Αφηρημένο

Το

Ccs3

θέση στο χρωμόσωμα ποντίκι 3 ρυθμίζει διαφορική ευαισθησία του Α /Κ (Α, ευαίσθητα) και C57BL /6J (Β6, ανθεκτικά) στελέχη του ποντικιού για χημικά που προκαλείται καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC). Εδώ, αναφέρουμε τα πιο υψηλής ανάλυσης θέσης χαρτογράφηση του γονιδίου που διέπουν το

Ccs3

αποτέλεσμα. Χρησιμοποιώντας φαινότυπος /γονότυπο συσχέτιση σε μια σειρά από 33 AcB BCA ανασυνδυασμένα συγγενικών στελεχών /ποντικό, καθώς και σε ομάδες των αναδιασταύρωσης πληθυσμών που φέρουν μοναδικό ανασυνδυασμένο χρωμοσώματα για το διάστημα, και σε subcongenic στελέχη, έχουμε οριοθετείται το μέγιστο μέγεθος του

Ccs3

φυσική διαστήματος σε ένα τμήμα ~2.15 Mb. Αυτό το διάστημα περιέχει 12 σχολιασμένη μεταγραφές. Αλληλούχιση του θέσης των υποψηφίων στην Α και Β6 εντοπίστηκαν πολλές κωδικοποίηση αλλαγές είτε χαμηλής προτεραιότητας ή παραλλαγές κωδικοποίησης μη-πρωτεΐνης. Βρήκαμε μια σειρά παραλλαγή μοναδικό αντίγραφο (CNV) στο ιντρόνιο 15 του

Nfkb1

γονίδιο. Η CNV αποτελείται από δύο αντίγραφα μιας αλληλουχίας 54 bp άμεσα παρακείμενη στην θέση ματίσματος εξωνίου 15, ενώ μόνο ένα αντίγραφο βρίσκεται στο CRC-ευπαθή A. Η πρωτεΐνη Nfkb1 (ρ105 /ρ50) έκφραση είναι πολύ μειωμένη σε Α όγκους σε σύγκριση με φυσιολογικά Μια παχέος εντέρου επιθήλιο όπως αναλύεται με ανοσοϊστοχημεία. Μελέτες σε πρωτογενή μακροφάγα από Α και Β6 ποντίκια επιδεικνύουν αξιοσημείωτη απόκλιση ενεργοποίηση της οδού ΝΡκΒ με λιποπολυσακχαρίτη (κινητική της διέγερσης και ανώτατα επίπεδα φωσφορυλιωμένων ΙκΒα), με μια πιο ισχυρή ενεργοποίηση που σχετίζονται με την αντίσταση στην CRC. Ο ΝΡκΒ έχει εμπλακεί προηγουμένως στη ρύθμιση της ομοιόστασης και φλεγμονώδη απόκριση στον εντερικό βλεννογόνο. Το διάστημα περιέχει ένα άλλο θέσης υποψήφιος

Slc39a8

ότι εκφράζεται διαφορικά σε A vs Β6 άνω και κάτω τελείες, και ότι έχει πρόσφατα συσχετισθεί σε CRC επιθετικότητα των όγκων στον άνθρωπο

Παράθεση:. Meunier C, Van Der Kraak L, θολερό C, Groulx Ν, Labouba Ι, Cingolani Ρ, et al. (2013) Θέσης Χαρτογράφηση και τις υποψήφιες Gene Ανάλυση του ποντικιού

Ccs3

Locus που ρυθμίζει Διαφορικές Ευαισθησία σε καρκινογόνος-Induced καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 8 (3): e58733. doi: 10.1371 /journal.pone.0058733

Συντάκτης: Amanda Ewart Toland, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Οχάιο Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 6 Δεκ 2012? Αποδεκτές: 5 Φεβ του 2013? Δημοσιεύθηκε: 14 Μαρτίου 2013

Copyright: © 2013 Meunier et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από ερευνητικές επιχορηγήσεις προς το PG και ΝΒ από το καναδικό Αντικαρκινική Εταιρεία Ίδρυμα Ερευνών [www.cancer.ca/Research.aspx], το Cancer Research Society Inc. [www.src-crs.ca/en-CA] και το CANDEREL πρωτοβουλία του Προγράμματος [www.deficanderel.com/3/donate.htm] του Κέντρου Έρευνας για τον Καρκίνο Goodman [cancercentre.mcgill.ca/research/]. PG είναι ένα James McGill Καθηγητής Βιοχημείας. CM λάβει υποστήριξη διδακτορικής και τα ταξίδια βραβεία από το McGill Ολοκληρωμένο Cancer Research Πρόγραμμα Κατάρτισης (MICRTP) και το Ίδρυμα Πέτρου Quinlan [www.mcgill.ca/gcc-research/funding/] μέσα από το Πανεπιστήμιο McGill Ιατρική Σχολή. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Η παθογένεση του ορθοκολικού καρκίνου (CRC) συνδέεται με τη διαδοχική συσσώρευση μεταλλάξεων σε συγκεκριμένα γονίδια, η οποία προκαλεί βαθμηδόν εξέλιξη από προ-νεοπλασματικές αλλοιώσεις σε πλήρη άνθηση αδενοκαρκίνωμα [1]. Ιστοπαθολογική στάδια συσχέτιση με σωματικά μοριακές ανακατατάξεις περιγράφονται καλά [1], [2]. Ωστόσο, μόνο τα τελευταία χρόνια και με την έλευση των μελετών συσχέτισης γονιδιώματος σε επίπεδο έχει το βαθμό πολυπλοκότητας στις αλληλεπιδράσεις μεταξύ των γενετικών και περιβαλλοντικές συνιστώσες που συμβάλλουν στην αιτιολογία του ανθρώπινου ορθοκολικού καρκίνου έχουν εκτιμηθεί [3], [4], [5] [6]

Για ένα μικρό ποσοστό των περιπτώσεων CRC (& lt? 10%)., μια σαφή και εξαιρετικά διεισδυτικά γενετική καθοριστικός παράγοντας μπορεί να παρατηρηθεί σε κληρονομικά σύνδρομα καρκίνου, το πιο σημαντικό οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση (FAP), Lynch σύνδρομο (Κληρονομική μη πολυποδίαση καρκίνο του παχέος εντέρου) και εναλλάξ, φλεγμονώδεις νόσους του εντέρου (IBD) -συνδεδεμένες CRCs [7], [8]. Από την άλλη πλευρά, οι περισσότερες CRC περιπτώσεις (& gt? 90%) είναι σποραδικές χωρίς προηγούμενη οικογενειακό ιστορικό. Η αιτιολογία της σποραδικής CRC περιλαμβάνει αμφίδρομη αλληλεπιδράσεις μεταξύ ενός συμπλόκου γενετική συνιστώσα, και ακαθόριστα περιβαλλοντικούς παράγοντες [3], [6]. Μέχρι σήμερα, έχουν όσες 16-20 κοινές παραλλαγές χαμηλή διεισδυτικότητα έχουν εντοπιστεί σε μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) για την ανθρώπινη σποραδικές CRC [9], [10]. Σχεδόν οι μισές από αυτές τις θέσεις είναι στενά συνδεδεμένη ή αλληλόμορφων με τα συστατικά του μονοπατιού σηματοδότησης TGFß: Smad7, GREM1, ΒΜΡ2, BMP4, RHPN2 και LAMA5 ([11], [12], αναθεωρούνται στο [13]). Από την άλλη πλευρά, έχει προταθεί ότι τόσο πολλοί όπως 170 τέτοιες θέσεις μπορεί να συνεισφέρει στη CRC επιδεκτικότητα σε ανθρώπους [13].

Πάνω από το 25% όλων των καρκίνων πιστεύεται ότι σχετίζεται με χρόνια λοίμωξη, φλεγμονή ή άλλους τύπους φλεγμονώδους απόκρισης [14]. Η χρόνια φλεγμονή έχει πρόσφατα εκτιμηθεί ως μια σημαντική συμβολή στην αιτιολογία της CRC στον άνθρωπο [15], [16], αναθεωρούνται στο [13]. Έτσι, οι ασθενείς που επηρεάζονται από φλεγμονώδεις παθήσεις του εντέρου (IBD) έχουν πολύ υψηλότερο κίνδυνο ανάπτυξης κολίτιδα σχετιζόμενη (CA) CRC, η έκταση της εκδήλωσης κολίτιδας συσχετίζοντας με την επίπτωση του CA-CRC [17]. Επιπλέον, μη-στεροειδή αντι-φλεγμονώδη φάρμακα (ΜΣΑΦ) δείχνουν μια προστατευτική επίδραση έναντι διαφορετικών τύπων καρκίνων [18]. Είναι ενδιαφέρον ότι, πολλές βασικές συνιστώσες του ΤΟΡβ μεσολάβηση οδούς ανοσοαπόκριση Th17 και Th1 έχουν πρόσφατα ταυτοποιηθεί ως τόποι χαμηλής διεισδυτικότητας που σχετίζεται με IBD εμφάνιση, η οποία θα μπορούσε να εμπλέκουν TGFβ σηματοδότηση τόσο IBD-συνδεδεμένη, καθώς και σποραδικές CRCs ([15], [ ,,,0],16], αναθεωρούνται στο [19], [20]).

το ποντίκι αντιπροσωπεύει ένα πολύτιμο πειραματικό μοντέλο για να τεμαχίσει το συγκρότημα γενετική συνιστώσα των ανθρώπινων CRC. Τα ποντίκια είναι διαθέσιμα ως αμιγή στελέχη που καθορίζεται για ομοζυγωτία για διαφορετικές αλληλόμορφες παραλλαγές που εκπροσωπούν ευρύ γενετική ποικιλότητα σε βασικά γονίδια και τα μονοπάτια που σχετίζονται με CRC παθογένεια. Επιπλέον, CRC μπορεί να προκληθεί σε ένα αναπαραγώγιμο και καλά ελεγχόμενο τρόπο, χημικά μεταλλαξογόνα όπως αζοξυμεθάνιο (ΑΟΜ) [21], [22]. Οι όγκοι που προκύπτουν μοιάζουν πολύ με τα ανθρώπινα ομόλογό τους σε σχέση με ιστοπαθολογία (από παρεκκλίνουσα κρύπτη εστίες σε καρκίνωμα

in situ

) και υποκείμενη γενετικές αλλαγές (μεταλλάξεις στο

Αρο

,

Kras

και

β-κατενίνης

) [23], [24]. Καθαρές στελέχη ποντικού παρουσιάζουν σημαντικές διαφορές στην ευαισθησία σε καρκινογόνο ουσία που προκαλείται από CRC και κλασική σύνδεση αναλύει στο ενημερωτικό σταυροί έχουν εντοπισμένη περισσοτέρων θέσεων που ρυθμίζουν τις διαφορές μεταξύ του στελέχους της ευαισθησίας [25], για παράδειγμα,

Ccs1

[26],

Ssic1

[27], και

Ccs2

[28]. Παράλληλες μελέτες σε συγγενή στελέχη προερχόμενα από BALB /CHEA και STS /A πρότεινε μια πληθώρα πρόσθετων τόπων (

SCC1

να

Scc15

) που επηρεάζουν απάντηση σε καρκινογόνο ουσία που προκαλείται CRC [29], [30 ]. Από αυτούς, ο κλωνοποίηση θέσης του

SCC1

locus οδήγησε στην ταυτοποίηση

Ptprj

ως αιτιολογικός γονίδιο, και σωματικά αναδιατάξεις μέσα στο ανθρώπινο ομόλογο

PTPRJ

ταυτοποιήθηκαν σε ανθρώπινες CRC [31], [32].

στο μοντέλο καρκινογένεσης χημική ΑΟΜ, C57BL /6J στέλεχος (Β6), είναι ανθεκτικό, με λίγες όγκους CRC σημείωσε 18 εβδομάδες μετά την έναρξη της θεραπείας (συνήθως 0-5 όγκους), ενώ η Α /J (Α) είναι ιδιαίτερα ευαίσθητα με τον αριθμό των όγκων που κυμαίνονται μεταξύ 20-50 [33]. Στο εργαστήριο μας, έχουμε χρησιμοποιήσει ένα σύνολο AcB /BCA ανασυνδυασμένου συγγενή γραμμές ποντικού (RCS) που προέρχεται από CRC ανθεκτικά Β6 και CRC-ευαίσθητα Α για τον εντοπισμό των γενετικών καθοριστικών παραγόντων υπεύθυνη για τη διαφορική επιδεκτικότητα αυτών των στελεχών να ΑΟΜ που προκαλείται CRC. Τα στελέχη 13 ACB και η 22 BCA προήλθαν από συστηματική ενδογαμίας από ένα διπλό διασταυρώσεως (Ν3), και κάθε στέλεχος περιέχει μια μικρή ποσότητα (12,5%) του DNA από τον ένα γονέα ορίζεται ως ένα σύνολο διακριτών συγγενών τμημάτων (χαρτογραφήθηκαν με προσδιορισμό του γονότυπου) για το φόντο (87,5%) του άλλου γονέα. Ατομική τόποι αντίστασης /ευαισθησία που συμβάλλουν σε ένα σύνθετο γνώρισμα μπορεί να διαχωρίζονται σε επιμέρους RCS και μπορεί να μελετηθεί σε απομόνωση, διευκολύνοντας μελέτες αναγνώρισης γονιδίων. Αυτό οδήγησε στην χαρτογράφηση των τριών τόπων (

Ccs3

,

Ccs4

,

Ccs5

) ρυθμίζει απάντηση ΑΟΜ προκαλείται από CRC σε αυτά τα στελέχη [33], [34] , [35]. Η

Ccs3

θέση καθορίζει την αρχική ευαισθησία σε ΑΟΜ προκαλείται από CRC (εμφάνιση των αδενωμάτων), ενώ η

Ccs5

τόπου διαμορφώνει τον αριθμό των όγκων σε ζώα που φέρουν αλληλόμορφα ευαισθησίας σε

Ccs3

[ ,,,0],34]. Η

Ccs3

locus χαρτογραφήθηκε σε ένα τμήμα 14 Mb στο κεντρικό τμήμα του χρωμοσώματος 3. Το διάστημα αυτό περιέχει 94 σχολιασμένων αντιγράφων, και αρκετά από αυτά τα γονίδια δείχνουν ισχυρή έκφραση στο κόλον, η ίδια ρυθμίζονται σε ένα στέλεχος-ειδικά μόδα.

στην παρούσα μελέτη, έχουμε διεξάγονται γενετικές αναλύσεις σε AcB /BCA στελέχη και τους σταυρούς που προέρχονται από αυτά για να περιορίσετε περαιτέρω το μέγεθος του

Ccs3

γενετική διάστημα σε 2,2 Mb. Έχουμε χαρακτηρίζεται περαιτέρω τα γονίδια στο διάστημα από το προφίλ της έκφρασης και της γονιδιωματικής αλληλουχίας του DNA.

Αποτελέσματα

Οριοθέτηση του διαστήματος Ccs3 στο AcB /BCA ανασυνδυασμένου συγγενείς και AXB /BXA ανασυνδυασμένου αμιγή στελέχη

φαινοτυπική ένα υποσύνολο των 23 AcB /BCA στελεχών για ευαισθησία σε ΑΟΜ προκαλείται από CRC αρχικά έδειξε ότι διαφορική ευαισθησία των Α και στελέχη ποντικού Β6 με CRC ρυθμίζεται από ένα μόνο τόπο που ορίζεται

Ccs3

. Σε αυτές τις μελέτες,

Ccs3

χαρτογραφήθηκε σε ένα τμήμα 14 Mb στο κεντρικό τμήμα του χρωμοσώματος 3 [33]. Για την καλύτερη οριοθετηθούν το

Ccs3

γενετική διάστημα, έχουμε φαινότυπο επιπλέον AcB /BCA στελέχη (ανεβάζοντας τον συνολικό αριθμό σε 33 στελέχη), καθώς και ένα υποσύνολο των AXB στελεχών /BXA (AXB19, AXB24, BXA2, BXA8, BXA12 ), με μερικά από αυτά τα στελέχη που φέρουν ενημερωτικό ανασυνδυασμένου απλοτύπων στο

Ccs3

περιοχή. Ομάδες ποντικών υποβλήθηκαν σε αγωγή με 1 εβδομαδιαία δόση της ένεσης ΑΟΜ για 8 εβδομάδες, και 11 εβδομάδες αργότερα, τα ζώα θανατώθηκαν, συλλέχθηκαν κόλον και οι όγκοι βαθμολογήθηκαν. Στελέχη ταξινομήθηκαν ανάλογα με τον αριθμό των όγκων ανιχνεύθηκε, είτε ως χαμηλής /ενδιάμεσο (≤10 όγκους) ή υψηλή (& gt? 15 όγκοι) [33]. Αυτό δικόρυφη σχέδιο κατανομής στέλεχος στη συνέχεια τοποθετείται πάνω από τον γνωστό συνδυασμό απλότυπος του Α και Β6 αλληλόμορφα για άπω χρωμόσωμα 3 (

Ccs3

) σε αυτά τα στελέχη. Μια περίληψη όλων των διαθέσιμων δεδομένων από AcB /BCA και AXB /BXA στελεχών είναι δείχνεται στο Σχήμα 1Α. Αυτή η ανάλυση επιβεβαίωσε τον κρίσιμο ρόλο του

Ccs3

αλληλόμορφα στο CRC ευαισθησία γνώρισμα, και προσδιορίστηκαν περαιτέρω στελέχη AcB52 και AcB60 όπως μεταφέρουν ενημερωτικό ανασυνδυασμένου απλοτύπων περαιτέρω οριοθετούν τα όρια του τόπου για τα εγγύς και άπω πλευρές, αντίστοιχα. Για να οριοθετηθούν καλύτερα τα σημεία διακοπής ανασυνδυασμού σε αυτά τα στελέχη, αναπτύξαμε αρκετές επιπλέον πληροφοριακοί δείκτες (μικροδορυφορικών και SNP δείκτες) σε αυτή την περιοχή με γονιδιωματική αλληλούχιση του DNA του Α και Β6 γονείς (βλέπε τμήμα Υλικά και Μέθοδοι). Χρησιμοποιώντας αυτούς τους δείκτες, θα οριοθετηθεί περαιτέρω τα σημεία διακοπής ανασυνδυασμό την πλησίον πλευρά (AcB52), μεταξύ των δεικτών P3-17 (PST. 132,558 Mb) και P3-19 (PST. 132,562 Mb), και από την απομακρυσμένη πλευρά (AcB60) μεταξύ των δεικτών D4-11 (PST. 136,18 Mb) και rs30215915 (PST. 136,20 Mb) (Εικ. 1Β). Αυτές οι μελέτες μειωθεί περαιτέρω το μέγεθος της μέγιστης σωματικής διάστημα του

Ccs3

τόπο σε 3,64 Mb (P3-17 σε rs30215915).

Α. Χρωμοσώματος 3 απλοτύπων της AcB /BCA στελέχη εμφανίζονται μαζί με την αντοχή τους (λευκό) ή ευαισθησίας (μαύρο) το καθεστώς για ΑΟΜ προκαλείται από CRC (κάτω λωρίδα). Τα Β6 προερχόμενα χρωμοσωμικών τμημάτων υποδεικνύεται σε γκρι (2), ενώ οι απλότυποι Α συμπληρωμένο λευκό (1). Βέλη (↓) να επισημανθούν τα βασικά στελέχη RCS οριοθετούν το ελάχιστο χρωμοσωμική χρονικό διάστημα για το

Ccs3

τόπο. Β Λεπτομερής απλότυπος χάρτη του

Ccs3

τόπο, συμπεριλαμβανομένης της οριοθέτησης της εγγύς και άπω όρια από υψηλής πυκνότητας SNP γονοτυπική σε βασικούς ενημερωτικό συγγενή στελέχη (AcB52, AcB60).

Η

υψηλή ανάλυση θέσης χαρτογράφηση του τόπου Ccs3 από τη δοκιμή απογόνων των ενημερωτικών ποντίκια διασταυρώσεως

σε αυτές τις μελέτες, θα παράγονται (B6xA) ζώα F2, που ήταν ο γονότυπος για τον εντοπισμό ενημερωτική προϊόντα ανασυνδυασμού μέσα στο

Ccs3

διάστημα , χρησιμοποιώντας δείκτες rs30055788 την πλησίον πλευρά και rs30215915 την απομεμακρυσμένη πλευρά. Ανάμεσα ένα σύνολο 240 F2 ζώα ελέγχονται, εντοπίσαμε 3 ενημερωτικά προϊόντα ανασυνδυασμού που ορίστηκαν RecA, RecB και RECC. Κάθε ανασυνδυασμένη ακολούθως επαναδιασταυρώθηκε επάνω τόσο Β6 και Ένα υπόβαθρο, και πολλαπλές απόγονοι από μεμονωμένες σταυροί τότε ο γονότυπος για δείκτες στο διάστημα και φαινότυπος για επιδεκτικότητα σε CRC (Εικ. 2Α, 2Β). Στην ανάλυση αυτή, οι απόγονοι των διασταυρώσεως μεταξύ μεμονωμένων Rec ποντικού (Α, Β, Γ) και είτε Α είτε Β6 γονείς εμφανίζεται ένα μίγμα ανασυνδυασμένου απλοτύπων στην περιοχή με συνδυασμούς ομοζυγωτία για το Α ή Β6 αλληλόμορφα ή ετεροζυγωτία για τα αλληλόμορφα Α /Β (Εικ. 2Β). Στη συνέχεια συγκρίνεται ο γονότυπος των ανασυνδυασμένων χρωμοσωμάτων με το φαινότυπο των Α και Β6 επαναδιασταυρώσεις που προέρχονται από αυτά (Σχ. 2Α, 2Β). Γονικού ελέγχου Μια αναπτύξει υψηλό αριθμό όγκου (Χ = 45.5? Εικ. 2Α), ενώ Β6 ελέγχων ήταν χαμηλά (Χ = 1.0? P & lt? 0,0001). δοκιμή απογόνων των RecB και RECC αναδιασταυρωθεί να Β6 έδειξε συνολικό αριθμό των όγκων σε αυτά τα ποντίκια παρόμοια με Β6 ελέγχους, σε συμφωνία με την ομοζυγωτία για B6 απλοτύπων στο περιφερικό τμήμα της που ορίστηκε προηγουμένως

Ccs3

περιοχή. Αντιστρόφως, δοκιμές απόγονοι του RecA και RecB διασχίζει να Α έδειξε αριθμούς όγκων σε αυτά τα ζώα που δεν ήταν στατιστικώς διαφορετικές από εκείνες ανιχνεύθηκαν σε γονικού ελέγχου Α (αν και RecB ΧΑ ήταν πιο ενδιάμεσο), σε συμφωνία με ομοζυγωτία για το αλληλόμορφο Α επί του απώτατου τμήματος του

Ccs3

(Mb134.0-136.2). Τέλος, παρατηρήσαμε μια τρίτη ομάδα ζώων που εμφανίζονται ενδιάμεσο πολλαπλότητα όγκου μεταξύ εκείνης των δύο γονικών άκρα (Χ = 8,5?

ρ

& lt? 0,001 για είτε σύγκριση)? αυτά περιλαμβάνονται RecA χ Β6 (γονότυπος ΒΒ εγγύς /AB άπω? γονότυπο ΑΒ εγγύς /AB άπω), RecB Χ Β6 (ΑΒ εγγύς, AB άπω), RecB XA (AA εγγύς /AB άπω), και RECC XA (ΑΒ εγγύς, AB άπω). Σε αυτή την ομάδα των ζώων, υπήρχε μια ισχυρή συσχέτιση μεταξύ ενδιάμεσων πολλαπλότητα του όγκου και ετεροζυγωτία για απλοτύπων Α /Β για το περιφερικό τμήμα του

Ccs3

διάστημα, σύμφωνα με το συν-κυρίαρχο μοτίβο κληρονομικότητας των

Ccs3

αλληλόμορφα έχουμε αναφερθεί στο παρελθόν [33]. Το συνδυασμένο αποτέλεσμα του Α /Α, Α /Β και αλληλόμορφα B /B στο μακρινό τμήμα του

Ccs3

φαίνεται στο Σχήμα 2C. Αυτά τα πειράματα περαιτέρω μείωση του μεγέθους του

Ccs3

διάστημα να ~2.15 Mb, όπως οριοθετείται από την κοντινή πλευρά με αμοιβαία γεγονότα ανασυνδυασμού σε RecA και RecB (στο διάστημα rs31197594 και rs52356981) και από την απομακρυσμένη πλευρά του ανασυνδυασμού εκδήλωση στο AcB60 (στο rs31197594 σε διάστημα rs30215915) (από το Σχ. 1).

Α. Μετά την αγωγή ΑΟΜ, κόλον αποκόπηκαν, σταθεροποιήθηκαν και ο αριθμός των όγκων βαθμολογήθηκε (μεμονωμένα ποντίκια παρουσιάζονται ως «•»). Έλεγχοι και διασταυρώσεως ποντικών που αντιστοιχεί στο βασικό ανασυνδυασμούς (Rec Α, Rec Β και Rec C), όπου εκτρέφονται για την Α /J (υποδεικνύεται Α) και C57BL6 /J (αναφέρεται ως Β). Τα ποντίκια χωρίστηκαν από απλότυπος κατά τη

Ccs3

τόπου και του ανασυνδυασμένου ζώα φέρουν ένα διαφορετικό απλότυπο σε κάθε μισό του

Ccs3 διάστημα

. Οι ομάδες που δείχνουν οι αριθμοί του όγκου στατιστικά διαφορετική μορφή το A γονική ομάδα εντοπίστηκαν (#). B. Το

Ccs3

απλότυπος στο άπω χρωμόσωμα 3 της κάθε ομάδας ποντικών φαινότυπο στο πάνελ (Α) παρουσιάζεται σε μαύρο χρώμα (Β6), λευκό (Α /Κ) ή ριγέ (ετεροζυγώτες). Οι διακεκομμένες γραμμές δείχνουν το χρονικό διάστημα που προσδιορίζονται πρώτα σε RCS (βέλος) καθώς επίσης και την μειωμένη γενετική διάστημα για

Ccs3

προτείνεται από ένα συμβάν ανασυνδυασμού σε Rec Α και Β Rec μεταξύ των δεικτών rs31197594 και rs52356981, από την κοντινή πλευρά (κουτί ). Το απώτερο όριο εκτιμήθηκε από μελέτες σε ανασυνδυασμένα συγγενικών στελεχών από το Σχήμα 1Β. Γ Συγκεντρωτικά γονότυπο /φαινότυπο συσχέτιση των συγκεντρωμένων διασταυρώσεως ποντικών για τη μειωμένη

Ccs3

διάστημα (Mb134.0-136.2).

Η

Θέσης υποψηφίων για τη θέση Ccs3

Η ~2.15 Mb

Ccs3

διάστημα περιέχει 12 κωδικοποίησης γονίδια, ένα μικρο RNA (

Mir1895

), καθώς και αρκετές μεγάλες μη-κωδικοποιητικές RNAs (lincRNA) και ένα retroposon (Σχ. 3Α , και τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Η ακολουθία του τμήματος 2.15 Mb συγκρίθηκε μεταξύ Α και Β6 χρησιμοποιώντας αλληλουχίες γονιδιώματος αναφοράς που είναι διαθέσιμη από το Wellcome Trust Sanger Institute [36], καθώς και έναν πλήρη κατάλογο όλων των εξονικό, ιντρονικές και διαγονιδιακές παραλλαγές παρουσιάζονται στον Πίνακα S1. Δεν υπάρχουν SNPs που διακρίνουν Α και Β6 είτε

Mir1895

(PST 133.903.469 με 133.903.547) ούτε στα lincRNAs και retroposon βρίσκονται στις θέσεις 134.810.372000000-134.810.477000000 εκατομμύρια (105 nt), 135099190 έως 135100723 (1537 nt), 135158617 -135 158 847 (231 nt), 135188928 έως 135189496 (569 nt), 135.390.302 με 135391702 (1401 nt), 135.626.423000000-135626782000000 εκατομμύρια (360 nt) στις Ensembl σύνολα δεδομένων. Ως εκ τούτου, είναι απίθανο ότι αυτά τα μη-κωδικοποίησης RNAs είναι υπεύθυνες για το

Ccs3

αποτέλεσμα, αν και δεν μπορεί ακόμη να αποκλειστεί επισήμως η συμβολή αυτών των μη-κωδικοποίησης RNA. Μεταξύ των 12 σχολιασμένο κωδικοποίησης γονιδίων στο διάστημα (

Cxxc4

,

Tacr3

,

Cenpe

,

Bdh2

,

Nhedc2

,

Nhedc1

,

Cisd2

,

Ube2d3

,

Manba

,

Nfkb1

,

Slc39a8

,

Τράπεζας1

), μια σειρά από παραλλαγές νουκλεοτιδίων διακρίνει α και Β6 (Πίνακας 1? Πίνακας S1), με μονό μη συνώνυμων αμινοξέων των παραλλαγών που βρίσκονται σε Manba (L844F) και Τράπεζα1 (Α375Μ). Manosidase βήτα α (Manba) είναι ένα ένζυμο λυσοσωμικών, η αδρανοποίηση του οποίου προκαλεί βήτα-manosidosis, μια ασθένεια λυσοσωματικής αποθήκευσης με ένα ευρύ φάσμα νευρολογικών συμμετοχή [37]. Έτσι, μια παθολογική παραλλαγή σε αυτό το γονίδιο είναι απίθανο να προκαλέσει ευαισθησία σε CRC. Από την άλλη πλευρά, η παραλλαγή Α375Μ σε Τράπεζα1 (Β κυττάρου ικρίωμα πρωτεΐνη με επαναλήψεις ανκυρίνης) είναι μια συντηρητική υποκατάσταση που επηρεάζει ένα υπόλειμμα μη διατηρημένες σε Τράπεζα1 συγγενείς (τα δεδομένα δεν φαίνονται), και ως εκ τούτου είναι απίθανο να είναι παθολογική.

Α. Η

Ccs3

τόπος περιέχει 12 σχολιασμένη μεταγραφές, η οποία θέση, την κατεύθυνση της μεταγραφής (βέλος), και η θέση των δεικτών SNP αναφοράς φαίνονται. B. Η θέση των προϊόντων ενίσχυσης μεγάλης εμβέλειας που χρησιμοποιούνται για βαθιά αλληλούχιση του

Nfκb1

δείχνεται υπό κλίμακα, μαζί με τη θέση των 25 κωδικοποίησης και μη-κωδικοποίησης εξώνια του

Nfκb1

. Η θέση του 54 bp ιντρονική διαγραφή προσδιορίζονται στο Α /J εμφανίζεται. Αντιστοιχεί στην απώλεια μιας άμεσης bp επανάληψη 54 η οποία είναι παρούσα σε δύο αντίγραφα σε Β6 (σκιασμένα με γκρι χρώμα), η οποία είναι η ίδια αποτελείται από 3-επαναλαμβανόμενη δομή (που αναγνωρίζονται από τα βέλη πάνω από την αλληλουχία). Η θέση της παραλλαγής αριθμού αντιγράφων σε σχέση με το εξώνιο 15 του γονιδίου δείχνεται, μαζί με μια προεξοχή του εξωνίου 15 μεταφρασμένη ακολουθία για προβλεπόμενη δομή της πρωτεΐνης. Προβλεπόμενη ρ50 και τμήματα IκBγ της πρωτεΐνης δείχνονται, μαζί με τον τομέα Rel ομολογία (RHD), ανκυρίνη-επαναλήψεις (ΑΝΚ), περιοχή θανάτου (DEAD) και περιοχή πλούσια σε γλυκίνη (G) διαχωρισμό ρ50 και ρ105 (που ονομάζεται IκBγ).

η

Έχουμε αναφερθεί στο παρελθόν μεταγραφής RNA προφίλ μελέτες, συγκρίνοντας την έκφραση των γονιδίων στο

Ccs3

χρονικό διάστημα τόσο για το A εναντίον Β6 φυσιολογικό βλεννογόνο, και για την κανονική εναντίον βλεννογόνου όγκων από το Α ποντίκια [33]. Re-αλληλουχίας όλων των σχολιασμένη κωδικοποίησης εξώνια και εξόνιο /όρια ιντρονίου αναλήφθηκε για τα γονίδια που εμφανίζουν υψηλή έκφραση σε φυσιολογικό βλεννογόνο του κόλου (

Cisd2, Ube2d3

,

Nfκb1

και

Slc39a8

). Λόγω της προηγούμενης σύνδεσή της με παχέος ομοιόσταση επιθήλιο, και φλεγμονώδη απόκριση

in situ

, η

Nfκb1

γονίδιο του αποθέματος Ένα ποντίκι μας αλληλουχία στο σύνολό της (130 kb). Αυτή η συνδυασμένη ανάλυση απέτυχε να εντοπίσει παραλλαγές νουκλεοτιδίων που επηρεάζονται αλληλουχίες συναινετική θέση ματίσματος (Πίνακας S1), με την αξιοσημείωτη εξαίρεση μιας παραλλαγής αριθμού αντιγράφων (CNV) αποτελείται από ένα στοιχείο 54 bp που βρίσκεται 13 νουκλεοτίδια προς τα κάτω θέση ματίσματος 3 ‘του εξωνίου 15 ( Σχ. 3Β). Αυτό το στοιχείο είναι παρόν σε δύο αντίγραφα στην Β6 γονιδιακό DNA, αλλά ένα αντίγραφο λείπει από την αντίστοιχη θέση στην Α Η αναπαραχθεί 54 στοιχείο bp βρέθηκαν σε Β6 είναι το ίδιο μέρος μιας επαναλαμβανόμενης μοτίβο DNA αποτελείται από 3 επαναλήψεων DNA κοντά-to-πανομοιότυπες που περιλαμβάνει την 3 ‘θέση ματίσματος του

Nfκb1

εξόνιο 15 στο γονιδίωμα Β6 (Σχ. 3Β). Η διαγραφή του ενός από τα δύο στοιχεία 54 bp στο Α διασπά την ακεραιότητα του 3-επανάληψης μοτίβο βρέθηκε σε Β6 DNA. Η μεταβλητότητα του αριθμού των εν λόγω επαναλήψεων DNA κοντά στο στάδιο ταυτόσημα πρότεινε μια πιθανή μετατόπιση στη δευτεροβάθμια διαμόρφωση αλληλουχία σε αυτή τη διασταύρωση του εξονίου 15 /ιντρονίου 15 σε γονιδιακό DNA ή /και του προδρόμου RNA. Πράγματι, η προκαταρκτική ανάλυση του δευτερογενούς δομής ενός θραύσματος DNA πάνω από 350 bp που καλύπτει την 3-επανάληψης μοτίβο δείχνει την παρουσία ενός υποθετικού ψευδοκόμβου σε Β6 ποντικούς (Εικ. 4Α) η οποία είναι απούσα από το ένα γονιδιακό DNA (Σχ. 4Β). Επιπλέον, το 54 bp-στοιχείο, ένα αντίγραφο της οποίας είναι απούσα σε Α, εμφανίζει ομοιότητα αλληλουχίας μεταξύ των ειδών μεταξύ ποντικών, τα ανθρώπινα και διάφορα άλλα είδη (Εικ. 5Α), γεγονός που υποδηλώνει μια πιθανή διατηρημένη ρόλος αυτού του στοιχείου και των συνδεδεμένων δευτερεύουσα δομή σε όλη διάφορα είδη. Είναι ενδιαφέρον, φαίνεται να υπάρχει σημαντική συντήρηση αλληλουχίας του ιντρονίου 15 μεταξύ των ειδών, ενώ η αλληλουχία νουκλεοτιδίων και η προβλεπόμενη

Nfκb1

εξόνιο αλληλουχία 15 αμινοξέων δείχνει κακής διατήρησης μεταξύ ειδών (Σχ. 5Α, 5Β). Ο συγκεκριμένος ρόλος με τον οποίο αυτή η CNV θα ρυθμίζουν τη λειτουργία Nfkb1 διερευνήθηκε, αλλά, μέχρι στιγμής, δεν υπάρχει σαφής μηχανισμός έχει ταυτοποιηθεί (βλέπε συζήτηση).

Το εργαλείο pknotsRG [77] χρησιμοποιήθηκε για να δημιουργήσει δευτερογενείς δομές για το 350 νουκλεοτίδια τμήμα που καλύπτει την 3-επαναλαμβανόμενη δομή του Β6 (Α) και η παραλλαγή χαρακτηριστική απαλοιφή του Α /J (Β). Τα αταίριαστα βάσεις που αναφέρονται στο μπλε, κίτρινο βάσεις εντοπισμό νουκλεοτίδια που συμμετέχουν στις δομές ψευδοκόμβου. Η ανάλυση αυτή προσδιορίζει ένα ψευδόκομβο με περίτεχνα ενδο-μοριακών συμπληρωματικότητα που διαταράσσεται στην παραλλαγή αλληλόμορφο Α /J.

Η

Α. ClustalW ευθυγράμμισης (EBI) του

Nfκb1

ιντρόνιο 15 σειρές από διαφορετικά είδη (που εμφανίζεται στο αριστερό μέρος της ευθυγράμμισης). Η αλληλουχία ποντικού αναφοράς από Β6 δείχνεται στην κορυφή μαζί με τον κωδικό ενός γράμματος οξύ αμινο για το τμήμα πολυπεπτιδίου που κωδικοποιείται από το εξόνιο 15. Η γονιδιωματική αλληλουχία του Α δείχνεται ακριβώς όπως στο Σχ. 3Β, συμπεριλαμβανομένου του διαγράφεται 54 bp η επικάλυψη ( «—») και την 3-επανάληψης μοτίβο DNA που επικαλύπτει το 3 ‘θέση ματίσματος του εξωνίου 15 (βέλη). Αμφότερες οι αλληλουχίες ποντικού (Β6 και Α) ευθυγραμμίστηκε με αντίστοιχο αρουραίο, σκύλο, άλογο και τα ανθρώπινα γονιδιωματικών αλληλουχιών. Διατήρηση της κάθε νουκλεοτίδιο του ποντικιού αναπαρίσταται ως σκιασμένα κουτιά στο κάτω μέρος με υψηλή (μαύρο) σε χαμηλή (λευκό) διατήρησης επίπεδο. Β

Nfκb1

αλληλουχία cDNA που κωδικοποιείται από το εξόνιο 13 στο εξόνιο 17 (εμφανίζεται ως εναλλασσόμενη υπογράμμισε και τακτική μορφή για κάθε εξόνιο) του ποντικιού και ανθρώπινα γονίδια έχουν ευθυγραμμιστεί. Το λιγότερο διατηρημένο τμήμα της αλληλουχίας που κωδικοποιείται από το εξόνιο 15, η οποία αλληλουχία είναι με έντονα γράμματα χαρακτήρων. είναι συντηρημένα νουκλεοτίδια σε ολόκληρη την αλληλουχία που ταυτοποιείται (*).

Η

Η ενεργοποίηση του ΝΡκΒ Pathway

Ερευνήσαμε επίσης η ενεργοποίηση του μονοπατιού ΝΡκΒ σε Α και Β6 στελέχη, χρησιμοποιώντας ένα πρότυπο επαγωγής LPS δοκιμασία στην πρωτογενή μακροφάγα (BMDM). Επαγωγή ΝΡκΒ σε μακροφάγα και στα εντερικά επιθηλιακά κύτταρα είναι πολύ παρόμοια σε σχέση με τα σήματα επαγωγής που δραστηριοποιούνται σε δύο κύτταρα (LPS /TLR4? NOD1 /πεπτιδογλυκάνης? TNFα /TNFα-R) και κινητική χρόνο [38]. BMDM εκτέθηκαν σε LPS, και σε διαφορετικά χρονικά σημεία, τα κύτταρα λύθηκαν και αναλύθηκαν με western blot για την έκφραση της ρ50 και ρ105 Nfκb1 ισομορφές, συνολική και phospohorylated (Α-) ΙκΒα, καθώς και το σύνολο και φωσφορυλιωμένο κινάσης ΙκΒ, (p -) Iκkβ (Σχήμα 6).. Αυτά τα πειράματα έδειξαν παρόμοια επίπεδα έκφρασης του ρ50 Nfκb1 και πρωτεΐνες ρ105, και η συνολική Iκkβ. Αυτά τα επίπεδα παρέμειναν παρόμοια σε όλη τη διάρκεια της θεραπείας. Ωστόσο, η ενεργοποίηση της οδού ΝΡκΒ με LPS ήταν πολύ ισχυρότερη σε Β6 σε σχέση με μια μακροφάγα, όπως καθορίζεται από την εμφάνιση των ενεργοποιημένων ρ-Iκkβ και την ταυτόχρονη μείωση ΙκΒα κατά μήκος ανίχνευση ρ-ΙκΒα, στοχευμένες για αποικοδόμηση. Σε Β6 μακροφάγα, η ενεργοποίηση ΝΡκΒ συνέβη πιο γρήγορα και ήταν πιο ισχυρή από ότι σε ένα BMDM (κινητική της εμφάνισης και το συνολικό ποσό της π-ΙκΒα και π-Iκkβ). Συνολικά, τα αποτελέσματα αυτά προσδιορίζουν ασθενέστερη ενεργοποίηση ΝΡκΒ για α κύτταρα σε σύγκριση με B6 κυττάρων σε απόκριση σε διέγερση με μικροβιακή LPS.

Bone μακροφάγα που προέρχονται από μυελό παρασκευάστηκαν από Α (

Ccs3

S

) και Β6 (

Ccs3

R

) ποντικούς και διεγέρθηκαν παρουσία λιποπολυσακχαρίτη (LPS). Στα ενδεικνυόμενα χρονικά διαστήματα (λεπτά, εμφανίζεται στο πάνω μέρος), τα κύτταρα συλλέχθηκαν, λύθηκαν και ολικά εκχυλίσματα πρωτεΐνης παρασκευάστηκαν. Τα δείγματα αναλύθηκαν σε 10% SDS-PAGE και αναλύθηκαν με ανοσοστύπωση με αντισώματα έναντι NFκB (Ρ50, ρ 105), συνολικής και phospohorylated (ρ) ΙκΒα καθώς και της συνολικής και φωσφορυλιωμένη κινάσες ΙκΒ, (ρ) ΙΚΚα /β και β- ακτίνης ως έλεγχος φόρτωσης. Το μοριακό βάρος των μεμονωμένων πρωτεϊνών εμφανίζεται στα δεξιά του κάθε συναρμολογούνται πάνελ, καθένα από τα οποία είναι αντιπροσωπευτικά 3 ανεξάρτητων πειραμάτων.

Η

Έκφραση Nfκb1 ρ105 /ρ50 πρωτεΐνες σε φυσιολογικό βλεννογόνο και σε όγκους από το Α /J

Ερευνήσαμε την έκφραση του προδρόμου Nfκb1 ρ105 με ανοσοϊστοχημεία, με χρήση ενός αντισώματος (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι) που αναγνωρίζει και τις δύο ρ105 και το προϊόν ρ50 Nfκb1. Στην ανάλυση αυτή, συμπεριλάβαμε στις ίδιες τομές και οι δύο κανονικής βλεννογόνου, βλάβες δυσπλαστικών και πιο προηγμένες αδενοκαρκινώματα είτε εντός του βλεννογόνου ή protubing στον εντερικό αυλό, όλα λαμβάνονται κατά τη νεκροψία από το Α ποντικούς 18 εβδομάδες μετά τη θεραπεία. Αρκετές αντιπροσωπευτικές εικόνες φαίνεται στο Σχήμα 7. Σε κανονική βλεννογόνο, χρώση πρωτείνης ΝΡκΒ παρατηρείται σε κρύπτες, κυρίως σε πυρήνες των εντερικών επιθηλιακών κυττάρων (IEC), και μπορεί επίσης να ανιχνευθεί σε υπο-πληθυσμός των κυττάρων υμένα. Αυτό χρώσης είναι σε μεγάλο βαθμό απουσιάζει από παρακείμενες περιοχές της υπερπλασίας του ιστού /αδενώματα (Εικ. 7f /h), καθώς και σε τμήματα με περαιτέρω ανεπτυγμένα όγκους (αδενοκαρκινώματα) φαίνεται στον εντερικό αυλό (Εικ 7b /δ). Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν μια απώλεια της έκφρασης της πρωτεΐνης Nfκb1 σε καρκινικές αλλοιώσεις χαμηλού και υψηλού βαθμού δυσπλασία παρατηρήθηκε στην Α /J ποντίκια.

Εκπρόσωπος ανοσοϊστοχημική χρώση (IHC) για την πρωτεΐνη Nfkb1 ρ 105 /p50 σε όγκους και τις παρακείμενες επιθήλιο του κόλου από ποντίκια που φέρουν ομόζυγα Α /J-απλότυπος σε Ccs3. 5 × μεγέθυνση (α, γ, ε, ζ) και η αντίστοιχη 20 × μεγέθυνση (β, δ, στ, η) παρουσιάζονται για πέντε αντιπροσωπευτικούς όγκους.

Η

Συζήτηση

τα τελευταία χρόνια, μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) έχουν επισημάνει σε μια εντυπωσιακή πληθώρα των γενετικών παραγόντων που συμβάλλουν στην ευπάθεια CRC στον άνθρωπο [4], [5]. Επιπλέον, αναγνωρίζεται όλο και περισσότερο ότι οι περιβαλλοντικοί παράγοντες, όπως η διατροφή, ο τρόπος ζωής και η μικροβιακή χλωρίδα μπορεί να συμβάλει περαιτέρω στην διαμορφώνουν διεισδυτικότητα ή εκφραστικότητα της γενετικής προδιάθεση. Η συμβολή των μεμονωμένων γονιδίων με την ευαισθησία CRC μπορεί να αξιολογηθεί σε σχετικές μοντέλα ποντικών, όπου μπορεί να ελεγχθεί τόσο γενετικοί όσο και περιβαλλοντικοί παράγοντες [6]. Ομοίως, η «προς τα εμπρός γενετική« ανατομή της διαφορικής ευαισθησίας των καθαρών στελεχών για CRC μπορεί να εντοπίσει νέες επιδράσεις του γονιδίου, η σημασία του οποίου μπορεί να ελεγχθεί στη συνέχεια για ανθρώπινη CRC [21].

Στην παρούσα μελέτη, έχουμε μείωσε το μέγεθος του

Ccs3

να ~2.15 Mb, ένα μέγεθος επιδέχονται κλωνοποίηση θέσης [39]. Αυτό το διάστημα περιέχει 12 σχολιασμένη μεταγραφές, εκ των οποίων 6 εκφράζονται στο έντερο (Εικ. 3Α). Ένας από αυτούς κωδικοποιεί ρ 105 Nfκb1, μια ισχυρή θέσης υποψήφιες και κεντρική συνιστώσα της NFκB σηματοδότησης. Αν και πολλοί πολυμορφικές παραλλαγές εντοπίστηκαν μεταξύ Α και Β6 για τα γονίδια στο διάστημα, καμία προφανώς παθολογικές εσφαλμένου νοήματος ή ανοησία παραλλαγές εντοπίστηκαν στις περιοχές κωδικοποίησης τους. Ανοσοϊστοχημική χρώση (IHC) αποκάλυψε ισχυρή πυρηνική Nfκb1 έκφραση στον φυσιολογικό κολονικό επιθήλιο, ενώ παρακείμενα όγκους στον ίδιο ιστό που εκφράζεται Nfkb1 πρωτεΐνη πολύ χαμηλό επίπεδο (Σχ. 7). Αυτό υποδηλώνει ότι η ογκογένεση του παχέος εντέρου σχετίζεται με προς τα κάτω ρύθμιση ρ105 Nfκb1 σε μοντέλο ποντικού μας ΑΟΜ που προκαλείται CRC. Επιπλέον, έχουμε εντοπίσει ένα διαγραφή κοντά στο

Nfκb1

εξόνιο 15 στην Α ποντίκια. Τα 54 bp ιντρονική χάρτες διαγραφή εντός επαναλαμβανόμενη δομή 3-μονάδα που επικαλύπτει θέση ματίσματος 3 ‘του

Nfκb1

εξόνιο 15. Η αντίστοιχη αλληλουχία του ιντρονίου 15 δείχνει αξιοσημείωτη διατήρηση μεταξύ διαφορετικών ειδών, και το τμήμα που επηρεάζονται από το διαγραφή προβλέπεται να σχηματίσει ένα πολύ σταθερό δευτερεύουσα δομή που διαταράσσεται στο γονιδίωμα Α. στοιχεία DNA που υπάρχει σε εσώνια είναι γνωστό ότι επηρεάζουν την επεξεργασία RNA ως στοιχεία αλληλουχίας [40] ή ως δευτερεύουσες δομές οι οποίες μπορούν να δεσμεύονται από τις πρωτεΐνες δέσμευσης dsRNA [41], [42]. Επιπλέον, η δευτεροταγής δομή DNA όπως ssDNA θηλιές φουρκέτας μπορεί επίσης να επηρεάσει την αναγνώριση DNA-πρωτεΐνης [43], η γονιδιακή έκφραση και DNA ανασυνδυασμού [44]. Οι φουρκέτες σχηματίζεται στο επαναλήψεις DNA έχουν συσχετιστεί με έναν αριθμό γενετικών διαταραχών [45], [46], [47]. Σημαντικά, μελέτες έκφρασης πρωτεΐνης σε επεξεργασμένα με LPS πρωτογενή μακροφάγα από Α και Β6 ποντίκια επιδεικνύουν διαφορική ενεργοποίηση του μονοπατιού ΝΡκΒ σε αυτά τα κύτταρα. Κατά την παρακολούθηση του χρόνου που εξαρτάται από την ενεργοποίηση και την μέγιστη συσσώρευση ενεργοποιημένων ρ-Iκkβ και ρ-ΙκΒα στοχεύονται για αποικοδόμηση παρατηρήσαμε ότι μια πιο ισχυρή ενεργοποίηση του μονοπατιού ΝΡκΒ συνδέεται με μια σημαντική μείωση στην ευαισθησία στη CRC. Συνεπώς, η σύγκλιση των γενετικών διάθεσης δεδομένων χαρτογράφησης

Nfκb1

εντός του ~2.15 διάστημα Mb του

Ccs3

, η γνωστή ρόλος της οδού ΝΡκΒ στην ομοιόσταση του εντερικού βλεννογόνου (βλέπε παρακάτω), το ανιχνεύεται απώλεια του ΝΡκΒ έκφρασης πρωτεΐνης ρ105 /ρ50 σε όγκους σε σύγκριση με φυσιολογικά βλεννογόνο, η παρατηρούμενη απόκλιση ενεργοποίηση αυτού του μονοπατιού σε ζώα διαφόρων

Ccs3

απλότυπους, και η παρουσία ενός διακριτικού γενετική μεταβολή στο γονίδιο, μαζί σημείο στο

Nfκb1

ως ένα πολύ ισχυρό υποψήφιο για το

Ccs3

αποτέλεσμα.

Nfκb1 είναι ένα μέλος της οικογένειας NFκB των μεταγραφικών παραγόντων που μοιράζονται ένα αμινο-τερματικό πρόσδεσης στο DNA και διμερισμό Rel τομέα ομολογίας. Ωστόσο, δεν διαθέτει ένα πεδίο ενεργοποίησης μεταγραφής (ΣΕΔ) και βασίζεται σε ετεροδιμερισμό με τα μέλη της οικογένειας NFκB TAD που περιέχουν (p65 /ΚεΙΑ, RelB, γ-συνδεδεμένη) για την ενεργοποίηση της μεταγραφής [48]. Nfκb1 συντίθεται ως ένας πρόδρομος ρ105.