Αφηρημένο

Η καθυστερημένη διάγνωση του καρκίνου του πνεύμονα εξακολουθεί να είναι ο κύριος λόγος για υψηλά ποσοστά θνησιμότητας στον καρκίνο του πνεύμονα. Ο καρκίνος του πνεύμονα είναι μια ετερογενής νόσος η οποία επάγει μία ανοσολογική απόκριση σε διαφορετικά αντιγόνα όγκου. Αρκετές μέθοδοι για την αναζήτηση αυτοαντισώματα έχουν περιγραφεί οι οποίες βασίζονται σε γνωστές καθαρισμένο πάνελ αντιγόνου. Ο σκοπός της μελέτης μας είναι να βρούμε αποδείξεις ότι τμήματα της σύνδεσης αντιγόνου-τομέα των αντισωμάτων μοιράζονται μεταξύ των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα. Αυτό ερευνήθηκε με μια νέα προσέγγιση που βασίζεται σε ανάλυση αλληλουχίας δέσμευσης αντιγόνου-θραύσματα (Fab) των ανοσοσφαιρινών χρησιμοποιώντας πρωτεομικής τεχνικές χωρίς την ανάγκη του προηγουμένως γνωστή πάνελ αντιγόνου. Από ορό 93 συμμετέχοντες της μελέτης NELSON IgG απομονώθηκε και στη συνέχεια υποβάλλεται σε πέψη σε Fab και Fc. Fab καθαρίστηκε από το μίγμα υπέστη πέψη με SDS-PAGE. Οι Fab περιέχει γέλη ζώνες αποκόπηκαν, τρυπτικών χωνευμένη και μετρήθηκαν σε ένα σύστημα νανο-LC-Orbitrap-φασματομετρία μάζας. Η πολυπαραγοντική ανάλυση των δεδομένων φασματομετρίας μάζας με γραμμική κανονική ανάλυση διακρίνουσας σε συνδυασμό με βαθμιδωτή λογιστικής παλινδρόμησης ως αποτέλεσμα μια 12-αντισώματος-πεπτιδίου μοντέλο το οποίο ήταν σε θέση να διακρίνουν τους ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα από τους ελέγχους σε έναν πληθυσμό υψηλού κινδύνου με ευαισθησία 84% και ειδικότητα 90%. Με μας Fab-καθαρισμού συνδυασμένη προσέγγιση Orbitrap-φασματομετρίας μάζας, βρήκαμε πεπτίδια από τις μεταβλητές-τμήματα αντισωμάτων τα οποία μοιράζονται μεταξύ των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα

Παράθεση:. De Costa D, Broodman Ι, Calame W, Stingl C, Dekker LJM, Vernhout RM, et al. (2014) Πεπτίδια από την μεταβλητή περιοχή του ειδικά αντισώματα είναι κοινόχρηστο μεταξύ Καρκίνο του Πνεύμονα ασθενείς. PLoS ONE 9 (5): e96029. doi: 10.1371 /journal.pone.0096029

Επιμέλεια: Σοφία Ν Καραγιάννης, King College του Λονδίνου, Ηνωμένο Βασίλειο

Ελήφθη: 22, Ιούλη του 2013? Αποδεκτές: 3 του Απρίλη 2014? Δημοσιεύθηκε: May 1, 2014

Copyright: © 2014 de Costa et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς ευχαριστώ Roche Diagnostics για την απεριόριστη χορήγηση της έρευνας και της NWO (Ολλανδία Οργανισμός Επιστημονικής έρευνας) για την οικονομική τους υποστήριξη (Zenith επιχορήγηση 93.511.034). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Η έρευνα αυτή χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από τη Roche Diagnostics από μια επιχορήγηση χωρίς περιορισμό. Roche Diagnostics δεν έχει κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. Υποστήριξη από τη Roche Diagnostics δεν μεταβάλλει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Ο καρκίνος του πνεύμονα είναι σήμερα η πιο κοινή μορφή καρκίνου με το υψηλότερο ποσοστό θνησιμότητας ( 28%) στον κόσμο λόγω της διάγνωσης σε προχωρημένο στάδιο. [1], [2] Ωστόσο, με την επίδειξη της μείωσης της θνησιμότητας του καρκίνου του πνεύμονα κατά 20% από τη δίκη NLST (National Cancer δίκη Screening) χαμηλή δόση εξέτασης CT για πνευμόνων καρκίνο λαμβάνει αυξανόμενο ενδιαφέρον. [3] Η δίκη Nelson (ολλανδόφωνη βελγική καρκίνο του πνεύμονα δοκιμή διαλογής) έδειξε ότι μετά από τρία έλεγχο γύρους 3,6% όλων των συμμετεχόντων της μελέτης αυτής είχαν ψευδώς θετικό αποτέλεσμα στην οθόνη. [4] Παρά το γεγονός ότι, ακόμα περίπου 27% των συμμετεχόντων υποβλήθηκαν σε επεμβατικές διαδικασίες που αποκάλυψε καλοήθεις παθήσεις των πνευμόνων κατά την έναρξη διαλογής (πρώτος γύρος NELSON δίκη). [5] Ένα καλό βιοδεικτών (πάνελ) θα μειώσει τον αριθμό των περιττών επεμβατικές διαδικασίες. Κατά την επιλογή στιγμή των ατόμων υψηλού κινδύνου για τη διαλογή γίνεται από την ηλικία και το ιστορικό καπνίσματος. Μια βιοδεικτών ή βιοδείκτη πάνελ θα είναι χρήσιμη για την επιλογή των ατόμων υψηλού κινδύνου για CT ελέγχου, καθώς αυτό μπορεί να ανιχνεύσει τον καρκίνο του πνεύμονα σε πρώιμο στάδιο από ό, τι CT.

Τα αντισώματα μπορεί να είναι ενδιαφέροντα ως δείκτες για τη διάκριση των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα από τον πνεύμονα καρκινογόνες ελεύθερα άτομα. Αυτά τα αντισώματα που παράγονται από την άνοση απόκριση που στοχεύουν ειδικά αντιγόνα που σχετίζονται με όγκο (ΤΑΑ) κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης του καρκίνου, πιθανώς σε πρώιμο στάδιο [6] -. [12]. Πρόσφατα Liu et

al

έδειξαν ότι η συγκέντρωση κυκλοφορούντων IgG αυτοαντισωμάτων έναντι ABCC3 μεταφορέας ήταν σημαντικά υψηλότερη σε γυναίκες ασθενείς με αδενοκαρκίνωμα ό, τι σε θηλυκά μάρτυρες [13].

Τα ανθρώπινα αντισώματα αποτελούνται από τέσσερις αλυσίδες, δύο ταυτόσημες βαριές αλυσίδες και δύο ταυτόσημες ελαφριές αλυσίδες. Κάθε ελαφριά αλυσίδα έχει μία μεταβλητή (V

L) και σταθερές (C

L) τομέα. Οι βαριές αλυσίδες έχουν τρεις διαφορετικές σταθερές περιοχές (C

H1, C

H2 και C

Η3) και μια μεταβλητή περιοχή (V

Η). Οι πρώτες σταθερές και μεταβλητές περιοχές σχηματίζουν το θραύσμα σύνδεσης αντιγόνου (Fab). Τα υπόλοιπα δύο σταθερά μέρη της βαρείας αλύσου σχηματίζουν την περιοχή Fc. Εντός των Fab έξι περιοχές καθορισμού συμπληρωματικότητας (CDR1, CDR2 και CDR3) βρίσκονται μεταξύ πλαισίων. Αυτές οι CDRs καθορίζουν την ειδικότητα αντιγόνου και σχηματίζουν μια επιφάνεια συμπληρωματική προς ένα σχήμα το οποίο είναι μέρος του αντιγόνου. CDRs είναι υπερμεταβλητές περιοχές του αντισώματος. [14] Τα αντισώματα, ή ανοσοσφαιρίνες, είναι εξαιρετικά σύνθετα μόρια με μεγάλη διακύμανση στην αλληλουχία αμινοξέων τους. Η πιθανή ποικιλομορφία στην ανοσοσφαιρίνες εκτιμάται μεταξύ 10

13 και 10

50 και, επομένως, η διαπίστωση παρόμοιες ή ακόμη και ταυτόσημες ακολουθίες σε διαφορετικά άτομα κατά τύχη είναι στη θεωρία, εξαιρετικά απίθανη. [14], [15] Ωστόσο, μελέτες των διαφόρων ερευνητικών ομάδων έχουν δείξει πρόσφατα ότι παρά την θεωρητικά μικρή πιθανότητα να έχουν τα ίδια αντισώματα μεταξύ των ατόμων, είναι δυνατόν να προσδιοριστούν παρόμοια ή ίδια ακολουθίες [16] – [19]. Μια μελέτη που πραγματοποιήθηκε από την εταιρεία μας έδειξαν ότι σε PNS (παρανεοπλασματική νευρολογική σύνδρομο) ασθενείς ταυτόσημες αλληλουχίες μεταλλαγμένη πρωτογενή αμινοξέων των περιοχών προσδιορισμού συμπληρωματικότητας (CDRs) υπάρχουν. Αυτές οι CDRs είναι ειδικά για γνωστές onconeural αντιγόνα, όπως HUD και Yo σε ασθενείς PNS, και το πιο ενδιαφέρον μοιράστηκαν μεταξύ διαφορετικών ασθενών PNS [20].

Ο στόχος αυτής της μελέτης είναι να βρούμε αποδείξεις ότι ειδικά πεπτίδια αντισώματος μοιράζονται μεταξύ των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα σε αντίθεση με καρκίνο του πνεύμονα-ελεύθερα άτομα. Καθώς ο καρκίνος του πνεύμονα είναι μια ετερογενής νόσος και με τη μεταβλητότητα ενός αντισώματος μπορεί να είναι μια πρόκληση για την ανίχνευση αντισωμάτων ταυτόσημα με όγκους που συνδέονται στον ορό. Εμείς πειραματικά δοκιμαστεί η υπόθεση ότι συγκεκριμένες άκρως μεταβλητές περιοχές ενός αντισώματος, συμπεριλαμβανομένων περιοχές καθορισμού συμπληρωματικότητας (CDRs) μπορούν να μοιραστούν μεταξύ των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα. πειραματική προσέγγιση μας για να ελέγξει την υπόθεση αυτή βασίζεται στην ανάλυση αλληλουχίας πεπτιδίων αντισώματος με φασματομετρία μάζας. Μέτρηση του ορού με ένα φασματόμετρο μάζας μπορεί να είναι υπερβολικά πολύπλοκη, λόγω της υψηλής μεταβλητότητας, όπως αναφέρθηκε παραπάνω. Καθαρισμό IgG Fab από τον ορό θα μειώσει την πολυπλοκότητα του δείγματος από έναν ασθενή με καρκίνο του πνεύμονα και θα δώσει τη δυνατότητα να επικεντρωθεί σε καθαρά κλάσματα αντισωμάτων.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική και Νομική Έγκριση

Η δίκη NELSON εγκρίθηκε από το Συμβούλιο Υγείας των Κάτω Χωρών, ο Υπουργός Υγείας και η Ιατρική Ηθική επιτροπές όλων των συμμετεχόντων κέντρων (αριθμός κλινικών δοκιμών ISRCTN63545820). Όλοι οι συμμετέχοντες για τη μελέτη αυτή προβλέπεται γραπτή συγκατάθεση για τη χρήση των δειγμάτων ορού τους. Ο δότης του δείγματος αναφοράς που χρησιμοποιείται σε όλη αυτή τη μελέτη με την προϋπόθεση γραπτή συγκατάθεση για τη χρήση του ορού του /της για επιστημονικούς σκοπούς, σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές της Τράπεζα Αίματος Sanquin, Ρότερνταμ, Ολλανδία.

NELSON Δίκη

Ο Nelson (Ολλανδικά-βελγική Καρκίνο του πνεύμονα Screening δίκη) δίκη έχει αρχίσει προσλήψεις το 2003 με την αποστολή ερωτηματολογίων σε 548.489 άνδρες και γυναίκες μεταξύ 50-75 ετών. Οι συμμετέχοντες έπρεπε να είναι νυν ή πρώην καπνιστές για τουλάχιστον 25 χρόνια, το κάπνισμα τουλάχιστον 15 τσιγάρα την ημέρα ή το κάπνισμα τουλάχιστον 30 χρόνια, το κάπνισμα τουλάχιστον 10 τσιγάρα την ημέρα. Από τα 548.489 αρσενικά και θηλυκά 15.822 συμμετέχοντες περιλαμβάνονται στη δοκιμή. Αυτές οι συμμετέχοντες τυχαιοποιήθηκαν σε ένα βραχίονα οθόνη ή τον έλεγχο. Ο βραχίονας ελέγχου έλαβε ελέγχου CT σε έτη 1,2 και 4. Ο βραχίονας ελέγχου δεν έλαβε καμία διαλογής (συνήθη φροντίδα). Οι συμμετέχοντες με θετικό αποτέλεσμα της δοκιμής παραπέμφθηκαν σε πνευμονολόγο. Αν ιδρύθηκε ο καρκίνος του πνεύμονα διάγνωση ο ασθενής υποβλήθηκε σε θεραπεία και πήγε διαλογής. Οι συμμετέχοντες με απροσδιόριστο αποτέλεσμα της δοκιμής υπεβλήθησαν σε μια σάρωση παρακολούθησης τρεις μήνες αργότερα. Αν είχε ληφθεί αρνητικό αποτέλεσμα της δοκιμής η αξονική τομογραφία δεύτερο γύρο είχε προγραμματιστεί για 12 μήνες αργότερα, [5], [21].

Πληθυσμός μελέτης

Για τη μελέτη αυτή, επιλέξαμε τον καρκίνο του πνεύμονα 44 περιπτώσεις και 49 ελέγχους (Συμπληρωματική Εικόνα S1) από τη δίκη προσυμπτωματικό έλεγχο του καρκίνου NELSON πνεύμονα. [5], [21] Για τις περιπτώσεις του συνόλου ανακάλυψη, NELSON 1, μόνο πρώιμο στάδιο (Ι και ΙΙ) πλακωδών κυττάρων (n = 4) ή επιλέχθηκαν αδενοκαρκινώματα (n = 21). Είχαν προσεκτικά ταιριάζουν με τους ελέγχους από την ηλικία, το φύλο, το κάπνισμα κατάσταση, τη διάρκεια και τον αριθμό των τσιγάρων που καπνίζονται ανά ημέρα, χρόνια αποφρακτική πνευμονοπάθεια (ΧΑΠ) κατάσταση, η έκθεση στον αμίαντο και τον τόπο της δειγματοληψίας αίματος (συμπληρωματικός Πίνακας S1). Τα κριτήρια επιλογής για τις περιπτώσεις του NELSON 2 (επικύρωση) που (n = 19) ήταν παρόμοια, με τη διαφορά ότι όλοι οι μη-μικροκυτταρικού καρκίνου του ιστολογία και τα στάδια της νόσου επιτράπηκε (συμπληρωματικό πίνακα S1), προκειμένου να αμφισβητήσει τα αποτελέσματα της φάσης ανακάλυψης . Επίτηδες τα κλινικά χαρακτηριστικά των ασθενών της ομάδας ελέγχου είναι ανόμοια με το 1 σετ NELSON σε σχέση με το κάπνισμα και ΧΑΠ. Ως εκ τούτου, αυτή η NELSON 2 σετ δεν συνδυάζεται με το σύνολο NELSON 1. Με τη χρήση ενός σετ δείγμα επικύρωσης (NELSON 2) επιλέγεται με τον τρόπο αυτό, μπορεί να προσδιοριστεί η αξιοπιστία της μεθόδου.

Τα δείγματα ορού συλλέχθηκαν τόσο για NELSON 1 και NELSON 2 που λαμβάνονται από τον έλεγχο αρχική τιμή CT (πρώτος γύρος) .

IgG Fab Καθαρισμός και nanoLC Orbitrap MS αναλύσεις

Πριν από όλες τις διαδικασίες προετοιμασίας του δείγματος, όλα τα δείγματα δεν γνώριζαν και το κλειδί για την αποκάλυψη του θεραπευτικού σκέλους τέθηκε στο συντονιστή της βάσης δεδομένων της δίκης NELSON. καθαρισμός IgG Fab και νανο-LC Orbitrap MS αναλύσεις διεξήχθησαν σύμφωνα με τη μέθοδο που περιγράφηκε προηγουμένως. [22] Για πιο αναλυτική περιγραφή αναφερόμαστε σε μεθόδους συμπληρωματικής S1. Εν συντομία, IgG απομονώθηκε από τον ορό και χωνεύεται σε Fab και Fc (Σχήμα 1). Το τμήμα Fab απομονώθηκε από το μίγμα υπέστη πέψη με SDS-PAGE. Οι Fab περιέχει λωρίδες γέλης αποκόπηκαν και τρυπτικά σε πέψη. Ένα κενό κομμάτι του gel που δεν φορτώθηκε με πρωτεΐνη αποκόπηκε και να αντιμετωπίζονται όπως και οι αποκοπεί μπάντες Fab για την αξιολόγηση φόντο.

Σε αυτό το διάγραμμα ροής τα διάφορα στάδια καθαρισμού Fab, μέτρηση Fab και ανάλυση των δεδομένων που απεικονίζονται. Σε κίτρινο ο καθαρισμός Fab εμφανίζεται, σε μπλε μέτρηση φασματομετρία μάζας, σε πράσινο χρώμα την ανάλυση των δεδομένων και σε ροζ τη στατιστική ανάλυση.

Η

μετρήσεις LCMS πραγματοποιήθηκαν σε ένα Ultimate 3000 σύστημα νανο LC (Thermo Fisher επιστημονική /Dionex, Άμστερνταμ, Ολλανδία) σε απευθείας σύνδεση σε συνδυασμό με μια παγίδα ιόντων υβριδικό γραμμική /Orbitrap MS (LTQ Orbitrap XL? Thermo Fisher Scientific, Βρέμη, Γερμανία). 4 μι του πέψη Fab φορτώθηκε στο σύστημα. Για περαιτέρω ρυθμίσεις και λύσεις που παραπέμπουν σε μεθόδους συμπληρωματικής S1 και τα προηγούμενα δημοσιευμένο έργο. [22] Όλα τα δείγματα τυχαιοποιήθηκαν πριν από τη μέτρηση και μετρήθηκαν σε παρτίδες των 11 δειγμάτων συμπεριλαμβανομένου ενός δείγματος αναφοράς. Ένα δείγμα αναφοράς χρησιμοποιήθηκε ως έλεγχος ποιότητας για κάθε βαθμίδα μέτρησης και ανάλυσης. Ένα τυφλό δείγμα είχε τρέξει στην αρχή και στο τέλος της μέτρησης για τον προσδιορισμό υπόβαθρο και την ύπαρξη της μεταφοράς κατά τη διάρκεια της χρωματογραφίας.

Αναλύσεις δεδομένων

Raw αρχεία δεδομένων φορτώθηκαν στο Progenesis λογισμικού ( Εικόνα 1) (Έκδοση 3.1?. Nonlineair Dynamics Ltd, New Castle, UK) και διεργασιών όπως περιγράφηκε προηγουμένως [22] Επιπλέον, πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση Progenesis όπου αντί για την ανίχνευση χαρακτηριστικών (πεπτίδιο μαζών (m /z)) σε όλα τα δείγματα ταυτόχρονα από το πρόγραμμα λογισμικού, ανίχνευσης χαρακτηριστικό διεξήχθη ξεχωριστά ανά δείγμα. Χαρακτηριστικά πήρε έτσι αντιστοιχήθηκαν με τον πίνακα αποτέλεσμα Progenesis που περιέχει όλα τα δείγματα με μάζα ανοχή 5 ppm. Αυτό ήταν πλεονέκτημα, δεδομένου ότι διαθέτει εμφανίζονται συχνά με χαμηλές εντάσεις σε ένα δείγμα και στη συνέχεια συνδυάζονται με Progenesis σε όλα τα άλλα δείγματα. Αυτό το αποτέλεσμα των σφαλμάτων που σχετίζονται με φόντο αν κάποιος παίρνει το αντίστοιχο φάσματα μάζας υπόψη. Με αυτή τη σχετική μικρή προσαρμογή διασφαλίζει ότι ένα χαρακτηριστικό που ανιχνεύεται με μεγαλύτερη ακρίβεια σε όλα τα δείγματα. Τα δεδομένα που αποκτήθηκαν από αυτήν την προσέγγιση διηθήθηκε χρησιμοποιώντας τις ίδιες προεπιλεγμένες ρυθμίσεις. [22] Ένα ξεχωριστό πίνακα δεδομένων για κάθε περίπτωση και ελέγχου δημιουργήθηκε αποτελείται από όλα τα χαρακτηριστικά με αντίστοιχες πρώτες αφθονία και τη διατήρηση του χρόνου. Για να δημιουργήσετε ένα μεγάλο πίνακα δεδομένων που περιλαμβάνει όλες τις περιπτώσεις και τους ελέγχους από αυτούς ξεχωριστά μήτρες δεδομένων, ψάξαμε μάζες από τις ξεχωριστές μήτρες δεδομένων ανά περίπτωση ή ελέγχου στην πλήρη πίνακα δεδομένων που παράγονται από το πρότυπο αναλύσεις Progenesis. Κάθε μάζα έπρεπε να πληρούν τρία κριτήρια: 1) m /z (± 5 ppm), 2) χρόνος κατακράτησης (± 1 λεπτό) και 3) ταυτόσημα χρέωση. Εάν μια μάζα πληρούνται αυτά τα τρία κριτήρια η πρώτη αφθονία από την πλήρη μήτρα (που παράγεται από μια γενική διαδικασία [22] που συνιστάται από τον κατασκευαστή) χρησιμοποιήθηκε. Αν μια μάζα δεν πληρούν αυτά τα κριτήρια μηδέν δημιουργήθηκε για την πρώτη αφθονία.

MS /MS φάσματα που προέρχονται από τα αρχεία ανεπεξέργαστα δεδομένα και να μετατραπούν σε αρχεία συμβατά με μασκότ χρησιμοποιώντας εκχύλισμα msn (μέρος Xcalibur έκδοση 2.0. 7, Thermo Fisher Scientific Inc.). Μασκότ (έκδοση 3.2.01? Matrix Science Inc., Λονδίνο, Ηνωμένο Βασίλειο) χρησιμοποιήθηκε για να εκτελέσει αναζητήσεις σε βάσεις δεδομένων ενάντια στην ανθρώπινη υποσύνολο της βάσης δεδομένων NCBInr (έκδοση 11 Μαρ

ου 2009? Homo sapiens περιορισμό των ειδών? 222,066 αλληλουχιών) της εξάγεται δεδομένα MS /MS (Σχήμα 1). Βάση Δεδομένων (NCBInr) εξαρτάται από την αναγνώριση του πεπτιδίου και

de novo

αποτελέσματα αλληλουχίας (κορυφές λογισμικού? Έκδοση 5.2? Βιοπληροφορική Solutions Inc., Waterloo, Καναδάς) έχουν επίσης συμπεριληφθεί στο Progenesis παρέχεται μήτρα. Για τις ρυθμίσεις που χρησιμοποιούνται για την αναζήτηση της βάσης δεδομένων και

de novo

αλληλουχίας αναφερόμαστε σε προηγούμενη δημοσιευμένη εργασία και οι μέθοδοι S1. [22] για

de novo

ακολουθίες μέχρι στιγμής δεν είναι γνωστό από μια βάση δεδομένων, οι κορυφές λογισμικό προσδιορίζει ένα λευκίνης για την ισοβαρή αμινοξέα λευκίνη και ισολευκίνη. Database αποτελέσματα εξαρτώνται από την αναγνώριση πεπτιδίου ή

de novo

Αποτελέσματα αλληλούχισης συμπεριλήφθηκαν στη μήτρα με βάση την υψηλότερη βαθμολογία πεπτίδιο ταυτότητας (Data S1, S2 και δεδομένων Data S3). Όλες οι πεπτιδικές αλληλουχίες από τις περιπτώσεις και τους ελέγχους που προσδιορίζονται από Mascot ή κορυφές στη συνέχεια ευθυγραμμίζεται με βάσεις δεδομένων που περιέχουν V, D, J ή C-περιοχή αλληλουχίες βλαστικής σειράς που προέρχονται από τη βάση δεδομένων IMGT (IMGT, το http διεθνές Immunogenetics σύστημα πληροφόρησης: //www.imgt. org) χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο BLAST (Εικόνα 1). [23] τα πεπτίδια με επαρκή παιχνίδι (bitscore ≥12.5 και ευθυγράμμιση στείλει ≥70%) με τη βάση δεδομένων V-περιοχή αποδόθηκαν σε μια θέση επί του μορίου της ανοσοσφαιρίνης με διάφορες CDR μήκη (Data S1, S2 και δεδομένων Data S3).

Raw αρχεία δεδομένων των δειγμάτων αναφοράς του κάθε σύνολο δεδομένων ξεχωριστά φορτώνονται στο λογισμικό Progenesis και ακολούθησε τις τυπικές διαδικασίες, όπως αναφέρεται ανωτέρω. Για να προσδιοριστεί η αναλογία της διακύμανσης μεταξύ των μετρήσεων δείγματος αναφοράς εκτελείται σε διαφορετικά χρονικά σημεία, διάμεσος r τετραγώνων υπολογίστηκαν για κάθε δείγμα. Κάθε δείγμα σε σύγκριση με όλα τα άλλα δείγματα αναφοράς, μετρούμενη σε αυτό το σύνολο δεδομένων και διάμεση r-τετράγωνο υπολογίστηκε για κάθε δείγμα. Η σύγκριση έγινε με βάση την ακατέργαστη αφθονία του κάθε χαρακτηριστικό. Αυτό έγινε χωριστά για τα δύο ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων, NELSON 1 και NELSON 2 (Πίνακας S2a και S2B).

Για να προσδιοριστεί το ποσοστό της διακύμανσης (Σχήμα 1) μεταξύ των δειγμάτων (περιπτώσεις και έλεγχοι) των δύο χωριστά σύνολα δεδομένων , οι ίδιες οι υπολογισμοί πραγματοποιήθηκαν όπως περιγράφεται παραπάνω για κάθε δείγμα υπόθεση και ελέγχου. Η ανάλυση αυτή πραγματοποιήθηκε χωριστά για τα δύο σύνολα δεδομένων (Πίνακας S2C και S2d). Με βάση την κατανομή των διάμεσου r-πλατείες του κάθε δείγματος, αποφασίσαμε να ορίσετε ένα cut-off στο R-τετράγωνο & gt? 0,70. Οι περιπτώσεις και οι έλεγχοι που έλαβε μέση r-τετράγωνο κάτω από 0.70 αποκλείστηκαν από το σύνολο δεδομένων και περαιτέρω αναλύσεις. Οι υπολογισμοί έγιναν με τη χρήση του Microsoft Excel 2007.

Στατιστική Ανάλυση

Δύο ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων έχουν χρησιμοποιηθεί, NELSON 1 και NELSON 2. Το αρχικό βήμα στη στατιστική ανάλυση αποτελούνταν από τις δοκιμές για ομαλότητα χρησιμοποιώντας ασυμμετρία και τα χαρακτηριστικά της διανομής κύρτωσης από την ένταση του ακατέργαστου αφθονία των χαρακτηριστικών [24].

στη συνέχεια, μονοπαραγοντική ανάλυση διεξήχθη, με την εφαρμογή είτε μη ζευγαρωμένο t-test (παραμετρική) ή ενός Mann-Whitney U-test ( μη-παραμετρική) για την ανίχνευση σημαντικές διαφορές στις πρώτες αφθονία μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων στο σύνολο NELSON 1. [25] το όριο σημαντικότητας ορίστηκε στο 0,05 (δύο όψεων). Όλα προσδιορίζονται τα χαρακτηριστικά που βρέθηκαν σημαντικά διαφορετικές χρησιμοποιήθηκαν για την επιλογή των χαρακτηριστικών να διακρίνει τους ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα από τους ελέγχους.

Δεύτερον, θα χρησιμοποιηθεί για πολυπαραγοντική ανάλυση μόνο τα σημαντικά εντοπίστηκαν χαρακτηριστικά που είχε ≥2 προκάλεσε MS φάσματα. Εφαρμόσαμε μια πολυπαραγοντική ανάλυση με τα χαρακτηριστικά που πληρούν τα κριτήρια αυτά με ένα (logistic) σταδιακό μοντέλο παλινδρόμησης (y = a

1 × 1 + ένα

2 × 2 + α

3 × 3 … .ένα

nx

ν + γ) σε συνδυασμό με την κανονική ανάλυση γραμμικής διακρίνουσας (Πίνακας S3a). [26], [27] Αυτό οδήγησε σε ένα συνδυασμό χαρακτηριστικών με υψηλή ευαισθησία και ειδικότητα στη δέσμη στοιχείων NELSON 1. Αυτός ο συνδυασμός χαρακτηριστικών στη συνέχεια δοκιμάζεται στην NELSON 2 σύνολο δεδομένων χρησιμοποιώντας την ίδια μεθοδολογία όπως περιγράφεται παραπάνω. [26], [27] Σημειώστε ότι για την NELSON 2 σύνολο δεδομένων ήταν αναγκαίο για τη βελτιστοποίηση των συντελεστών στην εξίσωση μοντέλο προκειμένου (Πίνακας S3b ) για τη βελτιστοποίηση της ευαισθησίας και της ειδικότητας στην NELSON 2 σύνολο δεδομένων.

για να αποφεύγεται το φαινόμενο του τυχαίου σφάλματος στην μοντελοποίηση, διαπιστώσαμε το στατιστικό υπόβαθρο του συνδυασμού των χαρακτηριστικών σε ένα παραλλαγμένο σύνολο δεδομένων. Η αξιολόγηση φόντο αποτελούνταν από την ίδια ροή εργασίας που χρησιμοποιείται για την κατασκευή μοντέλων, εκτός από το ότι στην αρχή η ανάθεση των υποθέσεων και των ελέγχων του Νέλσον 1 ήταν παραλλαγμένο (Εικόνα S2). Αυτό μετάθεση πραγματοποιήθηκε δώδεκα φορές και τα αποτελέσματα που λαμβάνονται δοκιμάστηκαν για σημαντικότητα έναντι του μοντέλου έκβαση με z-test (μονόπλευρη? Ρ & lt? 0,05). Από μοντέλο κτιρίου βασίστηκε στα δεδομένα που παρέχονται στο NELSON 1 μετά από την οποία η επικύρωση αυτού του μοντέλου έγινε χρησιμοποιώντας τα δεδομένα σε Nelson 2, η ίδια προσέγγιση ελήφθη μετά από κάθε άτομο μετάθεση. Επίσης εδώ, σημειώστε ότι για NELSON 2 σετ δεδομένων είχαν βελτιστοποιηθεί οι συντελεστές στην εξίσωση του μοντέλου.

Όλες οι αναλύσεις με το μοντέλο του κτιρίου, την επικύρωση και φόντο την αξιολόγηση έγιναν χρησιμοποιώντας STATA, έκδοση 12 (StataCorp, Τέξας, ΗΠΑ). Καθ ‘όλη τη μελέτη, με τη χρήση δύο όψεων δοκιμών (εκτός για μονόπλευρη δοκιμασία για Ζ-τιμές), ρ-τιμές 0,05 ή χαμηλότερη θεωρήθηκαν ότι είναι στατιστικά σημαντική. Οι στατιστικές αναλύσεις των δεδομένων που φαίνονται στον Πίνακα S1 δημιουργήθηκαν με SPSS (IBM SPSS Statistics 20). Ο χρόνος για τον καρκίνο παρήχθη με τον υπολογισμό του χρονικού διαστήματος μεταξύ της δειγματοληψίας και τη διάγνωση του αίματος για κάθε περίπτωση.

Αποτελέσματα

Κλινικά Χαρακτηριστικά της Πληθυσμός μελέτης

Δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στην τα κλινικά χαρακτηριστικά μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων στην NELSON 1 σετ (Πίνακας S1). Στο σύνολο NELSON 2, νυν ή πρώην καπνιστής και ΧΑΠ κατάσταση διέφερε σημαντικά μεταξύ ασθενών και μαρτύρων (Πίνακας S1). Σε 72% και 84% των περιπτώσεων του συνόλου NELSON 1, και σετ NELSON 2, αντίστοιχα, το χρονικό διάστημα μεταξύ δειγματοληψίας αίματος και τη διάγνωση του καρκίνου του πνεύμονα ήταν μεταξύ 0-1,5 χρόνια. Η διάμεση διάρκεια παρακολούθησης μετά τη δειγματοληψία αίματος ήταν για τον πληθυσμό ελέγχου 1.925 ημέρες (εύρος 1075-2086 ημέρες) και 1861 ημέρες (εύρος 347 με 2135) στο NELSON 1 σετ και σετ NELSON 2, αντίστοιχα. Κανένας από τους ελέγχους που ανέπτυξε καρκίνο του πνεύμονα κατά τη διάρκεια της περιόδου παρακολούθησης.

Τεχνική Παραλλαγή

Κατά τη διάρκεια των μετρήσεων φασματομετρία μάζας των βιολογικών δειγμάτων μετρήθηκε ένα δείγμα αναφοράς σε διαφορετικά χρονικά σημεία. R-τετράγωνο τιμές υπολογίσθηκαν από τις αφθονίες των πρωτεϊνών προσδιορίζονται σε κάθε μέτρηση αναφοράς για να δείξει την τεχνική αναπαραγωγιμότητας. Το χαμηλότερο r-τετράγωνο τιμή που παρατηρείται στις διάφορες μετρήσεις κυμάνθηκε μεταξύ 0,84 και 0,93 (Σχήμα 2).

δείγμα αναφοράς, μετρούμενη σε διαφορετικά χρονικά σημεία κατά τη διάρκεια της μέτρησης του συνόλου του δείγματος NELSON 1. Ένα αντίγραφο του δείγματος αναφοράς (χ-άξονας) συγκρίθηκε με το άλλο δείγμα αντίγραφο με βάση την ακατέργαστη αφθονία του κάθε χαρακτηριστικό. υπολογίστηκε ένα R-τετράγωνο αξίας. Κάθε τελεία αντιπροσωπεύει μια τιμή R-τετράγωνο (άξονας γ) για τη σύγκριση του εν λόγω ειδικού επαναληπτικές με ένα άλλο αντίγραφο. Για κάθε αναπαράγουν το μέσο r-τετράγωνο και η τυπική απόκλιση (SD) εμφανίζεται.

Η

Πραγματοποιήσαμε τον ίδιο υπολογισμό r-τετράγωνο για 5 τυχαία βιολογικά δείγματα που λαμβάνονται από το σύνολο NELSON 1 που μετρήθηκαν σε δύο διαφορετικές LC-στήλες (ίδια παρτίδα) σε διαφορετικά χρονικά σημεία. Η τεχνική αναπαραγωγιμότητας μέσα σε κάθε στήλη είχε ως αποτέλεσμα χαμηλότερες r-τετράγωνο τιμές που κυμαίνονται από 0.75-0.93, αλλά η τεχνική επαναληψιμότητα των πέντε βιολογικών δειγμάτων που μετρώνται σε δύο ανεξάρτητους παρόμοιες στήλες ήταν χαμηλότερη. Για τις δύο ανεξάρτητες παρόμοιες στήλες παρατηρήθηκε διάμεση r-τετράγωνο του 0,52. Στο Σχήμα 3, η συσχέτιση μεταξύ κάθε δείγματος και μεταξύ στήλες φαίνονται.

Αυτή δενδρόγραμμα δείχνει τη συσχέτιση μεταξύ πέντε διαφορετικών βιολογικών δειγμάτων μετρήθηκε σε δύο διαφορετικές στήλες από ίδια παρτίδα, στήλη 1 και στήλη 2 (γ-άξονας). Στον άξονα γ είναι οι πέντε διαφορετικά δείγματα απεικονίζεται. Δείγμα 1-5 μετρώνται επί στήλης 1 και 6-10 μετρώνται σε στήλη 2. Δείγμα 1 και 6 είναι από το ίδιο άτομο. Αυτό ισχύει επίσης και για το δείγμα 2 και 7, 3 και 8, 4 και 9 και 5 και 10. επί του Χ-άξονα η Ευκλείδεια απόσταση μεταξύ του κάθε δείγματος φαίνεται. Μια ισχυρή συσχέτιση ανά στήλη βρίσκεται

Η

Στο σχήμα 4Α οι χρόνοι κατακράτησης φαίνονται για τα πεπτίδια που προσδιορίζονται με υψηλή εμπιστοσύνη (βαθμολογία μασκότ & gt? 60). Στα δείγματα αναφοράς μετράται ταυτόχρονα και με τα δύο NELSON 1 και NELSON 2. Αυτό το σχήμα δείχνει ότι η απόδοση της στήλης ήταν συγκρίσιμη μεταξύ των δύο διαφορετικές στήλες LC για αυτά τα άφθονα πεπτίδια (r-τετράγωνο 0.996). Επιπλέον, οι αφθονίες παρακολουθούνται για αυτές πεπτίδιο συσχετίζονται επίσης καλά (Σχήμα 4Β? R-τετράγωνο 0.995). Αυτό υποδηλώνει ότι τόσο η χρωματογραφία και φασματομετρία μάζας εκτελέστηκε ονομαστικά, τουλάχιστον για τα πεπτίδια αναγνωρίζονται με υψηλή εμπιστοσύνη σε σχετικά μεγάλη αφθονία. Έτσι, η τεχνική παραλλαγή βλέπουμε προέρχεται κυρίως από πεπτίδια σε χαμηλότερες αφθονίες, πιο κοντά στα όρια ανίχνευσης (Σχήμα S3).

Για δείγματα αναφοράς που μετρήθηκαν κατά τη διάρκεια τόσο NELSON 1 και 2 NELSON, συγκρίναμε τα πεπτίδια που ήταν ταυτίζεται με υψηλή εμπιστοσύνη από την αναζήτηση μασκότ με βαθμολογία πάνω από 60 και στις δύο σειρές. Για αυτό το υποσύνολο των πεπτιδίων, συγκρίναμε τους χρόνους κατακράτησης που παρατηρήθηκαν σε Nelson 1 και Nelson 2 (Α) και επίσης αφθονία τους (Β). Για αυτές τις παραμέτρους παρατηρήσαμε r-τετράγωνο τιμές των 0,996 και 0,995, αντίστοιχα.

Η

Μια εκτίμηση της βιολογικής διακύμανσης έγινε και οδήγησε σε μέση r-τετράγωνο του 0,43. Αυτό το αποτέλεσμα ήταν πολύ χαμηλότερη από το χαμηλότερο r-τετράγωνο (0.84) που παρατηρήθηκε για την τεχνική παραλλαγή. Ως εκ τούτου, η βιολογική διακύμανση είναι υψηλότερη σε σύγκριση με την τεχνική μεταβολή.

Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι πρέπει να ληφθούν τεχνική παραλλαγή υπόψη και ρύθμιση είναι απαραίτητη για τη σύγκριση των ανεξάρτητα μετριέται σύνολα δειγμάτων από το σύνολο δεδομένων NELSON 1 και 2 ήταν NELSON μετρώνται σε δύο διαφορετικές στήλες σε διαφορετικά χρονικά σημεία. Για να ξεπεραστεί αυτό το τεχνικό παραλλαγή, εφαρμόσαμε μια σειρά φίλτρων για τα δεδομένα πριν θα μπορούσαμε να ξεκινήσει μια ανάλυση των δεδομένων, όπως περιγράφεται στο Υλικά & amp? ενότητα Μέθοδοι.

Με αυτά τα δεδομένα μπορούμε πραγματοποιηθεί ξεχωριστή μονοπαραγοντική ανάλυση για όλα τα πεπτίδια που βρίσκονται στις περιπτώσεις και τους ελέγχους από την ξεχωριστή συλλογή δεδομένων NELSON 1 και ο Νέλσον 2. Ήμασταν σε θέση να παρατηρήσουμε 49 πεπτίδια που διέφεραν σημαντικά μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων στο σύνολο δεδομένων NELSON 1. Ωστόσο, αυτά τα πεπτίδια, με μία εξαίρεση, δεν δείχνουν τη διαφορά αυτή στο NELSON 2 σύνολο δεδομένων. Δεν υπήρχε τάση που παρατηρείται (r-τετράγωνο 0.004) σε p-τιμές για τις δύο ομάδες δεδομένων. Ως εκ τούτου, ο έλεγχος univariately με αυτόν τον τρόπο ήταν είτε δεν είναι η σωστή στρατηγική ανάλυση ή η διαδικασία που δημιουργείται τυχαία επιλεγμένα χαρακτηριστικά (πιθανότητα). Ως εκ τούτου, οι σημαντικές πεπτίδια από NELSON 1 αναλύθηκαν ως επόμενο βήμα σε μια πολυμεταβλητή τρόπο.

Μοντέλο αντισωμάτων πεπτιδίων

Ένα βέλτιστο συνδυασμό των 12 πεπτιδίων που προσδιορίζονται από τις πολυμεταβλητή στατιστικά στοιχεία που χρησιμοποιούνται για την NELSON 1 σετ (σετ ανακάλυψη). Αυτός ο συνδυασμός των πεπτιδίων θα μπορούσε να διακρίνει τους ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα από τους ελέγχους με ευαισθησία και ειδικότητα 96% και 100%, αντίστοιχα. Αυτό το μοντέλο πεπτίδιο αντίσωμα ήταν σε θέση να ανιχνεύσει τον καρκίνο του πνεύμονα 373 ημέρες κατά μέσο όρο (εύρος 39-1193 ημέρες) πριν από προσδιορίστηκε η διάγνωση. Στο Σχήμα 5 δείχνουμε ότι ο συνδυασμός των 12 πεπτιδίων ήταν σε θέση να διακρίνουν τις περιπτώσεις από τους ελέγχους. Τα 12 πεπτίδια αντιστοιχούσαν σε 1 αλληλουχία επικαλυπτόμενων με την περιοχή CDR2, 1 αλληλουχία επικαλυπτόμενων CDR3 περιοχή, 7 αλληλουχίες που επικαλύπτουν την περιοχή πλαισίου 1 και 3 αλληλουχίες που επικαλύπτουν με την περιοχή πλαισίου 3 σύμφωνα με τη βάση δεδομένων IMGT (Πίνακας 1).

Οι πρώτες αφθονία συμπληρωμένη στην εξίσωση μοντέλο (y = a

1 × 1 + ένα

2 × 2 + α

3 × 3 … .ένα

nx

ν + γ ) του σχετικού συνόλου του δείγματος. Από την y-άξονα (σε αυθαίρετες μονάδες) τα στοιχεία που προκύπτουν από την εξίσωση που φαίνεται.

Η

Πραγματοποιήσαμε μια εξωτερική επικύρωση της (επικύρωση) σετ NELSON 2. Όταν εφαρμόζεται το ίδιο μοντέλο 12 πεπτίδιο σε αυτό το σύνολο, τις περιπτώσεις και τους ελέγχους δεν μπορούσε πλέον να διακριθούν. Ωστόσο, με τα ίδια τα πεπτίδια, αλλά μετά την εκ νέου βελτιστοποίηση των συντελεστών μοντέλο, παρατηρήσαμε μια ευαισθησία και ειδικότητα 84% και 90%, αντίστοιχα. Καθώς οι συντελεστές της εξίσωσης ρυθμίστηκε είχαμε να ελέγξει για την ευκαιρία υπερπροσαρμογής των δεδομένων. Ως εκ τούτου, μια αξιολόγηση φόντο Διεξήχθη η οποία θα περιγραφεί αργότερα. Εντός της επικύρωσης NELSON 2 που ο συνδυασμός των πεπτιδίων ήταν σε θέση να ανιχνεύσει τον καρκίνο του πνεύμονα 281 ημέρες κατά μέσο όρο (εύρος 54 έως 777 ημέρες) πριν από τη διάγνωση του καρκίνου του πνεύμονα.

Συγκρίναμε την ακατέργαστη αφθονία των 12 πεπτιδίων μεταξύ οι δύο NELSON σύνολα δεδομένων. Παρατηρήσαμε ότι ο μέσος όρος των πρώτων αφθονία των πέντε πεπτιδίων ήταν υψηλότερη στις περιπτώσεις που σε σύγκριση με το μέσο όρο της αφθονίας των ελέγχων από το σύνολο δεδομένων NELSON 1. Τα δεδομένα αυτά ήταν συνεπή με τα ευρήματα από την NELSON 2 σύνολο δεδομένων (Πίνακας S4). Τα άλλα επτά πεπτίδια είχαν υψηλότερο μέσο όρο των πρώτων αφθονία στους ελέγχους του συνόλου δεδομένων NELSON 1 σε σύγκριση με την αφθονία στις περιπτώσεις αυτού του συνόλου δεδομένων. Για ένα μόνο από αυτά τα επτά πεπτίδια, η διαφορά αυτή θα μπορούσε να επιβεβαιωθεί στο NELSON 2 σύνολο δεδομένων (Πίνακας S4).

Ιστορικό αξιολόγηση του μοντέλου αντισωμάτων πεπτιδίων

Εκτός από τη διαπίστωση του βέλτιστου συνδυασμού πεπτιδίων που διακρίνεται σημαντικά περιπτώσεις από ελέγχους, πραγματοποιήθηκε μια ανάλυση φόντο. Δεδομένου ότι οι συντελεστές της εξίσωσης του μοντέλου προσαρμόστηκαν για κάθε σύνολο δεδομένων που επαληθεύονται τα αποτελέσματα για συνεισφορά της τυχαίας επιλογής των δεδομένων και ως εκ τούτου την πιθανότητα να βρουν ένα συγκρίσιμο μοντέλο από την τύχη. Η ίδια ροή εργασίας εφαρμόστηκε για την κατασκευή μοντέλο εκτός από το ότι κατά την έναρξη της ροής εργασίας οι περιπτώσεις και οι έλεγχοι του Νέλσον 1 ήταν παραλλαγμένα τυχαία (Εικόνα S2). Ανακάλυψη έγινε στις 12 φορές παραλλαγμένο NELSON 1 σύνολα δεδομένων, κάθε φορά με 12 διαφορετικά πεπτίδια που δείχνει τη χαμηλότερη τιμή p (p & lt? 0,05) στο σύνολο NELSON 1 για τη συγκεκριμένη μεταλλαγή. Επικύρωση των μοντέλων αυτών πραγματοποιήθηκε σε NELSON 2. Η απόδοση του πολυμεταβλητή μοντέλο των παραλλαγμένα συνόλων ανακάλυψη (Nelson 1) παρουσιάζεται στο Σχήμα 6Α (μπλε κουκκίδες) όπου η ευαισθησία συναρτήσει της ειδικότητας. Η αντίστοιχη ισχύς στα σύνολα επικύρωσης (NELSON 2) φαίνεται στο Σχήμα 6Β (μπλε κουκκίδες). Έτσι, κάθε σημείο στην εικόνα 6Α (μπλε κουκίδα) αντιστοιχεί με το σημείο (μπλε κουκίδα) στο Σχήμα 6Β. Επίσης, η απόδοση που διαπιστώθηκε για τις πραγματικές σύνολα δεδομένων στα οποία βρέθηκε το μοντέλο πεπτίδιο αντίσωμα χαράσσεται (red dot). Μπορεί να παρατηρηθεί ότι η πολυμεταβλητή τοποθέτηση από τα παραλλαγμένα σύνολα δεδομένων παράγει λογικές μοντέλα ακόμα και για παραλλαγμένο δεδομένων στο σύνολο της ανακάλυψης.

Δώδεκα φορές την μετάθεση (Ιστορικό) πραγματοποιήθηκε στο NELSON 1 και NELSON 2 σύνολο δεδομένων. Η ευαισθησία και η ειδικότητα του μοντέλου πεπτιδίου αντισώματος εμφανίζονται με κόκκινο χρώμα. εκτίμηση Ιστορικό: Α) Δώδεκα πίστες μετάθεση δεικνύεται με την αντίστοιχη ευαισθησία και η ειδικότητα της NELSON 1 σύνολο δεδομένων (μπλε). Τα ίδια 12 πεπτίδια που βρέθηκαν στην αξιολόγηση φόντο NELSON 1 ελέγχθηκαν σε Nelson 2. Β) Τα τρεξίματα 12 δείχνεται με την αντίστοιχη ευαισθησία και την εξειδίκευση του NELSON 2 σύνολο δεδομένων (μπλε). Σημείωση, όπως ορισμένα αποτελέσματα της ανάλυσης φόντο συνέβη περισσότερο από μία φορά, ένας τυχαίος αριθμός μεταξύ -1 και 1 προστέθηκαν σε κάθε αριθμό ευαισθησία και ειδικότητα για να βεβαιωθείτε ότι κάθε ανάλυση (μπλε κουκίδα) μπορεί να δει κανείς στην εικόνα.

Ωστόσο, ιδιαίτερα στα σύνολα δεδομένων επικύρωσης, τα πραγματικά δεδομένα (αντίσωμα μοντέλο πεπτίδιο) απέδωσαν σημαντικά καλύτερα (ρ & lt? 0,05) από ό, τι τα παραλλαγμένα σύνολα δεδομένων, γεγονός που υποδηλώνει ότι τα πεπτίδια ανοσοσφαιρίνης τρέφουν πληροφορίες σχετικά με την κατάσταση της νόσου του ασθενούς. Έτσι, τα αποτελέσματα που λαμβάνονται δεν προέρχονται από ένα τεχνούργημα στην επεξεργασία των δεδομένων.

CT Προβολή αποτελεσμάτων σε Nelson 1 και NELSON 2 Σύνολο δεδομένων

Στο Σχήμα 7Α και 7Β τα αποτελέσματα ελέγχου της βασικής γραμμής οι αξονικές τομογραφίες δείχνονται για το σετ NELSON 1 και NELSON 2, αντίστοιχα. Σύμφωνα με το πρωτόκολλο ελέγχου της δίκης Nelson, μια επανάληψη αξονική τομογραφία πραγματοποιήθηκε μετά από αόριστο αποτέλεσμα εξέτασης, περίπου 3 μήνες αργότερα.

Αποτελέσματα αξονική τομογραφία του Α) NELSON 1 και Β) NELSON 2 σετ δειγμάτων είναι εμφανίζονται κατά τη στιγμή της αιμοληψίας (Baseline). Επίσης, CT αποτελέσματα φαίνονται από την αξονική τομογραφία παρακολούθησης μετά από περίπου τρεις μήνες (Συνέχεια). Για μία περίπτωση από το 1 σετ NELSON δεν Follow-up CT scan αποτέλεσμα ήταν διαθέσιμο. Η τελευταία γραμμή αντιπροσωπεύει τον αριθμό των θετικών, απροσδιόριστο και τα αρνητικά αποτελέσματα αξονική τομογραφία της βασικής γραμμής συμπεριλαμβανομένων των αποτελεσμάτων της παρακολούθησης.

Η

Παρατηρήσαμε ότι το 68% των περιπτώσεων είχαν θετικό αποτέλεσμα εξέτασης τόσο στο NELSON 1 και ο Νέλσον 2 σετ κατά τους πρώτους τρεις μήνες του προγράμματος προσυμπτωματικού ελέγχου, οι άλλοι καρκίνοι του πνεύμονα είχαν διαγνωστεί μετά από μια άλλη επανάληψη αξονική τομογραφία μετά από 3 μήνες ή κατά τη διάρκεια του δεύτερου γύρου διαλογής. Μετά από κατά μέσο όρο 367 ημέρες (εύρος 39 έως 1.193 ημέρες) για NELSON 1 και 269 ημέρες (εύρος 54-777 ημέρες) για NELSON 2, το αποτέλεσμα εξέτασης ήταν θετικό, δηλαδή υποπτεύονται για τον καρκίνο του πνεύμονα και με αποτέλεσμα την κλινική εργασία-up από τον πνευμονολόγο