Αφηρημένο

Υπάρχει επείγουσα ανάγκη να αποσπάσει και την επικύρωση άκρως αποτελεσματική στόχους για συνδυαστική παρέμβαση μεγάλης κλίμακας συνεχιζόμενες προσπάθειες μοριακό χαρακτηρισμό των όγκων. Έχουμε δημιουργήσει μια in silico βιοπληροφορικής πλατφόρμα σε συνεννόηση με μια πλατφόρμα διαλογής υψηλής απόδοσης αξιολόγηση 37 νέων στοχευμένων παραγόντων σε 669 εκτενώς χαρακτηρίζεται καρκινικές κυτταρικές σειρές που αντικατοπτρίζουν την γονιδιωματική και τύπου ιστού ποικιλομορφία των ανθρώπινων καρκίνων, για τον εντοπισμό συστηματικά συνδυαστική βιοδείκτες της ανταπόκρισης και συν-προσφυγής στόχους στον καρκίνο. Γονιδιωματικής βιοδεικτών που ανακαλύφθηκε σε μια 141 κυτταρική σειρά κατάρτισης γραμμή επικυρώθηκαν σε ένα ανεξάρτητο σύνολο δοκιμής της γραμμής 359 κυττάρων. Εντοπίσαμε συνυπάρχουσες και αλληλοαποκλείονται γονιδιωματικής γεγονότα που αντιπροσωπεύουν το δυναμικό τους οδηγούς και συνδυαστικής στόχων στον καρκίνο. Έχουμε αποδείξει πολλαπλών συνεργαζόμενων γονιδιωματικής γεγονότα που προβλέπουν την ευαισθησία με την παρέμβαση των ναρκωτικών ανεξάρτητα από την καταγωγή του όγκου. Η σύζευξη των επεκτάσιμη in silico και βιολογικό υψηλής απόδοσης πλατφόρμες καρκινικής κυτταρικής σειράς για την αναγνώριση του κοινού γεγονότα στον καρκίνο του παραδίδει την ορθολογική συνδυαστική στόχους για τα συνθετικά θανατηφόρο προσεγγίσεις με υψηλό δυναμικό να προκαταλάβει την εμφάνιση της αντίστασης.

Παράθεση: Tabchy Α, Eltonsy Ν, Housman DE, Mills GB (2013) συστηματικός εντοπισμός των Συνδυαστική Οδηγοί και Στόχοι σε γραμμές καρκινικών κυττάρων. PLoS ONE 8 (4): e60339. doi: 10.1371 /journal.pone.0060339

Επιμέλεια: Mark Isalan, Κέντρο Genomic κανονισμού, Ισπανία

Ελήφθη: 25 του Οκτωβρίου 2012? Αποδεκτές: 25 Φλεβάρη του 2013? Δημοσιεύθηκε: 5η του Απριλίου 2013

Copyright: © 2013 Tabchy et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας (NIH) U54 CA112970 να GBM (https://www.nih.gov/), επιχορήγηση Komen Promise (KG08109903) για να GBM και επιχορήγηση Komen Πρωτεϊνωματική Discovery (FAS0703849) με την AT και GBM (http : //ww5.komen.org/), ένα πρόγραμμα της βιομηχανίας της ψυχαγωγίας Ιδρύματος SU2C-AACR-DT0209 01 επιχορήγηση για GBM (https://www.standup2cancer.org/), και η υποστήριξη από την GSK να GBM (http: //www.gsk.com/). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. GBM έλαβε χορηγία της έρευνας από την GSK για τον προσδιορισμό μοριακών δεικτών πρόβλεψη της ανταπόκρισης στους αναστολείς PI3K οδού. GBM έχει την υποστήριξη από την Εξέλιξη, Celgene, Wyeth και Astra Zeneca να καθορίσει ανταπόκριση σε φάρμακα που δεν συμμετέχουν σε αυτή τη μελέτη. GBM είναι στην ογκολογία Advisory Board της Astra Zeneca. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών. Οι άλλοι συγγραφείς δηλώνουν δεν ανταγωνιστικών συμφερόντων.

Εισαγωγή

Μια σημαντική νέα πρόκληση που διαφαίνεται στον απόηχο του τσουνάμι των δεδομένων που παράγονται από τις προσπάθειες για να χαρακτηρίσει τους όγκους σε μοριακό επίπεδο (π.χ. ο καρκίνος Γονιδιώματος Atlas [ ,,,0],TCGA] (https://www.cancergenome.nih.gov) και το Διεθνές Cancer Genome Consortium [ICGC] (https://www.icgc.org)) είναι το πώς να αξιοποιήσουν τα δεδομένα και να το μεταφράσει σε βελτιωμένες κλινικές εκβάσεις, από προσδιορισμό της μοριακής βάσης του καρκίνου σε μεμονωμένους ασθενείς και στη συνέχεια χρήση αυτών των μοριακών αλλοιώσεων ως στόχοι για αποτελεσματική παρέμβαση. Την ίδια στιγμή, η μείωση του κόστους αλληλούχισης που οδηγεί στο

εκδημοκρατισμός

μοριακών δοκιμών είναι ήδη καταλήγοντας σε πολλούς ασθενείς που έχουν όγκους τους πληκτρολογούνται σε μοριακό επίπεδο. Οι προσπάθειες χαρακτηρισμό του όγκου δεν είναι πλέον περιορίζει την ταχύτητα? μάλλον πώς να ερμηνεύσει και να «δράσουν» για τα δεδομένα είναι πλέον ο κύριος περιοριστικός παράγοντας. Αυτές οι προκλήσεις πρέπει να ξεπεραστούν πριν από αναδυόμενες τεχνολογικές εξελίξεις στον χαρακτηρισμό των όγκων μπορεί να προσφέρει τη μέγιστη κλινική σημασία. Ένα βασικό βήμα στη διαδικασία είναι η ταυτοποίηση βιοδεικτών που θα προβλέψουν την ανταπόκριση στη θεραπεία και την ανάλυσης της προσφυγής οδήγηση μοριακή εκτροπές από το θόρυβο. Οι προκλήσεις αυτές μπορούν να λυθούν με την εφαρμογή αλγορίθμων που βοηθούν στην ανάλυση των δεδομένων, παράλληλα με την ίδρυση μεγάλης κλίμακας συστήματα εξανθρωπισμένο μοντέλο για υψηλής απόδοσης ανακάλυψη στόχο και επικύρωσης που θα ενημερώσει, επίσης, μια επιταχυνόμενη ανάπτυξη φαρμάκων και τη διαδικασία κλινική δοκιμή. Στιβαρή πρόβλεψης βιοδείκτες για συνδυαστικής μοριακής ιατρικής χρειάζονται επειγόντως να αλλάξει την κλινική δοκιμή του τοπίου από την τρέχουσα κατάσταση των χαμηλών θεραπευτική αποτελεσματικότητα σε μεγάλες κλινικές δοκιμές και μη επιλεγμένους πληθυσμούς, με υψηλή αποτελεσματικότητα μικρές κλινικές δοκιμές εμπλουτίζεται για τους πληθυσμούς-στόχους. Αυτή η προσέγγιση έχει τη δυνατότητα να κάνει κλινικές δοκιμές μικρότερα, ταχύτερα και φθηνότερα, αυξάνοντας παράλληλα τα οφέλη για μεμονωμένους ασθενείς.

Μέχρι στιγμής μόνο βιοδείκτες οδηγείται παρεμβάσεις είχαν περιορισμένη επιτυχία στην κλινική. Αρχικές επιτυχίες με στοχευμένες θεραπευτικές ουσίες σε «ογκογονίδιο-εθισμένος» όγκους [1] – [4] (π.χ. imatinib σε CML? Αναστολείς BRAF σε μελάνωμα) έχουν μετριαστεί από την υλοποίηση μιας σειράς περιορισμών: (1) εμφάνιση της αντοχής λόγω ετερογένεια του καρκίνου, με προϋπάρχουσα κλώνων αποδεικνύοντας διακύμανση του μοριακού στόχου οδηγεί σε κλινική αντοχή (κλωνική επιλογή)? (2) αρχική αντίσταση των όγκων λόγω της συν-μετάλλαξη σε ένα μονοπάτι αντίσταση? και (3) την αντίσταση λόγω ομοιοστατική βρόχους ανάδρασης που επαναφέρει τη βασική σταθερή κατάσταση διαταράσσεται από την στοχευμένη παρέμβαση [2] – [6]. Έτσι, φαίνεται ότι μόνο βιοδείκτες ή /και παρεμβάσεις μπορεί να έχουν περιορισμένες δυνατότητες για επιτυχία στην κλινική. Με τον ίδιο τρόπο που διαχειριζόμαστε απειλητικές για τη ζωή βακτηριακές ή ιογενείς λοιμώξεις (π.χ. φυματίωση, Human Immunodeficiency Virus) με πολλαπλές ταυτόχρονες αντιβιοτικά [7] – [9], η επιτυχής θεραπεία για τον καρκίνο, η οποία έχει όλα τα ευελιξία και την ευρωστία του ευκαρυωτικού ρεπερτόριο απαντήσεις στη διάθεσή της, πιθανότατα θα απαιτήσει πολλαπλές ταυτόχρονες στοχευμένες παρεμβάσεις για να προκαταλάβει την εμφάνιση αντίστασης. Εδώ προτείνουμε ένα πλαίσιο για την ορθολογική αναγνώριση των πολλαπλών οδηγών που συνεργάζονται για να παράγουν τον φαινότυπο του καρκίνου, και θα μπορούσαν στη συνέχεια να χρησιμοποιηθούν ως αποτελεσματικά στόχους για συνδυασμένη θεραπευτική παρέμβαση.

Καρκινικές κυτταρικές σειρές στενά Ανακεφαλαιώνοντας γνωστό σχετίζονται με όγκους γενετικών ανωμαλίες που παρέχουν μοντέλα για ανθρώπινη ασθένεια. Για παράδειγμα, έχουν καρκίνο που προέρχεται από κυτταρικές σειρές του μαστού έχει δειχθεί ότι ανακεφαλαίωσης πιστά τις γονιδιωματικές χαρακτηριστικά των πρωτογενών όγκων, με ενίσχυση γονιδίου HER2 που συσχετίζεται με την ευαισθησία trastuzumab τόσο in vitro όσο και σε ασθενείς [10], αποδεικνύοντας ότι είναι κλινικά παρατηρείται συσχετισμοί γονότυπου-απόκρισης συντηρημένες στον καρκίνο μοντέλα κυτταρική γραμμή. Εδώ μπορούμε να εκτελέσουμε μια συστηματική έρευνα για γενωμική συν-γεγονότα που έχουν επιλεγεί κατά την έναρξη ή την πρόοδο του καρκίνου, και εάν στοχευμένες μαζί θα μπορούσε να βελτιώσει σημαντικά την έκβαση των ασθενών. Έχουμε αποδείξει μια πλατφόρμα silico για την ταυτοποίηση των συν-συμβαίνουν οδηγούς και βιοδείκτες της απόκρισης του καρκίνου, καθώς και την εφαρμογή της ως απόδειξη της έννοιας σε ένα εξαιρετικά χαρακτηρίζεται σύνολο γραμμή 669 κυττάρων που έλαβαν θεραπεία με 37 νέες στοχευμένες παράγοντες. Η έξυπνη βιοδεικτών που προσδιορίζονται σε 141 κυτταρική σειρά κατάρτισης γραμμή επικυρώθηκαν σε ένα ανεξάρτητο σύνολο δοκιμής της γραμμής 359 κυττάρων. Προτείνουμε ότι ένας αγωγός αποτελείται από ένα στιβαρό in silico βιοπληροφορικής πλατφόρμα συνδέεται με ένα υψηλής απόδοσης πλατφόρμα κυτταρική σειρά καρκίνου για τη λειτουργική γονιδιωματική ανακάλυψη και η επικύρωση θα μπορούσε να λειτουργήσει ως γέφυρα μεταξύ προσπάθειες χαρακτηρισμού, όπως το TCGA /ICGC στο ένα άκρο και την κλινική /κλινικές δοκιμές από την άλλη.

δεδομένα Μέθοδοι Περίληψη

απόκριση Drug gIC50 για ένα σύνολο 37 στοχευμένων ενώσεων δοκιμάστηκε σε 669 κυτταρικές γραμμές που αντιπροσωπεύουν την γονιδιωματική ποικιλία των ανθρώπινων τύπων καρκίνου, ειδικά 23 ενώσεις δοκιμάζονται σε 310 κύτταρο γραμμές (GSK σετ), και 14 ενώσεις που εξετάστηκαν σε 500 κυτταρικές γραμμές (McDermott σετ) ελήφθησαν από δημόσιες βάσεις δεδομένων (Σχ. 1) [11] – [13]. καμπύλες απόκρισης του φαρμάκου δημιουργήθηκαν και τα σημεία καμπής ήταν μαθηματικά καθορίζεται με βάση υψηλής τάξης πολυώνυμο μοντέλα καμπύλη και ορίζεται ευαίσθητο vs ανθεκτικές κυτταρικές σειρές για κάθε φάρμακο (Εικ. S1 στο αρχείο S1). Οι κυτταρικές σειρές ήταν κυρίως SNP γονότυπο ταιριάζει με Καρκίνο Γονιδιώματος βάση δεδομένων κελί Γραμμή του Ινστιτούτου Sanger να συνδέουν τα δεδομένα ευαισθησία φαρμάκου σε κυτταρικές σειρές σε γονιδιακά δεδομένα χαρακτηρισμού διαθέσιμα από Sanger [14], συμπεριλαμβανομένης της κατάστασης μετάλλαξης από την πλήρη κωδικοποίηση εξώνια αλληλουχίας των 64 κοινά μεταλλαγμένα γονίδια του καρκίνου (συμπεριλαμβανομένου του αριθμού αντιγράφων), και αντιγράψτε τα δεδομένα αριθμό από Affymetrix SNP Array 6,0 σε 419 γονίδια [14]. Μια γονιδιωματική εκδήλωση ορίζεται είτε ως μια μετάλλαξη και /ή έναν αριθμό αντιγράφων εκτροπή σε ένα συγκεκριμένο γονίδιο. Αναμενόμενη και παρατηρούμενη συχνότητα συν-εκδήλωση δημιουργήθηκαν στις ευαίσθητες και ανθεκτικές κυτταρικές γραμμές και γονιδιωματικών συν-χαρακτηριστικά γνωρίσματα που ήταν σε διαταραχή ισορροπίας σταματούν μέσω πολυεπίπεδη στατιστικών και βιολογικών δοκιμών σημασία και χιαστί επικυρώσεως παράγοντας έτσι πολύ σημαντική συν-επιλεγμένα και αμοιβαία αποκλειστικές εκδηλώσεις συμπεριλαμβανομένων γονιδιωματική και γράμμωσης χαρακτηριστικά στον πληθυσμό κυτταρική γραμμή και για κάθε φάρμακο (Εικ. 2). Οι γονιδιωματικής βιοδείκτες ανακαλύφθηκε σε μια εκπαίδευση 141 κυτταρική σειρά που έγιναν ανεξάρτητα επικυρωθεί σε ένα ανεξάρτητο μη-επικαλυπτόμενα σετ δοκιμών των 359 κυτταρικές σειρές προβληθεί στις 14 από τις ενώσεις.

Η GSK σύνολο είναι 310 κυτταρικές σειρές, διαθέσιμες πληροφορίες για γενωμική 294. McDermott σύνολο είναι 500 κυτταρικές σειρές, γονιδιωματική πληροφορίες διαθέσιμη στις 366. οι 141 κυτταρικές σειρές που είναι κοινές στα GSK και McDermott χρησιμοποιήθηκαν ως ένα σύνολο κατάρτισης, γονιδιωματική πληροφορίες διαθέσιμη στις 139.

η

πλοκή του διαφορά μεταξύ των συχνοτήτων (

Παρατηρήθηκε – Προβλεπόμενη)

για όλους τους δυνητικούς διπλό γονιδιωματικής γεγονότα στις κυτταρικές γραμμές 294. Βασισμένο σε 262 διαφορετικά γονίδια που επηρεάζονται, υπήρχαν συνολικά 34.191 πιθανούς γονιδιωματικής γεγονότα που αφορούν δύο γονίδια. Αρνητική διαφορές περισσότερο από το μηδέν (αριστερά ουρά) είναι αμοιβαία αποκλειστικές εκδηλώσεις, θετικές διαφορές μακρύτερα από το μηδέν (δεξιά ουρά) είναι συν-επιλεγμένες εκδηλώσεις. Τα σημαντικότερα γεγονότα από τα αριστερά και δεξιά ουρές στον πίνακα 3 και στον πίνακα S5 στο S3 αρχείου

Η

Μέθοδοι

Δήλωση Ηθική:. N /A.

Η κυτταρική γραμμή Ανάπτυξης Δοκιμασίες Αναστολής

Τα δεδομένα από 23 ενώσεις GSK δοκιμαστεί σε έως και 310 κυτταρικές σειρές (εύρος 187-273 κυτταρικές σειρές διαλέγονται ανά φάρμακο, σημαίνει = 228 κυτταρικές σειρές ανά φάρμακο) είχαν κατεβάσει από τους πόρους που παρέχονται από Greshock και συναδέλφους και Kim και οι συνεργάτες του (GSK σετ) [11], [13], καθώς και τα δεδομένα από 14 πρόσθετες ενώσεις έχουν δοκιμαστεί σε έως και 500 κυτταρικές σειρές (εύρος 244-500, σημαίνει = 460 κυτταρικές σειρές) έχουν κατεβάσει από τους πόρους που παρέχονται από McDermott και οι συνεργάτες του (McDermott σετ) [12] (Εικ. 1). Τόσο η GSK και McDermott σύνολο των κυτταρικών σειρών αντιπροσωπεύουν το ποικίλο φάσμα των τύπων όγκου στον καρκίνο του ανθρώπου, με 23 και 21 σειρών καρκίνου, αντίστοιχα, των επιθηλιακών, μεσεγχυματικών και αιμοποιητικών προέλευση. Για το σύνολο της GSK, Wooster και οι συνεργάτες του που λαμβάνεται συνολικά 311 μοναδικά καρκινικές κυτταρικές γραμμές από διάφορους προμηθευτές (American Type Collection Culture? Αναπτυξιακό Πρόγραμμα Θεραπευτικής, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου? Κέντρο Πληροφόρησης γερμανική Βιολογικών Υλικών? Και Ευρωπαϊκή Συλλογή Καλλιεργειών Κυττάρων Ζώων), Στη συνέχεια αναπτύσσονται σε πρότυπο μέσο καλλιέργειας συνιστάται από τον πωλητή? κυτταρικές σειρές όπου επικυρώνονται από SNP δακτυλικών αποτυπωμάτων για Affymetrix 500 K ‘SNP Chip », όπως περιγράφηκε προηγουμένως [11]. Για το σύνολο McDermott, ανθρώπινες καρκινικές κυτταρικές γραμμές ελήφθησαν από την American Type Culture Collection (ATCC), Deutsche Sammlung νοη Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (DSMZ), την ιαπωνική συλλογή της έρευνας Bioresources (JHSF), ή στην Ευρωπαϊκή Συλλογή Καλλιεργειών Κυττάρων (ECACC) και αναπτύχθηκαν σύμφωνα με τυποποιημένα πρωτόκολλα, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [12]. αναλύσεις αναστολής της ανάπτυξης γραμμή κυττάρων πραγματοποιήθηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [11], [12]. Εν συντομία, για το σύνολο GSK, το μέσο του παραθύρου ανάπτυξης (ο gIC50) πέφτει στα μισά του δρόμου μεταξύ του αριθμού των κυττάρων κατά τη στιγμή της προσθήκης της ένωσης (Τ = 0) και την ανάπτυξη των κυττάρων ελέγχου που έλαβαν θεραπεία με DMSO σε 72 ώρες. Η τιμή gIC50 (συγκέντρωση φαρμάκου, nmol /L) είναι μια μέτρηση για τη μέτρηση της αναστολής του πολλαπλασιασμού των καρκινικών κυττάρων. Ομοίως, στο σύνολο McDermott, ο

κυτταρική βιωσιμότητα

από κάθε κυτταρική σειρά σε μια δεδομένη συγκέντρωση της ένωσης υπολογίστηκε ως το κλάσμα των βιώσιμων κυττάρων με τα μη επεξεργασμένα κύτταρα που υπάρχουν μετά από 72 ώρες θεραπείας (αναλογία). Θα αναφερθώ εδώ για να gIC50 (GSK σετ) και τη βιωσιμότητα των κυττάρων (σύνολο McDermott) καθώς Αναστολή Ανάπτυξης (GI) τιμές. Και στις δύο ομάδες, τόσο χαμηλότερη είναι η τιμή GI τόσο πιο ευαίσθητη είναι η κυτταρική γραμμή με ένα συγκεκριμένο φάρμακο.

Καμπύλες απόκρισης ναρκωτικών και Προσδιορισμός των ανθεκτικών vs ευαίσθητες σειρές κυττάρων

Εμείς συστηματικά προσδιορισμό των ευαίσθητων εναντίον ανθεκτικών κυττάρων γραμμές για κάθε φάρμακο. Η ευαισθησία και η αντίσταση δεν είναι εγγενείς ιδιότητες των κυτταρικών σειρών, αλλά ορίζονται σε σχέση με ένα συγκεκριμένο φάρμακο. Για κάθε φάρμακο, εμείς RANK διέταξε και απεικονίζονται οι τιμές GI για τον πληθυσμό κυτταρική γραμμή. Το σύνολο GSK περιλαμβάνονται 310 κυτταρικές σειρές. Το σύνολο McDermott περιλαμβάνονται 500 κυτταρικές σειρές που έχουν δοκιμαστεί σε 14 ενώσεις: οι 141 κυτταρικές σειρές που ήταν κοινές για τα σύνολα McDermott και η GSK χρησιμοποιήθηκαν ως ένα σύνολο εκπαίδευσης? τα υπόλοιπα μη-επικαλυπτόμενα 359 κυτταρικές γραμμές (500 – 141 = 359) χρησιμοποιήθηκαν ως μια δοκιμή που να επικυρώσει τα αποτελέσματά μας με τα δεδομένα 14 ένωση που παρέχεται από την McDermott (Εικ. 1). Με βάση τον προσδιορισμό του πρώτου «σημείο καμπής», το οποίο αντιστοιχεί στην περιοχή όπου το γράφημα αποκλίνει απότομα μέσα στην επίπεδη κεντρική περιοχή της καμπύλης (Εικ. S1 σε File S1), ο πληθυσμός κυτταρική γραμμή χωρίζονται σε δύο ομάδες, η πρώιμη τμήμα της καμπύλης που ορίζεται τις ευαίσθητες γραμμές με χαμηλές τιμές GI (πριν από το σημείο καμπής), και το επίπεδο τμήμα της καμπύλης και πέρα ​​ορίζονται ανθεκτικές γραμμές με υψηλότερες τιμές GI (μετά το σημείο καμπής). Αυτό εξασφαλίζει ότι κυτταρικές σειρές που ορίζονται ως ευαίσθητες έχουν χαμηλές τιμές GI και μια διαφορετική ευαισθησία στη συνέχεια το υπόλοιπο των κυτταρικές σειρές που δοκιμάστηκαν για το εν λόγω φάρμακο. Το κεντρικό επίπεδο τμήμα της καμπύλης περιέχει κυτταρικές σειρές με παρόμοιες τιμές GI, που αντιστοιχεί στην περιοχή συχνότητας αιχμής για μια κανονική καμπύλη κατανομής όταν η συχνότητα συναρτήσει τιμές GI. Η προσέγγιση αυτή εξασφαλίζει επίσης την αποτελεσματική σύλληψη μικρών υποσύνολα ακραία κυτταρικών σειρών με σημαντική απαντήσεις λόγω γονότυπους ναρκωτικά ευαισθητοποίηση των χαμηλών συχνοτήτων. Η καμπύλη απόκρισης του φαρμάκου διαμορφώθηκε μαθηματικά ως ένα υψηλό ώστε πολυωνυμική καμπύλη? το πρώτο «σημείο καμπής» προσδιορίστηκε γραφικά ως πρώτη φάση του μεγαλύτερου αλλαγή στην κλίση (κλίση είναι η πρώτη παράγωγος) της καμπύλης απόκρισης του φαρμάκου, δηλαδή η πρώτη φάση της μεγαλύτερη απόλυτη τιμή για την δεύτερη παράγωγο της καμπύλης ( πρώτη extremum). σημεία καμπής προσδιορίστηκαν ξεχωριστά για κάθε ένωση στο σύνολο της GSK, και στην κατάρτιση και την δοκιμασία σύνολα για τις ενώσεις στο σύνολο McDermott, αντίστοιχα. Στο σετ GSK, η διάμεση τιμή gIC50 στο σημείο καμπής ήταν 659 ηΜ, με μια σειρά από 16 έως 3955 ηΜ. Στο σύνολο McDermott, χρησιμοποιήσαμε ως αποκοπής το σημείο καμπής ή μια τιμή GI 0,78, όποιο έδωσε τη μεγαλύτερη ευαισθησία (μικρότερη τιμή GI): για το σύνολο εκπαίδευσης, η διάμεση τιμή αποκοπής ήταν 0,69, με μια σειρά από 0,51 έως 0,78? για το σύνολο της δοκιμής, η μέση οριακή τιμή ήταν 0,74, με μια σειρά από 0,50 έως 0,78.

SNP με βάση δακτυλικών αποτυπωμάτων που χρησιμοποιείται ως Στιβαρή Διεύθυνση για κυτταρική γραμμή παραπομπές

Για να εκτελέσετε genotype- συσχετίσεις απάντηση, εμείς συνδέονται γονιδιωματικών πληροφοριών (μεταλλάξεις και τον αριθμό αντιγράφων εκτροπές) σε κυτταρικές σειρές από ένα ξεχωριστό σύνολο δεδομένων με τα προφίλ απάντησή τους (GI). Για να αποφύγετε πιθανά προβλήματα με την ονομασία των κυτταρικών σειρών και τη μόλυνση, χρησιμοποιήσαμε το μοναδικό SNP δακτυλικό αποτύπωμα του κάθε κυτταρική σειρά (GSK σετ) για παραπομπές και ταιριάζουν κυτταρικές γραμμές κατά μήκος των βάσεων δεδομένων. ανάλυση γονότυπος του GSK 310 σετ κυτταρική γραμμή πραγματοποιήθηκε με SNP αποτυπωμάτων επί Affymetrix 500 K ‘SNP Chip », όπως περιγράφηκε προηγουμένως [11]. Εν συντομία, τα δακτυλικά αποτυπώματα SNP των κυτταρικών γραμμών συγκρίθηκαν μεταξύ τους και με το δακτυλικό αποτύπωμα SNP που δημιουργείται από Cancer Genome Κυτταρική Γραμμή Έργου του Wellcome Trust Sanger Institute, όπως περιγράφεται προηγουμένως, με κυτταρικές σειρές που έχουν & gt? 80% ταυτότητα θεωρείται μια γενετική αντιστοιχία. Υπήρχαν 283/310 γενετικά διακριτές κυτταρικές σειρές στο σύνολο GSK. δοκιμές βιωσιμότητας των κυττάρων για 25 από τις 37 ενώσεις περιορίζονται στα γενετικά διακριτές κυτταρικές γραμμές. Συνολικά 256/310 κυτταρικές γραμμές βρέθηκαν να έχουν έναν αγώνα γονότυπο στη βάση δεδομένων του Sanger. Από τους αγώνες γονότυπο, 233/256 συνδυάζεται επίσης με βάση το όνομα, καθώς και για εκείνους που δεν ταιριάζει με το όνομα (n = 23), η συσχέτιση του γονότυπου ανάμεσα στα ονόματα είχαν ήδη καταγραφεί (https://www.sanger.ac.uk /genetics/CGP/Genotyping/synlinestable.shtml). Για τις υπόλοιπες 54 κυτταρικές σειρές (310-256), 38 αντιστοιχήθηκαν με βάση το όνομα με τη βάση δεδομένων Sanger, και 16 παρέμειναν αξεπέραστα (Πίνακας S1 στο S3 αρχείου). ονόματα γραμμή κυττάρων με το χέρι αναθεωρούνται. ελήφθησαν περαιτέρω μέτρα για να εξασφαλιστεί η συνοχή μεταξύ των ονομάτων κυτταρική σειρά και όχι η επικάλυψη στις περιπτώσεις ήταν η σύνταξη ή σημεία στίξης διαφορές σημειώθηκαν μεταξύ των ονομάτων ή ψευδώνυμα. Για το McDermott που έχει μετρώντας 500 κυτταρικές σειρές, οι 141 κυτταρικές σειρές που ήταν κοινές για τα McDermott και η GSK θέτει ως συνοδεύεται από το όνομα χρησιμοποιήθηκαν ως ένα σύνολο κατάρτισης, και οι υπόλοιπες μη επικαλυπτόμενες 359 κυτταρικές σειρές χρησιμοποιήθηκαν ως ένα σύνολο δοκιμής. Οι κυτταρικές σειρές στο σύνολο δοκιμής όπου ένας γονότυπος ένωση σε μια κυτταρική γραμμή στο σετ εκπαίδευσης είχαν προηγουμένως καταγραφεί απομακρύνθηκαν από το σύνολο ελέγχου? Επιπροσθέτως, κυτταρικές γραμμές εντός της δοκιμής που όπου μια ένωση γονότυπο είχαν προηγουμένως καταγραφεί (εσωτερική διπλότυπα) απομακρύνθηκαν με έναν εκπρόσωπο της κυτταρικής γραμμής που απομένει. Έτσι, 348 ξεχωριστές γραμμές κυττάρων παρέμεινε στο σύνολο της δοκιμής. Ένα σύνολο 216/348 κυτταρικές σειρές ταιριάζει με τη βάση δεδομένων Sanger, και 132 παρέμειναν αξεπέραστα (Πίνακας S2 στο S3 αρχείου). είχαν κατεβάσει τα γονιδιωματικής χαρακτηριστικά των αντίστοιχων κυτταρικών σειρών στο πρόγραμμα Sanger Cancer Genome (https://www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/CellLines/) για την GSK και McDermott θέτει αντίστοιχα? μια βάση δεδομένων σε επιμέλεια των γονιδιωματικών γεγονότων σε κάθε κυτταρική σειρά συντάχθηκε (Πίνακας S3 σε S3 αρχείου για το σετ και την κατάρτιση σετ GSK, n = 310-16 = 294? Πίνακας S4 στο File S3 για το σύνολο της δοκιμής, η = 216) με βάση σε δεδομένα αλληλουχίας το ψήφισμά ζευγών βάσεων του πλήρους κωδικοποίησης εξώνια 64 κοινά μεταλλαγμένα γονίδια του καρκίνου, καθώς και ανάλυση του γονιδιώματος σε επίπεδο του κέρδους αριθμού αντιγράφων και την απώλεια χρησιμοποιώντας Affymetrix SNP 6.0 microarrays και τον αλγόριθμο ΠΙΚ-ΝΙΚ για να προβλέψει τον αριθμό αντιγράφων τμήματα σε 419 γονίδια (συμπεριλαμβανομένων τα 64 γονίδια παραπάνω), κατεβάσει από Sanger Cancer Genome έργου, Κατάλογος σωματικών μεταλλάξεων Σε Καρκίνου (COSMIC απελευθέρωση V51) [14]. Μια γονιδιωματική εκδήλωση ορίζεται είτε ως μια μετάλλαξη (κωδικοποιητική παραλλαγή αλληλουχίας), και /ή έναν αριθμό αντιγράφων εκτροπή [ομόζυγη διαγραφή (συνολικός αριθμός αντιγράφων = 0) ή ένα ενίσχυσης (συνολικός αριθμός αντιγράφων & gt? = 8)] σε ένα συγκεκριμένο γονίδιο . Οι όροι γονιδιωματικής εκδήλωση και μετάλλαξης χρησιμοποιούνται εναλλακτικά στο κείμενο για να αντιπροσωπεύουν μια εκτροπή σε μια συγκεκριμένη γονιδιωματική θέση.

Αναγνώριση Γονιδιωματική Co-εκδηλώσεις Συνάφεια

Αν γονιδιωματικής γεγονότα (δηλαδή μεταλλάξεων, ο αριθμός αντιτύπων οι εκτροπές) τυχαία κατανεμημένα στον πληθυσμό των κυτταρικών σειρών, και τα δύο γεγονότα συν-συμβαίνουν σε μια κυτταρική γραμμή ανεξάρτητα μεταξύ τους και οφείλονται μόνο τυχαίων παραγόντων, και συν-εμφάνισής τους δεν θέτει το κύτταρο σε ένα εκλεκτικό πλεονέκτημα ή μειονέκτημα, τότε το προβλεπόμενο ποσοστό συν-μετάλλαξη στον πληθυσμό είναι η εξής:

Παρατηρήθηκε ποσοστά συν-μετάλλαξη συγκρίθηκαν με προέβλεψε ποσοστά συν-μετάλλαξη? Co-μεταλλάξεις που συμβαίνουν

μεγαλύτερη ή μικρότερη από

προβλέψει τυχαία προσδιορίστηκαν σε επίπεδο σημαντικότητας P & lt? = 0.05 με Pearson Chi-square test. Αυτές οι αποκλίσεις από την τυχαιότητα είναι πιθανόν να οφείλεται σε επιλεκτικές πιέσεις. Συγκεκριμένα, για τον προσδιορισμό συν-γεγονότα που συνδέθηκαν με την απάντηση του φαρμάκου, συγκρίναμε αναμένεται να παρατηρηθεί συχνότητες για κάθε φάρμακο σε ευαίσθητα και ανθεκτικά υποπληθυσμών αντίστοιχα (Chi-square test). Όταν σχετικές συν-μεταλλάξεις προσδιορίσθηκαν σε ευαίσθητα και ανθεκτικά υποπληθυσμών, εκτός από το Chi-square τεστ για στατιστική σημασία, μία αναλογία των παρατηρούμενων συχνοτήτων σε ευαίσθητους vs ανθεκτικές γραμμές υπολογίστηκε με μια φορές αλλαγή μεγαλύτερη από 1,5 (S /R) [ ,,,0],0,667 έως 1,5] που χρησιμοποιείται ως δεύτερο κριτήριο επιλογής. Αυτές οι προσεγγίσεις εφαρμόστηκαν για την κατάρτιση και τη δοκιμή θέτει αντίστοιχα.

Ανάλυση Δεδομένων και Clustering

λογισμικό Cluster χρησιμοποιήθηκε για να προσαρμόσετε τα δεδομένα GI πριν από την ιεραρχική ομαδοποίηση. Για κάθε μία από τις 37 ενώσεις, GI τιμές ήταν το πρώτο μεσαίο επικεντρώνεται στη συνέχεια κανονικοποιούνται? Αυτό παράγει μια κλιμακωτή βαθμολογία αναστολής αύξησης που είναι ένα δραστικότητα ανεξάρτητη μέσο σύγκρισης των προφίλ απόκρισης απέναντι ενώσεις. Τα δεδομένα στη συνέχεια ιεραρχικά σε σύμπλεγμα με χρήση συσχέτισης Pearson ως μετρική βασίζεται στη μέση απόσταση μεταξύ των κόμβων. Treeview χρησιμοποιήθηκε για την οπτικοποίηση των προκυπτόντων συμπλεγμάτων. Το Cluster και το λογισμικό Treeview είναι διαθέσιμα από το εργαστήριο Eisen (https://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm) [15].

Στατιστική Ανάλυση

Chi-square test του Pearson ( για την από κοινού εκδηλώσεις) και το ακριβές τεστ του Fisher (για μεμονωμένα γεγονότα) χρησιμοποιήθηκαν για να ορίσετε δύο όψεων τιμές P σε διάστημα εμπιστοσύνης 95% για να περιγράψουν τις συσχετίσεις μεταξύ των γονιδιακών μεταλλάξεων /ανωμαλιών αριθμό αντιγράφων και την ευαισθησία των ναρκωτικών. Για τον προσδιορισμό του στατιστικώς σημαντικό μεμονωμένο γονιδιωματικά γεγονότα, με λίγες μόνο δοκιμές τρέχει, αυτό αποφευχθεί η ανάγκη για τη διόρθωση για πολλαπλές συγκρίσεις. (. Πίνακας S5 στο αρχείο S3 και σχήμα 2), όταν ο χώρος των δύο συν-εκδηλώσεις καθορίστηκε στις κυτταρικές γραμμές 310, εφαρμόστηκε ένα Benjamini-Hochberg πολλαπλές δοκιμές όριο διόρθωση με ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) του 5%? περισσότερο από το 92% των αποτελεσμάτων παρέμεινε σημαντική μετά την διόρθωση. Ακόμη και αν για θεωρητικούς λόγους θα εφαρμόσει την πιο αυστηρή διόρθωση πολλαπλές δοκιμές, η άκρως συντηρητική Bonferroni διόρθωση, με το συνολικό αφιλτράριστο χώρο απ ‘όλα παρατηρείται 6871 διπλή συν-εκδηλώσεις, με 6871 δοκιμές τρέξει, & gt? 65% των αποτελεσμάτων παρέμεινε σημαντική μετά τη διόρθωση εφαρμόστηκε. Το πιο σημαντικό, οι προβλέψεις των βιοδεικτών μας για την ενιαία και συν-εκδηλώσεις ανεξάρτητα επικυρωθεί σε ένα ανεξάρτητο μη-επικαλυπτόμενα σετ δοκιμών των 359 κυτταρικές σειρές που δοκιμάστηκαν σε 14 ενώσεις που περιλαμβάνουν το McDermott οριστεί.

Αποτελέσματα

Ανεξέλεγκτη ομαδοποίηση των ναρκωτικών Ανταπόκριση στις γραμμές κυττάρων ανακεφαλαιώνει Διαδρομή Ειδικότεροι Στόχοι φαρμάκων και οδηγοί

Θα πρέπει πρώτα να υπολογισθεί αν μη επιβλεπόμενη ομαδοποίηση της ευαισθησίας των 310 ανθρώπινων καρκινικών κυτταρικών σειρών σε 37 στοχευμένα φάρμακα θα μπορούσαν να ανακεφαλαιώσω γνωστούς μηχανισμούς ναρκωτικών δράσης, αλλά και τη μοριακή βάση της ανταπόκρισης σε υψηλά χαρακτηριζόμενη κυτταρικές σειρές. Αυτό απεικονίζεται στο Σχ. 3 για μια συνολική εικόνα της απόκρισης κυτταρικής σειράς των ναρκωτικών (και Εικ. S2 στο αρχείο S1). Σχ. S3, S4 στο S1 αρχείου απεικονίσει τις εικόνες ομαδοποίησης για την GSK (23 φάρμακα) και τα σύνολα McDermott (14 φάρμακα) χωριστά? η ανεξάρτητη ανάλυση μειώνει το θόρυβο εισάγεται από την ανάλυση των 37 ενώσεων και τη συγχώνευση των δύο ανεξάρτητων συνόλων δεδομένων με διαφορετικές προσεγγίσεις δίδοντας έτσι ένα αυστηρότερο ομαδοποίηση των λειτουργικών κατηγοριών στόχου. Πράγματι, τα ναρκωτικά συγκεντρωμένα στον κατακόρυφο άξονα σύμφωνα με την κύρια γνωστές μοριακό στόχο τους. Για παράδειγμα, ένα σύνολο δομικά αποκλίνουσες IGF1R στοχευμένα φάρμακα συγκεντρωμένα σε στενή εγγύτητα στο Σχ. 3 και το Σχ. S3 στο αρχείο S1, με συντελεστή συσχέτισης 0,78 για την subcluster IGF1R απεικονίζεται. Ιεραρχική ομαδοποίηση ανακεφαλαιώνει και φαρμακευτικών στόχων εντός μονοπάτια, ορίζοντας έτσι μονοπάτι συγκεκριμένες παρεμβάσεις που μπορούν να διαμορφώσουν αποτελεσματικά παρεκκλίνουσα ογκογόνο μονοπάτια. Αυτό ήταν εμφανές στο σφιχτό ομαδοποίηση των φαρμάκων που στοχεύουν το μονοπάτι PI3K /AKT /mTOR, στο Σχ. 3 και το Σχ. S3 στο αρχείο S1, όπως GSK2126458 [PI3K], GSK690693 [ΑΚΤ], Temsirolimus [mTOR], TGX-221 [PI3K-β], IC87114 [PI3K-Δέλτα], GSK2119563A [PI3K-α], GSK2080806A [PI3K], BEZ -235 [panPI3K και mTOR], και GSK1059615 [PI3K], συγκεντρωμένα μαζί με συντελεστή συσχέτισης 0,72 για την οδό subcluster PI3K /AKT /mTOR. Στο Σχ. 3 και το Σχ. S4 στο αρχείο S1, EGFR και HER2 στοχευμένα φάρμακα, Η erlotinib [EGFR], CL387 [EGFR], HKI272 [EGFR, HER2], και λαπατινίμπη [ErbB1 /2], συγκεντρωμένα μαζί με συντελεστή συσχέτισης 0,66 για την subcluster EGFR. Μιτωτικούς αναστολείς, πακλιταξέλη [τουμπουλίνης], GSK461364 [PLK1], GSK661637 [Pan-PLK], GSK923295 [CENPE], και GSK1070916 [AURKB] επίσης συγκεντρωμένα στενά όπως φαίνεται στο Σχ. 3 και το Σχ. S3 στο S1 αρχείου. Σε αυτή την ανάλυση, η γενεαλογία της προέλευσης των κυττάρων δεν επηρέασε σημαντικά την οργάνωση των ομάδων, γεγονός που υποδηλώνει ότι η μη γενεαλογία εξαρτώνται από τα γεγονότα συμβάλλουν στην ανταπόκριση σε διάφορες κατηγορίες φαρμάκων. Οι μοριακές βλάβες που διέπουν την απάντηση σε συγκεκριμένα φάρμακα σε αυτές τις υποομάδες εξετάζονται περαιτέρω παρακάτω.

Κάθε γραμμή αντιπροσωπεύει ένα ξεχωριστό κυτταρική γραμμή και κάθε στήλη αντιπροσωπεύει ένα ξεχωριστό ένωση δοκιμάστηκε. Η αύξηση της ευαισθησίας μιας κυτταρικής σειράς υποδεικνύεται από την αυξανόμενη ένταση του πράσινου σήματος, και η αύξηση της αντίστασης μιας κυτταρικής σειράς υποδεικνύεται από την αυξανόμενη ένταση του ερυθρού σήματος? μαύρα τετράγωνα υποδηλώνουν ευαισθησία κοντά στο διάμεσο μήκος των κυτταρικών γραμμών. Οι κυτταρικές γραμμές δεν διαλέγονται με μια συγκεκριμένη ένωση υποδεικνύεται σε γκρι. Τα δεδομένα από το Σχ. 3 χωρίζεται σε δύο λιγότερο πολύπλοκη στοιχεία (Fig.S3 και S4 στο S1 File) για να μειώσετε το θόρυβο και να παρέχει μια καλύτερη απεικόνιση των λειτουργικών σχέσεων και ενεργοποιημένο ογκογόνο subclusters οδού.

Η

Ενιαίου Γονιδιωματική Εκδηλώσεις Διαχωρίστε Sensitive από ανθεκτικό Γραμμές

θέλαμε να προσδιορίσει τη μοριακή βάση για τη διαφορά απαντώντας σε παρέμβαση του φαρμάκου. Εμείς συσχετίζεται τις υποκείμενες μοριακές διαφορές στις κυτταρικές γραμμές με τις διαφορές στην απόκριση του φαρμάκου. Για να προσδιορίσετε ποια μοριακή αλλοιώσεις συσχετίσθηκαν με ευαισθησία ή αντοχή σε ένα συγκεκριμένο φάρμακο, η συχνότητα μιας γονιδιωματικής συμβάν συγκρίθηκε σε ευαίσθητες έναντι ανθεκτικών γραμμών και αναλογία (συχνότητα σε ευαίσθητους /συχνότητα σε ανθεκτικούς), S /R, υπολογίστηκε για κάθε εκτροπή γονίδιο υπάρχει σε περισσότερο από 12% των ευαίσθητων ή ανθεκτικών γραμμών. Οποιοδήποτε γονίδιο συχνότητα που μεταβάλλεται κατά περισσότερο από 1,5 φορές σε ευαίσθητα έναντι ανθεκτικών γραμμών θεωρήθηκε ότι συνδέεται με την ευαισθησία στο φάρμακο (S /R & gt? 1.5) ή την αντίσταση στο φάρμακο (S /R & lt? 0,67), αντίστοιχα. Αυτό που προσδιορίζονται γονιδιωματικής γεγονός που να σχετίζεται με την ευαισθησία ή την αντίσταση σε συγκεκριμένες παρεμβάσεις των ναρκωτικών? τα στατιστικά σημαντικά γεγονότα που βρέθηκαν στον πίνακα S6 στο S3 αρχείου.

Για παράδειγμα, γραμμές που ήταν ευαίσθητος στους αναστολείς ΜΕΚ GSK1120212 ήταν 2,93 φορές, 2,35, 1,92 και 1,67 φορές πιο πιθανό να φιλοξενούν ένα BRAF, KRAS, APC μετάλλαξη ή CDKN2A (p14) μετάλλαξη, αντίστοιχα (P = 0,0009, Ρ = 0,0021, Ρ = 0.0243, P = 0.0105), ενώ ανθεκτικές γραμμές ήταν 2,57 περισσότερες πιθανότητες να φιλοξενούν μια εκδήλωση στο RB1 (P = 0.0024) (Πίνακας 1). BRAF και RAS βλάβες είναι γνωστό ότι αυξάνουν ΜΕΚ δραστικότητα σε όγκους [3], [16], επομένως παρεμβάσεις που αναστέλλουν ΜΕΚ δραστικότητα θα μειώσουν /ομαλοποιήσει κατάντη σηματοδότηση μέσω του συστατικώς ενεργοποιημένου ΜΕΚ-ΕΚΚ καταρράκτη κινάσης και έτσι αναμένεται αυτές οι συνδέσεις. Ωστόσο, η συσχέτιση της ευαισθησίας με την APC ή CDKN2A μεταλλάξεις δεν ήταν αναμενόμενα και προτείνουν επιπλέον βιοδείκτες της απάντηση στην αναστολή της ΜΕΚ.

Η

Γραμμές ευαίσθητος στους αναστολείς ΑΚΤ GSK690693 expectedly έτρεφε μεταλλάξεις στο μονοπάτι PI3K, συμπεριλαμβανομένων PIK3CA , PTEN, erbB2, και επίσης FBXW7, TET2, και οι μεταβολές BRCA2 (P = 0,0140, Ρ = 0,0197, Ρ = 0.0053, Ρ = 0.0273, Ρ = 0,0346, Ρ = 0.0208, αντίστοιχα) υποδηλώνει και πάλι απροσδόκητη γονιδιωματικής βιοδείκτες της απάντηση στην ΑΚΤ Οι αναστολείς που θα μπορούσαν να αυξήσουν τον αριθμό των ασθενών που πιθανόν να ωφεληθούν? δεν υπάρχουν μόνο γεγονότα σημαντικά που σχετίζονται με την αντίσταση (Πίνακας S6 στο S3 αρχείου).

εκτροπές PIK3CA παρέχει αντίσταση στην AZ628 αναστολέα BRAF (P = 0,042), μια παρατήρηση που επιβεβαιώθηκε στο σύνολο ελέγχου (P = 0,05 ), πιθανώς μέσω της ενεργοποίησης παράκαμψης της παράλληλης οδού ΡΙ3Κ, ανακεφαλαιώνοντας τα αποτελέσματα από την πειραματική παρέμβαση [17], [18]. Από την άλλη πλευρά, BRAF, οι ΕΡΑ, όπως αναμενόταν [3], [16], και MLTT3 και μετεωρολογικές ανωμαλίες που ανατίθενται ευαισθησία στο AZ628 στο σύνολο εκπαίδευσης (P = 0,003, P = 0,036, P = 0,034, P = 0,003)? Αυτό επιβεβαιώθηκε στο σύνολο δοκιμής για BRAF και οι ΕΡΑ (P = 2.4 × 10

-10, P = 0,001) (Πίνακας 2).

Η

Παρά το γεγονός ότι υπήρξε μια ισχυρή συσχέτιση της ενιαίας γενετικής εκτροπές με απάντηση σε θεραπευτικούς παράγοντες, η συσχέτιση αυτή δεν ήταν απόλυτος με μια σειρά από κυτταρικές σειρές που περιέχουν κάποια ειδική εκδήλωση που σημείωσε είτε ως ευαίσθητα ή ανθεκτικά. Έτσι πρέπει να υπάρχει επιπλέον γεγονότα που συνεργάζονται με την κατάστασης μεταλλάξεων για τον προσδιορισμό της ευαισθησίας και της αντίστασης σε στοχευμένες θεραπευτικές ουσίες. Άλλα από τις ενώσεις προαναφέρθηκε και εκτροπές στην PTEN και ΕΚΒΒ2 δυνητικά συμβάλλουν στην ομαδοποίηση των αναστολέων της οικογένειας του EGFR και εκτροπές στην PTEN και CDKN2A που σχετίζονται με φάρμακα που στοχεύουν τις οδούς ΡΙ3Κ και IGF1R, δεν υπήρχαν σαφείς εκτροπές οδήγηση την πλειοψηφία των απαντήσεων των ναρκωτικών συστάδες (Εικ. 3). Και πάλι αυτό δείχνει ότι η πρόσθετη συν-γεγονότα πρέπει να συμβάλει στην ευαισθησία των ναρκωτικών και της αντίστασης. Τα πιθανά συν-εκδηλώσεις διερευνηθεί παρακάτω.

Μοριακή Co-συμβαίνουν Εκδηλώσεις Αποκαλύψτε Drivers and Co-προσφυγής Στόχοι στον Καρκίνο

Για τον εντοπισμό δυνητικών συνεργαζόμενες γεγονότα, εμείς αναγνωρίστηκε για πρώτη φορά γονιδιωματικής γεγονότα που συν-συνέβη πέρα από ό, τι αναμένεται, αν ήταν ανεξάρτητη και η ένωση οφείλονται μόνο σε τυχαίους παράγοντες. Αυτό ορίζει συν-γεγονότα που ήταν πιθανόν κάτω από επιλεκτική πίεση κατά την έναρξη ή την πρόοδο (ή κατά τη διάρκεια της προσαρμογής στην καλλιέργεια) και ως εκ τούτου έχουν μια υψηλή πιθανότητα να είναι οι οδηγοί του φαινοτύπου του καρκίνου του όγκου. Μοριακή βλάβες του οποίου η συνύπαρξη οδηγεί σε μια πολλαπλασιαστική ή την επιβίωση πλεονέκτημα πέρα ​​από αυτό που παρατηρείται για ξεχωριστές μεμονωμένες εμφανίσεις θα είναι συν-επιλεγεί και η συχνότητα του συν-εκδήλωση θα αυξηθεί στον πληθυσμό (Εικ. 4). Με βάση τη βάση δεδομένων του γονιδιωματικά γεγονότα σε κυτταρικές γραμμές, ο χώρος των παρατηρούμενων δύο συν-εκδηλώσεις (π.χ. Mut1-mut2) δημιουργήθηκε για τις κυτταρικές σειρές 294, για την οποία γενωμική υπήρχαν διαθέσιμες πληροφορίες (GSK σετ). Υπήρχαν 6871 παρατηρείται διακριτή διπλό συν-εκδηλώσεις στις κυτταρικές γραμμές 294 και 12958 συνολικές εμφανίσεις. Υπήρχαν 95.415 διακριτές τριπλή συν-εκδηλώσεις (π.χ. Mut1-mut2-Mut3) στις κυτταρικές γραμμές 294 και 110 872 συνολικές εμφανίσεις. Συγκρίναμε αναμένεται να παρατηρηθεί συχνότητες συν-εκδήλωση στις κυτταρικές γραμμές 294, όπου επαρκείς αριθμούς συν-γεγονότα ήταν διαθέσιμη για να παρέχει στατιστική ανάλυση. (Εικόνα 2?. Πίνακα S5 στο S3 αρχείου)

Εικονογραφημένο εδώ είναι μια διαδοχική πολλαπλές μοντέλο χτύπημα της έναρξης και εξέλιξης του καρκίνου, υποκείμενες συν-επιλογής και της αμοιβαίας αποκλειστικότητας των γενετικών γεγονότα στον καρκίνο. A, B, C είναι γονίδια εντός πυρήνα ενός κυττάρου.