Όπως συζητήθηκε προηγουμένως, το σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου πιστεύεται ότι προκαλείται από την αφύσικη συμπεριφορά (δυσλειτουργία) των μυών οργάνου του γαστρεντερικού σωλήνα ή τα νεύρα που ελέγχουν τα όργανα. Τα νεύρα που ελέγχουν τον γαστρεντερικό σωλήνα, όμως, είναι στην πραγματικότητα πολύ περίπλοκη. Υπάρχει ένα σύστημα νεύρων τρέχουν thefull μήκος της γαστρεντερικής οδού δεξιά από τον οισοφάγο προς τον πρωκτό στα μυϊκά τοιχώματα των οργάνων. Αυτά τα νεύρα συνδέεται με τις άλλες νεύρα που ταξιδεύουν προς και από το νωτιαίο μυελό. Νεύρα στο νωτιαίο μυελό, με τη σειρά, τα ταξίδια από και προς τον εγκέφαλο. (Το γαστρεντερικό σωλήνα ξεπέρασε στην ποσότητα των νεύρων έχει μόνο από το νωτιαίο μυελό και τον εγκέφαλο.) Έτσι, η αφύσικη διαδικασία του νευρικού συστήματος σε IBS μπορεί να συμβεί σε ένα εγκέφαλο, το γαστρεντερικό μυϊκό όργανο, ή του νωτιαίου μυελού. Το σύστημα των νεύρων που είναι στον έλεγχο της γαστρεντερικά όργανα, όπως με τα περισσότερα άλλα όργανα, περιέχει τόσο κινητικών και αισθητικών νεύρων. Τα αισθητήρια νεύρα συνεχώς ανίχνευσης τι συμβαίνει στο εσωτερικό του οργάνου και στέλνει την πληροφορία αυτή στα νεύρα στο τοίχωμα του οργάνου. Από εκεί, οι πληροφορίες μπορούν να σταλούν στον εγκέφαλο μέσω του νωτιαίου μυελού. Όλες αυτές οι πληροφορίες λαμβάνονται και υποβάλλονται σε επεξεργασία στο νωτιαίο μυελό, τον εγκέφαλο ή τον τοίχο του οργάνου του. Στη συνέχεια, βάσει αυτής της αισθητηριακών πληροφοριών και τον τρόπο υποβάλλεται σε επεξεργασία η είσοδος, οι αποκρίσεις αποστέλλονται στο όργανο κατά τη διάρκεια των κινητικών νεύρων. Δύο από τις πιο χαρακτηριστικές αποκρίσεις κινητήρα στο έντερο είναι σύσπαση ή χαλάρωση του μυός του οργάνου και την έκκριση βλέννας και /ή υγρού μέσα στο όργανο. Ανώμαλη λειτουργία των νεύρων των γαστρεντερικών οργάνων, όπως αναφέρθηκε παραπάνω, τουλάχιστον θεωρητικά, θα μπορούσε κάλλιστα να συμβεί στον εγκέφαλο, το νωτιαίο μυελό ή στο όργανο. Επιπλέον, οι ανωμαλίες μπορεί να συμβεί στον εγκέφαλο, τα νεύρα κινητήρα, ή σε κέντρα επεξεργασίας στο έντερο, ή τα αισθητήρια νεύρα. Ορισμένοι επιστήμονες υποστηρίζουν ότι η αιτία της οποιαδήποτε λειτουργική νόσος είναι ανωμαλίες στην λειτουργία των κινητικών νεύρων. Ως παράδειγμα, ανώμαλη εντολές μέσω των νεύρων με κινητήρα μπορεί να παράγει ένα οδυνηρό σπασμό των μυών. Ωστόσο, άλλοι θα ισχυριστούν ότι αφύσικα λειτουργούν κέντρα επεξεργασίας είναι υπεύθυνη για τη λειτουργική ασθένειες, διότι παρερμηνεύουν τις κανονικές αισθήσεις ή αναμετάδοση ασυνήθιστο σημάτων στο όργανο. Στην πραγματικότητα, ορισμένες λειτουργικές ασθένειες μπορεί να οφείλεται σε κινητήρα ή /και αισθητικές δυσλειτουργία. Κάποιοι άλλοι θα μπορούσε να προκληθεί από ανωμαλίες στο πλαίσιο της επεξεργασίας centres.Other ατόμων που σπουδάζουν θα υποστηρίζουν ότι η αιτία της λειτουργικής ασθένειες είναι ανωμαλίες στη λειτουργία των αισθητήριων νεύρων. Οι κανονικές δραστηριότητες, για παράδειγμα, η διευρυνόμενη του λεπτού εντέρου από την τροφή, μπορούν να προκαλέσουν αφύσικες αισθητήρια σήματα που μεταδίδονται στον εγκέφαλο μέσω του νωτιαίου μυελού, όπου εντοπίζονται ως πόνος. Ένας τομέας που λαμβάνει τώρα πολλή επιστημονικής προσοχής είναι ο πιθανός ρόλος του φυσικού αερίου που παράγεται από εντερικά βακτήρια σε άτομα με σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου. Μελέτες έχουν δείξει ότι τα άτομα με σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου παράγουν πολύ μεγαλύτερες ποσότητες αερίου από άτομα που δεν πάσχουν από το σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου, και το αέριο πιθανώς διατηρούνται για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα στο λεπτό έντερο. Σε ασθενείς με σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου, κοιλιακός μέγεθος αυξάνει τη διάρκεια της ημέρας, φθάνοντας στο μέγιστο το βράδυ και επιστρέφουν στην βασική γραμμή με το επόμενο πρωί. Σε άτομα που δεν έχουν σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου, δεν υπάρχει αύξηση στο κοιλιακό μέγεθος τους κατά τη διάρκεια της ημέρας. Υπήρξε πολλή διαμάχη σχετικά με τον ρόλο που μπορεί να διαδραματίσει η κακή πέψη ή /και την απορρόφηση των διατροφικών σακχάρων στην επιδείνωση των συμπτωμάτων του ευερέθιστου εντέρου. Κακή πέψη της λακτόζης, είναι πολύ κοινό, όπως είναι κακή απορρόφηση φρουκτόζης, ένα γλυκαντικό που βρέθηκαν σε πολλά επεξεργασμένα τρόφιμα. Κακή πέψη αυτών των σακχάρων μπορεί να επιδεινώσει τα συμπτώματα της IBS αφού δεν έχει απορροφηθεί σάκχαρα συχνά προκαλεί αυξημένο σχηματισμό του φυσικού αερίου. Αν και αυτές οι ανωμαλίες στην παραγωγή του και τη μεταφορά του φυσικού αερίου μπορεί να προκαλέσει κάποια από τα συμπτώματα του IBS, πολύ περισσότερο έργο θα πρέπει να γίνει πριν, καθίσταται σαφές ότι τα εντερικά αέρια παίζει ένα ρόλο στην IBS.Dietary λίπος σε υγιή άτομα προκαλεί τροφή καθώς επίσης και το φυσικό αέριο να κινούνται πιο αργά μέσω του πεπτικού συστήματος. Μερικοί πάσχοντες από σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου μπορεί ακόμη και να ανταποκριθούν διατροφικού λίπους σε μια ακραία μόδας με μεγαλύτερη επιβράδυνση. Έτσι, διαιτητικού λίπους θα μπορούσε και, ενδεχομένως, δεν επιδεινώνουν τα συμπτώματα του συνδρόμου του ευερέθιστου εντέρου.