητικού-ταξινομητή και τη συναίνεση των εμπειρογνωμόνων μας gynecopathological επανεξέταση [2],. Αρχικά, εφαρμόσαμε αυτό το πάνελ (Σχήμα 1Α-Β), και την προγνωστική αλγόριθμο COSP, έως 32 ωοθήκης κυτταρικές γραμμές καρκίνου του διφορούμενη histotype να διαπιστωθεί εάν κυτταρικές σειρές που διατηρούνται εκπρόσωπος χαρακτηριστικά επαρκείς για την ταξινόμηση κυτταρικών σειρών στην πραγματική προέλευση της νόσου τους και να επιτρέπουν για τον τύπο -εξειδικευμένης ανάπτυξη των ωοθηκών μοντέλο καρκίνου. Ο δείκτης TFF3 IHC, η οποία κανονικά σχετίζεται στενά με τον βλεννώδες τύπου και παρατηρήθηκαν σε μέτρια συχνότητα σε ENOCa και LGSC [2], ήταν αρνητικός σε όλες τις δειγμάτων (Πίνακας S4), γεγονός που υποδηλώνει αυτό το εκκρινόμενο παράγοντα, αν εκφράζεται καθόλου, μπορεί να αποβληθεί γρήγορα από τα κύτταρα και πλένονται μακριά σε μέσα. Κατά συνέπεια, TFF3 IHC μπορεί να μην είναι μια αξιόπιστη μέτρηση βιοδείκτης για χρήση με καλλιεργημένα κύτταρα. Ωστόσο, η επικράτηση των

TFF3

mRNA σε πρωτογενή δείγματα φάνηκε παρόμοιο με αυτό που αναφέρθηκε από την IHC [2], [44], με συνέπεια υψηλότερη έκφραση στο βλεννώδες καρκίνωμα (p & lt? 0,01? Εικ. 1Γ). Ως εκ τούτου, υποκατεστημένο ανιχνεύσιμη

TFF3

mRNA για IHC και σημείωσε οποιαδήποτε κυτταρική γραμμή με ανιχνεύσιμο mRNA ως «1» σε μας αλγόριθμος COSP (Εικ. 1 D και Πίνακας 2).

(Α-Β) εκπρόσωπος IHC από ένα τυπικό υψηλής ποιότητας ορώδες κυτταρική σειρά καρκινώματος των ωοθηκών, Kuramochi, και μια σαφή γραμμή κυττάρων καρκίνωμα, TOV21G. Εκτός από τον πίνακα COSP 9-δείκτη, IHC για ARID1A (BAF250a) δείχνεται επίσης ως υποκατάστατο μετάλλαξη. (C)

TFF3

έκφραση του mRNA από τα 60 δείγματα καρκίνου των ωοθηκών (12 κάθε histotype). Όπως σημειώθηκε προηγουμένως υψηλή έκφραση είναι πιο διαδεδομένη στις MUC, ακολουθούμενη από ENOCa και LGSC [2], [4]. Έκφραση σε πιλοτική ομάδα μας προτείνει τα υψηλότερα επίπεδα TFF3 στο MUC, η οποία ήταν σημαντικά υψηλότερη από όλες τις άλλες ομάδες (κατά Tukey προσαρμοσμένο σ & lt? 0,01)? δεν υπάρχουν άλλα ζεύγη συγκρίσεις είχαν p & lt? 0,05. (D)

TFF3

mRNA ανιχνεύεται σε κυτταρικές γραμμές καρκίνου ωοθηκών χρησιμοποιήθηκε στη θέση του ένα σκορ IHC όπως το εκκρινόμενο TFF3 θεωρήθηκε φτωχή βιοδείκτης για συνθήκες κυτταρικής καλλιέργειας. Κάθε κυτταρική γραμμή με μετρήσιμα

TFF3

mRNA πάνω από το όριο ανίχνευσης NanoString (βλέπε μεθόδους) θεωρήθηκε θετική (βαθμός 1 για χρήση στον αλγόριθμο COSP).

Η

Πολλά περιγράφηκε προηγουμένως γραμμές CCC έδειξε διαθέτει χαρακτηριστικό των αναμενόμενων προέλευσή τους. Εκτός από τον πίνακα 9 σήμανσης COSP, προσθέσαμε IHC για ARID1A (BAF250a). Με δεδομένη την ισχυρή αρνητική συσχέτιση της κατάστασης μετάλλαξης και της έκφρασης ανιχνεύσιμη πρωτεΐνη [16] θεωρήσαμε αυτή την δοκιμασία ως υποκατάστατο δοκιμή μετάλλαξης χρήσιμη σε διαχωρισμό συνδέονται ενδομητρίωση καρκίνο των ωοθηκών από άλλους υπότυπους, κυρίως υψηλής ποιότητας ορώδες, όπως

ARID1A

μεταλλάξεις φαίνεται να είναι εξαιρετικά σπάνιο σε αυτόν τον υπότυπο [16], [45]

προφίλ μεταλλάξεων:. Clear κυττάρων ειδικά μοριακά χαρακτηριστικά

Είμαστε δίπλα ελεγχθεί κυτταρικές σειρές για μεταλλάξεις στο κοινό καρκίνο των ωοθηκών που σχετίζονται γονίδια (Πίνακας 2 και Πίνακας S5). Δεδομένου ότι ορισμένες από τις κυτταρικές σειρές που δοκιμάστηκαν αποτελούν επίσης μέρος ενός μεγαλύτερου Γραμμή Cancer Cell Εγκυκλοπαίδεια (CCLE) αποθετήριο σύνολο δεδομένων [38], διασχίζουμε επικυρωμένες δοκιμές μετάλλαξης μας με αυτή τη βάση δεδομένων, καθώς και η κοσμική βάση δεδομένων [39]. Είμαστε επικεντρώθηκε στις περιοχές της γνωστής σημασίας σε κοινά γονίδια του καρκίνου, συμπεριλαμβανομένων hotspots σε

BRAF, KRAS, οι ΕΡΑ, erbB2, EGFR, CTNNB1, PIK3CA, PPP2R1A

και

DICER1

. Όλες οι κωδικοποίησης εξώνια του

TP53

επιβεβαιώθηκαν σε όλες τις κυτταρικές σειρές.

ARID1A

μεταλλάξεις εξετάστηκαν χρησιμοποιώντας μια προσαρμοσμένη NGS στρατηγική υβριδικό γονίδιο σύλληψης [37] σε RMG-1, RMG-2, JHOC-5, JHOC-7, JHOC-9, TOV21G, και ES-2? για όλες τις άλλες κυτταρικές σειρές που χρησιμοποιείται

ARID1A

στοιχεία από την κοσμική και CCLE εκτός από την IHC ως

ARID1A

μετάλλαξη-δοκιμές υποκατάστατα (Πίνακας 2).

Όπως συμβαίνει και με μας IHC δεδομένων περισσότερες γραμμές CCC διατηρηθεί ένα προφίλ συνεπής με την histotype CCC συμπεριλαμβανομένων των μεταλλάξεων στο

PIK3CA

και

ARID1A

. Περαιτέρω, η απώλεια της έκφρασης ARID1A, αποδεικνύεται από IHC, έδειξε καλή συμφωνία με την παρουσία των γνωστών μεταλλάξεων περικοπή, όπως σημειώνεται για την πρωτογενή δείγματα όγκου [16]. Όπως αναμενόταν IHC για ρ53 συσχετίζεται καλά με εμφάνιση μεταλλάξεων. Για κυτταρικές σειρές με μια καταγεγραμμένη μετάλλαξη (τη στιγμή της υποβολής) είτε CCLE ή COSMIC όλα ανιχνεύονται μεταλλάξεις συμφωνημένα αποθετήριο αρχεία, εκτός από ένα ομόζυγο /ημιζυγωτική 127-bp διαγραφή του

TP53

ανιχνεύθηκαν σε ΝΕΠ. Υποθέτουμε ότι το 127-bp διαγραφή στο ΝΕΠ (στο τέλος του εξόνιο 4? Εικ. S1) μπορεί να έχουν αγνοηθεί στη στρατηγική της αλληλουχίας CCLE εξόνιο με βάση την εμπειρία ψευδώς αρνητικά μας είναι διαδεδομένη σε NGS σύνολα δεδομένων. Συνολικά, η προσθήκη των δεδομένων μετάλλαξης ήταν ιδιαίτερα χρήσιμη για την υποστήριξη της αρχικής κατάταξης από COSP (Πίνακας 2).

Πήραμε σημειωθεί ότι μια σειρά από κυτταρικές σειρές που χρησιμοποιούνται συχνά ως υψηλής ποιότητας ορώδες μοντέλα ή γενικά ως «καρκίνωμα των ωοθηκών «είχε τόσο

ARID1A

μεταλλάξεις και ανοσο-προφίλ συνάδει με τον τύπο ενδομητριοειδές, το τρίτο πιο κοινό είδος που αντιπροσωπεύουν λιγότερο από το 10% των ωοθηκικών καρκινωμάτων [3], [4]. Μαζί με την ανοσο-ταξινόμησης, η παρουσία ενός

ARID1A

μετάλλαξη που παρέχονται αδιάσειστα στοιχεία ενός μη-HGSC προέλευσης. Η συχνότητα των

TP53

και

ARID1A

μετάλλαξη ήταν κοντά αλληλοαποκλείονται με τις εξαιρέσεις των IGROV1 και το 2008. IGROV1 φέρει δύο μεταλλάξεις μετατόπισης πλαισίου στο

ARID1A

(p.M274fs /p.G1847fs) και μία μετάλλαξη άγνωστης σημασίας σε

ΤΡ53

(p.Y126C (het)), αν και η έκφραση ρ53 με ανοσοϊστοχημεία εμφανίστηκε φυσιολογικό. Η κυτταρική σειρά 2008 είχαν ανιχνεύσιμα ARID1A, γεγονός που υποδηλώνει απώλεια της λειτουργίας, καθώς επίσης και πραγματοποιούνται δύο

TP53

μεταλλάξεις (c.572_574 delCTC (het) /c.673-1 G & gt? T (het, θέση ματίσματος)) και αντιστοιχεί p53 IHC υπερέκφραση. Αυτές οι άτυπες συνδυασμοί μετάλλαξης θα μπορούσε εύλογα να εξηγηθεί από μια τάση να συσσωρεύουν μεταλλάξεις σε κυτταρικές σειρές με την επισκευή αναντιστοιχία DNA (MMR) ελλείψεις, όπως έχει αναφερθεί για IGROV1, SKOV3 και Α2780 [46], [47]. Εμείς επικυρωμένη MMR έκφραση πρωτεΐνης μονοπάτι με IHC για MLH-1, PMS-2, MSH-2, και MSH-6 (Πίνακας S5) και παρατηρήθηκαν απώλεια δύο ή περισσοτέρων πρωτεϊνών MMR σε IGROV1, SKOV3, Α2780 TOV21G, COLO-704 και Colo-720E? Δεν MMR ανεπάρκεια σε πρωτεΐνη σημειώθηκε στην 2008 κυτταρική γραμμή.

Αντιγραφή αριθμού προφίλ των σαφές κυτταρικές σειρές

Ως πρωταρχικός στόχος μας ήταν να περιγράψει κυτταρικές σειρές CCC δημιουργήσαμε αριθμό αντιγράφων προφίλ των καλόπιστων κυτταρικές σειρές CCC χρησιμοποιώντας Affymetrix μικροσυστοιχίες SNP6.0. Συνεπής με προηγούμενες εκθέσεις χρησιμοποιώντας δείγματα πρωτογενούς όγκου, CCC γραμμές έδειξε ένα μέτριο βαθμό ανωμαλίες αριθμού αντιγράφων, γεγονός που υποδηλώνει ένα γονιδίωμα που έχει υποστεί κάποια γενωμική αστάθεια.

Ένας περιορισμένος αριθμός βιβλιογραφικών αναφορών έχουν επισημάνει γονίδια με μεταλλάξεις, υπερέκφραση ή /και ενίσχυση μεταξύ πρωτοβάθμιας CCC, κάποια με μια σχέση με την επιβίωση ή την προχωρημένη νόσο [4], [16], [45], [48] – [59]. Όπως παρατηρείται σε προφίλ μετάλλαξη, καλόπιστων πίνακα CCC κυτταρική γραμμή μας ήταν εκπρόσωπος της σχετίζεται αριθμό αλλαγών αντίγραφο σαφή-κυττάρων (Σχήμα 2, Πίνακας 3). Οι περισσότεροι έδειξαν αριθμό μέτρια αντίγραφο κέρδη για

HNF1B

(5/7) και

ΚΟΑ (4/7)

, των οποίων το ένα με ενίσχυση υψηλού επιπέδου (JHOC-5), παρόμοια με τις προηγούμενες εκθέσεις για CCC όγκων [53], [56], [57]. Αν και 3/7 γραμμές CCC έδειξε αύξηση του αριθμού αντιγράφων του

ΕΚΒΒ2

, σε όλες τις περιπτώσεις το τμήμα αμπλικόνιο περιλάμβανε επίσης το κοντινό CCC βιοδείκτη

HNF1B

, και κανένα δεν ήταν θετικό για την έκφραση της πρωτεΐνης HER2 με IHC ( δεν φαίνεται). Αντιγραφή απώλεια αριθμό γύρω από

TP53

παρατηρήθηκε μόνο σε μια ενιαία γραμμή κυττάρων CCC (OVMANA? Ετερόζυγη απώλεια) και, όπως προαναφέρθηκε, όλες οι γραμμές CCC φάνηκε να έχουν μια κανονική-σαν μοτίβο έκφρασης p53 (IHC σκοράρει 1 ).

Μια μεγάλη γκάμα αριθμό αλλαγών αντιγράφου θεωρούνται συμπεριλαμβανομένων των τυπικών κέρδη CHR8 και Chr17 κέρδη γύρω από το βιοδείκτη CCC

HNF1B

γονίδιο, βλέπε επίσης πίνακα 3.

η

προφίλ μεταγραφικό σαφείς κυτταρικές σειρές

Όπως και με άλλους τύπους καρκίνου των ωοθηκών, επαναλαμβανόμενες μεταθέσεις μεταξύ CCC δεν έχουν περιγραφεί, αν και μόνο ένας ελάχιστος αριθμός μελετών έχουν αναληφθεί [16]. Τα στοιχεία μας μεταγραφικό αλληλουχίας σε RMG-1, RMG-2, JHOC-5, JHOC-7, JHOC-9, TOV21G, και ES-2 δείχνει επαναλαμβανόμενα εξέφρασε ανακατατάξεις είναι τουλάχιστον σπάνια και δεν ανιχνεύθηκαν μεταξύ αυτών των κυτταρικών σειρών. Μια μέτρια αριθμός εκφράζεται ενδο- και δια-χρωμοσωμικές αναδιατάξεις ήταν ανιχνεύσιμα (Πίνακας S4), αν και όλοι ήταν μοναδική για κάθε αντίστοιχη κυτταρική γραμμή? μερικοί ήταν ορατός από πολύχρωμα FISH (Σχήμα 3). Και οι δύο εξέφρασαν και μη εξέφρασε μετατοπίσεις με αποτέλεσμα γονίδιο κέρδος /απώλεια της λειτουργίας ή υποκινητή ανταλλαγή μπορεί να χρησιμεύσει για να επηρεάσει την ενεργοποίηση της οδού, και η συνολική έκφραση, προφίλ της CCC. Μια συστηματική ανάλυση θεωρήθηκε πέρα ​​από το πεδίο της παρούσας μελέτης και υπάρχει σήμερα απουσία ενός ισοδύναμου βάσης γνώσεων που προέρχονται από πρωτογενείς όγκους CCC για σύγκριση.

Ο αριθμός των μετατοπίσεων και ανακατατάξεις μπορεί να δει κανείς σε κάθε αντιπροσωπευτικό κλώνο. Το συγκρότημα καρυότυπος κάθε κυρίαρχη κλώνο σημειώνεται κάτω από τα αντίστοιχα αποτελέσματα FISH 24-χρώμα. Δεν είναι όλα τα παράγωγα χρωμοσώματα ήταν αναγνωρίσιμα με αποτέλεσμα ένας μεγάλος αριθμός διφορούμενη μετατοπίσεων και θραύσματα (συμβολίζεται με ερωτηματικά στις σημειώσεις καρυότυπος). (Β) Circos γραφική παράσταση δεδομένων RNAseq και ανάλυση εκτονώσει που απεικονίζει εκφράζονται γενωμική αναδιατάξεις στην κυτταρική σειρά JHOC-9. Μεταθέσεις φαίνεται στο προφίλ FISH 24-χρώμα είναι επίσης ορατά, όπως εκφράζεται μεταγραφές συμπεριλαμβανομένων t (8? 19) που παρατηρήθηκε σε τόσο 2Ν και 4Ν κυρίαρχη κλώνων. Δεν επαναλαμβανόμενες μεταθέσεις παρατηρήθηκαν σε όλη τη σειρά μας (βλέπε επίσης πίνακα S3).

Η

Συζήτηση και Συμπεράσματα

Ως αρχική μας στόχος ήταν ταυτοποίηση καλόπιστους CCC κυτταρικές σειρές, είμαστε στην ευχάριστη θέση να αναφέρουν ότι η πλειονότητα των αναφερθέντων γραμμών CCC ήταν αντιπροσωπευτικές της μοριακής και παθολογικό φαινότυπο των πρωτογενών όγκων. σύστημα ανοσο-κατάταξης μας, COSP, προβλέπεται πλέον να CCC και τα δικά της δεδομένα μετάλλαξη μας, καθώς και ότι από τις κοσμικές και CCLE, πρότεινε απώλεια της λειτουργίας

ARID1A

μεταλλάξεις ήταν διαδεδομένη σε αυτές τις κυτταρικές σειρές. Αν και τρεις γραμμές CCC δεν είχαν αναγνωρίσιμες

ARID1A

μεταλλάξεις, μόνο JHOC-5 κύτταρα εμφανίστηκαν να έχουν τόσο άγριου τύπου αλληλουχία και έκφραση ανιχνεύσιμη πρωτεΐνη. Ο αριθμός των ARID1A «κανονική» γραμμές CCC είναι χαμηλότερη από ό, τι θα αναμενόταν λόγω της συχνότητας των

ARID1A

μεταλλάξεις (και αρνητική IHC) που παρατηρείται σε πρωτογενή CCC [16], [45] και μπορεί να αναφέρει κάποια προνομιακή επιλογή για

ARID1A

null γραμμές CCC για την προσαρμογή στην

in vitro

πολιτισμό. Ωστόσο, δεδομένου του μικρού μεγέθους του δείγματος μπορεί κάλλιστα να είναι ένα τυχαίο γεγονός και δεν φαίνεται να είναι σημαντική. Άλλες μεταλλάξεις που ανιχνεύθηκαν (

PIK3CA

,

PTEN

,

KRAS

,

PPP2R1A

) είναι όλοι συνεπείς με διαφορετικές συχνότητες σε CCC.

TP53

μεταλλάξεις είναι κυρίως απουσιάζει σε όλες τις επικυρωμένες CCC κυτταρικές σειρές μας, ως ένα καθοριστικό χαρακτηριστικό de-facto, και μόνο μια ενιαία γραμμή CCC είχε ετερόζυγο απώλεια αριθμού αντιγράφων αν και εξακολουθεί να διατηρείται κανονική-σαν p53 IHC.

Τόσο η CCC και ENOCa φαίνεται ότι προκύπτουν σε ένα φόντο της ενδομητρίωσης. Άτυπα ενδομητρίωση δίπλα, ή συνορεύουν με, είτε histotype δεν είναι ασυνήθιστο για τους είτε CCC ή ENOCa [16], [60], [61]. Co-εμφάνιση (μερικές φορές συνεχόμενα) τόσο CCC και ιστολογίες ENOCa σε έναν τύπο όγκου μικτών κυττάρων έχει αναφερθεί [62] (και ο Δρ Blake Gilks, προσωπική επικοινωνία). Προφίλ μεταλλάξεων συμπεριλαμβανομένων των

ARID1A

και

PIK3CA

, είναι κοινά και στους δύο τύπους, η συνολική στήριξη μιας σχετίζονται προέλευσης και παρόμοια διαδρομή για το μετασχηματισμό [16], [45], [48], [49] . Βρήκαμε ότι και οι δύο κυτταρικές σειρές ES2 και OVISE, σύμφωνα με πληροφορίες που προέρχονται από CCC, έμοιαζε σε μεγάλο βαθμό τις ανοσο-προφίλ της ENOCa. Αντιστρόφως, η κυτταρική σειρά 2008, σύμφωνα με πληροφορίες που προέρχονται από ορώδες καρκίνωμα [63], αν και συχνά αναφέρεται ως ENOCa [64], εμφανίστηκε περισσότερο CCC-σαν από μόνα COSP. Η γραμμή 2008 έκανε επίδειξη μεταλλαγμένο χρώση p53 και έχει δύο επιβεβαίωσε

TP53

μεταλλάξεις, άτυπα για την πραγματική CCC. IHC ήταν αρνητική για ARID1A, υποστηρίζοντας μια μη-ορώδες προέλευσης. Είμαστε υπέρ ενός εκχώρηση ENOCa βάσης σε μεγάλο βαθμό από την TP53

μετάλλαξη όμως να σημειώσετε ότι αυτή η κυτταρική σειρά είναι αρκετά άτυπα, δεδομένου ότι μπορεί να φέρει την απώλεια των αλλαγών λειτουργίας για ARID1A, μετάλλαξη του

TP53

, και είναι θετική για την HNF1B CCC βιοδεικτών. Αναμφισβήτητα λάθη στις εκθέσεις histotype κυτταρική σειρά μπορεί να εξηγηθεί απλώς και μόνο με ιστορικά κακή επαναληψιμότητα στην εκχώρηση τύπο κυττάρων, αν και δεν είναι απρόβλεπτη ότι η βιολογική σχέση μεταξύ CCC και ENOCa θα μπορούσαν να επηρεάζουν αυτούς τους φαινοτύπους. Με δεδομένο τον υψηλό βαθμό επικάλυψης μεταξύ των μεταλλάξεων χαρακτηριστικά της CCC και ENOCa, πάνελ μας δεν ήταν σε θέση να διαχωρίσουν περαιτέρω ή να διευκρινίσουν αυτή την προφανή σύγχυση. SKOV3 είναι μια άλλη μοναδική περίπτωση καθώς είναι ανοσο-φαινοτύπου πιο στενά μοιάζει HGSC, όμως φέρει και ένα περικοπή μετάλλαξη για

ARID1A

, μια μετάλλαξη που δεν έχει παρατηρηθεί σε HGSC παρά τη διαδεδομένη δοκιμών [16], [45]. Προηγούμενες μελέτες με SKOV3 έχουν επισημάνει σε μια σαφή κυττάρων όπως ιστολογία όταν καλλιεργείται ως ξενομόσχευμα [64] και αυτό μπορεί επίσης να ευνοήσει την ενδομητρίωση που σχετίζεται με τη διάγνωση του καρκίνου των ωοθηκών, όπως και η παρουσία ενός

PIK3CA

μετάλλαξη. Τέλος, η κυτταρική γραμμή TOV112D παρουσιάζει επίσης ως εξαίρεση, με μετρίως ισχυρά πρόβλεψη HGSC ανοσο-φαινοτύπου. Παρά το εύρημα αυτό σας προτείνουμε αυτή τη γραμμή είναι αντιπροσωπευτική της

TP53

μεταλλαγμένο ENOCa, με βάση την παρουσία ενός ENOCa χαρακτηριστικό

CTNNB1

μετάλλαξη, παθολογική επανεξέταση του πρωτογενούς υλικού όγκου στο εισαγωγικό εργαστήριο και η έκφραση προφίλ πειράματα που υποστηρίζουν αυτό το συμπέρασμα [65]. Προτείνουμε ότι αυτά τα άτυπα CCC /ENOCa μπορεί να είναι χρήσιμη στην εξερεύνηση του κάποια κοινή ενδομητρίωση που σχετίζεται με τη βιολογία του καρκίνου των ωοθηκών όμως προσοχή θα πρέπει να αναληφθούν για να είναι δυνατή η σωστή ερμηνεία των αποτελεσμάτων.

Δυστυχώς εργαλείο COSP μας είναι σε θέση να διαφοροποιήσει LGSC . Βασισμένο σε εμπειρογνώμονα επανεξέταση του πρωτογενούς υλικού έχουμε επίγνωση των δύο κυτταρικές σειρές που προέρχονται από LGSC πρωτοπαθείς όγκους. Ως εκ τούτου, αυτοπεποίθηση ευνοούν αυτήν την κατάταξη για VOA1056_CL και VOA1312_CL παρά τις προβλέψεις της HGSC ή ENOCa λαμβάνονται από COSP. Η γραμμή VOA1056_CL φέρει μία μετάλλαξη Ras-οδού όπως θα ήταν αναμενόμενο από ένα όγκου LGSC, ωστόσο αυτό είναι ένα ενεργοποιητικό μετάλλαξη NRAS Q61R. Ενεργοποίηση μεταλλάξεις εθνικές ρυθμιστικές αρχές που περιγράφονται πρόσφατα στο LGSC κατά την ετήσια συνεδρίαση του 2012 AACR [66] Ωστόσο, αυτό αντιπροσωπεύει την πρώτη επικυρωμένη έκθεση του

NRAS

μεταλλαγμένο όγκου LGSC και το πρώτο επικυρωθεί προέρχεται LGSC κυτταρικής σειράς που φέρει αυτή τη μετάλλαξη. Η κοσμική βάση δεδομένων υποδηλώνει Οι κυτταρικές σειρές LK-1 (G12D? Ορίζεται ως καρκίνωμα των ωοθηκών, ο τύπος που δεν κατονομάζονται) και κινάσες-nu (G12D και Q61K? Ορίζεται ως ωοθηκών «ορώδες καρκίνωμα») και φέρουν την ενεργοποίηση

NRAS

μεταλλάξεις , όμως δεν μπορέσαμε να προμηθευτεί αυτές τις κυτταρικές σειρές για να επιβεβαιώσετε /απορρίψει την ιστολογική ταυτότητα τους. Στις περιπτώσεις των κυτταρικών σειρών LGSC προέρχεται in-house, μεταλλάξεις του

TP53

δεν παρατηρήθηκαν, σύμφωνα με IHC εκθέσεις βάσει της βιβλιογραφίας που υποδηλώνει αυτό είναι ένα σημαντικό μοριακό διάκρισης μεταξύ HGSC και LGSC [67].

Τέλος, μία μόνο κυτταρική σειρά στη συλλογή μας αναφέρθηκε ότι είναι βλεννώδες προέλευσης καρκινώματος. Το προφίλ μετάλλαξη αυτής της κυτταρικής σειράς είναι σύμφωνη με αυτή τη διάγνωση, συμπεριλαμβανομένου ενός 127-bp

TP53

ομόζυγη διαγραφή, υπερέκφραση με IHC, και

KRAS

G12V μετάλλαξη.

τηλέφωνα αρχεία γραμμή για επιθηλιακό καρκίνο ωοθηκών έχουν έρθει πρόσφατα σε ερώτηση με μια σειρά μολυνθεί και περιττές κυτταρικές σειρές αναγνώρισε σε μια πρόσφατη μελέτη [32]. Πιο συγκεκριμένα το 2008 (aka. OV2008) αναφέρθηκε να έχουν μολυνθεί συχνά με, ή mislabeled εκδοχή του, το HPV-θετική κυτταρική γραμμή ΜΕ-180 (ATCC ΗΤΒ-33), η «αλήθεια» HPV-αρνητικών 2008 γραμμή που ορίζεται στο έκθεση Korch et al. [32], είναι αυτός που χρησιμοποιείται στη μελέτη μας. Η διατήρηση των κατάλληλων μητρώων, τη δοκιμή και, το σημαντικότερο, την ταυτότητα επανέλεγχο των κυτταρικών σειρών στα αποθέματα του καθενός εργαστηρίου θα πρέπει να είναι υψίστης σημασίας, ακόμη και αν οι κυτταρικές σειρές που λαμβάνονται απευθείας από τα αποθετήρια. Εδώ αναφέρουμε μόνο σε κυτταρικές σειρές που συμπλήρωσαν το καταγωγής αποθετήριο προφίλ STR DNA ή το προφίλ STR καταγωγής πρωτοπαθών όγκων τους (στην περίπτωση των in-house προέρχονται γραμμές). Παρά τις δικές μας τις καλύτερες προσπάθειές άσκηση μας έκανε να αποδώσει την ανακάλυψη των 3 κυτταρικές σειρές στα δικά μας αποθέματα που είτε mislabeled ή μολυνθεί, συμπεριλαμβανομένων αρχικό απόθεμα μας του 2008 κυτταρική σειρά που αναφέρθηκαν παραπάνω. Όλα τα μολυσμένα γραμμές έκτοτε έχουν απορριφθεί /αντικατασταθεί. Θα πρέπει να σημειωθεί ότι καμία από τις αναλύσεις μας έχουν σχεδιαστεί ή δοκιμαστεί για τη διάκριση των ωοθηκών από μη-ωοθηκών κακοήθειες, και παρόλο που η ανάλυση STR θα εξαλειφθούν οποιεσδήποτε προφανώς αρσενικό καρκίνοι (μέσω της ανίχνευσης των δεικτών Χρ Υ), κάποιο επίπεδο ακρίβειας στην αποθήκη αναφερθεί προέλευσης της «ωοθηκών» πρέπει να γίνει δεκτό. Στην περίπτωση των περισσότερων άτυπων κυτταρικές γραμμές είναι δυνατόν αυτοί μπορεί να είναι μη-ωοθηκική προέλευσης, π.χ. ενδομητρίου ή άλλων περιτοναϊκή καρκίνους άγνωστης πρωτογενούς, είμαστε σήμερα σε θέση να εκτιμήσει αυτή την ιδέα. Περαιτέρω, η ανάλυσή μας μπορεί να συγχέεται με την κυρίαρχη επέκταση των σπάνιων όγκων υπο-κλώνους [68], η απόκτηση των αυθόρμητων μεταλλάξεων κατά τη διάρκεια της καλλιέργειας, και MMR ανεπάρκεια (είτε αποκτηθεί ή υπάρχουν στο προέρχονται πρωτοπαθή όγκο). Οι MMR ελλείψεις έχουν αναφερθεί ότι είναι διαδεδομένη σε καρκίνους των ωοθηκών ενδομητρίωση σχετιζόμενη (CCC και ENOCa) [69] – [72] και η δυνατότητα απόκτησης μεταλλάξεων ως αποτέλεσμα της ανεπάρκειας MMR μπορεί να επηρεάσει ορισμένες από τις πιο διφορούμενη φαινοτύπους βιοδεικτών εντός αυτής της ομάδας , καθώς παρατηρείται άτυπα μοτίβα μετάλλαξης. Σημειώσαμε MMR ελλείψεις στα μη-ορώδες γραμμές TOV21G, SKOV3, Α2780, και IGROV1 καθώς και οι κυτταρικές σειρές HGSC COLO-704 και COLO-720E (Πίνακας S5). ελλείψεις MMR-πρωτεΐνη δεν παρατηρήθηκαν σε προέρχεται in-house μας LGSC κυτταρικές σειρές (ή τα αντίστοιχα πρωτογενή όγκων) ή στη γραμμή βλεννώδες καρκίνωμα ΝΕΠ.

Στο φάσμα των ωοθηκών καρκινώματα, τα τελευταία στοιχεία υποστηρίζουν έντονα τη διάγνωση και τη μεταχείριση των πέντε μεγάλων histotypes καρκινωμάτων ως ξεχωριστές ασθένειες.